Fascin-2(FSCN2)变体及其用途的制作方法

fascin-2(fscn2)变体及其用途
1.对序列表的引用
2.本技术包括作为文本文件以电子方式提交的序列表，所述文本文件命名为18923803802seq，于2021年3月4日创建，大小为76千字节。所述序列表以引用的方式并入本文。
技术领域
3.本公开总体上涉及治疗患有听力损失的受试者、鉴定具有增加的发展出听力损失的风险的受试者的方法以及检测fscn2变体核酸分子和变体多肽的方法。


背景技术：

4.听力障碍是人最常见的感觉缺陷，影响了大约15％的美国人。研究表明，大约每1000名婴儿中就有1名出生时有一定程度的耳聋，这会影响他们的语言发育和言语感知(mchugh和friedman,anat.rec.a discov.moi.cell evol.biol.,2006,288,370-381)。听力损失通常对教育、社会交往和职业机会产生负面影响，并且因此与重大的社会和财务成本相关。听力损失对个体的影响可能非常显著(yoshinaga-itano,otolaryngol clin.north am.,1999,32,1089-1102；mohr和feldman,int.j.technol.assess.health care,2000,16,1120-35)。
5.听力损失的程度从轻度耳聋到重度耳聋不等。其可以是稳定的，或者听力损失会随着时间而进展。耳聋可在出生时出现或在晚年发展出来。迄今为止，最大的听力损失人群是老年人，其中许多人出现与年龄相关的听力损失或老年性耳聋(petit，trends moi.med.,2006,12,57-64)。遗传和环境因素都可能导致耳聋。遗传因素是大多数患有听力损失的儿童和年轻人耳聋的潜在病因。遗传因素在与年龄相关的听力损失中起重要作用。听力损失可能与其他临床特征相关(综合征性听力损失)或是孤立的(非综合征性听力损失)(petersen和willems,clin.genet.,2006,69,37l-392)。
6.fscn2是fascin蛋白家族的成员。fascin在动态细胞延伸中将肌动蛋白交联成丝状束。fscn2被提出在光感受器盘形态发生中发挥作用。此基因的突变导致常染色体显性色素性视网膜炎和黄斑变性的一种形式。fcsn2似乎在组织肌动蛋白丝阵列的特殊子集中发挥作用，所述肌动蛋白丝阵列包含紧密成束的平行肌动蛋白丝的膜包膜突起，其包括丝状伪足、微绒毛和内耳静纤毛。这些突起增强了细胞转导胞外信号和运输必需代谢物的能力。内耳感觉毛细胞的静纤毛是肌动蛋白突起的特别夸张的实例。数十至数百个耦合的静纤毛构成了将声音或头部运动转换成电信号的毛束(内耳中的细胞器)。已报道fscn2在毛细胞中含量丰富，并且受到发育调节，在伸长的最后阶段出现在内毛细胞静纤毛中。晚期表达和与钙粘蛋白23的遗传相互作用表明fscn2在发育后稳定静纤毛方面起关键作用。


技术实现要素：

7.本公开提供了鉴定发展出听力损失的风险增加的受试者的方法，其中所述方法包
括：确定或已经确定在从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子；其中：当受试者是fscn2参考时，则受试者发展出听力损失的风险不增加；并且当受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的或者对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的时，则受试者发展出听力损失的风险增加。
8.本公开还提供了用治疗或抑制听力损失的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者罹患听力损失，所述方法包括以下步骤：通过如下方式确定受试者是否具有编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子：获得或已经获得来自受试者的生物样品；和对生物样品进行或已经进行序列分析以确定受试者是否具有包含fscn2预测功能丧失变体核酸分子的基因型；以及当受试者是fscn2参考时，则以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂；以及当受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的时，则以等于或大于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂；其中具有编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子的基因型的存在指示受试者发展出听力损失的风险增加。
9.本公开还提供了检测受试者中人fscn2变体核酸分子的方法，所述方法包括测定从受试者获得的样品以确定样品中的核酸分子是否是：i)包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；ii)包含以下的核苷酸序列的mrna分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或iii)包含以下的核苷酸序列的cdna分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
10.本公开还提供了检测人fscn2变体多肽的存在的方法，所述方法包括对从受试者获得的样品进行测定以确定样品中的fscn2蛋白是否包含在对应于根据seq id no:17的第138位的位置处的酪氨酸，或在对应于根据seq id no:18的第138位的位置处的酪氨酸。
11.本公开还提供了治疗或抑制听力损失的治疗剂，其用于治疗具有以下的受试者的听力损失：i)具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；ii)具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或iii)具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
附图说明
12.图1示出了fscn2中的错义变体(his138tyr)与听力损失风险增加的关联。
13.图2示出了与fscn2中的功能丧失和错义变体(次要等位基因频率低于1％)的集合的关联，表明fscn2中的几个变体可能会增加听力损失的风险。
具体实施方式
14.在整个说明书和权利要求书中使用与本公开的多个方面相关的各种术语。除非另外指示，否则此类术语将被赋予其在本领域中的普通含义。其他特定定义的术语将以与本文提供的定义一致的方式来解释。
15.除非另外明确说明，否则决不意图将本文陈述的任何方法或方面解释为要求以特定顺序执行其步骤。因此，在权利要求书或说明书中，当方法权利要求没有确切地说明步骤是限于特定顺序时，在任何方面决非意图推断顺序。这适用于任何可能的非表达解释基础，包括相对于步骤排列或操作流程的逻辑事项、从语法组织或标点中得到的普通含义或者在说明书中描述的方面的编号或类型。
16.除非上下文另外明确指出，否则如本文所用，单数形式“一个(种)(a/an)”和“所述(the)”包括复数指示物。
17.如本文所用，术语“约”表示所列举的数值是近似值，并且小的变化不会显著影响公开的实施方案的实践。在使用数值的情况下，除非上下文另外指示，否则术语“约”意指数值可变化
±
10％并仍然在所公开的实施方案的范围内。
18.如本文所用，在特定实施方案中，根据需要，术语“包含”可替换为“由
……
组成”或“基本上由
……
组成”。
19.如本文所用，关于核酸分子或多肽的术语“分离的”表示核酸分子或多肽处于不同于其天然环境的条件下，诸如远离血液和/或动物组织。在一些实施方案中，分离的核酸分子或多肽基本上不含其他核酸分子或其他多肽，特别是动物来源的其他核酸分子或多肽。在一些实施方案中，核酸分子或多肽可以是高度纯化的形式，即纯度大于95％或纯度大于99％。当在此语境中使用时，术语“分离的”不排除存在呈替代物理形式(诸如二聚体或可替代地磷酸化或衍生化形式)的相同核酸分子或多肽。
20.如本文所用，术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”或“寡核苷酸”可包括任何长度的核苷酸的聚合物形式，可包括dna和/或rna，并且可以是单链的、双链的或多链的。核酸的一条链还指其互补物。
21.如本文所用，术语“受试者”是任何动物，包括哺乳动物。哺乳动物包括但不限于农场动物(诸如例如，马、牛、猪)、伴侣动物(诸如例如，狗、猫)、实验室动物(诸如例如，小鼠、大鼠、兔)和非人灵长类动物。在一些实施方案中，受试者是人。
22.已经根据本公开鉴定了与受试者发展出听力损失(诸如传导性听力损失和/或感音神经性听力损失)风险增加相关的fscn2基因中的罕见变体。例如，已观察到导致编码的fscn2多肽中第138位处的组氨酸被酪氨酸替换的cdna分子中的遗传改变指示具有此改变的人可能会增加发展出听力损失(诸如传导性听力损失和/或感音神经性听力损失)的风险。总之，本文所述的遗传分析出人意料地指示，fscn2 his138tyr多肽与发展出听力损失(诸如传导性听力损失和/或神经性听力损失)的风险增加相关。因此，可治疗具有与发展出
听力损失(诸如传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失)风险增加相关的fscn2变体核酸分子或多肽的受试者，从而预防听力损失，减轻其症状和/或阻遏症状的发展。因此，本公开提供了利用受试者中此类变体的鉴定来鉴定此类受试者中发展出听力损失(诸如传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失)的风险或对其进行分层的方法，或将受试者诊断为发展出听力损失(诸如传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失)的风险增加的方法，从而可相应地治疗处于风险中的受试者或患有活动性疾病的受试者。
23.出于本公开的目的，任何特定的人都可归类为具有以下三种fscn2基因型之一：i)fscn2参考；ii)对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的；或iii)对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的。当人没有fscn2预测功能丧失变体核酸分子的拷贝时，所述人是fscn2参考。当人具有fscn2预测功能丧失变体核酸分子的单个拷贝时，所述人对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的。fscn2预测功能丧失变体核酸分子是编码具有部分功能丧失、完全功能丧失、预测的部分功能丧失或预测的完全功能丧失的fscn2多肽的任何fscn2核酸分子(诸如基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)。具有部分功能丧失(或预测的部分功能丧失)的fscn2多肽的人对于fscn2是亚效等位基因的(hypomorphic)。fscn2预测功能丧失变体核酸分子可以是编码fscn2 h138y多肽的任何核酸分子。在一些实施方案中，fscn2预测功能丧失变体核酸分子编码fscn2 h138y long或fscn2 h138y short。当人具有fscn2预测功能丧失变体核酸分子的两个拷贝时，所述人对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的。
24.对于基因分型或确定为对于fscn2预测功能丧失变体核酸分子是杂合或纯合的受试者，此类受试者发展出听力损失(诸如传导性听力损失、感觉神经性听力损失或神经性听力损失)的风险增加。对于基因分型或确定为对于fscn2预测功能丧失变体核酸分子是杂合或纯合的受试者，可用有效治疗听力损失诸如传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失的剂治疗此类受试者。
25.在本文所述的任何实施方案中，fscn2预测功能丧失变体核酸分子可以是编码具有部分功能丧失、完全功能丧失、预测的部分功能丧失或预测的完全功能丧失的fscn2多肽的任何fscn2核酸分子(诸如例如，基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)。例如，fscn2预测功能丧失变体核酸分子可以是编码fscn2 h138y多肽的任何核酸分子。在一些实施方案中，fscn2预测功能丧失变体核酸分子编码fscn2 h138y long或fscn2 h138y short。
26.在本文所述的任何实施方案中，fscn2预测功能丧失多肽可以是具有部分功能丧失、完全功能丧失、预测的部分功能丧失或预测的完全功能丧失的任何fscn2多肽。在本文所述的任何实施方案中，fscn2预测功能丧失多肽可以是本文所述的任何fscn2多肽，包括例如fscn2 h138y。在一些实施方案中，fscn2预测功能丧失多肽是fscn2 h138y long或fscn2 h138y short。
27.在本文所述的任何实施方案中，听力损失是传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失。在本文所述的任何实施方案中，听力损失是传导性听力损失。在本文所述的任何实施方案中，听力损失是感觉神经性听力损失。在本文所述的任何实施方案中，听力损失是神经性听力损失。
28.听力损失的症状包括但不限于听力问题(言语和其他声音模糊不清、难以理解单词，尤其是在背景噪音或人群中，或难以听到辅音)、耳鸣、对声音敏感或儿童语言迟缓。
29.本公开提供了用治疗或抑制听力损失的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者罹患听力损失。在一些实施方案中，方法包括通过以下确定受试者是否具有编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子：获得或已经获得来自受试者的生物样品，并且对生物样品进行或已经进行序列分析以确定受试者是否具有包含fscn2预测功能丧失变体核酸分子的基因型。当受试者是fscn2参考时，以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。当受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的时，以等于或大于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。具有编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子的基因型的存在指示受试者发展听力损失的风险增加。在一些实施方案中，受试者是fscn2参考。在一些实施方案中，受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的。在一些实施方案中，受试者对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的。
