15697、粪双歧杆菌jcm 19861、长双歧杆菌atcc 15697、氢养布劳特氏菌(blautia hydrogenotrophica)dsm 10507、延长布劳特氏菌(blautia producta)atcc 27340、丁酸梭菌dsm 10702、拜氏梭菌(clostridium beijerinckii)ncimb 8052、无害梭菌atcc 14501、产孢梭菌dsm 795、产气柯林斯菌atcc 25986、陪伴粪球菌atcc 27758、霍氏真杆菌dsm 3353、粘真杆菌atcc 5486和粪便瘤胃球菌jcm 15917。
10.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、七种或更多种、八种或更多种、九种或更多种、十种或更多种、十一种或更多种、或全部十二种微生物的16s rrna序列的全长至少95％同一性：粘真杆菌atcc 5486、无害梭菌atcc 14501、粪双歧杆菌jcm 19861、产气柯林斯菌atcc 25986、粪便拟杆菌atcc43183、青春双歧杆菌atcc 15703、婴儿双歧杆菌atcc 15697、长双歧杆菌atcc 15697、生孢梭菌dsm 795、氢养布劳特氏菌dsm 10507、卵形拟杆菌atcc 8483和细金拟杆菌dsm 17565。
11.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种微生物的16srrna序列的全长至少95％同一性：婴儿双歧杆菌atcc 15697、嗜黏蛋白阿克曼菌atcc baa-835、丁酸梭菌dsm 10702、霍氏真杆菌dsm 3353、拜氏梭菌ncimb 8052。
12.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、七种或更多种、八种或更多种、九种或更多种、十种或更多种、十一种或更多种、或全部十二种微生物的16s rrna序列的全长至少97％同一性：粘真杆菌atcc 5486、无害梭菌atcc 14501、粪双歧杆菌jcm 19861、产气柯林斯菌atcc 25986、粪便拟杆菌atcc43183、青春双歧杆菌atcc 15703、婴儿双歧杆菌atcc 15697、长双歧杆菌atcc 15697、生孢梭菌dsm 795、氢养布劳特氏菌dsm 10507、卵形拟杆菌atcc 8483和细金拟杆菌dsm 17565。
13.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种微生物的16srrna序列的全长至少97％同一性：粪厌氧棒杆菌dsm 14662、青春双歧杆菌atcc 15703、生产布劳特氏菌atcc 27340、陪伴粪球菌atcc 27758和粪便瘤胃球菌jcm 15917。
14.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种微生物的16srrna序列的全长至少97％同一性：粪厌氧棒杆菌、青春双歧杆菌、生产布劳特氏菌、陪伴粪球菌和粪便瘤胃球菌。
15.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种微生物的16srrna序列的全长至少97％同一性：婴儿双歧杆菌atcc 15697、嗜黏蛋白阿克曼菌atcc baa-835、丁酸梭菌dsm 10702、霍氏真杆菌dsm 3353、拜氏梭菌ncimb 8052。
16.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物具有16s rrna序列，该序列包含与下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种微生物的16srrna序列的全长至少95％同一性：青春双歧杆菌atcc 15703、粪便瘤胃球菌jcm 15917、生产布劳特氏菌atcc 27340、粪厌氧棒杆菌dsm 14662和陪伴粪球菌atcc 27758。
17.在实施方案中，本文公开的是包含一种或多种微生物的组合物，所述微生物选自：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、粪双歧杆菌、长双歧杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、丁酸梭菌、拜氏梭菌、无害梭菌、产孢梭菌、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、霍氏真杆菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌。
18.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含粪厌氧棒杆菌、青春双歧杆菌、生产布劳特氏菌、陪伴粪球菌和粪便瘤胃球菌。
19.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物来自下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种：粪厌氧棒杆菌dsm 14662、青春双歧杆菌atcc 15703、生产布劳特氏菌atcc 27340、陪伴粪球菌atcc 27758和粪便瘤胃球菌jcm 15917。
20.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含粪厌氧棒杆菌dsm 14662、青春双歧杆菌atcc 15703、生产布劳特氏菌atcc 27340、陪伴粪球菌atcc 27758和粪便瘤胃球菌jcm 15917。
21.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含粪厌氧棒杆菌和陪伴粪球菌。
22.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含粪厌氧棒杆菌、生产布劳特氏菌和陪伴粪球菌。
23.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含粪厌氧棒杆菌dsm 14662和陪伴粪球菌atcc 27758。
24.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含粪厌氧棒杆菌dsm 14662、生产布劳特氏菌atcc 27340和陪伴粪球菌atcc 27758。
25.在实施方案中，本文公开的是组合物，其包含来自婴儿双歧杆菌、嗜粘蛋白阿克曼菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌、拜氏梭菌中的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种或所有五种的微生物。
26.在实施方案中，本文公开的是包含微生物的组合物，该微生物来自下列的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、七种或更多种、八种或更多种、九种或更多种、十种或更多种、十一种或更多种、或全部十二种：粘真杆菌、无害梭菌、粪双歧杆菌、产气柯林斯菌、粪便拟杆菌、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、生孢梭菌、氢养布劳特氏菌、卵形拟杆菌和细金拟杆菌。
27.在实施方案中，本文公开的组合物包含来自青春双歧杆菌、粪瘤胃球菌、生产布劳特氏菌、粪厌氧棒杆菌和陪伴粪球菌的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种或所有五种的微生物。
28.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含一种或多种具有16s rrna序列的额外微生物菌株，所述序列包含与选自下组的微生物的16s rrna序列的全长至少95％的同一性：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、霍氏真杆菌、双裂双岐杆菌(bifidobacterium bifidum)、婴儿双岐杆菌、长双岐杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、溶纤维丁酸弧菌(butyrivibrio fibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(clostridium acetobutylicum)、嗜氨基梭菌(clostridium aminophilum)、拜氏梭菌、丁酸梭菌、大肠梭状芽胞杆菌(clostridium colinum)、吲哚梭菌
(clostridium indolis)、无害梭菌、解黄酮梭菌(clostridium orbiscindens)、屎肠球菌(enterococcus faecium)、直肠真杆菌(eubacterium rectale)、普拉梭菌(faecalibacterium prausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(fibrobacter succinogenes)、吉氏颤螺菌(oscillospira guilliermondii)、盲肠罗斯氏菌(roseburia cecicola)、食葡糖罗斯氏菌(roseburia inulinivorans)、生黄瘤胃球菌(ruminococcus flavefaciens)、活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、卵形瘤胃球菌(ruminococcus obeum)、乳脂链球菌(streptococcus cremoris)、屎链球菌(streptococcus faecium)、婴儿链球菌(streptococcus infantis)、变异链球菌(streptococcus mutans)、嗜热链球菌(streptococcus thermophilus)、粪厌氧棒形菌(anaerofustis stercorihominis)、产丁酸盐菌(anaerostipes hadrus)、人结肠厌氧棍状菌(anaerotruncus colihominis)、生孢梭菌(clostridium sporogenes)、破伤风梭菌(clostridium tetani)、规则粪球菌(coprococcus eutactus)、柱状真杆菌(eubacteriumcylindroides)、细长真杆菌(eubacterium dolichum)、凸腹真杆菌(eubacterium ventriosum)、粪便罗斯氏菌(roseburia faeccis)、人罗斯氏菌(roseburia hominis)、肠道罗斯氏菌(roseburia intestinalis)、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。
29.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含一种或多种具有16s rrna序列的额外微生物菌株，所述序列包含与选自下组的微生物的16s rrna序列的全长至少97％的同一性：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、霍氏真杆菌、双裂双岐杆菌(bifidobacterium bifidum)、婴儿双岐杆菌、长双岐杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、溶纤维丁酸弧菌(butyrivibrio fibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(clostridium acetobutylicum)、嗜氨基梭菌(clostridium aminophilum)、拜氏梭菌、丁酸梭菌、大肠梭状芽胞杆菌(clostridium colinum)、吲哚梭菌(clostridium indolis)、无害梭菌、解黄酮梭菌(clostridium orbiscindens)、屎肠球菌(enterococcus faecium)、直肠真杆菌(eubacterium rectale)、普拉梭菌(faecalibacterium prausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(fibrobacter succinogenes)、吉氏颤螺菌(oscillospira guilliermondii)、盲肠罗斯氏菌(roseburia cecicola)、食葡糖罗斯氏菌(roseburia inulinivorans)、生黄瘤胃球菌(ruminococcus flavefaciens)、活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、卵形瘤胃球菌(ruminococcus obeum)、乳脂链球菌(streptococcus cremoris)、屎链球菌(streptococcus faecium)、婴儿链球菌(streptococcus infantis)、变异链球菌(streptococcus mutans)、嗜热链球菌(streptococcus thermophilus)、粪厌氧棒形菌(anaerofustis stercorihominis)、产丁酸盐菌(anaerostipes hadrus)、人结肠厌氧棍状菌(anaerotruncus colihominis)、生孢梭菌(clostridium sporogenes)、破伤风梭菌(clostridium tetani)、规则粪球菌(coprococcus eutactus)、柱状真杆菌(eubacteriumcylindroides)、细长真杆菌(eubacterium dolichum)、凸腹真杆菌(eubacterium ventriosum)、粪便罗斯氏菌(roseburia faeccis)、人罗斯氏菌(roseburia hominis)、肠道罗斯氏菌(roseburia intestinalis)、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。
30.某些实施方案包括组合物或前述实施方案中任一项的组合物，其包含从至少一种选自以下的微生物中提取的有效蛋白质组分：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆
菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、霍氏真杆菌、双裂双岐杆菌(bifidobacterium bifidum)、婴儿双岐杆菌、长双岐杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、溶纤维丁酸弧菌(butyrivibrio fibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(clostridium acetobutylicum)、嗜氨基梭菌(clostridium aminophilum)、拜氏梭菌、丁酸梭菌、大肠梭状芽胞杆菌(clostridium colinum)、吲哚梭菌(clostridium indolis)、无害梭菌、解黄酮梭菌(clostridium orbiscindens)、屎肠球菌(enterococcus faecium)、直肠真杆菌(eubacterium rectale)、普拉梭菌(faecalibacterium prausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(fibrobacter succinogenes)、吉氏颤螺菌(oscillospira guilliermondii)、盲肠罗斯氏菌(roseburia cecicola)、食葡糖罗斯氏菌(roseburia inulinivorans)、生黄瘤胃球菌(ruminococcus flavefaciens)、活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、卵形瘤胃球菌(ruminococcus obeum)、乳脂链球菌(streptococcus cremoris)、屎链球菌(streptococcus faecium)、婴儿链球菌(streptococcus infantis)、变异链球菌(streptococcus mutans)、嗜热链球菌(streptococcus thermophilus)、粪厌氧棒形菌(anaerofustis stercorihominis)、产丁酸盐菌(anaerostipes hadrus)、人结肠厌氧棍状菌(anaerotruncus colihominis)、生孢梭菌(clostridium sporogenes)、破伤风梭菌(clostridium tetani)、规则粪球菌(coprococcus eutactus)、柱状真杆菌(eubacterium cylindroides)、细长真杆菌(eubacterium dolichum)、凸腹真杆菌(eubacterium ventriosum)、粪便罗斯氏菌(roseburia faeccis)、人罗斯氏菌(roseburia hominis)、肠道罗斯氏菌(roseburia intestinalis)、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。
31.一种组合物，其包含由益生元产生中间分子的第一组一种或多种微生物，其中所述中间分子是乙酸盐、乳酸盐或葡萄糖中的任何一种或多种，以及使用所述中间分子来产生丁酸盐的第二组一种或多种微生物。
32.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂减少用所述制剂治疗的受试者的结肠中的内脏运动反射。
33.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂减轻用所述组合物治疗的受试者响应结肠直肠扩张的疼痛。
34.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中受试者患有肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病。
35.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中受试者是哺乳动物。在特定实施方案中，哺乳动物是人。
36.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含肠溶衣。
37.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成肠溶衣丸。在一些方面，该方法可以包括将组合物配制成肠溶衣丸，其中肠溶衣由ph敏感性聚合物形成。在一些方面，该方法可以包括将组合物配制成肠溶衣丸，其中肠溶衣由ph敏感聚合物形成，其中所述聚合物是eudragit fs30d。
38.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含有效量的防腐剂。
39.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含益生
元。
40.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含肠溶衣。
41.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含益生元，所述益生元选自菊粉、青香蕉、灵芝、木薯、燕麦、果胶、马铃薯或其提取物、复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、低聚果糖(fos)、低聚半乳糖(gos)、淀粉、木质素、车前草、几丁质、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(has)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、低聚甘露糖、低聚甘露聚糖(mos)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式低聚半乳糖、果胶、抗性淀粉、低聚木糖(xos)以及它们的任一组合。
42.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中至少一种微生物是冻干的。
43.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中至少一种微生物是能存活的。
44.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中至少一种微生物是不能存活的。
45.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中至少一种微生物已被巴氏杀菌。
46.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中至少约95％的序列同一性选自：与rrna序列至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％、至少约99.5％和至少约99.5％的序列同一性。
47.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述药物组合物基本上不含得自受试者的粪便。
48.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述至少一种微生物包括微生物群。
49.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于口服递送。
50.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成营养补充剂。
51.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成医疗食品。
52.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成医用益生菌。
53.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于肠道疾病的饮食管理。
54.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于炎症性肠综合征(ibs)的饮食管理。
55.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于肛门递送。
56.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成丸剂。
57.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成胶囊。
58.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成适合通过灌肠施用的液体形式。
59.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成栓剂。
60.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制成适合通过注射递送的液体形式。
61.一种生产前述实施方案中任一项的微生物的方法，该方法包括对微生物进行基因修饰以产生重组微生物。在一些方面，该方法可以包括对微生物进行基因修饰以产生重组微生物，其中操纵子控制重组微生物的生长。
62.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于将微生物递送至受试者的回肠区域。
63.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于将微生物递送至受试者的结肠区域。
64.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述组合物被配制用于将微生物递送至受试者的回肠和结肠区域。
65.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中与单个菌株相比，所述微生物在所述组合物中具有协同稳定性。
66.在一些实施方案中，本文公开了一种用前述实施方案中任一项的组合物的至少一种治疗受试者的方法。
67.在一些实施方案中，本文公开了一种减少受试者结肠中的内脏运动反射的方法，该方法包括向受试者施用至少一种前述实施方案中任一项的组合物。
68.在一些实施方案中，本文公开了一种减轻受试者响应于结肠直肠扩张的疼痛的方法，该方法包括向受试者施用至少一种前述实施方案中任一项的组合物。
69.在具体实施方案中，受试者患有肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病。
70.实施方案包括前述实施方案中任一项的方法，其中治疗和/或施用导致受试者具有改变的微生物组。
71.实施方案包括前述实施方案的方法，其中治疗和/或施用导致受试者具有改变的肠道微生物组。
72.实施方案包括前述实施方案的方法，其中组合物与抗生素共同施用。
73.实施方案包括前述实施方案的方法，其中组合物在抗生素之后施用。在一些方面，该方法可以包括在抗生素之后施用组合物，其中组合物在抗生素之后至少一小时施用。在一些方面，该方法可以包括在抗生素之后施用组合物，其中组合物在抗生素之后至少2小时施用。在一些方面，该方法可以包括在抗生素之后施用组合物，其中组合物在抗生素之后至少12小时施用。在一些方面，该方法可以包括在抗生素之后施用该组合物，其中该组合物在
抗生素之后至少1天施用。在一些方面，该方法可以包括在抗生素之后施用组合物，其中组合物在抗生素之后至少1周施用。在一些方面，该方法可以包括在抗生素之后施用组合物，其中组合物在抗生素之后至少2周施用。
74.实施方案包括前述实施方案的方法，其中组合物在受试者完成抗生素方案后施用。
75.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物配制成膳食补充剂。
76.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物配制成营养补充剂。
77.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物配制成医疗食品。
78.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物配制成医用益生菌。
79.实施方案包括前述实施方案的方法，其中组合物是生物制品。
80.实施方案包括前述实施方案的方法，进一步包括通过测序确定受试者微生物组群的序列。在一些方面，该方法可以进一步包括通过测序确定受试者微生物组的序列，该测序包括对16s rrna进行测序。在一些方面，该方法可以进一步包括通过测序确定受试者微生物组的序列，该测序包括对23s rrna进行测序。在一些方面，该方法可以进一步包括通过测序确定受试者微生物组的序列，该测序包括对23s和16s rrna进行测序。在一些方面，该方法可以进一步包括通过测序确定受试者微生物组的序列，该测序包括完整的生物组测试分辨率(complete biome test resolution)。在一些方面，测序包括长读段测序。在一些方面，该方法可以进一步包括通过测序确定受试者微生物组的序列，其中确定受试者微生物组群的序列在用组合物治疗受试者之前进行。在一些方面，该方法可以进一步包括通过测序确定受试者微生物组的序列，其中确定受试者微生物组群的序列在用组合物治疗受试者之后进行。
81.实施方案包括前述实施方案的方法，还包括通过机器可读代码传输数据。
82.实施方案包括前述实施方案的方法，还包括通过机器可读代码计算数据。
83.实施方案包括前述实施方案的方法，还包括通过机器可读代码存储数据。
84.实施方案包括前述实施方案的方法，其中该方法进一步包括伴随诊断。
85.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物递送至受试者的回肠区域。
86.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物递送至受试者的结肠区域。
87.实施方案包括前述实施方案的方法，其中将组合物递送至受试者的回肠和结肠区域。
88.实施方案包括前述实施方案的方法，其中所述组合物在食物摄入之前施用。在一些方面，该方法可以包括在食物摄入前施用组合物，其中组合物在食物摄入前至少一小时施用。在一些方面，该方法可以包括在食物摄入前施用组合物，其中组合物在食物摄入前至少2小时施用。在一些方面，该方法可以包括在食物摄入前施用组合物，其中组合物在食物摄入前至少3小时施用。在一些方面，该方法可以包括在食物摄入前施用组合物，其中组合物在食物摄入前至少4小时施用。
89.实施方案包括前述实施方案的方法，其中微生物与食物摄入一起施用。
90.通过引用并入
91.本说明书中提及的所有公开、专利以及专利申请通过引用并入本文，其程度如同每个单独的公开、专利或专利申请被专门地且单独地指示通过引用并入。
92.将微生物菌株嗜黏蛋白阿克曼菌培养物保藏atcc baa-835的国际核苷酸序列数据库协作组织(ddbj/embl/genbank)登录号cp001071.1的内容通过引用整体并入本文。
93.将微生物菌株粪厌氧棒形菌培养物保藏dsm 17244的ddbj/embl/genbank登录号aj518871.2的内容通过引用整体并入本文。
94.将微生物菌株粪厌氧棒杆菌培养物保藏dsm 14662的ddbj/embl/genbank登录号ds499744.1的内容通过引用整体并入本文。
95.将微生物菌株粪厌氧棒杆菌产丁酸细菌l1-92的ddbj/embl/genbank登录号aj270487.2的内容通过引用整体并入本文。
96.将微生物菌株产丁酸盐菌(anaerostipes hadrus)产丁酸细菌ss2/1的ddbj/embl/genbank登录号ay305319.1的内容通过引用整体并入本文。
97.将微生物菌株人结肠厌氧棍状菌培养物保藏dsm 17241的ddbj/embl/genbank登录号aj315980.1的内容通过引用整体并入本文。
98.将微生物菌株细金拟杆菌培养物保藏dsm 17565的ddbj/embl/genbank登录号gca_000156195.1的内容通过引用整体并入本文。
99.将微生物菌株卵形拟杆菌培养物保藏atcc 8483的ddbj/embl/genbank登录号gcf_000154125.1的内容通过引用整体并入本文。
100.将微生物菌株粪便拟杆菌培养物保藏atcc 43183的ddbj/embl/genbank登录号nz_abfz00000000.2的内容通过引用整体并入本文。
101.将微生物菌株青春双歧杆菌培养物保藏atcc 15703的ddbj/embl/genbank登录号ap009256.1的内容通过引用整体并入本文。
