抗F-肌动蛋白抗体的制作方法
本发明涉及与肌动蛋白特异性结合的抗体,例如相对于g-肌动蛋白对f-肌动蛋白展现出优先结合。本发明提供了抗肌动蛋白抗体、其医疗用途和产生抗f-肌动蛋白抗体的方法。
背景技术:
1、丝状肌动蛋白(f-肌动蛋白)是单体球状肌动蛋白(g-肌动蛋白)的聚合物。肌动蛋白的每个单体是375个氨基酸的多肽,所述多肽折叠成由深裂隙分开的两个主要α/β结构域并且由亚结构域1-4组成。f-肌动蛋白组装成两条原丝,所述原丝相互缠绕以形成右旋的双链长螺旋,其中大约13个分子以35.9 nm的轴向距离每6圈重复一次(dominguez和holmes,2011,将其通过引用以其整体特此并入)。
2、f-肌动蛋白是atp酶,并且正是这种核苷酸水解调节f-肌动蛋白与g-肌动蛋白之间的转变,产生高度动态的肌动蛋白丝,所述肌动蛋白丝使得细胞能够改变形状。
3、与肌动蛋白结合的抗体是已知的。然而,此类抗体典型地不能区分肌动蛋白的单体形式g-肌动蛋白与丝状f-肌动蛋白,和/或不能以足够的亲和力或亲合力结合以触发本文所述的免疫学上有用的结局,如吞噬作用。例如,abcam抗体ab205(https://www.abcam.com/products/primary-antibodies/f-actin-antibody-nh3-ab205.html)与g-肌动蛋白以及f-肌动蛋白结合。novus biologicals抗体nbp2-61610(https://www.novusbio.com/products/f-actin-antibody-nh3_nbp2-61610)也与f-肌动蛋白和g-肌动蛋白两者结合。sigma aldrich抗体ac-74(a2228)是β-肌动蛋白特异性的。abcam抗体ac-40(ab11003)是泛肌动蛋白结合性的。wo 2022/163809(将其通过引用以其整体并入本文)披露了与细胞死亡后暴露的细胞组分(如f-肌动蛋白)结合的抗原结合分子。然而,没有披露wo 2022/163809中所设想的抗体对f-肌动蛋白和g-肌动蛋白的相对结合特异性,也没有提出实现对f-肌动蛋白的高特异性的方法。以下抗肌动蛋白抗体已经通过蛋白质印迹显示与g-肌动蛋白结合:cell signaling technology抗体#4967(β-肌动蛋白特异性的);stjohn’s laboratory抗体stj91461(泛肌动蛋白结合性的);abcam抗体epr16769 ab179467(泛肌动蛋白结合性的)。甚至作为抗f-肌动蛋白抗体上市的抗体也已经显示与g-肌动蛋白结合,如nh3抗体(dransfield, 1988)、abcam抗体4e3.adl(ab130935)和抗体abin731498(https://www.antibodies-online.com/antibody/731498/anti-f-actin+aa+1-50+antibody/)。
4、yao等人, 2023(通过引用以其整体并入本文)披露了存在于人胰腺导管腺癌中的浆细胞,据称其分泌与自身抗原(如f-肌动蛋白)结合的抗体。然而,据称yao等人披露的f-肌动蛋白结合抗体不以非常高的亲和力或亲合力结合,显示对f-肌动蛋白的ec50为9.1 nm。
5、开发对f-肌动蛋白具有特异性的抗体将非常有实用性,因为f-肌动蛋白和g-肌动蛋白具有非常不同的细胞功能。g-肌动蛋白维持在提供产生f-肌动蛋白丝的必要结构单元的细胞溶质池中(dominguez和homes, 2011,将其通过引用以其整体并入本文)。相比之下,f-肌动蛋白是被死细胞的受体dngr-1识别的损伤相关分子模式(damp)(wo 2013/088136;hanĉ等人, 2015;ahrens, 2012;zhang, 2012;sancho, 2009,将其中的每一个通过引用以其整体并入)。dngr-1(也称为clec9a)在1型常规树突细胞(cdc1)上以高水平表达。dngr-1在经由其c型凝集素结构域(ctld)与f-肌动蛋白结合后触发syk信号传导,这导致含配体的吞噬体破裂,抗原性物质释放到cdc1胞质溶胶中,并且进入内源性mhc i类呈递途径中(sancho, 2009;canton, 2021;和wo 2009/013484a1,将其中的每一个通过引用以其整体并入本文),一种称为交叉呈递(xp)的过程。作为细胞骨架的一部分,f-肌动蛋白在细胞膜受损时(如在坏死期间)暴露。因此,f-肌动蛋白是坏死性细胞死亡的标记物。坏死细胞碎片是肿瘤内用于xp的抗原的来源,并且被cdc1高效内化(galluzzi, 2017,将其通过引用以其整体并入本文)。
6、本发明是鉴于以上考虑而设计的。
技术实现思路
1、本发明提供了获得以高亲和力、亲合力和/或特异性与f-肌动蛋白结合的抗体的方法。因此,本发明提供了一类展现出此类特性的抗体。诸位发明人发现,通过f-肌动蛋白结合活性对抗体群体成员进行阳性选择,用g-肌动蛋白对它们进行阴性选择,并且另外使用dngr-1作为抗体洗脱剂和/或胰蛋白酶(如本文所述)可以产生此类别的抗体。在认识到肌动蛋白结合抗体可能在治疗癌症(如实体瘤)中具有实用性,并且因为可商购获得的抗肌动蛋白抗体缺乏本文讨论的治疗上期望的特性后,诸位发明人被激励尝试获得具有这些特性的抗体。
2、尽管一些先前已知的抗体声称对f-肌动蛋白具有选择性,但诸位发明人已经发现它们以类似的程度与g-肌动蛋白结合(即,这些已知抗体不与f-肌动蛋白特异性结合)。相比之下,相对于g-肌动蛋白,本文公开的抗体明确地展现出对f-肌动蛋白的特异性,如以下实施例所示。这种特异性意味着抗体可以通过与f-肌动蛋白结合来特异性靶向坏死细胞和受损细胞。如上文所述,f-肌动蛋白是细胞骨架的一部分,而g-肌动蛋白不是。不希望受理论束缚,诸位发明人假设当细胞膜受损或被破坏时(例如在坏死期间),g-肌动蛋白将分散,而f-肌动蛋白将保持在很大程度上与坏死细胞碎片缠结。当本发明的抗体与暴露的f-肌动蛋白分子结合时,其fc结构域将与抗原呈递细胞(apc)表面上的fc受体(fcr)结合。优选地,抗体具有优先与激活性fcr结合的fc结构域。结合这些fcr促进吞噬作用和新抗原的抗原呈递(包括交叉呈递(xp))。
3、相比之下,现有技术的抗体以不足的亲和力/亲合力结合f-肌动蛋白,和/或也结合g-肌动蛋白,g-肌动蛋白不是damp,并且因此将促进脱靶效应并且从坏死灶移除抗体。
4、因此,对于某些应用,抗体应当包含fc结构域。
5、本发明的抗体也可用作实验工具。例如,抗体可以用于成像应用。抗体也可以用作捕获抗体。对于这些应用,抗体可能不需要fc结构域。
6、最广泛地,本发明提供了展现出一种或多种本文所述的特征的肌动蛋白结合抗体。
7、例如,在第一方面,本发明提供了一种抗体或其抗原结合片段,所述抗体或其抗原结合片段与丝状肌动蛋白(f-肌动蛋白)特异性结合。优选地,与球状肌动蛋白(g-肌动蛋白)相比,抗体对f-肌动蛋白的亲和力更高。优选地,抗体或其抗原结合片段对f-肌动蛋白的ec50值为约5 nm或更小。优选地,抗体或其抗原结合片段对f-肌动蛋白的亲和力是对g-肌动蛋白的亲和力的至少5倍。更优选地,抗体或其抗原结合片段对f-肌动蛋白的亲和力是对g-肌动蛋白的亲和力的至少10倍。
8、在另一方面,本发明提供了一种人或人源化抗体或其抗原结合片段,所述人或人源化抗体或其抗原结合片段与丝状肌动蛋白(f-肌动蛋白)特异性结合。优选地,抗体是单克隆抗体。
9、在另一方面,本发明提供了一种抗体或其抗原结合片段,所述抗体或其抗原结合片段与丝状肌动蛋白(f-肌动蛋白)特异性结合并且是人igg1同种型的。优选地,抗体与激活性fcγ受体结合。
