引起番茄抗坏血酸合成差异的SNP位点、筛选方法及鉴别方法

技术特征：
1.4个引起番茄抗坏血酸合成差异的snp位点，分别位于异柠檬酸裂解酶编码基因的起始密码子上游286bp、847bp、1193bp和1981bp处，所述基因位于番茄7号染色体sl2.50ch07:60973492..60970926，该基因序列ncbi序列号为nm_001246949.2，sgn基因索列号为solyc07g052480.2。2.如权利要求2所述的snp位点，其特征在于，根据所述的4个snp位点，可将番茄分为四种单倍基因型，分别为hapⅰ、hapⅱ、hapⅲ和hapⅳ；其中hapⅰ单倍型抗坏血酸含量高于其他基因型；hapⅰ单倍型的对应的基因型在286bp、847bp、1193bp和1981bp处的4个snp位点核苷酸碱基依次为a、t、g、c；hapⅱ单倍型的对应的基因型在286bp、847bp、1193bp和1981bp处的4个snp位点核苷酸碱基依次为a、c、g、c；hapⅲ单倍型的对应的基因型在286bp、847bp、1193bp和1981bp处的4个snp位点核苷酸碱基依次为g、c、a、t；hapⅳ单倍型的对应的基因型在286bp、847bp、1193bp和1981bp处的4个snp位点核苷酸碱基依次为g、c、a、t。3.引起番茄抗坏血酸合成差异的snp位点的筛选方法，包括以下步骤：选取maf>0.05及最小等位基因品种≧6的5.5m高质量的snp进行全基因组关联分析；通过tassel 4.0中压缩混合线性模型对抗坏血酸含量进行gwas关联分析，阈值为p≦1.8
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(p＝1/n；n＝总snp数)，显著相关snp位点上下游50kb范围内的基因为可能的候选基因；根据番茄核心种质资源重测序数据和一代测序分析所述候选基因在不同番茄材料中的snp位点，作为候选snp位点；排除所述候选基因编码取的snp位点，即可得到引起番茄抗坏血酸合成差异的所述snp位点；其中，所述候选基因为于番茄7号染色体sl2.50ch07:60973492..60970926，该基因序列ncbi序列号为nm_001246949.2，sgn基因索列号为solyc07g052480.2；引起番茄抗坏血酸合成差异的所述snp位点分别位于所述候选基因的起始密码子上游286bp、847bp、1193bp和1981bp处。4.一种高含量抗坏血酸番茄种质资源的鉴别或辅助鉴别方法，包括：检测位于异柠檬酸裂解酶编码基因的起始密码子上游286bp、847bp、1193bp和1981bp处的snp位点，所述基因位于番茄7号染色体sl2.50ch07:60973492..60970926，该基因序列ncbi序列号为nm_001246949.2，sgn基因索列号为solyc07g052480.2；若所述基因在286bp、847bp、1193bp和1981bp处的4个snp位点核苷酸碱基依次为a、t、g、c，则判断该番茄材料为单倍型高含量抗坏血酸番茄种质资源。

技术总结
本发明涉及4个引起番茄抗坏血酸合成差异的SNP位点、筛选方法及鉴定方法。4个SNP位点分别位于异柠檬酸裂解酶编码基因的起始密码子上游286bp、847bp、1193bp和1981bp处，所述基因位于番茄7号染色体SL2.50ch07:60973492.60970926，该基因序列NCBI序列号为NM_001246949.2，SGN基因索列号为Solyc07g052480.2。该SNP位点能够为鉴定或辅助鉴定高含量抗坏血酸番茄种植资源提供了技术支持。术支持。术支持。


技术研发人员：张余洋 陈卫芳 叶志彪
受保护的技术使用者：华中农业大学
技术研发日：2021.07.15
技术公布日：2022/7/15