102.将微生物菌株长双歧杆菌亚种婴儿双歧杆菌培养物保藏atcc 15697的ddbj/embl/genbank登录号cp001095.1的内容通过引用整体并入本文。
103.将微生物菌株长双歧杆菌培养物保藏atcc 15697的ddbj/embl/genbank登录号cp001095.1的内容通过引用整体并入本文。
104.将微生物菌株氢养布劳特氏菌培养物保藏dsm 10507的ddbj/embl/genbank登录号nz_acbz00000000.1的内容通过引用整体并入本文。
105.将微生物菌株生产布劳特氏菌培养物保藏atcc 27340的ddbj/embl/genbank登录号aret01的内容通过引用整体并入本文。
106.将微生物菌株溶纤维丁酸弧菌培养物保藏atcc 19171的ddbj/embl/genbank登录号u41172.1的内容通过引用整体并入本文。
107.将微生物菌株溶纤维丁酸弧菌培养物保藏16.4的ddbj/embl/genbank登录号aj250365.2的内容通过引用整体并入本文。
108.将微生物菌株溶纤维丁酸弧菌培养物保藏ob 156的ddbj/embl/genbank登录号u41168.1的内容通过引用整体并入本文。
109.将微生物菌株产丁酸细菌a2-232的ddbj/embl/genbank登录号ay305305.1的内容通过引用整体并入本文。
110.将微生物菌株产丁酸细菌ss3/4的ddbj/embl/genbank登录号ay305316.1的内容通过引用整体并入本文。
111.将微生物菌株丙酮丁醇梭菌培养物保藏atcc 824的ddbj/embl/genbank登录号
ae001437.1的内容通过引用整体并入本文。
112.将微生物菌株丙酮丁醇梭菌培养物保藏dsm 792的ddbj/embl/genbank登录号x78070.1的内容通过引用整体并入本文。
113.将微生物菌株拜氏梭菌培养物保藏ncimb 8052的ddbj/embl/genbank登录号cp000721.1的内容通过引用整体并入本文。
114.将微生物菌株生孢梭菌培养物保藏dsm 795的ddbj/embl/genbank登录号x68189.1的内容通过引用整体并入本文。
115.将微生物菌株破伤风梭菌的ddbj/embl/genbank登录号x74770.1的内容通过引用整体并入本文。
116.将微生物菌株产气柯林斯菌培养物保藏atcc 25986的ddbj/embl/genbank登录号ae001437.1的内容通过引用整体并入本文。
117.将微生物菌株粪球菌产丁酸细菌l2-50的ddbj/embl/genbank登录号aj270491.2的内容通过引用整体并入本文。
118.将微生物菌株陪伴粪球菌培养物保藏atcc 27758的ddbj/embl/genbank登录号abvr01的内容通过引用整体并入本文。
119.将微生物菌株规则粪球菌培养物保藏atcc 27759的ddbj/embl/genbank登录号ef031543.1的内容通过引用整体并入本文。
120.将微生物菌株圆柱状真杆菌产丁酸细菌t2-87的ddbj/embl/genbank登录号ay305306.1的内容通过引用整体并入本文。
121.将微生物菌株圆柱状真杆菌产丁酸细菌sm7/11的ddbj/embl/genbank登录号ay305313.1的内容通过引用整体并入本文。
122.将微生物菌株细长真杆菌培养物保藏dsm 3991的ddbj/embl/genbank登录号l34682.2的内容通过引用整体并入本文。
123.将微生物菌株霍氏真杆菌产丁酸细菌l2-7的ddbj/embl/genbank登录号aj270490.2的内容通过引用整体并入本文。
124.将微生物菌株霍氏真杆菌产丁酸细菌sm6/1的ddbj/embl/genbank登录号ay305318.1的内容通过引用整体并入本文。
125.将微生物菌株霍氏真杆菌培养物保藏atcc 27751的ddbj/embl/genbank登录号l34621.2的内容通过引用整体并入本文。
126.将微生物菌株粘真杆菌培养物保藏atcc 5486的ddbj/embl/genbank登录号nz_cp019962.1的内容通过引用整体并入本文。
127.将微生物菌株直肠真杆菌a1-86的ddbj/embl/genbank登录号aj270475.2的内容通过引用整体并入本文。
128.将微生物菌株直肠真杆菌培养物保藏atcc 33656的ddbj/embl/genbank登录号nc_012781.1的内容通过引用整体并入本文。
129.将微生物菌株凸腹真杆菌培养物保藏atcc 27560的ddbj/embl/genbank登录号l34421.2的内容通过引用整体并入本文。
130.将微生物菌株普氏栖粪杆菌产丁酸细菌m21/2的ddbj/embl/genbank登录号ay305307.1的内容通过引用整体并入本文。
131.将微生物菌株普氏栖粪杆菌的ddbj/embl/genbank登录号fp929046.1的内容通过引用整体并入本文。
132.将微生物菌株普氏栖粪杆菌的ddbj/embl/genbank登录号gg697168.2的内容通过引用整体并入本文。
133.将微生物菌株产琥珀酸丝状杆菌亚种产琥珀酸的ddbj/embl/genbank登录号cp002158.1的内容通过引用整体并入本文。
134.将微生物菌株丁酸梭菌培养物保藏dsm 10702的ddbj/embl/genbank登录号nz_aujn01000001.1的内容通过引用整体并入本文。
135.将微生物菌株吲哚梭菌培养物保藏dsm 755的ddbj/embl/genbank登录号nz_azui01000001.1的内容通过引用整体并入本文。
136.将微生物菌株霍氏真杆菌培养物保藏dsm 3353的ddbj/embl/genbank登录号acep01000175.1的内容通过引用整体并入本文。
137.将微生物菌株粪源罗氏菌m72/1的ddbj/embl/genbank登录号ay305310.1的内容通过引用整体并入本文。
138.将微生物菌株人源罗氏菌模式菌株a2-183t的ddbj/embl/genbank登录号aj270482.2的内容通过引用整体并入本文。
139.将微生物菌株肠源罗氏菌l1-82的ddbj/embl/genbank登录号aj312385.1的内容通过引用整体并入本文。
140.将微生物菌株食葡糖罗氏菌模式菌株a2-194t的ddbj/embl/genbank登录号aj270473.3的内容通过引用整体并入本文。
141.将微生物菌株食葡糖罗氏菌培养物保藏dsm 16841的ddbj/embl/genbank登录号nz_acfy01000179.1的内容通过引用整体并入本文。
142.将微生物菌株黄色瘤胃球菌培养物保藏atcc 19208的ddbj/embl/genbank登录号k1912489.1的内容通过引用整体并入本文。
143.将微生物菌株活泼瘤胃球菌培养物保藏atcc 29149的ddbj/embl/genbank登录号aayg02000043.1的内容通过引用整体并入本文。
附图说明
144.该专利申请包含至少一幅彩色附图。专利局将根据请求和支付必要费用提供带有彩色附图的本专利或专利申请的副本。
145.本发明的新颖特征在所附权利要求书中详细阐述。通过参考以下对说明性实施方案进行阐述的详细说明和其附图，将获得对本发明的特征和优点的更好理解，所述实施方案中利用了本发明的原理，在附图中：
146.图1a描绘了新生儿模型中治疗和对照雄性小鼠的内脏超敏反应降低。
147.图1b描绘了在ibs模型中治疗和对照雄性小鼠停药1周后对crd的内脏运动反射(vmr)反应。
148.图2a描绘了ibs模型中治疗和对照小鼠的vmr反应。
149.图2b描绘了在ibs模型中停药1周后治疗和对照老年雌性小鼠的vmr反应。
150.图3描绘了在ibs模型中治疗和对照小鼠在停止治疗一周后的vmr反应。
151.图4描绘了在ibs模型中治疗和未治疗的小鼠中对结肠直肠扩张的emg反应。
152.图5描绘了用于测试的张开十字台以及在ibs模型中治疗和未治疗的小鼠在张开臂上花费的时间量的图示。
153.图6描绘了在ibs模型中测量治疗和未治疗小鼠中trpv1活性的实验设计。
154.图7描绘了在ibs模型中治疗、未治疗和退出治疗的小鼠的trpv1活性。
155.图8描绘了在ibs模型中治疗和未治疗小鼠的lmmp中的nnos和huc/d染色。
156.图9描绘了在ibs模型中治疗和未治疗小鼠中lmmp中nnos和huc/d染色的量化。
具体实施方式
157.定义
158.如说明书和权利要求书中所使用的，单数形式“一”、“一个”和“该”包括复数指代，除非上下文另有明确说明。例如，术语“一个样品”包括多个样品，包括其混合物。
159.术语“微生物(microbes)”和“微生物(microorganisms)”在本文中互换使用并且可以指细菌、古细菌、真核生物(例如原生动物、真菌、酵母)和病毒，包括细菌病毒(即噬菌体)。
160.术语“微生物组(microbiome)”、“微生物群(microbiota)”和“微生物菌库(microbial habitat)”在本文中互换使用并且可以指生活在受试者身体上或身体内的微生物的生态群落。微生物组可以由共生、共栖和/或病原微生物组成。微生物组可以存在于受试者的许多(如果不是大多数)部分上或内。微生物组的栖息地的一些非限制性实例可以包括：体表、体腔、体液、肠道、结肠、皮肤表面和毛孔、阴道腔、脐带区域、结膜区域、肠区域、胃、鼻腔和鼻道、胃肠道、泌尿生殖道、唾液、粘液和粪便。
161.术语“药物制剂”是设计用于施用于受试者的任何组合物或制剂。此类制剂可能满足也可能不满足人类使用或fda或其他批准机关或机构批准的安全性、有效性或其他要求。
162.如本文所用，术语“益生元”可以是指可以影响宿主中的微生物的生长和/或活性的化学品和/或成分(例如，可以允许微生物组的组成和/或活性的特定变化)的通用术语。益生元可以为宿主带来健康益处。益生元可以被选择性地发酵，例如在结肠中。益生元的一些非限制性实例可以包括：复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、低聚果糖(fos)、低聚半乳糖(gos)、菊粉、木质素、车前草、几丁质、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(has)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、低聚甘露糖、低聚甘露聚糖(mos)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式低聚半乳糖、果胶、抗性淀粉以及低聚木糖(xos)、青香蕉、灵芝、木薯淀粉、燕麦、果胶、马铃薯或其提取物。益生元可以在食品(例如金合欢胶、瓜尔豆种子、糙米、米糠、大麦壳、菊苣根、菊芋、蒲公英嫩叶、大蒜、韭菜、洋葱、芦笋、麦麸、燕麦麸、烤豆、全麦面粉、香蕉)和母乳中找到。益生元也可以其他形式施用(例如胶囊或膳食补充剂)。
163.如本文所用，术语“益生菌”可以指一种或多种微生物，当适当施用时，其可为宿主或受试者带来健康益处。益生菌的一些非限制性实例包括：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、霍氏真杆菌、双裂双岐杆菌(bifidobacterium bifidum)、婴儿双岐杆菌、长双岐杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、溶纤维丁酸弧菌(butyrivibrio fibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(clostridium acetobutylicum)、嗜氨基梭
菌(clostridium aminophilum)、拜氏梭菌、丁酸梭菌、大肠梭状芽胞杆菌(clostridium colinum)、吲哚梭菌(clostridium indolis)、无害梭菌、解黄酮梭菌(clostridium orbiscindens)、屎肠球菌(enterococcus faecium)、直肠真杆菌(eubacterium rectale)、普拉梭菌(faecalibacterium prausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(fibrobacter succinogenes)、吉氏颤螺菌(oscillospira guilliermondii)、盲肠罗斯氏菌(roseburia cecicola)、食葡糖罗斯氏菌(roseburia inulinivorans)、生黄瘤胃球菌(ruminococcus flavefaciens)、活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、卵形瘤胃球菌(ruminococcus obeum)、乳脂链球菌(streptococcus cremoris)、屎链球菌(streptococcus faecium)、婴儿链球菌(streptococcus infantis)、变异链球菌(streptococcus mutans)、嗜热链球菌(streptococcus thermophilus)、粪厌氧棒形菌(anaerofustis stercorihominis)、产丁酸盐菌(anaerostipes hadrus)、人结肠厌氧棍状菌(anaerotruncus colihominis)、生孢梭菌(clostridium sporogenes)、破伤风梭菌(clostridium tetani)、规则粪球菌(coprococcus eutactus)、柱状真杆菌(eubacterium cylindroides)、细长真杆菌(eubacterium dolichum)、凸腹真杆菌(eubacterium ventriosum)、粪便罗斯氏菌(roseburia faeccis)、人罗斯氏菌(roseburia hominis)、肠道罗斯氏菌(roseburia intestinalis)、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。
164.术语“确定”、“测量”、“评价”、“评估”、“测定”和“分析”在本文中互换使用，并且可以指代任何形式的测量，并且包括确定元素是否存在。(例如，检测)。这些术语可包括定量和/或定性测定。评估可以是相对的或绝对的。这些术语可以包括对本文描述的算法和数据库的使用。“评估存在”可包括确定存在物的量，以及确定其是否存在。如本文所用，术语“基因组组装算法”是指能够在可以确定基因组的完整序列的条件下相互比对测序读段(从头)或参考(重新测序)的任何方法。
165.如本文所用，术语“基因组”可以指生物体的全部遗传信息，其编码在其初级dna序列中。基因组包括基因和非编码序列。例如，基因组可以代表微生物基因组。微生物组的遗传内容可以包括：基因组dna、rna和核糖体rna、表观基因组、质粒以及在构成微生物组的微生物中发现的所有其他类型的遗传信息。
166.如本文所用，“核酸序列”和“核苷酸序列”是指寡核苷酸或多核苷酸及其片段或部分，以及基因组或合成来源的dna或rna，其可以是单链或双链的，并且代表有义或反义链。核酸序列可以由腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶(a、t、c、g和u)以及修饰形式(例如n6-甲基腺苷、5-甲基胞嘧啶等)组成。
167.如本文所用，关于核苷酸序列的术语“同源”和“同源的”是指与其他核苷酸序列的互补程度。可能存在部分同源或完全同源(即同一性)。与核酸序列部分互补即“基本上同源”的核苷酸序列是至少部分抑制完全互补序列与靶核酸序列杂交的核苷酸序列。