30.在一些实施方案中，治疗方法还包括检测来自受试者的生物样品中存在或不存在编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子。如本公开通篇所用，“fscn2预测功能丧失变体核酸分子”是编码具有部分功能丧失、完全功能丧失、预测的部分功能丧失或预测的完全功能丧失的fscn2多肽的任何fscn2核酸分子(诸如例如，基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)。
31.检测来自受试者的生物样品中存在或不存在fscn2预测功能丧失变体核酸分子和/或确定受试者是否具有fscn2预测功能丧失变体核酸分子可通过本文所述的任何方法进行。在一些实施方案中，这些方法可以在体外进行。在一些实施方案中，这些方法可以原位进行。在一些实施方案中，这些方法可以在体内进行。在这些实施方案中的任一项中，核酸分子可存在于从受试者获得的细胞内。
32.本公开还提供了用治疗或抑制听力损失的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者罹患听力损失。在一些实施方案中，方法包括通过以下确定受试者是否具有fscn2预测功能丧失多肽：获得或已经获得来自受试者的生物样品，并且对生物样品进行或已经进行测定以确定受试者是否具有fscn2预测功能丧失多肽。当受试者不具有fscn2预测功能丧失多肽时，以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。当受试者具有fscn2预测功能丧失多肽时，以等于或大于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。fscn2预测功能丧失多肽的存在指示受试者发展出听力损失的风险增加。在一些实施方案中，受试者具有fscn2预测功能丧失多肽。在一些实施方案中，受试者不具有fscn2预测功能丧失多肽。
33.检测来自受试者的生物样品中存在或不存在fscn2预测功能丧失多肽和/或确定受试者是否具有fscn2预测功能丧失多肽可通过本文所述的任何方法进行。在一些实施方案中，这些方法可以在体外进行。在一些实施方案中，这些方法可以原位进行。在一些实施方案中，这些方法可以在体内进行。在这些实施方案中的任一个中，多肽可存在于从受试者获得的细胞内。
34.治疗或抑制听力损失的治疗剂的实例包括但不限于：抗氧化剂、钙通道阻滞剂、抗炎药(诸如类固醇)、细胞凋亡抑制剂、d-蛋氨酸、依布硒啉、n-乙酰半胱氨酸、硫辛酸、依布硒啉和别嘌呤醇的组合、白藜芦醇、神经营养因子(诸如t-817ma)、胱天蛋白酶抑制剂(诸如z-devd-fmk)、铜转运抑制剂(诸如西咪替丁和硫酸铜)以及含有抗氧化维生素的微量营养
素。
35.在一些实施方案中，与作为fscn2参考的受试者(其可接受标准剂量量)相比，对于对fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的受试者，治疗或抑制听力损失的治疗剂的剂量可增加约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％或约90％(即，大于标准剂量量的量)。在一些实施方案中，治疗或抑制听力损失的治疗剂的剂量可增加约10％、约20％、约30％、约40％或约50％。另外，与作为fscn2参考的受试者相比，在对于fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的受试者中，治疗或抑制听力损失的治疗剂的剂量可更频繁地施用。
36.在一些实施方案中，与对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的受试者相比，对于对fscn2预测功能丧失变体是纯合的受试者，治疗或抑制听力损失的治疗剂的剂量可增加约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％或约90％。在一些实施方案中，治疗或抑制听力损失的治疗剂的剂量可增加约10％、约20％、约30％、约40％或约50％。另外，与对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的受试者相比，在对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的受试者中，治疗或抑制听力损失的治疗剂的剂量可更频繁地施用。
37.治疗或抑制听力损失的治疗剂的施用可重复，例如，一天、两天、三天、五天、一周、两周、三周、一个月、五周、六周、七周、八周、两个月或三个月之后。重复施用可以是相同剂量或不同剂量。施用可重复一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次或更多次。例如，根据某些剂量方案，受试者可接受较长时间段的治疗，诸如例如6个月、1年或更长时间。
38.治疗或抑制听力损失的治疗剂的施用可通过任何合适的途径进行，包括但不限于胃肠外、静脉内、口服、皮下、动脉内、颅内、鞘内、腹膜内、局部、鼻内或肌肉内。用于施用的药物组合物希望是无菌的且基本上等渗的，并且在gmp条件下制造。药物组合物可以单位剂型(即，单次施用的剂量)提供。可使用一种或多种生理学和药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或助剂来配制药物组合物。制剂取决于所选择的施用途径。术语“药学上可接受的”表示载剂、稀释剂、赋形剂或辅助剂与制剂的其他成分相容，并且对其接受者基本上无害。
39.如本文所用，术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”和“治疗(treatment)”以及“预防(prevent)”、“预防(preventing)”和“预防(prevention)”分别是指引发期望的生物反应，诸如治疗效果和预防效果。在一些实施方案中，治疗效果包括以下中的一种或多种：在施用剂或包含剂的组合物之后，听力损失的减少/降低，听力损失严重程度的减少/降低(诸如例如，听力损失的发展的降低或抑制)，症状和听力损失相关影响的减少/降低，延迟症状和听力损失相关影响的发作，降低听力损失相关影响的症状的严重程度，降低急性发作的严重程度，降低症状和听力损失相关影响的数量，降低症状和听力损失相关影响的潜伏期，改善症状和听力损失相关影响，降低继发症状，降低继发感染，预防听力损失复发，减少复发发作的次数或频率，增加症状性发作之间的潜伏期，增加达到持续进展的时间，加速恢复和/或增加替代治疗的功效或减少对替代治疗的抗性。预防作用可包括在施用治疗方案后完全或部分避免/抑制或延迟听力损失发展/进展(诸如例如，完全或部分避免/抑制或延迟)。听力损失的治疗涵盖已被诊断为在任何临床阶段或表现的任何形式的听力损失的受试者的治疗，听力损失的症状或体征的发作或演变或加重或恶化的延迟，和/或预防和/或降低听力损失的严重程度。
40.本公开还提供了鉴定发展出听力损失的风险增加的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括确定或已经确定在从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子(诸如基因组核酸分子、mrna分子和/或cdna分子)。当受试者缺乏fscn2预测功能丧失变体核酸分子(即，受试者在基因型上被归类为fscn2参考)时，则受试者发展出听力损失的风险不增加。当受试者具有fscn2预测功能丧失变体核酸分子(即，受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的或对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的)时，则受试者发展出听力损失的风险增加。
41.确定受试者在来自受试者的生物样品中是否具有fscn2预测功能丧失变体核酸分子和/或确定受试者是否具有fscn2预测功能丧失变体核酸分子可通过本文所述的任何方法进行。在一些实施方案中，这些方法可以在体外进行。在一些实施方案中，这些方法可以原位进行。在一些实施方案中，这些方法可以在体内进行。在这些实施方案中的任一项中，核酸分子可存在于从受试者获得的细胞内。
42.在一些实施方案中，当受试者被鉴定为发展出听力损失的风险增加时，用治疗或抑制听力损失的治疗剂进一步治疗受试者，如本文所述。在一些实施方案中，当受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的时，以等于或大于标准剂量量的剂量量向受试者施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。在一些实施方案中，当受试者对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的时，以等于或大于向对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的受试者施用的剂量量的剂量量向受试者施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。在一些实施方案中，受试者是fscn2参考。在一些实施方案中，受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的。在一些实施方案中，受试者对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的。
43.本公开还提供了检测来自受试者的生物样品中存在或不存在fscn2预测功能丧失变体基因组核酸分子，和/或来自受试者的生物样品中存在或不存在fscn2预测功能丧失变体mrna分子，和/或来自受试者的生物样品中存在或不存在由mrna分子产生的fscn2预测功能丧失变体cdna分子的方法。应理解，群体内的基因序列和由此类基因编码的mrna分子可因多态性(诸如单核苷酸多态性)而变化。本文提供的fscn2变体基因组核酸分子、fscn2变体mrna分子和fscn2变体cdna分子的序列仅为示例性序列。fscn2变体基因组核酸分子、变体mrna分子和变体cdna分子的其他序列也是可能的。
44.生物样品可来源于来自受试者的任何细胞、组织或生物流体。样品可包括任何临床相关组织，诸如骨髓样品、肿瘤活检、细针抽吸物或体液样品，诸如血液、龈沟液、血浆、血清、淋巴液、腹水、囊液或尿液。在一些情况下，样品包括口腔拭子。本文公开的方法中使用的样品将基于测定形式、检测方法的性质以及用作样品的组织、细胞或提取物而变化。生物样品可根据所采用的测定进行不同处理。例如，当检测任何fscn2变体核酸分子时，可采用被设计为针对基因组dna来分离或富集样品的初步处理。多种技术可用于此目的。当检测任何fscn2变体mrna的水平时，不同的技术可用于使生物样品富集mrna。可使用检测mrna的存在或水平或特定变体基因组dna基因座的存在的各种方法。
45.在一些实施方案中，检测受试者中的人fscn2预测功能丧失变体核酸分子包括对从受试者获得的生物样品进行测定或分析，以确定生物样品中的fscn2基因组核酸分子和/或生物样品中的fscn2mrna分子和/或生物样品中由mrna分子产生的fscn2 cdna分子是否包含一种或多种导致功能丧失(部分或完全)或预测会导致功能丧失(部分或完全)的变异。
46.在一些实施方案中，检测受试者中存在或不存在fscn2预测功能丧失变体核酸分子(诸如例如，基因组核酸分子、mrna分子和/或由mrna分子产生的cdna分子)的方法包括对从受试者获得的生物样品进行测定。所述测定确定生物样品中的核酸分子是否包含特定核苷酸序列。
47.在一些实施方案中，核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶(对于基因组核酸分子)、在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶(对于mrna分子)或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶(对于从mrna分子获得的cdna分子)。
48.在一些实施方案中，核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶(对于mrna分子)或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶(对于从mrna分子获得的cdna分子)。
49.在一些实施方案中，核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶(对于mrna分子)或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶(对于从mrna分子获得的cdna分子)。
50.在一些实施方案中，核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶(对于mrna分子)或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶(对于从mrna分子获得的cdna分子)。
51.在一些实施方案中，核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
52.在一些实施方案中，核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物。
53.在一些实施方案中，核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
54.在一些实施方案中，生物样品包括细胞或细胞裂解物。此类方法还可包括例如，从受试者获得包含fscn2基因组核酸分子或mrna分子的生物样品，并且如果是mrna，则任选地将mrna逆转录成cdna。此类测定可包括例如确定特定fscn2核酸分子的这些位置的身份。在某些实施方案中，所述方法是体外方法。
55.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对生物样品中的fscn2基因组核酸分子、fscn2 mrna分子或fscn2cdna分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中测序部分包含一种或多种导致功能丧失(部分或完全)或预测会导致功能丧失(部分或完全)的变异。
56.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下中的至少一部分进行测序：生物样品中fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:2的第548位的位置或其互补物；生物样品中fscn2 mrna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:6的第548位的位置或其互补物；和/或生物样品中
