密封蛋白-6双特异性抗体的制作方法

技术特征：
1.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，其中：a.所述抗原结合蛋白结合至cldn6的细胞外结构域(ecd)的细胞外环2(el2)，并且不结合至cldn6的所述ecd的细胞外环1(el1)；或b.不结合至密封蛋白3(cldn3)、密封蛋白4(cldn4)和密封蛋白9(cldn9)中的任一者，并且以小于约1200nm抑制参考抗体与由ovca429细胞内源性表达的cldn6的结合；或c.它们的组合。2.如权利要求1所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至氨基酸序列wtahaiirdfynplvaeaqkrel(seq id no:2)内的表位。3.如权利要求2所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至cldn 6的氨基酸序列tahaiirdfynpl(seq id no:3)或lvaeaqkrel(seq id no:4)。4.如权利要求1至3中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白不结合至密封蛋白3(cldn3)、密封蛋白4(cldn4)和密封蛋白9(cldn9)中的任何一者或多者。5.如权利要求4所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白不结合至cldn3。6.如权利要求5所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至cldn6、cldn4和cldn9。7.如权利要求5所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白不结合至cldn9。8.如权利要求7所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至cldn6和cldn4。9.如权利要求5所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白不结合至cldn4。10.如权利要求9所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至cldn6和cldn9。11.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述参考抗体包括seq id no:181的轻链可变序列和seq id no:182的重链可变序列或seq id no:185的轻链可变序列和seq id no:186的重链可变序列。12.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括：a.表a中列出的重链cdr1氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:11、17、23、29、35、41、47、53、59、65、71、77、83、89、95、101、107、113、119、125和131，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；b.表a中列出的重链cdr2氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:12、18、24、30、36、42、48、54、60、66、72、78、84、90、86、102、108、114、120、126和132，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；c.表a中列出的重链cdr3氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:13、19、25、31、37、43、49、55、61、67、73、79、85、91、97、103、109、115、121、127和133，或其仅相差
一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；d.表a中列出的轻链cdr1氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:8、14、20、32、38、44、50、56、62、68、74、80、86、92、98、104、110、116、122和128，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；e.表a中列出的轻链cdr2氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:9、15、21、27、33、39、45、51、57、63、69、75、81、87、93、99、105、111、117、123和129，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；f.表a中列出的轻链cdr3氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:10、16、22、28、34、40、46、52、58、64、70、76、82、88、94、100、106、112、118、124和130，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；g.(a)-(f)中的任何两者或更多者的组合。13.如权利要求12所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约80％或至少或约85％序列同一性。14.如权利要求13所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约90％序列同一性或至少或约95％序列同一性。15.如权利要求12所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括表a中列出的轻链cdr1氨基酸序列、轻链cdr2氨基酸序列和轻链cdr3氨基酸序列以及表a中列出的重链cdr氨基酸序列中的1或2个。16.如权利要求12所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括表a中列出的重链cdr1氨基酸序列、重链cdr2氨基酸序列和重链cdr3氨基酸序列以及表a中列出的轻链cdr氨基酸序列中的1或2个。17.如权利要求12-16中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括选自由以下组成的组的六个cdr氨基酸序列：a.seq id no:74-79；b.seq id no:50-55；c.seq id no:122-127；d.seq id no:26-31；e.seq id no:128-133；f.seq id no:38-43；g.seq id no:62-67；h.seq id no:80-85；i.seq id no:44-49；j.seq id no:86-91；k.seq id no:104-109；l.seq id no:56-61；m.seq id no:32-37；n.seq id no:110-115；o.seq id no:98-103；p.seq id no:92-97；
