包含细菌物种的组合物及其相关方法与流程

包含细菌物种的组合物及其相关方法
相关申请的交叉引用
1.本技术要求于2019年11月22日提交的美国临时专利申请序列号62/939,120 的权益和优先权，其全部内容通过引用并入本文。序列表
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背景技术：

3.胃肠道(gi)以及其他器官系统是一种包含许多不同生物体的群落的复杂的生物系统，生物体包括各种细菌菌株。数百种不同的物种可以在健康人的胃肠道和其他器官中形成共生群落。此外，肠道中存在的微生物不仅在消化健康中起关键作用，而且还影响免疫系统。生物系统(例如胃肠道)中的紊乱或失衡可能包括肠道中细菌的类型和数量的变化，其可导致不健康状态和/或疾病的发展或可能是不健康状态和/或疾病的指示。


技术实现要素：

4.本公开一般涉及细菌菌株、细菌菌株混合物和组合物，例如包含anaerostipes 的菌株。所公开的细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物可用于治疗胃肠道病症和/或炎性病症，包括例如生态失调和/或免疫介导的炎性病症(例如炎性皮肤病症)。示例性炎性皮肤病症包括但不限于与细胞增殖相关的病症，例如银屑病、湿疹、皮炎(例如，湿疹性皮炎、局部和脂溢性皮炎、过敏性或刺激性接触性皮炎、裂纹样湿疹、光过敏性皮炎、光毒性皮炎、植物日光性皮炎、放射性皮炎和淤滞性皮炎)和痤疮。
5.在一个方面，本文提供了一种组合物，例如药物组合物，其包含anaerostipes 的细菌菌株。在一些实施方案中，该细菌菌株包含与seq id no:1的多核苷酸序列具有至少约97％序列同一性的16s rrna基因序列。在一个具体实施方案中，该 anaerostipes细菌菌株是物种anaerostipes rhamnosivorans的菌株。在一些实施方案中，所述组合物还包含赋形剂、稀释剂和/或载体(vehicle)。在一些实施方式中，所述组合物中的细菌菌株是冻干的、升华干燥的或喷雾干燥的。
6.在一些实施方案中，所述组合物能够增加人细胞例如巨噬细胞(例如thp-1 巨噬细胞)、单核细胞、外周血单核细胞(pbmc)或单核细胞衍生的树突细胞中至少一种抗炎基因产物(例如il-10和/或ccl-18)的产生。例如，在一些实施方案中，当人细胞与所述组合物接触时，所述组合物增加人细胞(例如巨噬细胞(例如thp-1巨噬细胞)、单核细胞、外周血单核细胞(pbmc)或单核细胞衍生的树突细胞)中至少一种抗炎基因产物(例如il-10和/或ccl-18)的产生。在一些实施方案中，所述组合物能够减少或防止破坏或能够增加用tnf-α处理的人细胞(例如上皮细胞)单层(例如ht29mtx-e12细胞单层)的屏障完整性。例如，在一些实施方案中，当人细胞单层与所述组合物接触时，所述组合物减少或防止破坏或增加用tnf-α
处理的人细胞(例如上皮细胞)单层(例如ht29mtx-e12细胞单层)的屏障完整性。
7.在一些实施方案中，所述组合物包含anaerostipes的细菌菌株，所述细菌菌株包含与seq id no:1的多核苷酸序列具有至少约98％序列同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与seq id no:1的多核苷酸序列具有至少约98.5％、至少约99％或至少约99.5％序列同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含seq id no:1的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株与以保藏号dsm 33275保藏的菌株anaerostipes sp.p127-b2a共有至少70％的dna-dna杂交。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与seq id no:2至seq id no:52中的任一个具有至少约70％同一性的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与以保藏号dsm 33275保藏的菌株anaerostipes sp.p127-b2a的基因组具有至少 95％平均核苷酸同一性(ani)的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与以保藏号dsm 33275保藏的菌株anaerostipes sp.p127-b2a的基因组具有至少96.5％平均核苷酸同一性(ani)和至少60％比对分数(af)的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株是以保藏号dsm 33275保藏的anaerostipessp.p127-b2a。
8.在一些实施方案中，所述组合物的anaerostipes细菌菌株是有活力的。在一些实施方案中，所述细菌菌株能够至少部分地定植于人类受试者的肠道。
9.在一些实施方案中，所述组合物适合于口服递送至受试者。在一些实施方案中，将所述组合物配制成肠溶制剂。在一些实施方案中，所述肠溶制剂被配制为胶囊、片剂、囊片、丸剂、含片、锭剂、粉末或颗粒。在一些实施方案中，将所述组合物配制成栓剂、混悬剂、乳剂或凝胶。在一些实施方式中，所述组合物包含至少1x10
3 cfu的细菌菌株。
10.在一些实施方案中，所述组合物包含治疗有效量的细菌菌株，所述治疗有效量的细菌菌株在给予有需要的受试者时足以预防或治疗病症。在一些实施方案中，所述病症选自炎性病症、胃肠道病症、炎性肠病、癌症、非酒精性脂肪肝病(nafld)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、代谢综合征、胰岛素缺乏、胰岛素抵抗相关病症、胰岛素敏感性、葡萄糖耐受不良、前驱糖尿病、糖尿病、高体重指数(bmi)、过度肥胖、肥胖、超重、心血管疾病、动脉粥样硬化、高脂血症、高血糖症、脂质代谢异常和高血压。在一些实施方案中，所述胃肠道病症选自溃疡性结肠炎、克罗恩病(crohn’s disease) 和肠易激综合征。在一些实施方案中，所述炎性病症是炎性皮肤病症，例如选自由以下组成的组中的炎性皮肤病症：银屑病、湿疹、皮炎(例如，湿疹性皮炎、局部和脂溢性皮炎、过敏性或刺激性接触性皮炎、裂纹样湿疹、光过敏性皮炎、光毒性皮炎、植物日光性皮炎、放射性皮炎和淤滞性皮炎)和痤疮。
11.在一些实施方案中，所述组合物包含选自由填充剂、粘合剂、崩解剂及其任意组合组成的组的赋形剂。在一些实施方案中，赋形剂选自由纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、二氧化硅、硬脂富马酸或其药学上可接受的盐及其任意组合组成的组。在一些实施方案中，组合物还包含冷冻保护剂。在一些实施方案中，冷冻保护剂选自由低聚果糖、海藻糖及其组合组成的组。在一些实施方案中，低聚果糖是(源自菊粉的低聚果糖)。在一些实施方案中，所述组合物适合于推注施用(bolus administration) 或推注释放。在一些实施方案中，所述组合物包含anaerostipes细菌菌株和至少一种或多种其他细菌菌株。
12.另一方面，本文提供了anaerostipes的细菌菌株(例如分离的细菌菌株)，其中，所
述细菌菌株包含与seq id no:1的多核苷酸序列具有至少约98％序列同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株能够增加人细胞(例如巨噬细胞(例如thp-1巨噬细胞))、单核细胞、外周血单核细胞(pbmc) 或单核细胞衍生的树突细胞中至少一种抗炎基因产物(例如il-10和/或ccl-18)的产生。例如，在一些实施方案中，当人细胞与anaerostipes细菌菌株接触时，anaerostipes 细菌菌株增加人细胞(例如巨噬细胞(例如thp-1巨噬细胞))、单核细胞、外周血单核细胞(pbmc)或单核细胞来源的树突细胞中至少一种抗炎基因产物(例如il-10 和/或ccl-18)的产生。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株能够减少或防止破坏或者能够增加用tnf-α处理的人细胞(例如上皮细胞)单层(例如ht29mtx
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e12细胞单层)的屏障完整性。例如，在一些实施方案中，当人细胞单层与所述 anaerostipes细菌菌株接触时，所述anaerostipes细菌菌株减少或防止破坏或增加了用 tnf-α处理的人细胞(例如上皮细胞)单层(例如ht29mtx-e12细胞单层)的屏障完整性。
13.在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与seq id no:1的多核苷酸序列具有至少约98.5％、至少约99％或至少约99.5％序列同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含seq id no:1的16s rrna 基因序列。在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株与以保藏号dsm 33275保藏的菌株anaerostipes sp.p127-b2a共有至少70％的dna-dna杂交。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与seq id no:2至seq id no:52中的任一个具有至少约70％同一性的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与以保藏号dsm 33275保藏的菌株anaerostipes sp.p127-b2a的基因组具有至少95％平均核苷酸同一性(ani)的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes细菌菌株包含与以保藏号dsm 33275保藏的菌株anaerostipes sp.p127-b2a的基因组具有至少 96.5％平均核苷酸同一性(ani)和至少60％比对分数(af)的基因组。在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株是以保藏号dsm 33275保藏的anaerostipes sp.p127-b2a。在一些实施方案中，细菌菌株能够至少部分地定植于人类受试者的肠道。
14.在另一个方面，本文提供了包含本文所述的anaerostipes细菌菌株的食物产品或者包含本文所述的anaerostipes细菌菌株的组合物。
15.在另一个方面，本文提供了预防或治疗有需要的受试者的病症的方法，所述病症例如是炎性病症、胃肠道病症、炎性肠病、癌症、非酒精性脂肪肝病(nafld)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、代谢综合征、胰岛素缺乏、胰岛素抵抗相关病症、胰岛素敏感性、葡萄糖耐受不良、前驱糖尿病、糖尿病、高体重指数(bmi)、过度肥胖、肥胖、超重、心血管疾病、动脉粥样硬化、高脂血症、高血糖症、脂质代谢异常和高血压。所述方法包括：向受试者施用本文所述的anaerostipes细菌菌株或者包含本文所述的anaerostipes细菌菌株的组合物(例如，治疗有效量的本文所述的anaerostipes细菌菌株或者包含本文所述的anaerostipes细菌菌株的组合物)。在一些实施方案中，胃肠道病症是溃疡性结肠炎、克罗恩病或肠易激综合征。在一些实施方案中，炎性病症是炎性皮肤病症，例如，选自由银屑病、湿疹、皮炎(例如，湿疹性皮炎、局部和脂溢性皮炎、过敏性或刺激性接触性皮炎、裂纹样湿疹、光过敏性皮炎、光毒性皮炎、植物日光性皮炎、放射性皮炎和淤滞性皮炎)和痤疮组成的组的炎性皮肤病症。本文还提供一种治疗有需要的受试者的生态失调的方法，所述方法包括：向受试者施用本文
所述的anaerostipes细菌菌株或者包含本文所述的anaerostipes细菌菌株的组合物(例如，治疗有效量的本文所述的anaerostipes细菌菌株或者包含本文所述的anaerostipes 细菌菌株的组合物)。本文还提供了一种改变受试者的肠道微生物组的方法，所述方法包括：向受试者施用本文所述的anaerostipes细菌菌株或者包含本文所述的 anaerostipes细菌菌株的组合物(例如治疗有效量的本文所述的anaerostipes细菌菌株或者包含本文所述的anaerostipes细菌菌株的组合物)。在本文提供的方法的一些实施方案中，所述方法还包括：向受试者施用益生元。在一些实施方案中，受试者选自由人类、同伴动物或家畜动物组成的组。
附图说明
16.参考以下附图可以更全面地理解本公开。
17.图1描绘了基于anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a的最近邻的成对比较的距离树。
18.图2描绘了：(a)anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a细菌细胞的光学显微照片；和(b)anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a细菌细胞的扫描电子显微照片 (9.48k
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放大倍数)。
19.图3描绘了培养72小时的anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a的短链脂肪酸(scfa)产生概况。通过hplc(abpdu berkeley ca)分析分批培养上清液中的丁酸、丙酸和乙酸的水平。未接种的ycfac培养基用作阴性对照。
20.图4描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对ht29-mtx-e12屏障完整性的影响。针对10％v/v的新鲜培养的anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a(2 个剂量)和没有保护作用的不相关细菌菌株阴性对照，绘制在基础室添加tnf-α后0 小时和24小时之间的teer的％变化(欧姆
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cm2)。将pbs对照设定为基线。以6次重复评估每个测试物，并且结果代表至少两个独立实验。*p值≤0.05学生t检验。
21.图5描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人thp-1巨噬细胞中的 (a)ccl-18和(b)il-10的产生的影响。将thp-1巨噬细胞仅与pbs或与anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a菌株(3个剂量)共培养，收集上清液并测定指定细胞因子的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。p值为≤0.05(单因素anova)。
22.图6描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人thp-1巨噬细胞中的 (a)tnf-α、(b)il-1β和(c)il-12p40的产生的影响。将thp-1巨噬细胞仅与pbs 或与anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a菌株(3个剂量)共培养，收集上清液并测定指定细胞因子的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。p值为≤0.05(单因素anova)。
23.图7描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人外周血单核细胞 (pbmc)中的(a)tnf-α、(b)il-1β、(c)trail和(d)ifn-γ产生的影响。 pbmc仅与pbs或与anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a菌株(2个剂量)共培养，收集上清液并测定指定细胞因子的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。p值为≤0.05(单因素anova)。
24.图8描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人pbmc中的(a)il
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17a，(b)il-6、(c)il-2和(d)il-10的产生的影响。pbmc仅与pbs或与anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a菌株(2个剂量)共培养，收集上清液并测定指定细胞因子的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。p值为≤0.05(单因素anova)。
25.图9描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人单核细胞衍生的树突细胞(modc)中的(a)tnf-α、(b)il-1β、(c)trail和(d)ifn-β的产生的影响。将modc仅与pbs或与anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a菌株(2个剂量) 共培养，收集上清液并测定指定细胞因子的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。p值为≤0.05(单因素anova)。
26.图10描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人modc中的(a) il-12p70、(b)il-6、(c)il-23和(d)il-27的产生的影响。将modc仅与pbs或与anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a菌株(2个剂量)共培养，收集上清液并测定指定细胞因子的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。 p值为≤0.05(单因素anova)。
27.图11描绘了anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a对人modc中的il-10产生的影响。将modc仅与pbs或与anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a菌株(2个剂量)共培养，收集上清液并测定il-10的产生。每个测试物以4次重复进行评估，结果代表至少两次独立实验。p值为≤0.05(单因素anova)。
28.图12描绘了在咪喹莫特(imq)诱导的银屑病样皮肤炎症小鼠模型中， anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a的口服给药对背部皮肤厚度的影响。*p值《0.05， **p值《0.01，***p值《0.005，****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有fisher lsd事后检验)。
29.图13描绘了在噁唑酮诱导的特应性皮炎小鼠模型中，anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a的口服给药对皮肤发红(红斑)的影响。*p值《0.05，**p值 《0.01，***p值《0.005，****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有fisherlsd事后检验)。