10、在另一方面,本发明提供了一种抗体或其抗原结合片段,所述抗体或其抗原结合片段与丝状肌动蛋白(f-肌动蛋白)特异性结合并且可以促进死细胞相关抗原向cd8+ t细胞的交叉呈递(xp)。
11、以上方面的所有单独特征都是可组合的,并且明确地涵盖在本文所述的本发明中。下文所述的实施方案也可与任何以上方面组合。
12、可以通过以下方法来评估抗体对f-肌动蛋白和g-肌动蛋白的亲和力。将免疫板(maxisorp 96孔,thermo fisher scientific)在4°c下用在pbs中的5 µg/mlneutravidintm(thermo fisher scientific)包被过夜,洗涤,在室温下用在pbs中的2.5%bsa封闭2 h,并且在添加生物素化的f-肌动蛋白或g-肌动蛋白(2 nm)后在4ºc下储存过夜。使用识别f-肌动蛋白和g-肌动蛋白两者的商业化肌动蛋白特异性mab(ac-40,sigma)来验证生物素化的f-肌动蛋白和g-肌动蛋白的捕获。为了防止在测定期间f-肌动蛋白的解聚或g-肌动蛋白的聚合,在肌动蛋白原液的制备期间,通过分别添加鬼笔环肽或松胞菌素d来稳定f-肌动蛋白和g-肌动蛋白。在洗涤以去除未结合的肌动蛋白后,将从300 nm开始的mab或对照试剂(dngr-1-fc融合物)的三倍连续稀释液添加到elisa板中持续1 h。使用辣根过氧化物酶(hrp)缀合的小鼠特异性抗igg(jackson immunoresearch)抗体(0.16 µg/ml)来检测肌动蛋白结合的mab或对照试剂,并且用针对基于hrp的检测的elisa底物(tmb,ebioscience)进行显色。通过添加硫酸(h2so4,fisher)来停止底物显色。使用graphpadprism7来绘制滴定曲线,并且通过应用log(激动剂)对响应-可变斜率(四参数)的非线性回归(曲线拟合)来计算每种mab的ec50值。
13、优选地,抗体可以促进死细胞相关抗原向cd8+ t细胞的交叉呈递(xp)。在一些实施方案中,xp是由cdc1介导的。在其他实施方案中,xp是由表达fcr的非cdc1细胞(例如,cdc2或巨噬细胞)介导的。
14、可以通过以下方法来评估交叉呈递。辐照肿瘤细胞以诱导坏死。在辐照后16小时,将坏死肿瘤细胞在37ºc下在rpmi 1640培养基中的10 mg/ml白蛋白(ova,sigma aldrich)中浸泡1小时,然后洗涤。然后在存在候选抗体(或对照剂)的情况下将ova坏死细胞与apc(5x 104个cdc1或1 x 105个非cdc1)以2 : 1的比率在96孔板的u底孔中一起孵育4 h。可以将fc-dngr-1构建体用作阳性对照,并且可以将非结合fc-dngr-1变体(如“2wa”突变体)用作阴性对照。然后,将预激活的ot-i cd8+ t细胞(其可以通过将来自ot-i小鼠的脾单细胞悬浮液在补充有0.1 nm siinfekl肽和/或100 u/ml重组小鼠il-2的r10+培养基中培养4-5天而产生)添加到apc共培养物中持续24小时。最后,在与预激活的ot-i cd8+ t细胞共培养24小时后,使用elisa来测量t细胞来源的ifnγ的浓度。使用在约100 pm至10 nm之间的五个均匀分布的抗体浓度,例如以200 pm、400 pm、800 pm、1.6 nm和3.2 nm(并且用相同的五个浓度的对照)来重复此测定。结果可以表示为t细胞来源的ifnγ的浓度(pg/ml)与抗体的浓度的关系(例如参见,图3)。
15、对抗体介导xp的能力进行分类的一种方法是从上文所述的3种非结合fc-dngr-1变体(如2wa突变体)的交叉呈递测定中获取平均曲线下面积(auc),并且将此值定义为0%基线(阴性对照)。将来自3个wt fc-dngr-1构建体的交叉呈递测定的平均auc定义为100%(阳性对照)。将来自候选抗体的交叉呈递测定的auc相对于基线进行校正,并且转换为%。如果此%为5%、10%、12%或15%或更高,则认为抗体具有介导xp的能力。
16、可替代地,如果来自上文所述的交叉呈递测定的ifnγ信号比阴性对照(例如,2wa或无关抗体)高至少3个标准差,则认为抗体具有介导xp的能力。在这些实施方案中,ifnγ信号可以比阴性对照高至少4、至少5或至少6个标准差。
17、优选地,相对于活细胞,抗体或其抗原结合片段展现出与坏死细胞结合的特异性,如通过facs或流式细胞术所测量。在一些实施方案中,相对于活细胞,抗体或其抗原结合片段对于结合坏死细胞具有至少3倍的特异性。在一些实施方案中,相对于活细胞,抗体或其抗原结合片段对于结合坏死细胞具有至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍或至少10倍的特异性。抗体或其抗原结合片段可以具有至少10%的坏死细胞结合。抗体或其抗原结合片段可以具有至少20%、至少30%或至少40%的坏死细胞结合。在一些实施方案中,坏死细胞结合不受g-肌动蛋白的存在的抑制。
18、可以通过以下方法来评估坏死细胞结合。将坏死肿瘤细胞(例如,经辐照的小鼠brafv600e突变型5555黑色素瘤细胞或人hek293t细胞)在r0培养基(缺乏10% fcs)中培养过夜,然后在dpbs中与抗体(或对照剂)一起孵育。可以将fc-dngr-1构建体用作阳性对照,并且可以将非结合fc-dngr-1变体(如“2wa”突变体)用作阴性对照。为了评估与f-肌动蛋白结合是否受g-肌动蛋白的存在的抑制,同时添加可溶性松胞菌素d稳定的人血小板g-肌动蛋白(cytoskeleton)。将样品洗涤,并且与af488缀合的抗小鼠igg2a二抗(thermo fisherscientific,1 : 400)在4ºc下一起孵育30 min。将样品再次洗涤,并且重悬于dpbs中,然后在lsrfortessa或facsymphony(bd biosciences)上进行采集。
19、优选地,抗体可以促进对坏死细胞的吞噬作用。在一些实施方案中,吞噬作用是由cdc1介导的。在其他实施方案中,吞噬作用是由表达fcr的非cdc1细胞(例如,cdc2或巨噬细胞)介导的。吞噬作用可以是由单核细胞来源的树突细胞(modc)(例如,人modc)或由单核细胞来源的巨噬细胞(momac)(例如,人momac)介导的。
20、可以通过以下方法来评估坏死细胞吞噬作用。将肿瘤细胞用cell tracker-deepred(ct-dr)染料(thermo fisher scientific;1 : 1000稀释)在37ºc下标记1小时,然后进行辐照。然后在存在抗体(或对照剂)的情况下将ct-dr标记的坏死细胞以2 : 1的比率添加到cdc中持续4小时。可以将fc-dngr-1构建体用作阳性对照,并且可以将非结合fc-dngr-1变体(如“2wa”突变体)用作阴性对照。在4小时后,通过用以下的组合进行表面染色来制备样品以用于流式细胞术:xcr1(biolegend,zet)、cd172a(biolegend,p84)、i-a/i-e(biolegend,m5/114.15.2)、b220(bd biosciences,ra3-6b2)和cd11c(biolegend,n418)。使用dapi或live/dead可固定蓝色死细胞染料(thermo fisher scientific)来排除非内化的坏死细胞材料。在lsrfortessa或facsymphony(bd biosciences)上对样品进行采集。使用公式(% ct-dr+ x ct-dr+的ct-dr gmfi)/10,000来计算吞噬指数(其整合了被吞噬材料的频率和绝对量)。优选地,使用在约30 pm至约30 nm之间的至少五个均匀分布的抗体浓度来重复此测定。在此浓度范围内,相比于阴性对照达到的吞噬指数,吞噬指数升高表明抗体可以促进对坏死细胞的吞噬作用。