q.seq id no:116-121；r.seq id no:8-13；s.seq id no:68-73；t.seq id no:14-19；和u.seq id no:20-25。18.如权利要求12-19中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括：a.表b中列出的重链可变区氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173和175，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或b.表b中列出的轻链可变区氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174和176，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或c.(a)和(b)两者。19.如权利要求18所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约80％或至少约85％序列同一性。20.如权利要求19所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约90％或至少约95％序列同一性。21.如权利要求18所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括选自由以下组成的组的一对氨基酸序列：a.seq id no:156和157；b.seq id no:148和149；c.seq id no:172和173；d.seq id no:140和141；e.seq id no:174和175；f.seq id no:144和145；g.seq id no:152和153；h.seq id no:158和159；i.seq id no:146和147；j.seq id no:160和161；k.seq id no:166和167；l.seq id no:150和151；m.seq id no:142和143；n.seq id no:168和169；o.seq id no:164和165；p.seq id no:162和163；q.seq id no:170和171；r.seq id no:134和135；s.seq id no:154和155；
t.seq id no:136和137；以及u.seq id no:138和139。22.如权利要求1-11中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括：a.seq id no:504或seq id no:507的重链cdr1氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；b.seq id no:505或seq id no:508的重链cdr2氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；c.seq id no:506或seq id no:509的重链cdr3氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；d.seq id no:449或seq id no:476的轻链cdr1氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；e.seq id no:450或seq id no:477的轻链cdr2氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；f.seq id no:451或seq id no:454的轻链cdr3氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；g.(a)-(f)中的任何两者或更多者的组合。23.如权利要求22所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约80％或至少或约85％序列同一性。24.如权利要求23所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约90％序列同一性或至少或约95％序列同一性。25.如权利要求1-11中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括seq id no:449的轻链cdr1氨基酸序列、seq id no:450的轻链cdr2氨基酸序列和seq id no:451的轻链cdr3氨基酸序列，以及seq id no:504的重链cdr1氨基酸序列、seq id no:505的重链cdr2氨基酸序列和seq id no:506的重链cdr3氨基酸序列中的一个或两个。26.如权利要求1-11中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括seq id no:476的轻链cdr1氨基酸序列、seq id no:477的轻链cdr2氨基酸序列和seq id no:454的轻链cdr3氨基酸序列，以及seq id no:507的重链cdr1氨基酸序列、seq id no:508的重链cdr2氨基酸序列和seq id no:509的重链cdr3氨基酸序列中的一个或两个。27.如权利要求1-11中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括选自由以下组成的组的六个cdr氨基酸序列：a.seq id no:449-451和504-506；以及b.seq id no:476、477、454和507-509。28.如权利要求1-11中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括：a.seq id no:490-503中的任一个的重链可变区氨基酸序列，或在图22中标记为s1-s12的重链可变区氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同