由mrna产生的fscn2 cdna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:12的第548位的位置或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含：在对应于根据seq id no:2的位置548的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:6的位置548的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:12的位置548的位置处的胸腺嘧啶时，则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
57.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下中的至少一部分进行测序：生物样品中fscn2 mrna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:7的第469位的位置或其互补物；和/或生物样品中由mrna产生的fscn2 cdna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:13的第469位的位置或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含：在对应于根据seq id no:7的位置469的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:13的位置469的位置处的胸腺嘧啶时，则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
58.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下中的至少一部分进行测序：生物样品中fscn2 mrna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:8的第553位的位置或其互补物；和/或生物样品中由mrna产生的fscn2 cdna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:14的第553位的位置或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含：在对应于根据seq id no:8的位置553的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:14的位置553的位置处的胸腺嘧啶时，则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
59.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下中的至少一部分进行测序：生物样品中fscn2 mrna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:20的第567位的位置或其互补物；和/或生物样品中由mrna产生的fscn2 cdna分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:22的第567位的位置或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含在对应于根据seq id no:20的位置567的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:22的位置567的位置处的胸腺嘧啶时，则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
60.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下中的至少一部分进行测序：生物样品中fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列，其中测序部分包含对应于根据seq id no:2的第548位的位置或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶时，则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
61.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对生物样品中fscn2 mrna分子的核苷酸序列中的至少一部分进行测序，其中测序部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:6的第548位或其互补物；根据seq id no:7的第469位或其互补物；根据seq id no:8的第553位或其互补物；或根据seq id no:20的第567位或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶时；则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
62.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括对fscn2 cdna分子的核苷酸序列中的至少一部分进行测序，其中测序部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:12的第548位或其互补物；根据seq id no:13的第469位或其互补物；根据seq id no:14的第553位或其互补物；或根据seq id no:22的第567位或其互补物。当生物样品中fscn2核酸分子的测序部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶时；则生物样品中的fscn2核酸分子是fscn2预测功能丧失变体核酸分子。
63.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与以下杂交：fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:2的第548位的位置的一部分；fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:6的第548位的位置的一部分；和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:12的第548位的位置的一部分；b)将引物至少延伸通过fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:2的第548位的位置；fscn2 mrna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:6的第548位的位置；和/或fscn2cdna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:12的第548位的位置；以及c)确定引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶和/或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶。
64.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与以下杂交：fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:7的第469位的位置的一部分和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:13的第469位的位置的一部分；b)将引物至少延伸通过fscn2mrna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:7的第469位的位置和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:13的第469位的位置；以及c)确定引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶和/或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶。
65.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与以下杂交：fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:8的第553位的位置的一部分和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:14的第553位的位置的一部分；b)将引物至少延伸通过fscn2mrna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:8的第553位的位置和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:14的第553位的位置；以及c)确定引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶和/或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶。
66.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与以下杂交：fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:20的第567位的位置的一部分和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中接近对应于根据seq id no:22的第567位的位置的一部分；b)将引物至少延伸通过fscn2mrna分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:20的第567位的位置和/或fscn2 cdna分子的核苷酸序列中对应于
根据seq id no:22的第567位的位置；以及c)确定引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶和/或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。
67.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据seq id no:2的第548位的位置；b)将引物至少延伸通过fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列中对应于根据seq id no:2的第548位的位置；以及c)确定引物的延伸产物是否包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶。
68.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；b)将引物至少延伸通过fscn2mrna分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；以及c)确定引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶。
69.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)将生物样品与引物接触，所述引物与fscn2 cdna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:12的第548位、根据seq id no:13的第469位、根据seq id no:14的第553位或根据seq id no:22的第567位；b)将引物至少延伸通过fscn2cdna分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据seq id no:12的第548位、根据seq id no:13的第469位、根据seq id no:14的第553位或根据seq id no:22的第567位；以及c)确定引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。
70.在一些实施方案中，测定包括对整个核酸分子进行测序。在一些实施方案中，仅分析fscn2基因组核酸分子。在一些实施方案中，仅分析fscn2 mrna。在一些实施方案中，仅分析从fscn2 mrna获得的fscn2 cdna。
71.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增；其中扩增的部分包含：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测的标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针(alteration-specific probe)的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测可检测标记。
72.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含：在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测可检测标记。
73.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含：在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测可检测标记。
74.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含：在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测可检测标记。
75.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测的标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测可检测标记。
76.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或
其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物。
77.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：a)对编码人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记扩增的核酸分子；c)将标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测可检测标记。
