用于固氮微生物产品的具有提高的稳定性的聚合物组合物的制作方法

用于固氮微生物产品的具有提高的稳定性的聚合物组合物1.相关申请的交叉引用2.本技术要求2018年12月7日提交的美国临时申请第62/776,782号的优先权权益，所述临时申请以引用方式整体并入本文。3.有关序列表的声明4.随本文以电子方式提交的文本文件的内容以引用方式整体并入本文：序列表的计算机可读格式副本，文件名：pivo_009_01wo_seqlist_st25.txt，创建日期：2019年11月30日，文件大小约为632千字节。
背景技术：
：：5.联合国粮食与农业组织(unitednations’foodandagricultureorganization)预计，到2050年，粮食总产量必须提高70％以满足不断增长的人口的需求，许多因素加剧了这一挑战，其中包括：淡水资源减少、对耕地的竞争加剧、能源价格上涨、投入成本提高以及作物可能需要适应更干、更热和更加极端的全球气候的压力。6.当前农业实践不能很好地满足对粮食生产的此增长的需求，同时也不能平衡由增加的农业强度造成的环境影响。7.满足全球粮食需求所需的主要农业输入之一是氮肥。然而，用于生产氮肥的当前工业标准是称为哈伯‑博世法(haber‑boschprocess)的人工固氮方法，该方法通过在高温和高压下使用金属催化剂与氢气(h2)的反应将大气氮(n2)转化为氨气(nh3)。此方法是资源密集型的且对环境有害。8.与合成哈伯‑博世法相比，某些生物系统已进化到固定大气氮。这些系统利用称为固氮酶的酶(所述固氮酶催化n2与h2之间的反应)，且产生固氮。举例来说，根瘤菌属(rhizobia)是在豆科植物的根瘤内建立之后固定氮的重氮细菌。固氮研究的一个重要目标是将这种表型扩展到非豆科植物(non‑leguminousplant)，尤其重要的农艺禾草，如小麦、水稻和玉米。然而，尽管在理解根瘤菌属与豆科植物之间固氮共生的建立方面取得了显著进展，但运用所述知识在非豆科作物上诱导固氮根瘤(nodule)的途径仍不清楚。9.因此，绝大部分现代中耕作物农业利用经由资源密集型且对环境有害的哈伯‑博世法产生的氮肥。举例来说，usda指示平均美国玉米农民通常每英亩施用130与200lb之间的氮(146至224kg/ha)。此氮不仅在资源密集型合成方法中产生，而且通过繁重的机器穿过/冲击田间的土壤、燃烧石油且需要数小时的人力来施加。10.此外，由工业哈伯‑博世法产生的氮肥并未被目标作物很好地利用。降雨、径流、加热、挥发和土壤微生物组会降解所施用的化学肥料。这相当于不仅浪费了金钱，而且还增加了污染而没有增加所收获的产量。为此，美国政府已计算出在作物能够利用之前将近80％的肥料损失。因此，现代农业肥料的生产和递送不仅对环境有害，而且其效率极低。11.虽然需要能够固定大气氮的改良微生物，但更需要保存微生物或延长微生物的天然稳定性的方法。12.为了满足世界增长的粮食供应需求，同时还平衡资源利用且对环境系统产生最小的影响，迫切需要更好的氮固定和递送至植物的方法。技术实现要素：13.本公开提供了能够保存固氮微生物的组合物和产生所述组合物的方法。本文所教导的微生物组合物是稳定的。即，所述组合物中的微生物活力得到改善。14.因此，在各实施方案中，教导了一种微生物组合物，所述微生物组合物包含：一种或多种分离的细菌；和包含一种或多种聚合物的聚合物组合物，其中所述一种或多种聚合物对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的。所述微生物组合物还可包含：一种或多种生物膜，所述一种或多种生物膜对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的。在各实施方案中，所述一种或多种生物膜包含选自以下属的属内的物种：假单胞菌属(pseudomonas)、小迫氏菌属(kosakonia)、芽孢杆菌属(bacillus)、固氮螺菌属(azospirillum)、念珠菌属(candida)、酵母菌属(saccharomyces)和农杆菌属(agrobacterium)。在各实施方案中，所述一种或多种生物膜包含蔗糖小迫氏菌(kosakoniasacchari)。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌来自克雷伯氏菌属，并且所述一种或多种生物膜包含小迫氏菌属的微生物。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌(klebsiellavariicola)，并且所述一种或多种生物膜包含蔗糖小迫氏菌。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌137‑1036菌株，并且所述一种或多种生物膜包含蔗糖小迫氏菌。在各实施方案中，所述一种或多种生物膜包括由两种不同的产生生物膜的微生物所产生的两种生物膜。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌选自以下属：无色杆菌属(achromobacter)、农杆菌属、鱼腥藻属(anabaena)、固氮根瘤菌属(azorhizobium)、固氮螺菌属(azospirillum)、固氮菌属(azotobacter)、芽孢杆菌属、慢生根瘤菌属(bradyrhizobium)、念珠菌属、梭菌属(clostridium)、肠杆菌属(enterobacter)、克雷伯氏菌属(klebsiella)、克鲁维菌属(kluyvera)、小迫氏菌属、中间根瘤菌属(mesorhizobium)、微杆菌属(microbacterium)、假单胞菌属、拉恩氏菌属(rahnella)、根瘤菌属(rhizobium)、酵母菌属、中华根瘤菌属(sinorhizobium)以及它们的组合。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌选自：马铂无色杆菌(achromobactermarplatensis)、精神无色杆菌(achromobacterspiritinus)、生脂固氮螺菌(azospirillumlipoferum)、肠杆菌属种(enterobactersp.)、变栖克雷伯氏菌、中间克鲁维菌(kluyveraintermedia)、假蔗糖小迫氏菌(kosakoniapseudosacchari)、蔗糖小迫氏菌、壁微杆菌(microbacteriummurale)、水生拉恩氏菌(rahnellaaquatilis)以及它们的组合。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌来自克雷伯氏菌属。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌137‑1036菌株。15.在各实施方案中，所述一种或多种聚合物选自：聚乙烯吡咯烷酮(pvp)、聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)、羧甲基纤维素(cmc)、羟丙基甲基纤维素、海藻酸盐以及它们的组合。在各实施方案中，所述一种或多种聚合物是聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)。在各实施方案中，所述一种或多种聚合物是电纺聚合物。在各实施方案中，所述一种或多种聚合物包括共聚物。在各实施方案中，所述一种或多种分离的细菌能够固氮。16.在各实施方案中，与包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物相比，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。在各实施方案中，与包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物相比，当储存至少30天时，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。在各实施方案中，当以液体培养物储存时，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。在各方面，在本公开的上下文中使用的术语“稳定性”通常涉及存在于组合物中的微生物的“活力”。17.在各方面，所述组合物是固体、液体或半固体。在各方面，所述组合物是存在于植物种子或其他植物繁殖材料上的种子包衣。在各方面，所述组合物是存在于玉米种子上的种子包衣，所述玉米种子具有存在于所述种子上的杀虫剂、除草剂、杀真菌剂或杀线虫剂。在各方面，所述组合物是犁沟内制剂。18.在各方面，所述一种或多种分离的细菌是内生的、附生的或根际的。在各方面，所述一种或多种分离的细菌是野生型细菌。在各方面，所述一种或多种分离的细菌是转基因细菌。在各方面，所述一种或多种分离的细菌是非属间重塑细菌。在各方面，所述一种或多种分离的细菌是选自表1的非属间重塑细菌，或其子代或衍生物。在各方面，所述一种或多种分离的细菌能够固定大气氮。在各方面，所述一种或多种分离的细菌是能够在外源氮存在下固定大气氮的非属间重塑细菌。在各方面，所述一种或多种分离的细菌是非属间重塑细菌，所述非属间重塑细菌包含：引入到氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中的至少一个基因变异。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含可操作地连接至氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因的所引入的控制序列。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含可操作地连接至氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因的异源启动子。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到选自由以下组成的组的成员中的至少一个基因变异：nifa、nifl、ntrb、ntrc、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glna、glnb、glnk、drat、amtb、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnd、glne、nifj、nifh、nifd、nifk、nify、nife、nifn、nifu、nifs、nifv、nifw、nifz、nifm、niff、nifb、nifq、与固氮酶生物合成相关的基因，或它们的组合。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中的至少一个基因变异，所述至少一个基因变异导致以下一项或多项：nifa或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；nifl、ntrb、谷氨酰胺合成酶、glnb、glnk、drat、amtb的表达或活性降低；glne的去腺苷酰基活性降低；或glnd的去尿苷酰基活性降低。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含以下至少一项：突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白；突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏；以及它们的组合。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；和突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白；和突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到涉及选自由以下组成的组的途径的基因中的至少一个基因变异：胞外多糖产生、内聚半乳糖醛酸酶产生、海藻糖产生和谷氨酰胺转化。在各方面，所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到选自由以下组成的组的基因中的至少一个基因突变：bcsii、bcsiii、yjbe、fhab、peha、otsb、trez、glsa2以及它们的组合。在各方面，所述一种或多种分离的细菌包括选自以下的细菌：以ncma201701002保藏的细菌、以ncma201708004保藏的细菌、以ncma201708003保藏的细菌、以ncma201708002保藏的细菌、以ncma201712001保藏的细菌、以ncma201712002保藏的细菌以及它们的组合。在各方面，所述一种或多种分离的细菌包括包含与选自seqidno：177‑260、296‑303和458‑469的核酸序列共有至少约90％、95％或99％序列同一性的核酸序列的细菌。在各方面，所述一种或多种分离的细菌包括包含选自seqidno：177‑260、296‑303和458‑469的核酸序列的细菌。19.在一些方面，本公开的组合物是协同的，因为组合物的各元素导致微生物活力大于从组合物的每个单独组分单独观察到的累加活力。附图说明20.图1a描绘根据实施方案的引导微生物重塑过程的概观。21.图1b描绘如图1a中所示的微生物组组合物的测量的放大图。22.图1c描绘有问题的“传统生物勘探”方法，其与所教导的引导微生物重塑(gmr)平台相比具有若干缺点。23.图1d描绘有问题的“田间优先生物勘探方法(field‑firstapproachtobioprospecting)”系统，其与所教导的引导微生物重塑(gmr)平台相比具有若干缺点。24.图1e描绘玉米生长周期中植物最需要氮的时间段。25.图1f描绘重塑微生物的田间开发过程的概观。26.图1g描绘引导微生物重塑平台实施方案的概观。27.图1h描绘计算引导的微生物重塑平台的概观。28.图1i描绘在引导微生物重塑平台的各方面中与建模组合的现场数据的使用。29.图1j描绘可由本公开的重塑微生物拥有的5个特性。30.图1k描绘用于微生物pbc6.1的重塑方法的示意图。31.图1l描绘从重塑微生物中的内源性氮调节中脱离的nifa表达。32.图1m描绘通过重塑微生物改进的固定氮的同化和排泄。33.图1n描绘可归因于重塑微生物的玉米产量改进。34.图1o说明当前氮递送系统的低效，其导致施肥不足的田地、过度施肥的田地和对环境有害的氮流失。35.图2a描绘137‑1036制剂在25℃下储存1周后的稳定性。36.图2b描绘137‑1036制剂在37℃下储存1周后的稳定性。37.图3a描绘137‑1036制剂在25℃下储存2周后的稳定性。38.图3b描绘137‑1036制剂在37℃下储存2周后的稳定性。39.图4a描绘137‑1034制剂在25℃下储存1周后的稳定性。40.图4b描绘137‑1034制剂在37℃下储存1周后的稳定性。41.图5a描绘137‑1034制剂在25℃下储存2周后的稳定性。42.图5b描绘137‑1034制剂在37℃下储存2周后的稳定性。43.图6a描绘包含生物膜和pvp‑va的137‑1036制剂在37℃下储存30天的稳定性。活力损失比较表明，在任何给定生物膜浓度下，添加5％pvp‑va可改善罐内活力损失(对数损失降低)。44.图6b描绘包含生物膜和pvp‑va的137‑1036制剂在25℃下储存30天的稳定性。活力损失比较表明，在20％和5％生物膜下，添加5％pvp‑va可改善罐内活力损失(对数损失降低)，10％生物膜不是决定性的。45.图6c描绘包含生物膜和pvp‑va的137‑1034制剂在37℃下储存30天的稳定性。活力损失比较表明，在任何给定生物膜浓度下，添加5％pvp‑va可改善罐内活力损失(对数损失降低)。在25c下未检测到任何益处。46.图7a描绘在4℃下pvp‑va制剂稳定性研究的结果，其证明了跨不同商业玉米种质的可变稳定性响应。如图所示，一些玉米种子在7周内保持目标cfu/种子，而其他的则更快地失去活力。不含pvp‑va47.的制剂的活力损失更高，pvp‑va的影响取决于种子类型。48.图7b描绘在10℃下pvp‑va制剂稳定性研究的结果，其证明了跨不同商业玉米种质的可变稳定性响应。如图所示，不同的杂交种子对pvp‑va表现出不同的稳定性响应。虽然pvp‑va对所有种子都有积极影响，但pvp‑va对种子稳定性的影响对于对微生物的负面影响更大的种子更为明显。channel种子＞heine种子＞goldenharvest种子49.图7c描绘在25℃下pvp‑va制剂稳定性研究的结果，其证明所有细胞在1周内失去活力，无论商业玉米种质或pvp‑va处理如何。具体实施方式50.虽然本文已示出并描述了本公开的各种实施方案，但对于本领域的技术人员将显而易见的是，此类实施方案仅以举例的方式提供。在不脱离本公开的情况下，本领域的技术人员可以想到许多变型、变化和替换。应当理解，可采用本文所述的本公开实施方案的各种替代方案。51.肥料利用率的提高带来了环境问题，而且全球许多承受经济压力的地区也可能无法实施。此外，微生物领域中的许多行业参与者都致力于创造属间微生物。然而，对被表征/分类为属间的工程化微生物存在严重的监管负担。这些属间微生物不仅面临更高的监管负担，使得广泛采用和实施变得困难，而且它们还面临着大量公众所知的审查。52.目前，市场上不存在能够增加非豆科作物的固氮作用的非属间工程化微生物。这类微生物的缺乏是帮助开创真正环境友好且更具可持续性的21世纪农业系统中所缺失的一个环节。53.本公开内容解决了上述问题，并提供了已被工程化为易于在作物中固定氮的非属间微生物。这些微生物未被表征/分类为属间微生物，因此不会面临严格的监管负担。此外，所教导的非属间微生物将有助于帮助21世纪的农民减少对利用不断增加用量的外源氮肥的依赖。54.定义55.在描述本公开的上下文中(尤其在随附权利要求书的上下文中)使用术语“一个/种(a/an)”和“所述”以及类似的提及物应解释为涵盖单数和复数，除非本文中另外指明或与上下文明显相矛盾。除非另外指出，否则术语“包含”、“具有”、“包括”和“含有”应解释为开放式术语(即意指“包括但不限于”)。除非在本文中另外指示，否则对本文中值范围的叙述仅意图充当个别提及属于所述范围的每一单独值的速记方法，并且每一单独值并入本说明书中，如同在本文中个别地叙述一般。举例来说，如果公开了范围10‑15，那么也公开了11、12、13和14。除非在本文另外指示或以其他方式与上下文明显相矛盾，否则本文所描述的所有方法可按任何合适的顺序进行。除非另外要求，否则使用的任何和所有实例，或本文所提供的示例性语言(例如，“如”)仅意图更好地说明本发明并且并不对本发明的范围造成限制。本说明书中的任何语言都不应被解释为指示实践本公开所必需的任何未要求的要素。56.术语“多核苷酸”、“核苷酸”、“核苷酸序列”、“核酸”和“寡核苷酸”可互换使用。这些术语指任何长度的核苷酸的聚合形式，包含脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其类似物。多核苷酸可具有任何三维结构，并且可执行任何已知或未知的功能。以下是多核苷酸的非限制性实例：基因或基因片段的编码或非编码区、由连锁分析确定的基因座(loci/locus)、外显子、内含子、信使rna(mrna)、转移rna(trna)、核糖体rna(rrna)、短干扰rna(sirna)、短发夹rna(shrna)、微小rna(mirna)、核酶、cdna、重组多核苷酸、分支多核苷酸、质粒、载体、分离的具有任何序列的dna、分离的具有任何序列的rna、核酸探针以及引物。多核苷酸可包括一个或多个修饰的核苷酸，如甲基化核苷酸和核苷酸类似物。如果存在，则对核苷酸结构的修饰可在组装聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可被非核苷酸组分间断。可在聚合后如通过与标记组分缀合而进一步修饰多核苷酸。[0057]“杂交”是指一个或多个多核苷酸反应形成经由在核苷酸残基碱基之间进行氢键合而稳定的复合物的反应。氢键合可通过沃森克里克碱基配对(watsoncrickbasepairing)、胡格斯坦结合(hoogsteinbinding)或根据碱基互补以任何其他序列特异性方式发生。复合物可包括形成双链体结构的两条链、形成多链复合物的三条或更多条链、单个自杂交链或这些链的任何组合。杂交反应可构成更广泛过程中的一个步骤，所述过程如起始pcr或通过核酸内切酶对多核苷酸进行酶促切割。与第一序列互补的第二序列被称作第一序列的“互补序列”。如应用于多核苷酸的术语“可杂交”是指多核苷酸在杂交反应中形成经由核苷酸残基的碱基之间的氢键键合而稳定的复合物的能力。[0058]如本文所用，“生物膜”或“成熟生物膜”是指缔合的和/或积聚的和/或聚集的微生物细胞、它们的产物(例如外聚合物质)和粘附至活性或惰性表面的无机粒子。[0059]如本文所用，“聚合物”或“聚合物质”是指通过聚合/共聚形成且包含重复结构单元的化学化合物或化合物的混合物。术语“聚合物”应当理解为涵盖包含具有相同单体的重复单元的聚合物和包含具有两种或更多种不同类型的单体的重复单元的聚合物(共聚物)。[0060]如本文所用，“基本上不含溶剂”的聚合物含有小于约1,000ppm的溶剂。[0061]如本文所用，“对数损失”是对数{初始cfu/ml}‑对数{储存后cfu/ml}。[0062]“互补性”是指核酸通过传统的沃森‑克里克或其他非传统类型与另一核酸序列形成一个或多个氢键的能力。互补性百分比指示可与第二核酸序列形成氢键(例如沃森‑克里克碱基配对)的核酸分子中的残基百分比(例如，10分之5、6、7、8、9、10分别是50％、60％、70％、80％、90％和100％互补)。“完全互补”意指核酸序列的所有连续残基将与第二核酸序列中相同数目的连续残基氢键合。如本文所用，“基本上互补”是指在8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50个或更多个核苷酸的区上至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或100％的互补程度，或者是指在严格条件下杂交的两个核酸。序列一致性(如出于评定互补性百分比的目的)可通过任何合适的比对算法进行测量，所述算法包括但不限于尼德曼‑翁施(needleman‑wunsch)算法(参见例如可在www.ebi.ac.uk/tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html获得的embossneedle比对器，任选地利用默认设置)、blast算法(参见例如可在blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi获得的blast比对工具，任选地利用默认设置)或史密斯‑沃特曼(smith‑waterman)算法(参见例如可在www.ebi.ac.uk/tools/psa/emboss_water/nucleotide.html获得的embosswater比对器，任选地利用默认设置)。最佳比对可使用所选算法的任何合适的参数，包括默认参数进行评定。[0063]一般来讲，杂交的“严格条件”是指与靶序列具有互补性的核酸主要与靶序列杂交，并且基本上不与非靶序列杂交的条件。严格条件一般是序列依赖性的，并且根据数个因素而不同。一般来讲，序列越长，序列与其靶序列特异性杂交的温度越高。严格条件的非限制性实例在tijssen(1993)，laboratorytechniquesinbiochemistryandmolecularbiology‑hybridizationwithnucleicacidprobes，第i部分，第二章“overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidprobeassay”，elsevier，n.y中详细描述。[0064]如本文所用，“表达”是指从dna模板转录多核苷酸(如转录成mrna或其他rna转录物)的过程和/或将转录的mrna随后翻译成肽、多肽、或蛋白质的过程。转录物和编码的多肽可统称为“基因产物”。如果多核苷酸来源于基因组dna，则表达可包括在真核细胞中剪接mrna。[0065]术语“多肽”和“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用以指任何长度的氨基酸聚合物。聚合物可为直链或支链的，其可包含修饰的氨基酸，并且其可间杂有非氨基酸。所述术语还涵盖已修饰的氨基酸聚合物；例如，二硫键形成、糖基化、脂化、乙酰化、磷酸化或任何其他操纵，如与标记组分的缀合。如本文所用，术语“氨基酸”包括天然和/或非天然或合成氨基酸，包括甘氨酸和d或l光学异构体两者，以及氨基酸类似物和肽模拟物。[0066]如本文所用，术语“约”与术语“大约”同义地使用。说明性地，关于某一量使用术语“约”指示稍微超出所列举的值(例如，加或减0.1％至10％)。[0067]术语“生物学纯的培养物”或“基本上纯的培养物”是指本文所描述的细菌物种的培养物，其不含足以干扰培养物复制或由普通细菌学技术检测到的量的其他细菌物种。[0068]“植物生产力”一般是指植物生长或发育的任何方面，这是植物生长的原因。对于粮食作物，如谷物或蔬菜，“植物生产力”可指从特定作物收获的谷物或果实的产量。如本文所用，提高的植物生产力广义地指为了各种目的提高所收获的谷物、果实、花或其他植物部分的产量，改善植物部分(包括茎、叶和根)的生长，促进植物生长，维持叶片中高叶绿素含量，增加果实或种子数，增加果实或种子单位重量，由于氮肥用量减少降低no2排放，以及类似改善植物的生长和发育。[0069]粮食作物中和粮食作物周围的微生物会影响那些作物的性状。可能受微生物影响的植物性状包括：产量(例如，谷物生产、生物质生成、果实发育、花形成)；营养(例如，氮、磷、钾、铁、微量营养素获取)；非生物胁迫管理(例如，耐旱性、耐盐性、耐热性)；和生物胁迫管理(例如，害虫、杂草、昆虫、真菌和细菌)。改变作物性状的策略包括：提高关键代谢物浓度；改变微生物对关键代谢物影响的时间动态；将微生物代谢物产生/降解与新的环境线索相联系；减少负面代谢物；以及改善代谢物或底层蛋白质的平衡。[0070]如本文所用，“控制序列”是指操纵子、启动子、沉默子或终止子。[0071]如本文所用，取决于使用情况(例如内生、附生或根际缔合)，“植物内”可指在植物中、在植物上或与植物紧密相关。植物可包含植物部分、组织、叶、根、根毛、根茎、茎、种子、胚珠、花粉、花、果实等。[0072]在一些实施方案中，本公开的基因的天然或内源控制序列由一个或多个属内控制序列替换。[0073]如本文所用，“引入”是指通过现代生物技术引入，而不是自然发生的引入。[0074]在一些实施方案中，本公开的细菌已被修饰，使得它们不是天然存在的细菌。[0075]在一些实施方案中，本公开的细菌以每克植物鲜重或干重至少103cfu、104cfu、105cfu、106cfu、107cfu、108cfu、109cfu、1010cfu、1011cfu或1012cfu的量存在于植物中。在一些实施方案中，本公开的细菌以每克植物鲜重或干重至少约103cfu、约104cfu、约105cfu、约106cfu、约107cfu、约108cfu、约109cfu、约1010cfu、约1011cfu或约1012cfu的量存在于植物中。在一些实施方案中，本公开的细菌以每克植物鲜重或干重至少103至109、103至107、103至105、105至109、105至107、106至1010、106至107cfu的量存在于植物中。[0076]本公开的肥料和外源氮可包括以下含氮分子：铵、硝酸盐、亚硝酸盐、氨、谷氨酰胺等。本公开的氮源可包括无水氨、硫酸氨、尿素、磷酸二铵、脲甲醛(urea‑form)、磷酸一铵、硝酸铵、氮溶液、硝酸钙、硝酸钾、硝酸钠等。[0077]如本文所用，“外源氮”是指在非氮限制条件下存在的土壤、田间或生长介质中容易获得的非大气氮，包括氨、铵、硝酸盐、亚硝酸盐、尿素、尿酸、铵酸等。[0078]如本文所用，“非氮限制条件”是指在土壤、田间、介质中可获得的浓度大于约4mm氮的非大气氮，如kant等人(2010.j.exp.biol.62(4)：1499‑1509)中所公开的，所述文献以引用方式并入本文。[0079]如本文所用，“属间微生物体”是由最初从不同分类属的生物体分离的遗传物质的有意组合形成的微生物体。“属间突变体”可与“属间微生物体”互换使用。示例性“属间微生物体”包括含有首先在不同于接受者微生物体的属中的微生物体中鉴定的移动遗传因子的微生物体。可尤其在40c.f.r.§725.3中发现进一步解释。[0080]在各方面，本文所教导的微生物是“非属间的”，其意指微生物不是属间的。[0081]如本文所用，“属内微生物体”是由最初从相同分类属的生物体分离的遗传物质的有意组合形成的微生物体。“属内突变体”可与“属内微生物体”互换使用。[0082]如本文所用，“引入的遗传物质”意指添加至接受者基因组且作为所述基因组的组分保留的遗传物质。[0083]如本文所用，在非属间微生物体的情形下，术语“重塑”与术语“工程化”同义地使用。因此，“非属间重塑微生物体”具有与“非属间工程化微生物体”同义的含义，并且将互换使用。此外，本公开可指“工程化菌株”或“工程化衍生物”或“工程化非属间微生物”，这些术语与“重塑菌株”或“重塑衍生物”或“重塑非属间微生物”同义地使用。[0084]在一些实施方案中，固氮和氮同化的基因调节网络包含编码指导、调整和/或调节微生物固氮和/或氮同化的基因和非编码序列的多核苷酸，并且可包含nif簇(例如，nifa、nifb、nifc、......nifz)的多核苷酸序列、编码氮调节蛋白c的多核苷酸、编码氮调节蛋白b的多核苷酸、gln簇(例如glna和glnd)的多核苷酸序列、drat和氨转运蛋白/通透酶。在一些情况下，nif簇可包含nifb、nifh、nifd、nifk、nife、nifn、nifx、hesa和nifv。在一些情况下，nif簇可包含nifb、nifh、nifd、nifk、nife、nifn、nifx、hesa和nifv的子组。[0085]在一些实施方案中，本公开的肥料包含按重量计至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％的氮。[0086]在一些实施方案中，本公开的肥料包含按重量计至少约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％或约99％的氮。[0087]在一些实施方案中，本公开的肥料包含按重量计约5％至50％、约5％至75％、约10％至50％、约10％至75％、约15％至50％、约15％至75％、约20％至50％、约20％至75％、约25％至50％、约25％至75％、约30％至50％、约30％至75％、约35％至50％、约35％至75％、约40％至50％、约40％至75％、约45％至50％、约45％至75％或约50％至75％的氮。[0088]在一些实施方案中，相对于未暴露于本公开的细菌的对照植物，测量到植物中固氮的增加和/或1％或更多的氮的产生。相对于对照细菌，测量到细菌中的所有增加或降低。相对于对照植物，测量到植物中的所有增加或降低。[0089]如本文所用，“组成型启动子”是在大部分条件下和/或在大部分发育阶段期间具有活性的启动子。在用于生物技术中的表达载体中使用组成型启动子有几个优点，如：用于选择转基因细胞或生物体的蛋白质的高产生水平；报告蛋白或可评分标记物的高表达水平，使得易于检测和定量；作为调节转录系统一部分的转录因子的高产生水平；产生在生物体中需要普遍存在的活性的化合物；以及产生在发育的所有阶段所需的化合物。非限制性示例性组成型启动子包括camv35s启动子、冠瘿碱启动子、泛素启动子、醇脱氢酶启动子等。[0090]如本文所用，“非组成型启动子”是在某些条件下、在某些类型的细胞中和/或在某些发育阶段期间具有活性的启动子。举例来说，组织特异性、组织优先、细胞类型特异性、细胞类型优先、诱导型启动子和处于发育控制下的启动子是非组成型启动子。处于发育控制下的启动子的实例包括优先在某些组织中起始转录的启动子。[0091]如本文所用，“诱导型”或“阻抑型”启动子是处于化学或环境因素控制下的启动子。可能影响诱导型启动子转录的环境条件的实例包括厌氧条件、某些化学物质、光的存在、酸性或碱性条件等。[0092]如本文所用，“组织特异性”启动子是仅在某些组织中起始转录的启动子。不同于基因的组成型表达，组织特异性表达是若干相互作用水平的基因调节的结果。因此，在本领域中，有时优选使用来自同源或紧密相关物种的启动子以实现转基因在特定组织中的有效和可靠表达。这是从特定组织分离的大量组织特异性启动子见于科学和专利文献中的主要原因之一。[0093]如本文所用，术语“可操作地连接”是指单个核酸片段上的核酸序列的缔合，使得一个核酸序列的功能由另一个调节。举例来说，启动子在其能够调节编码序列的表达时与所述编码序列可操作地连接(即，编码序列处于启动子的转录控制下)。编码序列可以以正义或反义方向可操作地连接至调节序列。在另一个实例中，本公开的互补rna区可直接或间接地可操作地连接至靶mrna的5′或靶mrna的3′或在靶mrna内部，或者第一互补区位于靶mrna的5′而其互补体位于靶mrna的3′。[0094]在各方面，“向植物施加多种非属间细菌”包括使植物(包括植物部分，如种子、根、茎、组织等)在植物生命周期的任何阶段与所述细菌接触(即暴露)的任何方式。因此，“向植物施加多种非属间细菌”包括以下任何一种将植物(包括植物部分，如种子、根、茎、组织等)暴露于所述细菌的方式：喷洒到植物上、滴落到植物上，作为种皮施加、施加到稍后播种种子的田间、施加到已播种种子的田间、施加到具有成株植物的田间等。[0095]如本文所使用，“mrtn”是最大氮回报的首字母缩写，并且在实施例中用作实验处理。mrtn是由爱荷华州立大学(iowastateuniversity)开发，其信息可现于：//cnrc.agron.iastate.edu/。mrtn是氮应用的经济净回报最大化时的氮用量。计算mrtn的方法是各州制定玉米氮用量指南的区域性方法。对伊利诺伊州、爱荷华州、密歇根州、明尼苏达州、俄亥俄州和威斯康星州的氮用量试验数据进行了评价，在这些州可以获得对大豆后种植玉米和玉米后种植玉米的足够数量的研究试验。试验在春季、追肥或种植前分割/追肥施氮的情况下进行，除了威斯康星州指示灌溉沙地之外，不对地点进行灌溉。mrtn由爱荷华州立大学开发，这是由于确定玉米生产所需的建议氮用量的方法有明显差异、与氮用量指南有关的错误认识以及对施用量的担忧。通过计算mrtn，从业者可确定以下内容：(1)施氮的经济净回报最大化时的氮用量，(2)经济最优氮用量，这是最后一次氮增量获得大到足以补偿额外氮的产量增加时的点，(3)由施氮引起的玉米粒增加值，以及最大产量，即施加更多氮不会导致玉米产量增加时的产量。因此，mrtn计算为从业者提供了在不同地区使玉米作物最大化，同时使施氮引起的经济收益最大化的方式。[0096]术语mmol是毫摩尔的缩写，其为摩尔(在本文中缩写为mol)的千分之一(10‑3)。[0097]如本文所用，术语“微生物体”或“微生物”应广义地采用。这些术语可互换使用，包括但不限于两个原核域：细菌和古细菌。所述术语还可涵盖真核的真菌和原生生物。[0098]术语“微生物聚生体”或“微生物联合体”是指个别微生物物种或物种菌株的微生物群落的子集，其可描述为发挥共同功能，或者可描述为参与或产生可识别的参数(如所关注的表型性状)或与其相关。[0099]术语“微生物群落”意指包含两个或更多个种或株的一组微生物。不同于微生物聚生体，微生物群体不必执行共同功能，或不必参与或产生可识别参数，或与可识别参数相关，如所关注的表型性状。[0100]如本文所用，“分离物”、“分离的”、“分离的微生物”和类似术语旨在表示一种或多种微生物体已经与在特定环境(例如土壤、水、植物组织等)中与其相关的至少一种材料分离。因此，“分离的微生物”在其天然存在的环境中并不存在；而是通过本文所述的各种技术，微生物已从其自然环境中移取并处于非天然存在的状态。因此，分离的菌株或分离的微生物可作为例如生物学纯的培养物存在，或作为孢子(或其他形式的菌株)存在。在一些方面，分离的微生物可与可接受的载体缔合，所述载体可以是农业上可接受的载体。[0101]在本公开的某些方面，分离的微生物以“分离的和生物学纯的培养物”存在。本领域技术人员将会理解，特定微生物的分离的和生物学纯的培养物表示所述培养物基本上不含其他活生物体，而是仅含有所讨论的单个微生物。培养物可含有不同浓度的所述微生物。本公开指出，分离的和生物学纯的微生物通常“必然不同于较不纯的或不纯的材料”。参加，例如inrebergstrom，427f.2d1394，(ccpa1970)(讨论纯化的前列腺素)，另见inrebergy，596f.2d952(ccpa1979)(讨论纯化的前列腺素)，另见parke‑ꢀdavis&co.v.h.k.mulford&co.，189f.95(s.d.n.y.1911)(作者讨论纯化的肾上腺素)，部分增补，部分修订，196f.496(1912年第2期)，其中每一个都以引用方式并入本文。此外，在一些方面，本公开提供了在分离的和生物学纯的微生物培养物中必然发现的浓度或纯度限制的某些定量测量。在某些实施方案中，这些纯度值的存在是将目前公开的微生物与以天然状态存在的那些微生物区分开的另一属性。参见，例如，merck&co.v.olinmathiesonchemicalcorp.，253f.2d156(1958年第4期)(讨论由微生物产生的维生素b12的纯度限制)，在此引入作为参考。[0102]如本文所用，“单个分离物”应当被认为是指在与一种或多种其他微生物体分离后主要包含微生物体的单一属、种或株的组合物或培养物。[0103]本公开的微生物可包括孢子和/或营养细胞。在一些实施方案中，本公开的微生物包括处于存活但不可培养(vbnc)状态的微生物。如本文所用，“孢子”是指由细菌和真菌产生的适于存活和分散的结构。孢子通常被表征为休眠结构；然而，孢子能够通过萌发过程进行分化。萌发是孢子分化成能够代谢活动、生长和繁殖的营养细胞。单一孢子的萌发导致单一真菌或细菌营养细胞。真菌孢子是无性繁殖的单位，在一些情况下是真菌生命周期中必需的结构。细菌孢子是通常可能无益于营养细胞的存活或生长的存活条件的结构。[0104]如本文所用，“微生物组合物”是指包含一种或多种本公开的微生物的组合物。在一些实施方案中，将微生物组合物施用于植物(包括各种植物部分)和/或农田中。[0105]如本文所用，“载体”、“可接受的载体”或“农业上可接受的载体”是指可与微生物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或媒介物，其不会对微生物产生不利影响。[0106]固氮的调节[0107]在一些情况下，固氮途径可充当基因工程化和优化的靶标。可通过本文所述的方法靶向调节的一个性状是固氮。氮肥是农场最大的运营费用，也是玉米和小麦等行栽作物产量提高的最大动力。本文描述了可在非豆科作物中递送可再生形式氮的微生物产品。虽然一些内生菌具有固定纯培养物中氮所必需的遗传基础，但是根本的技术挑战是谷类和禾类的野生型内生菌停止在施肥田中固氮。化肥施加及田间土壤中残留的氮水平表明微生物关闭固氮的生化途径。[0108]改变固氮调节网络的组分的转录水平和翻译后水平对研发能够在肥料的存在下将氮固定并转移至玉米的微生物可能是有利的。为此，本文描述了用于精确演化调节网络并引发新型表型的宿主‑微生物演化(home)技术。本文还描述了从玉米中分离的固氮内生菌的独特的专有文库，与在不同环境条件(如氮胁迫和过量条件下)围绕微生物和宿主植物的相互作用的大量组学数据配对。在一些实施方案中，该技术使得内生菌基因调节网络的精确进化能够产生即使在田间施肥的情况下也能主动固氮的微生物。本文还描述了对在玉米根组织中定殖并对施肥植物产生氮的进化微生物的技术潜力的评估，以及评估内生菌与标准制剂实践和不同土壤的相容性，以确定将微生物整合到现代氮管理策略中的可行性。[0109]为了利用元素氮(n)进行化学合成，生物将大气中可得的氮气(n2)与氢气组合，该过程被称为固氮。由于生物固氮的能量密集性质，固氮生物(固定大气氮气的细菌和古细菌)已经进化出nif基因簇响应于环境氧和可用氮的复杂且严密的调节。nif基因编码参与固氮的酶(如固氮酶复合物)并调节固氮的蛋白质。shamseldin(2013.globalj.biotechnol.biochem.8(4)：84‑94)公开了对nif基因及其产物的详细描述，并以引用方式并入本文。本文描述了生产具有改良性状的植物的方法，所述方法包括从第一植物分离细菌，将基因变异引入到分离的细菌的基因中以提高固氮，将第二植物暴露于变异细菌，从相对于第一植物具有改良性状的第二植物分离细菌，以及用从第二植物分离的细菌重复所述步骤。[0110]在变形菌门(proteobacteria)中，固氮调节围绕σ54依赖性增强子结合蛋白nifa(nif簇的正转录调节子)为中心。活性nifa的细胞内水平受两个关键因素控制：nifla操纵子的转录以及通过蛋白质‑蛋白质与nifl的相互作用对nifa活性的抑制。这两个过程都是经由pii蛋白信号传导级联反应响应于细胞内谷氨酰胺水平。所述级联反应由glnd介导，glnd直接感测谷氨酰胺并催化两种pii调节蛋白(glnb和glnk)的尿苷酰化或去尿苷酰化，glnb和glnk分别响应于结合的谷氨酰胺的缺乏或存在。在氮过量的条件下，未修饰的glnb标志nifla启动子失活。然而，在氮限制的条件下，glnb经翻译后修饰，这抑制了其活性且引起nifla操纵子转录。通过这种方式，nifla转录经由pii蛋白信号传导级联反应严格控制对环境氮的响应。在nifa调节的翻译后水平上，根据细胞内游离glnk的整体水平，glnk抑制nifl/nifa相互作用。[0111]nffa由nifla操纵子转录，其启动子被磷酸化的ntrc(另一σ54依赖性调节子)激活。ntrc的磷酸化状态由组氨酸激酶ntrb介导，ntrb与去尿苷酰化的glnb相互作用，但不与尿苷酰化的glnb相互作用。在氮过量的条件下，细胞内高水平的谷氨酰胺导致glnb去尿苷酰化，然后与ntrb相互作用以使其磷酸化活性失活并激活其磷酸酶活性，导致ntrc去磷酸化及nifla启动子的失活。然而，在氮限制的条件下，低水平的细胞内谷氨酰胺导致glnb尿苷酰化，抑制其与ntrb的相互作用并允许ntrc磷酸化及nifla操纵子的转录。通过这种方式，响应于环境氮而经由pii蛋白信号传导级联反应来严格控制nifla表达。nifa、ntrb、ntrc和glnb均是可在本文所述的方法中突变的基因。这些过程也可响应于氨、尿素或硝酸盐的细胞内或细胞外水平。[0112]nifa的活性在翻译后也响应于环境氮而调节，最典型地通过nifl介导的nifa活性抑制。一般来讲，尽管glnk与nifl/nifa之间的相互作用的性质在不同的固氮生物之间明显不同，但nifl与nffa的相互作用经由glnk受到pii蛋白信号传导级联反应的影响。在肺炎克雷伯氏菌(klebsiellapneumoniae)中，两种形式的glnk均抑制nifl/nifa相互作用，并且glnk与nifl/nifa之间的相互作用由细胞内游离glnk的总水平来决定。在氮过量的条件下，去尿苷酰化的glnk与铵转运蛋白amtb相互作用，用于阻断amtb对铵的吸收并将glnk与膜隔离，从而允许nifl抑制nifa。另一方面，在棕色固氮菌(azotobactervinelandii)中，nifl/nifa相互作用和nifa抑制需要与去尿苷酰化的glnk相互作用，而glnk的尿苷化则抑制其与nifl的相互作用。在缺乏nifl基因的固氮生物中，有证据表明在氮过量条件下，nifa活性直接受到glnk和glnb的去尿苷酰化形式的相互作用的抑制。在一些细菌中，nif簇可能受glnr调节，并且在一些情况下，这可能包括负调节。与机制无关，nifa的翻译后抑制是大多数已知固氮生物中nif簇的重要调节子。另外，nifl、amtb、glnk和glnr均是可在本文所述的方法中突变的基因。[0113]除了调节nif基因簇的转录之外，许多固氮生物还发展了直接翻译后修饰及抑制固氮酶本身的机制，称为固氮酶关闭。这是由fe蛋白(nifh)在氮过量的条件下adp核糖基化介导的，这破坏其与mofe蛋白复合物(nifdk)的相互作用并消除固氮酶活性。drat催化fe蛋白的adp核糖基化并关闭固氮酶，而drag催化adp核糖的去除和固氮酶的再激活。与nifla转录和nifa抑制一样，固氮酶关闭也经由pii蛋白信号传导级联反应来调节。在氮过量的条件下，去尿苷酰化的glnb与drat相互作用并激活drat，而去尿苷酰化的glnk与drag和amtb相互作用形成复合体，将drag与膜隔离。在氮限制的条件下，glnb和glnk的尿苷酰化形式分别不与drat和drag相互作用，导致drat的失活及drag向fe蛋白的扩散，从而去除adp核糖并激活固氮酶。本文所述的方法还考虑将基因变异引入到nifh、nifd、nifk和drat基因中。[0114]尽管一些内生菌具有体外固氮的能力，但是通常高水平的外源化学肥料使所述遗传学在田间沉默。可将外源氮的感测与固氮酶的表达脱离，以促进基于田间的固氮。进一步通过提高固氮酶活性随时间的积分来增加氮的产生以供作物利用。利用本文所述的方法促进基于田间的固氮的基因变异的具体靶标包括一或多种选自由以下组成的组的基因：nifa、nifl、ntrb、ntrc、glna、glnb、glnk、drat、amtb、glnd、glne、nifj、nifh、nifd、nifk、nify、nife、nifn、nifu、nifs、nifv、nifw、nifz、nifm、niff、nifb和nifq。[0115]利用本文所述的方法促进基于田间的固氮的基因变异的额外靶标是nifa蛋白。nifa蛋白通常是用于固氮基因表达的激活剂。增加nifa产生(组成型地或在高氨条件期间)避开了天然氨感测途径。另外，降低nifl蛋白(一种已知的nifa抑制剂)的产生也导致游离活性nifa的水平增加。另外，提高nifal操纵子的转录水平(组成型地或在高氨条件期间)也导致整体上更高水平的nifa蛋白。通过改变启动子本身或通过降低ntrb的表达(在高氮条件期间最初会导致关闭nifal操纵子的ntrb和ntrc信号传导级联反应的一部分)来实现nifal表达水平提高。通过本文所述的这些方法或其他任何方法实现的高水平的nifa提高了内生菌的固氮活性。[0116]利用本文所述的方法促进基于田间的固氮的基因变异的另一靶标是glnd/glnb/glnkpii信号传导级联反应。通过glnd/glnb/glnkpii信号传导级联反应感测细胞内谷氨酰胺水平。glnd中的活性位点突变消除了glnd的去尿苷酰基活性，破坏了氮感测级联反应。另外，glnb浓度的降低使谷氨酰胺感测级联反应短路。这些突变“诱使”细胞感知氮限制状态，从而增加固氮水平活性。这些过程也可响应于氨、尿素或硝酸盐的细胞内或细胞外水平。[0117]amtb蛋白也是利用本文所述的方法促进基于田间的固氮的基因变异的靶标。可通过降低amtb蛋白的表达水平来减少从环境中吸收氨。没有细胞内氨，内生菌不能感知高水平的氨，阻止了固氮基因的下调。设法进入细胞内隔室的任何氨都被转化成谷氨酰胺。细胞内谷氨酰胺水平是氮感测的主要指标。降低细胞内谷氨酰胺水平防止细胞感测环境中的高铵水平。所述效果可通过增加谷氨酰胺酶(一种将谷氨酰胺转化为谷氨酸的酶)的表达水平来实现。另外，细胞内谷氨酰胺也可通过减少谷氨酰胺合酶(一种将氨转化为谷氨酰胺的酶)来降低。在固氮生物中，固定氨很快同化到谷氨酰胺和谷氨酸中，用于细胞过程。氨同化的中断可能导致要作为氨从细胞输出的固定氮的转移。固定氨主要被glna编码的谷氨酰胺合成酶(gs)同化到谷氨酰胺中，随后被谷氨酰胺氧化戊二酸转氨酶(gogat)同化到谷氨酰胺中。在一些实例中，glns编码谷氨酰胺合成酶。gs受gs腺苷酰基转移酶(glne)翻译后调节，glne是由glne编码的双功能酶，其分别通过其腺苷酰基转移酶(at)和去腺苷酰基(ar)结构域的活性催化gs的腺苷酰化和去腺苷酰化两者。在氮限制的条件下，glna被表达，并且glne的ar结构域使gs去腺苷酰化，从而使gs具有活性。在氮过量的条件下，glna表达被关闭，并且glne的at结构域由谷氨酰胺变构激活，从而引起gs的腺苷酰化和失活。[0118]此外，drat基因也是利用本文所述的方法促进基于田间的固氮的基因变异的靶标。一旦固氮酶由细胞产生，则固氮酶关闭代表在高氮条件下细胞下调固定活性的另一水平。所述关闭可通过降低drat的表达水平来消除。[0119]赋予新微生物表型的方法可在转录、翻译和翻译后水平下进行。转录水平包括启动子的改变(如改变σ因子亲和性或转录因子的结合位点，包括全部或部分启动子的缺失)或改变转录终止子和弱化子。翻译水平包括核糖体结合位点的改变和改变的mrna降解信号。翻译后水平包括使酶的活性位点突变以及改变蛋白质‑蛋白质相互作用。这些变化可通过多种方式实现。可通过将天然核糖体结合位点(rbs)或启动子与强度/效率较低的另一个交换来实现表达水平的降低(或完全消除)。atg起始位点可交换成gtg、ttg或ctg起始密码子，这导致编码区翻译活性的降低。通过敲除(删除)基因的编码区可完全消除表达。将开放阅读框(orf)移码可能会导致沿orf提前终止密码子，从而产生非功能性截短产物。插入框内终止密码子也会类似地产生非功能性截短产物。还可在n或c端添加降解标签以降低特定基因的有效浓度。[0120]相反，本文所述基因的表达水平可通过使用更强的启动子来实现。为了确保在高氮水平条件(或任何其他条件)期间具有高启动子活性，可获得高氮水平条件下全基因组的转录谱，并且可从数据集中选出具有所需转录水平的活性启动子来替换弱启动子。弱起始密码子可交换为atg起始密码子以获得更好的翻译起始效率。弱核糖体结合位点(rbs)也可用不同的具有较高翻译起始效率的rbs换掉。另外，也可进行位点特异性诱变以改变酶的活性。[0121]增加植物中固氮水平可导致作物生产所需的化学肥料的量降低，并减少温室气体排放(例如，一氧化二氮)。[0122]定殖潜能的调节[0123]在一些实施方案中，定殖中涉及的途径和基因可充当基因工程化和优化的靶标。[0124]在一些情况下，胞外多糖可参与植物的细菌定殖。在一些情况下，植物定殖微生物可产生生物膜。在一些情况下，植物定殖微生物分泌可帮助粘附到植物或躲避植物免疫反应的分子。在一些情况下，植物定殖微生物可分泌改变植物对微生物的反应的信号传导分子。在一些情况下，植物定殖微生物可分泌改变局部微环境的分子。在一些情况下，植物定殖微生物可改变基因的表达以适应所述微生物接近的植物。在一些情况下，植物定殖微生物可检测局部环境中植物的存在且可响应地改变基因的表达。[0125]在一些实施方案中，为了改进定殖，参与选自由以下组成的组的途径的基因可被靶向以进行基因工程化和优化：胞外多糖产生、内聚半乳糖醛酸酶产生、海藻糖产生和谷氨酰胺转化。[0126]在一些实施方案中，可对参与生产胞外多糖的酶或途径进行基因修饰以改进定殖。可被靶向以改进定殖的编码产胞外多糖酶的示例性基因包括但不限于bcsii、bcsiii和yjbe。[0127]在一些实施方案中，可对参与生产丝状红血球凝集素的酶或途径进行基因修饰以改进定殖。举例来说，可靶向编码丝状红血球凝集素的fhab基因以改进定殖。[0128]在一些实施方案中，可对参与生产内聚半乳糖醛酸酶的酶或途径进行基因修饰以改进定殖。举例来说，可靶向编码内聚半乳糖醛酸酶前体的peha基因以改进定殖。[0129]在一些实施方案中，可对参与生产海藻糖的酶或途径进行基因修饰以改进定殖。可被靶向以改进定殖的编码海藻糖生产酶的示例性基因包括但不限于otsb和trez。[0130]在一些实施方案中，可对参与谷氨酰胺转化的酶或途径进行基因修饰以改进定殖。举例来说，glsa2基因编码将谷氨酰胺转化成铵和谷氨酸的谷氨酰胺酶。上调glsa2通过增加细胞的谷氨酸库改进适合度，从而增加细胞的可用n。因此，在一些实施方案中，可靶向glsa2基因以改进定殖。[0131]在一些实施方案中，可对选自由以下组成的组的定殖基因进行基因修饰以改进定殖：bcsii、bcsiii、yjbe、fhab、peha、otsb、trez、glsa2以及它们的组合。[0132]可被靶向以改进定殖潜能的定殖基因还描述于pct公布wo/2019/032926中，所述pct公布以引用方式整体并入本文。[0133]细菌群体的产生[0134]细菌的分离[0135]可用于本文所公开的方法和组合物中的微生物可通过从天然植物的表面或组织中提取微生物来获得。可通过研磨种子以分离微生物来获得微生物。通过在不同的土壤样品中播种种子并从组织中回收微生物可获得微生物。另外，可通过用外源微生物接种植物并确定哪些微生物出现在植物组织中来获得微生物。植物组织的非限制性实例可包括种子、幼苗、叶、插条、植株、鳞茎或块茎。[0136]获得微生物的方法可以是通过从土壤中分离细菌。可从各种土壤类型中收集细菌。在一些实例中，土壤的特征可在于如高或低肥力、水分水平、矿物质水平和各种耕作实践的性状。举例来说，土壤可能参与作物轮作，其中在连续的种植季节中将不同的作物种植在同一土壤中。不同作物在同一土壤上的连续生长可防止某些矿物的不成比例的消耗。可从在所选土壤中生长的植物中分离细菌。可在生长2‑6周时收获幼苗植物。举例来说，在一轮收获中可收集至少400个分离物。土壤和植物类型揭示了植物表型以及条件，这允许下游富集某些表型。[0137]可从植物组织中分离微生物以评定微生物性状。可改变用于处理组织样品的参数，以分离不同类型的关联微生物，如根际菌、附生菌或内生菌。可在无氮培养基中培养分离物，以富集进行固氮的细菌。或者，可从全球菌株库获得微生物。[0138]进行植物内分析以评定微生物性状。在一些实施方案中，可处理植物组织，以便通过高通量加工进行dna和rna筛选。另外，可使用非侵入性测量来评定殖物特征，如定殖。可逐株植物获得对野生微生物的测量。还可使用中等通量方法在田间获得对野生微生物的测量。测量可随时间连续进行。可使用模型植物系统，包括但不限于狗尾草属(setaria)。[0139]可通过植物系统中微生物的转录谱分析来筛选植物系统中的微生物。通过转录谱分析筛选的实例是使用定量聚合酶链反应(qpcr)、用于转录物检测的分子条形码、下一代测序和采用荧光标记物的微生物标记的方法。可测量影响因素以评定温室中的定殖，包括但不限于微生物组、非生物因素、土壤条件、氧气、水分、温度、接种物状况和根部定位。可通过如本文所述的irms或nanosims测量15n气体/肥料(稀释)而在细菌中评定固氮，nanosims是高分辨率二次离子质谱法。nanosims技术是一种从生物样品研究化学活性的方法。可在细胞、亚细胞、分子和元素水平上研究减少驱动微生物体代谢的氧化反应的催化作用。nanosims可提供大于0.1μm的高空间分辨率。nanosims可检测如13c、15n和1ao等同位素示踪剂的使用。因此，nanosims可用于细胞中的化学活性氮。[0140]自动化温室可用于植物分析。响应于微生物暴露的植物指标包括但不限于生物质、叶绿体分析、ccd相机、体积断层摄影术测量。[0141]富集微生物群体的一种方法是根据基因型。举例来说，使用靶向引物或特异性引物的聚合酶链反应(pcr)测定。针对nifh基因设计的引物可用来鉴定固氮生物，因为固氮生物在固氮过程中表达nifh基因。微生物群体也可通过不依赖于单细胞培养的方法和趋化性引导的分离方法来富集。或者，可通过在选择培养基上培养微生物来进行微生物的靶向分离。针对所需性状富集微生物群体的预先策划方法可通过生物信息学数据引导，并且在本文中描述。[0142]使用生物信息学富集具有固氮能力的微生物[0143]可使用生物信息学工具来鉴定并分离促进植物生长的根际细菌(pgpr)，根据pgpr进行固氮的能力进行选择。具有高固氮能力的微生物可促进植物的有利性状。用于鉴定pgpr的生物信息学分析模式包括但不限于基因组学、宏基因组学、靶向分离、基因测序、转录物组测序和建模。[0144]利用本文所述的下一代测序方法和微生物形式控制，基因组学分析可用来鉴定pgpr并确认突变的存在。[0145]宏基因组学可用来使用用于定殖的预测算法来鉴定并分离pgpr。元数据也可用来确定环境样品和温室样品中工程化菌株的存在。[0146]转录物组测序可用来预测导致pgpr表型的基因型。另外，转录物组数据用来鉴定改变基因表达的启动子。可结合全基因组序列(wgs)分析转录物组数据，以产生代谢模型和基因调节网络。[0147]微生物的驯化[0148]从自然界分离的微生物可经历驯化过程，其中微生物被转化为遗传上可追踪且可鉴别的形式。驯化微生物的一种方式是用抗生素抗性对微生物进行工程化。抗生素抗性工程化的过程可开始于确定野生型微生物株中的抗生素敏感性。如果细菌对抗生素敏感，那么所述抗生素可以是抗生素抗性工程化的良好候选者。随后，可使用重组工程方法将抗生素抗性基因或反向选择性(counterselectable)自杀载体并入到微生物的基因组中。反向选择性自杀载体可由删除目的基因、选择性标记物和反向选择性标记物sacb组成。反向选择可用来将天然微生物dna序列交换为抗生素抗性基因。中等通量方法可用来同时评估多个微生物，从而允许平行驯化。备选的驯化方法包括使用归巢核酸酶来防止自杀载体序列环出或防止获得间插载体序列。[0149]可通过包括电穿孔和化学转化在内的几种方法将dna载体引入到细菌中。标准的载体文库可用于转化。基因编辑方法的一个实例是在crispr前进行cas9测试，以确保微生物中cas9的活性。[0150]微生物的非转基因工程化[0151]通过定向进化可获得具有有利性状的微生物群体。定向进化是这样一种方法，其中模拟自然选择的过程，以使蛋白质或核酸朝向用户定义的目标进化。定向进化的一个实例是当将随机突变引入到微生物群体中时，选择具有最有利性状的微生物，并继续使所选微生物生长。促进生长的根际细菌(pgpr)中最有利的性状可能是固氮。基于每次迭代后的选择过程，定向进化的方法可为迭代和自适应的。[0152]可产生具有高固氮能力的促进植物生长的根际细菌(pgpr)。pgpr的进化可通过引入基因变异来进行。基因变异可经由以下方式引入：聚合酶链反应诱变、寡核苷酸定向诱变、饱和诱变、片段改组诱变、同源重组、crispr/cas9系统、化学诱变以及它们的组合。这些方法可将随机突变引入到微生物群体中。举例来说，可经由寡核苷酸定向诱变使用合成dna或rna产生突变体。可使用质粒上含有的工具产生突变体，稍后将质粒消除(cured)。可使用来自具有改良的性状的其他物种的文库鉴定目的基因，这些改良的性状包括但不限于改善的pgpr特性、改善的谷类定殖、增加的氧敏感性、增加的固氮和增加的氨排泄。可使用如geneious或platypus设计软件等软件基于这些文库设计属内基因。可借助于机器学习来设计突变。可借助于代谢模型来设计突变。可使用alaplatypus进行突变的自动化设计，并将引导rna以用于cas定向诱变。[0153]可将属内基因转移到宿主微生物中。另外，也可将报告系统转移到微生物中。报告系统表征启动子、确定转化成功、筛选突变体并充当负筛选工具。[0154]携带突变的微生物可经由连续传代来培养。微生物菌落含有微生物的单一变体。借助于自动化菌落挑取器和液体处理器筛选微生物菌落。具有基因重复和拷贝数增加的突变体表达所需性状的更高基因型。[0155]基于固氮对促进植物生长的微生物的选择[0156]可使用评定固氮的各种测定来筛选微生物菌落。测量固氮的一种方式是通过测量氮排泄的单一发酵测定。一种备选方法是乙炔还原测定(ara)，随时间进行在线采样。ara可在微管阵列的高通量板中进行。ara可用活植物和植物组织进行。在ara测定中可改变培养基配方和培养基氧浓度。筛选微生物变体的另一种方法是使用生物传感器。使用nanosims和拉曼显微光谱法可用来研究微生物的活性。