一性的变体序列；或b.seq id no:380-383、388-390、479和481中的任一个的轻链可变区氨基酸序列，或在图22中标记为s1-s12的轻链可变区氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或c.(a)和(b)两者。29.如权利要求28所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约80％或至少约85％序列同一性。30.如权利要求29所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约90％或至少约95％序列同一性。31.如权利要求1-11中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括一对氨基酸序列：a.seq id no:389和490；b.seq id no:389和491；c.seq id no:389和492；d.seq id no:389和493；e.seq id no:389和494；f.seq id no:389和495；g.seq id no:383和496；h.seq id no:383和497；i.seq id no:383和498；j.seq id no:383和499；k.seq id no:383和500；l.seq id no:383和501；m.seq id no:383和503；n.seq id no:389和502；o.在图22中标记为s1的重链可变区序列和在图22中标记为s1的轻链可变区序列；p.在图22中标记为s2的重链可变区序列和在图22中标记为s2的轻链可变区序列；q.在图22中标记为s3的重链可变区序列和在图22中标记为s3的轻链可变区序列；r.在图22中标记为s4的重链可变区序列和在图22中标记为s4的轻链可变区序列；s.在图22中标记为s5的重链可变区序列和在图22中标记为s5的轻链可变区序列；t.在图22中标记为s6的重链可变区序列和在图22中标记为s6的轻链可变区序列；u.在图22中标记为s7的重链可变区序列和在图22中标记为s7的轻链可变区序列；v.在图22中标记为s78的重链可变区序列和在图22中标记为s8的轻链可变区序列；w.在图22中标记为s89的重链可变区序列和在图22中标记为s9的轻链可变区序列；x.在图22中标记为s910的重链可变区序列和在图22中标记为s10的轻链可变区序列；y.在图22中标记为s11的重链可变区序列和在图22中标记为s11的轻链可变区序列；或z.在图22中标记为s12的重链可变区序列和在图22中标记为s12的轻链可变区序列。32.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括(a)表a或a1中列出的hc cdr1氨基酸
序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:11、17、23、29、35、41、47、53、59、65、71、77、83、89、95、101、107、113、119、125、131、452、455、461、465和472，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；(b)表a或a1中列出的hc cdr2氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:12、18、24、30、36、42、48、54、60、66、72、78、84、90、86、102、108、114、120、126、132、475、456、462、466、468和473，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；(c)表a或a1中列出的hc cdr3氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:13、19、25、31、37、43、49、55、61、67、73、79、85、91、97、103、109、115、121、127、133、453、457、463、467、469和474，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；(d)表a或a1中列出的lc cdr1氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:8、14、20、32、38、44、50、56、62、68、74、80、86、92、98、104、110、116、122、128、449、476、458、464和470，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；(e)表a或a1中列出的lc cdr2氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:9、15、21、27、33、39、45、51、57、63、69、75、81、87、93、99、105、111、117、123、129、450、477、459和471，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；(f)表a或a1中列出的lc cdr3氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:10、16、22、28、34、40、46、52、58、64、70、76、82、88、94、100、106、112、118、124、130、451、454和460，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或(g)(a)-(f)中的任何两者或更多者的组合。33.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括选自由以下组成的组的六个cdr氨基酸序列：a.seq id no:74-79；b.seq id no:50-55；c.seq id no:122-127；d.seq id no:26-31；e.seq id no:128-133；f.seq id no:38-43；g.seq id no:62-67；h.seq id no:80-85；i.seq id no:44-49；j.seq id no:86-91；k.seq id no:104-109；l.seq id no:56-61；m.seq id no:32-37；n.seq id no:110-115；o.seq id no:98-103；p.seq id no:92-97；q.seq id no:116-121；r.seq id no:8-13；
