用于RNA编辑的人工核酸

摘要: 本发明涉及用于定点编辑目标rna的人工核酸。具体地,本发明提供了能够通过利用内源性脱氨酶来定点编辑内源性转录物的人工核酸。进一步,本发明提供了用于定点编辑目标r...
用于RNA编辑的人工核酸

本发明涉及用于定点编辑目标rna的人工核酸。具体地,本发明提供了能够通过利用内源性脱氨酶来定点编辑内源性转录物的人工核酸。进一步,本发明提供了用于定点编辑目标rna的人工核酸,其被化学修饰,具体是根据本文所述的修饰模式进行化学修饰。本发明还包含编码所述人工核酸的载体和包含所述人工核酸的组合物。此外,本发明提供了人工核酸、组合物或载体用于定点编辑目标rna或用于体外诊断的应用。另外,提供了本文所述的人工核酸、组合物或载体用作药物或用于诊断疾病或障碍。

背景技术:

1、在常规基因治疗中,遗传信息通常在dna水平上进行操作,从而永久改变基因组。根据应用,基因组的持续修饰可能是有利的,或可能意味着严重的风险。在这方面,靶向rna而不是dna代表了有吸引力的可选方法。当在rna水平治疗对象时,基因表达的改变通常是可逆的、可调节的,并且通常还更有效。一方面,有限的作用持续时间还将限制与有害副作用有关的风险。另外,微调作用的可能性允许以时间和剂量依赖的方式连续调节治疗并控制副作用。此外,多种基因表达的操作在基因组水平上是不可行的或无效的,例如当基因缺失是致命的或容易被冗余的过程补偿时。例如,在rna水平靶向信号传导网络似乎特别有吸引力。多种信号提示是必不可少的,或者其是非常冗余的,使得敲除(knockout)有时不导致清晰的表型,而敲低(knockdown)导致清晰的表型。

2、因此,对rna靶向策略的工程化越来越感兴趣。一种这样的策略是rna编辑。(a)腺苷到(i)肌苷rna编辑是使转录组多样化的天然酶促机制。由于肌苷在生化上被解释为鸟苷,因此a-到-i编辑正式引入a-到-g突变,这可能导致氨基酸密码子、star和stop密码子的重新编码,剪接的改变和mirna活性的改变等等。将这种酶活性靶向选择转录物处的特定位点--称为定点rna编辑的策略--对于疾病的治疗以及蛋白质和rna功能的一般研究具有广阔的前景。研发了基于工程化脱氨酶的rna编辑策略(参见,例如,vogel, p., schneider,m.f., wettengel, j., stafforst, t. improving site-directed rna editing invitro and in cell culture by chemical modification of the guiderna. angew.chem. int. ed. 53, 6267-6271 (2014)。然而,在治疗环境中,作用于rna的广泛表达的内源性脱氨酶的利用将是最有吸引力的。通过仅给予寡核苷酸药物将允许将特定的突变引入转录组中,而无需异位表达任何(工程化)蛋白质。例如,wettengel et al.(wettengel,j., reautschnig, j., geisler, s., kahle, p. j., stafforst, t. harnessinghuman adar2 for rna repair - recoding a pink1 mutation rescues mitophagy.nucl. acids res. 45, 2797-2808 (2017))报道了不需要人工蛋白质但采用细胞adar2的系统。此外,用于定点rna编辑的寡核苷酸构建体描述于国际专利申请号wo 2016/097212和wo 2017/010556中。而且,德国专利de 10 2015 012 522 b3描述了用于定点rna编辑的引导rna分子。

3、然而,本领域已知的策略遭受类似的问题:一方面,证明难以足够有效地募集脱氨酶,特别是内源性脱氨酶,以提供足够的rna编辑。另一方面,有效的编辑通常伴随低特异性,例如整个转录组进行了大量脱目标编辑(脱靶编辑,off-target editings)。当应用已知的高活性突变体(hyperactive mutant)(kuttan a, bass bl: mechanistic insightsinto editing-site specificity of adars. proceedings of the national academyof sciences 2012, 109:e3295-e3304)--本文称为e/q以提高效率和密码子范围时,尤其如此。

4、因此,迫切需要允许高编辑产率和高特异性的rna编辑策略。具体地,需要适合于募集内源性脱氨酶并且不导致脱目标编辑的化合物。

5、因此,本发明的目的是提供能够将脱氨酶,优选地内源性脱氨酶(例如腺苷脱氨酶)的化合物募集至要编辑的rna目标。本发明的具体目的是提供适用于以高效和高特异性,具体是以降低的脱目标编辑率来编辑rna目标的化合物。因此,应提供改进的rna编辑方法,其允许在目标rna中的特异性目标位点处进行高产率的rna编辑,优选地在其它基因组位点处没有或具有减少的非特异性编辑。本发明的另一具体目的是提供优选地由上述优点表征的rna编辑系统,其利用内源性脱氨酶。

6、所述目的的解决方案通过本文所述并且由权利要求限定的实施方式实现。

技术实现思路

1、用于定点rna编辑的人工核酸

2、在第一方面,本发明涉及用于定点编辑目标rna的新型人工核酸。具体地,本文提供了用于定点编辑目标rna的人工核酸,该人工核酸包含:

3、a)靶向序列,其包含与目标rna中的目标序列互补或部分互补的核酸序列,

4、和

5、b)用于募集脱氨酶的募集部分,

6、其中靶向序列包含至少一个核苷酸,其中核碱基被化学修饰,

7、和/或

8、其中靶向序列包含至少一个骨架修饰(backbone modification)。

9、发明人惊讶地发现,本文所述的人工核酸,具体是包含本文所定义的化学修饰的靶向序列的人工核酸能够将脱氨酶(具体是内源性脱氨酶)募集至rna目标并且特异性地编辑在所述rna中的目标位点处的核苷酸,优选腺苷或胞苷核苷酸。有利地,目标rna由本文所述的人工核酸高效地编辑,因此提供了高产率的编辑的目标rna。令人惊讶地,通过使用人工核酸实现增加的rna编辑产率,但是仍可以避免不期望的脱目标编辑。因此,本文所述的人工核酸允许高效地以及高特异性地进行定点rna编辑。发明人已发现,人工核酸适合于编辑多种转录物,例如持家基因的内源性mrna以及疾病相关基因的内源性转录物(如stat1或serpina1)。有利地,经证明根据本发明的系统适用于各种细胞,从永生细胞系和肿瘤细胞系至若干种原代人细胞。发明人进一步观察到,根据本发明的人工核酸还特别抗降解,例如在血清中。不希望被任何假设所束缚,相信本文所述的人工核酸的改善稳定性有助于上述有利作用。

10、如本文所用,短语“人工核酸(分子)”通常指代非天然存在的核酸。换言之,人工核酸分子可以是非天然核酸。这种人工核酸分子由于其单独的序列(其不是天然存在的)和/或由于其它修饰(例如核苷酸的结构修饰,其在此环境下不是天然存在的)而可以是非天然的。本文所用的人工核酸优选地与天然存在的核酸的区别在于至少一个核苷酸或至少一个核苷酸的修饰。人工核酸分子可以是dna分子、rna分子或包含dna和rna部分的杂化分子。在优选的实施方式中,人工核酸是rna分子,其优选地包含一个或多个2’-脱氧核苷酸。具体地,本文所用的人工核酸可以包含(未修饰的或修饰的)核糖核苷酸和/或(未修饰的或修饰的)脱氧核苷酸。通常,可以通过基因工程方法设计和/或产生人工核酸,以相应于期望的人工核苷酸序列(异源序列)或具有本文所述的期望人工修饰模式的核酸序列。进一步,短语“人工核酸(分子)”不限于“一个单独的分子”,而是还可以指代相同分子的集合。因此,短语可以指代例如包含在样品中的多个相同分子。

11、在本发明的上下文中,短语“rna编辑”指代通过脱氨反应将目标rna中的核苷酸,优选腺苷或胞苷核苷酸转化为另一核苷酸的反应。此改变通常导致不同的基因产物,因为改变的核苷酸优选地导致密码子改变,从而导致例如将另一氨基酸掺入由rna翻译的多肽或终止密码子的产生或缺失。具体地,目标rna中的腺苷核苷酸通过脱氨作用(例如通过本文所述的腺苷脱氨酶)而转化为肌苷。在可选的实施方式中,目标rna中的胞苷核苷酸转化为尿苷核苷酸。如本文所用,术语“目标rna”通常指代经受编辑反应的rna,其由本文所述的人工核酸支持。

12、通过本文所述的人工核酸实现的rna编辑是进一步“定点的”,这意味着目标rna中目标位点处的特定核苷酸被编辑,优选地不编辑或基本上不编辑其它核苷酸。通常,目标位点处的核苷酸被本文所述的人工核酸的靶向序列靶向,其中靶向序列优选地在生理条件下能够与目标序列进行特异性碱基配对。因此,在本发明的上下文中,通常关于核酸序列使用短语“目标序列”,其与人工核酸的靶向序列(至少部分)互补。目标序列包含目标位点,其中目标位点通常是要编辑的核苷酸,优选腺苷或胞苷核苷酸。在一些实施方式中,目标位点可以包含两个或更多个要编辑的核苷酸,其中这些核苷酸优选地彼此之间被至少一个,优选两个其它核苷酸隔开。如本文所用,术语“互补的”或“部分互补的”优选地指代核酸序列,由于其互补的核苷酸优选地在生理条件下能够进行特异性分子间碱基配对,优选沃森-克里克碱基配对。本文所用的术语“互补的”也可以指代反向互补序列。本文所述的人工核酸在本文中也可以被称为“反义寡核苷酸”或“aso”,因为人工核酸通常在靶向序列中包含核酸序列,其代表目标rna中的核酸序列的反义。因此,靶向序列优选地以序列特异性方式将募集部分和脱氨酶引导至目标rna中的目标位点。在本发明的上下文中,还可以使用术语“引导rna”以指代人工核酸,其优选地将脱氨酶功能引导至目标位点。

13、在本发明的上下文中,术语“募集部分”指代本文所述的人工核酸的部分,其募集脱氨酶并且通常与靶向序列共价连接。因此,“募集部分”将脱氨酶募集至目标rna中的目标位点,其中目标rna(和目标位点)优选地被靶向序列以序列特异性方式识别并结合。在某些实施方式中,募集部分包含至少一种能够募集脱氨酶的偶联剂或由其组成,其中脱氨酶包含与所述偶联剂结合的部分。募集脱氨酶的偶联剂通常与靶向序列共价连接。优选地,偶联剂与靶向序列的5’-末端或3’-末端连接。偶联剂还可以可选地与靶向序列的内部核苷酸(即不是5’-或3’-末端核苷酸)连接,例如通过与核苷酸变体或优选本文所述的修饰的核苷酸(如氨基胸苷)的连接。在进一步的实施方式中,募集部分包含能够与脱氨酶,优选与脱氨酶的双链(ds)rna结合结构域特异性结合的核酸序列。所述募集部分的核酸序列通常与靶向序列的5’末端或3’末端,优选与靶向序列的5’末端共价连接。在某些实施方式中,本文所述的人工核酸包含本文所述的靶向序列和本文所述的至少两个募集部分。

14、在一些实施方式中,人工核酸包含增强人工核酸的细胞摄取的部分。优选地,增强细胞摄取的部分是三天线n-乙酰半乳糖胺(galnac3),其优选地与人工核酸的3’末端或5’末端缀合。

15、根据本发明的人工核酸的长度不受限制,并且可以是例如寡核苷酸。如本文所用,术语“寡核苷酸”可以指代短核酸分子(例如6-mer或10-mer)以及更长的寡核苷酸(例如,包含100或甚至200个核苷酸的核酸分子),其中寡核苷酸可以包含(未修饰的或修饰的)核糖核苷酸和/或(未修饰的或修饰的)脱氧核苷酸。根据优选的实施方式,人工核酸包含至少约15、优选地至少约20、更优选地至少约25、甚至更优选地至少约30、甚至更优选地至少约35、最优选地至少约40个核苷酸。可选地,人工核酸的长度在约10至约200个核苷酸、优选地约15至约100个核苷酸、更优选地约15至约70个核苷酸、最优选地约20至约70个核苷酸的范围内。

16、本文所述的人工核酸优选地是单链(ss)核酸分子。在优选的实施方式中,人工核酸是单链核酸,其在生理条件下包含双链(ds)区域。优选地,人工核酸是在募集部分内包含双链区域的单链核酸。

17、人工核酸的靶向序列通常包含与目标rna中的核酸序列,优选地与目标位点处的核苷酸的紧邻5’的核酸序列和紧邻3’的核酸序列互补或至少部分互补的核酸序列。优选地,靶向序列包含与目标rna中的核酸序列互补或至少60%、70%、80%、90%、95%或99%互补的核酸序列,其中目标rna中的互补核酸序列包含目标位点,并且优选地包含至少10、至少12、至少15、至少18、至少20、至少22、至少25或至少30个核苷酸。优选地,具体在生理条件下,人工核酸的靶向序列作为基本上单链的核酸存在。

18、本文所述的人工核酸可以通过本领域已知的方法合成。优选地,优选如本文所述,化学合成或通过由合适的载体体外转录人工核酸。如果没有另外说明,本文提供的核酸序列从5’至3’印刷。换言之,本文印刷的核酸序列中的第一核苷酸残基--如果没有另外说明--是所述核酸序列的5’-末端。氨基酸序列--如果没有另外说明--从n-末端到c-末端印刷。

19、化学修饰

20、通常将根据本发明的人工核酸进行化学修饰。如本文所用,术语“化学修饰”优选地指代选自骨架修饰、糖修饰或碱基修饰(包括无碱基位点)的化学修饰。在本发明的上下文中,“化学修饰的核酸”可以指代包含至少一个化学修饰的核苷酸的核酸。

21、人工核酸优选地包含靶向序列,该靶向序列包含至少一个化学修饰的核苷酸。更优选地,靶向序列包含多个化学修饰的核苷酸,优选地产生本文所述的靶向序列的修饰模式。在可选的实施方式中,人工核酸包含募集部分,该募集部分包含能够特异性结合脱氨酶的核酸序列,其中募集部分包含至少一个化学修饰的核苷酸。在优选的实施方式中,募集部分中的核酸序列包含多个化学修饰的核苷酸,优选地产生本文所述的募集部分的核酸序列的修饰模式。根据特别优选的实施方式,人工核酸包含本文所述的化学修饰的靶向序列和募集部分,该募集部分包含本文所述的化学修饰的核酸序列。

22、总体上,本发明的人工核酸分子可以包含天然(=天然存在的)核苷酸以及化学修饰的核苷酸。如本文所用,术语“核苷酸”总体上包含(未修饰的和修饰的)核糖核苷酸以及(未修饰的和修饰的)脱氧核苷酸。因此,术语“核苷酸”优选地指代腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、5-甲氧基尿苷、胸苷、尿苷、脱氧尿苷、胞苷、脱氧胞苷或其变体。此外,在本文提及“核苷酸”的情况下,也优选地包含相应的核苷。