30.图14描绘了在噁唑酮诱导的特应性皮炎小鼠模型中，anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a的口服给药对背部皮肤脱屑的影响。*p值《0.05，**p值《0.01， ***p值《0.005，****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有fisher lsd 事后检验)。
31.图15描绘了在咪喹莫特(imq)诱导的银屑病样皮肤炎症小鼠模型中， anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a(ar)的口服给药对(a)背部皮肤厚度和(b) 总银屑病面积和严重程度指数(pasi)评分的影响。*p值《0.05，**p值《0.01，***p值 《0.005，****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有fisher lsd事后检验)。
32.图16描绘了在咪喹莫特(imq)诱导的银屑病样皮肤炎症小鼠模型中， anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a(ar)的口服给药对(a)il-17a、(b)tnf
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α、(c)il-1β、(d)kc/gro和(e)il-4的皮肤水平的影响。*p值《0.05，**p值 《0.01，***p值《0.005，和****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有 fisher lsd事后检验)。
33.图17描绘了在dnfb诱导的特应性皮炎小鼠模型中，anaerostipes
rhamnosivoransp127-b2a(ar)的口服给药对(a)背部皮肤厚度和(b)总pasi评分的影响。*p值《0.05，**p值《0.01，***p值《0.005，****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有fisherlsd事后检验)。
34.图18描绘了在dnfb诱导的特应性皮炎小鼠模型中，克里斯滕森氏菌种p152-h6d(christensenellasp.p152-h6d)(cha)的口服给药、以及克里斯滕森氏菌种p152-h6d和faecalibacteriumprausnitziip162-c10a和anaerostipesrhamnosivoransp127-b2a(cha fp ar)的组合的口服给药分别对(a)皮肤发红(红斑)和(b)背部皮肤厚度(水肿)的影响。*p值《0.05，**p值《0.01，***p值《0.005，和****p值《0.001(单因素anova或双因素anova，具有fisherlsd事后检验)。
具体实施方式
i.细菌菌株
35.例如，用于本文提供的细菌菌株混合物、药物组合物或单元或方法中的预期细菌菌株包括anaerostipes种菌株。示例性的anaerostipes种包括丁酸anaerostipes(anaerostipesbutyraticus)、粪anaerostipes(anaerostipescaccae)、anaerostipeshadrus和鼠李糖anaerostipes(anaerostipesrhamnosivorans)。本领域技术人员将认识到anaerostipes可以经历分类学重组。因此，预期的anaerostipes种包括已经被重命名和/或重新分类的anaerostipes种，以及稍后可能被重命名和/或重新分类的anaerostipes种。例如，被考虑的anaerostipes菌株包括以前分类为庞大真杆菌(eubacteriumhadrum)的菌株(allen-vercoeetal.,anaerobe.18(5):523-529(2011))。在特定实施例中，被考虑的anaerostipes种菌株是anaerostipesrhamnosivorans菌株。
36.如本文所用，术语“物种”是指通常由基因组序列和表型特征定义的分类学实体。“菌株”是根据常规微生物技术分离和纯化的物种的特定实例。本文所述的细菌物种和/或菌株包括活的和/或有活力的细菌物种和/或菌株，以及被杀死、灭活或减毒的细菌物种和/或菌株。另外，本文所述的细菌物种和/或菌株包括细菌的营养体形式和非孢子形成形式。
37.在一些实施方案中，anaerostipes的细菌菌株包含与参考序列具有特定％同一性的16srrna基因序列。rrna、16srdna、16srrna、16s、18s、18srrna和18srdna是指作为核糖体组分或编码核糖体组分的核酸。核糖体中有两个亚基，称为小亚基(ssu)和大亚基(lsu)。核糖体rna基因(rdna)及其互补rna序列广泛用于确定生物体之间的进化关系，因为它们是可变的，但足够保守以允许跨生物体分子比较。在实施方案中，30sssu的16srdna序列可用于原核生物的基于分子的分类分配。例如，16s序列由于通常是高度保守的而可用于系统发育重建，但其含有特定的高变区，该高变区具有足够的核苷酸多样性来区分大多数细菌的属和种。尽管16srdna序列数据已用于提供分类学分类，但分类在相同属和种内的密切相关的细菌菌株可表现出不同的生物表型。
38.因此，本文提供的anaerostipesrhamnosivorans菌种的细菌菌株包括包含与seqidno:1具有一定％同一性的16srrna基因序列的菌株。在一些实施方案中，所述细菌菌株是anaerostipes的菌株，其包含与seqidno:1的多核苷酸序列具有至少93％序列同一性的16srrna基因序列。在一些实施方案中，所述细菌菌株包含与seqidno:1的多核苷酸序列具有至少约93.25％、约93.5％、约93.75％、约94％、约94.25％、约94.5％、约94.75％、约
95％、约95.25％、约95.5％、约95.75％、约96％、约96.25％、约96.5％、约96.75％、约97％、约97.05％、约97.1％、约97.15％、约97.2％、约97.25％、约97.3％、约97.35％、约97.4％、约97.45％、约97.5％、约97.55％、约97.6％、约 97.65％、约97.7％、约97.75％、约97.8％、约97.85％、约97.9％、约97.95％、约98％、约98.05％、约98.1％、约98.15％、约98.2％、约98.25％、约98.3％、约98.35％、约 98.4％、约98.45％、约98.5％、约98.55％、约98.6％、约98.65％、约98.7％、约98.75％、约98.8％、约98.85％、约98.9％、约98.95％、约99％、约99.1％、约99.2％、约99.3％、约99.4％、约99.5％、约99.6％、约99.7％、约99.8％或约99.9％同一性的16s rrna基因序列。在一个具体实施方案中，所述细菌菌株包含与seq id no:1相同的16s rrna 基因序列。在一些实施方案中，上文提及的序列同一性跨越seq id no:1的至少约 70％。在其他实施方案中，上文提及的序列同一性跨越seq id no:1的至少约71％、 72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、 86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
39.在一些实施方案中，anaerostipes rhamnosivorans的细菌菌株包含与seq idno:2至seq id no:52中的一个或多个具有一定％同一性的基因组序列(例如全基因组序列，或其片段或重叠群)。在一些实施方案中，anaerostipes rhamnosivorans菌株包含选自seq id no:2至seq id no:52中任一个的多核苷酸序列，或与选自seqid no:2至seq id no:52中任一个的多核苷酸序列具有至少约65％、约70％、约 75％、约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约 96％、约97％、约98％或约99％同一性的核苷酸序列。在一些实施方案中，上文提及的序列同一性跨越至少约70％的细菌基因组。在其他实施方案中，上文提及的序列同一性跨越至少约75％、80％、85％、90％、95％或大于95％的细菌基因组。在一些实施方案中，anaerostipes rhamnosivorans菌株基因组可包含seq id no:2至seq id no: 52中的每一个的多核苷酸序列，或与seq id no:2至seq id no:52中的每一个的多核苷酸序列具有至少约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％或约99％同一性的多核苷酸序列中的每一个。
40.在一些实施方案中，anaerostipes rhamnosivorans的细菌菌株包含在其基因组的至少70％上与由seq id no:2至seq id no:52表示的所有基因组重叠群的总和具有至少约70％同一性的全基因组序列。在一些实施方案中，全基因组序列与由seq idno:2至seq id no:52表示的所有基因组重叠群的总和具有至少约75％、80％、85％、 90％、95％或大于95％的同一性。在一些实施方案中，上文提及的序列同一性跨越细菌菌株的全基因组序列的至少75％、80％、85％、90％、95％或大于95％。在一些实施方案中，anaerostipes rhamnosivorans细菌菌株包含全基因组序列，所述全基因组序列包含在其基因组中的总编码区的至少70％上与由seq id no:2至seq id no:52表示的所有基因组重叠群的总和内的编码区具有至少约70％同一性的编码区。在一些实施方案中，全基因组序列内的编码区与由seq id no:2至seq id no:52表示的所有基因组重叠群的总和内的编码区具有至少约75％、80％、85％、90％、95％或大于95％的同一性。在一些实施方案中，上文提及的序列同一性跨越细菌菌株的全基因组序列内的编码区的至少75％、80％、85％、90％、95％或大于95％。
41.可以使用本领域已知的任何测序方法(包括例如sanger测序)，通过分析例如细菌菌株的16s rrna基因序列或基因组序列(例如，全基因组序列或其片段或重叠群)的序列来确定anaerostipes细菌菌株的鉴定结果。可用于鉴定anaerostipes菌株的测序技术的一个实例是illumina平台。illumina平台基于使用折回pcr和锚定引物(例如，捕获寡核苷酸)在固体表面(例如，流动池)上扩增dna。为了用illumina平台测序，将细菌dna片段化，并将接头添加到片段的末端。通过捕获能够与片段的接头末端杂交的寡核苷酸，将dna片段连接到流动池通道的表面。然后延伸dna片段并桥接扩增。在进行了多个固相扩增的循环后变性，产生数百万个空间固定的核酸簇或单链核酸菌落的阵列。每个簇可以包括相同模板的单链dna分子的大约数百至一千个拷贝。illumina平台使用边合成边测序方法，其中，将包含可检测标记(例如，荧光团)的测序核苷酸连续添加至游离的3'羟基。在核苷酸掺入后，可以使用对于标记的核苷酸特异的波长的激光来激发标记。捕获图像并记录核苷酸碱基的鉴定结果。可以重复这些步骤以对其余碱基进行测序。根据该技术的测序例如在美国专利公开申请 2011/0009278、2007/0014362、2006/0024681、2006/0292611和美国专利申请7,960,120、 7,835,871、7,232,656和7,115,200中描述。可用于鉴定anaerostipes菌株的测序技术的另一个实例是来自life technologies corporation(carlsbad，calif.)的applied biosystems 的solid技术。在solid测序中，可以将细菌dna剪切成片段，并且可将接头连接到片段的末端以产生文库。可在含有模板、pcr反应组分、磁珠和引物的微反应器中制备克隆磁珠群体(clonal bead populations)。pcr后，可以使模板变性，并且可以进行磁珠富集以分离具有延伸引物的磁珠。所选磁珠上的模板经历3'修饰以允许与载玻片共价连接。序列可以通过顺序杂交和与几种引物连接来确定。一组四个荧光标记的二碱基探针竞争连接至测序引物。进行连接、检测和切割的多个循环，其中，循环数确定最终的读段长度。可用于鉴定anaerostipes菌株的测序技术的另一个实例是iontorrent测序。在该技术中，将细菌dna剪切成片段，然后将寡核苷酸接头连接到片段的末端。然后将片段连接到表面，并且通过测量碱基掺入期间释放的h 离子可分辨片段中的每个碱基。该技术例如在美国专利申请公开文本2009/0026082、2009/0127589、 2010/0035252、2010/0137143和2010/0188073中描述。
42.在获得细菌菌株的多核苷酸序列(例如，16s rrna基因序列或基因组序列) 后，与anaerostipes菌株的多核苷酸序列的序列同一性可以以本领域技术范围内的各种方式来确定，例如，使用公众可获得的计算机软件，例如blast、blast-2、blat (blast样比对工具)、align或megalign(dnastar)软件。使用程序blastp、 blastn、blastx、tblastn和tblastx(karlin et al.,proc.natl.acad.sci.usa 87:2264-2268 (1990)；altschul,j.mol.evol.36,290-300(1993)；altschul et al.,nucleic acids res. 25:3389-3402(1997))采用的算法的blast(基本局部比对搜索工具)分析被定制用于序列相似性搜索。对于搜索序列数据库中的基本问题的讨论，参见altschul et al., nature genetics 6:119-129(1994)，其通过引用完全并入。本领域技术人员可以确定用于测量比对的适当参数，包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。直方图、描述、比对、期望值(即，用于报告与数据库序列的匹配的统计显著性阈值)、截距、矩阵和过滤器的搜索参数处于默认设置。blastp、blastx、tblastn和 tblastx使用的默认评分矩阵是blosum62矩阵(henikoff et al.,(1992)proc.natl. acad.sci.usa 89:10915-10919)，通过引用完全并
入)。四个blastn参数可以如下调整：q＝10(空位创建罚分)；r＝10(空位延伸罚分)；wink＝1(在查询中的每个wink
th
位置处产生字码命中)；和gapw＝16(设置生成空位比对的窗口宽度)。等效的blastp参数设置可以是q＝9、r＝2、wink＝1和gapw＝32。还可以使用ncbi(nationalcenterforbiotechnologyinformation)blastadvancedoptionparameter进行检索(例如；-g，开放空位成本[整数]:默认值＝5(对于核苷酸)/11(对于蛋白质)；-e，扩展空位的成本[整数]:默认值＝2(对于核苷酸)/1(对于蛋白质)；-q，核苷酸错配的罚分[整数]：默认值＝-3；-r，核苷酸匹配奖励[整数]：默认值＝1；-e，期望值[真实]：默认值＝10；-w，词码大小[整数]：默认值＝11(对于核苷酸)/28(对于megablast)/3(对于蛋白质)；-y，对于blast扩展的dropoff(x)，以bit为单位：默认值＝20(对于blastn)/7(对于其它)；-x，空位比对的xdropoff值(以bit为单位)：默认值＝15(对于所有程序，不适用于blastn)；-z，空位比对的最终xdropoff值(以bit为单位)：50(对于blastn)，25(对于其它)。在gcg包10.0版中可获得的序列之间的bestfit比较使用dna参数gap＝50(空位产生罚分)和len＝3(空位延伸罚分)，并且蛋白质比较中的等同设置是gap＝8和len＝2。
[0043]
在一个具体的实施方案中，可用于本文提供的组合物和方法的anaerostipes的细菌菌株是anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a。根据国际承认用于专利程序目的的微生物保藏布达佩斯条约，向dsmz(deutschesammlungvonmikroorganismenandzellkulturengmbh,inhoffenstraβe7b,38124，不伦瑞克，德国)保藏了anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a。保藏物的保藏号为dsm33275。anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a的16srrna基因序列在本文中作为seqidno:1提供，并且anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a的基因组序列在本文中作为seqidno:2至seqidno:52提供。
[0044]
术语anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a、anaerostipessp.p127-b2a、anaerostipesp127-b2a和p127-b2a在本文中可互换使用。
[0045]
本文提供的其他anaerostipes细菌菌株包括与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a具有等于或大于约70％的dna-dna杂交(ddh)值的anaerostipes菌株。在具体实施方案中，anaerostipesrhamnosivorans菌株与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a具有大于约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％或约99％或上述任意数值之间的任何范围的dna-dna杂交的菌株。本领域已知的用于确定dna-dna杂交值的任何方法可用于评估dna-dna杂交的程度，包括但不限于由deleyetal.(jbiochem12133-142(1970))描述的用于确定复性速率的分光光度法，杂交温度略有改变(gavinietal.,ecologyinhealthanddisease1240-45(2001))；以及由grimontetal.,currmicrobiol4,325-330(1980)和rossello-mora,molecularidentification,systematicsandpopulationstructureofprokaryotespp.23-50(2006)描述的那些。在一些实施方案中，dna-dna杂交的程度通过数字dna-dna杂交(dddh)分析来确定，例如，使用基因组到基因组距离计算器在线工具(参见meier-kolthoffetal.,bmcbioinformatics14:60(2013))。在具体实施方案中，anaerostipes菌株是与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a具有等于或大于约70％的ddh或dddh值的菌株。在一些实施方案中，与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a的ddh或dddh值大于约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％或约99％，或上述任意
数值之间的任何范围。
[0046]
