一种与鸡初生重性状相关的SNP标记及应用的制作方法

一种与鸡初生重性状相关的snp标记及应用
技术领域
1.本发明涉及生物基因技术领域，特别是涉及一种与鸡初生重性状相关的snp标记及应用。


背景技术：

2.生产实践证明，在一定范围内肉鸡初生重越大，其生产性能越好。高初生重肉鸡出栏体重显著大于低初生重肉鸡，高初生重肉鸡的心脏、腺胃、肌胃和小肠重量也显著大于低初生重肉鸡。初生重是衡量鸡生产性能的一个重要指标。由此，筛选鸡初生重相关的分子标记，能够为鸡生产性能的选育提供直接依据。
3.宁都黄鸡是江西省小型地方肉鸡品种，主产于江西省宁都县黄石、对坊等镇，具有早熟脚矮、三黄、五红、体型小肉质好等特点。宁都黄鸡的肉质优，肉紧皮黄，滑嫩爽口。肌肉中蛋白质及必需氨基酸含量、胸肌率、肌纤维密度、肌肉嫩度、亚麻酸含量等营养指标符合国家黄羽肉鸡优质一级的标准。宁都黄鸡初生体重存在明显个体差异，需要通过对该性状进行选育，来提高鸡群的生产性能。
4.如果能够从宁都黄公鸡的生长发育规律及其相关基因入手，筛选初生重相关的遗传标记，通过分子选育的方法，获得生产性能好的个体，有效缩短育种进程。可为鸡的分子辅助选育积累理论基础，为鸡的饲养管理提供数据，对鸡的科学培育是非常必要的。