168.如本文所用，术语“测序”是指用于确定核酸分子(例如，dna或rna核酸分子)中核苷酸碱基a、t、c、g和u的顺序的测序方法。
169.术语“生物芯片”或“阵列”可以指具有吸附剂附着到其上的大致平坦表面的固体基底。生物芯片的表面可以包括多个可寻址位置，每个位置可以具有结合在那里的吸附剂。生物芯片可以适应探针接口，因此可以用作探针。蛋白质生物芯片适用于捕获多肽并且可以包含在可寻址位置处附接有色谱或生物特异性吸附剂的表面。微阵列芯片通常用于dna
和rna基因表达检测。
170.如本文所用，术语“条形码”是指可用于鉴定核酸片段的起源基因组的任何独特的、非天然存在的核酸序列。
171.术语“受试者”、“个体”、“宿主”和“患者”在本文中可以互换使用并且指代任何动物受试者，包括：人类、哺乳动物、实验室动物、家畜和家庭宠物。受试者可以寄宿多种微生物。受试者在其身体上和体内的不同栖息地中可能具有不同的微生物组。受试者可能被诊断或怀疑处于疾病的高风险中。受试者可能具有导致疾病(生态失调)的微生物组状态。在一些情况下，受试者不一定被诊断或怀疑处于该疾病的高风险中。在某些情况下，受试者可能正遭受感染或处于发生感染或将感染传染给他人的风险中。
172.术语“治疗(treatment)”或“治疗(treating)”在本文中互换使用。这些术语可以但不一定是指获得有益或期望结果的方法，包括但不限于治疗益处和/或预防益处。治疗益处可以意味着根除或改善正在治疗的潜在疾病。此外，可以通过根除或改善与潜在疾病相关的一种或多种生理症状来实现治疗益处，从而在受试者中观察到改善，尽管受试者可能仍患有潜在疾病。预防效果包括延迟、预防或消除疾病或病症的出现，延迟或消除疾病或病症的症状的发作，减缓、停止或逆转疾病或病症的进展，或其任何组合。为了预防性益处，处于发展特定疾病风险的受试者或报告疾病的一种或多种生理症状的受试者可以接受治疗，即使可能尚未做出这种疾病的诊断。
173.术语“16s”、“16s核糖体亚基”和“16s核糖体rna(rrna)”在本文中可以互换使用并且可以指原核生物(例如细菌、古细菌)核糖体的小亚基(例如30s)的组分。16s rrna在微生物物种中进化上高度保守。因此，16s核糖体亚基的测序可用于鉴定和/或比较样品(例如微生物组)中存在的微生物。
174.如本文所用，术语“孢子”可指由微生物产生以抵抗不利条件例如高温、湿度和化学试剂的活细胞。孢子可以有厚壁，使微生物能够在恶劣的条件下长时间生存。在合适的环境条件下，孢子可以发芽产生微生物的活体形式，其能够繁殖并具有微生物的所有生理活动。
175.术语“蛋白质组分”是指从本公开的一种或多种微生物中提取、分离、衍生和/或纯化的一种或多种蛋白质或其片段。蛋白质组分可包含分离的蛋白质、片段或衍生物，或任何两种或更多种蛋白质、片段或衍生物的混合物。在一些实施方案中，蛋白质组分甚至在从微生物中分离后仍可保留功能特性或有益特性，例如本公开的微生物或由本公开的微生物表达的蛋白质所表现的功能特性或有益特性。蛋白质组分可以是或可以包含来自分泌蛋白质、膜蛋白质、内膜蛋白质、外膜蛋白质、周质蛋白质、细胞壁蛋白质或细胞质蛋白质的蛋白质或其片段。在一些实施方案中，蛋白质组分包含来自野生型蛋白质的氨基酸序列。在一些实施方案中，蛋白质组分包含来自野生型蛋白质变体的氨基酸序列，例如，相对于来自野生型蛋白质的氨基酸序列具有一个或多个氨基酸插入、缺失和/或取代的序列。在一些实施方案中，蛋白质组分包含与来自野生型蛋白质的氨基酸序列具有至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％或至少99.9％的序列同一性。蛋白质组分可包含翻译后修饰，例如乙酰化、酰胺化、生物素化、脱酰胺化、法呢基化、甲酰化、岩藻糖基化、香叶基香叶基化、谷胱甘肽化、糖化、糖基化、羟基化、甲基化、单-adp-核糖基化、肉豆蔻酰化、n-乙酰化、n-糖基化、n-肉豆蔻酰
化、亚硝基化、氧化、棕榈酰化、磷酸化、聚(adp-核糖基)化、唾液酸化、硬脂酰化、硫酸化、sumo酰化、泛素化或其任何组合。蛋白质组分可以包括例如脂蛋白、糖蛋白或磷蛋白。例如，可以通过收获微生物培养物的上清液和/或从本文公开的微生物培养物中提取蛋白质组分来获得蛋白质组分。在一些实施方案中，使用表达系统产生蛋白质组分，例如，通过合适的宿主细胞表达重组蛋白，或通过无细胞生物合成过程。可以使用任何合适的技术从本公开的微生物中提取、分离或衍生蛋白质组分，包括但不限于色谱方法、尺寸排阻色谱、疏水相互作用色谱、离子交换色谱、亲和色谱、免疫亲和色谱、金属结合、免疫沉淀、hplc、超速离心、沉淀和差异溶解、和萃取。在一些实施方案中，蛋白质组分是在如本文所公开的对微生物进行巴氏杀菌后获得的。在一些实施方案中，酶用于制备本公开的蛋白质组分，例如蛋白酶或引入翻译后修饰的酶。蛋白质组分可以是降解产物，例如，通过切割较大蛋白质产生的蛋白质片段。本文涉及微生物的公开内容也可适用于来自微生物的蛋白质片段。例如，在一些实施方案中，本公开提供了包含来自本文公开的任何一种或多种微生物的蛋白质组分的组合物，例如药物制剂、治疗组合物、膳食补充剂、营养补充剂、医用益生菌或医用食品。本文中关于包含微生物的组合物和制剂的公开内容也可以适用于来自那些微生物的蛋白质组分。例如，本文公开的制剂、剂型、施用途径、包衣(例如，肠溶衣)、包囊、治疗方法等可以包含来自本公开的一种或多种微生物的蛋白质组分。
176.术语“同型产乙酸菌”或产乙酸菌是指产生乙酸盐(ch3coo-)作为厌氧呼吸或发酵的最终产物的微生物。在一些实施方案中，微生物是细菌。这些微生物通过还原性乙酰辅酶a(乙酰-coa)途径(也称为wood-ljungdahl途径)同时进行厌氧呼吸和碳固定。
177.包含诸如益生菌之类的微生物的组合物可以赋予受试者多种有益效果。这些有益效果的例子可以包括减轻疼痛、免疫调节特征、调节细胞增殖、促进粘膜上皮正常生理发育的能力和增强人体营养。基于微生物的组合物可以作为治疗剂施用于患有与微生物组相关的健康状况或疾病的受试者。基于微生物的组合物可以作为治疗剂施用于受试者，以治疗一种或多种与微生物组无关的疾病。在一些实施方案中，微生物组合物和基于微生物的组合物包括包含本文公开的一种或多种微生物的蛋白质组分的组合物。
178.微生物组合物和制剂
179.本公开的组合物或制剂可以作为药物制剂、治疗组合物、膳食补充剂、营养补充剂、医用益生菌或医用食品施用。在一些情况下，组合物作为药物制剂施用。在一些情况下，组合物作为营养补充剂施用。在一些情况下，组合物作为膳食补充剂施用。在一些情况下，该组合物作为医疗食品施用。在一些情况下，组合物作为医用益生菌施用。在一些情况下，可以口服施用组合物(例如，膳食补充剂、营养补充剂、医用益生菌或医用食品)，例如，作为胶囊、丸剂或片剂。
180.在实施方案中，本文公开的是包含一种或多种选自下列的微生物的制剂：阿克曼菌属(akkermansia sp.)、厌氧棒杆菌(anaerostipes sp.)、拟杆菌属(bacteroides sp.)、双歧杆菌属(bifidobacterium sp.)、布劳特氏菌属(blautia sp.)、梭菌属(clostridium sp.)、柯林斯菌属(collinsella sp.)、粪球菌属(coprococcus sp.)、真杆菌属(eubacterium sp.)和瘤胃球菌属(ruminococcus sp.)以及它们的任何组合。在实施方案中，制剂包含来自一种或多种微生物的蛋白质组分，所述微生物选自阿克曼菌属(akkermansia sp.)、厌氧棒杆菌(anaerostipes sp.)、拟杆菌属(bacteroides sp.)、双歧
杆菌属(bifidobacterium sp.)、布劳特氏菌属(blautia sp.)、梭菌属(clostridium sp.)、柯林斯菌属(collinsella sp.)、粪球菌属(coprococcus sp.)、真杆菌属(eubacterium sp.)和瘤胃球菌属(ruminococcus sp.)以及它们的任何组合。如本文所用，“sp.”代表“物种”，是指该术语前面的所叙述属的所有物种。包括的组合物包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或所有10种不同的所叙述属，或来自其中的蛋白质组分。在进一步的实施方案中，此类制剂可用于治疗或控制肠道疾病。此类肠道疾病的实例包括但不限于肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病。在实施方案中，所述制剂减少用所述制剂治疗的受试者的结肠内脏运动反射和/或减轻结肠疼痛。
181.在实施方案中，本文公开的是包含一种或多种微生物的制剂，所述微生物选自：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、粪双歧杆菌、长双歧杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、丁酸梭菌、拜氏梭菌、无害梭菌、产孢梭菌、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、霍氏真杆菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。在实施方案中，本文公开的是包含来自一种或多种微生物的蛋白质组分的制剂，所述微生物选自：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、粪双歧杆菌、长双歧杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、丁酸梭菌、拜氏梭菌、无害梭菌、产孢梭菌、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、霍氏真杆菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。包括的组合物包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或所有20种所述不同物种和其任何组合，或来自其的蛋白质组分。在进一步的实施方案中，此类制剂可用于治疗肠道疾病。此类肠道疾病的实例包括但不限于肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病。在实施方案中，所述制剂减少用所述制剂治疗的受试者的结肠内脏运动反射和/或减轻结肠疼痛。
182.在实施方案中，本文公开的是包含一种或多种微生物的制剂，所述微生物具有16srrna序列，该序列包含与选自下列的微生物的16s rrna序列的全长至少95％同一性：嗜黏蛋白阿克曼菌atcc baa-835、粪厌氧棒杆菌dsm 14662、细金拟杆菌dsm 17565、卵形拟杆菌atcc 8483、粪便拟杆菌atcc 43183、青春双歧杆菌atcc 15703、婴儿双歧杆菌atcc 15697、粪双歧杆菌jcm 19861、长双歧杆菌atcc 15697、氢养布劳特氏菌(blautia hydrogenotrophica)dsm 10507、延长布劳特氏菌(blautia producta)atcc 27340、丁酸梭菌dsm 10702、拜氏梭菌(clostridium beijerinckii)ncimb 8052、无害梭菌atcc 14501、产孢梭菌dsm 795、产气柯林斯菌atcc 25986、陪伴粪球菌atcc 27758、霍氏真杆菌dsm 3353、粘真杆菌atcc 5486和粪便瘤胃球菌jcm 15917以及其任何组合和来自其的蛋白质组分。包括的组合物包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或所有20种不同微生物，使得1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或所有20个不同的16s rrna序列存在于组合物中。某些实施方案包括制剂，其中至少约95％的序列同一性选自：与rrna序列至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％、至少约99.5％和至少约99.5％的序列同一性。在进一步的实施方案中，此类制剂可用于治疗肠道疾病。此类肠道疾病的实例包括但不限于肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病。在实施方案中，所述制剂减少用所述制剂治疗的受试者的结肠内脏运动反射和/或减轻结肠疼痛。
183.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪厌氧棒杆菌dsm 14662的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
184.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与青春双歧杆菌atcc 15703的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
185.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪便瘤胃球菌jcm 15917的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
186.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与生产布劳特氏菌atcc 27340的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
187.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与陪伴粪球菌atcc 27758的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
188.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与嗜黏蛋白阿克曼菌atcc baa-835的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
189.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与细金拟杆菌dsm 17565的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
190.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与卵形拟杆菌atcc 8483的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
191.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪便拟杆菌atcc 43183的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
192.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与婴儿双歧杆菌atcc 15697的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
193.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪双歧杆菌jcm 19861的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
