一种黑盖猪核心群再选育方法与流程

1.本发明涉及畜牧养殖技术领域，尤其涉及一种黑盖猪核心群再选育方法。


背景技术：

2.枣庄地区对黑盖猪的饲养较为集中，属于地方肉质优良品种。其体型紧凑、耐粗饲料、肉质鲜嫩、口感独特，随着人民生活水平的日益提高，人们对肉食品质量的要求愈来愈高，对肉质营养、口感追求更为突出，而枣庄黑盖猪的繁育生长速度和瘦肉产量明显落后于时代的发展。目前采取较为传统的选育方式，例如目前我国猪育种实践中常用的办法是闭锁式群体继代选育法，其原理是先选集多个血统的基础群，然后封闭畜群，在闭锁群体内按照生产性能、体质外貌、血统来源进行选种选配。其相对于更为科学的芯片采集数据结合基因分析繁育，其明显落后，选育的成功概率及品质无法满足需求。


技术实现要素：

3.本发明的目的在于提供一种黑盖猪核心群再选育方法，其采用新科学技术进行选育，以解决上述技术问题。
4.为实现上述目的本发明采用以下技术方案：一种黑盖猪核心群再选育方法，包括以下步骤：步骤1、利用snp芯片数据进行黑盖猪群体内个体间亲缘关系确定，提取所有种猪的基因组dna，获得群体中黑盖猪的65000个snps位点信息；步骤2、黑盖猪群体的肉质相关基因和分子标记基因型分析；挑选所有和肉质性状和生长性状相关的候选基因及其分子标记，结合已有生长速度、饲料转换率表型数据，及利用背膘厚和眼肌面积辅助推测的肉质形状表型数据，与上述分子标记进行关联分析，从而确定可用于黑盖猪群体选择的分子标记及其优势基因型，制定可用于黑盖猪优良生长性状和肉质形状鉴定的专门化芯片，供后续分子育种使用；步骤3、snp芯片数据和分子标记的mblup育种值估计模型的确定；根据芯片数据估计的群体亲缘关系，构建亲缘关系矩阵，结合上述分子标记及其分型结果，采用mblup技术进行个体育种值估计，其模型为：其中y为表型测量值向量；u为育种值随机向量，其均值为0，方差协方差矩阵为aσu2，a是亲缘关系矩阵；v是固定分子标记效应向量，基因型已知，e为误差向量，其均值为0，方差协方差矩阵为iσe2；z、q是相应的关联矩阵；步骤4、黑盖猪综合选择指数法确定和核心群个体的选择；根据个体数值，选择排名前50的公猪和300头母猪组成0代选育核心群，核心群组成后,实行闭锁繁育,中途不引入外血，做好后代记录；为缩短世代间隔，加快遗传进展，实行一年一个世代，头胎留种的基本框架，30天完成配种，繁殖的新一代在同一时期、大体相同的条件下进行性能测定，淘汰有遗传缺陷、体型和生长发育有明显缺陷的个体，择优留种，留种率根据群体规模和更新率确定，公猪要兼顾血统，原则上每个家系的公猪均有入
选，但不是各家系等量留种，各世代公母猪数与基础群规模基本相同，限制半、全同胞交配，后备猪需严格测定种用性能后再投入使用。
5.优选的，步骤1分析之前，利用plink软件对结果数据进行质控，去除snp检出率小于95%，最小等位基因频率小于1%、极端不符合哈代-温伯格平衡检验 p《10-6 以及没有染色体位置信息的snp位点和个体检出率 《90% 的个体。
6.本发明的有益效果是：本发明采用新的科学技术，利用snp芯片数据进行黑盖猪群体内个体间亲缘关系确定，提取所有种猪的基因组dna，通过数据建模以及利用plink软件对结果数据进行质控，大大提高了选育的精准性，使得黑盖猪繁育无论从数量还是肉类品质大大提高。
具体实施方式
7.下面对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
8.利用60k snp芯片数据进行枣庄黑盖猪群体内个体间亲缘关系确定本研究的实验群体来自山东福藤食品有限公司的660头黑盖猪种猪，提取所有种猪的基因组dna，用illumina porcine 60k snp 芯片，获得群体中黑盖猪的65000个snps位点信息。分析之前，利用plink软件对结果数据进行质控，去除snp检出率小于95%，最小等位基因频率小于1%、极端不符合哈代-温伯格平衡检验 p《10-6 以及没有染色体位置信息的snp位点和个体检出率 《90% 的个体。
9.枣庄黑盖猪群体的肉质相关基因和分子标记基因型分析；通过文献和数据库挑选所有和肉质性状和生长性状相关的候选基因及其分子标记，结合已有生长速度、饲料转换率等表型数据，及利用背膘厚和眼肌面积辅助推测的肉质形状表型数据，与上述分子标记进行关联分析，从而确定可用于黑盖猪群体选择的分子标记及其优势基因型，制定可用于黑盖猪优良生长性状和肉质形状鉴定的专门化芯片，供后续分子育种使用。
10.snp芯片数据和分子标记的mblup育种值估计模型的确定；根据芯片数据估计的群体亲缘关系，构建亲缘关系矩阵，结合上述分子标记及其分型结果，采用mblup技术进行个体育种值估计，其模型为：其中y为表型测量值向量；u为育种值随机向量，其均值为0，方差协方差矩阵为aσu2（a是亲缘关系矩阵）；v是固定分子标记效应向量（基因型已知），e为误差向量，其均值为0，方差协方差矩阵为iσe2;z、q是相应的关联矩阵。
11.黑盖猪综合选择指数法确定和核心群个体的选择；根据个体数值，选择排名前50的公猪和300头母猪组成0代选育核心群，核心群组成后,实行闭锁繁育,中途不引入外血，做好后代记录。为缩短世代间隔，加快遗传进展，实行一年一个世代，头胎留种的基本框架。30天完成配种，繁殖的新一代在同一时期、大体相同的条件下进行性能测定。淘汰有遗传缺陷、体型和生长发育有明显缺陷的个体，择优留种，留种率根据群体规模和更新率确定。公猪要兼顾血统，原则上每个家系的公猪均有入选
（但不是各家系等量留种）。各世代公母猪数与基础群规模基本相同，限制半、全同胞交配。后备猪需严格测定种用性能后再投入使用。
12.尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。


