前列腺新抗原及其用途的制作方法

前列腺新抗原及其用途
1.相关申请的交叉引用
2.本技术要求2019年10月11日提交的美国临时申请序列号62/913,969、2019年8月7日提交的美国临时申请序列号62/883,786、2019年5月22日提交的美国临时申请序列号62/851,273以及2019年1月10日提交的美国临时申请序列号62/790,673的权益，上述申请的全部内容全文以引用方式并入本文。
3.序列表
4.本技术包含经由efs
‑
web提交的序列表，其全部内容全文以引用方式并入本文。2019年12月16日创建的ascii文本文件被命名为jbi6160wopct2_st25.txt，大小为554千字节。


背景技术：

5.前列腺癌是男性中最常见的非皮肤性恶性肿瘤和西方世界里男性因为癌症的第二大主要死亡原因。前列腺癌起因于前列腺中异常细胞的失控生长。一旦前列腺癌肿瘤发展，雄激素诸如睾酮就促进前列腺癌生长。在其早期阶段，局限性前列腺癌通常用局部疗法，包括例如用外科手术切除前列腺和放射疗法进行治愈。然而，当局部疗法无法治愈前列腺癌(男性中多达三分之一)时，该疾病进展成不可治愈的转移性疾病。
6.多年来，对患有恶性去势抵抗性前列腺癌(mcrpc)的男性的既定标准是多西他赛化疗。最近，醋酸阿比特龙与泼尼松联用已被批准用于治疗转移性去势抵抗性前列腺癌。雄激素受体(ar)靶向药物诸如恩杂鲁胺也已上市，用于治疗转移性去势抵抗性前列腺癌。基于铂的化疗已在分子非选择性前列腺癌患者的多项临床研究中进行测试，但结果有限并且毒性显著。然而，仍有一部分患者最初对这些治疗没有反应或变成难治性(或产生抵抗性)。没有任何经批准的治疗方案可用于此类患者。
7.因此，仍需要针对前列腺癌的疗法，包括激素敏感性、激素初治型高风险和去势抵抗性前列腺癌。


技术实现要素：

8.本公开提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、
337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽或其片段。
9.本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、520、521、522、523、524、525、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539或540的多核苷酸序列或其片段。
10.本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
11.本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、
241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
12.本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的氨基酸序列或其片段。
13.本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
14.本公开还提供了一种载体，该载体包含
15.编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、
169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的多核苷酸；
16.seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457或458的一种或多种多核苷酸或其片段；
17.编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段；或者
18.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、
230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
19.本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组人腺病毒(rad)。
20.本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组修饰的痘苗安卡拉(rmva)。
21.本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组类人猿腺病毒(rgad)。
22.本公开还提供了一种包含本公开的载体或本公开的重组病毒或者用本公开的载体或本公开的重组病毒转导的细胞。
23.本公开还提供了一种包含本公开的多核苷酸的疫苗。
24.本公开还提供了一种包含本公开的异源多核苷酸的疫苗。
25.本公开还提供了一种包含本公开的多肽的疫苗。
26.本公开还提供了一种包含本公开的异源多肽的疫苗。
27.本公开还提供了一种包含本公开的载体的疫苗。
28.本公开还提供了一种包含本公开的rad的疫苗。
29.本公开还提供了一种包含本公开的rmva的疫苗。
30.本公开还提供了一种包含本公开的rgad的疫苗。
31.本公开还提供了一种包含本公开的细胞的疫苗。
32.本公开还提供了一种包含本公开的疫苗以及药学上可接受的载体或佐剂的药物组合物。
33.本公开还提供了一种包含本公开的一种或多种疫苗或者本公开的药物组合物的试剂盒。
34.本公开还提供了一种预防或治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的本公开的一种或多种疫苗或者本公开的一种或多种药物组合物。
35.本公开还提供了一种在受试者中诱导对seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的免疫应答的方法，该方法包
括向受试者施用本公开的一种或多种疫苗。
36.本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸编码选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段。
37.本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段。
38.本公开还提供了一种载体，该载体包含：
39.编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
40.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24、178、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、520、521、522、523、524、525、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段；
41.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
42.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
43.编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸；
44.编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸；
45.包含seq id no:542或seq id no:551的多核苷酸序列的异源多核苷酸；或者
46.包含seq id no:544或seq id no:553的多核苷酸序列的异源多核苷酸。
47.本公开还提供了一种重组人腺病毒(rad)，该重组人腺病毒包含：编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
48.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
49.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；或者
50.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段。
51.本公开还提供了一种重组类人猿腺病毒(rgad)，该重组类人猿腺病毒包含：
52.编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
53.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
54.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；或者
55.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、
525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段。
56.本公开还提供了一种重组修饰的痘苗安卡拉(rmva)，该重组修饰的痘苗安卡拉包含：
57.编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
58.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
59.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；或者
60.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段。
61.本公开还提供了一种包含rad的疫苗，该疫苗包含
62.编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
63.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
64.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；或者
65.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段。
66.本公开还提供了一种包含rgad20的疫苗，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
67.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
68.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；或者
69.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段。
70.本公开还提供了一种包含rmva的疫苗，该疫苗包含
71.编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；
72.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；
73.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段；或者
74.异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸及其片段。
75.本公开还提供了一种疫苗，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段。
76.本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括：
77.向受试者施用治疗有效量的疫苗作为引发物，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；以及
78.向受试者施用治疗有效量的疫苗作为加强物，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；从而治疗或预防受试者的前列腺癌。
79.本公开还提供了一种疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸。
80.本公开还提供了一种疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸。
81.本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
82.第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；以及
83.第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；其中第一异源多肽和第二异源多肽具有不同的氨基酸序列。
84.本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
85.第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；以及
86.第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；其中第一异源多肽和第二异源多肽具有不同的氨基酸序列。
87.本公开还提供了一种特异性结合本公开的多肽的分离的蛋白质类分子。
88.本公开还提供了一种预防或治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用本公开的蛋白质类分子。
89.应当理解，除了具体列举的多肽及其片段之外，本发明的上述实施方案还涵盖还包含另外的多肽序列的多肽，包括不同于具体列举的那些多肽的一种或多种多肽。类似地，除了具体列举的多核苷酸及其片段之外，本发明的上述实施方案还涵盖还包含另外的多核苷酸序列的多核苷酸，包括不同于具体列举的那些多核苷酸的一种或多种多核苷酸。
附图说明
90.图1示出了基因a与基因b之间的嵌合通读融合体的草图。新抗原肽序列出现在断点连接处。
91.图2示出了由染色体改变诸如dna易位产生的基因融合体的草图。
92.图3示出了具有可变5'或3'剪接位点、保留的内含子、排除的外显子或可变终止或插入的剪接变体的草图。
93.图4示出了用于鉴定剪接变体的方法的草图。
94.图5a示出了描绘在没有刺激(dmso)后pbmc样本中的tnfα

ifnγ

cd8

t细胞频率的流式细胞术点阵图。
95.图5b示出了描绘在用cef肽刺激后pbmc样本中的tnfα

ifnγ

cd8

t细胞频率的流式细胞术点阵图。
96.图5c示出了描绘在用p16刺激后pbmc样本中的tnfα

ifnγ

cd8

t细胞频率的流式细胞术点阵图。
97.图5d示出了描绘在用p98刺激后pbmc样本中的tnfα

ifnγ

cd8

t细胞频率的流式细胞术点阵图。
98.图5e示出了描绘在用p3自体抗原刺激后pbmc样本中的tnfα

ifnγ

cd8

t细胞频率的流式细胞术点阵图。
99.图6示出了pbmc样本对指定新抗原表现出阳性免疫应答的前列腺癌患者的数量。p3、p6、p7、p9和p92表示自体抗原。
100.图7示出了pbmc样本对指定新抗原表现出阳性cd4

免疫应答的前列腺癌患者的数量。
101.图8示出了pbmc样本对指定新抗原表现出阳性cd8

免疫应答的前列腺癌患者的数量。
具体实施方式
102.定义
103.本说明书中所引用的所有出版物，包括但不限于专利和专利申请均以引用方式并入本文，如同在本文中完整给出。
104.应当理解，本文所用的术语只是为了描述具体实施方案，并非旨在进行限制。除非另有定义，否则本文所用的所有技术和科学术语具有本公开所属领域的普通技术人员通常所理解的相同含义。
105.虽然本文描述了示例性材料和方法，但与本文所述的那些方法和材料类似或等同的任何方法和材料都可用于测试本公开的实践中。在描述和要求保护本公开时，将使用以下术语。
106.如本说明书和所附权利要求中所用，除非内容另有明确说明，否则单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代。因此，例如，对“一个细胞”的提及包括两个或更多个细胞的组合等等。
107.过渡术语“包括”、“基本上由
……
组成”和“由
……
组成”旨在暗示它们在专利用语中的公认含义；即，(i)“包括”与“包含”、“含有”或“其特征在于”同义，并且是包括端值在内或末端开放的，并且不排除附加的、未列出的要素或方法步骤；(ii)“由
……
组成”排除权利要求书未指定的任何要素、步骤或成分；以及(iii)“基本上由
……
组成”将权利要求的范围限制于指定的材料或步骤“以及本质上不影响受权利要求书保护的公开的基本及新颖特征的材料或步骤”。还提供了以短语“包括”(或其等同形式)描述的实施方案，如以“由
……
组成”和“基本上由
……
组成”独立描述的那些实施方案。
108.如本说明书和所附权利要求书中所用，短语“及其片段”在附加到列表时包括相关列表的一个或多个成员的片段。列表可包括马库什群组，使得例如短语“由肽a、b和c及其片段组成的组”指定或列举包括a、b、c、a的片段、b的片段和/或c的片段的马库什群组。
[0109]“分离的”是指已从产生分子的系统(诸如重组细胞)的其他组分中基本上分离和/或纯化出来的分子(诸如合成多核苷酸或多肽)的同质群体，以及已经受至少一个纯化或分离步骤的蛋白质。“分离的”是指基本上不含其他细胞材料和/或化学物质的分子，并且涵盖分离至更高纯度诸如80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％纯度的分子。
[0110]“多核苷酸”是指包含磷酸糖类主链共价连接的核苷酸链或其他等同共价化学物的合成分子。cdna是多核苷酸的典型示例。
[0111]“多肽”或“蛋白质”是指包含由肽键连接以形成多肽的至少两个氨基酸残基的分子。少于50个氨基酸的小多肽可被称为“肽”。
[0112]“免疫原性片段”是指当该片段与mhc i类或mhc ii类分子复合时被细胞毒性t淋巴细胞、辅助性t淋巴细胞或b细胞识别的多肽。
[0113]“框内”是指第一多核苷酸中密码子的阅读框与第二多核苷酸中连接在一起形成异源多核苷酸的密码子的阅读框相同。框内异源多核苷酸编码由第一多核苷酸和第二多核苷酸两者编码的异源多肽。
[0114]“免疫原性”是指包含一种或多种免疫原性片段的多肽。
[0115]“异源”是指在自然界中彼此没有相同关系的两种或更多种多核苷酸或者两种或更多种多肽。
[0116]“异源多核苷酸”是指编码如本文所述的两种或更多种新抗原的非天然存在的多核苷酸。
[0117]“异源多肽”是指包含如本文所述的两种或更多种新抗原多肽的非天然存在的多肽。
[0118]“非天然存在的”是指自然界中不存在的分子。
[0119]“载体”是指能够在生物系统内复制或可在这类系统之间移动的多核苷酸。载体多核苷酸通常含有诸如复制起点、聚腺苷酸化信号或选择标记的元件，其功能是促进这些多核苷酸在生物系统中的复制或保持。此类生物系统的示例可包括细胞、病毒、动物、植物和用能够复制载体的生物组分再造的生物系统。包含载体的多核苷酸可为dna或rna分子或这些分子的杂合分子。
[0120]“表达载体”是指可用于在生物系统或再造生物系统中以指导由存在于表达载体中的多核苷酸序列所编码的多肽进行翻译的载体。
[0121]“病毒载体”是指包含病毒来源的至少一种多核苷酸元件并且具有包装到病毒载体颗粒中的能力的载体构建体。
[0122]“新抗原”是指存在于前列腺肿瘤组织中的多肽，其具有至少一个使其与存在于非恶性组织中的对应野生型多肽不同的改变，例如经由肿瘤细胞中的突变或肿瘤细胞特异性的翻译后修饰。突变可包括移码或非移码插入或缺失、错义或无义置换、剪接位点改变、异常剪接变体、基因组重排或基因融合或者产生新抗原的任何基因组或表达改变。
[0123]“患病率”是指所研究的携带前列腺新抗原的群体的百分比。
[0124]“重组体”是指通过重组手段制备、表达、创建或分离的多核苷酸、多肽、载体、病毒和其他大分子。
[0125]“疫苗”是指有意被施用以在受体(例如，受试者)中诱导所获得性免疫的包含一种或多种免疫原性多肽、免疫原性多核苷酸或片段或其任意组合的组合物。
[0126]
疾病或障碍诸如癌症的“治疗”是指实现以下中的一者或多者：降低障碍的严重程度和/或持续时间，抑制所治疗障碍的特征性症状的恶化，限制或防止之前患有障碍的受试者中障碍的复发，或者限制或防止之前有障碍症状的受试者中症状的复发。
[0127]
疾病或障碍的“预防”意指预防受试者中发生障碍。
[0128]“治疗有效量”是指在所需剂量和时间段有效实现期望的治疗结果的量。治疗有效量可根据以下因素变化：诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重，以及治疗剂或治疗剂组
immunological interest,第5版public health service，national institutes of health，bethesda，md.，1991)、chothia(chothia等人，(1987)j mol biol196:901
‑
17)、imgt(lefranc等人，(2003)dev comp immunol 27:55
‑
77)和abm(martin和thornton j bmol biol 263:800
‑
15，1996)。描述了各种描绘和可变区编号之间的对应关系(参见例如lefranc等人,(2003)dev comp immunol 27:55
‑
77；honegger和pluckthun，j mol biol(2001)309:657
‑
70；国际免疫遗传学(imgt)数据库；web资源，http://www_imgt_org)。可用程序(诸如ucl business plc的abysis)可用于描绘cdr。除非说明书中另有明确地说明，否则如本文所用，术语“cdr”、“hcdr1”、“hcdr2”、“hcdr3”、“lcdr1”、“lcdr2”和“lcdr3”包括由任何上述方法(kabat、chothia、imgt或abm)定义的cdr。
[0140]
免疫球蛋白可根据重链恒定区氨基酸序列被指定为五种主要种类iga、igd、ige、igg和igm。iga和igg进一步细分为同种型iga1、iga2、igg1、igg2、igg3和igg4。基于其恒定域的氨基酸序列，可将任何脊椎物种的抗体轻链指定为两种完全不同的类型即κ和λ中的一种。
[0141]“抗原结合片段”是指免疫球蛋白分子的保留亲本全长抗体的抗原结合特性的部分。示例性的抗原结合片段为重链互补决定区(hcdr)1、2和/或3，轻链互补决定区(lcdr)1、2和/或3，vh，vl，vh和vl，fab，f(ab')2，fd和fv片段，以及由一个vh域或一个vl域组成的域抗体(dab)。vh和vl域可经由合成接头连接在一起以形成各种类型的单链抗体设计，其中在vh域和vl域由单独链表达的情况下，vh/vl域在分子内或分子间配对，以形成单价抗原结合位点，诸如单链fv(scfv)或双价抗体；例如在国际专利公布wo1998/44001、国际专利公布wo1988/01649、国际专利公布wo1994/13804、国际专利公布wo1992/01047中所描述的。
[0142]“单克隆抗体”是指从抗体分子的基本上同质的群体获得的抗体，即，除了可能熟知的改变诸如从抗体重链移除c端赖氨酸或翻译后修饰诸如氨基酸异构化或脱酰胺、甲硫氨酸氧化或天冬酰胺或谷氨酰胺脱酰胺之外，构成群体的各个抗体是相同的。单克隆抗体通常结合一个抗原表位。双特异性单克隆抗体结合两个不同的抗原表位。单克隆抗体可在抗体群内具有异质糖基化。单克隆抗体可以是单特异性的或多特异性的，诸如双特异性的、单价的、二价的或多价的。
[0143]“人源化抗体”是指其中至少一个cdr来源于非人物种并且至少一个框架来源于人免疫球蛋白序列的抗体。人源化抗体在框架中可包含置换，使得该框架可能不是表达的人免疫球蛋白或人免疫球蛋白种系基因序列的精确拷贝。
[0144]“人抗体”是指当施用于人受试者时被优化以具有最小限度的免疫应答的抗体。人抗体的可变区来源于人免疫球蛋白序列。如果人抗体包含恒定区或恒定区的一部分，则该恒定区也来源于人免疫球蛋白序列。如果人抗体的可变区由使用人种系免疫球蛋白或重排免疫球蛋白基因的系统获得，则该人抗体包含“来源于”人起源序列的重链可变区和轻链可变区。此类示例性系统为在噬菌体上展示的人免疫球蛋白基因文库，以及转基因非人动物，诸如携带人免疫球蛋白基因座的小鼠或大鼠。由于用于获得人抗体和人免疫球蛋白基因座的系统之间的差异，体细胞突变的引入或有意将置换引入框架或cdr中或两者，因此“人抗体”与在人中表达的免疫球蛋白相比通常包含氨基酸差异。通常，“人抗体”的氨基酸序列与由人种系免疫球蛋白基因或重排免疫球蛋白基因编码的氨基酸序列具有至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、
96％、97％、98％或99％的同一性。在一些情况下，“人抗体”可包含由人框架序列分析得到的共有框架序列(例如knappik等人，(2000)j mol biol 296:57
‑
86中所述)；或结合到展示在噬菌体上的人免疫球蛋白基因文库中的合成hcdr3(例如shi等人，(2010)j mol biol 397:385
‑
96和国际专利公布wo2009/085462中所述)。“人抗体”的定义中不包括至少一个cdr来源于非人物种的抗体。
[0145]“替代支架”是指包含与高构象耐受性可变结构域相关联的结构化核心的单链蛋白质框架。可变结构域耐受待引入的变化而会不损害支架完整性，因此可工程化和选择可变结构域以与特异性抗原结合。
[0146]“嵌合抗原受体”或“car”是指将配体或抗原特异性移植到t细胞(例如初始t细胞、中枢记忆t细胞、效应记忆t细胞、或者它们的组合)上的工程化t细胞受体。car也被称为人造t细胞受体、嵌合t细胞受体或嵌合免疫受体。car包含能够结合到抗原的胞外结构域、跨膜结构域和至少一个胞内结构域。car胞内结构域包含已知用作传输信号以引起细胞中生物过程的活化或抑制的结构域的多肽。跨膜结构域包含已知跨越细胞膜并且可起到连接胞外结构域和信号结构域的作用的任何肽或多肽。嵌合抗原受体可任选地包含铰链结构域，该铰链结构域充当胞外结构域与跨膜结构域之间的接头。
[0147]“t细胞受体”或“tcr”是指当被mhc分子递呈时能够识别肽的分子。天然存在的tcr异二聚体在大约95％的t细胞中由alpha(α)和beta(β)链组成，而大约5％的t细胞具有由gamma(γ)和delta(δ)链组成的tcr。天然tcr的每条链都是免疫球蛋白超家族的成员，并且具有一个n
‑
末端免疫球蛋白(ig)
‑
可变(v)结构域、一个ig
‑
恒定(c)结构域、跨膜/跨细胞膜区以及c
‑
末端处的短细胞质尾。tcrα链和β链的可变结构域具有三个高变区或互补决定区(cdr)cdr1、cdr2和cdr3，它们负责识别在mhc上递呈的经加工抗原。
[0148]
tcr可以是全长α/β或γ/δ异二聚体或包含tcr的胞外结构域的保持结合肽/mhc复合体的一部分的可溶性分子。可将tcr工程化成单链tcr。
[0149]“t细胞受体复合物”或“tcr复合物”是指由tcrα和tcrβ链、cd3ε、cd3γ、cd3δ和cd3ζ分子构成的已知tcr复合物。在一些情况下，tcrα和tcrβ链被tcrγ和tcrδ链替代。形成tcr复合物的各种蛋白质的氨基酸序列是熟知的。
[0150]“t细胞”和“t淋巴细胞”是可互换的，并且在本文中同义使用。t细胞包括胸腺细胞、初始t淋巴细胞、记忆t细胞、未成熟t淋巴细胞、成熟t淋巴细胞、静息t淋巴细胞或活化t淋巴细胞。t细胞可以是t辅助性(th)细胞，例如t辅助性1(th1)或t辅助性2(th2)细胞。t细胞可以是辅助性t细胞(htl；cd4

t细胞)、cd4

t细胞、细胞毒性t细胞(ctl；cd8

t细胞)、肿瘤浸润性细胞毒性t细胞(til；cd8

t细胞)、cd4

cd8

细胞或t细胞的任何其他亚群。还包括“nkt细胞”，是指表达半不变αβt细胞受体但也表达通常与nk细胞相关联的多种分子标志物(诸如nk1.1)的特化t细胞群。nkt细胞包括nk1.1

和nk1.1
‑
以及cd4

、cd4
‑
、cd8

和cd8
‑
细胞。nkt细胞上的tcr的独特之处在于它识别由mhc i样分子cd id递呈的糖脂抗原。由于nkt细胞能够产生促进炎症或免疫耐受的细胞因子，因此它们可具有保护作用或有害作用。还包括“γδt细胞”，其是指在其表面上具有不同tcr的一小部分t细胞的特化群体，并且与其中tcr由被命名为α
‑
和β
‑
tcr链的两个糖蛋白链组成的大多数t细胞不同，γδt细胞中的tcr由γ链和δ链组成。γδt细胞可在免疫监视和免疫调节中起作用，并且发现其是il
‑
17的重要来源并诱导强大的cd8

细胞毒性t细胞应答。还包括“调节性t细胞”或“treg”，其是指抑制
异常或过度免疫应答并在免疫耐受中起作用的t细胞。treg通常是转录因子foxp3
‑
阳性cd4

t细胞，并且还可包括转录因子foxp3
‑
阴性调节性t细胞，它们是产生il
‑
10的cd4

t细胞。
[0151]“自然杀伤细胞”或“nk细胞”是指具有cd 16

cd56

和/或cd57

tcr
‑
表型的分化淋巴细胞。nk的特征在于其能够给通过活化特异性溶细胞酶来结合并杀死不能表达“自身”mhc/hla抗原的细胞，能够杀死表达nk活化受体的配体的肿瘤细胞或其他患病细胞，并且能够释放称为刺激或抑制免疫应答的细胞因子的蛋白质分子。
[0152]“约”是指处于如本领域的普通技术人员所确定的特定值的可接受误差范围之内，其将部分取决于该值是如何测量或确定的，即测量系统的限制。在特定测定、结果或实施方案的上下文中，除非实施例或说明书其他地方内另有明确说明，否则“约”意指在根据本领域惯例的一个标准偏差之内、或多至5％的范围(无论哪个更大)。
[0153]“抗原递呈细胞”(apc)是指在其表面上递呈与主要组织相容性复合体分子(mhc i类或mhc ii类分子或两者)相关的抗原的任何细胞。
[0154]“引发物
‑
加强物”或“引发物
‑
加强物方案”是指治疗受试者涉及用第一疫苗引发t细胞反应然后用第二疫苗加强免疫反应的方法。第一疫苗和第二疫苗通常是不同的。这些引发物
‑
加强物免疫引发比用相同疫苗引发和加强可实现的免疫应答更高高度和宽度的免疫应答。引发步骤启动记忆细胞，并且加强步骤扩展记忆响应。加强可发生一次或多次。
[0155]“促进子元件”是指可操作地连接到多核苷酸或多肽的任何多核苷酸或多肽元件，包括启动子、增强子、多腺苷酸化信号、终止密码子、蛋白质标签诸如组氨酸标签等。本文的促进子元件包括调控元件。
[0156]
在多肽或多核苷酸序列的上下文中，“不同”指不相同的多肽或多核苷酸序列。
[0157]
物质的组成
[0158]
本公开涉及前列腺新抗原、编码所述前列腺新抗原的多核苷酸、载体、宿主细胞、包含所述新抗原或编码所述新抗原的多核苷酸的疫苗、结合所述前列腺新抗原的蛋白质类分子以及制备和使用所述它们的方法。本公开还提供包含在前列腺癌患者群体中普遍存在的本公开的前列腺新抗原的疫苗，从而提供可用于治疗已被诊断患有各种阶段的前列腺癌诸如局限性或转移性前列腺癌的广泛患者群体的pan疫苗。
[0159]
癌细胞产生由基因组改变和异常转录程序引起的新抗原。患者的新抗原负荷与对免疫疗法的应答有关(snyder等人，n engl j med.2014年12月4日；371(23):2189
‑
2199.doi:10.1056/nejmoa1406498.2014年11月19日电子版；le等人，n engl j med.2015年6月25日；372(26):2509
‑
20.doi:10.1056/nejmoa1500596.2015年5月30日电子版；rizvi等人，science.2015年4月3日；348(6230):124
‑
8.doi:10.1126/science.aaa1348.2015年3月12日电子版；van allen等人，science.2015年10月9日；350(6257):207
‑
211.doi:10.1126/science.aad0095.2015年9月10日电子版)。本公开至少部分地基于对前列腺癌患者中常见的前列腺新抗原的鉴定，因此可用于开发适合治疗一系列前列腺癌患者的疗法。本公开的一种或多种新抗原或编码新抗原的多核苷酸也可用于诊断或预后目的。
[0160]
本公开的多肽和多核苷酸
[0161]
本公开提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、
109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽或其片段。
[0162]
本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457或458的多核苷酸序列或其片段。
[0163]
本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539或540的多核苷酸序列或其片段。
[0164]
在一些实施方案中，片段包含至少18个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少21个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少24个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少27个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少30个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少33个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少36个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少39个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少42个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少45个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少48个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少51个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少54个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少57个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少60个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少63个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少66个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少69个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少72个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含至少75个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约18
个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约21个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约27个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约30个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约33个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约36个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约39个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约42个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约45个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约48个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约51个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约54个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约57个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约60个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约63个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约66个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约69个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约72个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约75个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约18
‑
75个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约21
‑
75个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
75个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
72个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
69个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
66个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
63个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
60个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
57个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
54个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
51个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
48个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
45个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约24
‑
42个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约27
‑
42个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约27
‑
39个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约27
‑
36个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约27
‑
33个核苷酸。在一些实施方案中，片段包含约27
‑
30个核苷酸。
[0165]
本公开的多核苷酸和异源多核苷酸编码前列腺新抗原和包含本文所述的两种或更多种前列腺新抗原的异源多肽。本公开的多核苷酸和异源多核苷酸可用于产生本公开的多肽、异源多肽、载体、重组病毒、细胞和疫苗。本公开的多核苷酸和异源多核苷酸可通过使用各种技术(包括如本文所述的病毒载体或同样如本文所述的其他递送技术)将它们递送给患有前列腺癌的受试者而用作治疗剂。
[0166]
本公开还提供了一种编码seq id no:1的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:1的多肽或其片段由seq id no:2的多核苷酸或其片段编码。
[0167]
本公开还提供了一种编码seq id no:3的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:3的多肽或其片段由seq id no:4的多核苷酸或其片段编码。
[0168]
本公开还提供了一种编码seq id no:5的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:5的多肽或其片段由seq id no:6的多核苷酸或其片段编码。
[0169]
本公开还提供了一种编码seq id no:7的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:7的多肽或其片段由seq id no:8的多核苷酸或其片段编码。
[0170]
本公开还提供了一种编码seq id no:9的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:9的多肽或其片段由seq id no:10的多核苷酸或其片段编码。
[0171]
本公开还提供了一种编码seq id no:11的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:11的多肽或其片段由seq id no:12的多核苷酸或其片段编码。
[0172]
本公开还提供了一种编码seq id no:13的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:13的多肽或其片段由seq id no:14的多核苷酸或其片段编码。
[0173]
本公开还提供了一种编码seq id no:15的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:15的多肽或其片段由seq id no:16的多核苷酸或其片段编码。
[0174]
本公开还提供了一种编码seq id no:17的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:17的多肽或其片段由seq id no:18的多核苷酸或其片段编码。
[0175]
本公开还提供了一种编码seq id no:19的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:19的多肽或其片段由seq id no:20的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:19的多肽或其片段由seq id no:497的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:19的多肽或其片段由seq id no:538的多核苷酸或其片段编码。
[0176]
本公开还提供了一种编码seq id no:21的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:21的多肽或其片段由seq id no:22的多核苷酸或其片段编码。
[0177]
本公开还提供了一种编码seq id no:23的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:23的多肽或其片段由seq id no:24的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:23的多肽或其片段由seq id no:498的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:23的多肽或其片段由seq id no:539的多核苷酸或其片段编码。
[0178]
本公开还提供了一种编码seq id no:25的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:25的多肽或其片段由seq id no:26的多核苷酸或其片段编码。
[0179]
本公开还提供了一种编码seq id no:27的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:27的多肽或其片段由seq id no:28的多核苷酸或其片段编码。
[0180]
本公开还提供了一种编码seq id no:29的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:29的多肽或其片段由seq id no:30的多核苷酸或其片段编码。
[0181]
本公开还提供了一种编码seq id no:31的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:31的多肽或其片段由seq id no:32的多核苷酸或其片段编码。
[0182]
本公开还提供了一种编码seq id no:33的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:33的多肽或其片段由seq id no:34的多核苷酸或其片段编码。
[0183]
本公开还提供了一种编码seq id no:35的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:35的多肽或其片段由seq id no:36的多核苷酸或其片段编码。
[0184]
本公开还提供了一种编码seq id no:37的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:37的多肽或其片段由seq id no:38的多核苷酸或其片段编码。
[0185]
本公开还提供了一种编码seq id no:39的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:39的多肽或其片段由seq id no:40的多核苷酸或其片段编码。
[0186]
本公开还提供了一种编码seq id no:41的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:41的多肽或其片段由seq id no:42的多核苷酸或其片段编码。
[0187]
本公开还提供了一种编码seq id no:43的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:43的多肽或其片段由seq id no:44的多核苷酸或其片段编码。
[0188]
本公开还提供了一种编码seq id no:45的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:45的多肽或其片段由seq id no:46的多核苷酸或其片段编码。
[0189]
本公开还提供了一种编码seq id no:47的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一
些实施方案中，seq id no:47的多肽或其片段由seq id no:48的多核苷酸或其片段编码。
[0190]
本公开还提供了一种编码seq id no:49的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:49的多肽或其片段由seq id no:50的多核苷酸或其片段编码。
[0191]
本公开还提供了一种编码seq id no:51的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:51的多肽或其片段由seq id no:52的多核苷酸或其片段编码。
[0192]
本公开还提供了一种编码seq id no:53的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:53的多肽或其片段由seq id no:54的多核苷酸或其片段编码。
[0193]
本公开还提供了一种编码seq id no:55的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:55的多肽或其片段由seq id no:56的多核苷酸或其片段编码。
[0194]
本公开还提供了一种编码seq id no:57的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:57的多肽或其片段由seq id no:58的多核苷酸或其片段编码。
[0195]
本公开还提供了一种编码seq id no:59的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:59的多肽或其片段由seq id no:60的多核苷酸或其片段编码。
[0196]
本公开还提供了一种编码seq id no:61的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:61的多肽或其片段由seq id no:62的多核苷酸或其片段编码。
[0197]
本公开还提供了一种编码seq id no:63的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:63的多肽或其片段由seq id no:64的多核苷酸或其片段编码。
[0198]
本公开还提供了一种编码seq id no:65的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:65的多肽或其片段由seq id no:66的多核苷酸或其片段编码。
[0199]
本公开还提供了一种编码seq id no:67的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:67的多肽或其片段由seq id no:68的多核苷酸或其片段编码。
[0200]
本公开还提供了一种编码seq id no:69的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:69的多肽或其片段由seq id no:70的多核苷酸或其片段编码。
[0201]
本公开还提供了一种编码seq id no:71的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:71的多肽或其片段由seq id no:72的多核苷酸或其片段编码。
[0202]
本公开还提供了一种编码seq id no:73的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:73的多肽或其片段由seq id no:74的多核苷酸或其片段编码。
[0203]
本公开还提供了一种编码seq id no:75的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:75的多肽或其片段由seq id no:76的多核苷酸或其片段编码。
[0204]
本公开还提供了一种编码seq id no:77的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:77的多肽或其片段由seq id no:78的多核苷酸或其片段编码。
[0205]
本公开还提供了一种编码seq id no:79的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:79的多肽或其片段由seq id no:80的多核苷酸或其片段编码。
[0206]
本公开还提供了一种编码seq id no:81的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:81的多肽或其片段由seq id no:82的多核苷酸或其片段编码。
[0207]
本公开还提供了一种编码seq id no:83的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:83的多肽或其片段由seq id no:84的多核苷酸或其片段编码。
[0208]
本公开还提供了一种编码seq id no:85的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:85的多肽或其片段由seq id no:86的多核苷酸或其片段编码。
[0209]
本公开还提供了一种编码seq id no:87的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:87的多肽或其片段由seq id no:88的多核苷酸或其片段编码。
[0210]
本公开还提供了一种编码seq id no:89的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:89的多肽或其片段由seq id no:90的多核苷酸或其片段编码。
[0211]
本公开还提供了一种编码seq id no:91的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:91的多肽或其片段由seq id no:92的多核苷酸或其片段编码。
[0212]
本公开还提供了一种编码seq id no:93的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:93的多肽或其片段由seq id no:94的多核苷酸或其片段编码。
[0213]
本公开还提供了一种编码seq id no:95的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:95的多肽或其片段由seq id no:96的多核苷酸或其片段编码。
[0214]
本公开还提供了一种编码seq id no:97的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:97的多肽或其片段由seq id no:98的多核苷酸或其片段编码。
[0215]
本公开还提供了一种编码seq id no:99的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:99的多肽或其片段由seq id no:100的多核苷酸或其片段编码。
[0216]
本公开还提供了一种编码seq id no:101的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:101的多肽或其片段由seq id no:102的多核苷酸或其片段编码。
[0217]
本公开还提供了一种编码seq id no:103的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:103的多肽或其片段由seq id no:104的多核苷酸或其片段编码。
[0218]
本公开还提供了一种编码seq id no:105的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:105的多肽或其片段由seq id no:106的多核苷酸或其片段编码。
[0219]
本公开还提供了一种编码seq id no:107的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:107的多肽或其片段由seq id no:108的多核苷酸或其片段编码。
[0220]
本公开还提供了一种编码seq id no:109的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:109的多肽或其片段由seq id no:110的多核苷酸或其片段编码。
[0221]
本公开还提供了一种编码seq id no:111的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:111的多肽或其片段由seq id no:112的多核苷酸或其片段编码。
[0222]
本公开还提供了一种编码seq id no:113的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:113的多肽或其片段由seq id no:114的多核苷酸或其片段编码。
[0223]
本公开还提供了一种编码seq id no:115的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:115的多肽或其片段由seq id no:116的多核苷酸或其片段编码。
[0224]
本公开还提供了一种编码seq id no:117的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在
一些实施方案中，seq id no:117的多肽或其片段由seq id no:118的多核苷酸或其片段编码。
[0225]
本公开还提供了一种编码seq id no:119的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:119的多肽或其片段由seq id no:120的多核苷酸或其片段编码。
[0226]
本公开还提供了一种编码seq id no:121的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:121的多肽或其片段由seq id no:122的多核苷酸或其片段编码。
[0227]
本公开还提供了一种编码seq id no:123的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:123的多肽或其片段由seq id no:124的多核苷酸或其片段编码。
[0228]
本公开还提供了一种编码seq id no:125的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:125的多肽或其片段由seq id no:126的多核苷酸或其片段编码。
[0229]
本公开还提供了一种编码seq id no:127的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:127的多肽或其片段由seq id no:128的多核苷酸或其片段编码。
[0230]
本公开还提供了一种编码seq id no:129的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:129的多肽或其片段由seq id no:130的多核苷酸或其片段编码。
[0231]
本公开还提供了一种编码seq id no:131的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:131的多肽或其片段由seq id no:132的多核苷酸或其片段编码。
[0232]
本公开还提供了一种编码seq id no:133的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:133的多肽或其片段由seq id no:134的多核苷酸或其片段编码。
[0233]
本公开还提供了一种编码seq id no:135的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:135的多肽或其片段由seq id no:136的多核苷酸或其片段编码。
[0234]
本公开还提供了一种编码seq id no:137的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:137的多肽或其片段由seq id no:138的多核苷酸或其片段编码。
[0235]
本公开还提供了一种编码seq id no:139的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:139的多肽或其片段由seq id no:140的多核苷酸或其片段编码。
[0236]
本公开还提供了一种编码seq id no:141的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:141的多肽或其片段由seq id no:142的多核苷酸或其片段编码。
[0237]
本公开还提供了一种编码seq id no:143的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在
一些实施方案中，seq id no:143的多肽或其片段由seq id no:144的多核苷酸或其片段编码。
[0238]
本公开还提供了一种编码seq id no:145的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:145的多肽或其片段由seq id no:146的多核苷酸或其片段编码。
[0239]
本公开还提供了一种编码seq id no:147的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:147的多肽或其片段由seq id no:148的多核苷酸或其片段编码。
[0240]
本公开还提供了一种编码seq id no:149的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:149的多肽或其片段由seq id no:150的多核苷酸或其片段编码。
[0241]
本公开还提供了一种编码seq id no:151的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:151的多肽或其片段由seq id no:152的多核苷酸或其片段编码。
[0242]
本公开还提供了一种编码seq id no:153的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:153的多肽或其片段由seq id no:154的多核苷酸或其片段编码。
[0243]
本公开还提供了一种编码seq id no:155的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:155的多肽或其片段由seq id no:156的多核苷酸或其片段编码。
[0244]
本公开还提供了一种编码seq id no:157的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:157的多肽或其片段由seq id no:158的多核苷酸或其片段编码。
[0245]
本公开还提供了一种编码seq id no:159的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:159的多肽或其片段由seq id no:160的多核苷酸或其片段编码。
[0246]
本公开还提供了一种编码seq id no:161的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:161的多肽或其片段由seq id no:162的多核苷酸或其片段编码。
[0247]
本公开还提供了一种编码seq id no:163的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:163的多肽或其片段由seq id no:164的多核苷酸或其片段编码。
[0248]
本公开还提供了一种编码seq id no:165的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:165的多肽或其片段由seq id no:166的多核苷酸或其片段编码。
[0249]
本公开还提供了一种编码seq id no:167的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:167的多肽或其片段由seq id no:168的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:167的多肽或其片段由seq id no:495的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:167的多肽或其片段由seq id no:536的多核苷
酸或其片段编码。
[0250]
本公开还提供了一种编码seq id no:169的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:169的多肽或其片段由seq id no:170的多核苷酸或其片段编码。
[0251]
本公开还提供了一种编码seq id no:171的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:171的多肽或其片段由seq id no:172的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:171的多肽或其片段由seq id no:496的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:171的多肽或其片段由seq id no:537的多核苷酸或其片段编码。
[0252]
本公开还提供了一种编码seq id no:173的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:173的多肽或其片段由seq id no:174的多核苷酸或其片段编码。
[0253]
本公开还提供了一种编码seq id no:175的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:175的多肽或其片段由seq id no:176的多核苷酸或其片段编码。
[0254]
本公开还提供了一种编码seq id no:177的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:177的多肽或其片段由seq id no:178的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:177的多肽或其片段由seq id no:499的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:177的多肽或其片段由seq id no:540的多核苷酸或其片段编码。
[0255]
本公开还提供了一种编码seq id no:179的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:179的多肽或其片段由seq id no:180的多核苷酸或其片段编码。
[0256]
本公开还提供了一种编码seq id no:181的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:181的多肽或其片段由seq id no:182的多核苷酸或其片段编码。
[0257]
本公开还提供了一种编码seq id no:183的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:183的多肽或其片段由seq id no:184的多核苷酸或其片段编码。
[0258]
本公开还提供了一种编码seq id no:185的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:185的多肽或其片段由seq id no:186的多核苷酸或其片段编码。
[0259]
本公开还提供了一种编码seq id no:187的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:187的多肽或其片段由seq id no:188的多核苷酸或其片段编码。
[0260]
本公开还提供了一种编码seq id no:189的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:189的多肽或其片段由seq id no:190的多核苷酸或其片段编码。
[0261]
本公开还提供了一种编码seq id no:191的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在
一些实施方案中，seq id no:191的多肽或其片段由seq id no:192的多核苷酸或其片段编码。
[0262]
本公开还提供了一种编码seq id no:193的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:193的多肽或其片段由seq id no:194的多核苷酸或其片段编码。
[0263]
本公开还提供了一种编码seq id no:195的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:195的多肽或其片段由seq id no:196的多核苷酸或其片段编码。
[0264]
本公开还提供了一种编码seq id no:197的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:197的多肽或其片段由seq id no:198的多核苷酸或其片段编码。
[0265]
本公开还提供了一种编码seq id no:199的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:199的多肽或其片段由seq id no:200的多核苷酸或其片段编码。
[0266]
本公开还提供了一种编码seq id no:201的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:201的多肽或其片段由seq id no:202的多核苷酸或其片段编码。
[0267]
本公开还提供了一种编码seq id no:203的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:203的多肽或其片段由seq id no:204的多核苷酸或其片段编码。
[0268]
本公开还提供了一种编码seq id no:205的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:205的多肽或其片段由seq id no:206的多核苷酸或其片段编码。
[0269]
本公开还提供了一种编码seq id no:207的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:207的多肽或其片段由seq id no:208的多核苷酸或其片段编码。
[0270]
本公开还提供了一种编码seq id no:209的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:209的多肽或其片段由seq id no:210的多核苷酸或其片段编码。
[0271]
本公开还提供了一种编码seq id no:211的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:211的多肽或其片段由seq id no:212的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:211的多肽或其片段由seq id no:484的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:211的多肽或其片段由seq id no:525的多核苷酸或其片段编码。
[0272]
本公开还提供了一种编码seq id no:213的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:213的多肽或其片段由seq id no:214的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:213的多肽或其片段由seq id no:486的多核苷酸或其片段编码。
[0273]
本公开还提供了一种编码seq id no:215的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在
一些实施方案中，seq id no:215的多肽或其片段由seq id no:216的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:215的多肽或其片段由seq id no:487的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:215的多肽或其片段由seq id no:528的多核苷酸或其片段编码。
[0274]
本公开还提供了一种编码seq id no:217的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:217的多肽或其片段由seq id no:218的多核苷酸或其片段编码。
[0275]
本公开还提供了一种编码seq id no:219的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:219的多肽或其片段由seq id no:220的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:219的多肽或其片段由seq id no:489的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:219的多肽或其片段由seq id no:530的多核苷酸或其片段编码。
[0276]
本公开还提供了一种编码seq id no:221的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:221的多肽或其片段由seq id no:222的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:221的多肽或其片段由seq id no:488的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:221的多肽或其片段由seq id no:529的多核苷酸或其片段编码。
[0277]
本公开还提供了一种编码seq id no:223的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:223的多肽或其片段由seq id no:224的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:223的多肽或其片段由seq id no:494的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:223的多肽或其片段由seq id no:535的多核苷酸或其片段编码。
[0278]
本公开还提供了一种编码seq id no:225的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:225的多肽或其片段由seq id no:226的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:225的多肽或其片段由seq id no:490的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:225的多肽或其片段由seq id no:531的多核苷酸或其片段编码。
[0279]
本公开还提供了一种编码seq id no:227的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:227的多肽或其片段由seq id no:228的多核苷酸或其片段编码。
[0280]
本公开还提供了一种编码seq id no:229的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:229的多肽或其片段由seq id no:230的多核苷酸或其片段编码。
[0281]
本公开还提供了一种编码seq id no:231的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:231的多肽或其片段由seq id no:232的多核苷酸或其片段编码。
[0282]
本公开还提供了一种编码seq id no:233的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:233的多肽或其片段由seq id no:234的多核苷酸或其片段编码。
[0283]
本公开还提供了一种编码seq id no:235的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:235的多肽或其片段由seq id no:236的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:235的多肽或其片段由seq id no:493的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:235的多肽或其片段由seq id no:534的多核苷酸或其片段编码。
[0284]
本公开还提供了一种编码seq id no:237的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:237的多肽或其片段由seq id no:238的多核苷酸或其片段编码。
[0285]
本公开还提供了一种编码seq id no:239的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:239的多肽或其片段由seq id no:240的多核苷酸或其片段编码。
[0286]
本公开还提供了一种编码seq id no:241的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:241的多肽或其片段由seq id no:242的多核苷酸或其片段编码。
[0287]
本公开还提供了一种编码seq id no:243的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:243的多肽或其片段由seq id no:244的多核苷酸或其片段编码。
[0288]
本公开还提供了一种编码seq id no:245的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:245的多肽或其片段由seq id no:246的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:245的多肽或其片段由seq id no:470的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:245的多肽或其片段由seq id no:511的多核苷酸或其片段编码。
[0289]
本公开还提供了一种编码seq id no:247的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:247的多肽或其片段由seq id no:248的多核苷酸或其片段编码。
[0290]
本公开还提供了一种编码seq id no:249的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:249的多肽或其片段由seq id no:250的多核苷酸或其片段编码。
[0291]
本公开还提供了一种编码seq id no:251的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:251的多肽或其片段由seq id no:252的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:251的多肽或其片段由seq id no:469的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:251的多肽或其片段由seq id no:510的多核苷酸或其片段编码。
[0292]
本公开还提供了一种编码seq id no:253的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:253的多肽或其片段由seq id no:254的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:253的多肽或其片段由seq id no:464的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:253的多肽或其片段由seq id no:505的多核苷酸或其片段编码。
[0293]
本公开还提供了一种编码seq id no:255的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在
一些实施方案中，seq id no:255的多肽或其片段由seq id no:256的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:255的多肽或其片段由seq id no:474的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:255的多肽或其片段由seq id no:515的多核苷酸或其片段编码。
[0294]
本公开还提供了一种编码seq id no:257的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:257的多肽或其片段由seq id no:258的多核苷酸或其片段编码。
[0295]
本公开还提供了一种编码seq id no:259的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:259的多肽或其片段由seq id no:260的多核苷酸或其片段编码。
[0296]
本公开还提供了一种编码seq id no:261的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:261的多肽或其片段由seq id no:262的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:261的多肽或其片段由seq id no:471的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:261的多肽或其片段由seq id no:512的多核苷酸或其片段编码。
[0297]
本公开还提供了一种编码seq id no:263的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:263的多肽或其片段由seq id no:264的多核苷酸或其片段编码。
[0298]
本公开还提供了一种编码seq id no:265的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:265的多肽或其片段由seq id no:266的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:265的多肽或其片段由seq id no:472的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:265的多肽或其片段由seq id no:513的多核苷酸或其片段编码。
[0299]
本公开还提供了一种编码seq id no:267的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:267的多肽或其片段由seq id no:268的多核苷酸或其片段编码。
[0300]
本公开还提供了一种编码seq id no:269的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:269的多肽或其片段由seq id no:270的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:269的多肽或其片段由seq id no:463的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:269的多肽或其片段由seq id no:504的多核苷酸或其片段编码。
[0301]
本公开还提供了一种编码seq id no:271的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:271的多肽或其片段由seq id no:272的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:271的多肽或其片段由seq id no:465的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:271的多肽或其片段由seq id no:508的多核苷酸或其片段编码。
[0302]
本公开还提供了一种编码seq id no:273的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:273的多肽或其片段由seq id no:274的多核苷酸或其片段编码。
[0303]
本公开还提供了一种编码seq id no:275的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:275的多肽或其片段由seq id no:276的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:275的多肽或其片段由seq id no:459的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:275的多肽或其片段由seq id no:500的多核苷酸或其片段编码。
[0304]
本公开还提供了一种编码seq id no:277的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:277的多肽或其片段由seq id no:278的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:277的多肽或其片段由seq id no:475的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:277的多肽或其片段由seq id no:516的多核苷酸或其片段编码。
[0305]
本公开还提供了一种编码seq id no:279的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:279的多肽或其片段由seq id no:280的多核苷酸或其片段编码。
[0306]
本公开还提供了一种编码seq id no:281的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:281的多肽或其片段由seq id no:282的多核苷酸或其片段编码。
[0307]
本公开还提供了一种编码seq id no:283的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:283的多肽或其片段由seq id no:284的多核苷酸或其片段编码。
[0308]
本公开还提供了一种编码seq id no:285的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:285的多肽或其片段由seq id no:286的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:285的多肽或其片段由seq id no:477的多核苷酸或其片段编码。
[0309]
本公开还提供了一种编码seq id no:287的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:287的多肽或其片段由seq id no:288的多核苷酸或其片段编码。
[0310]
本公开还提供了一种编码seq id no:289的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:289的多肽或其片段由seq id no:290的多核苷酸或其片段编码。
[0311]
本公开还提供了一种编码seq id no:291的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:291的多肽或其片段由seq id no:292的多核苷酸或其片段编码。
[0312]
本公开还提供了一种编码seq id no:293的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:293的多肽或其片段由seq id no:294的多核苷酸或其片段编码。
[0313]
本公开还提供了一种编码seq id no:295的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:295的多肽或其片段由seq id no:296的多核苷酸或其片段编码。
[0314]
本公开还提供了一种编码seq id no:297的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在
一些实施方案中，seq id no:297的多肽或其片段由seq id no:298的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:297的多肽或其片段由seq id no:476的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:297的多肽或其片段由seq id no:517的多核苷酸或其片段编码。
[0315]
本公开还提供了一种编码seq id no:299的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:299的多肽或其片段由seq id no:300的多核苷酸或其片段编码。
[0316]
本公开还提供了一种编码seq id no:301的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:301的多肽或其片段由seq id no:302的多核苷酸或其片段编码。
[0317]
本公开还提供了一种编码seq id no:303的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:303的多肽或其片段由seq id no:304的多核苷酸或其片段编码。
[0318]
本公开还提供了一种编码seq id no:305的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:305的多肽或其片段由seq id no:306的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:305的多肽或其片段由seq id no:468的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:305的多肽或其片段由seq id no:509的多核苷酸或其片段编码。
[0319]
本公开还提供了一种编码seq id no:307的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:307的多肽或其片段由seq id no:308的多核苷酸或其片段编码。
[0320]
本公开还提供了一种编码seq id no:309的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:309的多肽或其片段由seq id no:310的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:309的多肽或其片段由seq id no:465的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:309的多肽或其片段由seq id no:506的多核苷酸或其片段编码。
[0321]
本公开还提供了一种编码seq id no:311的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:311的多肽或其片段由seq id no:312的多核苷酸或其片段编码。
[0322]
本公开还提供了一种编码seq id no:313的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:313的多肽或其片段由seq id no:314的多核苷酸或其片段编码。
[0323]
本公开还提供了一种编码seq id no:315的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:315的多肽或其片段由seq id no:316的多核苷酸或其片段编码。
[0324]
本公开还提供了一种编码seq id no:317的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:317的多肽或其片段由seq id no:318的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:317的多肽或其片段由seq id no:473的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:317的多肽或其片段由seq id no:514的多核苷
酸或其片段编码。
[0325]
本公开还提供了一种编码seq id no:319的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:319的多肽或其片段由seq id no:320的多核苷酸或其片段编码。
[0326]
本公开还提供了一种编码seq id no:321的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:321的多肽或其片段由seq id no:322的多核苷酸或其片段编码。
[0327]
本公开还提供了一种编码seq id no:323的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:323的多肽或其片段由seq id no:324的多核苷酸或其片段编码。
[0328]
本公开还提供了一种编码seq id no:325的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:325的多肽或其片段由seq id no:326的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:325的多肽或其片段由seq id no:466的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:325的多肽或其片段由seq id no:507的多核苷酸或其片段编码。
[0329]
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[0330]
本公开还提供了一种编码seq id no:329的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:329的多肽或其片段由seq id no:330的多核苷酸或其片段编码。
[0331]
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[0332]
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[0333]
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[0334]
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[0335]
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[0336]
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[0337]
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[0338]
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[0339]
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[0340]
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[0341]
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[0342]
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[0343]
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[0344]
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[0345]
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[0346]
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码。
[0347]
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[0348]
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[0349]
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[0350]
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[0351]
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[0352]
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[0353]
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[0354]
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[0355]
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[0356]
本公开还提供了一种编码seq id no:383的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:383的多肽或其片段由seq id no:384的多核苷酸或其片段编码。
[0357]
本公开还提供了一种编码seq id no:385的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:385的多肽或其片段由seq id no:386的多核苷酸或其片段编码。
[0358]
本公开还提供了一种编码seq id no:387的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0359]
本公开还提供了一种编码seq id no:388的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0360]
本公开还提供了一种编码seq id no:389的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0361]
本公开还提供了一种编码seq id no:390的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0362]
本公开还提供了一种编码seq id no:391的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0363]
本公开还提供了一种编码seq id no:392的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0364]
本公开还提供了一种编码seq id no:393的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0365]
本公开还提供了一种编码seq id no:394的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0366]
本公开还提供了一种编码seq id no:395的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0367]
本公开还提供了一种编码seq id no:396的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0368]
本公开还提供了一种编码seq id no:397的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0369]
本公开还提供了一种编码seq id no:398的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0370]
本公开还提供了一种编码seq id no:399的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0371]
本公开还提供了一种编码seq id no:400的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0372]
本公开还提供了一种编码seq id no:401的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0373]
本公开还提供了一种编码seq id no:402的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0374]
本公开还提供了一种编码seq id no:403的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0375]
本公开还提供了一种编码seq id no:404的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0376]
本公开还提供了一种编码seq id no:405的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0377]
本公开还提供了一种编码seq id no:406的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0378]
本公开还提供了一种编码seq id no:407的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0379]
本公开还提供了一种编码seq id no:408的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0380]
本公开还提供了一种编码seq id no:426的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0381]
本公开还提供了一种编码seq id no:427的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0382]
本公开还提供了一种编码seq id no:428的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0383]
本公开还提供了一种编码seq id no:429的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0384]
本公开还提供了一种编码seq id no:430的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0385]
本公开还提供了一种编码seq id no:431的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0386]
本公开还提供了一种编码seq id no:432的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0387]
本公开还提供了一种编码seq id no:433的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0388]
本公开还提供了一种编码seq id no:434的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0389]
本公开还提供了一种编码seq id no:435的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0390]
本公开还提供了一种编码seq id no:436的多肽或其片段的分离的多核苷酸。
[0391]
本公开还提供了一种编码seq id no:437的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:437的多肽或其片段由seq id no:448的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:437的多肽或其片段由seq id no:478的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:437的多肽或其片段由seq id no:519的多核苷酸或其片段编码。
[0392]
本公开还提供了一种编码seq id no:438的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:438的多肽或其片段由seq id no:449的多核苷酸或其片段编
码。
[0393]
本公开还提供了一种编码seq id no:439的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:439的多肽或其片段由seq id no:450的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:439的多肽或其片段由seq id no:479的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:439的多肽或其片段由seq id no:520的多核苷酸或其片段编码。
[0394]
本公开还提供了一种编码seq id no:440的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:440的多肽或其片段由seq id no:451的多核苷酸或其片段编码。
[0395]
本公开还提供了一种编码seq id no:441的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:441的多肽或其片段由seq id no:452的多核苷酸或其片段编码。
[0396]
本公开还提供了一种编码seq id no:442的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:442的多肽或其片段由seq id no:453的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:442的多肽或其片段由seq id no:480的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:442的多肽或其片段由seq id no:521的多核苷酸或其片段编码。
[0397]
本公开还提供了一种编码seq id no:443的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:443的多肽或其片段由seq id no:454的多核苷酸或其片段编码。
[0398]
本公开还提供了一种编码seq id no:444的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:444的多肽或其片段由seq id no:455的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:444的多肽或其片段由seq id no:481的多核苷酸或其片段编码。在一些实施方案中，seq id no:444的多肽或其片段由seq id no:522的多核苷酸或其片段编码。
[0399]
本公开还提供了一种编码seq id no:445的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:445的多肽或其片段由seq id no:456的多核苷酸或其片段编码。
[0400]
本公开还提供了一种编码seq id no:446的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:446的多肽或其片段由seq id no:457的多核苷酸或其片段编码。
[0401]
本公开还提供了一种编码seq id no:447的多肽或其片段的分离的多核苷酸。在一些实施方案中，seq id no:447的多肽或其片段由seq id no:458的多核苷酸或其片段编码。
[0402]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是框内异源多核苷酸。
[0403]
本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、
id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0409]
本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0410]
在一些实施方案中，分离的异源多核苷酸是框内异源多核苷酸。
[0411]
在一些实施方案中，片段在长度上包含约6
‑
24个氨基酸。
[0412]
在一些实施方案中，片段包含至少6个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少7个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少8个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少9个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少10个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少11个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少12个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少13个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少14个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少15个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少16个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少17个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少18个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少19个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少20个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少21个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少22个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少23个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少24个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含至少25个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约6个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约7个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约9个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约10个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约11个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约12个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约13个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约14个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约15个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约16个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约17个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约18个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约19个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约20个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约21个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约22个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约23个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约24个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约25个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约6
‑
25个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约7
‑
25个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
25个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
24个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
23个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
22个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
21个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
20个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
19个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
18个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
17个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
16个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
15个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约8
‑
14个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约9
‑
14个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约9
‑
13个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约9
‑
12个氨基酸。在一些实施方案中，片段包含约9
‑
11个氨基酸。在一些
实施方案中，片段包含约9
‑
10个氨基酸。
[0413]
在一些实施方案中，片段包含seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621。
[0414]
在一些实施方案中，片段包含seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548。
[0415]
在一些实施方案中，片段是免疫原性片段。
[0416]
免疫原性片段一般是活化t细胞的肽，例如当在mhc上递呈时诱导细胞毒性t细胞的那些肽。用于评估t细胞的活化和/或细胞毒性t淋巴细胞的诱导的方法是熟知的。在示例性测定中，在存在测试新抗原或其片段以及il
‑
25的情况下，体外培养从前列腺癌患者分离的pbmc。可用il
‑
15和il
‑
2定期补充培养物并再培养12天。在第12天，用测试新抗原或其片段再刺激培养物，第二天，可通过在与对照培养物进行比较时测量ifnγ