s.seq id no:68-73；t.seq id no:14-19；u.seq id no:20-25；v.seq id no:449-453和475；w.seq id no:476-477、454-457；x.seq id no:458-463；y.seq id no:57、58、464-467；z.seq id no:68-71和468-469；以及aa.seq id no:112和470-474。34.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：a.表b中列出的重链可变区氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173和175，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或b.表b中列出的轻链可变区氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174和176，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或c.(a)和(b)两者。35.如权利要求34所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约85％序列同一性或约90％或约95％序列同一性。36.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括选自由以下组成的组的一对氨基酸序列：a.seq id no:156和157；b.seq id no:148和149；c.seq id no:172和173；d.seq id no:140和141；e.seq id no:174和175；f.seq id no:144和145；g.seq id no:152和153；h.seq id no:158和159；i.seq id no:146和147；j.seq id no:160和161；k.seq id no:166和167；l.seq id no:150和151；m.seq id no:142和143；n.seq id no:168和169；o.seq id no:164和165；
p.seq id no:162和163；q.seq id no:170和171；r.seq id no:134和135；s.seq id no:154和155；t.seq id no:136和137；以及u.seq id no:138和139。37.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：a.表c中列出的重链可变区氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:376-379、384-387、391-396、403-408、412-413、416-419和422-427，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或b.表c中列出的轻链可变区氨基酸序列或选自由以下组成的组的序列：seq id no:380-383、388-390、397-402、409-411、414-415和420-421，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或c.(a)和(b)两者。38.如权利要求37所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约85％序列同一性。39.如权利要求38所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约90％或约95％序列同一性。40.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括选自由以下组成的组的一对氨基酸序列：a.seq id no:376和380；b.seq id no:377和380；c.seq id no:377和381；d.seq id no:377和382；e.seq id no:377和383；f.seq id no:378和381；g.seq id no:378和382；h.seq id no:378和383；i.seq id no:379和381；j.seq id no:379和382；k.seq id no:379和383；l.seq id no:384和388；m.seq id no:385和388；n.seq id no:385和389；o.seq id no:386和388；p.seq id no:386和389；q.seq id no:387和389；
r.seq id no:422和389；s.seq id no:391和397；t.seq id no:392和397；u.seq id no:393和398；v.seq id no:394和398；w.seq id no:395和398；x.seq id no:396和398；y.seq id no:423和398；z.seq id no:424和398；aa.seq id no:425和398；bb.seq id no:426和398cc.seq id no:427和398；dd.seq id no:403和409；ee.seq id no:404和409；ff.seq id no:405和410；gg.seq id no:405和411；hh.seq id no:406和410；ii.seq id no:406和411；jj.seq id no:407和410；kk.seq id no:407和411；ll.seq id no:408和410；mm.seq id no:408和411；nn.seq id no:412和414；oo.seq id no:413和414；pp.seq id no:416和420；qq.seq id no:417和420；rr.seq id no:417和421；ss.seq id no:418和420；tt.seq id no:418和421；uu.seq id no:419和420；以及vv.seq id no:419和421；41.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：(a)hc cdr1，所述hc cdr1包括氨基酸序列ytftxyt，其中x是t、v、d或s(seq id no:452)，任选地，包括氨基酸序列ytfttyt(seq id no:11)；(b)hc cdr2，所述hc cdr2包括氨基酸序列ixpssgyt，其中x是q、s、a或n(seq id no:475)，任选地，包括氨基酸序列inpssgyt(seq id no:12)；(c)hc cdr3，所述hc cdr3包括氨基酸序列axgdyyvay，其中x是n、q、h或d(seq id no:453)，任选地，包括氨基酸序列angdyyvay(seq id no:13)；
