用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒的制作方法

用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒
技术领域
1.本发明涉及生物医学技术领域，尤其涉及一种用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒。


背景技术：

2.近年来，全世界范围内每年有超过一百万人被诊断为食管癌，尤其在发展中国家的发病率逐年上升，且年轻人的发病率每年都在升高，无疑成为了全球范围内巨大的健康负担。在胃食管癌中，有高达30％的患者携带有人表皮生长因子受体2(erbb2/her2)扩增或过表达。对于这些患者，曲妥珠单抗(trastuzumab，一种her2靶向单抗药物)联合化疗一线用药可提高其生存率。
3.尽管曲妥珠单抗提高了erbb2扩增的胃食管癌患者的生存率，但患者仍然通常会在一年内发生疾病进展，因此对曲妥珠单抗耐药的胃食管癌患者迫切需要新的后线治疗方案。
4.与此同时，抗egfr靶向治疗药物阿法替尼(afatinib)是表皮生长因子受体(egfr)和人表皮生长因子受体2(her2)酪氨酸激酶的强效、不可逆的双重抑制剂，适用于具有表皮生长因子受体(egfr)基因敏感突变的局部晚期或转移性非小细胞肺癌(nsclc)、既往未接受过egfr酪氨酸激酶抑制剂(tki)治疗、及含铂化疗期间或化疗后疾病进展的局部晚期或转移性鳞状组织学类型的非小细胞肺癌(nsclc)，甚至有潜力被用于晚期ihc染色强阳性的食管癌患者(egfr ihc( ))曲妥珠单抗耐药后的后线抗egfr靶向治疗(阿法替尼)。因此筛选潜在可能或以患者的预测生物标志物具有重要的临床意义。


技术实现要素：

5.针对上述问题，本发明提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，有效提高预测抗egfr靶向治疗(阿法替尼)效果的灵敏度等。
6.本发明提供的技术方案如下：
7.一种用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物，由以下生物标志物获取方法计算得到，包括：
8.提取待检测样本rna，将所述待检测样本rna打断，进行反转录，得到cdna；
9.基于得到的cdna通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；
10.通过捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；
11.利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据；
12.采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量；
13.基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。
14.进一步优选的，所述基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：
15.对基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量进行标准化；
16.根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：
17.生物标志物评分＝mean[lg(nrpkm
alk
) lg(nrpkm
ntrk2
) lg(nrpkm
ntrk3
)]
[0018]
其中，nrpkm
alk
表示基因alk的标准化表达量，且nrpkm
alk
＝rpkm
alk
×
hk_coefficient
alk
，rpkm
alk
表示基因alk的标准化表达量，hk_coefficient
alk
表示基因alk的表达量变化系数；nrpkm
ntrk2
表示基因ntrk2的标准化表达量，且nrpkm
ntrk2
＝rpkm
ntrk2
×
hk_coefficient
ntrk2
，rpkm
ntrk2
表示基因ntrk2的标准化表达量，hk_coefficient
ntrk2
表示基因ntrk2的表达量变化系数；nrpkm
ntrk3
表示基因ntrk3的标准化表达量，且nrpkm
ntrk3
＝rpkm
ntrk3
×
hk_coefficient
ntrk3
，rpkm
ntrk3
表示基因ntrk3的标准化表达量，hk_coefficient
ntrk3
表示基因ntrk3的表达量变化系数。
[0019]
进一步优选的，所述利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据之后，还包括质控步骤，包括：
