一种自身免疫性疾病的肠型评分模型的构建方法及应用

技术特征：
1.一种自身免疫性疾病的肠型评分模型的构建方法，其特征在于：通过挖掘aid样本肠道菌群肠型的特征，采用dirichlet多项式混合无监督聚类描述微生物组数据的变异性，对样本肠道菌群分成e1肠型和e2肠型；以lda score log10＞2为界，通过lefse筛选出不同肠型间基于属水平的肠道微生物分类标志物；通过主成分分析，分别提取两个肠型各优势菌的主成分pc1作为分类标志物的特征评分pc1i和pc1j，构建肠型的评分e-score模型，具体计算公式如下：e-score＝escore(e1)-escore(e2)＝∑pc1
i-∑pc1
j
。2.根据权利要求1所述的一种自身免疫性疾病的肠型评分模型的构建方法，其特征在于：所述采用dirichlet多项式混合无监督聚类描述微生物组数据的变异性具体是使用拉普拉斯近似方法来识别基于属水平的群落集合或肠型，dmm组件的数量最初设置为k＝10，模型拟合是根据最小拉普拉斯的拟合优度确定的，在属水平未分类或存在于小于20％的样本中的分类群被排除在dmm聚类之外。3.根据权利要求1所述的一种自身免疫性疾病的肠型评分模型的构建方法，其特征在于：所述e1肠型的特征性菌为：ucg\005菌、梭状芽孢杆菌ucg\014、毛螺菌科\nk4a136\菌、嗜胆汁菌、真杆菌\共前列烷烯菌、布劳提亚、真杆菌\埃希菌、阿利斯蒂普斯、丁蓖麻球菌、cag\56菌、丛毛单胞菌、土孢子杆菌、un\f\u单宁鱼科、巴内西拉、瘤胃科、颤螺菌、瘤胃球菌、伦布西亚、脱硫弧菌、拉赫诺斯皮拉、rf39菌、蔷薇属、毛螺菌科\nd3007\菌、臭细菌、未培养的瘤胃球菌科、毛螺菌科\ucg\003菌、毛螺菌科\ucg\001菌、毛螺菌科\ucg\010菌、拨号器菌、阴性纤毛菌、螺旋藻菌、示波螺旋藻科菌、毛螺菌科\fcs020\菌、真杆菌科\腹菌、真杆菌科\锡雷乌姆菌、阿克曼西亚、ucg\010、粪球菌、科林塞拉、福涅雷拉、土杆菌、丁基橡胶、菊科\r\7\菌、ucg\002菌、真杆菌\木霉菌、丹毒菌科ucg\003菌、单球状体、霍尔德
·
梅内拉、丁酸蓖麻单胞菌、甲烷杆菌、nk4a214\组、粪杆菌、ucg\003菌、肠杆菌、鼠杆菌科、真杆菌群、共右旋杆菌、酸性氨基球菌、普雷沃菌属、未培养的红螺旋体、多莉娅、真杆菌反刍动物菌、共催化剂、下穹窿、副雷沃菌、盐单胞菌属、瘤胃球菌、相位弧菌、无杆菌、家族性\xiii\ad3011\菌、cag\352菌；e2肠型的特征性菌为：腔隙杆菌、假单胞菌、梭菌群、大肠杆菌志贺氏菌、黄酮萃取菌、类杆菌、副卡特尼菌、瘤胃球菌\gnavus菌、亨加泰拉、梭杆菌、瘤胃球菌\torques菌、未培养的\f\毛螺菌、莫加内拉、巨单胞菌、梭状芽孢杆菌、梭状芽孢杆菌vadinbb60\菌、un\f\示波螺旋藻科、丹毒杆菌、副甾体、副巴特拉菌。4.根据权利要求1所述的一种自身免疫性疾病的肠型评分模型的构建方法，其特征在于：所述挖掘aid样本肠道菌群肠型的特征的具体方法是：采用高通量二代测序检测测试样本的肠道菌群，首先需提取总dna，然后对细菌编码rrna相对应的dna序列16s rrna的v3-v4高变区进行扩增，获得足够的扩增子后进行建库测序；进行测序reads质控后，将一对双端reads拼接为1条tag；然后将所有测试样本的tag序列聚类，把序列分成不同的cluster，每个cluster视为一个otu，选取其中最长的序列作为该otu的代表序列otu，各测试样本中包含的tag数即为otu在各测试样本中的绝对丰度；基于otu代表序列比对数据库，获得每个otu的物种注释信息，以计算获得各分类水平的物种丰度；最后基于物种和otu丰度表，进行肠道微生物菌落的多样性、物种构成、功能预测和深度数据挖掘分析。5.一种根据权利要求1的构建方法构建的自身免疫性疾病的肠型评分模型的应用，其
特征在于：用于评价甲氨蝶呤治疗的疗效。6.根据权利要求5所述的自身免疫性疾病的肠型评分模型的应用，其特征在于：将甲氨蝶呤治疗4周后28处关节疾病活动度评分das28下降大于1.8的测试样本分视为响应者，否则视为不响应者。

技术总结
本发明公开了一种自身免疫性疾病的肠型评分模型的构建方法及应用，属于医药技术领域。采用Dirichlet多项式混合无监督聚类描述微生物组数据的变异性，对样本肠道菌群分成E1肠型和E2肠型，构建肠型E-score评分，从“免疫微生态”的视角重新审视AID疾病的发生、发展及转归过程，为AID的预防和治疗提供新的方向，以期增强对AID疾病的深入了解，为AID的诊疗提供新的思路和依据。新的思路和依据。新的思路和依据。


技术研发人员：张升校 王彩虹 罗静 王琪 乔军 程婷 常敏静 张一凡 张荷艺 李小峰
受保护的技术使用者：山西医科大学第二医院
技术研发日：2022.07.14
技术公布日：2022/11/22