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具有细胞壁的生物的存在状态的判定方法以及具有细胞壁的生物的鉴定方法与流程

2021-10-22 08:27:00 来源:中国专利 TAG:
本公开文本涉及具有细胞壁的生物的存在状态的判定方法以及具有细胞壁的生物的鉴定方法。
背景技术
在食品制造、医疗、福利、家庭等需要卫生管理的领域,针对对人体产生不利影响的细菌等生物进行管理是重要的。环境中的细菌大多无害,但一部分细菌则引起食物中毒、制品的腐败或变质,极大地妨碍了人们的生活。近年来逐渐普及了以某些方法对细菌进行检测(即“可视化”),并以检测结果作为细菌相关的卫生管理指标的尝试。其中,检测细菌时最基础的检测方法为培养法。培养法是在培养基上培养细菌,并基于细菌的形态检测所述细菌的方法。作为培养法以外的微生物检测方法,可举出用抗体识别微生物表面抗原的方法(抗体法)。作为抗体法,可举出免疫层析法、乳胶凝集法、ELISA法等作为代表性的方法。作为上述方法以外的微生物检测方法,可举出基于包含在微生物中的基因来检测微生物的方法(基因法)。基因法是调查如下核酸序列的存在的有无,而鉴定存在的微生物的种类的方法,所述核酸序列构成包含在作为检测对象的微生物中的基因的一部分。作为包含用于鉴定的核酸序列的核酸分子,可举出DNA以及被称为16SrRNA的核糖体来源的RNA。例如,在日本特开2013-93号公报中,基于16SrRNA的核苷酸序列,实施了鸟分枝杆菌(Mycobacteriumavium)和胞内分枝杆菌(Mycobacteriumintracellulare)的检测。DNA为绝大部分生物拥有的核酸,并且,16SrRNA为绝大部分生物拥有的核酸。这些核酸大量地存在于生物体内。因此,DNA作为检测对象是优选的,传统上被用于基于基因序列的微生物检测的研究。同样地,16SrRNA作为检测对象也是优选的,传统上被用于基于基因序列的微生物检测的研究。DNA的序列中,存在在物种间具有序列保守性的部分和序列随物种而不同的部分。基于序列随物种而不同的部分,能够对物种进行鉴定。同样地,16SrRNA的序列中,存在在物种间具有序列保守性的部分和序列随物种而不同的部分。基于序列随物种而不同的部分,能够对物种进行鉴定。发明概述发明所要解决的课题本公开文本的一个实施方式以提供能够简单地判定测定试样中的生物的存在状态的判定方法以及能够简单地鉴定测定试样中包含的生物的鉴定方法为课题。用于解决课题的手段<1>具有细胞壁的生物的存在状态的判定方法,所述方法包括:将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样,或将作为水性溶剂的测定试样以液体试样的形式准备;和检测所述液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态,基于所述1种或多种sRNA的存在状态判定具有细胞壁的生物的存在状态。<2>如<1>所述的判定方法,其中,所述1种或多种sRNA在所述具有细胞壁的生物中表现出特异性的表达状态。<3>如<1>或<2>所述的判定方法,其中,判定所述具有细胞壁的生物的存在状态包括判定具有细胞壁的2种以上的生物的总体的存在状态。<4>如<1>~<3>中任一项所述的判定方法,其中,检测所述sRNA的存在状态包括检测所述sRNA的丰度。<5>如<1>~<4>中任一项所述的判定方法,其中,所述具有细胞壁的生物包括选自由大肠杆菌(Escherichiacoli)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacterfreundii)以及鸡沙门氏菌(Salmonellagallinarum)组成的组中的至少1种。<6>如<1>~<4>中任一项所述的判定方法,其中,所述具有细胞壁的生物包括植物。<7>如<1>~<4>中任一项所述的判定方法,其中,所述具有细胞壁的生物包括维罗毒素生产菌。<8>如<1>~<7>中任一项所述的判定方法,其中,所述测定试样为收集空气悬浮物而得的测定试样,判定所述具有细胞壁的生物的存在状态包括判定存在于空气中的具有细胞壁的生物的存在状态。<9>如<1>~<8>中任一项所述的判定方法,其中,于0℃~50℃的温度范围内的温度实施所述浸泡。<10>如<1>~<9>中任一项所述的判定方法,其中,所述1种或多种sRNA各自的碱基数在5~500的范围内。<11>如<1>~<10>中任一项所述的判定方法,其中,所述1种或多种sRNA包括选自由具有序列号1所示的核苷酸序列的EC-5p-36、具有序列号2所示的核苷酸序列的EC-3p-40、具有序列号11所示的核苷酸序列的EC-5p-79、具有序列号12所示的核苷酸序列的EC-3p-393、具有序列号10所示的核苷酸序列的fox_milRNA_5、具有序列号4所示的核苷酸序列的miR156以及具有序列号5所示的核苷酸序列的miR716b组成的组中的至少1种。<12>如<1>~<11>中任一项所述的判定方法,其中,所述水性溶剂包括核酸扩增用试剂。<13>如<1>~<12>中任一项所述的判定方法,其中,通过等温基因扩增实施所述1种或多种sRNA的存在状态的检测。<14>如<13>所述的判定方法,其中,于10℃~40℃的温度范围内的温度实施所述等温基因扩增。<15>如<1>~<12>中任一项所述的判定方法,其中,通过PCR实施所述1种或多种sRNA的存在状态的检测。<16>具有细胞壁的生物的鉴定方法,所述方法包括:将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样,或将作为水性溶剂的测定试样以液体试样的形式准备;和检测所述液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态,基于所述1种或多种sRNA的存在状态鉴定存在于所述测定试样中的具有细胞壁的生物。<17>如<16>所述的鉴定方法,其中,所述1种或多种sRNA表现出与具有细胞壁的生物相对应的特异性的表达状态。<18>如<16>或<17>所述的鉴定方法,其中,鉴定存在于所述测定试样中的具有细胞壁的生物包括鉴定2种以上候选生物中的1种以上存在。<19>如<16>~<18>中任一项所述的鉴定方法,其中,检测所述sRNA的存在状态包括检测所述sRNA的丰度。<20>如<16>~<19>中任一项所述的鉴定方法,其中,所述测定试样为收集空气悬浮物而得的测定试样,鉴定所述具有细胞壁的生物包括鉴定存在于空气中的具有细胞壁的生物。<21>如<16>~<20>中任一项所述的鉴定方法,其中,于0℃~50℃的温度范围内的温度实施所述浸泡。<22>如<16>~<21>中任一项所述的鉴定方法,其中,所述1种或多种sRNA各自的碱基数在5~500的范围内。<23>如<16>~<22>中任一项所述的鉴定方法,其中,所述1种或多种sRNA包括选自由具有序列号1所示的核苷酸序列的EC-5p-36、具有序列号2所示的核苷酸序列的EC-3p-40、具有序列号11所示的核苷酸序列的EC-5p-79、具有序列号12所示的核苷酸序列的EC-3p-393、具有序列号10所示的核苷酸序列的fox_milRNA_5、具有序列号4所示的核苷酸序列的miR156以及具有序列号5所示的核苷酸序列的miR716b组成的组中的至少1种。<24>如<16>~<23>中任一项所述的鉴定方法,其中,所述水性溶剂包括核酸扩增用试剂。<25>如<16>~<24>中任一项所述的鉴定方法,其中,通过等温基因扩增实施所述1种或多种sRNA的存在状态的检测。<26>如<25>所述的鉴定方法,其中,于10℃~40℃的温度范围内的温度实施所述等温基因扩增。<27>如<16>~<24>中任一项所述的鉴定方法,其中,通过PCR实施所述1种或多种sRNA的存在状态的检测。发明的效果根据本公开文本,提供了能够简单地判定测定试样中的具有细胞壁的生物的存在状态的判定方法,以及能够简单地鉴定测定试样中包含的具有细胞壁的生物的鉴定方法。附图说明图1:图1为示出了实施例4中的基于来自E.coli的sRNA的等温基因扩增的检测结果的图。图2:图2为示出了实施例5中的基于来自黑松花粉的sRNA的等温基因扩增的检测结果的图。图3:图3为示出了实施例10中的核酸提取液的电泳结果的图。具体实施方式下文中,针对本公开文本的内容进行详细说明。下文记载的构成要件的说明可以基于本公开文本的代表性实施方式,但本公开文本并不限于这样的实施方式。本公开文本中分段记载的数值范围中,一个数值范围中记载的上限值或下限值可以更换为其他分段记载的数值范围的上限值或下限值。此外,在本公开文本记载的数值范围中,所述数值范围的上限值或下限值可以更换为实施例所示的数值。进一步地,本公开文本中,对于成分含量的记载而言,在含有多种对应于各成分的物质的情况下,除非另外说明,其意指所含有的所述多种物质的总量。此外,在本公开文本中,“质量%”与“重量%”含义相同,“质量份”与“重量份”含义相同。进一步地,在本公开文本中,被分别记载的多个示例方式可以相互组合而构成新的方式,只要彼此不矛盾即可。生物的检测方法中,培养法是灵敏度非常高、可靠性也非常高的方法。但是,培养法也存在问题。例如可举出以下问题作为培养法的问题:由于培养需要1天~数天,因而要耗费时间才能获得结果;其难以适用于难以培养的细菌;对培养后的细菌进行鉴定需要特殊的技术;在处置培养过的细菌时需要高压灭菌等灭菌操作;由于处置物的体积也庞大,因而处置繁琐并昂贵;等等。此外,在抗体法的情况下,例如免疫层析法和乳胶凝集法,由于通过只接触样品即可检测微生物,因此具有操作简单的优点。然而,免疫层析法和乳胶凝集法存在检测灵敏度低、若不存在高浓度的微生物菌体则无法进行检测的问题。