21、优选地,抗体是人或人源化抗体。优选地,抗体包含激活性fc结构域(其优先结合激活性fcr),例如其中抗体是人igg1同种型的。
22、在一些实施方案中,抗体与人dngr-1竞争结合f-肌动蛋白。在其他实施方案中,抗体不与人dngr-1竞争结合f-肌动蛋白。优选地,抗体结合与人dngr-1所结合的表位相同的表位,或者抗体所结合的表位与人dngr-1所结合的表位重叠。在其他实施方案中,抗体不结合与人dngr-1所结合的表位相同的表位。
23、在一些实施方案中,抗体不与以下抗体竞争结合f-肌动蛋白:ab11003(abcam)、ab205(abcam)、ab130935(abcam)、a2228或a5316(又名“sigma-aldrich”)、nbp2-61610(novus biologicals)、ma1-80729(thermofisher)和/或bs-1571r(thermofisher)。优选地,抗体与f-肌动蛋白的结合不受g-肌动蛋白的存在的抑制。
24、在一些实施方案中,本发明的抗体或抗原结合片段可以被定义为与人dngr-1所结合的不连续构象表位特异性结合。此表位包含存在于f-肌动蛋白的至少2个亚基上的氨基酸残基,其中不连续构象表位包含选自以下的三个或更多个残基:第一丝上的f-肌动蛋白的第一亚基的r196和/或e237以及与第一亚基所在的丝不同的f-肌动蛋白丝上的f-肌动蛋白的第二亚基的a114、e117、q121、a365、g366和p367。在一些实施方案中,构象表位由选自以下的三个或更多个残基组成:f-肌动蛋白的第一亚基的r196和/或e237以及f-肌动蛋白的第二亚基的a114、e117、q121、a365、g366和p367。在一些实施方案中,构象表位进一步包含f-肌动蛋白的第三亚基的残基d80,所述第三亚基是与第一亚基所在的丝相同的丝的一部分并且与第一亚基相邻。
25、在一个实施方案中,抗体是单克隆抗体。在另一个实施方案中,抗体是多克隆抗体。涵盖通过本发明的方法产生的单克隆抗体和多克隆抗体。
26、抗体或其抗原结合片段可以全部或部分由其氨基酸序列定义。例如,抗体或抗原结合片段可以包含以下重链cdr和轻链cdr:
27、重链:
28、cdr1包含ggtfrsy或含有相对于ggtfrsy的一个或两个氨基酸取代的其变体;
29、cdr2包含npifdt或含有相对于npifdt的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
30、cdr3包含tvigafds或含有相对于tvigafds的一个或两个氨基酸取代的其变体;
31、轻链:
32、cdr1包含trtsgdiggynfvs或含有相对于trtsgdiggynfvs的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体;
33、cdr2包含dvnsrps或含有相对于dvnsrps的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
34、cdr3包含ssytsrntv或含有相对于ssytsrntv的一个或两个氨基酸取代的其变体,
35、其中cdr是使用chothia编号标识的。
36、优选地,一个或多个取代是保守取代,即氨基酸类别内的取代和/或在blosum62矩阵中获得正分的取代。
37、在一些实施方案中,cdrh1的位置2处的g被f或y取代;cdrh1的位置3处的t被i或a取代;cdrh1的位置5处的r被s或t取代;cdrh1的位置6处的s被a或n取代;和/或cdrh1的位置7处的y被s取代。
38、在一些实施方案中,cdrh2的位置1处的n被i取代;cdrh2的位置2处的p被s取代;cdrh2的位置3处的i被a、s或m取代;cdrh2的位置4处的f被y或s取代;cdrh2的位置5处的d被n或g取代;和/或cdrh2的位置6处的t被g取代。
39、在一些实施方案中,cdrh3的位置1处的t被g或y取代;cdrh3的位置3处的i被w或v取代;cdrh3的位置4处的g被m取代;cdrh3的位置5处的a被r、t或k取代;cdrh3的位置6处的f被t、y或i取代;cdrh3的位置7处的d被p或s取代;和/或cdrh3的位置8处的s被y取代。
40、在一些实施方案中,cdrl1的位置1处的t被s取代;cdrl1的位置2处的r被g取代;cdrl1的位置3处的t被a、s或g取代;cdrl1的位置4处的s被t取代;cdrl1的位置5处的g被q或s取代;其中cdrl1的位置6处的d被s或n取代;cdrl1的位置8处的g被s取代;cdrl1的位置9处的g被s取代;cdrl1的位置10处的y被r或k取代;cdrl1的位置11处的n被r或l取代;cdrl1的位置12处的f被y、h或n取代;和/或cdrl1的位置14处的s被f取代。
41、在一些实施方案中,cdrl2的位置1处的d被a或r取代;cdrl2的位置2处的v被a、n或g取代;cdrl2的位置3处的n被s或d取代;cdrl2的位置4处的s被m或q取代;cdrl2的位置5处的r被l取代;和/或cdrl2的位置6处的p被q取代。
42、在一些实施方案中,cdrl3的位置1处的s被q取代;cdrl3的位置2处的s被r或g取代;cdrl3的位置3处的y被w取代;cdrl3的位置4处的t被s或v取代;cdrl3的位置5处的s被t取代;cdrl3的位置6处的r被p取代;和/或cdrl3的位置7处的n被y取代。
43、在另一种情况下,抗体或抗原结合片段包含以下重链cdr和轻链cdr:
44、重链:
45、cdr1包含gyiftsy或含有相对于gyiftsy的一个或两个氨基酸取代的其变体;
46、cdr2包含sayngh或含有相对于sayngh的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
47、cdr3包含gkisswfvled或含有相对于gkisswfvled的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体;
48、轻链:
49、cdr1包含sggtsnigknyvs或含有相对于sggtsnigknyvs的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体;
50、cdr2包含dnnmrps或含有相对于dnnmrps的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
51、cdr3包含gmwirslsrwv或含有相对于gmwirslsrwv的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体,
52、其中cdr是使用chothia编号标识的。
53、优选地,一个或多个取代是保守取代,即氨基酸类别内的取代和/或在blosum62矩阵中获得正分的取代。
54、在一些实施方案中,cdrh1的位置2处的y被f或g取代;cdrh1的位置3处的i被t或a取代;cdrh1的位置5处的t被s或r取代;cdrh1的位置6处的s被a或n取代;和/或cdrh1的位置7处的y被s取代。
55、在一些实施方案中,cdrh2的位置1处的s被p取代;cdrh2的位置2处的a被s、i或m取代;cdrh2的位置3处的y被f或s取代;cdrh2的位置4处的n被d或g取代;cdrh2的位置5处的g被t取代;和/或cdrh2的位置6处的h被n取代。
