单倍型方法与流程

单倍型方法
1.本发明涉及使用单倍型定相检测可能与疾病或病症相关的基因的异常表达。特别地，本发明涉及获得靶真核细胞中基因的至少两个等位基因的表达水平之间失调的指示的方法。
2.常见变异全基因组关联研究(gwas)已经确定数以万计的与复杂性状(例如体重指数、身高等)和对常见疾病(例如糖尿病、心脏病、免疫疾病和癌症易感性)相关的遗传变异。尽管遗传学具有统计学意义，但识别gwas信号背后的致病变异和基因一直受到两大因素的阻碍。首先，由于基因组内序列变异的广泛联系，因果序列很难精确确定；并且其次，不管所讨论的特定gwas，绝大多数变体都位于可解释的编码基因组外。
3.解释非编码基因组的能力是生物医学科学的优先事项。在过去的十年中，我们对非编码dna的理解已经从“垃圾”演变成控制编码和非编码转录组的表达和功能的复杂调节线路。该功能的核心是调节性非编码元件：启动子、增强子和内含子/外显子边界。尽管某些调控元件的存在已有几十年的历史，但它们的普遍存在(在发育和常规细胞过程中具有关键的组织特异性作用)直到最近二十年才变得清晰。这些元素与常见疾病的遗传学之间的巨大重叠已经开始使人们理解gwas信号的混杂非编码分布。
4.特别是，需要对转录组(即一个细胞或细胞群中的所有rna分子的集合)进行进一步研究以帮助识别在特定疾病(或其相关生化途径)中异常表达的基因，并且因此确定候选药物靶点。
5.基因的异常表达可能是由于调节基因表达的元素发生变化。这些元素的变化可能导致基因的过度表达或表达不足，基因的时间表达或它们的组织特异性的变化。
6.众所周知，这种变化也可能导致单个细胞或细胞群内相同基因的不同等位基因的表达水平的失调；并且这种失调也可能与特定的疾病或病症有关。
7.确定细胞内等位基因(即单倍型)的序列变异之间的联系称为“定相”；并且等位基因的表达水平不同的发现被称为“等位基因偏斜”。
8.传统上，大多数mrna的生化和遗传分析都在polya

mrna上进行。首先从细胞中提取总rna；然后向下通过oligo-dt柱以结合polya

mrna；并且然后polya

mrna从柱上选择性地洗脱。polya

rna包含mrna的编码序列，即(非编码)内含子已被去除，并且这是研究人员通常最感兴趣的mrna形式。使用poly-dt柱还有一个优点，即rrna(这是一种不需要的污染物并且在所有细胞中大量表达)可以通过这种方法去除。
9.发明人现在已经认识到，可以通过使用不限于polya

rna的mrna来获得来自转录组的额外信息。更具体地说，他们已经认识到，如果使用前mrna(例如polya-mrna，其仍然包含内含子)，在内含子和下游序列中发现并在polya

rna中去除的基因组序列中的自然变异可用于确定等位基因偏斜，从而识别失调的基因。重要的是，当在非定相基因组序列中进行时，所有序列变体都可以归因于特定等位基因以确定整个基因的等位基因偏斜并将这些与基因体外的序列变异联系起来。
10.虽然polya-mrna的分离以前是已知的(例如kowalczyk，2012)，但它以前没有用于基因单倍型或等位基因偏斜的背景下。
11.ep 1829979 a1涉及在cdna中搜索基因多态性(例如snp)的方法，作为识别等位基因之间表达水平不同的基因的手段。发明人认识到成熟的polya mrna在剪接后仅具有一个外显子序列并且因此此类序列“太短”而不能包含足够的snp以进行评估。因此，发明人选择核内rna以提供“长链”，预期该“长链”包含许多遗传多态性，这些遗传多态性可能使等位基因之间表达水平不同的基因能够被区分(参见第[0006]和[0018]段)。
[0012]
james等人(2013年)使用前rna来检测免疫细胞中受刺激条件下一个等位基因相对于另一个等位基因表达的偏斜，但在非定相基因组的背景下没有这样做以与遗传学联系或在基因内或远端的表观基因组中测试基因组中的功能偏斜。
[0013]
sigurdsson等人(2008年)在非定相基因组的背景下使用等位基因偏斜来检测具有位于基因体内的风险单倍型的等位基因偏斜，但在非定相基因组的背景下没有这样做以与遗传学联系或测试基因内或基因远端的表观基因组的功能偏斜。
[0014]
thomas等人(2011)结合表观遗传偏斜和基因表达偏斜的使用来研究与单等位基因相关的表观遗传效应，但仅在基因体内，因为他们不在非定相基因组的背景下使用它。
[0015]
rainbow等人(2008)使用前mrna形式来观察il-2基因表达的等位基因特异性差异，但这不是在与远端调控景观或遗传学相关的非定相基因组的背景下。