tnaα

cd8

细胞的百分比来评估t细胞活化。
[0417]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、
379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的氨基酸序列或其片段。
[0418]
在一些实施方案中，多肽由seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457或458的多核苷酸序列或其片段编码。
[0419]
在一些实施方案中，多肽由seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498或499的多核苷酸序列或其片段编码。
[0420]
在一些实施方案中，多肽由seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539或540的多核苷酸序列或其片段编码。
[0421]
本公开的多肽和异源多肽包含本文所述的一种或多种前列腺新抗原。本公开的多肽和异源多肽可用于产生本公开的重组病毒、细胞和疫苗以及特异性结合本公开的一种或多种前列腺新抗原的蛋白质类分子，或者可通过使用各种技术将它们递送给患有前列腺癌的受试者而直接用作治疗剂。可使用标准克隆方法以任何顺序将两种或更多种新抗原(例如多肽)掺入疫苗中。
[0422]
本公开还提供了一种包含seq id no:1的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0423]
本公开还提供了一种包含seq id no:3的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0424]
本公开还提供了一种包含seq id no:5的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0425]
本公开还提供了一种包含seq id no:7的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0426]
本公开还提供了一种包含seq id no:9的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0427]
本公开还提供了一种包含seq id no:11的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0428]
本公开还提供了一种包含seq id no:13的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0429]
本公开还提供了一种包含seq id no:15的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0430]
本公开还提供了一种包含seq id no:17的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0431]
本公开还提供了一种包含seq id no:19的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0432]
本公开还提供了一种包含seq id no:21的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0433]
本公开还提供了一种包含seq id no:23的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
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本公开还提供了一种包含seq id no:25的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0435]
本公开还提供了一种包含seq id no:27的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0436]
本公开还提供了一种包含seq id no:29的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
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本公开还提供了一种包含seq id no:33的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
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[0682]
本公开还提供了一种包含seq id no:584的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0683]
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[0684]
本公开还提供了一种包含seq id no:586的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0685]
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[0686]
本公开还提供了一种包含seq id no:588的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0687]
本公开还提供了一种包含seq id no:589的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0688]
本公开还提供了一种包含seq id no:590的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0689]
本公开还提供了一种包含seq id no:591的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0690]
本公开还提供了一种包含seq id no:592的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0691]
本公开还提供了一种包含seq id no:593的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0692]
本公开还提供了一种包含seq id no:594的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0693]
本公开还提供了一种包含seq id no:595的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0694]
本公开还提供了一种包含seq id no:596的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0695]
本公开还提供了一种包含seq id no:597的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0696]
本公开还提供了一种包含seq id no:598的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0697]
本公开还提供了一种包含seq id no:599的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0698]
本公开还提供了一种包含seq id no:600的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0699]
本公开还提供了一种包含seq id no:601的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0700]
本公开还提供了一种包含seq id no:602的氨基酸序列或其片段的分离的多肽
[0701]
本公开还提供了一种包含seq id no:603的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0702]
本公开还提供了一种包含seq id no:604的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0703]
本公开还提供了一种包含seq id no:605的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0704]
本公开还提供了一种包含seq id no:606的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0705]
本公开还提供了一种包含seq id no:607的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0706]
本公开还提供了一种包含seq id no:608的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0707]
本公开还提供了一种包含seq id no:609的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0708]
本公开还提供了一种包含seq id no:610的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0709]
本公开还提供了一种包含seq id no:611的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0710]
本公开还提供了一种包含seq id no:612的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0711]
本公开还提供了一种包含seq id no:613的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0712]
本公开还提供了一种包含seq id no:614的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0713]
本公开还提供了一种包含seq id no:615的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0714]
本公开还提供了一种包含seq id no:616的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0715]
本公开还提供了一种包含seq id no:617的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0716]
本公开还提供了一种包含seq id no:618的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0717]
本公开还提供了一种包含seq id no:619的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0718]
本公开还提供了一种包含seq id no:620的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0719]
本公开还提供了一种包含seq id no:621的氨基酸序列或其片段的分离的多肽。
[0720]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
[0721]
在一些实施方案中，异源多肽由选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段编码。
[0722]
在一些实施方案中，片段的长度为约6
‑
25个氨基酸，例如长度为约8
‑
25个氨基酸。
[0723]
在一些实施方案中，片段包含seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621的多肽。
[0724]
在一些实施方案中，片段包含seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548的多肽。
[0725]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[0726]
在一些实施方案中，异源多肽由异源多核苷酸编码，该异源多核苷酸编码包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0727]
在一些实施方案中，异源多肽由异源多核苷酸编码，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0728]
在一些实施方案中，异源多肽由异源多核苷酸编码，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0729]
本公开的工程化多核苷酸、多肽、异源多核苷酸和异源多肽的变体
[0730]
多核苷酸、多肽、异源多核苷酸和异源多肽或其片段的变体在本公开的范围内。例如，变体可包含一个或多个置换、缺失或插入，只要变体与亲本相比保持或具有改进的特性(诸如免疫原性或稳定性)即可。在一些实施方案中，序列同一性在亲本与变体之间可为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。在一些实施方案中，变体通过保守置换产生。
[0731]
在一些实施方案中，同一性为约80％。在一些实施方案中，同一性为约85％。在一些实施方案中，同一性为约90％。在一些实施方案中，同一性为约91％。在一些实施方案中，同一性为约91％。在一些实施方案中，同一性为约92％。在一些实施方案中，同一性为约93％。在一些实施方案中，同一性为约94％。在一些实施方案中，同一性为94％。在一些实施方案中，同一性为约95％。在一些实施方案中，同一性为约96％。在一些实施方案中，同一性为约97％。在一些实施方案中，同一性为约98％。在一些实施方案中，同一性为约99％。
[0732]
在一些实施方案中，变体可包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个置换、缺失或插入，只要变体与亲本相比保持或具有改进的特性(诸如免疫原性或稳定性)即可。
[0733]
两个序列之间的百分比同一性是序列所共有的相同位置数目的函数(即，同一性％＝相同位置的数目/位置总数
×
100)，考虑到空位的数目和每个空位的长度，需要引入这些参数用于两个序列的最佳比对。两个氨基酸序列之间的百分比同一性可以采用e.meyers和w.miller(comput appl biosci 4:11
‑
17(1988))的算法(该算法已经并入align程序(版本2.0)中)，使用pam120加权残基表、空位长度罚分12和空位罚分4来确定。另外，两个氨基酸序列之间的百分比同一性可以使用needleman和wunsch(j mol biol 48:444
‑
453(1970))算法(该算法已并入gcg软件包(可在http_//_www_gcg_com获得)的gap程序中)、使用blossum 62矩阵或pam250矩阵以及16、14、12、10、8、6、或4的缺口权重和1、2、3、4、5、或6的长度权重来确定。
[0734]
包含一个氨基酸改变的多肽或异源多肽或其片段的变体通常相对于亲本保留类似的三级结构和抗原性。在一些情况下，变体还可包含至少一个氨基酸改变，该改变使变体具有增加的抗原性、增加的与tcr或与抗体的结合亲和力或两者。多肽或异源多肽的变体也可具有改善的与hla分子结合的能力。
[0735]
可工程化本公开的变体以使其包含保守置换。保守置换在本文中被定义为以下五组中的一组内的交换：第1组
‑
较小脂族非极性或轻微极性残基(ala、ser、thr、pro、gly)；第2组
‑
极性带负电残基及其酰胺(asp、asn、glu、gin)；第3组
‑
极性带正电残基(his、arg、lys)；第4组
‑
较大脂族非极性残基(met、leu、lie、val、cys)；以及第5组
‑
较大芳族残基(phe、tyr、trp)。
[0736]
可工程化本公开的变体以使其包含低保守性置换，诸如一个氨基酸被具有相似特性但大小略有不同的另一个氨基酸替代，诸如丙氨酸被异亮氨酸残基替代。还可工程化本公开的变体以使其包含高度非保守性置换，其可涉及用酸性氨基酸置换极性氨基酸，或甚至置换碱性氨基酸。
[0737]
可进行以产生本公开的变体的另外的置换包括可涉及除常见l
‑
氨基酸之外的结构的置换。因此，d
‑
氨基和非标准氨基酸(即，除常见的天然存在的蛋白氨基酸之外)也可用
于置换目的，以产生与亲本相比具有增强免疫原性的变体。
[0738]
如果发现多于一个位置处的置换产生具有基本上相等或更大免疫原性的多肽或异源多肽，则可测试这些置换的组合以确定组合置换是否对变体的免疫原性产生加和或协同效应。
[0739]
可通过用其掺入基本上不会影响t细胞反应性并且不会消除与相关mhc的结合的其他氨基酸替代来修饰基本上不会有助于与tcr相互作用的氨基酸残基。也可缺失掉基本上不会有助于与tcr相互作用的氨基酸残基，只要该缺失基本上不会影响t细胞反应性并且不会消除与相关mhc的结合。
[0740]
另外，可进一步修饰多肽或异源多肽或其片段或变体以改善稳定性和/或与mhc分子的结合，以便引发更强的免疫应答。用于肽序列的这种优化的方法是本领域熟知的，包括例如引入反向肽键或非肽键。在反向肽键中，氨基酸残基不通过肽(
‑
co
‑
nh
‑
)键连接，但肽键是反向的。此类逆反肽模拟物可使用本领域已知的方法制备。该方法涉及制备包含涉及主链而不是侧链取向的变化的伪肽。含有nh
‑
co键而不是co
‑
nh肽键的逆反肽对蛋白水解具有更强的抵抗力。可使用的另外的非肽键是例如
‑
ch2‑
nh、
‑
ch2s
‑
、
‑
ch2ch2‑
、
‑
ch
═
ch
‑
、
‑
coch2‑
、
‑
ch(oh)ch2‑
和
‑
ch2so
‑
。
[0741]
本公开的多肽或异源多肽或其片段或变体可用在其氨基和/或羧基末端存在的另外的化学基团合成，以增强肽的稳定性、生物利用率和/或亲和力。例如，可将疏水基团诸如羧基苯甲酰基、丹酰基或叔丁氧羰基基团添加到氨基末端。同样，可将乙酰基基团或9
‑
芴基甲氧基
‑
羰基基团设置在氨基末端。另外，可将疏水基团、叔丁氧羰基或酰氨基基团添加到羧基末端。
[0742]
此外，可合成本公开的多肽或异源多肽或其片段或变体以改变它们的空间构型。例如，可使用肽的一个或多个氨基酸残基的d
‑
异构体，而不是通常的l
‑
异构体。
[0743]
类似地，可通过在合成本公开的多肽或异源多肽或其片段或变体之前或之后使特定氨基酸反应来化学修饰本公开的多肽或异源多肽或其片段或变体。此类修饰的示例是本领域熟知的，在例如r.lundblad,chemical reagents for protein modification，第3版.crc press,2004(lundblad,2004)中概述。氨基酸的化学修饰包括通过酰化、酰胺化、赖氨酸的吡哆化、还原烷基化、氨基基团与2,4,6
‑
三硝基苯磺酸(tnbs)的三硝基苄化、羧基基团的酰胺修饰和通过将半胱氨酸过甲酸氧化成磺基丙氨酸的巯基修饰、汞衍生物的形成、混合二硫化物与其他硫醇化合物的形成、与马来酰亚胺的反应、与碘乙酸或碘乙酰胺的羧甲基化以及在碱性ph下与氰酸酯的甲氨酰化，但不限于这些化学修饰。就这一点而言，技术人员可参考current protocols in protein science的第15章(coligan等人，john wiley and sons ny 1995
‑
2000)(coligan等人，1995)，了解与蛋白质的化学修饰相关的更广泛方法。
[0744]
简而言之，蛋白质中例如精氨酰残基的修饰通常基于邻位二羰基化合物(诸如苯基乙二醛、2,3
‑
丁二酮和1,2
‑
环己二酮)的反应形成加合物。另一个示例是甲基乙二醛与精氨酸残基的反应。半胱氨酸可在无需同时修饰其他亲核位点(诸如赖氨酸和组氨酸)的情况下修饰。因此，大量试剂可用于半胱氨酸的修饰。公司诸如sigma
‑
aldrich的网站(http_://www_sigma
‑
aldrich.com)提供了关于特定试剂的信息。蛋白质中二硫键的选择性还原也是常见的。二硫键可在生物药物的热处理期间形成和氧化。woodward试剂k可用于修饰特定谷
氨酸残基。n
‑
(3
‑
(二甲基氨基)丙基)
‑
n'
‑
乙基碳化二亚胺可用于在赖氨酸残基与谷氨酸残基之间形成分子内交联。例如，焦碳酸二乙酯是用于修饰蛋白质中的组氨酰基残基的试剂。组氨酸也可使用4
‑
羟基
‑2‑
壬烯醛修饰。赖氨酸残基和其他α
‑
氨基基团的反应例如可用于肽与表面的结合或蛋白质/肽的交联。赖氨酸是聚(乙烯)乙二醇的附接位点和蛋白质糖基化中的主要修饰位点。蛋白质中的甲硫氨酸残基可用例如碘乙酰胺、溴乙胺和氯胺t修饰。四硝基甲烷和n
‑
乙酰基咪唑可用于酪氨酰基残基的修饰。经由形成二酪氨酸进行交联可用过氧化氢/铜离子来实现。最近对色氨酸修饰的研究使用了n
‑
溴代琥珀酰亚胺、2
‑
羟基
‑5‑
硝基苄基溴或3
‑
溴
‑3‑
甲基
‑2‑
(2
‑
硝基苯基巯基)
‑
3h
‑
吲哚(bpns
‑
粪臭素)。用peg成功修饰治疗性蛋白质和肽通常与延长循环半衰期有关，而蛋白质与戊二醛、聚乙二醇二丙烯酸酯和甲醛的交联用于制备水凝胶。用于免疫疗法的过敏原的化学修饰通常是通过用氰酸钾进行氨甲酰化来实现的。
[0745]
本公开提供了一种分离的多肽，该分离的多肽与seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0746]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含与seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽比较时具有1、2、3、4、5、6、7、8、
9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个置换、缺失或插入的多肽序列。
[0747]
本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸与seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457或458的多核苷酸的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0748]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽与seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0749]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽与seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0750]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽与seq id no:541、550、554、555、
556、623或624的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0751]
本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸与seq id no:542或seq id no:551的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0752]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽与seq id no:543、552、557、558、559、625或626的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0753]
本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸与seq id no:544或seq id no:553的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
[0754]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的氨基酸序列及其片段，其中该多肽包含一个或多个反向肽键。
[0755]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621的氨基酸序列，其中该多肽包含一个或多个反向肽键。
[0756]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、
840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548的氨基酸序列，其中该多肽包含一个或多个反向肽键。
[0757]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列，其中该异源多肽包含一个或多个反向肽键。
[0758]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列，其中该异源多肽包含一个或多个反向肽键。
[0759]
在一些实施方案中，反向肽键包括nh
‑
co键。
[0760]
在一些实施方案中，反向肽键包括ch2‑
nh、
‑
ch2s
‑
、
‑
ch2ch2‑
、
‑
ch
═
ch
‑
、
‑
coch2‑
、
‑
ch(oh)ch2‑
或
‑
ch2so
‑
键。
[0761]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的氨基酸序列及其片段，其中该多肽包含一种或多种化学修饰。
[0762]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621的氨基酸序列，其中该多肽包含一种或多种化学修饰。
[0763]
本公开还提供了一种分离的多肽，该分离的多肽包含seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、
745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548的氨基酸序列，其中该多肽包含一种或多种化学修饰。
[0764]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列，其中该异源多肽包含一种或多种化学修饰。
[0765]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列，其中该异源多肽包含一种或多种化学修饰。
[0766]
在一些实施方案中，一种或多种化学修饰包括用羧基苯甲酰基、丹酰基、叔丁氧羰基、9
‑
芴基甲氧基
‑
羰基或氨基酸的d
‑
异构体修饰。
[0767]
制备本公开的多核苷酸和多肽的方法
[0768]
本公开的多核苷酸或变体可以是通过克隆获得或合成产生的rna的形式或dna的形式。dna可以是双链的或单链的。
[0769]
产生本公开的多核苷酸和异源性多核苷酸或变体的方法是本领域已知的，包括化学合成、酶促合成(例如体外转录)、酶促或化学裂解较长前体、化学合成多核苷酸的较小片段随后连接这些片段或者已知的pcr方法。可针对所需氨基酸序列将待合成的多核苷酸序列设计成具有适当的密码子。一般来讲，可针对序列在其中将用于表达的预期宿主选择优选的密码子。
[0770]
制备本公开的多肽和异源多肽的方法是本领域已知的，包括用于多肽的克隆和表达以及多肽的化学合成的标准分子生物学技术。
[0771]
肽可通过固相肽合成的fmoc
‑
聚酰胺模式合成，如lukas等人(lukas等人，1981)以及其中引用的参考文献所公开。临时n
‑
氨基基团由9
‑
芴基甲氧基羰基(fmoc)基团提供。该高度碱不稳定保护基团的重复裂解使用20％哌啶的n,n
‑
二甲基甲酰胺溶液进行。侧链官能团可作为它们的丁基醚(在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的情况下)、丁基酯(在谷氨酸和天冬氨酸的情况下)、丁氧羰基衍生物(在赖氨酸和组氨酸的情况下)、三苯甲基衍生物(在半胱氨酸的情况下)和4
‑
甲氧基
‑
2,3,6
‑
三甲基苯磺酰衍生物(在精氨酸的情况下)进行保护。在谷氨酰胺或天冬酰胺为c末端残基的情况下，使用4,4'
‑
二甲氧基二苯甲基基团来保护侧链酰氨基官能团。固相载体是基于由三种单体即二甲基丙烯酰胺(主链单体)、双丙烯酰乙二胺(交联剂)和丙烯酰肌胺酸甲酯(官能化剂)构成的聚二甲基
‑
丙烯酰胺聚合物。所用的肽
‑
树
脂可裂解连接剂是酸不稳定的4
‑
羟甲基
‑
苯氧基乙酸衍生物。除了天冬酰胺和谷氨酰胺之外，所有氨基酸衍生物作为它们预先形成的对称酸酐衍生物添加，天冬酰胺和谷氨酰胺使用反向n,n
‑
二环己基
‑
碳化二亚胺/1
‑
羟基苯并三唑介导的偶联程序添加。使用茚三酮、三硝基苯磺酸或异素测试程序监测所有偶联反应和脱保护反应。合成完成后，通过用包含50％清除剂混合物的95％三氟乙酸处理，将肽从树脂载体上裂解，同时移除侧链保护基团。常用的清除剂包括乙二硫醇、苯酚、苯甲醚和水，确切的选择取决于所合成的肽的组成氨基酸。用于合成肽的固相与溶液相方法的组合也是可能的(参见例如bruckdorfer等人，2004以及其中引用的参考文献)。
[0772]
美国专利4,897,445提供了多肽链中非肽键(
‑
ch2‑
nh)的固相合成的方法，该方法涉及由标准工序合成的多肽，以及在存在nacnbh3的情况下通过使氨基醛和氨基酸反应合成的非肽键。
[0773]
本公开的载体和重组病毒
[0774]
本公开还提供了一种载体，该载体包含本公开的多核苷酸或异源多核苷酸或其片段或变体。
[0775]
在一些实施方案中，载体是表达载体。在一些实施方案中，载体是病毒载体。本公开的载体可用于产生包含本公开的载体的重组病毒或用于表达本公开的多肽。
[0776]
本公开还提供了一种载体，该载体包含多核苷酸，该多核苷酸编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段。
[0777]
本公开还提供了一种载体，该载体包含多核苷酸，该多核苷酸编码与seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、
371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的多肽或其片段。
[0778]
本公开还提供了一种载体，该载体包含seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457或458的一种或多种多核苷酸序列或其片段。
[0779]
本公开还提供了一种载体，该载体包含与seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457或458的多核苷酸的同一性为约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的多核苷酸或其片段。
[0780]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、
315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
[0781]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0782]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[0783]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0784]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0785]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组病毒。本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组腺病毒。
[0786]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组人腺病毒(rad)。
[0787]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的来源于血清型26的重组人腺病毒(rad26)。
[0788]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组类人猿腺病毒(rgad)。
[0789]
在一些实施方案中，rgad来源于gad20。在一些实施方案中，rgad来源于gad19。在一些实施方案中，rgad来源于gad21。在一些实施方案中，rgad来源于gad25。在一些实施方案中，rgad来源于gad26。在一些实施方案中，rgad来源于gad27。在一些实施方案中，rgad来源于gad28。在一些实施方案中，rgad来源于gad29。在一些实施方案中，rgad来源于gad30。
在一些实施方案中，rgad来源于gad31。gad19
‑
21和gad25
‑
31在国际专利公布wo2019/008111中描述，并且代表在一般人群中具有高免疫原性且没有预先存在的免疫性的毒株。gad20基因组的多核苷酸序列在seq id no:622中示出，如wo2019/008111中所公开。
[0790]
seq id no:622
[0791]
catcatcaataatataccttattttggattgaggccaatatgataatgaggtgggcggggcgaggcggggcgggtgacgtaggacgcgcgagtagggttgggaggtgtggcggaagtgtggcatttgcaagtgggaggagctgacatgcaatcttccgtcgcggaaaatgtgacgtttttgatgagcgccgcctacctccggaagtgccaattttcgcgcgcttttcaccggatatcgtagtaattttgggcgggaccatgtaagatttggccattttcgcgcgaaaagtgaaacggggaagtgaaaactgaataatagggcgttagtcatagcgcgtaatatttaccgagggccgagggactttgaccgattacgtggaggactcgcccaggtgttttttacgtgaatttccgcgttccgggtcaaagtctccgtttttattgtcgccgtcatctgacgcggagggtatttaaacccgctgcgctcctaaagaggccactcttgagtgccagcgagaagagttttctcctccgctccgtttcggcgatcgaaaaatgagacatttagcctgcactccgggtcttttgtccggccgggcggcgtccgagcttttggacgctttgctcaatgaggttctgagcgatgattttccgtctactacccactttagcccacctactcttcacgaactgtacgatctggatgtactggtggatgtgaacgatcccaacgaggaggcggtttctacgttttttcccgagtctgcgcttttggctgcccaggagggatttgacctacacactccgccgctgcctattttagagtctccgctgccggagcccagtggtataccttatatgcctgaactgcttcccgaagtggtagacctgacctgccacgagccgggctttccgcccagcgacgatgagggtgagccttttgctttagactatgctgagatacctgggctcggttgcaggtcttgtgcatatcatcagagggttaccggagaccccgaggttaagtgttcgctgtgctatatgaggctgacctcttcctttatctacagtaagtttttttgtgtaggtgggctttttgggtaggtgggttttgtggcaggacaggtgtaaatgttgcttgtgttttttgtacctgcaggtccggtgtccgagccagacccggagcccgaccgcgatcccgagccggatcccgagcctcctcgcaggccaaggaaattaccttccattttgtgcaagcctaagacacctgtgaggaccagcgaggcggacagcactgactctggcacttctacctctcctcctgaaattcacccagtggttcctctgggtatacatagacctgttgctgttagagtttgcgggcgacgccctgcagtagagtgcattgaggacttgcttaacgatcccgagggacctttggacttgagcattaaacgccctaggcaataaaccccacctaagtaataaaccccacctaagtaataaactttaccgcccttggttattgagatgacgcccaatgtttgcttttgaatgacttcatgtgtataataaaagtgagtgtggtcataggtctcttgtttgtctgggcggggtttaagggtatataagtttctcggggctaaacttggttacacttgaccccaatggaggcgtgggggtgcttggaggagtttgcggacgtgcgccgtttgctggacgagagctctagcaatacctatagtatttggaggtatctgtggggctctactcaggccaagttggtcttcagaattaagcaggattacaagtgcgattttgaagagctttttagttcctgtggtgagcttttgcaatccttgaatctgggccaccaggctatcttccaggaaaaggttctctcgactttggatttttccactcccgggcgcaccgccgcttgtgtggcttttgtgtcttttgtgcaagataaatggagcggggagacccacctgagtcacggctacgtgctggatttcatggcgatggctctttggagggcttacaacaaatggaagattcagaaggaactgtacggttccgccctacgtcgtccacttctgcagcggcaggggctgatgtttcccgaccatcgccagcatcagaatctggaagacgagcgagcggagaagatcagcttgagagccggcctggaccctcctcaggaggaatgaatctcccgcaggtggttgagctgtttcccgaactgagacgggtcctgactatcagggaggatggtcagtttgtgaagaagctgaagagggatcggggtgagggagatgatgaggcggctagcaatttagcttttagtctgataactcgccaccgaccggaatgtattacctatcagcagattaaggagagttgtgccaacgagctggatcttttgggtcagaagtatagcatagaacagcttaccacttactggcttcagcccggggatgattgggaagaggcgattagggtgtatgcaaaggtggccctgcggcccgattgcaagtataagattactaagttggttaatattagaaactgctgctatatttctggaaacggggccgaagtggagatagatactgaggacagggtggctattaggtgttgcatgataaacatgtggcccgggatactggggatggatggggtga
tatttatgaatgtgaggttcacgggccccaactttaatggtacggtgttcatgggcaacaccaacttgctcctgcatggtgcgagtttctatgggtttaacaacacctgtatagaggcctggaccgatgtaaaggttcgaggttgttccttttatagctgttggaaggcggtggtgtgtcgccctaaaagcaggggttctgtgaagaaatgcttgtttgaaaggtgcaccctaggtatcctttctgagggcaactccagggtgcgccataatgtggcttcgaactgcggttgcttcatgcaagtgaagggggtgagcgttatcaagcataactcggtctgtggaaactgcgaggatcgcgcctctcagatgctgacctgctttgatggcaactgtcacctgttgaagaccattcatataagcagtcaccccagaaaggcctggcccgtgtttgagcataacattctgacccgctgttccttgcatctgggggtcaggaggggtatgttcctgccttaccagtgtaactttagccacactaaaatcctgctggaacccgagtgcatgactaaggtcagcctgaatggtgtgtttgatgtgagtctgaagatttggaaggtgctgaggtatgatgagaccaggaccaggtgccgaccctgcgagtgcggcggcaagcacatgagaaatcagcctgtgatgttggatgtgaccgaggagcttaggcctgaccatctggtgctggcctgcaccagggccgagtttgggtctagcgatgaggataccgattgaggtgggtaaggtgggcgtggctagcagggtgggcgtgtataaattgggggtctaaggggtctctctgtttgtcttgcaacagccgccgccatgagcgacaccggcaacagctttgatggaagcatctttagtccctatctgacagtgcgcatgcctcactgggccggagtgcgtcagaatgtgatgggttccaacgtggatggacgtcccgttctgccttcaaattcgtctactatggcctacgcgaccgtgggaggaactccgctggacgccgcgacctccgccgccgcctccgccgccgccgcgaccgcgcgcagcatggctacggacctttacagctctttggtggcgagcagcgcggcctctcgcgcgtctgctcgggatgagaaactgactgctctgctgcttaaactggaagacttgacccgggagctgggtcaactgacccagcaggtttccagcttgcgtgagagcagccttgcctccccctaatggcccataatataaataaaagccagtctgtttggattaagcaagtgtatgttctttatttaactctccgcgcgcggtaagcccgggaccagcggtctcggtcgtttagggtgcggtggattttttccaacacgtggtacaggtggctctggatgtttagatacatgggcatgagtccatccctggggtggaggtagcaccactgcagagcttcgtgctcgggggtggtgttgtatatgatccagtcgtagcaggagcgctgggcgtggtgctgaaaaatgtccttaagcaagaggcttatagctagggggaggcccttggtgtaagtgtttacaaatctgcttagctgggaggggtgcatccggggggatatgatgtgcatcttggactggatttttaggttggctatgttcccgcccagatcccttctgggattcatgttgtgcaggaccaccagcacggtatatccagtgcacttgggaaatttatcgtggagcttagacgggaatgcatggaagaacttggagacgcccttgtggcctcccagattttccatacattcgtccatgatgatggcaatgggcccgtgggaagctgcctgagcaaaaacgtttctggcatcgctcacatcgtagttatgttccagggtgaggtcatcataggacatctttacgaatcgggggcgaagggtcccggactgggggatgatggtaccctcgggccccggggcgtagttcccctcacagatctgcatctcccaggctttcatttcagagggagggatcatatccacctgcggggcgatgaaaaagacagtttctggcgcaggggagattaactgggatgagagcaggtttctgagcagctgtgactttccacagccggtgggcccatatatcacgcctatcaccggctgcagctggtagttaagagagctgcagctgccgtcctcccggagcaggggggccacctcgttgagcatatccctgacgtggatgttctccctgaccagttccgccagaaggcgctcgccgcccagcgaaagcagctcttgcaaggaagcaaaatttttcagcggtttcaggccatcggccgtgggcatgtttttcagcgtctgggtcagcagctccagcctgtcccagagctcggtgatgtgctctacggcatctcgatccagcagatctcctcgtttcgcgggttggggcggctttcgctgtagggcaccagccgatgggcgtccagcggggccagagtcatgtccttccatgggcgcagggtcctcgtcagggtggtctgggtcacggtgaaggggtgcgctccgggttgggcactggccagggtgcgcttgaggctggttctgctggtgctgaatcgctgccgctcttcgccctgcgcgtcggccaggtagcatttgaccatggtctcgtagtcgagaccctcggcggcgtgccccttggcgcggagctttcccttggaggtggcgccgcacgaggggcactgcaggctcttcagggcgtagagcttgggagcgagaaacacggactctggggagtaggcgtccgcgccgcaggccgagcagaccgtctcgcattccaccagccaagtgagttccgggcggtcagggtcaaaaaccaggttgcccccatgctttttgatgcgtttcttaccttggctctccatgaggcggtgtcccttctcggtgacgaagaggctgtccgtgtcc