56、在一些实施方案中,cdrh3的位置1处的g被m取代;cdrh3的位置2处的k被r、t或a取代;cdrh3的位置3处的i被t、y或f取代;cdrh3的位置4处的s被p或d取代;cdrh3的位置5处的s被y取代;cdrh3的位置6处的w被y或a取代;cdrh3的位置7处的f被y取代;cdrh3的位置9处的l被m取代;和/或cdrh3的位置11处的d被v取代。
57、在一些实施方案中,cdrl1的位置1处的s被t取代;cdrl1的位置2处的g被r取代;cdrl1的位置3处的g被a、s或t取代;cdrl1的位置4处的t被s取代;cdrl1的位置5处的s被q或g取代;cdrl1的位置6处的n被s或d取代;cdrl1的位置8处的g被s取代;cdrl1的位置9处的k被r或y取代;cdrl1的位置10处的n被r或l取代;cdrl1的位置11处的y被h、f或n取代;和/或cdrl1的位置13处的s被f取代。
58、在一些实施方案中,cdrl2的位置1处的d被a或r取代;cdrl2的位置2处的n被a、v或g取代;cdrl2的位置3处的n被s、n或d取代;cdrl2的位置4处的m被s或q取代;cdrl2的位置5处的r被l取代;和/或cdrl2的位置6处的p被q取代。
59、在一些实施方案中,cdrl3的位置1处的g被a取代;cdrl3的位置2处的m被t取代;cdrl3的位置4处的i被d取代;cdrl3的位置5处的r被d取代;cdrl3的位置6处的s被g取代;cdrl3的位置7处的l被q取代;cdrl3的位置8处的s被q取代;cdrl3的位置9处的r被s或g取代;cdrl3的位置10处的w被y取代;和/或cdrl3的位置11处的v被s或t取代。
60、在另一种情况下,抗体或抗原结合片段包含以下重链cdr和轻链cdr:
61、重链:
62、cdr1包含gftfsay或含有相对于gftfsay的一个或两个氨基酸取代的其变体;
63、cdr2包含sydgnn或含有相对于sydgnn的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
64、cdr3包含dfrdyvwgtypsay或含有相对于dfrdyvwgtypsay的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体;
65、轻链:
66、cdr1包含sgsssnigrrhvf或含有相对于sgsssnigrrhvf的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体;
67、cdr2包含rgdqrps或含有相对于rgdqrps的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
68、cdr3包含atwddglsgyv或含有相对于atwddglsgyv的一个、两个或三个氨基酸取代的其变体,
69、其中cdr是使用chothia编号标识的。
70、优选地,一个或多个取代是保守取代,即氨基酸类别内的取代和/或在blosum62矩阵中获得正分的取代。
71、在一些实施方案中,cdrh1的位置2处的f被g或y取代;cdrh1的位置3处的t被i或a取代;cdrh1的位置5处的s被r或t取代;cdrh1的位置6处的a被s或n取代;和/或cdrh1的位置7处的y被s取代。
72、在一些实施方案中,cdrh2的位置1处的s被a、i或m取代;cdrh2的位置2处的y被f或s取代;cdrh2的位置3处的d被n或g取代;cdrh2的位置4处的g被t取代;和/或cdrh2的位置5处的n被h取代。
73、在一些实施方案中,cdrh3的位置1处的d被k取代;cdrh3的位置2处的f被e取代;cdrh3的位置4处的d被t取代;cdrh3的位置5处的y被g或t取代;cdrh3的位置7处的w被i或v取代;cdrh3的位置8处的g被m取代;cdrh3的位置9处的t被r、a或k取代;cdrh3的位置10处的y被t、f或i取代;cdrh3的位置11处的p被d或s取代;cdrh3的位置12处的s被y取代;cdrh3的位置13处的a被y或w取代;和/或cdrh3的位置14处的y被f取代。
74、在一些实施方案中,cdrl1的位置1处的s被t取代;cdrl1的位置2处的g被r取代;cdrl1的位置3处的s被a、t或g取代;cdrl1的位置4处的s被t取代;cdrl1的位置5处的s被q或g取代;cdrl1的位置6处的n被s或d取代;cdrl1的位置8处的g被s取代;cdrl1的位置9处的r被y或k取代;cdrl1的位置10处的r被l或n取代;cdrl1的位置11处的h被f、n或y取代;和/或cdrl1的位置13处的f被s取代。
75、在一些实施方案中,cdrl2的位置1处的r被a或d取代;cdrl2的位置2处的g被a、n或v取代;cdrl2的位置3处的d被s或n取代;cdrl2的位置4处的q被s或m取代;cdrl2的位置5处的r被l取代;和/或cdrl2的位置6处的p被q取代。
76、在一些实施方案中,cdrl3的位置1处的a被g取代;cdrl3的位置2处的t被m取代;cdrl3的位置4处的d被i取代;cdrl3的位置5处的d被r取代;cdrl3的位置6处的g被s取代;cdrl3的位置7处的l被q取代;cdrl3的位置8处的s被q取代;cdrl3的位置9处的g被s或r取代;cdrl3的位置10处的y被w取代;和/或cdrl3的位置11处的v被s或t取代。
77、在另一种情况下,抗体或其抗原结合片段包含以下重链cdr和轻链cdr:
78、重链:
79、cdr1包含ggafrns或含有相对于ggafrns的一个或两个氨基酸取代的其变体;
80、cdr2包含ipmsgt或含有相对于ipmsgt的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
81、cdr3包含ekertfgvvmrtsyyyvmev或含有相对于ekertfgvvmrtsyyyvmev的一个、两个、三个或四个氨基酸取代的其变体;
82、轻链:
83、cdr1包含rasqsissyln或含有相对于rasqsissyln的一个或两个氨基酸取代的其变体;
84、cdr2包含aasslqs或含有相对于aasslqs的一个或两个氨基酸取代的其变体;并且
85、cdr3包含qqsystpyt或含有相对于qqsystpyt的一个或两个氨基酸取代的其变体,
86、其中互补决定区(cdr)是使用chothia编号标识的。
87、优选地,一个或多个取代是保守取代,即氨基酸类别内的取代和/或在blosum62矩阵中获得正分的取代。
88、在一些实施方案中,cdrh1的位置2处的g被f或y取代;cdrh1的位置3处的a被t或i取代;cdrh1的位置5处的r被s或t取代;cdrh1的位置6处的n被a或s取代;和/或cdrh1的位置7处的s被y取代。
89、在一些实施方案中,cdrh2的位置1处的i被n取代;cdrh2的位置2处的p被s取代;cdrh2的位置3处的m被i、a或s取代;cdrh2的位置4处的s被f或y取代;cdrh2的位置5处的g被d或n取代;和/或cdrh2的位置6处的t被g取代。
90、在一些实施方案中,cdrh3的位置2处的k被d取代;cdrh3的位置3处的e被f取代;cdrh3的位置5处的t被d取代;cdrh3的位置7处的g被y或t取代;cdrh3的位置9处的v被w或i取代;cdrh3的位置10处的m被g取代;cdrh3的位置11处的r被a、t或k取代;cdrh3的位置12处的t被f、y或i取代;cdrh3的位置13处的s被p或d取代;cdrh3的位置14处的y被s取代;cdrh3的位置15处的y被w或a取代;cdrh3的位置16处的y被f取代;cdrh3的位置18处的m被l取代;和/或cdrh3的位置20处的v被d取代。
