CFTR超外显子构建体及其用途的制作方法

背景技术：

1、囊性纤维化(cf)是一种在北欧血统人群中最常见的缩短寿命的常染色体隐性遗传病，发病频率约为每2000至3000名活产儿中1例，但该疾病在几乎所有人群和种族中以更低的发病率发生。尽管在cf的治疗中出现进展，但是仍然没有治愈。囊性纤维化是由囊性纤维化跨膜传导调节子(cystic fibrosis transmembrane regulator，cftr)基因中的致病突变引起的，该基因包含约189千碱基的基因组序列，该基因组序列编码在成熟状态下由1480个氨基酸组成并且是abc转运蛋白超家族的一部分的蛋白质。cftr蛋白作为阴离子通道发挥功能，其主要介导氯离子和碳酸氢根离子穿过上皮细胞质膜的流动。

2、已知或预测超过1000种cftr基因突变导致cf。这些突变可导致蛋白质表达减少、功能不足和/或无功能的蛋白质产物。这些导致cf的突变可位于整个cftr基因中并且超过99%的导致cf的突变在外显子1的下游被发现。存在可纠正cftr基因突变以治疗cf的方法的极大需求。

技术实现思路

1、本文提供了一种重组核酸序列，其包含：编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，该截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白包含由

cftr基因的至少外显子10-27编码的氨基酸残基，以及(a)紧邻第一核酸序列的上游的剪接受体位点；或(b)与不同于

cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80%同一性的第二核酸序列。

2、在本文提供的重组核酸序列的一些实施方案中，第一核酸序列包含

cftr基因的外显子2至外显子27。在这些实施方案的一些实施方案中，第一核酸序列的外显子经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，第一核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于

cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，剪接受体位点外源于第一核酸序列的5’末端。在一些实施方案中，剪接受体位点包含与紧邻

cftr基因的外显子11的上游的内源性剪接受体位点的序列相同的序列。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以插入细胞基因组中的内源性

cftr基因的靶位点。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的内含子内。在一些实施方案中，内含子在内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和在第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与内源性

cftr基因的靶位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与内源性

cftr基因的靶位点的下游的核酸序列同源。在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：分别seq id no: 38和seq id no: 39，分别 seq id no: 38和seq id no: 41，分别seq id no: 38和seq id no: 43，分别seq id no: 40和seq id no: 39，分别seq idno: 40和seq id no: 41，分别seq id no: 40和seq id no: 43，分别seq id no: 42和seqid no: 39，分别seq id no: 42和seq id no: 41，和分别seq id no: 42和seq id no:43。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以适配在载体内。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

3、本文还提供了一种重组核酸序列，其包含：编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，其中第一核酸序列在第一核酸序列的两个外显子之间包含外源于

cftr基因的内含子。

4、在本文提供的重组核酸序列的一些实施方案中，截短的cftr蛋白包含由

cftr基因的至少外显子10-27编码的氨基酸残基。在这些实施方案的一些实施方案中，第一核酸序列包含

cftr基因的外显子10至外显子27。在一些实施方案中，第一核酸序列包含

cftr基因的外显子2至外显子27。在一些实施方案中，第一核酸序列经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq idno: 37具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，外源于

cftr基因的内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，内含子长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含紧邻第一核酸序列的上游的剪接受体位点。在一些实施方案中，剪接受体位点外源于第一核酸序列的5’末端。在一些实施方案中，剪接受体位点包含与紧邻

cftr基因的外显子11的上游的内源性剪接受体位点的序列相同的序列。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以插入细胞基因组中的内源性

cftr基因的靶位点。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的内含子内。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的靶位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与

cftr基因的靶位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与

cftr基因靶位点的下游的核酸序列同源。在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：分别seq idno: 38和seq id no: 39，分别seq id no: 38和seq id no: 41，分别seq id no: 38和seqid no: 43，分别seq id no: 40和seq id no: 39，分别seq id no: 40和seq id no: 41，分别seq id no: 40和seq id no: 43，分别seq id no: 42和seq id no: 39，分别seq idno: 42和seq id no: 41，和分别seq id no: 42和seq id no: 43。在一些实施方案中，重组核酸序列包含含有3’非翻译区(3’utr)的第二核酸序列。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’utr具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’utr具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv) 40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以适配在载体内。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

