一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合及其应用

本发明涉及荔枝分子标记辅助选择育种技术，属于植物生物，具体而言，涉及一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合及其应用。

背景技术：

1、荔枝（litchi chinensis sonn.）为无患子科（sapindaceae）荔枝属（litchi）植物，是原产于我国最重要的经济常绿果树之一，因其色泽艳丽、风味独特、营养丰富，是我国最具国际竞争力的果品之一。在果树生产中，果实大小是决定其商品价值和市场竞争力的核心要素，不仅直接影响消费者的购买意愿和市场分级，更在很大程度上决定了果农的经济收益。

2、果实大小是高等植物果实发育的重要表型性状，其最终形态由细胞分裂与细胞膨大两个核心过程协同决定。果实发育早期以细胞分裂为主，细胞数量快速增加；发育中后期细胞分裂逐渐停止，细胞膨大成为主导过程，受植物激素、碳水化合物供应与分配等多种因素的精细调控。荔枝的可食用部分为假种皮，假种皮的生长空间受果皮前期发育所形成框架的限制，呈现“先长果皮、后长果肉”的发育特点，果实最终大小取决于果皮、假种皮和种子三者协同调控，不同荔枝品种的果实大小存在显著差异。在育种实践中，后代选择至关重要，传统育种存在周期长、效率低等局限，而基于个体基因型的直接选择则更为精准高效。

3、近年来，植物重要性状遗传基础的解析取得很大进展，一系列控制产量和品质的关键基因被成功克隆。当前，生物技术的快速发展推动作物育种步入分子设计时代，分子标记辅助选择、基因编辑等手段已成为品种改良的核心驱动力。特别是随着snp标记检测成本的降低及生物信息分析能力的增强，分子标记辅助选择在育种实践中的效率和准确性显著提升。但目前还未有荔枝果实大小相关的可用分子标记被开发或报道出来。因此，我们提出一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合及其应用。

技术实现思路

1、本发明的目的在于：针对目前存在的背景技术提出的问题。为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合，所述分子标记组合由一个indel分子标记和两个snp分子标记组成；

2、（1）所述indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，seq id no.1所示序列自5'端起第172位碱基为indel位点，所述indel位点为47 bp碱基的插入；

3、（2）所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.2所示，seq id no.2所示序列自5'端起第245位碱基为snp位点，所述snp位点为t或g；

4、（3）所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.3所示，seq id no.3所示序列自5'端起第348位碱基为snp位点，所述snp位点为a或t。

5、作为本发明优选的技术方案，当荔枝基因组中含有所述分子标记组合中任意两个或两个以上的有利基因型时，鉴定为候选大果荔枝种质；

6、（1）位于chr5染色体第16128136碱基处的47 bp碱基插入/缺失标记，其有利基因型为插入型；

7、（2）位于chr4染色体第8764522碱基处的t/g snp标记，其有利基因型为gg；

8、（3）位于chr4染色体第8764809碱基处的t/a snp标记，其有利基因型为aa。

9、作为本发明优选的技术方案，所述引物对由两条单链dna组成，包括：

10、（1）用于扩增所述47 bp碱基插入/缺失标记的引物对，其上游引物为5'-gcctgaattgagctatgc-3'，如seq id no.4所示；下游引物为5'-acctcctttaggctcataag-3'，如seq id no.5所示；

11、（2）用于检测所述chr4-8764522 t/g snp标记的引物对，其上游引物为5'-gctgtttattcaatctaccacc-3'，如seq id no.6所示；下游引物为5'-gtactctggaaattgtgctac-3'，如seq id no.7所示；

12、（3）用于检测所述chr4-8764809 t/a snp标记的引物对，其上游引物为5'-gtggtggttgtggattatg-3'，如seq id no.8所示；下游引物为5'-ttgggtttgtgggtgata-3'，如seq id no.9所示。

13、作为本发明优选的技术方案，所述引物对用于鉴定荔枝的高单果重和低单果重。

14、作为本发明优选的技术方案，所述试剂盒包含权利要求3所述的引物对。

15、作为本发明优选的技术方案，所述试剂盒用于鉴定荔枝的高单果重和低单果重。

16、作为本发明优选的技术方案，所述试剂盒还包含pcr扩增缓冲液、dntps、热稳定dna聚合酶和ddh2o中的一种或多种。

17、分子标记组合在所述的试剂盒在荔枝分子标记辅助选择育种中的应用。

18、作为本发明优选的技术方案，所述应用为在荔枝苗期对单果重高低进行预测，或用于筛选大果荔枝育种材料，或用于辅助杂交亲本选配与实生后代早期选育。

19、一种荔枝果实大小的辅助鉴定方法，包括以下步骤：

20、步骤（1）提取待测荔枝的基因组dna；

21、步骤（2）以所述基因组dna为模板，使用权利要求4或5所述的引物对组合分别进行pcr扩增，获得三个分子标记位点对应的扩增产物；

22、步骤（3）对所述扩增产物进行测序，将测序结果分别与seq id no.1、seq id no.2和seq id no.3所示核苷酸序列进行比对，确定待测荔枝在三个分子标记位点的基因型；

23、步骤（4）当待测荔枝基因组中含有权利要求3所述分子标记组合中任意两个或两个以上的有利基因型时，将该待测荔枝鉴定为候选大果荔枝种质。

24、与现有技术相比，本发明的有益效果：本发明获得了与荔枝果实大小极显著相关的分子标记组合，利用该分子标记组合对荔枝育种材料进行检测，可在苗期完成基因型鉴定，无需等待植株开花结果进行表型筛选，准确高效的预测其果实大小，大大提高了荔枝育种的选择效率；

25、本发明用于检测与荔枝果实大小相关的分子标记组合的引物对，特异性强，能准确扩增得到含有本发明indel/snp分子标记位点的序列，利用该引物对制备试剂盒，可辅助选择育种，高效鉴定出荔枝的高单果重和低单果重；

26、本发明的与荔枝果实大小相关的分子标记组合及其应用，可高效的辅助荔枝的育种选择，具有极高的经济价值。

1.一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合由一个indel分子标记和两个snp分子标记组成；

2.根据权利要求1所述的一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合，其特征在于，当荔枝基因组中含有所述分子标记组合中任意两个或两个以上的有利基因型时，鉴定为候选大果荔枝种质；

3.检测权利要求1所述一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合，其特征在于，所述引物对由两条单链dna组成，包括：

4.根据权利要求3所述的一种与荔枝果实大小相关的分子标记组合，其特征在于，所述引物对用于鉴定荔枝的高单果重和低单果重。

5.检测权利要求1所述分子标记组合的试剂盒在荔枝分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求3所述的引物对。

6.根据权利要求5所述的分子标记组合的试剂盒在荔枝分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于，所述试剂盒用于鉴定荔枝的高单果重和低单果重。

7.根据权利要求6所述的分子标记组合的试剂盒在荔枝分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于，所述试剂盒还包含pcr扩增缓冲液、dntps、热稳定dna聚合酶和ddh2o中的一种或多种。

8.权利要求1至3任一项所述的分子标记组合在所述的试剂盒在荔枝分子标记辅助选择育种中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述应用为在荔枝苗期对单果重高低进行预测，或用于筛选大果荔枝育种材料，或用于辅助杂交亲本选配与实生后代早期选育。

10.一种荔枝果实大小的辅助鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：