(d)lc cdr1，所述lc cdr1包括氨基酸序列ssvssxy，其中x是t、v、f或d(seq id no:449)，任选地，包括氨基酸序列ssvssty(seq id no:8)；(e)lc cdr2，所述lc cdr2包括氨基酸序列xtx，其中位置1的x是s、t、q或a，并且位置3的x是s、t、d或q(seq id no:450)，任选地，包括氨基酸序列sts(seq id no:9)；以及(f)lc cdr3，所述lc cdr3包括氨基酸序列hxyxrsplt，其中位置2的x是q、h或s，并且位置4的x是h、y、q或s(seq id no:451)，任选地，包括氨基酸序列hqyhrsplt(seq id no:10)。42.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：(a)hc cdr1，所述hc cdr1包括氨基酸序列ftfsxyx，其中位置5的x是n、s、r、q或a，并且位置7的x是w、h、y、f(seq id no:455)，任选地，包括氨基酸序列ftfsnyw(seq id no:23)；(b)hc cdr2，所述hc cdr2包括氨基酸序列irlkxdxyat，其中位置5的x是s、n、a或t，并且位置7的x是q、s、a、n(seq id no:456)，任选地，包括氨基酸序列irlksdnyat(seq id no:24)；(c)hc cdr3，所述hc cdr3包括氨基酸序列xdgppsgx，其中位置1的x是n、d或t，并且位置8的x是s、t、a、c或y(seq id no:457)，任选地，包括氨基酸序列ndgppsgc(seq id no:25)；(d)lc cdr1，所述lc cdr1包括氨基酸序列exiysy，其中x是q、s、a、d或n(seq id no:476)，任选地，包括氨基酸序列eniysy(seq id no:20)；(e)lc cdr2，所述lc cdr2包括氨基酸序列xak，其中位置1的x是q、s、a、d或n(seq id no:477)，任选地包括氨基酸序列nak(seq id no:21)；以及(f)lc cdr3，所述lc cdr3包括氨基酸序列qxhyxvpwt，其中位置2的x是h、q、s或t，并且位置5的x是t、s、n或g(seq id no:454)，任选地，包括氨基酸序列qhhytvpwt(seq id no:22)。43.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：(a)hc cdr1，所述hc cdr1包括氨基酸序列ytxtxyt，其中位置3的x是f、y、s或t，并且位置5的x是s、t、y或d(seq id no:461)，任选地，包括氨基酸序列ytftsyt(seq id no:29)；(b)hc cdr2，所述hc cdr2包括氨基酸序列ixpssxyt，其中位置2的x是q、s、a或n，并且位置6的x是t、s、v、d或g(seq id no:462)，任选地，包括氨基酸序列inpsstyt(seq id no:30)；(c)hc cdr3，所述hc cdr3包括氨基酸序列xrgexggfay，其中位置1的x是s、a、t或v，并且位置5的x是l、v或f(seq id no:463)，任选地，包括氨基酸序列srgelggfay(seq id no:31)；(d)lc cdr1，所述lc cdr1包括氨基酸序列qslvhsxgxty，其中位置7的x是d、n、e、q、s或a，并且位置9的x是q、s、a、d或n(seq id no:458)，任选地，包括氨基酸序列qslvhsdgnty(seq id no:26)；(e)lc cdr2，所述lc cdr2包括氨基酸序列xvx，其中位置1的x是k、q或r，并且位置3的x是s、t或v(seq id no:459)，任选地，包括氨基酸序列kvs(seq id no:27)；以及(f)lc cdr3，所述lc cdr3包括氨基酸序列sxxthvpyt，其中位置2的x是q、h或t，并且位
置3的x是s、g、t或d(seq id no:460)，任选地，包括氨基酸序列sqsthvpyt(seq id no:28)。44.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：a.seq id no:504或seq id no:507的重链cdr1氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；b.seq id no:505或seq id no:508的重链cdr2氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；c.seq id no:506或seq id no:509的重链cdr3氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；d.seq id no:449或seq id no:476的轻链cdr1氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；e.seq id no:450或seq id no:477的轻链cdr2氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；f.seq id no:451或seq id no:454的轻链cdr3氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或g.(a)-(f)中的任何两者或更多者的组合。45.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括选自由以下组成的组的六个cdr氨基酸序列：a.seq id no:449-451和504-506；以及b.seq id no:476、477、454和507-509。46.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：a.seq id no:490-503中的任一个的重链可变区氨基酸序列，或在图22中标记为s1-s12的重链可变区氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或b.seq id no:380-383、388-390、479和481中的任一个的轻链可变区氨基酸序列，或在图22中标记为s1-s12的轻链可变区氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或c.(a)和(b)两者。47.如权利要求46所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约85％序列同一性或约90％或约95％序列同一性。48.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括选自由以下组成的组的一对氨基酸序列：a.seq id no:389和490；b.seq id no:389和491；c.seq id no:389和492；d.seq id no:389和493；