23、在此方面,核苷酸的“变体”通常是核苷酸的天然存在的或人工变体。因此,变体优选地是具有非天然存在的官能团的化学衍生的核苷酸,其优选地被添加至天然存在的核苷酸或从天然存在的核苷酸中缺失或替代核苷酸的天然存在的官能团。因此,在这种核苷酸变体中,可以修饰天然存在的核苷酸的每种组分,优选核糖核苷酸或脱氧核苷酸,即优选通过本文所述的修饰形成人工核酸的骨架的碱基组分、糖(核糖)组分和/或磷酸盐组分。因此。术语“(核苷酸、核糖核苷酸、脱氧核苷酸等的)变体”还包含优选如本文所述的化学修饰的核苷酸。

24、本文所用的化学修饰的核苷酸优选是鸟苷、尿苷、腺苷、胸苷和胞嘧啶的变体,包括但不限于已经例如通过乙酰化、甲基化、羟基化等化学改变的任何天然存在或非天然存在的鸟苷、尿苷、腺苷、胸苷或胞苷,包括1-甲基-腺苷、1-甲基-鸟苷、1-甲基-肌苷、2,2-二甲基-鸟苷、2,6-二氨基嘌呤、2'-氨基-2'-脱氧腺苷、2'-氨基-2'-脱氧胞苷、2'-氨基-2'-脱氧鸟苷、2'-氨基-2'-脱氧尿苷、2-氨基-6-氯嘌呤核苷、2-氨基嘌呤-核苷、2'-阿糖腺苷、2'-阿糖胞苷、2'-阿糖尿苷、2'-叠氮基-2'-脱氧腺苷、2'-叠氮基-2'-脱氧胞苷、2'-叠氮基-2'-脱氧鸟苷、2'-叠氮基-2'-脱氧尿苷、2-氯腺苷、2'-氟-2'-脱氧腺苷、2'-氟-2'-脱氧胞苷、2'-氟-2'-脱氧鸟苷、2'-氟-2'-脱氧尿苷、2'-氟胸苷、2-甲基-腺苷、2-甲基-鸟苷、2-甲基-硫-n6-异戊烯基-腺苷、2'-o-甲基-2-氨基腺苷、2'-o-甲基-2'-脱氧腺苷、2'-o-甲基-2'-脱氧胞苷、2'-o-甲基-2'-脱氧鸟苷、2'-o-甲基-2'-脱氧尿苷、2'-o-甲基-5-甲基尿苷、2'-o-甲基肌苷、2'-o-甲基假尿苷、2-硫胞苷、2-硫-胞苷、3-甲基-胞苷、4-乙酰基-胞苷、4-硫尿苷、5-(羧基羟甲基)-尿苷、5,6-二氢尿苷、5-氨基烯丙基胞苷、5-氨基烯丙基-脱氧尿苷、5-溴尿苷、5-羧甲基氨基甲基-2-硫-尿嘧啶、5-羧甲基单甲基-尿嘧啶、5-氯-阿糖-胞嘧啶、5-氟-尿苷、5-碘尿苷、5-甲氧基羰基甲基-尿苷、5-甲氧基-尿苷、5-甲基-2-硫-尿苷、6-氮胞苷、6-氮尿苷、6-氯-7-脱氮-鸟苷、6-氯嘌呤核苷、6-巯基-鸟苷、6-甲基-巯基嘌呤-核苷、7-脱氮-2'-脱氧-鸟苷、7-脱氮腺苷、7-甲基-鸟苷、8-氮腺苷、8-溴-腺苷、8-溴-鸟苷、8-巯基-鸟苷、8-氧鸟苷、苯并咪唑-核苷、β-d-甘露糖基-辫苷(queosine)、二氢-尿苷、肌苷、n1-甲基腺苷、n6-([6-氨基己基]氨基甲酰基甲基)-腺苷、n6-异戊烯基-腺苷、n6-甲基-腺苷、n7-甲基-黄嘌呤核苷、n-尿嘧啶-5-氧乙酸甲酯、嘌呤霉素、辫苷、尿嘧啶-5-氧乙酸、尿嘧啶-5-氧乙酸甲酯、怀丁氧苷(wybutoxosine)、黄嘌呤核苷和木糖-腺苷(xylo-adenosine)。这种变体的制备是本领域技术人员已知的,例如美国专利us 4,373,071、us4,401,796、us 4,415,732、us 4,458,066、us 4,500,707、us 4,668,777、us 4,973,679、us5,047,524、us 5,132,418、us 5,153,319、us 5,262,530或5,700,642。

25、在一些实施方式中,本文所述的人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,选自2-氨基-6-氯嘌呤核苷-5'-三磷酸酯、2-氨基嘌呤-核苷-5'-三磷酸酯、2-氨基腺苷-5'-三磷酸酯、2'-氨基-2'-脱氧胞苷-三磷酸酯、2-硫胞苷-5'-三磷酸酯、2-硫尿苷-5'-三磷酸酯、2'-氟胸苷-5'-三磷酸酯、2'-o-甲基-肌苷-5'-三磷酸酯、4-硫尿苷-5'-三磷酸酯、5-氨基烯丙基胞苷-5'-三磷酸酯、5-氨基烯丙基尿苷-5'-三磷酸酯、5-溴胞苷-5'-三磷酸酯、5-溴尿苷-5'-三磷酸酯、5-溴-2'-脱氧胞苷-5'-三磷酸酯、5-溴-2'-脱氧尿苷-5'-三磷酸酯、5-碘胞苷-5'-三磷酸酯、5-碘-2'-脱氧胞苷-5'-三磷酸酯、5-碘尿苷-5'-三磷酸酯、5-碘-2'-脱氧尿苷-5'-三磷酸酯、5-甲基胞苷-5'-三磷酸酯、5-甲基尿苷-5'-三磷酸酯、5-丙炔基-2'-脱氧胞苷-5'-三磷酸酯、5-丙炔基-2'-脱氧尿苷-5'-三磷酸酯、6-氮胞苷-5'-三磷酸酯、6-氮尿苷-5'-三磷酸酯、6-氯嘌呤核苷-5'-三磷酸酯、7-脱氮腺苷-5'-三磷酸酯、7-脱氮鸟苷-5'-三磷酸酯、8-氮腺苷-5'-三磷酸酯、8-叠氮基腺苷-5'-三磷酸酯、苯并咪唑-核苷-5'-三磷酸酯、n1-甲基腺苷-5'-三磷酸酯、n1-甲基鸟苷-5'-三磷酸酯、n6-甲基腺苷-5'-三磷酸酯、o6-甲基鸟苷-5'-三磷酸酯、假尿苷-5'-三磷酸酯、嘌呤霉素-5'-三磷酸酯或黄嘌呤核苷-5'-三磷酸酯。

26、在一些实施方式中,本文所述的人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,选自吡啶-4-酮核糖核苷、5-氮-尿苷、2-硫-5-氮-尿苷、2-硫尿苷、4-硫-假尿苷、2-硫-假尿苷、5-羟基尿苷、3-甲基尿苷、5-羧甲基-尿苷、1-羧甲基-假尿苷、5-丙炔基-尿苷、1-丙炔基-假尿苷、5-牛磺酸甲基尿苷、1-牛磺酸甲基-假尿苷、5-牛磺酸甲基-2-硫-尿苷、1-牛磺酸甲基-4-硫-尿苷、5-甲基-尿苷、1-甲基-假尿苷、4-硫-1-甲基-假尿苷、2-硫-1-甲基-假尿苷、1-甲基-1-脱氮-假尿苷、2-硫-1-甲基-1-脱氮-假尿苷、二氢尿苷、二氢假尿苷、2-硫-二氢尿苷、2-硫-二氢假尿苷、2-甲氧基尿苷、2-甲氧基-4-硫-尿苷、4-甲氧基-假尿苷、和4-甲氧基-2-硫-假尿苷。

27、在一些实施方式中,本文所述的人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,选自5-氮-胞苷、假异胞苷、3-甲基-胞苷、n4-乙酰基胞苷、5-甲酰基胞苷、n4-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、1-甲基-假异胞苷、吡咯并-胞苷、吡咯并-假异胞苷、2-硫-胞苷、2-硫-5-甲基-胞苷、4-硫-假异胞苷、4-硫-1-甲基-假异胞苷、4-硫-1-甲基-1-脱氮-假异胞苷、1-甲基-1-脱氮-假异胞苷、泽布拉林(zebularine)、5-氮-泽布拉林、5-甲基-泽布拉林、5-氮-2-硫-泽布拉林、2-硫-泽布拉林、2-甲氧基-胞苷、2-甲氧基-5-甲基-胞苷、4-甲氧基-假异胞苷和4-甲氧基-1-甲基-假异胞苷。

28、在其它实施方式中,本文所述的人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,选自2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮-8-氮-腺嘌呤、7-脱氮-2-氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮-2-氨基嘌呤、7-脱氮-2,6-二氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮-2,6-二氨基嘌呤、1-甲基腺苷、n6-甲基腺苷、n6-异戊烯基腺苷、n6-(顺式羟基异戊烯基)腺苷、2-甲基硫-n6-(顺式羟基异戊烯基)腺苷、n6-甘氨酰基氨基甲酰基腺苷、n6-苏氨酰基氨基甲酰基腺苷、2-甲基硫-n6-苏氨酰基氨基甲酰基腺苷、n6,n6-二甲基腺苷、7-甲基腺嘌呤、2-甲基硫-腺嘌呤和2-甲氧基-腺嘌呤。

29、在其它实施方式中,本文所述的人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,选自肌苷、1-甲基-肌苷、丫核苷、怀丁苷(wybutosine)、7-脱氮-鸟苷、7-脱氮-8-氮-鸟苷、6-硫-鸟苷、6-硫-7-脱氮-鸟苷、6-硫-7-脱氮-8-氮-鸟苷、7-甲基-鸟苷、6-硫-7-甲基-鸟苷、7-甲基肌苷、6-甲氧基-鸟苷、1-甲基鸟苷、n2-甲基鸟苷、n2,n2-二甲基鸟苷、8-氧-鸟苷、7-甲基-8-氧-鸟苷、1-甲基-6-硫-鸟苷、n2-甲基-6-硫-鸟苷和n2,n2-二甲基-6-硫-鸟苷。

30、在某些实施方式中,本文所述的人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,选自6-氮-胞苷、2-硫-胞苷、α-硫-胞苷、假-异-胞苷、5-氨基烯丙基-尿苷、5-碘-尿苷、n1-甲基-假尿苷、5,6-二氢尿苷、α-硫-尿苷、4-硫-尿苷、6-氮-尿苷、5-羟基-尿苷、脱氧-胸苷、5-甲基-尿苷、吡咯并-胞苷、肌苷、α-硫-鸟苷、6-甲基-鸟苷、5-甲基-胞嘧啶、8-氧-鸟苷、7-脱氮-鸟苷、n1-甲基-腺苷、2-氨基-6-氯-嘌呤、n6-甲基-2-氨基-嘌呤、假-异-胞苷、6-氯-嘌呤、n6-甲基-腺苷、α-硫-腺苷、8-叠氮基-腺苷、7-脱氮-腺苷。

31、根据优选的实施方式,人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,其在2’位置被化学修饰。优选地,化学修饰的核苷酸在2’碳原子上包含取代基,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟。在人工核酸的情况下,具体是如果人工核酸是rna或包含核糖核苷酸的分子,则2’-脱氧核苷酸(在2’碳原子上包含氢作为取代基),如脱氧胞苷或其变体也可以被称为“化学修饰的核苷酸”。

32、包括本文所述的核苷酸的2’位置的另一种化学修饰是锁定核酸(lna)核苷酸、乙烯桥连核酸(ena)核苷酸和(s)-约束乙基cet核苷酸。这些骨架修饰将修饰的核苷酸的糖锁定为优选的northern构象。相信在人工核酸的靶向序列中存在的修饰类型允许靶向序列与目标rna较快和牢固地结合。

33、根据一些实施方式,人工核酸包含至少一个化学修饰的核苷酸,其中掺入人工核酸分子的磷酸酯骨架被修饰。骨架的磷酸酯基团可以例如通过用不同的取代基取代一个或多个氧原子来修饰。进一步,修饰的核苷酸可以包括用本文所述的修饰的磷酸酯完全取代未修饰的磷酸酯部分。修饰的磷酸酯基团的实例包括但不限于硫代磷酸酯、磷酸硒酸酯、硼烷磷酸酯(borano phosphate)、硼烷磷酸酯类(borano phosphate ester)、氢膦酸酯(hydrogen phosphonate)、氨基磷酸酯、烷基膦酸酯、芳基膦酸酯和磷酸三酯。也可以通过用氮(桥连氨基磷酸酯)、硫(桥连硫代磷酸酯)和碳(桥连亚甲基-膦酸酯)取代连接的氧来修饰磷酸酯接头。

34、根据进一步优选的实施方式,人工核酸包含无碱基位点。如本文所用,“无碱基位点”是缺乏有机碱基的核苷酸。在优选的实施方式中,无碱基核苷酸在核糖的2’位置进一步包含本文所述的化学修饰。优选地,核糖的2’ c原子被选自以下的取代基取代:卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟。优选的无碱基位点核苷酸的特征在于以下结构1a或1b:

35、

36、因此,在本发明的上下文中,“化学修饰的核苷酸”也可以是无碱基位点。

37、根据另一实施方式,可以通过添加所谓的“5'帽”结构来修饰人工核酸分子。5'-帽是实体,通常是修饰的核苷酸实体,其通常对成熟mrna的5’末端“加帽”。5'-帽通常可以由修饰的核苷酸,具体是由鸟嘌呤核苷酸的衍生物形成。优选地,5’-帽通过5'-5'-三磷酸酯键连接至人工核酸的5’-末端。5’-帽可以被甲基化,例如m7gpppn,其中n是携带5’-帽的核酸的末端5’核苷酸,通常为rna的5’-末端。5’帽结构的进一步实例包括甘油基、反向脱氧无碱基残基(部分)、4’,5’亚甲基核苷酸、1-(β-d-赤呋喃糖基)核苷酸(1-(beta-d-erythrofuranosyl) nucleotide)、4’-硫核苷酸、碳环核苷酸、1,5-无水己糖醇核苷酸、l-核苷酸、α-核苷酸、修饰的碱基核苷酸、苏-戊呋喃糖基核苷酸(threo-pentofuranosylnucleotide)、无环3’,4’-seco 核苷酸、无环3,4-二羟基丁基核苷酸、无环3,5二羟基戊基核苷酸、3’-3’-反向核苷酸部分、3’-3’-反向无碱基部分、3’-2’-反向核苷酸部分、3’-2’-反向无碱基部分、磷酸1,4-丁二醇酯、3’-氨基磷酸酯、磷酸己酯、磷酸氨基己酯、3’-磷酸酯、3’硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、或桥连或非桥连膦酸甲酯部分。特别优选的修饰的5’帽结构是cap1(m7g的相邻核苷酸的核糖的甲基化)、cap2(m7g下游第二个核苷酸的核糖的甲基化)、cap3(m7g下游第三个核苷酸的核糖的甲基化)、cap4(m7g下游第四个核苷酸的核糖的甲基化)、arca(抗反向cap类似物、修饰的arca(例如硫代磷酸酯修饰的arca)、肌苷、n1-甲基-鸟苷、2’-氟-鸟苷、7-脱氮-鸟苷、8-氧-鸟苷、2-氨基-鸟苷、lna-鸟苷和2-叠氮基-鸟苷。