194.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与长双歧杆菌atcc 15697的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
195.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与氢养布劳特氏菌dsm 10507的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
196.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与丁酸梭菌dsm 10702的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
197.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与拜氏梭菌ncimb 8052的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
198.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与无害梭菌atcc 14501的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
199.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与生孢梭菌dsm 795的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
200.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与产气柯林斯菌atcc 25986的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
201.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与霍氏真杆菌dsm 3353的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
202.在一个实施方案中，用于治疗肠道疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粘真杆菌atcc 5486的16srrna具有至少约：95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
203.在一个实施方案中，用于治疗代谢疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与嗜黏蛋白阿克曼菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
204.在一个实施方案中，用于治疗代谢疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪厌氧棒杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
205.在一个实施方案中，用于治疗代谢疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与细金拟杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
206.在一个实施方案中，用于治疗代谢疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与卵形拟杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
207.在一个实施方案中，用于治疗代谢疾病的组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪便拟杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
208.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与青春双歧杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、
96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
209.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与双裂双歧杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
210.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与婴儿双歧杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
211.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪便双歧杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
212.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与长双歧杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
213.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与氢养布劳特氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
214.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与生产劳特氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
215.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
216.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与溶纤维丁酸弧菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
217.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与丙酮丁醇梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
218.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与嗜氨基梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
219.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与拜氏梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
220.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与丁酸梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
221.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与大肠梭状芽胞杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、
95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
222.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与吲哚梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
223.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与无害梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
224.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与梭状芽胞杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
225.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与产气柯林氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
226.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与陪伴粪球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
227.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与屎肠球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
228.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与霍氏真杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
229.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粘真杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
230.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与直肠真杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
231.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与普氏栖粪杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
232.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与产琥珀酸丝状杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
233.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与嗜酸乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
234.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与短乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、
96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
235.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与保加利亚乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
236.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与干酪乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
237.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与高加索乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
238.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与发酵菌乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
239.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与瑞士乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
240.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与乳酸乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
241.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与植物乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
242.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与罗伊氏乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
243.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与鼠李糖乳杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
244.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与吉氏颤螺菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
245.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与盲肠罗斯氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
246.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与食葡糖罗斯氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
247.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪便瘤胃球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、
96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
248.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与黄色瘤胃球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
