用于确定犬科动物的微生物组的年龄状态的监测工具和诊断方法与流程

技术特征：
1.一种确定犬科动物的微生物组生物学年龄状态的方法，所述方法包括：(a)检测从所述犬科动物获得的样品中的一种或多种细菌分类群；(b)使所述样品中的所述一种或多种细菌分类群与对照数据集相关联；和(c)确定所述微生物组的生物学年龄状态。2.如权利要求1所述的方法，其中所述对照数据集包括犬科动物在不同时期或生命阶段的微生物组数据。3.如权利要求2所述的方法，其中所述对照数据集包括来自犬科动物的至少两个生命阶段的微生物组数据，所述犬科动物选自由幼年犬科动物、成年犬科动物、较老年犬科动物和老年犬科动物所组成的列表。4.如权利要求3所述的方法，其中所述对照数据集包括来自所有幼年的、成年的、较老的和老年的微生物组数据。5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包括量化所述一种或多种细菌分类群。6.如前述权利要求中任一项的方法，其中所述细菌分类群是来自选自由以下所组成的组的属的细菌物种：乳杆菌属(lactobacillus)、土孢杆菌属(terrisporobacter)、苏黎世杆菌属(turicibacter)、拟杆菌属(bacteroides)、双歧杆菌属(bifidobacterium)、异杆菌属(allobaculum)、布劳特氏菌属(blautia)、鲸杆菌属(cetobacterium)、梭菌属(clostridium)、杜氏乳杆菌属(dubosiella)、埃希菌属(escherichia)、考拉杆菌属(phascolarctobacterium)、链球菌属(streptococcus)、巨单胞菌属(megamonas)、瘤胃球菌属(ruminococcus)、梭杆菌属(fusobacterium)、肠球菌属(enterococcus)、拉克氏梭状芽胞杆菌属(lachnoclostridium)、刺骨鱼菌属(epulopiscium)、丹毒丝菌科(erysipelotrichaceae)、多尔氏菌属(dorea)、阿德勒克罗伊茨菌属(adlercreutzia)、厌氧螺菌属(anaerobiospirillum)、罗姆布茨菌属(romboutsia),消化链球菌科(peptostreptococcaceae)以及普雷沃氏菌属(prevotella)，或来自丹毒丝菌科(erysipelotrichaceae)、消化链球菌科(peptostreptococcaceae)或毛螺旋菌科(lachnospiraceae)的细菌物种。7.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌分类群是选自由以下所组成的组的细菌物种：产液阿德勒克罗伊茨菌(adlercreutzia equolifaciens)、厌氧螺菌属的种(anaerobiospirillum sp.)、拟杆菌属的种(bacteroides sp.)、布劳特氏菌属的种(blautia sp.)、活泼布劳特氏[瘤胃球菌](blautia[ruminococcus]gnavus)、扭链布劳特氏[瘤胃球菌](blautia[ruminococcus]torques)、卵形布劳特氏菌(blautia obeum)、生产布劳特氏菌(blautia producta)、索氏鲸杆菌(cetobacterium somerae)、梭菌属(clostridium)、隐藏梭菌(clostridium celatum)、达卡伦斯梭菌(clostridium dakarense)、平野梭菌(clostridium hiranonsis)、产气荚膜梭菌(clostridium perfringens)、梭菌属的种(clostridium sp.)、梭菌属的种k39(clostridium sp.k39)、多尔氏菌属的种(dorea sp.)、纽约杜氏乳杆菌(dubosiella newyorkensis)、亚洲肠球菌(enterococcus asini)、铅黄肠球菌(enterococcus casseliflavus)、血过氧化物肠球菌(enterococcus haemoperoxidus)、硫磺肠球菌(enterococcus sulfureus)、丹毒丝菌属的种(erysipelotrichaceae sp.)、大肠埃希氏菌/福氏志贺氏菌(escherichia coli/
sp.)。15.如权利要求14所述的方法，其中所述细菌物种具有16s rdna，所述16s rdna与seq id no:32和42
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50中任一项的序列具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。16.如权利要求15所述的方法，其中所述方法包括检测所有的seq id no:32和42
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50。17.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述细菌物种来自选自由以下组成的组的属的细菌：梭菌属(clostridium)、柯林斯氏菌属(collinsella)、肠球菌属(enterococcus)、真杆菌属(eubacterium)、埃希氏菌属
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志贺氏菌属(escherichia
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shigella)、黄杆菌属(flavonifractor)、克雷伯氏菌属(klebsiella)、拉克氏梭状芽胞杆菌属(lachnoclostridium)、毛螺旋菌科(lachnospiraceae)、乳杆菌属(lactobacillus)、派尼梭菌属(paeniclostridium)、片球菌属(pediococcus)、艰难梭菌属(peptoclostridium)、罗姆布茨菌属(romboutsia)、葡萄球菌属(staphylococcus)以及泰泽雷拉菌属(tyzzerella)。18.如权利要求17所述的方法，其中所述细菌物种选自由以下组成的组：梭菌属的种(clostridium sp.)、柯林斯氏菌属的种(collinsella sp.)、肠球菌属的种(enterococcus sp.)、埃希氏菌属的种
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志贺氏菌属的种(escherichia
