一种用于黔金丝猴个体识别的微卫星标记组合及应用

本发明属于分子生物学，具体涉及一种用于黔金丝猴个体识别的微卫星标记组合及应用。

背景技术：

1、黔金丝猴（

rhinopithecus brelichi）是中国特有极危（cr）物种，其栖息地高度狭窄，仅分布与贵州省梵净山国家级自然保护区内。准确掌握其种群数量是制定有效保护策略的关键前提。然而，传统野外观察方法受限于森林环境能见度低、猴群活动范围大、个体难以区分等问题，导致种群数量估算存在较大不确定性。

2、近年来，基于粪便等样本的非损伤性取样结合分子标记技术，为解决这一难题提供了新途径。其中，微卫星标记因其高多态性、共显性和操作便捷等优点，在野生动物个体识别中应用广泛。目前，川金丝猴、滇金丝猴等同属物种已建立了用于个体识别的微卫星标记组合，但黔金丝猴的相关研究起步较晚，缺少标准化、高效、稳定的微卫星标记组合。

技术实现思路

1、本发明专门针对黔金丝猴、基于非损伤性样本，提供了一组具有高数据完整性和识别准确率的微卫星标记组合，并明确实现可靠识别所需的最简位点数。

2、在一个方面，本发明提供了一种用于黔金丝猴个体识别的微卫星标记组合，所述微卫星标记组合包括：

3、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx6和gsm25；或

4、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、d6s1036和rx6；或

5、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx3和rx6；或

6、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx3和rx10；或

7、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx6和rx10；或

8、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx6和gsm21；或

9、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx10和gsm25。

10、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

11、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx6和gsm25；

12、以及选自gsm21、rx3、rx10、d6s1036中的一种或多种。

13、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

14、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、d6s1036和rx6；

15、以及选自gsm21、gsm25、rx3、rx10中的一种或多种。

16、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

17、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx3和rx6；

18、以及选自gsm21、gsm25、rx10、d6s1036中的一种或多种。

19、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

20、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx3和rx10；

21、以及选自gsm21、gsm25、rx6、d6s1036中的一种或多种。

22、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

23、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx6和rx10或由以下微卫星位点组成；

24、以及选自gsm21、gsm25、rx3、d6s1036中的一种或多种。

25、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

26、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx6和gsm21；

27、以及选自gsm25、rx3、rx10、d6s1036中的一种或多种。

28、在一些实施方式中，所述微卫星标记组合包括或由以下微卫星位点组成：

29、d7s1804、d14s306、gsm16、rx22、rx10和gsm25；

30、以及选自gsm21、rx3、rx6、d6s1036中的一种或多种。

31、在另一个方面，本发明提供了前述微卫星标记组合在制备用于黔金丝猴个体识别的产品中的应用。

32、在一些实施方式中，所述产品包括检测试剂、检测试剂盒或检测系统。

33、在又一个方面，本发明提供了一种用于黔金丝猴个体识别的产品，所述产品包括检测所述微卫星标记组合的物质。

34、在一些实施方式中，所述产品包括检测试剂、检测试剂盒或检测系统。

35、在一些实施方式中，所述物质包括针对所述微卫星标记组合的位点具有特异性的引物或探针。

36、在一些实施方式中，所述物质还包括选自以下一种或多种的试剂：

37、dna模板、dntps、dna聚合酶、缓冲液、水、内标、用于鉴定个体性别的引物。

38、作为一种可选的实施方式，针对所述微卫星位点具有特异性的引物选自如seq idno: 1~seq id no: 20所示的核苷酸序列中的一种或多种。

39、作为一种可选的实施方式，所述用于鉴定个体性别的引物的核苷酸序列如seq idno: 21～seq id no: 24所示。

40、在又一个方面，本发明提供了一种黔金丝猴个体识别的方法，所述方法包括：

41、（1）释放或提取待测样品的核酸，得到扩增模板；

42、（2）利用前述的产品对所述扩增模板进行pcr扩增，得到扩增产物；

43、（3）对所述扩增产物进行毛细管电泳检测，得到电泳检测结果；

44、（4）采用基因分型分析软件对所述电泳检测结果进行等位基因判读，并提取判读结果一致的基因型数据；

45、（5）对所述基因型数据进行样本间多位点两两比对，根据预设的容错阈值计算基因型相似度，将错配位点数在预设的容错阈值内的样本归为同一个体；

46、所述基因分型分析软件为genemapper和genemarker。

47、在一些实施方式中，所述待测样品为非损伤性样本。

48、作为一种可选的实施方式，所述非损伤性样本选自粪便、毛发、脱落物、尿液中的一种或多种。

49、作为一种可选的实施方式，所述genemarker为genemarker 2.6.3软件。

50、在一些实施方式中，所述预设的容错阈值为允许基因型存在1个～2个位点错配。

51、作为一种可选的实施方式，所述样本间多位点基因型数据的比对采用cervus软件，优选cervus 3.0.7软件。

52、本发明相比于现有技术至少具有以下有益效果：

53、（1）高效、低成本。本发明提供了一种用于黔金丝猴个体识别的微卫星标记组合，所述微卫星标记组合包括如表5所述的微卫星位点。本发明不但确认了10个微卫星位点可以高效识别黔金丝猴个体，还从中筛选了6个位点（包括4个核心位点：d7s1804、d14s306、gsm16、rx22），即可实现对黔金丝猴小种群的个体识别，其累计个体识别率（cpd）高达99.99%，与使用10个位点的完整组合相比识别效力无显著差异，检测成本大大降低。

54、（2）数据可靠性高。本发明针对非损伤性样本（如粪便）进行了全流程技术优化，在2025年11月于贵州梵净山保护区采集的67份粪便样本中，成功从66份有效样本中识别出32个个体，数据完整性达99.99%。这得益于双软件（genemapper与genemarker）交叉验证的基因分型策略，有效降低了等位基因丢失和错误分型的风险。

55、（3）检测流程标准化。本发明筛选出的6个核心位点均具有高多态性信息含量（平均pic=0.639），并提供了标准化的引物序列和扩增程序，解决了现有保护遗传学研究中标记不统一、数据难以横向比较的痛点，为建立黔金丝猴遗传数据库奠定了基础。