本文提供的其他anaerostipes细菌菌株包括与anaerostipes rhamnosivorans菌株p127-b2a具有等于或大于95％的平均核苷酸同一性(ani)的anaerostipes菌株。在一些实施方案中，与anaerostipes rhamnosivorans菌株p127-b2a的ani等于或大于约95％、约95.5％、约96％、约96.5％、约97％、约97.5％、约98％、约98.5％、约 99％、约99.5％或100％，或上述任意数值之间的任何范围。已知的是，两个菌株之间共有基因的平均核苷酸同一性(ani)是比较菌株之间遗传相关性的可靠手段，并且约 95％的ani值对应于用于定义物种的70％的dna-dna杂交标准。例如参见 konstantinidis and tiedje,proc natl acad sci u s a,102(7):2567-72(2005)；and goris et al., int j syst evol microbiol.57(pt 1):81-91(2007)；以及jain et al.,nat commun.9(1):5114 (2018)。在一些实施方案中，两个细菌基因组之间的ani由任意两个菌株之间共有的所有序列的成对比较来计算，并且可以例如使用多种公众可获得的ani工具中的任意一种来确定，包括但不限于：带有usearch的orthoani(yoon et al.antonie vanleeuwenhoek 110:1281
–
1286(2017))；ani计算器，jspecies(richter and rossello-mora, proc natl acad sci usa 106:19126
–
19131(2009))；和jspeciesws(richter et al., bioinformatics 32:929
–
931(2016))。用于确定两个基因组的ani的其他方法是本领域已知的。例如，参见konstantinidis,k.t.and tiedje,j.m.,proc.natl.acad.sci.u.s.a.,102: 2567
–
2572(2005)；and varghese et al.,nucleic acids research,43(14):6761-6771(2015)；以及jain et al.,nat commun.9(1):5114(2018)。在一个具体实施方案中，可以使用基于比对的方法确定两个细菌基因组之间的ani，例如，通过计算被鉴定为双向最佳命中 (bidirectional best hits，bbhs)的直系同源基因的核苷酸同一性的平均值。使用相似性搜索工具，例如nsimscan(novichkov et al.,bioinformatics 32(15):2380
–
23811(2016)) 在核苷酸水平上比较第一基因组(基因组a)和第二基因组(基因组b)的蛋白质编码基因。然后过滤结果以仅保留在每个bbh对中的较短序列的至少70％长度上显示至少70％序列同一性的bbh。基因组a与基因组b的ani被定义为同一性百分比乘以所有bbh的比对长度的总和，除以bbh基因的长度总和。在另一个具体实施方案中，两个细菌基因组之间的ani可以使用无比对方法确定，例如fastani，其使用无比对近似序列作图来评估基因组相关性。参见jain et al.,nat commun.9(1):5114(2018)。已经证明fastani揭示了物种之间的明显遗传不连续性，所分析的总共80亿个基因组对中的99.8％符合ani值为》95％的种内ani值和ani值为《83％的种间ani值。因此，在一个具体实施方案中，将包含与anaerostipes rhamnosivorans菌株p127-b2a的基因组(基因组b)具有等于或大于95％平均核苷酸同一性(ani)的基因组(基因组 a)的细菌菌株鉴定为物种anaerostipes rhamnosivorans的细菌菌株。
[0047]
本文提供的其他anaerostipes细菌菌株包括与anaerostipes rhamnosivorans菌株p127-b2a具有等于或大于60％的比对分数(af)的anaerostipes菌株。在一些实施方案中，与anaerostipes rhamnosivorans菌株p127-b2a的af等于或大于约65％、约 70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％或100％，或上述任意数值之间的任何范围。在一些实施方案中，通过将所有bbh基因的长度之和除以基因组a中所有基因的长度之和来计算δf。该计算在两个方向上分别进行：从基因组a到基因组b 和从基因组b到基因组a。
[0048]
在一个具体的实施方案中，anaerostipes菌株包含与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a的基因组具有等于或大于约95％的ani和等于或大于 60％的af的基因组。在另一个具体实施方案中，anaerostipes菌株包含与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a的基因组具有等于或大于约96.5％的ani并且等于或大于60％的af的基因组。
[0049]
本文提供的其他anaerostipes细菌菌株包含与anaerostipes rhamnosivorans菌株p127-b2a具有相同或大致相同的基因组特征的anaerostipes菌株。此类基因组特征可包括例如基因组大小、g c含量、编码序列的数目和trna的数目。在一些实施方案中，anaerostipes菌株包含大小为约3.5至约3.7兆碱基(mb)的基因组。在一些实施方案中，anaerostipes菌株包含大小为约3.55至约3.65mb的基因组。在一些实施方案中，anaerostipes菌株包含大小为约3.55、3.56、3.57、3.58、3.59、3.60、3.61、3.62、 3.63、3.64或约3.65mb的基因组。在一个具体实施方案中，anaerostipes菌株包含大小为约3.59mb的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含具有约43％至约46％的g c含量的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含具有约43.5％至约45.5％的g c含量的基因组。在一些实施方案中，anaerostipes菌株包含具有约43.6％、43.7％、43.8％、43.9％、44.0％、44.1％、44.2％、44.3％、44.4％、44.5％、 44.6％、44.7％、44.8％、44.9％或约45.0％的g c含量的基因组。在一个具体实施方案中，anaerostipes菌株包含具有约44.48％的g c含量的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含具有约3400至3600个编码序列的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含具有约3450至3550个编码序列的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含具有约3465、约3466、约3467、约3468、约 3469、约3470、约3471、约3472、约3473、约3474、约3475、约3476、约3477、约3478、约3479、约3480、约3481、约3482、约3483、约3484或约3485个编码序列的基因组。在一个具体实施方案中，anaerostipes菌株包含含有约23473个编码序列的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含含有约40至50个trna序列的基因组。在一些实施方案中，anaerostipes菌株包含含有约43至49个trna序列的基因组。在一些实施方案中，所述anaerostipes菌株包含含有约43、44、45、46、 47、48、49或50个trna的基因组。在一个具体实施方案中，所述anaerostipes菌株包含含有约46个trna的基因组。
[0050]
本文提供的其他anaerostipes细菌菌株包括提供与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a相同或大致相同模式的anaerostipes菌株，例如，当通过dna指纹技术分析时。本领域已知的任何dna指纹技术可用于鉴定anaerostipes 菌株，包括但不限于：脉冲场凝胶电泳(pfge)、核糖体分型、随机扩增多态性dna (rapd)、扩增片段长度多态性(aflp)、扩增核糖体dna限制性分析(ardra)、 rep-pcr(重复元件引物pcr，针对天然存在的、高度保守的、重复的dna序列，在基因组中以多个拷贝存在)，包括重复基因外回文pcr(rep-pcr)、肠细菌重复基因间共有序列-pcr(eric-pcr)、box-pcr(衍生自boxa元件)、(gtg)
5-pcr、三重随机引物pcr(tap-pcr)、多基因座序列分析(mlsa)、多基因座序列分型 (mlst)、多基因座可变数目串联重复分析(mlva)和基于dna微阵列的基因分型技术。
[0051]
本文提供的其他anaerostipes细菌菌株包括表现出与anaerostipesrhamnosivorans菌株p127-b2a表型相似性的anaerostipes菌株。表型相似性可以基于例如
细胞形状和大小、菌落形态(例如平板菌落的大小、颜色和气味)、革兰氏染色、生物化学测试、ph和适温度、糖发酵、代谢能力(例如过氧化氢酶和/或氧化酶阴性)、化学分类学分析(例如极性脂质和脂醌组成；参见tindall et al.,int j syst evol microbiol 58,1737-1745(2008))和/或脂肪酸甲酯(fame)分析。在一些实施方案中，anaerostipes 的细菌菌株是过氧化氢酶阴性的。在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株是氧化酶阴性的。在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株是过氧化氢酶阴性的且氧化酶阴性的。
[0052]
在一些实施方案中，anaerostipes的细菌菌株能够发酵选自以下中的至少一种碳源：半乳糖醇、果糖(例如d-果糖)、半乳糖(例如d-半乳糖)、葡糖胺醇(例如n-乙酰-d-葡糖胺醇)、葡糖胺(例如n-乙酰-d-葡糖胺、d-葡糖胺)、葡萄糖(例如α-d-葡萄糖)、麦芽糖醇、麦芽糖、甘露醇(例如，d-甘露醇)、甘露糖(例如d
‑ꢀ
甘露糖)、帕拉金糖、鼠李糖(例如d-甘露糖)、山梨糖(例如d-鼠李糖)、山梨糖醇(例如d-山梨糖醇)、山梨糖(例如l-山梨糖)、蔗糖、塔格糖(例如d-塔格糖)、松二糖、丁酸(β-羟基丁酸)、l-半胱氨酸、l-天冬氨酸、l-精氨酸、l-丙氨酸、间肌醇、x-α-d-葡萄糖苷、x-β-d-葡萄糖苷、x-β-d-半乳糖苷、x-α-d-甘露糖苷、x-α-d-葡糖苷酸和x-α-d-半乳糖苷。在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株能够发酵半乳糖醇、果糖(例如d-果糖)、半乳糖(例如d-半乳糖)、葡糖胺醇(例如n-乙酰-d-葡糖胺醇)、葡糖胺(例如n-乙酰-d-葡糖胺、d-葡糖胺)、葡萄糖(例如α-d-葡萄糖)、麦芽糖醇、麦芽糖、甘露醇(例如，d-甘露醇)、甘露糖(例如d-甘露糖)、帕拉金糖、鼠李糖(例如d-甘露糖)、山梨糖(例如d-鼠李糖)、山梨糖醇(例如d-山梨糖醇)、山梨糖(例如l-山梨糖)、蔗糖、塔格糖(例如d-塔格糖)、松二糖、丁酸(β
‑ꢀ
羟基丁酸)、l-半胱氨酸、l-天冬氨酸、l-精氨酸、l-丙氨酸、间肌醇、x-α-d-葡萄糖苷、x-β-d-葡萄糖苷、x-β-d-半乳糖苷、x-α-d-甘露糖苷、x-α-d-葡糖苷酸和x-α-d
‑ꢀ
半乳糖苷中的每一种。在某些其他实施方案中，anaerostipes细菌菌株不能发酵或本质上不能发酵甘露醇(例如，d-甘露醇)或山梨醇(例如，d-山梨醇)。
[0053]
在一些实施方案中，可用于本文提供的组合物和方法的anaerostipes细菌菌株能够产生一种或多种短链脂肪酸(scfa)。在一些实施方案中，scfa是丁酸。在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株能够利用选自由丙酸和乙酸组成的组中的一种或多种短链脂肪酸(scfa)。
[0054]
被考虑的细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物可表征为对免疫细胞(例如巨噬细胞(例如thp-1巨噬细胞)或pbmc(包括淋巴细胞(t细胞、b细胞、nk细胞)和单核细胞))中的基因产物产生(例如il-10、il-12或ccl-18产生)有影响。在体内，il-10的主要来源包括t辅助细胞、单核细胞、巨噬细胞和树突细胞，然而无数免疫效应细胞类型能够在某些情况下产生il-10，包括b细胞、细胞毒性t细胞、 nk细胞、肥大细胞和粒细胞，例如嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞。巨噬细胞中的基因产物产生(例如il-10、il-12或ccl-18)可以例如如下地测定。通过将thp-1人单核细胞系与佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯(pma)一起培养24小时，任选地随后与il-4和il-13一起培养来制备thp-1人巨噬细胞，如先前所述(genin et al.,bmccancer 15:577(2015))。在脂多糖(lps)存在的条件下，将细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物与thp-1巨噬细胞一起培养24小时。通过elisa测定细胞培养上清液中的基因产物(例如il-10、il-12或ccl-18)的浓度来评估基因产物产生。基因产物产生也可以如sudhakaran et al.,genes nutr.,8(6):637-48(2013)所描述的方式进行测定。例如，可以如下地测定pbmc中的基因产物产生，例如il-10、il-12或ccl-18产生。使用percoll梯度从
供体的血液样品中分离原代pbmc(sim等人，j.vis.exp.(112)， e54128(2016))。将细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物与pbmc一起培养24小时。通过elisa测定细胞培养上清液中的基因产物(例如il-10、il-12或ccl-18) 的浓度来评估基因产物产生。
[0055]
例如，在一些实施方案中，anaerostipes(例如，anaerostipes rhamnosivorans) 细菌菌株或者包含anaerostipes(例如，anaerostipes rhamnosivorans)细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物增加了或能够增加细胞、组织或受试者中至少一种抗炎基因产物的产生，例如抗炎细胞因子或趋化因子的产生。示例性的抗炎基因产物包括ccl-18、 il-1ra、il-2、il-4、il-6、il-10、il-11、il-13、ifn-β和tgf-β。例如，在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)增加了细胞、组织或受试者中ccl-18和/或il-10的产生。在一些实施方案中，抗炎基因产物(例如ccl-18)的产生的增加发生在人细胞(例如thp-1巨噬细胞、单核细胞、pbmc或modc)中。例如，使人细胞(例如thp-1巨噬细胞、pbmc 或modc)与anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)接触，例如通过用anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)培养人细胞，使细胞中ccl-18和/或il-10的产生相对于没有用anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)接触或培养的细胞(例如相同类型的细胞)增加了至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约75％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约750％、至少约1000％、约10％至约20％、约10％至约50％、约10％至约100％、约10％至约200％、约10％至约500％、约10％至约1000％、约20％至约50％、约20％至约100％、约20％至约200％、约20％至约500％、约20％至约1000％、约50％至约100％、约50％至约200％，约50％至约 500％、约50％至约1000％、约100％至约200％、从约100％至约500％、约100％至约 1000％、约200％至约500％、约200％至约1000％、约200％至约1000％、从约200％至约1000％或者从约500％至约1000％。在一些实施方案中，人细胞与anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)的接触在体外发生。在其他实施方案中，人细胞与anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)的接触在体内发生。
[0056]
在一些实施方案中，anaerostipes(例如，anaerostipes rhamnosivorans)细菌菌株或者包含anaerostipes(例如，anaerostipes rhamnosivoran)细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物可具有抗炎和/或促炎活性。例如，在一些实施方案中，anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)增加了或能够增加细胞、组织或受试者中至少一种促炎基因产物(例如，促炎细胞因子或趋化因子) 的产生。示例性的促炎基因产物包括il-1-β、il-4、il-5、il-6、il-8、il-12il-13、il
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17、il-21、il-22、il-23、il-27、ifn-γ、tnf-α、trail、ccl-2、ccl-3、ccl-5、 ccl-20、cxcl-5、cxcl-10、cxcl-12、and cxcl-13。例如，在一些实施方案中， anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物) 增加了细胞、组织或受试者中il-1-β、il-12和tnf-α的产生。在一些实施方案中，il
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1-β、il-12和/或tnf-α产生的增加发生在人细胞，例如thp-1巨噬细胞、单核细胞、 pbmc或modc中。例如，使人细胞(例如thp-1巨噬细胞、单核细胞、pbmc或 modc)与anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株
混合物或组合物)接触，例如通过用anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)培养人细胞，使细胞中il-1-β、il-12和/或tnf-α的产生相对于没有用anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)接触或培养的细胞(例如相同类型的细胞)增加了至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约75％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约750％、至少约1000％、约10％至约20％、约10％至约50％、约10％至约100％、约10％至约200％、约10％至约500％、约10％至约1000％、约20％至约50％、约20％至约100％、约20％至约 200％、约20％至约500％、约20％至约1000％、约50％至约100％、约50％至约200％、约50％至约500％、约50％至约1000％、约100％至约200％、约100％至约500％、约 100％至约1000％、约200％至约500％、约200％至约1000％、或约500％至约1000％。在一些实施方案中，人细胞与anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)的接触在体外发生。在其他实施方案中，人细胞与 anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物) 的接触在体内发生。