5、本文还提供了一种重组核酸序列，其包含：(a) 编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，该截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白包含由

cftr基因的至少外显子10-27编码的氨基酸残基；(b) 第一核酸序列的上游的5’同源臂；以及 (c)第一核酸序列的下游的3’同源臂；其中5’同源臂与细胞基因组中的内源性

cftr基因的内含子内的基因组位点的上游的序列同源，其中3’同源臂与基因组位点的下游的序列同源，并且其中内源性

cftr基因的内含子在细胞基因组中的内源性

cftr基因的外显子10的上游。

6、在本文提供的重组核酸序列的一些实施方案中，第一核酸序列包含

cftr基因的外显子2至外显子27。在这些实施方案的一些实施方案中，第一核酸序列的外显子经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，第一核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于

cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含剪接受体位点。在一些实施方案中，剪接受体位点外源于第一核酸序列的5’末端。在一些实施方案中，剪接受体位点包含与紧邻

cftr基因的外显子11的上游的内源性剪接受体位点的序列相同的序列。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以插入内源性

cftr基因的基因组位点。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的基因组位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的基因组位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：分别seq id no: 38和seq id no: 39，分别seq id no: 38和seq id no: 41，分别seq id no: 38和seq id no: 43，分别seq id no: 40和seq id no:39，分别seq id no: 40和seq id no: 41，分别seq id no: 40和seq id no: 43，分别seqid no: 42和seq id no: 39，分别seq id no: 42和seq id no: 41，和分别seq id no: 42和seq id no: 43。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含含有3’非翻译区(3’utr)的第二核酸序列。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的真核基因的3’utr具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以适配在载体内。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

7、本文还提供了一种基因编辑系统，该基因编辑系统包含：a) 编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，以及b) 靶向部分或编码该靶向部分的核酸序列；其中靶向部分指导第一核酸序列插入细胞基因组的内源性

cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，靶向部分包含指导rna (grna)、锌指核酸酶或转录激活因子样(transcription activator-like，tal)效应物核酸酶。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含基因编辑酶或编码基因编辑酶的核酸序列。在一些实施方案中，基因编辑系统导致第一核酸序列的一个或两个拷贝的整合。在一些实施方案中，截短的cftr蛋白包含由

cftr基因的至少外显子10-27编码的氨基酸残基。在一些实施方案中，第一核酸序列包含

cftr基因的外显子2至外显子27。在一些实施方案中，第一核酸序列的外显子经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq idno: 37具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，第一核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于

cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，第一核酸序列包含剪接受体位点。在一些实施方案中，剪接受体位点外源于第一核酸序列的5’末端。在一些实施方案中，剪接受体位点包含与紧邻

cftr基因的外显子11的上游的内源性剪接受体位点的序列相同的序列。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，基因组位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，基因编辑系统包含grna和2类crispr/cas核酸内切酶。在一些实施方案中，基因编辑系统包含grna和cas9酶。在一些实施方案中，grna包含选自表3中提供的序列的序列。在一些实施方案中，第一核酸序列包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与内源性

cftr基因的内含子内的基因组位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与基因组位点的下游的核酸序列同源。在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：分别seq id no: 38和seq id no: 39，分别seq id no: 38和seq id no: 41，分别seq id no: 38和seq id no: 43，分别seq id no: 40和seq id no: 39，分别seq id no:40和seq id no: 41，分别seq id no: 40和seq id no: 43，分别seq id no: 42和seq idno: 39，分别seq id no: 42和seq id no: 41，和分别seq id no: 42和seq id no: 43。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含第二核酸序列。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’utr具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，基因编辑系统经配置以适配在一个载体内。在一些实施方案中，基因编辑系统经配置以适配在两个或更多个载体中。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

