一种与兔血小板数目相关的SNP分子标记及应用

本发明涉及康大肉兔分子遗传育种，特别是涉及一种与兔血小板数目相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、血小板是动物血液中的重要组成部分，在止血、血栓形成、炎症反应和免疫调节等生理病理过程中发挥着关键作用。血小板数目（platelet count, plt）是反映机体血液生理状态的重要指标之一，其水平受遗传背景、饲养环境和个体生理状态等因素影响，可作为兔群健康相关性状研究和育种辅助评价的参考指标。

2、单核苷酸多态性（snp）分子标记是基因序列单个核苷酸发生变异而产生多态性的dna分子标记之一，主要表现为基因组同一位点上单个核苷酸的变异。snp标记具有分布广泛、遗传稳定、易于高通量检测等优点，广泛应用于畜禽重要性状的遗传解析和分子标记辅助选择育种。通过筛选与肉兔重要经济性状和健康性状相关联的snp分子标记，可以加快遗传改良进程，提高育种效率。

3、现有技术中可用于康大肉兔plt水平差异辅助鉴定和分子标记辅助育种的snp标记仍较少。

4、现有关于兔血液指标相关分子标记的研究较少，尚未见将兔17号染色体43,574,035碱基处t/g多态位点用于康大肉兔plt水平差异辅助鉴定和分子标记辅助育种的报道。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与兔血小板数目相关的snp分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题。本发明通过gwas筛选并经群体验证发现兔17号染色体43,574,035碱基处t/g多态位点与plt水平显著相关，提供了对应检测引物及应用方法。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明技术方案之一，一种与康大肉兔血小板数目性状相关的snp分子标记，所述snp位点位于兔参考基因组morycun1.1的第17号染色体第43,574,035 bp；所述基因组morycun1.1的genbank登录号：gca_964237555.1；

4、所述snp分子标记为seq id no.1所示的核苷酸序列，该核苷酸序列的第501位碱基为t或g。

5、本发明技术方案之二，用于扩增包含所述snp位点的dna片段的引物组，包括seqid no.2~3所示的引物。

6、本发明技术方案之三，特异性检测所述snp分子标记的试剂盒，包括所述引物组。

7、本发明技术方案之四，所述snp分子标记、所述引物组或所述试剂盒在辅助预测康大肉兔血小板数目水平中的应用。

8、本发明技术方案之五，一种利用所述snp分子标记、所述引物组或所述试剂盒鉴定兔血小板数目水平的方法，利用所述引物组或所述试剂盒，检测待鉴定兔基因组中所述snp分子标记相应单核苷酸多态性位点的基因型，并根据基因型判断兔血小板数目水平的高低。

9、本发明技术方案之六，所述snp分子标记、所述引物组或所述试剂盒在血小板数目水平差异辅助分层、早期基因型筛选和分子标记辅助育种中的应用。

10、基于上述技术方案，本发明具有以下技术效果：

11、1.本发明提供了一个在本研究康大肉兔群体中与plt性状显著关联的候选snp分子标记，可为plt性状辅助筛选提供参考。

12、2.本发明提供了一种稳定、可早期检测的遗传标记，可用于康大肉兔群体plt水平差异的辅助分层和分子标记辅助育种参考，减少单次plt表型测定受环境、采样状态和检测批次影响所造成的不确定性。

13、3.本发明提供的snp位点为固定遗传标记，可在个体早期通过基因分型获得分型信息，为plt性状辅助筛选提供参考。鉴于plt表型可能受年龄、采样状态及检测批次等因素影响，实际育种应用中仍应结合生产性能、繁殖性能、plt表型及更多群体验证结果综合判断。

1.一种与康大肉兔血小板数目性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp位点位于兔参考基因组morycun1.1的第17号染色体第43,574,035 bp；所述基因组morycun1.1的genbank登录号：gca_964237555.1；

2.根据权利要求1所述的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记存在基因型tt、gt和gg；

3.用于扩增包含权利要求1所述snp位点的dna片段的引物组，其特征在于，包括seq idno.2~3所示的引物。

4.特异性检测权利要求1所述snp分子标记的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述引物组。

5.如权利要求1所述snp分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在辅助预测康大肉兔血小板数目水平中的应用。

6.一种利用权利要求1所述snp分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒鉴定兔血小板数目水平的方法，其特征在于，利用权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒，检测待鉴定兔基因组中所述snp分子标记相应单核苷酸多态性位点的基因型，并根据基因型判断兔血小板数目水平的高低。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述检测的方法为：以待鉴定兔基因组为模板，利用权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒进行扩增，对扩增产物的基因型进行鉴定；

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述根据基因型判断兔血小板数目的高低的方法为：基因型为tt的个体的血小板数目显著高于基因型为gt的个体，基因型为tt和gt的个体的血小板数目显著高于基因型为gg的个体；

9.如权利要求1所述snp分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在血小板数目水平差异辅助分层、早期基因型筛选和分子标记辅助育种中的应用。