[0016]
本发明的目的是提供一种获得靶真核细胞中相同基因的不同等位基因的表达水平之间失调指示的方法，该方法包括使用前mrna。在非定相基因组中，这种失调然后可以与基因体外部的序列变异相关联，从而导致受影响等位基因上的基因失调。
[0017]
如果没有定相，则在rna分析中检测到的每个snp(除非它们靠得很近，即在《300bp的短距离内)在不具有所有snp都在相同的方向上偏斜的假设的情况下不能分配给相同的等位基因。因此，它们不能用于为给定等位基因的等位基因偏斜增加统计稳健性。就rna中的表示变化和偏斜方向而言，通过定相，可以将所有snp分配给给定的等位基因并且可以在统计上看到其行为相似。
[0018]
更重要的是，如果没有定相，这种偏斜的rna表达不能与基因外的变化联系起来。在相同染色体上以顺式方式控制基因表达的调控元件可以位于距它们控制的基因至多200万个碱基对的位置。使用定相，在遗传上将序列变化与给定性状或疾病联系起来的基因型可以被视为与在其等位基因偏斜表达中表现可重复的基因位于相同的等位基因上。这也允许人们将远端snp的表观遗传变化与同一染色体上等位基因的表达变化联系起来。这些表观遗传变化可以使用等位基因偏斜来检测，用于测量增强子活性的基于序列的基因组测定，例如开放染色质测定(例如dnase-seq或atac-seq)、与调节活性相关的染色质标记(例如用于染色质标记如h3k27ac、h3k4me1或用于蛋白质结合，如rna聚合酶、转录因子结合的chip-seq)或重要调节结构蛋白的结合，如ctcf。
[0019]
本发明涉及使用单倍型定相检测可能与疾病或病症相关的基因的异常表达。
[0020]
使用本发明的方法，可以将基因表达中的偏斜与与基因体外的性状和疾病性状相关的遗传信号联系起来，其中它们通常在基因体外被富集。它还允许将基因表达中的偏斜与与调控活动相关的基于序列的基因组学分析中的偏斜联系起来，并且可以在基因组规模上大规模地这样做，以验证基因表达变化的潜在机制。
[0021]
从本发明的方法获得的信息可用于识别在特定疾病或病症(或其相关生化途径)中异常表达的基因，并且因此识别候选药物靶标。
[0022]
该信息也可能有助于确定疾病或病症的潜在遗传原因。
[0023]
在一个实施方案中，本发明提供一种获得靶真核细胞中相同基因的至少两个等位基因的表达水平之间失调指示的方法，该方法包括以下步骤：
[0024]
对于来自一个或多个靶真核细胞的多个基因，
[0025]
(a)获得相同基因的至少两个等位基因的前mrna；和
[0026]
(b)确定相同基因的一对或多对等位基因(i,j)的前mrna量之间的比率(r
i,j
)；
[0027]
其中如果对于相同基因的一对或多对等位基因(i,j)，r
i,j
≠1，则这表明该基因的这两个等位基因在该靶真核细胞中的表达水平之间存在失调。
[0028]
优选地，如果对于相同基因的一对或多对等位基因(i,j)，如果r
i,j
《0.9或如果r
i,j
》1.1，则这表明该靶真核细胞中的该基因的这两个等位基因的表达水平之间的失调。
[0029]
在另一个实施方案中，本发明提供一种识别其等位基因在靶真核细胞中失调的基因的方法，该方法包括以下步骤：
[0030]
对于来自一个或多个靶真核细胞的多个基因，
[0031]
(a)获得基因的至少两个等位基因的前mrna；和
[0032]
(b)确定基因的等位基因对(i,j)的前mrna量之间的比率(r
i,j
)；
[0033]
其中，如果对于基因的等位基因对(i,j)，r
i,j
≠1，则这表明其等位基因在靶真核细胞中失调的基因。
[0034]
优选地，如果对于基因的等位基因对(i,j)，r
i,j
《0.9或如果r
i,j
》1.1，则这表明其等位基因在靶真核细胞中失调的基因。
[0035]
在又一个实施方案中，本发明提供一种获得引起疾病或病症的指示的方法，所述方法包括以下步骤：
[0036]
对于来自一个或多个靶真核细胞的多个基因，
[0037]
(a)获得基因的至少两个等位基因的前mrna；和
[0038]
(b)确定基因的等位基因对(i,j)的前mrna量之间的比率(r
i,j
)；
[0039]
其中靶真核细胞是与疾病或病症相关或具有疾病或病症特征的细胞，
[0040]
并且其中如果对于基因的等位基因对(i,j)，r
i,j
≠1，则这表明疾病或病症是由该基因的等位基因的表达水平之间的失调引起的。
[0041]