8、本文还提供了一种基因编辑系统，该系统包含：a) 本文提供的重组核酸序列，以及b) 靶向部分或编码靶向部分的核酸序列；其中靶向部分指导第一核酸序列插入细胞基因组的内源性

cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在内源性

cftr基因的外显子10的上游。

9、在本文提供的基因编辑系统的一些实施方案中，靶向部分包含指导rna(grna)、锌指核酸酶或转录激活因子样(tal)效应物核酸酶。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含基因编辑酶或编码基因编辑酶的核酸序列。在一些实施方案中，基因编辑系统导致第一核酸序列的一个或两个拷贝的整合。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，基因组位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，靶向部分是crispr/cas切口酶。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含重组酶。在一些实施方案中，重组酶是crispr/cas切口酶的结构域。在一些实施方案中，重组酶与crispr/cas切口酶分离。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含逆转录酶。在一些实施方案中，重组核酸序列侧接被重组酶识别的序列。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含编码被重组酶识别的序列的grna。在一些实施方案中，被重组酶识别的序列被整合至基因组位点中。在一些实施方案中，重组酶指导重组核酸序列插入基因组位点中。在一些实施方案中，基因编辑系统包含grna和2类crispr/cas核酸内切酶。在一些实施方案中，基因编辑系统包含grna和cas9酶。在一些实施方案中，grna包含选自表3中提供的序列的序列。在一些实施方案中，基因编辑系统经配置以适配在一个载体内。在一些实施方案中，基因编辑系统经配置以适配在两个或更多个载体中。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

10、本文还提供了一种药物组合物，该药物组合物包含：a) 药学上可接受的赋形剂或载剂；以及b) 本文提供的重组核酸序列或本文提供的基因编辑系统。

11、在一些实施方案中，本文提供的药物组合物经配制用于鼻内施用、气管内施用或静脉内注射。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于肺部施用。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含第二治疗药剂。在一些实施方案中，第二治疗药剂包括增强细胞中cftr蛋白的氯离子电导的cftr蛋白调节剂。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含依伐卡托(ivacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)、替扎卡托(tezacaftor)、依来卡泊(elexacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合、替扎卡托(tezacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合，或依来卡泊(elexacaftor)、依伐卡托(ivacaftor)和替扎卡托(tezacaftor)的组合。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含黏液溶解药剂(mucolytic agent)，任选地其中黏液溶解药剂选自：乙酰半胱氨酸(acetylcysteine)、氨溴索(ambroxol)、溴己新(bromhexine)、羧甲司坦(carbocisteine)、厄多司坦(erdosteine)、美司坦(mecysteine)、阿法链道酶(dornase alfa)、高渗盐水和甘露醇。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含支气管扩张药剂，任选地其中支气管扩张药剂是沙丁胺醇(albuterol)。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含免疫抑制剂。在一些实施方案中，免疫抑制剂是选自以下的皮质类固醇：倍氯米松(beclomethasone)、布地奈德(budesonide)、布地奈德(budesonide)、福莫特罗(formoterol)、环索奈德(ciclesonide)、氟替卡松(fluticasone)、沙美特罗(salmeterol)、‌乌美溴铵(umeclidinium)、维兰特罗(vilanterol)、莫米松(mometasone)或莫米松(mometasone)、泼尼松(prednisone)和甲泼尼龙(methylprednisolone)，以及其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，免疫抑制剂是选自以下的非甾类免疫抑制剂：多克隆抗淋巴细胞抗体、单克隆抗淋巴细胞抗体、白细胞介素-2 (il-2) 受体拮抗剂、钙调磷酸酶抑制剂、细胞周期抑制剂、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin，mtor) 抑制剂、甲氨蝶呤(methotrexate)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、蒽环类抗生素(anthracycline)和紫杉烷(taxane)。

12、本文还提供了一种包含本文提供的重组核酸序列或本文提供的基因编辑系统的载体。在一些实施方案中，载体是病毒载体，任选地逆转录病毒载体、慢病毒载体、腺病毒载体、腺相关病毒载体或单纯疱疹病毒载体。在一些实施方案中，载体是非病毒载体，任选地脂质纳米颗粒。

13、本文还提供了一种包含本文提供的重组核酸序列或本文提供的基因编辑系统的病毒。在一些实施方案中，病毒是腺相关病毒(aav)载体，任选地逆转录病毒载体、慢病毒载体、腺病毒载体或单纯疱疹病毒载体。

