一种评估黄鳍鲷种群遗传多样性的SSR标记引物和方法与流程

技术特征：
1.一种评估黄鳍鲷种群遗传多样性的ssr标记引物，其特征是：所述引物包括8对，分别为引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7和引物8，其核苷酸序列分别如seq id no：1～16所示。2.一种评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是包括以下步骤：(1)黄鳍鲷微卫星标记开发取黄鳍鲷脑、肾、肝脏、性腺和肌肉的新鲜组织，提取组织rna，进行转录组测序，从下机数据中提取高质量序列，使用软件misa对转录组序列的编码区进行搜索，寻找微卫星标记；(2)黄鳍鲷多态性微卫星标记筛选用步骤(1)预测的微卫星标记，通过pcr扩增，电泳检测扩增产物大小，收集数据，用软件分析ssr的遗传学参数，筛选得到权利要求1中所述的8对特异性扩增、高多态性的ssr标记引物；(3)黄鳍鲷遗传多样性分析收集黄鳍鲷群体样本，提取个体dna，分别利用转录组开发的步骤(2)中的8对多态性ssr标记引物对黄鳍鲷群体进行pcr扩增，毛细管电泳进行基因分型，读取毛细管电泳数据，利用软件fstat2.9.3分析部分ssr标记分别在黄鳍鲷群体中的等位基因数(a)、期望杂合度(he)、观测杂合度(ho)、近交系数(f)和哈代温伯格平衡显著性(p)，利用软件cervus计算各ssr标记在所有个体的等位基因数(na)、观测杂合度(ho)、期望杂合度(he)和多态信息含量(pic)，利用mega软件的upgma算法对黄鳍鲷群体进行聚类分析。3.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(1)中采用trizo1
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氯仿法提取组织rna。4.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(1)中在转录组编码区开发微卫星标记。5.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(2)中筛选8对微卫星引物的过程是：根据转录组测序预测的微卫星标记，合成引物，并分别对6～10个黄鳍鲷个体进行pcr扩增，筛选出扩增稳定、多态性强、杂合度高的8对微卫星引物。6.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(2)中pcr扩增时，反应体系为10μl：2
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pcr mix 5μl，浓度为10μmol/l的正、反引物各0.3μl，浓度为100ng/μl的dna模板1μl，ddh2o 3.4μl。7.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(2)中pcr反应程序设定为：94℃预变性5min，然后94℃ 30s，退火温度48
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60℃ 30s，72℃ 30s，共30个循环，最后72℃延伸10min。8.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(3)中在8对多态性ssr标记引物的5’端标记fam荧光基团。9.根据权利要求2所述的评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，其特征是：步骤(3)采用abi 3730xl进行基因型分型，利用gene mapper v4.0读取个体等位基因大小(bp)，利用软件fstat2.9.3分析8对ssr标记引物分别在黄鳍鲷群体中的等位基因数(a)、期望杂合度(he)、观测杂合度(ho)、近交系数(f)和哈代温伯格平衡显著性(p)。10.权利要求1所述的引物或权利要求2所述方法在黄鳍鲷种群遗传多样性分析、品种鉴定、遗传图谱构建或分子辅助育种方面的应用。

技术总结
本发明公开了一种评估黄鳍鲷种群遗传多样性的SSR标记引物，所述引物包括8对，分别为引物1～引物8，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1～16所示。还公开了一种评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法，该方法通过对黄鳍鲷组织进行RNA提取，经过测序和SSR挖掘，以多个地区的黄鳍鲷基因组DNA为材料，对开发的SSR标记引物进行验证，获得8对优良的SSR分子标记引物，本发明获得的SSR标记均能够特异性扩增，具有跨物种通用性、高度多态性、共显性且易于检测等优点。所述的SSR分子标记可用于黄鳍鲷种质鉴定、遗传多样性分析等领域，同时为今后黄鳍鲷种质资源调查、开发和保护提供理论基础。开发和保护提供理论基础。开发和保护提供理论基础。


技术研发人员：李水生 张晋 刘金梅 张勇 卢丹琪 李桂峰
受保护的技术使用者：中山大学
技术研发日：2021.07.06
技术公布日：2021/11/21