一种与母鸡鸡距长性状相关的HDAC4基因单倍型分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及生物，尤其涉及一种与母鸡鸡距长性状相关的

hdac4基因单倍型分子标记及其应用。

背景技术：

1、鸡距（俗称脚蹬）生长于跗跖骨后侧，内层为骨性髓芯（跗跖骨向外延伸的钙化骨突），外层包裹致密β-角蛋白角质鞘，属于雄性第二性征，受睾酮调控，距的长度、硬度是公鸡群体地位的直观信号，长粗距公鸡的群体优势更强，配种受精率更高。距长与日龄、体成熟和肉质高度相关，鸡距随着性成熟启动开始生长钙化，至完成体成熟后停止生长，因此距长是土鸡、老鸡年龄鉴定的金标准。长距鸡的肌内脂肪沉积充足、肌纤维韧性强，鲜味氨基酸积累多，风味物质丰富，煲汤香气浓郁、风味醇厚，肉品质更佳。距长作为优质鸡育种中肉品质和成熟度的标志性状有重要意义。

2、距长属于多基因控制的高遗传力数量性状（h2=0.6–0.7），优质鸡育种对距长性状集中于公鸡，多数母鸡的距不明显，但也有少数母鸡长距，观察发现，长距母鸡的后代公鸡往往具有提早长距的特性，同时母鸡的距长与其体重、体尺等指标存在一定的正相关性。目前，关于母鸡长距性状（即母鸡出现较长距的现象）的具体遗传机制、相关分子标记以及该性状的选育潜力，尚未有深入的研究进展。

3、组蛋白去乙酰化酶4（histone deacetylase 4，

hdac4）基因是组蛋白去乙酰化酶家族的成员，其编码的蛋白质在调控基因表达中起着关键作用。hdac4属于iia类组蛋白去乙酰化酶，在细胞核和细胞质中都有分布，参与细胞增殖、分化和凋亡等多种细胞过程，hdac4的作用机制相当复杂，涉及多个信号通路。研究表明，hdac4与甲状腺功能减退症、发育迟缓和/或智力障碍等很多疾病有关。心肌细胞中hdac4的遗传缺失会增强对高脂肪饮食的肥胖反应，并加剧代谢综合征。目前，有关该基因在鸡距中的表达及其多态位点与鸡距距长性状的关联分析尚未见研究。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与母鸡鸡距长性状相关的

hdac4基因单倍型分子标记及其应用。

2、本发明以针对琅琊鸡母鸡长距性状进行了全基因组关联分析，并在7号染色体6235428至6430514 bp区间上筛选到一个与鸡距长短呈现极显著相关的候选基因

hdac4。并通过进一步分析获得了

hdac4基因与鸡的距长显著关联的4个snps位点组成的单倍型，该分子标记可用于鸡长距性状的育种实践。

3、为实现上述目的，本发明的技术方案如下：

4、本发明第一方面，提供一种与母鸡鸡距长性状相关的单倍型标记，所述单倍型标记由鸡

hdac4基因（genbank no. nc_006094.5）上的4个连锁snp位点组成，所述4个snp位点分别为：

5、snp1：rs736366625，物理位置为7号染色体第6238302处，等位基因为 t/g；

6、snp2：rs737626383，物理位置为7号染色体第6250446处，等位基因为 c/t；

7、snp3：rs314733454，物理位置为7号染色体第6252772处，等位基因为 t/a；

8、snp4：rs315155432，物理位置为7号染色体第6252784处，等位基因为 c/t。

9、进一步地，所述母鸡为琅琊母鸡；4个snp位点构建出3种单倍型，包括：

10、h1：单倍型为tctc；

11、h2：单倍型为gtat；

12、h3：单倍型为ttat；

13、其中，h1对应的个体具有长距性状。

14、本发明第二方面，提供一种检测上述所述单倍型标记的引物组，包括 3 对特异性引物，序列如seq id no.1~6所示。

15、本发明第三方面，提供含有所述引物组的检测试剂或试剂盒。

16、本发明第四方面，提供所述单倍型标记、或所述引物组、或所述检测试剂或试剂盒在鉴定及筛选具有长距性状鸡品种中的应用。

17、本发明第五方面，提供一种所述单倍型标记鉴定或筛选具有长距性状鸡品种的方法，包括以下步骤：

18、（1）提取待检测鸡的基因组dna；

19、（2）以所述dna为模板，设计用于扩增所述单倍型标记的引物组，进行 pcr 扩增；

20、（3）对pcr扩增产物进行测序，判定4个 snp 位点的基因型，进而确定单倍型类型；

21、（4）若单倍型为 tctc或双倍型为 tctc/tctc，则判定该个体为长距性状优良个体。

22、进一步地，步骤（2）中，所述引物组如seq id no.1~6所示。

23、本发明第六方面，提供所述单倍型标记、或所述引物组、或所述检测试剂或试剂盒在母鸡分子标记辅助育种中的应用。

24、本发明有益效果至少包括：

25、（1）首次揭示了

hdac4基因与琅琊鸡母鸡距长性状的关联性，筛选出 4 个显著关联的 snp 位点及核心单倍型h1（tctc），为家禽长距性状选育提供了明确的分子靶点，丰富了家禽分子育种的理论基础。

26、（2）4个snp位点间连锁关系紧密，组成的单倍型h1及双倍型 h1h1与各时期（130d、240d、360d、400d）距长性状显著相关，h1h1基因型个体距长最长且表型稳定，可精准区分优良性状个体，避免传统表型选择的主观性和误差，大幅提升选育准确率。

27、（3）本发明检测单倍型分子标记的方法能够早期、快速、低成本、有效的预测鸡长距性状，为鸡分子标记辅助选择育种提供了有效手段，直接通过母鸡基因型筛选优良亲本，在鸡种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。

1.一种与母鸡鸡距长性状相关的hdac4基因单倍型标记，其特征在于，所述单倍型标记由鸡hdac4基因（genbank no. nc_006094.5）上的4个连锁snp位点组成，所述4个snp位点分别为：

2.根据权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述母鸡为琅琊母鸡；4个snp位点构建出3种单倍型，包括：

3.一种检测权利要求1所述单倍型标记的引物组，其特征在于，包括3对特异性引物，序列如seq id no.1~6所示。

4.含有权利要求3所述引物组的检测试剂或试剂盒。

5.权利要求1或2所述单倍型标记、或权利要求3所述引物组、或权利要求4所述检测试剂或试剂盒在鉴定及筛选具有长距性状鸡品种中的应用。

6.一种利用权利要求1所述单倍型标记鉴定或筛选具有长距性状鸡品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤（2）中，所述引物组如权利要求3所述。

8.权利要求1或2所述单倍型标记、或权利要求3所述引物组、或权利要求4所述检测试剂或试剂盒在母鸡分子标记辅助育种中的应用。