14、本文还提供了一种修饰细胞的方法，其包括使药剂或编码药剂的载体与细胞接触，其中药剂修饰细胞的基因组，因此将外源核酸序列插入细胞的内源性囊性纤维化跨膜调节子(cftr)基因的内含子的基因组位点，并且其中内含子在细胞的内源性

cftr基因的外显子10的上游。

15、在本文提供的方法的一些实施方案中，外源核酸序列包含编码截短的cftr蛋白的重组核酸序列，该截短的cftr蛋白由

cftr基因的至少外显子10-27编码。在一些实施方案中，将外源核酸的一个或两个拷贝插入细胞的基因组中。在一些实施方案中，与未接受外源核酸序列的插入的其他方面相同的细胞相比，细胞中

cftr mrna或cftr蛋白的表达增加50%、60%、70%、80%、90%、100%或更多。在一些实施方案中，与未接受外源核酸序列的插入的其他方面相同的细胞相比，细胞表现出50%、60%、70%、80%、90%、100%或更多的cftr活性的增加。在一些实施方案中，cftr活性包括通过电生理学测量的cftr介导的氯离子通道电导率。在一些实施方案中，重组核酸序列包含第一核酸序列，其包含

cftr基因的外显子2至外显子27。在一些实施方案中，第一核酸序列的外显子经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seqid no: 37具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，第一核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于

cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，重组核酸序列的第一核酸序列包含外源于第一核酸序列的5’末端的剪接受体位点。在一些实施方案中，剪接受体位点包含与紧邻

cftr基因的外显子11的上游的内源性剪接受体位点的序列相同的序列。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的内含子的基因组位点在内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的内含子的基因组位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的基因组位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，靶向部分是crispr/cas切口酶。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含重组酶。在一些实施方案中，重组酶是crispr/cas切口酶的结构域。在一些实施方案中，重组酶与crispr/cas切口酶分离。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含逆转录酶。在一些实施方案中，重组核酸序列侧接被重组酶识别的序列。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含编码被重组酶识别的序列的grna。在一些实施方案中，被重组酶识别的序列被整合至基因组位点中。在一些实施方案中，重组酶指导重组核酸序列插入基因组位点中。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与内源性

cftr基因的基因组位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与内源性

cftr基因的基因组位点的下游的核酸序列同源。在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：分别seq id no: 38和seqid no: 39，分别seq id no: 38和seq id no: 41，分别seq id no: 38和seq id no: 43，分别seq id no: 40和seq id no: 39，分别seq id no: 40和seq id no: 41，分别seq idno: 40和seq id no: 43，分别seq id no: 42和seq id no: 39，分别seq id no: 42和seqid no: 41，和分别seq id no: 42和seq id no: 43。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第二核酸序列，该第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’utr具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，编码药剂的载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒是腺相关病毒(aav)颗粒。在一些实施方案中，该方法进一步包括使细胞与第二药剂接触。在一些实施方案中，第二药剂包括增强细胞中cftr蛋白的氯离子电导的cftr蛋白调节剂。在一些实施方案中，第二药剂包括依伐卡托(ivacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)、替扎卡托(tezacaftor)、依来卡泊(elexacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合、替扎卡托(tezacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合，或依来卡泊(elexacaftor)、依伐卡托(ivacaftor)和替扎卡托(tezacaftor)的组合。在一些实施方案中，药剂包含靶向部分，其中靶向部分指导外源核酸序列插入细胞基因组的内源性

cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，靶向部分包含指导rna(grna)、锌指核酸酶或转录激活因子样(tal)效应物核酸酶。在一些实施方案中，药剂进一步包含基因编辑酶或编码基因编辑酶的核酸序列。在一些实施方案中，药剂包含grna和2类crispr/cas核酸内切酶。在一些实施方案中，2类crispr/cas核酸内切酶是cas9酶。在一些实施方案中，grna包含选自表3中提供的序列的序列。在一些实施方案中，药剂或编码药剂的载体通过鼻内施用、气管内施用或静脉内注射递送。在一些实施方案中，细胞包括人类细胞。