249.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与活泼瘤胃球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
250.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与卵瘤胃球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
251.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与乳脂链球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
252.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪链球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
253.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与婴儿链球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
254.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与变形链球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
255.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与嗜热链球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
256.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪厌氧棒形菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
257.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与产丁酸盐菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
258.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与人结肠厌氧棍状菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
259.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与产孢梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
260.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与产孢梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、
96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
261.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与破伤风梭菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
262.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
263.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与规则粪球菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
264.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与圆柱体真杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
265.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与长下颌真杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
266.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与凸腹真杆菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
267.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与粪便罗斯氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
268.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与人源罗斯氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
269.在一个实施方案中，组合物包含分离的和/或纯化的微生物群，其由与肠道罗斯氏菌的16srrna具有至少约：70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％序列同一性的微生物组成。
270.在一个实施方案中，组合物包含来自粪厌氧棒杆菌、青春双歧杆菌、生产布劳特氏菌、陪伴粪球菌和粪便瘤胃球菌的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种的微生物。
271.在一个实施方案中，一种组合物包含以下微生物中的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或所有五种不同的微生物，所述微生物具有与粪厌氧棒杆菌、青春双歧杆菌、生产布劳特氏菌、陪伴粪球菌和粪便瘤胃球菌的16s rrna序列的全长具有至少97％同一性的16s rrna序列。
272.在一个实施方案中，组合物包含来自由粪厌氧棒杆菌dsm 14662、青春双歧杆菌atcc 15703、生产布劳特氏菌atcc 27340、陪伴粪球菌atcc 27758和粪便瘤胃球菌jcm 15917组成的组的2种或更多种、3种或更多种、四种或更多种、或全部五种。
273.在一个实施方案中，组合物包含粪厌氧棒杆菌、青春双歧杆菌、生产布劳特氏菌、
陪伴粪球菌和粪便瘤胃球菌。
274.在一个实施方案中，一种组合物包含16s rrna序列，该序列与粪厌氧棒杆菌、青春双歧杆菌、生产布劳特氏菌、陪伴粪球菌和粪便瘤胃球菌的16s rrna序列的全长具有至少97％同一性。
275.在一个实施方案中，组合物包含粪厌氧棒杆菌dsm 14662、青春双歧杆菌atcc 15703、生产布劳特氏菌atcc 27340、陪伴粪球菌atcc 27758和粪便瘤胃球菌jcm 15917。
276.在一个实施方案中，一种组合物包含粪厌氧棒杆菌和陪伴粪球菌。
277.在一个实施方案中，一种组合物包含16s rrna序列，该序列与粪厌氧棒杆菌和陪伴粪球菌的16s rrna序列的全长具有至少97％同一性。
278.在一个实施方案中，一种组合物包含粪厌氧棒杆菌dsm 14662和陪伴粪球菌atcc27758。
279.在一个实施方案中，一种组合物包含粪厌氧棒杆菌、生产布劳特氏菌和陪伴粪球菌。
280.在一个实施方案中，一种组合物包含16s rrna序列，该序列与粪厌氧棒杆菌、生产布劳特氏菌和陪伴粪球菌的16s rrna序列的全长具有至少97％同一性。
281.在一个实施方案中，一种组合物包含粪厌氧棒杆菌dsm 14662、生产布劳特氏菌atcc27340和陪伴粪球菌atcc 27758。
282.某些实施方案包括前述实施方案中任一项的组合物，其中所述制剂还包含一种或多种具有16s rrna序列的额外微生物菌株，所述序列包含与选自下组的微生物的16s rrna序列的全长至少95％的同一性：嗜粘蛋白阿克曼菌、粪厌氧棒杆菌、细金拟杆菌、卵形拟杆菌、粪便拟杆菌、霍氏真杆菌、双裂双岐杆菌(bifidobacterium bifidum)、婴儿双岐杆菌、长双岐杆菌、氢养布劳特氏菌、生产布劳特氏菌、溶纤维丁酸弧菌(butyrivibrio fibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(clostridium acetobutylicum)、嗜氨基梭菌(clostridium aminophilum)、拜氏梭菌、丁酸梭菌、大肠梭状芽胞杆菌(clostridium colinum)、吲哚梭菌(clostridium indolis)、无害梭菌、解黄酮梭菌(clostridium orbiscindens)、屎肠球菌(enterococcus faecium)、直肠真杆菌(eubacterium rectale)、普拉梭菌(faecalibacterium prausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(fibrobacter succinogenes)、吉氏颤螺菌(oscillospira guilliermondii)、盲肠罗斯氏菌(roseburia cecicola)、食葡糖罗斯氏菌(roseburia inulinivorans)、生黄瘤胃球菌(ruminococcus flavefaciens)、活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、卵形瘤胃球菌(ruminococcus obeum)、乳脂链球菌(streptococcus cremoris)、屎链球菌(streptococcus faecium)、婴儿链球菌(streptococcus infantis)、变异链球菌(streptococcus mutans)、嗜热链球菌(streptococcus thermophilus)、粪厌氧棒形菌(anaerofustis stercorihominis)、产丁酸盐菌(anaerostipes hadrus)、人结肠厌氧棍状菌(anaerotruncus colihominis)、生孢梭菌(clostridium sporogenes)、破伤风梭菌(clostridium tetani)、规则粪球菌(coprococcus eutactus)、柱状真杆菌(eubacteriumcylindroides)、细长真杆菌(eubacterium dolichum)、凸腹真杆菌(eubacterium ventriosum)、粪便罗斯氏菌(roseburia faeccis)、人罗斯氏菌(roseburia hominis)、肠道罗斯氏菌(roseburia intestinalis)、产气柯林斯菌、陪伴粪球菌、粘真杆菌和粪便瘤胃球菌以及其任何组合。某
些实施方案包括制剂，其中至少约95％的序列同一性选自：与rrna序列至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％、至少约99.5％和至少约99.5％的序列同一性。
283.组合物可以包含至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种、至少26种、至少27种、至少28种、至少29种、至少30种、至少31种、至少32种、至少33种、至少34种、至少35种、至少36种、至少37种、至少38种、至少39种、至少40种、至少45种、或至少50种、或至少75种、或至少100种微生物。组合物可以包含至多1种、至多2种、至多3种、至多4种、至多5种、至多6种、至多7种、至多8种、至多9种、至多10种、至多11种、至多12种、至多13种、至多14种、至多15种、至多16种、至多17种、至多18种、至多19种、至多20种、至多21种、至多22种、至多23种、至多24种、至多25种、至多26种、至多27种、至多28种、至多29种、至多30种、至多31种、至多32种、至多33种、至多34种、至多35种、至多36种、至多37种、至多38种、至多39种、至多40种、至多45种、或至少50种、或至少75种、或至少100种微生物。
284.本文提供了可以作为药物、治疗剂、膳食或营养补充剂和/或化妆品施用的组合物。本文所述的一种或多种微生物或来自其的蛋白质组分可用于产生包含有效量的用于治疗受试者的组合物的组合物。微生物或来自其中的蛋白质组分可以在本领域已知的任何制剂中。一些非限制性实例可包括局部、胶囊、丸剂、灌肠剂、液体、注射剂等。在一些实施方案中，本文公开的一种或多种菌株可以包括在食品或饮料产品、化妆品或营养补充剂中。
285.在一些实施方案中，本文所述的组合物包含肠溶衣。该组合物可以配制成肠溶衣丸。肠溶包衣可以保护制剂的内容物，例如丸剂或胶囊免受胃酸的影响，并提供至回肠和/或上结肠区域的递送。肠溶包衣的非限制性实例包括ph敏感性聚合物(例如eudragit fs30d)、丙烯酸甲酯-乙基丙烯酸共聚物、乙酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、羟丙基甲基纤维素乙酸琥珀酸酯(例如，乙酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、虫胶、偏苯三酸醋酸纤维素、海藻酸钠、玉米醇溶蛋白、其他聚合物、脂肪酸、蜡、虫胶、塑料以及植物纤维。
286.肠溶包衣可以设计成在任何合适的ph下溶解。在一些实施方案中，肠溶包衣设计成在大于约ph 6.5至约ph 7.0的ph下溶解。在一些实施方案中，肠溶包衣设计成在大于约ph6.5的ph下溶解。在一些实施方案中，肠溶包衣设计成在大于约ph 7.0的ph下溶解。肠溶包衣可以设计成在大于约以下的ph下溶解：5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4或7.5ph单位。
287.组合物可以基本上不含防腐剂。在一些应用中，组合物可包含至少一种防腐剂。在特定实施方案中，如本文所述的制剂可包含有效量的防腐剂。“有效”量是保存或增加组合物的保质期超过如果制剂中不存在防腐剂将获得的量的任何量。这种防腐剂的例子包括但不限于维生素e、维生素c、丁基化羟基苯甲醚(bha)、丁基化羟基甲苯(bht)、乙二胺四乙酸二钠(edta)、聚磷酸盐、柠檬酸、苯甲酸盐、苯甲酸钠、山梨酸盐、丙酸和亚硝酸盐。
288.该制剂可以包括一种或多种活性成分。活性成分包括但不限于抗生素、益生元、益生菌、聚糖(例如，作为将限制特定细菌/病毒与肠壁结合的诱饵)、噬菌体、微生物、细菌、蛋白质组分等。
289.在一些实施方案中，制剂包含益生元。在一些实施方案中，益生元是菊粉、青香蕉、
灵芝、木薯淀粉、燕麦、果胶、马铃薯或其提取物，复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、低聚果糖(fos)、低聚半乳糖(gos)、淀粉、木质素、车前草、几丁质、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(has)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、低聚甘露糖、低聚甘露聚糖(mos)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式低聚半乳糖、果胶、抗性淀粉以及低聚木糖(xos)、或其任何组合。益生元可以作为微生物制剂的能量源。
290.制剂可配制成通过合适的方法施用以递送至受试者的胃肠道的任何部分，包括口腔，嘴，食道，胃，十二指肠，小肠区域，其包含十二指肠、空肠、回肠，和大肠区域，其包含盲肠、结肠、直肠和肛管。在一些实施方案中，组合物被配制用于递送至胃肠道的回肠和/或结肠区域。