[0057]
在其他实施方案中，anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)减少了或减弱了或者能够减少或能够减弱细胞、组织或受试者中至少一种促炎基因(例如促炎细胞因子或趋化因子)的产生。在一些实施方案中，所述细菌菌株例如在促炎刺激物的存在下减少了或减弱了或者能够减少或能够减弱细胞、组织或受试者中至少一种促炎基因(例如促炎细胞因子或趋化因子)的产生。此类促炎细胞因子或趋化因子包括il-1-β、il-4、il-5、il-6、il-8、il-12、il-13、 il-17、il-21、il-22、il-23、il-27、ifn、ccl-2、ccl-3、ccl-5、ccl-20、cxcl
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5、cxcl-10、cxcl-12、cxcl-13、ifn-γ、kc/gro(角质形成细胞趋化因子(kc) 趋化因子cxcl1/2、人生长调节致癌基因(gro)的小鼠同系物)和tnf-α。例如，在一些实施方案中，anaerostipes rhamnosivorans的细菌菌株减少了或减弱了或者能够减少或能够减弱细胞、组织或受试者中il-4和/或kc/gro的产生。在一些实施方案中，抗炎基因产物(例如il-4和/或kc/gro)的产生减少了或减弱了发生在人细胞 (例如thp-1巨噬细胞或单核细胞、modc或pbmc)中。例如，使人细胞(例如thp
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1巨噬细胞或pbmc)与anaerostipes rhamnosivorans接触，例如通过将人细胞与 anaerostipes rhamnosivorans共培养，使细胞中il-4和/或kc/gro的产生相对于没有用anaerostipes rhamnosivorans接触或培养的细胞(例如相同类型的细胞)减少了或减弱了至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约75％、约10％至约20％、约10％至约50％、约10％至约100％、约20％至约50％、约20％至约100％。或约50％至约100％。在一些实施方案中，人细胞与anaerostipesrhamnosivorans的接触在体外发生。在其他实施方案中，人细胞与anaerostipesrhamnosivorans的接触发生在体内。
[0058]
被考虑的anaerostipes(例如，anaerostipes rhamnosivorans)细菌菌株或者包含anaerostipes(例如，anaerostipes rhamnosivorans)细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物可以(i)减少或防止破坏或者增加上皮屏障(例如，上皮细胞单层)的完整性，或者能够减少或防止破坏或者能够增加上皮屏障的完整性破坏或能够增加上皮屏障的完整性破坏；和/或(ii)增加了或能够增加细胞、组织或受试者中至少一种前屏障完整性基因(例如zo-1)的产生。在一些实施方案中，上皮屏障是肠道屏障，例如肠粘膜屏障。肠道上皮是20μm的
单层组织并且包括5种不同的细胞类型：肠道上皮细胞、内分泌细胞、m细胞、杯状(粘液)细胞和潘氏细胞。肠道上皮细胞是最具代表性的细胞类型，充当物理屏障，抑制内部组织中腔内容物的易位。它们通过细胞间连接而连接，其特征在于跨膜蛋白与近细胞和与细胞骨架相关的细胞内蛋白相互作用。预期的细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物的特征可以在于对上皮屏障(例如，ht29mtx
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e12细胞单层或caco-2单层，或任何肠道上皮细胞或细胞系单层)的完整性的影响。在一些实施方案中，设想的细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物的特征可在于对用 tnf-α处理的人上皮细胞单层(例如ht29mtx-e12细胞单层或caco-2单层)的屏障完整性的影响。用tnf-α处理的ht29mtx-e12细胞单层的屏障完整性可以例如如下测定。如前所述，将ht29mtx-e12细胞接种到transwell板系统中经过18-21天，以形成极化单层(hall et al.,journal of pediatric surgery 48:353-358(2013))。将细菌菌株、细菌菌株混合物或组合物加入到transwell的顶部层，然后将tnf-α加入到transwell 的基底层，从而模拟发炎的肠道。通过在添加tnf-α后，在0和24小时测量穿过细胞屏障的跨上皮电阻(teer)来评估单层完整性。屏障完整性也可以如pontier et al., j.pharm.sci.,90(10):1608-19(2001)所述地进行测定。
[0059]
例如，在一些实施方案中，本文提供的anaerostipes菌(例如，anaerostipesrhamnosivoran)细菌菌株，或者包含本文提供的anaerostipes菌(例如，anaerostipesrhamnosivoran)细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物减少或防止对粘膜上皮的屏障完整性的破坏，或增加，或能够减少或防止对粘膜上皮的屏障完整性的破坏，或增加粘膜上皮的屏障完整性。例如，anaerostipes细菌菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)可以减少或防止aht29mtx-e12细胞单层(例如用tnf
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α处理的aht29mtx-e12细胞单层)的屏障完整性的破坏或增加其屏障完整性。例如，相对于没有与anaerostipes种菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)一起培养的ht29mtx-e12细胞单层，所考虑的anaerostipes种菌株(或者包含anaerostipes细菌菌株的细菌菌株混合物或组合物)与ht29mtx-e12细胞单层(例如，用tnf-α处理的ht29mtx-e12细胞单层)一起培养可以防止屏障完整性(例如，如通过跨上皮电阻(teer)所测量的)的破坏或者减少破坏或增加屏障完整性至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约100％、约20％至约100％、约40％至约 100％、约60％至约100％、约80％至约100％、约20％至约80％、约40％至约80％、约60％至约80％、约20％至约60％、约40％至约60％或约20％至约40％。
[0060]
本文还提供了faecalibacterium prausnitzii物种的菌株(例如，本文称为 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a的菌株)以及包含这种菌株的组合物(例如，药物组合物)。本文提供的faecalibacterium prausnitzii物种的细菌菌株包括包含与seqid no:53具有特定％同一性的16s rrna基因序列的菌株。在一些实施方案中，所述细菌菌株包含与seq id no:53的多核苷酸序列具有至少约98.00％、约98.05％、约 98.1％、约98.15％、约98.2％、约98.25％、约98.3％、约98.35％、约98.4％、约98.45％、约98.5％、约98.55％、约98.6％、约98.65％、约98.7％、约98.75％、约98.80％、约 98.85％、约99％、约99.1％、约99.2％、约99.3％、约99.4％、约99.5％、约99.6％、约99.7％、约99.8％或约99.9％同一性的16s rrna基因序列。在具体实施方案中，所述细菌菌株包含与seq id no:53相同的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，上文提及的序列同一性跨越seq id no:
53的至少约70％。在其他实施方案中，上文提及的序列同一性跨越seq id no:53的至少约71％、72％、73％、74％、75％、76％、 77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、 91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
[0061]
在一个具体的实施方案中，本文提供的faecalibacterium prausnitzii菌株是 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a。根据国际承认用于专利程序目的的微生物保藏布达佩斯条约于2020年3月6日向dsmz保藏了faecalibacterium prausnitzii p162
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c10a。该保藏物的保藏号为dsm 33533。faecalibacterium prausnitzii p162-c10a的16srdna序列作为seq id no:53提供。
[0062]
本文提供的faecalibacterium prausnitzii的其他细菌菌株包括与 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a具有等于或大于约70％的dna-dna杂交(ddh) 值的faecalibacterium prausnitzi菌株。在具体实施方案中，faecalibacterium prausnitzii 菌株是与faecalibacterium prausnitzii p162-c10a具有大于约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约98％或约99％或者上述任意数值之间的任何范围的dna
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dna杂交的菌株。在具体实施方案中，faecalibacterium prausnitzii菌株是具有与 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a等于或大于约70％的ddh或dddh值的菌株。在一些实施方案中，对于faecalibacterium prausnitzii p162-c10a，所述ddh或dddh 值大于约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约98％或约99％，或上述任意数值之间的任何范围。
[0063]
本文提供的faecalibacterium prausnitzii菌种的其他细菌菌株包括与 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a具有等于或大于95％的平均核苷酸同一性(ani) 的faecalibacterium prausnitzii菌菌株。在一些实施方案中，对于faecalibacteriumprausnitzii p162-c10a，所述ani等于或大于约95％、约95.5％、约96％、约96.5％、约97％、约97.5％、约98％、约98.5％、约99％、约99.5％或100％，或上述任意数值之间的任何范围。
[0064]
本文提供的faecalibacterium prausnitzii物种的其他细菌菌株包括与 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a具有等于或大于60％比对分数(af)的 faecalibacterium prausnitzii菌株。在一些实施方案中，与faecalibacterium prausnitziip162-c10a的af等于或大于约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％或100％，或上述任意数值之间的任何范围。在一些实施方案中，通过将所有 bbh基因的长度之和除以基因组a中所有基因的长度之和来计算af。该计算在两个方向上分别进行：从基因组a到基因组b并且从基因组b到基因组a。
[0065]
在一个具体实施方案中，faecalibacterium prausnitzii菌株包含与 faecalibacterium prausnitzii p162-c10a的基因组具有等于或大于约95％的ani和等于或大于60％的af的基因组。在另一个具体的实施方案中，faecalibacterium prausnitzii 菌株包含与faecalibacterium prausnitzii p162-c10a的基因组具有等于或大于约96.5％的ani和等于或大于60％的af的基因组。
[0066]
本公开包括所公开的细菌菌株的衍生物。术语“衍生物”包括子代菌株(子代) 或在不负面改变菌株的生物活性的条件下从原始菌株培养但以某种方式(包括在遗传水平)
修饰的菌株(亚克隆)。ii.包含anaerostipes菌株的组合物
[0067]
在另一个方面，本文提供了组合物(例如药物组合物)，其包含anaerostipes 细菌菌株(例如，anaerostipes rhamnosivorans)。在一些实施方式中，所述组合物包含一种或多种细菌菌株，包括一种或多种anaerostipes的细菌菌株。在一些实施方案中，本文提供的组合物包含anaerostipes rhamnosivorans的细菌菌株并且不包含任何其他细菌菌株或其他细菌物种。在其他实施方案中，组合物包含anaerostipes rhamnosivorans 的细菌菌株和至少一种或多种其他细菌菌株或细菌物种。在一些实施方案中，组合物中的至少一种其他细菌菌株或细菌物种是anaerostipes的细菌菌株。例如，该组合物可以包含anaerostipes rhamnosivorans的其他菌株和/或非anaerostipes rhamnosivorans的 anaerostipes物种的一种或多种菌株。示例性的其他anaerostipes种包括anaerostipesbutyraticus、anaerostipes caccae和anaerostipes hadrus。在其他实施方案中，组合物可包含anaerostipes rhamnosivorans和一种或多种非anaerostipes细菌物种。在其他实施方案中，组合物可包含选自anaerostipes butyraticus、anaerostipes caccae和anaerostipeshadrus的anaerostipes菌株以及一种或多种非anaerostipes细菌物种。
[0068]
在一些实施方案中，一种或多种非anaerostipes细菌物种包括 faecalibacterium prausnitzii属的成员，例如faecalibacterium prausnitzii。与本文所述的anaerostipes菌株组合使用的示例性faecalibacterium prausnitzii菌株包括以保藏号 dsm 33533保藏的菌株faecalibacterium prausnitzii pi62-c10a。faecalibacteriumprausnitzii p162-c10a的16s rdna序列作为seq id no:53提供。可用于在本文提供的组合物中与anaerostipes rhamnosivorans pi27-b2a组合的其他faecalibacteriumprausnitzii菌株包括包含与seq id no:53具有至少98％同一性的16s rdna序列的菌株。其他有用的菌株包括faecalibacterium prausnitzii菌株atcc 27768。
[0069]
在一些实施方案中，一种或多种非anaerostipes菌种包括克里斯滕森氏菌属 (genus christensenella)的成员，例如克里斯滕森氏菌种p152-h6d(christensenellacalifornii)。克里斯滕森氏菌种p152-h6d描述于2020年8月28日提交的美国专利申请号17/006,430中。根据国际承认用于专利程序目的的微生物保藏布达佩斯条约，于 2019年8月12日向dsmz保藏了克里斯滕森氏菌种p152-h6d。该保藏物的保藏号为dsm 33237。克里斯滕森氏菌种p152-h6d(菌株p152-h6d)的16s rrna基因序列在本文中作为seq id no:54提供。在一些实施方案中，所述克里斯滕森氏细菌菌株包含与seq id no:54的多核苷酸序列具有至少约98.00％、约98.05％、约98.1％、约 98.15％、约98.2％、约98.25％、约98.3％、约98.35％、约98.4％、约98.45％、约98.5％、约98.55％、约98.6％、约98.65％、约98.7％、约98.75％、约98.80％、约98.85％、约 99％、约99.1％、约99.2％、约99.3％、约99.4％、约99.5％、约99.6％、约99.7％、约 99.8％或约99.9％同一性的16s rrna基因序列。在具体实施方案中，所述细菌菌株包含与seq id no:54相同的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，上文提及的序列同一性跨越seq id no:54的至少约70％。在其他实施方案中，上文提及的序列同一性跨越seq id no:54的至少约71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、 79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、 93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
[0070]
christensenella californii物种的其他细菌菌株包括与克里斯滕森氏物种 p152-h6d具有等于或大于约70％的dna-dna杂交(ddh)值的christensenellacalifornii菌株。在具体实施方案中，christensenella californii菌株是与克里斯滕森氏菌种p152-h6d具有大于约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约98％或约99％或上述任意数值之间的任何范围的dna-dna杂交的菌株。在具体实施方案中，christensenella californii菌株是与克里斯滕森氏菌种p152-h6d具有等于或大于约 70％的ddh或dddh值的菌株。在一些实施方案中，与克里斯滕森氏菌种p152-h6d 的ddh或dddh值大于约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约98％或约 99％，或上述任意数值之间的任何范围。
[0071]