78.在一些实施方案中，核酸分子是mrna，并且确定步骤还包括在扩增步骤之前将mrna逆转录成cdna。
79.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测可检测标记。
80.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测可检测标记。
81.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测可检测标记。
82.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；和/或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测可检测标记。
83.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩
增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物，以及检测可检测标记。
84.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及检测可检测标记。
85.在一些实施方案中，确定步骤、检测步骤或序列分析包括：将生物样品中的核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测可检测标记。
86.改变特异性聚合酶链反应技术可用于检测核酸序列中的突变，诸如snp。因为当与模板存在错配时，dna聚合酶将不延伸，所以可使用改变特异性引物。
87.在一些实施方案中，样品中的核酸分子是mrna并且在扩增步骤之前将mrna逆转录成cdna。在一些实施方案中，核酸分子存在于从受试者获得的细胞内。
88.在一些实施方案中，所述测定包括将生物样品与引物或探针接触，所述引物或探针诸如改变特异性引物或改变特异性探针，其在严格条件下与fscn2变体基因组序列、变体mrna序列或变体cdna序列而不是对应的fscn2参考序列特异性杂交，以及确定是否发生了杂交。
89.在一些实施方案中，所述测定包括rna测序(rna-seq)。在一些实施方案中，所述测定还包括，诸如通过逆转录酶聚合酶链反应(rt-pcr)，将mrna逆转录成cdna。
90.在一些实施方案中，所述方法利用足够核苷酸长度的探针和引物以结合到靶核酸序列，并且特异性地检测和/或鉴定包含fscn2变体基因组核酸分子、变体mrna分子或变体cdna分子的多核苷酸。杂交条件或反应条件可由操作人员确定以达到此结果。核苷酸长度可以是足以用于所选择的检测方法(包括本文所述或例示的任何测定)的任何长度。此类探针和引物可在高严格杂交条件下与靶核苷酸序列特异性地杂交。探针和引物可具有与靶核苷酸序列内连续核苷酸的完全核苷酸序列同一性，但可通过常规方法设计不同于靶核苷酸序列并保留特异性地检测和/或鉴定靶核苷酸序列的能力的探针。探针和引物可与靶核酸分子的核苷酸序列具有约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％的序列同一性或互补性。
91.在一些实施方案中，为了确定生物样品中的fscn2核酸分子(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物是否包含以下核苷酸序列：所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶(基因组核酸分子)，或在对应于根据
seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶(mrna分子)，或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶(cdna分子)，可使用引物对使生物样品经历扩增方法，以产生扩增子，所述引物对包含源自5'侧接序列的第一引物和源自3'侧接序列的第二引物，所述第一引物与对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述第二引物与对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述扩增子指示在编码以下项的位置处存在snp：在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶，或在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶。在一些实施方案中，扩增子的长度范围可从引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度至任何可通过dna扩增方案产生的扩增子的长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限或约两万个核苷酸碱基对。任选地，所述引物对侧接包括以下位置的区域，所述位置包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶，或在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶，以及在包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶，或对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶，或对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶的位置的每一侧上的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸。
92.在一些实施方案中，为了确定生物样品中的fscn2核酸分子(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物是否包含以下核苷酸序列，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶(mrna分子)，或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶(cdna分子)，可使用引物对使生物样品经历扩增方法，以产生扩增子，所述引物对包含源自5'侧接序列的第一引物和源自3'侧接序列的第二引物，所述第一引物与对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述第二引物与对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述扩增子指示在编码以下的位置处存在snp：在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶。在一些实施方案中，扩增子的长度范围可从引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度至任何可通过dna扩增方案产生的扩增子的长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限或约两万个核苷酸碱基对。任选地，所述引物对侧接包括以下位置的区域，所述位置包含在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶，以及在包含在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶的位置的每一侧上的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸。
93.在一些实施方案中，为了确定生物样品中的fscn2核酸分子(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物是否包含以下核苷酸序列，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶(mrna分子)，或在对应于根据seq id no:
14的第553位的位置处的胸腺嘧啶(cdna分子)，可使用引物对使生物样品经历扩增方法，以产生扩增子，所述引物对包含源自5'侧接序列的第一引物和源自3'侧接序列的第二引物，所述第一引物与对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述第二引物与对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述扩增子指示在编码以下的位置处存在snp：在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶。在一些实施方案中，扩增子的长度范围可从引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度至任何可通过dna扩增方案产生的扩增子的长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限或约两万个核苷酸碱基对。任选地，所述引物对侧接包括以下位置的区域，所述位置包含在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶，以及在包含在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶的位置的每一侧上的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸。
94.在一些实施方案中，为了确定生物样品中的fscn2核酸分子(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物是否包含以下核苷酸序列，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶(mrna分子)，或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶(cdna分子)，可使用引物对使生物样品经历扩增方法，以产生扩增子，所述引物对包含源自5'侧接序列的第一引物和源自3'侧接序列的第二引物，所述第一引物与对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述第二引物与对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶相邻，或与对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶相邻，所述扩增子指示在编码以下的位置处存在snp：在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。在一些实施方案中，扩增子的长度范围可从引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度至任何可通过dna扩增方案产生的扩增子的长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限或约两万个核苷酸碱基对。任选地，所述引物对侧接包括以下位置的区域，所述位置包含在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶，以及在包含在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶，或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶的位置的每一侧上的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸。
95.可从mrna和/或cdna序列产生类似的扩增子。可例如通过使用意图用于此目的的计算机程序从已知的序列获得pcr引物对，所述计算机程序诸如vector nti版本10中的pcr引物分析工具(informax公司,bethesda md.)；primerselect(dnastar公司,madison,wis.)；以及primer3(版本0.4.0.copyrgt.,1991,whitehead institute for biomedical research,cambridge,mass.)。另外，所述序列可以视觉的方式被扫描，并且引物可使用已知的指导进行手动鉴定。
96.核酸测序技术的例示性实例包括但不限于链终止子(sanger)测序和染料终止子测序。其他方法涉及除了测序以外的核酸杂交方法，其包括使用针对纯化的dna、扩增的dna
id no:15或seq id no:16的第138位的位置的多肽的存在的免疫测定。在一些实施方案中，检测步骤包括用于检测包含对应于根据seq id no:18或seq id no:15或seq id no:16的第138位的位置的多肽的存在的免疫测定。
103.在一些实施方案中，当受试者不具有fscn2预测功能丧失多肽时，则受试者发展出听力损失或传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失中的任一种的风险不增加。在一些实施方案中，当受试者具有fscn2预测功能丧失多肽时，则受试者发展出听力损失或传导性听力损失、感音神经性听力损失或神经性听力损失中的任一种的风险增加。
104.本公开还提供了与fscn2变体基因组核酸分子、fscn2变体mrna分子和/或fscn2变体cdna分子(诸如本文公开的基因组变体核酸分子、mrna变体分子和cdna变体中的任一种)杂交的分离的核酸分子。在一些实施方案中，分离的核酸分子与fscn2核酸分子的一部分杂交，所述部分包括对应于以下的位置：根据seq id no:2的第548位、根据seq id no:6的第548位或根据seq id no:12的第548位。在一些实施方案中，分离的核酸分子与fscn2核酸分子的一部分杂交，所述部分包括对应于根据seq id no:7的第469位或根据seq id no:13的第469位的位置。在一些实施方案中，分离的核酸分子与fscn2核酸分子的一部分杂交，所述部分包括对应于根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:14的第553位的位置。在一些实施方案中，分离的核酸分子与fscn2核酸分子的一部分杂交，所述部分包括对应于根据seq id no:20的第567位或根据seq id no:22的第567位的位置。