[0020]
对获得的rna靶向测序数据中的低质量测序数据及含有接头序列reads进行过滤；
[0021]
将过滤后的rna靶向测序数据与参考基因组进行比对；
[0022]
评估比对结果是否符合预设指标，所述预设指标包括：序列回帖比对率在预设比对率阈值之上、目标区域数据量在预设数据量阈值之上及表达的看家基因数量在预设基因数量阈值之上；
[0023]
所述采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量中，包括：采用rpkm方法定量评估过滤后符合预设指标的rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量。
[0024]
进一步优选的，所述利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据中，高通量测序仪测序采用双端或单端模式进行测序得到rna靶向测序数据。
[0025]
如上述生物标志物在预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的芯片或试剂盒中的应用。
[0026]
本发明提供的用于预测晚期食管癌患者(egfr ihc( ))抗egfr靶向治疗(阿法替尼)疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，单独使用待检测样本(癌症患者组织样本)中基因alk、ntrk2、ntrk3的表达量进一步计算得到的生物标志物的评分，进而用于预测抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的效果，具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发，具有广阔的应用前景。具体，在生物标志物获取的过程中，使用的rna靶向测序(targeted rna sequencing)技术的表达量检测方法，能够高效富集相关基因所表达的rna转录本，并分析这些基因在肿瘤组织中的表达量。再有，rnapanel靶向目标基因，相比使用rna-seq检测全转录组，测序费用更低，并且能显著富集目标区域，检测灵敏度更高，更适用于临床试剂盒开发。
附图说明
[0027]
下面将以明确易懂的方式，结合附图说明优选实施方式，对上述特性、技术特征、优点及其实现方式予以进一步说明。
[0028]
图1为本发明生物标志物获取方法获取流程图。
[0029]
图2为探索队列中35例晚期食管鳞癌患者(egfr ihc( ))rna标志物评分与抗
egfr靶向治疗(阿法替尼)疗效，肿瘤缩小，pfs的关系。a.该标志物评分在35例晚期食管鳞癌探索队列患者中预测抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效性预测的受试者工作特征曲线(roc曲线)；曲线下面积、置信区间和p值如图所示；b.在35例晚期食管鳞癌患者中该标志物评分高/低的患者肿瘤退缩程度，标志物评分低的患者大多出现不同程度的肿瘤退缩；c.在35例晚期食管鳞癌患者中该标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)无进展生存期的生存曲线，标志物评分低的患者中位无进展生存期高于评分高的患者，统计结果如图所示；d.在35例晚期食管鳞癌患者中该标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效率，标志物评分低的患者对抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的应答比例显著高于评分高的患者，统计结果如图所示。
[0030]
图3为验证队列中的11例晚期食管鳞癌患者(egfr ihc( ))该标志物评分与抗egfr靶向治疗(阿法替尼)疗效，肿瘤缩小，pfs的关系。a.该标志物评分在11例晚期食管鳞癌患者中预测抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效性预测的受试者工作特征曲线(roc曲线)；曲线下面积、置信区间和p值如图所示；b.在11例晚期食管鳞癌患者中该标志物评分高/低的患者肿瘤退缩程度，标志物评分低的患者均出现不同程度的肿瘤退缩；c.在11例晚期食管鳞癌患者中该标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)无进展生存期的生存曲线，标志物评分低的患者中位无进展生存期高于标志物评分高的患者，统计结果如图所示；d.在11例晚期食管鳞癌患者中标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效率，标志物评分低的患者对抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的应答比例高于标志物评分高的患者，统计结果如图所示。