优选地，如果对于基因的等位基因对(i,j)，r
i,j
《0.9或如果r
i,j
》1.1，则这表明疾病或病症是由该基因的等位基因的表达水平之间的失调引起的。
[0042]
在又一个实施方案中，本发明提供一种识别基因的等位基因突变的方法，该突变可能导致靶真核细胞中该基因的等位基因的表达水平失调，该方法包括以下步骤：
[0043]
对于来自一个或多个靶真核细胞的多个基因，
[0044]
(a)获得基因的至少两个等位基因的前mrna；和
[0045]
(b)确定基因的一对或多对等位基因(i,j)的前mrna量之间的比率(r
i,j
)；
[0046]
其中当基因的等位基因对(i,j)的r
i,j
≠1时，或响应于确定对于基因的等位基因对(i,j)，r
i,j
≠1，该方法还包括以下步骤：
[0047]
(c)确定该对等位基因的核苷酸序列；和
[0048]
(d)比较该对等位基因的核苷酸序列以识别该对等位基因的核苷酸序列之间的差异；
[0049]
其中基因的等位基因对的核苷酸序列之间的一个或多个差异可能是导致在靶真核细胞中该基因的两个等位基因的表达水平失调的突变。
[0050]
优选地，对于基因的等位基因对(i,j)，当r
i,j
《0.9时或如果r
i,j
》1.1，或对于基因的等位基因对(i,j)，响应于确定r
i,j
《0.9或如果r
i,j
》1.1，该方法包括以下步骤：
[0051]
(c)确定该对等位基因的核苷酸序列；和
[0052]
(d)比较该对等位基因的核苷酸序列以识别该对等位基因的核苷酸序列之间的差异；
[0053]
其中基因的等位基因对的核苷酸序列之间的一个或多个差异可能是导致在靶真核细胞中该基因的两个等位基因的表达水平失调的突变。
[0054]
如本文所用，术语“失调”是指基因的一个或多个等位基因之间的调节差异。通常，基因的等位基因以相似的水平表达。然而，控制单个等位基因表达的调节区域中的突变可能导致这些等位基因的表达增强或降低。因此，术语“失调”也指基因的等位基因的表达水平的差异。
[0055]
靶细胞是真核细胞(即其核dna具有内含子的细胞)。优选地，真核细胞是哺乳动物细胞，例如人、猴、小鼠、大鼠、猪、山羊、马、绵羊或牛。最优选地，细胞是人细胞。
[0056]
细胞可以是细胞原代细胞或来自细胞系的细胞。优选地，细胞是原代细胞。
[0057]
在本发明的一些实施方案中，靶细胞是造血细胞，例如红细胞、淋巴细胞(例如t细胞、b细胞和自然杀伤细胞)、粒细胞、巨核细胞和巨噬细胞。优选地，靶细胞是原代淋巴样细胞。
[0058]
在其他实施方案中，靶细胞是脑细胞；优选地，靶细胞是原代神经元细胞。
[0059]
虽然细胞优选是二倍体细胞，但本发明的方法适用于其他倍体的细胞，例如四倍体细胞。
[0060]
在本发明的一些实施方案中，靶真核细胞是与疾病或病症相关或具有疾病或病症特征的那些。下面给出与疾病或病症相关或具有其特征的真核细胞的实例：
[0061][0062]
疾病和病症的实例包括上表中的那些。
[0063]
前mrna获自一种或多种靶真核细胞。在一些优选的实施方案中，前rna获自单个靶细胞。在其他实施方案中，rna获自靶细胞群。在这样的实施方案中，靶细胞群包含基本上或完全相同类型的细胞，即该群是基本上或完全同质的。
[0064]
基因是存在于靶真核细胞中的基因。如本文所用，术语“基因”不限于rna编码或蛋白质编码序列。它包括相关的调控元件，例如增强子、启动子和终止子序列。术语“基因”可定义为包括其转录区、其内含子、启动子区和所有调节或结构元件，这些决定其在基因转录部分的启动子的200万个碱基对内的活性或表达水平。
[0065]
本发明的方法特别适用于受已知与疾病或性状相关的遗传变异影响的基因。遗传变异通常已通过全基因组关联研究(gwas)确定，但遗传变异也可能是个体受试者或癌性亚克隆中的突变。
[0066]
尽管本发明能够检测任何基因的失调，但某些类型的失调基因是优选的。这些包括与在所有细胞类型中表达的基因相比，在感兴趣的细胞类型中特异性表达的基因。类似地，对于感兴趣的细胞类型的功能很重要的基因，例如免疫细胞中免疫突触的基因，也是优选的。还优选的是编码转录因子的基因，这些转录因子决定给定细胞类型的细胞类型特性和/或行为。此外，优选影响细胞的整体适应性的基因，例如细胞周期调节基因或与细胞凋亡相关的基因。在癌细胞中，优选影响诸如细胞增殖、移动性和/或粘附等过程的基因，包括
但不限于膜受体、次级信使分子、转录因子和表观遗传调节剂。
[0067]
