预测前列腺癌的方法及其用途与流程

技术特征：
1.一种筛查有患前列腺癌风险的受试者的方法，所述方法包括：(i)从所述受试者获取生物样品；(ii)检测来自所述生物样品的小非编码rna(sncrna)的特征集合的聚集表达谱，其中检测特征sncrna集合的聚集表达谱包括杂交对源自所述生物样品的sncrna的每个cdna特异性的探针，其中至少一个杂交探针选自seq id no：1
‑
280；(iii)通过在来自无前列腺癌或前列腺癌的目标人群的训练数据集中比较seq id no:1
‑
280的所述聚集表达谱，关联所述受试者的seq id no:1
‑
280的所述聚集表达谱；和(iv)基于从上述(iii)获得的结果，确定受试者有患前列腺癌风险的可能性。2.根据权利要求1所述的方法，其中重新分析确定有患前列腺癌风险的受试者中sncrna的表达，并与来自具有惰性(低等级，gg1)或中或高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌的目标人群的训练数据集中的seq id no:281
‑
560的聚集表达谱进行比较，以将受试者进一步分类为具有惰性(低等级，gg1)或者中或高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌。3.根据权利要求2所述的方法，其中重新分析确定患有侵袭性(中或高等级，gg2
‑
gg5)前列腺癌的受试者中sncrna的表达，并与来自具有低/中风险(gg1
‑
gg2)或侵袭性(高等级，gg3
‑
gg5)前列腺癌的目标人群的训练集中seq id no：561
‑
840的聚集表达谱进行比较，以进一步将受试者分类为患有低/中等级(gg2
‑
gg5)或侵袭性(高等级,gg3
‑
gg5)前列腺癌。4.根据权利要求3所述的方法，其中被分类为患有侵袭性(中或高等级，gg2
‑
gg5)前列腺癌的受试者用根治性前列腺切除术、前列腺近距离放射治疗、前列腺放射治疗、新辅助激素治疗和辅助激素治疗中的一种或多种治疗。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品是无细胞尿液。6.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品是尿外来体。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品是从所述尿外来体中提取的sncrna。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述sncrna包含mirna、c/d盒snorna、h/aca盒snorna、scarna、pirna和lncrna。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述sncrna包括mirna和snorna。10.根据权利要求1所述的方法，其中用于筛查有患前列腺癌风险的受试者的方法包括进行sentinel
tm
pca(pca)测试，其中所述pca测试包括以下步骤：(i)在开放阵列平台上询问seq id no:1
‑
280的sncrna序列以获得信息序列；(ii)确定sentinel分数，该分数检查第一分类算法中包括的所有序列的聚合表达谱和序列之间的相互作用；(iii)将(ii)中所述信息序列的sentinel分数与从已知患有前列腺癌或无前列腺癌的患者的训练数据集获得的sentinel分数进行比较；和(iv)确定受试者是否患有前列腺癌或没有前列腺癌。11.根据权利要求10所述的方法，其中用于筛查患有前列腺癌的受试者被分类为患有惰性或低等级(gg
‑
1)或者中或高等级(gg
‑2‑
gg
‑
5)前列腺癌的方法包括进行sentinel
tm
临床意义(cs)测试，其中所述cs测试包括以下步骤：(i)在开放阵列平台上在第二轮询问seq id no:281
‑
560的sncrna以获得不同的信息序列集；
(ii)确定sentinel分数，该分数检查第二分类算法中包括的所有序列的聚合表达谱和序列之间的相互作用；(iii)将(ii)中所述信息序列的sentinel分数与从gg1前列腺癌和gg2
‑
gg
‑
5前列腺癌的患者的训练数据集获得的sentinel分数进行比较；和(iv)确定受试者是否患有gg1前列腺癌或gg2
‑
gg
‑
5前列腺癌。12.根据权利要求11所述的方法，其中用于筛查患有前列腺癌的受试者被分类为患有惰性或低等级(gg1)或者中或高等级(gg
‑2‑
gg
‑
5)前列腺癌的方法还包括进行sentinel
tm
高等级(hg)测试，其中所述cs测试包括以下步骤：(i)在开放阵列平台上在第三轮询问seq id no:561
‑
840的sncrna以获得不同的信息序列集；(ii)确定sentinel分数，该分数检查第三分类算法中包括的所有序列的聚合表达谱和序列之间的相互作用；(iii)将(ii)中所述信息序列的sentinel分数与从低/中等级(gg1
‑
gg2)前列腺癌和高等级(gg3
‑
gg
‑
5)前列腺癌的患者的训练数据集获得的sentinel分数进行比较；和(iv)确定受试者是否患有低/中等级(gg1
‑
gg2)前列腺癌或高等级(gg3
‑
gg
‑
5)前列腺癌。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤包括微阵列法、逆转录聚合酶链式反应、聚合酶链式反应、核酸杂交或其组合。14.根据权利要求1所述的方法，其中在具有患前列腺癌风险的受试者中sncrna的特征集合的聚集表达谱是与未患前列腺癌的受试者中sncrna(seq id no:1