16、本文还提供了一种修饰细胞的方法，该方法包括使药剂或编码药剂的载体与细胞接触，其中药剂修饰细胞的基因组，因此阻止细胞中的内源性

cftr基因在内含子1之后的表达。

17、在本文提供的方法的一些实施方案中，细胞中内源性

cftr基因在内含子1之后的转录被阻止。在一些实施方案中，该方法包括将外源核酸序列插入细胞的内源性囊性纤维化跨膜调节子(cftr)基因的内含子的基因组位点，并且其中内含子在细胞的内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，药剂包含编码截短的cftr蛋白的重组核酸序列，该截短的cftr蛋白由

cftr基因的至少外显子10-27编码。在一些实施方案中，与未接受药剂的其他方面相同的细胞相比，该方法使细胞中

cftr mrna或cftr蛋白的表达增加50%、60%、70%、80%、90%、100%或更多。在一些实施方案中，与未接受药剂的其他方面相同的细胞相比，细胞表现出50%、60%、70%、80%、90%、100% 或更多的cftr活性的增加。在一些实施方案中，cftr活性包括通过电生理学测量的cftr介导的氯离子通道电导率。在一些实施方案中，药剂包含第一核酸序列，其包含

cftr基因的外显子2至外显子27。在一些实施方案中，第一核酸序列的外显子经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seqid no: 36具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 36具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 37具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，第一核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于

cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，药剂的第一核酸序列包含外源于第一核酸序列的5’末端的剪接受体位点。在一些实施方案中，剪接受体位点包含与紧邻

cftr基因的外显子11的上游的内源性剪接受体位点的序列相同的序列。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的内含子的基因组位点在内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的内含子的基因组位点在内源性

cftr基因的内含子1内。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约325个核苷酸处。在一些实施方案中，基因组位点在内源性

cftr基因的外显子1的下游约79个核苷酸处。在一些实施方案中，内源性

cftr基因的基因组位点位于从hg38 chr7:117,480,148至hg38 chr7:117,498,307的区域内。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与内源性

cftr基因的基因组位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与内源性

cftr基因的基因组位点的下游的核酸序列同源。在一些实施方案中，5’同源臂和3’同源臂包含与选自以下的核酸序列至少80%相同的核酸序列：分别seq id no: 38和seq id no: 39，分别seq id no: 38和seq idno: 41，分别seq id no: 38和seq id no: 43，分别seq id no: 40和seq id no: 39，分别seq id no: 40和seq id no: 41，分别seq id no: 40和seq id no: 43，分别seq id no:42和seq id no: 39，分别seq id no: 42和seq id no: 41，和分别seq id no: 42和seqid no: 43。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第二核酸序列，该第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于

cftr基因的基因的3’utr具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，编码药剂的载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒是腺相关病毒(aav)颗粒。在一些实施方案中，该方法进一步包括使细胞与第二药剂接触。在一些实施方案中，第二药剂包括增强细胞中cftr蛋白的氯离子电导的cftr蛋白调节剂。在一些实施方案中，第二药剂包括依伐卡托(ivacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)、替扎卡托(tezacaftor)、依来卡泊(elexacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合、替扎卡托(tezacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合，或依来卡泊(elexacaftor)、依伐卡托(ivacaftor)和替扎卡托(tezacaftor)的组合。在一些实施方案中，药剂包含靶向部分，其中靶向部分指导外源核酸序列插入细胞基因组的内源性

cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在内源性

cftr基因的外显子10的上游。在一些实施方案中，靶向部分包含指导rna(grna)、锌指核酸酶或转录激活因子样(tal)效应物核酸酶。在一些实施方案中，药剂进一步包含基因编辑酶或编码基因编辑酶的核酸序列。在一些实施方案中，药剂包含grna和2类crispr/cas核酸内切酶。在一些实施方案中，2类crispr/cas核酸内切酶是cas9酶。在一些实施方案中，grna包含选自表3中提供的序列的序列。在一些实施方案中，药剂或编码药剂的载体通过鼻内施用、气管内施用或静脉内注射递送。在一些实施方案中，细胞包括人类细胞。