如本文所用，术语“多个基因”是指2个或更多个基因，例如2-10、10-100、100-500、500-1000、1000-5000、5000-10000或10000或更多。
[0068]
每个靶真核细胞中至少存在两个相同基因的等位基因。例如，相同基因可能存在2、3或4个等位基因。优选地，每个靶真核细胞中存在相同基因的2个等位基因。
[0069]
前mrna等位基因中一个或多个或所有外显子的序列可以相同或不同。前mrna等位基因中所有内含子中的一个或多个的序列可以相同或不同。
[0070]
对于一种或多种感兴趣的等位基因，靶细胞优选是杂合的。
[0071]
本发明的方法的步骤(a)包括获得前mrna的步骤。优选地，前mrna来自给定单倍型上相同基因的至少两个等位基因。
[0072]
前mrna是在蛋白质合成过程中通过转录产生的rna的第一种形式。前mrna从靶细胞核中的dna模板转录。前rna通常是5'-封端的(即带有7-甲基鸟苷)，因为这种封端发生在rna合成开始后的几个核苷酸内。在本发明的上下文中，前mrna可以包含或不包含5'-封端。
[0073]
前mrna和真核细胞中的mrna存在两个主要区别：(i)在前mrna的3'末端加入poly-a尾；并且(ii)内含子从前mrna中剪接出来。一旦前mrna被加工成包含上述特点，它就被称为“成熟信使rna”或简称为“信使rna”(mrna)。多聚腺苷酸化mrna也称为“polya

rna”。
[0074]
在本发明的上下文中，重要的是所有或基本上所有的内含子都保留在前mrna中，即它们没有全部被剪接。如本文所用，在一个实施方案中，术语“基本上所有的内含子都被保留”用于表示至少50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％的内含子核苷酸序列(通常会被剪接)保留在前mrna中。在另一个实施方案中，术语“基本上所有的内含子都被保留”是指保留内含子总数的至少50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％在前mrna中。
[0075]
在本发明的上下文中，未发生多聚腺苷酸化也是重要的(但不是必需的)。这允许从目标基因的3'端获得信息。因此，前mrna可能含有少量或痕量的多聚腺苷酸化mrna。
[0076]
在本发明的一些实施方案中，每个等位基因周围的序列变异是已知的也很重要。这使得影响基因调控的序列变异与等位基因偏斜和基因失调有关。
[0077]
在本发明的方法中，从靶真核细胞中获得最佳量的前mrna(即尽可能多)。
[0078]
前mrna可以通过细胞裂解从细胞中获得，并且然后溶剂提取和去除rrna和polya

rna物类。前mrna也可以通过细胞裂解从细胞中获得，并且然后将rna结合到亲和柱上并去除rrna和polya

rna物类。
[0079]
优选地，前mrna通过细胞裂解、随后溶剂提取和总rna沉淀来获得。例如，可以使用trizol试剂(sigma)、phaselock凝胶管(5prime)和离心法提取总rna。rna可以通过与等体积的propan-2-ol混合，然后离心来沉淀。沉淀的rna可以用75％乙醇洗涤，干燥并溶解在水中(例如kowalczyk,2012)。
[0080]
在本发明的方法中使用的前mrna也可以与少量的其他rna，例如rrna和/或trna，或dna混合。
[0081]
优选地，前mrna不包含核糖体rna(rrna)或前mrna已被去除rrna，例如在使用前rrna从前mrna中去除。例如，可以使用用于rna测序的ribominus eukaryote kit(invitrogen)去除rrna。
[0082]
优选地，前mrna是polya-mrna。优选地，前mrna不包含dna；这可以用dna酶去除。
[0083]
本发明的方法的步骤(b)包括确定(相同)基因的等位基因(i,j)对(或一对或多对)的前mrna的量之间的比率(r
i,j
)。
[0084]
在这方面，本发明的方法包括(1)涉及确定等位基因对的前mrna的绝对量(及其比率)的方法和(2)确定等位基因对的前mrna的相对量的方法(不一定确定等位基因前mrna的绝对量)。
[0085]
获得等位基因的前mrna的绝对量的方法包括rna-seq，然后进行基因组比对和计算比对序列的数量。源自特定等位基因的序列通过在rna-seq数据中识别内含子、外显子和下游转录区域的序列变化来识别和计数，这些变化已知是该等位基因特异性的。