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agcataaaatcgcctcgaaagtccaccgcaagcataacatcaaagccaccgcccctatcatgatctatgataaaaaccccacagctatccaccagacccatatagttttcatctctccatcgtgaaaaaatatttacaagctcctcctttaaatcacctccaaccaattcaaaaagttgagccagaccgccctccaccttcattttcagcatgcgcatcatgattgcaaaaattcaggctcctcagacacctgtataagattgagaagcggaacgttaacatcaatgtttcgctcgcgaagatcgcgcctcagtgcaagcatgatataatcccacaggtcggagcggatcagcgaggacatctccccgccaggaaccaactcaacggagcctatgctgattataatacgcatattcggggctatgctaaccagcacggcccccaaataggcgtactgcataggcggcgacaaaaagtgaacagtttgggttaaaaaatcaggcaaacactcgcgcaaaaaagcaagaacatcataaccatgctcatgcaaatagatgcaagtaagctcaggaacgaccacagaaaaatgcacaatttttctctcaaacatgactgcgagccctgcaaaaaataaaaaagaaacattacacaagagtagcctgtcttacaatgggatagactactctaaccaacataagacgggccacgacatcgcccgcgtggccataaaaaaaattatccgtgtgattaaaaagaagcacagatagctggccagtcatatccggagtcatcacgtgcgaacccgtgtagacccccgggttggacacatcggccaaacaaagaaagcggccaatgtatcccggaggaatgataacactaagacgaagatacaacagaataaccccatgggggggaataacaaagttagtaggtgaataaaaacgataaacacccgaaactccctcctgcgtaggcaaaatagcgccctccccttccaaaacaacatacagcgcttccacagcagccatgacaaaagactcaaaacactcaaaagactcagtcttaccaggaaaataaaagcactctcacagcaccagcactaatcagagtgtgaagagggccaagtgccgaacgagtatatataggaattaaaaatgacgtaaatgtgtaaaggtcaaaaaacgcccagaaaaatacacagaccaacgcccgaaacgaaaacccgcgaaaaaatacccagaagttcctcaacaaccgccacttccgctttcccacgatacgtcacttcctcaaaaatagcaaactacatttcccacatgtacaaaaccaaaacccctccccttgtcaccgcccacaacttacataatcacaaacgtcaaagcctacgtcacccgccccgcctcgccccgcccacctcattatcatattggcctcaatccaaaataaggtatattattgatgatg
[0792]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的来源于血清型20的重组黑猩猩腺病毒(rchad20)。
[0793]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的重组修饰的痘苗安卡拉(rmva)。
[0794]
载体可以是旨在用于在任何宿主(诸如细菌、酵母或哺乳动物)中表达本公开的多核苷酸或异源多核苷酸的载体。合适的表达载体通常可在宿主生物体中作为游离基因或作为宿主染色体dna的整体部分进行复制。通常，表达载体包含选择标记，诸如氨苄青霉素抗性、潮霉素抗性、四环素抗性、卡那霉素抗性或新霉素抗性，以允许对用所需dna序列进行转化或转导的细胞进行检测。示例性载体是质粒、粘粒、噬菌体、病毒载体、转座子或人工染色体。
[0795]
本公开的载体可以是圆形的或线性的。可将它们制备成包含在原核或真核宿主细胞中起作用的复制系统。复制系统可来源于例如cole1、sv40、2μ质粒、λ、牛乳头状瘤病毒等。
[0796]
可将重组表达载体设计用于瞬时表达、用于稳定表达或用于两者。而且，可将重组表达载体制备用于组成型表达或用于诱导型表达。
[0797]
此外，可将重组表达载体制备成包括自杀基因。“自杀基因”是指导致表达自杀基因的细胞死亡的基因。自杀基因可以是赋予表达该基因的细胞对试剂例如药物敏感并且在细胞与试剂接触或暴露于试剂时导致细胞死亡的基因。自杀基因是本领域已知的，包括例如单纯疱疹病毒(hsv)胸苷激酶(tk)基因、胞嘧啶脱氨酶、嘌呤核苷磷酸化酶和硝基还原酶。
[0798]
载体还可包含本领域熟知的选择标记。选择标记包括阳性和阴性选择标记。标记基因包括杀生物剂抗性(例如对抗生素、重金属等的抗性)、营养缺陷型宿主中提供原养型的互补作用等等。示例性标记基因包括抗生素抗性基因(例如新霉素抗性基因、潮霉素抗性基因、卡那霉素抗性基因、四环素抗性基因、青霉素抗性基因、组氨醇抗性基因、组氨醇x抗性基因)、谷氨酰胺合酶基因、hsv
‑
tk、用于更昔洛韦选择的hsv
‑
tk衍生物或用于6
‑
甲基嘌呤选择的细菌嘌呤核苷磷酸化酶基因(gadi等人，7gene ther.1738
‑
1743(2000))。编码选择标记或克隆位点的核酸序列可在编码感兴趣的多肽或克隆位点的核酸序列的上游或下游。
[0799]
合适的载体是已知的；许多可商购获得以产生重组构建体。以下载体以举例的方式提供。细菌载体：pbs、phagescript、psix174、pbluescript sk、pbs ks、pnh8a、pnh16a、pnh18a、pnh46a(stratagene,la jolla,calif.,usa)；ptrc99a、pkk223
‑
3、pkk233
‑
3、pdr540和prit5(pharmacia,uppsala,sweden)。真核载体：pwlneo、psv2cat、pog44、pxr1、psg(stratagene)、psvk3、pbpv、pmsg和psvl(pharmacia)。转座子载体：睡美人转座子和piggybac转座子。
[0800]
在一些实施方案中，载体是病毒载体。病毒载体来源于天然存在的病毒基因组，通常被修饰为不能复制，例如非复制性。非复制性病毒需要提供反式蛋白质进行复制。通常，这些蛋白质在病毒产生细胞系中稳定或瞬时表达，从而允许病毒复制。因此，病毒载体通常具有感染性和非复制性。病毒载体可以是腺病毒载体、腺伴随病毒(aav)载体(例如aav 5型和2型)、甲病毒(例如委内瑞拉马脑炎病毒(vee)、辛德毕斯病毒(sin)、塞姆利基森林病毒(sfv)和vee
‑
sin嵌合体)、疱疹病毒载体(例如来源于巨细胞病毒如恒河猴巨细胞病毒(rhcmv)的载体)、沙粒病毒载体(例如淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(lcmv)载体)、麻疹病毒载体、痘病毒载体(例如痘苗病毒、经修饰的痘苗病毒安卡拉(mva)、nyvac(来源于痘苗哥本哈根毒株)和禽痘载体：金丝雀痘(alvac)和鸡痘(fpv)载体)、水疱性口炎病毒载体、逆转录病毒载体、慢病毒载体、病毒样粒子、杆状病毒载体和细菌孢子。
[0801]
腺病毒载体
[0802]
腺病毒载体可来源于人腺病毒(ad)，但也可来源于感染其他物种的腺病毒，诸如牛腺病毒(例如牛腺病毒3即badv3)、犬腺病毒(例如cadv2)、猪腺病毒(例如，padv3或5)或类人猿诸如黑猩猩(pan)、大猩猩(gorilla)、红毛猩猩(pongo)、倭黑猩猩(pan paniscus)和普通黑猩猩(pan troglodytes)。通常，从相应类人猿的粪便样本中分离天然存在的类人猿腺病毒。
[0803]
人腺病毒载体可来源于各种腺病毒血清型，例如来源于人腺病毒血清型had5、had7、had11、had26、had34、had35、had48、had49或had50(这些血清型也被称为ad5、ad7、ad11、ad26、ad34、ad35、ad48、ad49或ad50)。
[0804]
类人猿腺病毒载体可来源于各种腺病毒血清型，例如来源于类人猿腺病毒血清型gad20、gad19、gad21、gad25、gad26、gad27、gad28、gad29、gad30、gad31、chad3、chad4、chad5、chad6、chad7、chad8、chad9、chad10、chad11、chad16、chadi7、chad19、chad20、chad22、chad24、chad26、chad30、chad31、chad37、chad38、chad44、chad55、chad63、chad73、chad82、chad83、chad146、chad147、panad1、panad2或panad3。
[0805]
腺病毒载体是本领域已知的。大多数人和非人腺病毒的序列是已知的，其他的可
使用常规程序获得。ad26的示例性基因组序列存在于genbank登录号ef153474和国际专利公布wo2007/104792的seq id no:1中。ad35的示例性基因组序列存在于国际专利公布wo2000/70071的图6中。基于ad26的载体描述于例如国际专利公布wo2007/104792中。基于ad35的载体描述于例如美国专利7,270,811和国际专利公布wo2000/70071中。基于chad3、chad4、chad5、chad6、chad7、chad8、chad9、chad10、chad11、chad16、chad17、chad19、chad20、chad22、chad24、chad26、chad30、chad31、chad37、chad38、chad44、chad63和chad82的载体描述于wo2005/071093中。基于panad1、panad2、panad3、chad55、chad73、chad83、chad146和chad147的载体描述于国际专利公布wo2010/086189中。
[0806]
工程化腺病毒载体以使其包含病毒复制必需的基因产物(诸如腺病毒区域e1、e2和e4中的一个或多个)的至少一种功能缺失或完全移除，因此使得腺病毒不能复制。el区域的缺失可包括eia、eib 55k或eib 21k、或者它们的任意组合的缺失。复制缺陷型腺病毒是通过生产细胞利用辅助质粒反式提供由缺失区域编码的蛋白质或者工程化生产细胞以使其表达所需蛋白质来繁殖的。腺病毒载体也可在e3区域中具有缺失，这种缺失对于复制来说是可有可无的，因此这种缺失不必补充。本公开的腺病毒载体可包含e1区域和e3区域的至少一部分的功能缺失或完全移除。本公开的腺病毒载体可进一步包含e4区域和/或e2区域的功能缺失或完全移除。可利用的合适的生产细胞是由el永生化的人视网膜细胞，例如911或per.c6细胞(参见例如美国专利5,994,128)、el转化的羊水细胞(参见例如ep1230354)、e 1转化的a549细胞(参见例如国际专利公布wo1998/39411、美国专利5,891,690)。可使用的示例性载体是ad26，其包含足以进行病毒复制的功能e1编码区、e3编码区中的缺失和e4编码区中的缺失，前提条件是e4开放阅读框6/7不缺失(参见例如美国专利9,750,801)。
[0807]
在一些实施方案中，腺病毒载体是人腺病毒(ad)载体。在一些实施方案中，ad载体来源于ad5。在一些实施方案中，ad载体来源于ad11。在一些实施方案中，ad载体来源于ad26。在一些实施方案中，ad载体来源于ad34。在一些实施方案中，ad载体来源于ad35。在一些实施方案中，ad载体来源于ad48。在一些实施方案中，ad载体来源于ad49。在一些实施方案中，ad载体来源于ad50。
[0808]
在一些实施方案中，腺病毒载体是类人猿腺病毒(gad)载体。在一些实施方案中，gad载体来源于gad20。在一些实施方案中，gad载体来源于gad19。在一些实施方案中，gad载体来源于gad21。在一些实施方案中，gad载体来源于gad25。在一些实施方案中，gad载体来源于gad26。在一些实施方案中，gad载体来源于gad27。在一些实施方案中，gad载体来源于gad28。在一些实施方案中，gad载体来源于gad29。在一些实施方案中，gad载体来源于gad30。在一些实施方案中，gad载体来源于gad31。在一些实施方案中，gad载体来源于chad4。在一些实施方案中，gad载体来源于chad5。在一些实施方案中，gad载体来源于chad6。在一些实施方案中，gad载体来源于chad7。在一些实施方案中，gad载体来源于chad8。在一些实施方案中，gad载体来源于chad9。在一些实施方案中，gad载体来源于chad20。在一些实施方案中，gad载体来源于chad22。在一些实施方案中，gad载体来源于chad24。在一些实施方案中，gad载体来源于chad26。在一些实施方案中，gad载体来源于chad30。在一些实施方案中，gad载体来源于chad31。在一些实施方案中，gad载体来源于chad32。在一些实施方案中，gad载体来源于chad33。在一些实施方案中，gad载体来源于
chad37。在一些实施方案中，gad载体来源于chad38。在一些实施方案中，gad载体来源于chad44。在一些实施方案中，gad载体来源于chad55。在一些实施方案中，gad载体来源于chad63。在一些实施方案中，gad载体来源于chad68。在一些实施方案中，gad载体来源于chad73。在一些实施方案中，gad载体来源于chad82。在一些实施方案中，gad载体来源于chad83。
[0809]
可将本公开的多肽或异源多肽插入载体中不影响所得重组病毒的病毒生存能力的位点或区域(插入区)中。可将本公开的多肽或异源多肽以平行(以5'至3'转录)或反平行(相对于载体主链以3'至5'方向转录)取向插入缺失的e1区中。另外，能够指导本公开的多肽或异源多肽在制备要用的载体的哺乳动物宿主细胞中表达的适当转录调控元件可操作性连接到本公开的多肽或异源多肽。“可操作性连接的”序列包括与它们调控的核酸序列邻接的表达控制序列以及以反式或以一定距离作用以控制受调控的核酸序列的调控序列。
[0810]
重组腺病毒颗粒可使用互补细胞系或辅助性病毒(其反式提供病毒复制所需的缺失病毒基因)根据本领域的任何常规技术来制备和繁殖(例如，国际专利公布wo1996/17070)。细胞系293(graham等人，1977,j.gen.virol.36:59
‑
72)、per.c6(参见例如美国专利5,994,128)、e1 a549和911通常用于补充el缺失。已工程化其他细胞系以使其补充缺陷型载体(yeh等人，1996,j.virol.70:559
‑
565；kroughak和graham,1995,human gene ther.6:1575
‑
1586；wang等人，1995,gene ther.2:775
‑
783；lusky等人，1998,j.virol.72:2022
‑
203；ep 919627和国际专利公布wo1997/04119)。腺病毒颗粒可从培养上清液中回收，但也可在裂解后从细胞中回收，并且任选地根据标准技术(例如，色谱法、超速离心法，如国际专利公布wo1996/27677、国际专利公布wo1998/00524、国际专利公布wo1998/26048和国际专利公布wo2000/50573中所述)进一步纯化。用于繁殖腺病毒载体的构建和方法还描述于例如美国专利5,559,099、5,837,511、5,846,782、5,851,806、5,994,106、5,994,128、5,965,541、5,981,225、6,040,174、6,020,191和6,113,913中。
[0811]
痘病毒载体
[0812]
痘病毒(poxviridae)载体可来源于天花病毒(天花)、痘苗病毒、牛痘病毒或猴痘病毒。示例性痘苗病毒是哥本哈根痘苗病毒(w)、纽约减毒痘苗病毒(nyvac)、alvac、trovac和经修饰的痘苗安卡拉(mva)。
[0813]
mva源自真皮痘苗毒株安卡拉(绒毛膜尿囊痘苗安卡拉(cva)病毒)，该毒株在土耳其安卡拉疫苗接种研究(vaccination institute,ankara,turkey)所保存多年，用作人类疫苗接种的基础。然而，由于与痘苗病毒(vacv)相关的疫苗接种后并发症通常很严重，因此曾多次尝试生产更减毒、更安全的天花疫苗。
[0814]
mva是通过在cva病毒的鸡胚成纤维细胞上连续传代516次产生的(参见meyer等人，j.gen.virol.,72:1031
‑
1038(1991)和美国专利10,035,832)。作为这些长期传代的结果，所得mva病毒缺失其基因组序列的约31千碱基，因此被描述为高度局限于禽类细胞的宿主细胞(meyer，h.等人，mapping of deletions in the genome of the highly attenuated vaccinia virus mva and their influence on virulence,j.gen.virol.72,1031
‑
1038,1991；meisinger
‑
henschel等人，genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus ankara,the ancestor of modified vaccinia virus ankara,j.gen.virol.88,3249
‑
3259,2007)。mva基因组与其亲本cva的比较揭示了基因组
dna存在6个主要缺失(缺失i、ii、iii、iv、v和vi)，总计31,000个碱基对。(meyer等人，j.gen.virol.72:1031
‑
8(1991))。在多种动物模型中显示，所得mva是显著无毒性的(mayr,a.&danner,k.vaccination against pox diseases under immunosuppressive conditions,dev.biol.stand.41:225
‑
34,1978)。由于许多传代用于减弱mva，因此根据cef细胞中的传代数，存在许多不同的毒株或分离株，诸如mva 476mg/14/78、mva
‑
571、mva
‑
572、mva
‑
574、mva
‑
575和mva
‑
bn。mva 476mg/14/78描述于例如国际专利公布wo2019/115816a1中。mva
‑
572毒株于1994年1月27日以保藏号ecacc 94012707保藏于英国索尔兹伯里sp40jg波顿当的微生物学服务健康保护署欧洲动物细胞培养物保藏中心(european collection of animal cell cultures(“ecacc”),health protection agency,microbiology services,porton down,salisbury sp4 0jg,united kingdom(“uk”))。mva
‑
575毒株于2000年12月7日以保藏号ecacc 00120707保藏于ecacc；mva
‑
bavarian nordic(“mva
‑
bn”)毒株于2000年8月30日以保藏号v00080038保藏于ecacc。mva
‑
bn和mva
‑
572的基因组序列可从genbank获得(登录号分别为dq983238和dq983237)。其他mva毒株的基因组序列可使用标准测序方法获得。
[0815]
本公开的载体和病毒可来源于任何mva毒株或mva毒株的其他衍生物。另一种示例性mva毒株是保藏于美国弗吉尼亚州马纳萨斯20108的美国典型培养物保藏中心(american type culture collection)(atcc)(manassas，va)的保藏物vr
‑
1508。
[0816]
mva的“衍生物”是指表现出与亲本mva基本上相同的特性但在其基因组的一个或多个部分中表现出差异的病毒。
[0817]
在一些实施方案中，mva载体来源于mva 476mg/14/78。在一些实施方案中，mva载体来源于mva
‑
571。在一些实施方案中，mva载体来源于mva
‑
572。在一些实施方案中，mva载体来源于mva
‑
574。在一些实施方案中，mva载体来源于mva
‑
575。在一些实施方案中，mva载体来源于mva
‑
bn。
[0818]
可将本公开的多核苷酸或异源多核苷酸插入mva载体中不影响所得重组病毒的病毒生存能力的位点或区域(插入区)中。此类区域可通过测试病毒dna片段中允许重组体形成而不严重影响重组病毒的病毒活力的区域来容易地鉴定。胸苷激酶(tk)基因是可使用的插入区并且存在于许多病毒中，诸如存在于所有检查的痘病毒基因组中。另外，mva含有6个天然缺失位点，每个天然缺失位点可用作插入位点(例如，缺失i、ii、iii、iv、v和vi；参见例如美国专利5,185,146和美国专利6.440,442)。mva的一个或多个基因间区(igr)也可用作插入位点，诸如igrs igr07/08、igr 44/45、igr 64/65、igr 88/89、igr 136/137和igr 148/149(参见例如美国专利公布2018/0064803)。另外的合适的插入位点描述于国际专利公布。wo2005/048957中。
[0819]
重组痘病毒颗粒诸如rmva如本领域所述制备(piccini等人，1987,methods of enzymology 153:545
‑
563；美国专利4,769,330；美国专利4,772,848；美国专利4,603,112；美国专利5,100,587和美国专利5,179,993)。在示例性方法中，可将待插入病毒中的dna序列置于大肠杆菌(e.coli)质粒构建体中，已将与mva的dna区段同源的dna插入该构建体中。可将待插入的dna序列单独地连接到启动子。可将启动子
‑
基因连接序列定位在质粒构建体中，使得启动子
‑
基因连接序列的两端均侧接有与位于含有非必需基因座的mva dna区域两侧的dna序列同源的dna。可通过在大肠杆菌内繁殖来扩增所得质粒构建体并将其分离。可
将含有待插入的dna基因序列的分离质粒转染到例如鸡胚成纤维细胞(cef)的细胞培养物中，同时用mva感染培养物。质粒中的同源mva dna与病毒基因组之间的重组分别可产生通过存在外源dna序列而修饰的mva。可在裂解步骤(例如，化学裂解、冷冻/解冻、渗透压休克、超声处理等)后从培养上清液或从培养细胞中回收rmva颗粒。可使用连续几轮噬斑纯化来去除污染的野生型病毒。然后可使用本领域已知的技术(例如，色谱方法或在氯化铯或蔗糖梯度上超速离心)来纯化病毒颗粒。
[0820]
其他病毒载体和重组病毒
[0821]
其他病毒载体包括来源于人腺伴随病毒诸如aav
‑
2(2型腺苷酸相关病毒)的载体。aav载体的一个有吸引力的特征是它们不表达任何病毒基因。aav载体中包括的唯一病毒dna序列是145bp反向末端重复序列(itr)。因此，如在用裸dna免疫的过程中，所表达的唯一基因是抗原或抗原嵌合体的基因。另外，已知aav载体可通过持续的转基因表达以及可能通过口服和鼻内递送以产生粘膜免疫来转导分裂和非分裂细胞，诸如人外周血单核细胞来源的树突状细胞。此外，与50μg或约10
15
个拷贝的裸dna剂量相比，所需dna的量似乎少几个数量级，在10
10
至10
11
个颗粒或dna拷贝的剂量下具有最大应答。通过用包含在aav itr嵌合蛋白编码构建体中的dna和包含aav编码区(aav rep和cap基因)而没有itr的aav辅助质粒acg2共转染合适的细胞系(例如，人293细胞)来包装aav载体。随后用腺病毒ad5感染细胞。可使用本领域已知的方法(例如，氯化铯密度梯度超速离心)从细胞裂解物中纯化载体，并进行验证以确保它们不含可检测的具有复制能力的aav或腺病毒(例如，通过细胞病变效应生物测定)。
[0822]
也可使用逆转录病毒载体。逆转录病毒是一类整合病毒，其使用病毒编码的逆转录酶进行复制，以将病毒rna基因组复制到被整合到被感染细胞(例如，靶细胞)的染色体dna中的双链dna中。此类载体包括来源于鼠白血病病毒(尤其是moloney)的那些载体(gilboa等人，1988,adv.exp.med.biol.241:29)或friend's fb29毒株(国际专利公布wo1995/01447)。一般来讲，逆转录病毒载体缺失病毒基因gag、pol和env的全部或部分，并且保留5'和3'ltr以及衣壳化序列。可修饰这些元件以增加逆转录病毒载体的表达水平或稳定性。此类修饰包括用逆转录转座子中的一者诸如vl30(参见例如美国专利5,747,323)替代逆转录病毒衣壳化序列。可将本公开的多核苷酸插入衣壳化序列的下游，诸如相对于逆转录病毒基因组在相反方向上。逆转录病毒颗粒在存在辅助病毒的情况下或在适当的互补(包装)细胞系中制备，该细胞系包含整合到其基因组中的逆转录病毒载体缺失的逆转录病毒基因(例如，gag/pol和env)。此类细胞系在现有技术中描述(miller and rosman,1989,biotechniques 7:980；danos and mulligan,1988,proc.natl.acad.sci.usa 85:6460；markowitz等人，1988,virol.167:400)。env基因的产物负责病毒颗粒与靶细胞表面上存在的病毒受体的结合，因此确定逆转录病毒颗粒的宿主范围。因此，可使用包装细胞系(诸如包含双嗜性包膜蛋白的pa317细胞(atcc crl 9078)或293ei6(w097/35996))来感染人类和其他物种的靶细胞。从培养上清液中回收逆转录病毒颗粒，并且可根据标准技术(例如，色谱法、超速离心)任选地对其进行进一步纯化。
[0823]
调控元件
[0824]
本公开的多核苷酸或异源多核苷酸可操作地连接到载体中的一个或多个调控元件。调控元件可包括启动子、增强子、多腺苷酸化信号、阻遏子等。
[0825]
表达载体和病毒载体中一些常用的增强子和启动子序列是例如人巨细胞病毒(hcmv)、痘苗p7.5早期/晚期启动子、cag、sv40、小鼠cmv(mcmv)、ef
‑
l和hpgk启动子。由于效能高并且尺寸适中(大约0.8kb)，hcmv启动子是这些启动子中最常用的启动子之一。hpgk启动子的特征在于尺寸较小(大约0.4kb)，但其效能不及hcmv启动子。另一方面，由鸡β
‑
肌动蛋白基因的巨细胞病毒早期增强子元件、启动子、第一外显子和内含子以及兔β
‑
球蛋白基因的剪接受体组成的cag启动子可指导与hcmv启动子相当的非常有效的基因表达，但其较大尺寸使得其不太适用于空间限制可能是一个重要问题的病毒载体，例如腺病毒载体(adv)、腺伴随病毒载体(aav)或慢病毒载体(lv)。
[0826]
可使用的另外的启动子是国际专利申请公布wo2018/146205中描述的aotine herpesvirus 1主要立即早期启动子(aohv
‑
1启动子)。该启动子可操作地偶联到阻遏子操纵基因序列，阻遏子蛋白可结合该序列，以便在存在阻遏子蛋白质的情况下阻遏启动子的表达。在某些实施方案中，阻遏子操纵基因序列是teto序列或cuo序列(参见例如us9790256)。
[0827]
在某些情况下，可能希望从同一载体表达至少两种不同的多肽。在这种情况下，每个多核苷酸可操作地连接到相同或不同的启动子和/或增强子序列，或者可使用例如通过利用来自脑心肌炎病毒的内部核糖体进入位点(ires)的熟知双顺反子表达系统。另选地，可使用双向合成启动子，诸如hcmv
‑
rhcmv启动子和国际专利公布wo2017/220499中所述的其他启动子。
[0828]
多腺苷酸化信号可来源于sv40或牛生长激素(bgh)。
[0829]
本公开的载体可使用已知的技术产生。
[0830]
可包括在载体中的示例性调控元件包括痘苗p7.5早期/晚期启动子(seq id no:630)、tetocmv启动子(seq id no:628)、bgh poly a位点(seq id no:629)、t细胞增强子(seq id no:546)。
[0831]
本公开还提供了一种分离的病毒载体，该分离的病毒载体包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
[0832]
在一些实施方案中，病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、
52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0833]
本公开还提供了一种分离的病毒载体，该离的病毒载体包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[0834]
在一些实施方案中，病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0835]
在一些实施方案中，病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸。
[0836]
在一些实施方案中，病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸。
[0837]
在一些实施方案中，病毒载体是腺病毒载体。
[0838]
在一些实施方案中，病毒载体来源于人腺病毒。
[0839]
在一些实施方案中，病毒载体来源于ad26。
[0840]
在一些实施方案中，病毒载体来源于类人猿腺病毒。
[0841]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad20。
[0842]
在一些实施方案中，病毒载体来源于chad20。
[0843]
在一些实施方案中，病毒载体是痘病毒载体。
[0844]
在一些实施方案中，病毒载体来源于经修饰的痘苗安卡拉(mva)。
[0845]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad19。
[0846]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad21。
[0847]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad25。
[0848]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad26。
[0849]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad27。
[0850]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad28。
[0851]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad29。
[0852]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad30。
[0853]
在一些实施方案中，病毒载体来源于gad31。
[0854]
本公开还提供了一种重组人腺病毒血清型26(rad26)，该重组人腺病毒血清型包含病毒载体，该病毒载体包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
[0855]
在一些实施方案中，rad26包含病毒载体，该病毒载体包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0856]
本公开还提供了一种rad26，该rad26包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[0857]
在一些实施方案中，rad26包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0858]
在一些实施方案中，rad26包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0859]
在一些实施方案中，rad26包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0860]
本公开还提供了一种重组类人猿腺病毒(rgad)，该重组类人猿腺病毒包含病毒载体，该病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
[0861]
在一些实施方案中，rgad包含病毒载体，该病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0862]
本公开还提供了一种rgad，该rgad包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[0863]
在一些实施方案中，rgad包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0864]
在一些实施方案中，rgad包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0865]
在一些实施方案中，rgad包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0866]
本公开还提供了一种重组修饰的痘苗安卡拉(rmva)，该重组修饰的痘苗安卡拉包含病毒载体，该病毒载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446和447的两种或更多种多肽及其片段。
[0867]
在一些实施方案中，rmva包含病毒载体，该病毒载体包含异源多肽，其包含选自seq id no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、380、382、384、386、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457和458的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0868]
本公开还提供了一种rmva，该rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[0869]
在一些实施方案中，rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0870]
在一些实施方案中，rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0871]
在一些实施方案中，rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[0872]
本公开的细胞
[0873]
本公开还提供了一种包含本公开的一种或多种载体或本公开的一种或多种重组病毒或者用本公开的一种或多种载体或本公开的一种或多种重组病毒转导的细胞。在一些实施方案中，细胞是宿主细胞。
[0874]
合适的细胞包括原核细胞和真核细胞，例如哺乳动物细胞、酵母、真菌和细菌(诸如大肠杆菌)，诸如hek 293、cho、per.c6、per.c6 teto细胞或鸡胚成纤维细胞(cef)。细胞可在体外使用，例如用于研究或用于产生多肽或病毒，或者细胞可在体内使用。在一些实施方案中，细胞是肌细胞。在一些实施方案中，细胞是抗原递呈细胞(apc)。合适的抗原递呈细胞包括树突状细胞、b淋巴细胞、单核细胞和巨噬细胞。
[0875]“转导的”、“转化的”或“转染的”是指将本公开的多核苷酸、异源多核苷酸或载体引入细胞内。所引入的多核苷酸可或可不整合到构成细胞基因组的染色体dna中。“细胞”是指原始细胞以及从原始细胞建立的任何子代或克隆细胞系。
[0876]
通常可通过细胞培养储存库诸如atcc获得用本公开的多核苷酸或载体转染的细胞。可使用白细胞去除术和“ficoll/hypaque”密度梯度离心(通过ficoll和不连续percoll密度梯度逐步离心)从外周血获得apc。可使用已知方法分离、培养和工程化apc。例如，可使用已知方法从外周血单核细胞(pbmc)产生未成熟和成熟的树突状细胞。在示例性方法中，借助免疫磁性技术对分离的pbmc进行预处理以耗尽t细胞和b细胞。然后将淋巴细胞耗尽的pbmc在补充有人血浆(优选自体血浆)和gm
‑
csf/il
‑
4的rpmi培养基9中培养例如约7天，以产生树突状细胞。树突状细胞在与其单核细胞祖细胞相比时是非粘附的。因此，在大约第7天，收获非粘附细胞用于进一步处理。在存在gm
‑
csf和il
‑
4的情况下来源于pbmc的树突状细胞是不成熟的，因为如果从培养物中除去细胞因子刺激，它们可丧失非粘附特性并回到巨噬细胞命运。未成熟状态的树突状细胞可有效处理mhc ii类限制性途径的天然蛋白抗原(romani等人，j.exp.med.169:1169，1989)。培养的树突状细胞的进一步成熟通过在含有必
要成熟因子的巨噬细胞条件培养基(cm)中培养3天来实现。成熟树突状细胞不太能够捕获用于递呈的新蛋白质，但在刺激静息t细胞(cd4和cd8两者)生长和分化方面要好得多。成熟树突状细胞可通过以下方面来鉴定：它们的形态变化，诸如形成更具运动性的细胞质过程；它们的非粘附性；存在以下标志物中的至少一种：cd83、cd68、hla
‑
dr或cd86；或丧失fc受体，诸如cd115(综述于steinman,annu.rev.immunol.9:271,1991)。可使用典型的细胞荧光成像和细胞分选技术和装置(诸如facscan和facstar)来收集和分析成熟的树突状细胞。用于流式细胞术的一抗是对成熟树突状细胞的细胞表面抗原具有特异性的那些一抗，并且可商购获得。二抗可以是生物素酰化的igs，然后是fitc或pe缀合的链霉亲和素。可使用本领域已知的方法(包括但不限于转染、电穿孔、融合、显微注射、基于病毒的递送或基于细胞的递送)将本公开的载体和重组病毒引入包括apc在内的细胞中。
[0877]
本公开的疫苗和药物组合物
[0878]
可利用适于施用给受试者的任何已知的递送载体将多肽或异源多肽或其片段或者编码它们的多核苷酸递送到受试者体内。预期多肽、异源多肽或其片段在受试者中将具有免疫原性，不管所使用的递送载体如何。预期各种病毒毒株将同样有效地介导多肽或异源多肽在人类受试者中的递送，因此可互换。例如，预期本文所公开的各种mva毒株将同样有效地增强针对由相同转基因盒编码的抗原的免疫应答。类似地，预期各种腺病毒毒株将是可互换的，因为它们增强对由相同转基因盒编码的抗原的免疫应答的能力没有变化或变化很小。多核苷酸可以是dna或rna或者它们的衍生物。rna可以是寡核苷酸rna、trna(转移rna)、snrna(小核rna)、rrna(核糖体rna)、mrna(信使rna)、反义rna、sirna(小干扰rna)、自复制rna、核糖酶、嵌合序列或这些组的衍生物的形式。
[0879]
本公开还提供了一种包含本公开的多核苷酸的疫苗。
[0880]
在一些实施方案中，多核苷酸是dna。
[0881]
在一些实施方案中，多核苷酸是rna。
[0882]
在一些实施方案中，rna是mrna或自复制rna。
[0883]
在一些实施方案中，rna是自复制rna。
[0884]
本公开还提供了一种包含本公开的异源多核苷酸的疫苗。
[0885]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是dna。
[0886]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是rna。
[0887]
在一些实施方案中，rna是mrna或自复制rna。
[0888]
在一些实施方案中，rna是自复制rna。
[0889]
本公开还提供了一种包含本公开的多肽的疫苗。
[0890]
本公开还提供了一种包含本公开的异源多肽的疫苗。
[0891]
本公开还提供了一种包含本公开的载体的疫苗。
[0892]
本公开还提供了一种包含本公开的rad26的疫苗。
[0893]
本公开还提供了一种包含本公开的rmva的疫苗。
[0894]
本公开还提供了一种包含本公开的rgad的疫苗。
[0895]
本公开还提供了一种包含本公开的rgad20的疫苗。
[0896]
本公开还提供了一种包含本公开的chad20的疫苗。
[0897]
本公开还提供了一种包含本公开的细胞的疫苗。
[0898]
疫苗组合物的制备是熟知的。疫苗可包含或可被配制成包含疫苗和药学上可接受的赋形剂的药物组合物。“药学上可接受的”是指在所采用的剂量和浓度下不会对所施用的受试者造成不希望的或有害的影响的赋形剂，包括载体、缓冲剂、稳定剂或本领域技术人员熟知的其他材料。载体或其他材料的确切性质可取决于施用途径，例如肌内、皮下、口服、静脉、皮肤、粘膜内(例如，肠)、鼻内或腹膜内途径。可包括液体载体，诸如水、石油、动物油或植物油、矿物油或合成油。可包括生理盐水溶液、右旋糖或其他糖类溶液或二醇类(诸如乙二醇、丙二醇或聚乙二醇)。示例性病毒制剂是腺病毒世界标准(adenovirus world standard)(hoganson等人，2002)：20mm tris ph 8、25mm nacl、2.5％甘油；或20mm tris、2mm mgcl2、25mm nacl、蔗糖10％w/v、聚山梨酸酯
‑
800.02％w/v；或10
‑
25mm柠檬酸盐缓冲液ph 5.9
‑
6.2、4
‑
6％(w/w)羟丙基
‑
β
‑
环糊精(hbcd)、70
‑
100mm nacl、0.018
‑
0.035％(w/w)聚山梨酸酯
‑
80和任选的0.3
‑
0.45％(w/w)乙醇。可使用许多其他缓冲液，并且用于储存和药物施用纯化药物制剂的合适制剂的示例是已知的。
[0899]
疫苗可包含一种或多种佐剂。合适的佐剂包括qs
‑
21、detox
‑
pc、mpl
‑
se、mogm
‑
csf、titermax
‑
g、crl
‑
1005、gerbu、teramide、psc97b、adjumer、pg
‑
026、gsk
‑
i、gcmaf、b
‑
alethine、mpc
‑
026、adjuvax、cpg odn、betafectin、alum和mf59。可使用的其他佐剂包括凝集素、生长因子、细胞因子和淋巴因子，诸如α干扰素、γ干扰素、血小板衍化生长因子(pdgf)、粒细胞集落刺激因子(gcsf)、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(gmcsf)、肿瘤坏死因子(tnf)、表皮生长因子(egf)、il
‑
1、il
‑
2、il
‑
4、il
‑
6、il
‑
8、il
‑
10、il
‑
12或tlr激动剂。
[0900]“佐剂”和“免疫刺激剂”在本文中可互换使用，被定义为引起免疫系统刺激的一种或多种物质。在该上下文中，佐剂用于增强对本文所述的疫苗或病毒载体的免疫应答。
[0901]
在某些实施方案中，根据本公开的药物组合物可以是本公开的疫苗。
[0902]
类似地，可将本公开的多核苷酸、异源多核苷酸、多肽和异源多肽配制成包含多核苷酸、异源多核苷酸、多肽和异源多肽以及药学上可接受的赋形剂的药物组合物。
[0903]
试剂盒
[0904]
本公开还提供了一种包含本公开的一种或多种疫苗的试剂盒。
[0905]
本公开还提供了一种包含本公开的一种或多种重组病毒的试剂盒。试剂盒可用于促进执行本文所述的方法。在一些实施方案中，试剂盒还包含有利于本公开的疫苗进入细胞的试剂，诸如基于脂质的制剂或病毒包装材料。
[0906]
在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的rad26。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的rmva。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的rgad。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的rad26和本公开的rmva。在一些实施方案中，试剂盒包含本发明的rgad和本公开的rmva。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的rad26和本公开的rgad。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的一种或多种多核苷酸。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的一种或多种异源多核苷酸。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的一种或多种多肽。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的一种或多种异源多肽。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的一种或多种载体。在一些实施方案中，试剂盒包含本公开的一种或多种细胞。
[0907]
非病毒递送载体
[0908]
纳米粒子
[0909]
可将多肽或异源多肽或其片段、编码它们的多核苷酸或包含本公开的多核苷酸的