38、靶向序列

39、根据本发明的人工核酸包含靶向序列,该靶向序列包含与目标rna中的目标序列互补的核酸序列,并且其中靶向序列包含至少一个核苷酸,其中核碱基被化学修饰和/或其中靶向序列包含至少一个骨架修饰。在本部分中,更详细地描述了靶向序列。然而,本文其它部分提供的描述,特别是关于人工核酸和关于募集部分的描述同样适用于靶向序列。具体地,本文提供的化学修饰的描述也涉及靶向序列。

40、根据优选的实施方式,靶向序列包含至少一个化学修饰的核苷酸,其在2’位置被化学修饰。优选的,化学修饰的核苷酸在2’碳原子上包含取代基,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟;和/或其中化学修饰的核苷酸选自锁定核酸(lna)核苷酸、乙烯桥连核酸(ena)核苷酸和(s)-约束乙基cet核苷酸。

41、优选地,人工核酸的靶向序列包含至少一个骨架修饰,其中核苷酸包含修饰的磷酸酯基团。修饰的磷酸酯基团优选地选自硫代磷酸酯、磷酸硒酸酯、硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯类、氢膦酸酯、氨基磷酸酯、烷基膦酸酯、芳基膦酸酯和磷酸三酯,最优选地硫代磷酸酯。

42、根据一些实施方式,靶向序列的核苷酸的至少约20%,优选至少约40%,更优选至少约60%,甚至更优选至少约80%,最优选至少约95%在2’位置被化学修饰,优选通过本文所述的修饰。

43、在相应于目标rna中的目标位点(要编辑的核苷酸)的位置处,靶向序列包含胞苷核苷酸或胞苷核苷酸的变体,优选胞苷核糖核苷酸、脱氧胞苷核苷酸、修饰的胞苷核糖核苷酸、修饰的脱氧胞苷核苷酸或无碱基位点。在此上下文中,当优选地通过本文所述的特定碱基配对使目标序列与目标rna对准时,“相应于目标位点的位置”或“相应于要编辑的核苷酸的位置”指代与所述目标位点相对的靶向序列中的核苷酸位置。在优选的实施方式中,靶向序列在相应于目标位点的位置处包含优选如本文所述的胞苷或其变体、脱氧胞苷或其变体或无碱基位点。

44、在一些实施方式中,目标rna中的目标位点包含两个或更多个要编辑的核苷酸,其中这些核苷酸优选地被至少一个,优选两个其它核苷酸彼此隔开。在这些实施方式中,靶向序列可以在相应于要编辑的核苷酸的每个位置处包含优选如本文所述的上述核苷酸,优选胞苷或其变体、脱氧胞苷或其变体或无碱基位点(如例如根据seq id no: 16的核苷酸序列所示例)。

45、在优选的实施方式中,位于相应于目标位点的位置的5’或3’,优选胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体或无碱基位点的5’或3’的两个核苷酸中的至少一个,优选两个在2’碳原子上被化学修饰,其中2’碳原子连接至选自下列的取代基:卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基、2’-氢(2’-脱氧)和2’-氟;

46、和/或

47、其中位于相应于目标位点的位置的胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体或无碱基位点的5’或3’的两个核苷酸中的至少一个,优选两个包含修饰的磷酸酯基团,优选硫代磷酸酯基团。

48、令人惊讶地发现,降低围绕相应于目标位点的核苷酸(其优选为胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体或无碱基位点)的两个核苷酸中的至少一个,优选两个的化学修饰通过减少脱目标编辑而显著增加rna编辑反应的特异性,并且还优选提高人工核酸的血清稳定性。在本发明之前,本领域中普遍认为,相应于要编辑的核苷酸的位置的核苷酸以及靶向序列中位于所述核苷酸侧翼的两个核苷酸不应被修饰。因此,当使用人工核酸时,发明人获得的优异结果更加令人意外,其中与目标位点相对的核苷酸三联体包含至少一个本文所述的修饰的核苷酸。

49、在此环境下,特别优选的是靶向序列包含核酸序列:

50、3’  as c c  5’,

51、其中

52、as为腺苷核苷酸或其变体,优选腺苷核糖核苷酸或脱氧腺苷核苷酸,其进一步包含硫代磷酸酯基团;

53、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸,优选腺苷或胞苷,更优选腺苷的位置处的胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体或无碱基位点;

54、c是胞苷核苷酸或其变体;

55、其中星号()表示在2’碳原子上的前述核苷酸被2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基或2’-氟化学修饰。

56、在一些实施方式中,优选的是靶向序列包含核酸序列:

57、3’  a c c  5’,

58、a是腺苷核苷酸或其变体,优选腺苷核糖核苷酸或脱氧腺苷核苷酸;

59、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸,优选腺苷或胞苷,更优选腺苷的位置处的脱氧胞苷核苷酸或修饰的脱氧胞苷核苷酸;和

60、c是胞苷核苷酸或其变体,优选胞苷核糖核苷酸、修饰的胞苷核糖核苷酸、脱氧胞苷核苷酸或修饰的脱氧胞苷核苷酸,更优选脱氧胞苷核苷酸或修饰的脱氧胞苷核苷酸。

61、根据另一实施方式中,靶向序列包含核酸序列:

62、3’  us c c  5’,

63、其中

64、us是尿苷核苷酸或其变体,优选尿苷核糖核苷酸或脱氧尿苷核苷酸,进一步包含硫代磷酸酯基团;

65、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸,优选腺苷或胞苷,更优选腺苷的位置处的胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点;

66、c是胞苷核苷酸或其变体;

67、其中星号()表示2’碳原子上的前述核苷酸被2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基或2’-氟化学修饰。

68、进一步优选的是,本文所述的人工核酸的靶向序列的3’末端的五个核苷酸中的至少两个包含修饰的磷酸酯基团,优选本文所定义的修饰的磷酸酯基团,更优选硫代磷酸酯基团。

69、在某些实施方式中,相应于目标序列中要编辑的核苷酸,优选腺苷或胞苷,更优选腺苷的位置处的核苷酸是无碱基位点,优选本文所述的无碱基位点。如果脱氨酶包含突变,其降低了脱氨酶相对于天然(生理)目标(如目标位点处的腺苷或胞苷核苷酸)的活性,则这种实施方式是特别优选的。这种突变的脱氨酶的实例包括adar2突变体e488y、e488f或e488w。

70、可选地或除了上述修饰,靶向序列的3’末端的五个核苷酸中的至少两个优选为lna核苷酸、ena核苷酸或(s)-约束乙基cet核苷酸,更优选lna核苷酸。

71、在优选的实施方式中,人工核酸的靶向序列包含:

72、至少一个核苷酸,其包含修饰的磷酸酯基团,优选本文定义的修饰的磷酸酯基团,更优选硫代磷酸酯核苷酸;

73、至少一个lna核苷酸;和

74、至少一个在2’碳原子上包含取代基的核苷酸,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢(2’-脱氧)、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基、2’-氢(2’-脱氧)和2’-氟。

75、在某些实施方式中,人工核酸的靶向序列的特征在于根据式(ia)、(ib)或(ic)中任一项的修饰模式:

76、(ia)3’  na c nb  5’

77、其中

78、n是核苷酸或其变体,优选核糖核苷酸或其变体、脱氧核苷酸或其变体,更优选本文所述的修饰的核糖核苷酸或修饰的脱氧核苷酸;

79、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处的核苷酸,并且其中c是胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点;

80、a是1至40,优选6至10范围内的整数;

81、b是4至40范围内的整数;和

82、其中a+b在15至80的范围内;

83、(ib)3’  nc nsd na c nb nse nf  5’

84、其中

85、n是核苷酸或其变体,优选核糖核苷酸或其变体、脱氧核苷酸或其变体,更优选本文所述的修饰的核糖核苷酸或修饰的脱氧核苷酸;

86、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处的核苷酸,并且其中c是胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点;

87、ns是包含修饰的磷酸酯基团,优选硫代磷酸酯基团的核苷酸;

88、c是0至4范围内的整数;

89、d是1至10范围内的整数;

90、a是1至26范围内的整数;

91、b是4至40范围内的整数;

92、e是0至4范围内的整数;

93、f是0至4范围内的整数;

94、其中a+d+c在1至40的范围内;

95、其中b+e+f在4至40的范围内;和

96、其中a+d+c+b+e+f在15至80的范围内;

97、(ic)3’  nc nlg nh nli na c nb nlj nk nll nm 5’

98、其中

99、n是核苷酸或其变体,优选核糖核苷酸或其变体、脱氧核苷酸或其变体,更优选本文所述的修饰的核糖核苷酸或修饰的脱氧核苷酸;

100、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处的核苷酸,并且其中c是胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点;

101、nl是lna核苷酸或修饰的lna核苷酸;

102、c是0至4,优选1至3范围内的整数;

103、g、i是1至5范围内的整数;

104、h是1至30,优选1至5范围内的整数;

105、a是1至15范围内的整数;

106、b是4至30范围内的整数;

107、j是0至5,优选1至3范围内的整数;

108、k是4至30范围内的整数;

109、l是0至5,优选1至3范围内的整数;

110、m是0至3范围内的整数;

111、其中c+g+h+i+a在1至40的范围内;

112、其中b+j+k+l+m在4至40的范围内;和

113、其中c+g+h+i+a+ b+j+k+l+m在15至80的范围内。

114、根据进一步优选的实施方式,靶向序列的特征在于选自式ii(a)至ii(l)中任一项的化学修饰:

115、(a)3’  ns4 n6 c n7-29  5’;

116、(b)3’  ns4 n6-10 c n9-12 ns2  5’;

117、(c)3’  ns2 n11-15 c n9-12 ns2  5’;

118、(d)3’  nls2 ns2 nl n6-10 c n5-9 nl2 n ns2  5’;

119、(e)3’  nls ns nls ns n6-10 c n4-8 nl n nl n ns2  5’;

120、(f)3’  ns nls ns nls n6-10 c n3-7 nl n nl n2 ns2  5’;

121、(g)3’  ns2 n nl n nl n6-10 c n4-8 nl n nl n ns2  5’,

122、(h)3’  ns nls ns2 nl n5 c n5 nl n1-23  5’;

123、(i)3’  nls ns nls ns n8 c n6 nl n1-23  5’

124、(j)3’  ns nls ns2 nl n5 c n5 nl n20 nl2  5’;

125、(k)3’  nls ns nls ns n8 c n6 nl n20 nl2  5’;和

126、(l)3’  ns4 n6 c n9 ns2  5’,

127、其中

128、n是核苷酸或其变体,优选核糖核苷酸或其变体、脱氧核苷酸或其变体,更优选本文所述的修饰的核糖核苷酸或修饰的脱氧核苷酸;

129、ns是包含修饰的磷酸酯基团,优选硫代磷酸酯基团的核苷酸;

130、nl是lna核苷酸或修饰的lna核苷酸;

131、nls是lna核苷酸或修饰的lna核苷酸,其进一步包含修饰的磷酸酯基团,优选硫代磷酸酯基团;

132、c是在相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处的核苷酸,并且其中c是胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点。

133、式(ia)、(ib)、(ic)以及式ii(a)-(l)描述了本文所述的人工核酸的靶向序列的修饰模式。本文所用的修饰模式指代在靶向序列中的某些位置上的式中所示的某些修饰的存在(或分别地,不存在)。对应的位置可以从所述式得到,具体是所述修饰关于目标rna中要编辑的核苷酸,优选胞苷或其变体、脱氧胞苷或其变体或无碱基位点的位置的核苷酸的相对位置。上式限定了修饰模式,其应用于各种核酸序列,该核酸序列包含式中限定的核苷酸。用于编辑给定目标rna的人工核酸的靶向序列的个体核酸序列总是取决于特定目标rna和目标位点。然而,本文鉴定的修饰模式适用独立于特定核酸序列并限定修饰的数量和类型以及其相对位置。

134、在这种环境下,应注意,在所述式中使用的下标数字(和变量)表示靶向序列中存在的特定类型的核苷酸的数量。例如,“n11-13”靶向序列(在此位置)包含由式定义的从11至13(即11、12或13)核苷酸。因此,此示例性修饰模式适用于在此位置包含类型11、12或13核苷酸的核酸序列。

135、根据一些实施方式,本文所述的人工核酸的靶向序列的特征在于修饰模式,其中,

136、除了相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处的胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体,优选脱氧胞苷核苷酸,或无碱基位点之外,

137、除了lna核苷酸之外,和

138、任选地,除了位于相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处的核苷酸的5’或3’的两个核苷酸中的至少一个之外,

139、所有核苷酸均在2’碳原子上被化学修饰,所述2’碳原子连接至选自下列的取代基:卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟。

140、在某些实施方式中,人工核酸的靶向序列包含选自下列的核酸序列或由选自下列的核酸序列组成:

141、5’  uucacu uca guguasusgscsc  3’(seq id no: 1);

142、5’  uucacu uca guguasusgscsc  3’(seq id no: 2);

143、5’  accucc acu cagugsusgsasu  3’(seq id no: 3);

144、5’  uuuccu cca cuguusgscsasa  3’(seq id no: 4);

145、5’  ugugua ucu ugcugsusgsasg  3’(seq id no: 5);

146、5’  gagguc ccu gggggscsgscsu  3’(seq id no: 6);

147、5’  gaucuu ccu gauggscscsasc  3’(seq id no: 7);

148、5’  agccac aca cuccgsuscsasg  3’(seq id no: 8);

149、5’  gauuuu ccu gauagscsusasc  3’(seq id no: 9);

150、5’  ggccac aca uucugsuscsasg  3’(seq id no: 10);

151、5’  gaucuu ccu gauggscscsasc  3’(seq id no: 11);

152、5’  ggccac aca cuccgsuscsasg  3’(seq id no: 12);

153、5’  gauuuu ccu gauagscsasasc  3’(seq id no: 13);

154、5’  ggcuac gca cucugsuscsasa  3’(seq id no: 14);

155、5’  aggccg ccg ucgugsgscsgsg  3’(seq id no: 15);

156、5’  ccgcuc ccu ccu cagccscsgsusc3’(seq id no: 16);

157、5’  acgcca cca gcuccsasascsu  3’(seq id no: 17);

158、5’  gucuca cca auugcsuscsusc  3’(seq id no: 18);

159、5’  gaaaua cca ucagasusususg  3(seq id no: 19);

160、5’  aauuag ccu ucuggscscsasu  3’(seq id no: 20);

161、5’  gaucag ccu ccuggscscsasu  3’(seq id no: 21);

162、5’  gaucag ccu ucuggscscsasu  3’(seq id no: 22);

163、5’  gaucag ccu ucuggscscsasu  3’(seq id no: 23);

164、5’  cacugc cca ggcauscsasgsc  3’(seq id no: 24);

165、5’  cacugc ccg ggcauscsasgsc  3’(seq id no: 25);

166、5’  uccgcc ccg auccascsgsasu  3’(seq id no: 26);

167、5’  ccuuuc ucg ucgausgsgsusc  3’(seq id no: 27);

