一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和高通量鉴定纯度的方法与流程

技术特征：
1.一组鉴定玉米杂交种纯度的snp核心位点，其特征在于，包括玉米1号染色体第8974336位、1号染色体第289408285位、2号染色体第109563976位、2号染色体第186339948位、3号染色体第27775731位、3号染色体第118083714位、4号染色体第20077010位、4号染色体第128874466位、5号染色体第13402375位、5号染色体第204879476位、6号染色体第39822979位、6号染色体第141476300位、7号染色体第126677146位、7号染色体第15521714位、8号染色体第20978845位、8号染色体第118299376位、9号染色体第104695670位、9号染色体第127197714位、10号染色体第39960289位和10号染色体第109396730位。2.一组扩增权利要求1所述的snp核心位点的引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如seq id no.1～60所示。3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于，扩增玉米1号染色体第8974336位的核苷酸序列如seq id no.1～3所示；扩增玉米1号染色体第289408285位的核苷酸序列如seq id no.4～6所示；扩增玉米2号染色体第109563976位的核苷酸序列如seq id no.7～9所示；扩增玉米2号染色体第186339948位的核苷酸序列如seq id no.10～12所示；扩增玉米3号染色体第27775731位的核苷酸序列如seq id no.13～15所示；扩增玉米3号染色体第118083714位的核苷酸序列如seq id no.16～18所示；扩增玉米4号染色体第20077010位的核苷酸序列如seq id no.19～21所示；扩增玉米4号染色体第128874466位的核苷酸序列如seq id no.22～24所示；扩增玉米5号染色体第13402375位的核苷酸序列如seq id no.25～27所示；扩增玉米5号染色体第204879476位的核苷酸序列如seq id no.28～30所示；扩增玉米6号染色体第39822979位的核苷酸序列如seq id no.31～33所示；扩增玉米6号染色体第141476300位的核苷酸序列如seq id no.34～36所示；扩增玉米7号染色体第126677146位的核苷酸序列如seq id no.37～39所示；扩增玉米7号染色体第15521714位的核苷酸序列如seq id no.40～42所示；扩增玉米8号染色体第20978845位的核苷酸序列如seq id no.43～45所示；扩增玉米8号染色体第118299376位的核苷酸序列如seq id no.46～48所示；扩增玉米9号染色体第104695670位的核苷酸序列如seq id no.49～51所示；扩增玉米9号染色体第127197714位的核苷酸序列如seq id no.52～54所示；扩增玉米10号染色体第39960289位的核苷酸序列如seq id no.55～57所示；扩增玉米10号染色体第109396730位的核苷酸序列如seq id no.58～60所示。4.一种利用权利要求2或3所述的引物高通量鉴定玉米杂交种纯度的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)提取玉米材料的dna，将所述dna利用权利要求2或3所述的引物进行pcr；2)收集原始荧光信号后进行基因分型，将得到的分型结果导入snp数据库管理系统，去除双亲不互补和遗传不稳定的位点，统计至少两个位点的结果，计算玉米纯度。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤1)玉米材料包括玉米的籽粒、幼苗或叶片。6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤1)pcr的体系每1μl包括：20ng烘干的dna、0.5μl 2
×
kasp pcr预混液、0.486μl去离子水和0.014μl引物工作液。
7.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤1)pcr的体系每3μl包括：1.45μl dna、1.5μl 2
×
kasp pcr预混液和0.05μl引物工作液。8.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤1)pcr的体系每10μl包括：1.5μl dna、5μl 2
×
kasp pcr预混液、3.36μl去离子水和0.14μl引物工作液。9.根据权利要求6～8任一项所述的方法，其特征在于，所述引物工作液中上游引物的浓度为12μmol/l，下游引物的浓度为30μmol/l。10.根据权利要求4、6～8任一项所述的方法，其特征在于，所述pcr的程序包括：94℃15min；94℃20s，61-55℃1min 10个循环；94℃20s，55℃60s，30个循环。

技术总结
本发明提供了一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和高通量鉴定纯度的方法，属于基因工程技术领域，所述SNP核心位点包括玉米1号染色体第8974336位、1号染色体第289408285位等20个核心位点。采用本发明提供的SNP位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。的SNP位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。的SNP位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。


技术研发人员：王凤格 王蕊 田红丽 易红梅 赵久然
受保护的技术使用者：北京市农林科学院
技术研发日：2020.07.24
技术公布日：2022/1/25