ELISA法是灵敏度较之免疫层析法等更高的方法,但需要进行清洗和显色操作,因而繁琐。另外,对于传统的基因法而言,从微生物中通过细胞膜变性而提取DNA或16SrRNA的操作繁琐,缺少简便性。具体而言,DNA或16SrRNA被微生物的细胞膜封闭在细胞内部,被认为难以直接进行测定。对DNA或16SrRNA进行分析,需要实施用苯酚、胍盐、氢氧化钠等强变性剂(达到使细胞膜变性程度的强变性剂)使细胞膜变性而取出核酸、进而将变性剂除去或中和的操作。如此一来,在传统的基因法中,用变性剂进行处理的操作和、除去或中和变性剂的操作繁琐,因而较之培养法和免疫层析法,其操作复杂不便。此外,还有通过加热从细胞提取核酸的方法。作为该方法的一个例子,存在将加入有细菌的溶液在100℃加热10分钟,用于核酸扩增的例子。然而,使用加热处理需要专用装置,且必须考虑加热时的安全性。考虑了上述情况,本申请的发明人进行了深入研究,结果发现通过将具有细胞壁的生物的细胞浸泡到水中,或者浸泡到含有水和不使细胞变性作用显著升高的程度的补充成分的水溶液中,能够提取细胞中的sRNA。该见解是出人意料的。原因在于,对于不具有细胞壁的生物的细胞而言,使细胞浸泡在低渗液中时,细胞膜由于渗透压而破裂,即使不使用上述变性剂也能将DNA和16sRNA取出至周围环境中,与之相对,根据迄今为止的技术常识,这样的方法不能适用于具有细胞壁的生物的细胞。更具体而言,对于具有细胞壁的生物的细胞而言,由于细胞壁可维持结构,因而细胞膜不会由于周围环境的渗透压变化而破裂,难以发生溶菌。因此,根据迄今为止的技术常识,通常认为如果不实施上述细胞膜的变性操作,就难以使存在于具有细胞壁的生物的细胞内的核酸释放至周围环境中。因此,通过浸泡在水中即可将sRNA从具有细胞壁的生物的细胞提取至细胞外是令人惊讶的。本公开文本所涉及的具有细胞壁的生物的存在状态的判定方法为下述方法(下面也简称为“本公开文本所涉及的判定方法”),所述方法包括:将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样,或将作为水性溶剂的测定试样以液体试样的形式准备;和检测前述液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态,基于前述1种或多种sRNA的存在状态判定具有细胞壁的生物的存在状态。此外,本公开文本所涉及的具有细胞壁的生物的鉴定方法为下述方法(下面也简称为“本公开文本所涉及的鉴定方法”),所述方法包括:将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样,或将作为水性溶剂的测定试样以液体试样的形式准备;和检测前述液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态,基于前述1种或多种sRNA的存在状态鉴定存在于前述测定试样中的具有细胞壁的生物。根据本公开文本所涉及的判定方法,能够简单地判定想要检测的具有细胞壁的生物在测定试样中的存在状态。此外,根据本公开文本所涉及的鉴定方法,能够简单地鉴定测定试样中包含的具有细胞壁的生物的种类。在本公开文本所涉及的判定方法和鉴定方法中,无需使用苯酚、胍盐、离子型表面活性剂、醇、氢氧化钠等强变性剂,因此能够简单地实施判定或鉴定。需要说明的是,本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法也可以统一表述为以下记载的方法:方法(下面也称为本公开文本所涉及的方法A),其包括将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样,或将作为水性溶剂的测定试样以液体试样的形式准备;和检测前述液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态,基于前述1种或多种sRNA的存在状态,获得前述测定试样中的具有细胞壁的生物的存在状态或所存在的生物的鉴定。此外,“用于解决课题的手段”一栏中记载的更具体的实施方案也能够适用于上述方法A。生物中包含被称为小RNA(smallRNA)的短RNA片段。小RNA(下面也称为“sRNA”)发挥着控制发育、分化、转座子沉默、病毒防御等生命进程的重要作用。sRNA在细胞内具有重要功能,因此,在同一物种内表达的sRNA具有核苷酸序列的保守性,即,各种sRNA的表达谱在同一物种的多个细胞之间是共同的。另一方面,在不同的物种之间,sRNA的表达谱随物种而异。因此,与DNA、16SrRNA同样,存在于测定试样中的sRNA的信息也能够用于鉴别物种。能够利用sRNA鉴别物种是在本公开文本中首次发现的。例如,当物种(A)中表达具有核苷酸序列(A)的sRNA(A),而不表达具有核苷酸序列(B)的sRNA(B),物种(B)中表达sRNA(B)而不表达sRNA(A)时,如果测定试样中检测到sRNA(A)的存在而未检测到sRNA(B)的存在,则能够判定存在物种(A)的细胞而不存在物种(B)的细胞。但是,当sRNA(A)为在除了物种(A)和(B)以外的物种(C)中也表达的sRNA时,如果测定试样中检测到sRNA(A)的存在而未检测到sRNA(B)的存在,则能够判定存在物种(A)和物种(C)中的1种以上的细胞,而不存在物种(B)的细胞。一直以来,虽然sRNA的存在本身是已知的,但认为其与上述DNA和16SrRNA的情况同样,在不利用强变性剂的条件下也是不能取出至具有细胞壁的细胞之外的。然而,本公开文本中令人惊讶地发现,将具有细胞壁的细胞置于水性溶剂中的情况下,即使不用强变性剂等破坏细胞膜,细胞内的sRNA也被提取到细胞周围的水性溶剂中(即,泄露至水性溶剂中)。所述提取即使于室温也可以进行。被提取到水性溶剂中的sRNA能够用于检测特定目标生物的存在、鉴定存在于测定试样中的生物的种类。因此,根据本公开文本,能够毫不繁琐地、简单地检测特定目标生物,并鉴定存在于测定试样中的生物的种类。进一步地,sRNA由于链长度短,因此较之16SrRNA难以受到RNase攻击,能够更稳定地进行分析。此外,sRNA在细胞内的拷贝数可多达数千~数万的拷贝数,因此能够以良好的灵敏度获得关于sRNA的存在状态的信息。下面,对本公开文本所涉及的判定方法和本公开文本所涉及的鉴定方法进行统一说明。除非另外说明,下面记载的事项适用于本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法这二者,也同样地适用于本公开文本所涉及的方法A。<具有细胞壁的生物>本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中的具有细胞壁的生物没有特殊限定,可以是任意的具有细胞壁的生物。一般而言,动物细胞以外的细胞,例如植物细胞、微生物细胞等具有细胞壁。所述具有细胞壁的生物可以是酵母、黏菌、霉菌等真菌,也可以是大肠杆菌等细菌。判定或鉴定的对象不一定为整个生物体,也可以是生物的一部分。这是因为即使在生物的一部分中,也存在sRNA,且检测到生物的一部分也可提供关于生物存在的信息。作为前述生物的一部分,可举出多细胞生物的一部分,例如可举出植物的花粉。但是,生物的一部分优选为维持了细胞形状的一部分。这是因为在生物的一部分没有维持细胞形状的情况下,细胞内成分有可能在浸泡到水性溶剂之前或者准备作为水性溶剂的测定试样之前就已经流出到周围的介质中。如前文所述,本公开文本所涉及的判定方法中记载了对具有细胞壁的生物的存在状态进行判定,本公开文本所涉及的鉴定方法中记载了对具有细胞壁的生物进行鉴定,而此处所指的具有细胞壁的生物所表示的概念也包括生物的一部分。因此,被判定的前述存在状态或者前述鉴定只要提供了关于物种或物种群的信息就已足够。实际上,在例如检测草本植物的情况下等,包含在测定试样中的一般并非整个生物体,而只是其一部分,但通过本公开文本所涉及的判定方法或鉴定方法,能够获得与物种或物种群的存在相关的判定结果或鉴定结果。因此,本公开文本所涉及的判定方法以及鉴定方法中的生物可以是植物,在植物的情况下,测定试样中包含的成分可以是例如花粉。前述具有细胞壁的生物可以是例如,其在需要卫生管理的领域(食品制造、医疗、福利、家庭等)中的存在会成为卫生管理上的问题的生物。作为这样的生物,可举出病原性微生物、腐败微生物。病原性微生物可以是病原性真菌,作为其例子,可举出白癣菌、念珠菌、曲霉等。病原性微生物可以是病原性细菌,作为其例子,可举出革兰氏阳性菌(例如,葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌、肠球菌、白喉杆菌、结核菌、麻风杆菌、炭疽菌、枯草菌、魏氏梭菌、破伤风菌、肉毒杆菌等)、革兰氏阴性菌(淋球菌、脑膜炎菌、沙门氏菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、志贺氏菌、流感嗜血菌、百日咳菌、霍乱弧菌、肠炎弧菌、不动杆菌、弯曲杆菌、军团菌、螺杆菌(Helicobacter)等)等。病原性细菌可以是维罗毒素生产菌。作为腐败微生物,在鱼贝类的情况下可举出假单胞菌、微球菌、弧菌、黄杆菌等各属的细菌,在畜肉类的情况下可举出假单胞菌、无色杆菌(Achromobacter)、微球菌、黄杆菌等各属的细菌,而在米饭和面类的情况下,可举出芽孢杆菌属的细菌。在一些实施方式中,前述具有细胞壁的生物优选包括选自由大肠杆菌、弗氏柠檬酸杆菌以及鸡沙门氏菌组成的组中的至少1种。在其他一些实施方式中,前述具有细胞壁的生物包括植物,前述植物可以是黑松。在其他一些实施方式中,所述具有细胞壁的生物包括维罗毒素生产菌。在本公开文本所涉及的判定方法以及鉴定方法中,由于将从具有细胞壁的细胞泄露至水性溶剂中的sRNA用于检测,因此可以实施用于将妨碍这样的泄露的物质预先除去的处理。