一种构建用于同源重组修复缺陷检测的靶标集合的方法与流程

技术特征：
1.一种构建用于同源重组修复缺陷检测的靶标集合的方法，其特征在于，所述构建用于同源重组修复缺陷检测的靶标集合的方法包括以下步骤：（1）从chinamap中国万人基因组数据库的数据中筛选snp位点，筛选条件包括：位于非外显子区域、突变等位基因频率介于30%~70%、位点附近100 bp区域gc含量介于30%~70%且为非插入缺失变异的单位点突变；（2）从步骤（1）筛选到的snp位点中过滤掉位于基因组重复区和连锁不平衡位点，选择间隔距离均一的位点，所述间隔距离为50~300 kb，得到snp位点；（3）将步骤（2）得到的snp位点与同源重组修复通路基因包括：arid1a、atm、atr、atrx、bap1、bard1、blm、brca1、brca2、brip1、cdk12、chek1、chek2、emsy、fam175a、fanca、fancc、fancd2、fance、fancf、fanci、fancl、fancm、mre11a、nbn、palb2、ppp2r2a、pten、rad50、rad51、rad51b、rad51c、rad51d、rad54b、rad54l、rpa1、slfn11、slx4、wrn和tp53bp1组合，得到所述用于同源重组修复缺陷检测的靶标集合。2.一种检测同源重组修复基因变异和基因组不稳定性的探针组合物，其特征在于，所述探针组合物包括权利要求1中所述的同源重组修复通路基因的子探针组a和snp位点的子探针组b；所述子探针组a中探针的长度为120 bp、并以头尾相接的形式覆盖所述同源重组修复通路基因的所有编码区，探针靶向的区域还包括brca1和brca2基因的非翻译区；所述子探针组b中探针的长度为120 bp，且探针序列的gc含量为40%~65%。3.根据权利要求2所述的探针组合物，其特征在于，所述子探针组a和子探针组b的探针摩尔浓度比为(2~5):1。4.如权利要求2所述的检测同源重组修复基因变异和基因组不稳定性的探针组合物在制备同源重组修复缺陷检测产品中的应用。5.一种同源重组修复缺陷检测试剂盒，其特征在于，所述同源重组修复缺陷检测试剂盒包括权利要求2所述的检测同源重组修复基因变异和基因组不稳定性的探针组合物。6.根据权利要求5所述的同源重组修复缺陷检测试剂盒，其特征在于，所述同源重组缺陷检测试剂盒还包括dna文库构建试剂、udi接头、杂交与洗脱试剂或杂交产物扩增试剂中的任意一种或至少两种的组合。7.根据权利要求5或6所述的同源重组修复缺陷检测试剂盒，其特征在于，所述同源重组修复缺陷检测试剂盒的使用方法包括以下步骤：（1）将样本dna片段化并进行末端修复补平加a，随后进行udi接头连接，纯化产物后进行pcr扩增，构建预文库；（2）利用权利要求3所述的检测同源重组修复基因变异和基因组不稳定性的探针组合物与所述预文库进行杂交，得到靶标dna片段；（3）以所述靶标dna片段为模板利用pcr通用引物进行扩增，得到靶向捕获文库；（4）对靶向捕获文库进行双端测序，并对测序数据进行分析。8.根据权利要求7所述的同源重组修复缺陷检测试剂盒，其特征在于，步骤（1）所述纯化包括磁珠纯化。9.根据权利要求7所述的同源重组修复缺陷检测试剂盒，其特征在于，步骤（4）所述分析包括测序数据质控评价、基因点突变分析、插入/缺失变异注释、大片段重排和基因组杂
合性缺失分析、大片段迁移分析和端粒等位基因不平衡分析；同源重组修复缺陷阳性判断标准为具有brca1或brca2基因致病性突变或疑似致病突变和/或基因组不稳定性评分≥43；所述基因组不稳定性评分为基因组杂合性缺失、大片段迁移及端粒等位基因不平衡事件的加和。

技术总结
本发明涉及一种构建用于同源重组修复缺陷检测的靶标集合的方法。所述靶标集合包括同源重组修复（homologous recombination repair，HRR）基因和SNP位点，所述HRR基因包括以BRCA1及BRCA2为代表的40个基因，所述SNP位点包括10913个SNP位点。本发明筛选能够充分表征基因组不稳定性的SNP位点并结合HRR基因构建靶标集合，并设计探针组合物，利用所述探针组合物能够对HRR基因变异进行检测，同时对基因组不稳定性进行准确评估，能够有效扩大同源重组修复缺陷阳性的检出率，并降低检测成本。并降低检测成本。并降低检测成本。


技术研发人员：刘佳 顾凯丽 宋文惠 韩竹青 张亚飞
受保护的技术使用者：迈杰转化医学研究（苏州）有限公司
技术研发日：2021.08.31
技术公布日：2021/10/8