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shigella sp.)、黄杆菌属的种(flavonifractor sp.)、痢疾志贺氏菌(shigella dysenteriae)、拉克氏梭状芽胞杆菌属的种(lachnoclostridium sp.)、毛螺旋菌科的种(lachnospiraceae sp.)、乳杆菌属的种(lactobacillus sp.)、真杆菌属的种(eubacterium sp)、片球菌属的种(pediococcus sp.)、艰难梭菌属的种(peptoclostridium sp.)、罗姆布茨菌属的种(romboutsia sp.)、葡萄球菌属的种(staphylococcus sp.)和泰泽雷拉菌属的种(tyzzerella sp.)。19.如权利要求18所述的方法，其中所述细菌物种具有16s rdna，所述16s rdna与seq id no:3
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31中任一项的序列具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。20.如权利要求17
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19中任一项所述的方法，其中所述细菌属于活泼布劳特氏[瘤胃球菌](blautia[ruminococcus]gnavus)的物种。21.如权利要求20所述的方法，其中所述细菌物种具有16s rdna，所述16s rdna与seq id no:20的序列具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。22.如权利要求17
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21中任一项所述的方法，其中检测和/或量化至少5种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种或至少28种不同的分类群。23.如权利要求17
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22中任一项所述的方法，所述方法包括检测或量化活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、埃希氏菌属的种(escherichia sp.)、葡萄球菌属(staphylococcus)以及黄杆菌属(flavonifractor)。24.如权利要求23所述的方法，其中所述细菌物种具有16s rdna，所述16s rdna与seq id no:13、seq id no:16、seq id no:17、seq id no:20以及seq id no:29中任一项的序列具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。25.如权利要求17
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24中任一项所述的方法，所述方法还包括检测或量化罗姆布茨菌属的种(romboutsia sp.)、艰难梭菌属的种(peptoclostridium sp.)、拟杆菌属的种
(bacteroides sp.)、巨单胞菌属的种(megamonas sp.)以及柯林斯菌属的种(collinsella sp.)。26.如权利要求25所述的方法，其中所述细菌物种具有16s rdna，所述16s rdna与seq id no:10、seq id no:15、seq id no:22、seq id no:26以及seq id no:27中任一项的序列具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。27.如权利要求17
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26中任一项所述的方法，还包括检测或量化梭菌属的种(clostridium sp.)、巨单胞菌属的种(megamonas sp.)、派尼梭菌属的种(paeniclostridium sp.)、泰泽雷拉菌属的种(tyzzerella sp.)、罗姆布茨菌属的种(romboutsia sp.)以及布劳特氏菌属的种(blautia sp.)。28.如权利要求27所述的方法，其中所述细菌物种具有16s rdna，所述16s rdna与seq id no:3、seq id no:4、seq id no:8、seq id no:9、seq id no:14、seq id no:18、seq id no:19、seq id no:21、seq id no:23和seq id no:24中任一项的序列具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。29.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述细菌物种通过dna测序、rna测序、蛋白质序列同源性或指示所述细菌物种的其他生物标记来检测。30.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述犬科动物的微生物组生物学年龄状态与其生物学年龄进行比较，并且当存在差异时通知犬科动物的主人。31.一种监测犬科动物的方法，包括在至少两个时间点通过前述权利要求中任一项所述的方法确定动物的微生物组生物学年龄状态的步骤。32.如权利要求31所述的方法，其中所述两个时间点相隔6个月。33.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述对照数据集代表幼年的犬科动物的微生物组、成年的犬科动物的微生物组、较老的犬科动物的微生物组或老年的犬科动物的微生物组。34.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是粪便样品或来自胃肠道的样品。35.如权利要求34所述的方法，其中所述样品是回肠、空肠、十二指肠或结肠样品。36.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括改变饮食改变、补充剂、功能性食品、营养品或药物组合物或运动/身体活动方案的微生物组施用的组成。37.一种监测犬科动物的微生物组生物学年龄状态的方法，所述犬科动物已经接受了能够改变所述微生物组组成的饮食改变、补充剂、功能性食品、营养品或药物组合物或运动/身体活动方案，所述方法包括通过前述权利要求中任一项所述的方法确定微生物组生物学年龄状态。38.如权利要求37所述的方法，其中在施用所述组合物之前和之后确定所述微生物组年龄。39.如权利要求35
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38中任一项所述的方法，其中所述组合物包含细菌。40.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述犬科动物是狗。

技术总结
提供了用于评估犬科动物微生物组的方法。该方法尤其包括检测从犬科动物获得的样品中的一种或多种细菌分类群，使一种或多种细菌分类群与对照数据集相关联，并确定微生物组的生物学年龄。物学年龄。物学年龄。


技术研发人员：Z
受保护的技术使用者：马斯公司
技术研发日：2020.01.20
技术公布日：2021/11/9