<测定试样>本公开文本所涉及的判定方法中的测定试样是用于判定待检测的具有细胞壁的生物的存在状态的试样,本公开文本所涉及的鉴定方法中的测定试样是用于鉴定具有细胞壁的生物的试样。当预期针对具有细胞壁的生物的存在状态进行分析的对象(下面也称为分析对象)中存在具有细胞壁的生物时,对于测定试样没有特别限定,只要以测定试样也包含所述生物的方式进行制备即可,测定试样可以是分析对象本身,也可以是通过任意处理由分析对象制备而得的试样。分析对象为例如,操作台的表面等物体表面、食品等物体本身、自来水等液体、空气等气体、物种不明的菌体等。基于进一步简化操作的观点,测定试样优选为分析对象本身。例如,当预期针对存在于作为分析对象的液体中的具有细胞壁的生物进行分析时,可以将所述液体本身作为测定试样,也可以将对所述液体实施稀释等处理而得的液体作为测定试样。此外,在例如预期针对存在于作为分析对象的物体表面(例如操作台的表面)的生物进行分析的情况下,可以用拭子(wipe)、棉签等擦拭所述表面,将所述拭子、棉签等、或其一部分作为测定试样。当预期针对存在于作为分析对象的物体的内部(例如,食品的内部)的具有细胞壁的生物进行分析时,可以将所述物体的整体或一部分作为测定试样,也可以将所述物体浸泡在液体中而得的液体作为测定试样。在以空气为分析对象,预期针对空气中存在的生物进行分析的情况下,可以将收集存在于所述空气中的空气悬浮物而得的试样作为测定试样。该收集可以通过过滤器、离心分离(例如旋风式分离)、预先简单地将容器敞开并静置(例如,预先将培养皿等的盖子打开并静置)等实施。如此一来,测定试样可以是例如,作为分析对象的液体、将该液体稀释而得的液体、擦拭过作为分析对象的表面的拭子、棉签等、被空气过滤器捕捉到的捕捉物、附着在向周围气氛开放的容器内的附着物等。或者,当目的为鉴定已经获得的具有细胞壁的生物的种类等时,也可以将所述生物本身作为测定试样。<水性溶剂>本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中的水性溶剂是以水为主要成分的液体,水性溶剂可以是纯水本身,也可以是含有水以外的其他成分(下面也称为“共存成分”)的水溶液,只要不使细胞膜发生变性即可。水性溶剂中的水以外的溶剂成分的含量优选尽可能地少,水以外的溶剂成分的量相对于水的量而言可以为1质量%以下、0.1质量%以下、0.01质量%以下、0.001质量%以下、或0质量%(即,仅含有水作为溶剂成分)。此外,在本公开文本中,“水性溶剂”不含使细胞膜变性而破坏膜的成分,或仅以不引起细胞膜变性的程度含有少量所述成分。换言之,水性溶剂在不引起细胞膜变性这一点上与水具有共同的基本性质,是只要在不损害该基本性质的范围内即可含有共存成分的溶剂。因此,本公开文本所涉及的水性溶剂不包括用于破坏细胞膜、取出细胞内成分的提取液(例如,2013-93号公报所提及的细胞成分提取液EXTRAGEN(TosohCorporation制))。基于防止细胞膜在强酸性或强碱性条件下变性的观点,水性溶剂的pH优选为pH5~pH9的范围内的pH,更优选为pH6~pH8的范围内的pH,进一步优选为pH6.5~pH7.5的范围内的pH。如前文所述,水性溶剂可以还含有除了水以外的共存成分。共存成分的总含量相对于水性溶剂的总量而言可以为30质量%以下、10质量%以下、1质量%以下、0.1质量%以下、0.01质量%以下、或0.001质量%以下。作为可以包含在水性溶剂中的共存成分的例子,可举出盐、缓冲剂、表面活性剂、DTT、RNase抑制剂等。sRNA的链长度短,因此相较16SrRNA等更长的RNA而言不易受到RNase的攻击,但可以通过使其与DTT、RNase抑制剂这样的RNA稳定化剂共存而进一步稳定sRNA。水性溶剂不以使细胞膜变性而破坏膜的量含有共存成分。此外,基于防止细胞膜变性的观点,水性溶剂优选不含苯酚、胍、醇、离子型表面活性剂、以及NaOH等强碱。在水性溶剂含有苯酚、胍、醇、离子型表面活性剂、以及NaOH等强碱等变性成分的情况下,其总含量相对于水性溶剂总量而言优选为0.1质量%以下,优选为0.01质量%以下,进一步优选为0.001质量%以下。当不含强碱等变性成分,或者即使含有其含量也位于上述范围内时,在制作基于浸泡的液体试样后,无需为了后续处理而实施用于移除这些变性成分的补充处理,能够更简单地实施具有细胞壁的生物的鉴定。基于该观点,不含变性成分,或者即使含有也位于上述含量范围内是优选的。由于表面活性剂根据其种类以及量使细胞膜变性和破坏,因此在水性溶剂含有表面活性剂的情况下,需要限定其种类以及量。水性溶剂的表面张力在20℃时优选为50mN/m~72.8mN/m(水的表面张力),更优选为60mN/m~72.8mN/m,进一步优选为65mN/m~72.8mN/m,更加优选为70mN/m~72.8mN/m。水性溶剂含有表面活性剂的情况下,该表面活性剂优选为中性表面活性剂,作为中性表面活性剂的例子,可举出Tween系列的表面活性剂(例如Tween-20)、NP-40、以及Triton系列的表面活性剂(例如TritonX-100)等。基于使水性溶剂的性质近似纯水的观点,水性溶剂中的盐浓度优选为0mol/L~0.2mol/L,更优选为0mol/L~0.1mol/L,进一步优选为0mol/L~0.05mol/L。共存成分不一定是溶剂成分,可以是悬浮在水中的微粒、水溶性物质等。此外,水性溶剂可含有核酸扩增用试剂作为共存成分。前述核酸扩增用试剂为包括聚合酶、核苷酸3-磷酸(dNTP的混合物)、引物、Mg2 离子等的核酸扩增必需的试剂。所述核酸扩增用试剂优选含有具有能够以RNA为模板合成DNA链的活性(逆转录活性)的聚合酶。核酸扩增用试剂中有时含有TritonX-100等弱表面活性剂(特别是中性表面活性剂),但由于用于核酸扩增用试剂的浓度不会使细胞变性而破坏膜,因此核酸扩增用试剂中的表面活性剂可以原样地包含在水性溶剂中。例如,当水性溶剂含有TritonX-100时,基于防止细胞膜变性的观点以及有效实施核酸扩增的观点,TritonX-100的含量相对于水性溶剂的总量而言优选为0.01质量%~5质量%,更优选为0.05质量%~3质量%,进一步优选为0.1质量%~2质量%。核酸扩增用试剂可以是例如,PCR用试剂、等温基因扩增用试剂等。通过将核酸扩增用试剂包含于水性溶剂中,可利用含有从具有细胞壁的细胞中泄露的sRNA的液体试样,无需实施试剂添加操作、温度循环操作,而直接实施核酸扩增。<浸泡>本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中的浸泡可以于室温实施,也可以与加热或冷却同时实施。为了尽可能不引起细胞膜变性,浸泡优选于0℃~50℃的温度范围内的温度实施,更优选于4℃~40℃的温度范围内的温度实施,进一步优选于10℃~40℃的温度范围内的温度实施,更进一步优选于20℃~40℃的温度范围内的温度实施,更进一步优选于25℃~40℃的温度范围内的温度实施,更加优选于30℃~37℃的温度范围内的温度实施。浸泡也可以于室温实施。浸泡时间没有特别限定,只要sRNA以足以检测的量发生向细胞外的泄露即可。浸泡时间为例如10秒~30小时,可以为10秒~10小时,也可以为1分钟~5小时、或者5分钟~1小时。或者,浸泡时间可以为0.5小时~6小时,可以为0.7小时~4.5小时,可以为0.8小时~2小时。浸泡的方法没有特别限定,如果测定试样含有具有细胞壁的生物,可以举出使所述生物与水性溶剂进行接触的任意处理。测定试样为固态试样(例如,棉签、拭子、过滤器、分析对象本身或其一部分、或菌体)的情况下,可以通过例如将作为测定试样的固态试样浸泡在容纳于容器中的水性溶剂中来实施浸泡。如上所述,由于具有细胞壁的生物本身也可以作为测定试样,因此,可以使具有细胞壁的生物单独浸泡在水性溶剂中,也可以使附着在其他物体上的具有细胞壁的生物与物体一起浸泡在水性溶剂中。通过实施浸泡,当测定试样中存在具有细胞壁的生物时,发生sRNA向细胞外泄露,获得水性溶剂中含有sRNA的液体试样。<作为水性溶剂的测定试样>如果分析对象最初即为水性溶剂的状态,则分析对象本身可以用作测定试样,并直接用作液体试样。例如,可以将自来水直接用作液体试样,判定自来水中的具有细胞壁的生物的存在状态,或鉴定自来水中包含的具有细胞壁的生物。由于分析对象可能包含具有细胞壁的生物,因此,上述作为测定试样的水性溶剂可以含有具有细胞壁的生物。在分析对象为液体,但基于杂质多等理由而期望实施预处理的情况下,可以通过过滤、离心、透析等除去杂质等的手段,制备作为水性溶剂的测定试样,并将该测定试样用作液体试样。例如,在检测泥水中的具有细胞壁的生物的情况下,可以通过过滤等除去泥水中的泥,再将滤液(可能含有具有细胞壁的生物的测定试样)用作液体试样,实施具有细胞壁的生物的存在状态的判定或具有细胞壁的生物的鉴定。如前文所述,由于水性溶剂可以含有水以外的共存成分,因此可能包含在测定试样中的具有细胞壁的生物可以作为水性溶剂中的共存成分而被包含于其中。水性溶剂不含上述具有细胞壁的生物以外的共存成分也是优选的实施方式。如果使可能包含于测定试样中的具有细胞壁的生物与水性溶剂接触一定的时间(例如,作为上述浸泡时间的例子而示例的时间),(测定试样实际上包含具有细胞壁的生物的情况下)则发生sRNA从所述生物中泄露,获得与上述实施浸泡的情况同样的、含有sRNA的液体试样。利用作为水性溶剂的测定试样的方式例如可以用于判定作为分析对象的水(例如自来水、污水等)中的具有细胞壁的生物的存在状态,或鉴定水(例如自来水、污水等)中含有的具有细胞壁的生物。只要操作是使具有细胞壁的生物与水性溶剂接触的操作,则所述操作包括在上述将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样、或将作为水性溶剂的测定试样以液体试样的形式准备之中。