在一些情况下，还可使用生物反应器中的发酵方法培养和扩充细菌。生物反应器旨在提高细菌生长的稳健性并降低细菌对氧的敏感性。基于中等至高tp板的微发酵罐用来评估氧敏感性、营养需求、固氮和氮排泄。细菌也可与竞争性微生物或有益微生物共培养以阐明隐藏的途径。流式细胞术可用来使用化学、比色或荧光指示剂筛选产生高水平氮的细菌。可在存在或不存在氮源的情况下培养细菌。举例来说，可将细菌与谷氨酰胺、氨、尿素或硝酸盐一起培养。[0157]引导微生物重塑‑概观[0158]微生物重塑是一种系统性地鉴定并改善作物微生物组内物种的作用的方法。在一些方面，并且根据分组/分类的特定方法，所述方法包括三个步骤：1)通过对植物‑微生物相互作用进行作图并预测与特定表型相关的调节网络来选择候选物种，2)通过微生物基因组内调节网络和基因簇的种内交叉来实际和可预测地改善微生物表型，以及3)筛选并选择产生所需作物表型的新微生物基因型。[0159]为了系统性地评定菌株的改良，创建了一个模型，所述模型将微生物群落的定殖动力学与关键物种的遗传活动联系起来。所述模型用于预测非属间基因重塑的基因靶标(即以非转基因方式工程化微生物的遗传架构)。所述过程的一个实施方案的图示参见图1。[0160]如图1所示，作物微生物组的合理改进可用来增加土壤生物多样性，调节关键物种的影响，和/或改变重要代谢途径的时机和表达。[0161]为此，本发明人已经开发了一种鉴定并改善作物微生物组内的菌株的作用的平台。在一些方面，本公开人称此过程为微生物育种。[0162]在实例(例如，在实例1中)中，将进一步详细描述前述“引导的微生物重塑”过程，标题为：“引导的微生物重塑‑农业微生物物种合理改进的平台”。[0163]连续传代[0164]通过连续传代可产生细菌以改良植物性状(例如，固氮)。除了鉴定能够将一种或多种改良性状赋予一种或多种植物的细菌和/或组合物之外，所述细菌的产生可通过选择受微生物菌丛影响的、具有特定改良性状的植物来完成。一种产生细菌以改良植物性状的方法包括以下步骤：(a)从第一植物的组织或土壤中分离细菌；(b)将基因变异引入到所述细菌中的一种或多种细菌中以产生一种或多种变异细菌；(c)将多种植物暴露于所述变异细菌；(d)从所述多种植物中的一种植物的组织或土壤中分离细菌，其中从中分离细菌的植物相对于所述多种植物中的其他植物具有改良的性状；以及(e)用从具有改良性状的植物中分离的细菌(步骤(d))重复步骤(b)至(d)。步骤(b)至(d)可重复任意次数(例如，一次、两次、三次、四次、五次、十次或更多次)，直到植物中改良的性状达到所需水平。此外，所述多种植物可以是多于两种植物，如，10种至20种植物，或者20种或更多种、50种或更多种、100种或更多种、300种或更多种、500种或更多种、或1000种或更多种植物。[0165]除了获得具有改良性状的植物之外，还获得了包含细菌的细菌群体，所述细菌包含引入到一个或多个基因(例如，调节固氮的基因)的一个或多个基因变异。通过重复上述步骤，可获得包括群体中与目的植物性状相关的最适当成员的细菌群体。可如通过遗传和/或表型分析来鉴定该群体中的细菌并确定其有益特性。可对步骤(a)中分离的细菌进行遗传分析。可使用以下技术获得表型和/或基因型信息：植物来源的化学成分的高通量筛选、包括遗传物质的高通量测序的测序技术、差异显示技术(包括ddrt‑pcr和dd‑pcr)、核酸微阵列技术、rna‑seq(全转录组鸟枪测序法)和qrt‑pcr(定量实时pcr)。所获得的信息可用于获得关于存在的细菌的身份和活性的群落谱分析信息，如编码rrna操纵子组分或其他分类学信息基因座的核酸的系统发育分析或基于微阵列的筛选。分类学信息基因座的实例包括16srrna基因、23srrna基因、5srrna基因、5.8srrna基因、12srrna基因、18srrna基因、28srrna基因、gyrb基因、rpob基因、fusa基因、reca基因、coxl基因、nifd基因。在us20140155283中描述了确定群体中存在的分类群的分类学谱分析的示例过程。细菌鉴定可包括表征一个或多个基因或一个或多个信号传导途径，如与固氮途径相关的基因的活性。细菌群体中也可能存在不同细菌物种之间的协同相互作用(其中两种组分由于其组合而使所需效果增加的程度超过累加量)。[0166]基因变异‑基因组改变的位置和来源[0167]基因变异可以是选自由以下组成的组的基因：nifa、nifl、ntrb、ntrc、glna、glnb、glnk、drat、amtb、glnd、glne、nifj、nifh、nifd、nifk、nify、nife、nifn、nifu、nifs、nifv、nifw、nifz、nifm、niff、nifb和nifq。基因变异可以是编码具有选自由以下组成的组的功能的蛋白质的基因的变异：谷氨酰胺合成酶、谷氨酰胺酶、谷氨酰胺合成酶腺苷酰基转移酶、转录激活因子、抗转录激活因子、丙酮酸黄素氧还蛋白氧化还原酶、黄素氧还蛋白或nad ‑双氮还原酶adp‑d‑核糖转移酶。基因变异可以是导致以下一项或多项的突变：nifa或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；nifl、ntrb、谷氨酰胺合成酶、glnb、glnk、drat、amtb的表达或活性降低；glne的去腺苷酰基活性降低；或glnd的去尿苷酰基活性降低。引入基因变异可包括在靶位点处一个或多个核苷酸(如，1、2、3、4、5、10、25、50、100、250、500个或更多个核苷酸)的插入和/或缺失。引入到本文所公开方法的一种或多种细菌中的基因变异可以是敲除突变(例如，启动子的缺失、产生提前终止密码子的插入或缺失、整个基因的缺失)，或者可以是消除或停止蛋白质结构域的活性(例如，影响活性位点的点突变、或编码蛋白质产物相关部分的基因的一部分缺失)，或者可以是改变或消除靶基因的调节序列。也可插入一个或多个调节序列，包括异源调节序列和在与引入基因变异的细菌相对应的细菌物种或属的基因组内发现的调节序列。此外，可基于细菌培养物中或植物组织内的基因表达水平来选择调节序列。基因变异可以是特异性引入到靶位点的预定基因变异。基因变异可以是靶位点内的随机突变。基因变异可以是一个或多个核苷酸的插入或缺失。在一些情况下，在将细菌暴露于植物以评定性状改良之前，将多种(例如，2、3、4、5、10种或更多种)不同的基因变异引入到一或多种分离的细菌中。多种基因变异可以是上述类型(相同或不同类型)中的任何一种以及任何组合。在一些情况下，连续引入多种不同的基因变异，在第一次分离步骤之后引入第一基因变异，在第二次分离步骤之后引入第二基因变异，以此类推，从而在细菌中累积多种基因变异，进而逐步改良相关植物的性状。[0168]基因变异‑引入基因组改变的方法[0169]一般来讲，术语“基因变异”是指相对于参考多核苷酸(如，参考基因组或其部分，或者参考基因或其部分)引入到多核苷酸序列中的任何变化。基因变异可称为“突变”，并且包含基因变异的序列或生物体可称为“基因变体”或“突变体”。基因变异可具有许多影响，如某些生物活性，包括基因表达、代谢和细胞信号传导的增加或减少。基因变异可特异性引入到靶位点，或随机引入。有多种分子工具和方法可用于引入基因变异。举例来说，可经由以下方式来引入基因变异：聚合酶链反应诱变、寡核苷酸定向诱变、饱和诱变、片段改组诱变、同源重组、重组工程、λ红介导的重组、crispr/cas9系统、化学诱变以及它们的组合。引入基因变异的化学方法包括将dna暴露于化学诱变剂，例如甲磺酸乙酯(ems)、甲磺酸甲酯(mms)、n‑亚硝基脲(enu)、n‑ꢀ甲基‑n‑硝基‑n′‑亚硝基胍、4‑硝基喹啉n‑氧化物、硫酸二乙酯、苯并芘、环磷酰胺、博来霉素、三乙基三聚氰胺、丙烯酰胺单体、氮芥子气、长春新碱、二环氧烷烃(例如，二环氧丁烷)、icr‑170、甲醛、盐酸甲基苄肼、环氧乙烷、二甲基亚硝胺、7，12二甲基苯丙(a)蒽、苯丁酸氮芥、六甲基磷酰胺、白消安(bisulfan)等。辐射诱变剂包括紫外线辐射、γ辐照、x射线和快速中子轰击。还可使用例如三甲基补骨脂素(trimethylpsoralen)伴随紫外线将基因变异引入到核酸中。移动dna元件(例如，转座因子)的随机或靶向插入是产生基因变异的另一种合适方法。可例如使用聚合酶链反应(pcr)技术如易错pcr，在无细胞体外系统扩增期间将基因变异引入到核酸中。可使用dna改组技术(例如，外显子改组、结构域交换等)在体外将基因变异引入到核酸中。由于细胞中dna修复酶的缺乏，也可将基因变异引入到核酸中，例如，在细胞中存在编码突变dna修复酶的突变基因预期在细胞基因组中产生高频率突变(即，约1个突变/100个基因至1个突变/10,000个基因)。编码dna修复酶的基因的实例包括但不限于muth、muts、mutl和mutu，以及其他物种中的同源物(例如，msh16、pms12、mlh1、gtbp、ercc‑1等)。用于引入基因变异的各种方法的示例性描述提供于例如stemple(2004)nature5：1‑7；chiang等人(1993)pcrmethodsappl2(3)：210‑217；stemmer(1994)proc.natl.acad.sci.usa91：10747‑10751；以及美国专利6,033,861和6,773,900中。[0170]引入到微生物的基因变异可被分类为转基因、顺式基因(cisgenic)、基因组内、属内、属间、合成、进化、重排或snp。[0171]可将基因变异引入到微生物内的许多代谢途径中以引发上述性状的改良。代表性途径包括硫吸收途径、糖原生物合成、谷氨酰胺调节途径、钼吸收途径、固氮途径、氨同化、氨排泄或分泌、氮吸收、谷氨酰胺生物合成、厌氧氨氧化(annamox)、磷酸盐溶解、有机酸转运、有机酸产生、凝集素产生、活性氧自由基清除基因、吲哚乙酸生物合成、海藻糖生物合成、植物细胞壁降解酶或途径、根附着基因、胞外多糖分泌、谷氨酸合酶途径、铁吸收途径、铁载体途径、壳多糖酶途径、acc脱氨酶、谷胱甘肽生物合成、磷信号传导基因、群体猝灭途径、细胞色素途径、血红蛋白途径、细菌血红蛋白样途径、小rnarsmz、根瘤菌毒素生物合成、lapa粘附蛋白、ahl群体感应途径、吩嗪生物合成、环脂肽生物合成和抗生素产生。[0172]crispr/cas9(成簇规律间隔短回文重复序列)/crispr相关(cas)系统可用来引入所需突变。crispr/cas9通过使用crisprrna(crrna)为细菌和古细菌提供针对病毒和质粒的适应性免疫，以引导入侵核酸沉默。cas9蛋白(或其功能等同物和/或变体，即，cas9样蛋白)天然含有dna核酸内切酶活性，所述活性依赖于蛋白质与被称为crrna和tracrrna(也称为引导rna)的两种天然存在的或合成的rna分子之间的缔合。在一些情况下，两个分子共价连接以形成单一分子(也称为单一引导rna(“sgrna”))。因此，cas9或cas9样蛋白与靶向dna的rna(所述术语涵盖两分子引导rna构型和单分子引导rna构型)相缔合，其激活cas9或cas9样蛋白并将所述蛋白引导至靶核酸序列。如果cas9或cas9样蛋白质保留其天然的酶功能，则其将切割靶dna以产生双链断裂，这可导致基因组改变(即，编辑：缺失、插入(当供体多核苷酸存在时)、替换等)，从而改变基因表达。cas9的某些变体(其中变体涵盖在术语cas9样中)已被改变，使得它们具有降低的dna切割活性(在一些情况下，它们切割单链而不切割靶dna的两条链，而在其他情况下，它们已经剧烈降低至不具有dna切割活性)。用于引入基因变异的crispr系统的其他示例性描述可见于例如us8795965。[0173]作为循环扩增技术，聚合酶链反应(pcr)诱变使用诱变引物来引入所需突变。pcr通过变性、退火和延伸的循环来进行。通过pcr扩增后，可通过以下方式实现突变dna的选择和亲本质粒dna的去除：1)在pcr期间用羟甲基化dctp替换dctp，接着用限制酶消化以仅去除非羟甲基化的亲本dna；2)同时对抗生素抗性基因和所研究的基因进行诱变，将质粒改变为不同的抗生素抗性，新的抗生素抗性有助于其后选择所需突变；3)引入所需突变后，用仅切割甲基化dna的限制性酶dpnl消化亲本甲基化模板dna，从而回收诱变的未甲基化链；或4)在额外的连接反应中使突变的pcr产物环化，以提高突变dna的转化效率。示例性方法的进一步描述可见于例如us7132265、us6713285、us6673610、us6391548、us5789166、us5780270、us5354670、us5071743和us20100267147。[0174]寡核苷酸定向诱变，也称为定点诱变，通常利用合成dna引物。此合成引物含有所需突变，并且与突变位点周围的模板dna互补，因此其可与目的基因中的dna杂交。突变可以是单个碱基改变(点突变)、多个碱基改变、缺失或插入，或它们的组合。然后使用dna聚合酶延伸单链引物，所述dna聚合酶复制基因的其余部分。如此复制的基因含有突变位点，然后可作为载体引入到宿主细胞并克隆。最后，可通过dna测序选择突变体来检查它们是否含有所需的突变。[0175]可使用易错pcr来引入基因变异。在该技术中，在缺乏序列复制保真度的条件下，使用dna聚合酶扩增目的基因。结果是所述扩增产物在序列中包含至少一个错误。当基因被扩增且反应的所得一种或多种产物在与模板分子相比时在序列上含有一个或多个改变时，所得产物与模板相比发生诱变。另一种引入随机突变的手段是将细胞暴露于化学诱变剂，如亚硝基胍或甲磺酸乙酯(nestmann，mutatres1975年6月；28(3)：323‑ꢀ30)，然后从宿主中分离含有所述基因的载体。[0176]饱和诱变是随机诱变的另一种形式，其中人们试图在特定位点或基因的狭窄区域内产生全部或几乎所有可能的突变。一般意义上，饱和诱变包括在待诱变的多核苷酸序列(其中待诱变的序列的长度例如为15至100,000个碱基)中诱变一套完整的诱变盒(其中每个盒的长度为例如1‑500个碱基)。因此，将一组突变(例如，1至100个突变)引入到每个盒中以进行诱变。在应用一轮饱和诱变期间，待引入到一个盒中的一组突变可与引入到第二盒中的第二组突变不同或相同。这样的分组通过缺失、添加、特定密码子的分组和特定核苷酸盒的分组来例举。[0177]片段改组诱变也称为dna改组，是快速传播有益突变的一种方式。在改组过程的实例中，使用dna酶将一组亲本基因片段化成例如长度约50‑100bp的片。然后是无引物的聚合酶链反应(pcr)‑具有足够重叠的同源序列的dna片段将彼此退火，且然后通过dna聚合酶延伸。在一些dna分子达到亲本基因的尺寸之后，允许发生数轮pcr延伸。然后可用另一pcr扩增这些基因，这次添加了被设计成与链末端互补的引物。引物可在其5′末端添加额外的序列，如连接到克隆载体中所需的限制性酶识别位点的序列。us20050266541中提供了改组技术的其他实例。[0178]同源重组诱变涉及外源dna片段与靶向多核苷酸序列之间的重组。发生双链断裂后，断裂5′末端周围的dna部分被切除，所述过程称为切除。在随后的链侵入步骤中，断裂dna分子的突出3′末端然后“侵入”未断裂的相似或相同的dna分子。所述方法可用于删除基因、去除外显子、添加基因以及引入点突变。同源重组诱变可以是永久的或有条件的。通常还提供重组模板。重组模板可以是另一种载体的组分，其包含在单独的载体中，或作为单独的多核苷酸提供。在一些实施方案中，重组模板被设计成充当同源重组中的模板，如在被位点特异性核酸酶切刻(nicked)或切割的靶序列内或附近。模板多核苷酸可具有任何合适的长度，如长度为约或大于约10、15、20、25、50、75、100、150、200、500、1000个或更多个核苷酸。在一些实施方案中，模板多核苷酸与包含靶序列的多核苷酸的一部分互补。当最佳对齐时，模板多核苷酸可与靶序列的一个或多个核苷酸(例如，约或大于约1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70个，80、90、100个或更多个核苷酸)重叠。在一些实施方案中，当模板序列和包含靶序列的多核苷酸最佳对齐时，模板多核苷酸的最接近核苷酸在靶序列的约1、5、10、15、20、25、50、75、100、200、300、400、500、1000、5000、10000个或更多个核苷酸内。可用于同源重组方法中的定点核酸酶的非限制性实例包括锌指核酸酶、crispr核酸酶、tale核酸酶和大范围核酸酶。关于使用此类核酸酶的进一步描述，参见例如us8795965和us20140301990。[0179]主要产生点突变和短缺失、插入、颠换和/或转换的诱变剂(包括化学诱变剂或辐射)可用于产生基因变异。诱变剂包括但不限于甲磺酸乙酯、甲基甲磺酸、n‑乙基‑n‑亚硝基脲、三乙基三聚氰胺、n‑甲基‑n‑亚硝基脲、丙卡巴肼、苯丁酸氮芥、环磷酰胺、硫酸二乙酯、丙烯酰胺单体、苯丙氨酸氮芥、氮芥子气、长春新碱、二甲基亚硝胺、n‑甲基‑n′‑硝基‑亚硝基胍、亚硝基胍、2‑氨基嘌呤、7，12二甲基‑苯丙(a)蒽、环氧乙烷、六甲基磷酰胺、白消安、二环氧烷(二环氧辛烷、二环氧丁烷等)、2‑甲氧基‑6‑氯‑ꢀ9‑[3‑(乙基‑2‑氯‑乙基)氨丙基氨基]吖啶二盐酸和甲醛。[0180]引入基因变异可能是一个不完整的过程，使得处理的细菌群体中的一些细菌携带所需突变，而其他细菌则不携带。在一些情况下，期望施加选择压力以富集携带所需基因变异的细菌。传统上，选择成功的基因变体包括选择或抵抗由基因变异赋予或消除的一些功能，如插入抗生素抗性基因或消除能将非致死性化合物转化为致死性代谢物的代谢活动。也可基于多核苷酸序列本身施加选择压力，使得仅需要引入所需基因变异(例如，也不需要选择性标记物)。在这种情况下，选择压力可包括切割缺乏引入到靶位点的基因变异的基因组，使得选择有效地针对力图待引入基因变异的参考序列。通常，切割发生在靶位点的100个核苷酸内(例如，在离靶位点75、50、25、10个或更少核苷酸内，包括靶位点处或靶位点内的切割)。切割可由选自由以下组成的组的位点特异性核酸酶引导：锌指核酸酶、crispr核酸酶、tale核酸酶(talen)和大范围核酸酶。除了未提供用于同源重组的模板之外，这样的过程类似于用于增强靶位点处的同源重组的过程。结果，缺乏所需基因变异的细菌更有可能经历切割，所述切割如果不进行修复，则会导致细胞死亡。然后可分离在选择下存活的细菌，用于暴露于植物以评估改良性状的赋予。[0181]crispr核酸酶可用作位点特异性核酸酶以指导对靶位点的切割。通过使用cas9可获得突变微生物的改进选择以杀死未突变的细胞。然后用突变微生物接种植物以重新确认共生并产生进化压力以选择有效的共生体。然后可从植物组织中重新分离微生物。用于针对非变异体选择的crispr核酸酶系统可采用与上文关于引入基因变异所描述的那些相似的元件，不同之处在于不提供用于同源重组的模板。因此，针对靶位点的切割促进受影响细胞的死亡。[0182]可使用特异性诱导靶位点处切割的其他选项，如锌指核酸酶、tale核酸酶(talen)系统和大范围核酸酶。锌指核酸酶(zfn)是通过将锌指dna结合结构域与dna切割结构域融合而产生的人工dna核酸内切酶。可将zfn工程化为靶向所需dna序列，并且这使得锌指核酸酶能够切割独特的靶序列。当引入到细胞时，zfn可用于通过诱导双链断裂来编辑细胞(例如，细胞的基因组)中的靶dna。转录激活因子样效应物核酸酶(talen)通过将tal(转录激活因子样)效应物dna结合结构域与dna切割结构域融合而产生人工dna核酸内切酶。talens可快速工程化以实际结合任何所需dna序列，并且当引入到细胞时，talen可通过诱导双链断裂来编辑细胞(例如，细胞的基因组)中的靶dna。大范围核酸酶(归巢核酸内切酶)是以大识别位点为特征的脱氧核糖核酸内切酶(12至40个碱基对的双链dna序列)。大范围核酸酶可用于以高度靶向的方式替换、消除或修饰序列。可通过蛋白质工程化修饰靶向序列的识别序列来改变靶向序列。大范围核酸酶可用于修饰所有的基因组类型，无论是细菌、植物还是动物，并且通常分为四个家族：laglidadg家族(seqidno：1)、giy‑yig家族，his‑cyst盒家族和hnh家族。示例性归巢核酸内切酶包括i‑scei、i‑ceui、pi‑pspi、pi‑sce、i‑ꢀsceiv、i‑csmi、i‑pani、i‑sceii、i‑ppoi、i‑sceiii、i‑crei、i‑tevi、i‑tevii和i‑teviii。[0183]基因变异‑鉴定方法[0184]本公开的微生物可通过已经引入到所述微生物中的一种或多种基因修饰或改变来鉴定。可鉴定所述基因修饰或改变的一种方法是经由参考含有足以鉴定基因修饰或改变的微生物基因组序列的一部分的seqidno。[0185]此外，在未将基因修饰或改变引入其基因组的微生物(例如野生型，wt)的情况下，本公开可利用16s核酸序列来鉴定所述微生物。16s核酸序列是“分子标记物”或“遗传标记物”的实例，其是指在显示核酸序列特征差异的方法中使用的指示物。其他此类指示物的实例是限制性片段长度多态性(rflp)标记物、扩增片段长度多态性(aflp)标记物、单核苷酸多态性(snp)、插入突变、微卫星标记物(ssr)、序列特异性扩增区域(scar)、酶切扩增多态性序列(caps)标记物或同工酶标记物或本文所述的定义特定基因和染色体位置的标记物的组合。标记物还包括编码16s或18srrna的多核苷酸序列，和内部转录间隔区(its)序列，其是在已经证实在彼此相比时尤其适用于阐明关系或区别的小亚基与大亚基rrna基因之间发现的序列。此外，本公开利用在目的基因(例如，nifh、d、k、l、a，glne，amtb等)中发现的独特序列来鉴定本文所公开的微生物。[0186]主要rrna亚基16s的一级结构包含保守区、可变区和高变区的特定组合，所述保守区、可变区和高变区以不同的速率进化，并且能够分辨非常古老的谱系(如结构域)和更现代的谱系(如属)两者。16s亚基的二级结构包括导致约67％残基的碱基配对的约50个螺旋。这些高度保守的二级结构特征具有极大的功能重要性，并且可用来确保多序列比对和系统发育分析中的位置同源性。在过去的几十年中，16srrna基因已成为测序最多的分类标记物，并且是当前细菌和古细菌系统分类的基石(yarza等人2014.naturerev.micro.12：635‑45)。[0187]因此，在某些方面，本公开提供了与表23、表24、表25和表26中的任何序列共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的序列。[0188]因此，在某些方面，本公开提供了包含某种序列的微生物，所述序列与seqidno：62‑303共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表25和表26。[0189]在一些方面，本公开提供了包含16s核酸序列的微生物，所述16s核酸序列与seqidno：85、96、111、121、122、123、124、136、149、157、167、261、262、269、277‑283共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表26。[0190]在一些方面，本公开提供了包含核酸序列的微生物，所述核酸序列与seqidno：86‑95、97‑110、112‑120、125‑135、137‑148、150‑156、158‑166、168‑176、263‑268、270‑274、275、276、284‑295共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表26。[0191]在一些方面，本公开提供了包含核酸序列的微生物，所述核酸序列与seqidno：177‑260、296‑303共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表26。[0192]在一些方面，本公开提供了包含核酸序列的微生物，或包含核酸序列的引物，或包含核酸序列的探针，或包含核酸序列的非天然连接序列，所述核酸序列与seqidno：304‑424共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列描述于表27中。[0193]在一些方面，本公开提供了包含非天然接合序列的微生物，所述非天然接合序列与seqidno：372‑405共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列描述于表27中。[0194]在一些方面，本公开提供了包含氨基酸序列的微生物，所述氨基酸序列与seqidno：77、78、81、82或83共有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表25。[0195]基因变异‑检测方法：引物、探针和测定[0196]本公开教导了可用于检测本文教导的微生物的引物、探针和测定。在一些方面，本公开提供了检测wt亲本菌株的方法。在其他方面，本公开提供了检测来源于wt菌株的非属间工程化微生物的方法。在一些方面，本公开提供了鉴定微生物中的非属间基因改变的方法。[0197]在各方面，本公开的基因组工程化方法导致在衍生的非属间微生物中产生非天然核苷酸“接合”序列。这些非天然存在的核苷酸接合点可用作指示本文所教导的微生物中特定基因改变的存在的诊断类型。[0198]本发明技术能够经由利用专门的定量pcr方法(包括独特设计的引物和探针)检测这些非天然存在的核苷酸接合点。在一些方面，本公开的探针与非天然存在的核苷酸接合序列结合。在一些方面，利用传统的pcr。在其他方面，利用实时pcr。在一些方面，利用定量pcr(qpcr)。[0199]因此，本公开可涵盖利用两种常见方法实时检测pcr产物：(1)嵌入任何双链dna中的非特异性荧光染料，和(2)由寡核苷酸组成的序列特异性dna探针，所述寡核苷酸经荧光报告子标记，从而允许只在探针与其互补序列杂交之后检测到。在一些方面，只有非天然存在的核苷酸接合点将经由所教导的引物扩增，并且因此可经由非特异性染料或经由利用特异性杂交探针检测。在其他方面，选择本公开的引物，使得引物侧接接合序列的两侧，使得如果发生扩增反应，则存在所述接合序列。[0200]本公开的方面涉及非天然存在的核苷酸接合序列分子本身，以及能够在温和至严格杂交条件下与所述非天然存在的核苷酸接合序列结合的其他核苷酸分子。在一些方面，能够在温和至严格杂交条件下与所述非天然存在的核苷酸接合序列结合的核苷酸分子被称为“核苷酸探针”。[0201]在一些方面，可从样品中提取基因组dna，并用来通过使用qpcr来定量本公开的微生物的存在。在qpcr反应中利用的引物可以是由primerblast(//www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer‑blast/)设计的引物，用来扩增野生型基因组的独特区域或工程化非属间突变株的独特区域。qpcr反应可使用sybrgreenerqpcrsupermixuniversal(thermofisherp/n11762100)试剂盒来进行，其中仅使用正向和反向扩增引物；或者，kapaprobeforce试剂盒(kapabiosystemsp/nkk4301)可与扩增引物和含有5′末端的fam染料标记、内部zen猝灭剂和小沟结合剂和3′末端的荧光猝灭剂的taqman探针(integrateddnatechnologies)一起使用。[0202]某些引物、探针和非天然接合序列在表27中列出。qpcr反应效率可使用由已知量的来自靶基因组的gdna产生的标准曲线来测量。可使用组织重量和提取体积将数据对每g鲜重的基因组拷贝进行归一化。[0203]定量聚合酶链反应(qpcr)是一种实时定量一种或多种核酸序列的扩增的方法。pcr测定的实时定量允许通过比较目的扩增核酸和适当的对照核酸序列来确定pcr扩增步骤产生的核酸的量，所述对照核酸序列可充当校准标准。[0204]taqman探针通常用于需要增加的特异性以用于定量靶核酸序列的qpcr测定中。taqman探针包含寡核苷酸探针，所述探针具有附接至探针5′末端的荧光团和附接至探针3′末端的猝灭剂。当taqman探针保持原样，探针的5′末端和3′末端彼此紧密接触时，猝灭剂阻止荧光信号从荧光团传递。taqman探针被设计为在由特定引物组扩增的核酸区域内退火。当taq聚合酶延伸引物并合成新生链时，taq聚合酶的5′至3′核酸外切酶活性降解与模板退火的探针。此探针降解释放荧光团，从而破坏与猝灭剂的紧密接近，并允许荧光团发荧光。在qpcr测定中检测到的荧光与释放的荧光团和反应中存在的dna模板的量成正比。[0205]qpcr的特征允许从业者消除准备凝胶电泳的劳动密集的扩增后步骤，而这通常是观察传统pcr测定的扩增产物所必需的。qpcr相比于常规pcr的益处是相当大的，包括提高的速度、易用性、再现性和定量能力。[0206]性状的改良[0207]可采用本公开的方法来引入或改良多种期望性状中的一种或多种。可引入或改良的性状的实例包括：根系生物量、根长、高度、枝条长度、叶数、水分利用效率、总生物量、产量、果实大小、籽粒大小、光合速率、耐旱性、耐热性、耐盐性、对线虫胁迫的抗性、对真菌病原体的抗性、对细菌病原体的抗性、对病毒病原体的抗性、代谢物水平和蛋白质组表达。期望的性状(包括：高度、总生物量、根系/枝条生物量、种子萌发、幼苗存活、光合效率、蒸腾速率、种子/果实数或质量、植物籽粒或果实产量、叶片叶绿素含量、光合速率、根长或它们的任何组合)可用于测定生长，并与在相同条件下生长的参考农业植物(例如，未改良性状的植物)的生长速率进行比较。[0208]如本文所述，待引入或改良的优选性状是固氮。在一些情况下，与在相同条件下在土壤中生长的参考农业植物相比，由本文所述的方法产生的植物展现性状差异大至少约5％，例如至少约5％、至少约8％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约75％、至少约80％、至少约80％、至少约90％或至少100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％或更大。在其他实例中，与在相似条件下在土壤中生长的参考农业植物相比，由本文所述的方法产生的植物展现性状差异大至少约5％，例如至少约5％、至少约8％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约75％、至少约80％、至少约80％、至少约90％或至少100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％或更大。[0209]可在包括施加一或多种生物或非生物胁迫源的条件下评定待改良的性状。胁迫源的实例包括非生物胁迫(如热胁迫、盐胁迫、干旱胁迫、低温胁迫和低养分胁迫)和生物胁迫(如线虫胁迫、昆虫食草胁迫、真菌病原体胁迫、细菌病原体胁迫和病毒病原体胁迫)。[0210]通过本公开的方法和组合物改良的性状可以是固氮，包括在之前不能固氮的植物中固氮。在一些情况下，根据本文所述的方法分离的细菌产生1％或更多(例如，2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％或更多)的植物氮，这可表示与引入任何基因变异之前从第一植物中分离的细菌相比，固氮能力增加至少2倍(例如，3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、50倍、100倍、1000倍或更多倍)。在一些情况下，细菌产生5％或更多的植物氮。将引入基因变异、暴露于多种植物以及从具有改良性状的植物中分离细菌的步骤重复一次或多次(例如，1、2、3、4、5、10、15、25次或更多次)后，可实现所需固氮水平。在一些情况下，在补充有谷氨酰胺、氨或其他化学氮源的肥料的存在下可实现固氮水平的提高。评定固氮程度的方法是已知的，其实例在本文中描述。[0211]微生物育种是一种系统性地鉴定并改善作物微生物组内物种的作用的方法。所述方法包括三个步骤：1)通过对植物‑微生物相互作用进行作图并预测与特定表型相关的调节网络来选择候选物种，2)通过调节网络和基因簇的种内交叉来实际和可预测地改善微生物表型，以及3)筛选并选择产生所需作物表型的新微生物基因型。为了系统性地评定菌株的改良，创建了一个模型，所述模型将微生物群落的定殖动力学与关键物种的遗传活动联系起来。所述模型用来预测遗传靶标育种并提高选择微生物组编码的农艺相关性性状改良的频率。[0212]测量在农业相关领域背景下递送的氮[0213]在本领域中，递送的氮的量可通过定殖的函数乘以活性来确定。[0214][0215]上述等式需要(1)每单位植物组织的平均定殖，和(2)作为每个微生物细胞固定的氮量或排泄的氨量的活性。为了转换成氮的磅数/英亩，随时间追踪玉米生长生理学，例如，在整个成熟阶段植物的大小和相关的根系。[0216]每英亩‑季节递送到作物的氮的磅数可通过以下等式计算：[0217]所递送的氮＝∫植物组织(t)×定殖(t)×活性(t)dt[0218]植物组织(t)是随生长时间(t)的玉米植物组织鲜重。合理地进行计算的值在标题为“根、生长和营养物吸收”的出版物(mengel.dept.ofagronomypub.#agry‑95‑08(rev.may‑95.第1‑8页)中详细描述。[0219]定殖(t)是在生长季节期间的任何特定时间t，每克植物组织鲜重，在植物组织中发现的目的微生物的量。在仅有单个可用时间点的情况下，将单个时间点相对于整个季节的峰值定殖率进行归一化，并相应地调整剩余时间点的定殖率。[0220]活性(t)是在生长季节期间的任何特定时间t，每单位时间，目的微生物固定n的速率。在本文所公开的实施方案中，在5mm铵离子的存在下，在ara培养基中存在5mm谷氨酰胺或铵排泄测定的情况下，通过ara培养基中的体外乙炔还原测定(ara)来近似估计此活性速率。[0221]然后通过上述函数的数值积分来计算氮递送量。在设定时间点离散地测量上述变量的值的情况下，通过进行线性插值来近似估计这些时间点之间的值。[0222]固氮[0223]本文描述了增加植物中的固氮的方法，所述方法包括将所述植物暴露于包含一个或多个引入到调节固氮的一个或多个基因中的基因变异的细菌，其中所述细菌在植物中产生1％或更多(例如，2％、5％、10％或更多)的氮，这表示所述植物的固氮能力可以是不存在细菌的植物的至少2倍。所述细菌可在补充有谷氨酰胺、尿素、硝酸盐或氨的肥料的存在下产生氮。基因变异可以是任何数目的本文所述任何基因变异及任何组合，包括上文提供的实例。所述基因变异可引入到选自由以下组成的组的基因中：nifa、nifl、ntrb、ntrc、谷氨酰胺合成酶、glna、glnb、glnk、drat、amtb、谷氨酰胺酶、glnd、glne、nifj、nifh、nifd、nifk、nify、nife、nifn、nifu、nifs、nifv、nifw、nifz、nifm、niff、nifb和nifq。所述基因变异可以是导致以下一项或多项的突变：nifa或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；nifl、ntrb、谷氨酰胺合成酶、glnb、glnk、drat、amtb的表达或活性降低；glne的去腺苷酰基活性降低；或glnd的去尿苷酰基活性降低。引入到本文所公开的方法的一种或多种细菌中的基因变异可以是敲除突变，或者其可消除靶基因的调节序列，或者其可包括异源调节序列的插入，例如在相同细菌物种或属的基因组内发现的调节序列的插入。可基于细菌培养物中或植物组织内的基因表达水平来选择调节序列。基因变异可通过化学诱变产生。步骤(c)中生长的植物可暴露于生物或非生物胁迫源。[0224]本文所述的植物中发生的固氮的量可以以若干种方式进行测量，例如通过乙炔还原(ar)测定。乙炔还原测定可在体外或体内进行。特定细菌为植物提供固定的氮的证据可包括：1)接种后总植物n显著增加，优选伴随植物中n浓度增加；2)接种后在n限制条件下(应该包括干物质增加)，缺氮症状得以缓解；3)通过使用15n方法(其可以是同位素稀释实验、15n2还原测定或15n天然丰度测定)记录n2固定；4)固定的n掺入到植物蛋白质或代谢物中；以及5)在未接种的植物或接种了接种菌株突变体的植物中未看到所有这些作用。[0225]野生型固氮调节级联反应可表示为数字逻辑电路，其中输入o2和nh4 穿过“或非”门，“或非”门的输出除atp之外还进入“与”门。在一些实施方案中，本文所公开的方法在调节级联反应中的多个点处破坏nh4 对此电路的影响，使得甚至在施肥田间中微生物也可产生氮。然而，本文所公开的方法还设想改变atp或o2对电路的影响，或用细胞中的其他调节级联反应替换所述电路，或改变除固氮以外的遗传电路。基因簇可被重新工程化以在异源调节系统的控制下产生功能性产物。通过消除基因簇编码序列之外和之内的天然调节元件，并用替代调节系统替换它们，复杂的遗传操纵子和其他基因簇的功能性产物可被控制并且/或者移动到异源细胞(包括衍生天然基因的物种之外的不同物种的细胞)。一旦重新设计，合成基因簇可通过遗传电路或其他诱导型调节系统来控制，从而根据需要控制产物的表达。可将表达盒设计成充当逻辑门、脉冲发生器、振荡器、开关或存储器装置。控制表达盒可与启动子连接，使得表达盒用作环境传感器，如氧气、温度、触觉、渗透应力、膜应力或氧化还原传感器。[0226]举例来说，nifl、nifa、nift和nifx基因可从nif基因簇中消除。可通过对编码每个氨基酸序列的dna进行密码子随机化来设计合成基因。进行密码子选择，指定密码子使用与天然基因中密码子使用尽可能不同。针对任何不希望的特征(如限制性酶识别位点、转座子识别位点、重复序列、σ54和σ70启动子、隐蔽核糖体结合位点和rho独立终止子)扫描推荐的序列。选择合成的核糖体结合位点以匹配每个相应的天然核糖体结合位点的强度，如通过构建荧光报告质粒，其中围绕基因起始密码子的150bp(‑60至 90)与荧光基因融合。所述嵌合体可在ptac启动子的控制下表达，并通过流式细胞术测量荧光。为了产生合成的核糖体结合位点，使用150bp(‑60至 90)的合成表达盒产生报告质粒文库。简而言之，合成表达盒可由随机dna间隔区、编码rbs文库的简并序列和针对每个合成基因的编码序列组成。筛选多个克隆以鉴定与天然核糖体结合位点最佳匹配的合成核糖体结合位点。因此构建由与天然操纵子的相同基因组成的合成操纵子并对功能互补进行测试。us20140329326中提供了合成操纵子的进一步示例性描述。[0227]细菌物种[0228]可用于本文所公开的方法和组合物的微生物可从任何来源获得。在一些情况下，微生物可以是细菌、古细菌、原生动物或真菌。共公开的微生物可以是固氮微生物，例如固氮细菌、固氮古细菌、固氮真菌、固氮酵母或固氮原生动物。可用于本文所公开的方法和组合物的微生物可以是产孢子微生物，例如产孢子细菌。在一些情况下，可用于本文所公开的方法和组合物的细菌可以是革兰氏阳性细菌或革兰氏阴性细菌。在一些情况下，细菌可以是厚壁菌门(firmicutephylum)的产内生孢子细菌。在一些情况下，细菌可以是固氮生物(diazatroph)。在一些情况下，细菌可能不是固氮生物。[0229]本公开的方法和组合物可使用古细菌，例如，嗜热自养甲烷杆菌(methanothermobacterthermoautotrophicus)。[0230]在一些情况下，可能有用的细菌包括但不限于放射形土壤杆菌(agrobacteriumradiobacter)、酸热芽孢杆菌(bacillusacidocaldarius)、酸土芽孢杆菌(bacillusacidoterrestris)、土壤芽孢杆菌(bacillusagri)、bacillusaizawai、乳白芽孢杆菌(bacillusalbolactis)、嗜碱芽孢杆菌(bacillusalcalophilus)、蜂房芽孢杆菌(bacillusalvei)、氨基葡萄糖芽孢杆菌(bacillusaminoglucosidicus)、噬胺芽孢杆菌(bacillusaminovorans)、溶淀粉芽孢杆菌(bacillusamylolyticus)(也称为溶淀粉类芽孢杆菌(paenibacillusamylolyticus))、解淀粉芽孢杆菌(bacillusamyloliquefaciens)、解硫胺素芽孢杆菌(bacillusaneurinolyticus)、萎缩芽孢杆菌(bacillusatrophaeus)、产氮芽孢杆菌(bacillusazotoformans)、栗褐芽孢杆菌(bacillusbadius)、蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)(同义词：bacillusendorhythmos、bacillusmedusa)、bacilluschitinosporus、环状芽孢杆菌(bacilluscirculaus)、凝结芽孢杆菌(bacilluscoagulaus)、bacillusendoparasiticus、苛求芽孢杆菌(bacillusfastidiosus)、坚强芽孢杆菌(bacillusfirmus)、bacilluskurstaki、栖乳芽孢杆菌(bacilluslacticola)、乳病芽孢杆菌(bacilluslactimorbus)、乳芽孢杆菌(bacilluslactis)、侧孢芽孢杆菌(bacilluslaterosporus)(也称为侧孢短芽孢杆菌(brevibacilluslaterosporus))、灿烂芽孢杆菌(bacilluslautus)、缓病芽孢杆菌(bacilluslentimorbus)、迟缓芽孢杆菌(bacilluslentus)、地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)、摩洛哥芽孢杆菌(bacillusmaroccanus)、巨大芽孢杆菌(bacillusmegaterium)、bacillusmetiens、蕈状芽孢杆菌(bacillusmycoides)、纳豆芽孢杆菌(bacillusnatto)、bacillusnematocida、黑色芽孢杆菌(bacillusnigrificans)、黑芽孢杆菌(bacillusnigrum)、泛酸芽孢杆菌(bacilluspantothenticus)、日本甲虫芽孢杆菌(bacilluspopillae)、冷解糖芽孢杆菌(bacilluspsychrosaccharolyticus)、短小芽孢杆菌(bacilluspumilus)、bacillussiamensis、史氏芽孢杆菌(bacillussmithii)、环形芽孢杆菌(bacillussphaericus)、枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)、苏云金芽孢杆菌(bacillusthuringiensis)、bacillusuniflagellatus、日本慢生根瘤菌(bradyrhizobiumjaponicum)、短短芽孢杆菌(brevibacillusbrevis)、侧孢短芽孢杆菌(revibacilluslaterosporus)(以前称为侧孢芽孢杆菌(bacilluslaterosporus))、chromobacteriumsubtsugae、食酸代尔夫特菌(delftiaacidovorans)、嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)、抗生素溶杆菌(lysobacterantibioticus)、产酶溶杆菌(lysobacterenzymogenes)、paenibacillusalvei、多粘类芽孢杆菌(paenibacilluspolymyxa)、paenibacilluspopilliae(以前称为日本甲虫芽胞杆菌(bacilluspopilliae))、成团泛菌(pantoeaagglomerans)、穿刺巴斯德氏芽菌(pasteuriapenetrans)(以前称为穿刺芽孢杆菌(bacilluspenetrans))、pasteuriausgae、胡萝卜软腐果胶杆菌(pectobacteriumcarotovorum(以前称为胡萝卜软腐欧文氏菌(erwiniacarotovora))、绿脓假单胞菌(pseudomonasaeruginosa)、致黄假单胞菌(pseudomonasaureofaciens)、洋葱假单胞菌(pseudomonascepacia)(以前称为洋葱伯克霍尔德氏菌(burkholderiacepacia))、绿针假单胞菌(pseudomonaschlororaphis)、荧光假单胞菌(pseudomonasfluorescens)、pseudomonasproradix、恶臭假单胞菌(pseudomonasputida)、丁香假单胞菌(pseudomonassyringae)、嗜虫沙雷氏菌(serratiaentomophila)、粘质沙雷氏菌(serratiamarcescens)、streptomycescolombiensis、鲜黄链霉菌(streptomycesgalbus)、streptomycesgoshikiensis、streptomycesgriseoviridis、淡紫灰链霉菌(streptomyceslavendulae)、streptomycesprasinus、streptomycessaraceticus、委内瑞拉链霉菌(streptomycesvenezuelae)、野油菜黄单胞菌(xanthomonascampestris)、发光致病杆菌(xehorhabdusluminescens)、嗜线虫致病杆菌(xenorhabdusnematophila)、球状红球菌(rhodococcusgloberulus)aq719(nrrl保藏号b‑21663))、芽孢杆菌属种aq175(atcc保藏号55608)、芽孢杆菌属种aq177(atcc保藏号55609)、芽孢杆菌属种aq178(atcc保藏号53522)和链霉菌属种株nrrl保藏号b‑30145。在一些情况下，细菌可以是圆褐固氮菌(azotobacterchroococcum)、巴氏甲烷八叠球菌(methanosarcinabarkeri)、肺炎克雷伯氏菌(klesiellapneumoniae)、棕色固氮菌(azotobactervinelandii)、巴西固氮螺菌(azospirillumbrasilense)、球形红杆菌(rhodobacterspharoides)、英膜红杆菌(rhodobactercapsulatus)、rhodobcterpalustris、红红螺菌(rhodosporillumrubrum)、豌豆根瘤菌(rhizobiumleguminosarum)或菜豆根瘤菌(rhizobiumetli)。[0231]在一些情况下，细菌可以是梭菌属(clostridium)的种，例如巴斯德氏梭菌(clostridiumpasteurianum)、拜氏梭菌(clostridiumbcijerinckii)、产气英膜梭菌(clostridiumperfringens)、破伤风梭菌(clostridiumtetani)、丙酮丁醇梭菌(clostridiumacetobutylicum)。[0232]在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的细菌可以是蓝细菌。蓝细菌属的实例包括鱼腥藻属(anabaena)(例如鱼腥藻属种pcc7120)、念珠藻属(nostoc)(例如点形念珠藻(nostocpunctifome))或集胞藻属(synechochocystis)(例如集胞藻属种pcc6803)。[0233]在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的细菌可属于绿菌门(chlorobi)，例如绿硫菌(chlorobiumtepidum)。[0234]在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的微生物可包含与已知nifh基因同源的基因。已知nifh基因的序列可见于例如zehr实验室nifh数据库(：//wwwzehr.pmc.ucsc.edu/nifh_database_public/，2014年4月4日)或buckley实验室nifh数据库(：//www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm，和gaby、johnchristian和danielh.buckley.″acomprehensivealignednifhgenedatabase：amultipurposetoolforstudiesofnitrogen‑fixingbacteria.″database2014(2014)：bau001.)。在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的微生物可包含与来自zehr实验室nifh数据库(：//wwwzehr.pmc.ucsc.edu/nifh_database_public/，2014年4月4日)的序列具有至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、96％、98％、99％或超过99％序列同一性的编码多肽的序列。在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的微生物可包含与来自buckley实验室nifh数据库(gaby、johnchristian和danielh.buckley.″acomprehensivealignednifhgenedatabase：amultipurposetoolforstudiesofnitrogen‑fixingbacteria.″database2014(2014)：bau001.)的序列具有至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、96％、98％、99％或超过99％序列同一性的编码多肽的序列。[0235]可用于本文所公开的方法和组合物的微生物可通过以下方式获得：从天然植物的表面或组织提取微生物；研磨种子以分离微生物；将种子种植在不同的土壤样品中并从组织中回收微生物；或用外源微生物接种植物并确定哪些微生物出现在植物组织中。植物组织的非限制性实例包括种子、幼苗、叶、插条、植株、鳞茎、块茎、根和根茎。在一些情况下，从种子分离细菌。可改变用于处理样品的参数，以分离不同类型的缔合微生物，如根际菌、附生菌或内生菌。细菌也可来源于如环境菌株收集物的储存库，而不是最初从第一植物中分离。可经由以下方式对微生物进行基因分型和表型分型：对分离的微生物的基因组进行测序；进行植物中群落组成谱分析；表征群落或分离的微生物的转录组学功能；或使用选择性或表型培养基筛选微生物特征(例如，固氮或磷酸盐溶解表型)。可经由以下获得选定候选菌株或群体：序列数据；表型数据；植物数据(例如，基因组、表型和/或产量数据)；土壤数据(例如，ph、n/p/k含量和/或非根际土壤(bulksoil)生物群落)；或这些的任何组合。[0236]本文所述的细菌和产生细菌的方法可适用于能够在叶片表面、根部表面或植物组织内部有效地自我繁殖而不会诱导有害的植物防御反应的细菌，或对植物防御反应具有抗性的细菌。可通过在不添加氮的培养基中培养植物组织提取物或叶片表面洗涤液来分离本文所述的细菌。然而，细菌可能是不可培养的，也就是说，尚未知晓可使用本领域中已知的标准方法培养，或难以使用本领域中已知的标准方法培养。本文所述的细菌可以是内生菌或附生菌或栖居于植物根际的细菌(根际细菌)。将引入基因变异、暴露于多种植物以及从具有改良性状的植物中分离细菌的步骤重复一或多次(例如，1、2、3、4、5、10、15、25次或更多次)后获得的细菌可能是内生菌、附生菌或根际菌。内生菌是进入植物内部而不会引起疾病症状或引起共生结构形成的生物体，并且由于它们可增强植物生长并改善植物的营养(例如，通过固氮)，因此具有农学价值。细菌可以是种传(seed‑borne)内生菌。种传内生菌包括与草或植物种子缔合或来源于其的细菌，如在成熟、干燥、未受损(例如，无裂缝、可见真菌感染或过早萌发)的种子中发现的种传细菌内生菌。种传细菌内生菌可与种子表面缔合或来源于种子表面；或者或另外，其可与内部种子隔室(例如，表面除菌的种子)缔合或来源于内部种子隔室。在一些情况下，种传细菌内生菌能够在植物组织内，例如种子内部复制。此外，在一些情况下，种传细菌内生菌能够经受住脱水。[0237]根据本公开的方法分离的细菌，或用于本公开的方法或组合物中的细菌，可包含多种不同细菌分类群的组合。举例来说，细菌可包括变形菌门(如假单胞菌属(pseudomonas)、肠杆菌属(enterobacter)、寡养单胞菌属(stenotrophomonas)、伯克霍尔德氏菌属(burkholderia)、根瘤菌属(rhizobium)、草螺菌属(herbaspirillum)、泛菌属(pantoea)、沙雷氏菌属(serratia)、拉恩氏菌属(rahnella)、固氮螺菌属(azospirillum)、固氮根瘤菌属(azorhizobium)、固氮菌属(azotobacter)、杜擀氏菌属(duganella)、代尔夫特菌属(delftia)、慢生根瘤菌属(bradyrhizobiun)、中华根瘤菌属(sinorhizobium)和盐单胞菌属(halomonas))、厚壁菌门(如芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属(paenibacillus)、乳杆菌属(lactobacillus)、支原体属(mycoplasma)和醋酸杆菌属(acetabacterium))和放线菌门(actinobacteria)(如链霉菌属(streptomyces)、红球菌属(rhodacoccus)、微杆菌属(microbacterium)和短小杆菌属(curtobacterium))在本公开的方法和组合物中使用的细菌可包括两种或更多种物种的固氮细菌聚生体(consortia)。在一些情况下，细菌聚生体的一种或多种细菌可能能够固氮。在一些情况下，细菌聚生体的一种或多种物种可促进或增强其他细菌固氮的能力。固氮的细菌和增强其他细菌固氮能力的细菌可相同或不同。在一些实例中，当与不同细菌菌株组合或在某一细菌聚生体中时，细菌菌株可能能够固氮，但在单一培养中可能无法固氮。可在固氮细菌聚生体中发现的细菌属的实例包括但不限于草螺菌属(herbaspirillum)、固氮螺菌属(azospirillum)、肠杆菌属(enterobacter)和芽孢杆菌属。[0238]可通过本文所公开的方法产生的细菌包括固氮菌属种(azotobactersp.)、慢生根瘤菌属种(bradyrhizobiumsp.)、克雷伯氏菌属种(klebsiellasp.)和中华根瘤菌种(sinorhizobiumsp.)。在一些情况下，细菌可选自由以下组成的组：棕色固氮菌、巴西固氮螺菌、慢生大豆根瘤菌、肺炎克雷伯氏菌和苜蓿中华根瘤菌(sinorhizobiummeliloti)。在一些情况下，细菌可以是肠杆菌属或拉恩氏菌属。在一些情况下，细菌可以是弗兰克氏菌属(frankia)或梭菌属。梭菌属的细菌的实例包括但不限于丙酮丁醇梭菌、巴氏梭菌、拜氏梭菌、产气荚膜梭菌和破伤风梭菌。在一些情况下，细菌可以是类芽孢杆菌属的细菌，例如固氮芽孢杆菌(paenibacillusazotofixans)、灿烂类芽孢杆菌(paenibacillusborealis)、坚韧类芽孢杆菌(paenibacillusdurus)、浸麻类芽胞杆菌(paenibacillusmacerans)、多粘类芽孢杆菌、蜂房芽胞杆菌(paenibacillusalvei)、溶淀粉类芽胞杆菌、坎皮纳斯类芽孢杆菌(paenibacilluscampinasensis)、千叶类芽孢杆菌(paenibacilluschibensis)、解葡糖类芽孢杆菌(paenibacillusglucanolyticus)、伊利诺伊芽孢杆菌(paenibacillusillinoisensis)、幼虫类芽孢杆菌幼虫亚种(paenibacilluslaryaesubsp.)、幼虫类芽孢杆菌pulvifaciens亚种、劳氏芽孢杆菌(paenibacilluslautus)、浸麻类芽胞杆菌、马阔里芽孢杆菌(paenibacillusmacquariensis)、马阔里芽孢杆菌、饲料类芽孢杆菌(paenibacilluspabuli)、paenibacilluspeoriae或多粘类芽孢杆菌。[0239]在一些实例中，根据本公开的方法分离的细菌可以是以下一个或多个分类群的成员：无色杆菌属(achromobacter)、嗜酸硫杆菌属(acidithiobacillus)、食酸菌属(acidovorax)、食酸菌属(acidovoraz)、不动杆菌属(acinetobacter)、游动放线菌属(actinoplanes)、阿德勒菌属(adlercreutzia)、气球菌属(aerococcus)、气单胞菌属(aeromonas)、阿波菲菌属(afipia)、壤霉菌属(agromyces)、屈曲杆菌属(arthrobacter)、奇杆菌属(atopostipes)、固氮螺菌属、芽孢杆菌属、蛭弧菌属(bdellovibrio)、拜叶林克氏菌属(beijerinckia)、芽生杆菌属(bisea)、慢生根瘤菌属、短芽孢杆菌属(brevibacillus)、短波单胞菌属(brevundimonas)、伯克霍尔德氏菌属、候选属盐重构菌属(candidatushaloredivivus)、柄杆菌属(caulobacter)、纤维单胞菌属(cellulomonas)、纤维弧菌属(cellvibrio)、金黄杆菌属(chryseobacterium)、柠檬酸杆菌属(citrobacter)、梭菌属、珊瑚珍珠菌属(coraliomargarita)、棒状杆菌属(corynebacterium)、贪铜菌属(cupriavidus)、短小杆菌属、弯曲杆菌属(curvibacter)、异常球菌属(deinococcus)、代尔夫特菌属、德库菌属(desemzia)、德沃斯氏菌属(devosia)、独岛菌属(dokdonella)、戴氏菌属(dyella)、栖水菌属(enhydrobacter)、肠杆菌属、肠球菌属(enterococcus)、欧文氏菌属(erwinia)、埃希氏菌属(escherichia)、志贺氏菌属(shigella)、微小杆菌属(exiguobacterium)、铁球菌属(ferroglobus)、丝状单胞菌属(filimonas)、芬戈尔德菌属(finegoldia)、黄壤杆菌属(flavisolibacter)、黄杆菌属(flavobacterium)、冰冻小杆菌属(frigoribacterium)、葡糖醋杆菌属(gluconacetobacter)、哈夫尼菌属(hafnia)、盐棒菌属(halobaculum)、盐单胞菌属、盐简菌属(halosimplex)、草螺菌属、薄层菌属(hymenobacter)、克雷伯氏菌属、考克氏菌属(kocuria)、小迫氏菌属(kosakonia)、乳杆菌属、勒克氏菌属(leclercia)、伦茨氏菌属(lentzea)、藤黄杆菌属(luteibacter)、藤黄单胞菌属(luteimonas)、马赛菌属(massilia)、中间根瘤菌属(mesorhizobium)、甲基杆菌属(methylobacterium)、微杆菌、微球菌属(micrococcus)、微枝形杆菌属(microvirga)、分枝杆菌属(mycobacterium)、奈瑟氏菌属(neisseria)、诺卡氏菌属(nocardia)、大洋杆菌属(oceanibaculum)、苍白杆菌属(ochrobactrum)、奥卡杆菌属(okibacterium)、寡养菌属(oligotropha)、稻土菌属(oryzihumus)、食草酸菌属(oxalophagus)、类芽孢杆菌属、泛菌属(panteoa/pantoea)、泥单胞菌属(pelomonas)、透明球菌属(perlucidibaca)、植物杆菌属(plantibacter)、多核杆菌属(polynucleobacter)、丙酸杆菌属(propionibacterium)、产丙酸棒形菌属(propioniciclava)、假棒形杆菌属(pseudoclavibacter)、假单胞菌属、假诺卡氏菌属(pseudonocardia)、假黄单胞菌属(pseudoxanthomonas)、嗜冷杆菌属(psychrobacter)、雷尔氏菌属(ralstonia)、莱茵海默氏菌属(rheinheimera)、根瘤菌属、红球菌属、红假单胞菌属(rhodopseudomonas)、玫瑰色不完全光合菌属(roseateles)、瘤胃球菌属(ruminococcus)、塞巴鲁德氏菌属(sebaldella)、沉积物杆菌属(sediminibacillus)、沉积物杆状菌属(sediminibacterium)、沙雷氏菌属、志贺氏菌属、申氏杆菌属(shinella)、中华根瘤菌属、中华孢囊菌属(sinosporangium)、鞘氨醇杆菌属(sphingobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(sphingomonas)、鞘氨醇盒菌属(sphingopyxis)、鞘氨醇细胞菌属(sphingosinicella)、葡萄球菌属(staphylococcus)、25寡养单胞菌属、寡养单胞菌属、链球菌属(streptococcus)、链霉菌属、憎叶菌属(stygiolobus)、硫磺球形菌属(sulfurisphaera)、塔特姆氏菌属(tatumella)、温单胞菌属(tepidimonas)、热单胞菌属(thermomonas)、硫杆菌属(thiobacillus)、贪噬菌属(variovorax)、wps‑2属地位未定(generaincertaesedis)、黄单胞菌属(xanthomonas)和齐默尔曼氏菌属(zimmermannella)。