18、本文还证明了一种方法，其包括使药剂或编码药剂的载体与细胞接触，其中药剂包含本文提供的重组核酸序列、本文提供的基因编辑系统或本文提供的药物组合物。

19、本文还提供了一种治疗有需要的对象的方法，其包括使对象的细胞与本文提供的重组核酸序列、本文提供的基因编辑系统或本文提供的药物组合物接触。

20、本文还提供了一种重组核酸序列，其包含：编码n端截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，该n端截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白在由cftr基因的外显子11编码的氨基酸残基的下游位置处被截短；以及a) 紧邻第一核酸序列的上游的剪接受体位点；或b) 与不同于cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80%的同一性的第二核酸序列。在一些实施方案中，第一核酸序列包含cftr基因的外显子22至外显子27。

21、本文还提供了一种重组核酸序列，其包含：编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，该截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白由cftr基因的外显子22-27编码的氨基酸残基组成；以及a) 紧邻第一核酸序列的上游的剪接受体位点；或b) 与不同于cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80% 同一性的第二核酸序列。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与内源性cftr基因的靶位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与内源性cftr基因的靶位点的下游的核酸序列同源。

22、本文还提供了一种重组核酸序列，其包含：a) 编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，该截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白包含由cftr基因的外显子编码的氨基酸残基；b) 第一核酸序列的上游的5’同源臂；以及c) 第一核酸序列的下游的3’同源臂；其中5’同源臂与细胞基因组中的内源性cftr基因的内含子内的基因组位点的上游的序列同源，其中3’同源臂与基因组位点的下游的序列同源，并且其中内源性cftr基因的内含子在细胞基因组中的内源性cftr基因的内含子10的下游。

23、在本文提供的重组核酸序列的一些实施方案中，第一核酸序列的外显子经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 45具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列与seq id no: 45具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，第一核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，第一核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，剪接受体位点外源于第一核酸序列的5’末端。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，重组核酸序列经配置以插入细胞基因组中的内源性cftr基因的靶位点。在一些实施方案中，内源性cftr基因的靶位点在内源性cftr基因的内含子内。在一些实施方案中，内含子在内源性cftr基因的内含子10的下游。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，其中重组核酸序列经配置以适配在载体内。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

24、本文还提供了一种基因编辑系统，其包含：(a)编码截短的囊性纤维化跨膜调节子(cftr)蛋白的第一核酸序列，以及(b)靶向部分或编码靶向部分的核酸序列；其中靶向部分指导第一核酸序列插入细胞基因组的内源性cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在细胞的内源性cftr基因的内含子10的下游。

25、本文还提供了一种基因编辑系统，其包含：(a) 本文提供的重组核酸序列，以及(b) 靶向部分或编码靶向部分的核酸序列；其中靶向部分指导第一核酸序列插入细胞基因组的内源性cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在细胞的内源性cftr基因的内含子10的下游。

26、在本文提供的基因编辑系统的一些实施方案中，靶向部分包含指导rna(grna)、锌指核酸酶或转录激活因子样(tal)效应物核酸酶。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含基因编辑酶或编码基因编辑酶的核酸序列。在一些实施方案中，基因编辑系统导致第一核酸序列的一个或两个拷贝的整合。在一些实施方案中，靶向部分是crispr/cas切口酶。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含重组酶。在一些实施方案中，重组酶是crispr/cas切口酶的结构域。在一些实施方案中，重组酶与crispr/cas切口酶分离。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含逆转录酶。在一些实施方案中，重组核酸序列侧接被重组酶识别的序列。在一些实施方案中，基因编辑系统进一步包含编码被重组酶识别的序列的grna。在一些实施方案中，其中被重组酶识别的序列被整合至基因组位点中。在一些实施方案中，重组酶指导重组核酸序列插入基因组位点中。在一些实施方案中，基因编辑系统包含grna和2类crispr/cas核酸内切酶。在一些实施方案中，基因编辑系统包含grna和cas9酶。在一些实施方案中，grna包含选自seq id no: 46-55的序列。在一些实施方案中，基因编辑系统经配置以适配在一个载体内。在一些实施方案中，基因编辑系统经配置以适配在两个或更多个载体中。在一些实施方案中，载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括腺相关病毒(aav)颗粒。