105.在一些实施方案中，此类分离的核酸分子包含至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约55个、至少约60个、至少约65个、至少约70个、至少约75个、至少约80个、至少约85个、至少约90个、至少约95个、至少约100个、至少约200个、至少约300个、至少约400个、至少约500个、至少约600个、至少约700个、至少约800个、至少约900个、至少约1000个、至少约2000个、至少约3000个、至少约4000个或至少约5000个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，此类分离的核酸分子包含至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个或至少约25个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含至少约18个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含至少约15个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含约10个至约35个、约10个至约30个、约10个至约25个、约12个至约30个、约12个至约28个、约12个至约24个、约15个至约30个、约15个至约25个、约18个至约30个、约18个至约25个、约18个至约24个，或约18个至约22个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含约18个至约30个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含至少约15个核苷酸到至少约35个核苷酸或者由其组成。
106.在一些实施方案中，此类分离的核酸分子在严格条件下与fscn2变体核酸分子(诸如基因组核酸分子、mrna分子和/或cdna分子)杂交。此类核酸分子可用作，例如如本文所述或例示的探针、引物、改变特异性探针或改变特异性引物，并且包括但不限于引物、探针、反义rna、shrna和sirna，其中每一个都在本文别处被更详细地描述，并且可在本文所述的任
何方法中使用。
107.在一些实施方案中，所述分离的核酸分子与核酸分子的至少约15个连续核苷酸杂交，所述核酸分子与fscn2变体基因组核酸分子、fscn2变体mrna分子和/或fscn2变体cdna分子具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含约15个至约100个核苷酸或约15个至约35个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含约15个至约100个核苷酸或者由其组成。在一些实施方案中，所述分离的核酸分子包含约15个至约35个核苷酸或者由其组成。
108.在一些实施方案中，分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸，其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码人fscn2多肽的核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:2的第548位或其互补物；根据seq id no:6的第548位或其互补物；或根据seq id no:12的第548位或其互补物。在一些实施方案中，改变特异性探针或改变特异性引物包含与核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，所述部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:2的第548-550位或其互补物；根据seq id no:6的第548-550位或其互补物；和/或根据seq id no:12的第548-550位或其互补物。
109.在一些实施方案中，分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸，其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码人fscn2多肽的核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于根据seq id no:7的第469位或其互补物的位置；或根据seq id no:13的第469位或其互补物的位置。在一些实施方案中，改变特异性探针或改变特异性引物包含与核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于根据seq id no:7的第469-471位或其互补物的位置；和/或根据seq id no:13的第469-471位或其互补物的位置。
110.在一些实施方案中，分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸，其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码人fscn2多肽的核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于根据seq id no:8的第553位或其互补物的位置；或根据seq id no:14的第553位或其互补物的位置。在一些实施方案中，改变特异性探针或改变特异性引物包含与核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于根据seq id no:8的第553-555位或其互补物的位置；和/或根据seq id no:14的第553-555位或其互补物的位置。
111.在一些实施方案中，分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸，其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码人fscn2多肽的核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于根据seq id no:20的第567位或其互补物的位置；或根据seq id no:22的第567位或其互补物的位置。在一些实施方案中，改变特异性探针或改变特异性引物包含与核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于根据seq id no:20的第567-569位或其互补物的位置；和/或根据seq id no:22的第567-569位或其互补物的位置。
112.在一些实施方案中，改变特异性探针或改变特异性引物包含dna。在一些实施方案中，改变特异性探针或改变特异性引物包含rna。
113.在一些实施方案中，本文所述的探针和引物(包括改变特异性探针和改变特异性引物)具有与本文公开的任何核酸分子或其互补物特异性杂交的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述探针或引物在严格条件下与本文公开的核酸分子中的任一种特异性地杂交。
114.在一些实施方案中，引物，包括改变特异性引物，可用于第二代测序或高通量测序中。在一些情况下，包括改变特异性引物在内的引物可被修饰。具体地说，引物可包含在例如大规模平行签名测序(mpss)、聚合酶克隆测序(polony sequencing)和454焦磷酸测序的不同步骤中使用的各种修饰。可在所述过程的几个步骤中使用修饰的引物，包括在克隆步骤中使用生物素酰化的引物，以及在珠粒装载步骤和检测步骤中使用荧光标记的引物。通常使用双端测序标签文库进行聚合酶克隆测序，其中每个dna模板分子的长度为约135bp。在珠粒装载步骤和乳液pcr(emulsion pcr)中使用生物素酰化的引物。在检测步骤中使用荧光标记的简并九聚体寡核苷酸。衔接子可含有用于将dna文库固定到链酶亲和素包被的珠粒上的5'-生物素标签。
115.本文所述的探针和引物可用于检测本文公开的fscn2变体基因组核酸分子、fscn2变体mrna分子和/或fscn2变体cdna分子中的任一种内的核苷酸变异。本文所述的引物可用于扩增fscn2变体基因组核酸分子、fscn2变体mrna分子或fscn2变体cdna分子，或其片段。
116.本公开还提供了包含上述引物中的任一种的引物对。例如，如果引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:1的第548位的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考基因组核酸分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外，如果引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:3的第548位的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交，则所扩增片段的存在将指示fscn2参考mrna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2 mrna分子中在对应于根据seq id no:6的第548位的位置的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则所扩增片段的存在将指示fscn2变体mrna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。另外，如果引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:9的第548位的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考cdna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2 cdna分子中在对应于根据seq id no:12的第548位的位置的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体cdna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
117.如果例如引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:4的第469位的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考mrna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2 mrna分子中在对应于根据seq id no:7的第469位的位置的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体mrna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。另外，如果引物的3'-端之一与特定fscn2
核酸分子中在对应于根据seq id no:10的第469位的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考cdna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2cdna分子中在对应于根据seq id no:13的第469位的位置的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体cdna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
118.如果例如引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:5的第553位的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考mrna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2 mrna分子中在对应于根据seq id no:8的第553位的位置的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体mrna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。另外，如果引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:11的第553位的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考cdna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2cdna分子中在对应于根据seq id no:14的第553位的位置的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体cdna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
119.如果例如引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:19的第567位的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考mrna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2 mrna分子中在对应于根据seq id no:20的第567位的位置的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体mrna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。另外，如果引物的3'-端之一与特定fscn2核酸分子中在对应于根据seq id no:21的第567位的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2参考cdna分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定fscn2cdna分子中在对应于根据seq id no:22的第567位的位置的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交，则扩增片段的存在将指示fscn2变体cdna分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
120.在本公开的语境中，“特异性杂交”表示探针或引物(诸如例如，改变特异性探针或改变特异性引物)不与编码fscn2参考基因组核酸分子、fscn2参考mrna分子和/或fscn2参考cdna分子的核酸序列杂交。
121.在一些实施方案中，所述探针(诸如例如，改变特异性探针)包含标记。在一些实施方案中，所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。
122.本公开还提供了包含本文公开的探针中的任一种或多种所附接的基质的支持物。固体支持物是分子(诸如本文公开的探针中的任一种)可与之缔合的固态基质或支持物。固体支持物的一种形式是阵列。固体支持物的另一种形式是阵列检测器。阵列检测器是多种不同的探针以阵列、网格或其他组织化模式与其偶联的固体支持物。固态基质的一种形式
