与小麦抗条锈病基因YrHM紧密连锁的特异KASP分子标记的特异性引物及应用

本发明涉及分子标记领域，具体涉及与小麦抗条锈病基因

yrhm紧密连锁的特异kasp分子标记的特异性引物及应用。

背景技术：

1、小麦条锈病由条形柄锈菌小麦专化型

puccinia striiformis f. sp.

tritici引起，是威胁小麦生产的重要气传病害。小麦条锈病抗性基因可分为苗期抗性基因和成株期抗性基因。苗期抗性基因通常表现为小种专化性强、抗性效应明显，但容易被病原菌新毒性小种克服；成株期抗性通常表现为较持久和较广谱的部分抗性，是抗条锈病持久育种的重要资源。

2、红芒麦子是来源于中国四川的地方小麦品种，在多年多环境成株期鉴定中表现出稳定的条锈病抗性。研究发现红芒麦子除携带

yr18外，还携带一个位于3d染色体短臂末端的成株期抗条锈病位点，暂命名为

yrhm。通过排除

yr18影响后构建次级分离群体，可将

yrhm定位到3ds末端。为了在育种群体中快速、准确追踪

yrhm，需要开发与该位点紧密连锁且具有特异性的分子标记。

3、snp标记具有数量多、分布广、遗传稳定、适于高通量检测等优点。kasp标记是基于snp位点开发的竞争性等位基因特异pcr标记，通过两条等位基因特异正向引物和一条通用反向引物实现荧光分型，具有准确性高、通量灵活、成本较低和平台兼容性好等优点。因此，开发红芒麦子来源

yrhm的特异kasp分子标记，对于小麦抗条锈病材料筛选、抗病基因聚合和分子辅助育种具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供小麦抗条锈病基因

yrhm共分离的特异kasp分子标记

kp3d_

4.16的特异性扩增引物组。

2、本发明的再一目的在于提供上述kasp分子标记

kp3d_4.16的特异性扩增引物组在检测或追踪红芒麦子来源

yrhm抗条锈病位点中的应用。

3、为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

4、一种小麦抗条锈病基因

yrhm共分离的kasp分子标记

kp3d_4.16，所述kasp分子标记位于中国春参考基因组iwgsc refseq v2.1的chr3d:4,155,901位点，所述位点为c/t单核苷酸多态性位点，位于候选基因

traescs3d03g0022300的第一编码外显子，其中t等位基因与红芒麦子来源

yrhm抗条锈病位点相关。

5、本发明提供的

kp3d_4.16特异性扩增引物组包括：

6、正向序列1：

7、5'-ggtttcaaacggtattttgatgcc-3'（seq id no:1）；

8、正向序列2：

9、5'-ggtttcaaacggtattttgatgct-3'（seq id no:2）；

10、反向序列：

11、5'-cttctggctctgtcggtgaa-3'（seq id no:3）。

12、其中，正向序列1的5'端可连接荧光基团序列标签5'-gaaggtgaccaagttcatgct-3'（seq id no:4），正向序列2的5'端可连接荧光基团序列标签5'-gaaggtcggagtcaacggatt-3'（seq id no:5）。

13、连接荧光基团序列标签后的

kp3d_4.16 kasp引物组为：

14、正向引物1：

15、5'-gaaggtgaccaagttcatgctggtttcaaacggtattttgatgcc-3'（seq id no:6）；

16、正向引物2：

17、5'-gaaggtcggagtcaacggattggtttcaaacggtattttgatgct-3'（seq id no:7）；

18、反向引物：

19、5'-cttctggctctgtcggtgaa-3'（seq id no:8）。

20、本发明还提供一种鉴定待测小麦是否携带红芒麦子来源

yrhm相关等位变异的方法，包括以下步骤：

21、s1. 提取待测材料基因组dna；

22、s2. 使用

kp3d_4.16特异性kasp引物组进行pcr扩增；

23、s3. 对扩增产物进行荧光分型检测；

24、s4. 判断

kp3d_4.16位点基因型，其中，若基因型为t:t，则待测小麦为候选的纯合携带红芒麦子来源

yrhm抗条锈病位点的小麦；若基因型为c:t，则待测小麦为候选的杂合携带

yrhm相关等位变异的小麦；若基因型为c:c，则待测小麦为候选的不携带红芒麦子来源

yrhm抗条锈病位点的小麦。

25、有益效果

26、本发明以红芒麦子和avocet s衍生群体为基础，通过成株期条锈病抗性鉴定、

yr18功能标记检测、

yr18阴性次级群体构建、bsa-seq分析、kasp标记开发、连锁定位和精细定位，获得了与红芒麦子来源成株期抗条锈病位点

yrhm紧密连锁的特异kasp分子标记

kp3d_4.16。

27、本发明的

kp3d_4.16位于

yrhm精细定位区间内，可用于检测chr3d:4,155,901位点c/t变异，该变异位于候选基因

traescs3d03g0022300的第一编码外显子，其中t等位基因与红芒麦子来源

yrhm抗条锈病位点相关。利用本发明提供的引物组，可快速、高效地进行kasp荧光分型，适合小麦育种群体中

yrhm相关等位变异的追踪。

28、本发明的

kp3d_4.16在由258份地方小麦和145份四川育成品种组成的403份小麦材料中未检测到红芒麦子相关t等位基因，表明该标记对红芒麦子来源

yrhm具有较高特异性。该标记可用于抗条锈病种质资源筛选、红芒麦子来源

yrhm导入后代选择、

yrhm与

yr18等抗性位点聚合育种，从而提高小麦抗条锈病分子辅助选择效率，缩短育种周期。