91、在一些实施方案中,cdrl1的位置1处的r被g取代;cdrl1的位置2处的a被s、t或g取代;cdrl1的位置3处的s被t取代;cdrl1的位置4处的q被s或g取代;cdrl1的位置5处的s被d或n取代;cdrl1的位置7处的s被g取代;cdrl1的位置8处的s被g取代;cdrl1的位置9处的y被r或k取代;cdrl1的位置10处的l被n或r取代;和/或cdrl1的位置11处的n被f、h或y取代。
92、在一些实施方案中,cdrl2的位置1处的a被d或r取代;cdrl2的位置2处的a被v、n或g取代;cdrl2的位置3处的s被n或d取代;cdrl2的位置4处的s被m或q取代;cdrl2的位置5处的l被r取代;和/或cdrl2的位置6处的q被p取代。
93、在一些实施方案中,cdrl3的位置1处的q被l取代;cdrl3的位置2处的q被s取代;cdrl3的位置3处的s被r或g取代;cdrl3的位置4处的y被w取代;cdrl3的位置5处的s被t或v取代;cdrl3的位置6处的t被s取代;cdrl3的位置7处的p被r取代;和/或cdrl3的位置8处的y被n取代。
94、在一些实施方案中,抗体的六个cdr序列对应于本文注释的cdr-h1、cdr-h2、cdr-h3、cdr-l1、cdr-l2和cdr-l3序列。
95、在另一方面,本发明提供了如本文所定义的抗体及其抗原结合片段,用于在医疗中使用。相关地,本发明的抗体和抗原结合片段可以用于治疗受试者(例如,癌症患者)的方法中。在抗体或其抗原结合片段用于在治疗患者的癌症中使用的实施方案中,抗体或其抗原结合片段优选包含优先结合如本文所定义的激活性fc受体的fc区。
96、在其他实施方案中,抗体或其抗原结合片段用于在治疗自身免疫病症中使用。在这些实施方案中,抗体或其抗原结合片段优选包含优先结合如本文所定义的抑制性fc受体的fc区。
97、在抗体或抗原结合片段用于在医疗中使用(包括用于在治疗癌症的方法中使用)的一些实施方案中,所述用途包括抗体或抗原结合片段的全身性施用。
98、在一些实施方案中,本发明提供了一种抗体或抗原结合片段,所述抗体或抗原结合片段与如全部或部分由如上文所述的其氨基酸序列所定义的抗体(其可以称为参考抗体)或抗原结合片段竞争结合f-肌动蛋白。抗体或抗原结合片段可以与参考抗体竞争至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%。抗体或抗原结合片段可以能够中和参考抗体与f-肌动蛋白的结合。
99、在另一方面,本发明提供了一种提供和/或选择与f-肌动蛋白特异性结合的抗体或其抗原结合片段的方法。所述方法包括提供候选抗体群体,使包含f-肌动蛋白的结合底物与候选抗体群体接触,以及使结合底物与胰蛋白酶或包含dngr-1的ctld的竞争剂接触,以从结合底物置换一种或多种先导抗体。然后从所述一种或多种先导抗体中选择抗体。在一个实施方案中,使结合底物与胰蛋白酶接触。在另一个实施方案中,使结合底物与包含dngr-1的ctld的竞争剂接触。
100、在一些实施方案中,抗体因为相对于g-肌动蛋白其对f-肌动蛋白具有10倍的特异性而被选择。在这些实施方案中,选择抗体的方法包括针对10倍特异性来筛选所述一种或多种先导抗体。
101、在一些实施方案中,抗体因为相对于活细胞其对于结合坏死细胞具有至少3倍的特异性而被选择。在这些实施方案中,选择抗体的方法包括进行facs或流式细胞术以针对相对于活细胞对于结合坏死细胞的至少3倍特异性来筛选所述一种或多种先导抗体。
102、在一些实施方案中,抗体因为其具有促进交叉呈递的能力而被选择。在这些实施方案中,选择抗体的方法包括针对促进交叉呈递的能力来筛选所述一种或多种先导抗体。
103、在一些实施方案中,抗体因为其具有促进吞噬作用的能力而被选择。在这些实施方案中,选择抗体的方法包括针对促进吞噬作用的能力来筛选所述一种或多种先导抗体。
104、在一些实施方案中,选择抗体的方法包括在使结合底物与群体接触前“淘选”候选抗体群体的初始步骤。可以针对f-肌动蛋白珠(阳性筛选)和g-肌动蛋白珠(阴性筛选)来淘选群体。
105、在一些实施方案中,抗体结合与dngr-1所结合的f-肌动蛋白上的表位相同的f-肌动蛋白上的表位,或者抗体所结合的f-肌动蛋白上的表位与dngr-1所结合的f-肌动蛋白上的表位重叠。dngr-1所结合的表位在hanĉ等人 2015(将其通过引用以其整体特此并入)中阐明。hanĉ等人证明dngr-1结合两条肌动蛋白原丝的界面。表位包含螺旋排列在肌动蛋白丝中的三个肌动蛋白亚基(在两条原丝上桥接)以及沿着一条原丝的两个相邻的肌动蛋白亚基。因此,相对于g-肌动蛋白,本发明的f-肌动蛋白抗体对f-肌动蛋白具有特异性,因为其表位构成f-肌动蛋白丝的完全形成的三级结构的一部分(构象表位)。g-肌动蛋白不包含此3d结构。hanĉ等人披露了dngr-1与f-肌动蛋白之间最广泛的相互作用是在肌动蛋白亚基2之间。存在与亚基1的中度相互作用,并且仅观察到与亚基3的弱相互作用。因此,亚基3被认为在很大程度上对于结合是非必要的。
106、在一些实施方案中,对f-肌动蛋白的特异性是在对g-肌动蛋白的特异性的2倍与100倍之间。在一些实施方案中,对f-肌动蛋白的特异性是对g-肌动蛋白的特异性的至少2倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍或至少50倍。在一些实施方案中,对f-肌动蛋白的特异性是对g-肌动蛋白的特异性的至少2倍。在一些实施方案中,对f-肌动蛋白的特异性是对g-肌动蛋白的特异性的至少5倍。在一些实施方案中,对f-肌动蛋白的特异性是对g-肌动蛋白的特异性的至少10倍。在一些实施方案中,对f-肌动蛋白的特异性是对g-肌动蛋白的特异性的至少100倍。特异性明确地旨在涵盖亲和力和/或亲合力。
107、在另一方面,本发明提供了一种通过本发明的方法产生的抗体。在一些实施方案中,抗体是多克隆的。
108、本发明包括所描述的方面和优选特征的组合,除非在明显不允许或明确避免这样的组合的情况下。
109、序列
110、以下氨基酸序列与本发明的抗体相关。
111、抗体a,vh
112、1 qvqlvqsgae vkkpgssvkv sckssggtfr syiiswvrqa pgqglewmggfnpifdttiy aqkfqgrvtf
113、71 tadeststay mdlsslrsed tavyycartv igafdswgqg tpvtvss
114、抗体a,vl
115、1 qsaltqpasv sgspgqsiti sctrtsgdig gynfvswyqq hpgkapklmiydvnsrpsgv sdrfsgsksg
116、71 dtasltisgl qaedeadyyc ssytsrntvf gggtkltvl
117、使用chothia系统,抗体a的fr和cdr可以定义如下:
118、fr-h1qvqlvqsgaevkkpgssvkvsckss
119、cdr-h1ggtfrsy
120、fr-h2iiswvrqapgqglewmggf
121、cdr-h2npifdt
122、fr-h3tiyaqkfqgrvtftadeststaymdlsslrsedtavyycar
123、cdr-h3tvigafds
124、fr-h4wgqgtpvtvss
125、fr-l1qsaltqpasvsgspgqsitisc
126、cdr-l1trtsgdiggynfvs
127、fr-l2wyqqhpgkapklmiy
128、cdr-l2dvnsrps