christensenella californii物种的其他细菌菌株包括与克里斯滕森氏菌种p152-h6d具有等于或大于95％平均核苷酸同一性(ani)的christensenella californii 菌株。在一些实施方案中，与克里斯滕森氏菌种p152-h6d的ani等于或大于约95％、约95.5％、约96％、约96.5％、约97％、约97.5％、约98％、约98.5％、约99％、约 99.5％或100％，或上述任意数值之间的任何范围。
[0072]
christensenella californii物种的其他细菌菌株包括与克里斯滕森氏菌种 p152-h6d具有等于或大于60％比对分数(af)的christensenella californii菌株。在一些实施方案中，与克里斯滕森氏菌种p152-h6d的af等于或大于约65％、约70％、约 75％、约80％、约85％、约90％、约95％或100％，或上述任意数值之间的任何范围。在一些实施方案中，通过将所有bbh基因的长度之和除以基因组a中所有基因的长度之和来计算af。该计算在两个方向上分别进行：从基因组a到基因组b和从基因组b到基因组a。
[0073]
在一个具体实施方案中，christensenella californii菌株包含与克里斯滕森氏菌种p152-h6d的基因组具有等于或大于约95％的ani和等于或大于60％的af的基因组。在另一个具体实施方案中，christensenella californii菌株包含与克里斯滕森氏菌属物种p152-h6d的基因组具有等于或大于约96.5％的ani和等于或大于60％的af 的基因组。
[0074]
在一些实施方案中，所述一种或多种非anaerostipes菌种包括：(i) faecalibacterium菌属的成员，例如faecalibacterium prausnitzii，和(ii)克里斯滕森氏菌属的成员，例如克里斯滕森氏菌种p152-h6d(christensenella californii)。
[0075]
所考虑的组合物或细菌菌株混合物可以例如包含2、3、4、5、6、7、8、9、 10或多于10种细菌菌株或基本上由2、3、4、5、6、7、8、9、10或多于10种细菌菌株组成。在一些实施方式中，所述组合物或细菌菌株混合物的一种或多种菌株是营养性的(vegetative)。在一些实施方式中，所述组合物或细菌菌株混合物的所有菌株都是营养性的。例如，在一些实施方式中，所公开的组合物或细菌菌株混合物包含以下或基本上由以下组成：2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4或2至 3种细菌菌株；或者，例如，可以包含以下或基本上由以下组成：3至10、3至9、3至 8、3至7、3至6、3至5或3至4种细菌菌株；或者，例如，可以包含以下或基本上由以下组成：4至10个、4至9个、4至8个、4至7个、4至6个或4至5个细菌菌株；或者，例如，可以包含以下或基本上由以下组成：5至10、5至9、5至8、5至 7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9或7至8种细菌菌株；或者，例如，可以包含8至10种或8至9种细菌菌株或基本上由8至10种或8至9种细菌菌株组成。在一些实施方式中，所公开的组合物或细菌菌株混合物包含2或3种细菌菌株或基本上由2或3种细菌菌株组成。
[0076]
组合物(例如本文提供的药物单元)可以包括以任何适当比例的每种细菌菌株，所
述比例通过细菌的总质量或菌落形成单位来度量。例如，所公开的药物组合物或单元可以包括两种菌株，这两种菌株以细菌的总质量或菌落形成单位计的比例为 0.1:1、0.2:1、0.25:1、0.5:1、0.75:1、1:1、2:1、3:1、4:1、5:1或10:1。例如，所公开的药物组合物或单元可包括三种菌株，所述三种菌株以细菌的总质量或集落形成单位计的比例为1:1:1、1:1:2、1:1:4、1:2:1、1:2:2、1:2:4、1:4:1、1:4:2、1:4:4、2:1:1、2:1:2、 2:1:4、2:2:1、2:4:1、4:1:1、4:1:2、4:1:4、4:2:1、4:4:1。
[0077]
在一些实施方案中，所述组合物包含anaerostipes rhamnosivorans的细菌菌株，并且可选地包括一种或多种其他细菌菌株或细菌菌种，其中，所述组合物：(i) 增加了人细胞(例如thp-1巨噬细胞或单核细胞或pbmc)中一种或多种抗炎基因产物(例如ccl-18、il-1ra、il-4、il-6、il-10、il-11、il-13和tgf-β)的产生；和/ 或(ii)减少或防止破坏或者增加上皮细胞单层(例如用tnf-α处理的ht29mtx-e12 细胞单层)的屏障完整性，或者能够减少或防止破坏或能够增加上皮细胞单层(例如用tnf-α处理的ht29mtx-e12细胞单层)的屏障完整性。
[0078]
赋形剂
[0079]
本文公开的anaerostipes细菌菌株可以与药学上可接受的赋形剂组合以形成药物组合物，该药物组合物可以通过本领域已知的任何方式施用于患者。如本文所用，术语“药学上可接受的赋形剂”被理解为是指，与合理的收益/风险比相称，在没有过度的毒性、刺激性、过敏反应或其它问题或并发症的情况下，适于施用于受试者(例如人类受试者)的缓冲剂、载体或赋形剂中的一种或多种。赋形剂在与制剂的其它成分相容且对接受者无害的意义上应该是“可接受的”。
[0080]
药学上可接受的赋形剂包括与药物施用相容的缓冲剂、溶剂、分散介质、包衣、等渗剂和吸收延迟剂等。药学上可接受的赋形剂还包括填充剂、粘合剂、崩解剂、助流剂、润滑剂及其任何组合。例如，所考虑的组合物可以包含药物赋形剂，其选自由纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、二氧化硅、硬脂富马酸或其药学上可接受的盐、乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、乙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露醇、山梨糖醇及其任何组合组成的组。赋形剂、载体、稳定剂和佐剂的其他实例参见例如 handbook of pharmaceutical excipients，第8版，p.j.sheskey、w.g.cook和c.g.cable 编辑，pharmaceutical press，英国伦敦[2017]。此类介质和试剂用于药物活性物质的用途在本领域中是已知的。
[0081]
稳定的细菌组合物
[0082]
在一些实施方案中，本文所述的anaerostipes细菌菌株可以以稳定形式用于任何组合物中，稳定形式例如包括冻干的(lyophilized)状态(具有可选的一种或多种合适的冷冻保护剂)、冷冻的(例如，在标准或过冷冷冻机中)、喷雾干燥的和/或升华干燥的(freeze dried)。在一些实施方案中，稳定的细菌(例如，通过冻干、冷冻、喷雾干燥或升华干燥)以及特别是稳定的厌氧菌在施用(特别施用本公开提供的药物组合物)方面可以具有优于培养中的细菌的有利特性。例如，冻干细菌涉及从细菌细胞中去除水分的升华干燥过程。在一些实施方案中，所得到的冻干的细菌与细菌培养物相比可以具有增强的稳定性，因此可以储存更长的时间(即，延长保质期)。此外，在一些实施方案中，在稳定形式中，脱水的细菌细胞不生长或繁殖，但保持活力并且在再次水化时可以生长和繁殖。在一些实施方案中，稳定的厌氧anaerostipes细菌即使在暴露于氧气时也能维持生存力，从而便于它们的配制(例如，
配制成口服剂型)并用作保持生物活性的活生物治疗产品。因此，在具体实施方案中，本文所述的 anaerostipes细菌菌株是稳定的(例如，通过冻干、冷冻、升华干燥或喷雾干燥)并且是活的且有活力的，而且在储存时它们的一些、大部分或全部化学稳定性和/或生物活性得以保留。可以在选定的时间段内在选定的温度和湿度条件下测量稳定性。趋势分析可用于在材料实际存储经过该时间段之前估计所期望的保质期。例如，对于活细菌，稳定性可以被定义为：在预定的温度、湿度和时间段条件下失去1log cfu/g干制剂所需的时间。替代地，稳定性可以根据生物功能定义为测量每单位干燥制剂的特定生物功能的降低所需的时间。
[0083]
在一些实施方案中，在4℃或-20℃下储存经过1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、1年、1.5 年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年或5年后，包含anaerostipes rhamnosivorans 的药物组合物或药物单元损失该药物组合物或药物单元中的每个细菌菌株的至多0.5 log cfu、1log cfu、1.5log cfu、2log cfu、2.5log cfu、3log cfu、3.5log cfu、4log cfu、 4.5log cfu、5log cfu、5.5log cfu、6log cfu、6.5log cfu、7log cfu、7.5log cfu、8logcfu、8.5log cfu、9log cfu、9.5log cfu或10log。例如，在4℃下储存经过6个月、1 年或2年后，药物组合物或药物单元损失该药物组合物或药物单元中的每个细菌菌株的至多3log cfu。
[0084]
本公开提供的anaerostipes细菌可以与一种或多种冷冻保护剂结合使用。示例性的冷冻保护剂包括低聚果糖(例如，(源自菊粉的低聚果糖))、海藻糖、麦芽糖糊精、海藻酸钠、脯氨酸、谷氨酸、甘氨酸(例如，甘氨酸甜菜碱)、单糖、二糖或多糖(例如葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖)、多元醇(例如甘露糖醇、山梨糖醇或甘油)、葡聚糖、dmso、甲基纤维素、丙二醇、聚乙烯吡咯烷酮、非离子表面活性剂例如吐温80和/或它们的任何组合。
[0085]
在一些实施方案中，冷冻保护剂包括(衍生自菊粉的低聚果糖)、麦芽糖糊精、海藻酸盐、海藻糖和蔗糖或它们的任意组合。在一些实施方案中，包含 anaerostipes细菌菌株的药物组合物还包含蔗糖作为冷冻保护剂。在一些实施方案中，包含anaerostipes细菌菌株的药物组合物还包含(衍生自菊粉的低聚果糖)、麦芽糖糊精、海藻酸盐、海藻糖和蔗糖作为冷冻保护剂。在一些实施方案中，包含 anaerostipes细菌菌株的药物组合物还包含(衍生自菊粉的低聚果糖)、麦芽糖糊精、藻酸盐和海藻糖作为冷冻保护剂。
[0086]
在一些实施方案中，本公开所考虑的细菌菌株的冻干粉形式包含约10％至约 80％(按重量计)的一种或多种细菌菌株(例如，一种细菌菌株)和约20％至约90％ (按重量计)的冷冻保护剂和/或赋形剂，例如，选自由(衍生自菊粉的低聚果糖)、麦芽糖糊精、海藻酸钠、海藻糖、蔗糖、水及其任何组合组成的组的冷冻保护剂和/或赋形剂。例如，5mg所考虑的冻干粉形式细菌菌株可包含约0.5mg至约1.5mg 的细菌菌株、约1.5mg至约2.5mg的细菌菌株、约2.5mg至约3.5mg的细菌菌株或者约3.5mg至约4.5mg的细菌菌株。可以理解的是，可以形成所公开的组合物的组分的每种冻干粉形式细菌菌株可以分别具有不同的赋形剂和/或不同量的赋形剂，以及离散的细菌菌株。
[0087]
药物组合物应配制成与其期望的施用途径相容。本公开的细菌组合物可以通过任何合适的方法制备，并且可以配制成多种形式并通过多种不同方式施用。组合物可以根据
需要以含有常规可接受的载体、佐剂和赋形剂的制剂形式口服、直肠或肠内施用。如本文所用，“直肠施用”应理解为包括通过灌肠、塞药(suppository)或结肠镜施用。所公开的药物组合物可以例如适合于推注施用或推注释放。在一个示例性实施方案中，所公开的细菌组合物是口服施用的。
[0088]
用于口服施用的固体剂型包括胶囊、片剂、囊片、丸剂、锭剂、锭剂、散剂和颗粒剂。胶囊通常包括：包含细菌组合物的囊心材料和封装囊心材料的壳壁。在一些实施方案中，囊心材料包括固体、液体和乳液中的至少一种。在一些实施方案中，壳壁材料包括软明胶、硬明胶和聚合物中的至少一种。合适的聚合物包括但不限于：纤维素聚合物，例如羟丙基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基甲基纤维素(hpmc)、甲基纤维素、乙基纤维素、醋酸纤维素、醋酸邻苯二甲酸纤维素、醋酸偏苯三酸纤维素、邻苯二甲酸羟丙基甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素琥珀酸盐和羧甲基纤维素钠；丙烯酸聚合物和共聚物，例如由丙烯酸、甲基丙烯酸、丙烯酸甲酯、甲基丙烯酸铵、丙烯酸乙酯、甲基丙烯酸甲酯和/或甲基丙烯酸乙酯形成的那些(例如，以商品名出售的这些共聚物)；乙烯基聚合物和共聚物，例如聚乙烯吡咯烷酮、聚醋酸乙烯酯、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯、醋酸乙烯酯巴豆酸共聚物和乙烯-醋酸乙烯酯共聚物；和虫胶(纯化的虫胶)。在一些实施方案中，至少一种聚合物用作掩味剂。
[0089]
片剂、丸剂等可以被压缩、多次压缩、多重层叠和/或包衣。所考虑的包衣可以是单个或多个。在一个实施方案中，所考虑的包衣材料包含从植物、真菌和微生物中的至少一种提取的糖、多糖和糖蛋白中的至少一种。非限制性实例包括玉米淀粉、小麦淀粉、马铃薯淀粉、木薯淀粉、纤维素、半纤维素、葡聚糖、麦芽糖糊精、环糊精、菊粉、果胶、甘露聚糖、阿拉伯胶、刺槐豆胶、牧豆树胶、瓜尔胶、刺梧桐树胶、茄替胶、黄蓍胶、海藻胶funori、角叉菜胶、琼脂、藻酸盐、壳聚糖或结冷胶。在一些实施方案中，所考虑的包衣材料包含蛋白质。在一些实施方案中，所考虑的包衣材料包括脂肪和油中的至少一种。在一些实施方案中，脂肪和油中的至少一种是高温熔化的。在一些实施方案中，脂肪和油中的至少一种是氢化或部分氢化的。在一些实施方案中，脂肪和油中的至少一种源自植物。在一些实施方案中，脂肪和油中的至少一种包括甘油酯、游离脂肪酸和脂肪酸酯中的至少一种。在一些实施方案中，所考虑的包衣材料包含至少一种食用蜡。所考虑的食用蜡可以来源于动物、昆虫或植物。非限制性实例包括蜂蜡、羊毛脂、杨梅蜡、巴西棕榈蜡和米糠蜡。片剂和丸剂可以另外制备肠溶或反肠溶包衣。
[0090]
替代地，可以将体现本文公开的细菌组合物的散剂或颗粒掺入食品中。在一些实施方案中，所考虑的食品是用于口服施用的饮料。合适的饮料的非限制性实例包括水、果汁、果汁饮料、人工调味饮料、人工增甜饮料、碳酸饮料、运动饮料、液体乳制产品、奶昔、酒精饮料、含咖啡因的饮料、婴儿配方奶粉等。其他合适的口服施用方式包括水性和非水性的溶液、乳剂、混悬剂和溶液和/或由非泡腾颗粒重构的混悬剂，其包含适宜的溶剂、防腐剂、乳化剂、助悬剂、稀释剂、甜味剂、着色剂和调味剂中的至少一种。
[0091]
在一些实施方案中，本文提供的药物组合物包括：(a)anaerostipes菌株；和(b)填充剂(例如，微晶纤维素、乳糖、蔗糖、甘露醇或二水磷酸二钙)、崩解剂 (例如，聚乙烯吡咯烷酮、羟基乙酸淀粉钠、淀粉或羧甲基纤维素)、流动助剂/助流剂(例如，滑石或二氧化硅衍生物(例如，诸如cab-o-sil或aerosil的胶体二氧化硅)) 和润滑剂(例如，硬脂富马酸钠、硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸、硬脂酸盐、滑石、液体石蜡、丙二醇(pg)、peg 6000或月桂基硫
酸镁/钠)。
[0092]
在一些实施方案中，预期的药物组合物包括：(a)anaerostipes菌株；和(b) 填充剂(微晶纤维素)、崩解剂(聚乙烯吡咯烷酮)、流动助剂/助流剂(二氧化硅) 和润滑剂(硬脂富马酸钠)。
[0093]
在一些实施方案中，所考虑的药物组合物被配制成胶囊。在一些实施方案中，胶囊是羟丙基甲基纤维素(hpmc)胶囊。在一些实施方案中，胶囊包含封装聚合物 (banding polymer)(例如，羟丙基甲基纤维素(hpmc))和封装溶剂(banding solvent) (例如，水或乙醇)。在一些实施方案中，胶囊包括两种封装溶剂，水和乙醇。在一些实施方案中，胶囊用反向肠溶(reverse enteric)包衣聚合物(例如，氨基甲基丙烯酸酯共聚物)包被，并且包含表面活性剂(例如，十二烷基硫酸钠)、流动助剂/助流剂(例如，二氧化硅)、润滑剂(例如，硬脂酸)、抗粘剂(例如，滑石粉)和包衣溶剂(例如，水)。在一些实施方案中，胶囊用肠溶包衣聚合物(例如，聚(甲基丙烯酸-共-甲基丙烯酸甲酯))包被，并且还包含增塑剂(例如，柠檬酸三乙酯)、抗粘剂(例如，滑石粉)、ph调节剂(例如，氨溶液)和包衣溶剂(例如纯净水和异丙醇)。
[0094]
在一些实施方案中，所考虑的胶囊是胶囊中胶囊剂型(capsule-in-capsuledosage form)，其含内胶囊和外胶囊。在一些实施方案中，内胶囊包含一种或多种冻干的细菌菌株、填充剂(例如，微晶纤维素、乳糖、蔗糖、甘露醇、二水磷酸二钙或淀粉)、崩解剂(例如，聚乙烯吡咯烷酮、羟基乙酸淀粉钠或羧甲基纤维素)、流动助剂 /助流剂(例如二氧化硅、滑石粉或胶态二氧化硅)和润滑剂(例如硬脂富马酸钠、硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸、硬脂酸盐、滑石粉、液体石蜡、丙二醇(pg)、peg 6000 或月桂基硫酸镁/钠)。在一些实施方案中，外胶囊包含一种或多种冻干的细菌菌株、填充剂(例如，微晶纤维素、乳糖、蔗糖、甘露醇、二水磷酸二钙或淀粉)、崩解剂 (例如聚乙烯吡咯烷酮、羟基乙酸淀粉钠或羧甲基纤维素)、流动助剂/助流剂(例如二氧化硅、滑石粉或胶态二氧化硅)和润滑剂(例如硬脂富马酸钠、硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸、硬脂酸盐、滑石液体石蜡、丙二醇(pg)、peg 6000或月桂基硫酸镁 /钠)。
[0095]
在一些实施方案中，所考虑的胶囊是胶囊中胶囊剂型，其含内胶囊和外胶囊。在一些实施方案中，内胶囊包含一种或多种冻干的细菌菌株、填充剂(微晶纤维素)、崩解剂(聚乙烯吡咯烷酮)、流动助剂/助流剂(二氧化硅)和润滑剂(硬脂富马酸钠)。在一些实施方案中，外胶囊包含一种或多种冻干的细菌菌株、填充剂(微晶纤维素)、崩解剂(聚乙烯吡咯烷酮)、流动助剂/流剂(二氧化硅)和润滑剂(硬脂富马酸钠)。
[0096]
在一些实施方案中，所公开的药物单元包括双组分胶囊。例如，双组分胶囊可包括：具有反向肠溶聚合物包衣的内胶囊；和包封内胶囊的外胶囊，其中，外胶囊具有肠溶聚合物包衣。所考虑的内胶囊和/或外胶囊可包含细菌菌株或细菌菌株混合物。例如，双组分胶囊可包含：具有内组合物的内胶囊，该内组合物包含细菌菌株或细菌菌株混合物和一种或多种药物赋形剂，其中，内胶囊具有反向肠溶聚合物包衣；和封装内胶囊以及外组合物的外胶囊，该外组合物包含细菌菌株或细菌菌株混合物和一种或多种药物赋形剂，其中，外胶囊具有肠溶聚合物包衣。所考虑的内组合物和/或外组合物可以例如包含anaerostipes菌株，以及任选地一种或多种其他菌株。内部组合物和外部组合物可以相同或不同。
[0097]
所考虑的双组分胶囊可包括总计约5mg至约60mg的内组合物和外组合物，例如，总
计约5mg至约50mg的内组合物和外组合物、总计约5mg至约15mg的内组合物和外组合物、总计约5mg至约25mg的内组合物和外组合物或总计约25mg至约 50mg的内组合物和外组合物。所考虑的双组分胶囊可包括总计约50mg至约120mg的内组合物和外组合物，例如总计约50mg至约75mg的内组合物和外组合物、总计约 60mg至约85mg的内组合物和外组合物、总计约50mg至约95mg的内组合物和外组合物或总计约25mg至约110mg的内组合物和外组合物。
[0098]
在一些实施方案中，所公开的双组分胶囊包括：具有反向肠溶聚合物包衣的内胶囊和具有肠溶聚合物包衣的外胶囊。例如，各个包衣都允许胶囊内容物(包括细菌菌株)沿着胃肠道在特定部位双相释放。例如，已经确定胃肠道有几个区域由1至 8.2范围内的局部ph值而严格区分。胃肠道的常规ph曲线在胃和结肠之间上升和下降，其中，胃的ph范围为1至4，十二指肠为5.5至6.4，回肠为6.8至8.2，结肠为 5.5至6.5。例如，虽然远端回肠包含一个通常ph值介于6.8和8.2之间的区域，但在通过回盲瓣进入盲肠和升结肠后，ph值会从8.2急剧下降到5.5。在从近端结肠到远端结肠的进程中，ph值再次逐渐升高至8.0。因此，在一些实施方案中，外胶囊的肠溶聚合物包衣在约7至8的ph下溶解，从而允许在回肠中释放，并且内胶囊的反向肠溶聚合物包衣在约6.2至6.5的ph下溶解，从而允许之后在结肠中释放。在一些实施方案中，外胶囊在ph 1.2和37℃下保持完整性(例如，不出现裂开、裂纹或胶囊壳破裂)持续约2小时。在一些实施方案中，外胶囊在ph 5.5和37℃下保持完整性(例如，不出现裂开、裂纹或胶囊壳破裂)持续约2小时。在一些实施方案中，外胶囊在 ph 7.4和37℃下在约1小时内崩解。在一些实施方案中，内胶囊在ph 7.4和37℃下保持完整性(例如，不出现裂开、裂纹或胶囊壳破裂)持续至多1小时。在一些实施方案中，内胶囊在ph 6.5和37℃下在2小时内崩解。