将测定试样浸泡在水性溶剂中制作液体试样的情况下,操作可以是将浸泡有测定试样的水性溶剂在进行静置或搅拌的同时,为了提取sRNA而人为地使时间经过的操作。测定试样为液体试样的情况下,也可以同样地进行静置或搅拌,同时为了提取sRNA而人为地使时间经过。在上述“浸泡”的项以及“作为水性溶剂的测定试样”的项中予以说明的、sRNA从具有细胞壁的细胞中的泄露令人惊讶地不是核酸普遍发生的现象,而是在sRNA中特别发生的现象。因此,即使将具有细胞壁的细胞浸泡在水性溶剂中并希望使例如一直以来用于物种鉴别的16SrRNA泄露至水性溶剂中,16SrRNA也完全不会从具有细胞壁的细胞中泄露,或者即使泄露,也仅泄露不足以用于物种检测的少量。16SrRNA(1600个碱基左右)与sRNA的长度差异被认为可能是该差异的原因之一。即,对于与mRNA以及16SrRNA相比链长度短的sRNA而言,令人惊讶的是,即使不破坏细胞膜,也可泄露至具有细胞壁的细胞外的水溶剂中。另一方面,mRNA、16SrRNA等较大的分子实质上未示出这样的泄露,如果不实施与细胞膜变性相伴的提取操作,则不能取出到具有细胞壁的细胞之外、。<sRNA>本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中的sRNA也被称为小RNA,意指包含在细胞中的短链RNA。sRNA的具体链长度优选为5个碱基至500个碱基,更优选为8个碱基~500个碱基,进一步优选为10个碱基~200个碱基,更加优选为12个碱基~100个碱基,特别优选为15个碱基~30个碱基。需要说明的是,sRNA中还有作为包含于真核细胞中的20个碱基~30个碱基左右的RNA的microRNA等。此外,即使在原核生物中,有时也将同样程度的特别短的sRNA称为microRNA大小的小RNA。针对具有细胞壁的生物中存在的sRNA的研究正在进行中,在各生物中发现的sRNA的序列信息被储存于Rfam(EMBLEBI)、SmallRNADatabase(MDAndersonCancerCenter)、miRBase(Griffiths-JoneslabattheFacultyofBiology,MedicineandHealth,UniversityofManchester)、NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)的数据库等数据库中,此外,学术论文也对其进行了各种报道。因此,可以通过以数据库检索为例的已知方法,获得包含在各种生物中的sRNA的信息(参见杏林医学会杂志(杏林医会誌),第41卷第1期,第13~18页,2010年4月)。例如,可以利用NucleotideBLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),对NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)的数据库中包括的核酸序列与检索对象的核酸序列进行比较和相同序列的检索(包括作为该相同序列的来源的生物的信息)。sRNA随生物的种类而差异地表达。例如,参考Rfam、SmallRNADatabase、miRBase、NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)数据库等序列数据库,能够对特定sRNA在哪些1种或多种生物中表达进行检索,还能够对特定生物中表达哪些1种或多种sRNA进行检索。在本公开文本所涉及的判定方法中,1种或多种sRNA优选为在特定目标生物中表现出特异性的表达状态的sRNA。基于此,可以基于sRNA的存在状态更好地鉴别生物的存在状态。在本文中,“特异性的表达状态”并非为一定仅在前述特定的具有细胞壁的生物中表达、或仅在前述特定的具有细胞壁的生物中不表达的sRNA,而是指仅在包含前述特定的具有细胞壁的生物的、特定的具有细胞壁的生物群中表达、或仅在包含前述特定的具有细胞壁的生物的、特定的具有细胞壁的生物群中不表达的sRNA,即,其表示的概念还包括并非完全特异于前述特定的具有细胞壁的生物本身的sRNA。即使在本公开文本所涉及的鉴定方法中,作为检测存在状态的对象的1种或多种sRNA优选为表现出与具有细胞壁的生物相对应的特异性的表达状态的sRNA。如前文所述,在本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中,可以不实施由强碱处理、胍处理、苯酚、醇、离子型表面活性剂等造成的细胞膜变性,而使sRNA泄露至具有细胞壁的细胞的外部的水性溶剂中。因此,不必使用变性剂,也无需基于变性剂的处理时间,此外,使sRNA泄露而得的水性溶剂可以直接供于其后续的处理(例如,用于sRNA检测的核酸扩增处理等)。<存在状态>在本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中,“存在状态”可以单纯指存在的有无,此外,也可以指丰度(包括丰度为0、即不存在的情况)。即,“检测存在状态”可以表示获得存在与否的二进制样信息(binaryinformation),也可以表示除存在与否之外、还获得存在情况下的丰度的信息。丰度的信息还包括关于存在有无的信息。同样地,“判定存在状态”可以表示进行存在与否的二进制样判定,也可以表示除存在与否之外、还进行存在情况下的丰度的判定。在本文中,丰度不限于绝对丰度,还可以是相对于阴性对照或阳性对照等比较对象而言的相对丰度。<存在状态的检测>在本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中,对于检测sRNA的存在状态的方法没有特别限定,作为检测sRNA的存在状态的方法,有与被标记的核酸探针的杂交(包括Northern印迹)、核酸扩增等方法。核酸扩增只要是使DNA或RNA扩增的方法即可,作为其示例,可举出PCR(聚合酶链式反应,PolymeraseChainReaction)法、RT-PCR(逆转录PCR,ReverseTranscription-PCR)法、LCR(连接酶链式反应,LigaseChainReaction)法、SDA(链置换扩增,StrandDisplacementAmplification)法、NASBA(基于核酸序列的扩增,NucleicAcidSequence-basedAmplification)法、TRC(转录-逆转录协调反应,TranscriptionReverse-transcriptionConcertedReaction)法、LAMP(环介导的等温扩增,Loop-mediatedIsothermalAmplification)法、RT-LAMP(逆转录LAMP,ReverseTranscription-LAMP)法、ICAN(等温和嵌合引物触发的核酸扩增,IsothermalandChimericPrimer-initiatedAmplificationofNucleicAcids)法、RCA(滚环扩增,RollingCycleAmplification)法、SmartAmp(智能扩增法,SmartAmplificationProcess)法、TMA(转录介导的扩增,Transcription-mediatedAmplification)法、TAS(转录扩增系统,transcriptionAmplificationSystem)法、3SR(自动维持的序列反应系统,Self-sustainedSequenceReplicationSystem)法等各种扩增方法。对于不能直接扩增RNA的方法而言,可以暂且将sRNA用逆转录酶逆转录而变换为DNA,再进行核酸扩增。在一些实施方式中,可以通过等温基因扩增或PCR,实施1种或多种sRNA的存在状态的检测。用于检测sRNA的存在状态的核酸扩增优选为作为等温基因扩增法的LAMP法或RCA法。作为RCA法,尤其可举出SATIC(称为通过三元引发复合物的信号放大)法。等温基因扩增无需准备用于扩增的机器(使温度进行符合温度循环的变化的机器),从这方面考虑是优选的。由于等温基因扩增可以于例如10℃~40℃的温度范围内的温度进行,因此可以于室温实施。需要说明的是,在本公开文本中,除了在实施例等中特别规定的情况,室温可以为20℃~40℃的范围内的温度。此外,前述PCR可以是qPCR(定量PCR),qPCR可以是实时PCR。作为实时PCR,尤其可举出利用Taqman(注册商标)miRNAassay(ThermoScientific公司制)的方法。通过利用qPCR,可以针对sRNA的存在状态容易地实施定量分析。对于用于sRNA检测的探针或引物等试剂(下面也称为sRNA检测用试剂)而言,可以在浸泡完成后添加至水性溶剂中,也可以使其预先包含在浸泡前的水性溶剂中。在使sRNA检测用试剂预先包含在浸泡前的水性溶剂中的情况下,无需进行浸泡完成后的添加操作,从这方面考虑是优选的。此外,在将作为水性溶剂的测定试样用作液体试样的情况下,可以向液体试样中添加sRNA检测用试剂,在存在对作为水性溶剂的测定试样进行制备的过程的情况下,可以在所述制备过程中添加sRNA检测用试剂。扩增而得的核酸可以通过利用现有的扩增核酸检测方法进行检测,例如:将荧光色素预先附着于引物,通过目测确定沉淀;利用核酸染色色素;使其与荧光探针杂交;供于核酸色谱法;等等。前述荧光探针可以配置在微阵列上。通过利用微阵列,可以一次获得多种sRNA的存在信息。例如,通过利用Taqman(注册商标)探针、SYBRGreen色素等,可以通过荧光信号测定核酸扩增量,基于该信息可以了解sRNA的存在状态。该方法qPCR中特别有效。