一种与芝麻生育酚含量相关的SNP分子标记C6-20265010及其应用

本发明涉及植物育种，具体涉及一种与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010及其应用。

背景技术：

1、生育酚，又称为维生素e，最早发现于1922年，其在人和动物的生理代谢过程中发挥不可替代的作用，然而机体自身无法合成，必须通过膳食途径摄取，并因其抗氧化功能而被大众熟知。作为天然抗氧化剂，生育酚可以有效减轻自由基或活性氧对细胞及脂质造成的非酶氧化损伤，抑制脂质过氧化反应，保护生物膜。已有许多研究表明生育酚对人类健康有各种潜在的有益作用，例如抗癌、抗动脉粥样硬化、抗心血管、神经保护以及对阿尔兹海默症等慢性疾病的抑制等。这些健康效应使得生育酚成为营养强化与功能食品研发的重要目标分子。

2、芝麻（

sesamum indicuml.）隶属于芝麻科芝麻属，为一年生草本油料作物，广泛种植于亚洲、非洲等地区。芝麻种子富含油脂、蛋白质及多种微量活性成分，其中生育酚含量尤为突出，因而被视为优质的天然生育酚来源。芝麻不仅可直接食用或用于榨取高品质食用油，还可作为香料、药用植物及化工原料，经济价值与营养价值兼具。有研究发现，不同芝麻品种的生育酚含量差异较大，遗传变异丰富。因此，深入挖掘芝麻特异种质中生育酚含量关键遗传调控位点，并利用现代分子育种技术实现定向改良，有望显著提升芝麻的营养品质，满足公众日益增长的健康保障需求。

3、传统的育种手段由于育种年限长、选择效率低，难以满足当前作物育种需求。近年来，伴随高通量测序技术与分子遗传学方法的飞速发展，基于基因型的精准选择策略已逐步成为作物育种的重要工具。在全基因组范围内筛选与目标性状显著关联的遗传标记，并结合分子标记辅助选择，可以克服生育酚含量表型鉴定中的困难，实现对优良等位基因的快速追踪与聚合，将极大提高育种效率。目前，芝麻中尚无相关的遗传调控位点被鉴定的报道。

技术实现思路

1、为解决背景技术中存在的问题，本发明提供了一种与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010及其应用，该snp分子标记可以用于芝麻生育酚含量性状的筛选以及品种的选育，有助于提高高生育酚品种育种效率。

2、本发明解决上述技术问题的技术方案如下：

3、第一方面，本发明提供了一种与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010，所述snp分子标记位于如seq id no:1所示序列自5’端起第29位，所述snp分子标记的多态性为t/c。

4、第二方面，本发明提供了检测上述snp分子标记c6-20265010的试剂或试剂盒在芝麻生育酚含量筛选育种中的应用。

5、按上述方案，所述试剂包括用于检测所述snp分子标记的引物组和/或探针组。

6、按上述方案，所述试剂包括以下至少一种：

7、用于kasp基因分型检测的引物组；

8、用于taqman荧光探针法检测的引物组和探针；

9、用于arms-pcr检测的等位基因特异性引物组；

10、用于高分辨率熔解曲线（hrm）检测的扩增引物组。

11、第三方面，本发明提供了一种用于检测上述与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010的kasp引物组，包括等位型正向引物f1、等位型正向引物f2和共用反向引物r，其核苷酸序列分别如下：

12、等位型正向引物f1：5’-actgctcttatttcaataaattctctttt-3’；

13、等位型正向引物f2：5’-actgctcttatttcaataaattctctttc-3’；

14、反向引物r：5’-tgtgtgcttgcatagatgtgt-3’

15、按上述方案，正向引物f1和正向引物f2的5’端分别标有不同的标签序列。

16、第四方面，本发明提供了一种用于检测上述与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010的试剂盒，包括上述kasp引物组。

17、第五方面，本发明提供了一种芝麻生育酚含量性状筛选育种方法，包括以下步骤：

18、s1.对芝麻的snp分子标记c6-20265010进行检测，得到snp位点的基因型，所述snp分子标记位于如seq id no:1所示序列自5’端起第29位，所述snp分子标记的多态性为t/c；

19、s2.筛选snp位点的基因型为tt的个体，并测定所筛选个体的生育酚含量；

20、s3.选择生育酚含量高于预设阈值的个体作为育种材料。

21、按上述方案，芝麻生育酚含量性状筛选育种方法还包括如下步骤：

22、s4.将步骤s3筛选得到的芝麻个体与目标亲本进行杂交，获得杂交后代群体；

23、s5.检测所述杂交后代群体中所述snp分子标记的基因型，筛选snp位点的基因型为tt的个体，并测定其生育酚含量；

24、s6.选择生育酚含量高于预设阈值的杂交后代个体，作为选育获得的目标后代。

25、按上述方案，检测snp分子标记的基因型的方法为：以芝麻基因组dna为模板，以上述kasp引物组进行竞争性等位基因特异性pcr扩增，获取snp位点的基因型。

26、按上述方案，扩增程序为：94℃ 15min；94℃ 20s，65℃ 1min，循环10次；95℃20s，57℃ 1min，循环28次；25℃ 1min；扩增结束后采集荧光信号，并完成基因型判读。

27、本发明的有益效果是：

28、本发明发现了与芝麻生育酚含量显著关联的snp分子标记c6-20265010，为芝麻生育酚含量性状的预先选择提供了可靠的分子标记来源；同时该snp分子标记也可以用于芝麻品种或品系的芝麻生育酚含量性状的筛选育种中，能够极大地减轻育种筛选的工作量，缩短育种周期，提升育种效率。

1.一种与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010，其特征在于，所述snp分子标记位于如seq id no:1所示序列自5’端起第29位，所述snp分子标记的多态性为t/c。

2.检测如权利要求1所述的snp分子标记c6-20265010的试剂或试剂盒在芝麻生育酚含量筛选育种中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂包括用于检测所述snp分子标记的引物组和/或探针组。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂包括以下至少一种：

5.一种用于检测如权利要求1所述的与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010的kasp引物组，其特征在于，包括等位型正向引物f1、等位型正向引物f2和共用反向引物r，其核苷酸序列分别如下：

6.根据权利要求5所述的kasp引物组，其特征在于，正向引物f1和正向引物f2的5’端分别标有不同的标签序列。

7.一种用于检测如权利要求1所述的与芝麻生育酚含量相关的snp分子标记c6-20265010的试剂盒，其特征在于，包括权利要求5或6所述的kasp引物组。

8.一种芝麻生育酚含量性状筛选育种方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的育种方法，其特征在于，还包括如下步骤：

10.根据权利要求9所述的育种方法，其特征在于，检测snp分子标记的基因型的方法为：以芝麻基因组dna为模板，以权利要求5或6所述的引物组进行竞争性等位基因特异性pcr扩增，获取snp位点的基因型。