载体附接到纳米粒子以递送给受试者。使用纳米粒子递送多肽或异源多肽或其片段、编码它们的多核苷酸或包含多核苷酸的载体可消除在疫苗组合物中包含病毒或佐剂的需要。多核苷酸可以是dna或rna。纳米粒子可包含有助于有效诱导对肽的免疫应答的免疫危险信号。纳米粒子可诱导树突状细胞(dc)活化和成熟，这是强大的免疫应答所需的。纳米粒子可包含改善细胞诸如抗原递呈细胞对纳米粒子因此对肽的摄取的非自体组分。
[0910]
纳米粒子的直径通常为约1nm至约100nm，诸如约20nm至约40nm。平均直径为20至40nm的纳米粒子可有利于将纳米粒子摄取到细胞溶胶中(参见例如wo2019/135086)。示例性纳米粒子是聚合物纳米粒子、无机纳米粒子、脂质体、脂质纳米粒子(lnp)、免疫刺激复合物(iscom)、病毒样粒子(vlp)或自组装蛋白。纳米粒子可以是磷酸钙纳米粒子、硅纳米粒子或金纳米粒子。聚合物纳米粒子可包含一种或多种合成聚合物(诸如聚(d,l
‑
丙交酯
‑
共
‑
乙交酯)(plg)、聚(d,l
‑
乳酸
‑
共
‑
乙醇酸)(plga)、聚(g
‑
谷氨酸)(g
‑
pga)、聚(乙二醇)(peg)或聚苯乙烯)或一种或多种天然聚合物(诸如多糖，例如普鲁兰、藻酸盐、菊粉和脱乙酰壳多糖)。由于可包含在纳米粒子中的聚合物的特性，使用聚合物纳米粒子可能是有利的。例如，上述天然和合成聚合物可具有良好的生物相容性和生物降解性、无毒性质和/或被操纵成所需形状和尺寸的能力。聚合物纳米粒子还可形成水凝胶纳米粒子、具有有利特性(包括灵活的网孔尺寸、用于多价缀合的较大表面积、高水含量和抗原的高负载容量)的亲水性三维聚合物网络。聚合物诸如聚(l
‑
乳酸)(pla)、plga、peg和多糖适于形成水凝胶纳米粒子。无机纳米粒子通常具有刚性结构，并且包括其中包封抗原的壳或抗原可共价附接的核。核可包含一个或多个原子，诸如金(au)、银(ag)、铜(cu)原子、au/ag、au/cu、au/ag/cu、au/pt、au/pd或au/ag/cu/pd或磷酸钙(cap)。
[0911]
纳米粒子可以是脂质体。脂质体通常由可生物降解的无毒磷脂形成，并且包含具有水性核的自组装磷脂双层壳。脂质体可以是包含单个磷脂双层的单层囊泡，或包含若干个被水层隔开的同心磷脂壳的多层囊泡。因此，可将脂质体定制成将亲水性分子掺入水性核中或将疏水性分子掺入磷脂双层内。脂质体可将抗原(诸如本公开的多肽或异源多肽或其片段)包封在核内进行递送。脂质体和脂质体制剂可根据标准方法制备并且是本领域熟知的，参见例如remington's；akimaru,1995,cytokines mol.ther.1:197
‑
210；alving,1995,immunol.rev.145:5
‑
31；szoka,1980,ann.rev.biophys.bioeng.9:467；美国专利4,235,871；美国专利4,501,728；以及美国专利4,837,028。脂质体可包含用于将脂质体复合物靶向特定细胞类型的靶向分子。靶向分子可包括血管或存在于靶组织中的细胞的表面上的生物分子(例如，受体或配体)的结合配偶体(例如，配体或受体)。脂质体电荷是从血液中清除脂质体的重要决定因素，其中带负电脂质体被网状内皮系统更快地吸收(juliano,1975,biochem.biophys.res.commun.63:651)，因此在血流中具有较短的半衰期。掺入磷脂酰乙醇胺衍生物通过防止脂质体聚集来增加循环时间。例如，将n
‑
(ω
‑
羧基)酰氨基磷酸酰乙醇胺掺入l
‑
α
‑
二硬脂酰磷脂酰胆碱的较大单层囊泡中显著增加了体内脂质体循环寿命(参见例如ahl,1997,biochim.biophys.acta 1329:370
‑
382)。通常，用约5至15摩尔％的带负电磷脂(诸如磷脂酰甘油、磷脂酰丝氨酸或磷脂酰肌醇)制备脂质体。添加带负电磷脂(诸如磷脂酰甘油)也起到防止脂质体自发聚集的作用，从而最大限度地降低形成尺寸过小的脂质体聚集体的风险。膜硬化剂(诸如浓度为至少约50摩尔％和5摩尔％至15摩尔％的单唾液酸神经节苷脂的鞘磷脂或饱和中性磷脂)也可有利地赋予脂质体特性，诸如刚度(参见例
如美国专利4,837,028)。另外，脂质体悬浮液可包含脂质保护剂，其保护脂质免受储存时的自由基和脂质过氧化损害。优选亲脂性自由基淬灭剂诸如α
‑
生育酚和水溶性铁特异性螯合剂诸如ferrioxianine。
[0912]
纳米粒子可以是脂质纳米粒子(lnp)。lnp与脂质体相似，但功能和组成略有不同。lnp被设计用于包封多核苷酸，诸如dna、mrna、sirna和srna。传统脂质体包含由一个或多个脂质双层包围的水性核。lnp可呈现胶束状结构，从而将药物分子包封在非水性核中。lnp通常包含阳离子脂质、非阳离子脂质和防止粒子(例如，peg
‑
脂质缀合物)聚集的脂质。lnp可用于全身应用，因为它们在静脉(i.e.)注射后表现出延长的循环寿命，并且在远侧部位(例如，与施用部位物理分离的部位)积聚。lnp可具有约50nm至约150nm，诸如约60nm至约130nm或约70nm至约110nm或约70nm至约90nm的平均直径，并且基本上无毒。装载有多核苷酸的lnp的制备公开于例如美国专利5,976,567、5,981,501、6,534,484、6,586,410、6,815,432和pct公布wo 96/40964中。包含多核苷酸的lnp描述于例如wo2019/191780中。
[0913]
本公开的多核苷酸、异源多核苷酸、多肽和异源多肽可包括大小不一的多层囊泡。例如，可将囊泡形成脂质溶解在合适的有机溶剂或溶剂体系中，并在真空或惰性气体下干燥以形成薄脂质膜。如果需要，可将膜再溶解在合适的溶剂诸如叔丁醇中，然后冻干以形成更均匀的脂质混合物，该脂质混合物为更易于水合的粉末状形式。用多肽复合物的水溶液覆盖该膜，并通常在搅拌下在15至60分钟的时间内进行水合。可通过在更剧烈的搅拌条件下使脂质水合或通过添加增溶洗涤剂诸如脱氧胆酸盐来使所得多层囊泡的尺寸分布朝更小的尺寸偏移。水合介质可包含最终脂质体悬浮液中脂质体内部体积所需浓度的核酸。可用于形成多层囊泡的合适脂质包括dotma(feigner等人，1987,proc.natl.acad.sci.usa 84:7413
‑
7417)、dogs或transfectain
tm
(behr等人，1989,proc.natl.acad.sci.usa 86:6982
‑
6986)、dnerie或dorie(feigner等人，methods 5:67
‑
75)、dc
‑
chol(gao和huang,1991,bbrc 179:280
‑
285)、dotap
tm
(mclachlan等人，1995,gene therapy 2:674
‑
622)、lipofectamine
tm
和甘油脂化合物(参见例如ep901463和w098/37916)。
[0914]
纳米粒子可以是免疫刺激复合物(iscom)。iscom是笼状粒子，其通常由含胶体皂苷的胶束形成。iscom可包含胆固醇、磷脂(诸如磷脂酰乙醇胺或磷脂酰胆碱)和皂苷(诸如来自tree quillaia saponaria的quil a)。
[0915]
纳米粒子可以是病毒样粒子(vlp)。vlp是不含感染性核酸的自组装纳米粒子，其通过生物相容性衣壳蛋白的自组装形成。vlp的直径通常为约20nm至约l50nm，诸如约20nm至约40nm、约30nm至约l40nm、约40nm至约l30nm、约50nm至约l20nm、约60nm至约110nm、约70nm至约100nm或约80nm至约90nm。vlp有利地利用进化病毒结构的能力，该结构经天然优化以与免疫系统相互作用。天然优化的纳米粒子尺寸和重复的结构顺序意味着vlp即使在不存在佐剂的情况下也能诱导有效的免疫应答。
[0916]
纳米粒子可含有编码本公开的多肽或异源多肽的复制子。复制子可以是dna或rna。
[0917]“复制子”是指能够指导其自身的拷贝生成的病毒核酸，包括rna以及dna。例如，动脉炎病毒基因组的双链dna型式可用于生成构成动脉炎病毒复制子的单链rna转录物。一般来讲，病毒复制子包含病毒的完整基因组。“亚基因组复制子”是指包含少于该病毒基因组的基因的全长互补序列和其他特征的东西但仍然能够指导其自身的拷贝生成的病毒核酸。
例如，动脉炎病毒的亚基因组复制子可包含该病毒的非结构蛋白的大部分基因，但缺失编码结构蛋白的大部分基因。亚基因组复制子能够指导病毒亚基因组的复制(亚基因组复制子的复制)所需的所有病毒基因的表达，而不产生病毒粒子。
[0918]“rna复制子”(或“自复制rna”)是指包含指导其在允许细胞内进行自身扩增或自复制所需的所有遗传信息的rna。为了指导其自身复制，rna分子1)编码可与病毒或宿主细胞来源的蛋白质、核酸或核糖核蛋白相互作用以催化rna扩增过程的聚合酶、复制酶或其他蛋白质；并且2)包含复制子编码的rna的复制和转录所需的顺式作用rna序列。自复制rna通常来源于正链rna病毒的基因组，并且可用作通过替换编码结构基因或非结构基因的病毒序列或者在编码结构基因或非结构基因的序列的5'或3'插入外来序列而将外来序列引入宿主细胞的基础。也可将外来序列引入甲病毒的亚基因组区域中。可将自复制rna包装到重组病毒粒子诸如重组甲病毒粒子中，或使用脂质纳米粒子(lnp)将其递送给宿主。自复制rna的大小可为至少1kb或至少2kb或至少3kb或至少4kb或至少5kb或至少6kb或至少7kb或至少8kb或至少10kb或至少12kb或至少15kb或至少17kb或至少19kb或至少20kb，或者其大小可为100bp
‑
8kb或500bp
‑
8kb或500bp
‑
7kb或1
‑
7kb或1
‑
8kb或2
‑
15kb或2
‑
20kb或5
‑
15kb或5
‑
20kb或7
‑
15kb或7
‑
18kb或7
‑
20kb。自复制rna描述于例如wo2017/180770、wo2018/075235、wo2019143949a2中。
[0919]
适于与本公开的多核苷酸、异源多核苷酸、多肽和异源多肽复合的其他分子包括阳离子分子，诸如聚酰氨基胺(haensler和szoka,1993,bioconjugate chem.4:372
‑
379)、树突状聚赖氨酸(国际专利公布wo1995/24221)、聚乙烯亚胺或聚丙烯亚胺(国际专利公布wo1996/02655)、聚赖氨酸(美国专利5,595,897)、脱乙酰壳多糖(美国专利5,744,166)、dna
‑
明胶凝聚层(参见例如美国专利6,207,195；美国专利6,025,337；美国专利5,972,707)或deae葡聚糖(lopata等人，1984,nucleic acid res.12:5707
‑
5717)、树状大分子(参见例如wo1996/19240)或聚乙烯亚胺(pei)(参见例如sun等人，2014,mol med rep.10(5):2657
–
2662)。
[0920]
前列腺新抗原/hla复合物
[0921]
本公开还提供了一种包含前列腺新抗原和hla的蛋白质复合物。本公开还提供了一种包含前列腺新抗原的片段和hla的蛋白质复合物。本公开还提供了一种包含前列腺新抗原的变体和hla的蛋白质复合物。本公开还提供了一种包含前列腺新抗原的片段的变体和hla的蛋白质复合物。
[0922]
在一些实施方案中，前列腺新抗原包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、
385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽。
[0923]
在一些实施方案中，前列腺新抗原的片段包含seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620和621的氨基酸序列。
[0924]
在一些实施方案中，前列腺新抗原的片段包含seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548的氨基酸序列。
[0925]
在一些实施方案中，hla是i类hla。在一些实施方案中，hla是ii类hla。在一些实施方案中，hla是hla
‑
a。在一些实施方案中，hla是hla
‑
b。在一些实施方案中，hla是hla
‑
c。在一些实施方案中，hla是hla
‑
dp。在一些实施方案中，hla是hla
‑
dq。在一些实施方案中，hla是hla
‑
dr。在一些实施方案中，hla是hla
‑
a*01:01、a*02:01、a*03:01、a*24:02、b*07:02或b*08:01。
[0926]
前列腺新抗原和hla的复合物可用于例如体外或体内分离同源t细胞。还可将前列腺新抗原和hla的复合物缀合至可检测标签，并用作检测剂以检测、可视化或分离同源tcr或表达同源tcr的t细胞。还可将前列腺新抗原和hla的复合物缀合至细胞毒素剂，并用于耗尽或减少表达同源tcr的细胞的数量。复合物可处于其天然构型，或者另选地可工程化前列腺新抗原和/或hla。
[0927]
工程化概念包括肽与hla的共价偶联，例如通过使用可裂解的共价接头。前列腺新抗原和hla复合物可以是单体或多聚体。可将前列腺新抗原和hla复合物偶联到毒素或检测剂。各种工程化概念包括将复合物表达为共价前列腺新抗原
‑
β2
‑
α2
‑
α1
‑
β1链或前列腺新抗原
‑
β链，例如表达为可溶性复合物。可在前列腺新抗原与hla之间使用长度为至少15个氨基
酸的接头。另选地，可将复合物表达为共价偶联的前列腺新抗原
‑
单链β1
‑
α1。还可将前列腺新抗原/hla复合物表达为前列腺新抗原共价偶联到其上的全长hlaαβ链，或者另选地前列腺新抗原经由非共价相互作用与αβ链缔合。各种表达形式公开于us5976551、us5734023、us5820866、us7141656b2、us6270772b1和us7074905b2中。另外，可将hla表达为在α1链处突变或经由α2和β2结构域经由二硫键稳定的单链构建体，如us8377447b2和us8828379b2中所述。可将前列腺新抗原或其片段经由光敏或高碘酸盐敏感的可裂解接头偶联到hla，如us9079941b2中所述。可将前列腺新抗原/hla复合物工程化为多聚体形式。可通过将反应性侧链掺入hlaα或β链的c末端以促进两种或更多种前列腺新抗原/hla复合物的交联来产生多聚体形式，如us7074904b2中所述。另选地，可将生物素酰化识别序列bira掺入hlaα或β链的c末端，随后对该链进行生物素酰化，并且通过与抗生物素蛋白/链霉亲和素结合来形成多聚体，如us563536中所述。还可利用fc融合体、将前列腺新抗原/hla复合物偶联在葡聚糖载体中、寡聚化通路卷曲的卷曲结构域、利用另外的生物素酰化肽或将前列腺新抗原/hla复合物缀合到纳米粒子或螯合物载体上来产生多聚前列腺新抗原/hla复合物，如us6197302b1、us6268411b1、us20150329617a1、ep1670823b1、ep1882700b1、ep2061807b1、us20120093934a1、us20130289253a1、us20170095544a1、us20170003288a1和wo2017015064a1中所述。
[0928]
结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的蛋白质类分子
[0929]
本公开还提供了一种蛋白质类分子，该蛋白质类分子包含特异性结合seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽或其片段的抗原结合结构域。该蛋白质类分子与新抗原来源的野生型蛋白质没有实质性结合。
[0930]
本公开还提供了一种蛋白质类分子，该蛋白质类分子包含特异性结合前列腺新抗原/hla复合物的抗原结合结构域，其中该前列腺新抗原包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、
263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的多肽或其片段。
[0931]
示例性片段包含seq id no:387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621的氨基酸序列。
[0932]
示例性片段包含seq id no:377、378、415、417、418、420、502、518、526、527、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、74、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、487、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980或548的氨基酸序列。
[0933]
hla可包括i类或ii类。
[0934]
hla可包括hla
‑
a、hla
‑
b或hla
‑
c。
[0935]
hla可包括hla
‑
dp、hla
‑
dq或hla
‑
dr。
[0936]
hla可包括i类等位基因hla
‑
a*01:01、a*02:01、a*03:01、a*24:02、b*07:02或b*08:01。
[0937]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是抗体的抗原结合片段。
[0938]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是多特异性分子。在一些实施方案中，蛋白质类分子是双特异性分子。在一些实施方案中，蛋白质类分子是三特异性分子。在一些实施方案中，多特异性分子结合两种或更多种不同的前列腺新抗原。在一些实施方案中，多特异性分子结合前列腺新抗原和t细胞受体(tcr)复合物。在一些实施方案中，多特异性分子结合两种或更多种不同的前列腺新抗原和t细胞受体(tcr)复合物。
[0939]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是抗体。
[0940]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是多特异性抗体。在一些实施方案中，蛋白质类分子是双特异性抗体。在一些实施方案中，蛋白质类分子是三特异性抗体。在一些实施方案中，蛋白质类分子是t细胞重定向分子。
[0941]
在本公开的前列腺新抗原是蛋白质的胞外结构域的一部分的情况下，前列腺新抗原可用作肿瘤相关抗原，用于利用选择性结合肿瘤细胞上的前列腺新抗原的抗原结合结构域将t细胞募集到肿瘤或将car
‑
t和其他细胞疗法靶向肿瘤。
[0942]
在前列腺新抗原是胞内结构域的一部分的情况下，具有递送到与细胞毒素剂或治疗剂缀合的胞内区室中的能力的抗原结合结构域可用作治疗剂。另选地，工程化以表达结合前列腺新抗原/hla复合物的同源tcr的细胞可用作治疗剂。
[0943]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是替代支架。
[0944]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是嵌合抗原受体(car)。
[0945]
在一些实施方案中，蛋白质类分子是t细胞受体(tcr)。
[0946]
蛋白质类分子与本公开的前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的结合可使用任何合适的方法通过实验确定。这类方法可以采用本领域技术人员已知的proteon xpr36、biacore 3000或kinexa仪器、elisa或竞争结合测定。如果在不同的条件(例如，同渗容摩、ph)下测量，则所测量的结合可变化。因此，亲和力和其他结合参数(例如，k
d
、k
on
、k
off
)的测量通常用标准化条件和标准化缓冲液(诸如本文所述的缓冲液)进行。本领域技术人员将理解，使用例如biacore 3000或proteon进行亲和力测量的内部误差(测量为标准偏差，sd)通常可在典型检出限内的测量值的5％
‑
33％内。“没有实质性”是指当与所测量的蛋白质类分子与本公开的前列腺新抗原的结合比较时少100倍的结合。可使用已知方法和本文所述的那些方法进一步表征本公开的蛋白质类分子的活性和功能，诸如蛋白质类分子杀死表达前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的细胞的能力。
[0947]
抗体和抗原结合结构域
[0948]
可使用已知方法产生特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗体和抗原结合结构域。此类抗体可包括任何类型(例如，igg、ige、igm、igd、iga和igy)、类别(例如，igg1、igg2、igg3、igg4、iga1和iga2)或亚类的免疫球蛋白分子。
[0949]
例如，可使用kohler和milstein,nature 256:495,1975所述的杂交瘤方法来产生单克隆抗体。在杂交瘤方法中，用一种或多种前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物免疫小鼠或其他宿主动物，诸如仓鼠、大鼠或猴，然后使用标准方法将来自免疫动物的脾细胞与骨髓瘤细胞融合以形成杂交瘤细胞(goding,monoclonal antibodies:principles and practice,pp.59
‑
103(academic press,1986))。筛选出由单个永生化杂交瘤细胞产生的菌落，用于产生具有期望特性(诸如对本公开的前列腺新抗原的结合特异性和亲和力)的抗体。
[0950]
可使用各种宿主动物来产生抗体。例如，可使用balb/c小鼠、大鼠或鸡来产生含有vh/vl对的抗体，并且可使用标准免疫方案使用美洲驼和羊驼来产生仅重链(vhh)抗体。可使用各种技术来人源化在非人动物中制备的抗体，以产生更类似人的序列。
[0951]
包括选择人受体框架在内的示例性人源化技术是已知的，包括cdr接枝(美国专利5,225,539)、sdr接枝(美国专利6,818,749)、表面重塑(padlan,(1991)mol immunol 28:489
‑
499)、特异性决定残基表面重塑(美国专利公布2010/0261620)、人框架改型(美国专利
8,748,356)和超人源化(美国专利7,709,226)。在这些方法中，将亲本抗体的cdr转移到人框架上，该人框架可基于其与亲本框架的总体同源性、基于cdr长度的相似性或规范结构同一性或者它们的任意组合进行选择。
[0952]
可通过如下过程进一步优化人源化抗体以改善其对所需抗原的选择性或亲和力：通过采用诸如国际专利公布wo1090/007861和wo1992/22653中所述的技术，引入修改的框架支持残基来保持结合亲和力(回复突变)，或者通过在任何cdr处引入变体例如来改善抗体的亲和力。
[0953]
可使用转基因动物(诸如在其基因组中携带人免疫球蛋白(ig)基因座的小鼠或大鼠)来产生抗前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的人抗体，这些转基因动物在例如以下文献中描述：美国专利6,150,584、国际专利公布wo99/45962、国际专利公布wo2002/066630、wo2002/43478、wo2002/043478和wo1990/04036；lonberg等人(1994)nature 368:856
‑
9；green等人(1994)nature genet.7:13
‑
21；green&jakobovits(1998)exp.med.188:483
‑
95；lonberg and huszar(1995)int rev immunol 13:65
‑
93；bruggemann等人，(1991)eur j immunol 21:1323
‑
1326；fishwild等人，(1996)nat biotechnol 14:845
‑
851；mendez等人，(1997)nat genet 15:146
‑
156；green(1999)j immunol methods 231:11
‑
23；yang等人，(1999)cancer res 59:1236
‑
1243；br
ü
ggemann and taussig(1997)curr opin biotechnol8:455
‑
458。可破坏此类动物中的内源性免疫球蛋白基因座或使该基因座缺失，并且可使用转染色体或微小基因，通过同源或非同源重组将至少一种完整或部分的人免疫球蛋白基因座插入动物的基因组中。可邀请诸如regeneron(http://_www_regeneron_com)、harbour antibodies(http://_www_harbourantibodies_com)、open monoclonal technology，inc.(omt)(http://_www_omtinc_net)、kymab(http://_www_kymab_com)、trianni(http://_www.trianni_com)和ablexis(http://_www_ablexis_com)等公司使用上述技术以提供抗选定抗原的人抗体。
[0954]
人抗体可选自噬菌体展示文库，其中噬菌体被工程化以表达人免疫球蛋白或其部分，诸如fab、单链抗体(scfv)、结构域抗体或者未配对或配对抗体可变区(knappik等人，(2000)j mol biol 296:57
‑
86；krebs等人，(2001)j immunol meth 254:67
‑
84；vaughan等人，(1996)nature biotechnology 14:309
‑
314；sheets等人，(1998)pitas(usa)95:6157
‑
6162；hoogenboom and winter(1991)j mol biol 227:381；marks等人，(1991)j mol biol 222:581)。可例如用噬菌体pix外壳蛋白从将抗体重链和轻链可变区表达为异源多肽的噬菌体展示文库中分离出本公开的抗体，如shi等人，(2010)j mol biol 397:385
‑
96和国际专利公布wo09/085462中所述)。可从文库中筛选与前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物结合的噬菌体，并且可进一步表征获得的阳性克隆，从克隆裂解物中分离fab，并将其表达为全长igg。用于分离人抗体的此类噬菌体展示方法描述于例如以下文献中：美国专利5,223,409、5,403,484、5,571,698、5,427,908、5,580,717、5,969,108、6,172,197、5,885,793、6,521,404、6,544,731、6,555,313、6,582,915和6,593,081。可进一步测试抗体与hla/新抗原复合物或与单独的新抗原的结合。
[0955]
可使用任何合适的技术诸如重组蛋白产生或通过肽的合成来进行免疫源性抗原的制备以及单克隆抗体的产生。免疫原性抗原可以纯化蛋白质或蛋白质混合物(包括全细胞或细胞提取物或组织提取物)的形式施用于动物，或抗原可在动物体内由编码所述抗原
或其部分的核酸从头形成。
[0956]
特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗原结合结构域也可来源于本文所述的抗体。抗原结合结构域包括单链抗体、fab片段、fv片段、单链fv片段(scfv)、vhh结构域、vh、vl、替代支架(例如，非抗体抗原结合结构域)、二价抗体片段诸如(fab)2'
‑
片段、f(ab')片段、二硫键连接的fv(sdfv)、细胞内抗体、微抗体、双抗体、三抗体和十抗体。
[0957]
可使用已知方法生成特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物和第二抗原的双特异性和多特异性抗体。第二抗原可以是t细胞受体复合物(tcr复合物)。第二抗原可以是tcr复合物内的cd3。可使用特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物和第二抗原的任何已知抗原结合结构域形式将特异性结合本公开的前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物和第二抗原的双特异性和多特异性抗体工程化为任何多价形式。可将特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗原结合结构域缀合至一个或多个fc结构域或其片段，或任选地缀合至其他支架，诸如半衰期延长的部分，包括白蛋白、peg或转铁蛋白。
[0958]
特异性结合两个或更多个前列腺新抗原的多特异性抗体可在靶向表达前列腺新抗原的肿瘤细胞时在改善的特异性方面提供益处。
[0959]
可将特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗原结合结构域工程化为使用fab臂交换产生的全长多特异性抗体，其中将置换引入ig恒定区ch3结构域内促进fab臂体外交换的两个单特异性二价抗体中。在所述方法中，两个单特异性二价抗体被工程化以在ch3结构域处具有促进异源二聚体稳定性的某些置换；将这些抗体在足以使铰链区中的半胱氨酸发生二硫键异构化的还原条件下一起温育；从而通过fab臂交换产生双特异性抗体。温育条件最理想地可恢复到非还原条件。可使用的示例性还原剂为2
‑
巯基乙胺(2
‑
mea)、二硫苏糖醇(dtt)、二硫赤藓糖醇(dte)、谷胱甘肽、三(2
‑
羧乙基)膦(tcep)、l
‑
半胱氨酸和β
‑
巯基乙醇，优选地为选自2
‑
巯基乙胺、二硫苏糖醇和三(2
‑
羧乙基)膦的还原剂。例如，可使用如下条件：在至少25mm 2
‑
mea的存在下或至少0.5mm二硫苏糖醇的存在下，在5
‑
8的ph例如ph7.0或ph7.4，至少20℃的温度下，温育至少90分钟。
[0960]
可使用的ch3突变包括诸如旋钮空穴突变(genentech)、静电匹配突变(chugai,amgen,novonordisk,oncomed)、链交换工程化结构域主体(seedbody)(emd serono)、突变(genmab)以及其他非对称突变(例如zymeworks)的技术。
[0961]
旋钮空穴突变公开于例如wo1996/027011中，并且包括ch3区域的界面上的突变，其中具有小侧链(空穴)的氨基酸被引入第一ch3区域，而具有大侧链(旋钮)的氨基酸被引入第二ch3区域，导致第一ch3区域和第二ch3区域之间的优先相互作用。形成旋钮和空穴的示例性ch3区域突变是t366y/f405a、t366w/f405w、f405w/y407a、t394w/y407t、t394s/y407a、t366w/t394s、f405w/t394s和t366w/t366s_l368a_y407v。
[0962]
重链异源二聚体的形成可通过使用静电相互作用，通过置换第一ch3区域上的带正电残基和第二ch3区域上的带负电残基来促进，如us2010/0015133、us2009/0182127、us2010/028637或us2011/0123532中所述。
[0963]
可用于促进重链异源二聚化的其他非对称突变是l351y_f405a_y407v/t394w、t366i_k392m_t394w/f405a_y407v、t366l_k392m_t394w/f405a_y407v、l351y_y407a/
t366a_k409f、l351y_y407a/t366v_k409f、y407a/t366a_k409f或t350v_l351y_f405a_y407v/t350v_t366l_k392l_t394w，如us2012/0149876或us2013/0195849(zymeworks)中所述。
[0964]
seedbody突变涉及将选择的igg残基置换为iga残基以促进重链异源二聚化，如us20070287170中所述。
[0965]
可使用的其他示例性突变是r409d_k370e/d399k_e357k、s354c_t366w/y349c_t366s_l368a_y407v、y349c_t366w/s354c_t366s_l368a_y407v、t366k/l351d、l351k/y349e、l351k/y349d、l351k/l368e、l351y_y407a/t366a_k409f、l351y_y407a/t366v_k409f、k392d/d399k、k392d/e356k、k253e_d282k_k322d/d239k_e240k_k292d、k392d_k409d/d356k_d399k，如wo2007/147901、wo 2011/143545、wo2013157954、wo2013096291和us2018/0118849中所述。
[0966]
突变(genmab)公开于例如us9150663和us2014/0303356中，并且包括突变f405l/k409r、野生型/f405l_r409k、t350i_k370t_f405l/k409r、k370w/k409r、d399afghilmnrstvwy/k409r、t366adefghilmqvy/k409r、l368adeghnrstvq/k409agrh、d399fhkrq/k409agrh、f405iklstvw/k409agrh和y407lwq/k409agrh。
[0967]
可将特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗原结合结构域掺入其中的另外的双特异性或多特异性结构包括双可变结构域免疫球蛋白(dvd)(国际专利公布wo2009/134776；dvd是全长抗体，其包含具有vh1
‑
接头
‑
vh2
‑
ch结构的重链和具有vl1
‑
接头
‑
vl2
‑
cl结构的轻链；接头是任选的)、包括多种二聚化结构域以连接具有不同特异性的两个抗体臂的结构诸如亮氨酸拉链或胶原二聚化结构域(国际专利公布wo2012/022811、美国专利5,932,448；美国专利6,833,441)、缀合在一起的两个或更多个结构域抗体(dab)、双价抗体、仅重链抗体诸如骆驼科抗体和工程化骆驼科抗体、双重靶向(dt)
‑
ig(gsk/domantis)、二合一抗体(genentech)、交联mab(karmanos cancer center)、mab2(f
‑
star)和covx
‑
主体(covx/pfizer)、igg样双特异性抗体(innclone/eli lilly)、ts2ab(medimmune/az)和bsab(zymogenetics)、hercules(biogen idec)和tvab(roche)、scfv/fc融合体(academic institution)、scorpion(emergent biosolutions/trubion，zymogenetics/bms)、双亲和重靶向技术(fc
‑
dart)(macrogenics)和双(scfv)2‑
fab(national research center for antibody medicine
‑‑
china)、双功能或bis
‑
fab(genentech)、对接锁定(dnl)(immunomedics)、二价双特异性(biotecnol)和fab
‑
fv(ucb
‑
celltech)。基于scfv的、基于双价抗体的结构域抗体包括但不限于双特异性t细胞衔接器(bite)(micromet)、串联双价抗体(tandab)(affimed)、双亲和重靶向技术(dart)(macrogenics)、单链双价抗体(academic)、tcr样抗体(ait，receptorlogics)、人血清白蛋白scfv融合体(merrimack)和combody(epigen biotech)、双重靶向纳米抗体(ablynx)、双重靶向仅重链结构域抗体。
[0968]
替代支架
[0969]
可使用本领域已知和本文所述的各种支架来产生特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的替代支架(也称为抗体模拟物)。替代支架可以是单体，其被设计成掺入纤连蛋白的iii型纤连蛋白结构域(fn3)或腱生蛋白作为蛋白质支架(美国专利6,
673,901；美国专利6,348,584)或合成fn3结构域诸如tencon，如美国专利公布2010/0216708和美国专利公布2010/0255056中所述。另外的替代支架包括adnectin
tm
、imab、eeti
‑
ii/agrp、kunitz结构域、硫氧还蛋白肽适体、darpin、affilin、tetranectin、fynomer和avimer。替代支架是单链多肽框架，其包含与高构象耐受性的可变结构域相关联的高度结构化的核，从而允许可变结构域内的插入、缺失或其他置换。可使用已知方案产生将多样性引入一个或多个可变结构域并且在一些情况下引入结构化核的文库，并且可筛选所得文库以与本公开的新抗原结合，并且可使用已知方法进一步表征所鉴定的结合物的特异性。替代支架可来源于蛋白a，具体为其z结构域(亲和体)、imme7(免疫蛋白)、bpti/appi(kunitz结构域)、ras结合蛋白af
‑
6(pdz结构域)、卡律蝎毒素(scorpion毒素)、ctla
‑
4、min
‑
23(打结素)、脂质运载蛋白(anticalin)、新卡津抑素、纤连蛋白结构域、锚蛋白共有重复结构域或硫氧还蛋白(skerra，a.，“alternative non
‑
antibody scaffolds for molecular recognition,”curr.opin.biotechnol.18:295
‑
304(2005)；hosse等人，“a new generation of protein display scaffolds for molecular recognition,”protein sci.15:14
‑
27(2006)；nicaise等人，“affinity transfer by cdr grafting on a nonimmunoglobulin scaffold,”protein sci.13:1882
‑
1891(2004)；nygren和uhlen，“scaffolds for engineering novel binding sites in proteins,”curr.opin.struc.biol.7:463
‑
469(1997)。
[0970]
嵌合抗原受体(car)
[0971]
可通过将特异性地结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗原结合结构域掺入car的胞外结构域来产生结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的car。car是遗传工程化受体。这些工程化受体可根据本领域已知的技术容易地插入包括t细胞在内的免疫细胞中并由其表达。对于car，单个受体可被编程为识别特异性抗原，并且当与该抗原结合时，激活免疫细胞以攻击和破坏携带该抗原的细胞。当这些抗原存在于肿瘤细胞上时，表达car的免疫细胞可靶向并杀伤肿瘤细胞。
[0972]
car通常包含结合抗原(例如，前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物)的胞外结构域、任选的接头、跨膜结构域以及包含共刺激结构域和/或信号结构域的胞质结构域。
[0973]
car的胞外结构域可含有特异性结合所需抗原(例如前列腺新抗原)的任何多肽。胞外结构域可包括scfv、抗体的一部分或另选的支架。也可将car工程化为结合两个或更多个所需抗原，所述抗原可串联排列并由接头序列隔开。例如，一种或多种结构域抗体、scfv、llama vhh抗体或其他仅vh抗体片段可经由接头串联地组织，以向car提供双特异性或多特异性。
[0974]
car的跨膜结构域可来源于以下项的跨膜结构域：cd8、t细胞受体的α、β或ζ链、cd28、cd3ε、cd45、cd4、cd5、cd8、cd9、cd16、cd22、cd33、cd37、cd64、cd80、cd86、cd134、cd137、cd154、kirds2、ox40、cd2、cd27、lfa
‑
1(cdi la、cd18)、icos(cd278)、4
‑
1bb(cd137)、4
‑
1bbl、gitr、cd40、baffr、hvem(lightr)、slamf7、nkp80(klrfi)、cd160、cd1 9、il2rβ、il2rγ、il7r a、itga1、vla1、cd49a、itga4、ia4、cd49d、itga6、vla
‑
6、cd49f、itgad、cdi id、itgae、cd103、itgal、cdi la、lfa
‑
1、itgam、cdi lb、itgax、cdi lc、itgb1、cd29、itgb2、cd1 8、lfa
‑
1、itgb7、tnfr2、dnam1(cd226)、slamf4(cd244、2b4)、cd84、cd96(触觉)、
ceacam1、crt am、ly9(cd229)、cd160(by55)、psgl1、cd100(sema4d)、slamf6(ntb
‑
a、lyl08)、slam(slamf1、cd150、ipo
‑
3)、blame(slamf8)、selplg(cd162)、ltbr、pag/cbp、nkp44、nkp30、nkp46、nkg2d和/或nkg2c。
[0975]
car的细胞内共刺激结构域可来源于一种或多种共刺激分子的胞内结构域。共刺激分子是熟知的除抗原受体或fc受体之外的细胞表面分子，其提供t淋巴细胞在与抗原结合时的有效活化和功能所需的第二信号。可用于car的示例性共刺激结构域是4
‑
1bb、cd2、cd7、cd27、cd28、cd30、cd40、cd54(icam)、cd83、cd134(ox40)、cd150(slamf1)、cd152(ctla4)、cd223(lag3)、cd270(hvem)、cd278(icos)、dap10、lat、nkd2c slp76、trim、btla、gitr、cd226、hvem和zap70的胞内结构域。
[0976]
car的胞内信号结构域可来源于例如cd3ζ、cd3ε、cd22、cd79a、cd66d、cd39 dap10、dap12、fcε受体iγ链(fcer1g)、fcrβ、cd3δ、cd3γ、cd5、cd226或cd79b的信号结构域。“胞内信号结构域”是指car多肽的参与将有效car与靶抗原结合的信息转导到免疫效应细胞内部以引发效应细胞功能的部分，所述效应细胞功能例如活化、细胞因子产生、增殖和细胞毒性活性，包括细胞毒性因子向car结合的靶细胞的释放，或在抗原结合到胞外car结构域后引发的其他细胞反应。
[0977]
car的位于胞外结构域与跨膜结构域之间的任选接头可以是长度为约2至100个氨基酸的多肽。接头可包括柔性残基(诸如甘氨酸和丝氨酸)或由所述柔性残基构成，使得相邻的蛋白质结构域相对于彼此自由移动。当希望确保两个相邻结构域不会在空间上彼此干扰时，可使用较长的接头。接头可以是可裂解的或不可裂解的。可裂解接头的示例包括2a接头(例如t2a)、2a样接头、或者它们的功能等同物，以及它们的组合。接头还可来源于任何免疫球蛋白的铰链区或铰链区的部分。接头的非限制性示例包括人cd8α链的一部分、cd28的部分胞外结构域、fcyrllla受体、igg、igm、iga、igd、ige、ig铰链或其功能片段。
[0978]
可使用的示例性car是例如包含结合本公开的前列腺新抗原的胞外结构域、cd8跨膜结构域和cd3ζ信号结构域的car。其他示例性car包含结合本公开的前列腺新抗原的胞外结构域、cd8或cd28跨膜结构域、cd28、41bb或ox40共刺激结构域和cd3ζ信号结构域。
[0979]
通过标准分子生物学技术产生car。结合所需抗原的胞外结构域可来源于使用本文所述的技术生成的抗体或其抗原结合片段。
[0980]
t细胞受体(tcr)
[0981]
可产生结合前列腺新抗原/hla复合物的tcr。可基于t细胞与前列腺新抗原/hla复合物的结合、分离t细胞并对在t细胞中表达的tcr进行测序来鉴定tcr。可从αβt细胞或γδt细胞中鉴定所鉴定的tcr。可将所鉴定的tcr进一步工程化以改善其亲和力、稳定性、溶解度等。可使用用于亲和成熟免疫球蛋白的相同技术对tcr进行亲和成熟。可将tcr表达为已被半胱氨酸稳定的可溶性tcr，它们可通过在α/β相互作用表面上的工程化突变(例如，α链上的g192r和β链上的r208g)来稳定。tcr也可通过以下方式稳定：将形成二硫键的半胱氨酸残基工程化到tcr恒定结构域中，将突变引入疏水核中(诸如α链的位置11、13、19、21、53、76、89、91或94处)，利用结构域交换(包括α链与β链v结构域、跨膜结构域或恒定结构域之间的交换，如us7329731、us7871817b2、us7569664、us9133264、us9624292、us20120252742a1、us2016/0130319、ep3215164a1、ep3286210a1、wo2017091905a1或us9884075中所述。
[0982]
表达本公开的car或tcr的细胞
[0983]
表达特异性结合本公开的前列腺新抗原或本公开的前列腺新抗原/hla复合物的car或tcr的细胞在本公开的范围内。本公开还提供了包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞。在一些实施方案中，用本公开的car或tcr转导分离的细胞，从而使得本公开的car或tcr在细胞表面上组成型表达。还可将表达本公开的car或tcr的细胞工程化为表达一种或多种共刺激分子。示例性共刺激分子是cd28、icos、light、gitr、4
‑
1bb和ox40。还可将表达本公开的car或tcr的细胞工程化为产生一种或多种细胞因子或趋化因子或促炎介质，诸如tnfα、ifnγ、il
‑
2、il
‑
3、il
‑
6、il
‑
7、il
‑
11、il
‑
12、il
‑
15、il
‑
17或il
‑
21。可使用已知的基因编辑技术使细胞的内源性tcr基因座和/或hla基因座失活。在一些实施方案中，包含本公开的car或tcr的细胞是可由其分化淋巴样细胞的t细胞、自然杀伤(nk)细胞、细胞毒性t淋巴细胞(ctl)、调节性t细胞(treg)、人胚胎干细胞、淋巴样祖细胞、t细胞前体细胞、多能干细胞或诱导多能干细胞(ipsc)。
[0984]
在一些实施方案中，包含本公开的car或tcr的分离的细胞是t细胞。t细胞可以是任何t细胞，诸如培养的t细胞(例如原代t细胞)或来自培养的t细胞系的t细胞(例如，jurkat、supt1等)或从哺乳动物获得的t细胞。如果从哺乳动物获得，则t细胞可从任何来源(包括骨髓、血液、淋巴结、胸腺或其他组织或流体)获得。也可富集或纯化t细胞。t细胞可以是人t细胞。t细胞可以是从人分离的t细胞。t细胞可以是任何类型的t细胞并且可以处于任何发育阶段，包括cd4

