一种用于丽江猪品种鉴定的SNP标记组合

本发明属于动物分子标记，具体涉及一种用于丽江猪品种鉴定的 snp标记组合。

背景技术：

1、丽江猪是云南省丽江市特有的地方猪种，具有耐粗饲、生长较快、肉质好等优点，是云南省唯一具有15对及以上肋骨的珍稀猪种，是丽江特色食品--丽江腊排骨的经典原料猪种。然而，作为特色地方猪种资源，纯种丽江猪群体规模有限，仅依赖体型外貌、系谱信息或生产性能，难以对纯种丽江猪进行精准判定。

2、随着分子生物学技术的发展，基于全基因组单核苷酸多态性（single nucleotidepolymorphism，snp）芯片或重测序数据，可在全基因组尺度上系统解析猪种遗传变异，筛选具有品种区分度的特征位点，为地方猪品种鉴别提供客观的分子依据（龙熙, 潘红梅, 张亮,等.中国地方猪遗传多样性研究进展[j].中国畜牧杂志, 2023, 59(06):67-74）。该技术凭借分型稳定、基因组覆盖度高等优势，已成为地方猪群体遗传结构研究与保种实践的主流技术（王静琳, 吴旭东, 何志兵, 等. 基于snp芯片检测皖南花猪保种群遗传结构[j]. 农业生物技术学报, 2024, 32(08): 1869-1877；王晨, 马宁, 郭春和, 等. 基于snp芯片分析的蓝塘猪遗传群体结构[j]. 广东农业科学, 2018, 45(06):110-115+173；刘彬, 沈林園, 陈映, 等. 基于snp芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构[j]. 畜牧兽医学报, 2020, 51(02):260-269；陶璇, 杨雪梅, 梁艳, 等. 基于snp芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究[j]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(06):2308-2319）。同时，基于全基因组 snp标记的品种溯源技术也已在欧洲地方猪种与野猪的血统鉴别中得到证实，可有效区分不同品种及杂交群体（admixture and breed traceability in european indigenous pigbreeds and wild boar using genome-wide snp data[j]. scientific reports, 2022,12(1): 7346）。然而现有公开的 snp 鉴定方案多面向商品猪群体设计，用于丽江猪这类特定地方猪种时存在适配性不足、判别准确性不高等问题，影响鉴定可靠性与精准度。因此，有必要开发一种针对丽江猪特定遗传背景构建的、具有高区分度和稳定性的snp标记体系，以满足丽江猪品种鉴定、遗传资源保护与开发利用的实际需求。

技术实现思路

1、为解决现有技术中丽江猪缺乏专用、高稳定性和高精准性鉴定工具的问题，本发明提供一种用于鉴定丽江猪的snp标记组合。

2、为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

3、申请人基于16个猪品种1011头猪的基因组重测序数据，其中包括申请人自测样本404头（含丽江猪50头）和公共数据库下载样本607头，经数据质量控制和群体代表性筛选后，筛选到246头、覆盖10个云南地方猪品种的样本作为核心分析群体，并对候选位点进行呼叫率、多态性及连锁不平衡过滤，获得用于后续分析的高质量snp位点集合。随后，对上述高质量数据集进行遗传分化和等位基因频率分析（fst、δ|af|）。为进一步提高标记的区分度，首先以 fst＞0.8 且 δ|af|＞0.6 为阈值，对高质量snp位点进行初步筛选获得初筛候选位点。在此基础上，将初筛候选位点分别按照 fst值和 δ|af| 值由高到低排序，分别选取排序位于前10%的位点作为后续分析的高分化候选位点。最后，将二者取交集，筛选到 14个 snp 位点。利用所述14个snp位点构建的snp标记组合，对丽江猪及其他猪种样品进行ibs相似度分析。结果表明，所述snp位点组合能够将丽江猪与其他猪种完全分开，可用于丽江猪的品种鉴定，具体位点信息见表2。

4、上述snp标记组合在丽江猪品种鉴定中的应用，包括：获取待测猪样品在表2所述snp位点上的基因型信息，并与丽江猪参考群体对应位点的基因型信息进行基因型相似性矩阵分析，根据分析结果判断待测样品的品种归属。具体方法为：首先获取丽江猪参考群体在表2所述14个snp位点上的基因型信息，其次获取待测样品在相同14个snp位点上的基因型信息，然后基于待测样品与丽江猪参考群体在对应位点的基因型数据进行基因型相似性矩阵分析，最后根据待测样品与丽江猪参考群体在相似性矩阵分析中的相似性关系，判断待测样品是否为丽江猪。优选地，当待测样品与丽江猪参考群体之间的平均ibs相似性系数≥0.60时，可判定该样品为丽江猪。

5、本发明所述丽江猪品种鉴定方法不依赖体型外貌和系谱信息，与现有技术相比具有以下优点及有益效果：

6、（1）本发明基于全基因组重测序数据，通过遗传分化指数和等位基因频率联合筛选，获得针对丽江猪的特定snp标记组合，提高品种鉴定的准确性；

7、（2）本发明所采用的snp标记组合针对丽江猪与其他云南周边地方猪种之间的精细遗传差异进行构建，相较于通用型或商业猪snp标记组合，用于丽江猪品种鉴定时可避免因遗传背景相近或基因渗入导致的误判问题；

8、（3）本发明所述snp标记位点数量适中，可应用于多种分型检测平台，检测成本较低，便于在品种资源保护、品种纯度鉴定及市场监管等实际应用场景中推广使用；

9、（4）本发明提供的品种鉴定方法仅需基于分子标记进行检测和分析，不依赖体型外貌特征、生产性能和系谱信息，客观性强；

10、（5）与现有用于商业猪群体的通用snp标记组合相比，本发明所述snp标记组合在丽江猪与其他猪种的区分中，表现出更高的群体聚类稳定性和一致性，能够避免因地理近缘或血缘混杂导致的误判问题。

1.snp位点组合在丽江猪品种鉴定中的应用，其特征在于，所述snp位点信息如下：

2.分子探针组合，其特征在于，所述分子探针组合检测权利要求1所述的snp位点。

3.权利要求2所述分子探针组合在丽江猪品种鉴定中的应用。

4.一种丽江猪品种鉴定的方法，其特征在于，包括如下步骤：