牛ECHDC3基因的CNVR标记及其应用

本发明涉及分子遗传育种，尤其涉及牛

echdc3基因的cnvr标记及其应用。

背景技术：

1、肉牛是中国农业科学院北京畜牧兽医研究所历经43年杂交改良和持续选育，从而培育得到的专门化肉牛新品种，具有生长速度快、屠宰率高、适应性广等优势，已成为我国肉牛产业的核心品种之一。脂肪酸组成是衡量牛肉品质的核心指标，其中c22:0脂肪酸(二十二酸，山嵛酸)作为重要的长链饱和脂肪酸，其含量直接影响牛肉的风味、多汁性及营养价值。研究表明，c22:0脂肪酸的遗传改良对提升牛肉市场竞争力具有重要意义。

2、拷贝数变异标记(cnvr)作为基因组中重要的结构变异，通过基因剂量效应、调控元件增强等机制影响基因表达，在畜禽经济性状调控中发挥关键作用。目前，肉牛脂肪酸相关遗传标记研究多聚焦于单核苷酸多态性(snp)的研究，而基于cnvr标记的功能标记开发相对匮乏；并且，现有技术缺乏可精准调控肉牛c22:0脂肪酸含量的功能性cnvr标记，导致脂肪酸性状的遗传改良效率受限。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供牛

echdc3基因的cnvr标记及其应用，以解决现有技术缺乏肉牛脂肪酸相关cnvr标记导致牛脂肪酸性状的遗传改良效率受限的问题。

2、为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

3、本发明提供了牛

echdc3基因的cnvr标记，所述cnvr标记位于国际牛参考基因组序列ars-ucd1.2的chr13:12482697～12761334。

4、优选的，所述cnvr标记的先导snp为bovinehd1300003563。

5、本发明还提供了所述的cnvr标记在提高牛肉c22:0脂肪酸含量中的应用。

6、本发明还提供了所述的cnvr标记在高脂肪酸牛选育和/或辅助育种中的应用。

7、本发明还提供了一种检测所述的cnvr标记的引物组，所述引物组的核苷酸序列如seq id no.1～4所示。

8、本发明还提供了一种检测所述的cnvr标记的试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物组以及所需的酶和缓冲液。

9、本发明还提供了一种高脂肪酸牛的选育方法，包括如下步骤：

10、(1)提取待测牛的基因组dna，采用所述的引物组进行pcr扩增并测序，得到测序结果；

11、(2)基于测序结果选择携带所述cnvr标记的待测牛作为种牛，淘汰不携带待测牛；

12、(3)将种牛进行杂交，得到高脂肪酸牛。

13、优选的，步骤(1)所述测序的靶标序列为cnvr标记和/或先导snp。

14、优选的，步骤(1)所述测序的方法为全基因组测序、靶向测序和sanger测序中的一种或多种。

15、优选的，步骤(2)所述的种牛中，cnvr标记的cn=3；

16、步骤(2)所述的不携带待测牛中，cnvr标记的cn=2。

17、本发明具有如下技术效果和优点：

18、本发明首次鉴定出肉牛13号染色体上chr13:12482697-12761334区间的cnvr标记，明确其通过上调

echdc3基因表达量来调控c22:0脂肪酸含量的分子机制。该cnvr标记具有特异性强、检测便捷的优势，育种应用效应明确，应用于肉牛群体分子标记辅助育种，可快速筛选高c22:0脂肪酸含量的优良个体，显著加快脂肪酸性状的遗传改良进程，有效提升牛肉品质、育种和养殖经济效益，为肉牛产业高质量发展提供技术支撑；

19、基于本发明的cnvr标记获得的肉牛筛选方法及相关试剂，能够为肉牛脂肪酸性状改良提供新的分子标记和技术手段，对加速肉牛分子育种进程具有重要现实意义。

1.牛echdc3基因的cnvr标记，其特征在于，所述cnvr标记位于国际牛参考基因组序列ars-ucd1.2的chr13:12482697～12761334。

2.根据权利要求1所述的cnvr标记，其特征在于，所述cnvr标记的先导snp为bovinehd1300003563。

3.权利要求1或2所述的cnvr标记在提高牛肉c22:0脂肪酸含量中的应用。

4.权利要求1或2所述的cnvr标记在高脂肪酸牛选育和/或辅助育种中的应用。

5.一种检测权利要求1或2所述的cnvr标记的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列如seq id no.1～4所示。

6.一种检测权利要求1或2所述的cnvr标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求5所述的引物组以及所需的酶和缓冲液。

7.一种高脂肪酸牛的选育方法，其特征在于，包括如下步骤：

8.根据权利要求7所述的选育方法，其特征在于，步骤(1)所述测序的靶标序列为cnvr标记和/或先导snp。

9.根据权利要求8所述的选育方法，其特征在于，步骤(1)所述测序的方法为全基因组测序、靶向测序和sanger测序中的一种或多种。

10.根据权利要求9所述的选育方法，其特征在于，步骤(2)所述的种牛中，cnvr标记的cn=3；