[0240]在一些情况下，利用选自以下属中的至少一者的细菌物种：肠杆菌属、克雷伯氏菌属、小迫氏菌属和拉恩氏菌属。在一些情况下，利用来自以下属的细菌物种的组合：肠杆菌属、克雷伯氏菌属、小迫氏菌属和拉恩氏菌属。在一些情况下，所利用的物种可以是以下一者或多者：蔗糖肠杆菌(enterobactersacchari)、变栖克雷伯氏菌、甘蔗小迫氏菌和水生拉恩氏菌[0241]在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有钼‑铁固氮酶系统，其包含：nifh、nifd、nifk、nifb、nife、nifn、nifx、hesa、nifv、nifw、nifu、nifs、nifi1和nifi2。在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有钒固氮酶系统，其包含：vnfdg、vnfk、vnfe、vnfn、vupc、vupb、vupa、vnfv、vnfr1、vnfh、vnfr2、vnfa(转录调节子)。在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有仅含铁的固氮酶系统，其包含：anfk、anfg、anfd、anfh、anfa(转录调节子)。在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有固氮酶系统，其包含：glnb和glnk(氮信号传导蛋白)。在革兰氏阳性微生物中参与氮代谢的酶的一些实例包括glna(谷氨酰胺合成酶)、gdh(谷氨酸脱氢酶)、bdh(3‑羟基丁酸脱氢酶)、谷氨酰胺酶、gltab/gltb/glts(谷氨酸合成酶)、asna/asnb(天冬氨酸氨连接酶/天冬酰胺合成酶)和ansa/ansz(天冬酰胺酶)。在革兰氏阳性微生物中参与氮转运的蛋白质的一些实例包括amtb(铵转运蛋白)、glnk(铵转运调节子)、glnphq/glnqhmp(atp依赖性谷氨酰胺/谷氨酸转运蛋白)、glnt/alst/yrbd/yfla(谷氨酰胺样质子同向转运蛋白)和gltp/gltt/yhcl/nqt(谷氨酸样质子同向转运蛋白)。[0242]可能特别感兴趣的革兰氏阳性微生物的实例包括多粘类芽孢杆菌、paenibacillusriograndensis、类芽孢杆菌属种、弗兰克氏菌属种、太阳杆菌属种(heliobacteriumsp.)、绿螺旋杆菌(heliobacteriumchlorum)、螺旋杆菌属种、嗜阳菌属种(heliophilumsp.)、heliorestis属种、丙酮丁醇梭菌、梭菌属种、mycobacteriumflaum、分枝杆菌属种(mycobacteriumsp.)、节杆菌属种(arthrobactersp.)、壤霉菌属种(agromycessp.)、corynebacteriumautitrophicum、棒状杆菌属种(corynebacteriumsp.)、小单孢菌属种(micromonsporasp.)、丙酸杆菌属种(propionibacteriasp.)、链霉菌属种(streptomycessp.)和微杆菌属种(microbacteriumsp.)。[0243]可在革兰氏阳性微生物中产生的基因改变的一些实例包括：在环境氮存在下删除glnr以去除bnf的负调节、在nif簇的上游直接插入不同的启动子以消除glnr响应于环境氮所做的调节、突变glna以降低gs‑gogat途径的铵同化速率、删除amtb以降低培养基中铵的吸收、突变glna以使其组成性地处于反馈抑制(fbi‑gs)状态以降低gs‑ꢀgogat途径的铵同化。[0244]在一些情况下，glnr是类芽孢杆菌属种中n代谢和固定的主要调节子。在一些情况下，类芽孢杆菌属种的基因组可能不含有产生glnr的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属种的基因组可能不含有产生glne或glnd的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属种的基因组可含有产生glnb或glnk的基因。举例来说，类芽孢杆菌属种wly78不含有用于glnb的基因，或其在古细菌海沼甲烷球菌(methanococcusmaripaludis)中发现的同源物nifi1和nifi2。在一些情况下，类芽孢杆菌属种的基因组可以是可变的。举例来说，多粘类芽孢杆菌e681缺乏glnk和gdh，具有几种氮化合物转运蛋白，但只有amtb似乎受glnr控制。在另一实例中，类芽孢杆菌属种jdr2具有glnk、gdh和大多数其他中心氮代谢基因，具有更少的氮化合物转运蛋白，但的确具有受glnr控制的glnphq。paenibacillusriograndensissbr5含有标准的glnra操纵子、fdx基因、主要nif操纵子、次级nif操纵子和anf操纵子(编码仅含铁的固氮酶)。在每个这些操纵子的上游发现了推定的glnr/tnra位点。除了anf操纵子外，glnr可调节所有上述操纵子。glnr可作为二聚体与这些调节序列中的每一个结合。[0245]类芽孢杆菌n‑固定菌株可分为两个亚组：亚组i和亚组ii，亚组i仅包含最小的nif基因簇，亚组ii包含最小簇加上nifx与hesa之间的未表征的基因，并且通常其他簇重复一些nif基因，如nifh、nifhdk、nifben，或编码钒固氮酶(vnf)或仅含铁固氮酶(anf)基因的簇。[0246]在一些情况下，类芽孢杆菌属种的基因组可能不含有产生glnb或glnk的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属种的基因组可含有最小nif簇，其具有从σ70启动子转录的9个基因。在一些情况下，类芽孢杆菌nif簇可被氮或氧负调节。在一些情况下，类芽孢杆菌的基因组可能不含产生σ54的基因。举例来说，类芽孢杆菌属种wly78不含σ54的基因。在一些情况下，nif簇可被glnr和/或tnra负调节。在一些情况下，可通过改变glnr和/或tnra的活性来改变nif簇的活性。[0247]在芽孢杆菌中，谷氨酰胺合成酶(gs)被高浓度的细胞内谷氨酰胺反馈抑制，从而导致构象转变(称为fbi‑gs)。nif簇包含针对几种芽孢杆菌种中的调节子glnr和tnra的不同结合位点。glnr在过量的细胞内谷氨酰胺和amp的存在下结合并抑制基因表达。glnr的作用可能是在高氮利用度的条件下防止谷氨酰胺和铵的流入和细胞内产生。tnra可在限制性细胞内谷氨酰胺的存在下和/或在fbi‑gs的存在下结合和/或激活(或阻抑)基因表达。在一些情况下，可通过改变glnr的活性来改变芽孢杆菌nif簇的活性。[0248]反馈抑制的谷氨酰胺合成酶(fbi‑gs)可结合glnr并稳定glnr与识别序列的结合。几种细菌种在nif簇上游具有glnr/tnra结合位点。改变fbi‑gs和glnr的结合可改变nif途径的活性。[0249]微生物的来源[0250]细菌(或根据本公开的任何微生物)可从任何一般的陆地环境(包括其土壤、植物、真菌、动物(包括无脊椎动物)和其他生物；包括湖泊和河流的沉积物、水和生物)；海洋环境，其生物和沉积物(例如，海水、海泥、海洋植物、海洋无脊椎动物(例如，海绵)、海洋脊椎动物(例如，鱼类))；陆地和海洋地圈(表土和岩石，例如地下碎石、沙子和粘土)；冰冻圈及其融水；大气(例如，过滤的空中尘埃、云雾和雨滴)；城市、工业和其他人造环境(例如，在混凝土、路边排水沟、屋顶表面和路面上堆积的有机和矿物质)中获得。[0251]从中获得细菌(或根据本公开的任何微生物)的植物可以是具有一种或多种期望性状的植物，例如在特定环境或在特定感兴趣的条件下天然生长的植物。举例来说，某种植物可在高盐度的沙质土壤或沙地中，或者在极端温度下，或者在几乎没有水的情况下自然生长，或者它可抵抗环境中存在的某些害虫或疾病，并且可能需要经济作物在这类条件中生长，特别是如果这些条件是例如在特定地理位置可获得的唯一条件时。作为进一步的实例，可从在这样的环境中生长的经济作物中收集细菌，或者更具体地从在任何特定环境下生长的作物中显示出最感兴趣的性状的单个作物中收集：例如，在盐限制土壤中生长的作物中生长速度最快的植物、或受到严重昆虫损害或疾病流行的作物中受损最小的植物、或具有期望量的某些代谢物和其他化合物(包括纤维含量、含油量等)的植物、或展现所需颜色、味道或气味的植物。可从感兴趣的植物或在感兴趣的环境中存在的任何物质(包括真菌和其他动物和植物生物、土壤、水、沉积物和前面提到的环境的其他元素)中收集细菌。[0252]细菌(或根据本公开的任何微生物)可从植物组织中分离。此分离可从植物中的任何适当组织发生，包括例如根、茎和叶，和植物生殖组织。举例来说，用于从植物分离的常规方法通常包括无菌切除感兴趣的植物材料(例如，根或茎长、叶)、用适当溶液(例如，2％的次氯酸钠)进行表面灭菌，之后将植物材料放置在营养培养基上用于微生物生长。或者，可在无菌液体(通常为水)中将经表面灭菌的植物材料压碎，并且使液体悬浮液(包括压碎的植物材料的小片)散布在合适的一种或多种固体琼脂培养基的表面上，所述培养基可或可不具有选择性(例如仅含有植酸作为磷源)。这种方法对于细菌是特别有用的，所述细菌可形成分离的菌落，并且可单独地挑取以分离营养培养基平板，并通过众所周知的方法进一步纯化成单一物种。或者，可不对植物根部或簇叶样品进行表面灭菌，而只是对其进行温和洗涤，由此在分离过程中包括表面驻留的附生微生物体，或可通过压印和剥离植物的根、茎或叶的片到琼脂培养基表面上，并且随后如上分离个别菌落来分别地分离附生微生物。举例来说，所述方法对细菌特别有用。或者，可处理根部而不洗掉附着在根上的少量土壤，由此包括在植物根际定殖的微生物。另外，可将粘附于根部的土壤去除、稀释并散布到合适的选择性和非选择性培养基的琼脂上，以分离根际细菌的个别菌落。[0253]国际承认用于专利程序的微生物体保藏布达佩斯条约[0254]本公开的微生物保藏是根据“国际承认用于专利程序的微生物体保藏布达佩斯条约”(布达佩斯条约)的规定进行的。[0255]申请人声明，根据37c.f.r.§1.808(a)(2)，“保藏人对公众获取保藏材料的所有限制将在授予专利权后不可撤销地取消。”本声明依据本节(b)款(即37c.f.r.§ꢀ1.808(b))。[0256]蔗糖肠杆菌现已被重新分类为蔗糖小迫氏菌，所述生物体的名称可在整篇文稿中互换使用。[0257]本公开的许多微生物来源于两种野生型菌株。菌株ci006是先前被分类为肠杆菌属的细菌物种(参见上述重新分类为小迫氏菌)。菌株ci019是分类为拉恩氏菌属的细菌物种。ci006小迫氏菌野生型(wt)和ci019拉恩氏菌wt的保藏信息见以下表1。[0258]本技术中描述的一些微生物体于2017年1月6日或2017年8月11日保藏于毕格罗国家海洋藻类和微生物保藏中心(bigelownationalcenterformarinealgaeandmicrobiota，ncma)，位于美国缅因州04544东槽道毕格罗大道60(60bigelowdrive，eastboothbay，maine04544，usa)。如上所述，所有保藏均根据“国际承认用于专利程序的微生物体保藏布达佩斯条约”的条款进行。表1中提供了用于上述布达佩斯条约保藏的毕格罗国家海洋藻类和微生物保藏中心保藏号和保藏日期。[0259]蔗糖小迫氏菌(wt)、水生拉恩氏菌(wt)和变异/重塑蔗糖小迫氏菌菌株的生物学纯的培养物在2017年1月6日保藏在毕格罗国家海洋藻类和微生物保藏中心(ncma)，其位于美国缅因州04544东槽道毕格罗大道60，并且分别指定ncma专利保藏指定编号201701001、201701003和201701002。适用的保藏信息见以下表1。[0260]变异/重塑蔗糖小迫氏菌菌株的生物学纯的培养物在2017年8月11日保藏在毕格罗国家海洋藻类和微生物保藏中心(ncma)，其位于美国缅因州04544东槽道毕格罗大道60，并且分别指定ncma专利保藏指定编号201708004、201708003和201708002。适用的保藏信息见以下表1。[0261]变栖克雷伯氏菌(wt)的生物学纯的培养物在2017年8月11日保藏在毕格罗国家海洋藻类和微生物保藏中心(ncma)，其位于美国缅因州04544东槽道毕格罗大道60，并且指定ncma专利保藏指定编号201708001。两个变栖克雷伯氏菌变体/重塑菌株的生物学纯的培养物在2017年12月20日保藏在毕格罗国家海洋藻类和微生物保藏中心(ncma)，其位于美国缅因州04544东槽道毕格罗大道60，并且分别指定ncma专利保藏指定编号201712001和201712002。适用的保藏信息见以下表1。[0262]表1：在布达佩斯条约下保藏的微生物体[0263][0264]分离的和生物学纯的微生物体[0265]在某些实施方案中，本公开提供了分离的和生物学纯的微生物体，它们尤其在农业中具有应用。所公开的微生物体可以以其分离和生物学纯的状态利用，并且将其配制成组合物(关于示例性组合物的描述参见下文部分)。此外，本公开提供了含有所公开的分离的和生物学纯的微生物体的至少两个成员的微生物组合物，以及利用所述微生物组合物的方法。此外，本公开提供了经由利用所公开的分离的和生物学纯的微生物调节植物中的固氮的方法。[0266]在一些方面，本公开的分离的和生物学纯的微生物体是来自表1的那些微生物。在其他方面，本公开的分离的和生物学纯的微生物体来源于表1的微生物体。举例来说，本文提供了来自表1的微生物体的菌株、子菌株、突变体或衍生物。本公开涵盖表1中所列的微生物的所有可能组合，所述组合有时形成微生物聚生体。来自表1的微生物可单独地或以任何组合与本公开中所提及的任何植物、活性分子(合成分子、有机分子等)、佐剂、载体、补充剂或生物剂组合。[0267]在一些方面，本公开提供了包含如在表2‑8中分组的物种的微生物组合物。在一些方面，包含各种微生物物种的这些组合物被称为微生物聚生体或联合体。[0268]关于表2‑8，字母a到i表示本公开的微生物体的非限制性选择，其定义为：[0269]a＝具有表1中所鉴定的保藏号201701001的微生物；[0270]b＝具有表1中所鉴定的保藏号201701003的微生物；[0271]c＝具有表1中所鉴定的保藏号201701002的微生物；[0272]d＝具有表1中所鉴定的保藏号201708004的微生物；[0273]e＝具有表1中所鉴定的保藏号201708003的微生物；[0274]f＝具有表1中所鉴定的保藏号201708002的微生物；[0275]g＝具有表1中所鉴定的保藏号201708001的微生物；[0276]h＝具有表1中所鉴定的保藏号201712001的微生物；且[0277]i＝具有表1中所鉴定的保藏号201712002的微生物。[0278]表2：八种和九种菌株组合物[0279]a，b，c，d，e，f，g，ha，b，c，d，e，f，g，ia，b，c，d，e，f，h，ia，b，c，d，e，g，h，ia，b，c，d，f，g，h，ia，b，c，e，f，g，h，ia，b，d，e，f，g，h，ia，c，d，e，f，g，h，ib，c，d，e，f，g，h，ia，b，c，d，e，f，g，h，iꢀꢀ[0280]表3：七种菌株组合物[0281]a，b，c，d，e，f，ga，b，c，d，e，f，ha，b，c，d，e，f，ia，b，c，d，e，g，ha，b，c，d，e，g，ia，b，c，d，e，h，ia，b，c，d，f，g，ha，b，c，d，f，g，ia，b，c，d，f，h，ia，b，c，d，g，h，ia，b，c，e，f，g，ha，b，c，e，f，g，ia，b，c，e，f，h，ia，b，c，e，g，h，ia，b，c，f，g，h，ia，b，d，e，f，g，ha，b，d，e，f，g，ia，b，d，e，f，h，ia，b，d，e，g，h，ia，b，d，f，g，h，ia，b，e，f，g，h，ia，c，d，e，f，g，ha，c，d，e，f，g，ia，c，d，e，f，h，ia，c，d，e，g，h，ia，c，d，f，g，h，ia，c，e，f，g，h，ia，d，e，f，g，h，ib，c，d，e，f，g，hb，c，d，e，f，g，ib，c，d，e，f，h，ib，c，d，e，g，h，ib，c，d，f，g，h，ib，c，e，f，g，h，ib，d，e，f，g，h，ic，d，e，f，g，h，i[0282]表4：六种菌株组合物[0283][0284]表5：五种菌株组合物[0285][0286]表6：四种菌株组合物[0287]a，b，c，da，b，c，ea，b，c，fa，b，c，ga，b，c，ha，b，c，ia，b，d，ea，b，d，fd，g，h，ia，b，d，ga，b，d，ha，b，d，ia，b，e，fa，b，e，ga，b，e，ha，b，e，ia，b，f，ge，f，g，ha，b，f，ha，d，f，ha，d，f，ia，d，g，ha，d，g，ia，d，h，ia，e，f，ga，e，f，he，f，g，ia，b，f，ia，b，g，ha，b，g，ia，b，h，ia，c，d，ea，c，d，fa，c，d，ga，c，d，he，f，h，ia，c，d，ia，c，e，fa，c，e，ga，c，e，ha，c，e，ia，c，f，ga，c，f，ha，c，f，ie，g，h，ia，c，g，ha，c，g，ia，c，h，ia，d，e，fa，d，e，ga，d，e，ha，d，e，ia，d，f，gf，g，h，ia，e，f，ia，e，g，ha，e，g，ia，e，h，ia，f，g，ha，f，g，ia，f，h，ia，g，h，id，e，f，hb，c，d，eb，c，d，fb，c，d，gb，c，d，hb，c，d，ib，c，e，fb，c，e，gb，c，e，hd，e，f，ib，c，e，ib，c，f，gb，c，f，hb，c，f，ib，c，g，hb，c，g，ib，c，h，ib，d，e，fd，e，g，hb，d，e，gb，d，e，hb，d，e，ib，d，f，gb，d，f，hb，d，f，ib，d，g，hb，d，g，id，e，g，ib，d，h，ib，e，f，gb，e，f，hb，e，f，ib，e，g，hb，e，g，ib，e，h，ib，f，g，hd，e，h，ib，f，g，ib，f，h，ib，g，h，ic，d，e，fc，d，e，gc，d，e，hc，d，e，ic，d，f，gd，f，g，hc，d，f，hc，d，f，ic，d，g，hc，d，g，ic，d，h，ic，e，f，gc，e，f，hc，e，f，id，f，g，ic，e，g，hc，e，g，ic，e，h，ic，f，g，hc，f，g，ic，f，h，ic，g，h，id，e，f，gd，f，h，i[0288]表7：三种菌株组合物[0289]a，b，ca，b，da，b，ea，b，fa，b，ga，b，ha，b，ia，c，da，c，eg，h，ie，f，ha，c，fa，c，ga，c，ha，c，ia，d，ea，d，fa，d，ga，d，ha，d，if，h，ie，f，ga，e，fa，e，ga，e，ha，e，ia，f，ga，f，ha，f，ia，g，ha，g，if，g，id，h，ia，h，ib，c，db，c，eb，c，fb，c，gb，c，hb，c，ib，d，eb，d，ff，g，hd，g，ib，d，gb，d，hb，d，ib，e，fb，e，gb，e，hb，e，ib，f，gb，f，he，h，ie，f，ib，f，ib，g，hb，g，ib，h，ic，d，ec，d，fc，d，gc，d，hc，d，ie，g，id，g，hc，e，fc，e，gc，e，hc，e，ic，f，gc，f，hc，f，ic，g，hc，g，ie，g，hd，f，ic，h，id，e，fd，e，gd，e，hd，e，id，f，gd，f，hꢀꢀꢀꢀ[0290]表8：两种菌株组合物[0291]a，ba，ca，da，ea，fa，ga，ha，ib，cb，db，eb，fb，gb，hb，ic，dc，ec，fc，gc，hc，id，ed，fd，gd，hd，ie，fe，ge，he，if，gf，hf，ig，hg，ih，iꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ[0292]在一些实施方案中，微生物组合物可选自表2‑8的组的任何成员。[0293]在一些实施方案中，本公开的任何微生物可经修饰或优化以组成型或非组成型地排泄铵。在一些实施方案中，本公开的任何微生物的修饰是转基因修饰。在一些实施方案中，微生物已经是转基因生物体并且菌株被修饰以使得它们不再含有转基因元件。在一些实施方案中，本公开的任何微生物的修饰是非转基因修饰。在一些实施方案中，将任何两种或更多种pgpr组合在微生物聚生体中。在一些实施方案中，将本公开的任何两种或更多种微生物，或来源于这些微生物的那些组合在微生物聚生体中。在一些实施方案中，将所述微生物聚生体施加至本公开的任何一种或多种植物和/或周围土壤或生长培养基。在一些实施方案中，将任何pgpr施加至本公开的任何一种或多种植物和/或周围土壤或生长培养基。[0294]在一些实施方案中，对本公开的微生物进行修饰或优化以增强或增加定殖植物的能力。在一些实施方案中，增强的或增加的定殖植物的能力是增强的或增加的定殖根表面的能力。[0295]农业组合物[0296]包含根据本文所述的方法产生的细菌或细菌群体和/或具有如本文所述的特征的组合物可呈液体、泡沫或干燥产品形式。还可使用包含根据本文所述的方法产生的细菌或细菌群体和/或具有如本文所述的特征的组合物来改良植物特性。在一些实例中，包含细菌群体的组合物可呈干粉、粉末和水的浆液或可流动种子处理剂形式。包含细菌群体的组合物可包被到种子的表面上，并且可呈液体形式。[0297]组合物可在生物反应器(如连续搅拌釜反应器、间歇反应器)和农场中制造。在一些实例中，组合物可储存在如水罐的容器中或以小型散装储存。在一些实例中，组合物可储存在选自由以下组成的组的物件内：瓶、广口瓶、安瓿、包装、器皿、包、盒子、储藏箱、包封、纸箱、容器、筒仓、运输容器、车厢和/或箱子。[0298]组合物也可用于改良植物性状。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被到种子上。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被到幼苗上。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被到种子表面上。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被为种子表面上的层。在一些实例中，包被到种子上的组合物可呈液体形式、呈干燥产品形式、呈泡沫形式、呈粉末和水的浆液形式或呈可流动种子处理剂形式。在一些实例中，可通过用一种或多种组合物对种子和/或幼苗进行喷雾、浸没、包被、囊封和/或撒粉，将一种或多种组合物施加至种子和/或幼苗。在一些实例中，可将多种细菌或细菌群体包被到植物的种子和/或幼苗上。在一些实例中，细菌组合中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或超过十种细菌可选自以下属中的一者：食酸菌属、土壤杆菌属(agrobacterium)、芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、金黄杆菌属、短小杆菌属、肠杆菌属、埃希氏菌属、甲基杆菌属、类芽孢杆菌属、泛菌属、假单胞菌属、雷尔氏菌属、糖芽胞杆菌属(saccharibacillus)、鞘氨醇单胞菌属和寡养单胞菌属。[0299]在一些实例中，内生组合中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或超过十种细菌和细菌群体选自以下科中的一者：芽孢杆菌科(bacillaceae)、伯克霍尔德氏菌科(burkholderiaceae)、丛毛单胞菌科(comamonadaceae)、肠杆菌科(enterobacteriaceae)、黄杆菌科(flavobacteriaceae)、甲基杆菌科(methylobacteriaceae)、微杆菌科(microbacteriaceae)、类芽孢杆菌科(paenibacillileae)、假单胞菌科(pseudomonnaceae)、根瘤菌科(rhizobiaceae)、鞘氨醇单胞菌科(sphingomonadaceae)、黄单胞菌科(xanthomonadaceae)、枝孢霉科(cladosporiaceae)、日规壳菌(gnomoniaceae)、未定地位(incertaesedis)、毛球壳科(lasiosphaeriaceae)、丛赤壳科(netriaceae)和格孢菌科(pleosporaceae)。[0300]在一些实例中，内生组合中的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或超过十种细菌和细菌群体选自以下科中的一者：芽孢杆菌科(bacillaceae)、伯克霍尔德氏菌科(burkholderiaceae)、丛毛单胞菌科(comamonadaceae)、肠杆菌科(enterobacteriaceae)、黄杆菌科(flavobacteriaceae)、甲基杆菌科(methylobacteriaceae)、微杆菌科(microbacteriaceae)、类芽孢杆菌科(paenibacillileae)、假单胞菌科(pseudomonnaceae)、根瘤菌科(rhizobiaceae)、鞘氨醇单胞菌科(sphingomonadaceae)、黄单胞菌科(xanthomonadaceae)、枝孢霉科(cladosporiaceae)、日规壳菌(gnomoniaceae)、未定地位(incertaesedis)、毛球壳科(lasiosphaeriaceae)、丛赤壳科(netriaceae)、格孢菌科(pleosporaceae)。[0301]组合物的实例可包括用于商业上重要的农作物的种子包衣，所述农作物例如高粱、芥花、番茄、草莓、大麦、水稻、玉蜀黍和小麦。组合物的实例还可包括用于玉米、大豆、芥花、高粱、马铃薯、水稻、蔬菜、谷类和油籽的种子包衣。如本文所提供的种子可以是基因修饰生物体(gmo)、非gmo、有机或常规的。在一些实例中，可将组合物喷涂在植物的地上部分上，或通过插入到种有植物种子的犁沟中、浇水到土壤中或将根部浸入组合物的悬浮液中而施加至根部。在一些实例中，可以以维持细胞活力/稳定性和人工接种并定殖宿主植物的能力的合适方式使组合物脱水。细菌物种可以108至1010cfu/ml之间的浓度存在于组合物中。在一些实例中，组合物可补充有痕量金属离子，如钼离子、铁离子、锰离子或这些离子的组合。如本文所述的组合物的实例中的离子浓度可在约0.1mm至约50mm之间。组合物的一些实例也可与载体一起配制，所述载体如β‑葡聚糖、羧甲基纤维素(cmc)、细菌细胞外聚合物质(eps)、糖、动物乳或其他合适的载体。在一些实例中，泥炭或种植材料可用作载体，或者生物聚合物可用作载体，其中组合物包覆在所述生物聚合物中。包含本文所述的细菌群体的组合物可改良植物特性，如促进植物生长、维持叶子中的高叶绿素含量、增加果实或种子数以及增加果实或种子单位重量。[0302]可将包含本文所述的细菌群体的组合物包被到种子的表面上。因此，还考虑了包含用本文所述的一种或多种细菌包被的种子的组合物。种子包衣可通过将细菌群体与多孔的化学惰性颗粒状载体混合而形成。或者，组合物可直接插入到种有种子的犁沟中，或喷涂到植物叶片上，或通过将根部浸入组合物的悬浮液中进行施加。有效量的组合物可用于用活细菌生长来填充邻近植物根部的底土区域，或用活细菌生长来填充植物的叶片。一般来讲，有效量是足以产生具有改良性状(例如所需固氮水平)的植物的量。[0303]本文所述的细菌组合物可使用农业上可接受的载体配制。可用于这些实施方案的制剂可包括选自由以下组成的组的至少一个成员：增粘剂、微生物稳定剂、杀真菌剂、抗细菌剂、防腐剂、稳定剂、表面活性剂、抗复合剂、除草剂、杀线虫剂、杀虫剂、植物生长调节剂、肥料、灭鼠剂、干燥剂、杀菌剂、养分或它们的任何组合。在一些实例中，组合物可以是贮存稳定的。举例来说，本文所述的组合物中的任一种可包括农业上可接受的载体(例如，肥料(如非天然存在的肥料)、粘合剂(如非天然存在的粘合剂)和农药(如非天然存在的农药)中的一种或多种)。非天然存在的粘合剂可以是例如聚合物、共聚物或合成蜡。举例来说，本文所述的包衣种子、幼苗或植物中的任一种可在种子包衣中含有此类农业上可接受的载体。在本文所述的组合物或方法中的任一种中，农业上可接受的载体可以是或者可包括非天然存在的化合物(例如，非天然存在的肥料、非天然存在的粘合剂(如聚合物、共聚物或合成蜡)或非天然存在的农药)。下文描述了农业上可接受的载体的非限制性实例。农业上可接受的载体的其他实例是本领域中已知的。[0304]在一些情况下，细菌与农业上可接受的载体混合。载体可以是固体载体或液体载体，并且呈各种形式，包括微球、粉末、乳液等。载体可以是赋予多种特性，如提高的稳定性、可湿性或可分散性的数种载体中的任何一者或多者。组合物中可包括润湿剂，如天然或合成表面活性剂，其可以是非离子或离子表面活性剂，或其组合。油包水乳液也可用于配制包括分离的细菌的组合物(参见例如美国专利第7,485,451号)。可制备的合适的制剂包括可湿性粉剂、颗粒、凝胶、琼脂条或团粒、增稠剂等、微囊封粒子等、如水性流体、水性悬浮液、油包水乳液的液体等。制剂可包括谷物或豆科植物产品，例如磨碎的谷物或豆类、来源于谷物或豆类的汤或粉、淀粉、糖或油。[0305]在一些实施方案中，农业载体可以是土壤或植物生长培养基。可使用的其他农业载体包括水、肥料、植物类油、保湿剂或它们的组合。或者，农业载体可以是固体，如硅藻土、壤土、二氧化硅、海藻酸盐、粘土、膨润土、蛭石、种壳、其他植物和动物产品或组合，包括颗粒、团粒或悬浮液。还考虑了前述成分中的任一种的混合物作为载体，如但不限于佩斯塔(pesta)(面粉和高岭土)，壤土、砂土或粘土中基于琼脂或面粉的团粒等。制剂可包括细菌的食物源(如大麦、水稻或其他生物材料(如种子、植物部分、蔗渣))、来自谷物加工的外壳或茎秆、来自建筑工地废物的磨碎的植物材料或木材、来自再循环纸、织物或木材的锯屑或小纤维。[0306]举例来说，肥料可用于帮助促进生长或为种子、幼苗或植物提供养分。肥料的非限制性实例包括氮、磷、钾、钙、硫、镁、硼、氯、锰、铁、锌、铜、钼和硒(或其盐)。肥料的其他实例包括一种或多种氨基酸、盐、碳水化合物、维生素、葡萄糖、nacl、酵母提取物、nh4h2po4、(nh4)2so4、甘油、缬氨酸、l‑亮氨酸、乳酸、丙酸、琥珀酸、苹果酸、柠檬酸、酒石酸氢钾、木糖、来苏糖和卵磷脂。在一个实施方案中，所述制剂可包含增粘剂或粘附剂(被称为粘合剂)以帮助将其他活性剂与物质(例如，种子的表面)结合。此类试剂可用于将细菌与可含有其他化合物的载体(例如，非生物控制剂)组合以产生包衣组合物。此类组合物帮助在植物或种子周围产生包衣，以维持微生物和其他试剂与植物或植物部分之间的接触。在一个实施方案中，粘合剂选自由以下组成的组：海藻酸盐、树胶、淀粉、卵磷脂、芒柄花黄素(formononetin)、聚乙烯醇、芒柄花黄素碱金属盐(alkaliformononetinate)、橙皮素(hesperetin)、聚乙酸乙烯酯、脑磷脂、阿拉伯树胶、黄原胶、矿物油、聚乙二醇(peg)、聚乙烯吡咯烷酮(pvp)、阿拉伯半乳聚糖、甲基纤维素、peg400、壳聚糖、聚丙烯酰胺、聚丙烯酸酯、聚丙烯腈、甘油、三乙二醇、乙酸乙烯酯、结冷胶(gellangum)、聚苯乙烯、聚乙烯、羧甲基纤维素、印度树胶(gumghatti)和聚氧乙烯‑聚氧丁烯嵌段共聚物。[0307]在一些实施方案中，粘合剂可以是例如蜡，如巴西棕榈蜡(carnaubawax)、蜂蜡、中国蜡、虫胶蜡、鲸蜡(spermacetiwax)、小烛树蜡(candelillawax)、蓖麻蜡、小冠巴西棕蜡(ouricurywax)和米糠蜡、多糖(例如，淀粉、糊精、麦芽糖糊精、海藻酸盐和壳聚糖)、脂肪、油、蛋白质(例如，明胶和玉米蛋白)、阿拉伯树胶和虫胶。粘合剂可以是非天然存在的化合物，例如聚合物、共聚物和蜡。举例来说，可用作粘合剂的聚合物的非限制性实例包括：聚乙酸乙烯酯、聚乙酸乙烯酯共聚物、乙烯乙酸乙烯酯(eva)共聚物、聚乙烯醇、聚乙烯醇共聚物、纤维素(例如，乙基纤维素、甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟丙基纤维素以及羧甲基纤维素)、聚乙烯吡咯烷酮、氯乙烯、偏二氯乙烯共聚物、木质素磺酸钙、丙烯酸共聚物、聚乙烯基丙烯酸酯、聚环氧乙烷、酰基酰胺聚合物和共聚物、聚丙烯酸羟乙酯、甲基丙烯酰胺单体和聚氯丁二烯。[0308]在一些实例中，粘合剂、抗真菌剂、生长调节剂和农药(例如，杀虫剂)中的一种或多种是非天然存在的化合物(例如，以任何组合)。农业上可接受的载体的其他实例包括分散剂(例如，聚乙烯吡咯烷酮/乙酸乙烯酯pvpivas‑630)、表面活性剂、粘结剂和填充剂。[0309]制剂还可含有表面活性剂。表面活性剂的非限制性实例包括氮表面活性剂掺合物，如prefer28(cenex)、surf‑n(us)、inhance(brandt)、p‑28(wilfarm)和patrol(helena)；酯化的种子油包括sun‑itii(amcy)、mso(uap)、scoil(agsco)、hasten(wilfarm)和mes‑100(drexel)；并且有机硅表面活性剂包括silwetl77(uap)、silikin(terra)、dyne‑amic(helena)、kinetic(helena)、sylgard309(wilbur‑ellis)和century(precision)。在一个实施方案中，表面活性剂以0.01％v/v至10％v/v之间的浓度存在。在另一个实施方案中，表面活性剂以0.1％v/v至1％v/v之间的浓度存在。[0310]在某些情况下，制剂包括微生物稳定剂。此类试剂可包括干燥剂，其可包括可被分类为干燥剂的任何化合物或化合物的混合物，而不管一种或多种化合物是否以实际上对液体接种菌具有干燥作用的浓度使用。此类干燥剂理想地与所使用的细菌群体相容，并且应提高微生物种群经受住在种子上施加后和经受住干燥的能力。合适的干燥剂的实例包括海藻糖、蔗糖、甘油和亚甲二醇中的一种或多种。其他合适的干燥剂包括但不限于非还原糖和糖醇(例如，甘露糖醇或山梨糖醇)。引入至制剂中的干燥剂的量可在按重量/体积计约5％至约50％的范围内，例如，在约10％至约40％之间、在约15％至约35％之间或在约20％至约30％之间。在一些情况下，制剂中含有如杀真菌剂、抗细菌剂、除草剂、杀线虫剂、杀虫剂、植物生长调节剂、灭鼠剂、杀菌剂或养分的试剂是有利的。在一些实例中，试剂可包括提供对种子表面传播的病原体的防范的保护剂。在一些实例中，保护剂可提供对土传病原体的一定水平的控制。在一些实例中，保护剂可主要在种子表面上有效。[0311]在一些实例中，杀真菌剂可包括可抑制真菌生长或杀死真菌的化合物或试剂，无论是化学还是生物的。在一些实例中，杀真菌剂可包括可抑制真菌或杀真菌的化合物。在一些实例中，杀真菌剂可以是保护剂，或主要在种子表面上有效的试剂，提供对种子表面传播的病原体的防范并且提供对土传病原体的一定水平的控制。保护剂杀真菌剂的非限制性实例包括克菌丹(captan)、代森锰(maneb)、福美双(thiram)或咯菌腈。[0312]在一些实例中，杀真菌剂可以是内吸性杀真菌剂，其可被吸收到出苗的幼苗中并且抑制或杀死宿主植物组织内的真菌。用于种子处理的内吸性杀真菌剂包括但不限于以下：嘧菌酯、萎锈灵(carboxin)、精甲霜灵、甲霜灵、噻菌灵、三氟敏(trifloxystrobin)和各种三唑杀真菌剂，包括苯醚甲环唑(difenoconazole)、种菌唑、戊唑醇和灭菌唑(triticonazole)。精甲霜灵和甲霜灵主要用于靶向水霉菌腐霉属(pythium)和疫霉属(phytophthora)。视植物物种而定，一些杀真菌剂相比于其他杀真菌剂是优选的，因为病原真菌物种的敏感性存在细微差异，或因为杀真菌剂分布或植物敏感性存在差异。在一些实例中，杀真菌剂可以是生物控制剂，如细菌或真菌。此类生物体可寄生到病原真菌，或分泌毒素或可杀死真菌或以其他方式阻止真菌生长的其他物质。任何类型的杀真菌剂，尤其通常在植物上使用的杀真菌剂，可用作种子组合物中的控制剂。[0313]在一些实例中，种子包衣组合物包含具有抗细菌特性的控制剂。在一个实施方案中，具有抗细菌特性的控制剂选自本文其他地方所述的化合物。在另一个实施方案中，化合物是链霉素(streptomycin)、土霉素(oxytetracycline)、欧索林酸(oxolinicacid)或庆大霉素(gentamicin)。可用作种子包衣组合物一部分的抗细菌化合物的其他实例包括基于双氯酚和苄醇半缩甲醛(来自ici的或来自thorchemie的rs，和来自rohm&haas的mk25)和异噻唑啉酮衍生物，如烷基异噻唑啉酮和苯并异噻唑啉酮(来自thorchemie的mbs)的化合物。[0314]在一些实例中，生长调节剂选自由以下组成的组：脱落酸(abscisicacid)、甲草胺(amidochlor)、嘧啶醇(ancymidol)、6‑苄基氨基嘌呤、芸苔素内酯(brassinolide)、仲丁灵(butralin)、克美素(chlormequat)(矮壮素(chlormequatchloride))、氯化胆碱、环丙酰草胺(cyclanilide)、丁酰肼(daminozide)、调呋酸(dikegulac)、噻节因(dimethipin)、2，6‑二甲基吡啶、乙烯利(ethephon)、氟节胺(flumetralin)、呋嘧醇(flurprimidol)、嗪草酸(fluthiacet)、福芬素(forchlorfenuron)、赤霉酸(gibberellicacid)、抗倒胺(inabenfide)、吲哚‑3‑乙酸、顺丁烯二酰肼、氟磺酰草胺(mefluidide)、壮棉素(mepiquat)(缩节胺(mepiquatchloride))、萘乙酸、n‑6‑苄基腺嘌呤、巴克素(paclobutrazol)、调环酸三硫代磷酸酯(prohexadionephosphorotrithioate)、2，3，5‑三碘苯甲酸、抗倒酯(trinexapac‑ethyl)和烯效唑(uniconazole)。生长调节剂的其他非限制性实例包括油菜素甾醇(brassinosteroid)、细胞分裂素(例如，激动素(kinetin)和玉米素(zeatin))、生长素(例如，吲哚乙酸和吲哚基乙酰基天冬氨酸)、类黄酮和异类黄酮(例如，芒柄花黄素和香叶木素(diosmetin))、植物抗毒素(例如，大豆抗毒素(glyceolline))和诱导植物抗毒素的寡糖(例如，果胶、几丁质、壳聚糖、聚半乳糖醛酸和寡聚半乳糖醛酸)和吉贝素(gibellerin)。此类试剂理想地与制剂施加于其上的农业种子或幼苗相容(例如，其不应对植物的生长或健康有害)。此外，试剂理想地是一种不会导致对人类、动物或工业使用造成安全问题的试剂(例如，没有安全问题，或化合物足够不稳定以至于来源于植物的商品植物产品含有可忽略量的化合物)。[0315]线虫拮抗性生物控制剂的一些实例包括arf18；30节丛孢属种(arthrobotrysspp.)；毛壳菌属种(chaetomiumspp.)；柱孢属种(cylindrocarponspp.)；外瓶霉属种(exophiliaspp.)；镰刀菌属种(fusariumspp.)；粘帚霉属种(gliocladiumspp.)；被毛孢属种(hirsutellaspp.)；蜡蚧菌属种(lecanicilliumspp.)；单项孢霉属种(monacrosporiumspp.)；漆斑菌属种(myrotheciumspp.)；新赤壳属种(neocosmosporaspp.)；拟青霉属种(paecilomycesspp.)；普可尼亚属种(pochoniaspp.)；壳多孢属种(stagonosporaspp.)；囊泡‑丛枝真菌(vesicular‑arbuscularmycorrhizalfungi)；伯克霍尔德菌属种(burkholderiaspp.)；巴氏杆菌属种(pasteuriaspp.)；短芽孢杆菌属种(brevibacillusspp.)；假单胞菌属种(pseudomonasspp.)；和根际细菌(rhizobacteria)。尤其优选的线虫拮抗生物控制剂包括arf18、少孢节丛孢菌(arthrobotrysoligospora)、指状节丛孢菌(arthrobotrysdactyloides)、球毛壳菌(chaetomiumglobosum)、异丝藻柱孢(cylindrocarponheteronema)、甄氏外瓶霉(exophiliajeanelmei)、嗜鱼外瓶霉(exophiliapisciphila)、曲霉镰刀菌(fusariumaspergilus)、茄病镰刀菌(fusariumsolani)、链孢粘帚霉(gliocladiumcatenulatum)、粉红粘帚霉(gliocladiumroseum)、绿粘帚霉(gliocladiumvixens)、洛斯里被毛孢(hirsutellarhossiliensis)、明尼苏达被毛孢(hirsutellaminnesotensis)、蜡蚧轮枝菌(lecanicilliumlecanii)、掘氏单项孢(monacrosporiumdrechsleri)、哺单项孢(monacrosporiumgephyropagum)、疣孢漆斑菌(myrotehciumverrucaria)、侵管新赤壳菌(neocosmosporavasinfecta)、淡紫拟青霉菌(paecilomyceslilacinus)、厚垣普可尼亚菌(pochoniachlamydosporia)、异皮壳多孢菌(stagonosporaheteroderae)、菜豆壳多孢菌(stagonosporaphaseoli)、囊泡‑丛枝菌根真菌、洋葱伯克霍尔德氏菌、穿刺巴斯德氏菌、多刺巴斯德氏菌(pasteuriathornei)、西泽巴斯德氏菌(pasteurianishizawae)、分支巴斯德氏菌(pasteuriaramosa)、pastrueiausage、侧孢短芽孢杆菌菌株g4、荧光假单胞菌和根际细菌。[0316]养分的一些实例可选自由以下组成的组：氮肥，包括但不限于尿素、硝酸铵、硫酸铵、无压氮溶液、氨水、无水氨、硫代硫酸铵、硫包膜尿素、脲甲醛、ibdu、聚合物包膜尿素、硝酸钙、脲醛和亚甲脲；磷肥，如磷酸氢二铵、磷酸一铵、多磷酸铵、浓过磷酸钙和三重过磷酸钙，和钾肥，如氯化钾、硫酸钾、硫酸钾镁、硝酸钾。此类组合物可在种子包衣组合物中以游离盐或离子的形式存在。或者，养分/肥料可络合或螯合，以提供随时间推移的持续释放。[0317]杀鼠剂的一些实例可包括选自由以下组成的物质的组：2‑异戊酰基茚满‑1，3‑二酮、4‑(喹喔啉‑2‑基氨基)苯磺酰胺、α‑氯醇、磷化铝、安妥(antu)、三氧化二砷、碳酸钡、双鼠脲(bisthiosemi)、溴鼠灵(brodifacoum)、溴敌隆(bromadiolone)、溴鼠胺(bromethalin)、氰化钙、氯醛糖、氯敌鼠(chlorophacinone)、胆钙化醇、氯杀鼠灵(coumachlor)、克灭鼠(coumafuryl)、杀鼠迷(coumatetralyl)、鼠立死(crimidine)、鼠得克(difenacoum)、噻鼠灵(difethialone)、敌鼠(diphacinone)、麦角钙化醇、氟鼠灵(flocoumafen)、氟乙酰胺、氟鼠啶(flupropadine)、氟鼠啶盐酸盐、氰化氢、碘甲烷、林丹(lindane)、磷化镁、溴甲烷、鼠特灵(norbormide)、毒鼠磷(phosacetim)、膦、磷、杀鼠酮(pindone)、亚砷酸钾、灭鼠优(pyrinuron)、海葱糖苷(scilliroside)、亚砷酸钠、氰化钠、氟乙酸钠、番木鳖碱(strychnine)、硫酸铊、华法林(warfarin)和磷化锌。[0318]在液体形式，例如溶液或悬浮液中，细菌群体可混合或悬浮于水或水性溶液中。合适的液体稀释剂或载体包括水、水性溶液、石油馏出物或其他液体载体。[0319]固体组合物可通过将细菌群体分散在适当分开的固体载体之中或之上而制备，所述固体载体如泥炭、小麦、麸、蛭石、粘土、滑石、膨润土、硅藻土、漂白土(fuller′searth)、巴氏灭菌土壤等。当此类制剂用作可湿性粉剂时，可使用生物相容的分散剂，如非离子、阴离子、两性或阳离子分散剂和乳化剂。[0320]在配制时使用的固体载体包括例如矿物载体，如高岭土、叶蜡石、膨润土、蒙脱土、硅藻土、酸性白土、蛭石和珍珠岩，和无机盐，如硫酸铵、磷酸铵、硝酸铵、尿素、氯化铵和碳酸钙。另外，可使用有机细粉，如小麦面粉、麦麸和米糠。液体载体包括植物油(如大豆油和棉籽油)、甘油、乙二醇、聚乙二醇、丙二醇、聚丙二醇等。[0321]害虫[0322]可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与一种或多种农药组合。[0323]与本公开的微生物组合的农药可靶向下文所提及的害虫中的任一种。[0324]“害虫”包括但不限于昆虫、真菌、细菌、线虫、螨虫、扁虱等。昆虫害虫包括选自以下各者的昆虫：鞘翅目、双翅目、膜翅目、鳞翅目、食毛目、同翅目、半翅目、直翅目、缨翅目、革翅目、等翅目、虱目、蚤目、毛翅目等，尤其鳞翅目和鞘翅目。[0325]本领域的技术人员将认识到，并非所有化合物都对所有害虫同样有效。可与本公开的微生物组合的化合物可显示针对昆虫害虫的活性，其可包括经济上重要的农学、森林、温室、苗圃观赏性植物、食品和纤维、公共和动物健康、家庭和商业结构、家庭和存储产品害虫。[0326]如前所述，本公开的农业组合物(其可包含本文所教导的任何微生物)在实施方案中与一种或多种农药组合。这些农药可针对以下害虫中的任一者具有活性：[0327]鳞翅目的幼虫包括但不限于夜蛾科草地黏虫(spodopterafrugiperda)je史密斯(jesmith)秋夜蛾(fallarmyworm)中的粘虫、切根虫、循环子和棉铃虫；甜菜夜蛾哈布纳(s.exiguahubner)；斜纹夜蛾法布里休斯(s.liturafabricius)(烟草切根虫(tobaccocutworm)、簇毛虫(clustercaterpillar))；蓓带夜蛾沃克(mamestraconfiguratawalker)(披肩粘虫(berthaarmyworm))；甘蓝夜蛾(m..brassicaelinnaeus)(甘蓝夜蛾(cabbagemoth))；地老虎胡天纳格尔(agrotisipsilon)(小地老虎(blackcutworm))；胖夜蛾属莫里森(a.orthogoniamorrison)(西地老虎(westerncutworm))；地栖盘腹蚁法布里休斯(a.subterraneafabricius)(粒肤地老虎)；棉叶波纹叶蛾哈布纳(alabamaargillaceahubner)(衣蛾)；粉纹夜蛾哈布纳(trichoplusianihubner)(甘蓝尺蠖)；大豆夜蛾沃克尔(pseudoplusiaincludenswalker)(大豆尺蠖)；黎豆夜蛾哈布纳(anticarsiagemmatalishubner)(绒毛豆毛虫)；沙菜夜蛾法布里休斯(hypenascabrafabricius)(绿色三叶草蠕虫)；美洲烟叶蛾法布里休斯(heliothisvirescensfabricius)(烟草夜蛾)；粘虫霍沃思(pseudaletiaunipunctahaworth)(夜盗蛾)；丫纹夜蛾巴恩斯和麦克唐纳(athetismindarabarnesandmcdunnough)(粗皮地老虎)；切夜蛾属哈里斯(euxoamessoriaharris)(黑暗面蠕虫)；埃及钻夜蛾博伊斯杜瓦(eariasinsulanaboisduval)(带刺棉铃虫)；翠纹钻夜蛾法布里休斯(e.vittellafabricius)(点样棉铃虫)；棉铃虫哈布纳(helicoverpaarmigerahubner)(美国棉铃虫)；玉米螟棉铃虫玉米(h.zeaboddie)(玉米穗夜蛾(cornearworm)或棉铃虫)；乌夜蛾属哈里斯(melanchrapictaharris)(斑马毛虫)；栖夜蛾属(egira)(柑橘夜蛾xylomyges)curialis格鲁特(grote)(柑橘切根虫)；来自螟蛾科欧洲玉米螟(ostrinianubilalis)哈布纳(欧洲玉米螟)的蛀虫、鞘蛾、结网毛虫和雕叶虫；脐橙螟沃克尔(amyeloistransitellawalker)(海军柑橘虫)；地中海粉斑螟泽勒(anagastakuehniellazeller)(地中海粉娥)；粉斑螟蛾沃克尔(cadracautellawalker)(粉斑螟)；禾草螟属沃克尔(chilosuppressaliswalker)(稻茎螟虫)；粉虱(c.partellus)、高粱螟(sorghumborer)、米蛾斯坦顿(corcyracephalonicastainton)(大米娥)；玉米根草螟克莱门(crambuscaliginosellusclemens)(玉米齿根结网毛虫)；草螟(c.teterrelluszincken)(蓝草禾草螟)；纵卷叶野螟属(cnaphalocrocismedinalisguenee)(稻纵卷叶螟)；蟛蜞菊哈布纳(desmiafuneralishubner)(葡萄野螟)；绢野螟属林奈(diaphaniahyalinatalinnaeus)(甜瓜野螟)；黄瓜绢野螟(d.nitidalis)斯托尔(stoll)(泡菜虫)；西南玉米螟(diatraeagrandiosella)戴尔(dyar)(西南玉米螟)；小蔗杆草螟(d.saccharalis)法布里休斯(甘蔗螟虫)；禾草螟(eoreumaloftini)戴尔(墨西哥大米螟)；烟草粉斑螟(ephestiaelutella)哈布纳(烟草(可可)粉螟)；大蜡螟(galleriamellonella)林奈(大蜡螟)；野螟蛾(herpetogrammalicarsisalis)沃克尔(草地螟)；向日葵同斑螟(homoeosomaelectellum)赫尔斯特(hulst)(向日葵螟)；南美玉米苗斑螟(elasmopalpuslignosellus)泽勒(小玉米茎蛀虫)；小蜡螟(achroiagrisella)法布里休斯(小蜡螟)；草地螟(loxostegesticticalis)林奈(黄绿条螟)；茶树结网蛾(orthagathyrisalis)沃克尔(茶树网蛾)；豆野螟(marucatestulalis)盖伊尔(豆荚蛀螟)；印度谷螟(plodiainterpunctella)哈布纳(印度谷螟)；三化螟(scirpophagaincertulas)沃克尔(黄带趾弄蝶)；芹菜网螟(udearubigalisguenee)(芹菜网暝)；和卷蛾科长翅卷蛾属(familytortricidaeaclerisgloverana)沃尔辛厄姆(walsingham)(西方黑头芽卷蛾)的后黄卷蛾(leafrollers)、幼芽青虫(budworms)、种虫(seedworms)和果虫(fruitworms)；黑头长翅卷蛾(a.variana)弗纳尔德(fernald)(东方黑头虫)；果树黄卷蛾(archipsargyrospila)沃克尔(果树卷叶蛾)；玫瑰黄卷蛾(a.rosana)林奈(欧洲卷叶蛾)；和其他黄卷蛾属(archips)种、棉褐带卷蛾(adoxophyesorana)费舍尔冯罗斯拉斯坦姆(fischervonrosslerstamm)(棉褐带卷蛾(summerfruittortrixmoth))；细卷蛾属(cochylishospes)沃尔辛厄姆(带状向日葵细卷叶蛾)；小卷蛾属(cydialatiferreana)沃尔辛厄姆(榛小卷蛾)；苹果蠹蛾(c.pomonella)林奈(冷蛾)；黄粉虫(platynotaflavedana)克莱门(花斑卷叶蛾)；荷兰石竹小卷蛾(p.stultana)沃尔辛厄姆(杂食卷叶蛾)；葡萄浆果小卷蛾(lobesiabotrana)丹尼斯&希弗穆勒(denis&schiffermuller)(欧洲葡萄藤蛾)；苹白小卷蛾(spilonotaocellana)丹尼斯&希弗穆勒(苹果芽小卷叶蛾)；葡萄小食心虫(endopizaviteana)克莱门(葡萄卷叶蛾)；葡萄螟蛾(eupoeciliaambiguella)哈布纳(葡萄果蠹蛾)；巴西苹果卷叶蛾(bonagotasalubricola)梅里克(meyrick)(巴西苹果卷叶蛾)；梨小食心虫(grapholitamolesta)比斯克(busck)(梨小食心虫)；向日葵芽蛾(suleimahelianthana)莱利(riley)(向日葵螟)；带卷蛾属种(argyrotaeniaspp.)；色卷蛾属种(choristoneuraspp.)。[0328]所选择的鳞翅目其他农学害虫包括但不限于秋星尺蠖(alsophilapometaria)哈里斯(秋星尺蠖)；桃条麦蛾(anarsialineatella)泽勒(桃芽蛾)；栎黄条大蚕蛾(anisotasenatoria)史密斯(j.e.smith)(桔条柞蚕)；柞蚕(antheraeapernyiguerin‑meneville)(中国柞蚕蛾)；家蚕(bombyxmori)林奈(蚕)；棉叶穿孔潜蛾(bucculatrixthurberiella)比斯克(棉叶穿孔潜蛾)；纹黄豆粉蝶(coliaseurytheme)博伊斯杜瓦(boisduval)(苜蓿毛虫)；胡桃天社蛾(datanaintegerrima)格鲁特&罗宾逊(grote&robinson)(胡桃毛虫)；西伯利亚松毛虫(dendrolimussibiricustschetwerikov)(西伯利亚丝蛾)；榆秋黄尺蛾(ennomossubsignaria)哈布纳(榆角尺蠖)；菩提松尺蛾(erannistiliaria)哈里斯(林登尺蠖)；黄毒蛾属(euproctischrysorrhoea)林奈(棕尾毒蛾)；美国哈里斯纳柞蚕(harrisinaamericanaguerin‑meneville)(葡萄叶雕叶虫)；行列半白大蚕蛾(hemileucaoliviae)科克雷尔(牧草天蚕蛾)；美国白蛾(hyphantriacunea)德鲁里(drury)(秋结网毛虫)；番茄蠹蛾(keiferialycopersicella)沃尔辛厄姆(番茄蛲虫)；铁杉尺蠖(lambdinafiscellariafiscellaria)赫尔斯特(东方铁杉尺蠖)；西方铁杉尺蠖(l.fiscellarialugubrosa)赫尔斯特(威斯登铁杉尺蠖)；雪毒蛾(leucomasalicis)林奈(柳毒蛾)；舞毒蛾(lymantriadispar)林奈(舞毒蛾)；番茄天蛾(manducaquinquemaculata)霍沃思(haworth)(五花山楂蛾、番茄虫)；天蛾(m.sexta)霍沃思(番茄虫、烟草天蛾)；秋尺蛾属(operophterabrumata)林奈(冬娥)；春尺蠖(paleacritavernata)佩克(peck)(春尺蠖)；大风蝶(papiliocresphontes)克拉默(cramer)(巨型燕尾橙犬)；加州蟛蜞菊(phryganidiacalifornica)帕卡德(packard)(加利福尼亚柞蚕)；柑橘潜叶蛾(phyllocnistiscitrellastainton)(柑桔潜叶蛾)；潜叶虫(phyllonorycterblancardella)法布里休斯(点样潜叶蛾)；大菜粉蝶(pierisbrassicae)林奈(大型粉蝶)；菜粉蝶(p.rapae)林奈(小菜蛾)；暗脉菜粉蝶(p.napi)林奈(绿脉菜粉蝶)；洋蓟羽(platyptiliacarduidactyla)莱利(朝鲜蓟羽流娥)；小菜蛾(plutellaxylostella)林奈(小菜蛾)；红铃虫(pectinophoragossypiella)桑德斯(saunders)(粉红棉铃虫)；纹白蝶(pontiaprotodice)博伊斯杜瓦和勒孔特(boisduvalandleconte)(南方菜粉蝶)；杂食尺蠖(sabulodesaegrotataguenee)(杂食尺蠖)；赤峰毛虫(schizuraconcinna)j.e.史密斯(红驼毛虫)；麦蛾(sitotrogacerealella)奥利维尔(olivier)(麦蛾)；异舟蛾属(thaumetopoeapityocampa)希弗米勒(schiffermuller)(松树毛虫)；幕谷蛾(tineolabisselliella)胡梅尔(hummel)(负袋夜蛾)；番茄斑潜蝇(tutaabsoluta)梅里克(番茄潜叶蛾)；巢蛾属(yponomeutapadella)林奈(巢蛾)；实夜蛾属(heliothissubflexaguenee)；天幕毛虫属种(malacosomaspp.)和古毒蛾属种(orgyiaspp.)；欧洲玉米螟(ostrinianubilalis)(欧洲玉米螟)；种蝇(seedcornmaggot)；小地老虎(agrotisipsilon)(黑毛虫)。