cd8

双阳性t细胞、cd8

t细胞(例如细胞毒性t细胞)、cd4

辅助t细胞(例如th1和th2细胞)、外周血单核细胞(pbmc)、外周血白细胞(pbl)、肿瘤浸润细胞、记忆t细胞、初始t细胞等。t细胞可以是cd8

t细胞或cd4

t细胞。t细胞可以是αβt细胞或γδt细胞。
[0985]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是nk细胞。
[0986]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是αβt细胞。
[0987]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是γδt细胞。
[0988]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是cd8

细胞毒性t淋巴细胞。
[0989]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是人胚胎干细胞。
[0990]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是淋巴样祖细胞。
[0991]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是多能干细胞。
[0992]
在一些实施方案中，包含本公开的car或本公开的tcr的分离的细胞是诱导多能干细胞(ipsc)。
[0993]
本公开的细胞可通过使用已知方法将包含所需car或tcr的慢病毒载体引入细胞中来产生。本公开的细胞能够在体内复制，从而产生可持续控制肿瘤的长期持久性。
[0994]
与细胞毒素剂、药物、可检测标签等的缀合物
[0995]
可将多肽、异源多肽以及结合它们的蛋白质类分子缀合至细胞毒素剂、治疗剂、可检测标签等。这些分子在本文中称为免疫缀合物。包含前列腺新抗原的免疫缀合物可用于检测、递送有效载荷或杀死表达结合前列腺新抗原的hla分子的细胞。包含特异性结合前列腺新抗原或前列腺新抗原/hla复合物的抗体、抗原结合片段或另选支架的免疫缀合物可用
于检测、递送有效载荷或在较大蛋白质的情况下或与hla复合时杀死在其表面上表达前列腺新抗原的细胞，或在细胞裂解后检测细胞内前列腺新抗原。
[0996]
在一些实施方案中，免疫缀合物包含可检测标签。
[0997]
在一些实施方案中，免疫缀合物包含细胞毒素剂。
[0998]
在一些实施方案中，免疫缀合物包含治疗剂。
[0999]
可检测标签包括可经由光谱、光化学、生物化学、免疫化学或化学手段可视化的组合物。可检测标签还可包括细胞毒素剂，细胞毒素剂可包括可检测标签。
[1000]
示例性的可检测标签包括放射性同位素、磁珠、金属珠、胶体粒子、荧光染料、电子高密度试剂、酶(例如，如elisa中常用的)、生物素、地高辛、半抗原、发光分子、化学发光分子、荧光染料、荧光团、荧光淬灭剂、有色分子、放射性同位素、闪烁体、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白、蛋白质a、蛋白质g、抗体或其片段、多组氨酸、ni
2
、flag标签、myc标签、重金属、酶、碱性磷酸酶、过氧化物酶、荧光素酶、电子供体/受体、吖啶酯和比色底物。
[1001]
可检测标签可自发地发出信号，例如当可检测标签为放射性同位素时。在其他情况下，可检测标签由于受到外场的刺激而发出信号。
[1002]
示例性放射性同位素可以是发出γ、发出auger、发出β、发出α或发出正电子的放射性同位素。示例性放射性同位素包括3h、
11
c、
13
c、
15
n、
18
f、
19
f、
55
co、
57
co、
60
co、
61
cu、
62
cu、
64
cu、
67
cu、
68
ga、
72
as、
75
br、
86
y、
89
zr、
90
sr、
94m
tc、
99m
tc、
115
in、
123
1、
124
1、
125
i、
131
1、
211
at、
212
bi、
213
bi、
223
ra、
226
ra、
225
ac和
227
ac。
[1003]
示例性金属原子是原子序数大于20的金属，诸如钙原子、钪原子、钛原子、钒原子、铬原子、锰原子、铁原子、钴原子、镍原子、铜原子、锌原子、镓原子、锗原子、砷原子、硒原子、溴原子、氪原子、铷原子、锶原子、钇原子、锆原子、铌原子、钼原子、锝原子、钌原子、铑原子、钯原子、银原子、镉原子、铟原子、锡原子、锑原子、碲原子、碘原子、氙原子、铯原子、钡原子、镧原子、铪原子、钽原子、钨原子、铼原子、锇原子、铱原子、铂原子、金原子、汞原子、铊原子、铅原子、铋原子、钫原子、镭原子、锕原子、铈原子、镨原子、钕原子、钷原子、钐原子、铕原子、钆原子、铽原子、镝原子、钬原子、铒原子、铥原子、镱原子、镥原子、钍原子、镤原子、铀原子、镎原子、钚原子、镅原子、锔原子、锫原子、锎原子、锿原子、镄原子、钔原子、锘原子或铹原子。
[1004]
在一些实施方案中，金属原子可以是原子序数大于二十的碱土金属。
[1005]
在一些实施方案中，金属原子可以是镧系元素。
[1006]
在一些实施方案中，金属原子可以是锕系元素。
[1007]
在一些实施方案中，金属原子可以是过渡金属。
[1008]
在一些实施方案中，金属原子可以是贫金属。
[1009]
在一些实施方案中，金属原子可以是金原子、铋原子、钽原子和钆原子。
[1010]
在一些实施方案中，金属原子可以是原子序数为53(即碘)至83(即铋)的金属。
[1011]
在一些实施方案中，金属原子可以是适用于磁共振成像的原子。
[1012]
金属原子可以是 1、 2或 3氧化态形式的金属离子，诸如ba
2
、bi
3
、cs

、ca
2
、cr
2
、cr
3
、cr
6
、co
2
、co
3
、cu

、cu
2
、cu
3
、ga
3
、gd
3
、au

、au
3
、fe
2
、fe
3
、f
3
、pb
2
、mn
2
、mn
3
、mn
4
、mn
7
、hg
2
、ni
2
、ni
3
、ag

、sr
2
、sn
2
、sn
4
和zn
2
。金属原子可包括金属氧化物，诸如氧化铁、氧化锰或氧化钆。
[1013]
合适的染料包括任何可商购染料，诸如例如5(6)
‑
羧基荧光素、irdye 680rd马来酰亚胺或irdye 800cw、钌多吡啶染料等。
[1014]
合适的荧光团是异硫氰酸荧光素(fitc)、氨基硫脲荧光素、罗丹明、德克萨斯红、cydyes(例如cy3、cy5、cy5.5)、alexa fluors(例如alexa488、alexa555、alexa594；alexa647)、近红外(nir)(700
‑
900nm)荧光染料、以及碳菁和氨基苯乙烯基染料。
[1015]
包含可检测标签的免疫缀合物可用作成像剂。
[1016]
在一些实施方案中，细胞毒素剂是化疗剂、药物、生长抑制剂、毒素(例如，细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素或其片段)或放射性同位素(即，放射性缀合物)。
[1017]
在一些实施方案中，细胞毒素剂是道诺霉素、阿霉素、甲氨蝶呤、长春地辛、细菌毒素(诸如，白喉毒素)、蓖麻毒素、格尔德霉素、美登木素生物碱或卡里奇霉素。细胞毒素剂可通过包括微管蛋白结合、dna结合或拓扑异构酶抑制在内的机制引发其细胞毒性和细胞抑制效应。
[1018]
在一些实施方案中，细胞毒素剂是酶促活性毒素，诸如白喉a链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素a链(来自铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒素a链、相思豆毒素a链、蒴莲根毒素a链、α
‑
八叠球菌素、油桐(aleurites fordii)蛋白质、石竹素蛋白质、美洲商陆(phytolaca americana)蛋白质(papi、papii和pap
‑
s)、苦瓜(momordica charantia)抑制剂、麻疯树毒素、巴豆毒素、肥阜草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒素、迈托毒素、局限曲霉素、酚霉素、伊诺霉素和单端孢霉烯族化合物。
[1019]
在一些实施方案中，细胞毒素剂是放射性核素，诸如
212
bi、
131
i、
131
in、
90
y和
186
re。
[1020]
在一些实施方案中，细胞毒素剂是多拉司他汀或多拉司他汀肽类似物和衍生物、奥瑞司他汀或单甲基奥瑞司他汀苯丙氨酸。示例性分子在美国专利5,635,483和5,780,588中公开。多拉司他汀和奥瑞司他汀已被证实可干扰微管动力学、gtp水解以及细胞核和细胞分裂(woyke等人，(2001)antimicrob agents and chemother.45(12):3580
‑
3584)，并且具有抗癌和抗真菌活性。多拉司他汀或奥瑞司他汀药物部分可通过肽药物部分的n(氨基)末端或c(羧基)末端(wo02/088172)或经由工程化到抗体中的任何半胱氨酸附接到本发明的抗体。
[1021]
免疫缀合物可使用已知的方法制备。
[1022]
在一些实施方案中，可检测标签与螯合剂复合。
[1023]
可检测标签、细胞毒素剂或治疗剂可直接或经由接头间接连接到多肽、异源多肽或者结合多肽或异源多肽的蛋白质类分子。合适的接头是本领域已知的，包括例如辅基、非酚类接头(n
‑
琥珀酰亚胺基
‑
苯甲酸酯的衍生物；十二硼酸酯)、大环螯合剂和无环螯合剂两者的螯合部分，诸如1,4,7,10
‑
四氮杂环十二烷
‑
1,4,7,10
‑
四乙酸(dota)的衍生物、二亚乙基三胺五乙酸(dtpa)的衍生物、s
‑2‑
(4
‑
异硫氰酸基苄基)
‑
1,4,7
‑
三氮杂环壬烷
‑
1,4,7
‑
三乙酸(nota)的衍生物和1,4,8,11
‑
四氮杂环十二烷
‑
1,4,8,11
‑
四乙酸(teta)的衍生物、n
‑
琥珀酰亚胺基
‑3‑
(2
‑
吡啶基二硫醇)丙酸酯(spdp)、亚氨基噻吩(it)、亚胺酸酯的双官能衍生物(诸如己二亚胺酸二甲酯hcl)、活性酯(诸如双琥珀酰亚胺辛二酸酯)、醛(诸如戊二醛)、双叠氮基化合物(诸如双(对叠氮基苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双
‑
(对重氮苯甲酰基)
‑
乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯2,6
‑
二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5
‑
二氟
‑
2,4
‑
二硝基苯)以及其他螯合部分。合适的肽接头是公知的。
[1024]
治疗方法、用途和施用
[1025]
可用于将本公开的前列腺新抗原引入受试者中的本公开的各种分子(例如，本公开的多核苷酸、异源多核苷酸、多肽、异源多肽、载体、重组病毒和疫苗)可用于治疗受试者的前列腺癌。可用于将本公开的前列腺新抗原引入受试者中的本公开的各种分子(例如，本公开的多核苷酸、异源多核苷酸、多肽、异源多肽、载体、重组病毒和疫苗)也可用于预防受试者的前列腺癌。特异性结合本公开的前列腺新抗原或本公开的前列腺新抗原/hla复合物的蛋白质类分子可用于治疗或预防受试者的前列腺癌。
[1026]
本文鉴定的前列腺癌新抗原以至少约1％或更高、约2％或更高、约3％或更高、约4％或更高、约5％或更高、约6％或更高、约7％或更高、约8％或更高、约9％或更高、约10％或更高、约11％或更高、约12％或更高、约13％或更高、约14％或更高、约15％或更高、约16％或更高、约17％或更高、约18％或更高、约19％或更高、约20％或更高、约21％或更高、约22％或更高、约23％或更高、约24％或更高、约25％或更高、约26％或更高、约27％或更高、约28％或更高、约29％或更高、约30％或更高、约35％或更高、约40％或更高、约45％或更高、约50％或更高、约55％或更高、约60％或更高、约65％或更高或者约70％或更高的频率存在于患有前列腺癌的受试者群体中。
[1027]
本公开提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的本公开的一种或多种疫苗。
[1028]
本公开还提供了本公开的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途。
[1029]
本公开还提供了本公开的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物组合物中的用途。
[1030]
本公开还提供了本公开的疫苗用于治疗或预防前列腺癌。
[1031]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的本公开的一种或多种药物组合物。
[1032]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的rad26。
[1033]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的rmva。
[1034]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的rgad。
[1035]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的rgad20。
[1036]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的rch20。
[1037]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的rad26和本公开的rmva。
[1038]
在一些实施方案中，疫苗包含本发明的rgad20和本公开的rmva。
[1039]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的异源多肽。
[1040]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的异源多核苷酸。
[1041]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的多核苷酸。
[1042]
在一些实施方案中，疫苗包含本公开的多肽。
[1043]“前列腺癌”旨在包括前列腺或致癌过程、转移组织或恶性转化的细胞、组织或器官内的所有类型的癌性生长，而不管组织病理学类型或侵袭阶段。
[1044]
在一些实施方案中，癌症是腺癌。
[1045]
在一些实施方案中，前列腺癌是转移性前列腺癌。在一些实施方案中，前列腺癌已转移到直肠、淋巴结或骨、或者它们的任意组合。
[1046]
在一些实施方案中，前列腺癌是复发性或难治性前列腺癌。
[1047]
在一些实施方案中，前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌。
[1048]
在一些实施方案中，前列腺癌对雄激素阻断疗法敏感。
[1049]
在一些实施方案中，前列腺癌对雄激素阻断疗法不敏感。
[1050]
在一些实施方案中，受试者是治疗初治型的。
[1051]
在一些实施方案中，受试者已接受雄激素阻断疗法。
[1052]
在一些实施方案中，受试者具有升高水平的前列腺特异性抗原(psa)。当psa水平通常>约4.0ng/ml时，受试者的psa升高。在一些情况下，升高的psa可指>3.0ng/ml的水平。也可将psa水平与雄激素阻断疗法后水平进行比较。
[1053]
雄激素阻断疗法包括阿比特龙、酮康唑、恩杂鲁胺、格拉特龙、arn
‑
509和orteronel(tak
‑
700)或前列腺切除术。
[1054]
本公开还提供了一种治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rad26的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而治疗受试者的前列腺癌。
[1055]
本公开还提供了一种治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而治疗受试者的前列腺癌。
[1056]
本公开还提供了一种治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad20的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而治疗受试者的前列腺癌。
[1057]
本公开还提供了一种预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rad26的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而预防受试者的前列腺癌。
[1058]
本公开还提供了一种预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而预防受试者的前列腺癌。
[1059]
本公开还提供了一种预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad20的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而预防受试者的前列腺癌。
[1060]
本公开还提供了一种增强受试者的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rad26的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而增强受试者的免疫应答。
[1061]
本公开还提供了一种增强受试者的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rgad的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而增强受试者的免疫应答。
[1062]
本公开还提供了一种增强受试者的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rgad20的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而增强受试者的免疫应答。
[1063]
本公开还提供了一种治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治
疗有效量的包含本公开的rad26的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而治疗受试者的前列腺癌，其中rad26和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1064]
本公开还提供了一种治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而治疗受试者的前列腺癌，其中rgad和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1065]
本公开还提供了一种治疗受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad20的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而治疗受试者的前列腺癌，其中rgad20和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、
201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1066]
本公开还提供了一种预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rad26的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而预防受试者的前列腺癌，其中rad26和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1067]
本公开还提供了一种预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而预防受试者的前列腺癌，其中rgad和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、
446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1068]
本公开还提供了一种预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rgad20的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用治疗有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而预防受试者的前列腺癌，其中rgad20和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1069]
本公开还提供了一种增强受试者的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rad26的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而增强受试者的免疫应答，其中rad26和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1070]
本公开还提供了一种增强受试者的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rgad的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而增强受试者的免疫应答，其中rgad和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、
127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1071]
本公开还提供了一种增强受试者的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rgad20的第一疫苗，用于引发免疫应答；以及向受试者施用免疫有效量的包含本公开的rmva的第二疫苗，用于增强免疫应答；从而增强受试者的免疫应答，其中rgad20和rmva包含编码seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、379、381、383、385、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446或447的一种或多种多肽或其片段的异源多核苷酸。
[1072]
在一些实施方案中，受试者被怀疑患有或被怀疑会发展成前列腺癌。
[1073]
本公开的疫苗通常可通过肌内注射或皮下注射施用。然而，也可设想其他施用模式，诸如静脉施用、皮肤施用、皮内施用或鼻内施用。疫苗的肌内施用可通过使用针来实现。一种替代方法是使用无针注射装置来施用组合物(使用例如biojector(tm))或含有疫苗的冻干粉末。
[1074]
对于静脉、皮肤或皮下注射，或在患病部位注射，载体可以是不含热原且具有合适的ph、等渗性和稳定性的肠胃外可接受的水溶液形式。本领域的技术人员完全能够使用例如等渗媒介物诸如氯化钠注射液、林格氏注射液、乳酸林格氏注射液来制备合适的溶液。根据需要，可包含防腐剂、稳定剂、缓冲剂、抗氧化剂和/或其他添加剂。也可使用缓释配制品。
[1075]
通常，施用将具有预防目的以在前列腺癌症状发展之前对前列腺新抗原产生免疫应答。
[1076]
将本公开的疫苗施用给受试者，从而在受试者中产生免疫应答。将诱导可检测免疫应答的疫苗量定义为“免疫有效剂量”。本公开的疫苗可诱导体液免疫应答以及细胞介导
的免疫应答。在一个典型的实施方案中，免疫应答是保护性免疫应答。
[1077]
实际施用量，以及施用速率和时间过程将取决于被治疗疾病的性质和严重性。治疗处方(例如，剂量决策等)由全科医生和其他医师负责，并且通常要考虑待治疗的障碍、个体患者的状况、递送部位、施用方法和医生已知的其他因素。
[1078]
在一个示例性方案中，腺病毒载体以包含约104至10
12
个病毒颗粒/ml的浓度的约100μl至约10ml范围内的体积施用(例如，肌内)。腺病毒载体可以0.25ml至1.0ml范围内的体积(诸如以0.5ml的体积)施用。
[1079]
腺病毒可在一次施用期间以约109至约10
12
个病毒颗粒(vp)的量、更通常以约10
10
至约10
12
个vp的量施用给人类受试者。
[1080]
在一个示例性方案中，本公开的rmva以约100μl至约10ml的盐水溶液范围内的体积施用(例如，肌内)，该盐水溶液包含约lxl07tcid
50
至lx109tcid
50
(50％组织培养物感染剂量)或inf.u.(感染单位)的剂量。rmva可以0.25ml至1.0ml范围内的体积施用。
[1081]
加强组合物可在施用引发组合物后数周或数月(例如，在施用引发组合物后约1周或2周或3周或4周或6周或8周或12周或16周或20周或24周或28周或32周或一年至两年)施用两次或更多次。附加的加强组合物可在加强步骤(b)后6周至5年(诸如在初始加强接种后6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25周，或7、8、9、10、11或12个月，或2、3、4或5年)施用。任选地，另外的加强步骤(c)可根据需要重复一次或多次。
[1082]
用于疫苗疗法的前列腺新抗原组合
[1083]
可进一步验证本文所述的所鉴定的新抗原并优先考虑将它们包含在通用前列腺癌疫苗中。要包含在内的考虑因素是例如相对于在正常前列腺组织和其他正常组织(诸如肝、肾、胰腺、卵巢、前列腺、乳腺、结肠、胃、骨骼肌和肺)中在前列腺癌组织中的表达较高，或在正常组织中的表达不可检测，新抗原或其片段能够在已知测定中介导cd8

t细胞活化，与hla结合表明，已经证明来源于新抗原的肽片段在体内加工和递呈给hla，以及在前列腺癌受试者中具有足够的患病率。
[1084]
通过验证过程，基于表达谱、患病率和体外免疫原性，将41个新抗原(seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177)鉴定为特别有用被包含在前列腺癌疫苗中。预期41种新抗原的任意组合可用于产生前列腺癌疫苗，可利用任何可用的递送载体和任何可用的形式(诸如肽、dna、rna、复制子或使用病毒递送)将这些前列腺癌疫苗递送给受试者。可以任何新抗原顺序将41种新抗原组装成编码异源多肽的异源多核苷酸，并且新抗原顺序可在各种递送选项之间有所不同。一般来讲，将新抗原组装成特定顺序可基于利用已知算法生成最少数量的接合表位进行。新抗原的示例性顺序是提供seq id no:541、550、554、555、556、623、624、543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的顺序，如本文和整个实例中所述。
[1085]
本公开提供了一种疫苗，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，其中该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[1086]
本公开还提供了一种疫苗，该疫苗包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自
seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[1087]
在一些实施方案中，片段包含seq id no:387、388、390、392、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、631、632、633、634、635、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、708、709、710或711的多肽。
[1088]
在一些实施方案中，疫苗能够在施用疫苗的受试者中引发细胞免疫应答。
[1089]
在一些实施方案中，细胞免疫应答对seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23或177的一种或多种多肽的片段具有特异性。
[1090]
在一些实施方案中，细胞免疫应答是疫苗特异性cd8