27、本文还提供了一种药物组合物，该药物组合物包含：a) 药学上可接受的赋形剂或载剂；以及b) 本文提供的重组核酸序列或本文提供的基因编辑系统。

28、在一些实施方案中，药物组合物经配制用于鼻内施用、气管内施用或静脉内注射。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于肺部施用。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含第二治疗药剂。在一些实施方案中，第二治疗药剂包括增强细胞中cftr蛋白的氯离子电导的cftr蛋白调节剂。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含依伐卡托(ivacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)、替扎卡托(tezacaftor)、依来卡泊(elexacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合、替扎卡托(tezacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合，或依来卡泊(elexacaftor)、依伐卡托(ivacaftor)和替扎卡托(tezacaftor)的组合。在一些实施方案中，其中第二治疗药剂包含黏液溶解药剂，任选地其中该黏液溶解药剂选自：乙酰半胱氨酸(acetylcysteine)、氨溴索(ambroxol)、溴己新(bromhexine)、羧甲司坦(carbocisteine)、厄多司坦(erdosteine)、美司坦(mecysteine)、阿法链道酶(dornase alfa)、高渗盐水和甘露醇。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含支气管扩张药剂，任选地其中该支气管扩张药剂是沙丁胺醇(albuterol)。在一些实施方案中，第二治疗药剂包含免疫抑制剂。在一些实施方案中，其中免疫抑制剂是选自以下的皮质类固醇：倍氯米松(beclomethasone)、布地奈德(budesonide)、布地奈德(budesonide)、福莫特罗(formoterol)、环索奈德(ciclesonide)、氟替卡松(fluticasone)、沙美特罗(salmeterol)、‌乌美溴铵(umeclidinium)、维兰特罗(vilanterol)、莫米松(mometasone)或莫米松(mometasone)、泼尼松(prednisone)和甲泼尼龙(methylprednisolone)，以及其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，免疫抑制剂是选自以下的非甾类免疫抑制剂：多克隆抗淋巴细胞抗体、单克隆抗淋巴细胞抗体、白细胞介素-2 (il-2) 受体拮抗剂、钙调磷酸酶抑制剂、细胞周期抑制剂、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mtor)抑制剂、甲氨蝶呤(methotrexate)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、蒽环类抗生素(anthracycline)和紫杉烷(taxane)。

29、本文还提供了一种修饰细胞的方法，其包括使药剂或编码药剂的载体与细胞接触，其中药剂修饰细胞的基因组，因此将外源核酸序列插入细胞的内源性囊性纤维化跨膜调节子(cftr)基因的内含子的基因组位点，并且其中内含子在细胞的内源性cftr基因的内含子10的下游。