[0329]鞘翅目的幼虫和成虫包括来自长角象虫科(anthribidae)、豆象科(bruchidae)和象虫科(curculionidae)(包括但不限于：墨西哥棉铃象甲(anthonomusgrandisboheman)(棉铃象鼻虫)的象鼻虫(weevils)；稻水象甲(lissorhoptrusoryzophiluskuschel)(稻水象甲)；谷象属(sitophilusgranarius)林奈(谷象)；米象(s.oryzae)林奈(米象)；苜蓿象甲(hyperapunctata)法布里休斯(车轴草叶象虫)；密点细枝象(cylindrocopturusadspersus)勒孔特(向日葵茎象鼻虫)；黄褐小爪象(smicronyxfulvus)勒孔特(红葵花籽象甲)；灰葵花籽象甲(s.sordidus)勒孔特(灰葵花籽象甲)；玉米长喙象(sphenophorusmaidis)奇滕登(chittenden)(玉米谷象))；叶甲科(chrysomelidae)的跳甲(fleabeetles)、黄瓜甲虫(cucumberbeetles)、根虫、叶甲(leafbeetles)、马铃薯甲虫和潜叶虫(leafminers)(包括但不限于：马铃薯甲虫(leptinotarsadecemlineata)赛伊(say)(科罗拉多马铃薯甲虫)；玉米根萤叶甲(diabroticavirgiferavirgifera)勒孔特(西方玉米根萤叶甲)；北美玉米根萤叶甲(d.barberi)史密斯和劳伦斯(lawrence)(北方长角叶甲)；黄瓜十一星叶甲(d.undecimpunctatahowardi)巴伯(barber)(南方玉米根虫)；玉米跳甲(chaetocnemapulicaria)梅尔斯海默(melsheimer)(玉米跳甲)；萝卜菜跳甲(phyllotretacruciferae)格策(goeze)(十字花科跳甲)；黄曲条跳甲(phyllotretastriolata)(黄条叶蚤)；葡萄肖叶甲(colaspisbrunnea)法布里休斯(葡萄肖叶甲)；谷物叶甲(oulemamelanopus)林奈(谷物叶甲)；向日葵叶甲(zygogrammaexclamationis)法布里休斯(向日葵叶甲))；来自瓢虫科(coccinellidae)的甲虫(包括但不限于：墨西哥豆瓢虫(epilachnavarivestismulsant)(墨西哥豆瓢虫))；来自金龟子科(scarabaeidae)的金龟子(chafers)和其他甲虫(包括但不限于：日本金龟子(popilliajaponicanewman)(日本金龟子)；犀金龟(cyclocephalaborealis)阿罗(arrow)(北方假面金龟子、白蛴螬(whitegrub))；缺斑黛灰蝶(c.immaculata)奥利维尔(南方金假面龟子、白蛴螬)；欧洲切根鳃金龟(rhizotrogusmajalis)拉佐莫夫斯基(razoumowsky)(欧洲金龟子)；食叶甲(phyllophagacrinita)伯迈斯特(burmeister)(白蛴螬)；胡萝卜甲虫家具窍蠹(ligyrusgibbosusdegeer)(胡萝卜甲虫))；皮蠹科(dermestidae)的红缘皮蠹(carpetbeetles)；来自叩甲科(elateridae)、金针虫属种(eleodesspp.)、梳爪叩头虫属种(melanotusspp.)、宽胸叩头虫属种(conoderusspp.)、柠檬苦素属种(limoniusspp.)、叩甲属种(agriotesspp.)、七星瓢虫属种(cteniceraspp.)、盲蝽属种(aeolusspp.)的铁线虫(wireworms)；来自小蠹科(scolytidae)的树皮甲虫(barkbeetles)和来自拟步甲科(tenebrionidae)的甲虫；菜豆萤叶甲(cerotomatrifurcate)(豆叶甲)；以及铁线虫。[0330]双翅目昆虫的成虫和幼虫包括潜叶虫美洲黍潜叶蝇(agromyzaparvicornisloew)(玉米潜叶蛾)；蠓(midges)(包括但不限于高梁瘿蚊(contariniasorghicola)科基莱特(coquillett)(高粱蠓)；黑森麦杆蝇(mayetioladestructor)赛伊(小麦瘿蚊)；麦红吸浆虫(sitodiplosismosellanagehin)(小麦吸浆虫)；向日葵籽瘿蚊子(neolasiopteramurtfeldtianafelt)(向日葵籽瘿蚊))；果蝇(fruitflies)(实蝇科(tephritidae))、瑞典麦秆蝇(oscinellafrit)林奈(fruitflies)；蛆(maggots)(包括但不限于：灰地种蝇(deliaplatura)梅根(meigen)(种蝇)；麦地种蝇(d.coarctatafallen)(冬作种蝇)和其他地种蝇属种(deliaspp.)、美州麦杆蝇(meromyzaamericana)菲奇(fitch)(美州麦杆蝇)；家蝇(muscadomestica)林奈(苍蝇)；黄腹厩蝇(fanniacanicularis)林奈、小家蝇(f.femoralis)施泰因(stein)(小家蝇)；厩螫蝇(stomoxyscalcitrans)林奈(厩蝇))；苍蝇(faceflies)、角蝇(hornflies)、丽蝇(blowflies)、金蝇属种(chrysomyaspp.)；伏蝇属种(phormiaspp.)和其他家蝇害虫、马蝇虻属种(horsefliestabanusspp.)；肤蝇胃蝇属种(botfliesgastrophilusspp.)；狂蝇属种(oestrusspp.)；牛蛆皮蝇属种(cattlegrubshypodermaspp.)；鹿蝇斑虻属种(deerflieschrysopsspp.)；蜱蝇属(melophagusovinus)林奈(凯兹(keds))和其他短角亚目(brachycera)、蚊虫伊蚊属种(mosquitoesaedesspp.)；按蚊属种(anophelesspp.)；库蚊属种(culexspp.)；黑色苍蝇原蚋属种(prosimuliumspp.)；蚋属种(simuliumspp.)；咬蠓、沙蝇、眼菌蚊(sciarids)和其他长角亚目。[0331]半翅目和同翅目昆虫的成虫和若虫，如(但不限于)来自球蚜科(adelgidae)的球蚜(adelgids)、来自盲蝽科(miridae)的盲蝽象(plantbugs)、来自蝉科(cicadidae)的蝉、叶蝉(leafhoppers)、微叶蝉属种(empoascaspp.)；来自大叶蝉科(cicadellidae)、来自菱飞融科(cixiidae)、蛾蜡蝉科(flatidae)、樗鸡总科(fulgoroidea)、瓢蜡蝉科(issidae)和飞虱科(delphacidae)的飞虱(planthoppers)、来自角蝉科(membracidae)的角蝉(treehoppers)、来自木融科(psyllidae)的木虱(psyllids)、来自粉虱科(aleyrodidae)的粉虱(whiteflies)、来自蚜科(aphididae)的蚜虫(aphids)、来自根瘤蚜科(phylloxeridae)的根瘤蚜(phylloxera)、来自粉蚧科(pseudococcidae)的水蜡虫(mealybugs)、来自介壳虫科(asterolecanidae)、蚧科(coccidae)、胭蚧科(dactylopiidae)、盾蚧科(diaspididae)、绒蚧科(eriococcidae)、旌蚧科(ortheziidae)、战蚧科(phoenicococcidae)和珠蚧科(margarodidae)的甲鳞(scales)、来自网蝽科(tingidae)的网椿(lacebugs)、来自蝽科(pentatomidae)的椿象(stinkbugs)、臭虫(cinchbugs)、土长蝽属种(blissusspp.)；和其他来自长蝽科(lygaeidae)的长蝽(seedbugs)、来自沫蝉科(cercopidae)的沫蝉(spittlebugs)、来自缘蝽科(coreidae)的南瓜虫(squashbugs)和来自红蝽科(pyrrhocoridae)的秋恙螨(redbugs)和棉椿象(cottonstainers)。[0332]来自同翅目昆虫的农学上至关重要的成员还包括但不限于：豌豆属(acyrthisiphonpisum)哈里斯(豌豆蚜)；豆蚜(aphiscraccivora)科克(koch)(豇豆蚜)；黑豆蚜(a.fabaescopoli)(黑豆蚜)；棉蚜(a.gossypii)格洛弗(glover)(棉蚜、瓜蚜)；玉米根蚜(a.maidiradicis)福尔贝斯(forbes)(玉米根蚜)；苹果蚜家具窍蠹(a.pomidegeer)(苹果蚜)；绣线菊蚜(a.spiraecola)帕奇(patch)(飞虱蚜虫)；马铃薯长须蚜(aulacorthumsolani)卡尔滕巴赫(kaltenbach)(指项花无网长管蚜)；草莓毛管蚜(chaetosiphonfragaefolii)克莱尔(cockerell)(草莓蚜)；麦双尾蚜(diuraphisnoxia)库尔久莫夫(kurdjumov)/莫尔德维尔科(mordvilko)小麦抗俄国蚜虫(russianwheataphid)；苹粉红劣蚜(dysaphisplantagineapaaserini)(苹粉红劣蚜)；苹果绵蚜(eriosomalanigerum)豪斯曼(hausmann)(苹绵蚜)；甘蓝蚜(brevicorynebrassicae)林奈(甘蓝蚜)；梅大尾蚜(hyalopteruspruni)乔弗瓦(geoffroy)(桃大尾蚜)；萝卜蚜(lipaphiserysimi)卡尔滕巴赫(菜缢管蚜)；谷物蚜(metopolophiumdirrhodum)沃克尔(谷物蚜)；大戟长管蚜(macrosiphumeuphorbiae)托马斯(thomas)(茄长管蚜)；桃蚜(myzuspersicae)苏尔寿(sulzer)(桃蚜、绿桃蚜)；莴苣蚜(nasonoviaribisnigri)莫斯利(mosley)(莴苣膨管蚜)；瘿绵蚜属种(pemphigusspp.)(根蚜和瘿蚜)；玉米蚜(rhopalosiphummaidisfitch)(玉米叶蚜)；禾谷缢管蚜(r.padi)林奈(禾谷缢管蚜)；麦二叉蚜(schizaphisgraminumrondani)(麦二叉蚜)；牛鞭草蚜(siphaflava)福尔贝斯(蔗黄伪毛蚜)；麦长管蚜(sitobionavenae)法布里休斯(长角麦蚜)；斑纹蚜(therioaphismaculata)巴克顿(buckton)(点样苜蓿蚜)；橘二岔蚜(toxopteraaurantiiboyerdefonscolombe)(黑色橘蚜)和桔二岔蚜(t.citricidakirkaldy)(棕橘蚜)；高粱蚜(melanaphissacchari)(甘蔗蚜)；球蚜属种(adelgesspp.)(球蚜)；长山核桃根瘤蚜(phylloxeradevastatrixpergande)(山核桃根瘤蚜)；烟粉虱(bemisiatabacigennadius)(烟草白粉虱、甘薯粉虱)；银叶粉虱(b.argentifoliibellows&perring)(银叶白粉虱)；柑桔粉虱(dialeurodescitri)阿什米德(ashmead)(柑橘白粉虱)；粉虱属(trialeurodesabutiloneus)(带翼白粉虱)和温室白粉虱(t.vaporariorumwestwood)(温室白粉虱)；蚕豆微叶蝉(empoascafabae)哈里斯(马铃薯微叶蝉)；灰飞虱(laodelphaxstriatellusfallen)(小灰飞虱)；紫菀叶蝉(macrolestesquadrilineatus)福斯贝斯(紫菀叶蝉)；黑尾叶蝉属(nephotettixcinticeps)尤勒(uhler)(大青叶蝉)；稻叶蝉(n.nigropictus)斯塔尔(stal)(稻叶蝉)；褐稻虱(nilaparvatalugens)斯塔尔(稻褐飞虱)；玉米飞虱(peregrinusmaidis)阿什米德(玉米飞虱)；白背飞虱(sogatellafurcifera)霍瓦斯(horvath)(白背飞虱)；稻飞虱(sogatodesorizicola)缪尔(muir)(稻飞虱)；苹白小叶蝉(typhlocybapomaria)麦卡蒂(mcatee)(苹白小叶蝉)；葡萄小叶蝉属种(erythroneouraspp.)(葡萄小叶蝉)；十七年蝉(magicicadaseptendecim)林奈(周期蝉)；吹绵蚧(iceryapurchasi)马斯克尔(maskell)(吹绵蚧)；齿盾蚧属(quadraspidiotusperniciosus)康斯托克(comstock)(梨圆蚧)；桔臀纹粉蚧(planococcuscitri)里索(risso)(桔粉蚧)；粉蚧属种(pseudococcusspp.)(其他粉蚧复合体)；梨木虱(cacopsyllapyricola)福尔斯特(foerster)(梨木虱)；柿木虱(triozadiospyri)阿什米德(柿木虱(persimmonpsylla))。[0333]来自半翅目昆虫的物种包括但不限于：喜绿蝽(acrosternumhilare)赛伊(绿椿象)；南瓜缘蝽家具窍蠹(anasatristisdegeer)(南瓜虫)；多毛长蝽(blissusleucopterusleucopterus)赛伊(麦长蝽)；棉网蝽(corythucagossypii)法布里休斯(棉网蝽)；番茄盲蝽(cyrtopeltismodestadistant)(番茄虫)；棉红蝽属(dysdercussuturellus)赫里希‑谢弗(herrich‑schaffer)(棉椿象)；美洲蝽属(euschistusservus)赛伊(褐臭蝽)；斑点臭虫(e.variolariuspalisotdebeauvais)(一个斑点臭虫)；长椿科物种(graptostethusspp.)(种虫复合体)；叶足松籽虫(leptoglossuscorculus)赛伊(叶足松籽虫)；牧草盲蝽(lyguslineolarispalisotdebeauvais)(无泽盲蝽)；豆荚草盲蝽(l.hesperus)奈特(knight)(西方无泽盲蝽)；草地虫(l.pratensis)林奈(普通草地虫)；牧草盲椿(l.rugulipennis)皮乌斯(poppius)(欧洲无泽盲蝽)；原丽盲蝽(lygocorispabulinus)林奈(普通绿色被囊体)；稻绿蝽(nezaraviridula)林奈(南方绿椿象)；美洲稻蝽(oebaluspugnax)法布里休斯(稻椿象)；乳草长蝽(oncopeltusfasciatus)达拉斯(达拉斯)(大乳粉蚧)；棉跳盲蝽(pseudatomoscelisseriatus)罗伊特(reuter)(棉花蚤斗)。[0334]半翅目昆虫如褐家鼠(calocorisnorvegicus)格梅林(gmelin)(草莓虫)；平原菟丝子(orthopscampestris)林奈；苹盲蝽(plesiocorisrugicollisfallen)(苹盲蝽)；盲蝽(cyrtopeltismodestusdistant)(番茄虫)；烟草黑斑盲蝽(cyrtopeltisnotatusdistant)(苍蝇)；白尾蟛蜞菊(spanagonicusalbofasciatus)罗伊特(带白色标记的跳蚤)；刺槐盲蝽(diaphnocorischlorionis)赛伊(刺槐盲蝽)；葱盲蝽(labopidicolaallii)奈特(葱盲蝽)；棉跳盲蝽(pseudatomoscelisseriatus)罗伊特(棉跳盲蝽)；苜蓿盲蝽(adelphocorisrapidus)赛伊(苜蓿褐盲蝽)；四线盲蝽(poecilocapsuslineatus)法布里休斯(四线叶虫)；麦长蝽(nysiusericae)席林(schilling)(谷长蝽)；菜青虫(nysiusraphanus)霍华德(howard)(谷长蝽)；稻绿蝽(nezaraviridula)林奈(南方绿椿象)；扁盾蝽属种(eurygasterspp.)；缘蝽科物种(coreidaespp.)；红蝽科物种(pyrrhocoridaespp.)；谷蛾科物种(tinidaespp.)；负蝽科物种(blostomatidaespp.)；猎椿科物种(reduviidaespp.)和臭虫科物种(cimicidaespp.)。[0335]蜱螨目(acari)(螨虫)的成虫和幼虫如郁金香瘿螨(aceriatosichella)凯弗(keifer)(卷叶螨)；麦岩螨(petrobialatens)穆勒(棕色麦岩螨)；叶螨科(tetranychidae)的叶螨和红螨、苹果红蜘蛛(panonychusulmi)科克(koch)(欧洲红蜘蛛)；棉叶螨(tetranychusurticae)科克(二斑叶螨)；(麦克丹尼尔螨(t.mcdanieli)麦格雷戈(mcgregor)(麦克丹尼尔螨)；朱砂叶螨(t.cinnabarinus)博伊斯杜瓦(朱砂叶螨)；土耳其斯坦叶螨(t.turkestani)乌加罗夫(ugarov)&尼科尔斯基(nikolski)(草莓蛛螨)；细须螨科(tenuipalpidae)的扁平螨、短须螨属(brevipalpuslewisi)麦格雷戈(橘扁平螨)；瘿螨科(eriophyidae)的锈病和芽螨以及其他叶取食螨和在人和动物健康中至关重要的螨，即，表皮螨科(epidermoptidae)中的尘螨、蠕形螨科(demodicidae)中的滤泡螨、甜食螨科(glycyphagidae)中的粉粒螨、硬蜱科(ixodidae)中的扁虱(ticks)。肩突硬蜱(ixodesscapularis)赛伊(鹿蜱)；全环硬蜱(i.holocyclus)纽曼(neumann)(澳大利亚麻痹蜱)；变异革蜱(dermacentorvariabilis)赛伊(美洲犬蜱)；美洲花蜱(amblyommaamericanum)林奈(孤星蜱)，以及痒螨科(psoroptidae)、蒲螨科(pyemotidae)和疥螨科(sarcoptidae)的痂痒螨。[0336]缨尾目昆虫害虫，如衣鱼(lepismasaccharina)林奈(衣鱼)；斑衣鱼(thermobiadomestica)帕卡德(packard)(家衣鱼)。[0337]额外节肢动物害虫包括：蜘蛛目(araneae)的蜘蛛，如褐皮花蛛(loxoscelesreclusa)格雷奇(gertsch)和穆拉克(mulaik)(褐色蜘蛛)以及黑寡妇蜘蛛(latrodectusmactans)法布里休斯(黑寡妇球腹蛛)和蚰蜒目(scutigeromorpha)的蜈蚣，如蚰蜒蚰蜒(scutigeracoleoptrata)林奈(家蜈蚣)。[0338]臭虫和其他相关昆虫的超家族，包括但不限于属于蝽科(pentatomidae)的物种(稻绿蝽(nezaraviridula)、茶翅蝽(halyomorphahalys)、壁蝽(piezodorusguildini)、美洲蝽(euschistusservus)、喜绿蝽(acrosternumhilare)、美州蝽(euschistusheros)、美洲蝽(euschistustristigmbts)、喜绿蝽、黄纹蝽(dichelopsfurcatus)、翎虱(dichelopsmelacanthus)和菘蝽(bagradahilaris)(菘虫))、龟蝽科(plataspidae)的物种(筛豆龟蝽(megacoptacribraria)‑豆龟蝽)和土蝽科(cydnidae)的物种(板栗壳(scaptocoriscastanea)‑ꢀ椿象)，以及鳞翅目物种，包括但不限于：小菜蛾例如谷实夜蛾(helicoverpazeaboddie)；大豆尺蠖，例如大豆夜蛾沃克尔(pseudoplusiaincludenswalker)，和黎豆毛虫(velvetbeancaterpillar)，例如黎豆夜蛾胡贝尔(anticarsiagemmatalishubner)。[0339]线虫包括寄生线虫(parasiticnematodes)，如根结线虫(root‑knot)、包囊(cyst)和根腐线虫(lesionnematodes)，包括异皮线虫属种(heteroderaspp.)、根结线虫属种(meloidogynespp.)和球胞囊线虫属种(globoderaspp.)；尤其胞囊线虫(cystnematodes)的成员，包括但不限于大豆异皮线虫(heteroderaglycines)(大豆孢囊线虫)；甜菜胞囊线虫(heteroderaschachtii)(甜菜包囊线虫)；禾谷孢囊线虫(heteroderaavenae)(谷类包囊线虫)，和马铃薯球胞囊线虫(globoderarostochiensis)和球胞囊线虫属(globoderapailida)(马铃薯胞囊线虫)。根腐线虫包括草地垫刃线虫属种(pratylenchusspp.)。[0340]包含农药和本公开的微生物的农药组合物[0341]如前所述，可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与一种或多种农药组合。农药可包括除草剂、杀虫剂、杀真菌剂、杀线虫剂等。[0342]在一些实施方案中，农药/微生物组合可以以组合物形式施加并且可与其他化合物同时或依次施加至待处理的作物区域或植物。这些化合物可以是肥料、除草剂、低温保护剂、表面活性剂、清洁剂、杀虫皂、休眠油、聚合物和/或时间释放或生物可降解的载体制剂，其允许在单次施加制剂之后长期给予目标区域。其还可以是选择性除草剂、化学杀虫剂、杀病毒剂、杀微生物剂、抗阿米巴药(amoebicide)、农药、杀真菌剂、杀菌剂、杀线虫剂、杀软体动物剂或这些制剂中的数种的混合物(如果需要)，以及制剂领域中通常采用的其他农业上可接受的载体、表面活性剂或施用促进佐剂。合适的载体(即农业上可接受的载体)和佐剂可以是固体或液体并且对应于配制技术中通常采用的物质，例如天然或再生矿物质、溶剂、分散剂、湿润剂、粘着剂、增粘剂、粘合剂或肥料。同样地，可将制剂制备成可食用的诱饵或形成到害虫捕集器中，以允许目标害虫食用或摄入杀虫制剂。[0343]可与本公开的微生物组合的示例性化学组合物包括：[0344]果实/蔬菜除草剂：莠去津(atrazine)、除草定(bromacil)、敌草隆(diuron)、草甘膦(glyphosate)、利谷隆(linuron)、赛克津(metribuzin)、西玛津(simazine)、氟乐灵(trifluralin)、吡氟禾草灵(fluazifop)、草铵膦(glufosinate)、卤磺隆春白菊(halosulfurongowan)、百草枯(paraquat)、拿草特(propyzamide)、烯禾啶(sethoxydim)、氟丙嘧草酯(butafenacil)、氯吡嘧磺隆(halosulfuron)、茚嗪氟草胺(indaziflam)；果实/蔬菜杀虫剂：涕灭威(aldicarb)、苏云金芽孢杆菌(bacillusthuringiensis)、甲萘威(carbaryl)、克百威(carbofuran)、毒死蜱(chlorpyrifos)、氯氰菊酯(cypermethrin)、溴氰菊酯(deltamethrin)、二嗪磷(diazinon)、马拉硫磷(malathion)、害极灭(abamectin)、氟氯氰菊酯/β氟氯氰菊酯(cyfluthrin/betacyfluthrin)、来福灵(esfenvalerate)、λ‑三氟氯氰菊酯(lambda‑cyhalothrin)、灭螨醌(acequinocyl)、联苯肼酯(bifenazate)、甲氧虫酰(methoxyfenozide)、氟酰脲(novaluron)、环虫酰肼(chromafenozide)、噻虫啉(thiacloprid)、呋虫胺(dinotefuran)、嘧螨酯(fluacrypyrim)、唑虫酰胺(tolfenpyrad)、噻虫胺(clothianidin)、螺螨酯(spirodiclofen)、γ‑氯氟氰菊(gamma‑cyhalothrin)、螺螨甲酯(spiromesifen)、多杀霉素(spinosad)、氯虫酰胺(rynaxypyr)、溴氰虫酰胺(cyazypyr)、爱绿士(spinotoram)、杀铃脲(triflumuron)、螺虫乙酯(spirotetramat)、吡虫啉(imidacloprid)、氟苯虫酰胺(flubendiamide)、硫双威(thiodicarb)、氰氟虫腙(metaflumizone)、氟啶虫胺腈(sulfoxaflor)、丁氟螨酯(cyflumetofen)、腈吡螨酯(cyanopyrafen)、吡虫啉(imidacloprid)、噻虫胺(clothianidin)、噻虫嗪(thiamethoxam)、爱绿士、硫双威、氟啶虫酰胺(flonicamid)、甲硫威(methiocarb)、甲氨基阿维菌素(emamectinbenzoate)、茚虫威(indoxacarb)、强力霉素(forthiazate)、苯线磷(fenamiphos)、硫线磷(cadusaphos)、吡丙醚(pyriproxifen)、苯丁锡(fenbutatinoxide)、己噻唑(hexthiazox)、灭多威(methomyl)、4‑[[(6‑氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑2(5h)‑酮；果实蔬菜杀真菌剂：多菌灵(carbendazim)、嘧菌酯(chlorothalonil)、ebdc、硫磺(sulphur)、甲基硫菌灵(thiophanate‑methyl)、嘧菌酯(azoxystrobin)、霜脲氰(cymoxanil)、氟啶胺(fluazinam)、乙膦酸(fosetyl)、异菌脲(iprodione)、醚菌酯(kresoxim‑methyl)、甲霜灵/精甲霜灵(metalaxyl/mefenoxam)、肟菌酯(trifloxystrobin)、噻唑菌胺(ethaboxam)、丙森锌(iprovalicarb)、肟菌酯(trifloxystrobin)、环酰菌胺(fenhexamid)、富马酸氧氟沙星(oxpoconazolefumarate)、氰霜唑(cyazofamid)、咪唑菌酮(fenamidone)、苯酰菌胺(zoxamide)、啶氧菌酯(oxaziclomefone)、吡嘧磺隆(pyrazosulfuron)、稗草丹(pyributicarb)、二氯喹啉酸(quinclorac)、禾草丹(thiobencarb)、茚草酮(indanofan)、氟噻草胺(flufenacet)、四唑酰草胺、氯吡嘧磺隆(halosulfuron)、噁嗪草酮(oxaziclomefone)、苯并双环酮(benzobicyclon)、环酯草醚(pyriftalid)、平速烂(penoxsulam)、双草醚(bispyribac)、丙炔噁草酮(oxadiargyl)、乙氧嘧磺隆(ethoxysulfuron)、丙草胺(pretilachlor)、甲基磺草酮(mesotrione)、特呋喃隆(tefuryltrione)、噁二唑(oxadiazone)、噁唑禾草灵、嘧啶硫蕃(pyrimisulfan)；水稻杀虫剂：二嗪磷(diazinon)、杀螟硫磷(fenitro‑thion)、仲丁威(fenobucarb)、久效磷(monocrotophos)、丙硫克百威(benfuracarb)、噻嗪酮(buprofezin)、呋虫胺、氟虫腈、吡虫啉、异丙威(isoprocarb)、噻虫啉、环虫酰肼、噻虫啉、呋虫胺、噻虫胺、乙虫清、氟苯虫酰胺(flubendiamide)、氯虫酰胺、溴氰菊酯、啶虫脒、噻虫嗪、溴氰虫酰胺、多杀霉素、爱绿士、因灭汀‑苯甲酸盐(emamectin‑ꢀbenzoate)、氯氰菊酯、毒死蜱、杀螟丹(cartap)、甲胺磷、醚菊酯(etofen‑prox)、三唑磷(triazophos)、4‑[[(6‑氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑2(5h)‑酮、克百威、丙硫克百威(benfuracarb)；水稻杀真菌剂：甲基硫菌灵、嘧菌酯、环丙酰菌胺(carpropamid)、敌瘟磷(edifenphos)、嘧菌腙(ferimzone)、异稻瘟净(iprobenfos)、稻瘟灵(isoprothiolane)、戊菌隆(pencycuron)、烯丙苯噻唑(probenazole)、咯喹酮(pyroquilon)、三环唑(tricyclazole)、三氟敏、双氯氰菌胺(diclocymet)、稻瘟酰胺(fenoxanil)、硅氟唑(simeconazole)、噻酰菌胺(tiadinil)；[0348]棉花除草剂：敌草隆、氟草隆(fluometuron)、msma、乙氧呋草醚(oxyfluorfen)、扑草净(prometryn)、氟乐灵、唑草酮(carfentrazone)、烯草酮(clethodim)、稳杀得(fluazifop‑butyl)、草甘膦、达草灭(norflurazon)、二甲戊灵(pendimethalin)、嘧草硫醚(pyrithiobac‑sodium)、三氟啶磺隆(trifloxysulfuron)、吡喃草酮(tepraloxydim)、草铵膦、丙炔氟草胺(flumioxazin)、噻苯隆(thidiazuron)；棉花杀虫剂：乙酰甲硫磷(acephate)、涕灭威、毒死蜱、氯氰菊酯、溴氰菊酯、马拉硫磷、久效磷、害极灭、啶虫脒、甲氨基阿维菌素、吡虫啉、茚虫威、λ‑三氟氯氰菊酯、多杀霉素、硫双威、γ‑三氟氯氰菊酯、螺螨甲酯、啶虫丙醚、氟啶虫酰胺、氟苯虫酰胺、杀铃脲、氯虫酰胺、b‑氟氯氰菊酯(beta‑cyfluthrin)、螺虫乙酯、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、呋虫胺、氟苯虫酰胺、溴氰虫酰胺、多杀霉素、爱绿士、γ三氟氯氰菊酯(gammacyhalothrin)、4‑[[(6氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑2(5h)‑酮、硫双威、阿维菌素、氟啶虫酰胺、氟啶虫酰胺(pyridalyl)、螺螨甲酯、氟啶虫胺腈、丙溴磷(profenophos)、三唑磷(thriazophos)、硫丹(endosulfan)；棉花杀真菌剂：土菌灵(etridiazole)、甲霜灵、五氯硝基苯(quintozene)；[0349]大豆除草剂：甲草胺、灭草松(bentazone)、氟乐灵、氯嘧磺隆(chlorimuron‑ꢀethyl)、氯酯磺草胺(cloransulam‑methyl)、精噁唑禾草灵、氟磺胺草醚(fomesafen)、苄草丹(flua‑zifop)、草甘膦、甲氧咪草烟(imazamox)、灭草喹(imazaquin)、咪草烟(imazethapyr)、(s‑)异丙甲草胺((s‑)metolachlor)、赛克津、二甲戊灵、吡喃草酮、草铵膦；大豆杀虫剂：λ‑三氟氯氰菊酯(lambda‑cyhalothrin)、灭多威(methomyl)、对硫磷(parathion)、硫威(thiocarb)、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、氟苯虫酰胺、氯虫酰胺、溴氰虫酰胺、多杀霉素、爱绿士、因灭汀‑苯甲酸盐、氟虫睛、乙虫腈、溴氰菊酯、β‑氟氯氰菊酯、γ/λ氯氟氰菊、4‑[[(6‑氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑2(5h)‑酮、螺虫乙酯、多杀菌素、杀铃脲、氟啶虫酰胺、硫双威、β‑氟氯氰菊酯；大豆杀真菌剂：嘧菌酯、环丙唑醇、氟环唑、粉唑醇(flutriafol)、吡唑醚菌酯、戊唑醇、三氟敏、丙硫菌唑、四氟醚唑(tetraconazole)；[0350]甜菜除草剂：杀草敏(chloridazon)、甜菜安(desmedipham)、乙氧呋草磺(ethofumesate)、敌菜宁(phenmedipham)、野麦畏(triallate)、二氯吡啶酸、吡氟禾草灵、环草定(lenacil)、苯嗪草酮(metamitron)、喹草酸(quinmerac)、噻草酮(cycloxydim)、氟胺磺隆(triflusulfuron)、吡喃草酮(tepraloxydim)、喹禾灵(quizalofop)；甜菜杀虫剂：吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、溴氰菊酯、β‑氟氯氰菊、γ/λ氯氟氰菊、4‑[[(6‑氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑ꢀ2(5h)‑酮、七氟菊酯、氯虫酰胺、甲霜灵(cyaxypyr)、氟虫睛、克百威；[0351]芥花除草剂：二氯吡啶酸、二氯苯氧基苯氧基丙酸、吡氟禾草灵、草铵膦、草甘膦、吡唑草胺(metazachlor)、氟乐灵胺苯磺隆(trifluralinethametsulfuron)、喹草酸、喹禾灵、烯草酮、吡喃草酮；芥花杀真菌剂：嘧菌酯、多菌灵、咯菌腈(fludioxonil)、异菌脲、咪鲜胺(prochloraz)、乙烯菌核利(vinclozolin)；芥花杀虫剂：克百威有机磷农药(carbofuranorganophos‑phates)、拟除虫菊酯(pyrethroids)、噻虫啉、溴氰菊酯、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、啶虫脒、呋喃(dineto‑furan)、β‑氟氯氰菊酯、γ/λ氯氟氰菊、氟戊酸酯(tau‑fluvaleriate)、乙虫腈、多杀霉素、爱绿士、氟苯虫酰胺、氯虫酰胺、溴氰虫酰胺、4‑[[(6‑氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑2(5h)‑酮。[0352]包含杀虫剂和本公开的微生物的杀虫组合物[0353]如前所述，可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与一种或多种杀虫剂组合。[0354]在一些实施方案中，杀虫组合物可包含于本文所阐述的组合物中，并且可与其他化合物同时或依次施加至植物或其部分。杀虫剂包括碳酸铵、含水硅酸钾、硼酸、硫酸铜、元素硫、石灰硫、蔗糖辛酸酯、4‑[[(6‑氯吡啶‑3‑基)甲基](2，2‑二氟乙基)氨基]呋喃‑2(5h)‑酮、阿维菌素(abamectin)、鱼藤酮(notenone)、喹螨醚(fenazaquin)、唑螨酯(fenpyroximate)、哒螨灵(pyridaben)、嘧螨醚(pyrimedifen)、吡螨胺(tebufenpyrad)、唑虫酰胺(tolfenpyrad)、乙酰甲硫磷(acephate)、甲氨基阿维菌素(emamectinbenzoate)、雷皮菌素(lepimectin)、弥拜菌素(milbemectin)、氢化苯乙烯(hdroprene)、烯虫炔酯(kinoprene)、烯虫酯(methoprene)、苯氧威(fenoxycarb)、蚊蝇醚(pyriproxyfen)、甲基溴和其他烷基卤化物、氟糠基氟化物、氯化苦(chloropicrin)、硼砂(borax)、氧化硼钠(disodiumoctaborate)、硼酸钠(sodiumborate)、偏硼酸钠(sodiummetaborate)、吐酒石(tartaremetic)、棉隆(dazomet)、威百亩(metam)、吡蚜酮(pymetrozine)、氟虫吡喹(pyrifluquinazon)、氟芬特嗪(flofentezine)、氟螨嗪(diflovidazin)、噻螨酮(hexythiazox)、联苯肼酯、噻虫嗪、吡虫啉、唑螨酯、印楝素(azadirachtin)、氯菊酯(permethrin)、来福灵、啶虫脒、联苯菊酯(bifenthrin)、茚虫威(indoxacarb)、印楝素、除虫菊素(pyrethrin)、吡虫啉、β‑氟氯氰菊酯、治螟磷(sulfotep)、丁基嘧啶磷(tebupirimfos)、双硫磷(temephos)、特丁硫磷(terbufos)、杀虫畏(tetrachlorvinphos)、甲基乙拌磷(thiometon)、三唑磷、棉铃威(alanycarb)、涕灭威、噁虫威(bendiocarb)、免扶克(benfluracarb)、丁酮威(butocarboxim)、丁酮砜威(butoxycarboxim)、甲萘威、克百威、丁硫克百威(carbosulfan)、乙硫苯威(ethiofencarb)、仲丁威(fenobucarb)、伐虫脒(formetanate)、呋线威(furathiocarb)、异丙威、甲硫威、甲基戊基(methymyl)、速灭威(metolcarb)、杀线威(oxamyl)、抗蚜威(primicarb)、残杀威(propoxur)、硫双威(thiodicarb)、久效威(thiofanox)、唑蚜威(triazamate)、混杀威(trimethacarb)、xmc、灭杀威(xylylcarb)、乙酰甲硫磷、甲基吡啶磷(azamethiphos)、益棉磷(azinphos‑ethyl)、保棉磷(azinphos‑methyl)、硫线磷(cadusafbs)、氯氧菌酯(chlorethoxyfox)、敌百虫(trichlorfon)、蚜灭磷(vamidothion)、氯丹(chlordane)、硫丹、乙虫腈、氟虫睛、氟丙菊酯(acrinathrin)、烯丙菊酯(allethrin)、联苯菊酯、生物丙烯菊酯(bioallethrin)、生物丙烯醚x‑环戊烯基(bioalletherinx‑cyclopentenyl)、苄呋菊酯(bioresmethrin)、环氯菊酯(cyclorothrin)、氟氯氰菊酯、三氟氯氰菊酯、氯氰菊酯、苯醚氰菊酯(cyphenothrin)[(1r)‑反式异构体]、溴氰菊酯、右旋烯炔菊酯(empenthrin)[(ez)‑(1r)‑异构体]、来福灵(esfenvalerate)、醚菊酯(etofenprox)、甲氰菊酯(fenpropathrin)、氰戊菊酯(fenvalerate)、氟氰戊菊酯(flucythrinate)、氟氯苯菊酯(flumethrin)、苄螨醚(halfenprox)、白消安(kadathrin)、苯醚菊酯[(1r)‑反式异构体]炔丙菊酯(prallethrin)、除虫菊素(pyrethrins)除虫菊(pyrethrum)、苄呋菊酯(resmethrin)、氟硅菊酯(silafluofen)、七氟菊酯、胺菊酯(tetramethrin)、胺菊酯[(1r)‑异构体]、四溴菊酯(tralomethrin)、四氟菊酯(transfluthrin)、α‑氯氰菊酯、β‑氟氯氰菊酯、β‑氯氰菊酯(beta‑cypermethrin)、d‑顺式‑ꢀ反式丙烯菊酯、d‑反式丙烯菊酯、γ‑三氟氯氰菊酯、λ‑三氟氯氰菊酯(1amda‑ꢀcyhalothrin)、tau‑氟胺氰菊酯(tau‑fluvalinate)、θ‑氯氰菊酯(theta‑cypermethrin)、ζ‑氯氰菊酯(zeta‑cypermethrin)、甲氧滴滴涕(methoxychlor)、尼古丁(nicotine)、氟啶虫胺腈、啶虫脒、噻虫胺、呋虫胺、吡虫啉、烯啶虫胺(nitenpyram)、噻虫啉(thiacloprid)、噻虫嗪(thiamethoxan)、特布氨磷(tebuprimphos)、β‑氟氯氰菊酯(beta‑cyfluthrin)、噻虫胺、氟啶虫酰胺、氟蚁腙(hydramethylnon)、双甲脒(amitraz)、氟苯虫酰胺、氯虫酰胺、λ氯氟氰菊、多杀霉素、γ三氟氯氰菊酯、球孢白僵菌(beauveriabassiana)、辣椒油树脂提取物(capsicumoleoresinextract)、大蒜油(garlicoil)、甲萘威、毒死蜱、氟啶虫胺腈(sulfoxaflor)、λ‑氯氟氰菊、毒虫畏(chlorfenvinphos)、毒死蜱(chlormephos)、毒死蜱(chlorpyrifos)、甲基毒死蜱(chlorpyrifos‑methyl)、蝇毒磷(coumaphos)、杀螟腈(cyanophos)、内吸磷‑s‑甲基(demeton‑s‑methyl)、二嗪磷(diazinon)、敌敌畏(dichlorvos/ddvp)、百治磷(dicrotophos)、乐果(dimethoate)、甲基毒虫畏(dimethylvinphos)、乙拌磷(disulfoton)、epn、乙硫磷(ethion)、灭线磷(ethoprophos)、伐灭磷(famphur)、苯线磷、杀螟硫磷(fenitrothion)、倍硫磷(fenthion)、噻唑磷(fosthiazate)、庚烯磷(heptenophos)、烟碱硫磷(imicyafos)、异柳磷(isofenphos)、异丙基o‑(甲氧基氨基硫代‑磷酰基)水杨酸酯、噁唑磷、马拉硫磷、灭蚜磷(mecarbam)、甲胺磷(methamidophos)、杀扑磷(methidathion)、速灭磷(mevinphos)、久效磷、二溴磷(naled)、氧乐果(omethoate)、亚砜磷(oxydemeton‑methyl)、对硫磷、甲基对硫磷(parathion‑methyl)、稻丰散(phenthoate)、甲拌磷(phorate)、伏杀硫磷(phosalone)、亚胺硫磷(phosmet)、磷胺(phosphamidon)、辛硫磷(phoxim)、甲基嘧啶磷(pirimiphos‑ꢀmethyl)、丙溴磷(profenofos)、胺丙畏(propetamphos)、丙硫磷(prothiofos)、吡唑硫磷(pyraclofos)、哒嗪硫磷(pyridaphenthion)、喹硫磷(quinalphos)、嘧螨酯(fluacrypyrim)、虫酰肼(tebufenozide)、氯虫苯甲酰胺、苏云金芽孢杆菌库尔斯塔克亚种(bacillusthuringiensissubs.kurstaki)、特丁硫磷、矿物油、甲氰菊酯、间醛(metaldehyde)、溴氰菊酯、二嗪磷、乐果、除虫脲(diflubenzuron)、蚊蝇醚、迷迭香油(reosemaryoil)、薄荷油(peppermintoil)、香叶醇(geraniol)、印楝素、增效醚(piperonylbutoxide)、氰虫酰胺(cyantraniliprole)、α氯氰菊酯(alphacypermethrin)、七氟菊酯、吡蚜酮、马拉硫磷、苏云金芽孢杆菌以色列亚种(bacillusthuringiensissubsp.israelensis)、三氯杀螨醇(dicofol)、溴螨酯(bromopropylate)、苯螨特(benzoximate)、印楝素、氟啶虫酰胺、大豆油、微藻色杆菌菌株(chromobacteriumsubtsugaestrain)praa4‑1、ζ氯氰菊酯(zetacypermethrin)、亚胺硫磷、甲氧虫酰(methoxyfenozide)、石蜡油(paraffinicoil)、螺虫乙酯、灭多威、绿僵菌菌株(metarhiziumanisopliaestrain)f52、灭线磷(ethoprop)、三氯杀螨砜(tetradifon)、炔螨特(propargite)、苯丁锡(fenbutatinoxide)、三唑锡(azocyclotin)、三唑锡、三环锡(cyhexatin)、丁醚脲(diafenthiuron)、球形芽孢杆菌(bacillussphaericus)、乙螨唑(etoxazole)、氟吡菌酮(flupyradifurone)、印楝素、球孢白僵菌、丁氟螨酯(cyflumetofen)、印楝素、灭螨猛(chinomethionat)、乙酰甲硫磷、玫烟色靛红阿波普卡菌株(isariafumosoroseaapopkastrain)97、十水四硼酸钠、甲氨基阿维菌素、冰晶石、乙基多杀菌素(spinetoram)、土荆芥(chenopodiumambrosioides)提取物、氟酰脲(novaluron)、呋虫胺、甲萘威、灭螨醌(acequinocyl)、氟吡菌酮、磷酸铁、高岭土、噻嗪酮(buprofezin)、灭蝇胺(cyromazine)、环虫酰肼(chromafenozide)、氯虫酰肼(halofenozide)、甲氧虫酰、虫酰肼、(bistrifluron)、氟啶脲(chlorfiuazuron)、除虫脲、氟螨脲(flucycloxuron)、氟虫脲(flufenoxuron)、氟铃脲(hexaflumuron)、虱螨脲(lufenuron)、诺卡龙(nocaluron)、多氟脲(noviflumuron)、氟苯脲(teflubenzuron)、杀铃脲(triflumuron)、杀虫磺(bensultap)、杀螟丹(cartaphydrochloride)、杀虫环(thiocyclam)、杀虫双(thiosultap‑sodium)、dnoc、虫螨腈(chlorfenapyr)、磺酰胺(sulfuramid)、甲拌磷(phorate)、唑虫酰胺、氟啶虫胺腈、印楝油(neemoil)、苏云金芽孢杆菌柔嫩亚种菌株(bacillusthuringiensissubsp.tenebrionisstrain)sa‑10、灭蝇胺(cyromazine)、热杀死伯克霍尔德菌属种(heat‑killedburkholderiaspp.)、氰虫酰胺、腈吡螨酯(cyenopyrafen)、丁氟螨酯、氰化钠、氰化钾、氰化钙、磷化铝、磷化钙、磷化氢、磷化锌、螺碘苯(spriodiclofen)、螺甲螨酯、(spirotetramat)、氰氟虫腙(metaflumizone)、氟苯虫酰胺、吡氟酰胺(pyflubumide)、杀线威、苏云金芽孢杆菌亚莎华亚种(bacillusthuringiensissubsp.aizawai)、乙螨唑和来福灵[0355]表9.可与本公开的微生物组合的与各种作用模式相关的示例性杀虫剂[0356][0357][0358][0359][0360][0361][0362][0363]表10.可与本公开的微生物组合的示例性农药列表[0364][0365][0366][0367][0368][0369][0370][0371][0372][0373][0374][0375][0376][0377][0378][0379][0380][0381][0382][0383][0384][0385]杀虫剂还包括增效剂或激活剂，其本身不被视为有毒或杀虫剂，但其是与杀虫剂一起用以协同作用或增强杀虫剂活性的材料。增效剂或激活剂包括胡椒基丁醚。[0386]生物合理的农药[0387]杀虫剂可以是生物合理的，或也可称为生物农药或生物性农药。生物合理是指对特定目标害虫具有不利或致死作用的天然来源的任何物质(或类似天然来源的物质的人造物质)，例如昆虫、杂草、植物疾病(包括线虫)和脊椎动物害虫具有独特作用模式，对人类、家养植物和动物是无毒的，并且对野生动物和环境具有极少或无不利影响。[0388]生物合理的杀虫剂(或生物农药或生物性农药)可分组为：(1)生物化学物质(激素、酶、信息素和天然试剂，如昆虫和植物生长调节剂)、(2)微生物(病毒、细菌、真菌、原虫和线虫)或(3)植物掺入保护剂(pip)‑主要为转基因植物，例如bt玉米。[0389]生物农药或生物性农药可广泛地包括由活微生物体或天然产品制造并且为控制植物害虫而出售的药剂。生物农药可以是：微生物体、生物化学物质和化学信息素。生物农药还可包括肽、蛋白质和核酸，如双链dna、单链dna、双链rna、单链rna和夹层dna或rna。[0390]细菌、真菌、卵菌纲、病毒和原生动物都用于昆虫害虫的生物控制。最广泛使用的微生物生物农药是昆虫病原性细菌苏云金芽孢杆菌(bt)，其在细菌孢子形成期间产生蛋白质晶体(btδ‑内毒素)，所述细菌孢子形成在被易感昆虫食用时能够引起肠细胞裂解。微生物bt生物农药由细菌孢子和δ‑内毒素晶体组成，在发酵罐中大量生产并配制成可喷雾产品。bt不伤害脊椎动物并且对人、有益的生物体和环境是安全的。因此，bt喷雾剂是用于水果和蔬菜作物的害虫管理的生长策略，其中它们的高水平选择性和安全性被认为是合乎需要的，并且其中对合成化学杀虫剂的抗性是一个问题。还已在例如玉蜀黍、大豆和棉花的商品作物上使用喷雾剂，但随着植物的基因修饰的出现，农民正不断种植bt转基因作物品种。[0391]其他微生物杀虫剂包括基于昆虫病原性杆状病毒的产品。对节肢动物具有致病性的杆状病毒属于病毒科并且具有包装到核衣壳中的大圆形、共价封闭和双链dna基因组。从鳞翅目、膜翅目和双翅目昆虫中鉴定了超过700种杆状病毒。病毒通常对其宿主昆虫具有高度特异性，并且因此对环境、人类、其他植物和有益的生物体是安全的。超过50种杆状病毒产品已经用于控制全世界的不同昆虫害虫。在美国和欧洲，苹果蠹蛾颗粒体病毒(cydiapomonellagranulovirus，cpgv)被用作对抗苹果上的苹果蠹蛾的泛滥性生物农药。作为美国最大的苹果生产地，华盛顿州在13％的苹果作物上使用cpgv。在巴西，在1990年代中期，在高达4百万公顷(大约35％)的大豆作物上使用大豆毛虫黎豆夜蛾(anticarsiagemmatalis)。病毒(如(certisusa))可用于控制实夜蛾属(heliothis)和铃夜蛾属(helicoverpa)物种的幼虫。[0392]已开发至少170种基于昆虫病原真菌的不同生物农药产品以用于防治温室作物中的至少五种昆虫和螨、水果和田间蔬菜以及商品作物。大部分产品是基于子囊菌球孢白僵菌(beauveriabassiana)或黑僵菌(metarhiziumanisopliae)。还已经开发了黑僵菌(m.anisopliae)为了控制非洲和澳大利亚的蝗虫和蚱蜢，并且由联合国粮农组织(foodandagricultureorganizationoftheunitednations，fao)推荐用于管控蝗虫。[0393]美国登记的多种微生物农药列举于kabaluk等人2010(kabaluk，j.t.等人(编辑).2010.theuseandregulationofmicrobialpesticidesinrepresentativejurisdictionsworldwide.iobcglobal.第99页)的表16中，并且在所选国家登记的微生物农药举于hoeschle‑zeledon等人2013(hoeschle‑zeledon，i.，p.neuenschwanderandl.kumar.(2013).regulatorychallengesforbiologicalcontrol.sp‑ipmsecretariat，internationalinstituteoftropicalagriculture(iita)，ibadan，nigeria.第43页)的附录4中，所述文献各自以引用方式整体并入本文。[0394]植物产生广泛多种次级代谢物，阻止食草动物取食。这些次级代谢物中的一些可用作生物农药。其包括例如除虫菊素，其是由除虫菊(chrysanthemumcinerariaefolium)产生的快速作用的杀虫化合物。其具有低哺乳动物毒性但在施加之后快速降解。此短暂的持续促使合成除虫菊酯(拟除虫菊酯)的开发。最广泛使用的植物化合物是印楝油，一种从印楝(azadirachtaindica)的种子提取的杀虫化学物质。两种高度活性农药可基于通过土壤放线菌合成的次级代谢物获得，但其已由监管机构评估为其是否为合成化学农药。多杀霉素是来自刺糖多孢菌(saccharopolysporaspinosa)的两种大环内酯化合物的混合物。其具有极低的哺乳动物毒性并且残余物在田间中快速降解。农民和种植者在1997年引入后广泛使用它，但抗性已经在一些重要的害虫(如西花蓟马(westernflowerthrips))中发展。阿维菌素是由除虫链霉菌(streptomycesavermitilis)产生的大环内酯化合物。其针对一系列害虫物种具有活性，但也对它产生了抗性，例如，在叶螨(tetranychidmites)中。[0395]已发现来自多种生物体的肽和蛋白质具有农药特性。可能最重要的是来自蜘蛛毒液的肽(king，g.f.和hardy，m.c.(2013)spider‑venompeptides：structure，pharmacology，andpotentialforcontrolofinsectpests.annu.rev.entomol.58：475‑496)。蜘蛛毒液肽中二硫键的独特排列使其对蛋白酶具有极高抗性。结果，这些肽在昆虫肠道和血淋巴中高度稳定，并且其中的许多是口服活性的。肽靶向昆虫神经系统中的广泛范围的受体和离子通道。杀虫肽的其他实例包括：作用于电压门控na 通道的海葵毒液(seaanemonevenom)(bosmans，f.和tytgat，j.(2007)seaanemonevenomasasourceofinsecticidalpeptidesactingonvoltage‑gatedna channels.toxicon.49(4)：550‑560)；来自豆科种子的对几种害虫如蚊虫、一些蚜虫和谷类象鼻虫具有致死活性的pa1b(豌豆白蛋白1，副族b)肽(eyraud，v.等人(2013)expressionandbiologicalactivityofthecystineknotbioinsecticidepa1b(peaalbumin1subunitb).plosone8(12)：e81619)；和通过酶水解易感昆虫内的洋刀豆(canavaliaensiformis)(刀豆(jackbean))脲酶产生的内部10kda肽(martinelli，a.h.s.，等人(2014)structure‑functionstudiesonjaburetox，arecombinantinsecticidalpeptidederivedfromjackbean(canavaliaensiformis)urease.biochimicaetbiophysicaacta1840：935‑944)。市售肽杀虫剂的实例包括用于处理温室中的蔬菜和观赏性植物中的蓟马的speartm‑t、用于控制科罗拉多马铃薯甲虫(coloradopotatobeetle)的speartm‑p和用于保护作物免于鳞翅目害虫的speartm‑c(vestaroncorporation，kalamazoo，mi)。来自黑胸败血菌(bacillusbombysepticus)的新颖杀虫蛋白，称为伴孢晶体毒素(pc)，显示出口服的致病活性和对蚕和cry1ac抗性棉铃虫(helicoverpaarmigera)菌株的致死性(lin，p.等人(2015)pc，anoveloralinsecticidaltoxinfrombacillusbomdysepticusinvolvedinhostlethalityviaapnandbtr‑175.sci.rep.5：11101)。[0396]化学信息素是由一种生物体产生的化学信号，所述生物体在相同或不同物种的个体中引起行为变化。用于作物保护的最广泛使用的化学信息素是昆虫性信息素，其中的一些昆虫性信息素现在可合成并且用于通过质量捕获、诱杀系统和交配干扰来监测或防治害虫。在世界范围内，在超过660,000公顷上使用交配干扰，并且在果园作物中特别有用。[0397]如本文所用，“转基因杀虫性状”是指由经基因工程化以表达对一种或多种害虫有害的核酸或多肽的植物展现的性状。在一个实施方案中，本公开的植物对来自本公开的害虫中的任何一者或多者的附接和/或感染具有抗性。在一个实施方案中，性状包括来自苏云金芽孢杆菌的营养期杀虫蛋白(vip)、来自植物的凝集素和蛋白酶抑制剂、萜类化合物、来自链霉菌属种的胆固醇氧化酶、昆虫壳多糖酶和真菌壳多糖酶、细菌杀虫蛋白和早期识别抗性基因的表达。在另一个实施方案中，性状包括对害虫有毒的苏云金芽孢杆菌蛋白质的表达。在一个实施方案中，bt蛋白是cry蛋白(晶体蛋白)。bt作物包括bt玉米、bt棉花和bt大豆。bt毒素可来自cry科(参见例如crickmore等人，1998，microbiol.mol.biol.rev.62：807‑812)，其对鳞翅目、鞘翅目和双翅目昆虫尤其有效。[0398]btcry和cyt毒素属于被称为成孔毒素(pft)的一类细菌毒素，其被分泌为经历构象变化以便插入到其宿主的细胞膜中或跨越所述细胞膜进行移位的水溶性蛋白质。存在两个主要组的pft：(i)α螺旋毒素，其中α螺旋区形成跨膜孔，和(ii)β桶毒素，其通过形成由来自各单体的β片层夹构成的β桶而插入到膜中。参见parkermw，feilsc，“pore‑ꢀformingproteintoxins：fromstructuretofunction，”prog.biophys.mol.biol.2005年5月；88(1)：91‑142。第一类pft包括毒素，如大肠杆菌素(colicin)、外毒素a、白喉毒素和cry三结构域毒素。另一方面，气溶素(aerolysin)、α溶血素、炭疽保护性抗原、胆固醇依赖性毒素作为裂解素(perfringolysin)o并且cyt毒素属于β桶毒素。同上。一般来讲，产pft细菌分泌其毒素并且这些毒素与位于宿主细胞表面上的特定受体相互作用。在大多数情况下，pft在诱导插入胜任的寡聚结构的形成的受体结合之后由宿主蛋白酶激活。最后，在大多数情况下，通过减小诱导蛋白质的熔融球状态的ph来触发膜插入。同上。[0399]产生btcry蛋白的转基因作物的开发允许通过环境友好的替代方案取代化学杀虫剂。在转基因植物中，cry毒素连续地产生，保护毒素免于降解并且使其可以是嘴嚼口器昆虫和蛀干昆虫接触到。植物中的cry蛋白产生已经通过用植物偏移的密码子使用工程化cry基因，通过去除推定的剪接信号序列和删除原毒素的羧基末端区来改进。参见schulerth等人，“insect‑resistanttransgenicplants，”trendsbiotechnol.1998；16：168‑175。抗昆虫作物的使用已显著减弱了在这些转基因作物种植的区域中化学农药的使用。参见qaimm，zilbermand，“yieldeffectsofgeneticallymodifiedcropsindevelopingcountries，”science.2003年2月7日；299(5608)：900‑2。[0400]已知的cry蛋白包括：δ‑内毒素，包括但不限于：cry1、cry2、cry3、cry4、cry5、cry6、cry7、cry8、cry9、cry10、cry11、cry12、cry13、cry14、cry15、cry16、cry17、cry18、cry19、cry20、cry21、cry22、cry23、cry24、cry25、cry26、cry27、cry28、cry29、cry30、cry31、cry32、cry33、cry34、cry35、cry36、cry37、cry38、cry39、cry40、cry41、cry42、cry43、cry44、cry45、cry46、cry47、cry49、cry51、cry52、cry53、cry54、cry55、cry56、cry57、cry58、cry59、cry60、cry61、cry62、cry63、cry64、cry65、cry66、cry67、cry68、cry69、cry70和cry71类δ‑内毒素基因和苏云金芽孢杆菌细胞裂解cyt1和cyt2基因。