[0099]
在一些实施方案中，内胶囊和/或外胶囊包衣由聚(dl-丙交酯-co-乙交酯)、用pva(聚乙烯醇)稳定的壳聚糖(chi)、脂质、藻酸盐、羧甲基乙基纤维素(cmec)、醋酸偏苯三酸纤维素(cat)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、羟丙基甲基纤维素、乙基纤维素、食品釉料、羟丙基甲基纤维素和乙基纤维素的混合物、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、醋酸邻苯二甲酸纤维素(cap)、虫胶、甲基丙烯酸和丙烯酸乙酯的共聚物或甲基丙烯酸和丙烯酸乙酯的共聚物组成，其中，在聚合过程中加入了丙烯酸甲酯的单体。甲基丙烯酸甲酯或者甲基丙烯酸与甲基丙烯酸甲酯的共聚物可作为聚合物(evonik industries,darmstadt,germany)获得。例如，可以单独或组合使用l100和s100(基于甲基丙烯酸和甲基丙烯酸甲酯的阴离子共聚物)。l100在约ph值为6或更高时溶解并且每克干物质包含46.0％至50.6％的甲基丙烯酸单元；s100在大约ph 7或更高时溶解并且每克干物质包含27.6％至30.7％的甲基丙烯酸单元。包封聚合物的另一组示例是聚丙烯酸l和s，它们可选地与rl或rs(丙烯酸乙酯、甲基丙烯酸甲酯和低含量的具有季铵基团的甲基丙烯酸酯的共聚物)组合。这些改性的丙烯酸是能够使用的，因为它们可以在6至7.5的ph值下溶解，这取决于所选的特定eudragit以及配方中使用的s与l、rs和rl的比例。在一些实施方案中，所考虑的内胶囊包衣由eudragitreadymix组成。在一些实施方案中，所考虑的外胶囊包衣由l100(甲基丙烯酸-甲基丙烯酸甲酯共聚物(1:1)) 和s100(甲基丙烯
酸-甲基丙烯酸甲酯共聚物(1:2))组成。在一些实施方案中，所考虑的胶囊适用于缓释或定时释放。在一些实施方案中，所考虑的内胶囊和/ 或外胶囊包衣还包含绑扎带/密封，例如羟丙甲纤维素、遮光剂(例如，二氧化钛)、增塑剂(例如柠檬酸三乙酯(tec))或抗粘剂(例如，滑石粉)。
[0100]
在美国专利号9,907,755中描述了另外的示例性胶囊中胶囊制剂。
[0101]
单位剂型
[0102]
包含本文公开的anaerostipes菌株的药物组合物可以以单位剂型存在，即，药物单元。组合物(例如，本公开提供的药物单元)可以包括任何合适量的一种或多种细菌菌株(通过细菌的总质量或通过细菌的菌落形成单位测量)。
[0103]
例如，所公开的药物组合物或药物单元可包含的每种细菌菌株为约103cfu 至约10
12
cfu、约106cfu至约10
12
cfu、约107cfu至约10
12
cfu、约108cfu至约10
12 cfu、约109cfu至约10
12
cfu、约10
10
cfu至约10
12
cfu、约10
11
cfu至约10
12
cfu、约10
3 cfu至约10
11
cfu、约106cfu至约10
11
cfu、约107cfu至约10
11
cfu、约108cfu至约10
11 cfu、约109cfu至约10
11
cfu、约10
10
cfu至约10
11
cfu、约103cfu至约10
10
cfu、约10
6 cfu至约10
10
cfu、约107cfu至约10
10
cfu、约108cfu至约10
10
cfu、约109cfu至约10
10 cfu、约103cfu至约109cfu、约106cfu至约109cfu、约107cfu至约109cfu、约108cfu 至约109cfu、约103cfu至约108cfu、约106cfu至约108cfu、约107cfu至约108cfu、约103cfu至约107cfu、约106cfu至约107cfu、或约103cfu至约106cfu；或者所公开的药物组合物或药物单元可包含的细菌菌株或组合物中的每种细菌菌株为约103cfu、约106cfu、约107cfu、约108cfu、约109cfu、约10
10
cfu、约10
11
cfu或约10
12
cfu。
[0104]
例如，所公开的药物组合物或单元可可包含的每种细菌菌株为约103cfu至约10
12
cfu、约106cfu至约10
12
cfu、约107cfu至约10
12
cfu、约108cfu至约10
12
cfu、约109cfu至约10
12
cfu、约10
10
cfu至约10
12
cfu、约10
11
cfu至约10
12
cfu、约103cfu 至约10
11
cfu、约106cfu至约10
11
cfu、约107cfu至约10
11
cfu、约108cfu至约10
11 cfu、约109cfu至约10
11
cfu、约10
10
cfu至约10
11
cfu、约103cfu至约10
10
cfu、约10
6 cfu至约10
10
cfu、约107cfu至约10
10
cfu、约108cfu至约10
10
cfu、约109cfu至约10
10 cfu、约103cfu至约109cfu、约106cfu至约109cfu、约107cfu至约109cfu、约108cfu 至约109cfu、约103cfu至约108cfu、约106cfu至约108cfu、约107cfu至约108cfu、约103cfu至约107cfu、约106cfu至约107cfu、或103cfu至约106cfu；或者所公开的药物组合物或药物单元可包含的组合物中的细菌菌株为约103cfu、约106cfu、约10
7 cfu、约108cfu、约109cfu、约10
10
cfu、约10
11
cfu或约10
12
cfu。
[0105]
在一些实施方案中，所提供的药物单元包含至少1
×
103个菌落形成单位的每种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)、或至少1
×
104个菌落形成单位的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)、或至少1
×
105个菌落形成单位的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)、或至少1
×
106个菌落形成单位的每种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)、或至少 1
×
107个菌落形成单位的每种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)、或至少1
×
108个菌落形成单位的每种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)、或至少1
×
109个菌落形成单位的每种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)。
[0106]
例如，所公开的组合物(例如，诸如胶囊的药物单元)可包含约1mg至约 5mg(例如，2mg至约4mg)的细菌菌株，该细菌菌株各自存在于单元中，例如，在约5mg至约50mg的冻干粉形式的细菌菌株中。例如，药物单元可包含总量为约30 mg至约70mg、约30mg至约60mg、约30mg至约50mg、约30mg至约40mg、约40mg至约70mg、约40mg至约60mg、约40mg至约50mg、约
50mg至约70 mg、约50mg至约60mg、约80mg至约100mg、约90mg至约110mg、约100mg 至约120mg或约110mg至约150mg的冻干粉形式的细菌菌株。在一些实施方案中，药物单元包含总量为约30mg、40mg、50mg、60mg、70mg、100mg、120mg、130 mg、140mg或150mg的冻干粉形式的细菌菌株。
[0107]
在一些实施方案中，所公开的组合物(例如所公开的药物单元)可包含约5 至约50mg的每种冻干粉形式的细菌菌株，例如，约5至约45mg、约5至约40mg、约5至约35mg、约5至约30mg、约5至约25mg、约5至约15mg、约5至约10 mg、约10至约50mg、约10至约35mg的每种冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)，约10至约20mg、约10至约15mg或约15至约45mg的每种冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)。在一些实施方案中，所公开的药物单元包含约5mg、约10mg、约15mg、约20mg、约25mg或约30mg的每种冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)。在一些实施方案中，所公开的药物单元包含约25至约50mg的冻干粉形式的一种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)以及约5mg至约10 mg的其余冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)；或者约5至约15mg的冻干粉形式的一种细菌菌株(例如，营养细菌菌株)以及约5mg至约10mg的其余冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)，例如，约15mg的一种冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)以及约5mg的其余冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)；或者分别为约15mg至约25mg的两种冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)以及约5mg至约10mg的其余冻干粉形式的细菌菌株(例如，营养细菌菌株)。
[0108]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可以包括益生元或者可以与益生元组合施用，益生元是指改变肠道微生物菌群的生长、维持、活性和/或平衡(例如，可以允许微生物组的组成和/或活性发生特定变化)的化合物或组合物。示例性的益生元包括复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚葡萄糖、低聚果糖(fos)、低聚半乳糖(gos)、菊粉、木质素、欧车前、甲壳素、壳聚糖、壳寡糖、乳糖醇、树胶(例如，瓜尔胶)、高直链玉米淀粉(has)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、甘露寡糖(mos)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚葡萄糖、塔格糖、反式低聚半乳糖、果胶、抗性淀粉、异麦芽低聚糖和低聚木糖(xos)。益生元可以在食物中发现(例如，金合欢胶、瓜尔豆、糙米、米糠、大麦壳、菊苣根、菊芋、蒲公英嫩叶、大蒜、韭菜、洋葱、芦笋、小麦麸、燕麦麸、烤豆、全麦面粉和香蕉)和母乳。益生元也可以以其他形式施用(例如，胶囊或膳食补充剂)。iii.治疗用途
[0109]
本文公开的组合物和方法可用于治疗受试者中各种形式的炎性病症、胃肠疾病和/或生态失调。本公开提供了治疗受试者的胃肠道病症、炎性病症和/或生态失调的方法。所考虑的方法包括将有效量的包含本文公开的anaerostipes细菌菌株(以及可选地包含一种或多种其他细菌菌株)的药物组合物和/或药物单元单独或与另一种治疗剂组合施用给受试者，以治疗受试者的胃肠道病症、炎性病症和/或生态失调。
[0110]
如本文所用，“治疗”是指治疗受试者(例如人)的疾病。这包括：(a)抑制疾病，即，阻止其发展；(b)缓解疾病，即，导致疾病状态的消退。如本文所用，术语“受试者”和“患者”是指将通过本文所述的方法和组合物治疗的生物体。此类生物体优选包括，但不限于，哺乳动物，例如人类、伴侣动物(例如狗、猫或兔子)或家畜动物(例如牛、绵羊、猪、山羊、马、驴以
及骡子、水牛、公牛或骆驼)。
[0111]
应当理解，药物单元、药物组合物或细菌菌株的确切剂量由各个医生基于待治疗的患者来选择，通常，对剂量和施用进行调整以为正在接受治疗的患者提供有效量的细菌药。如本文所用，“有效量”是指引发有益或期望的生物反应所必需的量。有效量可以在一次或多次施用、施用或剂量中而施用，并且不旨在限于特定的制剂或施用途径。如本领域普通技术人员将理解的，药物单元、药物组合物或细菌菌株的有效量可以根据诸如期望的生物学终点、待递送的药物、靶组织、施用途径等因素而变化。被纳入考虑的其他因素包括疾病状态的严重程度；正在接受治疗的患者的年龄、体重和性别；饮食、施用的时间和频率；药物组合；反应敏感性；和以及对治疗的耐受性/ 反应。
[0112]
应当理解，所公开的细菌菌株或细菌菌株混合物可能不需要在受试者的肠道 (例如小肠)中定植和/或在受试者中的持久性以引发有益的或期望的生物反应。例如，在一些实施方案中，细菌菌株或细菌菌株混合物定植于受试者的肠道(例如小肠)和/ 或在施用后持续存在于受试者体内。在一些实施方案中，细菌菌株或细菌菌株混合物不会在受试者的肠道中定植和/或在施用后不会持续存在于受试者体内。
[0113]
炎性病症可以例如基于受影响的原发组织、该疾病的作用机制或免疫系统的失调或过度活跃的部分而表征。炎性病症的实例包括皮肤、肺、关节、结缔组织、眼、鼻、肠、肾、肝、中枢神经系统、血管系统、心脏或脂肪组织的炎症。在一些实施方案中，可以治疗的炎性病症包括由于白细胞或其他免疫效应细胞或其介质浸润到受影响的组织中而引起的炎症。在一些实施方案中，可以治疗的炎性病症包括由iga和/或ige 抗体介导的炎症。可以通过本公开治疗的炎性病症的其他相关实例包括由感染因子引起的炎症，所述感染因子包括但不限于：病毒、细菌、真菌和寄生虫。在一些实施方案中，所治疗的炎性病症是过敏反应。在一些实施方案中，炎性病症是自身免疫疾病。
[0114]
炎性皮肤疾病包括与细胞增殖相关的疾病，例如：银屑病、湿疹、皮炎(例如，湿疹性皮炎、局部和脂溢性皮炎、过敏性或刺激性接触性皮炎、裂纹样湿疹、光过敏性皮炎、光毒性皮炎、植物日光性皮炎、放射性皮炎和淤滞性皮炎)和痤疮。
[0115]
炎性肺病包括哮喘、成人呼吸窘迫综合征、支气管炎、肺部炎症、肺纤维化和囊性纤维化(其可以额外地或替代地涉及胃肠道或其他组织)。免疫介导的炎性疾病包括系统性红斑狼疮、系统性血管炎、干燥综合征、斑秃和系统性硬化症。炎性关节病症包括类风湿性关节炎、血清阴性脊柱关节病包括强直性脊柱炎、幼年类风湿性关节炎、骨关节炎、痛风性关节炎和其他关节炎病症。炎性眼病包括葡萄膜炎(包括虹膜炎)、结膜炎、巩膜外层炎、巩膜炎和干燥性角膜结膜炎。炎性肠病包括克罗恩病、溃疡性结肠炎、炎性肠病和远端直肠炎。炎性皮肤病包括与细胞增殖相关的病症，例如银屑病、湿疹、皮炎(例如湿疹性皮炎、局部和脂溢性皮炎、过敏性或刺激性接触性皮炎、裂纹样湿疹、光过敏性皮炎、光毒性皮炎、植物日光性皮炎、放射性皮炎和淤滞性皮炎)和痤疮。内分泌系统的炎性疾病包括但不限于自身免疫性内分泌病、自身免疫性甲状腺炎(桥本氏病)、i型糖尿病、与ii型糖尿病相关的肝脏和脂肪组织炎症以及肾上腺皮质的急性和慢性炎症。心血管系统的炎性疾病包括但不限于冠状动脉梗塞损伤、外周血管疾病、心肌炎、血管炎、狭窄的血管重建、动脉粥样硬化和与 ii型糖尿病相关的血管疾病。肾脏的炎性疾病包括但不限于肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎、继发于韦格纳病(wegener’s disease)的肾炎、继发于急性肾炎的急性肾功能衰
竭、古德帕斯彻氏综合征(goodpasture'ssyndrome)、梗阻后综合征和肾小管缺血。肝脏的炎性疾病包括但不限于肝炎(由病毒感染、自身免疫反应、药物治疗、毒素、环境因素引起或者作为原发性疾病的继发性后果)、胆道闭锁、原发性胆汁性肝硬化和原发性硬化性胆管炎。具有炎性病因的代谢疾病包括胰岛素抵抗、代谢综合征、肥胖、非酒精性脂肪肝病(nafld)和非酒精性脂肪性肝炎(nash)。在一些实施方案中，炎性疾病是自身免疫性疾病，例如类风湿性关节炎、狼疮、脱发、自身免疫性胰腺炎、乳糜泻、白塞氏病、库欣综合征(cushingsyndrome)和格雷夫病(grave’sdisease)。在一些实施方案中，炎性疾病是类风湿病症，例如类风湿性关节炎、幼年关节炎、滑液囊炎、脊柱炎、痛风、硬皮病、斯蒂尔病(still'sdisease)和血管炎。其它示例性炎性疾病包括嗜酸性食管炎和嗜酸性胃肠炎。
[0116]
胃肠道疾病包括例如炎性肠病(ibd)、克罗恩病(cd)、溃疡性结肠炎(uc)、溃疡性直肠炎、显微镜结肠炎、肠易激综合征(ibs；例如，ibs-c,ibs-m或ibs-d)、功能性腹泻、功能性便秘、乳糜泻、放射性肠炎、艰难梭菌(c.difficile)感染(cdi)、复发性艰难梭菌感染(rcdi)、艰难梭菌相关性腹泻病(cdad)、结肠炎(例如，感染性、缺血性、不确定性或放射性的结肠炎)、溃疡(包括胃溃疡、消化性溃疡和十二指肠溃疡)、胃食管反流病(gerd)、贮袋炎、肠胃炎、胰腺炎、粘膜炎(例如，口腔粘膜炎、胃肠道粘膜炎、鼻黏膜炎和直肠炎)、坏死性小肠结肠炎、食道炎、非溃疡性消化不良、慢性肠假性梗阻、功能性消化不良、结肠假性梗阻、十二指肠胃反流、肠梗阻炎症、术后肠梗阻、胃灼热(胃肠道中的高酸度)、便秘(例如，与使用阿片类药物、骨关节炎药物、骨质疏松症药物等药物相关的便秘，手术后便秘或与神经病相关的便秘)、痔疮、憩室病、慢性胰腺炎、盲袢综合征、胃轻瘫(包括糖尿病和/或特发性)、腹泻、吞咽困难、大便失禁、短肠综合征(sbs)、肠缺血、婴儿反流、婴儿反刍综合征、周期性呕吐综合征、癔球症、肠扭转、胃肠道癌症和胃肠道过敏。可以考虑本文公的组合物和方法可用于治疗任何功能性胃肠道疾病，包括例如由脑-肠互动介导或以其他方式与脑-肠互动相关的病症
[0117]
炎性肠病或ibd在本文中可互换使用，是指引起炎症和/或溃疡的肠疾病，包括但不限于克罗恩病和溃疡性结肠炎。克罗恩病(cd)和溃疡性结肠炎(uc)是病因不明的慢性炎性肠病。
[0118]
溃疡性结肠炎(uc)折磨大肠。病程可以是连续的或复发的，轻微的或严重的。最早的病变是炎性浸润，在肠隐窝(cryptsoflieberkuhn)底部形成脓肿。这些膨胀和破裂的隐窝的聚结趋于将上覆的粘膜与其血液供应分开，从而导致溃疡。这种疾病的症状包括痉挛、下腹痛、直肠出血和频繁的松散分泌物(主要由血液、脓液和粘液组成)，并伴有少量粪便颗粒。急性、严重或慢性、持续性的溃疡性结肠炎可能需要进行全结肠切除术。
[0119]
与溃疡性结肠炎不同，克罗恩病可以影响肠道的任何部分。克罗恩病最突出的特征是肠壁呈颗粒状、红紫色水肿性增厚。随着炎症的发展，这些肉芽肿通常会失去其界限并与周围组织融合。腹泻和肠梗阻是主要的临床特征。与溃疡性结肠炎一样，克罗恩病的病程可能是持续的或复发的、轻度或重度，但与溃疡性结肠炎不同的是，克罗恩病不能通过切除涉及的肠段来治愈。大多数克罗恩病患者在某些时候需要手术，但随后的复发很常见，并且通常需要持续的药物治疗。
[0120]
通常，生态失调是指肠道或其他身体区域的微生物区系或微生物群的状态，包括例如粘膜或皮肤表面(或任何其他微生物区系生态位)，其中，生态网络的正常多样性和/或
功能被破坏。微生物区系的典型(例如，理想)状态的任何破坏都可以被认为是生态失调，即使这种生态失调不会导致可检测到的健康下降。这种生态失调状态可能是不健康的(例如，导致疾病状态)，或者其可能仅在某些条件下是不健康的，或者其可能阻止受试者变得更健康。生态失调可能是由于微生物区系菌群的多样性的减少、一种或多种病原体(例如，病原菌群)或病原菌群的过度生长、仅当患者存在某些遗传和/或环境条件才能够引起疾病的共生生物的存在和/或过度生长，或转向不再为宿主提供有益功能并因此不再促进健康的生态网络。远端生态失调包括但不限于胃肠道管腔外的生态失调。
