检测具有抗药性的真菌病原体的方法及试剂盒与流程

背景技术：

1、1、技术领域

2、本发明含有以.xml档案格式电子提交的序列表，且其全文特此以引用方式并入本文中。此.xml副本（建立于2025年1月22日）被命名为nhr-p0029-pus-sequencinglisting.xml且档案大小为45,519位元组。

3、本发明涉及检测具有抗药性的真菌病原体的方法及试剂盒，特别涉及是有关于检测具有第四分支（clade 4）基因型的抗药性的热带念珠菌（

candidatropicalis）。

4、2、对现有技术的描述

5、每年约有250万人的死亡与真菌感染相关，这对公共卫生构成了严重的问题，且具有抗药性的致病菌又随着大量使用药物而增加。由于诊断困难，真菌感染个案数因诊断不易而被低估。美国初估在2019年因真菌感染花费约115亿美金，其中医疗花费就占75亿美金。

6、念珠菌属（

candida species；简称

candida spp.）通常是无害的真核共生酵母菌，存在于各种环境、人类及其他哺乳动物的来源中。在人体内，念珠菌属在皮肤、口腔、阴道黏膜及胃肠道的微生物群中扮演着重要角色。然而，在免疫力严重受损的情况下，念珠菌属可能会转变为机会性致病菌，导致疾病甚至死亡。具有抗药性的念珠菌株正在许多国家蔓延。目前，常使用全基因体测序（whole genome sequencing）或传统生化鉴定来识别念珠菌属的主要抗药性基因型，但这些方法耗时且成本高昂。

7、有鉴于此，本技术领域仍有未被满足的需求，以建立快速检测方法以识别念珠菌属的主要抗药性基因型。因此，这个资讯可协助医疗人员判断适合的治疗真菌感染的抗真菌药物。

技术实现思路

1、有鉴于上述的问题，本发明提供一种检测具有抗药性的真菌病原体的方法。方法包含：检测真菌病原体的

xyr1基因及

snq2基因的单核苷酸多态性基因型。

2、本发明另提供一种检测具有抗药性的真菌病原体的试剂盒。试剂盒包含：裂解缓冲液，其用以裂解真菌病原体；以及引物，其用以检测真菌病原体的

xyr1基因及/或

snq2基因。

3、本发明的标的无疑地将在所属领域具有通常知识者阅读以下实施方式的详细说明及各种图式后变得容易理解。

1.一种检测具有抗药性的真菌病原体的方法，包括：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，该xyr1基因的该单核苷酸多态性基因型包括序列atra，且r为a或g。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，该序列atra为该xyr1基因的前4个核苷酸。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，该snq2基因的该单核苷酸多态性基因型包括在位置2977的核苷酸a取代为核苷酸g（a2977g）。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，该xyr1基因的该单核苷酸多态性基因型包括序列atra，且r为a或g。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，该序列atra为该xyr1基因的前4个核苷酸。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，该真菌病原体为非白色念珠菌属。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，该非白色念珠菌属是选自由热带念珠菌（candida tropicalis）、近平滑念珠菌（candida parapsilosis）、光滑念珠菌（candida glabrata）、耳念珠菌（candida auris）、季也蒙念珠菌（candida guilliermondii）及克鲁塞念珠菌（candida krusei）所组成的群组中的至少一者。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，该非白色念珠菌属为该热带念珠菌（candida tropicalis）。

10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，该热带念珠菌（candida tropicalis）包括第四分支基因型。

11.如权利要求1所述的方法，其特征在于，该具有抗药性的真菌病原体对药物包括唑类具有抗药性。

12.如权利要求1所述的方法，其特征在于，该真菌病原体的该xyr1基因及该snq2基因的该单核苷酸多态性基因型是借由高通量检测所检测，且该高通量检测包括合并多重聚合酶连锁反应技术及minion奈米孔测序技术。

13.如权利要求1所述的方法，其特征在于，该真菌病原体的该xyr1基因及该snq2基因的该单核苷酸多态性基因型是借由taqman基因型检验。

14.一种检测具有抗药性的真菌病原体的试剂盒，包括：

15.如权利要求14所述的试剂盒，进一步包括：