129、fr-l3gvsdrfsgsksgdtasltisglqaedeadyyc
130、cdr-l3ssytsrntv
131、fr-l4fgggtkltvl
132、使用kabat系统,抗体a的fr和cdr可以定义如下:
133、fr-h1qvqlvqsgaevkkpgssvkvsckssggtfr
134、cdr-h1syiis
135、fr-h2wvrqapgqglewmg
136、cdr-h2gfnpifdttiyaqkfqg
137、fr-h3rvtftadeststaymdlsslrsedtavyycar
138、cdr-h3tvigafds
139、fr-h4wgqgtpvtvss
140、fr-l1qsaltqpasvsgspgqsitisc
141、cdr-l1trtsgdiggynfvs
142、fr-l2wyqqhpgkapklmiy
143、cdr-l2dvnsrps
144、fr-l3gvsdrfsgsksgdtasltisglqaedeadyyc
145、cdr-l3ssytsrntv
146、fr-l4fgggtkltvl
147、使用imgt系统,抗体a的fr和cdr可以定义如下:
148、fr-h1qvqlvqsgaevkkpgssvkvsckss
149、cdr-h1ggtfrsyi
150、fr-h2iswvrqapgqglewmgg
151、cdr-h2fnpifdtt
152、fr-h3iyaqkfqgrvtftadeststaymdlsslrsedtavyyc
153、cdr-h3artvigafds
154、fr-h4wgqgtpvtvss
155、fr-l1qsaltqpasvsgspgqsitisctrt
156、cdr-l1sgdiggynf
157、fr-l2vswyqqhpgkapklmiy
158、cdr-l2dvn
159、fr-l3srpsgvsdrfsgsksgdtasltisglqaedeadyyc
160、cdr-l3ssytsrntv
161、fr-l4fgggtkltvl
162、使用martin/contact系统,抗体a的fr和cdr可以定义如下:
163、fr-h1qvqlvqsgaevkkpgssvkvsckssggtf
164、cdr-h1rsyiis
165、fr-h2wvrqapgqgle
166、cdr-h2wmggfnpifdtti
167、fr-h3yaqkfqgrvtftadeststaymdlsslrsedtavyyc
168、cdr-h3artvigafd
169、fr-h4swgqgtpvtvss
170、fr-l1qsaltqpasvsgspgqsitisctrtsgd
171、cdr-l1iggynfvswy
172、fr-l2qqhpgkapk
173、cdr-l2lmiydvnsrp
174、fr-l3sgvsdrfsgsksgdtasltisglqaedeadyyc
175、cdr-l3ssytsrnt
176、fr-l4vfgggtkltvl
177、抗体b,vh
178、1 qmqlvqsgae vkkpgasvkv sckapgyift sygiswvrqa pgqglewmgrisaynghtny aqnlqdrvtl
179、71 ttdtststay melrslrydd taiyycatgk isswfvledw gqgtqvtvss
180、抗体b,vl
181、1 qsvvtqppsv saapgqkvti scsggtsnig knyvswyqql pgtaprlliydnnmrpsgip drfsgsksgt
182、71 satlaitglq tgdeadyycg mwirslsrwv fgggtklavl
183、使用chothia系统,抗体b的框架区(fr)和cdr可以定义如下:
184、fr-h1qmqlvqsgaevkkpgasvkvsckap
185、cdr-h1gyiftsy
186、fr-h2giswvrqapgqglewmgri
187、cdr-h2sayngh
188、fr-h3tnyaqnlqdrvtlttdtststaymelrslryddtaiyycat
189、cdr-h3gkisswfvled
190、fr-h4wgqgtqvtvss
191、fr-l1qsvvtqppsvsaapgqkvtisc
192、cdr-l1sggtsnigknyvs
193、fr-l2wyqqlpgtaprlliy
194、cdr-l2dnnmrps
195、fr-l3gipdrfsgsksgtsatlaitglqtgdeadyyc
196、cdr-l3gmwirslsrwv
197、fr-l4fgggtklavl
198、使用kabat系统,抗体b的fr和cdr可以定义如下:
199、fr-h1qmqlvqsgaevkkpgasvkvsckapgyift
200、cdr-h1sygis
201、fr-h2wvrqapgqglewmg
202、cdr-h2risaynghtnyaqnlqd
203、fr-h3rvtlttdtststaymelrslryddtaiyycat
204、cdr-h3gkisswfvled
205、fr-h4wgqgtqvtvss
206、fr-l1qsvvtqppsvsaapgqkvtisc
207、cdr-l1sggtsnigknyvs
208、fr-l2wyqqlpgtaprlliy
209、cdr-l2dnnmrps
210、fr-l3gipdrfsgsksgtsatlaitglqtgdeadyyc
211、cdr-l3gmwirslsrwv
212、fr-l4fgggtklavl
213、使用imgt系统,抗体b的fr和cdr可以定义如下:
214、fr-h1qmqlvqsgaevkkpgasvkvsckap
215、cdr-h1gyiftsyg
216、fr-h2iswvrqapgqglewmgr
217、cdr-h2isaynght
218、fr-h3nyaqnlqdrvtlttdtststaymelrslryddtaiyyc
219、cdr-h3atgkisswfvled
220、fr-h4wgqgtqvtvss
221、fr-l1qsvvtqppsvsaapgqkvtiscsgg
222、cdr-l1tsnigkny
223、fr-l2vswyqqlpgtaprlliy
224、cdr-l2dnn
225、fr-l3mrpsgipdrfsgsksgtsatlaitglqtgdeadyyc
226、cdr-l3gmwirslsrwv
227、fr-l4fgggtklavl
228、使用martin/contact系统,抗体b的fr和cdr可以定义如下:
229、fr-h1qmqlvqsgaevkkpgasvkvsckapgyif
230、cdr-h1tsygis
231、fr-h2wvrqapgqgle
232、cdr-h2wmgrisaynghtn
233、fr-h3yaqnlqdrvtlttdtststaymelrslryddtaiyyc
234、cdr-h3atgkisswfvle
235、fr-h4dwgqgtqvtvss
236、fr-l1qsvvtqppsvsaapgqkvtiscsggtsn
237、cdr-l1igknyvswy
238、fr-l2qqlpgtapr
239、cdr-l2lliydnnmrp
240、fr-l3sgipdrfsgsksgtsatlaitglqtgdeadyyc
241、cdr-l3gmwirslsrw
242、fr-l4vfgggtklavl
243、抗体c,vh