是微量滴定皿，诸如标准96孔类型。在一些实施方案中，可采用通常每孔含有一个阵列的多孔玻璃载片。
123.本公开还提供了包含本文所述的fscn2核酸分子中的任一种(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物以及本文所述的改变特异性引物或改变特异性探针的任一种，或由其组成的分子复合物。在一些实施方案中，分子复合物中的fscn2核酸分子(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物是单链的。在一些实施方案中，fscn2核酸分子是本文所述的基因组核酸分子中的任一种。在一些实施方案中，fscn2核酸分子是本文所述的mrna分子中的任一种。在一些实施方案中，fscn2核酸分子是本文所述的cdna分子中的任一种。在一些实施方案中，分子复合物包含本文所述的fscn2核酸分子中的任一种(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物以及本文所述的改变特异性引物中的任一种，或由其组成。在一些实施方案中，分子复合物包含本文所述的fscn2核酸分子中的任一种(基因组核酸分子、mrna分子或cdna分子)或其互补物以及本文所述的改变特异性探针中的任一种，或由其组成。
124.在一些实施方案中，分子复合物包含与基因组核酸分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针或者由其组成，所述基因组核酸分子包含编码人fascin-2多肽的核苷酸序列，其中改变特异性引物或改变特异性探针与在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物杂交。
125.在一些实施方案中，分子复合物包含改变特异性引物或改变特异性探针或由其组成，所述改变特异性引物或改变特异性探针与在对应于根据seq id no:2的第548-550位的位置处的tac密码子杂交。
126.在一些实施方案中，分子复合物包含含有seq id no:2的基因组核酸分子或者由其组成。
127.在一些实施方案中，分子复合物包含与mrna分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针或者由其组成，所述mrna分子包含编码人fscn2多肽的核苷酸序列，其中改变特异性引物或改变特异性探针与以下杂交：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物。
128.在一些实施方案中，分子复合物包含与以下杂交的改变特异性引物或改变特异性探针或者由其组成：在对应于根据seq id no:6的第548-550位的位置处的uac密码子；在对应于根据seq id no:7的第469-471位的位置处的uac密码子；在对应于根据seq id no:8的第553-555位的位置处的uac密码子；或在对应于根据seq id no:20的第567-569位的位置处的uac密码子。
129.在一些实施方案中，分子复合物包含含有seq id no:6、seq id no:7、seq id no:8或seq id no:20的mrna分子或者由其组成。
130.在一些实施方案中，分子复合物包含与cdna分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针或者由其组成，所述cdna分子包含编码人fscn2多肽的核苷酸序列，其中改变特异性引物或改变特异性探针与以下杂交：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互
氨基腺嘌呤-9-基)的天然和合成修饰。修饰的碱基包括但不限于5-甲基胞嘧啶(5-me-c)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其他烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其他烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫代、8-硫代烷基、8-羟基和其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代(诸如例如，5-溴)、5-三氟甲基和其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。
157.核苷酸类似物还可包括糖部分的修饰。对糖部分的修饰包括但不限于核糖和脱氧核糖的天然修饰以及合成修饰。糖修饰包括但不限于在2’位置处的以下修饰：oh；f；o-、s-或n-烷基；o-、s-或n-烯基；o-、s-或n-炔基；或o-烷基-o-烷基，其中烷基、烯基和炔基可以是取代或未取代的c
1-10
烷基或c
2-10
烯基和c
2-10
炔基。示例性的2'糖修饰还包括但不限于-o[(ch2)no]mch3、-o(ch2)noch3、-o(ch2)nnh2、-o(ch2)nch3、-o(ch2)
n-onh2和-o(ch2)non[(ch2)nch3)]2，其中n和m是1至约10。2’位置处的其他修饰包括但不限于c
1-10
烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、o-烷芳基或o-芳烷基、sh、sc h3、ocn、cl、br、cn、cf3、ocf3、soch3、so2ch3、ono2、no2、n3、nh2、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、rna切割基团、报告基团、嵌入剂、用于改善寡核苷酸的药代动力学特性的基团或用于改善寡核苷酸的药效动力学特性的基团，以及具有类似特性的其他取代基。还可在糖上的其他位置上做出类似的修饰，具体地在3'末端核苷酸上或在2'-5'连接的寡核苷酸中的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。修饰的糖还可包括在桥环氧处含有修饰的糖，诸如ch2和s。核苷酸糖类似物还可具有糖模拟物，诸如环丁基部分代替呋喃戊糖。
[0158]
核苷酸类似物还可在磷酸酯部分处进行修饰。修饰的磷酸酯部分包括但不限于那些可被修饰以使两个核苷酸之间的键联含有以下的部分：硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、甲基和其他烷基膦酸酯(包括3'-亚烷基膦酸酯和手性膦酸酯、亚膦酸酯)、磷酰胺(包括3'-氨基磷酰胺和氨基烷基磷酰胺、硫代磷酰胺)、硫代烷基膦酸酯、硫代烷基磷酸三酯和硼代磷酸盐。两个核苷酸之间的这些磷酸酯或修饰的磷酸酯键联可通过3'-5'键联或2'-5'键联，并且所述键联可含有反转的极性诸如3'-5'至5'-3'或2'-5'至5'-2'。还包括各种盐、混合盐以及游离酸形式。核苷酸替代物还包括肽核酸(pna)。
[0159]
本公开还提供了包含本文公开的核酸分子中的任一种或多种的载体。在一些实施方案中，载体包含本文公开的核酸分子中的任一种或多种和异源核酸。载体可以是能够转运核酸分子的病毒或非病毒载体。在一些实施方案中，载体是质粒或粘粒(诸如例如，可将额外的dna区段连接到其中的环状双链dna)。在一些实施方案中，载体是病毒载体，其中额外的dna区段可连接到病毒基因组中。表达载体包括但不限于质粒、粘粒、逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒(aav)、植物病毒(诸如花椰菜花叶病毒和烟草花叶病毒)、酵母人工染色体(yac)、爱泼斯坦-巴尔(ebv)衍生的附加体以及本领域已知的其他表达载体。
[0160]
用于哺乳动物宿主细胞表达的所需调控序列可包括例如指导哺乳动物细胞中的高水平多肽表达的病毒元件，诸如源自逆转录病毒ltr、巨细胞病毒(cmv)(诸如例如，cmv启动子/增强子)、猿猴病毒40(sv40)(诸如例如，sv40启动子/增强子)、腺病毒(诸如例如，腺
病毒主要晚期启动子(admlp))的启动子和/或增强子、多瘤病毒和哺乳动物强启动子(诸如天然免疫球蛋白和肌动蛋白启动子)。在细菌细胞或真菌细胞(诸如例如，酵母细胞)中表达多肽的方法也是众所周知的。启动子可以是例如组成型活性启动子、条件启动子、诱导型启动子、时间受限型启动子(诸如例如，发育调控型启动子)或空间受限型启动子(诸如例如，细胞特异性或组织特异性启动子)。
[0161]
核酸分子内的核苷酸序列或多肽内的氨基酸序列的特定伸长段之间的同一性百分比(或互补性百分比)可使用blast程序(基本局部比对搜索工具)和powerblast程序(altschul等人,j.mol.biol.,1990,215,403-410；zhang和madden,genome res.,1997,7,649-656)或通过使用使用smith和waterman的算法(adv.appl.math.,1981,2,482-489)的gap程序(wisconsin序列分析包,用于unix的版本8,genetics computer group,university research park,madison wis.)使用默认设置来确定。在本文中，如果对序列同一性百分比进行参考，则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
[0162]
本公开还提供了包含本文公开的分离的核酸分子、基因组核酸分子、mrna分子和/或cdna分子中的任一种或多种的组合物。在一些实施方案中，组合物是药物组合物。在一些实施方案中，组合物包含载剂和/或赋形剂。载剂的实例包括但不限于聚(乳酸)(pla)微球、聚(d,l-乳酸-共乙醇酸)(plga)微球、脂质体、胶束、反胶束、脂质螺旋物和脂质微管。载剂可包括缓冲盐溶液，诸如pbs、hbss等。
[0163]
如本文所用，当在对特定核苷酸或核苷酸序列或位置的编号的语境中使用时，短语“对应于”或其语法变型是指当将特定核苷酸或核苷酸序列与参考序列进行比较时对指定参考序列的编号(诸如，例如seq id no:1、seq id no:3或seq id no:9)。换句话讲，特定聚合物的残基(诸如例如，核苷酸或氨基酸)编号或残基(诸如例如，核苷酸或氨基酸)位置相对于参考序列来指定，而非通过残基在特定核苷酸或核苷酸序列内的实际数值位置来指定。例如，特定核苷酸序列可通过引入缺口以优化两个序列之间的残基匹配来与参考序列对齐。在这些情况下，虽然存在缺口，但是对特定核苷酸或核苷酸序列中的残基的编号是相对于与它所对齐的参考序列来进行的。
[0164]
例如，包含编码人fscn2多肽的核苷酸序列的核酸分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶意味着如果将fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列与seq id no:2的序列对齐，则fscn2序列具有在对应于seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶残基。这同样适用于包含编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶，以及包含编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶。换言之，这些短语是指编码fscn2多肽的核酸分子，其中所述基因组核酸分子具有包含与seq id no:2的第548位处的胸腺嘧啶残基同源的胸腺嘧啶残基的核苷酸序列(或其中所述mrna分子具有包含与seq id no:6的第548位处的尿嘧啶残基同源的尿嘧啶残基的核苷酸序列，或其中所述cdna分子具有包含与seq id no:12的第548位处的胸腺嘧啶残基同源的胸腺嘧啶残基的核苷酸序列)。在本文中，提及基因组核酸分子时，此序列也被称为“具有h138y“long”改变的fscn2序列”或“具有h138y“long”变异的fscn2序列”(或提及mrna分子时为“具有c548u改变的fscn2序列”或“具
有c548u变异的fscn2序列”，以及提及cdna分子时为“具有c548t改变的fscn2序列”或“具有c548t变异的fscn2序列”)。
[0165]
如本文所述，fscn2基因组核酸分子内对应于根据seq id no:2的第548位的位置，例如，可通过在特定fscn2核酸分子的核苷酸序列和seq id no:2的核苷酸序列之间进行序列比对来鉴定。存在多种计算算法可用于进行序列比对以鉴定对应于例如seq id no:2中的第548位的核苷酸位置。例如，通过使用ncbi blast算法(altschul等人,nucleic acids res.,1997,25,3389-3402)或clustalw软件(sievers和higgins,methods mol.biol.,2014,1079,105-116)，可进行序列比对。然而，序列还可手动地进行比对。
[0166]
fscn2参考多肽的氨基酸序列列示于seq id no:15中。参考seq id no:15，fscn2参考多肽的长度是492个氨基酸。参考seq id no:15，第138位是组氨酸。
[0167]
另一种fscn2参考多肽的氨基酸序列列示于seq id no:16中。参考seq id no:16，fscn2参考多肽的长度是516个氨基酸。参考seq id no:16，第138位是组氨酸。
[0168]
存在fscn2变体多肽(h138y short或his138tyr)，其氨基酸序列列示于seq id no:17中。参考seq id no:17，fscn2变体多肽的长度是492个氨基酸。参考seq id no:17，第138位是酪氨酸。
[0169]
存在另一种fscn2变体多肽(h138y long或his138tyr long)，其氨基酸序列列示于seq id no:18中。参考seq id no:18，fscn2变体多肽的长度是516个氨基酸。参考seq id no:18，第138位是酪氨酸。
[0170]
所附序列表中列出的核苷酸序列和氨基酸序列是使用核苷酸碱基的标准字母缩写和氨基酸的三字母代码示出的。所述核苷酸序列遵循从序列的5'末端开始并且前进(即在每一行中从左到右)到3'末端的标准惯例。仅示出了每一个核苷酸序列的一条链，但应理解的是，互补链是通过对所展示链的任何参考而被包括在内的。所述氨基酸序列遵循从序列的氨基末端开始并且前进(即在每一行中从左到右)到羧基末端的标准惯例。
[0171]
本公开还提供了治疗或抑制听力损失的治疗剂，其用于治疗受试者的听力损失(或用于制备用于治疗听力损失的药物)，其中所述受试者具有本文所述的编码人fscn2变体多肽的变体基因组核酸分子、mrna分子和/或cdna分子中的任一种。治疗或抑制听力损失的治疗剂可以是本文所述的治疗或抑制听力损失的治疗剂中的任一种。
[0172]
在一些实施方案中，受试者包含：具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶，或其互补物；或包含在对应于根据seq id no:17的第138位的位置处的酪氨酸的fscn2多肽。