30、在本文提供的方法的一些实施方案中，药剂包含编码截短的cftr蛋白的重组核酸序列，该截短的cftr蛋白由cftr基因的至少外显子22-27编码。在一些实施方案中，与未接受药剂的其他方面相同的细胞相比，该方法使细胞中cftr mrna或cftr蛋白的表达增加50%、60%、70%、80%、90%、100%或更多。在一些实施方案中，与未接受药剂的其他方面相同的细胞相比，细胞表现出50%、60%、70%、80%、90%、100% 或更多的cftr活性的增加。在一些实施方案中，cftr活性包括通过电生理学测量的cftr介导的氯离子通道电导率。在一些实施方案中，重组核酸序列经密码子优化用于在人类中表达。在一些实施方案中，重组核酸序列与seq id no: 45具有至少70%的同一性。在一些实施方案中，其中重组核酸序列与seq idno: 45具有至少80%的同一性。在一些实施方案中，重组核酸序列不含内含子。在一些实施方案中，重组核酸序列包含至少一个内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括外源于cftr基因的内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子包括合成/嵌合内含子。在一些实施方案中，至少一个内含子中的每个内含子的长度小于600个核苷酸。在一些实施方案中，重组核酸序列包含外源于第一核酸序列的5’末端的剪接受体位点。在一些实施方案中，剪接受体位点包含选自seq id no: 1-3中所示序列的核酸序列。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含第一核酸序列的上游的5’同源臂和第一核酸序列的下游的3’同源臂。在一些实施方案中，5’同源臂与内源性cftr基因的基因组位点的上游的核酸序列同源，并且3’同源臂与内源性cftr基因的基因组位点的下游的核酸序列同源。在一些实施方案中，重组核酸序列进一步包含与不同于cftr基因的基因的3’非翻译区(3’utr)具有至少80%的同一性的第二核酸序列。在一些实施方案中，第二核酸序列与不同于cftr基因的基因的3’utr具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，基因的3’utr是真核基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是人类基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是病毒基因的3’utr。在一些实施方案中，基因的3’utr是猿猴病毒(sv)40基因。在一些实施方案中，人类基因选自表1中列出的基因。在一些实施方案中，编码药剂的载体包括线性核酸序列、质粒、病毒颗粒或合成纳米颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒是腺相关病毒(aav)颗粒。在一些实施方案中，该方法进一步包括使细胞与第二药剂接触。在一些实施方案中，第二药剂包括增强细胞中cftr蛋白的氯离子电导的cftr蛋白调节剂。在一些实施方案中，第二药剂包括依伐卡托(ivacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)、替扎卡托(tezacaftor)、依来卡泊(elexacaftor)、鲁玛卡托(lumacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合、替扎卡托(tezacaftor)和依伐卡托(ivacaftor)的组合，或依来卡泊(elexacaftor)、依伐卡托(ivacaftor)和替扎卡托(tezacaftor)的组合。在一些实施方案中，该方法包括使细胞与crispr/cas切口酶接触。在一些实施方案中，该方法进一步包括使细胞与重组酶接触。在一些实施方案中，重组酶是crispr/cas切口酶的结构域。在一些实施方案中，重组酶与crispr/cas切口酶分离。在一些实施方案中，该方法进一步包括使细胞与逆转录酶接触。在一些实施方案中，外源核酸序列侧接被重组酶识别的序列。在一些实施方案中，该方法进一步包括使细胞与编码被重组酶识别的序列的grna接触。在一些实施方案中，被重组酶识别的序列被整合至基因组位点中。在一些实施方案中，重组酶指导重组核酸序列插入基因组位点中。在一些实施方案中，药剂包含靶向部分，其中靶向部分指导外源核酸序列插入细胞基因组的内源性cftr基因的内含子内的基因组位点，并且其中内含子在内源性cftr基因的内含子10的下游。在一些实施方案中，靶向部分包含指导rna(grna)、锌指核酸酶或转录激活因子样(tal)效应物核酸酶。在一些实施方案中，药剂进一步包含基因编辑酶或编码基因编辑酶的核酸序列。在一些实施方案中，药剂包含grna和2类crispr/cas核酸内切酶。在一些实施方案中，2类crispr/cas核酸内切酶是cas9酶。在一些实施方案中，grna包含选自seqid no: 46-55的序列。在一些实施方案中，药剂或编码药剂的载体通过鼻内施用、气管内施用或静脉内注射递送。在一些实施方案中，细胞包括人类细胞。

31、本文还提供了一种细胞，其包含本文提供的重组核酸序列、本文提供的基因编辑系统或本文提供的药物组合物。在一些实施方案中，该细胞是干细胞。在一些实施方案中，该细胞是人类细胞。

32、本文还提供了一种试剂盒，其包含：a) 本文提供的重组核酸序列、本文提供的基因编辑系统或本文提供的药物组合物；以及b) 重组核酸序列、基因编辑系统或药物组合物的使用说明书。

33、本文还提供了一种方法，其包括使药剂或编码药剂的载体与细胞接触，其中药剂包含本文提供的重组核酸序列、本文提供的基因编辑系统或本文提供的药物组合物。在一些实施方案中，载体是病毒载体，任选地逆转录病毒载体、慢病毒载体、腺病毒载体、腺相关病毒载体或单纯疱疹病毒载体。

34、本文还提供了一种治疗有需要的对象的方法，其包括使对象的细胞与本文提供的重组核酸序列、本文提供的基因编辑系统或本文提供的药物组合物接触。

35、援引并入

36、本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请通过引用并入本文，其程度如同每个单独的出版物、专利或专利申请被明确且单独地指示通过引用并入本文。如果通过引用并入的出版物和专利或专利申请与说明书中包含的公开内容矛盾，则本说明书旨在替代和/或优先于任何此类矛盾的材料。