如上所述,核酸扩增并非sRNA的检测中所必需的,可以不进行核酸扩增,通过使荧光探针与sRNA杂交而直接进行检测。在上述核酸扩增或与探针的杂交等检测操作中,可以扩增sRNA的全长,及/或可以利用与sRNA的全长杂交的探针。但是,扩增sRNA的全长及/或利用与sRNA的全长杂交的探针不是必需的。可以以sRNA的部分区域、例如sRNA的3’末端侧区域的10~30个左右的碱基作为对象,实施核酸扩增或杂交。所述sRNA的存在状态的检测可以与从具有细胞壁的细胞中提取sRNA同时并行实施。例如,可以在PCR法、或SATIC法等的等温基因扩增法的反应液中,直接浸泡或添加可能含有具有细胞壁的生物的试样,同时实施sRNA的泄露和检测。等温基因扩增法的情况下,缺少温度循环,因此只要液体试样中存在核酸扩增所必需的试剂,即处于随时能够开始核酸扩增的状态。<具有细胞壁的生物的存在状态的判定>在测定试样中检测到对具有细胞壁的生物具有特异性的sRNA,提示所述生物存在于测定试样中。基于测定试样中的与具有细胞壁的生物具有特异性的sRNA的丰度信息,可以获得关于测定试样中的所述生物的丰度的信息。基于sRNA的存在状态能够鉴别所存在的生物是在本公开文本中首次发现的。可以通过例如下述方式,得知sRNA在哪些生物中表达。将前述sRNA的核酸序列作为基准序列,利用NucleotideBLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),对来自NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)的数据库的、与基准序列相似的核酸序列进行比较。基于获得的比较结果,包含与作为基准序列的sRNA的核酸序列100%一致的sRNA的生物,成为表达所述sRNA的生物。在检测sRNA的存在状态之前,被提取至细胞外的sRNA的种类并未确定,但如果在细胞外检测到特定的sRNA,则能够判断存在已知具有该特定sRNA的生物。本公开文本所涉及的判定方法中的具有细胞壁的生物是指成为检测对象的具有细胞壁的生物,可以是期望检测的任意具有细胞壁的生物。通过检测较之其他生物而在所述生物中特异性表达的sRNA的存在状态,可以判定前述生物的存在状态。检测到在前述生物中特异性表达的sRNA,提示存在前述生物,未检测到该sRNA,提示不存在前述生物。在本公开文本所涉及的判定方法中,优选根据期望对测定试样中的存在状态进行检测的生物的种类,选择所述生物中表现出特异性表达状态的sRNA作为实施存在状态的检测的sRNA。sRNA的特异性表达状态可以是在期望检测存在状态的生物中特异性地表达,也可以是在期望检测存在状态的生物中特异性地不表达。但是,检测存在状态的1种或多种sRNA中的至少1种优选为在期望检测存在状态的生物中特异性表达的sRNA。需要说明的是,1种sRNA不限于完全特异于1种生物。也存在多种生物表达同1种sRNA的情况。然而,1种生物中的sRNA的表达谱随sRNA而不同,因此如果基于多种sRNA各自的存在状态,就能够进一步限缩可能存在的生物的种类。因此,在本公开文本所涉及的判定方法中,基于多种sRNA各自的存在状态,可以判定生物的存在状态。在该判定中,也可以利用在前述生物中特异性地不表达的sRNA的表达状态。检测到或未检测到在前述生物中特异性地不表达的sRNA单独不能提示前述生物的存在状态,但通过与关于前述生物中特异性地表达的sRNA的存在状态的信息相组合,能够进一步限缩示出这些sRNA的表达谱的生物的候选。作为在本公开文本所涉及的判定方法中检测存在状态的1种或多种sRNA,优选选择基于其表达谱可以更好地鉴别特定目标生物与其他生物的sRNA。然而,本公开文本所涉及的判定方法中不必将存在的具有细胞壁的生物的候选限定至1种,只要鉴定由多种生物组成的候选群就已足够。因此,本公开文本所涉及的检测方法可以判定多种生物的存在状态,在此情况下,前述检测方法并非个别判定多种生物各自的存在状态,而是在总体上判定多种生物的存在状态。即,所述检测方法虽然不能判定实际存在多种生物中的哪一种,但只要能够判定存在构成候选群(组)的多种生物中的至少1种就已足够。即,本公开文本所涉及的判定方法中,判定生物的存在状态可以包括判定2种以上的生物的总体的存在状态。本公开文本所涉及的判定方法包括判定2种以上的生物的总体的存在状态的情况下,判定2种以上的生物的总体的存在状态可以包括判定2种以上的生物均不存在,或判定存在2种以上的生物中的至少1种,在判定了存在2种以上的生物中的至少1种的情况下,还可以包括判定2种以上的生物中存在的至少1种的丰度。在此情况下,虽然不能针对2种以上的生物中的1种目标生物完全判定其存在状态,但能够针对所述1种目标生物的存在可能性进行判定,基于该判定结果可以实施进一步的试验,或者可以基于该判定结果,对获得测定试样的分析对象实施洁净化作业等。即,判定2种以上的生物的总体的存在状态,可以包括判定所述2种以上的生物中含有的特定生物的存在可能性,也可以包括进一步判定所述特定生物的推定丰度。检测1种或多种sRNA的存在状态时,通过也对sRNA的丰度进行测定,可以判定前述记载的生物的丰度。sRNA的丰度检测可以通过本领域通常使用的方法实施,例如,测定来自与sRNA杂交的荧光标记探针的荧光发光量,从sRNA扩增核酸时使用荧光标记引物并测定来自所述引物的荧光发光量,通过使用qPCR等的方法进行测定。<测定试样中存在的具有细胞壁的生物的鉴定>基于从液体试样获得的1种或多种sRNA的存在状态,能够确定具有与所述sRNA的存在状态相匹配的sRNA表达谱的1种或多种生物。前述1种或多种sRNA优选为表现出与生物相对应的特异性的表达状态的sRNA。检测液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态可以包括穷举性地检测液体试样中存在的sRNA,也可以包括对考虑可能存在于测定试样中的生物的种类而预先选定的1种或多种sRNA的存在状态进行测定。1种sRNA的特定存在状态不限于完全特异于1种生物的sRNA表达谱,有时存在多种具有与sRNA的特定存在状态相匹配的sRNA表达谱的生物。然而,每种生物的sRNA表达谱因sRNA而异,因此如果基于多种sRNA各自的存在状态的信息,则可以进一步限缩存在的生物的种类。因此,在本公开文本所涉及的鉴定方法中,基于多种sRNA各自的存在状态,可以鉴定存在于试样中的生物。然而,本公开文本所涉及的鉴定方法中不必将存在的物种的候选限缩至1种,只要鉴定由多种生物组成的候选群就已足够。因此,本公开文本所涉及的鉴定方法可以是鉴定多种生物的方法,在此情况下,前述鉴定方法并非个别检测多种生物的各自存在,而是在总体上检测多种生物的存在。即,所述鉴定方法虽然不能检测实际存在多种生物中的哪一种,但只要能够检测存在多种生物中的至少1种就已足够。即,本公开文本所涉及的鉴定方法中,鉴定前述测定试样中存在的生物可以包括鉴定2种以上的候选生物中的1种以上存在。在鉴定2种以上的生物中的至少1种存在的情况下,可以包括进一步鉴定2种以上的作为候选的生物中所存在的至少1种的丰度。本公开文本所涉及的鉴定方法中,在鉴定前述测定试样中存在的生物包括鉴定2种以上的作为候选的生物中1种以上存在的情况下,不能准确地确定2种以上的作为候选的生物中的哪一种存在,但可以基于该鉴定结果实施进一步的实验,或者可以基于该鉴定结果,对获得测定试样的分析对象实施洁净化(与候选微生物的种类相对应的适当的洁净化)作业等。即,鉴定2种以上的作为候选的生物中的1种以上存在,可以包括将所述2种以上的作为候选的生物中含有的特定生物鉴定为可能存在的生物,还可以进一步鉴定所述特定生物的推定丰度。检测1种或多种sRNA的存在状态时,通过对sRNA的丰度也进行测定,可以鉴定前述记载的生物的丰度。因为液体试样中的sRNA的丰度被认为反映了表达所述sRNA的生物的量(就最简单的情况而言,与表达所述sRNA的生物的量成比例)。sRNA的丰度检测可以通过本领域通常使用的方法实施,例如,可以通过下述方法来测定:测定来自与sRNA杂交的荧光标记探针的荧光发光量;从sRNA扩增核酸时使用荧光标记引物并测定来自所述引物的荧光发光量;通过使用qPCR(例如计算实时PCR中的Ct值);等等。在本公开文本所涉及的鉴定方法中,针对基于液体试样中的1种或多种sRNA的存在状态进行生物鉴定的一例进行说明。根据NucleotideBLAST检索,作为sRNA的EC-5p-36(序列号1;5’-UGUGGGCACUCGAAGAUACGGAU-3’,参见CurrMicrobiol.2013Nov;67(5):609-13)在埃希氏菌属细菌、志贺氏菌属细菌、沙门氏菌属细菌、柠檬酸杆菌属细菌中共同表达。基于此,当检测到液体试样中存在EC-5p-36时,存在的生物可以鉴定为埃希氏菌属细菌、志贺氏菌属细菌、沙门氏菌属细菌、以及柠檬酸杆菌属细菌中的1种以上。此外,根据NucleotideBLAST检索,作为sRNA的EC-3p-40还在除志贺氏菌属细菌、沙门氏菌属细菌、埃希氏菌属细菌、以及柠檬酸杆菌属细菌以外的克雷伯氏菌(Klebsilla)属细菌中共同表达。因此,当检测到液体试样中存在EC-3p-40(序列号2;5’-GUUGUGAGGUUAAGCGACU-3’)时,存在的生物可以鉴定为埃希氏菌属细菌、志贺氏菌属细菌、沙门氏菌属细菌、柠檬酸杆菌属细菌、以及克雷伯氏菌属细菌中的1种以上。此外,也可以组合这些结果来实施鉴定。例如,由于EC-5p-36在克雷伯氏菌属细菌中不表达,而EC-3p-40在克雷伯氏菌属细菌中表达,因此当检测到液体试样中存在EC-3p-40而不存在EC-5p-36时,存在的生物可以鉴定为克雷伯氏菌属细菌。此外,可以基于具有特定功能的sRNA的存在状态,进行生物的鉴定。