[0401]这些类别的苏云金芽孢杆菌杀虫蛋白的成员包括但不限于：cry1aa1(保藏号aaa22353)；cry1aa2(保藏号aaa22552)；cry1aa3(保藏号baa00257)；cry1aa4(保藏号caa31886)；cry1aa5(保藏号baa04468)；cry1aa6(保藏号aaa86265)；cry1aa7(保藏号aad46139)；cry1aa8(保藏号126149)；cry1aa9(保藏号baa77213)；cry1aa10(保藏号aad55382)；cry1aa11(保藏号caa70856)；cry1aa12(保藏号aap80146)；cry1aa13(保藏号aam44305)；cry1aa14(保藏号aap40639)；cry1aa15(保藏号aay66993)；cry1aa16(保藏号hq439776)；cry1aa17(保藏号hq439788)；cry1aa18(保藏号hq439790)；cry1aa19(保藏号hq685121)；cry1aa20(保藏号jf340156)；cry1aa21(保藏号jn651496)；cry1aa22(保藏号kc158223)；cry1ab1(保藏号aaa22330)；cry1ab2(保藏号aaa22613)；cry1ab3(保藏号aaa22561)；cry1ab4(保藏号baa00071)；cry1ab5(保藏号caa28405)；cry1ab6(保藏号aaa22420)；cry1ab7(保藏号caa31620)；cry1ab8(保藏号aaa22551)；cry1ab9(保藏号caa38701)；cry1ab10(保藏号a29125)；cry1ab11(保藏号i12419)；cry1ab12(保藏号aac64003)；cry1ab13(保藏号aan76494)；cry1ab14(保藏号aag16877)；cry1ab15(保藏号aa013302)；cry1ab16(保藏号aak55546)；cry1ab17(保藏号aat46415)；cry1ab18(保藏号aaq88259)；cry1ab19(保藏号aaw31761)；cry1ab20(保藏号abb72460)；cry1ab21(保藏号abs18384)；cry1ab22(保藏号abw87320)；cry1ab23(保藏号hq439777)；cry1ab24(保藏号hq439778)；cry1ab25(保藏号hq685122)；cry1ab26(保藏号hq847729)；cry1ab27(保藏号jn135249)；cry1ab28(保藏号jn135250)；cry1ab29(保藏号jn135251)；cry1ab30(保藏号jn135252)；cry1ab31(保藏号jn135253)；cry1ab32(保藏号jn135254)；cry1ab33(保藏号aas93798)；cry1ab34(保藏号kc156668)；cry1ab样(保藏号aak14336)；cry1ab样(保藏号aak14337)；cry1ab样(保藏号aak14338)；cry1ab样(保藏号abg88858)；cry1ac1(保藏号aaa22331)；cry1ac2(保藏号aaa22338)；cry1ac3(保藏号caa38098)；cry1ac4(保藏号aaa73077)；cry1ac5(保藏号aaa22339)；cry1ac6(保藏号aaa86266)；cry1ac7(保藏号aab46989)；cry1ac8(保藏号aac44841)；cry1ac9(保藏号aab49768)；cry1ac10(保藏号caa05505)；cry1ac11(保藏号caa10270)；cry1ac12(保藏号i12418)；cry1ac13(保藏号aad38701)；cry1ac14(保藏号aaq06607)；cry1ac15(保藏号aan07788)；cry1ac16(保藏号aau87037)；cry1ac17(保藏号aax18704)；cry1ac18(保藏号aay88347)；cry1ac19(保藏号abd37053)；cry1ac20(保藏号abb89046)；cry1ac21(保藏号aay66992)；cry1ac22(保藏号abz01836)；cry1ac23(保藏号caq30431)；cry1ac24(保藏号abl01535)；cry1ac25(保藏号fj513324)；cry1ac26(保藏号fj617446)；cry1ac27(保藏号fj617447)；cry1ac28(保藏号acm90319)；cry1ac29(保藏号dq438941)；cry1ac30(保藏号gq227507)；cry1ac31(保藏号gu446674)；cry1ac32(保藏号hm061081)；cry1ac33(保藏号gq866913)；cry1ac34(保藏号hq230364)；cry1ac35(保藏号jf340157)；cry1ac36(保藏号jn387137)；cry1ac37(保藏号jq317685)；cry1ad1(保藏号aaa22340)；cry1ad2(保藏号caa01880)；cry1ae1(保藏号aaa22410)；cry1af1(保藏号aab82749)；cry1ag1(保藏号aad46137)；cry1ah1(保藏号aaq14326)；cry1ah2(保藏号abb76664)；cry1ah3(保藏号hq439779)；cry1ai1(保藏号aa039719)；cry1ai2(保藏号hq439780)；cry1a样(保藏号aak14339)；cry1ba1(保藏号caa29898)；cry1ba2(保藏号caa65003)；cry1ba3(保藏号aak63251)；cry1ba4(保藏号aak51084)；cry1ba5(保藏号ab020894)；cry1ba6(保藏号abl60921)；cry1ba7(保藏号hq439781)；cry1bb1(保藏号aaa22344)；cry1bb2(保藏号hq439782)；cry1bc1(保藏号caa86568)；cry1bd1(保藏号aad10292)；cry1bd2(保藏号aam93496)；cry1be1(保藏号aac32850)；cry1be2(保藏号aaq52387)；cry1be3(保藏号acv96720)；cry1be4(保藏号hm070026)；cry1bf1(保藏号cac50778)；cry1bf2(保藏号aaq52380)；cry1bg1(保藏号aa039720)；cry1bh1(保藏号hq589331)；cry1bi1(保藏号kc156700)；cry1ca1(保藏号caa30396)；cry1ca2(保藏号caa31951)；cry1ca3(保藏号aaa22343)；cry1ca4(保藏号caa01886)；cry1ca5(保藏号caa65457)；cry1ca6[1](保藏号aaf37224)；cry1ca7(保藏号aag50438)；cry1ca8(保藏号aam00264)；cry1ca9(保藏号aal79362)；cry1ca10(保藏号aan16462)；cry1ca11(保藏号aax53094)；cry1ca12(保藏号hm070027)；cry1ca13(保藏号hq412621)；cry1ca14(保藏号jn651493)；cry1cb1(保藏号m97880)；cry1cb2(保藏号aag35409)；cry1cb3(保藏号acd50894)；cry1cb样(保藏号aax63901)；cry1da1(保藏号caa38099)；cry1da2(保藏号i76415)；cry1da3(保藏号hq439784)；cry1db1(保藏号caa80234)；cry1db2(保藏号aak48937)；cry1dc1(保藏号abk35074)；cry1ea1(保藏号caa37933)；cry1ea2(保藏号caa39609)；cry1ea3(保藏号aaa22345)；cry1ea4(保藏号aad04732)；cry1ea5(保藏号a15535)；cry1ea6(保藏号aal50330)；cry1ea7(保藏号aaw72936)；cry1ea8(保藏号abx11258)；cry1ea9(保藏号hq439785)；cry1ea10(保藏号adr00398)；cry1ea11(保藏号jq652456)；cry1eb1(保藏号aaa22346)；cry1fa1(保藏号aaa22348)；cry1fa2(保藏号aaa22347)；cry1fa3(保藏号hm070028)；cry1fa4(保藏号hm439638)；cry1fb1(保藏号caa80235)；cry1fb2(保藏号baa25298)；cry1fb3(保藏号aaf21767)；cry1fb4(保藏号aac10641)；cry1fb5(保藏号aa013295)；cry1fb6(保藏号acd50892)；cry1fb7(保藏号acd50893)；cry1ga1(保藏号caa80233)；cry1ga2(保藏号caa70506)；cry1gb1(保藏号aad10291)；cry1gb2(保藏号aa013756)；cry1gc1(保藏号aaq52381)；cry1ha1(保藏号caa80236)；cry1hb1(保藏号aaa79694)；cry1hb2(保藏号hq439786)；cry1h样(保藏号aaf01213)；cry1ia1(保藏号caa44633)；cry1ia2(保藏号aaa22354)；cry1ia3(保藏号aac36999)；cry1ia4(保藏号aab00958)；cry1ia5(保藏号caa70124)；cry1ia6(保藏号aac26910)；cry1ia7(保藏号aam73516)；cry1ia8(保藏号aak66742)；cry1ia9(保藏号aaq08616)；cry1ia10(保藏号aap86782)；cry1ia11(保藏号cac85964)；cry1ia12(保藏号aav53390)；cry1ia13(保藏号abf83202)；cry1ia14(保藏号acg63871)；cry1ia15(保藏号fj617445)；cry1ia16(保藏号fj617448)；cry1ia17(保藏号gu989199)；cry1ia18(保藏号adk23801)；cry1ia19(保藏号hq439787)；cry1ia20(保藏号jq228426)；cry1ia21(保藏号jq228424)；cry1ia22(保藏号jq228427)；cry1ia23(保藏号jq228428)；cry1ia24(保藏号jq228429)；cry1ia25(保藏号jq228430)；cry1ia26(保藏号jq228431)；cry1ia27(保藏号jq228432)；cry1ia28(保藏号jq228433)；cry1ia29(保藏号jq228434)；cry1ia30(保藏号jq317686)；cry1ia31(保藏号jx944038)；cry1ia32(保藏号jx944039)；cry1ia33(保藏号jx944040)；cry1ib1(保藏号aaa82114)；cry1ib2(保藏号abw88019)；cry1ib3(保藏号acd75515)；cry1ib4(保藏号hm051227)；cry1ib5(保藏号hm070028)；cry1ib6(保藏号adk38579)；cry1ib7(保藏号jn571740)；cry1ib8(保藏号jn675714)；cry1ib9(保藏号jn675715)；cry1ib10(保藏号jn675716)；cry1ib11(保藏号jq228423)；cry1ic1(保藏号aac62933)；cry1ic2(保藏号aae71691)；cry1id1(保藏号aad44366)；cry1id2(保藏号jq228422)；cry1ie1(保藏号aag43526)；cry1ie2(保藏号hm439636)；cry1ie3(保藏号kc156647)；cry1ie4(保藏号kc156681)；cry11f1(保藏号aaq52382)；cry1ig1(保藏号kc156701)；cry1i样(保藏号aac31094)；cry1i样(保藏号abg88859)；cry1ja1(保藏号aaa22341)；cry1ja2(保藏号hm070030)；cry1ja3(保藏号jq228425)；cry1jb1(保藏号aaa98959)；cry1jc1(保藏号aac31092)；cry1jc2(保藏号aaq52372)；cry1jd1(保藏号cac50779)；cry1ka1(保藏号aab00376)；cry1ka2(保藏号hq439783)；cry1la1(保藏号aas60191)；cry1la2(保藏号hm070031)；cry1ma1(保藏号fj884067)；cry1ma2(保藏号kc156659)；cry1na1(保藏号kc156648)；cry1nb1(保藏号kc156678)；cry1样(保藏号aac31091)；cry2aa1(保藏号aaa22335)；cry2aa2(保藏号aaa83516)；cry2aa3(保藏号d86064)；cry2aa4(保藏号aac04867)；cry2aa5(保藏号caa10671)；cry2aa6(保藏号caa10672)；cry2aa7(保藏号caa10670)；cry2aa8(保藏号aa013734)；cry2aa9(保藏号aa013750)；cry2aa1o(保藏号aaq04263)；cry2aa11(保藏号aaq52384)；cry2aa12(保藏号ab183671)；cry2aa13(保藏号abl01536)；cry2aa14(保藏号acf04939)；cry2aa15(保藏号jn426947)；cry2ab1(保藏号aaa22342)；cry2ab2(保藏号caa39075)；cry2ab3(保藏号aag36762)；cry2ab4(保藏号aa013296)；cry2ab5(保藏号aaq04609)；cry2ab6(保藏号aap59457)；cry2ab7(保藏号aaz66347)；cry2ab8(保藏号abc95996)；cry2ab9(保藏号abc74968)；cry2ab10(保藏号ef157306)；cry2ab11(保藏号cam84575)；cry2ab12(保藏号abm21764)；cry2ab13(保藏号acg76120)；cry2ab14(保藏号acg76121)；cry2ab15(保藏号hm037126)；cry2ab16(保藏号gq866914)；cry2ab17(保藏号hq439789)；cry2ab18(保藏号jn135255)；cry2ab19(保藏号jn135256)；cry2ab20(保藏号jn135257)；cry2ab21(保藏号jn135258)；cry2ab22(保藏号jn135259)；cry2ab23(保藏号jn135260)；cry2ab24(保藏号jn135261)；cry2ab25(保藏号jn415485)；cry2ab26(保藏号jn426946)；cry2ab27(保藏号jn415764)；cry2ab28(保藏号jn651494)；cry2ac1(保藏号caa40536)；cry2ac2(保藏号aag35410)；cry2ac3(保藏号aaq52385)；cry2ac4(保藏号abc95997)；cry2ac5(保藏号abc74969)；cry2ac6(保藏号abc74793)；cry2ac7(保藏号cal18690)；cry2ac8(保藏号cam09325)；cry2ac9(保藏号cam09326)；cry2ac10(保藏号abn15104)；cry2ac11(保藏号cam83895)；cry2ac12(保藏号cam83896)；cry2ad1(保藏号aaf09583)；cry2ad2(保藏号abc86927)；cry2ad3(保藏号cak29504)；cry2ad4(保藏号cam32331)；cry2ad5(保藏号ca078739)；cry2ae1(保藏号aaq52362)；cry2af1(保藏号ab030519)；cry2af2(保藏号gq866915)；cry2ag1(保藏号ach91610)；cry2ah1(保藏号eu939453)；cry2ah2(保藏号acl80665)；cry2ah3(保藏号gu073380)；cry2ah4(保藏号kc156702)；cry2ai1(保藏号fj788388)；cry2aj(保藏号)；cry2ak1(保藏号kc156660)；cry2ba1(保藏号kc156658)；cry3aa1(保藏号aaa22336)；cry3aa2(保藏号aaa22541)；cry3aa3(保藏号caa68482)；cry3aa4(保藏号aaa22542)；cry3aa5(保藏号aaa50255)；cry3aa6(保藏号aac43266)；cry3aa7(保藏号cab41411)；cry3aa8(保藏号aas79487)；cry3aa9(保藏号aaw05659)；cry3aa10(保藏号aau29411)；cry3aa11(保藏号aaw82872)；cry3aa12(保藏号aby49136)；cry3ba1(保藏号caa34983)；cry3ba2(保藏号caa00645)；cry3ba3(保藏号jq397327)；cry3bb1(保藏号aaa22334)；cry3bb2(保藏号aaa74198)；cry3bb3(保藏号i15475)；cry3ca1(保藏号caa42469)；cry4aa1(保藏号caa68485)；gu324274)；cry32ea2(保藏号kc156686)；cry32eb1(保藏号kc156663)；cry32fa1(保藏号kc156656)；cry32ga1(保藏号kc156657)；cry32ha1(保藏号kc156661)；cry32hb1(保藏号kc156666)；cry32ia1(保藏号kc156667)；cry32ja1(保藏号kc156685)；cry32ka1(保藏号kc156688)；cry32la1(保藏号kc156689)；cry32ma1(保藏号kc156690)；cry32mb1(保藏号kc156704)；cry32na1(保藏号kc156691)；cry32oa1(保藏号kc156703)；cry32pa1(保藏号kc156705)；cry32qa1(保藏号kc156706)；cry32ra1(保藏号kc156707)；cry32sa1(保藏号kc156709)；cry32ta1(保藏号kc156710)；cry32ua1(保藏号kc156655)；cry33aa1(保藏号aal26871)；cry34aa1(保藏号aag50341)；cry34aa2(保藏号aak64560)；cry34aa3(保藏号aat29032)；cry34aa4(保藏号aat29030)；cry34ab1(保藏号aag41671)；cry34ac1(保藏号aag50118)；cry34ac2(保藏号aak64562)；cry34ac3(保藏号aat29029)；cry34ba1(保藏号aak64565)；cry34ba2(保藏号aat29033)；cry34ba3(保藏号aat29031)；cry35aa1(保藏号aag50342)；cry35aa2(保藏号aak64561)；cry35aa3(保藏号aat29028)；cry35aa4(保藏号aat29025)；cry35ab1(保藏号aag41672)；cry35ab2(保藏号aak64563)；cry35ab3(保藏号ay536891)；cry35ac1(保藏号aag50117)；cry35ba1(保藏号aak64566)；cry35ba2(保藏号aat29027)；cry35ba3(保藏号aat29026)；cry36aa1(保藏号aak64558)；cry37aa1(保藏号aaf76376)；cry38aa1(保藏号aak64559)；cry39aa1(保藏号bab72016)；cry40aa1(保藏号bab72018)；cry40ba1(保藏号bac77648)；cry40ca1(保藏号eu381045)；cry40da1(保藏号acf15199)；cry41aa1(保藏号bad35157)；cry41ab1(保藏号bad35163)；cry41ba1(保藏号hm461871)；cry41ba2(保藏号zp_04099652)；cry42aa1(保藏号bad35166)；cry43aa1(保藏号bad15301)；cry43aa2(保藏号bad95474)；cry43ba1(保藏号bad15303)；cry43ca1(保藏号kc156676)；cry43cb1(保藏号kc156695)；cry43cc1(保藏号kc156696)；cry43样(保藏号bad15305)；cry44aa(保藏号bad08532)；cry45aa(保藏号bad22577)；cry46aa(保藏号bac79010)；cry46aa2(保藏号bag68906)；cry46ab(保藏号bad35170)；cry47aa(保藏号aay24695)；cry48aa(保藏号caj18351)；cry48aa2(保藏号caj86545)；cry48aa3(保藏号caj86546)；cry48ab(保藏号caj86548)；cry48ab2(保藏号caj86549)；cry49aa(保藏号cah56541)；cry49aa2(保藏号caj86541)；cry49aa3(保藏号caj86543)；cry49aa4(保藏号caj86544)；cry49ab1(保藏号caj86542)；cry50aa1(保藏号bae86999)；cry50ba1(保藏号gu446675)；cry50ba2(保藏号gu446676)；cry51aa1(保藏号ab114444)；cry51aa2(保藏号gu570697)；cry52aa1(保藏号ef613489)；cry52ba1(保藏号fj361760)；cry53aa1(保藏号ef633476)；cry53ab1(保藏号fj361759)；cry54aa1(保藏号aca52194)；cry54aa2(保藏号gq140349)；cry54ba1(保藏号gu446677)；cry55aa1(保藏号abw88932)；cry54ab1(保藏号jq916908)；cry55aa2(保藏号aae33526)；cry56aa1(保藏号acu57499)；cry56aa2(保藏号gq483512)；cry56aa3(保藏号jx025567)；cry57aa1(保藏号anc87261)；cry58aa1(保藏号anc87260)；cry59ba1(保藏号jn790647)；cry59aa1(保藏号acr43758)；cry60aa1(保藏号acu24782)；cry60aa2(保藏号ea057254)；cry60aa3(保藏号eem99278)；cry60ba1(保藏号gu810818)；cry60ba2(保藏号ea057253)；cry60ba3(保藏号eem99279)；cry61aa1(保藏号hm035087)；cry61aa2(保藏号hm132125)；cry61aa3(保藏号eem19308)；cry62aa1(保藏号hm054509)；cry63aa1(保藏号ba144028)；cry64aa1(保藏号baj05397)；cry65aa1(保藏号hm461868)；cry65aa2(保藏号zp_04123838)；cry66aa1(保藏号hm485581)；cry66aa2(保藏号zp_04099945)；cry67aa1(保藏号hm485582)；cry67aa2(保藏号zp_04148882)；cry68aa1(保藏号hq113114)；cry69aa1(保藏号hq401006)；cry69aa2(保藏号jq821388)；cry69ab1(保藏号jn209957)；cry70aa1(保藏号jn646781)；cry70ba1(保藏号ad051070)；cry70bb1(保藏号eel67276)；cry71aa1(保藏号jx025568)；cry72aa1(保藏号jx025569)；cyt1aa(genbank保藏号x03182)；cyt1ab(genbank保藏号x98793)；cyt1b(genbank保藏号u37196)；cyt2a(genbank保藏号z14147)；和cyt2b(genbank保藏号u52043)。[0402]δ‑内毒素的实例还包括但不限于美国专利第5,880,275号、第7,858,849号、第8,530,411号、第8,575,433号和第8,686,233号的cry1a蛋白；美国专利第8,304,604号、第8,304,605号和第8,476,226号的dig‑3或dig‑11毒素(a螺旋1的n端缺失和/或cry蛋白的a螺旋2变体(如cry1a、cry3a))；美国专利申请案序列号10/525,318的cry1b；美国专利第6,033,874号的cry1c；美国专利第5,188,960号和第6,218,188的cry1f；美国专利第7,070,982号、第6,962,705号和第6,713,063号的cry1a/f嵌合体)；美国专利第7,064,249号的cry2蛋白(如cry2ab蛋白)；cry3a蛋白，包括但不限于通过融合至少两种不同cry蛋白的可变区和保守区的独特组合产生的工程化杂交杀虫蛋白(ehip)(美国专利申请公布号2010/0017914)；cry4蛋白；cry5蛋白；cry6蛋白；美国专利第7,329,736号、第7,449,552号、第7,803,943号、第7,476,781号、第7,105,332号、第7,378,499号和第7,462,760号的cry8蛋白；cry9蛋白，如cry9a、cry9b、cry9c、cry9d、cry9e和cry9f家族的成员，包括但不限于美国专利第8,802,933号的cry9d蛋白和美国专利第8,802,934号的cry9b蛋白；naimov等人，(2008)，“appliedandenvironmentalmicrobiology，”74：7145‑7151的cry15蛋白；美国专利第6,127,180号、第6,624,145号和第6,340,593号的cry22、cry34ab1蛋白；美国专利第6,248,535号、第6,326,351号、第6,399,330号、第6,949,626号、7,385,107号和第7,504,229号的cryet33和cryet34蛋白；美国专利公布号2006/0191034、2012/0278954和pct公布号wo2012/139004的cryet33和cryet34同源物；美国专利第6,083,499号、第6,548,291号和第6,340,593号的cry35ab1蛋白；cry46蛋白、cry51蛋白、cry二元毒素；tic901或相关毒素；美国专利申请公布号2008/0295207的tic807；美国pct2006/033867的et29、et37、tic809、tic810、tic812、tic127、tic128；美国专利第8,513,494号的tic853毒素；美国专利第8,236,757号的axmi‑027、axmi‑036和axmi‑038；美国专利第7,923,602号的axmi‑ꢀ031、axmi‑039、axmi‑040、axmi‑049；wo2006/083891的axmi‑018、axmi‑020和axmi‑021；wo2005/038032的axmi‑010；wo2005/021585的axmi‑003；美国专利申请公布号2004/0250311的axmi‑008；美国专利申请公布号2004/0216186的axmi‑ꢀ006；美国专利申请公布号2004/0210965的axmi‑007；美国专利申请号2004/0210964的axmi‑009；美国专利申请公布号2004/0197917的axmi‑014；美国专利申请公布号2004/0197916的axmi‑004；wo2006/119457的axmi‑028和axmi‑029；wo2004/074462的axmi‑007、axmi‑008、axmi‑0080rf2、axmi‑009、axmi‑014和axmi‑004；美国专利第8,084,416号的axmi‑150；美国专利申请公布号2011/0023184的axmi‑205；美国专利申请公布号2011/0263488的axmi‑011、axmi‑012、axmi‑013、axmi‑015、axmi‑019、axmi‑044、axmi‑037、axmi‑043、axmi‑033、axmi‑ꢀ034、axmi‑022、axmi‑023、axmi‑041、axmi‑063和axmi‑064；美国专利申请公布号2010/0197592的axmi‑r1和相关蛋白；wo2011/103248的axmi221z、axmi222z、axmi223z、axmi224z和axmi225z；wo2011/103247和美国专利第8,759,619号的axmi218、axmi219、axmi220、axmi226、axmi227、axmi228、axmi229、axmi230和axmi231；美国专利第8，334，431号的axmi‑115、axmi‑113、axmi‑005、axmi‑163和axmi‑184；美国专利申请公布号2010/0298211的axmi‑001、axmi‑002、axmi‑030、axmi‑035和axmi‑045；美国专利申请公布号2009/0144852的axmi‑066和axmi‑076；美国专利第8,318,900号的axmi128、axmi130、axmi131、axmi133、axmi140、axmi141、axmi142、axmi143、axmi144、axmi146、axmi148、axmi149、axmi152、axmi153、axmi154、axmi155、axmi156、axmi157、axmi158、axmi162、axmi165、axmi166、axmi167、axmi168、axmi169、axmi170、axmi171、axmi172、axmi173、axmi174、axmi175、axmi176、axmi177、axmi178、axmi179、axmi180、axmi181、axmi182、axmi185、axmi186、axmi187、axmi188、axmi189；美国专利申请公布号2010/0005543号的axmi079、axmi080、axmi081、axmi082、axmi091、axmi092、axmi096、axmi097、axmi098、axmi099、axmi100、axmi101、axmi102、axmi103、axmi104、axmi107、axmi108、axmi109、axmi110、axmi111、axmi112、axmi114、axmi116、axmi117、axmi118、axmi119、axmi120、axmi121、axmi122、axmi123、axmi124、axmi1257、axmi1268、axmi127、axmi129、axmi164、axmi151、axmi161、axmi183、axmi132、axmi138、axmi137；美国专利申请公布第us20140223598号的axmi270；美国专利申请公布第us20140223599号的axmi279；美国专利第8,319,019号的具有修饰的蛋白水解位点的cry蛋白(如cry1a和cry3a)；来自美国专利申请公布号2011/0064710的苏云金芽孢杆菌菌株vbts2528的cry1ac、cry2aa和cry1ca毒素蛋白。其他cry蛋白是本领域的技术人员众所周知的。参见n.crickmore等人，“revisionofthenomenclaturefbrthebacillusthuringiensispesticidalcrystalproteins，”microbiologyandmolecularbiologyreviews，”(1998)第62卷：807‑813；还可参见n.crickmore等人，“bacillusthuringiensistoxinnomenclature”(2016)，//www.btnomenclature.info/.。[0403]使用cry蛋白作为转基因植物性状是本领域技术人员众所周知的，并且包括但不限于表达cry1ac、cry1ac cry2ab、cry1ab、cry1a.105、cry1f、cry1fa2、cry1f cry1ac、cry2ab、cry3a、mcry3a、cry3bb1、cry34ab1、cry35ab1、vip3a、mcry3a、cry9c和cbi‑bt的植物的cry转基因植物已获得监管批准。参见sanahuja等人，“bacillusthuringiensis：acenturyofresearch，developmentandcommercialapplications，”(2011)plantbiotechjournal，april9(3)：283‑300andthecera(2010)gmcropdatabasecenterforenvironmentalriskassessment(cera)，ilsiresearchfoundation，washingtond.c.，网址为cera‑gmc.org/index.php？action＝gm_crop_database，可使用“www”前缀在万维网上访问。本领域技术人员众所周知的一种以上的杀虫蛋白也可在植物中表达，如vip3ab与cry1fa(us2012/0317682)；cry1be与cry1f(us2012/0311746)；cry1ca与cry1ab(us2012/0311745)；cry1f与cryca(us2012/0317681)；cry1da与cry1be(us2012/0331590)；cry1da与cry1fa(us2012/0331589)；cry1ab与cry1be(us2012/0324606)；cry1fa与cry2aa和cry11与cry1e(us2012/0324605)；cry34ab/35ab和cry6aa(us20130167269)；cry34ab/vcry35ab与cry3aa(us20130167268)；cry1ab与cry1f(us20140182018)；以及cry3a和cry1ab或vip3aa(us20130116170)。杀虫蛋白还包括杀虫脂肪酶，所述杀虫脂肪酶包括美国专利第7,491,869号的脂质酰基水解酶和如来自链霉菌的胆固醇氧化酶(purcell等人(1993)biochembiophysrescommun15：1406‑1413)。[0404]杀虫蛋白还包括vip(营养期杀虫蛋白)毒素。昆虫病原细菌产生聚积在包涵体或伴胞晶体(如前述cry和cyt蛋白)中的杀虫蛋白，以及分泌到培养基中的杀虫蛋白。后者之中是vip蛋白，其根据其氨基酸同一性划分成四种家族。vip1和vip2蛋白充当二元毒素，并且对鞘翅目和半翅目的一些成员具有毒性。vip1组分被认为结合至昆虫中肠的膜中的受体，并且vip2组分进入细胞，其中其显示其针对肌动蛋白的adp‑核糖基转移酶活性，从而阻止微丝形成。vip3不具有与vip1或vip2的序列相似性，并且对鳞翅目的广泛多种成员具有毒性。其作用模式在蛋白水解激活、结合至中肠上皮细胞膜和成孔方面已显示类似cry蛋白的作用模式，尽管vip3a蛋白不与cry蛋白共享结合位点。后者特性使其成为良好候选物，其与转基因植物(苏云金杆菌处理的作物[bt作物])中的cry蛋白组合以防预或延迟昆虫抗性并且拓宽杀虫谱。存在bt棉花和bt玉蜀黍的市售种植品种，其表达vip3aa蛋白以及cry蛋白。对于最近报告的vip4家族，尚未发现目标昆虫。参见chakroun等人，“bacterialvegetativeinsecticidalproteins(vip)fromentomopathogenicbacteria，”microbiolmolbiolrev.2016年3月2日；80(2)：329‑50。vip可在美国专利第5,877,012号、第6,107,279号、第6,137,033号、第7,244,820号、第7,615,686号和第8,237,020号等中找到。其他vip蛋白是本领域技术人员众所周知的(参见，lifesci.sussex.ac.uk/home/neil_crickmore/bt/vip.html，其可使用“www”前缀在万维网上访问)。[0405]农药蛋白还包括毒素复合物(tc)蛋白质，其可从生物体如致病杆菌属、光杆状菌属(photorhabdus)和类芽孢杆菌属获得(参见美国专利第7,491,698号和第8,084,418号)。一些tc蛋白具有“独立”杀虫活性并且其他tc蛋白增强由相同给定生物体产生的独立毒素的活性。可通过来源于不同属的源生物体的一种或多种tc蛋白“增强剂”来增强“独立”tc蛋白(来自光杆状菌属、致病杆菌属或类芽孢杆菌属)的毒性。存在三种主要类型的tc蛋白。如本文中所提及，a类蛋白质(“蛋白a”)是独立毒素。b类蛋白质(“蛋白b”)和c类蛋白质(“蛋白c”)增强a类蛋白质的毒性。a类蛋白质的实例是tcba、tcda、xptal和xpta2。b类蛋白质的实例是tcac、tcdb、xptblxb和xptclwi。c类蛋白质的实例是tccc、xptclxb和xptblwi。杀虫蛋白还包括蛛蛛、蛇和蝎毒液蛋白质。蛛蛛毒液肽的实例包括但不限于细胞毒素‑1肽及其突变体(美国专利第8,334,366号)。[0406]一些当前登记的pip在表11中列出。转基因植物还已被工程化以表达针对昆虫基因的dsrna(baum，j.a.等人(2007)controlofcoleopteraninsectpeststhroughrnainterference.naturebiotechnology25：1322‑1326；mao，y.b.等人(2007)silencingacottonbollwormp450monooxygenasegenebyplant‑mediatedrnaiimpairslarvaltoleranceofgossypol.naturebiotechnology25：1307‑1313)。rna干扰可通过将害虫馈送到转基因植物上来在害虫中触发。因此，害虫喂养引起害虫的损伤或死亡。[0407]表11.可与本公开的微生物组合的示例性掺入植物的保护剂的列表[0408][0409][0410][0411][0412][0413][0414][0415][0416]在一些实施方案中，本文所阐述的农药中的任何一者或多者可与本公开的微生物中的任何一者或多者一起利用并且可施加至植物或其部分，包括种子。[0417]除草剂[0418]如前所述，可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与一种或多种除草剂组合。[0419]包含根据本文所述的方法产生的细菌或细菌群体和/或具有如本文所述的特征的组合物可还包括一种或多种除草剂。在一些实施方案中，将除草剂组合物施加至植物和/或植物部分。在一些实施方案中，除草剂组合物可包含于本文所阐述的组合物中，并且可与其他化合物同时或依次施加至植物或其部分。[0420]除草剂包括2，4‑d、2，4‑db、乙草胺(acetochlor)、三氟羧草醚(acifluorfen)、甲草胺(alachlor)、莠灭净(ametryn)、莠去津(atrazine)、氯氨吡啶酸(aminopyralid)、氟草胺(benefin)、苄嘧磺隆(bensulfuron)、地散磷(bensulide)、灭草松(bentazon)、氟吡草酮(bicyclopyrone)、除草定(bromacil)、溴苯腈(bromoxynil)、丁草敌(butylate)、唑草酮(carfentrazone)、氯嘧磺隆(chlorimuron)、氯磺隆(chlorsulfuron)、烯草酮(clethodim)、异噁草酮(clomazone)、二氯吡啶酸(clopyralid)、氯酯磺草胺(cloransulam)、草灭特(cycloate)、dcpa、甜菜安(desmedipham)、麦草畏(dicamba)、敌草腈(dichlobenil)、禾草灵(diclofop)、双氯磺草胺(diclosulam)、氟吡草腙(diflufenzopyr)、二甲酚草胺(dimethenamid)、敌草快(diquat)、敌草隆(diuron)、dsma、草藻灭(endothall)、eptc、烯氯乐灵(ethalfiuralin)、乙氧呋草磺(ethofumesate)、噁唑禾草灵(fenoxaprop)、吡氟禾草灵(fluazifop‑p)、氟酮磺隆(flucarbzone)、氟噻草胺(flufenacet)、唑嘧磺草胺(flumetsulam)、苯氧乙酸(flumiclorac)、丙炔氟草胺(flumioxazin)、氟草隆(fluometuron)、氯氟吡氧乙酸(fluroxypyr)、氟磺胺草醚(fomesafen)、甲酰胺磺隆(foramsulfuron)、草铵膦(glufosinate)、草甘膦、氯吡嘧磺隆(halosulfuron)、环嗪酮(hexazinone)、咪草酯(imazamethabenz)、甲氧咪草烟、甲基咪草烟(imazapic)、咪唑喹啉酸(imazaquin)、咪草烟(imazethapyr)、异噁唑草酮(isoxaflutole)、乳氟禾草灵(lactofen)、利谷隆(linuron)、mcpa、mcpb、硝磺草酮(mesotrione)、异丙甲草胺(metolachlor‑s)、嗪草酮(metribuzin)、茚嗪氟草胺、甲磺隆、禾草敌(molinate)、msma、敌草胺(napropamide)、萘草胺(naptalam)、烟嘧磺隆(nicosulfuron)、达草灭(norflurazon)、氨磺乐灵(oryzalin)、噁草酮、乙氧呋草醚、百草枯、壬酸(pelargonicacid)、二甲戊灵、敌菜宁、氨氯吡啶酸(picloram)、氟嘧磺隆、氨基丙氟灵(prodiamine)、扑草净、拿草特(pronamide)、敌稗、氟磺隆(prosulfuron)、杀草敏(pyrazon)、嘧硫草醚(pyrithioac)、二氯喹啉酸、喹禾灵(quizalofop)、砜嘧磺隆、s‑异丙甲草胺、烯禾啶、环草隆(siduron)、西玛津、甲磺草胺(sulfentrazone)、甲嘧磺隆(sulfometuron)、磺酰磺隆(sulfosulfuron)、丁噻隆(tebuthiuron)、环磺酮(tembotrione)、特草定(terbacil)、噻唑烟酸(thiazopyr)、噻吩磺隆(thifensulfuron)、禾草丹(thiobencarb)、苯吡唑草酮(topramezone)、肟草酮(tralkoxydim)、野麦畏(triallate)、醚苯磺隆(triasulfuron)、苯磺隆(tribenuron)、三氯吡氧乙酸(triclopyr)、氟乐灵(trifluralin)和氟胺磺隆(triflusulfuron)。[0421]在一些实施方案中，本文所阐述的除草剂中的任何一者或多者可与本文所阐述的植物或其部分中的任何一者或多者一起利用。[0422]除草产品可包括corvus、balanceflexx、capreno、diflexx、liberty、laudis、autumnsuper和diflexxduo。[0423]在一些实施方案中，下表12中所阐述的除草剂中的任何一者或多者可与本文所教导的微生物中的任何一者或多者一起利用，并且可施加至本文所阐述的植物或其部分中的任何一者或多者。[0424]表12.可与本公开的微生物组合的示例性除草剂的列表[0425][0426][0427][0428][0429]杀真菌剂[0430]如前所述，可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与一种或多种杀真菌剂组合。[0431]包含根据本文所述的方法产生的细菌或细菌群体和/或具有如本文所述的特征的组合物可还包括一种或多种杀真菌剂。在一些实施方案中，杀真菌组合物可包含于本文所阐述的组合物中，并且可与其他化合物同时或依次施加至植物或其部分。杀真菌剂包括嘧菌酯、克菌丹、萎锈灵、噻唑菌胺(ethaboxam)、咯菌腈、精甲霜灵、咯菌腈、噻菌灵、噻苯达唑(thiabendaz)、种菌唑、代森锰锌(mancozeb)、氰霜唑(cyazofamid)、苯酰菌胺(zoxamide)、甲霜灵、pcnb、羟菌唑(metaconazole)、吡唑醚菌酯(pyraclostrobin)、枯草芽孢杆菌菌株qst713、氟唑环菌胺(sedaxane)、噻虫嗪、咯菌腈、福美双、甲基立枯磷(tolclofos‑methyl)、三氟敏、枯草芽孢杆菌菌株mbi600、吡唑醚菌酯(pyraclostrobin)、氟嘧菌酯(fluoxastrobin)、短小芽孢杆菌菌株qst2808、百菌清(chlorothalonil)、铜、粉唑醇(flutriafol)、氟唑菌酰胺(fluxapyroxad)、代森锰锌、咯菌腈、吡噻菌胺(penthiopyrad)、三唑、(propiconaozole)、丙硫菌唑、戊唑醇、氟嘧菌酯、吡唑醚菌酯、啶氧菌酯(picoxystrobin)、(qols)、四氟醚唑(tetraconazole)、三氟敏、环丙唑醇(cyproconazole)、粉唑醇(flutriafol)、sdhi、ebdc、氟唑环菌胺、maximquattro(咯菌腈、精甲霜灵、嘧菌酯和噻苯达唑)、raxil(戊唑醇、丙硫菌唑、甲霜灵和乙氧化牛脂烷基胺)和苯并烯氟菌唑(benzovindiflupyr)。[0432]在一些实施方案中，本文所阐述的杀真菌剂中的任何一者或多者可与本文所阐述的植物或其部分中的任何一者或多者一起利用。[0433]杀线虫剂[0434]如前所述，可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与一种或多种杀线虫剂组合。[0435]包含根据本文所述的方法产生的细菌或细菌群体和/或具有如本文所述的特征的组合物可还包括一种或多种杀线虫剂。在一些实施方案中，杀线虫组合物可包含于本文所阐述的组合物中，并且可与其他化合物同时或依次施加至植物或其部分。杀线虫剂可选自：d‑d、1，3‑二氯丙烯、二溴乙烷、1，2‑二溴‑3‑氯丙烷、甲基溴、氯化苦、威百亩钠、棉隆、异硫氰酸甲酯、四硫代碳酸钠、涕灭威、涕灭砜威、克百威、杀线威、灭线磷、苯线磷、硫线磷、噻唑磷、特丁硫磷、丰索磷、甲拌磷、ditera、甲壳素(clandosan)、青藤碱、甲基碘、溴丙炔、2，5‑二羟甲基‑3，4‑二羟基吡咯烷(dmdp)，或阿维菌素、叠氮化钠、糠醛、坚强芽孢杆菌、阿维菌素、噻虫嗪、咯菌腈、噻虫胺、水杨酸和苯并‑(1，2，3)‑噻二唑‑7‑硫代甲酸s‑甲酯中的任何一种或多种。[0436]在一些实施方案中，本文所阐述的杀线虫剂中的任何一种或多种可与本文所阐述的植物或其部分中的任何一者或多者一起利用。[0437]在一些实施方案中，本文所阐述的杀线虫剂、杀真菌剂、除草剂、杀虫剂和/或农药中的任何一者或多者可与本文所阐述的植物或其部分中的任何一者或多者一起利用。[0438]肥料、氮稳定剂和脲酶抑制剂[0439]如前所述，可包含本文所教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与以下一项或多项组合：肥料、氮稳定剂或脲酶抑制剂。[0440]在一些实施方案中，肥料与本公开的方法和细菌组合使用。除许多其他以外，肥料包括无水氨、脲、硝酸铵和脲‑硝酸铵(uan)组合物。在一些实施方案中，弹出式施肥和/或种肥与本公开的方法和细菌组合使用。[0441]在一些实施方案中，氮稳定剂与本公开的方法和细菌组合使用。氮稳定剂包括氯啶、2‑氯‑6‑(三氯甲基)吡啶、n‑serve24、instinct、二氰二胺(dcd)。[0442]在一些实施方案中，脲酶抑制剂与本公开的方法和细菌组合使用。脲酶抑制剂包括n‑(正丁基)‑硫代磷酸三酰胺(nbpt)、agrotain、agrotainplus和agrotainplussc。此外，本公开考虑利用agrotainadvanced1.0、agrotaindri‑ꢀmaxx和agrotainultra。[0443]此外，可使用稳定形式的肥料。举例来说，稳定形式的肥料是superu(在稳定化的尿素基颗粒中含有46％氮)，superu含有脲酶和硝化抑制剂以保护其免于脱硝、浸出和挥发。本文还可使用稳定和靶向叶面肥料，如nitamin。[0444]弹出式肥料通常用于玉米田间中。弹出式施肥包括在种植时伴随种子施加数磅的养分。弹出式施肥用于增加幼苗活力。[0445]本文可使用的缓释或控释肥料需要：含有植物养分的肥料，其呈延缓其对于植物吸收和在施加后使用的可用性的形式，或其使其对于植物的可用性显著长于如硝酸铵或尿素、磷酸铵或氯化钾的‘可快速获得的养分肥料’的可用性的形式。初步可用性的此类延迟或持续可用性的延长时间可由多种机制发生。这些包括通过半渗透性包衣、闭塞、蛋白质材料或其他化学形式、通过水溶性低分子量化合物的缓慢水解或通过其他未知手段控制材料的水溶性。[0446]本文可使用的稳定氮肥需要：已添加氮稳定剂的肥料。氮稳定剂是添加到肥料中的物质，其延长肥料的氮组分保持在脲‑n或氨‑n形式的土壤中的时间。[0447]本文可使用的硝化抑制剂需要：抑制氨‑n到硝酸盐‑n的生物氧化的物质。一些实例包括：(1)由dowchemical制造的通用名为氯啶的2‑氯‑6‑(三氯甲基‑吡啶)；(2)由ishihadaindustries制造的通用名为atc的4‑氨基‑1，2，4‑6‑三唑‑hcl；(3)由americancyanamid制造的通用名为ci‑1580的2，4‑二氨基‑6‑三氯‑甲基三嗪；(4)由showadenko制造的通用名为dcd的二氰二胺；(5)由nittoryuso制造的通用名为tu的硫脲；(6)由nippon制造的通用名为mt的1‑氢硫基‑1，2，4‑三唑；(7)由mitsuitoatsu制造的通用名为am的2‑氨基‑4‑氯‑6‑甲基‑嘧啶；(8)来自basf的3，4‑二甲基吡唑磷酸盐(dmpp)；(9)来自nittochemicalind.的1‑酰胺‑2‑硫脲(asu)；(10)硫代硫酸铵(ats)；(11)1h‑1，2，4‑三唑(hplc)；(12)来自olinmathieson的5‑环氧乙烷‑3‑三氯‑甲基1，2，4‑硫代二唑(氯唑灵(terrazole))；(13)3‑甲基吡唑(3‑mp)；(14)1‑氨甲酰基‑3‑甲基‑吡唑(cmp)；(15)印楝素；和(16)dmpp。[0448]本文可使用的脲酶抑制剂需要：抑制酶脲酶对尿素的水解作用的物质。数千化学物质已被评估为土壤脲酶抑制剂(kissandsimihaian，2002)。然而，所测试的许多化合物中的仅几个化合物满足以下所需要求：无毒、在低浓度下有效、稳定且与尿素(固体和溶液)相容、在土壤中可降解并且便宜。其可根据其结构及其与酶脲酶的假定相互作用来分类(watson，2000、2005)。已提议四种主要类别的脲酶抑制剂：(a)与巯基基团(巯基试剂)相互作用的试剂、(b)异羟肟酸酯、(c)农业作物保护化学物质以及(d)尿素和相关化合物的结构类似物。n‑(正丁基)硫代磷酸三酰胺(nbpt)、苯基磷酸二酰胺(ppd/ppda)和对苯二酚可能是研究最彻底的脲酶抑制剂(kissandsimihaian，2002)。也已用n‑(2‑硝基苯基)磷酸三酰胺(2‑npt)和硫代硫酸铵(ats)进行了研究和实际测试。有机磷化合物是尿素的结构类似物并且是最有效的脲酶活性抑制剂中的一些，阻断酶的活性位点(watson，2005)。[0449]玉米的杀虫种子处理剂(ist)[0450]玉米种子处理剂通常靶向害虫的三种谱：线虫、真菌幼苗疾病和昆虫。[0451]杀虫剂种子处理剂通常是种子处理剂包装的主要组分。当今可获得的大多数玉米种子具有包括杀真菌剂和杀虫剂的基础包装。在一些方面，种子处理剂的杀虫剂选项包括poncho(噻虫胺)、cruiser/cruiserextreme(噻虫嗪)和gaucho(吡虫啉)。所有这三种产品都是新烟碱化学物质。250(.25mgai/种子)速率下的cruiser和poncho是可用于玉米的最常见基础选择中的一些。在一些方面，处理剂的杀虫剂选项包括cruiser250噻虫嗪、cruiser250(噻虫嗪)加lumivia(氯虫苯甲)、cruiser500(噻虫嗪)和ponchovotivo1250(噻虫胺与坚强芽孢杆菌i‑1582)。[0452]pioneer的基础杀虫剂种子处理剂包装由cruiser250加同样可用的poncho/votivo1250组成。votivo是保护免于线虫的生物剂。[0453]monsanto的产品包括属于acceleron处理剂综合体的玉米、大豆和棉花。dekalb玉米种子与poncho250标准一致。生产者还具有升级到poncho/votivo的选项，其中poncho以500速率施加。[0454]agrisure、goldenharvest和garst具有基础包装，所述基础包装具有杀真菌剂和cruiser250。avicta完整玉米也可用；此包括cruiser500、杀真菌剂和线虫保护。然而，cruiserextreme是可用作种子处理剂包装的另一选项；cruiser的量与常规cruiser种子处理剂(即，250、500或1250)相同。[0455]另一选项是购买可用的最小杀虫剂处理剂，并且使经销商处理下游的种子。[0456]玉米的市售ist在下表13中列出并且可与本文所教导的微生物中的一者或多者组合。[0457]表13.可与本公开的微生物组合的示例性种子处理剂(包括ist)的列表[0458][0459][0460][0461][0462]f＝杀菌剂；i＝杀虫剂；n＝杀线虫剂；p＝植物生长调节剂[0463]细菌群体在作物上的施加[0464]本文所述的细菌或细菌群体的组合物可施加到犁沟、滑石中或以种子处理剂形式施加。组合物可以以散装、小型散装、袋装形式或在滑石中施加至种子包装。[0465]种植机可按照常规方式、以双排或不需要耕种的方式种植经处理的种子并使作物生长。可使用控制料斗或单个料斗分配种子。也可使用加压空气或手动分配种子。可使用可变速率技术进行种子放置。另外，可使用可变速率技术来施加本文所述的细菌或细菌群体。在一些实例中，细菌可施加至玉米、大豆、芥花、高粱、马铃薯、水稻、蔬菜、谷类、假谷物的种子和油籽。谷类的实例可包括大麦、福尼奥米(fonio)、燕麦、帕尔默草(palmer’sgrass)、黑麦、珍珠粟(pearlmillet)、高粱、斯佩尔特小麦(spelt)、画眉草(teff)、黑小麦和小麦。假谷物的实例可包括面包坚果(breadnut)、荞麦、香蒲、奇亚籽(chia)、亚麻、籽粒苋(grainamaranth)、汉扎(hanza)、藜麦和芝麻。在一些实例中，种子可以是基因修饰的生物体(gmo)、非gmo、有机或常规的。[0466]可另外使用添加剂(如微肥、pgr、除草剂、杀虫剂和杀真菌剂)来处理作物。添加剂的实例包括作物保护剂，如杀虫剂、杀线虫剂、杀真菌剂；增强剂，如着色剂、聚合物、粒化剂、预激剂和消毒剂；和其他试剂，如接种菌、pgr、软化剂和微量养分。pgr可以是影响根生长、开花或茎伸长的天然或合成植物激素。pgr可包括生长素、赤霉素、细胞分裂素、乙烯和脱落酸(aba)。[0467]组合物可与液体肥料组合施加于犁沟中。在一些实例中，液体肥料可容纳在罐中。npk肥料含有钠、磷和钾的大量营养素。[0468]组合物可改良植物特性，如促进植物生长、维持叶子中的高叶绿素含量、增加果实或种子数以及增加果实或种子单位重量。可采用本公开的方法来引入或改良多种期望性状中的一种或多种。可引入或改良的性状的实例包括：根系生物量、根长、高度、枝条长度、叶数、水分利用效率、总生物量、产量、果实大小、籽粒大小、光合速率、耐旱性、耐热性、耐盐性、对低氮胁迫的耐受性、氮利用效率、对线虫胁迫的抗性、对真菌病原体的抗性、对细菌病原体的抗性、对病毒病原体的抗性、代谢物水平、代谢物水平的调节、蛋白质组表达。期望的性状(包括：高度、总生物量、根系/枝条生物量、种子萌发、幼苗存活、光合效率、蒸腾速率、种子/果实数或质量、植物籽粒或果实产量、叶片叶绿素含量、光合速率、根长或它们的任何组合)可用于测定生长，并与在相同条件下生长的参考农业植物(例如，无引入和/或改良性状的植物)的生长速率进行比较。在一些实例中，期望的性状(包括：高度、总生物量、根系/枝条生物量、种子萌发、幼苗存活、光合效率、蒸腾速率、种子/果实数或质量、植物籽粒或果实产量、叶片叶绿素含量、光合速率、根长或它们的任何组合)可用于测定生长，并与在相似条件下生长的参考农业植物(例如，无引入和/或改良性状的植物)的生长速率进行比较。[0469]宿主植物的农学性状可包括但不限于以下：与在没有所述种子处理制剂的情况下的由种子生长的等值线植物相比，改变的油含量、改变的蛋白质含量、改变的种子碳水化合物组成、改变的种子油组成和改变的种子蛋白质组成、耐化学性、耐寒性、延迟的衰老、抗病性、耐旱性、穗重、生长改善、健康增强、耐热性、除草剂耐受性、草食动物抗性、改善的固氮、提高的氮利用率、改善的根部架构、提高的水分利用效率、增加的生物量、增加的根长、增加的种子重量、增加的芽长、增加的产量、在水受限条件下增加的产量、仁粒质量、仁粒含水量、金属耐受性、穗数、每只穗的仁粒数、荚数、营养增强、病原体抗性、害虫抗性、光合能力提高、耐盐性、滞绿、活力提高、增加的成熟种子的干重、增加的成熟种子的鲜重、增加的每株植物成熟种子的数目、提高的叶绿素含量、增加的每株植物的荚数、增加的每株植物的荚长、减少的每株植物枯萎叶片的数目、减少的每株植物严重枯萎叶片的数目、和增加的每株植物非枯萎叶片的数目、代谢物水平的可检测调节、转录物水平的可检测调节和蛋白质组中的可检测调节。[0470]在一些情况下，用与被接种植物的植物成分相同的植物物种分离出的细菌或细菌群体来接种植物。举例来说，通常在一种玉蜀黍(zeamays)(玉米)中发现的细菌或细菌群体与在自然状态下缺乏所述细菌和细菌群体的另一种玉米的植物的植物成分缔合。在一个实施方案中，细菌和细菌群体来源于如被接种植物的植物成分的植物的相关物种的植物。举例来说，将通常在iltis等人的二倍体多年生玉米(zeadiploperennis)(二倍体多年生类玉米(diploperennialteosinte))中发现的细菌和细菌群体施加至玉蜀黍(玉米)，或反之亦然。在一些情况下，用与被接种植物的植物元素异源的细菌和细菌群体来接种植物。在一个实施方案中，细菌和细菌群体来源于另一物种的植物。举例来说，将通常在双子叶植物中发现的细菌和细菌群体施加至单子叶植物(例如，用大豆源性细菌和细菌群体接种玉米)，或反之亦然。在其他情况下，待接种到植物上的细菌和细菌群体来源于待接种的植物的相关物种。在一个实施方案中，细菌和细菌群体来源于相关分类单元，例如来源于相关物种。另一物种的植物可以是农业植物。在另一个实施方案中，细菌和细菌群体是接种到任何宿主植物成分中的经设计组合物的一部分。[0471]在一些实例中，细菌或细菌群体是外源的，其中细菌和细菌群体是从与被接种植物不同的植物中分离的。举例来说，在一个实施方案中，细菌或细菌群体可从与待接种植物相同的物种的不同植物中分离。在一些情况下，细菌或细菌群体可从与接种植物相关的物种中分离。[0472]在一些实例中，本文所述的细菌和细菌群体能够从一种组织类型移动到另一组织类型。举例来说，本公开在种子外部上包被后对植物成熟组织内细菌和细菌群体的检测和分离证明了细菌和细菌群体从种子外部移动到成熟化植物的营养组织中的能力。因此，在一个实施方案中，细菌群体和细菌群体能够从种子外部移动到植物的营养组织中。在一个实施方案中，包被到植物种子上的细菌和细菌群体能够在种子萌发进入营养状态时定位于植物的不同组织。举例来说，细菌和细菌群体可定位于植物中的任一组织，包括：根、不定根、种子5根、根毛、枝条、叶、花、芽、穗、分生组织、花粉、雌蕊、子房、雄蕊、果实、匍匐茎、根茎、根瘤、块茎、毛状体、保卫细胞、泌水孔、瓣片、萼片、颖片、叶轴、维管形成层、韧皮部和木质部。在一个实施方案中，细菌和细菌群体能够定位于植物的根和/或根毛。在另一个实施方案中，细菌和细菌群体能够定位于光合组织，例如植物的叶和芽。在其他情况下，细菌和细菌群体定位于植物的维管组织中，例如在木质部和韧皮部中。在又一个实施方案中，细菌和细菌群体能够定位于植物的生殖组织(花、花粉、雌蕊、子房、雄蕊、果实)。在另一个实施方案中，细菌和细菌群体能够定位于植物的根、芽、叶和生殖组织。在又一个实施方案中，细菌和细菌群体定殖于植物的果实或种子组织。在又一个实施方案中，细菌和细菌群体能够定殖植物，使得其存在于植物的表面中(即，其存在可检测地呈现于植物的外部或植物的表层)。在其他实施方案中，细菌和细菌群体能够定位于植物的基本上全部或全部组织。在某些实施方案中，细菌和细菌群体不定位于植物的根。在其他情况下，细菌和细菌群体不定位于植物的光合组织。[0473]还可通过测量作物的相对成熟度或作物热单位(chu)来评定组合物的有效性。举例来说，可将细菌群体施加至玉米，并且可根据玉米粒的相对成熟度或玉米粒达到最大重量的时间来评定玉米生长。作物热单位(chu)也可用于预测玉米作物的成熟。chu通过测量作物生长的每日最高温度来确定热量积累量。[0474]在各实例中，细菌可定位于植物中的任一组织，包括：根、不定根、种子根、根毛、枝条、叶、花、芽、穗、分生组织、花粉、雌蕊、子房、雄蕊、果实、匍匐茎、根茎、根瘤、块茎、毛状体、保卫细胞、泌水孔、瓣片、萼片、颖片、叶轴、维管形成层、韧皮部和木质部。在另一个实施方案中，细菌或细菌群体能够定位于光合组织，例如植物的叶和芽。在其他情况下，细菌和细菌群体定位于植物的维管组织中，例如在木质部和韧皮部中。在另一个实施方案中，细菌或细菌群体能够定位于植物的生殖组织(花、花粉、雌蕊、子房、雄蕊或果实)。在另一个实施方案中，细菌和细菌群体能够定位于植物的根、芽、叶和生殖组织。在另一个实施方案中，细菌或细菌群体定殖植物的果实或种子组织。在又一个实施方案中，细菌或细菌群体能够定殖植物，使得其存在于植物表面中。在另一个实施方案中，细菌或细菌群体能够定位于植物的基本上全部或全部组织。在某些实施方案中，细菌或细菌群体不定位于植物的根。在其他情况下，细菌和细菌群体不定位于植物的光合组织。