具体实施方式
[0031]
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对照附图说明本发明的具体实施方式。显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图，并获得其他的实施方式。
[0032]
本发明的一种实施例，一种用于预测晚期食管癌患者(egfr ihc( ))抗egfr靶向治疗(阿法替尼)疗效的生物标志物，该生物标志物由以下生物标志物获取方法计算得到，如图1所示，该生物标志物获取方法包括：s10提取待检测样本rna，将待检测样本rna打断，进行反转录，得到cdna；s20基于得到的cdna通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；s30通过捕获探针与目标区域特异性杂交从构建的基因文库中捕获并富集目标基因；s40利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据；s50采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量；s60基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。
[0033]
具体，在步骤s10中，待检测样本为晚期食管癌患者(egfr ihc( ))抗egfr靶向治疗(阿法替尼)之后的样本。
[0034]
在步骤s40利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据之后，还包括过滤掉低质量的测序数据和含有接头序列的reads并进行质控后，得到符合标准的数据再分析rna靶向测序数据中基因突变及表达量的变化，其中，质控步骤包括：s41对获得的rna靶向测序数据中的低质量测序数据及含有接头序列reads进行过滤；s42将过滤后的rna靶向测序数据
与参考基因组进行比对得到序列比对结果；s43评估比对结果是否符合预设指标(对比对结果进行质量控制评估)，对于符合预设指标的测序序列进行后续分析。预设指标包括：序列回帖比对率在预设比对率阈值(可根据实际情况进行设定，如80％等)之上、目标区域数据量在预设数据量阈值(可根据实际情况进行设定，如2m等)之上及表达的看家基因数量在预设基因数量阈值(可根据实际情况进行设定，如4个、5个等)之上。基于此，采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量中，包括：采用rpkm方法定量评估过滤后符合预设指标的rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量。
[0035]
在步骤s40利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据中，高通量测序仪测序采用双端或单端模式进行测序得到rna靶向测序数据。在步骤s50基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：对基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量进行标准化，标准化过程为：nrpkm
gene
＝rpkm
×
hk_coefficient，其中，hk_coeffient表示根据待检测样本中看家基因的表达量与标准品中看家基因的表达量计算表达量变化系数。之后，根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：生物标志物评分＝mean[lg(nrpkm
alk
) lg(nrpkm
ntrk2
) lg(nrpkm
ntrk3
)]，其中，nrpkm
alk
表示基因alk的标准化表达量，且nrpkm
alk
＝rpkm
alk
×
hk_coefficient
alk
，rpkm
alk
表示基因alk的标准化表达量，hk_coefficient
alk
表示基因alk的表达量变化系数；nrpkm
ntrk2
表示基因ntrk2的标准化表达量，且nrpkm
ntrk2
＝rpkm
ntrk2
×
hk_coefficient
ntrk2
，rpkm
ntrk2
表示基因ntrk2的标准化表达量，hk_coefficient
ntrk2
表示基因ntrk2的表达量变化系数；nrpkm
ntrk3
表示基因ntrk3的标准化表达量，且nrpkm
ntrk3
＝rpkm
ntrk3
×
hk._coefficient
ntrk3
，rpkm
ntrk3
表示基因ntrk3的标准化表达量，hk_coefficient
