对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识别的方法及应用

技术特征：
1.一种对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识别的方法，其特征在于，包括：提取待鉴定树种的总dna，进行测序与序列拼接和组装，得到待鉴定树种的全叶绿体基因组序列；将所述待鉴定树种的全叶绿体基因组序列与标准参照序列比对并构建系统进化树；根据待鉴定树种与标准参照序列支的聚集结果，实现对海南黄花梨及其近缘极易混淆种的树种识别。2.据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述标准参照序列包括海南黄花梨mt644131、越南黄花梨mt644133、巴西黑黄檀mt644130、黑黄檀mt644128、巴里黄檀mt644134、奥式黄檀mt644132、黄檀mt644129和mt644135交趾黄檀。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，取待鉴定树种的叶片，研磨后提取总dna；优选地，通过qiagen dneasy plant maxi kit试剂盒提取待鉴定树种的总dna。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将所述鉴定树种的总dna进行高通量测序，获取一定读长的片段序列；优选地，应用illumina二代测序平台进行高通量测序；优选地，所述一定读长的片段序列为8.0～10.0gb数据量的片段序列；优选地，还包括按照n bases>10％和low-quality bases≤5>50％标准进行数据过滤的步骤，得到6.0～8.0gb数据量的片段序列。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，拼接时使用trimmomatic对所述片段序列进行质控；优选地，利用bwa v0.7.17-r1188软件将所述片段序列与ncbi叶绿体数据库进行比对，然后使用picard v2.20.3程序筛选叶绿体序列；优选地，筛选出的叶绿体序列通过spades v3.14.0以默认参数进行从头组装，并将输出的gfa文件导入到bandage v0.8.1中，得到待鉴定树种的全叶绿体基因组序列。6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，还包括通过质体基因组注释软件对所述待鉴定树种的全叶绿体基因组序列进行基因结构注释的步骤。7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，比对后去除空缺和比对模糊区域的序列，然后将得到的核苷酸序列进行串联并构建系统进化树；优选地，使用mafft v7.464软件进行比对，使用trimal v1.4去除空缺和比对模糊区域的序列；优选地，使用iq-tree v2.0构建系统进化树。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，用于比对和构建系统进化树的序列为待鉴定树种的保守蛋白编码基因最长的cds序列。9.根据权利要求1-8任一项所述的方法，其特征在于，当所述聚集结果为待鉴定树种与标准参照序列聚为一支，且支持率大于50％时，实现海南黄花梨及其近缘极易混淆种的树种识别。10.权利要求1-9任一项所述的方法在鉴别海南黄花梨树种中的应用。

技术总结
本发明提供了一种对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识别的方法及应用，涉及物种鉴别技术领域，本发明提供的对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识别的方法，以叶绿体全基因组为基准进行鉴别，相较于单个或多个片段而言，可以提供更多的变异位点，实现精准鉴别。并且，在DNA水平上进行的树种识别不易受地域、生长期及生长环境等的影响，具有较高的稳定性。此外，只需要有合格的DNA样品和计算机操作平台即可开展工作，操作简单，成本低廉，应用本发明提供的方法可建立标准化的操作流程，具有广阔的应用前景。具有广阔的应用前景。具有广阔的应用前景。


技术研发人员：洪舟 武志强 廖雪竹 徐大平 杨曾奖
受保护的技术使用者：中国农业科学院深圳农业基因组研究所
技术研发日：2022.03.11
技术公布日：2022/7/12