[0086]
优选地，第一和第二等位基因的前mrna的绝对量由链特异性rna-seq、随后基因组比对和比对序列数的计数确定。来自非转录链的序列被丢弃，以去除基因组污染和反义转录。源自特定等位基因的序列通过在rna-seq数据中识别内含子、外显子和下游转录区域的序列变化来识别和计数，这些变化已知是该等位基因特异性的(例如quinn等，2013)。
[0087]
优选地，第一和第二等位基因的前mrna的相对或绝对量使用rna-seq来确定。
[0088]
使用cdna与snp微阵列的杂交并确定来自每个等位基因的相对信号，可以确定第一和第二等位基因数量的相对差异。也可以使用snp特异性pcr并确定来自每个等位基因的相对信号来确定第一和第二等位基因数量的相对差异。
[0089]ri,j
在本文中定义为基因的等位基因对(i,j)的前mrna的量的比率，其中i是第一等位基因并且j是第二等位基因。
[0090]
在正常表达时，基因的第一等位基因(i)的前mrna的量应当与基因的第二等位基因(j)的前mrna的量大致相等，即两个等位基因的表达应当相等。
[0091]
当对于相同基因的一对或多对等位基因(i,j)，r
i,j
≠1时，这表明该基因在该靶真核细胞中的这两个等位基因的表达水平之间存在失调。
[0092]
在一个实施方案中，术语“r
i,j
≠1”表示r
ij
基本上不等于1，例如，当考虑到随机变化和实验误差时，r
ij
不等于1。
[0093]
在另一个实施方案中，术语“r
i,j
≠1”是指基因的第一等位基因(i)的前mrna的量在统计学上不同于基因的第二等位基因(j)的前mrna的量(例如，p《0.05，使用学生t检验)。
[0094]
优选地，术语“r
i,j
≠1”是指r
i,j
小于0.95、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.05或0.01；或r
i,j
大于1.05、1.1、1.2、1.4、1.6、2、2.5、3、5、10、20或100。更优选地，r
i,j
小于0.9或r
i,j
大于1.1。
[0095]
例如，如果r
i,j
《0.9，则这表明基因的第一和第二等位基因的表达之间存在失调。在这种情况下，基因的第一等位基因的表达水平低于该基因的第二等位基因的表达水平。
[0096]
例如，如果r
i,j
》1.1，那么这表明基因的第一和第二等位基因的表达之间存在失调。在这种情况下，基因的第一等位基因的表达水平高于该基因的第二等位基因的表达水平。
[0097]
受影响的等位基因(i)和正常等位基因(j)之间的r
ij
的量化允许对与人类疾病或性状相关的基因进行可重复和统计上可靠的识别。r
ij
的变化程度给出遗传学的方向，即显示基因活性的增加或减少是否与疾病或性状相关。
[0098]
此外，r
ij
的大小显示基因活性需要改变到何种程度才能产生可测量的生理效应。
[0099]
如果在基因的等位基因对(i,j)之间发现失调，则可以确定等位基因对的序列以
试图确定失调的原因，例如使用rna-seq。
[0100]
rna-seq(rna测序)，也称为全转录组鸟枪法测序(wtss)，使用下一代测序(ngs)来揭示给定时刻生物样品中rna的存在和数量。
[0101]
在本发明的上下文中，rna-seq包括以下步骤：
[0102]
(i)前体mrna在体外被片段化并复制到ds-cdna中(例如使用逆转录酶)；和
[0103]
(ii)然后对ds-cdna进行测序，优选使用高通量、短读长测序方法(例如ngs)。
[0104]
然后可以将这些序列与参考基因组序列进行比对，以重建正在转录的基因组区域。该数据可用于注释表达基因的位置、它们的相对表达水平以及任何替代剪接变体。
[0105]
如果两个等位基因的表达水平不同(例如，r
i,j
《0.9或r
i,j
》1.1)，这提供在一个等位基因上控制基因表达的调控元件存在变化的指示。调控元件可以存在于基因的内含子内或基因体外。
[0106]
atac-seq和ng capture-c等方法也可用于进一步识别等位基因失调的确切遗传原因，特别是在潜在原因是由于调控元件变化的情况下。
[0107]
本发明的方法还可以包括进行基于序列的测定(优选atac-seq、dnase-seq或chip-seq)的步骤，该测定测量调节元件的活性以检测发现的基因的相同等位基因上的偏斜在rna-seq中偏斜。本发明的方法包括使用单倍型定相。本文阐述的每个参考文献的公开内容通过引用的方式具体并入本文。