[0475]可通过测量作物生长的各种特征来评定施加至作物的细菌组合物的有效性，这些特征包括但不限于种植率、播种活力、根强度、耐旱性、株高、干燥和测试重量。[0476]植物物种[0477]本文所述的方法和细菌可用于多种植物中的任一种，如大麦属(hordeum)、稻属(oryza)、玉蜀黍属(zea)和小麦属(triticeae)的植物。合适植物的其他非限制性实例包括苔藓、地衣和藻类。在一些情况下，如粮食作物、纤维作物、油料作物、林业或纸浆和造纸工业中的植物、用于生物燃料生产的原料和/或观赏植物等植物具有经济、社会和/或环境价值。在一些实例中，植物可用于生产具有经济价值的产品，如谷物、面粉、淀粉、糖浆、粗粉、油、膜、包装、营养食品产品、纸浆、动物饲料、鱼饲料、用于工业化学品的散装材料、谷类产品、经过加工的人类食品、糖、酒精和/或蛋白质。作物植物的非限制性实例包括玉米、水稻、小麦、大麦、高粱、小米、燕麦、黑麦黑小麦、荞麦、甜玉米、甘蔗、洋葱、番茄、草莓和芦笋。在一些实施方案中，本文所述的方法和细菌可用于多种转基因植物、非转基因植物和其杂交植物中的任一种。[0478]在一些实例中，可使用本文所公开的方法和组合物获得或改良的植物可包括对于农业、园艺、用于生产生物燃料分子和其他化学品的生物质和/或林业来说重要或令人感兴趣的植物。这些植物的一些实例可包括菠萝、香蕉、椰子、百合、家山黧豆(grasspea)和草；以及双子叶植物，例如豆类、苜蓿、粘果酸浆(tomatillo)、甜瓜、鹰嘴豆、菊苣、三叶草、羽衣甘蓝、小扁豆、大豆、烟草、马铃薯、甘薯、萝卜、甘蓝菜、油菜(rape)、苹果树、葡萄、棉、葵花、拟南芥(thalecress)、芥花、柑橘属(包括橙、柑橘(mandarin)、金橘(kumquat)、柠檬、酸橙、葡萄柚、红橘(tangerine)、橘柚(tangelo)、香橼(citron)以及柚子(pomelo))、胡椒、菜豆(bean)、生菜、柳枝稷(panicumvirgatum)(风倾草(switch))、高粱(sorghumbicolor)(高粱(sorghum)、苏丹草(sudan))、奇岗(miscanthusgiganteus)(芒草)、蔗属(saccharumsp.)(能源甘蔗(energycane))、欧洲大叶杨(populusbalsamifera)(白杨)、玉蜀黍(玉米)、大豆(glycinemax)(大豆(soybean))、甘蓝型油菜(brassicanapus)(芥花)、普通小麦(triticumaestivum)(小麦)、陆地棉(gossypiumhirsutum)(棉)、水稻(oryzasativa)(水稻(rice))、向日葵(helianthusannuus)(向日葵(sunflower))、紫花苜蓿(medicagosativa)(苜蓿)、甜菜(betavulgaris)(甜菜(sugarbeet))、御谷(pennisetumglaucum)(珍珠粟)、黍属(panicumspp.)、高粱属、芒属、蔗属、蔗茅属(erianthusspp.)、白杨属(populusspp.)、黑麦(secalecereale)(黑麦(rye))、柳属(salixspp.)(柳树)、桉属(eucalyptusspp.)(桉树)、小黑麦属(triticosecalespp.)(小麦属‑25小麦x黑麦)、竹子、红花(carthamustinctorius)(红花(safflower))、桐油树(jatrophacurcas)(麻风树属(jatropha))、蓖麻(ricinuscommunis)(蓖麻(castor))、油棕(elaeisguineensis)(油棕(oilpalm))、海枣(phoenixdactylifera)(椰枣(datepalm))、肯氏假槟榔(archontophoenixcunninghamiana)(国王假槟榔(kingpalm))、金山葵(syagrusromanzoffiana)(皇后葵(queenpalm))、亚麻(linumusitatissimum)(亚麻(linumusitatissimum))、芥菜(brassicajuncea)、木薯(manihotesculenta)(木薯(cassaya))、番茄(lycopersiconesculentum)(番茄(tomato))、莴苣(lactucasaliva)(生菜)、大蕉(musaparadisiaca)(香蕉)、马铃薯(solanumtuberosum)(马铃薯(potato))、甘蓝(brassicaoleracea)(椰菜、花椰菜、球芽甘蓝)、山茶(camelliasinensis)(茶)、草莓(fragariaananassa)(草莓(strawberry))、可可树(theobromacacao)(可可(cocoa))、小粒咖啡(coffeaarabica)(咖啡)、酿酒葡萄(vitisvinifera)(葡萄)、菠萝(ananascomosus)(菠萝(pineapple))、辣椒(capsicumannum)(辣椒和甜椒)、洋葱(alliumcepa)(洋葱(onion))、厚皮甜瓜(cucumismelo)(甜瓜)、黄瓜(cucumissativus)(黄瓜(cucumber))、笋瓜(cucurbitamaxima)(南瓜属(squash))、南瓜(cucurbitamoschata)(南瓜属)、菠菜(spinaceaoleracea)(菠菜(spinach))、西瓜属(citrulluslanatus)(西瓜)、咖啡黄葵(abelmoschusesculentus)(秋葵)、茄(solanummelongena)(茄子)、罂粟(papaversomniferum)(罂粟(opiumpoppy))、东方罂粟(papaverorientale)、欧洲红豆杉(taxusbaccata)、短叶红豆杉(taxusbrevifolia)、黄花蒿(artemisiaannua)、大麻(cannabissaliva)、喜树(camptothecaacuminate)、长春花(catharanthusroseus)、长春花(vincarosea)、正鸡纳树(cinchonaofficinalis)、秋水仙(coichicumautumnale)、加州藜芦(veratrumcalifornica)、洋地黄(digitalislanata)、毛地黄(digitalispurpurea)、薯蓣5属(dioscorea5spp.)、穿心莲(andrographispaniculata)、颠茄(atropabelladonna)、曼陀罗(daturastomonium)、小檗属(berberisspp.)、三尖杉属(cephalotaxusspp.)、麻黄(ephedrasinica)、麻黄属(ephedraspp.)、古柯(erythroxylumcoca)、雪花莲(galanthuswornorii)、赛莨菪属(scopoliaspp.)、千层塔(lycopodiumserratum)(蛇足石杉(huperziaserrata))、石松属(lycopodiumspp.)、蛇根木(rauwolfiaserpentina)、萝芙木属(rauwolfiaspp.)、血根草(sanguinariacanadensis)、天仙子属(hyoscyamusspp.)、金盏花(calendulaofficinalis)、短舌匹菊(chrysanthemumparthenium)、毛喉鞘蕊花(coleusforskohlii)、小白菊(tanacetumparthenium)、灰白银胶菊(partheniumargentatum)(银胶菊(guayule))、橡胶树属(heveaspp.)(橡胶)、留兰香(menthaspicata)(薄荷)、辣薄荷(menthapiperita)(薄荷)、红木(bixaorellana)、六出花属(alstroemeriaspp.)、蔷薇属(rosaspp.)(玫瑰)、香石竹(dianthuscaryophyllus)(康乃馨)、矮牵牛属(petuniaspp.)(矮牵牛)、一品红(poinsettiapulcherrima)(一品红(poinsettia))、烟草(nicotianatabacum)(烟草(tobacco))、白羽扇豆(lupinusalbus)(羽扇豆)、海燕麦(uniolapaniculata)(燕麦)、大麦(hordeumvulgare)(大麦(barley))以及黑麦草属(loliumspp.)(黑麦)。[0479]在一些实例中，可使用单子叶植物。单子叶植物属于：泽泻目(alismatales)、天南星目(arales)、棕榈目(arecales)、凤梨目(bromeliales)、鸭跖草目(commelinales)、环花目(cyclanthales)、莎草目(cyperales)、谷精草目(eriocaulales)、水鳖目(hydrocharitales)、灯芯草目(juncales)、百合目(lilliales)、茨藻目(najadales)、兰目(orchidales)、露兜树目(pandanales)、禾本目(poales)、帚灯草目(restionales)、霉草目(triuridales)、香蒲目(typhales)和姜目(zingiberales)。属于裸子植物纲(gymnospermae)的植物有苏铁目(cycadales)、银杏目(ginkgoales)、买麻藤目(gnetales)和松目(pinales)。在一些实例中，单子叶植物可选自由以下组成的组：玉蜀黍、水稻、小麦、大麦和甘蔗。[0480]在一些实例中，可使用双子叶植物，包括属于以下目的植物：马兜铃目(aristochiales)、菊目(asterales)、肉穗果目(batales)、桔梗目(campanulales)、白花菜目(capparales)、石竹目(caryophyllales)、木麻黄目(casuarinales)、卫矛目(celastrales)、山茱萸目(cornales)、岩梅目(diapensales)、五桠果目(dilleniales)、川续断目(dipsacales)、柿树目(ebenales)、杜鹃花目(ericales)、杜仲目(eucomiales)、大戟目(euphorbiales)、豆目(fabales)、壳斗目(fagales)、龙胆目(gentianales)、牻牛儿苗目(geraniales)、小二仙草目(haloragales)、金缕梅目(hamamelidales)、middles目、胡桃目(juglandales)、唇形目(lamiales)、樟目(laurales)、玉蕊目(lecythidales)、莱脱纳目(leitneriales)、木兰目(magniolales)、锦葵目(malvales)、杨梅目(myricales)、桃金娘目(myrtales)、睡莲目(nymphaeales)、罂粟目(papeverales)、胡椒目(piperales)、车前目(plantaginales)、蓝雪目(plumbaginales)、川苔草目(podostemales)、花葱目(polemoniales)、远志目(polygalales)、蓼目(polygonales)、报春花目(primulales)、山龙眼目(proteales)、大花草目(rafflesiales)、毛茛目clarage)、俄亥俄州蓝色克拉格玉(ohioblueclarage)、彻罗基白鹰玉(cherokeewhiteeagle)、山核桃藤玉(hickorycane)、山核桃国王玉(hickoryking)、杰里科尔斯双生玉(jellicorsetwin)、肯塔基州彩虹玉(kentuckyrainbow)、戴蒙摩根的屠夫武士玉(daymonmorgan′sknt.butcher)、利明玉(leaming)、利明黄玉(leaming’syellow)、麦科马克的蓝巨人玉(mccormack’sbluegiant)、尼尔帕马斯特玉(nealpaymaster)、彭戈溪屠夫玉(pungocreekbutcher)、里德黄凹玉(reid’syellowdent)、罗藤克拉格玉(rottenclarage)和田纳西州红穗玉(tennesseeredcob)。[0497]在一些实施方案中，玉米品种包括p1618w、p1306w、p1345、p1151、p1197、p0574、p0589和p0157。w＝白色玉米。[0498]在一些实施方案中，本文所述的方法和细菌适合于本文所阐述的玉蜀黍品种中的任何杂交体。[0499]基因修饰的玉蜀黍[0500]本文所述的方法和细菌适合于基因修饰的玉蜀黍植物或其部分的杂交体、品种、谱系等中的任一种。[0501]此外，本文所述的方法和细菌适合于已经在一个或多个国家中批准的以下基因修饰的玉蜀黍事件中的任一者：32138(32138sptmaintainer)、3272(enogen)、3272xbt11、3272xbt11xga21、3272xbt11xmir604、3272xbt11xmir604xga21、3272xbt11xmir604xtc1507x5307xga21、3272xga21、3272xmir604、3272xmir604xga21、4114、5307(agrisureduracade)、5307xga21、5307xmir604xbt11xtc1507xga21(agrisureduracade5122)、5307xmir604xbt11xtc1507xga21xmir162(agrisureduracade5222)、59122(herculexrw)、59122xdas40278、59122xga21、59122xmir604、59122xmir604xga21、59122xmir604xtc1507、59122xmir604xtc1507xga21、59122xmon810、59122xmon810xmir604、59122xmon810xnk603、59122xmon810xnk603xmir604、59122xmon88017、59122xmon88017xdas40278、59122xnk603(herculexrwroundupready2)、59122xnk603xmir604、59122xtc1507xga21、676、678、680、3751ir、98140、98140x59122、98140xtc1507、98140xtc1507x59122、bt10(bt10)、bt11[x4334cbr、x4734cbr](agrisurecb/ll)、bt11x5307、bt11x5307xga21、bt11x59122xmir604、br11x59122xmir604xga21、bt11x59122xmir604xtc1507、m53、m56、das‑59122‑7、bt11x59122xmir604xtc1507xga21、bt11x59122xtc1507、tc1507xdas‑59122‑7、bt11x59122xtc1507xga21、bt11xga21(agrisuregt/cb/ll)、bt11xmir162(agrisureviptera2100)、bt11xmir162x5307、btl1xmir162x5307xga21、bt11xmir162xga21(agrisureviptera3110)、bt11xmir162xmir604(agrisureviptera3100)、bt11xmir162xmir604x5307、bt11xmir162xmir604x5307xga21、bt11xmir162xmir604xga21(agrisureviptera3111/agrisureviptera4)、bt11、mir162xmir604xmon89034x5307xga21、bt11xmir162xmir604xtc1507、bt11xmir162xmir604xtc1507x5307、bt11xmir162xmir604xtc1507xga21、bt11xmir162xmon89034、bt11xmir162xmon89034xga21、bt11xmir162xtc1507、bt11xmir162xtc1507x5307、bt11xmir162xtc1507x5307xga21、bt11xmr162xtc1507xga21(agrisureviptera3220)、bt11xmir604(agrisurebc/ll/rw)、bt11xmir604x5307、bt11xmir604x5307xga21、bt11xmir604xga21、bt11xmir604xtc1507、bt11xmir604xtc1507x5307、bt11xmir604xtc1507xga21、bt11xxga21、bt11xtc1507、bt11xtc1507x5307、bt11xtc1507xga21、bt176[176](naturgardknockout/maximizer)、bvla430101、cbh‑351(starlinkmaize)、das40278(enlistmaize)、das40278xnk603、dbt418(btxtramaize)、dll25[b16]、ga21(roundupreadymaize/agrisuregt)、ga21xmon810(roundupreadyyieldgardmaize)、ga21xt25、hcem485、ly038(maveramaize)、ly038xmon810(maverayieldgardmaize)、mir162(agrisureviptera)、mir162x5307、mir162x5307xga21、mir162xga21、mir162xmir604、mir162xmir604x5307、mir162xmir604x5307xga21、mir162xmir604xga21、mir162xmir604xtc1507x5307、mir162xmir604xtc1507x5307xga21、mir162xmir604xtc1507xga21、mir162xmir162xnk603、mir162xtc1507、mir162xtc1507x5307、mir162xtc1507x5307xga21、mir162xtc1507xga21、mir604(agrisurerw)、mir604x5307、mir604x5307xga21、mir604xga21(agrisuregt/rw)、mir604xnk603、mir604xtc1507、mir604xtc1507x5307、mir604xtc1507x5307xga21、mir604xtc1507xga21、mon801[mon80100]、mon802、mon809、mon810(yieldgard、maizegard)、mon810xmir162、mon810xmir162xnk603、mon810xmir604、mon810xmon88017(yieldgardvttriple)、mon810xnk603xmir604、mon832(roundupreadymaize)、mon863(yieldgardrootwormrw、maxgard)、mon863xmon810(yieldgardplus)、mon863xmon810xnk603(yieldgardpluswithrr)、mon863xnk603(yieldgardrw rr)、mon87403、mon87411、mon87419、mon87427(roundupreadymaize)、mon87427x59122、mon87427xmon88017、mon87427xmon88017x59122、mon87427xmon89034、mon87427xmon89034x59122、mon87427xmon89034xmir162xmon87411、mon87427xmon89034xmon88017、mon87427xmon89034xmon88017x59122、mon87427xmon89034xnk603、mon87427xmon89034xtc1507、mon87427xmon89034xtc1507x59122、mon87427xmon89034xtc1507xmon87411x59122、mon87427xmon89034xtc1507xmon87411x59122xdas40278、mon87427xmon89034xtc1507xmon88017、mon87427xxmir162xnk603、mon87427xxxx59122、mon87427xtc1507、mon87427xtc1507x59122、mon87427xtc1507xmon88017、mon87427xtc1507xmon88017x59122、mon87460(genuitydroughtgard)、mon87460xmon88017、mon87460xmon89034xmon88017、mon87460xmon89034xnk603、mon87460xnk603、mon88017、mon88017xdas40278、mon89034、mon89034x59122、mon89034x59122xdas40278、mon89034x59122xmon88017、mon89034x59122xmon88017xdas40278、mon89034xdas40278、mon89034xmon87460、mon89034xmon88017(genuityvttriplepro)、mon89034xmon88017xdas40278、mon89034xnk603(genuityvtdoublepro)、mon89034xnk603xdas40278、mon89034xtc1507、mon89034xtc1507x59122、mon89034xtc1507x59122xdas40278、mon89034xtc1507xdas40278、mon89034xtc1507xmon88017、mon89034xtc1507xmon88017x59122(genuitysmartstax)、mon89034xtc1507xmon88017x59122xdas40278、mon89034xtc1507xmon88017xdas40278、mon89034xtc1507xnk603(powercore)、mon89034xtc1507xnk603xdas40278、mon89034xtc1507xnk603xmir162、mon89034xtc1507xnk603xmir162xdas40278、xga21、ms3(invigormaize)、ms6(invigormaize)、mzhg0jg、mzir098、nk603(roundupready2maize)、nk603xmon810x4114xmir604、nk603xmon810(yieldgardcb rr)、nk603xt25(roundupreadylibertylinkmaize)、t14(libertylinkmaize)、t25(libertylinkmaize)、t25xmon810(libertylinkyieldgardmaize)、tc1507(herculexi、herculexcb)、tc1507x59122xmon810xmir604xnk603(optimumintrasectxtreme)、tc1507xmon810xmir604xnk603、tc1507x5307、tc1507x5307xga21、tc1507x59122(herculexxtra)、tc1507x59122xdas40278、tc1507x59122xmon810、tc1507x59122xmon810xmir604、tc1507x59122xmon810xnk603(optimumintrasectxtra)、tc1507x59122xmon88017、tc1507x59122xmon88017xdas40278、tc1507x59122xnk603(herculexxtrarr)、tc1507x59122xnk603xmir604、tc1507xdas40278、tc1507xga21、tc1507xmir162xnk603、tc1507xmir604xnk603(optimumtrisect)、tc1507xmon810、tc1507xmon810xmir162、tc1507xmon810xmir162xnk603、tc1507xmon810xmir604、tc1507xmon810xnk603(optimumintrasect)、tc1507xmon810xnk603xmir604、tc1507xmon88017、tc1507xmon88017xdas40278、tc1507xnk603(herculexirr)、tc1507xnk603xdas40278、tc6275和vco‑01981‑5。[0502]额外的基因修饰的植物[0503]本文所述的方法和细菌适合于多种基因修饰的植物或其部分中的任一种。[0504]此外，本文所述的方法和细菌适合于已经在一个或多个国家中批准的以下基因修饰的植物事件中的任一种。[0505]表14‑可与本公开的微生物组合的水稻性状[0506][0507][0508]表15‑可与本公开的微生物组合的苜蓿性状[0509][0510]表16‑可与本公开的微生物组合的小麦性状[0511][0512][0513]表17‑可与本公开的微生物组合的向日葵性状[0514][0515]表18‑可与本公开的微生物组合的大豆性状[0516][0517][0518][0519]表19‑可与本公开的微生物组合的玉米性状[0520][0521][0522][0523][0524][0525][0526][0527][0528][0529][0530][0531][0532]以下是对于表19中出现的简写的定义。am‑具有ygcb、hx1、ll、rr2的optimumacremax昆虫保护系统。amt‑具有rw、ygcb、hx1、ll、rr2的optimumacremaxtrisect昆虫保护系统。amxt‑(optimumacremaxxtreme)。hxx‑ꢀherculexxtra含有herculexi和herculexrw基因。hx1‑含有herculexi昆虫保护基因，其可防护欧洲玉米蛀虫、西南玉米蛀虫、黑毛虫、秋夜蛾、西方豆毛虫(westernbeancutworm)、小玉米茎蛀虫、南方玉米茎蛀虫和甘蔗蛀虫；以及抑制玉米穗虫。ll‑含有用于抗liberty除草剂的libertylink基因。rr2‑含有roundupready玉米2号性状，其当根据标签说明施加时，针对过度施加标签说明的草甘膦除草剂提供作物安全性。ygcb‑ꢀ含有yieldgard玉米蛀虫基因，其对欧洲玉米蛀虫、西南玉米蛀虫和南方玉米茎秆蛀虫提供高水平的抗性；对玉米玉米穗虫和普通茎秆蛀虫提供中等抗性；对秋夜蛾提供高于平均水平的抗性。rw‑含有agrisure根虫抗性性状。q‑针对易受影响的欧洲玉米蛀虫、西南玉米蛀虫、黑毛虫、秋夜蛾、小玉米茎秆蛀虫、南方玉米茎秆蛀虫、茎秆蛀虫、甘蔗蛀虫和玉米穗虫提供保护或抑制；以及提供保护免于易受影响的西方玉米根虫、北方玉米根虫和墨西哥玉米根虫造成的幼虫损伤；含有(1)产生cry1f和cry34ab1和cry35ab1蛋白质的herculexxtra昆虫保护基因，(2)包括产生mcry3a蛋白质的基因的agrisurerw性状，以及(3)产生cry1ab蛋白质的yieldgard玉米蛀虫基因。[0533]农业组合物的浓度和施用率[0534]如前所述，可多种方式将包含所教导微生物的本公开的农业组合物施加至植物。在两个特定方面，本公开涵盖犁沟内处理剂或种子处理剂。[0535]对于种子处理剂实施方案，本公开的微生物可以以多种浓度存在于种子上。举例来说，微生物可以以如下每个种子的cfu浓度存在于种子处理剂中：1×101、1×102、1×ꢀ103、1×104、1×105、1×106、1×107、1×108、1×109、1×1010或更多。在特定方面，种子处理剂组合物包含每个种子约1×104至约1×108cfu。在其他特定方面，种子处理剂组合物包含每个种子约1×105至约1×107cfu/种子。在其他方面，种子处理剂组合物包含每个种子约1×105cfu。[0536]在美国，大约10％的玉米种植面积以每英亩多于大约36,000粒种子的种子密度进行种植；1/3的种植面积以每英亩约33,000至36,000粒种子的种子密度进行种植；1/3的种植面积以每英亩约30,000至33,000粒种子的种子密度进行种植，其余的种植面积是可变的。参见stevebutzen撰写的“cornseedingrateconsiderations”，网址为：www.pioneer.com/home/site/us/agronomy/library/corn‑seeding‑rate‑considerations/。[0537]以下表20在预期的种子处理实施方案中使用各种每种子cfu浓度(各行)和各种种子种植面积种植密度(第1列：15k‑41k)来计算每英亩的cfu总量，其将应用在各种农业场景中(即，每个种子的种子处理剂浓度×每英亩种植的种子密度)。因此，如果要利用每个种子1×106cfu的种子处理剂并且每英亩种植30,000粒种子，则每英亩的总cfu含量为3×1010(即30k*1ꢀ×106)。[0538]表20：种子处理剂实施方案的每英亩总cfu计算[0539][0540][0541]对于犁沟内实施方案，本公开的微生物可以以如下的每英亩cfu浓度施加：1×ꢀ106、3.20×1010、1.60×1011、3.20×1011、8.0×1011、1.6×1012、3.20×1012或更多。因此，在一些方面，液体犁沟内组合物可以以每英亩约1×106至约3×1012的浓度施加。[0542]在一些方面，犁沟内组合物包含在液体制剂中。在液体犁沟内实施方案中，微生物可以以如下的每毫升cfu浓度存在：1×101、1×102、1×103、1×104、1×105、1×ꢀ106、1×107、1×108、1×109、1×1010、1×1011、1×1012、1×1013或更多。在某些方面，液体犁沟内组合物包含浓度为每毫升约1×106至约1×1011cfu的微生物。在其他方面，液体犁沟内组合物包含浓度为每毫升约1×107至约1×1010cfu的微生物。在其他方面，液体犁沟内组合物包含浓度为每毫升约1×108至约1×109cfu的微生物。在其他方面，液体犁沟内组合物包含浓度为至多每毫升约1×1013cfu的微生物。[0543]候选微生物的转录组谱分析[0544]本发明人的先前工作需要对菌株ci010进行转录组谱分析，以鉴定在环境氮存在下具有活性的启动子。菌株ci010在补充有10mm谷氨酰胺的确定的无氮培养基中培养。从这些培养物中提取总rna(qiagenrneasy试剂盒)，并且使其通过illuminahiseq(seqmatic，fremontca)进行rnaseqsequencing。使用geneious将测序读段映射到ci010基因组数据，并且鉴定在近端转录启动子控制下的高度表达基因。[0545]表21‑23列出了如通过总rna的rnaseq测序测量的基因及其相对表达水平。记录近端启动子的序列以用于诱变nif途径、氮利用相关途径或具有所需表达水平的其他基因。[0546]表21[0547][0548]表22[0549][0550]表23[0551][0552]表24‑菌株的表[0553][0554][0555][0556][0557]聚合物[0558]在一些方面，预期本公开的聚合物增加在不同温度下储存一段时间的细菌的稳定性和/或活力。本公开考虑了多种聚合物，包括：合成聚合物、天然存在的聚合物、共聚物、干相聚合物、湿相聚合物、半干聚合物、凝胶聚合物、微孔聚合物、乳液聚合物、成膜聚合物、异形球(allosphere)(聚合纳米材料)、电纺聚合物、交联聚合物以及它们的组合。[0559]在一些方面，聚合物是天然存在的聚合物。在一些方面，聚合物由植物或植物部分产生。在一些方面，聚合物来源于植物、植物部分或来自其的物质。在一些方面，聚合物由动物或动物部分产生。在一些方面，聚合物来源于动物、动物部分或来自其的物质。在一些方面，聚合物由微生物如藻类、原生生物、细菌或真菌产生。在一些方面，聚合物来源于微生物或来自微生物的物质。在一些方面，聚合物是外聚合物。在一些方面，聚合物是内聚合物。[0560]在一些方面，聚合物仅含有一种类型的单体的重复单元。在一些方面，聚合物含有超过一种类型的单体的重复单元(共聚物)。在一些方面，聚合物结构是线性聚合物‑ꢀ线性聚合物。在一些方面，聚合物结构是支化聚合物‑支化聚合物。在一些方面，聚合物结构是网络聚合物。在一些方面，聚合物是互穿网络聚合物。[0561]在一些方面，聚合物经静电纺丝以使用高电压从聚合物溶液产生亚微米和纳米微米尺度的细聚合物纤维。[0562]在一些方面，聚合物选自：聚乙烯吡咯烷酮、聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯共聚物(pvp‑va)、1‑乙烯基十六烷基‑2‑吡咯啉二酮均聚物、角叉菜胶、海藻酸钠、羟丙基甲基纤维素(hpmc)、聚乙二醇、阿拉伯树胶、麦芽糊精、海藻酸钠、海藻酸盐、黄原胶、羧甲基纤维素(cmc)、羧甲基纤维素钠(na‑cmc)、淀粉br‑07、淀粉br‑08、淀粉和淀粉衍生物、支链淀粉、壳聚糖、糖胺聚糖(gag)、硫酸角质素gag、透明质酸gag、硫酸肝素gag、硫酸软骨素gag、聚合纤维蛋白、聚甲基丙烯酸酯、聚丙烯酸、聚甲基丙烯酸、苯乙烯‑丁二烯、丙烯酸、苯乙烯‑丙烯酸、乙酸乙烯酯、生育酚聚乙二醇琥珀酸酯(tpgs)基聚合物和聚(乳酸‑乙醇酸共聚物)(plga)等。[0563]在一些方面，聚合物是蛋白质。在一些方面，蛋白质可选自大豆蛋白、豌豆蛋白、乳清蛋白、大麻蛋白，以及乳(如脱脂乳)的蛋白质组分。在一些方面，大豆蛋白、豌豆蛋白、乳清蛋白和大麻蛋白是来自植物或名称中描述的植物特定部分的总蛋白分离物。[0564]在一些方面，淀粉衍生物选自酸处理淀粉(ins1401)、糊精(ins1400)、碱改性淀粉(ins1402)、漂白淀粉(ins1403)、氧化淀粉(ins1404)、酶处理淀粉淀粉(ins1405)、磷酸单淀粉(ins1410)、磷酸二淀粉(ins1412)、乙酰化淀粉(ins1420)、羟丙基化淀粉(ins1440)、环氧乙烷的羟乙基淀粉、辛烯基琥珀酸钠淀粉(ins1450)、辛烯基琥珀酸铝淀粉(ins1452)、阳离子淀粉、一氯乙酸的羧甲基化淀粉。淀粉衍生物可与以下修饰组合：磷酸二淀粉磷酸酯(ins1413)、乙酰化磷酸二淀粉(ins1414)、乙酰化己二酸二淀粉(ins1422)、羟丙基磷酸二淀粉(ins1422)、乙酰化氧化淀粉(ins1451)。[0565]在一些方面，聚合物能够形成水凝胶，所述水凝胶是不溶于水且具有超强吸收性的聚合物链网络(例如，水凝胶可含有超过99％的水)。由于含水量高，水凝胶具有类似于天然组织的高度柔韧性。[0566]细菌可保存在聚合物中。参见rojas‑tapias等人2015.preservationofazotobacterchroococcumvegetativecellsindrypolymers.universitasscientiarum.20(2)：201‑207；amalraj等人2013.effectofpolymericadditives，adjuvants，surfactantsonsurvival，stabilityandplantgrowthpromotingabilityofliquidbioinoculants.jplantphysiolpathol.1(2)：1‑5；nagy等人2014.nanofibroussoliddosageformoflivingbacteriapreparedbyelectrospinning.expresspolymerletters.8(5)：352‑361。[0567]聚合物组合物[0568]在一些方面，聚合物组合物是一种或多种聚合物与本公开的任何一种或多种微生物的组合。在一些方面，聚合物组合物包含本公开的任何一种或多种细菌。在一些方面，聚合物组合物包含本公开的任何一种或多种固氮微生物。在一些方面，聚合物组合物不包含任何微生物。在一些方面，聚合物组合物是无菌的。[0569]在一些方面，聚合物组合物是两种或更多种聚合物的组合。在一些方面，聚合物组合物包含单一微生物物种，形成纯培养物。在一些方面，聚合物组合物包含细菌聚生体。在一些方面，聚合物组合物包含一种或多种微生物物种。在一些方面，聚合物组合物包含至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种微生物物种。[0570]在一些方面，聚合物组合物是液体。在一些方面，聚合物组合物是固体。在一些方面，聚合物组合物包含固体和液体元素。在一些方面，聚合物组合物是半固体。在一些方面，聚合物组合物是凝胶。在一些方面，聚合物组合物是经干燥的。在一些方面，聚合物组合物呈砂或颗粒状材料的形式。在一些方面，聚合物组合物是粉末。在一些方面，聚合物组合物包含本文所公开的任何一种或多种元素。[0571]在一些方面，聚合物组合物可包含一种或多种微生物生物膜。在一些方面，生物膜对于聚合物组合物的一种或多种微生物而言是异源的。在一些方面，聚合物组合物可包含与其他聚合物组合的一种或多种微生物生物膜。在一些方面，聚合物和生物膜的组合展现协同效应。[0572]在一些实施方案中，在一种或多种聚合物彼此接触的情况下，本公开的至少两种聚合物的组合在本文所述的一种或多种性状方面展现协同效应。通过所教导的方法获得的协同效应可例如根据科尔比公式(即，(e)＝x y‑(x*y/100))来量化。参见colby，r.s.，“calculatingsynergisticandantagonisticresponsesofherbicidecombinations，”ꢀ1967.weeds.第15卷，第20‑22页，全文以引用方式并入本文。因此，“协同”旨在反映结果/参数/效果增加的程度超过累加量。[0573]在一些方面，本公开的细菌经干燥/变干，使得多个细胞保持存活。在一些实施方案中，将干燥/变干的细菌细胞引入到聚合物组合物中。在一些方面，将细菌在聚合物形成时引入到聚合物中。在一些方面，将细菌在聚合物交联时引入到聚合物中。在一些实施方案中，将细菌用聚合物喷洒或包被。在一些方面，将细菌混合到聚合物中。在一些实施方案中，细菌呈液体生物质的形式。在一些方面，细菌呈浓缩糊剂的形式。在一些方面，细菌呈凝胶的形式。[0574]在一些方面，聚合物组合物是固体。在一些方面，聚合物组合物经研磨而产生砂/颗粒。在一些方面，聚合物组合物经研磨而产生尺寸为约10微米、约20微米、约30微米、约40微米、约50微米、约60微米、约70微米、约80微米、约90微米、约100微米、约150微米、约200微米、约250微米、约300微米、约350微米、约400微米、约450微米、约500微米、约550微米、约600微米、约650微米、约700微米、约750微米、约800微米、约850微米、约900微米、约950微米或约1,000微米的粒子。[0575]在一些方面，聚合物组合物与蜡、脂肪、油、脂肪酸、脂肪醇或其他具有相似物理化学特性的化学化合物组合并喷雾凝结成约10微米、约20微米、约30微米、约40微米、约50微米、约60微米、约70微米、约80微米、约90微米、约100微米、约150微米、约200微米、约250微米、约300微米、约350微米、约400微米、约450微米、约500微米、约550微米、约600微米、约650微米、约700微米、约750微米、约800微米、约850微米、约900微米、约950微米或约1,000微米的珠粒。[0576]在一些方面，本公开的聚合物组合物囊封微生物。在一些实施方案中，将微生物由本公开的聚合物组合物以外的一种或多种化合物囊封。在一些方面，将微生物囊封，然后加入/暴露于聚合物组合物。在一些方面，将微生物添加/暴露于聚合物组合物，然后用额外材料囊封。[0577]本公开的囊封组合物保护微生物免受外部胁迫源如温度、辐射等的影响。在一些方面，外部胁迫源包括热和物理胁迫源。在一些方面，外部胁迫源包括组合物中存在的化学物质。囊封组合物进一步创造可能对微生物有益的环境，例如最小化含氧环境对厌氧微生物的氧化胁迫。关于微生物的囊封组合物和囊封微生物的方法参见kalsta等人(us5,104,662a)、ford(us5,733,568a)以及mosbach和nilsson(us4,647,536a)。[0578]在一些方面，本公开的组合物展现热耐受性，其可与耐热性和热抗性互换使用。在一些方面，本公开的组合物在非冷藏环境中展现热耐受性。在一些方面，本公开的组合物在环境温度下展现热耐受性。在一些方面，本公开的组合物在约4℃、约6℃、约10℃、约12℃、约14℃、约16℃、约18℃、约20℃、约22℃、约24℃、约26℃、约28℃、约30℃、约32℃、约34℃、约36℃、约38℃、约40℃或约42℃的温度下展现热耐受性。在一些方面，本公开的组合物在至少4℃、至少6℃、至少10℃、至少12℃、至少14℃、至少16℃、至少18℃、至少20℃、至少22℃、至少24℃、至少26℃、至少28℃、至少30℃、至少32℃、至少34℃、至少36℃、至少38℃、至少40℃、至少42℃、至少44℃、至少46℃、至少48℃、至少50℃、至少52℃、至少54℃、至少56℃、至少58℃或至少60℃的温度下展现耐热性。[0579]在一些方面，本公开的耐热组合物耐受与在高热环境等中储存相关的高温。在一些方面，本公开的耐热组合物耐受细胞壁组分和细胞内环境的热杀灭和变性。[0580]在一些方面，囊封是储库型囊封。在一些方面，囊封是矩阵型囊封。在一些方面，囊封是包被矩阵型囊封。burgain等人(2011.j.foodeng.104：467‑483)公开了许多囊封实施方案和技术，所有这些都以引用方式并入。[0581]在一些方面，本公开的组合物囊封在以下一者或多者中：结冷胶、黄原胶、k‑角叉菜胶、邻苯二甲酸乙酸纤维素、壳聚糖、淀粉、淀粉衍生物、乳脂、乳清蛋白、海藻酸盐、海藻酸钙、海藻酸镁、低聚果糖(raftilose)、raftiline、果胶、糖类、葡萄糖、麦芽糊精、阿拉伯树胶、瓜尔豆、种子粉、海藻酸盐、糊精、葡聚糖、纤维素、明胶、明胶、白蛋白、酪蛋白、谷蛋白、阿拉伯树胶、黄蓍胶、蜡、石蜡、硬脂酸、硅酸盐、甘油单二酯和甘油二酯。在一些实施方案中，本公开的组合物由聚合物、碳水化合物、糖、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸或甘油酯中的一者或多者囊封。[0582]在一些方面，本公开的组合物的囊封通过挤出、乳化、包被、附聚、冻干、玻璃化、泡沫干燥、蒸发保存、真空干燥、静电纺丝或喷雾干燥进行。[0583]在一些方面，囊封组合物包含具有囊封在固体壳材料中的多个液体核的微胶囊。出于本公开的目的，“多个”核被定义为两个或更多个。在一些方面，囊封组合物包含多个固体核。在一些方面，囊封组合物包含多个两种或更多种类型的固体核。在一些方面，固体核的类型因释放时间而异。在一些方面，囊封组合物包含多个两种或更多种类型的实体核，其中至少一种类型的实体核在施用后提供内容物的快速释放，并且至少一种类型的实体核在施用后提供内容物的缓慢释放；由此产生一种组合物，所述组合物可持续一段时间接种微生物。[0584]在一些方面，根据本公开，考虑各种辅助材料单独使用或与其他材料组合使用。在一些方面，辅助材料可选自：抗氧化剂、光稳定剂、染料和色淀、精油、抗结块剂、填充剂、ph稳定剂、分散剂、消泡剂、润湿剂、偶联剂、糖(单糖、二糖、三糖和多糖)等，它们可以不降低其对本公开的效用的量掺入可熔材料中。[0585]在一些方面，将聚合物引入到包含本公开的任何一种或多种细菌的液体培养基中。在一些方面，将聚合物以至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％的重量百分比引入到包含本公开的任何一种或多种细菌的液体培养基中。[0586]在一些方面，将聚合物以1∶1、2∶1、3∶1、4∶1、5∶1、6∶1、7∶1、8∶1、9∶或10∶1的体积引入到包含任何一种或多种细菌的液体培养基中。[0587]在一些方面，聚合物组合物可包括乳液。在一些方面，聚合物组合物可以是乳液。在一些方面，聚合物组合物可包括纳米乳液。在一些方面，聚合物组合物可以是纳米乳液。[0588]乳液是指在标准情况下通常不混溶(不可混合或不能掺混)的两种或更多种液体的混合物。乳液的一个实例是油醋汁。[0589]纳米乳液与乳液的不同之处在于液滴尺寸等于或小于250nm。纳米乳液不会自发形成；必须施加外部剪切力才能将较大的液滴破裂成较小的液滴。在本公开中，纳米乳液和纳米级乳液用作相同术语的同义词。[0590]在一些实施方案中，乳液和纳米乳液在乳化剂的存在下产生。在一些实施方案中，乳化剂可选自但不限于以下各项：附有相应的cas登记号：硬脂酸铵，1002‑89‑ꢀ7；酸棕榈抗坏血酸酯，137‑66‑6；硬脂酸丁酯，123‑95‑5；硬脂酸钙，1592‑23‑0；单油酸二甘油酯，49553‑76‑6；单硬脂酸二甘油酯，12694‑22‑3；十二烷酸，1，2，3‑丙三醇的单酯，27215‑38‑9；单油酸甘油酯，111‑03‑5；二辛酸甘油酯，36354‑80‑0；二肉豆蔻酸甘油酯，53563‑63‑6；二油酸甘油酯，25637‑84‑7；二硬脂酸甘油酯，1323‑83‑7；单肉豆蔻酸甘油酯，27214‑38‑6；单辛酸甘油酯，26402‑26‑6；单油酸甘油酯，25496‑ꢀ72‑4；单硬脂酸甘油酯，31566‑31‑1；硬脂酸甘油酯，11099‑07‑3；肉豆蔻酸异丙酯，110‑27‑0；卵磷脂，8002‑43‑5；1‑月桂酸单甘油酯，142‑18‑7；1‑肉豆寇酸单甘油酯，589‑68‑4；棕榈酸单甘油酯，26657‑96‑5；辛酸钾盐，764‑71‑6；辛酸钠盐，1984‑06‑ꢀ1；油酸，112‑80‑1；棕榈酸，57‑10‑3；油酸聚甘油酯，9007‑48‑1；硬脂酸聚甘油酯，9009‑32‑9；聚氧乙烯脱水山梨糖醇单月桂酸酯(tween20)，9005‑64‑5；肉豆蔻酸钾，13429‑27‑1；油酸钾，143‑18‑0；硬脂酸钾，593‑29‑3；油酸钠，143‑19‑1；硬脂酸钠，822‑16‑2；大豆卵磷脂，8030‑76‑0；生育酚聚乙二醇琥珀酸酯(tpgs)，9002‑96‑4；维生素e，1406‑18‑4；557‑05‑1和硬脂酸锌，557‑05‑1。[0591]在一些实施方案中，纳米乳液包含小于或约为250nm、245nm、240nm、235nm、230nm、225nm、220nm、215nm、210nm、205nm、200nm、195nm、190nm、185nm、180nm、175nm、170nm、165nm、160nm、155nm、150nm、145nm、140nm、135nm、130nm、125nm、120nm、115nm、110nm、105nm、100nm、95nm、90nm、85nm、80nm、75nm、70nm、65nm、60nm、55nm、50nm、45nm、40nm、35nm、30nm、25nm、20nm、15nm、10nm、5nm、4nm、3nm、2nm或1nm的液滴；其中为或约为修饰词适用于以上指定尺寸中的每一个。[0592]在一些实施方案中，纳米乳液包含尺寸范围为约1nm至5nm、1nm至10nm、1nm至50nm、1nm至100nm、1nm至150nm、1nm至200nm、1nm至250nm、5nm至10nm、5nm至50nm、5nm至100nm、5nm至150nm、5nm至200nm、2nm至250nm、10nm至50nm、10nm至100nm、10nm至150nm、10至200nm、10nm至250nm、25nm至50nm、25nm至100nm、25nm至150nm、25nm至200nm、25nm至250nm、50nm至100nm、50nm至150nm、50nm至200nm、50nm至250nm、100nm至150nm、100nm至200nm、100nm至250nm、150nm至200nm、150nm至250nm和200nm至250nm的液滴；其中约修饰词适用于以上范围中的每一个。[0593]含水量是组合物中水总量的量度，通常表示为总重量的百分比。含水量是确定组合物干重的有用量度，可用于确认组合物的变干/干燥过程是否完成。通过将(组合物的湿重减去变干/干燥后的重量)除以组合物的湿重并乘以100来计算含水量。[0594]含水量定义了组合物中水的含量，但水活度与组合物中的水如何与微生物体反应更相关。水活度越大，微生物体生长的速度就越快。水活度是通过计算组合物中的蒸汽压与纯水的蒸汽压之比来计算的。更具体地，水活度是组合物中水的分蒸汽压除以纯水的标准状态分蒸汽压。纯水的水活度为1。组合物的水活度的测定不是组合物中水的量，而是用于微生物生长的水的可用性的量度。微生物体的生长具有最小和最佳的水活度。[0595]在一个方面，本公开的聚合物组合物是干燥的。如果组合物的含水量在0％与20％之间，则微生物组合物是干燥的。[0596]在一个方面，本公开的聚合物组合物的含水量为约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％。[0597]在一个方面，本公开的聚合物组合物的含水量小于0.5％、小于0.6％、小于0.7％、小于0.8％、小于0.9％、小于1％、小于2％、小于3％、小于4％、小于5％、小于6％、小于7％、小于8％、小于9％、小于10％、小于11％、小于12％、小于13％、小于14％、小于15％、小于16％、小于17％、小于18％、小于19％、小于20％、小于21％、小于22％、小于23％、小于24％、小于25％、小于26％、小于27％、小于28％、小于29％、小于30％、小于31％、小于32％、小于33％、小于34％、小于35％、小于36％、小于37％、小于38％、小于39％、小于40％、小于41％、小于42％、小于43％、小于44％、小于45％、小于46％、小于47％、小于48％、小于49％、小于50％、小于51％、小于52％、小于53％、小于54％、小于55％、小于56％、小于57％、小于58％、小于59％、小于60％、小于61％、小于62％、小于63％、小于64％、小于65％、小于66％、小于67％、小于68％、小于69％、小于70％、小于71％、小于72％、小于73％、小于74％、小于75％、小于76％、小于77％、小于78％、小于79％、小于80％、小于81％、小于82％、小于83％、小于84％、小于85％、小于86％、小于87％、小于88％、小于89％、小于90％、小于91％、小于92％、小于93％、小于94％、小于95％、小于96％、小于97％、小于98％、小于99％或小于100％。[0598]在一个方面，本公开的聚合物组合物的含水量小于约0.5％、小于约0.6％、小于约0.7％、小于约0.8％、小于约0.9％、小于约1％、小于约2％、小于约3％、小于约4％、小于约5％、小于约6％、小于约7％、小于约8％、小于约9％、小于约10％、小于约11％、小于约12％、小于约13％、小于约14％、小于约15％、小于约16％、小于约17％、小于约18％、小于约19％、小于约20％、小于约21％、小于约22％、小于约23％、小于约24％、小于约25％、小于约26％、小于约27％、小于约28％、小于约29％、小于约30％、小于约31％、小于约32％、小于约33％、小于约34％、小于约35％、小于约36％、小于约37％、小于约38％、小于约39％、小于约40％、小于约41％、小于约42％、小于约43％、小于约44％、小于约45％、小于约46％、小于约47％、小于约48％、小于约49％、小于约50％、小于约51％、小于约52％、小于约53％、小于约54％、小于约55％、小于约56％、小于约57％、小于约58％、小于约59％、小于约60％、小于约61％、小于约62％、小于约63％、小于约64％、小于约65％、小于约66％、小于约67％、小于约68％、小于约69％、小于约70％、小于约71％、小于约72％、小于约73％、小于约74％、小于约75％、小于约76％、小于约77％、小于约78％、小于约79％、小于约80％、小于约81％、小于约82％、小于约83％、小于约84％、小于约85％、小于约86％、小于约87％、小于约88％、小于约89％、小于约90％、小于约91％、小于约92％、小于约93％、小于约94％、小于约95％、小于约96％、小于约97％、小于约98％、小于约99％或小于约100％。[0599]在一个方面，本公开的聚合物组合物的含水量为1％至100％、1％至95％、1％至90％、1％至85％、1％至80％、1％至75％、1％至70％、1％至65％、1％至60％、1％至55％、1％至50％、1％至45％、1％至40％、1％至35％、1％至30％、1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至10％、1％至5％、5％至100％、5％至95％、5％至90％、5％至85％、5％至80％、5％至75％、5％至70％、5％至65％、5％至60％、5％至55％、5％至50％、5％至45％、5％至0.85、0.1至0.8、0.1至0.75、0.1至0.70、0.1至0.65、0.1至0.55、0.1至0.50、0.1至0.45、0.1至0.40、0.1至0.35、0.1至0.3、0.1至0.25、0.1至0.2、0.1至0.15、0.15至0.95、0.15至0.90、0.15至0.85、0.15至0.8、0.15至0.75、0.15至0.70、0.15至0.65、0.15至0.55、0.15至0.50、0.15至0.45、0.15至0.40、0.15至0.35、0.15至0.3、0.15至0.25、0.15至0.2、0.2至0.95、0.2至0.90、0.2至0.85、0.2至0.8、0.2至0.75、0.2至0.70、0.2至0.65、0.2至0.55、0.2至0.50、0.2至0.45、0.2至0.40、0.2至0.35、0.2至0.3、0.2至0.25、0.25至0.95、0.25至0.90、0.25至0.85、0.25至0.8、0.25至0.75、0.25至0.70、0.25至0.65、0.25至0.55、0.25至0.50、0.25至0.45、0.25至0.40、0.25至0.35、0.25至0.3、0.3至0.95、0.3至0.90、0.3至0.85、0.3至0.8、0.3至0.75、0.3至0.70、0.3至0.65、0.3至0.55、0.3至0.50、0.3至0.45、0.3至0.40、0.3至0.35、0.35至0.95、0.35至0.90、0.35至0.85、0.35至0.8、0.35至0.75、0.35至0.70、0.35至0.65、0.35至0.55、0.35至0.50、0.35至0.45、0.35至0.40、0.4至0.95、0.4至0.90、0.4至0.85、0.4至0.8、0.4至0.75、0.4至0.70、0.4至0.65、0.4至0.55、0.4至0.50、0.4至0.45、0.45至0.95、0.45至0.90、0.45至0.85、0.45至0.8、0.45至0.75、0.45至0.70、0.45至0.65、0.45至0.55、0.45至0.50、0.5至0.95、0.5至0.90、0.5至0.85、0.5至0.8、0.5至0.75、0.5至0.70、0.5至0.65、0.5至0.55、0.55至0.95、0.55至0.90、0.55至0.85、0.55至0.8、0.55至0.75、0.55至0.70、0.55至0.65、0.6至0.95、0.6至0.90、0.6至0.85、0.6至0.8、0.6至0.75、0.6至0.70、0.65至0.95、0.65至0.90、0.65至0.85、0.65至0.8、0.65至0.75、0.7至0.95、0.7至0.90、0.7至0.85、0.7至0.8、0.75至0.95、0.75至0.90、0.75至0.85、0.8至0.95、0.8至0.90、0.8至0.85、0.85至0.95、0.85至0.90或0.9至0.95。[0604](i)种子包衣[0605]如本文所述，“种子包衣”和“种子处理剂”可互换使用。如本文所述，“种子”包括植物种子、球茎、插条、鳞茎、块茎和任何植物繁殖材料。在一些方面，聚合物组合物被施加至植物种子。在一些方面，聚合物组合物施加至玉米、大豆、油菜、高粱、马铃薯、水稻、蔬菜、谷类、甘蔗、假谷物、棉花和油籽的种子和/或其他植物繁殖材料。谷类的实例可包括大麦、福尼奥米(fonio)、燕麦、帕尔默草(palmer’sgrass)、黑麦、珍珠粟(pearlmillet)、高粱、斯佩尔特小麦(spelt)、画眉草(teff)、黑小麦和小麦。在一些方面，其他植物繁殖材料包括球茎和插条、鳞茎、块茎和任何植物繁殖材料。假谷物的实例可包括面包果(breadnut)、荞麦、香蒲、芡欧鼠尾草(chia)、亚麻、籽粒苋(grainamaranth)、hanza、藜麦和芝麻。在一些实例中，种子可以是基因修饰的生物体(gmo)、非gmo、有机的、新育种技术的产物或常规的。[0606]在一些方面，通过用包含聚合物组合物的液体、浆液或粉末包被种子来将聚合物组合物施加至植物种子。在一些方面，种子包衣是干种子包衣。在一些方面，种子包衣是液体种子包衣。[0607]施用聚合物组合物[0608]在一些方面，本文所述的聚合物组合物可施加到犁沟、滑石中或以种子处理剂形式施用。在一些方面，在到达农场之前或到达农场之后将聚合物组合物施加至种子。在一些方面，将聚合物组合物施加至种子连续或分批处理器。在一些方面，将聚合物组合物施加至螺旋钻处理器中的种子。在一些方面，将聚合物组合物施加于种植机中。在一些方面，使用造粒、包壳和膜包衣的方法将聚合物施加至种子。在一些方面，种植机接收作为干燥物质的聚合物组合物，其用作接种剂使聚合物组合物中的一种或多种细菌就地生长。然后将所得190小时或小于200小时。[0614]在一些方面，在施加之前，将聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合约30分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约11小时、约12小时、约13小时、约14小时、约15小时、约16小时、约17小时、约18小时、约19小时、约20小时、约21小时、约22小时、约23小时、约24小时、约25小时、约26小时、约27小时、约28小时、约29小时、约35小时、约40小时、约45小时、约50小时、约55小时、约60小时、约65小时、约70小时、约75小时、约80小时、约85小时、约90小时、约95小时、约100小时、约110小时、约120小时、约130小时、约140小时、约150小时、约160小时、约170小时、约180小时、约190小时、约200小时或约0小时。[0615]在一些方面，在施加之前，将聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合约1天、约2天、约3天、约4天、约5天、约6天、约7天、约8天、约9天、约10天、约11天、约12天、约13天、约14天、约15天、约16天、约17天、约18天、约19天、约20天、约21天、约22天、约23天、约24天、约25天、约26天、约27天、约28天、约29天、约30天、约35天、约40天、约45天、约50天、约55天、约60天、约65天、约70天、约75天、约80天、约85天、约90天、约95天、约100天、约110天、约120天、约130天、约140天、约150天、约160天、约170天、约180天、约190天、约200天、约210天、约220天、约230天、约240天、约250天、约260天、约270天、约280天、约290天、约300天、约310天、约320天、约330天、约340天、约350天、约360天或约370天。