168、5’  ccuuuc ucg ucgausgsgsusc  3’(seq id no: 28);

169、5’  cuugau aca uccagsususcsc  3’(seq id no: 29);

170、5’  uuucag gca uuuccsuscscsg  3’(seq id no: 30);

171、5’  cuucag gca uggggscsasgsc  3’(seq id no: 31);

172、5’  aggaac aca accuususgsusc  3’(seq id no: 32);

173、5’  uuucac aca uccauscsasasc  3’(seq id no: 33);

174、5’  cuucac gca uccauscsasasc  3’(seq id no: 34);

175、5’  ugggac aca accccsusgscsc  3’(seq id no: 35);

176、5’  cgacuc ccu cuggasusgsusu  3’(seq id no: 36);

177、5’  cgacuc ucu cuggasusgsusu  3’(seq id no: 37);

178、或这些核酸序列中的任一个的片段或变体;

179、其中

180、a是腺苷核苷酸或其变体,优选腺苷核糖核苷酸、腺苷脱氧核苷酸、修饰的腺苷核糖核苷酸或修饰的腺苷脱氧核苷酸;

181、c是胞苷核苷酸或其变体,优选胞苷核糖核苷酸、胞苷脱氧核苷酸、修饰的胞苷核糖核苷酸或修饰的胞苷脱氧核苷酸;

182、g是鸟苷核苷酸或其变体,优选鸟苷核糖核苷酸、鸟苷脱氧核苷酸、修饰的鸟苷核糖核苷酸或修饰的鸟苷脱氧核苷酸;

183、u是尿苷核苷酸或其变体,优选尿苷核糖核苷酸、尿苷脱氧核苷酸、修饰的尿苷核糖核苷酸或修饰的尿苷脱氧核苷酸;

184、as、cs、gs和us是核苷酸,优选以上限定的核糖核苷酸或脱氧核苷酸,其进一步包含硫代磷酸酯基团;

185、其中星号()表示2’碳原子上的前述核苷酸优选被2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基或2’-氟化学修饰;和

186、其中小写字母c表示相应于目标序列中要编辑的核苷酸,优选腺苷或胞苷,更优选腺苷的位置,并且其中c表示胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点。

187、在本发明的上下文中,核酸序列或氨基酸序列的“变体”与源自其的序列、变体至少40%,优选至少50%,更优选至少60%,更优选至少70%,甚至更优选至少80%,甚至更优选至少90%,最优选至少95%相同。优选地,变体是功能性变体。

188、如本文所用,核酸序列或氨基酸序列的“片段”由相应于全长序列中的连续延伸的核苷酸或氨基酸残基的连续延伸的核苷酸或氨基酸残基组成,其表示全长序列、源自其的片段的至少5%、10%、20%,优选至少30%,更优选至少40%,更优选至少50%,甚至更优选至少60%,甚至更优选至少70%,甚至更优选至少80%和最优选至少90%。就本发明而言,这种片段优选为功能性片段。

189、根据一些实施方式,人工核酸的靶向序列在相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处包含胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷核苷酸或其变体、或无碱基位点,

190、其中位于相应于要编辑的核苷酸的位置的5’的核苷酸或其变体是嘧啶核苷酸,优选嘧啶核糖核苷酸或嘧啶脱氧核苷酸,并且其中所述嘧啶核苷酸包含核碱基,其优选地通过2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基或2’-氟在2’位置被化学修饰。

191、在可选的实施方式中,人工核酸的靶向序列在相应于目标序列中要编辑的核苷酸的位置处包含胞苷核苷酸或其变体、脱氧胞苷或其变体,优选脱氧胞苷核苷酸、或无碱基位点,

192、其中位于相应于要编辑的核苷酸的位置的5’或3’的两个核苷酸或其变体中的至少一个,优选两个在2’碳原子上被化学修饰,该2’碳原子连接至选自下列的取代基:卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基、2’-氢和2’-氟;

193、和/或

194、其中位于相应于要编辑的核苷酸的位置的5’或3’的两个核苷酸或其变体中的至少一个,优选两个包含修饰的磷酸酯基团,优选本文所述的修饰的磷酸酯基团,更优选硫代磷酸酯基团。

195、具有偶联剂的募集部分

196、根据本发明的一些实施方式,人工核酸包含本文所述的靶向序列并且进一步包括包含至少一种偶联剂的募集部分。所述偶联剂能够募集脱氨酶,该脱氨酶包含结合所述偶联剂的部分。如上所述,募集部分包含偶联剂或由偶联剂组成,该偶联剂募集脱氨酶并且通常共价地连接至靶向序列。更具体地,募集部分由本文所述的偶联剂组成,该偶联剂连接,优选共价地连接靶向序列的5’-末端或3’-末端。可选地,偶联剂还可以连接,优选共价地连接靶向序列的内部核苷酸(即不是5’-或3’-末端核苷酸),例如通过与优选本文所述的核苷酸变体或修饰的核苷酸(如氨基-胸苷)的连接。

197、募集脱氨酶的偶联剂通常与靶向序列共价地连接。优选地,偶联剂连接至靶向序列的5’-末端或3’-末端。可选地,偶联剂还可以连接至靶向序列的内部核苷酸(即不是5’-或3’-末端核苷酸),例如通过与优选本文所述的核苷酸变体或修饰的核苷酸(如氨基-胸苷)的连接。

198、在优选的实施方式中,偶联剂选自o6-苄基腺嘌呤、o2-苄基胞嘧啶、氯代烷、1xbg、2xbg、4xbg以及这些中的任一种的变体。根据特别优选的实施方式,偶联剂是支链分子,如2xbg或4xbg,其每个优选地能够募集脱氨酶分子,因此优选地放大编辑反应。合适的支链偶联剂的示例性结构如下所示:

199、

200、偶联剂优选能够特异性结合脱氨酶中的部分。所述脱氨酶中的部分优选是标签,其与本文所述的脱氨酶,优选本文所述的腺苷脱氨酶或胞苷脱氨酶连接。更优选地,所述标签选自snap-标签、clip-标签、halotag以及这些中的任一种的片段或变体。因此,由这些实施方式中的偶联剂界定的脱氨酶优选是内源性脱氨酶(优选本文所述的脱氨酶)的人工版本。优选地,脱氨酶选自优选如本文所述的snap-adar1、snap-adar2、apobec1-snap、snapf-adar1、snapf-adar2、apobec1-snapf、halo-adar1、halo-adar2、apobec1-halo、clip-adar1、clip-adar2、clipf-adar1、clipf-adar2、apobec1-clip和apobec1-clipf,或这些中的任一种的片段或变体,其中脱氨酶优选源自人或鼠。更优选地,脱氨酶选自snap-adar1、snap-adar2、snapf-adar1、snapf-adar2、halo-adar1、halo-adar2、clip-adar1、clip-adar2、clipf-adar1和clipf-adar2或这些中的任一种的片段或变体,其中脱氨酶源自人。根据另一实施方式,脱氨酶选自mapobec1-snap、mapobec1-snapf、mapobec1-halo、mapobec1-clip和mapobec1-clipf或这些中的任一种的片段或变体,其中脱氨酶源自鼠。在特别优选的实施方式中,脱氨酶是本文所述的脱氨酶中的任一种的高活性突变体,优选高活性q突变体,更优选adar1脱氨酶、adar2脱氨酶的高活性q突变体(例如人adar1p150、e1008q;人adar1p110、e713q;人adar2、e488q)或其标记版本,更优选如本文所述,或这些中的任一种的片段或变体。

201、标记的脱氨酶,优选如本文所述(例如snap-、snapf-、clip-、clipf-、halo-标记的脱氨酶或其片段或变体)优选过表达以进行rna编辑,例如通过用编码所述标记的脱氨酶的载体瞬时转染细胞或在转基因细胞、组织或有机体中稳定表达。

202、根据优选的实施方式,募集部分包含选自下列的偶联剂或由选自下列的偶联剂组成:o6-苄基鸟嘌呤、1xbg、2xbg、4xbg以及这些中的任一种的变体。在这种实施方式中,人工核酸在脱氨酶,优选更优选如本文所述的腺苷或胞苷脱氨酶的存在下进行,其中脱氨酶包含snap-标签或其变体。在可选的实施方式中,募集部分包含氯代烷或由氯代烷组成,并且更优选如本文所述的脱氨酶,优选腺苷或胞苷脱氨酶包含halotag或其变体。根据进一步的实施方式,募集部分包含o2-苄基胞嘧啶或其变体,并且更优选如本文所述的脱氨酶,优选腺苷或胞苷脱氨酶包含clip-标签或其变体。

203、在某些实施方式中,本文所述的人工核酸包含本文所述的靶向序列和至少两个或更多个募集部分,其中每个募集部分包含本文所述的偶联剂或由其组成,并且其中每个募集部分优选募集脱氨酶分子,因此优选扩大编辑反应。这些募集部分中的每一个优选包含--独立于其它募集部分--选自下列的偶联剂:o6-苄基鸟嘌呤、o2-苄基胞嘧啶、氯代烷、1xbg、2xbg、4xbg以及这些中的任一种的变体。优选地,人工核酸包含至少两个募集部分,其中每个募集部分包含相同或不同的偶联剂。本文图11示例了包含多于一个募集部分和/或包含支链偶联剂的实施方式的示意性结构。

204、具有核酸募集基序的募集部分

205、在本发明的优选实施方式中,人工核酸包含本文所述的靶向序列和募集部分,该募集部分包含能够特异性结合脱氨酶,优选腺苷或胞苷脱氨酶的核酸序列或由其组成。优选地,能够特异性结合脱氨酶的核酸序列特异性结合优选本文所述的脱氨酶的双链(ds)rna结合结构域。有利地,包含能够特异性结合脱氨酶的核酸序列或由其组成的募集部分还结合内源性脱氨酶。因此,根据本发明的人工核酸利用内源性(或异源表达的)脱氨酶促进定点rna编辑。

206、优选地,募集部分包含能够特异性结合脱氨酶的核酸序列或由其组成,其中核酸序列优选共价地连接至靶向序列的5’末端或3’末端,更优选靶向序列的5’末端。在某些实施方式中,人工核酸包含本文所述的靶向序列和本文所述的至少两个募集部分。

207、在一些实施方式中,募集部分包含能够分子内碱基配对的核酸序列或由其组成。募集部分优选包含能够形成茎环结构的核酸序列或由其组成。在某些实施方式中,所述茎环结构包括包含至少两个错配的双螺旋茎或由其组成。在优选的实施方式中,茎环结构包含由3至8、优选4至6、更优选5个核苷酸组成的环。环优选包含核酸序列gcuaa或gcuca或由其组成。

208、根据优选的实施方式中,人工核酸的募集部分包括包含本文所述的至少一个化学修饰的核酸序列或由其组成。具体地,人工核酸的募集部分优选包括包含至少一个核苷酸的核酸序列或由其组成,其中核碱基被化学稀释,和/或其中核酸序列包含至少一个骨架修饰。本文在相应部分和一般进一步关于人工核酸和靶向序列描述的化学修饰也适用于募集部分。

209、在一些实施方式中,至少一个化学修饰的核苷酸在2’位置被化学修饰。优选地,化学修饰的碱基在2’碳原子上包含取代基,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟。根据可选的实施方式,化学修饰的核苷酸是锁定核酸(lna)核苷酸、乙烯桥连核酸(ena)核苷酸或(s)-约束乙基cet核苷酸。

210、在优选的实施方式中,人工核酸包括包含本文所述的核酸序列的募集部分,其中募集部分包含至少一个化学修饰的核苷酸,其中化学修饰的核苷酸在2’碳原子上包含取代基,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟;和/或

211、其中化学修饰的核苷酸是锁定核酸(lna)核苷酸、乙烯桥连核酸(ena)核苷酸或(s)-约束乙基cet核苷酸。

212、优选地,人工核酸的募集部分包含至少一个骨架修饰,其中核苷酸包含修饰的磷酸酯基团。修饰的磷酸酯基团优选地选自硫代磷酸酯、磷酸硒酸酯、硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯类、氢膦酸酯、氨基磷酸酯、烷基膦酸酯、芳基膦酸酯和磷酸三酯,最优选为硫代磷酸酯。

213、在一些实施方式中,募集部分的核酸序列的核苷酸中的至少约20%、优选至少约40%、更优选至少约60%、甚至更优选至少约80%、最优选至少约95%优选通过本文所述的修饰在2’位置被化学修饰。

214、优选地,募集部分包含核酸序列,其中核酸序列的5’末端的五个核苷酸中的至少两个包含硫代磷酸酯基团。

215、根据一些实施方式,募集部分包含核酸序列,其中核酸序列的5’末端的五个核苷酸中的至少两个是lna核苷酸、ena核苷酸或(s)-约束乙基cet核苷酸。

216、在本发明的优选实施方式中,募集部分包含核酸序列,其中

217、至少一个核苷酸包含修饰的磷酸酯基团,优选硫代磷酸酯基团;

218、至少一个lna核苷酸、ena核苷酸或(s)-约束乙基cet核苷酸;和

219、至少一个在2’碳原子上包含取代基的核苷酸,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基或2’-氟。

220、根据特别优选的实施方式,募集部分包含选自下列的核酸序列或由其组成:

221、(a)5’  ggugucgag - na - aga - nc - gagaacaauau - gcu a/c a -auguuguucuc - nd - ucu - nb - cucgacacc  3’(seq id no: 38);

222、(b)5’  gsgsugucgag - na - aga - nc - gagaacaauau - gcu a/c a -auguuguucuc - nd - ucu - nb - cucgacacc  3’(seq id no: 39);和

223、(c)5’  gslgslugucgag - na - aga - nc - gagaacaauau - gcu a/c a -auguuguucuc - nd - ucu - nb - cucgacacc  3’(seq id no: 40);

224、或这些中的任一种的片段或变体;

225、其中

226、na和nb形成错配,优选其中na是腺苷并且nb是胞苷;

227、nc和nd形成错配,优选其中nc和nd是鸟苷;

228、gs是包含硫代磷酸酯基团的鸟苷;和

229、gsl是包含硫代磷酸酯基团的lna鸟苷。

230、根据可选的实施方式,募集部分包含源自va(病毒相关的)rna i或其片段或变体的核酸序列或由其组成。va rna i是源自腺病毒的rna,并且是技术人员已知的。在优选的实施方式中,人工核酸的募集部分包含核酸序列

231、gcacacctgggttcgacacgcgggcggtaaccgcatggatcacggcggacggccggattcggggttcgaaccccggtcgtccgccatgatacccttgc(seq id no: 41),或其片段或变体。

232、在优选的实施方式中,募集部分包含根据seq id no: 38至41中任一项的核酸序列,或这些序列中的任一种的片段或变体,其中至少一个核苷酸,优选至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%的核苷酸在2’碳原子上包含取代基,其中取代基选自卤素、烷氧基、氢、芳氧基、氨基和氨基烷氧基,优选地选自2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基和2’-氟。

233、根据特别优选的实施方式,募集部分包含选自下列的核酸序列:

234、(a)5’  ggugucgag - na - aga - nc - gagaacaauau - gcu a/c a - auguuguucuc - nd - ucu - nb - cucgacacc  3’ (seq id no: 42);