e.seq id no:389和494；f.seq id no:389和495；g.seq id no:383和496；h.seq id no:383和497；i.seq id no:383和498；j.seq id no:383和499；k.seq id no:383和500；l.seq id no:383和501；m.seq id no:383和503；n.seq id no:389和502；o.在图22中标记为s1的重链可变区序列和在图22中标记为s1的轻链可变区序列；p.在图22中标记为s2的重链可变区序列和在图22中标记为s2的轻链可变区序列；q.在图22中标记为s3的重链可变区序列和在图22中标记为s3的轻链可变区序列；r.在图22中标记为s4的重链可变区序列和在图22中标记为s4的轻链可变区序列；s.在图22中标记为s5的重链可变区序列和在图22中标记为s5的轻链可变区序列；t.在图22中标记为s6的重链可变区序列和在图22中标记为s6的轻链可变区序列；u.在图22中标记为s7的重链可变区序列和在图22中标记为s7的轻链可变区序列；v.在图22中标记为s78的重链可变区序列和在图22中标记为s8的轻链可变区序列；w.在图22中标记为s89的重链可变区序列和在图22中标记为s9的轻链可变区序列；x.在图22中标记为s910的重链可变区序列和在图22中标记为s10的轻链可变区序列；y.在图22中标记为s11的重链可变区序列和在图22中标记为s11的轻链可变区序列；或z.在图22中标记为s12的重链可变区序列和在图22中标记为s12的轻链可变区序列。49.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括：a.如seq id no:510或513或图23或25中所列的重链可变区氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或b.如seq id no:511或512或图24或26中所列的轻链可变区氨基酸序列，或其仅相差一个或两个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或c.(a)和(b)两者。50.如权利要求49所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约85％序列同一性。51.如权利要求50所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述变体序列具有至少约90％或约95％序列同一性。52.一种双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白结合至人密封蛋白6(cldn6)蛋白(seq id no:200)和第二抗原，并且包括一对氨基酸序列，其中所述对包括：a.如seq id no:510所列的重链可变区氨基酸序列和如seq id no:511所列的轻链可变区氨基酸序列，或其仅相差1-5个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；任选地，其中相差的所述1-5个氨基酸对于所述重链如图23中所示或对于所述轻链如图24中所示，或
b.如seq id no:513所列的重链可变区氨基酸序列和如seq id no:512所列的轻链可变区氨基酸序列，或其仅相差1-5个氨基酸或具有至少或约70％序列同一性的变体序列；或任选地，其中相差的所述1-5个氨基酸对于所述重链如图25中所示或对于所述轻链如图26中所示。53.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括fc多肽，所述fc多肽包括无岩藻糖基化聚糖。54.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白在软琼脂3d增殖测定中抑制至少约50％的集落生长。55.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白抑制注射有人癌细胞的异种移植小鼠中的肿瘤生长。56.如权利要求55所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白抑制注射有卵巢癌细胞、黑素瘤癌细胞、膀胱癌细胞或子宫内膜癌细胞的异种移植小鼠中的肿瘤生长。57.如权利要求56所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白抑制注射有卵巢癌细胞、膀胱癌细胞或子宫内膜癌细胞的异种移植小鼠中的至少50％的肿瘤生长。58.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括对所述第二抗原具有特异性的抗体的抗原结合片段。59.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述第二抗原是由t细胞表达的细胞表面蛋白，任选地，t细胞受体(tcr)的组分，例如cd3。60.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述第二抗原是辅助t细胞活化的共刺激分子，例如cd40或4-1bb(cd137)。61.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述第二抗原是fc受体，任选地，fcγ受体、fc-α受体或fc-ε受体。62.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述fc受体是cd64(fc-γri)、cd32(fc-γriia)、cd16a(fc-γriiia)、cd16b(fc-γriiib)、fcεri、cd23(fc-εrii)、cd89(fc-εri)、fcα/μr或fcrn。63.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述fc受体是cd16a。64.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述第二抗原是免疫检查点分子，例如，参与免疫检查点途径的蛋白质，任选地，a2ar、b7-h3、b7-h4、btla、ctla4、ido、kir、lag3、nox2、pd-1、tim3、vista或siglec7。65.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述免疫检查点分子是pd-1、lag3、tim3或ctla4。66.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括当前公开的cldn6抗体中的任一者的scfv、fab或f(ab)2’
，任选地，其中所述scfv包括seq id no:514或515的序列或如图37b中所示的序列。67.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，所述双特异性抗原结合蛋白包括纳米抗体、dart、tandab、crossmab或hsabody的结构。