[0616]在一些方面，在施用之前，将聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合少于1天、少于2天、少于3天、少于4天、少于5天、少于6天、少于7天、少于8天、少于9天、少于10天、少于11天、少于12天、少于13天、少于14天、少于15天、少于16天、少于17天、少于18天、少于19天、少于20天、少于21天、少于22天、少于23天、少于24天、少于25天、少于26天、少于27天、少于28天、少于29天、少于30天、少于35天、少于40天、少于45天、少于50天、少于55天、少于60天、少于65天、少于70天、少于75天、少于80天、少于85天、少于90天、少于95天、少于100天、少于110天、少于120天、少于130天、少于140天、少于150天、少于160天、少于170天、少于180天、少于190天、少于200天、少于210天、少于220天、少于230天、少于240天、少于250天、少于260天、少于270天、少于280天、少于290天、少于300天、少于310天、少于320天、少于330天、少于340天、少于350天、少于360天或少于370天。[0617]在一些方面，在施加之前，将聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合约1个月、约2个月、约3个月、约4个月、约5个月、约6个月、约7个月、约8个月、约9个月、约10个月、约11个月、约12个月、约13个月、约14个月、约15个月、约16个月、约17个月、约18个月、约19个月、约20个月、约21个月、约22个月、约23个月、约24个月、约25个月、约26个月、约27个月、约28个月、约29个月、约30个月、约31个月、约32个月、约33个月、约34个月、约35个月、约36个月、约37个月、约38个月、约39个月、约40个月、约41个月、约42个月、约43个月、约44个月、约45个月、约46个月、约47个月、约48个月、约49个月、约50个月、约51个月、约52个月、约53个月、约54个月、约55个月、约56个月、约57个月、约58个月、约59个月或约60个月。[0618]在一些方面，在施用之前，将聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合少于1个月、少于2个月、少于3个月、少于4个月、少于5个月、少于6个月、少于7个月、少于8个月、少于9个月、少于10个月、少于11个月、少于12个月、少于13个月、少于14个月、少于15个月、少于16个月、少于17个月、少于18个月、少于19个月、少于20个月、少于21个月、少于22个月、少于23个月、少于24个月、少于25个月、少于26个月、少于27个月、少于28个月、少于29个月、少于30个月、少于31个月、少于32个月、少于33个月、少于34个月、少于35个月、少于36个月、少于37个月、少于38个月、少于39个月、少于40个月、少于41个月、少于42个月、少于43个月、少于44个月、少于45个月、少于46个月、少于47个月、少于48个月、少于49个月、少于50个月、少于51个月、少于52个月、少于53个月、少于54个月、少于55个月、少于56个月、少于57个月、少于58个月、少于59个月或少于60个月。[0619]在一些方面，聚合物或聚合物组合物作为与一种或多种细菌或微生物组合物分开的混合物或溶液施用。在一些方面，聚合物或聚合物组合物作为与一种或多种细菌或微生物组合物分开的混合物或溶液施用，但与所述一种或多种细菌或微生物组合物同时施用。在一些方面，聚合物或聚合物组合物作为与一种或多种细菌或微生物组合物分开的混合物或溶液施用，但紧接在所述一种或多种细菌或微生物组合物之前施用。在一些方面，聚合物或聚合物组合物作为与一种或多种细菌或微生物组合物分开的混合物或溶液施用，但紧接在所述一种或多种细菌或微生物组合物之后施用。[0620]在一些方面，聚合物或聚合物组合物在收获细菌后立即与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合。在一些方面，聚合物或聚合物组合物在一种或多种细菌或微生物组合物已经干燥后立即与所述一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合。在一些方面，聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合，然后将所得微生物聚合物组合物干燥。[0621]在一些方面，第一聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物组合/混合形成微生物聚合物组合物。在一些方面，第二聚合物或聚合物组合物与微生物聚合物组合物组合/混合。在一些方面，第三聚合物或聚合物组合物与包含第一和第二聚合物或聚合物组合物的微生物聚合物组合物组合/混合。[0622]在一些方面，包含第一聚合物或聚合物组合物的微生物聚合物组合物与第二聚合物或聚合物组合物同时施用。在进一步的方面，第一聚合物或聚合物组合物与第二聚合物或聚合物组合物不同。在进一步的方面，第一聚合物或聚合物组合物与第二聚合物或聚合物组合物相同。在一些方面，第二聚合物或聚合物组合物在施用微生物聚合物组合物之前立即施用。在一些方面，第二聚合物或聚合物组合物在施用微生物聚合物组合之后立即施用。[0623]在一些方面，聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物的混合之后是一段时间以允许聚合物或聚合物组合物在施加后续聚合物或聚合物组合物之前固化或干燥。在一些方面，聚合物或聚合物组合物与一种或多种细菌或微生物组合物的混合之后是一段时间以允许聚合物或聚合物组合物在施用微生物聚合物组合物之前固化或干燥。[0624]聚合物赋予的稳定性/活力[0625]术语“活力”、“微生物活力”或“细胞活力”通常是指能够在固体或液体生长培养基上生长的细胞的百分比。术语“稳定性”、“微生物稳定性”或“细胞稳定性”通常是指在一段时间内能够在固体或液体生长培养基上生长的细胞百分比，有时也称为随时间的活力。细胞活力随时间的变化称为细胞的稳定性。保持微生物的活力是指减少其随时间的损失，这被称为“稳定性”。[0626]在一些方面，活力是指与相应的参考/对照样品相比，样品中细胞总数的至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％保持存活。[0627]在一些方面，稳定性是指与相应的参考/对照样品相比，随时间推移样品中细胞总数的至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％保持存活。[0628]在一些方面，与不含聚合物的对照微生物组合物相比，含聚合物的微生物组合物在更长的时间段内展现增加的细胞稳定性。[0629]在一些方面，与不含聚合物的对照微生物组合物相比，含聚合物的微生物组合物展现增加的细胞稳定性。在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物展现至少5％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、175％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％、550％、600％、700％、800％或900％的稳定性增加。[0630]在一些方面，所述时间段为在含聚合物的微生物组合物或相应的参考/对照样品制造后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240或250天。[0631]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在冷藏机(35‑40°f)中在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0632]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在冷藏机(35‑40°f)中在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0633]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在室温(68‑72°f)下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0634]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在室温(68‑72°f)下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0635]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在70‑100°f下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0636]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在70‑100°f下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0637]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在低于‑20°f温度下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0638]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在低于‑20°f温度下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的稳定性。[0639]在一些方面，与相应的参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在经受干燥条件时展现增加的稳定性。在一些方面，与相应的参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在经受冷冻干燥时展现增加的稳定性。在一些方面，与相应的参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在经受喷雾干燥时展现增加的稳定性。在一些方面，与相应的参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在经受冻干时展现增加的稳定性。在一些方面，与相应的参考/对照样品相比，含聚合物的微生物组合物在经受喷雾凝结时展现增加的稳定性。[0640]生物膜[0641]在某些实施方案中，前述聚合物组合物可与生物膜组合。或者，本公开还提供没有1995.wat.sci.tech.31：157‑164；以及nielsenandjahn.1999.microbialextracellularpolymericsubstances(wingender、neu和flemming编辑)，第49‑72页，springer，berlin。例如使用阳离子交换树脂与搅拌相结合，可用于从生物膜中分离eps，而不会引起显著的细胞裂解。此类方法基于去除钙离子，破坏eps结构的稳定性，以及促进eps与细胞的分离。[0649]产生生物膜的微生物体[0650]在一些方面，产生生物膜的微生物可选自从土壤(例如根际)、空气、水(例如海洋、淡水、废水污泥)、沉积物、油、植物(例如根、叶、茎)、动物(例如哺乳动物、爬行动物、鸟类等)、农产品和极端环境(例如酸性矿排水系统或热液系统)获得的微生物。在另一方面，微生物从海洋或淡水环境如大洋、河流或湖泊中获得。在另一个实施方案中，微生物可来自水体的表面，或水体的任何深度(例如，深海样品)。[0651]在微生物与源材料(例如，微生物天然存在于其中的材料)分离的本公开方面中，可使用技术人员容易知晓的任何一种或多种标准技术的组合。然而，举例来说，这些一般采用的可获得基本上纯形式的单一微生物体的固体或液体培养物的方法，通常是通过在固体微生物生长培养基的表面上进行物理分离或通过体积稀释分离到液体微生物生长培养基中。这些方法可包括从干物质、液体悬浮液、浆液或匀浆中分离，其中材料以薄层形式散布在适当固体凝胶生长培养基上，或将材料连续稀释制成无菌培养基并接种到液体或固体培养基中。[0652]生物膜可由多种类型的微生物体形成。举例来说，生物膜可含有来自变形菌门的α、β或γ亚类的细菌；具有高gc含量的革兰氏阳性细菌和/或来自噬细胞菌‑黄杆菌群的细菌。还已知各种种类的真菌和酵母会产生生物膜。[0653]除了细菌之外，生物膜还可包含原生动物和后生动物生物体，如无脊椎动物(例如线虫)、鞭毛虫和纤毛虫(例如轮虫)或由它们产生。[0654]在一些方面，产生生物膜的微生物包括细菌、真菌和酵母。在一些方面，产生生物膜的微生物是细菌。在一些方面，产生生物膜的微生物是真菌。在一些方面，产生生物膜的微生物是酵母。在一些方面，产生生物膜的微生物是鞭毛虫。在一些方面，产生生物膜的微生物是纤毛虫。在一些方面，产生生物膜的微生物是藻类。[0655]在一些方面，产生生物膜的微生物是革兰氏阴性细菌。在一些方面，产生生物膜的微生物是革兰氏阳性细菌。[0656]在一些方面，产生生物膜的微生物是病原体。在一些方面，产生生物膜的微生物是专性病原体。在一些方面，产生生物膜的微生物是机会病原体。在一些方面，产生生物膜的微生物是植物病原体。在一些方面，产生生物膜的微生物是人类病原体。在一些方面，产生生物膜的微生物是动物病原体。在一些方面，产生生物膜的微生物是土壤微生物。在一些方面，产生生物膜的微生物是植物定殖微生物。在一些方面，产生生物膜的微生物是根部定殖微生物。在一些方面，产生生物膜的微生物是根际定殖微生物。[0657]在一些方面，产生生物膜的微生物选自以下物种中的任何一者或多者：荧光假单胞菌、施氏假单胞菌、恶臭假单胞菌、铜绿假单胞菌、豌豆根瘤菌、根癌农杆菌、多粘类芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、巴西固氮螺菌、胶醋杆菌、蔗糖小迫氏菌(kosakoniasacchari)、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、科氏葡萄球菌、粪肠球菌、单核细胞增多性李斯特菌、伊氏李斯特菌、无害李斯特菌、藤黄微球菌、带化红球菌、氧化微杆菌、墙壁威廉姆斯氏菌(williamsiamuralis)、大肠杆菌、粘质沙雷氏菌、食酸丛毛单胞菌(comamonasacidovorans)、洋葱伯克霍尔德氏菌、弗氏柠檬酸杆菌、嗜肺性军团杆菌、华氏军团杆菌、布鲁氏军团杆菌、肠道沙门氏菌、腐败希瓦氏菌、粘质红酵母和白色念珠菌。[0658]在一些方面，产生生物膜的微生物是以下属中的任何一种或多种的物种：假单胞菌属、根瘤菌属、农杆菌属、类芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、固氮螺菌属、欧文氏菌属、黄单胞菌属、泛菌属、醋杆菌属、小迫氏菌属、葡萄球菌属、分枝杆菌属、微球菌属、红球菌属、纤维微菌属、微杆菌属、威廉姆斯氏菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属、链球菌属、肠球菌属、钩端螺旋体属、梭菌属、李斯特氏菌属、军团杆菌属、沙门氏菌属、弯曲杆菌属、柠檬酸杆菌属、希瓦氏菌属、伯克霍尔德氏菌属、沙雷氏菌属、丛毛单胞菌属、隐球菌属、念珠菌属、酵母属、青霉菌属、枝孢属和红酵母属。在一些方面，产生生物膜的微生物是假单胞菌属的物种。在一些方面，产生生物膜的微生物是小迫氏菌属的物种。[0659]生物膜产生[0660]在一些方面，用浮游微生物接种生长培养基。在一些方面，用已经在生物膜中的固着微生物接种生长培养基。在一些方面，用处于生长对数期的微生物接种生长培养基。在一些方面，用处于生长滞后期的微生物接种生长培养基。在一些方面，用处于稳定期的微生物接种生长培养基。[0661]在一些方面，产生生物膜的微生物在对数期生长时产生生物膜。在一些方面，产生生物膜的微生物在对数期生长时产生生物膜。[0662]在一些方面，在振荡的情况下在烧瓶中培养生物膜。在一些方面，在不振荡的情况下在烧瓶中培养生物膜。在一些方面，在固体表面(载体)上培养生物膜。在一些方面，在生物反应器中培养生物膜。在一些方面，在恒化器中培养生物膜。在一些方面，在连续流系统中培养生物膜。[0663]在一些方面，通过在生长培养基中共同接种至少一种菌株来培养生物膜。在一些方面，通过在生长培养基中共同接种至少两种菌株来培养生物膜。在一些方面，通过在生长培养基中共同接种至少三种菌株来培养生物膜。在一些方面，通过在生长培养基中共同接种至少四种菌株来培养生物膜。在一些方面，通过在生长培养基中共同接种至少五种菌株来培养生物膜。[0664]在一些方面，如ep2186890a1、wo2017203440a1、美国专利第5,116,506号、us20090258404a1和us20090152195a1中所述在生物反应器中产生生物膜。[0665]在一些方面，与本公开的一种或多种细菌一起原位培养生物膜。在一些方面，生长培养基能够支持一种或多种产生生物膜的微生物和一种或多种非产生生物膜的微生物的对数生长。所述一种或多种产生生物膜的微生物和所述一种或多种非产生生物膜的微生物的共培养导致两种或更多种微生物的充分对数生长，使得非产生生物膜的微生物被包裹在由产生生物膜的微生物产生的生物膜中。[0666](i)分离/收集生物膜[0667]在一些方面，在生长培养基中搅动生物膜以从生物膜所粘附的表面释放生物膜。在一些方面，搅动包括刮擦、超声处理、剪切力、振荡等。[0668]在一些方面，将生物膜与生长培养基或生长室分离并倒在过滤器上，所述过滤器将允许上清液和浮游单细胞微生物通过，同时阻住生物膜组合物。在一些方面，通过将反应室/生长瓶的全部内容物倒入包含5微米直径孔的过滤器中，将生物膜与用过的培养基分离。在一些方面，通过将反应室/生长瓶的全部内容物倒入包含10微米直径孔的过滤器中，将生物膜与用过的培养基分离。在一些方面，通过将反应室/生长瓶的全部内容物倒入包含15微米直径孔的过滤器中，将生物膜与用过的培养基分离。在一些方面，通过将反应室/生长瓶的全部内容物倒入包含20微米直径孔的过滤器中，将生物膜与用过的培养基分离。[0669]在一些方面，过滤在真空抽气器的帮助下发生。[0670]在一些方面，将保留在过滤器中的生物膜材料用适当缓冲液或介质洗涤至少一次。在一些方面，将保留在过滤器中的生物膜材料用适当缓冲液或介质洗涤至少两次。在一些方面，将保留在过滤器中的生物膜材料用适当缓冲液或介质洗涤至少三次。在一些方面，将保留在过滤器中的生物膜材料用适当缓冲液或介质洗涤至少四次。在一些方面，将保留在过滤器中的生物膜材料用适当缓冲液或介质洗涤至少五次。[0671]在一些方面，对生物膜进行超声处理以允许生物膜破碎成稍微更小的部分并防止回收和纯化的生物膜保留在单一物质中。[0672]在一些方面，将生物膜重新悬浮在缓冲液或介质中并通过使用离心或超速离心浓缩成更小的体积。[0673]在一些方面，将生物膜以1x、1.5x、2x、2.5x、3x、3.5x、4x、4.5x、5x、5.5x、6x、6.5x、7x、7.5x、8x、8.5x、9x、9.5x或10x的体积重新悬浮。[0674](ii)处理生物膜[0675]在一些方面，对生物膜进行灭菌以杀灭剩余的产生生物膜的微生物。在一些方面，灭菌是热杀灭。在一些方面，热杀灭是对生物膜进行高压灭菌。在一些方面，使生物膜灭菌暴露于紫外线。在一些方面，使生物膜灭菌暴露于x射线。在一些方面，使生物膜灭菌暴露于伽马射线。[0676]在一些方面，生物膜灭菌不调整生物膜所赋予的任何一种或多种特性或性状。[0677]生物膜组合物[0678]在一些方面，生物膜组合物是生物膜与本公开的任何一种或多种微生物的组合。在一些方面，生物膜与本公开的任何一种或多种细菌混合。在一些方面，生物膜与本公开的任何一种或多种固大气氮微生物混合。[0679]在一些方面，生物膜组合物是由不同微生物体产生的两种或更多种生物膜的组合。在一些方面，本公开的生物膜可由单一微生物物种组成或由单一微生物物种产生，形成纯培养物。在一些方面，生物膜可由细菌聚生体组成或由其产生。在一些方面，生物膜可由一种或多种微生物物种产生。在一些方面，生物膜可由至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种微生物物种产生。[0680]在一些方面，生物膜对于添加它的一种或多种细菌而言是外源的。在一些方面，生物膜对于添加它的一种或多种细菌而言是原生的。[0681]在一些方面，生物膜组合物是液体。在一些方面，生物膜组合物是固体。在一些方面，生物膜组合物包含固体和液体元素。在一些方面，生物膜组合物是半固体。在一些方面，生物膜组合物是经干燥的。在一些方面，生物膜组合物是砂。在一些方面，生物膜组合物是粉末。在一些方面，生物膜组合物是凝胶。[0682]在一些方面，生物膜组合物包含本文所公开的任何一种或多种元素。[0683]在一些实施方案中，在一种或多种生物膜彼此接触的情况下，本公开的至少两种生物膜的组合在本文所述的一种或多种性状方面展现协同效应。通过所教导的方法获得的协同效应可例如根据科尔比公式(即，(e)＝x y‑(x*y/100))来量化。参见colby，r.s.，“calculatingsynergisticandantagonisticresponsesofherbicidecombinations，”ꢀ1967.weeds.第15卷，第20‑22页，全文以引用方式并入本文。因此，“协同”旨在反映结果/参数/效果增加的程度超过累加量。[0684]在一些方面，将生物膜引入到包含本公开的任何一种或多种细菌的液体培养基中。在一些方面，将生物膜以至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％的体积百分比引入到包含本公开的任何一种或多种细菌的液体培养基中。[0685]在一些方面，将生物膜以1∶1、2∶1、3∶1、4∶1、5∶1、6∶1、7∶1、8∶1、9∶或10∶1的体积引入到包含任何一种或多种细菌的液体培养基中。[0686]含水量是组合物中水总量的量度，通常表示为总重量的百分比。含水量是确定组合物干重的有用量度，可用于确认组合物的变干/干燥过程是否完成。通过将(组合物的湿重减去变干/干燥后的重量)除以组合物的湿重并乘以100来计算含水量。[0687]含水量定义了组合物中水的含量，但水活度解释了组合物中的水如何与微生物体反应。水活度越大，微生物体生长的速度就越快。水活度是通过计算组合物中的蒸汽压与纯水的蒸汽压之比来计算的。更具体地，水活度是组合物中水的分蒸汽压除以纯水的标准状态分蒸汽压。纯蒸馏水的水活度为1。组合物的水活度的测定不是组合物中水的量，而是可用于微生物体使用的过量水的量。微生物体的生长具有最小和最佳的水活度。[0688]在一个方面，本公开的生物膜组合物是干燥的。如果组合物的含水量在0％与20％之间，则微生物组合物是干燥的。[0689]在一个方面，本公开的生物膜组合物的含水量为约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％。[0690]在一个方面，本公开的生物膜组合物的含水量小于0.5％、小于0.6％、小于0.7％、小于0.8％、小于0.9％、小于1％、小于2％、小于3％、小于4％、小于5％、小于6％、小于7％、小于8％、小于9％、小于10％、小于11％、小于12％、小于13％、小于14％、小于15％、小于16％、小于17％、小于18％、小于19％、小于20％、小于21％、小于22％、小于23％、小于24％、小于25％、小于26％、小于27％、小于28％、小于29％、小于30％、小于31％、小于32％、小于33％、小于34％、小于35％、小于36％、小于37％、小于38％、小于39％、小于40％、小于41％、小于42％、小于43％、小于44％、小于45％、小于46％、小于47％、小于48％、小于49％、小于50％、小于51％、小于52％、小于53％、小于54％、小于55％、小于56％、小于57％、小于58％、小于59％、小于60％、小于61％、小于62％、小于63％、小于64％、小于65％、小于66％、小于67％、小于68％、小于69％、小于70％、小于71％、小于72％、小于73％、小于74％、小于75％、小于76％、小于77％、小于78％、小于79％、小于80％、小于81％、小于82％、小于83％、小于84％、小于85％、小于86％、小于87％、小于88％、小于89％、小于90％、小于91％、小于92％、小于93％、小于94％、小于95％、小于96％、小于97％、小于98％、小于99％或小于100％。[0691]在一个方面，本公开的生物膜组合物的含水量小于约0.5％、小于约0.6％、小于约0.7％、小于约0.8％、小于约0.9％、小于约1％、小于约2％、小于约3％、小于约4％、小于约5％、小于约6％、小于约7％、小于约8％、小于约9％、小于约10％、小于约11％、小于约12％、小于约13％、小于约14％、小于约15％、小于约16％、小于约17％、小于约18％、小于约19％、小于约20％、小于约21％、小于约22％、小于约23％、小于约24％、小于约25％、小于约26％、小于约27％、小于约28％、小于约29％、小于约30％、小于约31％、小于约32％、小于约33％、小于约34％、小于约35％、小于约36％、小于约37％、小于约38％、小于约39％、小于约40％、小于约41％、小于约42％、小于约43％、小于约44％、小于约45％、小于约46％、小于约47％、小于约48％、小于约49％、小于约50％、小于约51％、小于约52％、小于约53％、小于约54％、小于约55％、小于约56％、小于约57％、小于约58％、小于约59％、小于约60％、小于约61％、小于约62％、小于约63％、小于约64％、小于约65％、小于约66％、小于约67％、小于约68％、小于约69％、小于约70％、小于约71％、小于约72％、小于约73％、小于约74％、小于约75％、小于约76％、小于约77％、小于约78％、小于约79％、小于约80％、小于约81％、小于约82％、小于约83％、小于约84％、小于约85％、小于约86％、小于约87％、小于约88％、小于约89％、小于约90％、小于约91％、小于约92％、小于约93％、小于约94％、小于约95％、小于约96％、小于约97％、小于约98％、小于约99％或小于约100％。[0692]在一个方面，本公开的生物膜组合物的含水量为1％至100％、1％至95％、1％至90％、1％至85％、1％至80％、1％至75％、1％至70％、1％至65％、1％至60％、1％至55％、1％至50％、1％至45％、1％至40％、1％至35％、1％至30％、1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至10％、1％至5％、5％至100％、5％至95％、5％至90％、5％至85％、5％至80％、5％至75％、5％至70％、5％至65％、5％至60％、5％至55％、5％至50％、5％至45％、5％至40％、5％至35％、5％至30％、5％至25％、5％至20％、5％至15％、5％至10％、10％至100％、10％至95％、10％至90％、10％至85％、10％至80％、10％至75％、10％至70％、10％至65％、10％至60％、10％至55％、10％至50％、10％至45％、10％至40％、10％至35％、10％至30％、10％至25％、10％至20％、10％至15％、15％至100％、15％至95％、15％至90％、15％至85％、15％至80％、15％至75％、15％至70％、15％至65％、15％至60％、15％至55％、15％至50％、15％至45％、15％至40％、15％至35％、15％至30％、15％至25％、15％至20％、20％至100％、20％至95％、20％至90％、20％至85％、20％至80％、20％至75％、20％至70％、20％至65％、20％至60％、20％至55％、20％至50％、20％至45％、20％至40％、20％至35％、20％至30％、20％至25％、25％至100％、25％至95％、25％至90％、25％至85％、25％至80％、25％至75％、25％至70％、25％至65％、25％至60％、25％至55％、25％至50％、25％至45％、25％至40％、25％至35％、25％至30％、30％至100％、30％至95％、30％至90％、30％至85％、30％至80％、30％至75％、30％至70％、30％至65％、30％至60％、30％至55％、30％至50％、30％至45％、30％至40％、30％至35％、35％至100％、35％至95％、35％至90％、35％至85％、35％至80％、35％至75％、35％至70％、35％至65％、35％至60％、35％至55％、35％至50％、35％至45％、35％至40％、40％至100％、40％至95％、40％至90％、40％至85％、40％至80％、40％至75％、40％至70％、40％至65％、40％至60％、40％至55％、40％至50％、40％至45％、45％至100％、45％至95％、45％至90％、45％至85％、45％至80％、45％至75％、45％至70％、45％至65％、45％至60％、45％至55％、45％至50％、50％至100％、50％至95％、50％至90％、50％至85％、50％至80％、50％至75％、50％至70％、50％至65％、50％至60％、50％至55％、55％至100％、55％至95％、55％至90％、55％至85％、55％至80％、55％至75％、55％至70％、55％至65％、55％至60％、60％至100％、60％至95％、60％至90％、60％至85％、60％至80％、60％至75％、60％至70％、60％至65％、65％至100％、65％至95％、65％至90％、65％至85％、65％至80％、65％至75％、65％至70％、70％至100％、70％至95％、70％至90％、70％至85％、70％至80％、70％至75％、75％至100％、75％至95％、75％至90％、75％至85％、75％至80％、80％至100％、80％至95％、80％至90％、80％至85％、85％至100％、85％至95％、85％至90％、90％至100％、90％至95％或95％至100％。[0693]在一个方面，本公开的生物膜组合物的水活度为约0.1、约0.15、约0.2、约0.25、约0.30、约0.35、约0.4、约0.5、约0.55、约0.60、约0.65、约0.70、约0.75、约0.8、约0.85、约0.90或约0.95。[0694]在一个方面，本公开的生物膜组合物的水活度小于约0.1、小于约0.15、小于约0.2、小于约0.25、小于约0.30、小于约0.35、小于约0.4、小于约0.5、小于约0.55、小于约0.60、小于约0.65、小于约0.70、小于约0.75、小于约0.8、小于约0.85、小于约0.90或小于约0.95。[0695]在一个方面，本公开的生物膜组合物的水活度小于0.1、小于0.15、小于0.2、小于0.25、小于0.30、小于0.35、小于0.4、小于0.5、小于0.55、小于0.60、小于0.65、小于0.70、小于0.75、小于0.8、小于0.85、小于0.90或小于0.95。[0696]在一个方面，本公开的生物膜组合物的水活度为0.1至0.95、0.1至0.90、0.1至0.85、0.1至0.8、0.1至0.75、0.1至0.70、0.1至0.65、0.1至0.55、0.1至0.50、0.1至0.45、0.1至0.40、0.1至0.35、0.1至0.3、0.1至0.25、0.1至0.2、0.1至0.15、0.15至0.95、0.15至0.90、0.15至0.85、0.15至0.8、0.15至0.75、0.15至0.70、0.15至0.65、0.15至0.55、0.15至0.50、0.15至0.45、0.15至0.40、0.15至0.35、0.15至0.3、0.15至0.25、0.15至0.2、0.2至0.95、0.2至0.90、0.2至0.85、0.2至0.8、0.2至0.75、0.2至0.70、0.2至0.65、0.2至0.55、0.2至0.50、0.2至0.45、0.2至0.40、0.2至0.35、0.2至0.3、0.2至0.25、0.25至0.95、0.25至0.90、0.25至0.85、0.25至0.8、0.25至0.75、0.25至0.70、0.25至0.65、0.25至0.55、0.25至0.50、0.25至0.45、0.25至0.40、0.25至0.35、0.25至0.3、0.3至0.95、0.3至0.90、0.3至0.85、0.3至0.8、0.3至0.75、0.3至0.70、0.3至0.65、0.3至0.55、0.3至0.50、0.3至0.45、0.3至0.40、0.3至0.35、0.35至0.95、0.35至0.90、0.35至0.85、0.35至0.8、0.35至0.75、0.35至0.70、0.35至0.65、0.35至0.55、0.35至0.50、0.35至0.45、0.35至0.40、0.4至0.95、0.4至0.90、0.4至0.85、0.4至0.8、0.4至0.75、0.4至0.70、0.4至0.65、0.4至0.55、0.4至0.50、0.4至0.45、0.45至0.95、0.45至0.90、0.45至0.85、0.45至0.8、0.45至0.75、0.45至0.70、0.45至0.65、0.45至0.55、0.45至0.50、0.5至0.95、0.5至0.90、0.5至0.85、0.5至0.8、0.5至0.75、0.5至0.70、0.5至0.65、0.5至0.55、0.55至0.95、0.55至0.90、0.55至0.85、0.55至0.8、0.55至0.75、0.55至0.70、0.55至0.65、0.6至0.95、0.6至0.90、0.6至0.85、0.6至0.8、0.6至0.75、0.6至0.70、0.65至0.95、0.65至0.90、0.65至0.85、0.65至0.8、0.65至0.75、0.7至0.95、0.7至0.90、0.7至0.85、0.7至0.8、0.75至0.95、0.75至0.90、0.75至0.85、0.8至0.95、0.8至0.90、0.8至0.85、0.85至0.95、0.85至0.90或0.9至0.95。[0697](i)种子包衣[0698]在一些方面，将生物膜组合物施加至植物种子。在一些方面，将生物膜组合物施加至玉米、大豆、芥花、高粱、马铃薯、水稻、蔬菜、谷类、假谷物的种子和油籽。谷类的实例可包括大麦、福尼奥米(fonio)、燕麦、帕尔默草(palmer’sgrass)、黑麦、珍珠粟(pearlmillet)、高粱、斯佩尔特小麦(spelt)、画眉草(teff)、黑小麦和小麦。假谷物的实例可包括面包坚果(breadnut)、荞麦、香蒲、奇亚籽(chia)、亚麻、籽粒苋(grainamaranth)、汉扎(hanza)、藜麦和芝麻。在一些实例中，种子可以是基因修饰的生物体(gmo)、非gmo、有机或常规的。[0699]在一些方面，通过用包含生物膜组合物的液体、浆液或粉末包被种子来将生物膜组合物施加至植物种子。在一些方面，种子包衣是干种子包衣。在一些方面，种子包衣是湿种子包衣。在一些方面，湿施种子包衣并允许其在种子上干燥。[0700]施用生物膜组合物[0701]本文所述的生物膜组合物可施加到犁沟、滑石中或以种子处理剂形式施加。生物膜组合物可以以散装、小型散装、袋装形式或在滑石中施加至种子包装。[0702]种植机可按照常规方式、以双排或不需要耕种的方式种植经处理的种子并使作物生长。可使用控制料斗或单个料斗分配种子。也可使用加压空气或手动分配种子。可使用可变速率技术进行种子放置。另外，可使用可变速率技术来施加本文所述的细菌或细菌群体。在一些实例中，细菌可施加至本公开的植物种子。[0703]可另外使用添加剂(如微肥、pgr、除草剂、杀虫剂和杀真菌剂)来处理作物。添加剂的实例包括作物保护剂，如杀虫剂、杀线虫剂、杀真菌剂；增强剂，如着色剂、聚合物、粒化剂、预激剂和消毒剂；和其他试剂，如接种菌、pgr、软化剂和微量养分。pgr可以是影响根生长、开花或茎伸长的天然或合成植物激素。pgr可包括生长素、赤霉素、细胞分裂素、乙烯和脱落酸(aba)。[0704]组合物可与液体肥料组合施加于犁沟中。在一些实例中，液体肥料可容纳在罐中。npk肥料含有钠、磷和钾的大量营养素。[0705]生物膜赋予的活力[0706]在一些方面，术语“活力”、“微生物活力”或“细胞活力”是指能够在固体或液体生长培养基上生长的细胞的百分比。在一些方面，活力是指与相应的参考/对照组合物相比，样品中细胞总数的至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％保持存活。[0707]在一些方面，与不含生物膜的对照微生物组合物相比，含生物膜的微生物组合物在更长的时间段内展现增加的细胞活力。[0708]在一些方面，与不含生物膜的对照微生物组合物相比，含生物膜的微生物组合物展现增加的细胞活力。在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物展现至少5％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、175％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％、550％、600％、700％、800％或900％的活力增加。[0709]在一些方面，所述时间段为在含生物膜的微生物组合物或相应的参考/对照组合物制造后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240或250天。[0710]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在冷藏机(35‑40°f)中在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0711]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在冷藏机(35‑40°f)中在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0712]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在室温(68‑72°f)下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0713]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在室温(68‑72°f)下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0714]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在70‑100°f下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0715]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在70‑100°f下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0716]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在低于‑20°f温度下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0717]在一些方面，与相同时间段内的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在低于‑20°f温度下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的活力。[0718]在一些方面，与不含生物膜的对照微生物组合物相比，含生物膜的微生物组合物展现增加的罐内稳定性、增加的种子稳定性、增加的犁沟稳定性和/或增加的滑石稳定性。在一些方面，稳定性的增加是根据活力来衡量的。[0719]在一些方面，与不含生物膜的对照微生物组合物相比，含生物膜的微生物组合物在较高温度(如30℃、37℃、45℃或60℃)下展现稳定性，例如罐内稳定性、种子稳定性、犁沟稳定性或滑石稳定性的增加(例如，如由增加的细胞活力所反映)。[0720]在一些方面，与在相同条件下储存的不含生物膜的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在较高温度(如30℃、37℃、45℃或60℃)下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周内展现稳定性增加，如罐内稳定性、种子稳定性、犁沟稳定性或滑石稳定性增加(例如，如由增加的细胞活力所反映)至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。[0721]在一些方面，与在相同条件下储存的不含生物膜的相应参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在较高温度(如30℃、37℃、45℃或60℃)下在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天内展现稳定性增加，如罐内稳定性、种子稳定性、犁沟稳定性或滑石稳定性增加(例如，如由增加的细胞活力所反映)至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。[0722]在一些方面，与相应的参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在经受干燥条件时展现增加的活力。在一些方面，与相应的参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在经受冷冻干燥时展现增加的活力。在一些方面，与相应的参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在经受喷雾干燥时展现增加的活力。在一些方面，与相应的参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在经受冻干时展现增加的活力。在一些方面，与相应的参考/对照组合物相比，含生物膜的微生物组合物在经受喷雾凝结时展现增加的活力。[0723]实施例[0724]以下实施例出于说明本公开的各种实施方案的目的而给出，并且并不意图以任何方式限制本公开。本领域的技术人员将认识到涵盖于如由权利要求书范围限定的本公开精神内的其中变化和其他用途。[0725]实施例1：引导微生物重塑‑用于合理改良农业微生物物种的平台[0726]引导微生物重塑(gmr)平台的实施方案的示例概观可概述于图1a的示意图中。[0727]图1a说明可首先表征微生物组的组合物并且鉴定目的物种(例如，以发现具有适当定殖特征的微生物)。[0728]可绘制目的物种的代谢并且将其与遗传学相联系。举例来说，可表征微生物的固氮途径。可在一系列环境条件下检查正表征的途径。举例来说，可检查微生物在各种水平的外源氮存在下在其环境中固定大气氮的能力。氮的代谢可能涉及经由amtb转运蛋白使氨(nh4 )从根际进入细菌的胞质溶胶。谷氨酰胺合成酶和atp将氨和l‑谷氨酸(l‑ꢀglu)催化成谷氨酰胺。谷氨酰胺可能导致细菌生物质的形成，并且其还可抑制nif操纵子的表达，即当希望微生物固定大气氮并排泄氨时，它可以成为一种竞争力量。在本说明书的先前部分中更详细地表征了固氮途径。[0729]之后，可使用包括但不限于缀合和重组、化学诱变、适应性进化以及基因编辑的方法将靶向非属间基因组更改引入微生物的基因组。靶向非属间基因组更改可包括基因组的插入、破坏、缺失、更改、微扰、修饰等。[0730]随后将衍生物重塑的微生物用于接种作物，所述微生物包含由重塑的基础基因型产生的所需表型。[0731]在某些实施方案中，本公开提供能够固定大气氮并且将此类氮供应到植物的非属间重塑微生物。在各方面，甚至在存在外源氮的情况下，这些非属间重塑微生物能够固定大气氮。[0732]图1b描绘了微生物组步骤的测量的展开视图。在一些实施方案中，本公开发现具有所需定殖特征的微生物物种，并且随后在后续重塑过程中利用那些物种。[0733]现将以更具体的方式描述前述引导微生物重塑(gmr)平台。[0734]在各方面，gmr平台包括以下步骤：[0735]a.分离‑从目的作物植物的土壤、根际、表面等获得微生物；[0736]b.表征‑涉及表征分离的微生物的目的基因型/表型(例如，基因组序列、定殖能力、固氮活性、p溶解能力、目的代谢物的排泄、植物促进化合物的排泄等)；[0737]c.驯化‑开发用于微生物的非属间基因修饰的分子方案；[0738]d.非属间工程化活动和优化‑生成在关键途径中具有基因修饰(例如，定殖相关基因、固氮/氮同化基因、p溶解基因)的衍生物非属间微生物菌株；[0739]e.分析‑评估体外(例如ara测定)和植物内(例如定殖测定)所衍生非属间菌株的目的表型。[0740]f.反复工程化活动/分析‑反复步骤d和e以进一步改良微生物菌株。[0741]gmr平台过程步骤中的每一者现将在下文详细说明。[0742]a.微生物的分离[0743]1.获得土壤样品[0744]微生物将从植物的土壤和/或根部分离。在一个实例中，植物将在实验室或温室中在小罐中生长。土壤样品将从各种农业领域获得。举例来说，可收集具有不同质地特征的土壤，包括壤土(例如泥炭粘土壤土、砂质壤土)、粘土土壤(例如重粘土、粉质粘土)、砂质土壤、粉质土壤、泥炭土壤、白垩质土壤等。[0745]2.生长诱饵植物(baitplant)[0746]诱饵植物(目的植物)(例如玉米、小麦、水稻、高粱、小米、大豆、蔬菜、果实等)的种子将种植到每种土壤类型中。在一个实例中，将在不同土壤类型中种植不同种类的诱饵植物。举例来说，如果目的植物是玉米，那么将在上文所述的各种土壤类型中种植不同种类的玉米(如饲料玉米、甜玉米、传统玉米等)的种子。[0747]3.收获土壤和/或根部样品并接种于适当培养基上[0748]将通过在数周(例如2‑4周)生长之后进行根除来收获植物。作为在实验室/温室中生长植物的替代方案，目的植物的土壤和/或根部可直接从具有不同土壤类型的区域收集。[0749]为了分离根际微生物和附生微生物，将通过用蒸馏水使土壤饱和或用手轻轻地使土壤松散来轻轻地移出植物以避免根部的损坏。如果存在较大土壤粒子，那么将通过使根部浸没在再一池的蒸馏水中和/或通过使根部轻轻地振荡来去除这些粒子。将切割根部，并且将通过使根部放入具有少量蒸馏水的平板或管中并且使平板/管在振荡器上轻轻地振荡或在低速下使管离心来制备粘附到根部的土壤的浆料。此浆料将如下文所述进行处理。[0750]为了分离内生菌，将用去离子水去除根部表面上的过量土壤。去除土壤后，将对植物进行表面灭菌，并且将其在无菌水中剧烈冲洗。将从植物上切下清洁的1cm根部区段，并且将其放入含有3mm钢珠的磷酸盐缓冲盐水溶液中。将通过用qiagen组织裂解器(tissuelyser)ii剧烈振荡溶液来生成浆料。[0751]取决于待分离微生物的所需植物有益性状，可以各种方式处理土壤和/或根部浆料。举例来说，可将土壤和根部浆料稀释并且接种到各种类型的筛选培养基上，以分离根际微生物、内生微生物、附生微生物和其他与植物相关的微生物。举例来说，如果所需植物有益性状是固氮，那么土壤/根部浆料将接种于无氮培养基(例如nfb琼脂培养基)上以分离固氮微生物。类似地，为了分离磷酸盐溶解细菌(psb)，可使用含有磷酸钙作为唯一磷源的培养基。psb可溶解磷酸钙并且同化并释放较高量的磷。这一反应在平板上表现为晕圈或透明区域，并且可用作用于分离psb的初始步骤。[0752]4.挑选菌落、纯化培养物并筛选目的基因的存在[0753]对在步骤a3中获得的微生物群体进行划线以获得单一菌落(纯培养物)。使纯培养物的一部分重新悬浮于合适的培养基(例如r2a与甘油的混合物)中，并且对其进行pcr分析以筛选一种或多种目的基因的存在。举例来说，为了鉴定固氮细菌(固氮生物)，可对分离微生物的纯化培养物进行pcr分析以检测nif基因的存在，所述基因编码将大气氮固定成可供活生物体使用的氮形式过程中所涉及的酶。[0754]5.存库纯化培养物[0755]将存储分离菌株的纯化培养物，例如在‑80℃下存储，以用于未来参考和分析。[0756]b.分离微生物的表征[0757]1.系统发育表征和全基因组测序[0758]将分析分离微生物的系统发育表征(属和种的指配)并且将测序所述微生物的全基因组。[0759]对于系统发育表征，将使用简并16srdna引物对分离微生物的16srdna进行测序以生成系统发育同一性。16srdna序列读段将映射到数据库以初始地指配分离微生物的属、种和菌株名称。全基因组测序用作将系统发育属/种指配到微生物的最终步骤。[0760]将对分离微生物的全基因组进行测序以鉴定关键途径。对于全基因组测序，将使用基因组dna分离试剂盒(例如，来自qiagen的qiampdna微型试剂盒)分离基因组dna并且将使用本领域中已知的方法制备总dna文库。将使用本领域中已知的高通量测序(也称为下一代测序)方法对全基因组进行测序。举例来说，illumina，inc.、roche和pacificbiosciences提供可用于制备总dna文库并且进行全基因组测序的全基因组测序工具。[0761]将组装每个分离菌株的全基因组序列；将鉴定目的基因；标注；并且将其注为用于重塑的潜在靶标。全基因组序列将存储在数据库中。[0762]2.测定微生物在温室中定殖宿主植物的情况[0763]分离的微生物将以在温室中定殖宿主植物的情况来表征。对此，所需宿主植物(例如玉米、小麦、水稻、高粱和大豆)的种子将用单独或组合的分离微生物的培养物接种，并种植到土壤中。或者，单独或组合的分离微生物的培养物可通过将土壤直接接种在根部上而施加至宿主植物的根部。微生物的定殖潜能将例如使用下文更详细描述的定量pcr(qpcr)方法来分析。[0764]3.在小规模田间试验中测定用于定殖宿主植物的微生物并且从所定殖根部样品中分离rna(cat试验)[0765]将在小规模田间试验中评定分离微生物定殖所需宿主植物的情况。另外，将从所定殖根部样品中分离rna以获得菌株在田间环境中的转录组数据。这些小规模田间试验在本文中被称为cat(定殖和转录)试验，因为这些试验提供菌株在田间环境中的定殖和转录数据。[0766]对于这些试验，宿主植物(例如玉米、小麦、水稻、高粱和大豆)的种子将使用单独或组合的分离微生物的培养物接种，并种植到土壤中。或者，单独或组合的分离微生物的培养物可通过将土壤直接接种在根部上而施加至宿主植物的根部。cat试验可在多种土壤中和/或在各种温度和/或水分条件下进行以评定定殖潜能以及获得微生物在各种土壤类型中和各种环境条件下的转录组谱。[0767]将例如使用如下文所述的qpcr方法评定所接种微生物对宿主植物根部的定殖。[0768]在一个方案中，如下评估分离微生物的定殖潜能。在种植玉米种子后一天，将1ml微生物过夜培养物(sob培养基)在种子所位于的准确位置处浸透。1ml的这种过夜培养物大致等效于约10^9cfu，在彼此3倍内变化，这取决于正使用何种菌株。每株幼苗每周用补充有2.5mm或0.25mm硝酸铵的50ml修饰的霍格兰氏溶液(hoagland'ssolution)施肥3次。种植后四周时，收集根部样品用于dna提取。使用加压的喷水将土壤残渣冲洗掉。然后使用qiagentissuelyzer将这些组织样品均质化，然后根据所推荐的方案使用qiampdna微型试剂盒(qiagen)提取dna。使用stratagenemx3005prt‑pcr使用引物对这些dna提取物进行qpcr测定，所述引物经设计(使用ncbi的primerblast)以对微生物的基因组中的每一者中的基因座具有特异性。[0769]对微生物的基因组拷贝的存在进行定量，这反映微生物的定殖潜能。通过对pcr扩增产物进行测序来确认微生物物种的同一性。[0770]另外，将从所定殖的根部和/或土壤样品中分离rna并且进行测序。[0771]不同于dna谱，rna谱取决于环境条件而变化。因此，对从所定殖的根部和/或土壤分离的rna进行测序将反映根际中植物内的基因的转录活性。[0772]可在不同时间点从所定殖根部和/或土壤样品中分离rna以分析所定殖微生物在这些时间点处的rna谱的变化。[0773]举例来说，可在田间的施肥之后立刻以及在田间的施肥之后数周从所定殖的根部和/或土壤样品中分离rna，并且进行测序以生成相对应的转录谱。[0774]类似地，可在高磷酸盐和低磷酸盐条件下进行rna测序以了解在这些条件下何种基因在转录上具有活性或被阻遏。[0775]用于转录组/rna测序的方法为本领域中已知的。简单来说，将从分离微生物的纯化培养物中分离总rna；将使用逆转录酶制备cdna；并且将使用上文所述的高通量测序工具对cdna进行测序。[0776]可将来自转录组分析的测序读段映射到基因组序列并且可鉴定目的基因的转录启动子。[0777]4.测定分离微生物的植物有益活性[0778]将评定分离微生物的植物有益活性。[0779]举例来说，将使用乙炔还原测定(ara)来测定固氮微生物的固氮活性或将测定磷酸盐溶解微生物的磷酸盐溶解作用。可利用任何目的参数并且可开发针对此活性的适当测定。举例来说，测定可包括定殖度量值的增长曲线和对于产生植物激素(如吲哚乙酸(iaa)或赤霉素)的测定。可开发用于任何目的植物有益活性的测定。[0780]这一步骤将确认目的表型并且消除任何假阳性。[0781]5.从分离微生物选择潜在候选物[0782]以上步骤中生成的数据将用于选择微生物以用于进一步开发。举例来说，将选择显示定殖潜能、植物有益活性和/或相关dna和rna谱的所需组合的微生物以用于驯化和重塑。[0783]c.所选择的微生物的驯化[0784]将驯化所选择的微生物；其中，所述微生物将转化为在遗传上可控制且可鉴定的形式。[0785]1.抗生素敏感性测试[0786]驯化微生物的一种方式是对具有抗生素抗性的微生物进行工程化。为此，将测试野生型微生物菌株对各种抗生素的敏感性。如果菌株对抗生素敏感，那么所述抗生素可以是供重塑菌株的基因工具/载体使用的良好候选物。[0787]2.设计以及构建载体[0788]将构建对于载体复制具有条件性的载体(例如自杀质粒)以驯化所选择的微生物(宿主微生物)。举例来说，将构建自杀质粒，所述自杀质粒含有适当抗生素抗性标记物、反向选择性标记物、在供体微生物(例如大肠杆菌)中维持的复制起点、编码荧光蛋白(gfp、rfp、yfp、cfp等)以通过荧光筛选插入的基因、缀合到宿主微生物中的转移起点和包含与宿主基因组同源臂的具有所需基因变异的多核苷酸序列。载体可包含scei位点和其他额外元件。[0789]示例性抗生素抗性标记物包括氨苄青霉素抗性标记物、卡那霉素抗性标记物、四环素抗性标记物、氯霉素抗性标记物、红霉素抗性标记物、链霉素抗性标记物、壮观霉素抗性标记物等。示例性反向选择性标记物包括sacb、rpsl、tetar、phes、thya、lacy、gata‑1、ccdb等。[0790]3.供体微生物的产生[0791]在一个方案中，自杀质粒将转化成大肠杆菌st18(氨基乙酰丙酸的营养缺陷体，ala)以产生供体微生物，所述自杀质粒含有适当抗生素抗性标记物、反向选择性标记物、在含有pir复制起始子基因的大肠杆菌st18中维持的λpir复制起点、编码绿色荧光蛋白(gfp)以通过荧光筛选插入的基因、缀合到宿主微生物中的转移起点和包含与宿主基因组同源臂的具有所需基因变异的多核苷酸序列(例如来自微生物自身基因组内的用于插入到异源位置中的启动子)。[0792]4.混合供体微生物与宿主微生物[0793]供体微生物将与宿主微生物(来自步骤b5的所选择候选微生物)混合以允许质粒缀合性整合到宿主基因组中。供体与宿主微生物的混合物将接种于含有抗生素并且不含有ala的培养基上。自杀质粒能够在供体微生物(大肠杆菌st18)中复制，但不能在宿主中复制。因此，当含有供体和宿主微生物的混合物接种于含有所述抗生素并且不含有ala的培养基上时，仅将质粒整合到宿主细胞基因组中的所述宿主细胞将能够在培养基上生长并且形成菌落。由于不存在ala，供体微生物将不会生长。[0794]5.确认载体的整合[0795]将通过平板上的菌落的荧光和使用菌落pcr确认在宿主微生物的预期基因座处的自杀质粒的恰当整合，所述自杀质粒含有荧光蛋白标记物、抗生素抗性标记物、反向选择性标记物等。[0796]6.划线确认整合菌落[0797]宿主微生物中的第二轮同源重组将环出(去除)质粒主链，使得所需基因变异(例如来自微生物自身基因组内的用于插入到异源位置中的启动子)整合到一定百分比的宿主微生物的宿主基因组中，同时使一定百分比恢复回野生型。[0798]可通过在适当的培养基上使宿主微生物菌落生长来选择已经环出质粒主链(并且因此环出反向选择标记物)的所述宿主微生物菌落。[0799]举例来说，如果将sacb用作反向选择性标记物，那么将通过在含有蔗糖的培养基上使菌落生长来测试由于质粒主链损失引起的此标记物的损失(sacb赋予对蔗糖的敏感性)。在此培养基上生长的菌落将损失sacb标记物和质粒主链，并且将含有所需基因变异或恢复到野生型。并且，由于荧光蛋白标记物的损失，这些菌落将不会在平板上发荧光。[0800]在一些分离物中，sacb或其他反向选择性标记物并不赋予对蔗糖或其他反向选择机制的充分敏感性，这使得筛选大量菌落以分离成功的环出物(loop‑out)成为必要。在那些情况下，可通过使用在宿主细胞中独立地复制并且表达识别整合式自杀质粒主链中的位点的限制性核酸内切酶(例如scei)的“辅助质粒”来帮助环出。具有整合式自杀质粒的菌株用辅助质粒转化，所述辅助质粒含有抗生素抗性标记物、与宿主菌株兼容的复制起点和编码由组成型或诱导型启动子控制的限制性核酸内切酶的基因。通过限制性核酸内切酶在整合式质粒主链中诱导的双链断裂促进同源重组以环出自杀质粒。这会增加反向选择平板上的环出菌落的数目并且减少需要筛选以发现含有所需突变的菌落的菌落的数目。然后在没有针对质粒进行抗生素选择的情况下，通过培养和连续传代从菌株中去除辅助质粒。针对单一菌落对传代的培养物进行划线，挑选菌落并筛选对用于选择辅助质粒的抗生素具有敏感性的菌落，以及通过菌落pcr确认不存在质粒。最后，对基因组进行测序并且如d6中所述确认不存在辅助质粒dna。[0801]7.通过菌落pcr确认基因变异的整合[0802]将挑选在含有蔗糖的培养基(或取决于所使用的反向选择性标记物的其他适当培养基)上较好地生长的菌落，并且将通过使用菌落pcr筛选菌落来确认在预期基因座处基因变异的存在。[0803]尽管此实施例描述了一个用于驯化微生物以及将基因变异引入到微生物中的方案，但本领域的普通技术人员将理解，可使用本领域中已知的多种其他技术将基因变异引入到所选择的微生物中，所述其他技术如：聚合酶链反应诱变、寡核苷酸定向诱变、饱和诱变、片段改组诱变、同源重组、zfn、talens、crispr系统(cas9、cpf1等)、化学诱变以及它们的组合。[0804]8.步骤c2‑c7的反复[0805]如果步骤c2‑c7中的任一个未能提供预期结果，那么将重复所述步骤以设计可包含用于促进将所需基因变异和标记物并入到宿主微生物中的不同元件的替代性载体。[0806]9.