244、1 qvqlvesggg vvqpgrslrl scaasgftfs ayamhwvrqa pgkglewmavisydgnnihy adsvkgrftv
245、71 srdnskntlf lqmdglrted tavyycardf rdyvwgtyps aywgqgtlvt vss
246、抗体c,vl
247、1 qsvltqppsv sgtpgqrvii scsgsssnig rrhvfwyqqf pesapklliyrgdqrpsgvp erysgsksgt
248、71 saslaisglr sedeadyyca twddglsgyv fgtgtrvtvl
249、使用chothia系统,抗体c的fr和cdr可以定义如下:
250、fr-h1qvqlvesgggvvqpgrslrlscaas
251、cdr-h1gftfsay
252、fr-h2amhwvrqapgkglewmavi
253、cdr-h2sydgnn
254、fr-h3ihyadsvkgrftvsrdnskntlflqmdglrtedtavyycar
255、cdr-h3dfrdyvwgtypsay
256、fr-h4wgqgtlvtvss
257、fr-l1qsvltqppsvsgtpgqrviisc
258、cdr-l1sgsssnigrrhvf
259、fr-l2wyqqfpesapklliy
260、cdr-l2rgdqrps
261、fr-l3gvperysgsksgtsaslaisglrsedeadyyc
262、cdr-l3atwddglsgyv
263、fr-l4fgtgtrvtvl
264、使用kabat系统,抗体c的fr和cdr可以定义如下:
265、fr-h1qvqlvesgggvvqpgrslrlscaasgftfs
266、cdr-h1ayamh
267、fr-h2wvrqapgkglewma
268、cdr-h2visydgnnihyadsvkg
269、fr-h3rftvsrdnskntlflqmdglrtedtavyycar
270、cdr-h3dfrdyvwgtypsay
271、fr-h4wgqgtlvtvss
272、fr-l1qsvltqppsvsgtpgqrviisc
273、cdr-l1sgsssnigrrhvf
274、fr-l2wyqqfpesapklliy
275、cdr-l2rgdqrps
276、fr-l3gvperysgsksgtsaslaisglrsedeadyyc
277、cdr-l3atwddglsgyv
278、fr-l4fgtgtrvtvl
279、使用imgt系统,抗体c的fr和cdr可以定义如下:
280、fr-h1qvqlvesgggvvqpgrslrlscaas
281、cdr-h1gftfsaya
282、fr-h2mhwvrqapgkglewmav
283、cdr-h2isydgnni
284、fr-h3hyadsvkgrftvsrdnskntlflqmdglrtedtavyyc
285、cdr-h3ardfrdyvwgtypsay
286、fr-h4wgqgtlvtvss
287、fr-l1qsvltqppsvsgtpgqrviiscsgs
288、cdr-l1ssnigrrh
289、fr-l2vfwyqqfpesapklliy
290、cdr-l2rgd
291、fr-l3qrpsgvperysgsksgtsaslaisglrsedeadyyc
292、cdr-l3atwddglsgyv
293、fr-l4fgtgtrvtvl
294、使用contact系统,抗体c的fr和cdr可以定义如下:
295、fr-h1qvqlvesgggvvqpgrslrlscaasgftf
296、cdr-h1sayamh
297、fr-h2wvrqapgkgle
298、cdr-h2wmavisydgnnih
299、fr-h3yadsvkgrftvsrdnskntlflqmdglrtedtavyyc
300、cdr-h3ardfrdyvwgtypsa
301、fr-h4ywgqgtlvtvss
302、fr-l1qsvltqppsvsgtpgqrviiscsgsssn
303、cdr-l1igrrhvfwy
304、fr-l2qqfpesapk
305、cdr-l2lliyrgdqrp
306、fr-l3sgvperysgsksgtsaslaisglrsedeadyyc
307、cdr-l3atwddglsgy
308、fr-l4vfgtgtrvtvl
309、抗体d,vh
310、1 qvqlvqsgae vkktgssvkv sckvsggafr nsainwvrqa pgrglewmgviipmsgttny arnfqgrvti
311、71 sadeststay melstltsgd tadyycarek ertfgvvmrt syyyvmevwgqgttvtvss
312、抗体d,vl
313、1 airmtqspss lsasvgdrvt itcrasqsis sylnwyqqkp gkapklliyaasslqsgvps rfsgsgsgtd
314、71 ftltisslqp edfatyycqq systpytfgq gtkleik
315、使用chothia系统,抗体d的fr和cdr可以定义如下:
316、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvs
317、cdr-h1ggafrns
318、fr-h2ainwvrqapgrglewmgvi
319、cdr-h2ipmsgt
320、fr-h3tnyarnfqgrvtisadeststaymelstltsgdtadyycar
321、cdr-h3ekertfgvvmrtsyyyvmev
322、fr-h4wgqgttvtvss
323、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitc
324、cdr-l1rasqsissyln
325、fr-l2wyqqkpgkapklliy
326、cdr-l2aasslqs
327、fr-l3gvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
328、cdr-l3qqsystpyt
329、fr-l4fgqgtkleik
330、使用kabat系统,抗体d的fr和cdr可以定义如下:
331、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvsggafr
332、cdr-h1nsain
333、fr-h2wvrqapgrglewmg
334、cdr-h2viipmsgttnyarnfqg
335、fr-h3rvtisadeststaymelstltsgdtadyycar
336、cdr-h3ekertfgvvmrtsyyyvmev
337、fr-h4wgqgttvtvss
338、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitc
339、cdr-l1rasqsissyln
340、fr-l2wyqqkpgkapklliy
341、cdr-l2aasslqs
342、fr-l3gvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
343、cdr-l3qqsystpyt
344、fr-l4fgqgtkleik
345、使用imgt系统,抗体d的fr和cdr可以定义如下:
