一种与黄鳝生长速度相关的SNP标记及其应用

本发明属于水产分子育种，具体的说涉及鉴别一种与黄鳝生长速度相关的snp标记及其应用。

背景技术：

1、黄鳝（

monopterus albus）是一种淡水硬骨鱼类，栖息于稻田、沼泽及泥塘中，广泛分布于东亚、南亚及东南亚地区。黄鳝肉质鲜美、营养丰富，具有极高的经济价值，深受消费者喜爱，是我国极具商业价值的“特色淡水鱼”之一。尽管近年来越来越多的饲料添加剂被证实可促进黄鳝高效养殖、增加市场供应，但目前养殖用的幼鱼甚至成体黄鳝仍主要来源于野生捕捞。

2、传统上，优良表型性状的选育主要通过群体选育或人工干预养殖环境实现，该过程不仅耗时，且难以保证整个群体性状的整齐度。快速发展的基因组资源与技术揭示了经济性状与生产性状背后的分子机制，而通过基因编辑获得的遗传修饰个体则为满足水产养殖需求的定向育种提供了便利。全基因组关联分析（gwas）被认为是解析和鉴定目标复杂表型性状相关标记基因的有效策略。

3、因此，有必要研究开发基于基因组分析相关的黄鳝生长速度性状研究技术。

技术实现思路

1、本发明所要解决的技术问题在于提供了一种与黄鳝生长速度相关的snp标记及其应用，能够应用于黄鳝的选育中，实现精准育种。

2、为达到上述目的，本发明采用如下技术方案。

3、本发明首先提供了一种与黄鳝生长速度相关的snp标记，所述snp标记位于黄鳝基因组gwhbehv00000000的4号染色体第54865792个碱基处，突变类型为g/c，命名为chr4:54865792 g>c，具体的说该snp位点位于seq id no:1所示序列的157bp位点处，其优选基因型是cc。该snp标记影响到黄鳝的生长速度性状，具体的说生长速度性状为体重。

4、本发明的第二方面提供了用于扩增或检测上述snp标记的引物对，其中所述引物对为如seq id no:2-3所示（表1）的核苷酸序列；

5、表1用以chr4:54865792 g>c特异性扩增的引物核苷酸序列

6、

7、本发明的第三方面提供了用于扩增或检测黄鳝生长速度的试剂盒，其中所述试剂盒包括前面所述的引物对，所述试剂盒进一步的包括用以pcr扩增的试剂。

8、本发明还提供了上snp标记用于预测黄鳝生长速度或在黄鳝选育中的应用；

9、本发明还提供了上述引物对用于预测黄鳝生长速度或在黄鳝选育中的应用；

10、本发明还提供了上述试剂盒用于预测黄鳝生长速度或在黄鳝选育中的应用。

11、本发明还提供了一种鉴定黄鳝生长速度的方法，其特征在于，通过对待测黄鳝进行权利要求1所述snp标记的检测，确定所述待测黄鳝的生长速度性状，具体包括如下步骤：

12、取待测黄鳝尾部的肌肉组织，提取黄鳝基因组dna；

13、以黄鳝基因组dna为模板，利用上述如seq id no:2-3所示的引物对进行pcr扩增，得到扩增产物；

14、对扩增产物进行sanger测序，确定所述黄鳝个体chr4:54865792 g>c的基因型；

15、根据基因型进行判定：cc基因型的黄鳝生长速度显著高于cg和gg基因型的黄鳝。

16、本发明方案的优点：

17、本发明提供了一种鉴定黄鳝生长速度相关的snp标记及其应用，采用本发明提供的检测所需的引物对黄鳝基因组dna进行pcr扩增，可以快速的根据扩增片段鉴定黄鳝个体chr4:54865792 g>c的基因型，以此判断其生长速度。本发明提供的snp标记可以应用于对黄鳝的人工选育，以此获取该品系生长速度快的性状，并最终实现精准育种。

1.一种与黄鳝生长速度相关的snp标记，其特征在于，所述snp标记位于黄鳝基因组gwhbehv00000000的4号染色体的第54865792个碱基处，突变类型为g/c，命名为chr4:54865792 g>c，该snp位点位于seq id no:1所示序列157bp位点处。

2.一种用于扩增或检测权利要求1所述snp标记的引物对，其特征在于，所述引物对为如seq id no:2-3所示的核苷酸序列。

3.一种用于检测黄鳝生长速度性状的试剂盒，其特征在于，包含权利要求2所述的引物对以及pcr扩增所需试剂。

4.权利要求1所述的snp标记在预测黄鳝生长速度或黄鳝选育中的应用。

5.权利要求2所述的引物对在预测黄鳝生长速度或黄鳝选育中的应用。

6.权利要求3所述的试剂盒在预测黄鳝生长速度或黄鳝选育中的应用。

7.一种鉴定黄鳝生长速度的方法，其特征在于，通过对待测黄鳝进行权利要求1所述snp标记的检测，确定所述待测黄鳝的生长速度性状，具体包括如下步骤：