一种与猪隐睾症相关的SNP分子标记及其应用

本发明属于分子生物，具体涉及一种与猪隐睾症相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、猪隐睾症是一种常见的先天性生殖系统发育异常疾病，表现为睾丸未能正常下降至阴囊，而滞留于腹腔或腹股沟管内。该病不仅会导致生猪采食量减少，生长发育缓慢，并对猪肉的品质造成不良影响，降低经济收入（li et al., 2017; xie et al., 2018）。隐睾症不仅在猪群中存在，在人类和犬类等其他哺乳动物中也有较高的发病率（yanni et al.,2020）。睾丸下降是受多系统、多因素协同调控的复杂生理过程，其中遗传因素被认为发挥着关键作用。chen等人利用全基因组测序数据发现dmd、arsh、magea4和shroom2基因为隐睾症相关的候选基因，并进一步鉴定dmd基因中的一个剪接供体位点的突变（nc_000023.11:g.32454661c>g）会导致隐睾症的发生（chen et al., 2024）。然而，目前在猪中鉴定的与猪隐睾症相关的候选基因及易感位点十分有限，这在一定程度上制约了分子育种的精准性。

2、诱导型一氧化氮合酶2（inducible nitric oxide synthase, nos2）是一氧化氮合酶家族中的关键成员，催化l-精氨酸与氧气反应生成一氧化氮（no）和l-瓜氨酸（wang etal., 1995）。no作为一种重要的气体信号分子，广泛参与多种生理和病理过程的调控。在睾丸间质细胞中，nos2呈高水平表达，其催化产生的no可通过抑制睾酮的分泌，进而参与睾丸血流调节、精子发生及精子成熟等关键生殖过程（wang et al., 2001; tatsumi et al.,1997）。鉴于睾酮水平低下是导致猪隐睾发生的关键因素之一，提示nos2基因可能通过调控睾酮分泌而在隐睾症的发病机制中发挥重要作用。然而，目前还没有猪nos2基因单核苷酸多态性snp标记与猪隐睾症易感性之间的相关报道。因此，系统开展猪nos2基因snp的筛选与鉴定，分析其与隐睾症风险之间的关系，不仅有助于揭示该病的分子遗传基础，也为筛选低隐睾风险的优良个体、推进抗病育种工作提供科学支撑。

技术实现思路

1、为解决上述技术问题，本发明提供了一种与猪隐睾症相关的snp分子标记及其应用。

2、本发明通过比较隐睾猪与正常猪的遗传差异，发现位于猪第12号染色体nos2基因中第44176333处的碱基多态性与隐睾症密切相关，为种猪育种筛选低隐睾风险个体提供了新的分子育种标记。

3、基于以上，本发明的技术方案如下：

4、第一方面，本发明提供一种与猪隐睾症相关的snp分子标记。

5、所述snp分子标记的位点位于猪参考基因组12号染色体第44176333碱基处，其为c>t突变，且该位点碱基为c是猪隐睾症高风险的指示。

6、进一步地，所述snp分子标记的核苷酸序列包含seq id no.1所示序列，且对应于seq id no.1所示序列的第942位碱基。作为优选，所述snp分子标记为核苷酸序列如seq idno.1所示序列的特异性片段，该片段包括seq id no.1所示序列的第942位碱基。

7、第二方面，本发明提供一种用于特异性扩增上述snp分子标记的引物对。

8、所述引物对能够特异性扩增包含猪12号染色体第44176333处位点的目的片段。在本发明的一个具体实施方案中，所述引物对的上游引物核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物核苷酸序列如seq id no.3所示。

9、第三方面，本发明提供一种检测试剂盒。

10、所述检测试剂盒包含上述的引物对（即seq id no.2和seq id no.3所示的引物对）。进一步地，所述试剂盒还可包含pcr扩增所需的常规组分，如dntps、dna聚合酶及反应缓冲液等。

11、第四方面，本发明提供了一种检测上述snp分子标记的方法。

12、所述方法包括以下步骤：

13、（1）提取待测猪样本的基因组dna；

14、（2）以步骤（1）提取的基因组dna为模板，利用上述引物对进行pcr扩增，获得pcr扩增产物；

15、（3）对所述pcr扩增产物进行测序，确定所述snp分子标记位点的基因型。

16、进一步地，所述测序方法优选为sanger测序。根据测序结果进行判定：所述snp分子标记的突变位点的基因型为cc的猪个体患隐睾症风险高于基因型为ct和tt个体。

17、第五方面，本发明提供上述snp分子标记及其相关产品在制备检测试剂或辅助育种中的应用。

18、具体地，本发明提供所述snp分子标记（包含seq id no.1所示片段）和/或所述引物对（seq id no.2和no.3）在制备用于检测猪隐睾症易感性的试剂或试剂盒中的应用。

19、同时，本发明还提供所述snp分子标记、所述引物对或所述试剂盒在猪分子标记辅助育种中的应用。

20、进一步地，所述猪分子标记辅助育种为选育猪隐睾症低风险品种。所述选育方法包括：检测猪群体中所述snp分子标记位点的基因型，选择基因型为ct型和/或tt型的猪个体作为种猪进行繁育。

21、本发明的有益效果在于：

22、本发明首次提供了猪12号染色体第44176333位点（对应seq id no.1第942位）的c>t突变与猪隐睾症遗传易感性的关联证据。通过遗传分析和群体关联分析证实，该位点的基因型与猪隐睾症显著相关（p<0.05），其中cc基因型个体的患病风险显著高于ct及tt基因型个体。本发明提供的snp分子标记在猪隐睾症遗传解析中未见报道，为猪隐睾症抗病育种和标记辅助选择提供了全新的分子遗传标记，通过选择ct和/或tt基因型的种猪进行选育，可有效降低子代隐睾症的发生风险，具有重要的经济应用价值。

1.一种与猪隐睾症相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp位点位于猪参考基因组12号染色体第44176333碱基处的c>t突变，且该位点碱基为c是猪隐睾症高风险的指示。

2. 如权利要求1所述的snp分子标记，其为核苷酸序列为seq id no.1所示序列的特异性片段，该片段包括seq id no.1所示序列的第942位碱基。

3.特异性扩增权利要求1或2所述的snp分子标记的引物对。

4. 如权利要求3所述的引物对，其特征在于，其核苷酸序列为seq id no.2和seq idno.3所示的序列。

5.含有权利要求3或4所述引物对的检测试剂盒。

6.一种检测权利要求1或2所述snp分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述结果判定为：所述snp分子标记的突变位点的基因型为cc的猪个体患隐睾症风险高于基因型为ct和tt个体。

8.权利要求1或2所述snp分子标记、权利要求3或4所述引物对在制备用于检测猪隐睾症易感性的试剂或试剂盒中的应用。

9.权利要求1或2所述snp分子标记、权利要求3或4所述引物对或权利要求5所述试剂盒在猪分子标记辅助育种中的应用。

10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，所述猪分子标记辅助育种为选育猪隐睾症低风险品种；所述选育包括：检测猪群体中所述snp分子标记位点的基因型，选择基因型为ct型和/或tt型的猪个体作为种猪进行繁育。