235、(b)5’  gsgsugucgag - na - aga - nc - gagaacaauau -gcu a/c a - auguuguucuc - nd - ucu - nb - cucgacacc  3’ (seq id no: 43);和

236、(c)5’  gslgslugucgag - na - aga - nc - gagaacaauau- gcu a/c a - auguuguucuc - nd - ucu - nb - cucgacacc  3’ (seq id no: 44);

237、或这些序列中的任一种的片段或变体;

238、其中

239、na和nb形成错配,优选其中na是腺苷并且nb是胞苷;

240、nc和nd形成错配,优选其中nc和nd是鸟苷;

241、gs是包含硫代磷酸酯基团的鸟苷;

242、gsl是包含硫代磷酸酯基团的lna鸟苷;和

243、其中星号()表示2’碳原子上的核苷酸优选被2’-氢(2’-脱氧)、2’-o-甲基、2’-o-甲氧基乙基或2’-氟修饰。

244、在某些实施方式中,优选根据本文所述的人工核酸在5’至3’方向包含本文所述的募集部分和本文所述的靶向序列。

245、本发明的进一步方面涉及用于定点编辑目标rna的人工核酸,该人工核酸包含:

246、a)靶向序列,其包含与目标rna中的目标序列互补或部分互补的核酸序列或由其组成,

247、和

248、b)用于募集脱氨酶的募集部分,其中募集部分包含能够特异性结合脱氨酶,优选腺苷或胞苷脱氨酶的核酸序列或由其组成。

249、根据此方面,募集部分优选如本文“具有核酸募集基序的募集部分”部分中所定义。在本发明的此方面的优选实施方式中,靶向序列优选如本文所述被化学修饰。在此方面的某些实施方式中,靶向序列未被化学修饰。在特别优选的实施方式中,人工核酸在细胞,优选本文所述的细胞,更优选通过从载体,优选本文所述的载体转录而合成。根据本发明的此方面的特别优选的实施方式,人工核酸包含募集部分,该募集部分包含根据seq id no:38至41中任一项的核酸序列或其片段或变体或由其组成。

250、脱氨酶

251、人工核酸适合于通过脱氨酶定点编辑rna,其中脱氨酶优选为腺苷脱氨酶或其片段或变体,优选为adar(作用于dsrna的腺苷脱氨酶)酶或其片段或变体,更优选地选自adar1、adar2及其片段或变体,甚至更优选为包含腺苷脱氨酶结构域的肽或蛋白质;或

252、胞苷脱氨酶或其片段或变体,优选apobec1或其片段或变体,更优选为包含胞苷脱氨酶结构域的肽或蛋白质。

253、本文所用的术语“脱氨酶”指代能够催化目标rna中的核苷酸或其变体的脱氨,具体是腺苷或胞苷的脱氨的任何肽、蛋白质或蛋白结构域。因此,术语不仅指代全长和野生型脱氨酶,如adar1、adar2或apobec1,而且还指代脱氨酶的片段或变体,优选功能性片段或功能性变体。具体地,术语还指代脱氨酶的突变体和变体,如优选如本文所述的adar1、adar2或apobec1的突变体。此外,本文所用的术语脱氨酶还包含任何脱氨酶融合蛋白(例如基于cas9和cas13)。在本发明的上下文中,术语“脱氨酶”还指代脱氨酶,如选自优选本文所述的snap-adar1、snap-adar2、apobec1-snap、snapf-adar1、snapf-adar2、apobec1-snapf、halo-adar1、halo-adar2、apobec1-halo、clip-adar1、clip-adar2、clipf-adar1、clipf-adar2、apobec1-clip和apobec1-clipf的脱氨酶的标记变体,或这些中的任一种的片段或变体,其中脱氨酶优选源自人或鼠。

254、在优选的实施方式中,脱氨酶是腺苷脱氨酶(如adar1,优选adar1p150或adar1p110或adar2),优选为真核腺苷脱氨酶,更优选为脊椎动物腺苷脱氨酶,甚至更优选为哺乳动物腺苷脱氨酶,最优选为人腺苷脱氨酶,如hadar1或hadar2或这些中的任一种的片段或变体。在特别优选的实施方式中,脱氨酶是优选如本文所述的标记的腺苷脱氨酶,或其片段或变体。更优选地,本文所用的脱氨酶选自snap-adar1、snap-adar2、snapf-adar1、snapf-adar2、halo-adar1、halo-adar2、clip-adar1、clip-adar2、clipf-adar1和clipf-adar2或这些中的任一种的片段或变体,其中脱氨酶源自人。

255、根据可选的实施方式,脱氨酶是胞苷脱氨酶(如apobec1,优选为人apobec1或鼠apobec1(mapobec1)),优选为真核胞苷脱氨酶,更优选为脊椎动物胞苷脱氨酶,甚至更优选为哺乳动物胞苷脱氨酶,最优选为鼠或人胞苷脱氨酶或这些中的任一种的片段或变体。在特别优选的实施方式中,脱氨酶是优选如本文所述的标记的胞苷脱氨酶或其片段或变体。根据优选的实施方式,脱氨酶选自mapobec1-snap、mapobec1-snapf、mapobec1-halo、mapobec1-clip和mapobec1-clipf或这些中的任一种的片段或变体,其中脱氨酶源自鼠。

256、在优选的实施方式中,脱氨酶是优选如本文所述的内源性脱氨酶或其片段或变体。包含具有核酸募集基序(参见本文的相应部分)的募集部分的人工核酸优选与内源性脱氨酶或其片段或变体结合使用。

257、在特别优选的实施方式中,脱氨酶是本文提及的脱氨酶中的任一种的高活性突变体,优选为高活性q突变体,更优选为adar1脱氨酶、adar2脱氨酶的高活性q突变体(例如人adar1p150、e1008q;人adar1p110、e713q;人adar2、e488q)或其标记的版本,最优选如本文所述,或这些中的任一种的片段或变体。

258、优选如本文所述的标记的脱氨酶优选与根据本发明的人工核酸结合使用,其中募集部分包含能够募集脱氨酶的至少一种偶联剂,该脱氨酶包含结合所述偶联剂的部分(也参见“具有偶联剂的募集部分” 部分)。

259、在下文中,作为实例描述了本文所用的特别优选的脱氨酶:

260、hadar1p150:

261、核酸序列:

262、atggccgagatcaaggagaaaatctgcgactatctcttcaatgtgtctgactcctctgccctgaatttggctaaaaatattggccttaccaaggcccgagatataaatgctgtgctaattgacatggaaaggcagggggatgtctatagacaagggacaacccctcccatatggcatttgacagacaagaagcgagagaggatgcaaatcaagagaaatacgaacagtgttcctgaaaccgctccagctgcaatccctgagaccaaaagaaacgcagagttcctcacctgtaatatacccacatcaaatgcctcaaataacatggtaaccacagaaaaagtggagaatgggcaggaacctgtcataaagttagaaaacaggcaagaggccagaccagaaccagcaagactgaaaccacctgttcattacaatggcccctcaaaagcagggtatgttgactttgaaaatggccagtgggccacagatgacatcccagatgacttgaatagtatccgcgcagcaccaggtgagtttcgagccatcatggagatgccctccttctacagtcatggcttgccacggtgttcaccctacaagaaactgacagagtgccagctgaagaaccccatcagcgggctgttagaatatgcccagttcgctagtcaaacctgtgagttcaacatgatagagcagagtggaccaccccatgaacctcgatttaaattccaggttgtcatcaatggccgagagtttcccccagctgaagctggaagcaagaaagtggccaagcaggatgcagctatgaaagccatgacaattctgctagaggaagccaaagccaaggacagtggaaaatcagaagaatcatcccactattccacagagaaagaatcagagaagactgcagagtcccagacccccaccccttcagccacatccttcttttctgggaagagccccgtcaccacactgcttgagtgtatgcacaaattggggaactcctgcgaattccgtctcctgtccaaagaaggccctgcccatgaacccaagttccaatactgtgttgcagtgggagcccaaactttccccagtgtgagtgctcccagcaagaaagtggcaaagcagatggccgcagaggaagccatgaaggccctgcatggggaggcgaccaactccatggcttctgataaccagcctgaaggtatgatctcagagtcacttgataacttggaatccatgatgcccaacaaggtcaggaagattggcgagctcgtgagatacctgaacaccaaccctgtgggtggccttttggagtacgcccgctcccatggctttgctgctgaattcaagttggtcgaccagtccggacctcctcacgagcccaagttcgtttaccaagcaaaagttgggggtcgctggttcccagccgtctgcgcacacagcaagaagcaaggcaagcaggaagcagcagatgcggctctccgtgtcttgattggggagaacgagaaggcagaacgcatgggtttcacagaggtaaccccagtgacaggggccagtctcagaagaactatgctcctcctctcaaggtccccagaagcacagccaaagacactccctctcactggcagcaccttccatgaccagatagccatgctgagccaccggtgcttcaacactctgactaacagcttccagccctccttgctcggccgcaagattctggccgccatcattatgaaaaaagactctgaggacatgggtgtcgtcgtcagcttgggaacagggaatcgctgtgtgaaaggagattctctcagcctaaaaggagaaactgtcaatgactgccatgcagaaataatctcccggagaggcttcatcaggtttctctacagtgagttaatgaaatacaactcccagactgcgaaggatagtatatttgaacctgctaagggaggagaaaagctccaaataaaaaagactgtgtcattccatctgtatatcagcactgctccgtgtggagatggcgccctctttgacaagtcctgcagcgaccgtgctatggaaagcacagaatcccgccactaccctgtcttcgagaatcccaaacaaggaaagctccgcaccaaggtggagaacggagaaggcacaatccctgtggaatccagtgacattgtgcctacgtgggatggcattcggctcggggagagactccgtaccatgtcctgtagtgacaaaatcctacgctggaacgtgctgggcctgcaaggggcactgttgacccacttcctgcagcccatttatctcaaatctgtcacattgggttaccttttcagccaagggcatctgacccgtgctatttgctgtcgtgtgacaagagatgggagtgcatttgaggatggactacgacatccctttattgtcaaccaccccaaggttggcagagtcagcatatatgattccaaaaggcaatccgggaagactaaggagacaagcgtcaactggtgtctggctgatggctatgacctggagatcctggacggtaccagaggcactgtggatgggccacggaatgaattgtcccgggtctccaaaaagaacatttttcttctatttaagaagctctgctccttccgttaccgcagggatctactgagactctcctatggtgaggccaagaaagctgcccgtgactacgagacggccaagaactacttcaaaaaaggcctgaaggatatgggctatgggaactggattagcaaaccccaggaggaaaagaacttttatctctgcccagtatag(seq idno: 45)

263、氨基酸序列:

264、maeikekicdylfnvsdssalnlaknigltkardinavlidmerqgdvyrqgttppiwhltdkkrermqikrntnsvpetapaaipetkrnaefltcniptsnasnnmvttekvengqepviklenrqearpeparlkppvhyngpskagyvdfengqwatddipddlnsiraapgefraimempsfyshglprcspykkltecqlknpisglleyaqfasqtcefnmieqsgppheprfkfqvvingrefppaeagskkvakqdaamkamtilleeakakdsgkseesshystekesektaesqtptpsatsffsgkspvttllecmhklgnscefrllskegpahepkfqycvavgaqtfpsvsapskkvakqmaaeeamkalhgeatnsmasdnqpegmisesldnlesmmpnkvrkigelvrylntnpvgglleyarshgfaaefklvdqsgpphepkfvyqakvggrwfpavcahskkqgkqeaadaalrvligenekaermgftevtpvtgaslrrtmlllsrspeaqpktlpltgstfhdqiamlshrcfntltnsfqpsllgrkilaaiimkkdsedmgvvvslgtgnrcvkgdslslkgetvndchaeiisrrgfirflyselmkynsqtakdsifepakggeklqikktvsfhlyistapcgdgalfdkscsdramestesrhypvfenpkqgklrtkvengegtipvessdivptwdgirlgerlrtmscsdkilrwnvlglqgallthflqpiylksvtlgylfsqghltraiccrvtrdgsafedglrhpfivnhpkvgrvsiydskrqsgktketsvnwcladgydleildgtrgtvdgprnelsrvskknifllfkklcsfryrrdllrlsygeakkaardyetaknyfkkglkdmgygnwiskpqeeknfylcpv(seq id no: 46)

265、根据优选的实施方式,氨基酸残基e1008在hadar1p150中突变。特别优选的是突变型e1008q,一种高活性突变体。进一步优选的突变体包括e1008y、e1008f、e1008w、e1008h、e1008l、e1008m、e1008i和e1008v,其具有降低的活性,并且优选与在相应于要编辑的核苷酸的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。

266、hadar1p110:

267、核酸序列:

268、atggccgagatcaaggagaaaatctgcgactatctcttcaatgtgtctgactcctctgccctgaatttggctaaaaatattggccttaccaaggcccgagatataaatgctgtgctaattgacatggaaaggcagggggatgtctatagacaagggacaacccctcccatatggcatttgacagacaagaagcgagagaggatgcaaatcaagagaaatacgaacagtgttcctgaaaccgctccagctgcaatccctgagaccaaaagaaacgcagagttcctcacctgtaatatacccacatcaaatgcctcaaataacatggtaaccacagaaaaagtggagaatgggcaggaacctgtcataaagttagaaaacaggcaagaggccagaccagaaccagcaagactgaaaccacctgttcattacaatggcccctcaaaagcagggtatgttgactttgaaaatggccagtgggccacagatgacatcccagatgacttgaatagtatccgcgcagcaccaggtgagtttcgagccatcatggagatgccctccttctacagtcatggcttgccacggtgttcaccctacaagaaactgacagagtgccagctgaagaaccccatcagcgggctgttagaatatgcccagttcgctagtcaaacctgtgagttcaacatgatagagcagagtggaccaccccatgaacctcgatttaaattccaggttgtcatcaatggccgagagtttcccccagctgaagctggaagcaagaaagtggccaagcaggatgcagctatgaaagccatgacaattctgctagaggaagccaaagccaaggacagtggaaaatcagaagaatcatcccactattccacagagaaagaatcagagaagactgcagagtcccagacccccaccccttcagccacatccttcttttctgggaagagccccgtcaccacactgcttgagtgtatgcacaaattggggaactcctgcgaattccgtctcctgtccaaagaaggccctgcccatgaacccaagttccaatactgtgttgcagtgggagcccaaactttccccagtgtgagtgctcccagcaagaaagtggcaaagcagatggccgcagaggaagccatgaaggccctgcatggggaggcgaccaactccatggcttctgataaccagcctgaaggtatgatctcagagtcacttgataacttggaatccatgatgcccaacaaggtcaggaagattggcgagctcgtgagatacctgaacaccaaccctgtgggtggccttttggagtacgcccgctcccatggctttgctgctgaattcaagttggtcgaccagtccggacctcctcacgagcccaagttcgtttaccaagcaaaagttgggggtcgctggttcccagccgtctgcgcacacagcaagaagcaaggcaagcaggaagcagcagatgcggctctccgtgtcttgattggggagaacgagaaggcagaacgcatgggtttcacagaggtaaccccagtgacaggggccagtctcagaagaactatgctcctcctctcaaggtccccagaagcacagccaaagacactccctctcactggcagcaccttccatgaccagatagccatgctgagccaccggtgcttcaacactctgactaacagcttccagccctccttgctcggccgcaagattctggccgccatcattatgaaaaaagactctgaggacatgggtgtcgtcgtcagcttgggaacagggaatcgctgtgtgaaaggagattctctcagcctaaaaggagaaactgtcaatgactgccatgcagaaataatctcccggagaggcttcatcaggtttctctacagtgagttaatgaaatacaactcccagactgcgaaggatagtatatttgaacctgctaagggaggagaaaagctccaaataaaaaagactgtgtcattccatctgtatatcagcactgctccgtgtggagatggcgccctctttgacaagtcctgcagcgaccgtgctatggaaagcacagaatcccgccactaccctgtcttcgagaatcccaaacaaggaaagctccgcaccaaggtggagaacggagaaggcacaatccctgtggaatccagtgacattgtgcctacgtgggatggcattcggctcggggagagactccgtaccatgtcctgtagtgacaaaatcctacgctggaacgtgctgggcctgcaaggggcactgttgacccacttcctgcagcccatttatctcaaatctgtcacattgggttaccttttcagccaagggcatctgacccgtgctatttgctgtcgtgtgacaagagatgggagtgcatttgaggatggactacgacatccctttattgtcaaccaccccaaggttggcagagtcagcatatatgattccaaaaggcaatccgggaagactaaggagacaagcgtcaactggtgtctggctgatggctatgacctggagatcctggacggtaccagaggcactgtggatgggccacggaatgaattgtcccgggtctccaaaaagaacatttttcttctatttaagaagctctgctccttccgttaccgcagggatctactgagactctcctatggtgaggccaagaaagctgcccgtgactacgagacggccaagaactacttcaaaaaaggcctgaaggatatgggctatgggaactggattagcaaaccccaggaggaaaagaacttttatctctgcccagtatag(seq idno: 47)

