一种与翘嘴鳜生长性状相关的SNP分子标记组合及应用

本发明属于翘嘴鳜分子标记，具体涉及一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合及应用。

背景技术：

1、翘嘴鳜是一种原产于中国及东亚地区的肉食性淡水鱼，因其市场价格高、肉质鲜美而受到消费者青睐，是我国最具商业价值的淡水养殖鱼类之一。近年来，随着集约化养殖规模的扩大，翘嘴鳜年产量已超过50万吨。翘嘴鳜虽具有重要经济价值，但其选育仍主要依赖传统表型选择，具有世代间隔长，生长性状遗传力较低，且缺乏系谱信息导致育种值估算困难等局限性。因此，解析其重要经济性状的基因组基础对于实施标记辅助选择（mas）并加速育种进程中的遗传改良至关重要。得益于分子生物学及多组学测序技术的发展，分子标记辅助选择在动植物育种工作中发挥重要作用。多项研究表明，该技术在低遗传力性状的选育上具有显著优势，并可促进育种效率的提升。

2、生长性状，包括体长、体高、体重和体厚等，是水产养殖鱼类中最具经济价值的表型，它们直接决定产量、上市时间和鱼肉品质。这些性状通常为多基因遗传，并表现出复杂的遗传相关性（hil et al，2008）。全基因组关联分析（gwas）通过系统分析基因组中单核苷酸多态性（snp）与表型变异之间的统计关联，为解析复杂性状的遗传结构提供了一个强有力的、无预设假设的研究框架（tam et al，2019）。近年来翘嘴鳜的基因组研究已从碎片化的草图组装到无间隙的端粒到端粒（t2t）参考基因组组装，这种分辨率的提升，为解析重复序列以及非编码区提供了基础，从而能够更全面地筛选因果变异与调控元件（wang et al，2023）。

3、先前已在鲈形目鱼类中鉴定出数量性状位点（qtl）区域及生长相关基因，包括生长激素通路基因、胰岛素样生长因子和细胞骨架成分，但关于翘嘴鳜高分辨率遗传结构仍存在关键的知识空白，尤其是连接不同体型维度性状的多效性结构尚未得到解析。单变量全基因组关联分析（gwas）虽能有效发现特定性状相关的位点，但往往忽略同时影响多个表型的位点。相比之下，多元线性混合模型（mvlmm）框架通过利用体型与体态相关性状之间的表型及遗传相关性，提高了多效性变异的检测能力，此类变异对单个性状的影响可能不甚明显，但在多个生长相关表型中却展现出显著而稳定的效应。

4、主要参考文献：

5、1. hill wg, goddard me, visscher pm. data and theory point to mainlyadditive genetic variance for complex traits. plos genet. 2008;4(2):e1000008.

6、2. tam v, patel n, turcotte m, bossé y, paré g, meyre d. benefits andlimitations of genome-wide association studies. nat rev genet. 2019;20(8):467–484.

7、3. wang x, zhao y, wu w, et al. a telomere-to-telomere gap-freeassembly of the mandarin fish genome. mol ecol resour. 2023;23(6):1373–1387.

技术实现思路

1、本发明要解决的技术问题是提供一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合及其应用，使其可以为翘嘴鳜生长性状提供新的snp分子标记组合资源，为翘嘴鳜分子标记辅助选择育种工作提供理论基础与应用途径。

2、为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

3、本发明通过全基因组重测序技术进行基因分型，并结合翘嘴鳜生长相关性状的全基因组关联分析，筛选出10个与翘嘴鳜生长性状显著相关的snp，为翘嘴鳜分子标记辅助选择育种工作提供了理论基础与应用途径。

4、第一方面，本发明提供了一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合由以下10个snp分子标记中的至少2个以上组成，所述snp分子标记的具体信息如下：

5、

6、所述snp分子标记的物理位置是基于mandarin_fish.t2t参考基因组确定的。

7、第二方面，本发明提供了一种上述的与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合的应用，所述应用为：

8、在鉴定或选择具有优良生长性状的翘嘴鳜中的应用。

9、进一步地，所述生长性状包括体长、体高、体重、体厚、衍生体型指数体长/体厚比中的一种或多种。

10、第三方面，本发明还提供了一种用于检测上述与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合的产品，所述产品包含用于检测所述snp分子标记组合的检测试剂；

11、所述检测试剂包括引物组和/或分子探针组合。

12、进一步地，所述产品为试剂盒。

13、进一步地，所述产品为探针芯片，所述探针芯片上固定有所述分子探针组合。

14、第四方面，本发明还提供了一种上述产品的应用，所述应用为在鉴定或选择具有优良生长性状的翘嘴鳜中的应用。

15、进一步地，所述生长性状包括体长、体高、体重、体厚、衍生体型指数体长/体厚比中的一种或多种。

16、第五方面，本发明还提供了一种鉴定或选择具有优良生长性状的翘嘴鳜的方法，包括如下步骤：

17、（1）提取待测翘嘴鳜组织的基因组dna；

18、（2）对上述snp分子标记组合中的各snp位点进行基因型检测，获得待测翘嘴鳜在所述snp分子标记组合上的基因型数据；

19、（3）将步骤（2）获得的基因型数据与参考基因型数据进行比对，所述参考基因型数据为已知具有优良生长性状的翘嘴鳜群体在所述snp分子标记组合上的基因型；

20、若待测翘嘴鳜在所述snp分子标记组合中与所述参考基因型数据重合，则将待测翘嘴鳜鉴定为或选择作为具有优良生长性状的个体。

21、进一步地，所述snp分子标记组合由所述10个snp分子标记组成。

22、通过采用上述技术方案，本发明至少具有如下有益效果：

23、本发明公开了一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合及应用，本发明针对翘嘴鳜4个主要生长性状（体长、体高、体重、体厚）及衍生体型指数，利用全基因组重测序进行基因分型，基于snp分子标记进行全基因型关联分析，筛选出了10个与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记（分别位于翘嘴鳜13、18、4、19、13、7、20、24、1、4号染色体）组合位点。本发明基于上述筛选结果，还公开了一种检测与上述翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合的产品，以及公开了上述分子标记组合及产品在鉴定或选择具有优良生长性状的翘嘴鳜中的应用。本发明为翘嘴鳜生长性状提供了新的snp分子标记组合资源，为翘嘴鳜分子标记辅助选择育种工作提供理论基础与应用途径。

1.一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合由以下10个snp分子标记中的至少2个以上组成，所述snp分子标记的具体信息如下：

2.一种权利要求1所述的与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合的应用，其特征在于，所述应用为：

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述生长性状包括体长、体高、体重、体厚及衍生体型指数中的一种或多种；

4.一种用于检测权利要求1所述的与翘嘴鳜生长性状相关的snp分子标记组合的产品，其特征在于，所述产品包含用于检测所述snp分子标记组合的检测试剂；

5.根据权利要求4所述的产品，其特征在于，所述产品为试剂盒。

6.根据权利要求4所述的产品，其特征在于，所述产品为探针芯片，所述探针芯片上固定有所述分子探针组合。

7.一种权利要求4-6任一项所述的产品的应用，其特征在于，所述应用为在鉴定或选择具有优良生长性状的翘嘴鳜中的应用。

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述生长性状包括体长、体高、体重、体厚及衍生体型指数中的一种或多种；

9.一种鉴定或选择具有优良生长性状的翘嘴鳜的方法，其特征在于，包括如下步骤：

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述snp分子标记组合由所述10个snp分子标记组成。