用于筛查IVF胚胎的方法与流程

技术特征：
1.一种筛查体外受精(ivf)胚胎的致病性基因变异的方法，所述方法包括：a)从所述胚胎、所述胚胎的父本和所述胚胎的母本中获得全基因组测序数据，b)将所述胚胎测序数据与参考基因组比对，并鉴定所述胚胎测序数据相对于所述参考基因组的变异，c)将所述父本的测序数据和所述母本的测序数据与所述参考基因组比对，并鉴定所述亲本测序数据相对于所述参考基因组而存在的变异，d)将步骤b)中鉴定的所述变异与步骤c)中鉴定的那些变异进行比较，以鉴定所述胚胎中遗传的基因变异，其中所述遗传的基因变异存在于所述胚胎测序数据和至少一个亲本的测序数据中，e)通过变异等位基因频率(vaf)阈值过滤在步骤b)中鉴定的、在步骤d)中未被鉴定为遗传的基因变异的变异，其中具有高于所述阈值的vaf的经过滤的变异被鉴定为新生基因变异，以及f)将所述遗传的基因变异和所述新生基因变异与已知致病性基因变异的数据库进行比较，以确定所述胚胎是否存在具有致病性基因变异的风险。2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括使用一种或多种致病性预测算法来预测在步骤f)中未被鉴定为已知致病性基因变异的基因变异中的任何基因变异是否是致病性基因变异。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述一种或多种致病性预测算法包含sift、polyphen2 hvar、mutationtaster2、mutationassessor、fathmm或fathmm mkl。4.根据权利要求3所述的方法，其中使用两种或三种或四种或五种或六种或更多种致病性预测算法。5.根据权利要求1到4中任一项所述的方法，其中将变异预测为致病性基因变异需要变异具有大于约2的mpc评分和/或大于约20的phred标度cadd评分。6.根据权利要求1到6中任一项所述的方法，其中步骤e)中的所述vaf阈值介于0.25到0.45之间或介于0.3到0.4之间或为约0.35。7.根据权利要求1到7中任一项所述的方法，其中所述已知致病性基因变异的数据库是clinvar。8.根据权利要求7所述的方法，其中在步骤f)中确定基因变异是致病性基因变异需要所述基因变异在所述clinvar数据库中具有致病性或可能致病性的临床意义值。9.根据权利要求1到8中任一项所述的方法，其中所述基因变异包含单核苷酸多态性(snp)、插入或缺失(indel)、拷贝数变异(cnv)和/或结构变异。10.根据权利要求1到9中任一项所述的方法，其中所述遗传的基因变异包含常染色体显性、常染色体隐性、复合杂合和/或x连锁基因变异。11.根据权利要求1到10中任一项所述的方法，其中来自所述胚胎的所述全基因组测序数据通过以下来获得：a)培养所述胚胎，b)对所述胚胎进行活检，c)从所述活检中扩增基因组dna，以及d)对经扩增的基因组dna进行测序。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述活检是滋养外胚层活检。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述滋养外胚层活检在培养的第5天或第6天进行。14.根据权利要求11到13中任一项所述的方法，其中使用多重置换扩增(mda)从所述活检扩增所述基因组dna。15.根据权利要求12到14中任一项所述的方法，其中使用dna纳米球测序对所述基因组dna进行测序。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述dna纳米球测序是用组合探针锚连接(cpal)进行的。17.根据权利要求1到16中任一项所述的方法，其中所述参考基因组是某一基因组参考联盟人类版本(genome reference consortium human build)。18.根据权利要求1到17中任一项所述的方法，其中筛查来自相同亲本的两个或更多个胚胎。19.根据权利要求1到18中任一项所述的方法，其进一步包括将所述胚胎移植到所述母本的子宫中。20.根据权利要求1到19中任一项所述的方法，其中所述胚胎是人胚胎。21.一种ivf方法，其包括：a)用来自父本的精子使来自母本的卵子受精，b)培养受精卵，从而产生胚胎，c)使用根据权利要求1到20中任一项所述的方法筛查所述胚胎的致病性基因变异，以及d)将所述胚胎移植到所述母本的子宫中。22.一种筛查体外受精(ivf)胚胎的一种或多种表型性状的方法，所述方法包括：a)从所述胚胎、所述胚胎的父本和所述胚胎的母本中获得全基因组测序数据，b)将所述胚胎测序数据与参考基因组比对，并鉴定所述胚胎测序数据相对于所述参考基因组的变异，c)将所述父本的测序数据和所述母本的测序数据与所述参考基因组比对，并鉴定所述亲本测序数据相对于所述参考基因组而存在的变异，d)将步骤b)中鉴定的所述变异与步骤c)中鉴定的那些变异进行比较，以鉴定所述胚胎中遗传的基因变异，其中所述遗传的基因变异存在于所述胚胎测序数据和至少一个亲本的测序数据中，e)通过变异等位基因频率(vaf)阈值过滤在步骤b)中鉴定的、在步骤d)中未被鉴定为遗传的基因变异的变异，其中具有高于所述阈值的vaf的经过滤的变异被鉴定为新生基因变异，以及f)将所述遗传的基因变异和所述新生基因变异与具有已知表型性状的基因变异的数据库进行比较，以确定所述胚胎是否具有所述一种或多种表型性状。23.一种本文单独或共同公开的或在本申请的说明书中单独或共同指示的步骤、特征、整数、组合物和/或化合物，以及所述步骤或特征中的两个或更多个步骤或特征的任何和所有组合。

技术总结
本发明涉及筛查体外受精(IVF)胚胎的致病性基因变异，如单核苷酸多态性的方法。具体地，本发明涉及使用全基因组测序(WGS)数据筛查IVF胚胎的方法。本发明还涉及筛查体外受精(IVF)胚胎的表型性状的方法。(IVF)胚胎的表型性状的方法。


技术研发人员：N
受保护的技术使用者：基因胚胎组学私人有限公司
技术研发日：2020.10.21
技术公布日：2023/2/3