ntrk3
表示基因ntrk3的表达量变化系数。
[0036]
在基于以上方法得到生物标志物之后，在对抗egfr靶向治疗疗效进行预测中，将待检测样本的生物标志物与探索队列的生物标志物评分中位数进行比对，进而根据比对结果对抗egfr靶向治疗疗效进行预测。通过该标志物评分值的高低，对抗egfr靶向治疗(阿法替尼)治疗效进行预测，对于生物标志物评分小于探索队列的生物标志物评分中位数(该值可以根据实际情况进行设定，如可以设定为3)的待检测样本(肿瘤患者)，说明其对于抗egfr靶向治疗(阿法替尼)有应答。
[0037]
相对应，在上述实施例中，生物标志物还可以由生物标志物获取装置计算得到，该生物标志物获取装置包括：cdna获取模块，用于提取待检测样本rna，将待检测样本rna打断，进行反转录，得到cdna；基因文库构建模块，用于基于cdna获取模块得到的cdna通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；目标基因富集模块，用于通过捕获探针与目标区域特异性杂交从基因文库构建模块构建的基因文库中捕获并富集目标基因；靶向测序数据获取模块，用于利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据；基因表达量评估模块，用于采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量；生物标志物评分模块，用于对基因表达量评估模块评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。其中，生物标志物评分模块中包括基因表达量标准化单元及生物标志物计算单元，其中，基因表达量标准化单元，用于对基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量进行标准化；生物标志物计算单元，用于根据标准化后的表达量计算生物标志物评分。生物标志物获取装置中还包括质控模块，包括：过滤单元，用于对靶向测序数据获取模块获得的rna靶向测序数据中的质量测序数据及含有接头序列reads进行过滤；序列比对单元，用于将过滤单元过滤后的
rna靶向测序数据与参考基因组进行比对；比对结果质量评估单元，用于评估序列比对单元的比对结果是否符合预设指标，预设指标包括：序列回帖比对率在预设比对率阈值之上、目标区域数据量在预设数据量阈值之上及表达的看家基因数量在预设基因数量阈值之上；基因表达量评估模块，还用于采用rpkm方法定量评估过滤后符合预设指标的rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量。靶向测序数据获取模块中，高通量测序仪测序采用双端或单端模式进行测序得到rna靶向测序数据。
[0038]
在基于以上装置得到生物标志物之后，本发明还提一种抗egfr靶向治疗疗效预测试剂盒或芯片，在对抗egfr靶向治疗疗效进行预测中，将待检测样本的生物标志物与探索队列的生物标志物评分中位数进行比对，进而根据比对模块的比对结果对抗egfr靶向治疗疗效进行预测。通过该标志物评分值的高低，对抗egfr靶向治疗(阿法替尼)治疗效进行预测，对于生物标志物评分小于探索队列的生物标志物评分中位数(该值可以根据实际情况进行设定，如可以设定为3)的待检测样本(肿瘤患者)，说明其对于抗egfr靶向治疗(阿法替尼)有应答。
[0039]
以下通过实施例对上述生物标志物的治疗疗效进行进一步说明：
[0040]
实施例1探索队列35例晚期食管鳞癌患者(egfr ihc( ))rna表达标志物评分预测抗egfr(阿法替尼)治疗疗效
[0041]
一、实验：
[0042]
1.rna提取：
[0043]
使用35例晚期食管鳞癌患者石蜡包埋的病理切片，采用qiagen的rneasy ffpe kit(cat no./id：73504)进行总rna提取。使用qubit rnahs对rna的含量进行测定，使用labchip检测对rna进行质控。
[0044]
2.杂交前核苷酸文库制备：
[0045]
使用abclonal公司的mrna-seq lib prep module for illumina进行核苷酸文库构建：包括edna反转录、片段化、末端修复、接头连接、文库富集等步骤。所构建文库使用agencourt ampure xp磁珠纯化后，使用qubit 3.0以及agilent 2100毛细管电泳用于浓度检测和质控。
[0046]
3.探针捕获杂交：
[0047]