t细胞、cd4

t细胞、或者cd8

t细胞和cd4

t细胞的活化，其中通过cd8

t细胞、cd4

t细胞、或者cd8

t细胞和cd4

t细胞增加的tnfα、ifnγ、或者tnfα和ifnγ产量来评估活化。
[1091]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含启动子、增强子、多腺苷酸化位点、kozak序列、终止密码子、t细胞增强子(tce)、或者它们的任意组合。
[1092]
在一些实施方案中，启动子包括cmv启动子或痘苗p7.5启动子。
[1093]
在一些实施方案中，tce由seq id no:546的多核苷酸编码，cmv启动子包含seq id no:628的多核苷酸，痘苗p7.5启动子包含seq id no:630的多核苷酸，并且多腺苷酸化位点包含seq id no:629的牛生长激素多腺苷酸化位点。
[1094]
在一些实施方案中，异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列。
[1095]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:542或seq id no:551的多核苷酸序列。
[1096]
在一些实施方案中，异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列。
[1097]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:544或seq id no:553的多核苷酸序列。
[1098]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是dna或rna。
[1099]
在一些实施方案中，rna是mrna或自复制rna。
[1100]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1101]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸的疫
苗。
[1102]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1103]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1104]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1105]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1106]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1107]
本公开还提供了一种包含seq id no:542的异源多核苷酸的疫苗。
[1108]
本公开还提供了一种包含seq id no:551的异源多核苷酸的疫苗。
[1109]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1110]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1111]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1112]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1113]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1114]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1115]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗。
[1116]
本公开还提供了一种包含seq id no:544的异源多核苷酸的疫苗。
[1117]
本公开还提供了一种包含seq id no:553的异源多核苷酸的疫苗。
[1118]
在一些实施方案中，疫苗是重组病毒。
[1119]
在一些实施方案中，重组病毒来源于腺病毒(ad)、痘病毒、腺伴随病毒(aav)或逆转录病毒。
[1120]
在一些实施方案中，重组病毒来源于had5、had7、had11、had26、had34、had35、had48、had49、had50、gad20、gad19、gad21、gad25、gad26、gad27、gad28、gad29、gad30、gad31、chad3、chad4、chad5、chad6、chad7、chad8、chad9、chad10、chad11、chad16、chad17、chad19、chad20、chad22、chad24、chad26、chad30、chad31、chad37、chad38、chad44、chad55、chad63、chad73、chad82、chad83、chad146、chad147、panad1、panad2、panad3、哥本哈根痘苗病毒(w)、纽约减毒痘苗病毒(nyvac)、alvac、trovac或经修饰的痘苗安卡拉(mva)。
[1121]
在一些实施方案中，重组病毒来源于gad20。
[1122]
在一些实施方案中，来源于gad20的重组病毒包含seq id no:713的多核苷酸序列。
[1123]
在一些实施方案中，重组病毒来源于mva。
[1124]
在一些实施方案中，重组病毒来源于had26。
[1125]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1126]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1127]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1128]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1129]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1130]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1131]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1132]
本公开还提供了一种包含seq id no:713的多核苷酸序列的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1133]
本公开还提供了一种包含seq id no:542的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1134]
本公开还提供了一种包含seq id no:551的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1135]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1136]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1137]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1138]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1139]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1140]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1141]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1142]
本公开还提供了一种包含seq id no:544的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来
源于mva的重组病毒。
[1143]
本公开还提供了一种包含seq id no:553的异源多核苷酸的疫苗，其中疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1144]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1145]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸。
[1146]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸。
[1147]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸。
[1148]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸。
[1149]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸。
[1150]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸。
[1151]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1152]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1153]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸。
[1154]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸。
[1155]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸。
[1156]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸。
[1157]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸。
[1158]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸。
[1159]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1160]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1161]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸。
[1162]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸。
[1163]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸。
[1164]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸。
[1165]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸。
[1166]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸。
[1167]
本公开还提供了包含来源于gad20的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1168]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1169]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸。
[1170]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸。
[1171]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸。
[1172]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺
癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸。
[1173]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸。
[1174]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸。
[1175]
本公开还提供了包含来源于mva的重组病毒的疫苗在制备用于治疗或预防前列腺癌的药物中的用途，该疫苗包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1176]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1177]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1178]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1179]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1180]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1181]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1182]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1183]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1184]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1185]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1186]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1187]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1188]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1189]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1190]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1191]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1192]
在一些实施方案中，将包含来源于gad20的重组病毒的疫苗作为引发物施用。
[1193]
在一些实施方案中，将包含来源于mva的重组病毒的疫苗作为加强物施用。
[1194]
在一些实施方案中，将包含编码seq id no:541或550的异源多肽的异源多核苷酸序列的疫苗作为引发物施用。
[1195]
在一些实施方案中，将包含编码seq id no:543或552的异源多肽的异源多核苷酸序列的疫苗作为加强物施用。
[1196]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括
[1197]
向受试者施用治疗有效量的疫苗作为引发物，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；以及
[1198]
向受试者施用治疗有效量的疫苗作为加强物，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段；从而治疗或预防受试者的前列腺癌。
[1199]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1200]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；以及
[1201]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽。
[1202]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1203]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；以及
[1204]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、
265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；其中第一异源多肽和第二异源多肽具有不同的氨基酸序列。
[1205]
在一些实施方案中，多肽以第一顺序和第二顺序组织。
[1206]
在一些实施方案中，以第一顺序组织的多肽包含seq id no:541或seq id no:550的异源多肽。
[1207]
在一些实施方案中，以第二顺序组织的多肽包含seq id no:543或seq id no:552的异源多肽。
[1208]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是dna或rna。
[1209]
在一些实施方案中，rna是mrna或自复制rna。
[1210]
在一些实施方案中，疫苗是重组病毒。
[1211]
在一些实施方案中，重组病毒来源于腺病毒、痘病毒、腺伴随病毒或逆转录病毒。
[1212]
在一些实施方案中，以第一顺序组织的多肽由seq id no:542或seq id no:551的多核苷酸编码。
[1213]
在一些实施方案中，以第二顺序组织的多肽由seq id no:544或seq id no:553的多核苷酸编码。
[1214]
在一些实施方案中，引发物包含来源于gad20的重组病毒，该重组病毒包含seq id no:541或seq id no:550的异源多肽。
[1215]
在一些实施方案中，加强物包含来源于mva的重组病毒，该重组病毒包含seq id no:543或seq id no:552的异源多肽。
[1216]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1217]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列；以及
[1218]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列。
[1219]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1220]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列；以及
[1221]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列。
[1222]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1223]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列；以及
[1224]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列。
[1225]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者
施用以下疫苗
[1226]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
[1227]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva。
[1228]
本公开还提供了一种治疗或预防受试者的前列腺癌的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1229]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
[1230]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva。
[1231]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1232]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸。
[1233]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸。
[1234]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸。
[1235]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸。
[1236]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸。
[1237]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸。
[1238]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1239]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1240]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用
包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸。
[1241]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸。
[1242]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸。
[1243]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸。
[1244]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸。
[1245]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸。
[1246]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1247]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1248]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列；以及
[1249]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列。
[1250]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1251]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列；以及
[1252]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列。
[1253]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1254]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列；以及
[1255]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列。
[1256]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用
以下疫苗
[1257]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
[1258]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva。
[1259]
本公开还提供了一种在受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用以下疫苗
[1260]
第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
[1261]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva。
[1262]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽，用于治疗或预防前列腺癌。
[1263]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列，用于治疗或预防前列腺癌。
[1264]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列，用于治疗或预防前列腺癌。
[1265]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列，用于治疗或预防前列腺癌。
[1266]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
[1267]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva，用于治疗或预防前列腺癌。
[1268]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva，用于治疗或预防前列腺癌。
[1269]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸，用于治疗或预防前列腺癌。
[1270]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1271]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1272]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1273]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1274]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1275]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1276]
本公开还提供了一种包含来源于gad20的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1277]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1278]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1279]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1280]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1281]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1282]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1283]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1284]
本公开还提供了一种包含来源于mva的重组病毒的疫苗，该疫苗包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸，用于诱导免疫应答。
[1285]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624的氨基酸序列；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626的氨基酸序列，用于诱导免疫应答。
[1286]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列，用于诱导免疫应答。
[1287]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列，用于诱导免疫应答。
[1288]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:543的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva，用于诱导免疫应答。
[1289]
本公开还提供了第一疫苗，该第一疫苗包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸，其中第一异源多肽包含seq id no:550的氨基酸序列，其中第一疫苗是重组gad20；以及
[1290]
第二疫苗，该第二疫苗包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸，其中第二异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列，其中第二疫苗是重组mva，用于诱导免疫应答。
[1291]
在一些实施方案中，受试者患有、被怀疑患有或被怀疑会发展成前列腺癌。前列腺癌诊断由执业医师执行。
[1292]
在一些实施方案中，前列腺癌是复发性前列腺癌、难治性前列腺癌、转移性前列腺癌或去势抵抗性前列腺癌、或者它们的任意组合。
[1293]
在一些实施方案中，受试者是治疗初治型的。
[1294]
在一些实施方案中，受试者已接受雄激素阻断疗法。
[1295]
在一些实施方案中，向受试者施用第一疫苗一次或多次。
[1296]
在一些实施方案中，向受试者施用第二疫苗一次或多次。
[1297]
在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约1
‑
16周之间施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约1周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约2周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约3周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约4周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约5周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约6周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约7周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约8周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约9周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约10周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约11周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约12周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约13周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约14周施用第一疫苗。在一些实施方案中，在施用第二疫苗之前约16周施用第一疫苗。
[1298]
在一些实施方案中，前列腺癌是复发性前列腺癌、难治性前列腺癌、转移性前列腺癌或去势抵抗性前列腺癌、或者它们的任意组合。
[1299]
在一些实施方案中，该方法包括进一步向受试者施用另外的癌症治疗剂。
[1300]
联合治疗
[1301]
本公开的疫苗可与至少一种另外的癌症治疗剂联合用于治疗前列腺癌。
[1302]
另外的癌症治疗剂可以是外科手术、化学疗法、雄激素阻断疗法、放射疗法、靶向疗法或检查点抑制剂、或者它们的任意组合。
[1303]
示例性化学治疗剂是烷基化剂；亚硝基脲；抗代谢物；抗肿瘤抗生素；植物生物碱；紫杉烷；激素试剂；以及各种其他试剂，诸如白消安、卡铂、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达卡巴嗪、异环磷酰胺、盐酸氮芥、美法仑、甲苄肼、噻替哌、尿嘧啶氮芥、5
‑
氟尿嘧啶、6
‑
巯嘌呤、卡培他滨、胞嘧啶阿拉伯糖苷、氟尿苷、氟达拉滨、吉西他滨、甲氨蝶呤、硫鸟嘌呤、更生霉素、柔红霉素、多柔比星、伊达比星、丝裂霉素
‑
c和米托蒽醌、长春花碱、长春新碱、长春地辛、长春瑞滨、紫杉醇、多西他赛。
[1304]
示例性雄激素阻断疗法包括醋酸阿比特龙、酮康唑、恩杂鲁胺、格拉特龙、arn
‑
509和orteronel(tak
‑
700)以及手术切除睾丸。
[1305]
可使用各种方法进行放射疗法，包括外束疗法、内部放射疗法、植入物放射、立体定向放射外科手术、全身放射疗法、放射疗法以及永久性或暂时性间质短距离放射疗法。外束疗法涉及三维适形放射疗法(其中设计有辐射场)、局部放射(例如，指向预选目标或器官的放射)或聚焦放射。聚焦放射可选自立体定向放射外科手术、分段立体定向放射外科手术或调强放射疗法。聚焦放射可具有粒子束(质子)、钴
‑
60(光子)线性加速剂(x射线)作为放射源(参见例如wo 2012/177624)。“短距离放射疗法”是指通过将空间受限的放射性材料插入体内肿瘤或其他增殖性组织疾病部位或其附近的放射治疗，包括暴露于放射性同位素(例如，at
‑
211、i
‑
131、i
‑
125、y
‑
90、re
‑
186、re
‑
188、sm
‑
153、bi
‑
212、p
‑
32和lu的放射性同位素)。用作细胞调节剂的合适辐射源包括固体和液体两者。辐射源可以是放射性核素，诸如作为固体源的i
‑
125、i
‑
131、yb
‑
169、ir
‑
192，作为固体源的i
‑
125，或者发射光子、β粒子、γ辐射或其他治疗射线的其他放射性核素。放射性材料也可以是由放射性核素的任何溶液制成的流体，例如i
‑
125或i
‑
131的溶液，或者放射性流体可使用包含固体放射性核素(诸如au
‑
198、y
‑
90)的小颗粒的合适流体的浆液来产生。放射性核素可体现在凝胶或放射性微球中。
[1306]
靶向疗法包括抗雄激素疗法、血管生成抑制剂(诸如贝伐珠单抗、抗psa或抗psma抗体)或增强对psa或psma的免疫应答的疫苗。
[1307]
示例性检查点抑制剂是pd
‑
1、pd
‑
l1、pd
‑
l2、vista、btnl2、b7
‑
h3、b7
‑
h4、hvem、hhla2、ctla
‑
4、lag
‑
3、tim
‑
3、btla、cd160、ceacam
‑
1、lair1、tgfβ、il
‑
10、siglec家族蛋白质、kir、cd96、tigit、nkg2a、cd112、cd47、sirpa或cd244的拮抗剂。“拮抗剂”是指当与细胞蛋白质结合时抑制由蛋白质的天然配体诱导的至少一种反应或活性的分子。当至少一种反应或活性被抑制超过在不存在拮抗剂的情况下(例如，阴性对照)被抑制的至少一种反应或活性的至少约30％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％时或当与不存在拮抗剂情况下的抑制相比抑制具有统计意义上的显著性时，分子为拮抗剂。拮抗剂可以是抗体、可溶性配体、小分子、dna或rna(诸如sirna)。检查点抑制剂的示例性拮抗剂描述于美国专利公布2017/0121409中。
[1308]
在一些实施方案中，将本公开的一种或多种疫苗与ctla
‑
4抗体、ctla4配体、pd
‑
1轴抑制剂、pd
‑
l1轴抑制剂、tlr激动剂、cd40激动剂、ox40激动剂、羟基脲、鲁索替尼、菲卓替
尼、41bb激动剂、cd28激动剂、sting拮抗剂、rig
‑
1拮抗剂、tcr
‑
t疗法、car
‑
t疗法、flt3配体、硫酸铝、btk抑制剂、cd38抗体、cdk抑制剂、cd33抗体、cd37抗体、cd25抗体、gm
‑
csf抑制剂、il
‑
2、il
‑
15、il
‑
7、cd3重定向分子、泊马米布(pomalimib)、ifnγ、ifnα、tnfα、vegf抗体、cd70抗体、cd27抗体、bcma抗体或gprc5d抗体、它们的任意组合联合施用。
[1309]
在一些实施方案中，检查点抑制剂是伊匹单抗(ipilimumab)、西利单抗(cetrelimab)、派姆单抗(pembrolizumab)、纳武单抗(nivolumab)、信迪利单抗(sintilimab)、西米普利单抗(cemiplimab)、特瑞普利单抗(toripalimab)、卡瑞利珠单抗(toripalimab)、替雷利珠单抗(tislelizumab)、多塔利单抗(dostralimab)、斯巴达珠单抗(spartalizumab)、普鲁戈利单抗(prolgolimab)、ak
‑
105、hlx
‑
10、巴替利单抗(balstilimab)、medi
‑
0680、hx
‑
008、gls
‑
010、bi
‑
754091、杰诺单抗(genolimzumab)、ak
‑
104、mga
‑
012、f
‑
520、609a、ly
‑
3434172、amg
‑
404、sl
‑
279252、sct
‑
i10a、ro
‑
7121661、ictcar
‑
014、medi
‑
5752、cs
‑
1003、xmab
‑
23104、sym
‑
021、lzm
‑
009、hab21、bat
‑
1306、mgd
‑
019、jtx
‑
4014、布加达利单抗(budigalimab)、xmab
‑
20717、ak
‑
103、mgd
‑
013、ibi
‑
318、萨善利单抗(sasanlimab)、cc
‑
90006、阿维单抗(avelumab)、阿替利珠单抗(atezolizumab)、度伐鲁单抗(durvalumab)、cs
‑
1001、bintrafuspα、恩沃利单抗(envafolimab)、cx
‑
072、gen
‑
1046、gs
‑
4224、kl
‑
a167、bgb
‑
a333、shr
‑
1316、cbt
‑
502、il
‑
103、kn
‑
046、zkab
‑
001、ca
‑
170、tg_1501、lp
‑
002、incb
‑
86550、adg
‑
104、shr
‑
1701、bcd
‑
135、imc
‑
001、msb
‑
2311、fpt
‑
155、faz
‑
053、hlx
‑
20、碘帕利单抗(iodapolimab)、fs
‑
118、bms
‑
986189、ak
‑
106、mcla
‑
145、ibi
‑
318或ck
‑
301，或者它们的任意组合。
[1310]
在一些实施方案中，将本公开的一种或多种疫苗与伊匹单抗、西利单抗、派姆单抗、纳武单抗、信迪利单抗、西米普利单抗、特瑞普利单抗、卡瑞利珠单抗、替雷利珠单抗、多塔利单抗、斯巴达珠单抗、普鲁戈利单抗、巴替利单抗、布加达利单抗、萨善利单抗、阿维单抗、阿替利珠单抗、度伐鲁单抗、恩沃利单抗或碘帕利单抗、或者它们的任意组合联合施用。
[1311]
试剂盒
[1312]
本公开还提供了一种试剂盒，该试剂盒包含：
[1313]
第一疫苗，该第一疫苗包含来源于gad20的重组病毒，该重组病毒包含编码seq id no:541、550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸；以及
[1314]
第二疫苗，该第二疫苗包含来源于mva的重组病毒，该重组病毒包含编码seq id no:543、552、557、558、559、625或626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1315]
本公开还提供了一种试剂盒，该试剂盒包含：
[1316]
第一疫苗，该第一疫苗包含来源于gad20的重组病毒，该重组病毒包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸；以及
[1317]
第二疫苗，该第二疫苗包含来源于mva的重组病毒，该重组病毒包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸。
[1318]
本公开还提供了一种试剂盒，该试剂盒包含：
[1319]
第一疫苗，该第一疫苗包含来源于gad20的重组病毒，该重组病毒包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸；以及
[1320]
第二疫苗，该第二疫苗包含来源于mva的重组病毒，该重组病毒包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸。
[1321]
编码所选前列腺新抗原的组合的异源多肽或包含所选前列腺新抗原的组合的异源多肽
[1322]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自下列的两种或更多种多肽及其片段
[1323]
as18，包含氨基酸序列wkfemsytvggppphvharprhwktdr(seq id no:275)；
[1324]
p87，包含氨基酸序列yeagmtlggkilfflflllplspfslif(seq id no:381)；
[1325]
as55，包含氨基酸序列dghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhac(seq id no:333)；
[1326]
as57，包含氨基酸序列tggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitel(seq id no:337)；
[1327]
as15，包含氨基酸序列vlrfldlkvrylhs(seq id no:269)；
[1328]
as7，包含氨基酸序列dywaqkekgsssflrpsc(seq id no:253)；
[1329]
as43，包含氨基酸序列vpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssi(seq id no:309)；
[1330]
as51，包含氨基酸序列gmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqslld(seq id no:325)；
[1331]
as16，包含氨基酸序列gnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrg(seq id no:271)；
[1332]
as41，包含氨基酸序列eafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslr(seq id no:305)；
[1333]
as6，包含氨基酸序列dywaqkekisiprthlc(seq id no:251)；
[1334]
as3，包含氨基酸序列vammvpdrqvhydfgl(seq id no:245)；
[1335]
as11，包含氨基酸序列vpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwra(seq id no:261)；
[1336]
as13，包含氨基酸序列krsfavterii(seq id no:265)；
[1337]
as47，包含氨基酸序列fkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaav(seq id no:317)；
[1338]
as8，包含氨基酸序列lvlgvlsghsgsrl(seq id no:255)；
[1339]
as19，包含氨基酸序列qwqhyhrsgeaagtplwrptrn(seq id no:277)；
[1340]
as37，包含氨基酸序列chlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrg(seq id no:297)；
[1341]
as23，包含氨基酸序列kiqnkncpd(seq id no:285)；
[1342]
ms1，包含氨基酸序列hykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasq(seq id no:437)；
[1343]
ms3，包含氨基酸序列rtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplg(seq id no:439)；
[1344]
ms6，包含氨基酸序列yaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcq(seq id no:442)；
[1345]
ms8，包含氨基酸序列tmpailklqkncllsl(seq id no:444)；以及
[1346]
p82，包含氨基酸序列yeagmtlgekfrvgnckhlkmtrp(seq id no:379)。
[1347]
在一些实施方案中，分离的异源多肽还包含选自下列的一种或多种多肽及其片段
[1348]
p16，包含氨基酸序列gvpgdstrravrrmntf(seq id no:343)；
[1349]
fus1，包含氨基酸序列cgasacdvsliamdsa(seq id no:211)；
[1350]
p22，包含氨基酸序列slyhrekqliamdsai(seq id no:349)；
[1351]
fus2，包含氨基酸序列teynqklqvnqfsesk(seq id no:213)；
[1352]
fus3，包含氨基酸序列teiscctlsseeneylprpewqlq(seq id no:215)；
[1353]
fus6，包含氨基酸序列ceergaagslisce(seq id no:221)；
[1354]
fus5，包含氨基酸序列nskmalnsealsvvse(seq id no:219)；
[1355]
fus8，包含氨基酸序列wgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhct(seq id no:225)；
[1356]
fus15，包含氨基酸序列hvvgyghldtsgsssssswp(seq id no:345)；
[1357]
p35，包含氨基酸序列nskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnap(seq id no:353)；
[1358]
fus19，包含氨基酸序列kmhfslkehppppcpp(seq id no:235)；以及
[1359]
fus7，包含氨基酸序列lwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaair(seq id no:223)。
[1360]
本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自下列的一种或多种多肽及其片段
[1361]
p16，包含氨基酸序列gvpgdstrravrrmntf(seq id no:343)；
[1362]
fus1，包含氨基酸序列cgasacdvsliamdsa(seq id no:211)；
[1363]
p22，包含氨基酸序列slyhrekqliamdsai(seq id no:349)；
[1364]
fus2，包含氨基酸序列teynqklqvnqfsesk(seq id no:213)；
[1365]
fus3，包含氨基酸序列teiscctlsseeneylprpewqlq(seq id no:215)；
[1366]
fus6，包含氨基酸序列ceergaagslisce(seq id no:221)；
[1367]
fus5，包含氨基酸序列nskmalnsealsvvse(seq id no:219)；
[1368]
fus8，包含氨基酸序列wgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhct(seq id no:225)；
[1369]
fus15，包含氨基酸序列hvvgyghldtsgsssssswp(seq id no:345)；
[1370]
p35，包含氨基酸序列nskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnap(seq id no:353)；
[1371]
fus19，包含氨基酸序列kmhfslkehppppcpp(seq id no:235)；以及
[1372]
fus7，包含氨基酸序列lwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaair(seq id no:223)。
[1373]
在一些实施方案中，分离的异源多肽还包含选自下列的一种或多种多肽及其片段
[1374]
as18，包含氨基酸序列wkfemsytvggppphvharprhwktdr(seq id no:275)；
[1375]
p87，包含氨基酸序列yeagmtlggkilfflflllplspfslif(seq id no:381)；
[1376]
as55，包含氨基酸序列dghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhac(seq id no:333)；
[1377]
as57，包含氨基酸序列tggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitel(seq id no:337)；
[1378]
as15，包含氨基酸序列vlrfldlkvrylhs(seq id no:269)；
[1379]
as7，包含氨基酸序列dywaqkekgsssflrpsc(seq id no:253)；
[1380]
as43，包含氨基酸序列vpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssi(seq id no:309)；
[1381]
as51，包含氨基酸序列gmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqslld(seq id no:325)；
[1382]
as16，包含氨基酸序列gnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrg(seq id no:271)；
[1383]
as41，包含氨基酸序列eafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslr(seq id no:305)；
[1384]
as6，包含氨基酸序列dywaqkekisiprthlc(seq id no:251)；
[1385]
as3，包含氨基酸序列vammvpdrqvhydfgl(seq id no:245)；
[1386]
as11，包含氨基酸序列vpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwra(seq id no:261)；
[1387]
as13，包含氨基酸序列krsfavterii(seq id no:265)；
[1388]
as47，包含氨基酸序列fkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaav(seq id no:317)；
[1389]
as8，包含氨基酸序列lvlgvlsghsgsrl(seq id no:255)；
[1390]
as19，包含氨基酸序列qwqhyhrsgeaagtplwrptrn(seq id no:277)；
[1391]
as37，包含氨基酸序列chlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrg(seq id no:297)；
[1392]
as23，包含氨基酸序列kiqnkncpd(seq id no:285)；
[1393]
ms1，包含氨基酸序列hykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasq(seq id no:437)；
[1394]
ms3，包含氨基酸序列rtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplg(seq id no:439)；
[1395]
ms6，包含氨基酸序列yaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcq(seq id no:442)；
[1396]
ms8，包含氨基酸序列tmpailklqkncllsl(seq id no:444)；以及
[1397]
p82，包含氨基酸序列yeagmtlgekfrvgnckhlkmtrp(seq id no:379)。
[1398]
在一些实施方案中，分离的异源多肽还包含选自下列的一种或多种多肽及其片段
[1399]
m84，包含氨基酸序列iarelhqfafdlliksh(seq id no:167)；
[1400]
m86，包含氨基酸序列qpdsfaalhsslnelge(seq id no:171)；
[1401]
m10，包含氨基酸序列fvqgkdwglkkfirrdf(seq id no:19)；
[1402]
m12，包含氨基酸序列fvqgkdwgvkkfirrdf(seq id no:23)；以及
[1403]
fr1，包含氨基酸序列qnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaft(seq id no:177)。
[1404]
本公开还提供了一种异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[1405]
本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸包含选自下列的两种或更多种多核苷酸及其片段
[1406]
tggaaattcgagatgagctacacggtgggtggcccgcctccccatgttcatgctagacccaggcattggaaaactgataga的多核苷酸序列(seq id no:276)(编码as18)；
[1407]
tatgaagcagggatgactctgggaggtaagatacttttctttctcttcctcctccttcctctctcccccttctccctcattttc的多核苷酸序列(seq id no:382)(编码p87)；
[1408]
gatggccactcctacacatccaaggtgaattgtttactccttcaagatgggttccatggctgtgtgagcatcaccggggcagctggaagaagaaacctgagcatcttcctgttcttgatgctgtgcaaattggagttccatgcttgt的多核苷酸序列(seq id no:334)(编码as55)；
[1409]
acagggggcaaaagcacctgctcggctcctggccctcagtctctcccctccactccattctccacctacccacagtgggtcattctgatcaccgaactg的多核苷酸序列(seq id no:338)(编码as57)；
[1410]
gtgctgcgctttctggacttaaaggtgagatacctgcactct的多核苷酸序列(seq id no:270)(编码as15)；
[1411]
gactactgggctcaaaaggagaagggatcatcttcattcctgcgaccatcctgt的多核苷酸序列(seq id no:254)(编码as7)；
[1412]
gtgcccttccgggagctcaagaacgtgagtgtcctggaggggctccgtcaaggccggcttgggggtccctgttcatgtcactgcccaagaccttcccaggccaggctcacgccagtggatgtggcaggtcccttcttgtgtctgggggatcctgggctgttccccccagtcaagagcagtatc的多核苷酸序列(seq id no:310)(编码as43)；
[1413]
ggcatggagtgcaccctggggcaggtgggtgccccgtcccctcggagggaggaggacggttggcgtgggggccacagccgattcaaggctgatgtaccagcaccgcagggaccctgctggggtggccaacctggctctgccccctcctcagctcctcctgaacagtcattattagat(seq id no:326)的多核苷酸序列(编码as51)；
[1414]
ggcaacaccaccctccagcagctgggtgaggcctcccaggcgccctcaggctccctcatccctctgaggctgcctctgctctgggaagtgaggggc的多核苷酸序列(seq id no:272)(编码as16)；
[1415]
gaggccttccagagggccgctggtgagggcggcccgggccgcggtggggcacggcgcggtgccagggtgttgcagagccccttttgcagggcaggagctggggagtggttaggacatcagtccctcagg的多核苷酸序列(seq id no:306)(编码as41)；
[1416]
gactactgggctcaaaaggagaagatcagcatccccagaacacacctgtgt的多核苷酸序列(seq id no:252)(编码as6)；
[1417]
gttgctatgatggttcctgatagacaggttcattatgactttggattg的多核苷酸序列(seq id no:246)(编码as3)；
[1418]
gtgcccttccgggagctcaagaaccagagaacagcacaaggggctcctgggatccaccacgcggcttcccccgttgctgccaacctctgcgacccggcgagacacgcacagcacacacgcatcccctgcggcgctggccaagtgcgtgctggccgaggtcccgaagcaggtggtggagtactacagccacagaggcctgcccccgagaagcctgggtgtccctgccggagaggccagcccaggctgcacaccgtgaagatgtggagggcg的多核苷酸序列(seq id no:262)(编码as11)；
[1419]
aagagaagttttgctgtcacggagaggatcatc的多核苷酸序列(seq id no:266)(编码as13)；
[1420]
ttcaagaagttcgacggcccttgtggtgagcgcggcggcgggcgcacggctcgagctctgtgggcgcg
cggcgacagcgtcctgactcctgccctcgacccccagacccctgtcagggcgccctccctgacccgagccgcagctgccgtg的多核苷酸序列(seq id no:318)(编码as47)；
[1421]
cttgtacttggtgtattgagcgggcacagtggctcacgccta的多核苷酸序列(seq id no:256)(编码as8)；
[1422]
cagtggcagcactaccaccggtcaggtgaggccgcagggactcccctctggagacccacaagaaac的多核苷酸序列(seq id no:278)(编码as19)；
[1423]
tgccacctcttcctgcagccccaggttggcaccccccccccccacactgccagtgctcgagcccccagtggtccaccccaccctcatgaaagttgccctgcagggcgaagacctgcgagagctgcgcagacatgtgcacgccgacagcacggacttcctggctgtgaagaggctggtacagcgcgtgttcccagcctgcacctgcacctgcaccaggccgccctcggagcaggaaggggccgtgggtggggagaggcctgtgcccaagtacccccctcaagaggc的多核苷酸序列(seq id no:298)(编码as37)；
[1424]
aaaattcagaataaaaattgtccagac的多核苷酸序列(seq id no:286)(编码as23)；
[1425]
cactacaaattaattcaacaacccatatccctcttctccatcactgataggctccataagacgttcagtcagctgccctcggtccatctctgctcaatcaccttccagtggggacacccgcccattttctgctcaacaaatgatatctgtgtcacggccaacttctgcatctcggtcacattccttaaaccgtgcttcctcctacatgaggcatctgcctcacag的多核苷酸序列(seq id no:448)(编码ms1)；
[1426]
aggaccgccctgacacacaatcaggacttctctatctacaggctctgttgcaagagggggtccctctgccacgcttcccaggccagatccccggctttcccgaagccggtcagacctcttcctgcccccatcaccagaatcaccccccaactggggggacaatctgactcgagtcaaccccttctcactacgggaagacctcaggggtggcaagatcaagctcttagacacacccagcaagccagtcctgcctcttgtgccaccatcaccattcccatccactcagctgcccttggtgaccactccggagaccctggtccagcctgggacacctgcccgccgctgccgctcactaccctcatcccccgagctcccccgccgtatggagacagcactgccaggtcctggccctcccgctgtgggcccctcggc的多核苷酸序列(seq id no:450)(编码ms3)；
[1427]
tatgcttacaaggactttctctggtgttttcctttttctttagtttttctccaagagattcaaatctgctgccatgttagctgtctttgctgtatctgctgtagtacacgaatatgccttggctgtttgcttgagctttttctatcccgtgctcttcgtgctcttcatgttctttggaatggctttcaacttcattgtcaa的多核苷酸序列(seq id no:453)(编码ms6)；
[1428]
accatgcctgctattttaaagttacagaagaattgtcttctctcctta的多核苷酸序列(seq id no:455)(编码ms8)；以及
[1429]
tatgaagcagggatgactctgggagaaaaattccgggttggcaattgcaagcatctcaaaatgaccagaccc的多核苷酸序列(seq id no:380)(编码p82)。
[1430]
在一些实施方案中，分离的异源多核苷酸还包含选自下列的一种或多种多核苷酸及其片段
[1431]
ggagttccaggagattcaaccaggagagcagtgaggagaatgaataccttc的多核苷酸序列(seq id no:344)(编码p16)；
[1432]
tgcggggcctctgcctgtgatgtctccctcattgctatggacagtgct的多核苷酸序列(seq id no:212)(编码fus1)；
[1433]
tccctctaccaccgggagaagcagctcattgctatggacagtgctatc的多核苷酸序列(seq id no:350)(编码p22)；
[1434]
accgaatacaaccagaaattacaagtgaatcaatttagtgaatccaaa的多核苷酸序列(seq id no:214)(编码fus2)；
[1435]