291.药物制剂可以配制成膳食补充剂。药物制剂可以与维生素补充剂结合。药物制剂可以配制成可咀嚼的形式，例如益生菌软糖。药物制剂可以掺入某种形式的食物和/或饮料中。可掺入微生物组合物的食品和饮料的非限制性实例包括，例如，棒、奶昔、果汁、婴儿配方食品、饮料、冷冻食品、发酵食品和培养乳制品，例如酸奶、酸奶饮料、奶酪、嗜酸菌饮料和kefir。
292.本公开的制剂可以作为粪便移植过程的一部分施用。可以通过管例如鼻胃管、鼻空肠管、鼻十二指肠管、经口胃管、经口空肠管或经口十二指肠管向受试者施用制剂。可以通过结肠镜检查、内窥镜检查、乙状结肠镜检查和/或灌肠将制剂施用于受试者。
293.在一些实施方案中，组合物被配制为使得一种或多种微生物一旦被递送到目标栖息地(例如肠道)就可以复制。在一个非限制性实例中，将微生物组合物配制成胶囊或丸剂，使得胶囊或丸剂具有至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的保质期。在另一个非限制性实例中，微生物组合物的储存被配制为使得微生物一旦进入肠道就可以繁殖。在一些实施方案中，可以添加其他组分以有助于微生物组合物的保质期。在一些实施方案中，一种或多种微生物可以以能够在非自然环境中生存的方式配制。例如，肠道原生的微生物可能无法在富氧环境中生存。为了克服这一限制，可以将微生物制成药丸，以减少或消除与氧气的接触。提高微生物保质期的其他策略可以包括其他微生物(例如，如果组合物包含一种或多种菌株有助于一种或多种菌株存活的元素)。
294.在一些实施方案中，将一种或多种微生物冻干(例如，冷冻干燥)并配制成粉剂、片剂、肠溶衣胶囊(例如用于递送至回肠/结肠)或丸剂，其可以通过任何合适的路线施用于受试者。冻干制剂可以在施用前与盐水或其他溶液混合。
295.在一些实施方案中，组合物被配制用于口服施用，例如，作为肠溶衣胶囊或丸剂，用于将制剂的内容物递送至受试者的回肠和/或结肠区域。
296.在一些实施方案中，组合物被配制用于口服施用。在一些实施方案中，该组合物被配制成用于口服施用的肠溶衣丸或胶囊。在一些实施方案中，组合物被配制用于将微生物或蛋白质组分从其中递送至受试者的回肠区域。在一些实施方案中，组合物被配制用于将微生物或蛋白质组分从其中递送至受试者的结肠区域(例如上结肠)。在一些实施方案中，组合物被配制用于将微生物或蛋白质组分从其中递送至受试者的回肠和结肠区域。
297.在一些实施方案中，可以在施用本公开的制剂之前进行例如结肠清洁方法，例如结肠冲洗/水疗法、灌肠、施用泻药、膳食补充剂、膳食纤维、酶和镁。
298.在一些实施方案中，将组合物配制成孢子群。可以通过本文所述的任何合适的途径施用含孢子制剂。口服施用的含孢子制剂可以在胃的低ph值环境中存活。所用孢子的量可以是，例如，整个制剂的约1％w/w至约99％w/w。
299.本文提供的制剂可以包括向治疗剂或化妆品中添加一种或多种剂，以便提高制剂中微生物的稳定性和/或存活率。稳定剂的非限制性实例包括遗传元件、甘油、抗坏血酸、脱脂乳、乳糖、吐温、藻酸盐、黄原胶、角叉菜胶、甘露醇、棕榈油以及聚l-赖氨酸(popl)。在一些实施方案中，稳定剂增强蛋白质组分的稳定性。
300.在一些实施方案中，制剂包含一种或多种重组微生物或已被遗传修饰的微生物。在其他实施方案中，一种或多种微生物未被修饰或重组。在一些实施方案中，制剂包含可被调节的微生物，例如包含操纵子或启动子以控制微生物生长的微生物。可以使用任何合适的方法，包括重组方法来产生、生长或修饰本文所述的微生物。蛋白质组分可以来自基因修饰的微生物。
301.可以为受试者定制制剂。定制制剂可包含例如益生元、益生菌、抗生素或本文所述的活性剂的组合。包括例如年龄、性别和体重在内的受试者特有的数据可以与分析结果结合以提供针对受试者定制的治疗剂。例如，包含特定微生物的治疗和/或化妆制剂可以提供相对于年龄和性别匹配的健康受试者亚群而言所述特定微生物低的受试者的微生物组，以匹配与受试者年龄和性别相同的健康受试者的亚群。
302.本文提供的制剂可包括适合以下的制剂，口服(包括颊和舌下)、鼻内、局部、透皮、透皮贴剂、肺部、阴道、直肠、栓剂、粘膜、全身、或肠胃外，包括肌肉内、动脉内、鞘内、皮内、腹膜内、皮下和静脉内施用，或以适合通过雾化、吸入或吹入施用的形式。
303.制剂可以包括载剂和/或赋形剂(包括但不限于缓冲剂、碳水化合物、脂质、甘露醇、蛋白质、多肽或氨基酸诸如甘氨酸、抗氧化剂、抑菌剂、螯合剂、悬浮剂、增稠剂和/或防腐剂)、金属(例如铁、钙)、盐、维生素、矿物质、水、油(包括石油、动物、植物或合成来源的那些，诸如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等)、盐水溶液、右旋糖和甘油水溶液、调味剂、着色剂、除粘剂和其他可接受的添加剂、佐剂或粘合剂、接近生理条件所需的其他药学上可接受的辅助物质，诸如ph缓冲剂、张力调节剂、乳化剂、润湿剂等。赋形剂的实例包括淀粉、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明胶、麦芽、大米、面粉、白垩、硅胶、硬脂酸钠、单硬脂酸甘油酯、滑石粉、氯化钠、干脱脂奶、甘油、丙二醇、水、乙醇等。
304.适用于本公开的药学上可接受的赋形剂的非限制性实例包括造粒剂、粘合剂、润滑剂、崩解剂、甜味剂、助流剂、抗粘剂、抗静电剂、表面活性剂、抗氧化剂、树胶、包衣剂、着色剂、调味剂、分散增强剂、崩解剂、包衣剂、增塑剂、防腐剂、悬浮剂、乳化剂、植物纤维素材料和滚圆剂，以及其任何组合。
305.药学上可接受的赋形剂的非限制性例子可以在例如以下文献中找到：remington:the science and practice of pharmacy,nineteenth ed(easton,pa.:mack publishing company,1995)；hoover,john e.,remington's pharmaceutical sciences,mack publishing co.,easton,pa.1975；liberman,h.a.和lachman,l.,eds.,pharmaceutical dosage forms,marcel decker,new york,n.y.,1980；和pharmaceutical dosage forms and drug delivery systems,seventh ed.(lippincott williams&wilkins 1999)，其中每一篇都通过引用整体并入。
306.药物组合物、治疗组合物、营养组合物、饮食组合物或化妆品组合物可以被封装在合适的载体中，例如脂质体、微球体或微粒。可以定制由聚合物或蛋白质形成的微球体以通过胃肠道直接进入血流。或者，可将化合物与微球体或微球体的复合物结合，并植入以在数天至数月的时间段内缓慢释放。
307.药物、治疗或化妆品组合物可以配制成无菌溶液或悬浮液。组合物可以通过常规技术灭菌或可以无菌过滤。所得水溶液可以按原样包装使用，或冻干。微生物组合物的冻干制剂可以包装成适合口服施用的形式，例如胶囊或丸剂。
308.组合物可以局部施用并且可以配制成多种可局部施用的组合物，例如溶液、悬浮液、洗剂、凝胶、糊剂、药棒、香膏、乳膏和软膏。这样的组合物可以包含增溶剂、稳定剂、张力增强剂、缓冲剂和防腐剂。
309.组合物还可以配制成直肠组合物，例如灌肠剂、直肠凝胶、直肠泡沫、直肠气雾剂、栓剂、果冻栓剂或保留灌肠剂，包含常规栓剂基质例如可可脂或其他甘油酯，以及合成聚合物例如聚乙烯吡咯烷酮、peg等。在组合物的栓剂形式中，可以使用低熔点蜡，例如脂肪酸甘油酯的混合物，任选地与可可脂组合。
310.可以使用一种或多种生理学上可接受的载体来配制组合物，所述载体包括赋形剂和助剂，其有助于将微生物(或例如，来自其中的蛋白质组分)加工成可药用的制剂。可以根据所选择的施用途径修改制剂。本文所述的组合物可以例如通过常规的混合、溶解、制粒、玻璃化、喷雾干燥、冻干、糖衣丸制造、研磨、包封、包埋、乳化或压缩过程来制造。
311.在一些实施方案中，组合物以干燥形式制备，例如通过喷雾干燥或冻干。在一些实施方案中，制剂被制备为液体胶囊以保持微生物或来自其中的蛋白质组分的液体形式。
312.本文提供的组合物可以在任何合适的温度下储存。制剂可以储存在冷藏库中，例如，在约-80℃、约-20℃、约-4℃或约4℃的温度下。储存温度可以是例如约0℃、约1℃、约2℃、约3℃、约4℃、约5℃、约6℃、约7℃、约8℃、约9℃、约10℃、约12℃、约14℃、约16℃、约20℃、约22℃或约25℃。在一些实施方案中，储存温度在约2℃至约8℃之间。在低温例如约2℃至约8℃下储存微生物组合物可以例如当存在于液体或凝胶制剂中时保持微生物存活并提高组合物的效率。在低于0℃的冷冻温度下与冷冻保护剂一起储存可以进一步延长稳定性。
313.组合物的ph可以在约3至约12的范围内。组合物的ph可以是例如约3至约4、约4至约5、约5至约6、约6至约7、约7至约8、约8至约9、约9至约10、约10至约11、或约11至约12个ph单位。组合物的ph可以是例如约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11或约12个ph单位。组合物的ph可以是例如至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少11或至少12个ph单位。组合物的ph可以是例如至多3、至多4、至多5、至多6、至多7、至多8、至多9、至多10、至多11或至多12个ph单位。如果ph值超出了配置者期望的范围，可以通过使用足量的药学上可接受的酸和碱来调节ph。在一些实施方案中，组合物的ph在约4和约6之间。
314.可以施用含有本文所述微生物和/或来自其中的蛋白质组分的组合物用于预防和/或治疗处理。在治疗应用中，可以以足以治愈或至少部分抑制疾病或病症的症状或治愈、治好、改善或减轻疾病或病症或者改善状况的量将组合物施用至已经患有疾病或病症的受试者。还可以施用微生物组合物以降低病情发展、收缩或恶化的可能性。对该用途有效的量可以根据疾病或病症的严重程度和病程、先前的治疗、受试者的健康状况、体重和对药物的反应以及治疗医师的判断而变化。
315.在一些实施方案中，将一种或多种微生物或来自其中的蛋白质组分组合在组合物中可以在施用于个体时提供协同效应。例如，第一种微生物的施用可能对受试者有益，而第二种微生物的施用可能对受试者有益，但是当将两种微生物一起施用给受试者时，益处大于单独的任何一种益处。
316.组合物中不同类型的微生物或蛋白质组分可以相同量或不同量存在。例如，组合物中两种微生物的比率可为约1:1、1:2、1:5、1:10、1:25、1:50、1:100、1:1000、1:10,000或1:100,000。
317.在一些实施方案中，组合物包含至少一种初级发酵菌(例如，产生诸如乳酸或乙酸盐的底物的微生物)和至少一种次级发酵菌(例如，利用初级发酵菌产生的底物来产生如丁酸盐的第二产物的微生物)。在一些实施方案中，组合物包含至少一种初级发酵菌、至少一种二级发酵菌和至少一种益生元(例如，以用作初级和/或发酵菌的能量源)。
318.微生物可以在任何适合生长的培养基中产生，一些非限制性实例包括：rcm、gyt veg、bhi、pygveg、营养培养基、基本培养基、选择性培养基、差异培养基和运输培养基。生长培养基可以包含微量矿物质。生长培养基可以包含盐。生长培养基可以包含维生素。生长培养基可以包含缓冲液。生长培养基的ph可以是例如约7。生长培养基的ph可以是例如约3、约4、约5、约6、约7或约8。生长培养基可以提高微生物菌株可以生长到的最大密度。生长培养基可以允许更高的应变浓度。生长培养基可以缓冲微生物菌株产生的酸，这可以最小化例如非常低的ph的抑制作用。
319.在一些实施方案中，用于微生物培养的培养基是基于植物的培养基，其不含任何基于动物或乳制品的成分或衍生物。在另一个实施方案中，培养基是不含任何动物来源组分的无肉培养基。在一个实施方案中，培养基是具有至少6和至多8的ph的培养基。在一个实施方案中，培养基包含糖、酵母提取物、植物来源的蛋白胨、植物来源的水解产物、半胱氨酸、镁、钙、钾和维生素中的一种或多种；并且缺乏任何基于动物、肉类或乳制品的成分或衍生物。在一个实施方案中，微生物在厌氧条件下培养。在一个实施方案中，微生物在厌氧条件下被冻干。
320.治疗受试者的方法
321.本公开提供了用于治疗受试者或管理健康状况的方法。改变受试者体内微生物组的组成可具有期望的健康后果。本公开的组合物可以作为治疗剂、营养/膳食补充剂、和/或化妆品施用，用于治疗健康状况。被设计用于改变宿主微生物组的治疗可导致患者症状的减轻、疾病的预防和/或疾病或健康状况的治疗。例如，肠道微生物组的修饰可以降低健康状况例如肠道和肠道相关疾病的风险。
322.本文公开的组合物可用于代谢或肠道疾病的膳食管理。本文公开的组合物可用于肠易激综合征、炎性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病的膳食管理。本文公开的组合物可用于受试者结肠内脏运动反射的膳食管理。本文公开的组合物可用于对受试者响应结肠直肠扩张的疼痛进行膳食控制。
323.在实施本文提供的治疗或用途的方法时，将治疗有效量的本文所述微生物组合物施用于患有待治疗疾病或病症的受试者。在一些实施方案中，受试者是哺乳动物，例如人。治疗有效量可以根据疾病的严重程度、受试者的年龄和相对健康状况、制剂的效力和其他因素而广泛变化。受试者可以是例如人类、老年人、成人、青少年、青春期前的青少年、儿童、
蹒跚学步的幼儿、婴儿或新生儿。受试者可以是患者。受试者可以是参加临床研究的个体。受试者可以是实验动物，例如哺乳动物或啮齿动物。
324.在某些实施方案中，本公开提供用于将受试者的微生物菌库恢复到健康状态的方法。所述方法可以包括微生物组校正和/或调整，包括例如重新补充天然微生物、去除病原微生物、施用益生元和微生物组存活所必需的生长因子。在一些实施方案中，所述方法还包括施用抗微生物剂，诸如抗生素。
325.本公开提供了用于受试者的一般化治疗推荐的方法以及用于受试者特异性治疗推荐的方法。这样的方法可以基于受试者的微生物组特征(profile)。治疗方法可以包括以下步骤之一：确定从至少一个受试者获得的生物样品中受试者特异性微生物组特征水平与第二微生物组特征水平的第一比率，基于所述确定检测受试者中是否存在疾病，并向受试者推荐至少一种一般化或受试者特异性治疗以减轻疾病症状。
326.可以使用本文所述的制剂治疗的健康状况包括但不限于肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病。本公开可提供至少一种微生物组的诊断测定，其包括给出关于本文所述健康状况的健康状态或治疗方式的指导的报告。本公开还可以提供用于治疗本文所述的健康状况的治疗和/或化妆制剂。
327.炎症性肠病(ibd)可涉及全部或部分消化道的慢性炎症。ibd可导致溃疡性结肠炎和/或克罗恩病。ibd可以是痛苦并使人虚弱的，并且有时导致危及生命的并发症。
328.本文所述的制剂可用于治疗和/或改善或控制特定症状。在实施方案中，所述制剂用于减少受试者结肠中的内脏运动反射。在进一步的实施方案中，本文所述的制剂用于减轻受试者响应结肠直肠扩张的疼痛。在具体实施方案中，内脏运动反射或结肠直肠扩张由肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和克罗恩病中的一种或多种引起
329.在一些实施方案中，选择益生元和益生菌聚生体以创建不需要任何外部输入的完全自给自足的系统。例如，患有肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和/或克罗恩病的受试者可以用本公开的制剂治疗，该制剂包括益生元和可能的其他药剂。以这种方式，益生元和益生菌形成自给自足系统，其中益生菌代谢益生元膳食并触发下游信号传导以控制和/或改善受试者的肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏、和/或克罗恩病。