[0173]
在一些实施方案中，受试者包含：具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或包含在对应于根据seq id no:18的第138位的位置处的酪氨酸的fscn2多肽。
[0174]
在一些实施方案中，受试者包含：具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物，或具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0175]
在一些实施方案中，受试者包含：具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物，或具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0176]
呈现以下代表性实施方案：
[0177]
实施方案1.一种鉴定发展出听力损失的风险增加的受试者的方法，其中所述方法包括：确定或已经确定在从所述受试者获得的生物样品中存在或不存在编码人fascin-2(fscn2)多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子；其中：当所述受试者是fscn2参考时，则所述受试者发展出听力损失的风险不增加；并且当所述受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合的或者对于fscn2预测功能丧失变体是纯合的时，则所述受试者发展出听力损失的风险增加。
[0178]
实施方案2.根据实施方案1所述的方法，其中所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子是编码fscn2 h138y多肽的核酸分子。
[0179]
实施方案3.根据实施方案1所述的方法，其中所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子是编码fscn2 h138y long或fscn2 h138yshort的核酸分子。
[0180]
实施方案4.根据实施方案2所述的方法，其中所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子是：具有以下的核苷酸序列的基因组核酸分子，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶；具有以下的核苷酸序列的mrna分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶；或由mrna分子产生的cdna分子，其中所述cdna分子具有包含以下的核苷酸序列：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。
[0181]
实施方案5.根据实施方案1至4中任一项所述的方法，其中所述确定步骤在体外进行。
[0182]
实施方案6.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括对所述生物样品中的所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于根据seq id no:2的第548位的位置或其互补物；其中当所述生物样品中所述fscn2基因组核酸分子的所述测序部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述fscn2基因组核酸分子是fscn2预测功能丧失变体基因组核酸分子。
[0183]
实施方案7.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括对所述生物样品中的所述fscn2 mrna分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序
部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:6的第548位或其互补物；根据seq id no:7的第469位或其互补物；根据seq id no:8的第553位或其互补物；或根据seq id no:20的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中所述fscn2 mrna分子的所述测序部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶时，则所述生物样品中的所述fscn2 mrna分子是fscn2预测功能丧失变体mrna分子。
[0184]
实施方案8.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括对所述fscn2 cdna分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:12的第548位或其互补物；根据seq id no:13的第469位或其互补物；根据seq id no:14的第553位或其互补物；或根据seq id no:22的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中的所述fscn2cdna分子的所述测序部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述fscn2 cdna分子是fscn2预测功能丧失变体cdna分子。
[0185]
实施方案9.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据seq id no:2的第548位的位置；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的对应于根据seq id no:2的第548位的位置；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶。
[0186]
实施方案10.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2 mrna分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶。
[0187]
实施方案11.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述fscn2 cdna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:12的第548位、根据seq id no:13的第469位、根据seq id no:14的第553位或根据seq id no:22的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2 cdna分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据seq id no:12的第548位、根据seq id no:13的第469位、根据seq id no:14的第553位或根据seq id no:22的第567位；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据
seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。
[0188]
实施方案12.根据实施方案6至11中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括对所述整个核酸分子进行测序。
[0189]
实施方案13.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)对编码所述人fscn2多肽的所述核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0190]
实施方案14.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)对编码所述人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0191]
实施方案15.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：a)对编码所述人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0192]
实施方案16.根据实施方案15所述的方法，其中所述样品中的所述核酸分子是mrna，并且在所述扩增步骤之前将所述mrna逆转录成cdna。
[0193]
实施方案17.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括：将所述生物样品中的所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变
特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0194]
实施方案18.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括：将所述生物样品中的所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0195]
实施方案19.根据实施方案1至5中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括：将所述生物样品中的所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0196]
实施方案20.根据实施方案1至19中任一项所述的方法，其中所述受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的，并且向所述受试者进一步施用治疗或抑制听力损失的治疗剂。
[0197]
实施方案21.一种用治疗或抑制听力损失的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者罹患听力损失，所述方法包括以下步骤：通过如下方式确定所述受试者是否具有编码人fascin-2(fscn2)多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子：获得或已经获得来自所述受试者的生物样品；以及对所述生物样品进行或已经进行序列分析以确定所述受试者是否具有包含所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子的基因型；以及当所述受试者是fscn2参考时，则以标准剂量量向所述受试者施用或继续施用所述治疗或抑制听力损失的治疗剂；以及当所述受试者对于fscn2预测功能丧失变体是杂合或纯合的时，则以等于或大于标准剂量量的量向所述受试者施用或继续施用所述治疗或抑制听力损失的治疗剂；其中具有编码所述人fscn2多肽的fscn2预测功能丧失变体核酸分子的基因型的存在指示所述受试者发展出听力损失的风险增加。
[0198]
实施方案22.根据实施方案21所述的方法，其中所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子是编码fscn2 h138y多肽的核酸分子。
[0199]
实施方案23.根据实施方案21所述的方法，其中所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子是编码fscn2 h138y long或fscn2h138y short的核酸分子。
[0200]
实施方案24.根据实施方案22所述的方法，其中所述fscn2预测功能丧失变体核酸分子是：具有以下的核苷酸序列的基因组核酸分子，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶；具有以下的核苷酸序列的mrna分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧
啶或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶；或由mrna分子产生的cdna分子，其中所述cdna分子具有包含以下的核苷酸序列：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的胸腺嘧啶。
[0201]
实施方案25.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于根据seq id no:2的第548位的位置或其互补物；其中当所述生物样品中所述fscn2基因组核酸分子的所述测序部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述fscn2基因组核酸分子是fscn2预测功能丧失变体基因组核酸分子。
[0202]
实施方案26.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述fscn2 mrna分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:6的第548位或其互补物；根据seq id no:7的第469位或其互补物；根据seq id no:8的第553位或其互补物；或根据seq id no:20的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中所述fscn2 mrna分子的所述测序部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶时，则所述生物样品中的所述fscn2 mrna分子是fscn2预测功能丧失mrna分子。
[0203]
实施方案27.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述fscn2 cdna分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于以下的位置：根据seq id no:12的第548位或其互补物；根据seq id no:13的第469位或其互补物；根据seq id no:14的第553位或其互补物；或根据seq id no:22的第567位或其互补物；其中当所述生物样品中的所述fscn2 cdna分子的所述测序部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶时，则所述生物样品中的所述fscn2 cdna分子是fscn2预测功能丧失变体cdna分子。
[0204]
实施方案28.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据seq id no:2的第548位的位置；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的对应于根据seq id no:2的第548位的位置；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶。