技术特征：
1.一种黑盖猪核心群再选育方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、利用snp芯片数据进行黑盖猪群体内个体间亲缘关系确定，提取所有种猪的基因组dna，获得群体中黑盖猪的65000个snps位点信息；步骤2、对黑盖猪群体的肉质相关基因和分子标记基因型分析；挑选所有和肉质性状和生长性状相关的候选基因及其分子标记，结合已有生长速度、饲料转换率表型数据，及利用背膘厚和眼肌面积辅助推测的肉质形状表型数据，与上述分子标记进行关联分析，从而确定可用于黑盖猪群体选择的分子标记及其优势基因型，制定可用于黑盖猪优良生长性状和肉质形状鉴定的专门化芯片，供后续分子育种使用；步骤3、利用snp芯片数据和分子标记的mblup育种值估计模型的确定；根据芯片数据估计的群体亲缘关系，构建亲缘关系矩阵，结合上述分子标记及其分型结果，采用mblup技术进行个体育种值估计，其模型为：其中y为表型测量值向量；u为育种值随机向量，其均值为0，方差协方差矩阵为aσu2，a是亲缘关系矩阵；v是固定分子标记效应向量，基因型已知，e为误差向量，其均值为0，方差协方差矩阵为iσe2;z、q是相应的关联矩阵；步骤4、对黑盖猪综合选择指数法确定和核心群个体的选择；根据个体数值，选择排名前50的公猪和300头母猪组成0代选育核心群，核心群组成后,实行闭锁繁育,中途不引入外血，做好后代记录；为缩短世代间隔，加快遗传进展，实行一年一个世代，头胎留种的基本框架，30天完成配种，繁殖的新一代在同一时期、大体相同的条件下进行性能测定，淘汰有遗传缺陷、体型和生长发育有明显缺陷的个体，择优留种，留种率根据群体规模和更新率确定，公猪要兼顾血统，原则上每个家系的公猪均有入选，但不是各家系等量留种，各世代公母猪数与基础群规模基本相同，限制半、全同胞交配，后备猪需严格测定种用性能后再投入使用。2.如权利要求1所述的一种黑盖猪核心群再选育方法，其特征在于，步骤1分析之前，利用plink软件对结果数据进行质控，去除snp检出率小于95%，最小等位基因频率小于1%、极端不符合哈代-温伯格平衡检验 p<10-6 以及没有染色体位置信息的snp位点和个体检出率 <90% 的个体。

技术总结
本发明公开了一种黑盖猪核心群再选育方法。利用SNP芯片数据进行黑盖猪群体内个体间亲缘关系确定，提取所有种猪的基因组DNA，获得群体中黑盖猪的65000个SNPs位点信息；对黑盖猪群体的肉质相关基因和分子标记基因型分析；利用SNP芯片数据和分子标记的MBLUP育种值估计模型的确定；黑盖猪综合选择指数法确定和核心群个体的选择；本发明采用新的科学技术，利用SNP芯片数据进行黑盖猪群体内个体间亲缘关系确定，提取所有种猪的基因组DNA，通过数据建模以及利用PLINK软件对结果数据进行质控，大大提高了选育的精准性，使得黑盖猪繁育无论从数量还是肉类品质大大提高。数量还是肉类品质大大提高。


技术研发人员：方美英 武英 刘剑锋 朱绍伟 单体中
受保护的技术使用者：山东福藤食品有限公司
技术研发日：2022.02.24
技术公布日：2022/5/25