一种基于NGS的结直肠癌基因突变检测分析方法与流程

技术特征：
1.一种基于ngs的结直肠癌基因突变检测分析方法，其特征在于，包括以下步骤：s1、采用探针捕获的方法对正常样本和标准突变样本提取的dna进行建库和测序，得到原始样本fq数据；s2、对s1步骤得到的原始样本fq数据通过fastp预处理，除去低质量reads及接头污染reads；s3、对步骤s2得到的样本数据通过bwa mem比对至参考基因组，对原始bam文件去重，然后使用gatk best practice对bam文件进行碱基质量重校正，得到供变异检测的样本数据bam文件；s4、分别采用mutect2工具和lumpy软件对s3步骤得到的样本数据进行体细胞突变检测和融合基因检测：在体细胞突变检测中通过构建panel of normals过滤无意义/良性胚系变异，在融合基因检测中通过以正常样本数据为基线去除背景变异；最后通过cnvkit软件检测拷贝数变异，得到snv/indel/sv/cnv等变异类型的vcf结果文件及过滤后的变异列表；s5、通过msisensor-pro软件，以正常样本数据为基础，检测各个样本的msi状态，其中结果大于等于10%即为msi-h，小于10%为msi-l；s6、分析步骤s4、s5中得到的变异结构以msi信息，生成检测报告。2.根据权利要求1所述的一种基于ngs的结直肠癌基因突变检测分析方法，其特征在于，s1步骤中探针序列的设计包括：确定目标捕获区域并得到bed文件，根据bed文件通过catch软件设计多个探针序列，将设计的探针序列通过blastn软件和参考基因组比对，找出多处比对到参考基因组的序列去除，得到探针序列。3.根据权利要求2所述的一种基于ngs的结直肠癌基因突变检测分析方法，其特征在于，目标捕获取区域的确定根据数据库和指南中关于结直肠癌相关基因和关键区域得到。

技术总结
一种基于NGS的结直肠癌基因突变检测分析方法，分别使用正常样本和标准突变样本建库并进行NGS测序，通过构建正常样本的数据集作为本底过滤有效过滤大部分无意义/良性的胚系变异，通过检测患者肿瘤单样本获取样本体细胞突变和致病性胚系突变，且通过评估捕获区域内MSI相关位点的改变情况，在缺少正常对照组织的情况下准确评估患者MSI信息。相比传统结直肠癌检测方法具有样本要求低、操作便捷、检测费用适中和检测范围广等优点。费用适中和检测范围广等优点。


技术研发人员：陈文良
受保护的技术使用者：武汉艾迪康医学检验所有限公司
技术研发日：2022.02.11
技术公布日：2022/4/29