269、氨基酸序列:

270、maeikekicdylfnvsdssalnlaknigltkardinavlidmerqgdvyrqgttppiwhltdkkrermqikrntnsvpetapaaipetkrnaefltcniptsnasnnmvttekvengqepviklenrqearpeparlkppvhyngpskagyvdfengqwatddipddlnsiraapgefraimempsfyshglprcspykkltecqlknpisglleyaqfasqtcefnmieqsgppheprfkfqvvingrefppaeagskkvakqdaamkamtilleeakakdsgkseesshystekesektaesqtptpsatsffsgkspvttllecmhklgnscefrllskegpahepkfqycvavgaqtfpsvsapskkvakqmaaeeamkalhgeatnsmasdnqpegmisesldnlesmmpnkvrkigelvrylntnpvgglleyarshgfaaefklvdqsgpphepkfvyqakvggrwfpavcahskkqgkqeaadaalrvligenekaermgftevtpvtgaslrrtmlllsrspeaqpktlpltgstfhdqiamlshrcfntltnsfqpsllgrkilaaiimkkdsedmgvvvslgtgnrcvkgdslslkgetvndchaeiisrrgfirflyselmkynsqtakdsifepakggeklqikktvsfhlyistapcgdgalfdkscsdramestesrhypvfenpkqgklrtkvengegtipvessdivptwdgirlgerlrtmscsdkilrwnvlglqgallthflqpiylksvtlgylfsqghltraiccrvtrdgsafedglrhpfivnhpkvgrvsiydskrqsgktketsvnwcladgydleildgtrgtvdgprnelsrvskknifllfkklcsfryrrdllrlsygeakkaardyetaknyfkkglkdmgygnwiskpqeeknfylcpv(seq id no: 48)

271、根据优选的实施方式,氨基酸残基e713在hadar1p110中突变。特别优选的是突变型e713q,一种高活性突变体。进一步优选的突变体包括e713y、e713f、e713w、e713h、e713l、e713m、e713i和e713v,其具有降低的活性并且优选与在相应于要编辑的核苷酸的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。

272、hadar2:

273、核酸序列:

274、atggatatagaagatgaagaaaacatgagttccagcagcactgatgtgaaggaaaaccgcaatctggacaacgtgtcccccaaggatggcagcacacctgggcctggcgagggctctcagctctccaatgggggtggtggtggccccggcagaaagcggcccctggaggagggcagcaatggccactccaagtaccgcctgaagaaaaggaggaaaacaccagggcccgtcctccccaagaacgccctgatgcagctgaatgagatcaagcctggtttgcagtacacactcctgtcccagactgggcccgtgcacgcgcctttgtttgtcatgtctgtggaggtgaatggccaggtttttgagggctctggtcccacaaagaaaaaggcaaaactccatgctgctgagaaggccttgaggtctttcgttcagtttcctaatgcctctgaggcccacctggccatggggaggaccctgtctgtcaacacggacttcacatctgaccaggccgacttccctgacacgctcttcaatggttttgaaactcctgacaaggcggagcctcccttttacgtgggctccaatggggatgactccttcagttccagcggggacctcagcttgtctgcttccccggtgcctgccagcctagcccagcctcctctccctgccttaccaccattcccacccccgagtgggaagaatcccgtgatgatcttgaacgaactgcgcccaggactcaagtatgacttcctctccgagagcggggagagccatgccaagagcttcgtcatgtctgtggtcgtggatggtcagttctttgaaggctcggggagaaacaagaagcttgccaaggcccgggctgcgcagtctgccctggccgccatttttaacttgcacttggatcagacgccatctcgccagcctattcccagtgagggtcttcagctgcatttaccgcaggttttagctgacgctgtctcacgcctggtcctgggtaagtttggtgacctgaccgacaacttctcctcccctcacgctcgcagaaaagtgctggctggagtcgtcatgacaacaggcacagatgttaaagatgccaaggtgataagtgtttctacaggaacaaaatgtattaatggtgaatacatgagtgatcgtggccttgcattaaatgactgccatgcagaaataatatctcggagatccttgctcagatttctttatacacaacttgagctttacttaaataacaaagatgatcaaaaaagatccatctttcagaaatcagagcgaggggggtttaggctgaaggagaatgtccagtttcatctgtacatcagcacctctccctgtggagatgccagaatcttctcaccacatgagccaatcctggaagaaccagcagatagacacccaaatcgtaaagcaagaggacagctacggaccaaaatagagtctggtgaggggacgattccagtgcgctccaatgcgagcatccaaacgtgggacggggtgctgcaaggggagcggctgctcaccatgtcctgcagtgacaagattgcacgctggaacgtggtgggcatccagggttccctgctcagcattttcgtggagcccatttacttctcgagcatcatcctgggcagcctttaccacggggaccacctttccagggccatgtaccagcggatctccaacatagaggacctgccacctctctacaccctcaacaagcctttgctcagtggcatcagcaatgcagaagcacggcagccagggaaggcccccaacttcagtgtcaactggacggtaggcgactccgctattgaggtcatcaacgccacgactgggaaggatgagctgggccgcgcgtcccgcctgtgtaagcacgcgttgtactgtcgctggatgcgtgtgcacggcaaggttccctcccacttactacgctccaagattaccaaacccaacgtgtaccatgagtccaagctggcggcaaaggagtaccaggccgccaaggcgcgtctgttcacagccttcatcaaggcggggctgggggcctgggtggagaagcccaccgagcaggaccagttctcactcacg(seq id no: 49)

275、氨基酸序列:

276、mdiedeenmsssstdvkenrnldnvspkdgstpgpgegsqlsngggggpgrkrpleegsnghskyrlkkrrktpgpvlpknalmqlneikpglqytllsqtgpvhaplfvmsvevngqvfegsgptkkkaklhaaekalrsfvqfpnaseahlamgrtlsvntdftsdqadfpdtlfngfetpdkaeppfyvgsngddsfsssgdlslsaspvpaslaqpplpalppfpppsgknpvmilnelrpglkydflsesgeshaksfvmsvvvdgqffegsgrnkklakaraaqsalaaifnlhldqtpsrqpipseglqlhlpqvladavsrlvlgkfgdltdnfsspharrkvlagvvmttgtdvkdakvisvstgtkcingeymsdrglalndchaeiisrrsllrflytqlelylnnkddqkrsifqkserggfrlkenvqfhlyistspcgdarifsphepileepadrhpnrkargqlrtkiesgegtipvrsnasiqtwdgvlqgerlltmscsdkiarwnvvgiqgsllsifvepiyfssiilgslyhgdhlsramyqrisniedlpplytlnkpllsgisnaearqpgkapnfsvnwtvgdsaievinattgkdelgrasrlckhalycrwmrvhgkvpshllrskitkpnvyhesklaakeyqaakarlftafikaglgawvekpteqdqfslt(seq id no: 50)

277、根据优选的实施方式,氨基酸残基e488在hadar2中突变。特别优选的是突变型e488q,一种高活性突变体。进一步优选的突变体包括e488y、e488f、e488w、e488h、e488l、e488m、e488i和e488v,其具有降低的活性并且优选与在相应于要编辑的核苷酸的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。可以在hadar2中突变的进一步优选的位点包括i456或t490,并且还进一步包括r348、r470、h471、r474、s495、r510、k594、r477或r481。

278、snapf-adar1:

279、核酸序列:

280、atggacaaagactgcgaaatgaagcgcaccaccctggatagccctctgggcaagctggaactgtctgggtgcgaacagggcctgcaccgtatcatcttcctgggcaaaggaacatctgccgccgacgccgtggaagtgcctgccccagccgccgtgctgggcggaccagagccactgatgcaggccaccgcctggctcaacgcctactttcaccagcctgaggccatcgaggagttccctgtgccagccctgcaccacccagtgttccagcaggagagctttacccgccaggtgctgtggaaactgctgaaagtggtgaagttcggagaggtcatcagctacagccacctggccgccctggccggcaatcccgccgccaccgccgccgtgaaaaccgccctgagcggaaatcccgtgcccattctgatcccctgccaccgggtggtgcagggcgacctggacgtggggggctacgagggcgggctcgccgtgaaagagtggctgctggcccacgagggccacagactgggcaagcctgggctgggtcctgcaggcggaggcgcgccagggtctggcggcggcagtaaggcagaacgcatgggtttcacagaggtaaccccagtgacaggggccagtctcagaagaactatgctcctcctctcaaggtccccagaagcacagccaaagacactccctctcactggcagcaccttccatgaccagatagccatgctgagccaccggtgcttcaacactctgactaacagcttccagccctccttgctcggccgcaagattctggccgccatcattatgaaaaaagactctgaggacatgggtgtcgtcgtcagcttgggaacagggaatcgctgtgtaaaaggagattctctcagcctaaaaggagaaactgtcaatgactgccatgcagaaataatctcccggagaggcttcatcaggtttctctacagtgagttaatgaaatacaactcccagactgcgaaggatagtatatttgaacctgctaagggaggagaaaagctccaaataaaaaagactgtgtcattccatctgtatatcagcactgctccgtgtggagatggcgccctctttgacaagtcctgcagcgaccgtgctatggaaagcacagaatcccgccactaccctgtcttcgagaatcccaaacaaggaaagctccgcaccaaggtggagaacggagaaggcacaatccctgtggaatccagtgacattgtgcctacgtgggatggcattcggctcggggagagactccgtaccatgtcctgtagtgacaaaatcctacgctggaacgtgctgggcctgcaaggggcactgttgacccacttcctgcagcccatttatctcaaatctgtcacattgggttaccttttcagccaagggcatctgacccgtgctatttgctgtcgtgtgacaagagatgggagtgcatttgaggatggactacgacatccctttattgtcaaccaccccaaggttggcagagtcagcatatatgattccaaaaggcaatccgggaagactaaggagacaagcgtcaactggtgtctggctgatggctatgacctggagatcctggacggtaccagaggcactgtggatgggccacggaatgaattgtcccgggtctccaaaaagaacatttttcttctatttaagaagctctgctccttccgttaccgcagggatctactgagactctcctatggtgaggccaagaaagctgcccgtgactacgagacggccaagaactacttcaaaaaaggcctgaaggatatgggctatgggaactggattagcaaaccccaggaggaaaagaacttttatctctgcccagta (seq id no: 51)

281、氨基酸序列:

282、mdkdcemkrttldsplgklelsgceqglhriiflgkgtsaadavevpapaavlggpeplmqatawlnayfhqpeaieefpvpalhhpvfqqesftrqvlwkllkvvkfgevisyshlaalagnpaataavktalsgnpvpilipchrvvqgdldvggyegglavkewllaheghrlgkpglgpagggapgsgggskaermgftevtpvtgaslrrtmlllsrspeaqpktlpltgstfhdqiamlshrcfntltnsfqpsllgrkilaaiimkkdsedmgvvvslgtgnrcvkgdslslkgetvndchaeiisrrgfirflyselmkynsqtakdsifepakggeklqikktvsfhlyistapcgdgalfdkscsdramestesrhypvfenpkqgklrtkvengegtipvessdivptwdgirlgerlrtmscsdkilrwnvlglqgallthflqpiylksvtlgylfsqghltraiccrvtrdgsafedglrhpfivnhpkvgrvsiydskrqsgktketsvnwcladgydleildgtrgtvdgprnelsrvskknifllfkklcsfryrrdllrlsygeakkaardyetaknyfkkglkdmgygnwiskpqeeknfylcpv(seq id no: 52)

283、根据优选的实施方式,氨基酸残基e406在snapf-adar1中突变。特别优选的是突变型e406q,一种高活性突变体。进一步优选的突变体包括e406y、e406f、e406w、e406h、e406l、e406m、e406i和e406v,其具有降低的活性并且优选地与在相应于要编辑的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。

284、snapf-adar2:

285、核酸序列:

