一种局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法与流程

技术特征：
1.一种局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)选择局灶性癫痫患者及未患病对照人群入组，采集入组人群样本并且对样本进行基因分型，然后基于全部样本分型结果进行质控，确定最终入组样本，建立研究队列，分为训练集和测试集；(2)构建局灶性癫痫遗传风险位点数据库；(3)基于步骤(2)中的局灶性癫痫遗传风险位点数据库，构建包含多变量的局灶性癫痫遗传风险评估模型。2.根据权利要求1所述的局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法，其特征在于，步骤(1)中，所述入组人群样本包括病例组和对照组，所述病例组的入组标准为：依据国际癫痫联盟(ilae)制定的癫痫临床诊疗指南，经两名或以上神经内科医生诊断为局灶性癫痫；年龄大于2岁且小于90岁；无合并精神类并发症；无假性癫痫发作史；无烟酒滥用史；不存在精神性或全身性退行性病变；不与其他入组个体存在亲缘关系；所述对照组的入组标准为：健康无精神类疾病；年龄大于2岁且小于90岁；种族与病例队列保持一致；无合并精神类并发症；无假性癫痫发作史；无烟酒滥用史；不存在精神性或全身性退行性病变；不与其他入组个体存在亲缘关系。3.根据权利要求2所述的局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法，其特征在于，步骤(1)中，对样本进行基因分型并且对分型结果进行质控，包括以下步骤：a、对所述病例组和所述对照组全部的采集样本进行全基因测序，对原始测序数据质控，进行bwa软件序列比对、比对数据处理、gatk软件进行snp/indel变异检测分析，获取突变vcf文件，其中比对数据处理包括对基因进行排序和去除重复序列；b、应用软件plink对步骤avcf文件的结果进行群体数据质控，移除所述病例组和所述对照组中基因分型缺失率高于0.05的个体、高杂合度个体和存在亲缘关系的个体；c、确定所述病例组和所述对照组中的入组样本，建立研究队列，将所有入组样本随机分为训练集和测试集，所述训练集和所述测试集样本比例为7:3，将训练集和测试集样本基因分型分别合并为存储文件。4.根据权利要求1所述的局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法，其特征在于，步骤(2)中，使用国际抗癫痫联盟主导的癫痫大型gwas meta分析的summary文件，构建包含多个遗传相关位点信息及效应值的局灶性癫痫遗传风险位点数据库。5.根据权利要求1所述的局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法，其特征在于，步骤(3)中，构建局灶性癫痫遗传风险评估模型，包括以下步骤：a、基于基因分型，选择模型的特征和统计所述特征的数量，生成所述训练集和所述测试集这两个队列数据集的特征矩阵；b、假设参数多基因遗传风险评分，构建局灶性癫痫遗传风险评估模型并且进行模型训练。

技术总结
本发明公开了一种局灶性癫痫遗传风险评估模型的建立方法，包括以下步骤：(1)选择局灶性癫痫患者入组，采集癫痫患者样本并且对样本进行基因分型并且对分型结果进行质控，确定入组样本，建立研究队列，分为训练集和测试集；(2)构建局灶性癫痫遗传风险位点数据库；(3)基于步骤(2)中的局灶性癫痫遗传风险位点数据库，基于基因分型，选择模型的特征和统计所述特征的数量，生成所述训练集和所述测试集这两个队列数据集的特征矩阵；假设参数多基因遗传风险评分，构建局灶性癫痫遗传风险评估模型并且进行模型训练。提供适用于中国人群的局灶性癫痫患病遗传风险评分模型。癫痫患病遗传风险评分模型。癫痫患病遗传风险评分模型。


技术研发人员：张晓芳 王佳 王小冬 梁萌萌
受保护的技术使用者：赛福解码（北京）基因科技有限公司
技术研发日：2021.07.13
技术公布日：2021/10/19