一种鉴定江苏茶树品种的分子标记组合、探针组合及应用的制作方法

本发明涉及分子标记，特别是涉及一种鉴定江苏茶树品种的分子标记组合、探针组合及应用。

背景技术：

1、种业是农业的“芯片”，优良茶树品种是我国茶产业高质量发展的种业保障。截至2025年12月底我国已登记茶树品种356个，已发布申请公告的品种672个。这些品种是长期育种工作的成果，但由于茶树品种在形态上高度相似，传统鉴定方法易受环境和加工工艺影响，难以实现稳定、准确的区分。与此同时，由于优良茶树种苗价格较高，市场中“以次充好”“同名异物”等现象频发，严重影响品种保护与产业健康发展。因此，建立基于遗传本质的高通量品种鉴定体系具有重要现实意义。

2、为解决茶树品种鉴别难题，早期研究利用rapd、issr、aflp等分子标记技术构建品种“分子身份证”，然而，这些标记的开发和应用多依赖于聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳等低通量检测平台，难以应对大规模样本的快速鉴定需求。随着测序技术的发展，基于高通量基因分型平台的snp检测方法逐渐成为主流。相比于重测序技术、简化基因组测序技术等方法，靶向测序基因型检测技术(genotyping by target sequencing, gbts)通过液相探针捕获目标区域，在保证检测通量的同时显著降低成本，已在作物育种和品种鉴定中展现出显著优势。江苏拥有丰富的茶树资源，这些茶树具有独特的遗传背景和优良的品质特性，对于茶叶产业的发展具有重要意义。然而，目前对于江苏茶树品种的遗传研究相对较少，缺乏系统性的dna指纹图谱构建和品种鉴定方法。因此，开发针对江苏茶树品种的独特snp标记，并构建其dna指纹图谱，对于保护和利用江苏茶树资源具有重要的现实意义。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鉴定江苏茶树品种的分子标记组合、探针组合及应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记组合包括30个snp分子标记，利用该分子标记组合不仅可以检测任意两个江苏茶树品种间的遗传相似度，也可以实现准确、高效、低成本的鉴别或辅助鉴别江苏茶树品种。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种鉴定江苏茶树品种的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合包括30个snp分子标记组成，所述30个分子标记的信息为：