286、atggacaaagactgcgaaatgaagcgcaccaccctggatagccctctgggcaagctggaactgtctgggtgcgaacagggcctgcaccgtatcatcttcctgggcaaaggaacatctgccgccgacgccgtggaagtgcctgccccagccgccgtgctgggcggaccagagccactgatgcaggccaccgcctggctcaacgcctactttcaccagcctgaggccatcgaggagttccctgtgccagccctgcaccacccagtgttccagcaggagagctttacccgccaggtgctgtggaaactgctgaaagtggtgaagttcggagaggtcatcagctacagccacctggccgccctggccggcaatcccgccgccaccgccgccgtgaaaaccgccctgagcggaaatcccgtgcccattctgatcccctgccaccgggtggtgcagggcgacctggacgtggggggctacgagggcgggctcgccgtgaaagagtggctgctggcccacgagggccacagactgggcaagcctgggctgggtcctgcaggcggaggcgcgccagggtctggcggcggcagtaagaagcttgccaaggcccgggctgcgcagtctgccctggccgccatttttaacttgcacttggatcagacgccatctcgccagcctattcccagtgagggtcttcagctgcatttaccgcaggttttagctgacgctgtctcacgcctggtcctgggtaagtttggtgacctgaccgacaacttctcctcccctcacgctcgcagaaaagtgctggctggagtcgtcatgacaacaggcacagatgttaaagatgccaaggtgataagtgtttctacaggaacaaaatgtattaatggtgaatacatgagtgatcgtggccttgcattaaatgactgccatgcagaaataatatctcggagatccttgctcagatttctttatacacaacttgagctttacttaaataacaaagatgatcaaaaaagatccatctttcagaaatcagagcgaggggggtttaggctgaaggagaatgtccagtttcatctgtacatcagcacctctccctgtggagatgccagaatcttctcaccacatgagccaatcctggaagaaccagcagatagacacccaaatcgtaaagcaagaggacagctacggaccaaaatagagtctggtgaggggacgattccagtgcgctccaatgcgagcatccaaacgtgggacggggtgctgcaaggggagcggctgctcaccatgtcctgcagtgacaagattgcacgctggaacgtggtgggcatccagggatccctgctcagcattttcgtggagcccatttacttctcgagcatcatcctgggcagcctttaccacggggaccacctttccagggccatgtaccagcggatctccaacatagaggacctgccacctctctacaccctcaacaagcctttgctcagtggcatcagcaatgcagaagcacggcagccagggaaggcccccaacttcagtgtcaactggacggtaggcgactccgctattgaggtcatcaacgccacgactgggaaggatgagctgggccgcgcgtcccgcctgtgtaagcacgcgttgtactgtcgctggatgcgtgtgcacggcaaggttccctcccacttactacgctccaagattaccaagcccaacgtgtaccatgagtccaagctggcggcaaaggagtaccaggccgccaaggcgcgtctgttcacagccttcatcaaggcggggctgggggcctgggtggagaagcccaccgagcaggaccagttctcactcacgccc(seq id no: 53)

287、氨基酸序列:

288、mdkdcemkrttldsplgklelsgceqglhriiflgkgtsaadavevpapaavlggpeplmqatawlnayfhqpeaieefpvpalhhpvfqqesftrqvlwkllkvvkfgevisyshlaalagnpaataavktalsgnpvpilipchrvvqgdldvggyegglavkewllaheghrlgkpglgpagggapgsgggskklakaraaqsalaaifnlhldqtpsrqpipseglqlhlpqvladavsrlvlgkfgdltdnfsspharrkvlagvvmttgtdvkdakvisvstgtkcingeymsdrglalndchaeiisrrsllrflytqlelylnnkddqkrsifqkserggfrlkenvqfhlyistspcgdarifsphepileepadrhpnrkargqlrtkiesgegtipvrsnasiqtwdgvlqgerlltmscsdkiarwnvvgiqgsllsifvepiyfssiilgslyhgdhlsramyqrisniedlpplytlnkpllsgisnaearqpgkapnfsvnwtvgdsaievinattgkdelgrasrlckhalycrwmrvhgkvpshllrskitkpnvyhesklaakeyqaakarlftafikaglgawvekpteqdqfsltp(seq id no: 54)

289、根据优选的实施方式,氨基酸残基e403在hadar2中被突变。特别优选的是突变型e403q,一种高活性突变体。进一步优选的突变体包括e403y、e403f、e403w、e403h、e403l、e403m、e403i和e403v,其具有降低的活性并且优选地与在相应于要编辑的核苷酸的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。可以在hadar2中突变的进一步优选的位点包括i371或t405,并且还进一步包括r263、r385、h386、r389、s410、r425、k509、r392或r484。

290、mapobec1-snap (ma1-snap),c-至-u脱氨酶:

291、核酸序列:

292、atgagttccgagacaggccctgtagctgttgatcccactctgaggagaagaattgagccccacgagtttgaagtcttctttgacccccgggagcttcggaaagagacctgtctgctgtatgagatcaactggggtggaaggcacagtgtctggcgacacacgagccaaaacaccagcaaccacgttgaagtcaacttcttagaaaaatttactacagaaagatactttcgtccgaacaccagatgctccattacctggttcctgtcctggagtccctgcggggagtgctccagggccattacagagtttctgagccgacacccctatgtaactctgtttatttacatagcacggctttatcaccacacggatcagcgaaaccgccaaggactcagggaccttattagcagcggtgtgactatccagatcatgacagagcaagagtattgttactgctggaggaatttcgtcaactaccccccttcaaacgaagcatattggccaaggtacccccatctgtgggtgaaactgtatgtactggagctctactgcatcattttaggacttccaccctgtttaaaaattttaagaagaaagcaacctcaactcacgtttttcacaattactcttcaaacctgccattaccaaaggataccaccccatctcctttgggctacagggttgaaaggagcggccgcgactggcgcgccagggggatccatggacaaagactgcgaaatgaagcgcaccaccctggatagccctctgggcaagctggaactgtctgggtgcgaacagggcctgcaccgtatcatcttcctgggcaaaggaacatctgccgccgacgccgtggaagtgcctgccccagccgccgtgctgggcggaccagagccactgatgcaggccaccgcctggctcaacgcctactttcaccagcctgaggccatcgaggagttccctgtgccagccctgcaccacccagtgttccagcaggagagctttacccgccaggtgctgtggaaactgctgaaagtggtgaagttcggagaggtcatcagctacagccacctggccgccctggccggcaatcccgccgccaccgccgccgtgaaaaccgccctgagcggaaatcccgtgcccattctgatcccctgccaccgggtggtgcagggcgacctggacgtggggggctacgagggcgggctcgccgtgaaagagtggctgctggcccacgagggccacagactgggcaagcctgggctgggt (seq id no: 55)

293、氨基酸序列:

294、mssetgpvavdptlrrriephefevffdprelrketcllyeinwggrhsvwrhtsqntsnhvevnflekftteryfrpntrcsitwflswspcgecsraiteflsrhpyvtlfiyiarlyhhtdqrnrqglrdlissgvtiqimteqeycycwrnfvnyppsneaywpryphlwvklyvlelyciilglppclkilrrkqpqltfftitlqtchyqripphllwatglkgaaatgapggsmdkdcemkrttldsplgklelsgceqglhriiflgkgtsaadavevpapaavlggpeplmqatawlnayfhqpeaieefpvpalhhpvfqqesftrqvlwkllkvvkfgevisyshlaalagnpaataavktalsgnpvpilipchrvvqgdldvggyegglavkewllaheghrlgkpglg (seq id no: 56)

295、halo-adar1q:

296、核酸序列:

297、atggcagaaatcggtactggctttccattcgacccccattatgtggaagtcctgggcgagcgcatgcactacgtcgatgttggtccgcgcgatggcacccctgtgctgttcctgcacggtaacccgacctcctcctacgtgtggcgcaacatcatcccgcatgttgcaccgacccatcgctgcattgctccagacctgatcggtatgggcaaatccgacaaaccagacctgggttatttcttcgacgaccacgtccgcttcatggatgccttcatcgaagccctgggtctggaagaggtcgtcctggtcattcacgactggggctccgctctgggtttccactgggccaagcgcaatccagagcgcgtcaaaggtattgcatttatggagttcatccgccctatcccgacctgggacgaatggccagaatttgcccgcgagaccttccaggccttccgcaccaccgacgtcggccgcaagctgatcatcgatcagaacgtttttatcgagggtacgctgccgatgggtgtcgtccgcccgctgactgaagtcgagatggaccattaccgcgagccgttcctgaatcctgttgaccgcgagccactgtggcgcttcccaaacgagctgccaatcgccggtgagccagcgaacatcgtcgcgctggtcgaagaatacatggactggctgcaccagtcccctgtcccgaagctgctgttctggggcaccccaggcgttctgatcccaccggccgaagccgctcgcctggccaaaagcctgcctaactgcaaggctgtggacatcggcccgggtctgaatctgctgcaagaagacaacccggacctgatcggcagcgagatcgcgcgctggctgtcgacgctcgagaagccaacccctgcaggcggaggcgcgccagggtctggcggcggcagtaaggcagaacgcatgggtttcacagaggtaaccccagtgacaggggccagtctcagaagaactatgctcctcctctcaaggtccccagaagcacagccaaagacactccctctcactggcagcaccttccatgaccagatagccatgctgagccaccggtgcttcaacactctgactaacagcttccagccctccttgctcggccgcaagattctggccgccatcattatgaaaaaagactctgaggacatgggtgtcgtcgtcagcttgggaacagggaatcgctgtgtaaaaggagattctctcagcctaaaaggagaaactgtcaatgactgccatgcagaaataatctcccggagaggcttcatcaggtttctctacagtgagttaatgaaatacaactcccagactgcgaaggatagtatatttgaacctgctaagggaggagaaaagctccaaataaaaaagactgtgtcattccatctgtatatcagcactgctccgtgtggagatggcgccctctttgacaagtcctgcagcgaccgtgctatggaaagcacagaatcccgccactaccctgtcttcgagaatcccaaacaaggaaagctccgcaccaaggtggagaacggacaaggcacaatccctgtggaatccagtgacattgtgcctacgtgggatggcattcggctcggggagagactccgtaccatgtcctgtagtgacaaaatcctacgctggaacgtgctgggcctgcaaggggcactgttgacccacttcctgcagcccatttatctcaaatctgtcacattgggttaccttttcagccaagggcatctgacccgtgctatttgctgtcgtgtgacaagagatgggagtgcatttgaggatggactacgacatccctttattgtcaaccaccccaaggttggcagagtcagcatatatgattccaaaaggcaatccgggaagactaaggagacaagcgtcaactggtgtctggctgatggctatgacctggagatcctggacggtaccagaggcactgtggatgggccacggaatgaattgtcccgggtctccaaaaagaacatttttcttctatttaagaagctctgctccttccgttaccgcagggatctactgagactctcctatggtgaggccaagaaagctgcccgtgactacgagacggccaagaactacttcaaaaaaggcctgaaggatatgggctatgggaactggattagcaaaccccaggaggaaaagaacttttatctctgcccagta(seq id no: 57)

298、氨基酸序列:

299、maeigtgfpfdphyvevlgermhyvdvgprdgtpvlflhgnptssyvwrniiphvapthrciapdligmgksdkpdlgyffddhvrfmdafiealgleevvlvihdwgsalgfhwakrnpervkgiafmefirpiptwdewpefaretfqafrttdvgrkliidqnvfiegtlpmgvvrpltevemdhyrepflnpvdreplwrfpnelpiagepanivalveeymdwlhqspvpkllfwgtpgvlippaeaarlakslpnckavdigpglnllqednpdligseiarwlstlekptpagggapgsgggskaermgftevtpvtgaslrrtmlllsrspeaqpktlpltgstfhdqiamlshrcfntltnsfqpsllgrkilaaiimkkdsedmgvvvslgtgnrcvkgdslslkgetvndchaeiisrrgfirflyselmkynsqtakdsifepakggeklqikktvsfhlyistapcgdgalfdkscsdramestesrhypvfenpkqgklrtkvengqgtipvessdivptwdgirlgerlrtmscsdkilrwnvlglqgallthflqpiylksvtlgylfsqghltraiccrvtrdgsafedglrhpfivnhpkvgrvsiydskrqsgktketsvnwcladgydleildgtrgtvdgprnelsrvskknifllfkklcsfryrrdllrlsygeakkaardyetaknyfkkglkdmgygnwiskpqeeknfylcpv(seq id no:58)

300、根据优选的实施方式,野生型氨基酸残基e521突变为q,导致高活性脱氨酶突变体。进一步优选的突变体包括e521y、e521f、e521w、e521h、e521l、e521m和e521v,其具有降低的活性并且优选地与在相应于要编辑的核苷酸的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。

301、clipf-adar1q:

302、核酸序列:

303、atggacaaagactgcgaaatgaagcgcaccaccctggatagccctctgggcaagctggaactgtctgggtgcgaacagggcctgcaccgtatcatcttcctgggcaaaggaacatctgccgccgacgccgtggaagtgcctgccccagccgccgtgctgggcggaccagagccactgatccaggccaccgcctggctcaacgcctactttcaccagcctgaggccatcgaggagttccctgtgccagccctgcaccacccagtgttccagcaggagagctttacccgccaggtgctgtggaaactgctgaaagtggtgaagttcggagaggtcatcagcgagagccacctggccgccctggtgggcaatcccgccgccaccgccgccgtgaacaccgccctggacggaaatcccgtgcccattctgatcccctgccaccgggtggtgcagggcgacagcgacgtggggccctacctgggcgggctcgccgtgaaagagtggctgctggcccacgagggccacagactgggcaagcctgggctgggtcctgcaggcggaggcgcgccagggtctggcggcggcagtaaggcagaacgcatgggtttcacagaggtaaccccagtgacaggggccagtctcagaagaactatgctcctcctctcaaggtccccagaagcacagccaaagacactccctctcactggcagcaccttccatgaccagatagccatgctgagccaccggtgcttcaacactctgactaacagcttccagccctccttgctcggccgcaagattctggccgccatcattatgaaaaaagactctgaggacatgggtgtcgtcgtcagcttgggaacagggaatcgctgtgtaaaaggagattctctcagcctaaaaggagaaactgtcaatgactgccatgcagaaataatctcccggagaggcttcatcaggtttctctacagtgagttaatgaaatacaactcccagactgcgaaggatagtatatttgaacctgctaagggaggagaaaagctccaaataaaaaagactgtgtcattccatctgtatatcagcactgctccgtgtggagatggcgccctctttgacaagtcctgcagcgaccgtgctatggaaagcacagaatcccgccactaccctgtcttcgagaatcccaaacaaggaaagctccgcaccaaggtggagaacggacaaggcacaatccctgtggaatccagtgacattgtgcctacgtgggatggcattcggctcggggagagactccgtaccatgtcctgtagtgacaaaatcctacgctggaacgtgctgggcctgcaaggggcactgttgacccacttcctgcagcccatttatctcaaatctgtcacattgggttaccttttcagccaagggcatctgacccgtgctatttgctgtcgtgtgacaagagatgggagtgcatttgaggatggactacgacatccctttattgtcaaccaccccaaggttggcagagtcagcatatatgattccaaaaggcaatccgggaagactaaggagacaagcgtcaactggtgtctggctgatggctatgacctggagatcctggacggtaccagaggcactgtggatgggccacggaatgaattgtcccgggtctccaaaaagaacatttttcttctatttaagaagctctgctccttccgttaccgcagggatctactgagactctcctatggtgaggccaagaaagctgcccgtgactacgagacggccaagaactacttcaaaaaaggcctgaaggatatgggctatgggaactggattagcaaaccccaggaggaaaagaacttttatctctgcccagta(seq id no: 59)

304、氨基酸序列:

305、mdkdcemkrttldsplgklelsgceqglhriiflgkgtsaadavevpapaavlggpepliqatawlnayfhqpeaieefpvpalhhpvfqqesftrqvlwkllkvvkfgeviseshlaalvgnpaataavntaldgnpvpilipchrvvqgdsdvgpylgglavkewllaheghrlgkpglgpagggapgsgggskaermgftevtpvtgaslrrtmlllsrspeaqpktlpltgstfhdqiamlshrcfntltnsfqpsllgrkilaaiimkkdsedmgvvvslgtgnrcvkgdslslkgetvndchaeiisrrgfirflyselmkynsqtakdsifepakggeklqikktvsfhlyistapcgdgalfdkscsdramestesrhypvfenpkqgklrtkvengqgtipvessdivptwdgirlgerlrtmscsdkilrwnvlglqgallthflqpiylksvtlgylfsqghltraiccrvtrdgsafedglrhpfivnhpkvgrvsiydskrqsgktketsvnwcladgydleildgtrgtvdgprnelsrvskknifllfkklcsfryrrdllrlsygeakkaardyetaknyfkkglkdmgygnwiskpqeeknfylcpv (seq id no: 60)

