一种与公鸡鸡冠面积性状相关的SNP分子标记及应用

本发明属于分子生物学，涉及一种与公鸡鸡冠面积性状相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、鸡冠是鸡重要的外部形态特征和显著的次级性征之一，其发育程度与个体的性激素水平、性成熟状态及繁殖能力密切相关。在生产实践中，鸡冠的大小、形态及颜色不仅影响消费者对活鸡外观品质的评价，还与公鸡的交配能力、群体社会地位、体温调节能力及健康状况等存在一定关联。因此，鸡冠性状可作为家禽繁殖性能评价、种鸡选育及品种种质特征鉴定的重要参考指标。

2、寿光鸡的公鸡鸡冠具有较为鲜明的品种特征。鸡冠面积性状可在不屠宰取下鸡冠测重的情况下，直观量化鸡冠大小，同时兼具冠长和冠宽的特征，是反映鸡冠发育程度的便捷高效的重要指标。公鸡鸡冠面积性状受遗传因素和环境因素共同影响。然而，目前针对公鸡鸡冠面积性状遗传基础的研究仍较为有限，尤其是与该性状显著关联的遗传变异位点及其在分子标记辅助育种中的应用尚缺乏系统研究。

3、全基因组关联分析（英文名称：genome-wide association study；简称：gwas）是一种在全基因组范围内筛查与目标性状显著关联遗传变异的方法，主要用于鉴定单核苷酸多态性（英文名称：single nucleotide polymorphism；简称：snp）等分子标记。近年来，gwas已广泛应用于鸡生长、体重、产蛋、肉品质和胴体性状等重要经济性状遗传基础的解析，并为家禽分子标记辅助选择育种提供了重要依据。相较于生长和生产性能等研究较为成熟的性状，雄性家禽次级性征兼具性成熟调控、种用性能评价和品种特征保持等多重育种价值，但其遗传调控机制尚未得到充分阐明。

4、现有地方鸡种的选育主要依赖表型选择，易受到生长阶段、饲养环境及主观评价等因素的影响，选择效率和准确性有待提高。特别是对于鸡冠面积等可量化但遗传机制尚不清晰的性状，现有技术中仍缺乏效应明确、稳定可靠且可直接用于育种实践的snp分子标记。因而，筛选与寿光鸡公鸡鸡冠面积性状显著关联的snp位点，并建立其在寿光鸡遗传选育、种质资源保护及优质种鸡早期筛选中的应用，对于提高地方鸡种分子育种效率具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与公鸡鸡冠面积性状相关的snp分子标记及应用，以解决现有公鸡选育准确性较低的问题。

2、为实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

3、第一方面，本申请提供一种与公鸡鸡冠面积性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于核苷酸序列如seq id no.1所示的基因组grcg7b的chr14:10310627，碱基为t/c；

4、当第10310627位的位点基因型为tt时，鸡冠表现为小面积鸡冠表型；

5、当第10310627位的位点基因型为tc时，鸡冠表现为中等面积鸡冠表型；

6、当第10310627位的位点基因型为cc时，鸡冠表现为大面积鸡冠表型。

7、第二方面，本申请提供一种检测或扩增第一方面中所述snp分子标记的引物对，所述引物对包括核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物f和核苷酸序列如seq id no.3所示的下游引物r。

8、第三方面，本申请提供一种试剂盒，包括第二方面中所述的引物对。

9、第四方面，本申请提供一种snp分子标记、引物对或试剂盒的应用，即在检测、鉴定公鸡鸡冠面积性状中的应用。

10、第五方面，本申请提供一种snp分子标记、引物对或试剂盒的应用，即在鉴别、辅助育种大面积鸡冠公鸡中的应用。

11、第六方面，本申请提供一种检测、鉴定公鸡鸡冠面积性状的方法，包括：

12、提取待测公鸡的dna，采用第二方面中所述的引物对或第三方面中所述的试剂盒扩增所述dna，获得包含第一方面中所述snp分子标记的基因片段；

13、检测所述基因片段中所述snp分子标记的基因型，根据所述基因型判断待测公鸡的鸡冠面积性状。

14、第七方面，本申请提供一种辅助育种大面积鸡冠公鸡的方法，包括：

15、提取待测公鸡的dna，采用第二方面中所述的引物对或第三方面中所述的试剂盒扩增所述dna，获得包含第一方面中所述snp分子标记的基因片段；

16、检测所述基因片段中所述snp分子标记的基因型；

17、选择基因型为cc或tc的待测公鸡留种。

18、本发明具有以下有益效果：

19、本申请利用重测序技术对410只寿光公鸡的snp位点进行基因分型，得到与寿光鸡鸡冠面积性状相关的snp分子标记，首次揭示了公鸡mettl22基因14号染色体上的1个snp位点chr14:10310627与公鸡鸡冠面积性状显著关联。利用该snp分子标记选择基因型为cc的个体，能够实现鸡群育雏育成阶段公鸡鸡冠面积性状的早期鉴别和分子辅助选择，为筛选鸡冠面积较大的种用候选个体提供分子依据，从而提高种公鸡选育效率，缩短选育周期，并降低饲养管理及制种成本。

1.一种与公鸡鸡冠面积性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记位于核苷酸序列如seq id no.1所示的基因组grcg7b的chr14:10310627，碱基为t/c；

2.一种检测或扩增权利要求1所述snp分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物f和核苷酸序列如seq id no.3所示的下游引物r。

3.一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的引物对。

4.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的引物对或权利要求3所述的试剂盒在检测、鉴定公鸡鸡冠面积性状中的应用。

5.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的引物对或权利要求3所述的试剂盒在鉴别、辅助育种大面积鸡冠公鸡中的应用。

6.一种检测、鉴定公鸡鸡冠面积性状的方法，其特征在于，包括：

7.根据权利要求6所述的检测、鉴定公鸡鸡冠面积性状的方法，其特征在于，检测所述基因片段中所述snp分子标记的基因型，根据所述基因型判断待测公鸡的鸡冠面积性状包括：

8.一种辅助育种大面积鸡冠公鸡的方法，其特征在于，包括：

9.根据权利要求8所述的辅助育种大面积鸡冠公鸡的方法，其特征在于，所述基因型的检测在公鸡的育雏育成阶段。