用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒的制作方法

技术特征：
1.一种用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物由以下生物标志物获取方法计算得到，包括：提取待检测样本rna，将所述待检测样本rna打断，进行反转录，得到cdna；基于得到的cdna通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据；采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。2.如权利要求1所述的生物标志物，其特征在于，所述基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：对基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量进行标准化；根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：生物标志物评分＝mean[lg(nrpkm
alk
) lg(nrpkm
ntrk2
) lg(nrpkm
ntrk3
)]其中，nrpkm
alk
表示基因alk的标准化表达量，且nrpkm
alk
＝rpkm
alk
×
hk_coefficient
alk
，rpkm
alk
表示基因alk的标准化表达量，hk_coefficient
alk
表示基因alk的表达量变化系数；nrpkm
ntrk2
表示基因ntrk2的标准化表达量，且nrpkm
ntrk2
＝rpm
ntrk2
×
hk_coefficient
ntrk2
，rpkm
ntrk2
表示基因ntrk2的标准化表达量，hk_coefficient
ntrk2
表示基因ntrk2的表达量变化系数；nrpkm
ntrk3
表示基因ntrk3的标准化表达量，且nrpkm
ntrk3
＝rpkm
ntrk3
×
hk_coefficient
ntrk3
，rpkm
ntrk3
表示基因ntrk3的标准化表达量，hk_coefficient
ntrk3
表示基因ntrk3的表达量变化系数。3.如权利要求1或2所述的生物标志物，其特征在于，所述利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据之后，还包括质控步骤，包括：对获得的rna靶向测序数据中的低质量测序数据及含有接头序列reads进行过滤；将过滤后的rna靶向测序数据与参考基因组进行比对；评估比对结果是否符合预设指标，所述预设指标包括：序列回帖比对率在预设比对率阈值之上、目标区域数据量在预设数据量阈值之上及表达的看家基因数量在预设基因数量阈值之上；所述采用rpkm方法定量评估rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量中，包括：采用rpkm方法定量评估过滤后符合预设指标的rna靶向测序数据中基因alk、ntrk2及ntrk3的表达量。4.如权利要求1或2所述的生物标志物，其特征在于，所述利用高通量测序仪测序，获得rna靶向测序数据中，高通量测序仪测序采用双端或单端模式进行测序得到rna靶向测序数据。5.如权利要求1-4任意一项所述生物标志物在预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的芯片或试剂盒中的应用。

技术总结
本发明提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，其中，生物标志物获取方法包括：提取待检测样本RNA，将待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；基于cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从构建的基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发。更适用于临床试剂盒开发。更适用于临床试剂盒开发。


技术研发人员：鲁智豪 张恒辉 沈琳 陈欢 李健 毛蓓蓓 张小田 洪媛媛 彭智 胡莹
受保护的技术使用者：无锡臻和生物科技有限公司
技术研发日：2021.09.16
技术公布日：2022/1/28