例如,根据NucleotideBLAST检索,作为与肠出血性大肠杆菌(O-157等)的毒素(维罗毒素。也被称为雪卡毒素)相关的sRNA的24B_1(序列号3;5’-UAACGUUAAGUUGACUCGGG-3’,参见ScientificReportsvolume5,Articlenumber:10080(2015)),在维罗毒素(雪卡毒素)生产菌中共同表达。因此,当检测到液体试样中存在24B_1时,存在的生物可以鉴定为携带维罗毒素的菌。此外,在本公开文本所涉及的判定方法中,当期望判定埃希氏菌属细菌、志贺氏菌属细菌、沙门氏菌属细菌、以及柠檬酸杆菌属细菌的总体存在状态(都不存在、或存在1种以上等)时,检测EC-5p-36的存在状态即可。在本公开文本所涉及的判定方法中,当期望判定克雷伯氏菌属细菌的存在状态时,检测EC-3p-40以及EC-5p-36的存在状态即可。除此以外,作为sRNA的EC-5p-79(序列号11;5’-UUUGCUCUUUAAAAAUC-3’)以及EC-3p-393(序列号12;5’-CUCGAAGAUACGGAUUCUUAAC-3’)在大肠杆菌、弗氏柠檬酸杆菌以及鸡沙门氏菌中表达。基于此,作为sRNA与物种的对应关系,可举出选自由EC-5p-36、EC-3p-40、EC-5p-79、以及EC-3p-393组成的组中的至少1种与选自由大肠杆菌、弗氏柠檬酸杆菌以及鸡沙门氏菌组成的组中的至少1种的组合、具有序列号10所示的核苷酸序列的fox_milRNA_5与尖孢镰刀菌(Fusariumoxysporum)的组合、具有序列号4所示的核苷酸序列的miR156与黑松的组合、以及具有序列号5所示的核苷酸序列的miR716b与酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)的组合。检测的sRNA优选为在实施例记载的试验中使用的选自由EC-5p-36、EC-3p-40、EC-5p-79、EC-3p-393、fox_milRNA_5、miR156、以及miR716b组成的组中的至少1种。需要说明的是,虽然上文中提及了若干例sRNA,但本公开文本所涉及的判定方法以及鉴定方法即使在检测其他sRNA的情况下也同样可行。判定或鉴定所需的sRNA与生物间的对应关系可以从上述数据库中容易地获得。考虑到以上记载的实施方式,本公开文本还提供以下实施方式。即,本公开文本所涉及的检测对象生物的检测方法包括:将测定试样中含有的检测对象生物浸泡在水性溶剂中,制作特异于前述检测对象生物的1种或多种sRNA泄露至前述水性溶剂而得的液体试样;和检测前述液体试样中的前述1种或多种sRNA。使检测对象生物浸泡于水性溶剂中的方法只要是前述检测对象生物与水性溶剂接触即可,没有特别限定,可以与上述的本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中的测定试样的浸泡或作为水性溶剂的测定试样的准备同样地实施。此外,特异于检测对象生物的1种或多种sRNA只要包括至少1种在检测对象生物中特异性表达的sRNA,则其他的sRNA可以是在检测对象生物中特异性不表达的sRNA。如上所述,在本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中,可以不经过基于强变性剂的膜变性操作,简单地使sRNA从具有细胞壁的细胞泄露至水性溶剂中。然后,通过检测漏出的sRNA的存在状态(例如,通过实施基于核酸扩增的sRNA的检测),能够较之使膜变性而取出16SrRNA的方法更轻松地判定特定目标生物的存在状态,还能够鉴定测定试样中存在的生物。尤其是当使用于室温进行反应的等温基因扩增法(例如RCA法)作为核酸扩增法时,由始至终无需使用特殊装置(例如用于实施温度循环的装置),就能够简单地判定生物的存在状态,或鉴定测定试样中含有的生物。根据本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法,与培养法不同,无需对测定试样可能含有的生物进行培养。因此,既能够在短时间内进行判定或鉴定,又能够利用核酸扩增等实现高灵敏度。进一步地,本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法还可适用于难以培养的细菌等。此外,与培养法不同,在本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法中,必要的样品量少,也容易处置在处理中使用过的材料。本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法,在保持了基因法的优点的同时,能够以比传统的基因法更简单的操作判定生物的存在状态以及鉴定测定试样中含有的生物。本公开文本所涉及的判定方法以及本公开文本所涉及的鉴定方法可以用于例如需要卫生管理的领域(食品制造、医疗、福利、家庭等)中的简单的微生物检查。作为其示例,可举出食品制造工程中基于腐败变质菌检查的制品卫生管理,食物中毒事故时迅速确定原因、医疗设施的床位、候诊室中基于食物中毒菌检测的二次感染预防、儿童福利设施、老人福利设施中的食物中毒菌的二次感染预防、家庭中存在食物中毒患者时基于食物中毒菌的检测的二次感染预防等。实施例通过以下实施例来进一步说明实施方式,但本公开文本不受以下实施例的任何限定。此外,除非另外说明,示出实施例的组合物中的成分含量的“%”为质量基准。在以下实施例中,“室温”为约30℃。<基于实时PCR法的sRNA定量方法>实施例1~实施例3、实施例7~9、以及实施例11中,作为判定存在状态的对象的sRNA通过以下记载的方法进行定量。通过实时PCR法定量实施例1~实施例3、实施例7~9、以及实施例11各自的反应液中的sRNA。使用按照作为定量对象的sRNA定制合成的定量试剂(Taqman(注册商标)microRNAAssays,AppliedBiosystems公司制)以及逆转录酶(Taqman(注册商标)microRNART试剂盒,AppliedBiosystems公司制),根据制造商的指示实施逆转录反应,获得包含通过逆转录形成的DNA的逆转录反应溶液。在逆转录反应中,具体而言,每一反应使用1μL的RNA样品、1.5μ的10xRT缓冲液、0.15μL的dNTPmix、0.19μL的RNase抑制剂、终浓度成为1x量的定制合成Taqmanassays(例:20x的Taqmanassays则为0.75μL)的第一液、1μL的MultiscribeRTenzyme,用纯水将液量调整至15μL。逆转录反应的温度曲线包括由(1)16℃、30分钟,之后(2)42℃、30分钟,以及(3)85℃、5分钟组成的步骤。之后,使用获得的逆转录反应溶液,实施实时PCR反应。使用按照作为定量对象的sRNA定制合成的定量试剂(Taqman(注册商标),microRNAAssays,AppliedBiosystems公司制,以及实时PCR用Mastermix(TaqMan(注册商标)UniversalPCRMasterMixIIwithUNG,AppliedBiosystems公司制),根据制造商的指示制备反应液。具体而言,使用2μL逆转录反应溶液、10μL含UNG的UniversalPCRMasterMixII、终浓度成为1x量的定制合成Taqmanassays(例:20xTaqmanassays则为1μL)的第二液,用纯水将液量调整至20μL,制备反应液。使用StepOnePlus(注册商标)实时PCR系统(AppliedBiosystems公司制),在包括由95℃10分钟的步骤、之后的95℃15秒以及60℃1分钟组成的循环共40个循环的温度曲线下,对制备得到的反应液实施实时PCR。此时,使用StepOnePlus(注册商标)实时PCR系统(AppliedBiosystems公司制),在reagents=“Taqmanreagents”、rampspeed=“Standard”的条件下,通过StepOnePlus软件的自动计算(上述设定以外为默认设定)算出Ct值。当与标准品相比进行定量时,合成作为定量对象的sRNA序列(由EurofinsGenomics公司进行RNA引物合成,HPLC纯化级),在10-10M~10-15M的范围内制备稀释系列,与样品的测定同时并行地针对上述稀释系列实施实时PCR,通过比较Ct值而定量sRNA量。(实施例1)简单提取大肠杆菌中包含的sRNA(EC-5p-36)以EC-5p-36作为对象,尝试从大肠杆菌W3110中进行简单提取,EC-5p-36为大肠杆菌W3110(下面简称为“大肠杆菌W3110”)中包含的1种sRNA。将大肠杆菌W3110的菌落悬浮在100μL纯水中,成为90质量%大肠杆菌W3110菌体悬浮液。基于该90质量%大肠杆菌W3110菌体悬浮液,制作以下3种样品。样品1)向90质量%大肠杆菌W3110菌体悬浮液中,以终浓度成为0.4U/μL的方式添加RNase抑制剂(东洋纺株式会社制),制备反应液10μL。反应液于室温静置4小时,作为样品1。样品2)将90质量%大肠杆菌W3110菌体悬浮液,立刻用miRNeasy试剂盒(含有苯酚、使细胞膜发生变性的细胞溶解试剂;QIAGEN公司制)纯化,提取总sRNA作为样品2。进一步地,作为比较对象,直接将纯水10μL作为样品0。针对样品0~样品2,通过实时PCR法定量EC-5p-36。将通过定量获得的样品0~样品2中的sRNA量分别除以样品2中的sRNA量,将获得的值作为相对提取率(表1)。[表1]表1EC-5p-36的相对提取率由表1所示结果可知,sRNA能够从菌体中简单地提取并进行测定。仅使用纯水也能够提取sRNA。