附图说明
[0108]
图1显示前mrna在使用定相单倍型和前mrna识别基因失调中的用途。
[0109]
图2显示在非定相基因组中使用前mrna来检测与调节元件中特定序列变体相关的ikzf1基因的失调。
[0110]
图3显示在普通人群中发现与常见疾病相关的风险等位基因的信息杂合子的频率。
实施例
[0111]
通过以下实例进一步说明本发明，除非另有说明，其中份数和百分数均按重量计，并且度数为摄氏度。应当理解的是，尽管这些实例说明了本发明的优选实施例，但是其仅仅为了举例说明。通过以上讨论和这些实例，本领域的技术人员可以确定本发明的必要特征，并且可以在不脱离本发明的精神和范围的情况下可以对本发明进行各种改变和修改，以使本发明适合各种用途和条件。因此，除了本文示出和描述的那些之外，根据以上描述本发明的各种修改对于本领域中技术人员将是显而易见的。这种修改也旨在落入所附权利要求的范围内。
[0112]
实施例1：在非定相基因组中使用前mrna来检测与特定单倍型相关的基因失调
[0113]
图1a显示两个基因组等位基因的示意图，每个等位基因包含两个基因和一个调节元件。区分两个等位基因的序列变化显示为x(例如，单核苷酸多态性(snp)、小插入或缺失)。两个基因的外显子显示为方框，并且两个基因的启动子元件显示为与基因的第一个外显子相关的垂直线和水平箭头。调节元件的位置显示为两个基因之间的三角形。
[0114]
在单倍型a中，该调节元件包含改变其活性的序列变化(显示为较浅的阴影)。通过
pathway",pages 57-69.
[0130]
kowalczyk,m.s.et al.intragenic enhancers act as alternative promoters.mol cell45,447-58(2012).
[0131]
quinn em,et al.(2013)development of strategies for snp detection in rna-seq data:application to lymphoblastoid cell lines and evaluation using 1000genomes data.plos one 8(3):e58815.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058815.
[0132]
rainbow et al.,biochemical society transactions,vol.36,2008,"commonality in the genetic control of type 1diabetes in humans and nod mice:variants of genes in the il-2pathway are associated with autoimmune diabetes in both species",page 312.
[0133]
schwessinger r,et al.(2017)sasquatch:predicting the impact of regulatory snps on transcription factor binding from cell-and tissue-specific dnase footprints.genome res.2017oct；27(10):1730-1742.pmcid:pmc5630036.
[0134]
sigurdsson et al.,human molecular genetics,vol.17,2008,"a risk haplotype of stat4 for systemic lupus erythematosus is over-expressed,correlates with anti-dsdna and shows additive effects with two risk alleles of irf5",pages2868-2876.
[0135]
thomas et al.,epigenetics&chromatic,vol.4,2011,"allele-specific transcriptional elongation regulates monoallelic expression of theigf2bpl gene",page 14.