根据选取的3个靶基因(alk、ntrk2和ntrk3)，根据其转录本序列设计non-overlapping的平铺探针序列，探针5’端用生物素标记。将2ug制备好的杂交前文库与5ul human cot dna(idt)，2ul xgen universal blockers-ts mix混合，使用真空离心浓缩仪蒸干(60℃，约20min-1hr)后，再复溶于杂交液中，室温孵育10min后，移至pcr仪中65℃杂交16h。将捕获过夜的杂交产物与链霉亲和素磁珠混合，在pcr仪中孵育45min后，用清洗液对磁珠进行清洗。将洗脱产物进行下一步pcr扩增实验，后续用agencourtampure xp磁珠纯化，使用qubit 3.0以及agilent 2100毛细管电泳进行浓度测定和质控。
[0048]
4.高通量测序：使用illumina nextseq、novaseq等，以双端模式进行测序。
[0049]
二、测序数据分析：
[0050]
根据rna panel捕获reads进行上机测序，得到原始测序下机序列，使用trimmomatic-0.36对序列进行如下处理得到高质量的测序序列
[0051]
a)除低质量的测序序列；
[0052]
b)去掉含有接头序列的reads。
[0053]
将高质量的测序序列(标准采用本领域通用标准)使用star比对到参考基因组，得到序列比对结果，并对比对结果进行质量控制评估，符合如下表1指标进行下一步基因表达量分析。
[0054]
表1.rna panel下机质控标准
[0055]
序列回帖比对率阈值＞＝80％目标区域数据量阈值＞＝2m表达的看家基因个数阈值＞＝4
[0056]
1.基因表达量分析：
[0057]
根据序列比对结果和参考基因组的注释文件，使用rpkm方法定量评估基因表达量，rpkm公式如下：
[0058][0059]
total exon reads：比对到基因所有外显子的序列数目，使用featurecounts软件根据基因注释文件和比对结果进行评估；
[0060]
mapped reads(millions)：比对到基因组上所有序列的数目，根据比对结果的统计结果得到；
[0061]
exon length(kb)：基因的外显子长度，根据基因组的注释文件计算得到。
[0062]
2.基因表达量标准化：
[0063]
以看家基因的表达定量结果和序列比对的统计结果，进行rpkm的表达量标准化，得到nrpkm值。
[0064]
nrpkm
gene
＝rpkm
×
hk_coefficient
[0065]
hk_coeffient：根据待检测样本中看家基因的表达量与标准品中看家基因的表达量计算得到的表达量变化系数。
[0066]
3.计算rna表达标志物评分：
[0067]
计算alk、ntrk2和ntrk3，3个基因的表达量lg转换后，取平均数，得到该标志物评分。其公式为：
[0068]
标志物评分＝mean[lg(nrpkm
alk
) lg(nrpkm
ntrk2
) lg(nrpkm
ntrk3
)]
[0069]
三、结果部分：
[0070]
本研究的探索队列共检测了35例晚期食管鳞癌患者(egfrihc( ))的组织样本。使用alk、ntrk2和ntrk3基因nrpkm值经过lg转换后，取平均数，作为每位患者的标志物评分值。计算曲线下面积(auc)为0.786(95％ci：0.637-0.936，p＝0.006)，如图2a所示。
[0071]
在检测的35例晚期食管鳞癌患者中评分高/低的患者肿瘤退缩程度不同，标志物评分低的患者大多出现不同程度的肿瘤退缩，如图2b所示。
[0072]
在检测的35例晚期食管鳞癌患者中标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)无进展生存期(pfs)的生存曲线，标志物评分低的患者中位无进展生存期(pfs)高于评分高的患者，p＝0.020，如图2c所示。
[0073]
在检测的35例晚期食管鳞癌患者中标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效率，标志物评分低的患者对抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的应答比例显著
高于标志物评分高的患者，有效率为70％，p＜0.01，如图2d所示。
[0074]
实施例2验证队列11例晚期食管鳞癌患者(egfr ihc( ))标志物评分预测抗egfr(阿法替尼)治疗疗效
[0075]
一、实验：
[0076]
1.rna提取：
[0077]
使用11例晚期食管鳞癌患者石蜡包埋的病理切片，采用qiagen的rneasy ffpe kit(cat no./id：73504)进行总rna提取。使用qubit rna hs对rna的含量进行测定，使用labchip检测对rna进行质控。
[0078]
2.杂交前核苷酸文库制备：
[0079]
使用abclonal公司的mrna-seq lib prep module for illumina进行核苷酸文库构建：包括cdna反转录、片段化、末端修复、接头连接、文库富集等步骤。所构建文库使用agencourt ampure xp磁珠纯化后，使用qubit 3.0以及agilent 2100毛细管电泳用于浓度检测和质控。