68.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述第二抗原是cd3。69.如前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述第二抗原是cd3e。70.如权利要求67-69中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述bite包括：a.包括seq id no:516中列出的氨基酸序列的多肽；b.由包括seq id no:517中列出的核酸序列的核酸编码的多肽；c.包括seq id no:518中列出的氨基酸序列的多肽；或d.由包括seq id no:519中列出的核酸序列的核酸编码的多肽。71.如权利要求67所述的双特异性抗原结合蛋白，其中所述tandab包括：a.包括seq id no:520中列出的氨基酸序列的多肽；b.由包括seq id no:521中列出的核酸序列的核酸编码的多肽；c.包括seq id no:522中列出的氨基酸序列的多肽；或d.由包括seq id no:523中列出的核酸序列的核酸编码的多肽。72.一种缀合物，所述缀合物包括前述权利要求中任一项所述或本文所述的双特异性抗原结合蛋白。73.如权利要求72所述的缀合物，其中所述抗原结合蛋白包括seq id no:387和seq id no:389中列出的氨基酸序列。74.如权利要求72所述的缀合物，其中所述抗原结合蛋白包括seq id no:379和seq id no:383中列出的氨基酸序列。75.如权利要求72-74中任一项所述的缀合物，所述缀合物包括细胞毒性剂或化学治疗剂。76.如权利要求75所述的缀合物，其中所述化学治疗剂是通过阻断微管蛋白聚合而抑制细胞分裂的抗有丝分裂剂。77.如权利要求76所述的缀合物，其中所述抗有丝分裂剂是奥瑞他汀。78.如权利要求77所述的缀合物，其中所述奥瑞他汀是mmae。79.如权利要求72-78中任一项所述的缀合物，其中所述剂经由可裂解接头缀合至所述抗原结合蛋白。80.如权利要求79所述的缀合物，其中所述可裂解接头是vc-pab-mmae。81.如权利要求72-80中任一项所述的缀合物，其中所述抗原结合蛋白是抗体。82.如权利要求81所述的缀合物，其中所述抗体是单克隆抗体，任选地其中所述单克隆抗体是igg抗体。83.如权利要求81或82所述的缀合物，其中所述抗体是人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。84.如权利要求81-83中任一项所述的缀合物，其中每个抗体缀合的所述剂的平均单位数量在1至8的范围内，优选地其中每个抗体缀合的所述剂的平均单位数量在3-8的范围内。85.如权利要求72-84中任一项所述的缀合物，其中所述缀合物是异质缀合物。86.如权利要求72-84中任一项所述的缀合物，其中所述缀合物是均质缀合物。87.如权利要求72-84和86中任一项所述的缀合物，其中所述剂在所述抗原结合蛋白的
特定位点处缀合。88.如权利要求87所述的缀合物，其中所述特定位点是未配对的半胱氨酸残基。89.如权利要求72-88中任一项所述的缀合物，其中所述缀合物包括与mc-vc-pab-mmae缀合的多肽，所述多肽包括seq id no:387和seq id no:389中列出的氨基酸序列。90.如权利要求72-88中任一项所述的缀合物，其中所述缀合物包括与mc-vc-pab-mmae缀合的多肽，所述多肽包括seq id no:379和seq id no:383中列出的氨基酸序列。91.一种融合蛋白，所述融合蛋白包括前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白。92.一种核酸，所述核酸包括编码前述权利要求中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白、权利要求68-86所述的缀合物或权利要求91所述的融合蛋白的核苷酸序列。93.一种载体，所述载体包括权利要求92所述的核酸。94.一种宿主细胞，所述宿主细胞包括权利要求92所述的核酸或权利要求93所述的载体。95.一种产生结合至密封蛋白6(cldn6)蛋白和第二抗原的双特异性抗原结合蛋白的方法，所述方法包括(i)在细胞培养基中培养权利要求94所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞包括核酸，所述核酸包括编码前述权利要求中任一项所述的抗原结合蛋白的核苷酸序列，以及(ii)从所述细胞培养基中收获所述抗原结合蛋白。96.一种产生融合蛋白的方法，所述融合蛋白包括结合至密封蛋白6(cldn6)蛋白和第二抗原的双特异性抗原结合蛋白，所述方法包括(i)在细胞培养基中培养权利要求94所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞包括核酸，所述核酸包括编码权利要求91所述的融合蛋白的核苷酸序列，以及(ii)从所述细胞培养基中收获所述融合蛋白。97.一种产生药物组合物的方法，所述方法包括将权利要求1至71中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白、权利要求72-90中任一项所述的缀合物、权利要求91所述的融合蛋白、权利要求92所述的核酸、权利要求93所述的载体、权利要求94所述的宿主细胞或其组合与药学上可接受的载剂、稀释剂或赋形剂组合。98.一种药物组合物，所述药物组合物包括权利要求1至71中任一项所述的双特异性抗原结合蛋白、权利要求72-90中任一项所述的缀合物、权利要求91所述的融合蛋白、权利要求92所述的核酸、权利要求93所述的载体、权利要求94所述的宿主细胞以及药学上可接受的载剂、稀释剂或赋形剂。99.一种治疗患有表达cldn6的癌症的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效治疗所述癌症的量的权利要求98所述的药物组合物。100.一种抑制受试者中的肿瘤生长的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效抑制肿瘤生长的量的权利要求98所述的药物组合物。101.一种减小受试者中的肿瘤大小的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效减小肿瘤大小的量的权利要求98所述的药物组合物。102.一种预防受试者的癌症复发的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效预防癌症复发的量的权利要求98所述的药物组合物。103.一种治疗被诊断为cldn6的低过表达者的受试者中的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效预防癌症复发的量的权利要求98所述的药物组合物。
104.如权利要求99-103中任一项所述的方法，其中所述施用诱导肿瘤细胞的细胞凋亡。105.如权利要求99-104中任一项所述的方法，其中所述施用诱导表达cldn6的细胞的细胞凋亡。

技术总结
本公开提供了结合至密封蛋白-6(CLDN6)和第二抗原的双特异性抗原结合蛋白。在各个方面，所述抗原结合蛋白结合至CLDN6的细胞外结构域的细胞外环2(EL2)。本文进一步提供了相关的多肽、核酸、载体、宿主细胞和缀合物。此外还提供了包含此类实体的药盒和药物组合物。还提供了制备抗原结合蛋白的方法和治疗患有癌症的受试者的方法。的受试者的方法。的受试者的方法。


技术研发人员：D
受保护的技术使用者：加利福尼亚大学董事会
技术研发日：2020.03.20
技术公布日：2022/3/18