[0205]
实施方案29.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：a)将所述生物样品与引物接触，所述引物与所述fscn2 mrna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所
no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0211]
实施方案35.根据实施方案34所述的方法，其中所述样品中的所述核酸分子是mrna，并且在所述扩增步骤之前将所述mrna逆转录成cdna。
[0212]
实施方案36.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：将所述生物样品中的所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0213]
实施方案37.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：将所述生物样品中的所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0214]
实施方案38.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：将所述生物样品中的所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0215]
实施方案39.根据实施方案21至38中任一项所述的方法，其中所述核酸分子存在于从所述受试者获得的细胞内。
[0216]
实施方案40.一种检测受试者中人fascin-2(fscn2)变体核酸分子的方法，所述方法包括测定从所述受试者获得的样品以确定所述样品中的核酸分子是否是：包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子，所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；包含以下的核苷酸序列的mrna分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或
其互补物；或包含以下的核苷酸序列的cdna分子，所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0217]
实施方案41.根据实施方案40所述的方法，其中所述方法是体外方法。
[0218]
实施方案42.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括对所述核酸分子的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0219]
实施方案43.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括对所述核酸分子的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物。
[0220]
实施方案44.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括对所述核酸分子的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0221]
实施方案45.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：a)将所述样品与引物接触，所述引物与所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据seq id no:2的第548位的位置；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2基因组核酸分子的核苷酸序列的对应于根据seq id no:2的第548位的位置；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶。
[0222]
实施方案46.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：a)将所述样品与引物接触，所述引物与所述fscn2mrna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2 mrna分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据seq id no:6的第548位、根据seq id no:7的第469位、根据seq id no:8的第553位或根据seq id no:20的第567位；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶、在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶。
[0223]
实施方案47.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：a)将所述样品与引物接触，所述引物与所述fscn2cdna分子的核苷酸序列中接近对应于以下的位置的一部分杂交：根据seq id no:12的第548位、根据seq id no:13的第469位、根据seq id no:14的第553位或根据seq id no:22的第567位；b)将所述引物至少延伸通过所述fscn2 cdna分子的核苷酸序列中对应于以下的位置：根据seq id no:12的第548位、根据
seq id no:13的第469位、根据seq id no:14的第553位或根据seq id no:22的第567位；以及c)确定所述引物的延伸产物是否包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶。
[0224]
实施方案48.根据实施方案42至47中任一项所述的方法，其中所述测定包括对所述整个核酸分子进行测序。
[0225]
实施方案49.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：a)对编码所述人fscn2多肽的所述核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0226]
实施方案50.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：a)对编码所述人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0227]
实施方案51.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：a)对编码所述人fscn2多肽的核酸分子的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；c)将所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及d)检测所述可检测标记。
[0228]
实施方案52.根据实施方案51所述的方法，其中所述样品中的所述核酸分子是
mrna，并且在所述扩增步骤之前将所述mrna逆转录成cdna。
[0229]
实施方案53.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：将所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0230]
实施方案54.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：将所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0231]
实施方案55.根据实施方案40或实施方案41所述的方法，其中所述测定包括：将所述核酸分子与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；以及检测所述可检测标记。
[0232]
实施方案56.根据实施方案40至55中任一项所述的方法，其中所述核酸分子存在于从所述受试者获得的细胞内。
[0233]
实施方案57.一种检测人fascin-2(fscn2)变体多肽的存在的方法，所述方法包括对从受试者获得的样品进行测定以确定所述样品中的fscn2蛋白是否包含在对应于根据seq id no:17的第138位的位置处的酪氨酸，或在对应于根据seq id no:18的第138位的位置处的酪氨酸。
[0234]
实施方案58.根据实施方案57所述的方法，其中所述测定包括对所述多肽进行测序。
[0235]
实施方案59.根据实施方案57所述的方法，其中所述测定是免疫测定。
[0236]
实施方案60.一种治疗或抑制听力损失的治疗剂，其用于治疗具有以下的受试者的听力损失：具有编码人fascin-2(fscn2)多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据seq id no:2的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的mrna分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:6的第548位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:7的第469位的位置处的尿嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:8的第553位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:20的第567位的位置处的尿嘧啶或其互补物；或具有编码人fscn2多肽的核苷酸序列的cdna分子，其中所述核苷酸序列包含：在对应于根据seq id no:12的第548位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:13的第469位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物；在对应于根据seq id no:14的第553位的位置处
的胸腺嘧啶或其互补物；或在对应于根据seq id no:22的第567位的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
[0237]
以上或以下所引用的所有专利文献、网站、其他出版物、登录号等均出于所有目的以引用的方式整体并入，其程度犹如每个单独项目均具体地且单独地被指示为以引用的方式如此并入一样。如果序列的不同版本与不同时间的登录号相关，则意指与在本技术的有效申请日时的登录号相关的版本。如果适用的话，提及登录号时，有效申请日意指实际申请日或优先权申请的申请日中较早者。同样，如果出版物、网站等的不同版本在不同的时间公布，那么除非另外指示，否则意指在本技术的有效申请日时最新公布的版本。本公开的任何特征、步骤、元件、实施方案或方面可与任何其他特征、步骤、元件、实施方案或方面结合使用，除非另有明确指示。尽管出于清楚和理解的目的已通过说明和实例详细描述本公开，但将显而易见的是，可在所附权利要求的范围内进行某些变化和修改。
[0238]
提供以下实施例来更详细地描述实施方案。它们意图说明但不限制所要求保护的实施方案。以下实施例向本领域普通技术人员提供本文所述的化合物、组合物、制品、装置和/或方法如何制备和评价的公开和描述，并且意图仅仅是示例性地且不意图限制任何权利要求的范围。已经做出努力以确保关于数字(诸如例如，量、温度等)的准确性，但可能会考虑一些误差和偏差。除非另外指示，否则份数是重量份，温度以℃计或处于环境温度，并且压力处于或接近大气压。
[0239]
实施例
[0240]
实施例1：fscn2错义变体与听力损失相关
[0241]
在uk biobank和其他数据集中对听力损失风险进行了全基因组和全外显子组分析。fscn2中的错义变体在uk biobank中与听力损失风险增加相关(or＝1.29,p＝2.2e-14)(参见图1)。在基因负荷测试中也观察到听力损失与fscn2中的预测功能丧失和罕见(次要等位基因频率低于1％)错义变体的集合之间的关联，表明fscn2中的几个变体可能会增加携带者听力损失的风险(参见图2)。图2中包含的变体包括：变体17:81528943:c:t(hgvsc＝c.412c》t:c.412c》t；hgvsp＝p.his138tyr:p.his138tyr)、变体17:81528544:g:a(hgvsc＝c.13g》a:c.13g》a；hgvsp＝p.gly5ser:p.gly5ser)、变体17:81529127:g:a(hgvsc＝c.596g》a:c.596g》a；hgvsp＝p.arg199his:p.arg199his)、变体17:81536262:t:c(hgvsc＝c.1100t》c:c.1100t》c；hgvsp＝p.phe367ser:p.phe367ser)、变体17:81529204:g:a(hgvsc＝c.673g》a:c.673g》a；hgvsp＝p.asp225asn:p.asp225asn)、变体17:81529336:c:t(hgvsc＝c.805c》t:c.805c》t；hgvsp＝p.arg269cys:p.arg269cys)、变体17:81528998:c:t(hgvsc＝c.467c》t:c.467c》t；hgvsp＝p.pro156leu:p.pro156leu)、变体17:81529190:c:a(hgvsc＝c.659c》a:c.659c》a；hgvsp＝p.ala220asp:p.ala220asp)、变体17:81529083:c:g(hgvsc＝c.552c》g:c.552c》g；hgvsp＝p.tyr184*:p.tyr184*)、变体17:81529342:g:a(hgvsc＝c.811g》a:c.811g》a；hgvsp＝p.val271ile:p.val271ile)、变体17:81536966:g:c(hgvsc＝c.1365g》c:c.1437g》c；hgvsp＝p.glu455asp:p.glu479asp)和变体17:81528599:a:g(hgvsc＝c.68a》g:c.68a》g；hgvsp＝p.tyr23cys:p.tyr23cys)。
[0242]
除了本文所述的修改之外，所描述主题的各种修改对于本领域技术人员来说将从前述描述中显而易见。此类修改也意图落在所附权利要求的范围内。本技术中引用的每篇参考文献(包括但不限于期刊文章、美国和非美国专利、专利申请公布、国际专利申请公布、
基因库登录号等)均以其整体和出于所有目的以引用的方式并入本文。