一种与水牛产奶性状相关的SNP分子遗传标记及其应用

本发明属于家畜分子标记制备，具体地，涉及一种与水牛产奶性状相关的snp分子遗传标记及其应用。

背景技术：

1、在家畜育种中，产奶性状是畜禽最具价值的经济性状之一，由多种微效基因决定，是一种典型的由多基因控制的数量性状。在水牛中，水牛乳营养价值高，风味好，是优质特色乳，但水牛产奶量低，想要提高水牛产奶量究其根本要从基因组遗传物质中进行研究，因此，通过候选基因确定遗传标记或单核苷酸多态性（snp）与产奶性状之间的关系具有重要研究意义。

2、分子标记是畜禽遗传改良中应用最广泛、最有效的育种技术之一，具有不受外界环境影响、鉴别简单准确，可以缩短时间间隔，实现早期选育大幅度提高选择效率等优势。专利cn119710024a公开了一种水牛泌乳性状相关的分子标记，发现了apoa1基因与水牛泌乳中的产奶量、高峰产奶量、乳脂率、乳脂量、乳蛋白率、乳蛋白量高/低相关联的位点，为选育具有优良性状的水牛品种提供候选基因，并基于多个分子标记物获得最佳单倍型组合（cagc/cagc），同时能够筛选出较高产奶量、较高乳脂率、较高乳蛋白率、较高乳蛋白量的个体，选种的准确性大大提高，克服了仅能够筛选高/低产奶量方法的缺陷，提高产奶性能的选择进展。专利cn103898106a公开了与水牛产奶性状相关的snp标记，所述snp标记位于水牛lpaat基因的第886bp、1471bp、2472bp、2813bp、3393bp和5540bp处的g886-a886、t1471-a1471、a2472-g2472、t2813-c2813、c3393-t3393和c5540-t5540的碱基突变，均与水牛产奶量显著相关（p<0.05）；第1386bp处的a1386-g1386的碱基突变则与水牛产奶量极显著相关。专利cn111996262a也公开了水牛5个snp位点在水牛产奶性状或分子育种分析中的应用，为育种上下游过程提供支持，具有测定准确率高等优势；可以提高奶水牛产奶性能。可见，分子标记辅助选择技术被广泛用于水牛遗传改良，为改善水牛中等遗传力的产奶性状提供了快捷的方法。进一步挖掘与水牛产奶性状显著相关的分子标记，为水牛的现代化科学选育提供资源依据仍具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服现有技术中存在的上述缺陷和不足，提供一种与尼里-拉菲水牛产奶性状相关的snp分子遗传标记。

2、本发明的第二个目的在于提供一种检测上述snp分子标记的引物组。

3、本发明的第三个目的在于提供包括上述引物组的试剂盒。

4、本发明的第四个目的在于提供上述snp分子标记或上述引物组或上述试剂盒在水牛育种中的应用。

5、本发明的第五个目的在于提供上述snp分子标记或上述引物组或上述试剂盒在筛选产奶量高的水牛中的应用。

6、本发明的第六个目的在于提供一种选育产奶量高的水牛的方法。

7、本发明的上述目的是通过以下技术方案给予实现的：

8、本发明提供一种与水牛产奶性状相关的snp分子遗传标记，所述snp分子遗传标记位于水牛基因组1号染色体的第28942786 bp处，该位点的碱基为c或t，参考基因组版本号为gcf_019923935.1。

9、本发明通过对尼里-拉菲品种水牛的基因组dna进行检测，发现在水牛1号染色体上第28942786 bp位点的碱基处存在一个c/t多态性位点（基因组版本号为gcf_019923935.1）。本发明通过对该分子标记的基因型进行检测，结果表明，在不同水牛之间存在cc、ct或tt三种基因型。进一步研究结果表明，该基因型与水牛产奶性状密切相关，cc和ct基因型个体的产奶量均极显著大于tt基因型个体。因此，本发明提供的分子标记可以用于高产奶水牛新品种的培育。

10、进一步地，所述snp分子遗传标记位于seq id no.1所述核苷酸序列的第86bp处。

11、本发明还提供一种检测上述snp分子遗传标记的引物组。

12、本发明提供的引物组可以扩增如seq id no.1所示的核苷酸序列，与水牛产奶性状相关的snp分子遗传标记位于seq id no.1所示核苷酸序列的第86bp处。

13、进一步地，所述引物组的核苷酸序列如seq id no.2～4所示。

14、本发明还提供一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。

15、本发明还提供上述snp分子遗传标记或上述引物组或上述试剂盒在水牛育种中的应用，所述育种为培育产奶量高的水牛。

16、进一步地，所述育种为选择snp基因型为cc的个体进行保种。

17、本发明还提供上述snp分子遗传标记或上述引物组或上述试剂盒在筛选/鉴定产奶量高的水牛中的应用。

18、本发明还提供上述snp分子遗传标记或上述引物组或上述试剂盒在检测水牛产奶性状中的应用。

19、本发明还提供一种选育产奶量高的水牛的方法，所述方法为对上述snp分子标记进行检测，选择基因型为cc的个体进行保种。

20、本发明通过保留基因型为cc的水牛个体，淘汰基因型为tc或tt的水牛个体进行水牛繁殖选育。具体地，在水牛育种时优先选择cc基因型进行保种，繁育时以cc基因型作为种牛，与其它水牛进行杂交，尤其是采用cc基因型种公牛精液进行人工授精，可以极大提升繁育效率，得到产奶量具有优势的后代水牛群体，避免才用基因型为tc的水牛个体进行繁殖选育时后代出现tt型水牛，为水牛产奶性状的遗传改良提供了有效的基因技术手段。

21、进一步地，所述检测的方法包括pcr扩增直接测序法、探针法、基因芯片法或高分辨率溶解曲线法中的一种或多种。

22、更进一步地，所述pcr扩增直接测序法为利用上述引物组对水牛基因组进行扩增，将扩增结果进行sanger测序。

23、进一步地，水牛的品种为尼里-拉菲水牛。

24、具体地，本发明提供一种可供实施的选育产奶量高的水牛的方法，以水牛血液为样品提取基因组dna，利用核苷酸序列如seq id no.2～4所示的引物组合进行pcr扩增，获得上述分子标记chr1:28942786的基因型，保留基因型为cc的水牛个体，淘汰基因型为tc或tt的水牛个体进行水牛繁殖选育。

25、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

26、本发明提供一种与水牛产奶性状相关的snp分子遗传标记及其应用。本发明所述snp分子遗传标记位于水牛基因组1号染色体的第28942786 bp处，该位点的碱基为c或t，基因组版本号为gcf_019923935.1。进一步研究结果显示，本发明所提供的snp分子遗传标记与水牛产奶性状相关，通过对该分子标记的基因型进行检测可以实现水牛产奶性状的鉴定，该snp位点存在cc、ct或tt三种基因型，cc和ct基因型个体的产奶量均极显著大于tt基因型个体。在育种时通过保留所述snp分子标记基因型为cc的个体，淘汰基因型为tc或tt基因型的个体来提高后代水牛的产奶性能。因此，本发明提供的分子标记可以用于优质奶水牛新品种的培育，为水牛产奶性状的遗传改良提供了有效的基因技术手段，在水牛养殖业中具有重要的应用价值。