[0121]
可以想到的是，生态失调可包括感染某一属的病原菌，所述属选自由耶尔森氏菌属、弧菌属、密螺旋体属、链球菌属、葡萄球菌属、志贺氏菌属、沙门氏菌属、立克次氏体属、东方氏菌属、假单胞菌属、奈瑟氏菌属、支原体属、分枝杆菌属、李斯特菌属、钩端螺旋体属、军团菌属、克雷伯氏菌属、螺杆菌属、嗜血杆菌属、弗朗西斯菌属、埃希氏菌属、埃里希氏菌属、肠球菌属、柯克氏菌属、棒状杆菌属、梭菌属、衣原体属、嗜衣原体属、弯曲杆菌属、伯克霍尔德菌属、布鲁氏菌属、疏螺旋体属、博德特氏菌属、双歧杆菌属和芽孢杆菌属。病原菌的其它实例包括嗜水气单胞菌、胎儿弯曲杆菌、类志贺邻单胞菌、蜡样芽孢杆菌、空肠弯曲杆菌、肉毒杆菌、艰难梭菌、产气荚膜梭菌、肠聚集性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、产肠毒性大肠杆菌(lt或st)、大肠杆菌0157:h7、幽门螺杆菌、单核细胞增生李斯特菌、类志贺邻单胞菌、伤寒沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌、小肠结肠炎耶尔森菌、耐碳青霉烯类肠杆菌科(cre)、广谱耐β-内酰胺肠球菌(esbl)、耐万古霉素肠球菌(vre)和多重耐药菌。
[0122]
本文公开的组合物和方法也可用于治疗受试者的癌症。所考虑的方法包括将有效量的包含本文公开的anaerostipes细菌菌株(以及任选地包含一种或多种其他细菌菌株)的药物组合物和/或药物单元以单独的方式或与另一种治疗剂组合施用给受试者，以治疗受试者的癌症。癌症的实例包括实体瘤、软组织肿瘤、造血肿瘤和转移性病变。造血肿瘤的实例包括白血病、急性白血病、急性成淋巴细胞性白血病(all)、 b细胞、t细胞或fab all、急性髓性白血病(aml)、慢性髓细胞性白血病(cml)、慢性淋巴细胞性白血病(cll)(例如转化的cll)、弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)、滤泡性淋巴瘤、毛细胞白血病、骨髓增生异常综合征(mds)、淋巴瘤、霍奇金病、恶性淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、多发性骨髓瘤或里氏综合征(里氏转化)。实体瘤的实例包括各种器官系统的恶性肿瘤，例如肉瘤、腺癌和癌，例如影响头颈(包括咽)、甲状腺、肺(小细胞或非小细胞肺癌(nsclc))、乳腺、淋巴、胃肠(例如口腔、食管、胃、肝、胰腺、小肠、结肠和直肠、肛管)、生殖器和泌尿生殖道(例如肾、尿路上皮、膀胱、卵巢、子宫、宫颈、子宫内膜、前列腺、睾丸)、 cns(例如神经或神经胶质细胞，如神经母细胞瘤或神经胶质瘤)或皮肤(例如黑素瘤)。在一些实施方案中，癌症是结肠直肠癌(crc)。
[0123]
在其他实施方案中，当作为疫苗组合物施用时，本文公开的组合物和方法也可用于预防一种或多种上述疾病或病症。在某些此类实施方式中，本文提供的细菌菌株是有活力的。在某些此类实施方案中，细菌菌株能够至少部分或完全定植于胃肠道，例如小肠。在一些实施方案中，本发明的细菌菌株是有活力的并且能够至少部分或完全定植于胃肠道，例如小肠。在其他实施方案中，本发明的细菌菌株可以被杀死、灭活或减弱。在一些实施方案中，组合物可以包含疫苗佐剂。在一些实施方案中，组合物用于通过注射施用，例如通过
皮下注射。iv.联合疗法
[0124]
本文所述的方法和组合物可以单独使用或与其他治疗剂和/或形式联合使用。如本文所用，术语“联合”施用应理解为表示在受试者患有疾病的病程中向受试者递送两种(或更多种)不同的治疗，从而使这些治疗对患者的影响在某个时间点重叠。在一些实施方案中，一种治疗的递送在第二种治疗开始递送时仍在进行，因此在施用方面存在重叠。这有时在本文中被称为“同时”或“同时递送”。在其他实施方案中，一种治疗的递送在另一种治疗的递送开始之前结束。在任意一种情况的一些实施方案中，治疗由于联合施用而更加有效。例如，第二治疗是更有效的，例如，使用更少的第二治疗可以看到等效的效果，或者与如果不使用第一治疗的情况下施用第二治疗所能看到的情况相比，第二治疗在更大程度上减轻了症状，或施用第一治疗能看到类似的情况。在一些实施方案中，递送使得与病症相关的症状或其他参数的减少大于在不存在另一种治疗的情况下递送的一种治疗所观察到的。两种治疗的效果可以是部分加成、完全加成的或更大加成的。递送可以使得递送的第一治疗的效果在递送第二治疗时仍然可检测到。在一些实施方案中，第一和/或第二治疗的副作用由于联合施用而降低。
[0125]
在一些实施方案中，本文所述的方法或组合物与一种或多种其它治疗联合施用。在一些实施方案中，所考虑的其它治疗可包括氨基水杨酸盐、皮质类固醇、肿瘤坏死因子(tnf)拮抗剂、利那洛肽、抗生素或免疫抑制剂(例如，硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤、环孢素、甲氨蝶呤或他克莫司(prograf))。在一些实施方案中，所考虑的其它治疗可以包括生物药(例如，英夫利昔单抗(类克)、阿达木单抗(修美乐)、赛妥珠单抗(cimzia)、戈利木单抗(simponi)或依那西普(enbrel))。可以想到的是，用所公开的方法或组合物治疗的受试者可能对先前施用的治疗具有不充分的反应，例如先前施用氨基水杨酸盐、皮质类固醇或生物药。
[0126]
适用于与本文描述的药物组合物或单元进行联合治疗的其它治疗剂包括质子泵抑制剂(例如，泮托拉唑(protonix)、兰索拉唑(prevacid)、埃索美拉唑(nexium)、奥美拉唑(prilosec)和雷贝拉唑)、h2受体阻滞剂(如西咪替丁(tagamet)、雷尼替丁(zantac)、法莫替丁(pepcid)和尼扎替丁(axid))、前列腺素(如米索前列醇(cytotec))、硫糖铝和抗酸剂。
[0127]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可包括皮质类固醇或与皮质类固醇联合施用。皮质类固醇是一类化学物质，包括在脊椎动物肾上腺皮质中自然产生的类固醇激素和在实验室合成的这些激素的类似物。皮质类固醇参与了广泛的生理过程，包括应激反应、免疫反应和炎症调节、碳水化合物代谢、蛋白质分解代谢、血液电解质水平以及行为表现。示例性的皮质类固醇包括倍他米松、布地奈德、可的松、地塞米松、氢化可的松、甲基强的松龙、强的松龙、强的松或地夫可特。可以想到的是，所公开的方法或组合物治疗的受试者可能对先前施用的皮质类固醇具有不充分的反应。
[0128]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可以包括氨基水杨酸或与氨基水杨酸联合施用。示例性的氨基水杨酸包括4-氨基水杨酸、巴柳氮、奥沙拉嗪、柳氮磺吡啶和美沙拉嗪(5-氨基水杨酸)。可以想到的是，所公开的方法或组合物治疗的受试者可能对先前施用的美沙拉嗪具有不充分的反应，例如，先前口服施用≥2.4g/天的美沙拉嗪经过至少8周。
[0129]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可以包括肿瘤坏死因子(tnf) 拮抗剂
或与肿瘤坏死因子(tnf)拮抗剂联合施用。示例性的tnf拮抗剂包括英夫利昔单抗(remicade)、阿达木单抗(humira)、赛妥珠单抗(cimzia)、戈利木单抗 (simponi)、依那西普(enbrel)、沙利度胺(immunoprin)、来那度胺(revlimid)、泊马度胺(pomalyst,imnovid)、黄嘌呤衍生物(例如，己酮可可碱)和安非他酮。可以想到的是，所公开的方法或组合物治疗的受试者可能对先前施用的tnf拮抗剂具有不充分的反应。
[0130]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可以包含整联蛋白α4β7拮抗剂 (例如维多珠单抗)，或与其联合施用。可以想到的是，所公开的方法或组合物治疗的受试者可能对先前施用的整联蛋白α4β7拮抗剂具有不充分的反应。
[0131]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可以包含抗菌剂(例如抗生素) 或与其联合施用。所公开的方法可以包括用抗生素进行预治疗，例如，在施用所公开的药物组合物或单元之前向受试者施用抗生素。用于联合治疗的示例性的抗生素包括万古霉素、甲硝唑、庆大霉素、粘菌素、非达霉素、特拉万星、奥利万星、达巴万星、达托霉素、头孢氨苄、头孢呋辛、头孢羟氨苄、头孢唑啉、头孢噻吩、头孢克洛、头孢孟多、头孢西丁、头孢丙烯、头孢吡普、环丙沙星、左氟沙星、氧氟沙星、加替沙星 (tequin)、莫西沙星(avelox)、诺氟沙星、四环素、米诺环素、氧四环素、强力霉素、阿莫西林、氨苄青霉素、青霉素v、双氯西林、羧苄青霉素、甲氧西林、厄他培南、多利培南、亚胺培南/西司他丁、美罗培南、阿米卡星、卡那霉素、新霉素、奈替米星、妥布霉素、巴龙霉素、头孢克肟、头孢地尼、头孢托仑、头孢哌酮、头孢噻肟、头孢他啶、头孢布烯、头孢唑肟、头孢曲松、头孢西丁和/或链霉素。
[0132]
在一些实施方案中，药物组合物或药物单元可以包含抗真菌剂或抗病毒剂或者与抗真菌剂或抗病毒剂联合施用。示例性的抗病毒剂包括阿巴卡韦、阿昔洛韦、阿德福韦、安普那韦、阿扎那韦、西多福韦、地瑞那韦、地拉韦定、去羟肌苷、二十二烷醇、依非韦仑、埃替拉韦、恩曲他滨、恩夫韦肽、依曲韦林、泛昔洛韦、膦甲酸、福米韦森、更昔洛韦、茚地那韦、碘甙、拉米夫定、洛匹那韦、马拉维若、mk-2048、奈非那韦、奈韦拉平、喷昔洛韦、拉替拉韦、利匹韦林、利托那韦、沙奎那韦、司他夫定、替诺福韦三氟胸苷、万乃洛韦、缬更昔洛韦、阿糖腺苷、伊巴他滨、金刚烷胺、奥司他韦、金刚烷乙胺、替拉那韦、扎西他滨、扎那米韦和齐多夫定。示例性的抗真菌剂包括纳他霉素、裂霉素、菲律宾菌素(filipin)、制霉菌素、两性霉素b、坎底辛(candicin) 和哈霉素、咪康唑、酮康唑、克霉唑、益康唑、奥莫康唑、联苯苄唑、布康唑、芬替康唑、异康唑、奥昔康唑、舍他康唑、硫康唑、噻康唑、氟康唑、伊曲康唑、艾沙康唑、雷夫康唑、泊沙康唑、伏立康唑、特康唑和阿巴康唑、阿巴芬净、特比萘芬、萘替芬、布替萘芬、阿尼芬净、卡泊芬净、米卡芬净、蓼二醛(polygodial)、苯甲酸、环吡酮、托萘酯、十一碳烯酸、氟胞嘧啶或5-氟胞嘧啶、灰黄霉素和碘炔三氯酚。
[0133]
在整个说明书中，当组合物被描述为具有、包括或包含特定组分或者当过程和方法被描述为具有、包括或包含特定步骤，可以想到的是，额外地，存在基本上由所述组分组成或由所述组分组成的本公开的化合物或者基本上由所述处理步骤组成或由所述处理步骤组成的根据本公开的过程和方法。
[0134]
在本技术中，当元件或成分被认为包括在列举的元素或成分的列表中和/或从列表中选择时，应该理解该元件或成分可以是列举的元素或成分中的任何一个，或者元素或成分可以选自由两个或更多个所列举的元素或成分组成的组。
[0135]
此外，应当理解，本文所述的组合物或方法的元素和/或特征可以在不背离本公开
的精神和范围的情况下以多种方式组合，无论是在本文中明确的还是暗示的。例如，当提及特定化合物时，该化合物可用于本公开的组合物的各种实施方案和/或本公开的方法中，除非从上下文另有理解。换言之，在本技术中，已经以使得能够书写和绘制清晰和简明的申请的方式描述和描绘了实施方式，但是旨在并且将理解的是，实施方式可以在不脱离目前的教导和本公开的情况下以各种方式组合或分离。例如，应当理解的是，本文描述和描绘的所有特征可以适用于本文描述和描绘的本公开的所有方面。
[0136]
应当理解，除非从上下文和使用中另外理解，否则表述“至少一个”包括在该表述之后列举的对象中单独的每一个以及列举的对象中的两个或更多个的各种组合。除非从上下文中另外理解，否则与三个或更多个所列举的对象结合的表述“和/或”应被理解为具有相同的含义。
[0137]
除非另有具体说明或从上下文中理解，术语“包括”、“包含”、“具有”或“含有”包括其语法等价物的使用，应将其一般理解为开放式和非限制性的，例如，不排除其它未列举的元素或步骤。
[0138]
当在定量值之前使用术语“约”时，本公开还包括具体的定量值本身，除非另有明确说明。如本文所用，除非另有说明或推断，否则术语“约”是指与标称值相差
±
10％的变化。
[0139]
应当理解，步骤的顺序或执行某些动作的顺序是无关紧要的，只要本公开保持可操作。此外，可以同时进行两个或更多个步骤或动作。
[0140]
在此使用任何和所有示例或示例性语言，例如，“诸如”、“例如”或“包括”仅旨在更好地说明本公开并且不对本公开的范围构成限制，除非明确说明。说明书中的任何语言都不应被解释为指示任何未要求保护的元素对于本公开的实践是必不可少的。实施例
[0141]
以下实施例仅是说明性的并且不旨在以任何方式限制本公开的范围或内容。实施例1-anaerostipes rhamnosivorans的分离和纯化
[0142]
1.1来源：从健康人类供体的粪便样本中分离出分离株p127-b2a。供体接受了全面的临床和实验室测试，以确认健康状况，包括筛查传染性病原体，以最大限度地降低传染性感染的风险。血清学筛查包括hiv-1/hiv-2(igg和eia)、htlv-i和 htlv-ii(ab)、甲型肝炎病毒(igm)、乙型肝炎病毒(hbsag、抗hbc igg和igm)、丙型肝炎病毒(抗hcv igg)、梅毒螺旋体(eia或rpr(如果eia为阳性))、粪类圆线虫ab(strongyloides stercoralis ab)、cmv病毒载量和ebv病毒载量。粪便筛查包括艰难梭菌毒素a/b(pcr)、肠道病原体常规细菌培养(富集)，包括幽门螺杆菌eia、沙门氏菌、志贺氏菌、耶尔森氏菌、弯曲杆菌和弧菌、大肠杆菌o157(执行大肠杆菌0157培养，如果stx1/2eia ve)、志贺样毒素stx1/2(志贺氏菌)eia、万古霉素耐药肠球菌(vre)的基于培养的检测、广谱β-内酰胺酶(esbl)生产者、耐碳青霉烯肠杆菌(cre)和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(mrsa)、贾第虫抗原(eia)、隐孢子虫抗原(eia)、环孢子虫、等孢子球虫和微孢子虫(用抗酸染色显微镜观察)、卵和寄生虫(显微镜观察)、轮状病毒(eia)、诺如病毒gi/gii(rt-pcr)和腺病毒 40,41eia。
[0143]
1.2分离和纯化：将供体样本的稀释液铺在分离培养基上。从分离培养基琼脂板(ycfac、补充有维生素k和血红素的bhi、补充有5％羊血的tsa、bua oxypras) 中挑取菌落到含有200μl的bhi 血红素 维生素k的96孔微量滴定板中。一旦在96 孔微量滴定板中肉眼
观察到生长，则从96孔微量滴定板的每个孔中取20μl的培养物转移到含有1ml bhi 血红素 维生素k的96孔深孔板中，然后在37℃培养。在肉眼观察到生长后，向每个孔中加入1ml的50％甘油，并将600μl的混合物转移到thermofisher matrix管板中。随后将各个单个培养物铺板在分离培养基上，以确保菌落形态均匀性的构象。在37℃下孵育2周后观察到菌落，菌落呈透明状，直径约为0.1mm。挑选单个菌落通过16s测序进行鉴定，并重新铺到bua oxypras板上。在菌落可见并观察到单一形态后，将单个菌落接种到6ml的ycfac培养基中。一旦液体培养物变得混浊，通过向液体培养物中加入6ml的50％甘油并在每个matrix管中等分120μl来制备matrix板。通过将其中一个制备好的matrix小瓶铺板到bua oxypras板上并通过16s测序测试单个菌落来确认纯度。实施例2-分离株p127-b2a的分类学表征
[0144]
2.1 16s测序和系统发育分析
[0145]
使用全长16s rrna基因测序数据对纯化的分离株p127-b2a进行分类学表征。针对国家生物技术信息中心(ncbi)分类数据库和silva核糖体rna数据库 (max planck institute for marine microbiology and jacobs university，德国不来梅)中现有的公开可用菌株进行同源性搜索。
[0146]
2.1.1 16s rrna基因测序：将50μl的分离株p127-b2a的液体培养物在95℃变性10分钟。变性样品用作模板，通过使用16s rrna引物27f和1492r对16s基因进行pcr扩增。使用一组4个引物(27f、1492r、515f和907r)进行sanger测序 (elim biopharm，hayward，ca)，以恢复接近全长的16s rrna基因片段(seq idno:1)。使用dnabaser(heracle biosoft s.r.l.,arges,romania)将四个扩增子组装成单个连续序列，然后使用blastn对ncbi数据库进行搜索。
[0147]
2.1.2系统发育分析：接下来使用比对(sinav1.2.11)、分类和树服务针对 arb silva数据库搜索来自包括外群的ncbi 16s数据库的p127-b2a重叠群及其近亲。针对搜索和分类，使用具有至少92％的同一性的序列(总共15个序列)对p127
‑ꢀ
b2a进行分类。raxml(randomized axelerated maximum likelihood)用于执行最大似然搜索以构建系统发育树(general time reversible(gtr γ)模型，γ作为似然率模型)。
[0148]
在ncbi上对16s rrna基因数据库的初步搜索得到在1429bp序列长度(seq id no:1)的98％上产生了96.94％的最接近匹配。该匹配来自物种anaerostipescaccae。在整个长度上的下一个最接近匹配为与物种anaerostipes hadrus具有94.6％的同一性。
[0149]
针对arb silva数据库搜索从ncbi数据库中选择的序列以及p127-b2a 16s重叠群。发现最接近匹配是与一种未鉴别的anaerostipes物种(被命名为 clostridiales细菌ve202-09)具有97.5％的同一性。长度为1515bp的参考16s rrna 基因(arb id:bahw02000064)。与seed比对相比，同一性下降至97.41％。
[0150]
然后使用blastn针对ncbi上的核苷酸收集(nt)数据库搜索p127-b2a 重叠群，得到在seq id no:1的序列长度的100％上的100％匹配，对应于anaerostipesrhamnosivorans菌株ly2(序列id：cp040058.1:14645至16073)。图1中提供了基于搜索结果的成对比较的距离树。
[0151]
表1中提供了分类学鉴定结果的总结。表1.分类鉴定结果总结
数据库匹配分离株16s序列覆盖率同一性百分比anaerostipes rhamnosivorans菌株ly2100％100％anaerostipes caccae菌株l1-9298％96.94％anaerostipes hadrus菌株dsm 3319100％94.06％anaerostipes butyraticus菌株jcm 17466100％93.38％
[0152]
2.2全基因组测序和分析
[0153]
2.2.1测序：dna提取、测序、质量过滤、组装和注释由corebiome,inc. (minneapolis,mn)执行。使用mo bio powerfecal(qiagen)在qiacube(qiagen) 上实现高通量自动化，并在0.1mm玻璃珠板上进行珠磨破碎，以从分离株p152-h6d 中提取dna。用qiant-it picogreen dsdna测定(invitrogen)对样品进行定量。使用适用于nextera library prep试剂盒(illumina)的专有程序制备文库，并使用nextseq 500/550high output v2试剂盒(illumina)在illumina nextseq上使用单端1x150 reads 进行测序。过滤低质量(q-score《20)和长度(《50)的dna序列，并使用cutadaptv.1.15修剪接头序列(martin,embnet journal,[s.l.],v.17,n.1,p.pp.10-12,(2011))。
[0154]