[0080]
3.探针捕获杂交：
[0081]
根据选取的3个靶基因(alk、ntrk2和ntrk3)，根据其转录本序列设计non-overlapping的平铺探针序列，探针5’端用生物素标记。将2ug制备好的杂交前文库与5ul human cot dna(idt)，2ul xgen universal blockers-ts mix混合，使用真空离心浓缩仪蒸干(60℃，约20min-1hr)后，再复溶于杂交液中，室温孵育10min后，移至pcr仪中65℃杂交16h。将捕获过夜的杂交产物与链霉亲和素磁珠混合，在pcr仪中孵育45min后，用清洗液对磁珠进行清洗。将洗脱产物进行下一步pcr扩增实验，后续用agencourt ampure xp磁珠纯化，使用qubit 3.0以及agilent 2100毛细管电泳进行浓度测定和质控。
[0082]
4.高通量测序：使用illumina nextseq、novaseq等，以双端模式进行测序。
[0083]
二、测序数据分析：
[0084]
根据rna panel捕获reads进行上机测序，得到原始测序下机序列，使用trimmomatic-0.36对序列进行如下处理得到高质量的测序序列
[0085]
a)除低质量的测序序列；
[0086]
b)去掉含有接头序列的reads。
[0087]
将高质量的测序序列(标准采用本领域通用标准)使用star比对到参考基因组，得到序列比对结果，并对比对结果进行质量控制评估，符合如下表2指标进行下一步基因表达量分析。
[0088]
表2.rna panel下机质控标准
[0089]
序列回帖比对率阈值＞＝80％目标区域数据量阈值＞＝2m表达的看家基因个数阈值＞＝4
[0090]
1.基因表达量分析：
[0091]
根据序列比对结果和参考基因组的注释文件，使用rpkm方法定量评估基因表达量，rpkm公式如下：
[0092]
[0093]
total exon reads：比对到基因所有外显子的序列数目，使用featurecounts软件根据基因注释文件和比对结果进行评估；
[0094]
mapped reads(millions)：比对到基因组上所有序列的数目，根据比对结果的统计结果得到；
[0095]
exon length(kb)：基因的外显子长度，根据基因组的注释文件计算得到。
[0096]
2.基因表达量标准化：
[0097]
以看家基因的表达定量结果和序列比对的统计结果，进行rpkm的表达量标准化，得到nrpkm值，具体公式如下：
[0098]
nrpkm
gene
＝rpkm
×
hk_coefficient
[0099]
hk_coeffient：根据待检测样本中看家基因的表达量与标准品中看家基因的表达量计算得到的表达量变化系数。
[0100]
3.计算rna表达标志物评分：
[0101]
计算alk、ntrk2和ntrk3，3个基因的表达量lg转换后，取平均数，得到该rna表达标志物评分。其公式为：
[0102]
标志物评分＝mean[lg(nrpkm
alk
) lg(nrpkm
ntrk2
) lg(nrpkm
ntrk3
)]
[0103]
三、结果部分：
[0104]
共检测了11例晚期食管鳞癌患者(egfrihc( ))的组织样本。使用alk、ntrk2和ntrk3基因nrpkm值经过lg转换后，取平均数，作为每位患者的标志物评分值。计算曲线下面积(auc)为0.733(95％ci：0.378-1.000，p＝0.201)，如图3a所示。
[0105]
在检测的11例晚期食管鳞癌患者中标志物评分高/低的患者肿瘤退缩程度不同，标志物评分低的患者均出现不同程度的肿瘤退缩，如图3b所示。
[0106]
在检测的11例晚期食管鳞癌患者中标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)无进展生存期(pfs)的生存曲线，标志物评分低的患者中位无进展生存期(pfs)高于标志物评分高的患者，p＝0.018，如图3c所示。
[0107]
在检测的11例晚期食管鳞癌患者中标志物评分高/低的患者接受抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效率，标志物评分低的患者对抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的应答比例显著高于标志物评分高的患者，有效率为75％，p＝0.242，如图3d所示。
[0108]
因此，本发明在独立的11例晚期食管鳞癌患者中验证了所述的标志物评分预测抗egfr靶向治疗(阿法替尼)的有效性。
[0109]
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。