‑
280)的特征集合的聚集表达谱相比sncrna(seq id no：1
‑
280)的特征集合的更高或更低的聚集表达谱的组合。15.根据权利要求1所述的方法，其中在具有中/高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌的受试者中sncrna的特征集合的聚集表达谱是与患惰性或低等级(gg1)前列腺癌的受试者中sncrna(seq id no:281
‑
560)的特征集合的聚集表达谱相比sncrna i(seq id no：281
‑
560)的特征集合的更高或更低的聚集表达谱的组合。16.一种用于诊断受试者的前列腺癌的方法，所述方法包括：(i)从受试者获取生物样品；(ii)检测来自所述生物样品的小非编码rna(sncrna)的特征集合的聚集表达谱，其中检测特征sncrna集合的聚集表达谱包括杂交对源自从所述生物样品获得的sncrna的每个cdna特异性的探针，其中杂交探针选自seq.id.no：1
‑
280；(iii)通过在来自无前列腺癌或有前列腺癌的目标人群的训练数据集中比较seq id no:1
‑
280的表达，关联所述受试者的seq id no:1
‑
280的表达；和(iv)基于从上述(iii)获得的结果，确定受试者有患前列腺风险的可能性。17.根据权利要求16所述的方法，其中重新分析确定有患前列腺癌风险的受试者，并与来自具有惰性或侵袭性前列腺癌的目标人群的训练数据集中的seq id no:281
‑
560的表达进行比较，以将受试者进一步分类为具有惰性(低等级，gg1)或者中或高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌。
18.根据权利要求17所述的方法，其中重新分析确定有中或高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌风险的受试者，并与来自具有低/中等级(gg1
‑
gg2)前列腺癌的目标人群的训练数据集中的seq id no:561
‑
840的表达进行比较，以将受试者进一步分类为具有惰性(低/中等级，gg1
‑
gg2)或者侵袭性或高等级(gg3
‑
gg5)前列腺癌。19.根据权利要求16和17所述的方法，其中被分类为患有中或高等级或侵袭性前列腺癌的受试者用根治性前列腺切除术、前列腺近距离放射治疗、前列腺放射治疗、新辅助激素治疗和辅助激素治疗中的一种或多种治疗。20.根据权利要求16所述的方法，其中所述生物样品是无细胞尿液。21.根据权利要求16所述的方法，其中所述生物样品是尿外来体。22.根据权利要求16所述的方法，其中所述生物样品是从所述尿外来体中提取的sncrna。23.根据权利要求16所述的方法，所述sncrna包含mirna、c/d盒snorna、h/aca盒snorna、scarna、pirna和lncrna。24.根据权利要求16所述的方法，其中所述sncrna是mirna和snorna。25.根据权利要求16所述的方法，还包括分析特征sncrna的集合的聚集表达谱是高于还是低于惰性前列腺生物样品中特征sncrna的集合的表达水平。26.根据权利要求16所述的方法，其中用于诊断有患前列腺癌风险的受试者的方法包括进行sentinel
tm
前列腺癌(pca)测试。27.根据权利要求17所述的方法，其中用于将受试者诊断为具有惰性/低等级(gg
‑
1)或中/高风险(gg2
‑
gg5)前列腺癌的方法包括进行sentinel
tm
临床意义(cs)测试。28.根据权利要求18所述的方法，其中用于将受试者诊断为具有低/中等级(gg
‑1‑
gg2)或高风险(gg3
‑
gg5)前列腺癌的方法包括进行sentinel
tm
高等级(hg)测试。29.根据权利要求16所述的方法，其中所述诊断步骤包括微阵列法、逆转录聚合酶链式反应、聚合酶链式反应、核酸杂交或其组合。30.一种治疗受试者前列腺癌的方法，所述方法包括：(i)从患者获取生物样品；(ii)检测来自所述生物样品的小非编码rna(sncrna)的特征集合的聚集表达谱，其中检测特征sncrna集合的聚集表达谱包括杂交对源自从所述生物样品获得的sncrna的每个cdna特异性的探针，其中杂交探针选自seq.id.no：1
‑
280；(iii)通过以下关联所述受试者的seq id no:1
‑
280的表达，(a)在来自无前列腺癌或有前列腺癌的目标人群的训练数据集中比较seq id no:1
‑
280的表达；和(b)基于从上述(a)获得的结果确定患有前列腺癌的受试者患癌症的可能性；(iv)通过比较来自具有惰性或低风险(gg1)前列腺癌的目标人群的训练数据集中的seq id no:281
‑
560的聚集表达谱，重新分析来自患有前列腺癌的受试者的seq id no:281
‑
560的聚集表达谱，以进一步将受试者分类为具有惰性或低风险(gg1)或中/高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌；和(v)用以下一种或多种治疗患有中/高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌的受试者：(a)根治性前
列腺切除术，(b)前列腺近距离放射治疗，(c)前列腺放射治疗，(d)新辅助激素治疗，(e)辅助激素治疗，和(f)它们的组合。31.根据权利要求30所述的方法，其中所述生物样品是无细胞尿液。32.根据权利要求30所述的方法，其中所述生物样品是尿外来体。33.根据权利要求30所述的方法，其中所述生物样品是从所述尿外来体中提取的sncrna。34.根据权利要求30所述的方法，其中所述sncrna包含mirna、c/d盒snorna、h/aca盒snorna、scarna、pirna和lncrna。35.根据权利要求30所述的方法，其中所述sncrna包括mirna和snorna。36.根据权利要求30所述的方法，其中用于治疗有患前列腺癌风险的受试者的方法包括进行sentinel