4、分子标记1，其核苷酸序列如seq id no.1所示，该核苷酸序列第84位碱基存在a/g突变；

5、分子标记2，其核苷酸序列如seq id no.2所示，该核苷酸序列第19位碱基存在a/g突变；

6、分子标记3，其核苷酸序列如seq id no.3所示，该核苷酸序列第10位碱基存在g/t突变；

7、分子标记4，其核苷酸序列如seq id no.4所示，该核苷酸序列第69位碱基存在t/a突变；

8、分子标记5，其核苷酸序列如seq id no.5所示，该核苷酸序列第34位碱基存在t/c突变；

9、分子标记6，其核苷酸序列如seq id no.6所示，该核苷酸序列第29位碱基存在a/c突变；

10、分子标记7，其核苷酸序列如seq id no.7所示，该核苷酸序列第84位碱基存在g/a突变；

11、分子标记8，其核苷酸序列如seq id no.8所示，该核苷酸序列第29位碱基存在t/c突变；

12、分子标记9，其核苷酸序列如seq id no.9所示，该核苷酸序列第22位碱基存在c/t突变；

13、分子标记10，其核苷酸序列如seq id no.10所示，该核苷酸序列第82位碱基存在t/a突变；

14、分子标记11，其核苷酸序列如seq id no.11所示，该核苷酸序列第30位碱基存在c/a突变；

15、分子标记12，其核苷酸序列如seq id no.12所示，该核苷酸序列第29位碱基存在g/a突变；

16、分子标记13，其核苷酸序列如seq id no.13所示，该核苷酸序列第26位碱基存在t/c突变；

17、分子标记14，其核苷酸序列如seq id no.14所示，该核苷酸序列第20位碱基存在c/t突变；

18、分子标记15，其核苷酸序列如seq id no.15所示，该核苷酸序列第29位碱基存在a/t突变；

19、分子标记16，其核苷酸序列如seq id no.16所示，该核苷酸序列第40位碱基存在c/t突变；

20、分子标记17，其核苷酸序列如seq id no.17所示，该核苷酸序列第30位碱基存在a/c突变；

21、分子标记18，其核苷酸序列如seq id no.18所示，该核苷酸序列第30位碱基存在g/c突变；

22、分子标记19，其核苷酸序列如seq id no.19所示，该核苷酸序列第31位碱基存在a/c突变；

23、分子标记20，其核苷酸序列如seq id no.20所示，该核苷酸序列第32位碱基存在g/t突变；

24、分子标记21，其核苷酸序列如seq id no.21所示，该核苷酸序列第25位碱基存在c/t突变；

25、分子标记22，其核苷酸序列如seq id no.22所示，该核苷酸序列第29位碱基存在t/g突变；

26、分子标记23，其核苷酸序列如seq id no.23所示，该核苷酸序列第30位碱基存在a/g突变；

27、分子标记24，其核苷酸序列如seq id no.24所示，该核苷酸序列第11位碱基存在t/c突变；

28、分子标记25，其核苷酸序列如seq id no.25所示，该核苷酸序列第29位碱基存在g/c突变；

29、分子标记26，其核苷酸序列如seq id no.26所示，该核苷酸序列第31位碱基存在g/a突变；

30、分子标记27，其核苷酸序列如seq id no.27所示，该核苷酸序列第32位碱基存在c/a突变；

31、分子标记28，其核苷酸序列如seq id no.28所示，该核苷酸序列第30位碱基存在t/c突变；

32、分子标记29，其核苷酸序列如seq id no.29所示，该核苷酸序列第31位碱基存在t/c突变；

33、分子标记30，其核苷酸序列如seq id no.30所示，该核苷酸序列第84位碱基存在g/a突变。

34、本发明还提供一种鉴定江苏茶树品种的探针组合，所述探针组合包括分别用于检测所述分子标记1-分子标记30的探针，其核苷酸序列分别如seq id no.31-60所示。

35、本发明还提供一种鉴定江苏茶树品种的产品，所述产品包括试剂盒或液相芯片，所述试剂盒或液相芯片包括所述的探针组合。

36、本发明还提供所述的snp分子标记组合或所述的探针组合或所述的产品在鉴定江苏茶树品种中的应用。

37、本发明还提供所述的snp分子标记组合或所述的探针组合或所述的产品在江苏茶树品种遗传多样性分析中的应用。

38、本发明还提供所述的snp分子标记组合或所述的探针组合或所述的产品在构建江苏茶树品种dna指纹谱图中的应用。

39、本发明还提供所述的snp分子标记组合或所述的探针组合或所述的产品在对江苏茶树品种进行基因分型中的应用。

40、本发明还提供一种鉴定江苏茶树品种的方法，包括以下步骤：

41、提取待测茶树样本的基因组dna；

42、利用所述的snp分子标记对所述基因组dna进行基因分型检测，获得30个snp分子标记中的突变位点的基因型数据；

43、以a、t、c、g四种碱基表示所述基因型数据，构建dna指纹图谱。

44、优选的是，所述基因分型检测采用液相芯片捕获测序方法进行。

45、优选的是，所述江苏茶树品种包括紫英2号、紫英3号、紫英4号、紫英6号、苏茶120、苏茶34号、苏早1号、苏玉黄、紫幻1号、苏茶119、紫英1号、紫英8号、槎湾3号、紫芸、锡茶6号、锡茶12号、锡茶5号、锡茶11号、锡茶10号、梅元、洞庭401、锡茶56号、锡茶7号、锡茶9号、锡茶53号、锡茶49号、锡茶51号、锡茶8号、锡茶59号、洞庭180、锡茶50号、锡茶60号和洞庭301中的至少一种。

46、本发明公开了以下技术效果：

47、本发明筛选获得30个核心snp分子标记，均匀分布于茶树15条染色体，可有效区分33份江苏主栽品种，遗传相似度17%~63%，区分度高。配套探针组合及液相芯片适配高通量测序平台，实现低成本、高效率检测。基于该分子标记构建的首个江苏茶树品种dna指纹图谱，可作为品种“分子身份证”，解决形态鉴定难题，适用于品种权保护、种子质量监控及遗传多样性分析。该方法操作简便、结果稳定，填补了江苏茶树品种分子鉴定技术空白，对种质资源保护和茶产业高质量发展具有重要价值。