(实施例2)简单提取黑松花粉中包含的sRNA(miR156)以miR156(序列号4;5’-CAGAAGAUAGAGAGCACAUC-3’;参见http://www.mirbase.org/;pta-miR156a)为对象,尝试从黑松花粉中进行简单提取,miR156为黑松花粉中包含的1种sRNA。将10mg黑松花粉(Biostir公司制)悬浮在1mL纯水中,室温静置1小时。然后,通过实时PCR法尝试定量miR156。使用RNase-free水作为阴性对照、使用含有1nM合成miR156(序列号4;EurofinsGenomics公司制)的水作为阳性对照,比较是否能够检测sRNA(miR156)。其结果能够确认,仅悬浮于纯水中也能够从黑松花粉中提取sRNA。[表2]表2miR156的检测(实施例3)简单提取酵母中包含的sRNA(miR716b)以miR716b(序列号5;5’-GAGAUCUUGGUGGUAGUAGCAAAUA-3’;参见Sci.Rep.,2015,5,7763)为对象,尝试从面包酵母中简单提取sRNA,miR716b为酿酒酵母(下面简称为面包酵母)中包含的1种sRNA。将面包酵母在LB平板上培养,刮取10mg面包酵母,悬浮于1mL纯水中,室温静置1小时。静置后,通过实时PCR法尝试miR716b的提取。使用RNase-free水作为阴性对照,1nM合成miR716b(序列号5;EurofinsGenomics公司制)作为阳性对照,比较是否能够检测sRNA。其结果能够确认,仅悬浮于纯水中也能够提取来自面包酵母的sRNA,还能确认能够定量地检测提取到的sRNA的量。[表3]表3miR716b的检测(实施例4)基于等温基因扩增法检测来自大肠杆菌的sRNA(EC-5p-36)以EC-5p-36为对象,尝试基于用水性溶剂从大肠杆菌中简单提取而得的sRNA的等温基因扩增法(SATIC法;AnalChem.2016Jul19;88(14):7137-44)的检测,EC-5p-36为大肠杆菌中包含的1种sRNA。<环化T1B-EC-5p-36的合成>首先,从Eurofingenomics公司订购并获得引物,所述引物为以下核苷酸序列的合成单链DNA。引物序列(序列号6):5’-CCCCAAAAAATCCGTATCTTCGAGTGCCCACAAAAAAGAAGCTGTTGTATTGTTGTCGAAGAAGAAAAGT-3’(5’磷酸化,HPLC纯化)然后,使用CircLigaseIIssDNALigation试剂盒(Lucigen公司制),根据手册使上述合成单链DNA环化。即,在PCR管内,添加15μL的RNase-free水(QIAGENK.K.制)、1μL的10pmol/μL的上述合成单链DNA、2μL的CircLigaseII10×Reaction缓冲液、1μL的50mMMnCl2、1μL的CircLigaseIIssDNALigase。混合后,将上述PCR管在热循环仪中进行60℃1小时、80℃10分钟的处理,获得500nM环化DNA(下面称为“环化T1B-EC-5p-36”)。将其用RNase-free水稀释5倍,获得100nM环化T1B-EC-5p-36。<环化T2的合成>首先,从Eurofingenomics公司订购并获得引物,所述引物为以下核苷酸序列的合成单链DNA。引物序列(序列号7):5’-CCCAACCCTACCCACCCTCAAGAAAAAAAAGTGATAATTGTTGTCGAAGAAGAAAAAAAATT-3’(5’磷酸化、HPLC纯化)然后,使用CircLigaseIIssDNALigation试剂盒(Lucigen公司制),除使用序列号7的引物(T2)替代序列号6的引物(T1B-EC-5p-36)以外,实施与环化T1B-EC-5p-36的合成同样的操作,获得500nM环化DNA(下面称为“环化T2”)。将其用RNase-free水稀释1.25倍,获得400nM环化T2。<引物P2的合成>从Eurofingenomics公司订购以下核苷酸序列的引物,获得合成引物。引物序列(序列号8):5’-GAAGCTGTTGTTATCACT-3’(无修饰,HPLC纯化)用RNase-free水稀释该引物,制备480nM引物P2。<来自大肠杆菌的sRNA的基于等温基因扩增法的检测>通过DNA聚合酶(NewEnglandBiolabs公司生产的试剂盒),尝试检测来自大肠杆菌的sRNA。即,对于每一样品,在PCR管内混合5.8μL的RNase-free水、2μL的480μM引物P2、2μL的100nM环化T1B-EC-5p-36、2μL的400nM环化T2、2μL的各10mM的dNTPMix、2μL的DNApolymeraseReaction缓冲液、0.2μL的试剂盒附带BSA以及2μL的DNA聚合酶,制备预混合物。向该预混合物中添加2μL将大肠杆菌W3110基于LB培养基的培养菌落在1mL的RNase-free水中悬浮而得的物质,作为样品。此外,将向上述预混合物中添加2μL的10nM合成EC-5p-36(序列号1;EurofinsGenomics公司制)而得的物质作为阳性对照。进一步地,将向所述预混合物中添加2μL的RNase-free水而得的物质作为阴性对照。将样品、阳性对照、以及阴性对照分别在37℃静置16小时,进行孵育。之后,向孵育后的溶液中添加2μL作为因与核酸结合而荧光强度增强的试剂的SYBRGoldNucleicAcidGelStain(Invitrogen公司制)的100倍稀释液,混合。用黑光灯(365nm)照射由此获得的反应液,观察荧光显色。其结果在样品及阳性对照中观察到黄绿色的强荧光,但在阴性对照中仅观察到来自SYBRGoldNucleicAcidGelStain的微弱的黄色荧光。由此可见,样品中,通过等温基因扩增扩增了用水性溶剂从大肠杆菌W3110中提取而得的sRNA,扩增产物能够用荧光进行检测。图1示出了阴性对照和样品的荧光比较。图1中, 表示样品,-表示阴性对照。(实施例5)来自黑松花粉的sRNA的基于等温基因扩增法的检测通过与实施例4的来自大肠杆菌的sRNA的基于等温基因扩增法的检测方法同样的操作,尝试检测来自黑松花粉的sRNA。<环化T1B-miR156的合成>通过与实施例4的T1B-EC-5p-36制作同样的方法,制作T1B-miR156。首先,从Eurofingenomics公司订购并获得作为以下核苷酸序列的合成单链DNA的引物。引物序列(序列号9):5’-CCCCAAAAAGGAGCGATGTGCTCTCTATCTTCTGAAAAGAAGCTGTTGTATTGTTGTCGAAGAAGAAAAGT-3’(5’磷酸化、HPLC纯化)除了使用序列号9的引物替代序列号6的引物以外,与实施例4同样地,获得100nM环化DNA(下面称为“环化T1B-miR156”)。<环化T2的合成>通过与实施例4相同的方法,获得环化T2。<引物P2的合成>通过与实施例4相同的方法,获得引物P2。<来自黑松花粉的sRNA的基于等温基因扩增法的检测>与实施例4相同,尝试检测来自黑松花粉的sRNA。即,使用环化T1B-miR156替代实施例4的环化T1B-EC-5p-36,使用合成miR-156(序列号4:EurofinsGenomics公司制)替代合成EC-5p-36,使用黑松花粉的水悬浮液替代大肠杆菌W3110的培养菌落的水悬浮液,除此以外,实施与实施例4同样的实验。其结果在样品(黑松花粉水悬浮液)及阳性对照(合成miR-156)中观察到黄绿色的强荧光,但在阴性对照(RNase-free水)中仅观察到来自SYBRGoldNucleicAcidGelStain的微弱的黄色荧光。由此可见,样品中,通过等温基因扩增扩增了用水性溶剂从黑松花粉中提取而得的sRNA,扩增产物能够用荧光进行检测。图2示出了阴性对照和样品的荧光比较。图2中, 表示样品,-表示阴性对照。(实施例6)提取来自尖孢镰刀菌的sRNA将尖孢镰刀菌IFO5942在LB平板上培养3天。然后,刮取菌体1mg,悬浮于含有1%RNase抑制剂(东洋纺株式会社制)的1mL水中。在悬浮后即刻或在25℃静置16小时后,将悬浮液用100KAmiconUltra0.5过滤器(MerckMillipore公司制)过滤,将10μL滤液稀释于90μL无菌水中。25℃静置16小时后,添加10μL经1000倍稀释的SYBRGoldNucleicAcidGelStain(Thermoscientific公司制)。用荧光读板器(Spectramax3i、Molecularprobes公司制),测定悬浮液的荧光(激发波长:495nm,发射波长:540nm)。悬浮后即刻的荧光强度为3.4×106RFU,2小时后升高至4.2×106RFU。由此可确定,通过将镰刀菌悬浮于水中,sRNA可自镰刀菌中释放,并且可以对其进行定量测定。(实施例7)来自大肠杆菌的sRNA(EC-5p-36)和来自尖孢镰刀菌的sRNA(fox_milRNA_5)的检测将尖孢镰刀菌IFO5942在LB平板上于25℃培养3天,之后,刮取菌体,悬浮于1mL纯水中,室温静置1小时。用纯水将静置后的尖孢镰刀菌菌体悬浮液以OD600的值成为0.01的方式进行稀释,作为OD0.01镰刀菌菌体悬浮液。此外,将大肠杆菌W3110在LB平板上于37℃培养1天,之后,刮取菌落,悬浮于100μL纯水中,室温静置1小时。用纯水将静置后的大肠杆菌W3110菌体悬浮液以OD600的值成为0.1的方式进行稀释,作为OD0.1大肠杆菌W3110菌体悬浮液。使用如此获得的菌体悬浮液,通过实时PCR法尝试EC-5p-36和fox_milRNA_5的定量。EC-5p-36sRNA(序列号1)为在大肠杆菌W3110中表达,而在尖孢镰刀菌IFO5942中不表达的sRNA。另一方面,fox_milRNA_5sRNA(序列号10;5’-UCCGGUAUGGUGUAGUGGC-3’,参见PLoSOne.2014Aug20;9(8):e104956.)