330.还提供了针对受试者的微生物组组合物产生益生菌的方法。微生物组组合物可以对受试者的疾病状态和临床治疗反应产生影响。本公开的组合物可以被定制以适合受试者的微生物组组合物，以有效治疗与健康状况相关的症状。例如，对于治疗基于其微生物群差异的特定疾病，针对肥胖个体的治疗性制剂可不同于针对非肥胖个体的治疗性制剂。
331.制剂可以通过合适的方法施用以递送至受试者的胃肠道的任何部分，包括口腔，嘴，食道，胃，十二指肠，小肠区域，其包含十二指肠、空肠、回肠，和大肠区域，其包含盲肠、结肠、直肠和肛管。在一些实施方案中，组合物被配制用于递送至胃肠道的回肠和/或结肠区域。
332.在一些实施方案中，制剂的施用是口服进行的，例如通过胶囊、丸剂、粉末、片剂、凝胶或液体，设计用于在胃肠道中释放组合物。在一些实施方案中，制剂的施用通过注射进行，例如，对于包含丁酸盐、丙酸盐、乙酸盐和短链脂肪酸的制剂。在一些实施方案中，制剂
的施用通过施用于皮肤来进行，例如霜剂、液体或贴剂。在一些实施方案中，制剂的施用通过栓剂和/或通过灌肠剂进行。在一些实施方案中，使用了施用途径的组合。
333.在一些实施方案中，在用抗微生物剂例如抗生素治疗之前、期间和/或之后施用制剂。例如，可以在用抗生素治疗前和/或治疗后至少约1小时、2小时、5小时、12小时、1天、3天、1周、2周、1个月、6个月或1年施用制剂。可以在用抗生素治疗之前和/或之后最多1小时、2小时、5小时、12小时、1天、3天、1周、2周、1个月、6个月或1年施用制剂。
334.在一些实施方案中，在用抗生素治疗后施用制剂。例如，可以在整个抗生素方案或疗程完成后施用制剂。
335.在一些实施方案中，在受试者摄入食物之前、期间和/或之后施用制剂。在一些实施方案中，制剂与受试者摄取的食物一起施用。在一些实施方案中，制剂与食物摄取一起(例如同时)施用。
336.在一些实施方案中，制剂在受试者食物摄取之前施用。在一些实施方案中，当在食物摄入前施用时，该制剂在治疗微生物病症方面更有效或更强力。例如，制剂可以在受试者摄食前施用约1分钟、约2分钟、约3分钟、约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天。例如，制剂可以在受试者摄食前施用至少约1分钟、约2分钟、约3分钟、约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天。例如，制剂可以在受试者摄食前施用至多约1分钟、约2分钟、约3分钟、约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天。
337.在一些实施方案中，在受试者的食物摄入后施用制剂。在一些实施方案中，当在食物摄入后施用时，该制剂在治疗微生物病症方面更有效或更强力。例如，制剂可以在受试者进食后施用至少约1分钟、2分钟、3分钟、5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、5小时、10小时、12小时或1天。例如，制剂可以在受试者进食后施用至多约1分钟、2分钟、3分钟、5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、5小时、10小时、12小时或1天。
338.可以以任何顺序或同时施用多种治疗剂。如果同时，多种治疗剂可以以单一、统一的形式或以多种形式提供，例如，作为多个单独的药丸。该组合物可以一起包装或分开包装，在单个包装中或在多个包装中。可以多剂量给予一种或所有治疗剂。如果不是同时进行，多剂量之间的时间可能会变化多达大约一个月。
339.本文所述的组合物可以在疾病或病症发生之前、期间或之后施用，并且施用组合物的时间可以变化。例如，微生物组合物可以用作预防剂并且可以连续地施用于具有病症或疾病倾向的受试者以降低疾病或病症发生的可能性。可以在症状发作期间或之后尽快将微生物组合物施用于受试者。微生物组合物的施用可以在症状发作的前48小时内、症状发作的前24小时内、症状发作的前6小时内或症状发作的前3小时内开始。初始施用可以通过任何可行的途径，例如通过本文所述的任何途径，使用本文所述的任何制剂。可以在检测到或怀疑疾病或病症发作后尽快施用组合物，并施用治疗疾病所需的时间长度，例如约1个月至约3个月。每个受试者的治疗时间可能有所不同。
340.本文所述的组合物可以与另一疗法组合施用，例如免疫疗法、化学疗法、放射疗法、抗炎剂、抗病毒剂、抗微生物剂和抗真菌剂。
341.本公开的组合物可以与用于代谢或肠道疾病的另一种治疗剂组合施用。在一些实施方案中，本公开的组合物可以与用于肠易激综合征、炎性肠病、溃疡性结肠炎、腹泻、便秘、肠漏和克罗恩病的另一种治疗剂组合施用。在一些实施方案中，本公开的组合物可以与肠易激综合征的治疗剂组合施用。在一些实施方案中，其他治疗剂可用作调节、加强或增强本公开的组合物在受试者中的作用的佐剂。
342.本文所述的组合物可以包装成试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒包括关于组合物的施用/使用的书面说明。书面材料可以是例如标签。书面材料可以建议施用的条件方法。所述说明为受试者和监督医师提供最佳指导，以从疗法的施用中获得最佳临床结果。书面材料可以是标签。在一些实施方案中，标签可以由监管机构批准，例如美国食品和药物管理局(fda)、欧洲药品管理局(ema)或其他监管机构。
343.给药
344.待施用的治疗或化妆组合物的适当量、治疗次数以及单位剂量可以根据受试者和/或受试者的疾病状态而变化。
345.本文所述的组合物可以是适合精确剂量的单次施用的单位剂型。在单位剂型中，制剂可以分成含有适量的一种或多种微生物组合物的单位剂量(例如，包含本公开的一种或多种微生物或蛋白质组分)。单位剂量可以呈包含离散量的制剂的包装的形式。非限制性例子是小瓶或安瓿中的液体。水性悬浮液组合物可以包装在单剂量的不可重新封闭的容器中。组合物可以呈多剂量形式。多剂量的可重新封闭的容器可以，例如，与防腐剂组合使用。用于肠胃外注射的制剂可以单位剂型存在，例如在安瓿或具有防腐剂的多剂量容器中。
346.剂量可以呈固体、半固体或液体组合物的形式。适用的剂型的非限制性实例包括补料(feed)、食品、球粒剂(pellet)、锭剂、液体、酏剂、气雾剂、吸入剂、喷雾剂、粉剂、片剂、丸剂、胶囊、凝胶、凝胶片、纳米混悬剂、纳米颗粒、微凝胶、栓剂含片、水性或油性混悬剂、软膏、贴剂、洗剂、洁牙剂、乳剂、霜剂、滴剂、可分散粉剂或颗粒剂、硬或软凝胶胶囊中的乳剂、糖浆、植物药(phytoceuticals)、营养品(nutraceuticals)、膳食补充剂，以及其任何组合。
347.微生物可以任何合适的浓度存在于组合物中。微生物的浓度可以是例如约101至约10
18
菌落形成单位(cfu)。微生物的浓度可以是例如至少101、至少102、至少103、至少104、至少105、至少106、至少107、至少108、至少109、至少10
10
、至少10
11
、至少10
12
、至少10
13
、至少10
14
、至少10
15
、至少10
16
、至少10
17
或至少10
18
cfu。微生物的浓度可以是例如至多101、至多102、至多103、至多104、至多105、至多106、至多107、至多108、至多109、至多10
10
、至多10
11
、至多10
12
、至多10
13
、至多10
14
、至多10
15
、至多10
16
、至多10
17
或至多10
18
cfu。在一些实施方案中，微生物的浓度为约108cfu至约109cfu。在一些实施方案中，微生物的浓度为约108cfu。在一些实施方案中，微生物的浓度为约109cfu。
348.如本文所述的组合物可以用任何合适的治疗有效浓度的益生元来配制。例如，益生元的治疗有效浓度可为至少约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约
140mg/ml或约150mg/ml。例如，益生元的治疗有效浓度可为至多约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。例如，益生元的治疗有效浓度可为约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。在一些实施方案中，组合物中益生元的浓度为约70mg/ml。在一些实施方案中，益生元是菊粉。
349.如本文所述的组合物可以每天施用例如1、2、3、4、5或更多次。组合物可以例如每天、每隔一天、每周三次、每周两次、每周一次或以其他合适的间隔施用以治疗病症。
350.尽管本文中已经示出并且描述了本发明的优选实施方案，但是对于本领域的技术人员而言将显而易见的是，这些实施方案仅作为示例提供。在不脱离本发明的情况下，现在本领域技术人员将想到许多改变、变化和取代。应该理解的是，本文所述的本发明的实施方案的各种替代方案可用于实践本发明。以下权利要求旨在限定本发明的范围以及由此覆盖在这些权利要求和其等效物的范围内的方法和结构。
351.实施例
352.实施例1a——组合物对新生小鼠模型内脏超敏反应的影响。
353.通过在出生后第9天或第10天将0.5％乙酸(aa)或等体积的盐水溶液作为对照直接注入新生小鼠(c57bl/6)的结直肠，诱导内脏超敏反应。每组包含8只雄性小鼠。幼崽在3周大时断奶，并使其正常长大。在12-24周龄时，小鼠通过每日口服管饲法施用合生元制剂或阴性对照14天(表1)。每只小鼠每天接受约30mg重悬于200ul厌氧pbs中的冻干粉(约1g/kg)。然后通过响应结肠直肠扩张(crd)的腹肌肌电图记录测量内脏运动反射(vmr)来测试内脏超敏反应。所有小鼠在没有给药的情况下被放回笼子7天。在清除期的第七天(第22天)，对小鼠进行第二次vmr对crd的测量并处死。在给药前(第1天)、第一次crd前给药的最后一天后(第15天)和第二次crd前的7天后(第22天)收集粪便。
[0354][0355]
wbf-syn1含有青春双歧杆菌、粪便瘤胃球菌、生产布劳特氏菌、粪厌氧棒杆菌、陪伴粪球菌和菊粉。
[0356]
wbf-syn2含有生产布劳特氏菌、粪厌氧棒杆菌、陪伴粪球菌和菊粉。
[0357]
wbf-syn3含有粪厌氧棒杆菌、陪伴粪球菌和菊粉。
[0358]
wbf-syn4含有巴氏杀菌五菌株组作为wbf-syn1的微生物。
[0359]
对照(wbf-30)含有蔗糖、聚乙烯吡咯烷酮和菊粉。
[0360]
从图1a可以看出，与测定对照(c组)相比，wbf-syn1(a组)在治疗后均显示出vmr反应的显著降低。与阴性对照(c组)相比，三菌株子集wbf-syn2(d组)和巴氏杀菌五菌株组(wbf-syn4，b组)也显示出显著降低的vmr反应。双菌株子集(wbf-syn3；e组)与阴性对照(c
组)没有区别。
[0361]
停止治疗1周后，对于五菌株、三菌株和巴氏杀菌组(a、d、b组)，对crd的vmr反应恢复到阴性对照(c组)的水平(图1b)。
[0362]
实施例1b——组合物对ibs的小鼠模型中结肠痛觉过敏的影响
[0363]
ibs模型是由c57b/6小鼠的轻度新生儿结肠直肠刺激诱导的。在出生后第9-12天，将二十微升0.5％乙酸(aa)或盐水注入小鼠的结肠直肠。每组包含8只混合性别的小鼠。幼崽在3周大时断奶，并使其正常长大。在8-12周龄时，通过每日管饲法向小鼠(一个盐水组和五个乙酸(ibs)组)施用wbf-14、wbf-29或对照溶液(见下表2)，持续2周。然后，使用内脏运动反射(vmr)对结肠直肠扩张(crd)的反应(通过腹肌的emg记录测量)来测试小鼠的结肠疼痛敏感性。然后在vmr测试后处死两组用wbf-14、wbf-29处理的小鼠。其余四组ibs小鼠在vmr至crd天后保持存活，以评估效果的持续性，如果有的话，在wbf-14、wbf-29停止后，然后处死。
[0364][0365]
wbf-14含有婴儿双歧杆菌、嗜黏蛋白阿克曼菌、丁酸梭菌和菊粉。
[0366]
wbf-29含有青春双歧杆菌、粪便瘤胃球菌、生产布劳特氏菌、粪厌氧棒杆菌和陪伴粪球菌以及菊粉。
[0367]
对照(wbf-30)含有蔗糖、聚乙烯吡咯烷酮和菊粉。
[0368]
从图2a可以看出，与wbf-30ibs动物(对照)相比，wbf-14(p＝0.01)和wbf-29(p＝0.059)在治疗后均显示出vmr反应的显著降低。当结果仅限于雌性小鼠时(图2b)，与wbf-30对照相比，wbf-14(p＝0.006)和wbf-29(p＝0.002)的结果均具有统计学意义。停止治疗1周后，vmr反应恢复正常(图3)。
[0369]
实施例2——组合物对emg反应的影响
[0370]
ibs模型通过如实施例1中的乙酸处理来诱导。用wbf-12(测试)或wbf-13(对照)处理测试动物。在各种压力下响应crd记录腹部肌肉的emg记录。
[0371]
wbf-12包含婴儿双歧杆菌、嗜黏蛋白阿克曼菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌、拜氏梭菌和菊粉。
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wbf-13(对照)含有蔗糖、海藻糖、菊粉、聚乙烯吡咯烷酮和脱脂奶。
[0373]
如图4可见，wbf-12治疗显著降低(p《0.05)治疗动物的emg反应。aa表示用乙酸处理。“合生元”是指用wbf-12治疗。“对照”是指wbf-13。
[0374]
实施例3——组合物对焦虑样行为的影响
[0375]
ibs模型通过如实施例1中的乙酸处理来诱导。用wbf-12(测试)或wbf-13(对照)(如上)处理测试动物。将小鼠单独放置在高架十字迷宫中(见图5)，并测量在张开双臂上花费的时间。如图5所示，用wbf-12治疗的小鼠在测试台的张开臂上花费了统计学上显著的更多时间。这些结果表明，与对照动物相比，wbf-12减少了焦虑。
[0376]
实施例4——组合物对背根神经节感觉神经元的影响
[0377]
ibs模型通过如实施例1中的乙酸处理来诱导。用wbf-12(测试)或wbf-13(对照)(如上)处理测试动物。实验设计如图6所示。治疗14天后，处死第一组并分离背根神经节。将cgrp 神经元进行膜片钳夹并测试其trpv1(类维生素(vaniloid)受体)电流。停止治疗另一周后，处死第二组，分离背根神经节。将cgrp 神经元进行膜片钳夹并测试其trpv1(类维生素受体)电流。
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如图7所示，与对照动物相比，用wbf-12治疗的小鼠显示出统计学上显著降低的trpv1功能。进一步停止治疗一周导致trpv1功能恢复。这些结果表明，与对照动物相比，wbf-12减少了焦虑。
[0379]
实施例5——组合物对神经元一氧化氮合酶(nnos)和huc(elav样蛋白3)/hud(elav样蛋白4)表达的影响
[0380]
ibs模型通过如实施例1中的乙酸处理来诱导。用wbf-12(测试)或wbf-13(对照)(如上)处理测试动物两周。将小鼠处死，去除纵向平滑肌肌间神经丛(lmmp)并将其针对nnos(兔抗nnos 1:500)和hu c/d(人抗hu c/d 1:2000)进行染色。
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染色的代表性图像如图8所示，nnos显示为红色，hu c/d显示为绿色。
[0382]
如图9可见，与对照动物相比，用wbf-12处理的小鼠显示出统计学上显著降低的hu c/d和nnos染色。
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