306、根据优选的实施方式,野生型氨基酸残基e406在clipf-adar1中突变为q,导致高活性脱氨酶突变体。进一步优选的突变体包括e406y、e406f、e406w、e406h、e406l、e406m和e406v,其具有降低的活性并且优选地与在相应于要编辑的核苷酸的位置的靶向序列中具有无碱基位点的人工核酸结合使用。

307、根据优选的实施方式,本文所述的包含具有核酸募集基序(参见本文的相应部分)的募集部分的人工核酸优选地在内源性脱氨酶的存在下用于定点编辑rna,优选地选自hadar1p110、hadar1p150、hadar2和apobec1,优选由上文定义的序列限定,或这些脱氨酶中的任一种的片段或变体。

308、根据可选的实施方式,本文所述的包含具有偶联剂(参见本文的相应部分)的募集部分的人工核酸优选地在标记的脱氨酶的存在下用于定点编辑rna,优选地选自snapf-adar1、snapf-adar2、mapobec-snap、halo-adar和clipf-adar,优选由上文定义的序列,或这些脱氨酶中的任一种的片段或变体。

309、包含人工核酸的载体

310、一方面,本发明提供了包含本文所述的人工核酸的载体。

311、本文所用的术语“载体”通常指代核酸分子,优选人工核酸分子。本发明的上下文中的载体适合于掺入或包含期望的核酸序列,如人工核酸的核酸序列或其片段。这种载体可以是存储载体、表达载体、克隆载体、转移载体等。克隆载体可以是例如质粒载体或噬菌体载体。转移载体可以是适于将核酸分子转移至细胞或有机体中的载体,例如病毒载体。优选地,本技术的意义中的载体包括克隆位点、选择标志物,如抗生素抗性因子,和适合于载体复制的序列,如复制起点。

312、载体可以是rna载体或dna载体。优选地,载体是dna载体。载体可以是技术人员已知的任何载体,如病毒载体或质粒载体。优选地,载体是质粒载体,优选为dna质粒载体。在某些实施方式中,载体是病毒载体,其优选地选自慢病毒载体、逆转录病毒载体、腺病毒载体、腺病毒相关病毒(aav)载体和杂化载体。

313、优选地,根据本发明的载体适合于产生根据本发明的人工核酸分子,优选rna。因此,优选地,载体包含转录所需的元件,如启动子,例如rna聚合酶启动子。优选地,载体适合于使用真核、原核、病毒或噬菌体转录系统,如真核细胞、原核细胞或真核、原核、病毒或噬菌体体外转录系统进行转录。因此,例如,载体可以包含启动子序列,其被聚合酶,如rna聚合酶,例如真核、原核、病毒或噬菌体rna聚合酶识别。在优选的实施方式中,载体包含噬菌体rna聚合酶启动子,如sp6、t3或t7,优选t7启动子。优选地,载体适合于使用基于噬菌体的体外转录系统,如基于t7 rna聚合酶的体外转录系统进行体外转录。

314、在一些实施方式中,载体被设计用于在转染到真核细胞中时,优选在转染到哺乳动物细胞中时,或者在给予优选本文所述的对象时转录人工核酸。在优选的实施方式中,将载体设计用于通过真核rna聚合酶,优选rna聚合酶ii或iii,更优选rna聚合酶iii转录人工核酸。在某些实施方式中,载体可以包含u6 snrna启动子或h1启动子,以及任选地选择标志物,例如报道基因(如gfp)或抗性基因(如嘌呤霉素或潮霉素抗性基因)。

315、包含人工核酸或载体的细胞

316、根据本发明的一个方面,提供了包含本文所述的人工核酸或载体的细胞。细胞可以是任何细胞,如细菌细胞或真核细胞,优选为昆虫细胞、植物细胞、脊椎动物细胞,如哺乳动物细胞(例如人细胞或鼠细胞)。细胞可以例如用于例如在细菌细胞中复制本发明的载体。此外,细胞,优选真核细胞可以用于合成根据本发明的人工核酸分子。

317、根据本发明的细胞例如可以通过标准核酸转移方法,如标准转染、转导或转化方法获得。本文所用的术语“转染”通常指代将核酸分子,如dna或rna(例如mrna)分子引入细胞,优选地引入真核细胞。在本发明的上下文中,术语“转染”涵盖技术人员已知的用于将核酸引入细胞,优选引入真核细胞(例如哺乳动物细胞)的任何方法。这种方法包括例如,电穿孔、例如基于阳离子脂质和/或脂质体的脂转染、碳酸钙沉淀、基于纳米颗粒的转染、基于病毒的转染或基于阳离子聚合物(如deae-葡聚糖或聚乙烯亚胺)的转染等。在本文中,本文所述的人工核酸或载体可以以瞬时方式引入细胞中,或者以在细胞中(例如稳定的细胞系中)稳定地维持人工核酸或载体。

318、优选地,细胞是哺乳动物细胞,如人对象、家畜、实验动物的细胞,如小鼠或大鼠细胞。优选地,细胞是人细胞。细胞可以是已建立的细胞系,如cho、bhk、293t、cos-7、hela、hek、jurkat细胞系等的细胞,或者细胞可以是原代细胞,如人皮肤成纤维(hdf)细胞等,优选从有机体分离的细胞。在优选的实施方式中,细胞是哺乳动物对象,优选人对象的分离的细胞。

319、包含人工核酸的组合物

320、在进一步的方面,本发明涉及组合物,其包含本文所述的人工核酸、载体或细胞,以及任选地另外的赋形剂,优选药学上可接受的赋形剂。本文所述的组合物优选是药物组合物。本文所述的组合物可以用于对象的治疗或预防,如基因疗法方法。可选地,组合物还可以用于诊断目的或实验室用途,例如体外实验。

321、优选地,组合物进一步包含一种或多种优选地药学上可接受的媒介、稀释剂和/或赋形剂。在本发明的上下文中,药学上可接受的媒介通常包括本文所述的组合物的液体或非液体基础。在一个实施方式中,以液体形式提供组合物。在本上下文中,优选地,媒介是基于水的,如无热原水、等渗盐水或缓冲(水性)溶液,例如磷酸盐、柠檬酸盐等缓冲溶液。相对于特定参考介质,缓冲液可以是高渗、等渗或低渗的,即相对于特定参考介质,缓冲液可以具有较高、相同或较低的盐含量,其中优选地可以使用上述盐的这种浓度,其不由于渗透或其它浓缩作用而导致哺乳动物细胞受损。参考介质是例如,体内方法产生的液体,如血液、淋巴液、细胞溶质液体,或其它体液,或例如可以用作体外方法中的参考介质的液体,如常用的缓冲液或液体。这种常用的缓冲液或液体是技术人员已知的。林格氏-乳酸溶液特别优选作为液体基础。

322、适用于给予对象的一种或多种相容性固体或液体填充剂或稀释剂或包封化合物也可以用于本发明的药物组合物。本文所用的术语“相容性”优选地意为(药物)组合物的这些组分能够与本文所定义的人工核酸、载体或细胞以不发生相互作用的方式混合,该相互作用将基本上降低在典型使用条件下的组合物的药效。

323、根据本发明的组合物可以任选地进一步包含一种或多种另外的药物活性组分。在本上下文中,药物活性组分是表现治愈、改善或预防特定适应症或疾病的治疗效果的化合物。这种化合物包括但不限于肽或蛋白质、核酸、(治疗活性)低分子量有机或无机化合物(分子量小于5000,优选小于1000)、糖、抗原或抗体或本领域已知的其它治疗剂。

324、此外,组合物可以包含用于人工核酸或载体的运载体(carrier)。这种运载体可以适合于介导在生理上可接受的液体中的溶解、药物活性人工核酸分子或载体的转运或细胞摄取。因此,这种运载体可以是适合于储存和递送本文所述的人工核酸分子或载体的组分。这种组分可以是例如可以用作转染或络合剂的阳离子或聚阳离子运载体或化合物。在本文中,特别优选的转染或络合剂是阳离子或聚阳离子化合物。

325、术语“阳离子化合物”通常指代带电荷的分子,其在通常为1至9的ph值下,优选在9或以下的ph值(例如5至9)下,或8以下(例如5至8)或7以下(例如5至7),最优选地在生理ph(例如7.3至7.4)下带正电荷(阳离子)。因此,阳离子化合物可以是任何带正电荷的化合物或聚合物,优选地选自阳离子肽或蛋白质或阳离子脂质,其在生理条件下,特别是在体内生理条件下带正电荷。“阳离子肽或蛋白质”可以含有至少一个带正电荷的氨基酸,或多于一种带正电荷的氨基酸,例如选自arg、his、lys或orn。因此,“聚阳离子化合物”也在给定条件下表现多于一个正电荷的范围内。

326、本文所述的组合物优选地包含裸露形式或复合形式的人工核酸或载体。在优选的实施方式中,组合物包含纳米颗粒,优选脂质纳米颗粒或脂质体形式的人工核酸或载体。

327、试剂盒

328、根据进一步的方面,本发明涉及试剂盒或多部分试剂盒(kit of parts),其包含根据本发明的人工核酸分子、载体、细胞和/或(药物)组合物。

329、优选地,试剂盒另外包含使用说明书、用于转染的细胞、用于给予组合物的手段、用于溶解或稀释人工核酸分子、载体、细胞或组合物的(药学上可接受的)运载体或媒介和/或(药学上可接受的)溶液。在优选的实施方式中,试剂盒包含液体或固体(例如冻干)形式的本文所述的人工核酸或载体,以及用于给药的(药学上可接受的)媒介。例如,试剂盒可以包含在给予对象之前混合的人工核酸或载体和媒介(例如水、pbs、林格氏-乳酸或另外合适的缓冲液)。

330、人工核酸、载体、组合物或细胞的应用

331、在进一步的方面,本发明涉及本文所述的人工核酸、载体、组合物或细胞的应用。

332、具体地,本发明包含用于定点编辑目标rna的人工核酸、载体、组合物或细胞的应用。其中,本文所述的人工核酸、载体、组合物或细胞优选用于促进目标rna的位点特异性编辑,优选地通过经由靶向序列特异性结合目标rna和通过将本文所述的脱氨酶募集至目标位点。反应可以在体外或体内发生。

333、在优选的实施方式中,将人工核酸、载体或组合物给予或引入包含要编辑的目标rna的细胞中。所述包含目标rna的细胞优选地进一步包含优选本文所述的脱氨酶。所述脱氨酶优选为内源性脱氨酶,更优选为腺苷或胞苷脱氨酶,或重组脱氨酶(如标记的脱氨酶或突变型脱氨酶,优选如本文所述),其优选在人工核酸、载体或组合物之前或同时在所述细胞中稳定表达或引入所述细胞中。可选地,包含本文所述的人工核酸或载体的细胞通过与细胞和目标rna接触或通过将目标rna引入细胞中(例如通过转染,优选如本文所述)而用于定点编辑目标rna。

334、在进一步优选的实施方式中,本发明提供了定点编辑目标rna的方法,包括使目标rna与人工核酸接触,并且基本上包括本文所述的关于定点编辑rna的人工核酸、载体、组合物或细胞的应用的步骤。

335、编辑反应优选地通过目标rna的序列分析来监测或控制。

336、本文所述的应用和方法可以进一步用于疾病或障碍的体外诊断。其中,疾病或障碍优选地选自传染性疾病、肿瘤疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病、过敏症和神经系统疾病或障碍。

337、人工核酸、载体、组合物或细胞的医学应用

338、在进一步的方面,提供了本文所述的人工核酸、载体、组合物、细胞或试剂盒以用作药物,例如基因治疗。优选地,提供了本文所述的人工核酸、载体、组合物、细胞或试剂盒以用于治疗或预防选自传染性疾病、肿瘤疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病、过敏症和神经系统疾病或障碍的疾病或障碍。根据优选的实施方式,提供了本文所述的人工核酸、载体、组合物、细胞或试剂盒以用作药物或用于治疗或预防优选如本文所述的疾病或障碍,其中用作药物或治疗或预防包括定点编辑目标rna的步骤。

339、一方面,本发明进一步提供了用于治疗患有疾病或障碍的对象的方法,该方法包括将有效量的本文所述的人工核酸、载体、组合物或细胞给予对象,其中疾病或障碍优选地选自传染性疾病、肿瘤疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病、过敏症和神经系统疾病或障碍。

340、本文所述的人工核酸、载体、细胞或(药物)组合物可以口服、肠胃外、通过吸入喷雾、局部、直肠、经鼻、经颊、阴道、通过植入的储液器或通过喷射注射给予。本文所用的术语肠胃外包括皮下、静脉内、肌内、关节内、滑膜内、胸骨内、鞘内、肝内、病变内(intralesional)、颅内、经皮、皮内、肺内、腹膜内、心内、动脉内和舌下注射或输注技术。在优选的实施方式中,本文所述的人工核酸分子、载体、细胞或(药物)组合物通过无针注射(例如喷射注射)给予。

341、优选地,本文所述的人工核酸、载体、细胞或(药物)组合物是肠胃外给予的,例如通过肠胃外注射,更优选地通过皮下、静脉内、肌内、关节内、滑膜内、胸骨内、鞘内、肝内、病变内、颅内、经皮、皮内、肺内、腹膜内、心内、动脉内、舌下注射或通过输注技术。特别优选的是皮内和肌内注射。本发明的药物组合物的无菌注射形式可以是水性或油性悬浮液。这些悬浮液可以根据本领域已知的技术,使用合适的分散剂或润湿剂和悬浮剂来配制。

342、本文所述的人工核酸、载体、细胞或(药物)组合物也可以以任何口服可接受的剂型(包括但不限于胶囊、片剂、水性悬浮液或溶液)口服给予。

343、本文所述的人工核酸、载体、细胞或(药物)组合物也可以局部给予,特别是当治疗的目标包括局部应用容易达到的区域或器官(例如包括皮肤或任何其它可及的上皮组织疾病)时。针对这些区域或器官中的每一个容易地制备合适的局部制剂。对于局部应用,可以将本文所述的人工核酸、载体、细胞或(药物)组合物配制成悬浮或溶解在一种或多种运载体中的合适的软膏剂。

344、在一个实施方式中,用作药物包括转染哺乳动物细胞的步骤,优选地体外或离体转染哺乳动物细胞,更优选地体外转染由药物治疗的对象的分离细胞。如果应用包括体外转染分离的细胞,则用作药物可以进一步包括将转染的细胞重新给予患者。人工核酸或载体作为药物的应用可以进一步包括选择成功转染的分离细胞的步骤。因此,如果载体进一步包含选择标志物,则可能是有益的。

345、根据本发明的另一方面,提供了本文所述的人工核酸、载体、细胞或(药物)组合物以用于诊断疾病或障碍,其优选地选自传染性疾病、肿瘤疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病、过敏症和神经系统疾病或障碍。