一个与陆地棉早熟和产量性状相关的SNP单倍型及其应用

本发明属于生物，涉及一个与陆地棉早熟和产量性状相关的snp单倍型及其应用。

背景技术：

1、棉花是我国重要的经济作物，对国民经济至关重要。西北内陆棉区是我国棉花主产区，该区棉花产量占全国产量的90%以上。早熟性是该区域棉花育种的核心目标，直接关系到棉花能否正常成熟与机械化采收。现有生育期相关的分子标记多为单效性位点，难以协同调控生育期与纤维产量性状，缺乏可用于区域适应性改良的多效单倍型模块。

2、gchap (gene-cds-haplotype)指的是在单个基因的编码区 (coding sequence,cds)内，所有被共同遗传的遗传变异（主要是snps）的特定组合。gchap是近年来在动植物基因组学、群体遗传学和分子育种中备受关注的一个核心概念，它将遗传变异的研究从“单碱基水平”提升到了“功能基因水平”。一旦确定了目标性状的一系列优异gchap，育种家就可以摆脱盲目的表型选择。通过筛选携带多个目标基因优异gchap的材料作为亲本，或利用分子标记辅助选择 (mas) 将不同基因的最优gchap聚合到同一个底盘品种中，实现分子设计育种。

3、针对西北内陆棉区棉花早熟育种缺乏多效单倍型标记、多性状协同选择效率低的问题，本发明提供一个与早熟、产量提升协同关联的d05染色体gchap优异单倍型，可用于西北棉区棉花品种的区域适应性改良。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供陆地棉d05染色体与早熟和纤维产量性状显著关联的单倍型及应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明提供的snp单倍型与陆地棉早熟和纤维产量性状相关联，可用于鉴别陆地棉早熟和纤维产量性状，实现对陆地棉早熟和高产潜力的早期预测。

2、为达到上述目的，本发明提供如下技术方案：

3、本发明第一方面提供了一个与陆地棉早熟和纤维产量显著关联的snp单倍型，所述单倍型由陆地棉gh_d05g198800、gh_d05g198900、gh_d05g199000三个基因的编码区非同义snp组成，其组合为ctctgcc，表现为陆地棉早熟和产量提高。单倍型位于陆地棉参考基因组'tm-1' genome cri_v1的d05染色体上，单倍型内7个snp位点位置及其多态性信息如表1所示：

4、表1 snp单倍型分子标记信息

5、

6、本发明第二方面提供了上述的snp单倍型在陆地棉早熟和纤维产量性状标记辅助选择中的应用。

7、本发明第三方面提供了扩增上述的单倍型内7个snp位点的引物对组合在制备鉴别陆地棉早熟和纤维产量性状的产品中的应用。

8、进一步地，所述产品包括陆地棉基因组检测试剂或陆地棉基因组检测试剂盒或陆地棉全基因组snp芯片。

9、本发明第四方面提供了一种鉴别陆地棉早熟和纤维产量性状的产品，包括扩增上述的单倍型内7个snp位点的引物对组合。

10、进一步地，所述产品包括陆地棉基因组检测试剂或陆地棉基因组检测试剂盒或陆地棉全基因组snp芯片。

11、本发明第五方面提供了一种如上述的产品在鉴别陆地棉早熟和纤维产量性状或分子标记辅助育种或全基因组关联分析中的应用。

12、本发明第六方面提供了一种鉴定陆地棉早熟和纤维产量性状的方法，所述方法包括以下步骤：

13、（1）从陆地棉叶片中提取待测样本的基因组dna；

14、（2）以基因组dna为模板，通过pcr技术扩增包含所述单倍型内7个snp位点的dna片段，获得pcr产物；

15、（3）对pcr产物采用荧光检测平台进行检测，根据所得荧光信号所反应的snp位点的多态性判断陆地棉早熟和纤维产量；

16、（4）当snp位点的碱基为seq id no.1-7第51位中一种，陆地棉材料晚熟和纤维产量较低；当snp位点的碱基为seq id no.8-14第51位中的一种，陆地棉材料早熟和纤维产量较高。

17、本发明的有益效果：

18、本发明提供的与陆地棉早熟和纤维产量显著关联的snp单倍型，直接以dna的形式表现，在棉花的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否等问题影响，不用分析片段的长度，适于快速、规模化、自动化筛查。本发明提供的snp单倍型可用于同时鉴别陆地棉早熟和纤维产量性状，实现对陆地棉早熟高产利用价值的早期预测，还可用于棉花生育期和纤维产量相关遗传背景分析和筛选，以及陆地棉生育期和纤维产量位点分子标记辅助选择育种，可实现多性状同步选择，具有广阔的应用前景。本发明提供的snp位点，可应用于陆地棉生育期和纤维产量相关育种材料的全基因组选择，提高棉花分子育种的效率和准确性。

1.检测snp单倍型的产品在鉴别陆地棉早熟及纤维产量性状中的应用，其特征在于，所述snp单倍型由7个snp位点组成，所述7个snp位点如下表所示：

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括扩增所述snp位点的引物对组合。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述产品包括陆地棉基因组检测试剂盒或陆地棉全基因组snp芯片。

4.一种鉴别陆地棉早熟和纤维产量的产品，其特征在于，包括权利要求2中所述的引物对组合。

5.根据权利要求4所述的产品，其特征在于，所述产品包括陆地棉基因组检测试剂盒或陆地棉全基因组snp芯片。

6.一种如权利要求4或5所述的产品在鉴别陆地棉早熟和纤维产量性状中的应用。

7.一种鉴别陆地棉早熟和纤维产量的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：