tm
pca(pca)测试。37.根据权利要求30所述的方法，其中用于治疗受试者以将所述受试者分类为具有惰性/低等级(gg1)或中/高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌的方法包括进行sentinel
tm
临床意义(cs)测试。38.根据权利要求30所述的方法，其中所述检测步骤包括微阵列法、逆转录聚合酶链式反应、聚合酶链式反应、核酸杂交或其组合。39.根据权利要求30所述的方法，其中在诊断具有前列腺癌的受试者中sncrna的特征集合的聚集表达谱是与未患前列腺癌的受试者中sncrna(seq id no:1
‑
280)的特征集合的聚集表达谱相比sncrna(seq id no：1
‑
280)的特征集合的更高或更低的聚集表达谱的组合。根据权利要求30所述的方法，其中在具有中/高等级(gg2
‑
gg
‑
5)前列腺癌的受试者中sncrna的特征集合的聚集表达谱是与患惰性或低等级(gg1)前列腺癌的受试者中sncrna(seq id no:281
‑
840)的特征集合的聚集表达谱相比sncrna(seq id no：281
‑
840)的特征集合的更高或更低的聚集表达谱的组合。40.一种用于确定受试者是否患有癌症并将患有癌症的受试者分类为具有(i)惰性(低等级，gg1)、(ii)中或高等级(gg2
‑
gg5)、(iii)低/中风险(gg1
‑
g2)或(iv)侵袭性(高等级，gg3
‑
gg5)前列腺癌的系统，其包括：(i)第一处理器，其配置为：(a)在第一开放阵列平台上询问seq id no:1
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280的sncrna序列以获得信息序列；(b)确定sentinel分数，该分数检查第一分类算法中包括的所有序列seq id nos:1
‑
280的聚合表达谱和序列之间的相互作用；(c)将(b)中所述信息序列的sentinel分数与已知患有前列腺癌或无前列腺癌的患者的训练数据集中获得的sentinel分数进行比较；和(d)确定受试者是否患有前列腺癌或没有前列腺癌；其中确定患有前列腺癌的受试者被分类为患有惰性(低等级，gg1)或中或高等级(gg2
‑
gg5)前列腺癌；(ii)第二处理器，其配置为：(a)在第二开放阵列平台上询问seq id no:281
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560的sncrna序列以获得信息序列；(b)确定sentinel分数，该分数检查第二分类算法中包括的所有序列seq id nos:281
‑
560的聚合表达谱和序列之间的相互作用；(c)将(f)中所述信息序列的sentinel分数与已知患有惰性(低等级，gg1)或高等级(gg2
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gg5)前列腺癌的患者的训练数据集中获得的sentinel分数进行比较；和(d)确定受试者是否患有惰性(低等级，gg1)或高等级(gg2
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gg5)前列腺癌；其中确定患有高等级(gg2
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gg5)前列腺癌的受试者被进一步分类为具有低/中风险(gg1
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gg2)或侵袭性(高等级，gg3
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gg5)前列腺癌；(iii)第三处理器，其配置为(a)在第三开放阵列平台上询问seq id no:561
‑
840的sncrna序列以获得信息序列；(b)确定sentinel分数，该分数检查第三分类算法中包括的所有序列seq id nos:561
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840的聚合表达谱和序列之间的相互作用；(c)将(j)中所述信息序列的sentinel分数与从已知具有低/中风险(gg1
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gg2)或侵袭性(高等级，gg3
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gg5)前列腺癌的患者的训练数据集中获得的sentinel分数进行比较；和(d)确定受试者是否具有低/中风险(gg1
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gg2)或侵袭性(高等级，gg3
‑
gg5)。

技术总结
本发明涉及用于诊断、预后、监测和治疗前列腺癌患者的组合物和方法。特别地，本发明涉及miRNA和snoRNA作为表达特征用于鉴定具有临床意义的前列腺癌的用途。床意义的前列腺癌的用途。床意义的前列腺癌的用途。


技术研发人员：M
受保护的技术使用者：美尔科学有限责任公司
技术研发日：2020.03.14
技术公布日：2021/11/4