2.2.2装配和注释：使用spades v3.11.0组装序列(bankevich et al.,j computbiol.19(5):455-477(2012))。使用prokka v 1.12(seemann,bioinformatics 30(14):2068
‑ꢀ
2069(2014))对长度超过1000个碱基的重叠群进行蛋白质注释。
[0155]
2.2.3质量评估：通过检查fastqc生成的质量分数来确定测序质量，低于 20的分数表示低质量的碱基。组装质量指标由quast v.4.5生成(gurevich et al., bioinformatics 29(8):1072-1075(2013))。
[0156]
2.2.4分类：使用平均核苷酸同一性和比对分数评分的适当评分截断来进行分类鉴定。
[0157]
2.2.5基因组特征：将分离株p127-b2a基因组组装的固有特性与最接近的 anaerostipes参考，anaerostipes caccae(保藏号nz_abax00000000)的固有特性进行比较，并总结在下表2中。表2.p127-b2a pi组装的特征。pi组装的特征。pi＝初级分离株；mb＝兆碱基对；cds＝编码序列，trna＝转移核糖核酸
[0158]
2.2.6p127-b2a和anaerostipes其他成员的全基因组相似性：将pi基因组与 anaerostipes的其他成员进行比较，以测量基因组相似性的程度，特别是平均核苷酸同一
性(ani)。结果总结在下表3中。表3.p127-b2a与其他anaerostipes物种相比的平均核苷酸同一性(ani)和比对分数 (af)。分离株id参考物种(r)ani s
→
rp127-b2aanaerostipes rhamnosivorans99.91p127-b2aanaerostipes caccae81.09p127-b2aanaerostipes hadrus72.70实施例3-分离株p127-b2a的表型表征
[0159]
p127-b2a细胞是非运动性和专性厌氧微生物，并且是过氧化氢酶和氧化酶阴性的。使用表型微阵列(biolog，hayward，ca)评估p127-b2a利用不同碳源和氮源的能力及其在宽ph范围内生长的能力。p127-b2a能够利用半乳糖醇、d-果糖、d
‑ꢀ
半乳糖、n-乙酰基-d-葡糖胺醇、n-乙酰基-d-葡糖胺、α-d-葡萄糖、麦芽糖醇、麦芽糖、 d-甘露糖、帕拉金糖、d-鼠李糖、l-山梨糖、蔗糖、d-塔格糖、松二糖、β-羟基丁酸、 l-半胱氨酸、l-天冬氨酸、l-精氨酸、l-丙氨酸、间肌醇、x-α-d-葡萄糖苷、x-β-d-葡萄糖苷、x-β-d-半乳糖苷、x-α-d-甘露糖苷、x-α-d-葡糖苷酸和x-α-d-半乳糖苷。p127
‑ꢀ
b2a菌株能够在5至8.5的ph范围内生长，尽管在ph 7下观察到最佳生长。
[0160]
制备p127-b2a细胞用于电子显微镜成像。将细胞在pbs中洗涤两次，并在室温下在4％多聚甲醛中固定30分钟。将固定的细胞在pbs中洗涤两次，然后重悬于无菌水中。将25微升样品施加到涂于ito涂层盖玻片，22x22 mm厚度#1，30-60欧姆电阻率(spi supplies，目录号06471-ab1)，并使其风干。使用sigma 500vp fesem 电子显微镜观察细胞。图2a中提供了p127-b2a的代表性光学显微照片，图2b中提供了代表性电子显微照片。细胞呈卷曲棒状。
[0161]
还评估了p127-b2a形成孢子的能力。使用两种不同的孢子诱导方法(即，热激和化学激)，发现p127-b2a是非孢子形成的(表5)。丁酸梭菌(atcc 19398) 用作阳性对照。表4.孢子形成的评估菌株热激法产孢(％)乙醇激法产孢(％)丁酸梭菌atcc 1939831.7524.29p127-b2a0.00.0
[0162]
还评估了p127-b2a的短链脂肪酸(scfa)产生，短链脂肪酸被发现通过多种机制有助于维持肠道稳态(lee and hase,nat chem biol 10(6):416-424(2014)；hoeppliet al.,front immunol 6:61(2015)；koh et al.,cell 165(6):1332-1345(2016))。人类肠道微生物产生的scfa包括丁酸、乙酸和丙酸。在ycfac培养基中分批培养生长72小时后，评估p127-b2a的scfa产生曲线。未接种的ycfac培养基用作阴性对照。如图 3所示，丁酸是由p127-b2a产生的最丰富的scfa，并且该菌株显著利用乙酸。实施例4-anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a的体外功能活性
[0163]
本实施例描述了在体外人上皮、巨噬细胞、单核细胞和树突细胞模型中对 anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a活性的研究。
[0164]
实施例4.1-用于细胞培养测定的新鲜培养的细菌菌株的制备
[0165]
在厌氧条件下制备来自过夜培养物的新鲜培养的细菌。将细菌以4300
×
g离心4分钟。用预还原的厌氧pbs(gibco)洗涤细菌一次。通过用厌氧pbs将洗涤过的细菌重悬至总表
202)，所述rpmi 1640含有2.05mm的l-谷氨酰胺(corning)并补充有10％热灭活fbs(corning)、100i.u./ml青霉素、100μg/ml链霉素和0.292mg/ml的l
‑ꢀ
谷氨酰胺(corning)。传代数限于8代。thp-1人单核细胞系生长至70-80％汇合。对细胞进行计数并重悬于培养基中。将每孔100000个细胞接种到96孔板上。通过将 thp-1人单核细胞与10ng/ml的12-豆蔻酸-13-乙酸佛波醇(pma)(invivogen)一起培养24小时，然后与20ng/ml的il-4(r&d systems)和20ng/ml的il-13(r&dsystems)一起在37℃和5％co2中如前所述地培养48小时来制备thp-1人巨噬细胞 (genin et al.,bmc cancer 15:577(2015))。在实验前一天，洗涤细胞并重悬于含有20 ng/ml的il-4和20ng/ml的il-13的不含抗生素的rpmi培养基中。
[0173]
将指定个体新鲜培养的厌氧pbs或500ng/ml lps的工作储备溶液以10％ v/v加入到thp-1巨噬细胞上，并以515x g离心4分钟到thp-1细胞上。将测试物、对照和thp-1巨噬细胞在37℃和5％co2中共培养3小时。用补充有抗生素的新鲜 rpmi培养基替换共培养基以限制过量细菌生长。更换培养基后，将thp-1细胞在37℃和5％co2中培养15小时。收集thp-1细胞上清液并通过elisa分析。根据制造商的说明书，通过使用来自biolegend或r&d systems的具有tmb检测的商业酶联免疫吸附测定(elisa)试剂盒定量培养上清液中ccl-18、il-10、tnfα、il-1β和il12
‑ꢀ
p40的水平。图5显示了由anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a诱导的thp-1巨噬细胞的抗炎细胞因子(a)ccl-18和(b)il-10的产生的显著剂量依赖性增加。图6 示出了由anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a诱导的thp-1巨噬细胞中(a)tnfα、 (b)il-1β和(c)il12-p40的产生的类似的显著的剂量依赖性增加。
[0174]
实施例4.4-人pbmc体外细胞因子测定
[0175]
通过pacific血液中心(san francisco，ca)从匿名供体获得含有浓缩血液单核细胞的trima残余血液制品，并在收集后24小时内进行处理。血液样品被测试为 hiv、hbv、hcv、htlv、梅毒、西尼罗河病毒和寨卡病毒阴性。如前所述地，使用 ficoll梯度分离pbmc(sim et al.,j.vis.exp.(112),e54128(2016))。简而言之，将50 ml的trima残留物用50ml的无菌pbs(gibco)稀释，然后将25ml覆盖在50ml 锥形管中的15ml ficoll-paque plus(ge healthcare)上。将样品在室温下以450x g离心30分钟，然后在没有减速的情况下停止。收集pbmc间期，用pbs洗涤并重悬于含有2.05mm的l-谷氨酰胺(corning)并添加有10％热灭活fbs(tissue culturebiologicals)和0.292mg/ml的l-谷氨酰胺(corning)的rpmi 1640中。通过在37℃和5％co2下培养来维持细胞，并在24小时内用于测定评估或冷冻以备后用。将细胞冷冻保存在补充有50％fbs和10％dmso(sigma aldrich)的rpmi 1640中，浓度为 5x107个细胞/ml，并储存在液氮中备用。
[0176]
在分离后立即使用或从冷冻储存中解冻的人pbmc在含有l-谷氨酰胺 (corning)并添加10％热灭活fbs(tissue culture biologicals)和0.292mg/ml的l
‑ꢀ
谷氨酰胺(corning)的rpmi 1640中稀释至5x106个细胞/ml。将5x106个细胞/ml的细胞悬液的100μl等分试样添加到圆底96孔板中的每个孔中，并在添加测试物之前在37℃和5％co2下培养24小时
[0177]
如其他测定所述的方式制备和加入测试物。在37℃和5％co2下培养3小时后，将含有共培养物的板离心(515x g；4分钟)，除去培养基，换成添加有10％热灭活fbs、l-谷氨酰胺和青霉素/链霉素抗生素的rpmi 1640。然后将培养板在37℃和5％ co2下再培养15小时。将板离心(515x g；4分钟)，并根据制造商的说明通过来自 meso scale discovery的定制
u-plex多重试剂盒收集和分析上清液。结果取自4名人类供体的平均值，每个供体有两次实验重复。图7显示了由anaerostipes rhamnosivoransp127-b2a诱导的人pbmcs产生(a)tnfα、(b)il-1β、(c)trail和(d)ifnγ的显著的剂量依赖性增加。图8显示了由anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a诱导的人pbmcs中(a)il-17a、(b)il-6、(c)il-2和(d)il-10的产生的类似显著的剂量依赖性增加。
[0178]
实施例4.5-人单核细胞衍生的树突细胞体外细胞因子测定
[0179]
将冷冻保存的pbmcs在37℃水浴中解冻，在补充有10％热灭活fbs和l
‑ꢀ
谷氨酰胺的温热rpmi 1640中稀释，并离心(515
×
g；4分钟)。将细胞重悬于含有0.5％牛血清白蛋白(bsa)和2mm edta的pbs缓冲液中，并根据制造商的说明书使用 miltenyi cd14微珠通过选择分离cd 14

单核细胞。在补充有10％热灭活fbs、l-谷氨酰胺、青霉素/链霉素抗生素、50ng/ml重组人il-4(r&d systems)和100ng/ml重组人gm-csf(biolegend)的rpmi 1640中培养分离的cd14

单核细胞。在第3天和第 6天补充培养基。在分离后第7天，在含有l-谷氨酰胺(corning)并添加有10％热灭活fbs(tissue culture biologicals)和0.292mg/ml的l-谷氨酰胺(corning)的rpmi 1640中将细胞稀释至5x105个细胞/ml。将5x105个细胞/ml细胞悬浮液的100μl等分试样添加到平孔96孔板中的每个孔中，并在添加测试物之前在37℃和5％co2下培养 24小时。
[0180]
如其他测定所描述地制备和加入测试物。在37℃和5％co2中培养3小时后，将含有共培养物的平板离心(515
×
g；4分钟)，除去培养基，并用补充有10％热灭活fbs、l-谷氨酰胺和青霉素/链霉素抗生素的rpmi 1640替换。然后将培养板在 37℃和5％co2下再培养15小时。将板离心(515
×
g，4分钟)，并根据制造商的说明通过来自meso scale discovery的定制u-plex多重试剂盒收集和分析上清液。结果取 4个人供体的平均值，每个供体重复两次实验。图9显示了由anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a诱导的人单核细胞衍生的树突状细胞(modc)的(a)tnfα、 (b)il-1β、(c)trail和(d)ifnβ的产生的显著剂量依赖性增加。图10显示了由anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a诱导的人modc中(a)il-12p70、(b)il
‑ꢀ
6、(c)il-23和(d)il-27的产生的类似显著的剂量依赖性增加。图11显示了由 anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a诱导的modc的il-10产生的剂量依赖性增加。实施例5-anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a的体内功能活性
[0181]
在两种不同的充分验证的炎性皮肤病小鼠模型中测试了anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a的功效：(1)咪喹莫特(imq)诱导的银屑病；和(2)噁唑酮诱导的特应性皮炎。
[0182]
5.1咪喹莫特(imq)诱导的牛皮癣
[0183]
银屑病是一种免疫介导的慢性炎症性皮肤病，其特征在于脱屑、发红的皮肤损伤和受影响皮肤的增厚以及表皮和/或真皮细胞和组织病理学变化。已知toll样受体 7/8激活剂咪喹莫特(imq)的局部应用会在人类和小鼠中引起银屑病样皮肤炎症。参见例如van der fits l.et al.imiquimod-induced psoriasis-like skin inflammation in mice ismediated via il23/il17 axis；j immunology,2009,182:5836-5845。
[0184]
在该研究中，balb/c小鼠在背部皮肤(～面积：4cm x 2cm)上连续6天接受每日局部应用5％imq乳膏(47mg/天)。测试物从第-7天到终止每天一次施用，包括：大约在imq应用后1到2小时，每天一次通过口服强饲纯化的单个细菌菌株或载体(细菌冷冻培养基)。接受
阳性对照的动物在应用imq约1小时后局部施用0.05％氯倍他索乳膏(62.5mg/天)。从第2天开始每天进行皮肤评估，包括使用工程千分尺评估背部皮肤厚度。
[0185]
如图12所示，与载体对照(在第6天)相比，anaerostipesrhamnosivoransp127-b2a以及氯倍他索的施用导致咪喹莫特诱导的皮肤厚度减少，而细菌菌株x的给药则没有。
[0186]
在第二个类似的研究中，与载体对照(第6天)相比，anaerostipesrhamnosivoransp127-b2a(ar)以及地塞米松(阳性对照)的施用导致咪喹莫特诱导的皮肤厚度(图15a)和基于红斑(0-4)、水肿(0-4)和脱屑(0-4)的总银屑病面积和严重程度指数(pasi)评分(图15b)显著降低。在终止时获取皮肤样品，并通过mesoscalediscovery(msd)分析评估促炎细胞因子和趋化因子的水平(归一化为匀浆蛋白浓度)。如图16所示，anaerostipesrhamnosivoransp127-b2a(ar)的口服给药导致(a)il-17a、(b)tnf-α、(c)il-1β、(d)kc/gro(角质形成细胞化学引诱物(kc)趋化因cxcl1/2，人生长调节致癌基因(gro)的小鼠同源物)和(e)il-4与它们在媒介物对照处理的小鼠中的皮肤水平相比显著降低。
[0187]
5.2特应性皮炎模型
[0188]
特应性皮炎(也称为特应性湿疹)是一种导致皮肤发痒、发红、肿胀和开裂、且随着时间的推移皮肤会增厚的炎症。先前已经报道了通过在小鼠中局部应用恶唑酮在小鼠中诱导特应性皮炎。参见例如hatanoetal.,2009maintenanceofanacidicstratumcorneumpreventsemergenceofmurineatopicdermatitis.jinvestdermat129:1824-1835，以及ishiietal.,2013antipruriticeffectofthetopicalphosphodiesterase4inhibitore6005amelioratesskinlesionsinamouseatopicdermatitismodel.jpharmacolexpther346:105-112。
[0189]
在第一个特应性皮炎研究中，在第0天，通过在背部皮肤上单次局部施用60μl的0.3％噁唑酮(ox)使balb/c小鼠致敏。从第5天开始，每两天对动物背部进行一次ox攻击(60μl，0.3％)，直至终止。测试物从第-7天到终止每天一次施用，包括每天一次通过口服强饲活的、纯化的单个细菌菌株或载体(细菌冷冻培养基)。从第1天到第21天，接受阳性对照的动物在背部局部应用0.05％氯倍他索乳膏(62.5mg/天)。在攻击日，在恶唑酮应用后1到2小时给予测试物和氯倍他索。从第5天开始，每隔一天进行一次皮肤评估，包括根据以下等级评估受影响的皮肤是否有红斑或发红、以及背部皮肤脱屑：
[0190]
皮肤红斑或发红：无＝0微红＝1中等红色＝2明显红色＝3非常明显的红色＝4
[0191]
皮肤鳞屑：无＝0轻微脱屑＝1中度脱屑＝2明显脱屑＝3
非常明显的脱屑＝4
[0192]
如图13所示，与载体对照相比，anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a以及氯倍他索的施用导致噁唑酮诱导的皮肤发红减少，而细菌菌株x的施用则没有。类似地，如图14所示，与媒介物对照相比anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a以及氯倍他索的，施用导致噁唑酮诱导的背部皮肤脱屑减少，而细菌菌株x的施用则没有。
[0193]
进行了第二项特应性皮炎研究，其中，在15天研究的第1、5、8、12和15 天局部施用0.15％2，4-二硝基氟苯(dnfb)以在小鼠中诱导特应性皮炎样损伤。测试项目从第0天至第15天每天施用一次，并且包括通过口服管饲法的活的纯化的单个细菌菌株或媒介物(细菌冷冻培养基)。接受阳性对照的动物从第0天至第15天口服施用地塞米松(10ml/kg)。在第5-8-12-15天，基于红斑(0-4)、水肿(0-4)和脱屑 (0-4)记录皮肤临床评分。如图17所示，与媒介物对照相比，anaerostipesrhamnosivorans p127-b2a(ar)以及地塞米松(阳性对照)的施用导致dnfb诱导的皮肤厚度在第12-15天(图17a)和总皮肤临床评分在第12天(图17b)的显著降低。
[0194]
5.3 anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a与其他菌株的组合
[0195]
在另一个dnfb诱导的特应性皮炎研究中，在研究期间以等量(每天一次) 施用anaerostipes rhamnosivorans p127-b2a(ar)加上克里斯滕森氏菌属菌株(克里斯滕森氏菌种p152-h6d(cha))加上faecalibacterium prausnitzii菌株(faecalibacteriumprausnitzii p162-c10a(fp))的组合，来在动物中评估皮肤状况。单一菌株测试组单独施用克里斯滕森氏菌种p152-h6d，在研究期间每天一次。阴性对照组在研究期间仅每天一次接受载体，而阳性对照组研究期间仅每天一次接受地塞米松。如图18所示，与仅施用载体相比，单独施用cha导致红斑(发红)减少(图18a)以及水肿(厚度) 减少(图18b)。然而，与单独施用cha相比，施用cha fp ar的三重组合导致红斑和水肿二者的减少增强。通过引用并入
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本文提及的每个专利和科学文献的全部公开内容通过引用并入本文用于所有目的。等同物
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