acagaaatttcatgttgcaccctgagcagtgaggagaatgaataccttccaagaccagagtggcagctccag的多核苷酸序列(seq id no:216)(编码fus3)；
[1436]
tgtgaggagcgcggcgcggcaggaagccttatcagttgtgag的多核苷酸序列(seq id no:222)(编码fus6)；
[1437]
aacagcaagatggctttgaactcagaagccttatcagttgtgagtgag的多核苷酸序列(seq id no:220)(编码fus5)；
[1438]
tgggggatggagttggcagcgtctcggaggttctcctgggaccaccactccgccggggggccgcccagagtgccaagcgtccgatccggcgccgcccaagtgcagcccaaggacccgctcccgctccgcaccctggcaggctgcctagccaggactgcgcacctgcgccctggggcggagtccttaccccaaccccagcttcactgcaca的多核苷酸序列(seq id no:226)(编码fus8)；
[1439]
cacgtggtgggctatggccaccttgatacttccgggtcatcctcctcctcctcctggccc的多核苷酸序列(seq id no:346)(编码fus15)；
[1440]
aacagcaagatggctttgaactcattaaactccattgatgatgcacagttgacaagaattgcccctccaagatctcattgctgtttctgggaagtaaacgctcct(seq id no:354)的多核苷酸序列(编码p35)；
[1441]
aaaatgcacttctccctcaaggagcacccaccgcccccttgcccgcct的多核苷酸序列(seq id no:236)(编码fus19)；以及
[1442]
ctgtggttccagagcagtgagctgtccccgacgggagcgccatggcccagccgccgcccgacgtggagggggacgactgtctccccgcgtaccgccacctcttctgcccggacctgctgcgggacaaagtggccttcatcacaggaggcggctctgggattgggttccggattgctgagattttcatgcggcacggctgccatacgg的多核苷酸序列(seq id no:224)(编码fus7)。
[1443]
本公开还提供了一种分离的异源多核苷酸，该分离的异源多核苷酸包含选自下列的两种或更多种多核苷酸
[1444]
ggagttccaggagattcaaccaggagagcagtgaggagaatgaataccttc的多核苷酸序列(seq id no:344)(编码p16)；
[1445]
tgcggggcctctgcctgtgatgtctccctcattgctatggacagtgct的多核苷酸序列(seq id no:212)(编码fus1)；
[1446]
tccctctaccaccgggagaagcagctcattgctatggacagtgctatc的多核苷酸序列(seq id no:350)(编码p22)；
[1447]
accgaatacaaccagaaattacaagtgaatcaatttagtgaatccaaa的多核苷酸序列(seq id no:214)(编码fus2)；
[1448]
acagaaatttcatgttgcaccctgagcagtgaggagaatgaataccttccaagaccagagtggcagctccag的多核苷酸序列(seq id no:216)(编码fus3)；
[1449]
tgtgaggagcgcggcgcggcaggaagccttatcagttgtgag的多核苷酸序列(seq id no:222)(编码fus6)；
[1450]
aacagcaagatggctttgaactcagaagccttatcagttgtgagtgag的多核苷酸序列(seq id no:220)(编码fus5)；
[1451]
tgggggatggagttggcagcgtctcggaggttctcctgggaccaccactccgccggggggccgcccag
agtgccaagcgtccgatccggcgccgcccaagtgcagcccaaggacccgctcccgctccgcaccctggcaggctgcctagccaggactgcgcacctgcgccctggggcggagtccttaccccaaccccagcttcactgcaca的多核苷酸序列(seq id no:226)(编码fus8)；
[1452]
cacgtggtgggctatggccaccttgatacttccgggtcatcctcctcctcctcctggccc的多核苷酸序列(seq id no:346)(编码fus15)；
[1453]
aacagcaagatggctttgaactcattaaactccattgatgatgcacagttgacaagaattgcccctccaagatctcattgctgtttctgggaagtaaacgctcct(seq id no:354)的多核苷酸序列(编码p35)；
[1454]
aaaatgcacttctccctcaaggagcacccaccgcccccttgcccgcct的多核苷酸序列(seq id no:236)(编码fus19)；以及
[1455]
ctgtggttccagagcagtgagctgtccccgacgggagcgccatggcccagccgccgcccgacgtggagggggacgactgtctccccgcgtaccgccacctcttctgcccggacctgctgcgggacaaagtggccttcatcacaggaggcggctctgggattgggttccggattgctgagattttcatgcggcacggctgccatacgg的多核苷酸序列(seq id no:224)(编码fus7)。
[1456]
在一些实施方案中，分离的异源多核苷酸还包含一种或多种多核苷酸或者一种或多种多核苷酸的一个或多个至少24个核苷酸长的连续片段，其中多核苷酸包含：
[1457]
tggaaattcgagatgagctacacggtgggtggcccgcctccccatgttcatgctagacccaggcattggaaaactgataga的多核苷酸序列(seq id no:276)(编码as18)；
[1458]
tatgaagcagggatgactctgggaggtaagatacttttctttctcttcctcctccttcctctctcccccttctccctcattttc的多核苷酸序列(seq id no:382)(编码p87)；
[1459]
gatggccactcctacacatccaaggtgaattgtttactccttcaagatgggttccatggctgtgtgagcatcaccggggcagctggaagaagaaacctgagcatcttcctgttcttgatgctgtgcaaattggagttccatgcttgt的多核苷酸序列(seq id no:334)(编码as55)；
[1460]
acagggggcaaaagcacctgctcggctcctggccctcagtctctcccctccactccattctccacctacccacagtgggtcattctgatcaccgaactg的多核苷酸序列(seq id no:338)(编码as57)；
[1461]
gtgctgcgctttctggacttaaaggtgagatacctgcactct的多核苷酸序列(seq id no:270)(编码as15)；
[1462]
gactactgggctcaaaaggagaagggatcatcttcattcctgcgaccatcctgt的多核苷酸序列(seq id no:254)(编码as7)；
[1463]
gtgcccttccgggagctcaagaacgtgagtgtcctggaggggctccgtcaaggccggcttgggggtccctgttcatgtcactgcccaagaccttcccaggccaggctcacgccagtggatgtggcaggtcccttcttgtgtctgggggatcctgggctgttccccccagtcaagagcagtatc的多核苷酸序列(seq id no:310)(编码as43)；
[1464]
ggcatggagtgcaccctggggcaggtgggtgccccgtcccctcggagggaggaggacggttggcgtgggggccacagccgattcaaggctgatgtaccagcaccgcagggaccctgctggggtggccaacctggctctgccccctcctcagctcctcctgaacagtcattattagat(seq id no:326)的多核苷酸序列(编码as51)；
[1465]
ggcaacaccaccctccagcagctgggtgaggcctcccaggcgccctcaggctccctcatccctctgaggctgcctctgctctgggaagtgaggggc的多核苷酸序列(seq id no:272)(编码as16)；
[1466]
gaggccttccagagggccgctggtgagggcggcccgggccgcggtggggcacggcgcggtgccagggtgttgcagagccccttttgcagggcaggagctggggagtggttaggacatcagtccctcagg的多核苷酸序列
id no:453)(编码ms6)；
[1479]
accatgcctgctattttaaagttacagaagaattgtcttctctcctta的多核苷酸序列(seq id no:455)(编码ms8)；以及
[1480]
tatgaagcagggatgactctgggagaaaaattccgggttggcaattgcaagcatctcaaaatgaccagaccc的多核苷酸序列(seq id no:380)(编码p82)，及其片段。
[1481]
在一些实施方案中，分离的异源多核苷酸还包含选自下列的一种或多种多核苷酸及其片段
[1482]
attgcgagagagctgcatcagttcgcttttgacctgctaatcaagtcacac的多核苷酸序列(seq id no:168)(编码m84)；
[1483]
cagcccgactcctttgcagccttgcactctagcctcaatgaactgggagag的多核苷酸序列(seq id no:172)(编码m86)；
[1484]
tttgtgcaaggcaaagactggggattaaagaaattcatccgtagagatttt的多核苷酸序列(seq id no:20)(编码m10)；
[1485]
tttgtgcaaggcaaagactggggagtcaagaaattcatccgtagagatttt的多核苷酸序列(seq id no:24)(编码m12)；以及
[1486]
cagaacctgcagaatggaggggggagcaggtcttcagccacactgccggggcggcggcggcggcggtggctgcggcggcggcggcagccaatatcagtagctcctgcggggccccctcgccgaccaaaccaaaaaccaaacccacctggcggtgcgaggtgtgtgattatgagaccaacgtggccaggaacctccgcattcaca的多核苷酸序列(seq id no:178)(编码fr1)。
[1487]
本公开还提供了一种异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[1488]
本公开还提供了一种异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[1489]
本公开还提供了一种异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。多核苷酸可用于在腺病毒中表达。
[1490]
本公开还提供了一种异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。多核苷酸可用于在mva中表达。
[1491]
例如，编码seq id no:541的异源多肽的seq id no:542的异源多核苷酸可用于产生基于腺病毒的前列腺癌疫苗，诸如基于rgad20的那些。另选地，编码seq id no:550、554、555、556、623或624的异源多肽的异源多核苷酸也可用于基于腺病毒的疫苗中。除了编码41种新抗原的组合的异源多核苷酸之外，异源多核苷酸的5'或3'还可包括另外的促进子元
件，诸如调控序列、标签等。示例性促进子元件包括cmv启动子、痘苗p7.5启动子、teto阻遏子、kozak序列、编码t细胞增强子(tce)的多核苷酸、编码组氨酸标签的多核苷酸、一个或多个终止密码子、多腺苷酸化信号或启动子序列。促进子元件的示例性多核苷酸序列包括包含seq id no:628的cmvteto启动子、包含seq id no:545的kozak序列、包含seq id no:546的编码tce的多核苷酸、包含seq id no:547的编码组氨酸标签的多核苷酸、包含seq id no:629的bgh多腺苷酸化位点、包含tagtaa的核苷酸序列的一个或多个终止密码子、包含seq id no:628的多核苷酸的cmv启动子或包含seq id no:630的多核苷酸的痘苗p7.5启动子。因此，包含一种或多种另外的促进子序列的异源多核苷酸包含编码seq id no:550的多肽的seq id no:551的多核苷酸序列。
[1492]
在一些实施方案中，分离的异源多肽包含seq id no:541的氨基酸序列。
[1493]
在一些实施方案中，异源多肽由seq id no:542的异源多核苷酸编码。
[1494]
在一些实施方案中，异源多核苷酸还包含一个或多个促进子元件。
[1495]
在一些实施方案中，促进子元件包含启动子、增强子、多腺苷酸化位点、kozak序列、终止密码子、t细胞增强子(tce)、或者它们的任意组合。
[1496]
在一些实施方案中，kozak序列包含seq id no:545，编码tce的多核苷酸包含seq id no:546，编码组氨酸标签的多核苷酸包含seq id no:547，并且一个或多个终止密码子包含tagtaa的多核苷酸序列。
[1497]
在一些实施方案中，tce由seq id no:546的多核苷酸编码，cmv启动子包含seq id no:628的多核苷酸，痘苗p7.5启动子包含seq id no:630的多核苷酸，并且多腺苷酸化位点包含seq id no:629的牛生长激素多腺苷酸化位点。
[1498]
本公开还提供了一种包含seq id no:550的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1499]
在一些实施方案中，异源多肽由seq id no:551的异源多核苷酸编码。
[1500]
本公开还提供了一种包含seq id no:554的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1501]
在一些实施方案中，分离的异源多肽包含seq id no:555的氨基酸序列。
[1502]
本公开还提供了一种包含seq id no:556的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1503]
在一些实施方案中，分离的异源多肽包含seq id no:623的氨基酸序列。
[1504]
本公开还提供了一种包含seq id no:624的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1505]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是dna。在一些实施方案中，异源多核苷酸是rna。在一些实施方案中，异源多核苷酸是mrna。在一些实施方案中，异源多核苷酸是自复制rna。
[1506]
编码seq id no:543的异源多肽的seq id no:544的异源多核苷酸可用于工程化基于mva的前列腺癌疫苗。另选地，也可使用seq id no:557、558、559、625或626的异源多肽。除了编码41种新抗原的组合的异源多核苷酸之外，异源多核苷酸的5'或3'还可包括另外的促进子元件，诸如调控序列、标签等。示例性促进子序列包括kozak序列、编码t细胞增强子(tce)的多核苷酸、编码组氨酸标签的多核苷酸、一个或多个终止密码子、多腺苷酸化信号或启动子序列。促进子元件的示例性多核苷酸序列包括包含seq id no:545的kozak序列，包含seq id no:546的编码tce的多核苷酸，包含seq id no:547的编码组氨酸标签的多核苷酸以及包含tagtaa的多核苷酸序列的一个或多个终止密码子。因此，包含一个或多个另外的促进子元件的异源多核苷酸包含编码seq id no:552的多肽的seq id no:553的多
核苷酸序列。
[1507]
本公开还提供了一种包含seq id no:543的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1508]
在一些实施方案中，异源多肽由seq id no:544的异源多核苷酸编码。
[1509]
在一些实施方案中，异源多核苷酸还包含一个或多个促进子元件。
[1510]
在一些实施方案中，促进子元件包含启动子、增强子、多腺苷酸化位点、kozak序列、终止密码子、t细胞增强子(tce)、或者它们的任意组合。
[1511]
在一些实施方案中，kozak序列包含seq id no:545，编码tce的多核苷酸包含seq id no:546，编码组氨酸标签的多核苷酸包含seq id no:547，并且一个或多个终止密码子包含tagtaa的多核苷酸序列。
[1512]
在一些实施方案中，tce由seq id no:546的多核苷酸编码，cmv启动子包含seq id no:628的多核苷酸，痘苗p7.5启动子包含seq id no:630的多核苷酸，并且多腺苷酸化位点包含seq id no:629的牛生长激素多腺苷酸化位点。在一些实施方案中，分离的异源多肽包含seq id no:552的氨基酸序列。
[1513]
在一些实施方案中，异源多肽由seq id no:553的异源多核苷酸编码。
[1514]
本公开还提供了一种包含seq id no:557的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1515]
本公开还提供了一种包含seq id no:558的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1516]
本公开还提供了一种包含seq id no:559的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1517]
本公开还提供了一种包含seq id no:625的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1518]
本公开还提供了一种包含seq id no:626的氨基酸序列的分离的异源多肽。
[1519]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是dna。在一些实施方案中，异源多核苷酸是rna。在一些实施方案中，异源多核苷酸是mrna。在一些实施方案中，异源多核苷酸是自复制rna。
[1520]
41种前列腺新抗原(seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177)的一个或多个片段也可用于产生前列腺癌疫苗，只要一个或多个片段是免疫原性的即可。可使用的示例性此类片段是seq id no:387、388、390、392、405、406、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、631、632、633、634、635、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、708、709的多肽。可使用本文所述的测定来测试片段的免疫原性。
[1521]
在一些实施方案中，片段的第一n末端氨基酸残基不存在。
[1522]
本公开还提供了一种编码本公开的异源多肽的分离的异源多核苷酸。
[1523]
在一些实施方案中，片段的前5'密码子不存在。
[1524]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码选自
seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[1525]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[1526]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。多核苷酸可用于在腺病毒中表达。
[1527]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸的载体。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:542的多核苷酸。
[1528]
本公开还提供了一种包含seq id no:542的异源多核苷酸的载体。
[1529]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸的载体。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:551的多核苷酸。
[1530]
本公开还提供了一种包含seq id no:551的多核苷酸的载体。
[1531]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1532]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1533]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1534]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1535]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1536]
在一些实施方案中，载体是病毒载体。
[1537]
在一些实施方案中，病毒载体是腺病毒载体。
[1538]
在一些实施方案中，腺病毒载体来源于人腺病毒，任选地来源于ad5、ad7、ad11、ad26、ad34、ad35、ad48、ad49或ad50。
[1539]
在一些实施方案中，腺病毒载体来源于ad26。
[1540]
在一些实施方案中，腺病毒载体来源于类人猿腺病毒，任选地来源于gad20、gad19、gad21、gad25、gad26、gad27、gad28、gad29、gad30、gad31、chad3、chad4、chad5、chad6、chad7、chad8、chad9、chad10、chad1、chad16、chad17、chad19、chad20、chad22、chad24、chad26、chad30、chad31、chad37、chad38、chad44、chad55、chad63、chad73、chad82、chad83、chad146、chad147、panad1、panad2或panad3。
[1541]
在一些实施方案中，腺病毒载体来源于gad20。
[1542]
本公开还提供了一种rgad20，该rgad20包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[1543]
本公开还提供了一种rgad20，该rgad20包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[1544]
本公开还提供了一种rgad20，该rgad20包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段。多核苷酸可用于在腺病毒中表达。
[1545]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:542。
[1546]
本公开还提供了一种包含seq id no:542的异源多核苷酸的rgad20。
[1547]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:551。
[1548]
本公开还提供了一种包含seq id no:551的多核苷酸的rgad20。
[1549]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。
[1550]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。
[1551]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。
[1552]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。
[1553]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸的rgad20。
[1554]
本公开还提供了一种包含rgad20或用rgad20转导的细胞，其中rgad20包含：
[1555]
编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段；
[1556]
异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段；
[1557]
编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸；
[1558]
seq id no:542的异源多核苷酸；
[1559]
编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸；
[1560]
seq id no:551的异源多核苷酸；
[1561]
编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸；
[1562]
编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸；
[1563]
编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸；
[1564]
编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸；或者
[1565]
编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1566]
本公开还提供了一种包含rgad20的疫苗，其中rgad20包含：
[1567]
编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段；
[1568]
异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498和499的两种或更多种多核苷酸及其片段；
[1569]
编码seq id no:541的异源多肽的异源多核苷酸；
[1570]
seq id no:542的异源多核苷酸；
[1571]
编码seq id no:550的异源多肽的异源多核苷酸；
[1572]
seq id no:551的异源多核苷酸；
[1573]
编码seq id no:554的异源多肽的异源多核苷酸；
[1574]
编码seq id no:555的异源多肽的异源多核苷酸；
[1575]
编码seq id no:556的异源多肽的异源多核苷酸；
[1576]
编码seq id no:623的异源多肽的异源多核苷酸；或者
[1577]
编码seq id no:624的异源多肽的异源多核苷酸。
[1578]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[1579]
本公开还提供了一种载体，该载体包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。多核苷酸可用于在mva中表达。
[1580]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸的载体。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:544。
[1581]
本公开还提供了一种包含seq id no:544的异源多核苷酸的载体。
[1582]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸的载
体。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:553。
[1583]
本公开还提供了一种包含seq id no:553的多核苷酸的载体。
[1584]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1585]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1586]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1587]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1588]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸的载体。
[1589]
在一些实施方案中，载体是病毒载体。
[1590]
在一些实施方案中，病毒载体是mva。
[1591]
在一些实施方案中，mva载体来源于mva 476mg/14/78、mva
‑
571、mva
‑
572、mva
‑
574、mva
‑
575或mva
‑
bn。
[1592]
本公开还提供了一种rmva，该rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸编码异源多肽，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段。
[1593]
本公开还提供了一种rmva，该rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的两种或更多种多核苷酸及其片段。
[1594]
本公开还提供了一种rmva，该rmva包含异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸及其片段。多核苷酸可用于在mva中表达。
[1595]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:544。
[1596]
本公开还提供了一种包含seq id no:544的多核苷酸的rmva。
[1597]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:553。
[1598]
本公开还提供了一种包含seq id no:553的多核苷酸的rmva。
[1599]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。
[1600]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。
[1601]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。
[1602]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。
[1603]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸的rmva。
[1604]
本公开还提供了一种包含rmva或用rmva转导的细胞，其中rmva包含：
[1605]
编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段；
[1606]
异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸；
[1607]
编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸；
[1608]
seq id no:544的异源多核苷酸；
[1609]
编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸；
[1610]
seq id no:553的异源多核苷酸；
[1611]
编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸；
[1612]
编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸；
[1613]
编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸；
[1614]
编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸；或者
[1615]
编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1616]
本公开还提供了一种包含rmva的疫苗，其中mva包含：
[1617]
编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的两种或更多种多肽及其片段；
[1618]
异源多核苷酸，该异源多核苷酸包含选自seq id no:500、501、461、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、477、519、520、521、522、523、524、525、485、486、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539和540的两种或更多种多核苷酸；
[1619]
编码seq id no:543的异源多肽的异源多核苷酸；
[1620]
seq id no:544的异源多核苷酸；
[1621]
编码seq id no:552的异源多肽的异源多核苷酸；
[1622]
seq id no:553的异源多核苷酸；
[1623]
编码seq id no:557的异源多肽的异源多核苷酸；
[1624]
编码seq id no:558的异源多肽的异源多核苷酸；
[1625]
编码seq id no:559的异源多肽的异源多核苷酸；
[1626]
编码seq id no:625的异源多肽的异源多核苷酸；或者
[1627]
编码seq id no:626的异源多肽的异源多核苷酸。
[1628]
本公开还提供了一种疫苗，该疫苗包含编码异源多肽的异源多核苷酸，该异源多肽包含选自seq id no:275、381、333、337、269、253、309、325、271、305、251、245、261、265、317、255、277、297、285、437、439、442、444、379、343、211、349、213、215、221、219、225、345、353、235、223、167、171、19、23和177的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多肽及其片段。
[1629]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含选自seq id no:276、382、334、338、270、254、310、326、272、306、252、246、262、266、318、256、278、298、286、448、450、453、455、380、344、212、350、214、216、222、220、226、346、354、236、224、168、172、20、24和178的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或41种多核苷酸的异源多核苷酸及其片段。
[1630]
在一些实施方案中，片段包含seq id no:387、388、390、392、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620或621的肽。
[1631]
在一些实施方案中，异源多肽包含seq id no:541、550、554、555、556、623或624。
[1632]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:542或seq id no:551。
[1633]
在一些实施方案中，异源多肽包含seq id no:543、552、557、558、559、625或626。
[1634]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:544或seq id no:553。
[1635]
在一些实施方案中，异源多核苷酸是dna或rna。
[1636]
在一些实施方案中，rna是mrna或自复制rna。
[1637]
在一些实施方案中，疫苗是重组病毒。
[1638]
在一些实施方案中，重组病毒来源于腺病毒、痘病毒、腺伴随病毒或逆转录病毒。
[1639]
在一些实施方案中，重组病毒来源于had5、had7、had11、had26、had34、had35、had48、had49、had50、gad20、gad19、gad21、gad25、gad26、gad27、gad28、gad29、gad30、gad31、chad3、chad4、chad5、chad6、chad7、chad8、chad9、chad10、chad11、chad16、chad17、chad19、chad20、chad22、chad24、chad26、chad30、chad31、chad37、chad38、chad44、chad55、chad63、chad73、chad82、chad83、chad146、chad147、panad1、panad2、panad3、哥本哈根痘苗病毒(w)、纽约减毒痘苗病毒(nyvac)、alvac、trovac或经修饰的痘苗安卡拉(mva)。
[1640]
在一些实施方案中，重组病毒来源于gad20。
[1641]
在一些实施方案中，重组病毒来源于mva。
[1642]
在一些实施方案中，重组病毒来源于ad26。
[1643]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:541或550的异源多肽的异源多核苷酸序列的疫苗。
[1644]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:542或551。
[1645]
在一些实施方案中，疫苗是来源于gad20的重组病毒。
[1646]
本公开还提供了一种包含编码seq id no:543或552的异源多肽的异源多核苷酸序列的疫苗。
[1647]
在一些实施方案中，异源多核苷酸包含seq id no:544或553。
[1648]
在一些实施方案中，疫苗是来源于mva的重组病毒。
[1649]
提供以下实施例以进一步描述本文所公开的实施方案中的一些。这些实施例旨在说明而非限制本发明所公开的实施方案。
[1650]
实施例1通用方法
[1651]
肽合成
[1652]
肽由new england peptide合成，纯度>80％。将冻干的肽溶解在100％dmso中。
[1653]
新抗原的体外免疫原性评估(“患者pbmc再刺激测定”)
[1654]
使用培养基(补充有glutamax、10％hi fbs和1x丙酮酸钠的rpmi1640)解冻来自患有转移性去势抵抗性前列腺癌的人类患者的pbmc。对细胞进行计数，并以250,000个活细胞/孔的浓度接种在96孔圆底微孔板中。将冻干的肽溶解在100％dmso中，并在培养基中稀释至10μg/ml。将新抗原肽等体积添加到pbmc中，使最终浓度5μg/ml。将cef peptide pool“plus”(cellular technologies,ltd.)用作阳性对照，并将最终浓度与实验肽相同的dmso用作阴性对照。将人il
‑
15(peprotech)以10ng/ml的最终浓度添加到所有孔中。
[1655]
将板在37℃(5％co2)下温育总共13天。每2天用il
‑
15(10ng/ml最终浓度)和il
‑
2(r&d systems，10iu/ml最终浓度)更新一次培养基。第12天，用浓度与第1天的肽刺激相同的相同实验肽或对照再刺激pbmc。温育1小时后，将蛋白质抑制剂混合物(inhibitor cocktail)(ebioscience)添加到每个孔中，并将平板温育过夜。
[1656]
第13天，对细胞进行染色，用于细胞内流式细胞术分析。将细胞用pbs洗涤，并用live/dead fixable aqua死细胞染色液(thermo
‑
fisher)染色。在活/死细胞染色后，使用不含生物素的fc受体阻断剂(biotin
‑
free fc receptor blocker)(accurate chemical&scientific corp)阻断细胞。细胞外细胞流组(每孔1μl/抗体，50μl)由cd3 percp
‑
cy5.5(biolegend)、cd4 bv421(biolegend)和cd8 apc
‑
cy7(biolegend)组成。细胞外染色后，使用foxp3/转录因子染色缓冲液组(foxp3/transcription factor staining buffer set)(ebioscience)固定细胞，并使用tnfαfitc(r&d systems)和ifnγbv785(biolegend)染色细胞内蛋白质(1:50稀释度)。将细胞洗涤并重悬于染色缓冲液中，并使用bd celesta流式细胞仪进行分析。
[1657]
使用flowjo v10完成流式细胞术细胞染色分析。在活的单线态的cd3 细胞上对细胞进行门控。分析cd8 t细胞的tnfα/ifnγ表达，并记录双阳性tnfα/ifnγcd8 t细胞的频率。当由于用实验肽刺激而产生的双阳性tnfα/ifnγcd8 t细胞的频率比该患者的仅dmso阴性对照增加大于或等于2倍时，将反应评估为阳性。在1至7个患者样本中分析肽。
[1658]
新抗原的体外免疫原性评估(“外源自体同源正常供体再刺激测定”)
[1659]
使用培养基(补充有谷氨酰胺、hepes、5％人血清(sigma)和1x pen
‑
strep的imdm(gibco))解冻从人正常pbmc分离的cd1c 树突状细胞(dc)。将dc细胞重悬于补充有il
‑
4(peprotech，80ng/ml)和gm
‑
csf(gibco，80ng/ml)的培养基中，接种在6孔微孔板中，并在37℃(5％co2)下静置过夜。第二天，对dc细胞进行计数，并以30,000个活细胞/孔的浓度接种
在96孔圆底微孔板中。将冻干的肽(15
‑
mer重叠肽)溶解在100％dmso中，并用新抗原混合至5mg/ml至20mg/ml。将新抗原肽库添加到dc中，使最终浓度为2.5μg/ml至10μg/ml，并在37℃(5％co2)下静置2小时。将cef peptide pool“plus”(cellular technologies,ltd.)用作阳性对照，并将最终浓度与实验肽相同的dmso用作阴性对照。2小时后，用50格雷电离辐射照射dc细胞。使用培养基解冻从人正常pbmc分离的自体cd3 pan
‑
t细胞。照射后，将自体pan
‑
t细胞以300,000个活细胞/孔添加到照射过的dc中。将人il
‑
15(peprotech)以10ng/ml的最终浓度添加到所有孔中。
[1660]
将板在37℃(5％co2)下温育总共12天。每2
‑
3天用il
‑
15(10ng/ml最终浓度)和il
‑
2(r&d systems，10iu/ml最终浓度)更新一次培养基。第11天，用浓度与第1天的肽刺激相同的相同实验肽库或对照再刺激细胞。将蛋白质抑制剂混合物(ebioscience)添加到每个孔中，并将板在37℃(5％co2)下温育过夜。
[1661]
第12天，对细胞进行染色，用于细胞内流式细胞术分析。将细胞用pbs洗涤，并用live/dead fixable aqua死细胞染色液(thermo
‑
fisher)染色。在活/死细胞染色后，使用不含生物素的fc受体阻断剂(biotin
‑
free fc receptor blocker)(accurate chemical&scientific corp)阻断细胞。细胞外细胞流组(每孔1μl/抗体，50μl)由cd3 percp
‑
cy5.5(biolegend)、cd4 bv421(biolegend)和cd8 apc
‑
cy7(biolegend)组成。细胞外染色后，使用foxp3/转录因子染色缓冲液组(foxp3/transcription factor staining buffer set)(ebioscience)固定细胞，并使用tnfαfitc(r&d systems)和ifnγbv785(biolegend)染色细胞内蛋白质(1:50稀释度)。将细胞洗涤并重悬于染色缓冲液中，并使用bd celesta流式细胞仪进行分析。
[1662]
使用flowjo v10完成流式细胞术细胞染色分析。在活的单线态的cd3 细胞上对细胞进行门控。分析cd8 和cd4 t细胞的tnfα/ifnγ表达，并记录双阳性tnfα/ifnγcd8 细胞的频率和双阳性tnfα/ifnγcd4 细胞的频率。当由于用实验肽库刺激而产生的双阳性tnfα/ifnγcd8 或tnfα/ifnγcd4 t细胞的频率比该供体的仅dmso阴性对照增加大于或等于3倍且至少0.01％时，将反应评估为阳性。
[1663]
新抗原的体外内源免疫原性评估(“内源自体同源正常供体再刺激测定”)
[1664]
使用培养基(补充有谷氨酰胺、hepes、5％人血清(sigma)和1x pen
‑
strep的imdm(gibco))解冻从人正常pbmc分离的cd1c 树突状细胞(dc)。将dc细胞重悬于补充有il
‑
4(peprotech，80ng/ml)和gm
‑
csf(gibco，80ng/ml)的培养基中，接种在6孔微孔板中，并在37℃(5％co2)下静置过夜。第二天，对dc细胞进行计数，并以30,000个活细胞/孔的浓度接种在96孔圆底微孔板中。将ad5载体(vector biolabs)在培养基中稀释，使基于噬斑形成单位的moi(感染复数)为5000。将cef库的ad5载体和“空”用作对照。将dc用ad5载体在37℃(5％co2)下转导过夜。第二天，使用无菌磷酸盐缓冲盐水通过三个连续离心/抽吸步骤将ad5载体从板上洗掉。最后一次洗涤后，将转导的dc重悬于100μl培养基中。使用培养基解冻从人正常pbmc分离的自体cd3 pan
‑
t细胞。将pan
‑
t细胞以300,000个活细胞/孔(100μl/孔)添加到照射过的dc中。将人il
‑
15(peprotech)以10ng/ml的最终浓度添加到所有孔中。
[1665]
将板在37℃(5％co2)下温育总共12天。每2
‑
3天用il
‑
15(10ng/ml最终浓度)和il
‑
2(r&d systems，10iu/ml最终浓度)更新一次培养基。第11天，将冻干的肽(15
‑
mer重叠肽)溶解在100％dmso中，并用新抗原混合至5mg/ml至20mg/ml。将新抗原肽库添加到细胞中，使
最终浓度为2.5μg/ml至10μg/ml。将cef peptide pool“plus”(cellular technologies,ltd.)用作阳性对照，并将最终浓度与实验肽相同的dmso用作阴性对照。将蛋白质抑制剂混合物(ebioscience)添加到每个孔中，并将板在37℃(5％co2)下温育过夜。
[1666]
第12天，对细胞进行染色，用于细胞内流式细胞术分析。将细胞用pbs洗涤，并用live/dead fixable aqua死细胞染色液(thermo
‑
fisher)染色。在活/死细胞染色后，使用不含生物素的fc受体阻断剂(biotin
‑
free fc receptor blocker)(accurate chemical&scientific corp)阻断细胞。细胞外细胞流组(每孔1μl/抗体，50μl)由cd3 percp
‑
cy5.5(biolegend)、cd4 bv421(biolegend)和cd8 apc
‑
cy7(biolegend)组成。细胞外染色后，使用foxp3/转录因子染色缓冲液组(foxp3/transcription factor staining buffer set)(ebioscience)固定细胞，并使用tnfαfitc(r&d systems)和ifnγbv785(biolegend)染色细胞内蛋白质(1:50稀释度)。将细胞洗涤并重悬于染色缓冲液中，并使用bd celesta流式细胞仪进行分析。
[1667]
使用flowjo v10完成流式细胞术细胞染色分析。在活的单线态的cd3 细胞上对细胞进行门控。分析cd8 和cd4 t细胞的tnfα/ifnγ表达，并记录双阳性tnfα/ifnγcd8 细胞的频率和双阳性tnfα/ifnγcd4 细胞的频率。当由于用实验肽库刺激而产生的双阳性tnfα/ifnγcd8 或tnfα/ifnγcd4 t细胞的频率比该供体的仅dmso阴性对照增加大于或等于3倍且至少0.01％时，将反应评估为阳性。
[1668]
新抗原与i类mhc的体外结合
[1669]
分析通过生物信息学分析鉴定的9mer肽与6个常见hla i类等位基因(hla
‑
a*01:01、a*02:01、a*03:01、a*24:02、b*07:02、b*08:01)的结合倾向。该方法的原理在下文简要描述，并且由两个部分组成，一个部分涉及肽与由紫外线(uv)辐射诱导的阳性对照发生交换，第二部分是检测稳定hla肽和空hla复合物的酶免疫测定。
[1670]
hla结合的肽对于hla复合物的稳定性很关键。对于每个hla，利用不同的肽(pos)(pos：hla
‑
a*01:01：ctelklsdy(seq id no:409)，hla
‑
a*02:01：nlvpmvatv(seq id no:410)，hla
‑
a*03:01：liyrrrlmk(seq id no:411)，hla
‑
a*24:02：lysacfwwl(seq id no:412)，hla
‑
b*07:02：npkasllsl(seq id no:413)，hla
‑
b*08:01：elrsrywai(seq id no:414)，这些肽在与hla分子结合时可以通过uv照射裂解)通过uv不稳定肽稳定来稳定条件性hla i类复合物。在裂解时，所得的肽片段从hla i类复合物解离，因为它们的长度不足以与hla稳定结合。在进行肽裂解的条件下(中性ph，在融化的冰上)，不含肽的hla复合物保持稳定。因此，当在存在另一种所选的hla i类肽的情况下进行裂解时，该反应使得裂解的uv不稳定肽pos与所选肽发生净交换(rodenko,b等人(2006)nature protocols1:1120
‑
32；toebes,m等人(2006)nat med 12:246
‑
51；bakker,ah等人(2008)proc natl acad sci usa 105:3825
‑
30)。
[1671]
使用hla i类elisa分析目的肽与pos之间的交换效率。组合技术允许鉴定目的hla分子的具有潜在免疫原性的配体。
[1672]
交换对照肽pos是相关hla i类等位基因的高亲和力结合物，而交换对照肽neg是非结合物。uv对照表示在不存在拯救肽的情况下uv照射条件性hla i类复合物。相对于交换对照肽pos的结合评价交换对照肽neg(hla
‑
a*01:01：npkasllsl(seq id no:413)，hla
‑
a*02
‑
01：ivtdfsvik(seq id no:416)，hla
‑
a*03:01：npkasllsl(seq id no:413)，hla
‑
a*24:
02：nlvpmvatv(seq id no:410)，hla
‑
b*07:02：liyrrrlmk(seq id no:411)，hla
‑
b*08:01：nlvpmvatv(seq id no:410))和所有实验肽的结合。将交换对照肽的吸收率设为100％。该程序产生了一系列不同的交换百分比，反映了不同实验肽对所用的hla等位基因的亲和力。
[1673]
hla i类elisa是一种基于(肽稳定的)hla i类复合物的β2
‑
微球蛋白(b2m)的检测的酶免疫测定法。为此，将链霉亲和素结合到聚苯乙烯微量滴定孔上。在洗涤和封闭后，由微量滴定板上的链霉亲和素经由其生物素酰化重链捕获交换反应混合物或elisa对照中存在的hla复合物。通过洗涤除去未结合的材料。随后，添加辣根过氧化物酶(hrp)缀合的人b2m抗体。hrp缀合的抗体仅与微量滴定孔中存在的完整hla复合物结合，因为肽交换不成功会导致初始uv敏感hla复合物在uv照明下崩解。在后一种情况下，在洗涤步骤期间除去b2m。通过洗涤除去未结合的hrp缀合物后，将底物溶液添加到孔中。有色产物与样本中存在的完整hla复合物的量成比例形成。在通过添加终止溶液终止反应后，在微量滴定读板机中测量吸光度。将吸光度归一化为交换对照肽的吸光度(代表100％)。也可以通过这种elisa技术来检测肽以对hla i类分子的中等亲和力至低亲和力进行的次优hla结合(rodenko,b等人(2006)nature protocols 1:1120
‑
32)。
[1674]
在6个hla等位基因中的一个中具有10％或更高交换效率的肽被考虑用于进一步的免疫原性测试和分析。
[1675]
实施例2.通过生物信息学鉴定新抗原
[1676]
开发了计算框架以通过生物信息学手段分析各种前列腺癌rna
‑
seq数据集，从而鉴定由异常转录程序(诸如基因融合事件、内含子保留、另选的剪接变体和发育沉默基因的异常表达)产生的常见前列腺癌新抗原。
[1677]
查询的数据集为：
[1678]
·
基因型
‑
组织表达(gtex)研究联盟(the genotype
‑
tissue expression consortium)。该数据集涵盖来自49个正常组织的6137个rna
‑
seq数据集，并且用于注释正常组织中的rna特征并评估正常组织中可能的前列腺新抗原候选物的频率。
[1679]
·
癌症基因组图谱
‑
前列腺腺癌(the cancer genome atlas prostate adenocarcinoma)(tcga prad)(cancer genome atlas research network.cell.2015年11月5日；163(4):1011
‑
25.doi:10.1016/j.cell.2015.10.025)。该数据集涵盖来自508名前列腺癌受试者的rna
‑
seq数据集，并且用于鉴定局部前列腺腺癌中的新抗原候选物。
[1680]
·
对抗癌症(stand up to cancer)(su2c)(robinson d等人，cell.2015年5月21日；161(5):1215
‑
1228.doi:10.1016/j.cell.2015.05.001)。该数据集涵盖来自43名mcrpc受试者的rna
‑
seq数据集。
[1681]
在分析之前进行原始数据的质量控制(qc)。首先修剪测序读数以去除illumina的接头序列，并从下游分析中去除映射到人类trna和rrna的读数。还对两端处碱基质量评分较差的碱基(<10，phred量表；指示不正确概率为1/10的碱基)进行了修剪。phred质量评分测量由自动dna测序仪器生成的碱基的鉴定质量。从数据集中去除小于25bp的修剪读数。另外，遵循qc步骤被认为可以去除质量较差的读数：去除最高碱基质量phred评分<15的读数；去除平均碱基质量phred评分<10的读数；去除polyatcg速率>80％的读数；去除两个读数中的一个读数失效的rna序列。
[1682]
使用arraystudio(https_//www_omicsoft_com/array
‑
studio/)平台将通过qc标
准的读数映射到人类基因组构建(human genome build)38。将refseq基因模型(发布日期为2017年6月6日)用于注释新rna特征。
[1683]
此处公布的结果全部或部分地基于由nci和nhgri管理的癌症基因组图谱(cancer genome atlas)生成的数据。关于tcga的信息可见于http://_cancergenme_nih_gov。
[1684]
基因融合事件的鉴定
[1685]
将fusionmap算法(ge h等人，bioinformatics.2011年7月15日；27(14):1922
‑
8.doi:10.1093/bioinformatics/btr310.2011年5月18日电子版)用于鉴定上述前列腺癌数据集中的基因融合事件。fusionmap基于种子读数检测融合接点，所述种子读数包含读数中间区域的融合断点位置。该算法基于来自种子读数的映射融合接点的共有序列动态地创建伪融合转录物/序列文库。fusionmap然后将未映射的可能融合读数与伪融合参考进行比对，以进一步识别拯救的读数。该程序报告检测到的融合接点的列表、支持读数的统计信息、融合基因对，以及断点和接点序列的基因组位置，所述基因组位置以碱基对分辨率全面表征融合基因。
[1686]
使用fusionmap鉴定源自如图1所示的嵌合通读融合体和由如图2所示的染色体改变产生的融合体的新抗原。当满足以下标准时，将新抗原分类为源自基因融合事件：融合接点由基因组中映射位置不同的至少两个种子读数、解析接点的至少4个测序读数(种子和拯救读数)以及跨越读数的至少一个接点支持。使用上述数据集查询肿瘤组织和正常组织中新抗原的患病率。当鉴定患病率在至少一个疾病小组(tcga和su2c)中>10％并且在正常组织中<2％(来自49个正常组织的6137个rna
‑
seq数据集)时，将新抗原鉴定为常见的。如果基因融合事件产生了长段的新肽序列或存在于目的基因中，则包括在疾病小组中患病率低于10％的基因融合事件。
[1687]
剪接变体的鉴定
[1688]
开发了定制的生物信息学软件来分析配对末端rna
‑
seq数据，从而鉴定由可变剪接事件产生的潜在新抗原。利用所开发的过程，鉴定了如图3所示的具有新盒的可变5'或3'剪接位点、保留的内含子、排除的外显子、可变终止或插入的剪接变体。该过程通过两个主要功能鉴定refseq基因模型中不存在的剪接变体：1)基于具有6bp或更多bp的空位和在空位的每一侧上对齐的至少15bp的序列的读段(下文称为分裂映射读段)鉴定新接点。如果新接点由至少5个分裂映射读段和每一端上的位于接点两侧的一对配对读段表示，则报告它们。2)鉴定对齐读段的岛，下文称为覆盖岛。下文描述了用于确定岛边界的参数的更多细节。图4示出了该方法的草图。
[1689]
为了区分由于真正的剪接变异而不是基因组dna和/或前mrna污染而导致内含子区域映射读段，开发了两个参数来确定200个高度表达管家基因的污染分布。然后将这些分布的尾端用作发现相关新剪接变体的截止值。
[1690]
1.内含子覆盖深度(idc)：所有管家内含子碱基的第90百分位数覆盖深度。如果特定区域的覆盖范围降到该值以下，则将发生这种情况的第一碱基定义为覆盖岛边界。
[1691]
2.内含子/外显子覆盖率(iecr)：所有管家基因内含子的最近上游外显子的中值内含子覆盖率与中值覆盖率之间的第90百分位数比率。
[1692]
需要所有报告的剪接变体都满足以下标准：
[1693]
可变3'/5'剪接位点鉴定：
[1694]
‑
新剪接位点由至少5个分裂映射读段和位于接点两侧的一对配对读段支持
[1695]
‑
使用剪接位点(如果适用)产生的内含子区域超过iecr并且整个区域超过idc
[1696]
新盒鉴定：
[1697]
‑
内含子区域中的两个新剪接位点由至少5个分裂映射读段和位于接点两侧的一对配对读段支持
[1698]
‑
两个剪接位点之间的区域超过iecr并且整个区域超过idc
[1699]
内含子保留鉴定：
[1700]
‑
内含子区域超过iecr并且整个区域超过idc
[1701]
‑
至少5个读数跨越两个内含子
‑
外显子边界，其中至少15bp在边界的每一侧上对齐
[1702]
可变终止鉴定：
[1703]
‑
3'边界被定义为覆盖岛的不在规范外显子3'端60bp范围内的边缘
[1704]
‑
规范外显子的5'端与3'边界之间的任何内含子区域超过iecr并且整个区域超过idc
[1705]
外显子排除鉴定：
[1706]
‑
新接点由至少5个分裂映射读段和位于接点两侧的一对配对读段支持，其中跳过一个或多个规范外显子
[1707]
当鉴定发病率在患病小组(tcga和su2c数据集)中为约>10％并且在正常组织(gtex研究联盟数据集)中为约<1％时，将来源于异常剪接事件的新抗原鉴定为常见的。
[1708]
基于dna突变(点和移码)的新抗原的鉴定
[1709]
对如上所述包含来自前列腺癌患者的外显子组测序数据的tcga、su2c和整合dfci/sloane kettering数据集(整合dfci/sloane kettering数据集(armenia等人，nat genet.2018年5月；50(5):645
‑
651.doi:10.1038/s41588
‑
018
‑
0078
‑
z.2018年4月2日电子版)进行检查。下载由产生这些数据集的联盟公布的突变检出，并且对存在于>10％的患者群体中或已知为前列腺癌的驱动因素的基因(诸如ar)中的基因突变进行鉴定。对于所选择的每个单点突变，鉴定在其中心具有突变氨基酸的17mer肽用于进一步验证研究。
[1710]
剪接同种型预测
[1711]
在某些情况下，在所鉴定的剪接事件的上游存在多个阅读框和外显子，它们可影响新表位序列之前的规范肽序列。在这些基因中，基于存在于外显子边界处的分裂映射读段来确定哪些规范外显子邻近每个新表位特征。通过选择与同种型相关的开放阅读框，选择在可包含预测的新表位的事件发生率最高的疾病小组中具有最高平均表达的最高表达的同种型来翻译成对应的蛋白质。提取蛋白质序列的新表位部分(包括第一改变氨基酸上游另外8个氨基酸残基)并用于后续验证研究。按照类似的程序从dna移码改变中鉴定推定的免疫原性抗原。对于移码缺失和插入两者，通过选择适当的开放阅读框来将所得dna序列翻译成对应的蛋白质，并且提取蛋白质序列的移码改变部分，其中包括第一改变氨基酸上游另外8个氨基酸残基。
[1712]
表1示出了具有单个氨基酸突变(m)的所鉴定新抗原的基因来源、特定突变、氨基酸序列以及在患者中的频率。每种突变在表1中以粗体标出。表2示出了它们对应的多核苷酸序列。突变序列在表2中大写标出。表1中的患者频率(％)从armenia等人，nat genet 50
(5):645
‑
651,2018中获得。
[1713]
表1.
[1714]
[1715][1716][1717]
表2.
[1718]
[1719][1720][1721]
表3示出了由移码事件产生的所鉴定新抗原的基因来源、特定移码突变(fr)、氨基酸序列以及突变在患者中的频率。野生型序列在表3中以粗体标出，后面是由于移码而产生
的新序列。表4示出了它们对应的多核苷酸序列。突变序列在表4中大写标出。表3中的患者频率(％)从armenia等人，nat genet 50(5):645
‑
651,2018中获得。
[1722]
表3.
[1723][1724][1725]
表4.
[1726][1727]
表5示出了由基因融合(fus)事件产生的所鉴定新抗原的基因来源和氨基酸序列。表6示出了它们对应的多核苷酸序列。表7示出了fus新抗原在所分析的数据库中的患病率。
[1728]
表5.
[1729][1730]
表6.
[1731]
[1732][1733]
表7.
[1734][1735]
表8示出了由可变剪接(as)事件产生的所鉴定新抗原的基因来源和氨基酸序列。表9示出了它们对应的多核苷酸序列。表10示出了as新抗原在所分析的数据库中的患病率。
[1736]
表8.
[1737]
[1738]
[1739]
[1740][1741]
表9.
[1742]
[1743]
[1744]
[1745]
[1746]
[1747][1748]
表10.
[1749]
[1750][1751]
实施例3：使用生物信息学鉴定另外的新抗原
[1752]
通过如实施例2所述的进一步查询来鉴定另外的新抗原序列。表11示出了另外的新抗原的氨基酸序列。表12示出了对应的多核苷酸序列。
[1753]
表11.
[1754]
[1755][1756]
表12.
[1757]
[1758]
[1759][1760]
实施例4：hla结合预测
[1761]
将使用如实施例3所述的各种方法鉴定的新抗原的氨基酸序列分成所有可能的独特的连续9mer氨基酸片段，并且使用netmhcpan4.0对这些9mer中的每一个进行与六个常见
hla等位基因(hla
‑
a*01:01、hla
‑
a*02:01、hla
‑
a*03:01、hla
‑
a*24:02、hla
‑
b*07:02、hla
‑
b*08:01)的hla结合预测。基于与一个或多个所测试hla等位基因结合的可能性及其在前列腺癌患者中的患病率的排序，选择几个9mer片段用于进一步分析。
[1762]
表13示出了所选的9mer片段及其新抗原来源的氨基酸序列。表14示出了新抗原在所分析的小组中的患病率。
[1763]
表13.
[1764][1765]
表14.
[1766][1767]
实施例5：新抗原的免疫原性评估
[1768]
使用cd8