开发标准操作程序(sop)[0807]一旦步骤c2‑c7可针对给定菌株不断地再现，则所述步骤将用于开发用于该菌株和载体的标准操作程序(sop)。这一sop可用于改良微生物的其他植物有益性状。[0808]d.非属间工程化活动和优化[0809]1.鉴定用于优化的基因靶标[0810]所选择的微生物将经工程化/重塑以改良植物有益活性的性能。为此，将鉴定用于改良植物有益活性的基因靶标。[0811]可以不同方式鉴定基因靶标。举例来说，可鉴定目的基因，同时标注来自分离微生物的全基因组测序的基因。可通过文献检索来鉴定这些基因。举例来说，固氮中所涉及的基因在文献中是已知的。这些已知基因可用作引入基因变异的靶标。还可基于在步骤b3(用于定殖的小规模田间试验)中获得的rna测序数据或通过进行下文步骤中描述的rna测序来鉴定基因靶标。[0812]2.选择用于启动子交换的启动子[0813]用于改良植物有益活性的所需基因变异可包括启动子交换，其中靶基因的天然启动子由来自微生物基因组内的更强或更弱启动子(当与天然启动子相比时)或以不同方式调节的启动子(例如n‑独立型)替换。如果靶基因的表达增加了植物有益活性(例如nifa，其表达增强了微生物中的固氮)，那么用于启动子交换的所需启动子是与靶基因的天然启动子相比会进一步增加靶基因的表达水平的更强启动子(与所述天然启动子相比)。如果靶基因的表达降低了植物有益活性(例如下调固氮的nifl)，则用于启动子交换的所需启动子是与靶基因的天然启动子相比会显著降低靶基因的表达量的弱启动子(与所述天然启动子相比)。可将启动子插入到基因中以“敲除”基因表达，而同时上调下游基因的表达。[0814]可基于rna测序数据而选择用于启动子交换的启动子。举例来说，可使用rna测序数据以鉴定强和弱启动子或组成型活性与诱导型启动子。[0815]举例来说，为了鉴定强和弱启动子或组成型活性与诱导型启动子，在固氮途径中，所选择的微生物将在贫氮和足氮条件下在体外培养；微生物的rna将从这些培养物中分离；并且进行测序。[0816]在一个方案中，将比较在贫氮和足氮条件下微生物的rna谱并且将鉴定具有所需转录水平的活性启动子。可选择这些启动子以交换弱启动子。[0817]还可使用步骤b3中获得的rna测序数据选择启动子，所述步骤反映宿主植物根际中植物内的微生物的rna谱。[0818]在不同条件下的rna测序允许选择以下启动子：a)在施肥的田间条件下在宿主植物生长周期期间在根际中具有活性，以及b)在相关体外条件下也具有活性，因此这些启动子可被快速筛选。[0819]在示例性方案中，来自定殖分析(例如步骤b3)的植物内rna测序数据用于测量分离微生物中基因的表达水平。在一个实施方案中，基因表达水平被计算为每千碱基每百万映射读段的读数(rpkm)。将不同基因的表达水平与靶基因的表达水平进行比较，并且选择与各种基因相关的、显示出与靶基因相比的最高或最低表达水平的至少前10、20、30、40、50、60或70个启动子作为用于启动子交换的可能候选物。因此，人们观察相对于靶基因的各种基因的表达水平，并且然后选择相对于靶(或标准)基因展现增加的表达的基因，并且然后发现与所述基因相关的启动子。[0820]举例来说，如果靶基因上调nifa，那么选择显示出与nifa相比的最高表达水平的基因的前10、20、30、40、50或60个启动子作为用于启动子交换的可能候选物。[0821]这些候选物可进一步基于体外rna测序数据进行决选(short‑listed)。举例来说，对于作为靶基因的nifa，基于植物内rna测序数据而选择的可能启动子候选物通过在体外贫氮与足氮条件下选择具有与nifa相比类似或增加的基因表达水平的启动子来进一步选择。[0822]在此步骤中所选择的启动子组用于交换靶基因(例如nifa)的天然启动子。在体外测定中测试具有被交换启动子的重塑菌株；消除具有低于预期活性的菌株；并且在田间测试具有预期或高于预期活性的菌株。启动子选择的循环可在重塑菌株上重复进行以进一步改良其植物有益活性。[0823]此处描述了一种示例性启动子交换实验，所述实验是基于来自变栖克雷伯氏菌c1137菌株的植物内和体外rna测序数据进行的，以改良固氮性状。在ara测定中，在0mm和5mm谷氨酰胺浓度下分析ci137，并且从这些ara样品中提取rna。经由nextseq测序rna，并且将来自一个样品的读段子集映射到ci137基因组(体外rna测序数据)。在ci137的定殖和活性测定(例如步骤b3)中，在v5阶段从玉米植物的根部中提取rna。合并来自6个植物的样品；使用nextseq对来自合并样品的rna进行测序，并且将读段映射到ci137基因组(植物内rna测序数据)。在2x108个总读段中，将7x104个读段映射到ci137。植物内rna测序数据用于按植物内表达水平的次序对基因进行排序，并将表达水平与天然nifa表达水平进行比较。选择显示出与天然nifa表达水平相比的最高表达水平(基于基因表达)的前40个启动子。这40个启动子进一步基于体外rna测序数据而进行终选，其中选择与nifa相比具有增加或类似体外表达水平的启动子。启动子的最终清单包括17个启动子，并且使用大部分启动子的2种形式以生成启动子交换突变体；因此测试了总共30个启动子。尝试生成一系列ci137突变体，其中使nifl部分或完全缺失并且插入30个启动子(δnifl：：prm)。成功地生成30个突变体中的28个突变体。在ara测定中，在0mm和5mm谷氨酰胺浓度下分析δnifl：：prm突变体，并且从这些ara样品中提取rna。与wtci137菌株相比，数种突变体显示出低于预期或降低的ara活性。一些突变体显示出高于预期的ara活性。[0824]本领域的普通技术人员将从以上实施例了解，尽管植物内和/或体外rna测序数据可用于选择用于启动子交换的启动子，但启动子选择的步骤是高度不可预测的并且涉及许多挑战。[0825]举例来说，植物内rna测序主要揭露高度表达的基因；然而，难以检测基因表达的细小差异和/或具有低表达水平的基因。举例来说，在一些植物内rna测序实验中，检测来自微生物基因组的约5000个基因中的仅约40个基因。因此，植物内rna测序技术可用于鉴定丰度表达的基因及其相应启动子；然而，所述技术难以鉴定低表达基因和相应启动子以及基因表达之间的小差异。[0826]此外，植物内rna谱反映在分离微生物时的基因的状态；然而，田间条件的略微变化可实质上改变根际/附生/内生微生物的rna谱。因此，难以事先预测基于一个田间试验的rna测序数据而选择的启动子是否会在体外和田间测试重塑菌株时提供靶基因的期望表达水平。[0827]另外，植物内评估是费时且费资源的；因此，植物内实验无法频繁地进行和/或快速或容易地重复。另一方面，虽然可相对快速且容易地进行体外rna测序，但体外条件并不能模拟田间条件，并且可显示体外高活性的启动子可能并不显示植物内的相当活性。[0828]此外，启动子常常不如在新情形下所预测的那样表现。因此，植物内和体外rna测序数据充其量只能充当启动子选择步骤中的起始点；然而，在一些情况下，到达会在田间提供靶基因的期望表达水平的任何特定启动子是不可预测的。[0829]启动子选择步骤中的另一限制为可供使用的启动子的数目。因为本公开的目标之一是提供非转基因微生物；用于启动子交换的启动子需要选自微生物的基因组或属内。因此，不同于转基因方法，本发明方法不能仅仅去查阅文献还要发现/使用来自不同宿主生物体的表征良好的转基因启动子。[0830]另一约束是启动子在所需生长期期间必须具有植物内的活性。举例来说，对于植物内的氮的最高要求一般在生长季晚期，例如晚期营养期和早期生殖期。举例来说，在玉米中，氮吸收在v6(6叶)到r1(生殖阶段1)阶段期间是最高的。因此，为了增加氮在玉米的v6到r1阶段期间的可用性，重塑微生物必须在玉米生命周期的这些阶段期间显示最高的固氮活性。相应地，需要选择在玉米的晚期营养和早期生殖阶段期间具有植物内活性的启动子。这一约束不仅减少可在启动子交换中测试的启动子的数目，而且使启动子选择的步骤不可预测。如上文所论述，产生不可预测性，部分是因为尽管来自小规模田间试验(例如步骤b3)的rna测序数据可用于鉴定在所需生长阶段期间具有植物内活性的启动子，但rna数据是基于样品收集时的田间条件(例如，土壤的类型、土壤中的水位、可用氮的含量等)。如本领域的普通技术人员将理解，田间条件可能在同一田间内经一段时间而改变，并且还在不同田间中有实质上改变。因此，在一个田间条件下所选择的启动子可能不如在其他田间条件下所预期的那样表现。类似地，所选择的启动子可能不如在交换之后所预期的那样表现。因此，事先难以预料所选择的启动子是否会在目的植物的所需生长期期间具有植物内活性。[0831]3.设计非属间基因变异[0832]基于步骤d1(基因靶标的鉴定)和d2(用于启动子交换的启动子的鉴定)，将设计非属间基因变异。[0833]术语“非属间”指示待引入到宿主中的基因变异不含有来自宿主属外部的核酸序列(即，无转基因dna)。尽管载体和/或其他基因工具将用于将基因变异引入到宿主微生物中，但本公开的方法包括环出(去除)引入到宿主微生物中的主链载体序列或其他基因工具从而仅使得所需基因变异引入到宿主基因组中的步骤。因此，所得微生物是非转基因的。[0834]示例性非属间基因变异包括目的基因中的突变，其可改进由所述基因编码的蛋白质的功能；组成型活性启动子，其可替换目的基因的内源性启动子以增加基因的表达；将使目的基因失活的突变；将启动子从宿主的基因组内插入到异源性位置中，例如将启动子插入到导致所述基因失活并且上调下游基因的基因中；等等。突变可以是点突变、插入和/或缺失(基因的完全或部分缺失)。举例来说，在一个方案中，为了改善宿主微生物的固氮活性，所需基因变异可包括nifl基因(固氮途径的负调节子)的失活性突变和/或包括将nifh基因(催化固定大气氮的关键反应的固氮酶铁蛋白)的内源性启动子替换为组成型驱动nifh基因表达的组成型活性启动子。[0835]4.生成非属间衍生物菌株[0836]在设计非属间基因变异之后，将进行步骤c2‑c7以生成非属间衍生物菌株(即重塑微生物)。[0837]5.存库重塑微生物的纯化培养物[0838]将在库中保存重塑微生物的纯化培养物，使得可提取gdna用于下文所述的全基因组测序。[0839]6.确认所需基因变异的存在[0840]将提取重塑微生物的基因组dna并且将使用先前所述的方法对基因组dna进行全基因组测序。所得读段将映射到先前存储于lims中的读段以确认：a)所需基因变异的存在，和b)完全不存在映射到用于生成重塑微生物的载体序列(例如质粒主链或辅助质粒序列)的读段。[0841]这一步骤允许非宿主属dna(转基因dna)的敏感性检测，所述dna可在环出载体主链(例如自杀质粒)方法之后保留于菌株中并且可提供对基因变异的偶然脱靶插入的控制等。[0842]e.对于重塑微生物的分析[0843]1.对植物有益活性的分析[0844]将体外评估重塑微生物的植物有益活性和生长动力学。[0845]举例来说，将通过乙炔还原测定、铵排泄测定等评定经重塑用于改善固氮功能的菌株的固氮活性和适合度。[0846]将评定经重塑用于改善的磷酸盐溶解的菌株的磷酸盐溶解活性。[0847]这一步骤允许针对目的表型快速、中等到高通量筛选重塑菌株。[0848]2.对更改基因的定殖和转录的分析[0849]将使用b3中描述的步骤评定重塑菌株在温室中或在田间中对宿主植物的定殖。另外，将从所定殖的根部和/或土壤样品中分离rna并且对其测序以分析靶基因的转录活性。靶基因包括含有所引入的基因变异的基因并且还可包括在微生物的植物有益性状中起作用的其他基因。[0850]举例来说，基因(nif基因)簇控制微生物的固氮活性。使用上文所述的方案，可将基因变异引入到nif基因中的一者中(例如启动子插入)，而nif簇中的其他基因呈其内源性形式(即其基因序列和/或启动子区并未更改)。rna测序数据将针对含有基因变异的nif基因的转录活性进行分析，并且还可针对未因所插入基因变化而直接更改但仍然可能受所引入基因变化的影响的其他nif基因进行分析。[0851]这一步骤允许确定根际中体外表现最好的菌株的适合度并且允许测量植物内更改基因的转录活性。[0852]f.反复工程化活动/分析[0853]来自体外和植物内分析(步骤e1和e2)的数据将用于反复地堆叠有益突变。[0854]此外，可重复上文所述的步骤a‑e以微调微生物的植物有益性状。举例来说，将使用在第一轮中重塑的微生物菌株接种植物；在数周生长之后收获；并且将分离来自土壤和/或植物根部的微生物。将表征分离微生物的功能活性(植物有益性状和定殖潜能)以及dna和rna谱，以便选择具有改善的植物有益活性和定殖潜能的微生物。将对所选择的微生物进行重塑以进一步改善植物有益活性。将针对功能活性(植物有益性状和定殖潜能)以及体外和植物内rna谱对重塑微生物进行筛选，并且将选择表现最好的菌株。如果需要，可重复步骤a‑e以进一步改善来自第二轮的重塑微生物的植物有益活性。所述过程可重复1、2、3、4、5、6、7、8、9、10轮或更多轮。[0855]上文所述的示例性步骤概述于以下表a中。[0856]表a‑引导微生物重塑平台的实施方案的概观[0857][0858][0859][0860][0861]产生农业生物试剂的传统方法存在固有的方法缺陷[0862]不同于野生型(wt)微生物的纯生物勘探或转基因方法，gmr允许对微生物内的关键调节网络进行非属间基因优化，这改善对于wt微生物的植物有益表型，但不存在与转基因方法相关的风险(例如，不可预测的基因功能、公共和监管问题)。关于有问题的“传统生物勘探”方法的描述，参见图1c，所述方法与所教导的gmr平台相比具有若干缺点。[0863]用于开发农业微生物的其他方法集中于广泛的实验室开发(其常常在田间规模下失败)，或在不理解基础机制/植物‑微生物相互作用情况下的广泛的温室或“田间优先(field‑first)”测试。关于有问题的“田间优先生物勘探方法(field‑firstapproachtobioprospecting)”系统的描述，参见图1d，所述方法与所教导的gmr平台相比具有若干缺点。[0864]gmr平台以多种方式解决这些问题[0865]gmr平台的一个优势为鉴定活性启动子，所述启动子在对于目标作物来说关键的生理学重要时间下具有活性，并且所述启动子在特定的农业相关的环境条件下也具有活性。[0866]如已解释，在固氮的情形下，gmr平台能够鉴定微生物启动子序列，所述微生物启动子序列在升高的外源氮的环境条件下具有活性，由此允许重塑微生物在现代农业中耕作物条件下以及在植物最需要固定氮的时候固定大气氮并将其递送到目标作物植物中。参见图1e获取关于玉米生长周期中的时间段的描绘，在所述时间段中，植物最需要氮。所教导的gmr平台能够产生重塑微生物，所述重塑微生物在需要氮的时间段向玉米植物供应氮并且即使在土壤环境中存在外源氮的情况下也能递送此类氮。[0867]这些启动子可通过根际rna测序和将读段映射到微生物基因组序列来鉴定，并且关键途径可被“再编程”以在植物生长周期的关键阶段期间打开或关闭。另外，通过对经优化微生物进行全基因组测序和与先前转化的序列的映射，所述方法能够确保没有转基因序列会由于质粒dna的脱靶插入、pcr未检测到的质粒的低含量保留或抗生素抗性而偶然地释放到田间。[0868]gmr平台通过反复地在实验室和植物环境中评估微生物来组合这些方法，从而产生在温室和田间条件中而非仅在实验室的条件中稳健的微生物。[0869]可在图1f至图1i中发现所教导的gmr平台的各种方面和实施方案。gmr平台在衍生/产生/生产具有植物有益特性(例如固氮)的重塑微生物方面表现极好。[0870]传统生物勘测方法不能够产生具有前述特性的微生物。[0871]经重塑用于固氮的微生物的特性[0872]在重塑微生物用于固氮的情形下，存在重塑微生物可能具有的若干特性。举例来说，图1j描绘了本公开的重塑微生物可能具有的5个特性。[0873]本发明人已利用gmr平台产生能够固定大气氮并且即使在外源氮存在于环境中的条件下也将所述氮递送至玉米植物的重塑非属间细菌(即蔗糖小迫氏菌)。参见图1k至图1m，其说明所述重塑过程成功地：(1)使nifa表达与内源性氮调节脱离；以及(2)改善固定氮的同化和排泄。[0874]当施加至玉米作物时，这些重塑微生物最终引起玉米产量的改良。参见图1n。[0875]gmr平台提供解决紧迫环境问题的氮固定和递送的方法[0876]如先前所解释，由工业哈伯‑博世法产生的氮肥并未被目标作物很好地利用。降雨、径流、加热、挥发和土壤微生物组会降解所施用的化学肥料。这相当于不仅浪费了金钱，而且还增加了污染而没有增加所收获的产量。为此，美国政府已计算出在作物能够利用之前将近80％的肥料损失。因此，现代农业肥料的生产和递送不仅对环境有害，而且其效率极低。参见图1o，其说明当前氮递送系统的低效，所述系统产生施肥不足的田地、过度施肥的田地和对环境有害的氮径流。[0877]当前gmr平台和所得重塑微生物提供将氮固定和递送至植物的较好方法。如将在以下实施例中看到，本公开的非属间重塑微生物能够定殖玉米植物的根部并且即使在存在外源氮的情况下也用固定的大气氮灌输所述玉米植物。通过所教导的gmr平台能够实现的氮固定和递送的这一系统将帮助现代农业转化成环境更可持续系统。[0878]实施例2：聚合物赋予的微生物稳定性‑赋予所需微生物聚合物的保护能力[0879]聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)是一种聚合物，可用作变栖克雷伯氏菌液体储存或干燥储存期间的保护剂。[0880]微生物的液体储存[0881]制备包含20％pvp‑va和分离的变栖克雷伯氏菌培养物的溶液，以及各种对照溶液。将包含细菌的溶液等分到多个小瓶中，密封，并在环境温度下储存。在200天和250天后(表b)以及在118天和200天后(表c)，评估等分样品的菌落形成单位。[0882]在第118天，不含pvp‑va聚合物的对照变栖克雷伯氏菌培养物展现约10.10的对数损失。同一天，含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物展现2.7的对数损失。在第200天，不含pvp‑va聚合物的对照变栖克雷伯氏菌培养物展现约10.10的对数损失。同一天，含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物展现2.70的对数损失。与不含pvp‑va聚合物的对照相比，含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物在第118天和第200天展现更高的稳定性。参见表c。在第200天和第250天，含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物展现比海藻糖和胰蛋白胨处理更低的对数损失。参见表b。[0883]表b：储存的发酵液在4℃下的活力损失(贮存稳定性)。[0884][0885]表c：储存的发酵液在环境温度下的活力损失。[0886][0887]微生物的固体储存(在种子上)[0888]制备包含20％pvp‑va和分离的变栖克雷伯氏菌培养物的溶液，以及各种对照溶液。将包含细菌的溶液包被在玉米种子上并使其干燥并在环境温度下储存(环境温度实验的储存期期间的温度变化；但为约20℃‑25℃)。在第21天(4℃)和第118天(环境温度)评估种子包衣的菌落形成单位。[0889]在第21天(4℃)，不含pvp‑va的对照变栖克雷伯氏菌种子包衣展现0.8的对数损失。同一天(4℃)，实验性的含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌种子包衣展现0.73的对数损失。在第118天(环境温度)，不含pvp‑va的对照变栖克雷伯氏菌种子包衣展现3.3的对数损失。同一天，实验性的含pvp‑va的种子包衣展现1.96的对数损失。数据表明，与不含pvp‑va的对照相比，pvp‑va保护/延长了储存在液体中的细菌的稳定性。参见表d和表e。[0890]表d：4℃下短期和长期储存的种子稳定性(活力损失)。[0891][0892][0893]表e：环境温度下的短期和长期储存的种子稳定性(活力损失)。[0894][0895]表b、表c、表d和表e中每一个的左列中所示的实验组合物也以5％的修正水平进行评估，但认为该量不足以证明益处。[0896]实施例3：聚合物赋予的微生物稳定性‑通过将聚合物与所需微生物接种物混合赋予聚合物的保护能力[0897]将灭菌的pvp‑va组合物添加到培养基(最终为20体积％)中，足以维持接种的变栖克雷伯氏菌培养物的生长。平行进行不含pvp‑va的对照实验。使包含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物生长至汇合。将含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物等分到多个密封小瓶中，储存在(1)4℃或(2)环境温度下，并在第0天、第21天和第190天评估菌落形成单位。[0898]微生物的液体储存[0899]将含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物等分到多个密封小瓶中，储存在4℃或环境温度下，并在第0天、第21天和第190天评估菌落形成单位。[0900]与不含pvp‑va的相应对照相比，含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物在4℃和环境温度下在第21天和第190天展现更高的稳定性。[0901]微生物的固体储存(在种子上)[0902]将含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物包被到玉米种子上并使其干燥且在4℃或环境温度下储存。在第0天、第21天和第190天评估种子包衣的菌落形成单位。[0903]与不含pvp‑va的相应对照相比，包被含pvp‑va的变栖克雷伯氏菌的种子在4℃和环境温度下在第21天和第190天展现更高的稳定性。[0904]实施例4：过继生物膜转移‑通过将生物膜与所需微生物混合，将生物膜的保护能力从一个物种赋予另一个物种[0905]本实施例说明利用微生物生物膜来配制固氮微生物。[0906]一些固氮细菌菌株不会产生生物膜，并且改变发酵条件以迫使菌株产生生物膜可能会对菌株的稳健性和滴度产生负面影响。[0907]生物膜可用作变栖克雷伯氏菌液体储存或干燥储存期间的保护剂。细菌蔗糖小迫氏菌是一种生物膜形成剂，其也展现一定程度的固氮。将蔗糖小迫氏菌在生长培养基中振荡生长以产生生物膜，通过过滤将所述生物膜分离以收集所得微生物生物膜组合物，并进行一次或多次洗涤以去除流出物和松散附着的蔗糖小迫氏菌细胞。然后对生物膜进行足以杀灭任何剩余的蔗糖小迫氏菌的热激。[0908]微生物的液体储存[0909]然后将热激过的生物膜组合物以1∶1的比例添加到分离的变栖克雷伯氏菌培养物中。将含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物等分到多个密封小瓶中，储存在环境温度下，并在第0天、第21天和第190天评估菌落形成单位。[0910]在第21天，不含蔗糖小迫氏菌生物膜的对照变栖克雷伯氏菌培养物展现1.09的对数损失。同一天，含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物展现1.08的对数损失。与不含生物膜的对照相比，含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物在第21天展现更高的活力。[0911]微生物的固体储存(在种子上)[0912]然后将热激过的生物膜组合物以10体积％添加到分离的变栖克雷伯氏菌培养物中。将含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物包被到玉米种子上并使其干燥且在可变温度下储存(储存期间温度变化)。在第0天、第2天和第21天评估种子包衣的菌落形成单位。[0913]在第2天，不含蔗糖小迫氏菌生物膜的对照变栖克雷伯氏菌种子包衣展现2.2的对数损失。同一天，实验性的含生物膜的变栖克雷伯氏菌种子包衣展现1.4的对数损失。在第21天，不含蔗糖小迫氏菌生物膜的对照变栖克雷伯氏菌种子包衣展现3.3的对数损失。同一天，实验性的含生物膜的变栖克雷伯氏菌种子包衣展现2.7的对数损失。与不含生物膜的对照相比，含生物膜的变栖克雷伯氏菌种子包衣在第2天和第21天展现更高的活力。[0914]实施例5：过继生物膜转移‑通过将生物膜与所需微生物接种物混合，将生物膜的保护能力从一个物种赋予另一个物种[0915]生物膜可用作变栖克雷伯氏菌液体储存或干燥储存期间的保护剂。细菌蔗糖小迫氏菌是一种生物膜形成剂，其也展现一定程度的固氮。将蔗糖小迫氏菌在生长培养基中振荡生长以产生生物膜，然后通过过滤将所述生物膜分离以收集所得微生物生物膜组合物，并进行一次或多次洗涤以去除流出物和松散附着的蔗糖小迫氏菌细胞。然后对生物膜进行足以杀灭任何剩余的蔗糖小迫氏菌的热激。[0916]将热激过的生物膜组合物添加到培养基(10体积％)中，足以维持接种的变栖克雷伯氏菌培养物的生长。使包含生物膜组合物的变栖克雷伯氏菌培养物生长至汇合。将含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物等分到多个密封小瓶中，储存在环境温度下，并在第0天、第21天和第190天评估菌落形成单位。[0917]微生物的液体储存[0918]将含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物等分到多个密封小瓶中，储存在环境温度下，并在第0天、第21天和第190天评估菌落形成单位。[0919]与不含生物膜的相应对照相比，含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物在第21天和第190天展现更高的活力。[0920]微生物的固体储存(在种子上)[0921]将含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物包被到玉米种子上并使其干燥且在可变温度下储存(储存期间温度变化)。在第0天、第2天、第21天和第190天评估种子包衣的菌落形成单位。[0922]与不含生物膜的相应对照相比，含生物膜的变栖克雷伯氏菌培养物在第2天、第21天和第190天展现更高的活力。[0923]实施例6：生物膜保护‑通过将生物膜生产者和非生产者共同接种，将生物膜的保护能力从一个物种赋予另一个物种[0924]生物膜可用作变栖克雷伯氏菌液体储存或干燥储存期间的保护剂。细菌蔗糖小迫氏菌是一种生物膜形成剂，其也展现一定程度的固氮。将蔗糖小迫氏菌和变栖克雷伯氏菌共同接种到能够支持两种细菌生长的生长培养基中。所得培养物是一种同时包含蔗糖小迫氏菌和变栖克雷伯氏菌的培养物，其与蔗糖小迫氏菌产生的生物膜接触。将微生物组合物纯化以去除用过的培养基。[0925]微生物的液体储存[0926]将含生物膜的蔗糖小迫氏菌和变栖克雷伯氏菌共培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物等分到多个密封小瓶中，储存在环境温度下，并在第0天、第21天和第190天评估变栖克雷伯氏菌的菌落形成单位。[0927]与不含生物膜的相应对照相比，含生物膜的蔗糖小迫氏菌和变栖克雷伯氏菌共培养物在第21天和第190天展现更高的变栖克雷伯氏菌活力。[0928]微生物的固体储存(在种子上)[0929]将含生物膜的蔗糖小迫氏菌和变栖克雷伯氏菌共培养物和对照变栖克雷伯氏菌培养物包被到玉米种子上并使其干燥且在可变温度下储存(储存期间温度变化)。在第0天、第2天、第21天和第190天评估种子包衣的变栖克雷伯氏菌的菌落形成单位。[0930]与不含生物膜的相应对照相比，含生物膜的蔗糖小迫氏菌和变栖克雷伯氏菌共培养物在第2天、第21天和第190天展现更高的变栖克雷伯氏菌活力。[0931]实施例7：包含一种或多种分离的细菌和由一种或多种微生物产生的生物膜的组合物的罐内稳定性[0932]如上所述通过在生物膜形成条件下生长蔗糖小迫氏菌来产生生物膜。然后对生物膜进行热激以去除所有有活力的蔗糖小迫氏菌细胞。使用三种不同浓度的生物膜来配制用于两种重塑变栖克雷伯氏菌菌株(137‑1036和137‑1034)的发酵液。[0933]将配制的样品在25℃和37℃下储存，并在t＝0、t＝1周和t＝2周时测量活力。[0934]重塑菌株在25℃和高温(37℃)下对生物膜的反应不同。在37℃下，与对照制剂相比，当制剂中有生物膜时，两种菌株在1周和2周都显示出显著的稳定性提高(图2b、图3b、图4b和图5b)。[0935]在25℃下，137‑1036显示含生物膜制剂在储存2周时稳定性提高(图3a)，而在1周时，含生物膜制剂和对照制剂稳定性相似(图2a)。[0936]在25℃下，137‑1034显示出稳定性变化(图4a和图5a)，而在37℃下其显示稳定性持续提高(图4b和图5b)。[0937]总之，数据表明，与对照(非配制菌株)相比，生物膜的添加减少了两种菌株在高温下储存2周期间的活力损失。此外，活力的提高与生物膜的浓度成正比，即在较高生物膜浓度下，活力损失较少(制剂在较高生物膜浓度下更稳定)。[0938]实施例8：用于提高微生物产物稳定性的聚合物和生物膜组合制剂[0939]产生了以下两种微生物的发酵液：137‑1036和137‑1034。在发酵结束时，将每种微生物的发酵液配制为3个水平的生物膜，添加和不添加5％pvp‑va。如前所述利用蔗糖小迫氏菌获得生物膜。[0940]将配制的样品(pvp‑va 生物膜)在25℃和37℃下储存，并测量制剂材料的活力长达1个月。[0941]结果可见于图6a、图6b和图6c。[0942]结果表明，与仅有生物膜的组合物相比，添加5％pvp‑va改善了大罐内(罐内)活力损失(对数损失降低)。[0943]实施例9：pvp‑va对提高各种商业玉米种子的种子稳定性的影响[0944]选择四种经化学物质预处理的市售玉米种子品种用于pvp‑va制剂研究。四种玉米种质和化学物质预处理可见于以下表f。经化学物质预处理的这四个商业种子品种中的每一个都经历相应的pvp‑va处理与未用pvp‑va处理。因此，所有种子都用含有和不含20％pvp‑va的制剂处理。[0945]在4℃、10℃和25℃下随时间监测种子的稳定性。[0946]4c、10c和25c的结果分别可见于图7a、图7b和图7c。pvp‑va在4c和10c储存温度下对所有商业玉米种质都有积极影响；然而，对种子稳定性的具体影响程度是可变的，取决于基础玉米种质。然而，对于25c储存温度，在1周内所有细胞都失去了大部分活力，并且没有明显的pvp‑va处理差异。[0947]从数据可以推测，种子对微生物细胞“越不友好”(即，对微生物细胞的负面影响)，pvp‑va对稳定性的积极影响就越大。[0948]表f：物理特征和种子处理化学物质[0949][0950][0951]表25和表26描述了微生物、其基础遗传结构及其相应seqidno。这些微生物是利用实施例1中描述的gmr平台获得的。预期这些微生物可包含在如本文所述的聚合物组合物制剂中。[0952]表25：wt和重塑非属间微生物[0953][0954][0955]表26：wt和重塑非属间微生物[0956][0957][0958][0959][0960][0961][0962][0963][0964][0965][0966][0967][0968][0969][0970][0971][0972][0973][0974][0975][0976][0977]本公开的编号实施方案i[0978]尽管有所附权利要求书，本公开阐述以下编号实施方案：[0979]1.一种微生物组合物，所述微生物组合物包含：一种或多种分离的细菌；和包含一种或多种聚合物的聚合物组合物，其中所述一种或多种聚合物对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的；以及任选的一种或多种生物膜，所述一种或多种生物膜对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的。[0980]2.如实施方案1所述的微生物组合物，其中存在对所述一种或多种分离的细菌而言是外源的一种或多种生物膜。[0981]3.如实施方案1或2所述的微生物组合物，其中所述一种或多种生物膜包括来自选自以下属的属内的物种的生物膜：假单胞菌属、小迫氏菌属、芽孢杆菌属、固氮螺菌属、念珠菌属、酵母菌属和农杆菌属。[0982]4.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种生物膜包括来自蔗糖小迫氏菌的生物膜。[0983]5.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌来自克雷伯氏菌属，并且所述一种或多种生物膜包括来自小迫氏菌属的微生物的生物膜。[0984]6.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌，并且所述一种或多种生物膜包括来自蔗糖小迫氏菌的生物膜。[0985]7.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌137‑1036菌株，并且所述一种或多种生物膜包括来自蔗糖小迫氏菌的生物膜。[0986]8.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种生物膜包括由两种不同的产生生物膜的微生物所产生的两种生物膜。[0987]9.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌选自以下属：无色杆菌属、农杆菌属、鱼腥藻属、固氮根瘤菌属、固氮螺菌属、固氮菌属、芽孢杆菌属、慢生根瘤菌属、念珠菌属、梭菌属、肠杆菌属、克雷伯氏菌属、克鲁维菌属、小迫氏菌属、中间根瘤菌属、微杆菌属、假单胞菌属、拉恩氏菌属、根瘤菌属、酵母菌属、中华根瘤菌属以及它们的组合。[0988]10.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌选自：马铂无色杆菌、精神无色杆菌、生脂固氮螺菌、肠杆菌属种、变栖克雷伯氏菌、中间克鲁维菌、假蔗糖小迫氏菌、蔗糖小迫氏菌、壁微杆菌、水生拉恩氏菌以及它们的组合。[0989]11.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌来自克雷伯氏菌属。[0990]12.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌。[0991]13.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌137‑1036菌株。[0992]14.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种聚合物选自：聚乙烯吡咯烷酮(pvp)、聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)、羧甲基纤维素(cmc)、羟丙基甲基纤维素、海藻酸盐以及它们的组合。[0993]15.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种聚合物是聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)。[0994]16.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种聚合物是电纺聚合物。[0995]17.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种聚合物包括共聚物。[0996]18.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌能够固氮。[0997]19.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中与包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物相比，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。[0998]20.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中与包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物相比，当储存至少30天时，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。[0999]21.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中当以液体培养物储存时，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。[1000]22.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述组合物是固体。[1001]23.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述组合物是液体。[1002]24.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述组合物是半固体。[1003]25.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述微生物组合物是存在于植物种子或其他植物繁殖材料上的种子包衣。[1004]26.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述微生物组合物是存在于玉米种子上的种子包衣，所述玉米种子具有存在于所述种子上的杀虫剂、除草剂、杀真菌剂或杀线虫剂。[1005]27.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述微生物组合物是犁沟内制剂。[1006]28.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是内生的、附生的或根际的。[1007]29.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是野生型细菌。[1008]30.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是转基因细菌。[1009]31.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是非属间重塑细菌。[1010]32.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是选自表1的非属间重塑细菌，或其子代或衍生物。[1011]33.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌能够固定大气氮。[1012]34.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是能够在外源氮存在下固定大气氮的非属间重塑细菌。[1013]35.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌是非属间重塑细菌，所述非属间重塑细菌包含：引入到氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中的至少一个基因变异。[1014]36.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含可操作地连接至氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因的所引入的控制序列。[1015]37.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含可操作地连接至氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因的异源启动子。[1016]38.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到选自由以下组成的组的成员中的至少一个基因变异：nifa、nifl、ntrb、ntrc、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glna、glnb、glnk、drat、amtb、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnd、glne、nifj、nifh、nifd、nifk、nify、nife、nifn、nifu、nifs、nifv、nifw、nifz、nifm、niff、nifb、nifq、与固氮酶生物合成相关的基因，或它们的组合。[1017]39.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中的至少一个基因变异，所述至少一个基因变异导致以下一项或多项：nifa或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；nifl、ntrb、谷氨酰胺合成酶、glnb、glnk、drat、amtb的表达或活性降低；glne的去腺苷酰基活性降低；或glnd的去尿苷酰基活性降低。[1018]40.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子。[1019]41.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白。[1020]42.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏。[1021]43.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含以下至少一项：突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；突变glne基因，所述突变μlne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白；突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏；以及它们的组合。[1022]44.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；和突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白。[1023]45.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白；和突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏。[1024]46.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到涉及选自由以下组成的组的途径的基因中的至少一个基因变异：胞外多糖产生、内聚半乳糖醛酸酶产生、海藻糖产生和谷氨酰胺转化。[1025]47.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到选自由以下组成的组的基因中的至少一个基因突变：bcsii、bcsiii、yjbe、fhab、peha、otsb、trez、glsa2以及它们的组合。[1026]48.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌包括选自以下的细菌：以ncma201701002保藏的细菌、以ncma201708004保藏的细菌、以ncma201708003保藏的细菌、以ncma201708002保藏的细菌、以ncma201712001保藏的细菌、以ncma201712002保藏的细菌以及它们的组合。[1027]49.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌包括包含与选自seqidno：177‑260、296‑303和458‑469的核酸序列共有至少约90％、95％或99％序列同一性的核酸序列的细菌。[1028]50.如前述实施方案中任一项所述的微生物组合物，其中所述一种或多种分离的细菌包括包含选自seqidno：177‑260、296‑303和458‑469的核酸序列的细菌。[1029]本公开的编号实施方案ii[1030]尽管有所附权利要求书，本公开阐述以下编号实施方案：[1031]1.一种用于提高细菌组合物的活力的方法，所述方法包括将以下组合：一种或多种分离的细菌；和包含一种或多种聚合物的聚合物组合物，其中所述一种或多种聚合物对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的，并且其中活力的增加是相对于包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物而言的；并且任选地包括将对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的一种或多种生物膜与所述分离的细菌和所述聚合物组合物组合。[1032]2.如实施方案1所述的方法，其中将对于所述一种或多种分离的细菌而言是外源的一种或多种生物膜与所述分离的细菌和所述聚合物组合物组合。[1033]3.如实施方案1或2所述的方法，其中所述一种或多种生物膜包括来自选自以下属的属内的物种的生物膜：假单胞菌属、小迫氏菌属、芽孢杆菌属、固氮螺菌属、念珠菌属、酵母菌属和农杆菌属。[1034]4.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物膜包括来自蔗糖小迫氏菌的生物膜。[1035]5.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌来自克雷伯氏菌属，并且所述一种或多种生物膜包括来自小迫氏菌属的微生物的生物膜。[1036]6.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌，并且所述一种或多种生物膜包括来自蔗糖小迫氏菌的生物膜。[1037]7.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌137‑1036菌株，并且所述一种或多种生物膜包括来自蔗糖小迫氏菌的生物膜。[1038]8.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物膜包括由两种不同的产生生物膜的微生物所产生的两种生物膜。[1039]9.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌选自以下属：无色杆菌属、农杆菌属、鱼腥藻属、固氮根瘤菌属、固氮螺菌属、固氮菌属、芽孢杆菌属、慢生根瘤菌属、念珠菌属、梭菌属、肠杆菌属、克雷伯氏菌属、克鲁维菌属、小迫氏菌属、中间根瘤菌属、微杆菌属、假单胞菌属、拉恩氏菌属、根瘤菌属、酵母菌属、中华根瘤菌属以及它们的组合。[1040]10.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌选自：马铂无色杆菌、精神无色杆菌、生脂固氮螺菌、肠杆菌属种、变栖克雷伯氏菌、中间克鲁维菌、假蔗糖小迫氏菌、蔗糖小迫氏菌、壁微杆菌、水生拉恩氏菌以及它们的组合。[1041]11.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌来自克雷伯氏菌属。[1042]12.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌。[1043]13.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是变栖克雷伯氏菌137‑1036菌株。[1044]14.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种聚合物选自：聚乙烯吡咯烷酮(pvp)、聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)、羧甲基纤维素(cmc)、羟丙基甲基纤维素、海藻酸盐以及它们的组合。[1045]15.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种聚合物是聚乙烯吡咯烷酮‑乙酸乙烯酯(pvp‑va)。[1046]16.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种聚合物是电纺聚合物。[1047]17.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种聚合物包括共聚物。[1048]18.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌能够固氮。[1049]19.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中与包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物相比，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。[1050]20.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中与包含一种或多种缺乏所述一种或多种聚合物的分离的细菌的对照组合物相比，当储存至少30天时，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。[1051]21.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中当以液体培养物储存时，所述一种或多种分离的细菌的活力展现出增加。[1052]22.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述组合物是固体。[1053]23.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述组合物是液体。[1054]24.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述组合物是半固体。[1055]25.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述微生物组合物是存在于植物种子或其他植物繁殖材料上的种子包衣。[1056]26.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述微生物组合物是存在于玉米种子上的种子包衣，所述玉米种子具有存在于所述种子上的杀虫剂、除草剂、杀真菌剂或杀线虫剂。[1057]27.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述微生物组合物是犁沟内制剂。[1058]28.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是内生的、附生的或根际的。[1059]29.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是野生型细菌。[1060]30.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是转基因细菌。[1061]31.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是非属间重塑细菌。[1062]32.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是选自表1的非属间重塑细菌，或其子代或衍生物。[1063]33.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌能够固定大气氮。[1064]34.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是能够在外源氮存在下固定大气氮的非属间重塑细菌。[1065]35.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌是非属间重塑细菌，所述非属间重塑细菌包含：引入到氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中的至少一个基因变异。[1066]36.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含可操作地连接至氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因的所引入的控制序列。[1067]37.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含可操作地连接至氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因的异源启动子。[1068]38.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到选自由以下组成的组的成员中的至少一个基因变异：nifa、nifl、ntrb、ntrc、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glna、glnb、glnk、drat、amtb、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnd、glne、nifj、nifh、nifd、nifk、nify、nife、nifn、nifu、nifs、nifv、nifw、nifz、nifm、niff、nifb、nifq、与固氮酶生物合成相关的基因，或它们的组合。[1069]39.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到氮固定或同化基因调节网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中的至少一个基因变异，所述至少一个基因变异导致以下一项或多项：nifa或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；nifl、ntrb、谷氨酰胺合成酶、glnb、glnk、drat、amtb的表达或活性降低；glne的去腺苷酰基活性降低；或glnd的去尿苷酰基活性降低。[1070]40.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子。[1071]41.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白。[1072]42.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏。[1073]43.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含以下至少一项：突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白；突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏；以及它们的组合。[1074]44.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；和突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白。[1075]45.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含突变nifl基因，所述突变nifl基因在所述nifl基因中包含异源启动子；突变glne基因，所述突变glne基因导致缺乏去腺苷酰基(ar)结构域的截短glne蛋白；和突变amtb基因，所述突变amtb基因导致所述amtb基因的表达缺乏。[1076]46.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到涉及选自由以下组成的组的途径的基因中的至少一个基因变异：胞外多糖产生、内聚半乳糖醛酸酶产生、海藻糖产生和谷氨酰胺转化。[1077]47.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌中的每一者包含引入到选自由以下组成的组的基因中的至少一个基因突变：bcsii、bcsiii、yjbe、fhab、peha、otsb、trez、glsa2以及它们的组合。[1078]48.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌包括选自以下的细菌：以ncma201701002保藏的细菌、以ncma201708004保藏的细菌、以ncma201708003保藏的细菌、以ncma201708002保藏的细菌、以ncma201712001保藏的细菌、以ncma201712002保藏的细菌以及它们的组合。[1079]49.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌包括包含与选自seqidno：177‑260、296‑303和458‑469的核酸序列共有至少约90％、95％或99％序列同一性的核酸序列的细菌。[1080]50.如前述实施方案中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离的细菌包括包含选自seqidno：177‑260、296‑303和458‑469的核酸序列的细菌。[1081]本公开涵盖包含在编号实施方案中的前述要素的任何和所有排列和组合。[1082]以引用方式并入[1083]出于所有目的，本文中所引用的所有参考文献、文章、公布、专利、专利公布和专利申请均以引用方式整体并入本文。然而，提及本文所引用的任何参考文献、文章、公布、专利、专利公布和专利申请不是并且不应认为是承认或以任何形式暗示其构成有效现有技术或形成世界上任何国家的公共常识的一部分。此外，2018年5月22日发布的并且标题为：methodsandcompositionsforimprovingplanttraits的美国专利第9,975,817号在此以引用方式并入。此外，2018年1月12日提交的、在2018年7月19日作为wo2018/132774a1公布的并且标题为：methodsandcompositionsforimprovingplanttraits的pct/us2018/013671在此以引用方式并入。此外，2019年11月1日提交的并且标题为：biofilmcompositionswithimprovedstabilityfornitrogenfixingmicrobialproducts的pct/us2019/059450在此以引用方式并入。当前第1页12当前第1页12