一种鉴别林荫鼠尾草的SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及植物分子标记，具体涉及一种鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，snp）是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换以及单碱基的插入或缺失。snp是植物基因组中最丰富的遗传变异形式，具有分布广泛、遗传稳定性高、易于自动化检测等优点，已成为植物品种鉴定、遗传多样性分析和分子育种的重要分子标记。

2、林荫鼠尾草（

salvia nemorosa）是唇形科鼠尾草属重要的园林绿化和药用植物。由于鼠尾草属植物种类繁多，许多近缘种在形态上高度相似，传统的形态学鉴别方法存在主观性强、受环境影响大等问题，难以实现准确、快速的品种鉴定。特别是在幼苗期，林荫鼠尾草与快乐鼠尾草（

s. sclarea）、欧鼠尾草（

s. officinalis）、一串红（

s. splendens）、墨西哥鼠尾草（

s. leucantha）等近缘种难以从形态上区分，容易造成品种混淆，影响园林绿化效果和药用植物栽培质量。

3、叶绿体基因组具有母系遗传、拷贝数高、进化速率适中、序列保守等特点，是开发植物种间鉴别snp标记的理想材料。基于叶绿体基因组snp标记的分子鉴定技术，能够在dna水平上直接反映品种间的遗传差异，具有准确、快速、不受环境因素影响等优点，为林荫鼠尾草的品种鉴定和种质资源保护提供了可靠的技术手段。

4、目前，针对林荫鼠尾草的特异性snp分子标记研究尚处于空白阶段，缺乏能够快速、准确鉴别林荫鼠尾草与其他鼠尾草品种的snp标记体系。因此，开发林荫鼠尾草特异性的snp分子标记，建立基于snp的分子鉴定方法，对于保护林荫鼠尾草种质资源、防止品种混淆、指导生产应用具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供了一种鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记及其应用。本发明的3个snp位点位于林荫鼠尾草叶绿体基因组的特异位点，基于dna序列的直接检测，不受生长阶段、组织类型及环境因素影响，鉴定结果准确可靠。

2、为实现上述目的，本发明所设计的技术方案如下：

3、本发明提供了一种鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记，所述snp分子标记位于林荫鼠尾草叶绿体基因组上，包括snp分子标记1和snp分子标记2；

4、所述snp分子标记1上含有两个snp位点snp-01和snp-02，snp位点snp-01位于林荫鼠尾草叶绿体基因组的第284位，等位基因为a/t；snp位点snp-02位于林荫鼠尾草叶绿体基因组的第285位，等位基因为a/t；

5、所述snp分子标记2上含有一个snp位点snp-03，snp位点snp-03位于林荫鼠尾草叶绿体基因组的第2637位，等位基因为t/c。

6、本发明还提供了一种所述的snp分子标记在林荫鼠尾草品种鉴别、种质资源保护或分子辅助育种中的应用。

7、本发明还提供了一种用于获得所述的snp分子标记的引物对，获得snp分子标记1的引物对的核苷酸序列如下：

8、snp-1f：gatcttctttctttattctctaatgg；

9、snp-1r：tggctaagacttgtttttagtgtg；

10、获得snp分子标记2的引物对的核苷酸序列如下：

11、snp-3f：aattggtttatcgaaatcctttttggatg；

12、snp-3r：agaacgtcttatgaacgtctttgttaagg。

13、进一步地，所述snp分子标记1的核苷酸序列如seq id no：1所示，且snp位点snp-01位于该序列的第95位碱基，snp位点snp-02位于该序列的第96位碱基；

14、所述snp分子标记2的核苷酸序列如seq id no：2所示，且snp位点snp-03位于该序列的第89位碱基。

15、本发明还提供了一种鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记的检测方法，所述方法采用所述的引物对进行扩增，测序对比完成检测。

16、本发明还提供了一种所述的引物对在林荫鼠尾草品种鉴别、种质资源保护或分子辅助育种中的应用。

17、本发明还提供了一种鉴别林荫鼠尾草的试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物对。

18、本发明还提供了一种利用所述的试剂盒鉴别林荫鼠尾草的方法，包括以下步骤：

19、检测鼠尾草属植物叶绿体基因组上的鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记，根据snp位点的碱基信息，判断待检测鼠尾草属植物是否为林荫鼠尾草；

20、当snp位点snp-01位点的碱基为t，snp位点snp-02的碱基为a，snp位点snp-03的碱基为t时，待检测鼠尾草属植物为林荫鼠尾草。

21、进一步地，所述检测的方法，包括以下步骤：

22、（1）提取待检测鼠尾草属植物的基因组dna；

23、（2）利用试剂盒中的引物对分别对基因组dna进行pcr扩增；

24、（3）对pcr扩增产物进行测序分析，得到测序结果；

25、（4）基于测序结果，得到snp位点的碱基信息。

26、本发明还提供了一种所述的试剂盒在林荫鼠尾草品种鉴别、种质资源保护或分子辅助育种中的应用。

27、本发明的有益效果：

28、本发明成功筛选得到鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记，基于该snp分子标记开发了等位基因特异性pcr引物和检测方法。本发明利用林荫鼠尾草叶绿体基因组特有的snp位点，能够有效区分林荫鼠尾草与其他鼠尾草品种，具有如下优点：

29、（1）准确性高：基于dna序列的snp标记，不受环境因素影响，鉴定结果准确可靠；

30、（2）特异性强：等位基因特异性pcr引物仅对林荫鼠尾草特定等位基因有效扩增，特异性高；

31、（3）操作简便：pcr检测技术成熟，设备简单，易于推广应用；

32、（4）快速高效：从dna提取到结果判读仅需3~4小时，可实现高通量检测；

33、（5）早期鉴定：可在苗期进行分子鉴定，缩短育种周期。

1.一种鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记位于林荫鼠尾草叶绿体基因组上，包括snp分子标记1和snp分子标记2；

2.一种权利要求1所述的snp分子标记在林荫鼠尾草品种鉴别、种质资源保护或分子辅助育种中的应用。

3.一种用于获得权利要求1所述的snp分子标记的引物对，其特征在于：获得snp分子标记1的引物对的核苷酸序列如下：

4.根据权利要求3所述的引物对，其特征在于：所述snp分子标记1的核苷酸序列如seqid no：1所示，且snp位点snp-01位于该序列的第95位碱基，snp位点snp-02位于该序列的第96位碱基；

5.一种鉴别林荫鼠尾草的snp分子标记的检测方法，其特征在于：所述方法采用权利要求3所述的引物对进行扩增，测序对比完成检测。

6.一种权利要求3所述的引物对在林荫鼠尾草品种鉴别、种质资源保护或分子辅助育种中的应用。

7.一种鉴别林荫鼠尾草的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括权利要求3所述的引物对。

8.一种利用权利要求7所述的试剂盒鉴别林荫鼠尾草的方法，其特征在于：包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于：所述检测的方法，包括以下步骤：

10.一种权利要求7所述的试剂盒在林荫鼠尾草品种鉴别、种质资源保护或分子辅助育种中的应用。