t细胞产生的tnfα和ifnγ作为读出，使用实施例1中所述的患者pbmc再刺激测定来评估表13所示的9mer片段活化t细胞的能力。表15中所示的自体抗原也用于测定中。图5a、图5b、图5c、图5d和图5e示出了描绘未刺激后(dmso阴性对照)(图5a)、用cef肽刺激后(阳性对照)(图5b)、用p16刺激后(图5c)、用p98刺激后(图5d)和用p3刺激后(图5e)pbmc样本中的tnfα

ifnγ

cd8

t细胞频率的流式细胞术点阵图。表16示出了tnfα

ifnγ

cd8

t细胞的最大频率以及所分析的每种肽相对于阴性对照的最大倍数变化，指出了tnfα

ifnγ

cd8

t细胞的最高频率以及针对该肽评价的pbmc供体的所得倍数变化。发现所评估的所有新抗原都会刺激cd8

t细胞。图6示出了pbmc样本对指定新抗原表现出阳性免疫应答的前列腺癌患者的数量。评估来自十名患者的pbmc。
[1769]
表15.
[1770][1771]
表16.
[1772][1773][1774]
实施例6：新抗原与hla的结合
[1775]
使用实施例1中描述的测定法评估选择的新表位与hla
‑
a*01:01、hla
‑
a*02:01、hla
‑
a*03:01、hla
‑
a*24:02、hla
‑
b*07:02和hla
‑
b*08:01的结合。各种新抗原与hla的结合结果在表17中示出。所测试的每个hla等位基因具有目的肽与之交换的对应阳性对照(pos)和阴性对照(neg)肽。因此，与pos的100％交换率意指目的肽具有与阳性对照肽相同的对hla等位基因的结合亲和力。作为进一步评估的标准，对于我们考虑进行进一步评估的6个
hla等位基因中的至少一个，肽与对应pos肽的交换率为至少10％。如此鉴定的24个新抗原与等位基因特异性pos肽的交换率在下表17中汇总。百分比更高对应于与hla等位基因的结合更强。
[1776]
表17.
[1777][1778][1779]
实施例7：前列腺癌组织的mhc i肽复合物表达谱鉴定前列腺癌中独特的mhc i递呈肽
[1780]
从11个人前列腺癌的样本中分离mhc i肽复合物，并且使用无偏质谱法鉴定由mhc i递呈的肽。在收集时，受试者被诊断为患有7级腺癌或间质肉瘤，其中两名受试者患有浸润性腺癌。
[1781]
将具有hla
‑
a*02:01、hla
‑
a*03:03、hla
‑
b*27:0和hla
‑
b*08:01单倍型的冷冻人前列腺癌组织在包含蛋白酶抑制剂的非离子洗涤剂中机械破坏并且处理。使用pan
‑
mhc等位基因单克隆抗体来免疫纯化来自样本的mhc i肽复合物。酸洗脱后，通过elisa评估mhc i肽复合物的回收率，并且将回收的肽脱盐并进行lc
‑
ms/ms分析。
[1782]
对来自前列腺肿瘤的原始lc
‑
ms/ms数据文件进行分析，以搜索由从11个人前列腺癌样本获得的对应rnaseq数据创建的新抗原数据库。这些肽具有理论母离子质量(ms1)和理论碎片离子列表(ms2)。根据肽的理论列表搜索触发ms2扫描的ms1离子列表，并按质量进行匹配。一组ms1ppm质量精度(5ppm)内的所有理论肽然后具有与该母离子的经验ms2(肽谱匹配或psm)相比的计算机ms2谱。基于经验谱与理论谱的匹配程度计算得分。每次lc
‑
ms/ms运行(每个肿瘤样本一个文件)产生数千个psm。然而，这些肽中的绝大部分是在人类参考数据库(swissprot)中发现的规范序列。滤出这些肽并编译目的肽(推定的新抗原)。从该列表
中选择具有呈阳性的足够证据的肽。
[1783]
表18示出了使用lc
‑
ms/ms和肽的基因来源与mhc i复合鉴定的肽的氨基酸序列。
[1784]
表19示出了使用lc/ms/ms与mhc i复合鉴定的肽的对应较长新抗原的氨基酸序列。
[1785]
表20示出了编码对应较长新抗原的多核苷酸序列。
[1786]
本文所述的mhc i复合肽确认了对前列腺癌异常基因改变具有特异性的免疫原性表位的表达、加工和递呈。rnaseq数据库的评估将所鉴定的mhc i复合肽映射在前列腺癌中存在的较长异常转录物内。因此，这些数据鉴定了包含至少一种mhc i类表位的前列腺癌新抗原，该表位是免疫相关的并且能够引发适应性t细胞应答。
[1787]
表18.
[1788][1789]
表19.
[1790]
[1791][1792]
表20.
[1793]
[1794]
[1795][1796]
实施例8肿瘤和正常组织中前列腺新抗原的表达谱
[1797]
分析所鉴定的前列腺新抗原在来自前列腺癌(腺癌，ii
‑
iv临床阶段，gleason评分8
‑
9，受试者是治疗初治型的或者用(比卡鲁胺)、lupron(醋酸亮丙瑞林长效悬浮液)或(地加瑞克)治疗)和一组正常组织(包括肝、肾、胰腺、卵巢、前列腺、乳腺、结肠、胃、骨骼肌和肺)的约90个ffpe组织样本中、在从健康受试者的pbmc中和在前列腺癌细胞系(包括du145
‑
1、mda
‑
mb
‑
436
‑
1、lrex
‑
1、22rv1
‑
1、h660
‑
1)以及在其他组织细胞系(包括nci
‑
h2106
‑
1、l
‑
363
‑
1、hci
‑
n87
‑
1、oci
‑
aml5
‑
1、mda
‑
pca
‑
2b
‑
1和gdm
‑1‑
1)中的表达。使用celldata的rnastorm
‑
rna分离试剂盒，按照试剂盒方案从福尔马林固定的石蜡包埋组织样本中提取总rna。使用qiagen rna分离试剂盒，使用标准方法分离来自培养细胞系和pbmc的rna。使用来自ffpe样本的200ng总rna，使用高容量cdna逆转录试剂盒(abi)和标准方案制备cdna。使用taqman预扩增试剂盒(thermofisher scientific)和标准方案，在15μl预扩增混合物中用基因标记物预扩增37.5ng cdna。为了测试所鉴定的新抗原在多个样本中的基因表达，针对所鉴定的前列腺新抗原中的每一个设计跨越断点序列的引物，并使用fluidigm biomark
tm
hd评估表达。记录每个新抗原的表达阳性ffpe前列腺癌样本的百分比(％)，其中相对平均ct在前列腺癌样本中计算。所选新抗原的表达谱结果在表21中示出。每个新抗原在tcga、su2c和gtex数据库中的患病率在表22中示出。
[1798]
表21.
[1799][1800][1801]
表22.
[1802]
[1803][1804]
实施例10编码所鉴定的新抗原的病毒载体的产生
[1805]
验证所鉴定的新抗原并优先考虑将它们包含在通用前列腺癌疫苗中。基于所鉴定的新抗原在前列腺癌样本中的表达、在正常组织中的低表达、与hla结合以及免疫原性，选择41种所鉴定的新抗原包括在表达盒中。所选的41种新抗原在表21和表22中示出，并且包括
[1806]
as18(wkfemsytvggppphvharprhwktdr；seq id no:275)，
[1807]
p87(yeagmtlggkilfflflllplspfslif；seq id no:381)，
[1808]
as55
[1809]
(dghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhac；seq id no:333)，
[1810]
as57(tggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitel；seq id no:337)，
[1811]
as15(vlrfldlkvrylhs；seq id no:269)
[1812]
as7(dywaqkekgsssflrpsc；seq id no:253)，
[1813]
as43
[1814]
(vpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssi；seq id no:309)，
[1815]
as51
[1816]
(gmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqslld；seq id no:325)，
[1817]
as16(gnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrg；seq id no:271)，
[1818]
as41
[1819]
(eafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslr；seq id no:305)，
[1820]
as6(dywaqkekisiprthlc；seq id no:251)，
[1821]
as3(vammvpdrqvhydfgl；seq id no:245)，
[1822]
as11
[1823]
(vpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwra；seq id no:261)，
[1824]
as13(krsfavterii；seq id no:265)，
[1825]
as47
[1826]
(fkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaav；seq id no:317)，
[1827]
as8(lvlgvlsghsgsrl；seq id no:255)，
[1828]
as19(qwqhyhrsgeaagtplwrptrn；seq id no:277)，
[1829]
as37
[1830]
(chlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrg；seq id no:297)，
[1831]
as23(kiqnkncpd；seq id no:285)，
[1832]
ms1
[1833]
(hykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasq；seq id no:437)，
[1834]
ms3
[1835]
(rtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplg；seq id no:439)，
[1836]
ms6
[1837]
(yaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcq；seq id no:442)，
[1838]
ms8(tmpailklqkncllsl；seq id no:444)，
[1839]
p82(yeagmtlgekfrvgnckhlkmtrp；seq id no:379)，
[1840]
p16(gvpgdstrravrrmntf；seq id no:343)，
[1841]
fus1(cgasacdvsliamdsa；seq id no:211)，
[1842]
p22(slyhrekqliamdsai；seq id no:349)，
[1843]
fus2(teynqklqvnqfsesk；seq id no:213)，
[1844]
fus3(teiscctlsseeneylprpewqlq；seq id no:215)，
[1845]
fus6(ceergaagslisce；seq id no:221)，
[1846]
fus5(nskmalnsealsvvse；seq id no:219)，
[1847]
fus8
[1848]
(wgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhct；seq id no:225)，
[1849]
fus15(hvvgyghldtsgsssssswp；seq id no:345)，
[1850]
p35(nskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnap；seq id no:353)，
[1851]
fus19(kmhfslkehppppcpp；seq id no:235)，以及
[1852]
fus7
[1853]
(lwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaair；seq id no:223)，
[1854]
m84(iarelhqfafdlliksh；seq id no:167)，
[1855]
m86(qpdsfaalhsslnelge；seq id no:171)，
[1856]
m10(fvqgkdwglkkfirrdf；seq id no:19)，
[1857]
m12(fvqgkdwgvkkfirrdf；seq id no:23)，以及
[1858]
fr1
[1859]
(qnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaft；seq id no:177)。
[1860]
将表达盒设计用于通过在没有任何接头的情况下一个接一个地连接41个新抗原序列来克隆到病毒主链修饰的痘苗安卡拉(mva)和类人猿腺病毒20(gad20)中。将每个新抗原序列进行密码子优化以在mva或gad20中表达。针对gad20表达优化的多核苷酸序列在表23中示出，并且针对mva表达优化的多核苷酸序列在表24中示出。
[1861]
表23.
[1862]
[1863]
[1864]
[1865]
[1866]
[1867][1868]
表24.
[1869]
[1870]
[1871]
[1872]
[1873]
[1874][1875]
合成基因设计
[1876]
将41个新抗原氨基酸序列头尾相连。根据最大限度地减少可由两个相邻新抗原肽并置产生的预测连接表位形成的策略来确定新抗原序列的顺序。
[1877]
为此，开发了定制工具来将41个新抗原分成4个具有相似累积长度的较小列表(子列表)，并针对每个子列表生成200万个具有不同新抗原顺序的合成基因的加扰布局。该工具迭代地进行。在每个循环都会生成加扰布局，并将其与已经生成的布局进行比较。如果新布局中的预测接合表位的数量低于先前最佳布局的数量，则认为新布局是最佳的。分析每个加扰布局，从而估计预测会以ic
50
<＝1500nm结合9个i类hla单倍型子集中一个的潜在连接表位的数量(考虑仅由iedb 2.17软件中包括的iedb_推荐方法预测的9mer表位)。9个i类hla单倍型累积覆盖世界人口的82％，如通过在1000基因组项目中分析针对受试者注释的单倍型所估计的。排除具有与n末端t细胞增强子或c末端tag序列形成预测连接表位的新抗原的加扰布局。作为另外的约束，在每种布局中，还排除包含与在人野生型蛋白质组中注释的蛋白质匹配的9mer肽的接点。
[1878]
然后将在对4个子列表中的每一个进行200万次加扰后获得的最佳布局进行连接，以生成包含所有41个新抗原的整体布局。在最佳4种布局的所有可能组合中，选择了由新形成的接点形成的预测表位数量最少的一种。
[1879]
将所描述的整个程序独立地应用两次，以生成由两个待由gad20或mva载体交替编码的人工基因。对于mva载体，加扰布局的设计具有额外的约束条件，即避免与已经存在于针对腺病毒转基因选择的布局中的预测连接表位连接。
[1880]
gad20的优化布局的氨基酸序列在seq id no:541中示出，并且mva的氨基酸序列在seq id no:543中示出。seq id no:541的gad20插入物中的新抗原的顺序如下：fr1
‑
as13
‑
as7
‑
as6
‑
as8
‑
p87
‑
fus3
‑
as43
‑
as57
‑
as51
‑
as18
‑
as55
‑
as23
‑
as47
‑
ms1
‑
as37
‑
as15
‑
as19
‑
as11
‑
as3
‑
p16
‑
p82
‑
fus5
‑
fus1
‑
m12
‑
ms6
‑
fus2
‑
p22
‑
fus6
‑
ms8
‑
ms3
‑
as16
‑
m86
‑
m84
‑
m10
‑
fus8
‑
fus7
‑
fus19
‑
as41
‑
fus15
‑
p35。seq did no:543的mva插入物中的新抗原的顺序如下：fr1
‑
as51
‑
as6
‑
as18
‑
as7
‑
as43
‑
fus3
‑
p87
‑
as8
‑
as13
‑
as57
‑
as55
‑
as19
‑
as3
‑
as23
‑
as15
‑
as11
‑
as37
‑
ms1
‑
as47
‑
p16
‑
fus1
‑
fus6
‑
p22
‑
m12
‑
ms8
‑
fus5
‑
p82
‑
fus2
‑
ms3
‑
ms6
‑
as16
‑
p35
‑
m10
‑
as41
‑
fus8
‑
m84
‑
fus19
‑
fus15
‑
m86
‑
fus7。
[1881]
评估每个载体的加扰新抗原的五个另外的替代优化布局。与seq id no:541和seq id no:543相比，五个替代布局具有相同数量的预测接合表位。gad20的五个替代布局在seq id no:554、seq id no:555、seq id no:556、seq id no:623和seq id no:624中示出。mva
的五个替代布局在seq id no:557、seq id no:558、seq id no:559、seq id no:625和seq id no:626中示出。替代优化布局中的新抗原的顺序如下：
[1882]
seq id no:554：fr1
‑
as13
‑
as8
‑
p87
‑
fus3
‑
as43
‑
as57
‑
as51
‑
as7
‑
as6
‑
as18
‑
p16
‑
p82
‑
fus5
‑
fus1
‑
m12
‑
ms6
‑
fus2
‑
p22
‑
fus6
‑
ms8
‑
ms3
‑
as55
‑
as23
‑
as47
‑
ms1
‑
as37
‑
as15
‑
as19
‑
as11
‑
as3
‑
as16
‑
m86
‑
m84
‑
m10
‑
fus8
‑
fus7
‑
fus19
‑
as41
‑
fus15
‑
p35
[1883]
seq id no:555：fr1
‑
as13
‑
fus3
‑
p87
‑
as7
‑
as43
‑
as57
‑
as51
‑
as6
‑
as8
‑
as18
‑
as55
‑
as23
‑
as47
‑
ms1
‑
as37
‑
as15
‑
as19
‑
as11
‑
as3
‑
p16
‑
p82
‑
fus5
‑
fus1
‑
m12
‑
ms6
‑
fus2
‑
p22
‑
fus6
‑
ms8
‑
ms3
‑
as16
‑
m86
‑
m84
‑
m10
‑
fus8
‑
fus7
‑
fus19
‑
as41
‑
fus15
‑
p35
[1884]
seq id no:556：fr1
‑
as13
‑
as7
‑
as43
‑
as8
‑
p87
‑
fus3
‑
as57
‑
as51
‑
as6
‑
as18
‑
as55
‑
as23
‑
as47
‑
ms1
‑
as37
‑
as15
‑
as19
‑
as11
‑
as3
‑
p16
‑
p82
‑
fus5
‑
fus1
‑
m12
‑
ms6
‑
fus2
‑
p22
‑
fus6
‑
ms8
‑
ms3
‑
as16
‑
m86
‑
m84
‑
m10
‑
fus8
‑
fus7
‑
fus19
‑
as41
‑
fus15
‑
p35
[1885]
id no:623：p16
‑
p82
‑
fus5
‑
fus1
‑
m12
‑
ms6
‑
fus2
‑
p22
‑
fus6
‑
ms8
‑
ms3
‑
as16
‑
m86
‑
m84
‑
m10
‑
fus8
‑
fus7
‑
fus19
‑
as41
‑
fus15
‑
p35
‑
as55
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as23
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as47
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ms1
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as37
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as15
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as19
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as11
‑
as3
‑
fr1
‑
as13
‑
as8
‑
p87
‑
fus3
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as43
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as57
‑
as51
‑
as7
‑
as6
‑
as18
[1886]
seq id no:624：as16
‑
m86
‑
m84
‑
m10
‑
fus8
‑
fus7
‑
fus19
‑
as41
‑
fus15
‑
p35
‑
p16
‑
p82
‑
fus5
‑
fus1
‑
m12
‑
ms6
‑
fus2
‑
p22
‑
fus6
‑
ms8
‑
ms3
‑
as55
‑
as23
‑
as47
‑
ms1
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as37
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as15
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as19
‑
as11
‑
as3
‑
fr1
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as13
‑
fus3
‑
p87
‑
as7
‑
as43
‑
as57
‑
as51
‑
as6
‑
as8
‑
as18
[1887]
seq id no:557：fr1
‑
as51
‑
as6
‑
as18
‑
as7
‑
as43
‑
fus3
‑
p87
‑
as8
‑
as13
‑
as57
‑
as55
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as37
‑
ms1
‑
as3
‑
as23
‑
as15
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as11
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as19
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as47
‑
p16
‑
fus1
‑
fus6
‑
p22
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m12
‑
ms8
‑
fus5
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p82
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fus2
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ms3
‑
ms6
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as16
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p35
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m10
‑
as41
‑
fus8
‑
m84
‑
fus19
‑
fus15
‑
m86
‑
fus7
[1888]
seq id no:558：as55
‑
as19
‑
as3
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as15
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as23
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as11
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as37
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ms1
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as47
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fr1
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as51
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as6
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as18
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as7
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as43
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fus3
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p87
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as8
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as13
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as57
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p16
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fus1
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fus6
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p22
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m12
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ms8
‑
fus5
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p82
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fus2
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ms3
‑
ms6
‑
as16
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p35
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m10
‑
as41
‑
fus8
‑
m84
‑
fus19
‑
fus15
‑
m86
‑
fus7
[1889]
id no:559：as16
‑
p35
‑
m10
‑
as41
‑
fus8
‑
m84
‑
fus19
‑
fus15
‑
m86
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fus7
‑
as55
‑
as19
‑
as3
‑
as23
‑
as15
‑
as11
‑
as37
‑
ms1
‑
as47
‑
p16
‑
fus1
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fus2
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p82
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ms8
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fus5
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fus6
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p22
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m12
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ms3
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ms6
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fr1
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as51
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as6
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as18
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as7
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as43
‑
fus3
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p87
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as8
‑
as13
‑
as57
[1890]
id no:625：as16
‑
p35
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m10
‑
as41
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fus8
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m84
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fus19
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fus15
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m86
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fus7
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fr1
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as51
‑
as6
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as18
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as7
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as43
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fus3
‑
p87
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as8
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as13
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as57
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as55
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as19
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as3
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as15
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as23
‑
as11
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as37
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ms1
‑
as47
‑
p16
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fus1
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fus6
‑
p22
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m12
‑
ms8
‑
fus5
‑
p82
‑
fus2
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ms3
‑
ms6
[1891]
seq id no:626：as55
‑
as11
‑
as19
‑
as23
‑
as3
‑
as15
‑
as37
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ms1
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as47
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as51
‑
as6
‑
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‑
as7
‑
as43
‑
fus3
‑
p87
‑
as8
‑
as13
‑
as57
‑
as16
‑
p35
‑
m10
‑
as41
‑
fus8
‑
m84
‑
fus19
‑
fus15
‑
m86
‑
fus7
‑
p16
‑
fus1
‑
fus6
‑
p22
‑
m12
‑
p82
‑
ms8
‑
fus5
‑
fus2
‑
ms3
‑
ms6
[1892]
t细胞增强子和tag序列的插入
[1893]
将来自鳜鱼不变链的长度为28aa的小肽片段(mgqkeqihtlqknsermskqltrssqav；seq id no:549)置于编码41个新抗原的每个转基因的n末端。临床前数据已显示该序列可以增加病毒载体的免疫应答。将7个氨基酸的小片段(tag序列；seq：shhhhhh；seq id no:627)添加到转基因的c末端，目的是监测所编码的转基因的表达。
[1894]
包含tce序列并省去标签序列的gad20的优化布局的氨基酸序列在seq id no:550中示出，并且mva的优化布局的氨基酸序列在seq id no:551中示出。
[1895]
转化成核苷酸序列并优化以去除预测的mirna结合位点。
[1896]
根据人类密码子使用情况使用密码子优化进行从氨基酸序列到核苷酸序列的转化，同时应用额外的约束条件来尽可能避免以下特征：
[1897]
·
内部tata
‑
盒、chi位和核糖体进入位点
[1898]
·
富含at或富含gc的序列段
[1899]
·
rna不稳定性基序
[1900]
·
重复序列和rna二级结构
[1901]
·
高等真核生物中的(隐性)剪接供体和受体位点
[1902]
·
mva载体的tttttnt终止基序
[1903]
然后在优化的核苷酸序列上游添加ecor1、bamh1限制性位点和kozak序列。在优化的核苷酸序列下游添加2个终止密码子，随后是asc1和not1限制性位点。
[1904]
然后用pita和miranda软件进一步分析每个转基因的优化核苷酸序列，以检测可能下调合成转基因的表达的预测mirna靶位点。通过在对应密码子中引入同义变化来修改预测会结合mirna“种子”的区域的核苷酸序列，从而去除通过这两种方法检测到的9个mirna结合位点。gad20和mva转基因的合成使用标准方法进行。
[1905]
编码seq id no:541的gad20新抗原布局的密码子优化的多核苷酸序列在seq id no:542中示出。
[1906]
编码seq id no:543的mva(neomva)新抗原布局的密码子优化的多核苷酸序列在seq id no:544中示出。
[1907]
编码gad20新抗原布局的密码子优化的多核苷酸序列(包括tce序列并且不包括seq id no:550的tag序列)在seq id no:551中示出。
[1908]
编码mva新抗原布局的密码子优化的多核苷酸序列(包括tce序列并且不包括seq id no:552的tag序列)在seq id no:553中示出。
[1909]
kozak序列：cgcgacttcgccgcc；seq id no:545
[1910]
编码tce的多核苷酸：
[1911]
atgggccagaaagagcagatccacacactgcagaaaaacagcgagcggatgagcaagcagctgaccagatcttctcaggccgtg；seq id no:546
[1912]
编码丝氨酸
‑
组氨酸标签的多核苷酸：agccatcaccatcaccaccat；seq id no:547
[1913]
两个终止密码子(tagtaa)
[1914]
tce的多肽序列：mgqkeqihtlqknsermskqltrssqav；seq id no:549
[1915]
病毒载体产生
[1916]
gad20病毒载体产生
[1917]
经由ecor1
‑
not1限制性位点，将gad20转基因亚克隆到具有两个teto重复序列的cmv启动子与bgh polya之间的穿梭质粒中。
[1918]
通过在合适的大肠杆菌菌株中同源重组，将所得表达盒转移到gad20基因组中，用cmv
‑
转基因
‑
bgh dna片段和携带gad20基因组的构建体转化。
[1919]
重组涉及cmv和bgh作为同源臂，它们已经存在于gad20构建体中，代替e1缺失(转基因的插入位点)。然后通过转染e1互补、表达tetr的m9细胞拯救重组gad20载体，并通过随后重新感染新鲜的m9细胞进行扩增。
[1920]
具有teto位点的cmv启动子：seq id no: 628ccattgcatacgttgtatccatatcataatatgtacatttatattggctcatgtccaacattaccgccatgttgacattgattattgactagttattaatagtaatcaattacggggtcattagttcatagcccatatatggagttccgcgttacataacttacggtaaatggcccgcctggctgaccgcccaacgacccccgcccattgacgtcaataatgacgtatgttcccatagtaacgccaatagggactttccattgacgtcaatgggtggagtatttacggtaaactgcccacttggcagtacatcaagtgtatcatatgccaagtacgccccctattgacgtcaatgacggtaaatggcccgcctggcattatgcccagtacatgaccttatgggactttcctacttggcagtacatctacgtattagtcatcgctattaccatggtgatgcggttttggcagtacatcaatgggcgtggatagcggtttgactcacggggatttccaagtctccaccccattgacgtcaatgggagtttgttttggcaccaaaatcaacgggactttccaaaatgtcgtaacaactccgccccattgacgcaaatgggcggtaggcgtgtacggtgggaggtctatataagcagagctctccctatcagtgatagagatctccctatcagtgatagagatcgtcgacgagctcgtttagtgaaccgtcagatcgcctggagacgccatccacgctgttttgacctccatagaagacaccgggaccgatccagcctccgcggccgggaacggtgcattggaacgcggattccccgtgccaagagtga
[1921]
bgh polya seq id no:629
[1922]
ctgtgccttctagttgccagccatctgttgtttgcccctcccccgtgccttccttgaccctggaaggtgccactcccactgtcctttcctaataaaatgaggaaattgcatcgcattgtctgagtaggtgtcattctattctggggggtggggtggggcaggacagcaagggggaggattgggaagacaatagcaggcatgctggggatgcggtgggctctatggcc
[1923]
mva病毒载体产生
[1924]
在痘苗p7.5早期/晚期启动子(seq id no:630)的控制下，在与mva的缺失iii基因座同源的序列(flankiii
‑
1和
‑
2区)之间，经由bamh1
‑
asc1限制性位点将mva转基因亚克隆到p94穿梭质粒中。侧接有名为“z”的重复序列的egfp蛋白的额外表达盒存在于p94穿梭质粒中，位于flank iii区域之间。
[1925]
用于产生重组疫苗病毒的亲本mva载体在缺失iii基因座处携带hcred1
‑
1荧光蛋白转基因，并表示为mva
‑
red 476mg。
[1926]
在缺失iii基因座处具有转基因插入的重组mva通过鸡胚成纤维细胞(cef)细胞中的两个体内重组事件产生。第一重组事件发生在用mva
‑
red 476mg感染并用p94穿梭质粒转染的细胞中，并且导致用转基因/egfp盒替代hcred蛋白基因。通过绿色细胞的facs分选来分离含有mva
‑
绿色中间体的感染细胞。由第一重组产生的中间重组mva携带转基因和egfp盒两者，但由于存在重复的z区域而不稳定。因此，发生涉及z区域的自发第二重组事件并移除egfp盒。所得的重组mva是无色的，并且在mva
‑
red 476mg的缺失iii基因座(插入位点)处携带转基因盒。通过无色感染细胞的facs分选对其进行分离，并通过新鲜cef细胞的再感染对其进行扩增。将所获得的裂解物用于感染age1细胞以产生研究批次。
[1927]
p7.5早期/晚期启动子seq id no: 630gatcactaattccaaacccacccgctttttatagtaagtttttcacccataaataataaatacaataattaatttctcgtaaaagtagaaaatatattctaatttattgcacggtaaggaagtagaatcataaagaacagtgacggatc
[1928]
neogad20蛋白seq id no:541(无tce，无his标签)
[1929]
qnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftkrsfavteriidywaqkekgsssflrpscdywaqkekisiprthlclvlgvlsghsgsrlyeagmtlggkilfflflllplspfslifteiscctlsseeneylprpewqlqvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvag
pflclgdpglfppvkssitggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitelgmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqslldwkfemsytvggppphvharprhwktdrdghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhackiqnkncpdfkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaavhykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasqchlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrgvlrfldlkvrylhsqwqhyhrsgeaagtplwrptrnvpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwravammvpdrqvhydfglgvpgdstrravrrmntfyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrpnskmalnsealsvvsecgasacdvsliamdsafvqgkdwgvkkfirrdfyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcqteynqklqvnqfseskslyhrekqliamdsaiceergaagsliscetmpailklqkncllslrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplggnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrgqpdsfaalhsslnelgeiarelhqfafdllikshfvqgkdwglkkfirrdfwgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhctlwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaairkmhfslkehppppcppeafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslrhvvgyghldtsgsssssswpnskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnap
[1930]
neogad20多核苷酸seq id no:542(无tce，无his标签)
[1931]
cagaacctgcagaacggcggaggctctagaagctctgctacacttcctggcaggcggcggagaagatggctgagaagaaggcggcagcctatctctgtggctcctgctggacctcctagacggcccaaccagaagcctaatcctcctggcggagccagatgcgtgatcatgaggcctacatggcctggcaccagcgccttcaccaagagaagctttgccgtgaccgagcggatcatcgactattgggctcaaaaagagaagggcagcagcagcttcctgcggcctagctgtgattattgggcccagaaagaaaagatcagcatccccagaacacacctgtgcctggtgctgggagtgctgtctggacactctggcagcagactgtatgaggccggcatgacactcggcggcaagatcctgttcttcctgttcctgctgctccctctgagccccttcagcctgatcttcaccgagatcagctgctgcaccctgagcagcgaggaaaacgagtacctgcctagacctgagtggcagctgcaggtccccttcagagagctgaagaacgtttccgtgctggaaggcctgagacagggcagacttggcggcccttgtagctgtcactgccccagacctagtcaggccagactgacacctgtggatgtggccggacctttcctgtgtctgggagatcctggcctgtttccacctgtgaagtccagcatcacaggcggcaagtccacatgttctgcccctggacctcagagcctgcctagcacacccttcagcacataccctcagtgggtcatcctgatcaccgaactcggcatggaatgcaccctgggacaagtgggagccccatctcctagaagagaagaggatggctggcgcggaggccactctagattcaaagctgatgtgcccgctcctcagggcccttgttggggaggacaacctggatctgccccatcttctgccccacctgaacagtccctgctggattggaagttcgagatgagctacaccgtcggcggacctccacctcatgttcatgccagacctcggcactggaaaaccgacagagatggccacagctacaccagcaaagtgaactgcctcctgctgcaggatggcttccacggctgtgtgtctattactggcgccgctggcagacggaacctgagcatctttctgtttctgatgctgtgcaagctcgagttccacgcctgcaagatccagaacaagaactgccccgacttcaagaagttcgacggcccttgcggagaaagaggcggaggcagaacagctagagccctttgggctagaggcgacagcgttctgacaccagctctggaccctcagacacctgttagggcccctagcctgacaagagctgccgccgctgtgcactacaagctgatccagcagccaatcagcctgttcagcatcaccgaccggctgcacaagacattcagccagctgccaagcgtgcacctgtgctccatcaccttccagtggggacaccctcctatcttttgctccaccaacgacatctgcgtgaccgccaacttctgtatcagcgtgaccttcctgaagccttgctttctgctgc
acgaggccagcgcctctcagtgccacttgtttctgcagccccaagtgggcacacctcctccacatacagcctctgctagagcacctagcggccctccacatcctcacgaatcttgtcctgccggaagaaggcctgccagagccgctcaaacatgtgccagacgacagcacggactgcctggatgtgaagaggctggaacagccagagtgcctagcctgcacctccatctgcatcaggctgctcttggagccggaagaggtagaggatggggcgaagcttgtgctcaggtgccaccttctagaggcgtgctgagattcctggacctgaaagtgcgctacctgcacagccagtggcagcactatcacagatctggcgaagccgccggaacacccctttggaggccaacaagaaacgtgcccttccgggaactgaagaaccagagaacagctcagggcgctcctggaatccaccatgctgcttctccagtggccgccaacctgtgtgatcctgccagacatgcccagcacaccaggattccttgtggcgctggacaagtgcgcgctggaagaggacctgaagcaggcggaggtgttctgcaacctcaaagacccgctcctgagaagcctggctgcccttgcagaagaggacagcctagactgcacaccgtgaaaatgtggcgagccgtggccatgatggtgcccgatagacaggtccactacgactttggactgggcgtgccaggcgatagcactcggagagccgtcagacggatgaacaccttttacgaagccgggatgaccctgggcgagaagttcagagtgggcaactgcaagcacctgaagatgacccggcctaacagcaagatggccctgaatagcgaggccctgtctgtggtgtctgaatgtggcgcctctgcctgtgacgtgtccctgatcgctatggactccgcctttgtgcagggcaaagactggggcgtgaagaagttcatccggcgggacttctacgcctacaaggacttcctgtggtgcttccccttctctctggtgttcctgcaagagatccagatctgctgtcatgtgtcctgcctgtgctgcatctgctgtagcaccagaatctgcctgggctgtctgctggaactgttcctgagcagagccctgagagcactgcacgtgctgtggaacggattccagctgcactgccagaccgagtacaaccagaaactgcaagtgaaccagttcagcgagagcaagagcctgtaccaccgggaaaagcagctcattgccatggacagcgccatctgcgaagagagaggcgccgcaggatctctgatctcctgcgaaacaatgcccgccatcctgaagctgcagaagaattgcctcctaagcctgcgaaccgctctgacacacaaccaggacttcagcatctacagactgtgttgcaagcggggctccctgtgccatgcaagccaagctagaagccccgcctttcctaaacctgtgcgacctctgccagctccaatcaccagaattacccctcagctcggcggccagagcgattcatctcaacctctgctgaccaccggcagacctcaaggctggcaagaccaagctctgagacacacccagcaggctagccctgcctcttgtgccaccatcacaatccccatccactctgccgctctgggcgatcattctggcgatcctggaccagcctgggacacatgtcctccactgccactcacaacactgatccctagggctcctccaccttacggcgattctaccgctagaagctggcccagcagatgtggaccactcggaggcaacacaaccctccagcaactgggagaagcctctcaggctcctagcggctctctgatccctctcagactgcctctcctgtgggaagttcggggccagcctgattcttttgccgcactgcacagctccctgaacgagctgggagagatcgctagagagctgcaccagttcgccttcgacctgctgatcaagagccacttcgtgcaaggcaaggattggggcctcaaaaagtttatccgcagagacttctggggcatggaactggccgccagcagaagattcagctgggatcatcatagcgcaggcggcccacctagagtgccatctgttagaagcggagctgcccaggtgcagcctaaagatcctctgccactgagaacactggccggctgccttgctagaacagcccatcttagacctggcgccgagtctctgcctcagccacaactgcactgtaccctgtggttccagtccagcgagctgtctcctactggtgccccttggccatctagacgccctacttggagaggcaccaccgtgtcaccaagaaccgccacaagcagcgccagaacctgttgtggcacaaagtggccctccagccaagaagccgctctcggacttggaagcggactgctgaggttctcttgtggaaccgccgccattcggaagatgcactttagcctgaaagaacaccctccaccaccttgtcctccagaggctttccaaagagctgctggcgaaggcggacctggtagaggtggtgctagaagaggtgctagggtgctgcagagcccattctgtagagcaggcgcaggcgaatggctgggccatcagagtctgagacatgtcgtcggctacggccacctggatacaagcggaagcagctctagctccagctggcctaactcaaaaatggctctgaacagcctgaactccatcgacgacgcccagctgacaagaatcgcccctcctagatctcactgctgcttttgggaagtgaacgcccca
[1932]
neomva蛋白seq id no:543（无tce，无his标签）
[1933]
qnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftg
mectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqsllddywaqkekisiprthlcwkfemsytvggppphvharprhwktdrdywaqkekgsssflrpscvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssiteiscctlsseeneylprpewqlqyeagmtlggkilfflflllplspfsliflvlgvlsghsgsrlkrsfavteriitggkstcsapgpqslpstpfstypqwviliteldghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhacqwqhyhrsgeaagtplwrptrnvammvpdrqvhydfglkiqnkncpdvlrfldlkvrylhsvpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwrachlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrghykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasqfkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaavgvpgdstrravrrmntfcgasacdvsliamdsaceergaagslisceslyhrekqliamdsaifvqgkdwgvkkfirrdftmpailklqkncllslnskmalnsealsvvseyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrpteynqklqvnqfseskrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplgyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcqgnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrgnskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnapfvqgkdwglkkfirrdfeafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslrwgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhctiarelhqfafdllikshkmhfslkehppppcpphvvgyghldtsgsssssswpqpdsfaalhsslnelgelwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaairs
[1934]
neomva多核苷酸seq id no:544
[1935]
cagaacctgcagaacggcggaggctctagaagctctgctacacttcctggcaggcggcggagaagatggctgagaagaaggcggcagcctatctctgtggctcctgctggacctcctagacggcccaaccagaagcctaatcctcctggcggagccagatgcgtgatcatgaggcctacatggcctggcaccagcgcctttaccggcatggaatgtacactgggccaagtgggagccccatctcctagaagagaagaggatggctggcgcggaggccactctagattcaaagctgatgtgcccgctcctcagggcccttgttggggaggacaacctggatctgccccatcttctgccccacctgaacagagcctgctggatgactattgggctcaaaaagagaagatcagcatccccagaacacacctgtgctggaagttcgagatgagctacaccgttggcggccctccaccacatgttcacgccagacctagacactggaaaaccgacagagattattgggcccagaaagaaaagggcagcagcagcttcctgcggcctagctgtgtgcccttccgggaactgaagaacgtgtccgttctggaaggcctgaggcagggcagacttggcggaccttgtagctgccactgtcctagaccaagccaggccagactgacccctgtggatgtggctggcccatttctgtgtctgggcgaccctggactgttccctccagtgaagtctagcatcaccgagatcagctgctgcaccctgagcagcgaggaaaacgagtacctgcctagacctgaatggcagctgcagtacgaggccggcatgacactcggaggcaagatcctgttcttcctgttcctgctgctccctctgagccccttcagcctgatctttctggtgctgggcgtgctgtctggccactctggaagcagactgaagagaagcttcgccgtgaccgagcggatcatcacaggcggcaagagcacatgttctgcccctggacctcagtctctgcccagcacacccttcagcacataccctcagtgggtcatcctgatcaccgagctggatggccacagctacaccagcaaagtgaactgcctcctgctgcaggatggcttccacggctgtgtgtctattactggcgccgctggcagacggaacctgagcatctttctgtttctgatgctgtgcaagctcgagttccacgcctgccaatggcagcactaccacagatctggcgaagccgctggaaccccactttggaggcctaccagaaacgtggccatgatggtgcccgacagacaggtgcactacgacttcggcctgaagatccagaacaagaactgccccgacgtgctgcggttcctggatctcaaagtgcgctacctgcacagcgtgcccttcagagagctgaaaaaccagagaacagcccagggcgct
cctggaatccatcatgctgcttctccagtggccgccaatctgtgcgatcctgccagacatgcccagcataccaggattccttgtggcgctggacaagtgcgcgctggaagaggacctgaagctggtggcggagttctgcagcctcaaagacctgctcctgagaagcctggctgcccctgtagaagaggacagcctagactgcacaccgtgaagatgtggcgggcctgccacttgtttctccagccacaagtgggcacccctccacctcatacagcctctgctagagcacctagcggcccacctcatcctcacgaatcttgtcctgccggaagaaggcctgccagagccgctcaaacatgtgccagacgacagcacggactgcccggatgtgaagaagccggaacagccagagtgcctagcctgcaccttcatctgcatcaggccgctcttggagccggaagaggtagaggatggggagaagcttgtgcccaggtgccaccttctagaggccactacaagctgatccagcagccaatcagcctgttctccatcaccgaccggctgcacaagacattcagccagctgccttccgtgcatctgtgcagcatcaccttccagtggggacaccctcctatcttttgctccaccaacgacatctgcgtgaccgccaacttctgtatcagcgtgaccttcctgaagccttgctttctgctgcacgaggcctccgccagccagtttaagaagtttgacggcccctgcggcgagagaggcggaggaagaactgcaagagccctttgggccagaggcgactctgttctgacaccagctctggaccctcagacacctgttagggcccctagcctgacaagagctgccgctgctgttggagtgcctggcgattctactagaagggccgtgcggcggatgaacaccttttgtggcgcatctgcctgcgacgtgtccctgatcgctatggatagcgcctgcgaggaaagaggcgcagccggatctctgatctcttgcgagagcctgtaccaccgggaaaagcagctcattgccatggacagcgccatcttcgtgcagggcaaagactggggcgtgaagaagttcatccggcgggactttaccatgcctgccattctgaagctgcagaagaattgtcttctaagcctgaacagcaagatggccctgaatagcgaggccctgtctgtggtgtccgagtatgaggctggaatgaccctgggcgagaagttcagagtgggcaactgcaagcacctgaagatgacccggcctaccgagtacaaccagaaactgcaagtgaaccagttcagcgagagcaagcggaccgctctgacccacaaccaggacttcagcatctaccggctgtgctgcaagaggggctctctgtgtcatgctagccaggctagaagccccgcctttcctaagcctgtcagacctctgcctgctcctatcaccagaatcacccctcagctcggcggccagtctgattcatctcagccactgctgaccaccggcagacctcaaggatggcaagaccaggctctgagacacacacagcaggctagcccagcctcttgcgccaccatcacaataccaatacattctgccgctctgggcgatcacagcggagatcctggacctgcctgggatacttgtcctcctctgcccctaactacactgatccctagggctcctccaccttacggcgatagcacagccagatcctggcctagcagatgtggccctctgggctacgcctacaaggacttcctgtggtgcttccccttctctctggtgttcctgcaagaaatccagatctgctgtcacgtgtcctgcctgtgctgtatctgctgtagcacccggatctgtctgggctgtctgctggaactgttcctgagcagagccctgagagcactgcacgtgctgtggaacggattccagctgcactgccagggcaacaccacactgcaacagctgggagaagcctctcaggccccaagcggttctctgatccctctcagactgcccctcctgtgggaagtgcggggcaattctaagatggctctcaacagcctgaactccatcgacgacgcccagctgacaagaatcgcccctccaagaagccactgttgcttttgggaagtgaacgccccttttgtgcagggtaaagattggggcctcaaaaagtttatcagacgggacttcgaggctttccagagagcagctggcgaaggcggacctggcagaggtggtgctagaagaggtgctagagtgctgcagagcccattctgtagagctggcgctggcgaatggctgggccaccaatctcttagatggggaatggaactggccgctagcaggcggtttagctgggatcatcattctgccggcggacctccaagagtgccaagcgttagaagcggagcagcccaggtccagcctaaagatccactgccactgagaacactggccggctgccttgccagaacagctcatcttagacctggcgccgaaagcctgcctcaacctcagctgcattgcacaatcgccagagaactgcaccagttcgccttcgacctgctgatcaagagccacaagatgcacttctcactgaaagagcacccgccaccgccgtgcccaccgcacgttgtcggctatggccacctggatacaagcggctcctctagcagtagctcctggcctcagcctgacagctttgctgccctgcatagctccctgaatgagctgggcgaactgtggttccagtccagcgaactgtctcctactggcgctccatggccaagcagaaggcctacttggagaggcaccaccgtgtctccaagaaccgctacaagcagcgccagaacctgttgcggcacaaaatggccctccagccaagaagctgccctcggacttggaagcggactgctgagattcagctgtggcacagccgccatcaga
[1936]
neogad20表达盒蛋白seq id no:550
[1937]
mgqkeqihtlqknsermskqltrssqavqnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftkrsfavteriidywaqkekgsssflrpscdywaqkekisiprthlclvlgvlsghsgsrlyeagmtlggkilfflflllplspfslifteiscctlsseeneylprpewqlqvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssitggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitelgmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqslldwkfemsytvggppphvharprhwktdrdghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhackiqnkncpdfkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaavhykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasqchlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrgvlrfldlkvrylhsqwqhyhrsgeaagtplwrptrnvpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwravammvpdrqvhydfglgvpgdstrravrrmntfyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrpnskmalnsealsvvsecgasacdvsliamdsafvqgkdwgvkkfirrdfyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcqteynqklqvnqfseskslyhrekqliamdsaiceergaagsliscetmpailklqkncllslrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplggnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrgqpdsfaalhsslnelgeiarelhqfafdllikshfvqgkdwglkkfirrdfwgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhctlwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaairkmhfslkehppppcppeafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslrhvvgyghldtsgsssssswpnskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnap
[1938]
neogad20表达盒多核苷酸seq id no:551
[1939]
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atcacaatccccatccactctgccgctctgggcgatcattctggcgatcctggaccagcctgggacacatgtcctccactgccactcacaacactgatccctagggctcctccaccttacggcgattctaccgctagaagctggcccagcagatgtggaccactcggaggcaacacaaccctccagcaactgggagaagcctctcaggctcctagcggctctctgatccctctcagactgcctctcctgtgggaagttcggggccagcctgattcttttgccgcactgcacagctccctgaacgagctgggagagatcgctagagagctgcaccagttcgccttcgacctgctgatcaagagccacttcgtgcaaggcaaggattggggcctcaaaaagtttatccgcagagacttctggggcatggaactggccgccagcagaagattcagctgggatcatcatagcgcaggcggcccacctagagtgccatctgttagaagcggagctgcccaggtgcagcctaaagatcctctgccactgagaacactggccggctgccttgctagaacagcccatcttagacctggcgccgagtctctgcctcagccacaactgcactgtaccctgtggttccagtccagcgagctgtctcctactggtgccccttggccatctagacgccctacttggagaggcaccaccgtgtcaccaagaaccgccacaagcagcgccagaacctgttgtggcacaaagtggccctccagccaagaagccgctctcggacttggaagcggactgctgaggttctcttgtggaaccgccgccattcggaagatgcactttagcctgaaagaacaccctccaccaccttgtcctccagaggctttccaaagagctgctggcgaaggcggacctggtagaggtggtgctagaagaggtgctagggtgctgcagagcccattctgtagagcaggcgcaggcgaatggctgggccatcagagtctgagacatgtcgtcggctacggccacctggatacaagcggaagcagctctagctccagctggcctaactcaaaaatggctctgaacagcctgaactccatcgacgacgcccagctgacaagaatcgcccctcctagatctcactgctgcttttgggaagtgaacgccccaagccatcaccatcaccaccattagtaaaggcgcgcctagcggccgcgatctgctgtgccttctagttgccagccatctgttgtttgcccctcccccgtgccttccttgaccctggaaggtgccactcccactgtcctttcctaataaaatgaggaaattgcatcgcattgtctgagtaggtgtcattctattctggggggtggggtggggcaggacagcaagggggaggattgggaagacaatagcaggcatgctggggatgcggtgggctctatggcc
[1940]
neomva表达盒蛋白质seq id no:552
[1941]
mgqkeqihtlqknsermskqltrssqavqnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftgmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqsllddywaqkekisiprthlcwkfemsytvggppphvharprhwktdrdywaqkekgsssflrpscvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssiteiscctlsseeneylprpewqlqyeagmtlggkilfflflllplspfsliflvlgvlsghsgsrlkrsfavteriitggkstcsapgpqslpstpfstypqwviliteldghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhacqwqhyhrsgeaagtplwrptrnvammvpdrqvhydfglkiqnkncpdvlrfldlkvrylhsvpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwrachlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrghykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasqfkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaavgvpgdstrravrrmntfcgasacdvsliamdsaceergaagslisceslyhrekqliamdsaifvqgkdwgvkkfirrdftmpailklqkncllslnskmalnsealsvvseyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrpteynqklqvnqfseskrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplgyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcqgnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrgnskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnapfvqgkdwglkkfirrdfeafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslrwgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhctiarelhqfaf
dllikshkmhfslkehppppcpphvvgyghldtsgsssssswpqpdsfaalhsslnelgelwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaair
[1942]
neomva表达盒多核苷酸seq id no:553
[1943]
gatcactaattccaaacccacccgctttttatagtaagtttttcacccataaataataaatacaataattaatttctcgtaaaagtagaaaatatattctaatttattgcacggtaaggaagtagaatcataaagaacagtgacggatcccgcgacttcgccgccatgggccagaaagagcagatccacacactgcagaaaaacagcgagcggatgagcaagcagctgaccagatcttctcaggccgtgcagaacctgcagaacggcggaggctctagaagctctgctacacttcctggcaggcggcggagaagatggctgagaagaaggcggcagcctatctctgtggctcctgctggacctcctagacggcccaaccagaagcctaatcctcctggcggagccagatgcgtgatcatgaggcctacatggcctggcaccagcgcctttaccggcatggaatgtacactgggccaagtgggagccccatctcctagaagagaagaggatggctggcgcggaggccactctagattcaaagctgatgtgcccgctcctcagggcccttgttggggaggacaacctggatctgccccatcttctgccccacctgaacagagcctgctggatgactattgggctcaaaaagagaagatcagcatccccagaacacacctgtgctggaagttcgagatgagctacaccgttggcggccctccaccacatgttcacgccagacctagacactggaaaaccgacagagattattgggcccagaaagaaaagggcagcagcagcttcctgcggcctagctgtgtgcccttccgggaactgaagaacgtgtccgttctggaaggcctgaggcagggcagacttggcggaccttgtagctgccactgtcctagaccaagccaggccagactgacccctgtggatgtggctggcccatttctgtgtctgggcgaccctggactgttccctccagtgaagtctagcatcaccgagatcagctgctgcaccctgagcagcgaggaaaacgagtacctgcctagacctgaatggcagctgcagtacgaggccggcatgacactcggaggcaagatcctgttcttcctgttcctgctgctccctctgagccccttcagcctgatctttctggtgctgggcgtgctgtctggccactctggaagcagactgaagagaagcttcgccgtgaccgagcggatcatcacaggcggcaagagcacatgttctgcccctggacctcagtctctgcccagcacacccttcagcacataccctcagtgggtcatcctgatcaccgagctggatggccacagctacaccagcaaagtgaactgcctcctgctgcaggatggcttccacggctgtgtgtctattactggcgccgctggcagacggaacctgagcatctttctgtttctgatgctgtgcaagctcgagttccacgcctgccaatggcagcactaccacagatctggcgaagccgctggaaccccactttggaggcctaccagaaacgtggccatgatggtgcccgacagacaggtgcactacgacttcggcctgaagatccagaacaagaactgccccgacgtgctgcggttcctggatctcaaagtgcgctacctgcacagcgtgcccttcagagagctgaaaaaccagagaacagcccagggcgctcctggaatccatcatgctgcttctccagtggccgccaatctgtgcgatcctgccagacatgcccagcataccaggattccttgtggcgctggacaagtgcgcgctggaagaggacctgaagctggtggcggagttctgcagcctcaaagacctgctcctgagaagcctggctgcccctgtagaagaggacagcctagactgcacaccgtgaagatgtggcgggcctgccacttgtttctccagccacaagtgggcacccctccacctcatacagcctctgctagagcacctagcggcccacctcatcctcacgaatcttgtcctgccggaagaaggcctgccagagccgctcaaacatgtgccagacgacagcacggactgcccggatgtgaagaagccggaacagccagagtgcctagcctgcaccttcatctgcatcaggccgctcttggagccggaagaggtagaggatggggagaagcttgtgcccaggtgccaccttctagaggccactacaagctgatccagcagccaatcagcctgttctccatcaccgaccggctgcacaagacattcagccagctgccttccgtgcatctgtgcagcatcaccttccagtggggacaccctcctatcttttgctccaccaacgacatctgcgtgaccgccaacttctgtatcagcgtgaccttcctgaagccttgctttctgctgcacgaggcctccgccagccagtttaagaagtttgacggcccctgcggcgagagaggcggaggaagaactgcaagagccctttgggccagaggcgactctgttctgacaccagctctggaccctcagacacctgttagggcccctagcctgacaagagctgccgctgctgttggagtgcctggcgattctactagaagggccgtgcggcggatgaacaccttttgtggcgcatctgcctgcgacgtgtccctgatcgctatggatagcgcctgcgaggaaagaggcgcagccggatctctgatctcttgcgagagcctgtaccaccgggaaaagcagctcattgc
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[1944]
用于gad20表达的另外五个新抗原布局的氨基酸序列在seq id no:554、555、556、623和624中示出。
[1945]
seq id no:554
[1946]
mgqkeqihtlqknsermskqltrssqavqnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftkrsfavteriilvlgvlsghsgsrlyeagmtlggkilfflflllplspfslifteiscctlsseeneylprpewqlqvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssitggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitelgmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqsllddywaqkekgsssflrpscdywaqkekisiprthlcwkfemsytvggppphvharprhwktdrgvpgdstrravrrmntfyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrpnskmalnsealsvvsecgasacdvsliamdsafvqgkdwgvkkfirrdfyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcqteynqklqvnqfseskslyhrekqliamdsaiceergaagsliscetmpailklqkncllslrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplgdghsytskvnc
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[1947]
seq id no:555
[1948]
mgqkeqihtlqknsermskqltrssqavqnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftkrsfavteriiteiscctlsseeneylprpewqlqyeagmtlggkilfflflllplspfslifdywaqkekgsssflrpscvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssitggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitelgmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqsllddywaqkekisiprthlclvlgvlsghsgsrlwkfemsytvggppphvharprhwktdrdghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhackiqnkncpdfkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaavhykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitfqwghppifcstndicvtanfcisvtflkpcfllheasasqchlflqpqvgtppphtasarapsgpphphescpagrrparaaqtcarrqhglpgceeagtarvpslhlhlhqaalgagrgrgwgeacaqvppsrgvlrfldlkvrylhsqwqhyhrsgeaagtplwrptrnvpfrelknqrtaqgapgihhaaspvaanlcdparhaqhtripcgagqvragrgpeagggvlqpqrpapekpgcpcrrgqprlhtvkmwravammvpdrqvhydfglgvpgdstrravrrmntfyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrpnskmalnsealsvvsecgasacdvsliamdsafvqgkdwgvkkfirrdfyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcqteynqklqvnqfseskslyhrekqliamdsaiceergaagsliscetmpailklqkncllslrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplggnttlqqlgeasqapsgsliplrlpllwevrgqpdsfaalhsslnelgeiarelhqfafdllikshfvqgkdwglkkfirrdfwgmelaasrrfswdhhsaggpprvpsvrsgaaqvqpkdplplrtlagclartahlrpgaeslpqpqlhctlwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaairkmhfslkehppppcppeafqraageggpgrggarrgarvlqspfcragagewlghqslrhvvgyghldtsgsssssswpnskmalnslnsiddaqltriapprshccfwevnap
[1949]
seq id no:556
[1950]
mgqkeqihtlqknsermskqltrssqavqnlqngggsrssatlpgrrrrrwlrrrrqpisvapagpprrpnqkpnppggarcvimrptwpgtsaftkrsfavteriidywaqkekgsssflrpscvpfrelknvsvleglrqgrlggpcschcprpsqarltpvdvagpflclgdpglfppvkssilvlgvlsghsgsrlyeagmtlggkilfflflllplspfslifteiscctlsseeneylprpewqlqtggkstcsapgpqslpstpfstypqwvilitelgmectlgqvgapsprreedgwrgghsrfkadvpapqgpcwggqpgsapssappeqsllddywaqkekisiprthlcwkfemsytvggppphvharprhwktdrdghsytskvnclllqdgfhgcvsitgaagrrnlsiflflmlcklefhackiqnkncpdfkkfdgpcgergggrtaralwargdsvltpaldpqtpvrapsltraaaavhykliqqpislfsitdrlhktfsqlpsvhlcsitf
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[1951]
seq id no:623
[1952]
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[1953]
seq id no:624
[1954]
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[1955]
用于mva表达的另外五个新抗原布局的氨基酸序列在seq id no:557、558、559、625和626中示出。
[1956]
seq id no:557
[1957]
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[1958]
seq id no:558
[1959]
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[1960]
seq id no:559
[1961]
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[1962]
seq id no:625
[1963]
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[1964]
seq id no:626
[1965]
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nelgelwfqsselsptgapwpsrrptwrgttvsprtatssartccgtkwpssqeaalglgsgllrfscgtaairgvpgdstrravrrmntfcgasacdvsliamdsaceergaagslisceslyhrekqliamdsaifvqgkdwgvkkfirrdfyeagmtlgekfrvgnckhlkmtrptmpailklqkncllslnskmalnsealsvvseteynqklqvnqfseskrtalthnqdfsiyrlcckrgslchasqarspafpkpvrplpapitritpqlggqsdssqpllttgrpqgwqdqalrhtqqaspascatitipihsaalgdhsgdpgpawdtcpplplttliprapppygdstarswpsrcgplgyaykdflwcfpfslvflqeiqicchvsclcciccstriclgcllelflsralralhvlwngfqlhcq
[1966]
seq id no:713掺入gad20表达盒的完整gad20的多核苷酸序列
[1967]
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[1968]
实施例11掺入neogad20和neomva中的新抗原在体外具有免疫原性
[1969]
将重叠的15
‑
mer肽设计成跨越掺入neogad20和neomva中的每个新抗原，以使用实施例1中所述的外源自体正常供体再刺激测定作为库并使用由cd8

和cd4

t细胞产生的tnfα和ifnγ作为读出来评估其活化t细胞的能力。表25示出了tnfα

ifnγ

cd8

和tnfα

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t细胞的最大频率以及所分析的肽库相对于阴性对照的最大倍数变化，指出了tnfα

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cd8

和tnfα

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t细胞的最高频率以及针对该肽评价的正常供体的所得倍数变化。表26示出了所用的肽序列。图7示出了选择的新抗原对每个测试肽库具有阳性cd8 应答的患者的数量。图8示出了选择的新抗原对每个测试肽库具有阳性cd4 应答的患者的数量。
[1970]
表25.
[1971]
[1972][1973]
表26.
[1974]
[1975]
[1976]
[1977]
[1978][1979]
实施例12掺入neogad20和neomva中的新抗原在体外内源性表达时具有免疫原性
[1980]
对于新抗原中的三个，将ad5载体设计成用新抗原转导正常的树突状细胞。该测定法使用实施例1中所述的内源自体正常供体再刺激测定并利用由cd8

和cd4

t细胞产生的tnfα和ifnγ作为读出来评估内源表达和递呈的新抗原在重叠的15
‑
mer肽库再刺激后活化自体t细胞的能力。表27示出了tnfα

ifnγ

cd8

和tnfα

ifnγ

cd4

t细胞的最大频率以及所分析的肽库相对于阴性对照的最大倍数变化，指出了tnfα

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cd8

和tnfα

ifnγ

cd4

t细胞的最高频率以及针对该肽评价的正常供体的所得倍数变化。十六个供体用于评估内源免疫原性。
[1981]
表27.
[1982][1983]
实施例13：新抗原在体外具有免疫原性
[1984]
评估各种另外鉴定的新抗原的免疫原性。将重叠的15
‑
mer肽设计成类似于实施例11那样跨越每个新抗原，以使用实施例1中所述的外源自体正常供体再刺激测定作为库并使用由cd8

和cd4

t细胞产生的tnfα和ifnγ作为读出来评估其活化t细胞的能力。表28示出了tnfα

ifnγ

cd8

和tnfα

ifnγ

cd4

t细胞的最大频率以及所分析的肽库相对于阴性对照的最大倍数变化，指出了tnfα

ifnγ

cd8

和tnfα

ifnγ

cd4

t细胞的最高频率以及针对该肽评价的正常供体的所得倍数变化。表29示出了在每个新抗原的测定中使用的肽的氨基酸序列。
[1985]
表28.
[1986]
[1987][1988]
表29.
[1989]
[1990]
[1991]
[1992]
[1993]
[1994]
[1995]
[1996]