346、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvs
347、cdr-h1ggafrnsa
348、fr-h2inwvrqapgrglewmgv
349、cdr-h2iipmsgtt
350、fr-h3nyarnfqgrvtisadeststaymelstltsgdtadyyc
351、cdr-h3arekertfgvvmrtsyyyvmev
352、fr-h4wgqgttvtvss
353、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitcras
354、cdr-l1qsissy
355、fr-l2lnwyqqkpgkapklliy
356、cdr-l2aas
357、fr-l3slqsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
358、cdr-l3qqsystpyt
359、fr-l4fgqgtkleik
360、使用martin/contact系统,抗体d的fr和cdr可以定义如下:
361、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvsggaf
362、cdr-h1rnsain
363、fr-h2wvrqapgrgle
364、cdr-h2wmgviipmsgttn
365、fr-h3yarnfqgrvtisadeststaymelstltsgdtadyyc
366、cdr-h3arekertfgvvmrtsyyyvme
367、fr-h4vwgqgttvtvss
368、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitcrasqsi
369、cdr-l1ssylnwy
370、fr-l2qqkpgkapk
371、cdr-l2lliyaasslq
372、fr-l3sgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
373、cdr-l3qqsystpy
374、fr-l4tfgqgtkleik
375、抗体e,vh
376、1 qvqlvqsgae vkktgssvkv sckvfggafr nsainwvrqa pgrglewmgvlipmsgttny arnfqgrvti
377、71 sadeststay melstltsgd tavyycarek ertfgvvmrt syyyvmevwgqgttvtvss
378、抗体e,vl
379、1 airmtqspss lsasvgdrvt itcrasqsis sylnwyqqkp gkapklliyaasslqsgvps rfsgsgsgtd
380、71 ftltisslqp edfatyycqq systpytfgq gtkleik
381、使用chothia系统,抗体e的fr和cdr可以定义如下:
382、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvf
383、cdr-h1ggafrns
384、fr-h2ainwvrqapgrglewmgvl
385、cdr-h2ipmsgt
386、fr-h3tnyarnfqgrvtisadeststaymelstltsgdtavyycar
387、cdr-h3ekertfgvvmrtsyyyvmev
388、fr-h4wgqgttvtvss
389、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitc
390、cdr-l1rasqsissyln
391、fr-l2wyqqkpgkapklliy
392、cdr-l2aasslqs
393、fr-l3gvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
394、cdr-l3qqsystpyt
395、fr-l4fgqgtkleik
396、使用kabat系统,抗体e的fr和cdr可以定义如下:
397、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvfggafr
398、cdr-h1nsain
399、fr-h2wvrqapgrglewmg
400、cdr-h2vlipmsgttnyarnfqg
401、fr-h3rvtisadeststaymelstltsgdtavyycar
402、cdr-h3ekertfgvvmrtsyyyvmev
403、fr-h4wgqgttvtvss
404、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitc
405、cdr-l1rasqsissyln
406、fr-l2wyqqkpgkapklliy
407、cdr-l2aasslqs
408、fr-l3gvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
409、cdr-l3qqsystpyt
410、fr-l4fgqgtkleik
411、使用imgt系统,抗体e的fr和cdr可以定义如下:
412、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvf
413、cdr-h1ggafrnsa
414、fr-h2inwvrqapgrglewmgv
415、cdr-h2lipmsgtt
416、fr-h3nyarnfqgrvtisadeststaymelstltsgdtavyyc
417、cdr-h3arekertfgvvmrtsyyyvmev
418、fr-h4wgqgttvtvss
419、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitcras
420、cdr-l1qsissy
421、fr-l2lnwyqqkpgkapklliy
422、cdr-l2aas
423、fr-l3slqsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
424、cdr-l3qqsystpyt
425、fr-l4fgqgtkleik
426、使用contact系统,抗体e的fr和cdr可以定义如下:
427、fr-h1qvqlvqsgaevkktgssvkvsckvfggaf
428、cdr-h1rnsain
429、fr-h2wvrqapgrgle
430、cdr-h2wmgvlipmsgttn
431、fr-h3yarnfqgrvtisadeststaymelstltsgdtavyyc
432、cdr-h3arekertfgvvmrtsyyyvme
433、fr-h4vwgqgttvtvss
434、fr-l1irmtqspsslsasvgdrvtitcrasqsi
435、cdr-l1ssylnwy
436、fr-l2qqkpgkapk
437、cdr-l2lliyaasslq
438、fr-l3sgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyyc
439、cdr-l3qqsystpy
440、fr-l4tfgqgtkleik
441、本发明的抗体可以被定义为具有对应于上文定义的克隆之一的cdr序列的六个cdr序列。
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