为在大肠杆菌W3110中不表达,而在尖孢镰刀菌IFO5942中表达的sRNA。针对OD0.01镰刀菌菌体悬浮液以及OD0.1大肠杆菌W3110菌体悬浮液,使用1μL的样品,按照上述<基于实时PCR法的sRNA定量方法>实施实时PCR。检测对象为fox_milRNA_5的情况下,以及检测对象为EC-5p-36的情况下,分别使用具有与检测对象相对应的核苷酸序列的Taqman(注册商标)Assay引物。表4示出了通过StepOnePlus(注册商标)实时PCR系统(AppliedBiosystems公司制)获得的Ct值的结果。[表4]由表4的结果可见,能够从镰刀菌特异性地检测fox_milRNA_5,能够从大肠杆菌W3110特异性地检测EC-5p-36。此外,还显示能够通过实时PCR进行sRNA的定量检测。(实施例8)提取处理时的温度条件的研究将大肠杆菌DH5α接种至LB平板进行培养,将产生的菌落悬浮于2mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养24小时。然后,收集培养液40μL,接种到4mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养4小时。然后,将培养液以3000G离心5分钟,吸去上清液后,添加无菌水。此时,测定OD600,用无菌水调整为OD=0.1,制备大肠杆菌悬浮液。从制备的大肠杆菌悬浮液中准备3个500μL的试样,分别在5℃、25℃、或37℃静置1小时。然后,用0.22μm的过滤器过滤大肠杆菌悬浮液。以滤液中的EC-5p-36以及16SrRNA作为对象,实施逆转录反应以及实时PCR。收集1μL滤液作为RNA样品,针对EC-5p-36,根据上述<基于实时PCR法的sRNA定量方法>实施实时PCR,针对16SrRNA,根据下面记载的<基于实时PCR法的16SrRNA定量方法>实施实时PCR。表5示出了通过实时PCR法获得的Ct值的结果。可见16SrRNA均只能以低浓度进行提取。另一方面,EC-5p-36于10℃、25℃、37℃的任一温度都提取到足以进行存在的判定的量。此外,由于Ct值随着提取(浸泡)时的温度上升而降低,因此可以观察到温度越高越容易进行提取的倾向。由此可知,碱基数较少的EC-5p-36(碱基数23)Ct值低,能够稳定地进行检测。与之相对,可知碱基数较多的16SrRNA(碱基数约1500)Ct值高,难以进行检测。[表5]处理温度EC-5p-36Ct值16SrRNACt值37℃24.833.225℃27.034.410℃27.133.216SrRNA的基于实时PCR法的定量方法如下所述。<基于实时PCR法的16SrRNA定量方法>作为判定存在状态的对象的16SrRNA可以通过以下记载的方法定量。使用1μL的RNA样品,以液量成为10μL的方式进行制备。将逆转录反应在10μL的反应液中实施,该反应液为包含100nM引物(序列号13:CCGGGAACGTATTCACC)、0.4%MoloneyMurineLeukemiaVirusReverseTranscriptase(Promega制)、20%的5XReaction缓冲液、各0.4mM的dNTP、0.1%的RNase抑制剂(东洋纺株式会社制)、以及10%前述提取液(RNA样品)的液体。逆转录反应的温度曲线包括由(1)16℃30分钟、之后的(2)42℃20分钟、以及(3)85℃5分钟组成的步骤。之后,使用获得的逆转录反应溶液,实施实时PCR反应。使用2μL逆转录反应溶液,以液量成为20μL的方式进行调整。PCR的反应液使用包含300nM的引物1(序列号14:AGAGTTTGATCATGGCTCAG)、300nM的引物2(序列号15:CCGGGAACGTATTCACC)、各200μM的dNTP(CleanAmpTMHotStartdNTPMix,从Sigma-Aldrich,USA获得)(注:用MerckMillipore公司的AmiconUltra50Kcentrifugalfilter提前过滤纯化)、50mM的KCl、2.25mM的MgCl2、10mM的Tris-HCl(pH8.3)、1xEvaGreen(从BiotiumInc.CA,USA获得)、0.05单位/μL的真核生物制造的热稳定DNA聚合酶(参见JClinMicrobiol.201149(9)3316-3320)、以及10%的上述逆转录反应液的液体。该实时PCR反应的温度曲线包括在95℃进行10分钟的变性步骤后,由94℃10秒、65℃20秒、72℃30秒、以及85℃10秒组成的循环共40个循环。使用StepOnePlus(注册商标)实时PCR系统(AppliedBiosystems公司制),在reagents=“SYBRGreenreagents”、rampspeed=“Standard”的条件(除此以外为默认设定)下,通过StepOnePlus软件的自动计算算出Ct值。(实施例9)属于肠内细菌科的细菌的检测将作为属于肠内细菌科的细菌的大肠杆菌、弗氏柠檬酸杆菌以及鸡沙门氏菌的各菌接种在LB平板进行培养,将产生的菌落悬浮在2mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养24小时。然后,收集培养液40μL,接种在4mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养24小时。然后,将培养液以3000G离心5分钟,吸去上清液后,添加无菌水。此时,测定OD600,用无菌水调整为OD=1,制备菌悬浮液。从制备的菌悬浮液中准备3个500μL的试样,分别在5℃、25℃、或37℃静置1小时。然后,用0.22μm的过滤器过滤菌悬浮液。以滤液中的sRNA(EC-5p-36、EC-3p-40以及EC-5p-79)作为对象,实施逆转录反应以及实时PCR。使用滤液各1μL的样品,根据上述<基于实时PCR法的sRNA的定量方法>实施实时PCR。表6示出了通过实时PCR系统(AppliedBiosystems公司制)获得的Ct值的结果。在任一情况下,Ct值都显示为28以下,检测到作为调查对象的肠内细菌科的细菌的存在。[表6](实施例10)核酸提取液的电泳将大肠杆菌W3110接种于LB平板进行培养,将产生的菌落悬浮于2mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养24小时。然后,收集培养液100μL,接种到10mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养4小时。然后,将培养液以3000G离心5分钟,吸去上清液后,添加无菌水。此时,测定OD600,用无菌水调整为OD=1,制备菌悬浮液。将500μL的菌悬浮液在37℃静置1小时。然后,将悬浮液以3000G离心5分钟,用0.22μm的过滤器过滤上清液。混合10μL滤液和2μL的6xLoading缓冲液(TakaraBio株式会社制),添加至2%琼脂糖凝胶(LO3,TakaraBio株式会社制)中,并在TAE(含EDTA的Tris-乙酸)缓冲液中电泳。结果示于图3中。使用Geneladderwide1(NipponGene公司制)作为Ladder(右侧第2道)。使用0.01%SYBRGreenII(TakaraBio株式会社制)作为对核酸进行染色的荧光物质。左侧第1道为上样了滤液的泳道。电泳的结果,在500个碱基长度以下的区域,尤其是100个碱基长度以下的区域观察到了荧光。荧光取决于物质的浓度,如果是小分子物质,则相同荧光条件下计算得到的分子数多,因此表明100个碱基长度以下的核酸的物质浓度(分子数)特别高。(实施例11)空气中菌体的检测将大肠杆菌DH5α接种至LB平板进行培养,将产生的菌落悬浮于2mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养24小时。然后,收集培养液100μL,接种到10mL的LB培养基中,在37℃、180rpm的条件下实施振荡培养4小时。然后,将培养液以3000G离心5分钟,吸去上清液后,添加无菌水。此时,测定OD600,用无菌水调整为OD=1,制备大肠杆菌悬浮液。将得到的大肠杆菌悬浮液装入30mL容积的玻璃制喷雾中。将作为空气中菌体回收用的空培养皿(直径9cm)、作为阳性对照的含有LB固体培养基的培养皿(直径9cm)分别放在桌上,自上空30cm处通过玻璃制喷雾进行大肠杆菌悬浮液喷雾1次。含有LB固体培养基的培养皿加盖并放入37℃温箱中,培养1天。对于空培养皿而言,添加无菌水500μL,用涂布棒将无菌水涂遍整个培养皿后,回收培养皿中的液体,37℃静置1小时。根据上述<基于实时PCR法的sRNA定量方法>通过实时PCR法从来自空培养皿的回收液测定EC-5p-36的丰度时,Ct值为28以下,确认到EC-5p-36的存在。另一方面,作为阴性对照,对无菌水直接实施实时PCR法,测定EC-5p-36的丰度时,Ct值为33以上,否定了EC-5p-36的存在。此外,从作为阳性对照的LB培养皿中观察到菌落的形成。实施例11的结果显示,本公开文本所涉及的判定方法以及鉴定方法对于收集空气中的菌体而获得的测定试样也能够适用。于2019年3月4日提出申请的日本专利申请2019-38910的全部公开内容通过参照而并入本说明书中。本说明书中记载的全部文献、专利申请、和技术标准通过参照而并入本说明书中,各个文献、专利申请、和技术标准通过参照而并入的程度与具体且分别记载的情况相同。当前第1页12
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