技术实现要素：

5.本发明的目的是提供一种与鸡初生重性状相关的snp标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题，通过该分子标记可用于开展鸡初生重性状早期选择，能够缩短培育周期、加快培育进程，降低育种成本，具有很高的应用价值。
6.为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
7.本发明提供一种与鸡初生重性状相关的分子标记，其核苷酸序列如seq id no：1所示。
8.进一步地，seq id no：1所示序列的snp位点g.1164处有一个c/t的碱基突变，出现cc、ct和tt不同的基因分型。
9.本发明还提供一种检测所述的与鸡初生重性状相关的分子标记的引物对，包括：
10.上游引物f：5
’‑
ccccacgtaagcacagaaca
‑3’
；
11.下游引物r：5
’‑
gtcctggaggcatcaagcta
‑3’
。
12.本发明还提供一种试剂盒，包括上述的引物对。
13.本发明还提供一种检测所述的与鸡初生重性状相关的分子标记的方法，包括以下步骤：
14.步骤1：提取待检测鸡的基因组dna；
15.步骤2：利用所述的引物对进行pcr扩增，获取扩增产物；
16.步骤3：将步骤2所得的扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型；
17.步骤4：根据基因型分析与鸡初生重性状的相关性，且cc或ct基因型个体的初生重高于tt基因型个体的初生重。
18.进一步地，步骤2中，pcr扩增反应体系包括：dna 1
‑
2μl，2
×
pcr mix 7.5μl，混合引物2μl，h2o补至15μl。
19.进一步地，步骤2中pcr扩增反应程序为：95℃3min；94℃15s，55℃15s，72℃30s，20cycles；72℃3min。
20.本发明还提供所述的分子标记、所述的引物对或所述的试剂盒在检测鸡初生重相关性状中的应用。
21.本发明还提供所述的分子标记、所述的引物对或所述的试剂盒在地方品种鸡种鸡选育中的应用。
22.本发明公开了以下技术效果：
23.本发明以gh基因g.1164位点为分子标记检测该位点在宁都黄鸡中的多态性，并分析其与初生重性状的关系，筛选出了优势基因型，为地方鸡种选育及标记辅助选择提供依据。这种选育方法相较于现在的表型数据选育，不仅成本低、操作简便，并且结果准确。将snp位点检测用于开展鸡初生重性状早期选择，缩短培育周期、加快培育进程，建立一种鸡初生重性状早期选择技术，减少鸡初生重性状的育种时间，降低育种成本，具有很高的应用价值。
附图说明
24.为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
25.图1为实施例2目的位点的分型结果。
具体实施方式
26.现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
27.应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
28.除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
29.在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多
种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。
30.关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
31.实施例1检测与鸡初生重性状相关的分子标记的方法
32.采用pcr方法对相应的变异位点进行分型，根据被检鸡血液目的位点的基因型来选择具有优良生长性状的鸡。具体步骤如下：
33.步骤1：样本dna准备。
34.(1)采集317只0周龄宁都黄公鸡血液，采用苯酚
‑
氯仿抽提法提取血液dna。
35.苯酚
‑
氯仿抽提法(奥斯泊f等，1998)提取基因组dna的具体步骤如下：
36.①
取全血30μl置于1.5ml离心管，分别加入470μl 1
×
set缓冲液、12.5μl20％sds和6μl 10mg/ml蛋白酶k，混合均匀后放于55℃水浴过夜；
37.②
取出样本于1.5ml离心管，加入500μl饱和苯酚，轻摇20min，10000rpm离心10min；
38.③
取上清，再次加入500μl饱和苯酚，轻摇20min，10,000rpm离心10min；
39.④
取上清，加入500μl氯仿
‑
异戊醇(23：1)轻摇20min，10,000rpm离心10min；
40.⑤
取上清，加入1ml冰无水乙醇(
‑
20℃)，来回摇摆以沉淀dna，10,000rpm离心10min后倒出乙醇；
41.⑥
用1ml 75％乙醇清洗dna一次，倒掉乙醇，置于50℃干燥箱内烘干；
42.⑦
待dna完全干燥后加入300μl灭菌后的双蒸水溶解，50℃水浴锅中过夜以溶解dna；
43.⑧
存放于
‑
20℃冰箱中保存备用。
44.(2)dna质量检测与稀释：取质量合格的dna样品，稀释至100ng/μl，
‑
20℃保存备用。
45.步骤2：pcr扩增
46.将合成好的引物用1
×
te溶解到浓度为10pmol，将一组中的引物加到一起，混匀，离心。pcr扩增引物如下所示：
47.上游引物f(seq id no：2):ccccacgtaagcacagaaca；
48.下游引物r(seq id no：3):gtcctggaggcatcaagcta。
49.pcr反应体体系如表1所示：
50.表1 pcr反应体系
[0051][0052]
将配制的pcr总管分装到200μl pcr中，离心，每孔加入2ul dna样品，离心，上pcr仪。
[0053]
pcr反应程序如表2所示。
[0054]
表2 pcr反应程序
[0055][0056][0057]
扩增序列如下seq id no：1所示：
[0058]
cacgagcacccccatccattttaaacagacccccagctatataaggggtgtctcacctgttatcatcacctggatgaaaggaggaaacgttcaagcaacacctgagcaactctcccggcaggaatggctccaggtactttgctttatctcagttctaatgggtgttccaatgctgctgcatgctttgggtgatgggatacgatggtggggtgtgctgtggtgggctgacacacgcagagccggctctgaactaaaatgtggcaacttacagatcagtgacaaaggatctccttccctacagtgcaacttcaaaccatgagctgactcaggtaaccctgagcctaaccttgacagggggcaggaatgagctgcagaatacgaagaacaaggcaaaccagagttgtaatggtgattgctatcatacgtgttgccagggatattaaaactcagttccaaggctttaaaacggagatcaggatgatgtctaatcagactcatagaatggcccgggttgaaaagcacttcaaagatcacctaatttcaaccccttgcacttgtccaagtcctgcaggctccagggcattcctccactgaagttaaaccctactgagattaacttttgtaagcggacactcatgtgagctggatgtcgagggttaataaccttcaggcttgacagtgacctccagatcctacaggtgtgtcccagagagccacagcgcaggtaatgcagccacttctca【c/t】cccagtgaaggcagacagtgccatggcagcagcacggtgcaaataggctcagctgagctgttcccagtcctcacccactgctctccaccctgttggctcacgcgccaaagagtgtaccgtgctctgctcaggaaggtgaaacctaccaaaaaacatcaaaaaacatgagcacgttaggggaaaataaagggacggacccacatggagcaacatgtgggcttgtgtggagggctgcactcacaggtggacacaaccctgagccccaggtgccaccaaaggacgggtaacccctctcctctccgctctgctgtaggctcgtggttttctcctctcctcatcgctgtggtcacgctgggactgccgcaggaagctgctgccaccttccctgccatgcccctctccaacctgtttgccaacgctgtgctgagggctcagcacctccacctcctggctgccgagacatataaagagttcgtaagtgttggccatctcctcattagcttgatgcctccaggaccgtgccacggcttcccaccctgcata
aattcctgcaagcagagacttttcagctatcggtgcctcctgaggaggagaaagggtcttaatagggtaggagaggtgatgaccgaccagcctgtcctccccacagctctctgcctcctcctgcaaggagtcacctcctcctgtccatgtgttctgtgctcacctcaacccttcagtgagagcaatctctaagaccagtaggtgttgtgccaacacgtgggctctgctttcccacctgccagtcctgcacagggatgcacatcatgtcccacgtttccttcttgcaaagagcaacctgccgggaaagagtgaggaaagagtccgtgctcttctcttatcacac
[0059]
注：“【】”内为目的位点。
[0060]
(4)测序分型
[0061]
将扩增得到的pcr产物送生物公司测序。用dnastar软件的seqman模块读取实验结果，查看目的位点基因型。
[0062]
步骤3：性状关联分析
[0063]
采用sas 9.0glm程序进行统计分析gh基因位点g.1164不同基因型与初生重性状的相关性。结果为cc基因型的初生重性状极显著高于tt型个体，具体结果如下表3所示：
[0064]
表3 gh基因位点g.1164不同基因型与鸡初生重性状间的关系
[0065][0066]
实施例2与鸡初生重相关的分子标记在选择不同初生重种鸡中的应用
[0067]
通过gh基因g.1164位点基因型选择具有优良生产性能的鸡。
[0068]
1.样本采集与准备
[0069]
(1)孵化200只宁都黄种鸡蛋；
[0070]
(2)采集血液。
[0071]
2.dna提取
[0072]
采用如实施例1所示的苯酚
‑
氯仿抽提法(奥斯泊f等，1998)提取基因组dna。
[0073]
3.目的位点分型
[0074]
利用实施例1所示的混合引物、反应体系以及反应程序进行pcr扩增，得到扩增产物。
[0075]
4.测序分型
[0076]
将得到的pcr扩增产物送生物公司测序，采用上游引物f进行序列测序。用dnastar软件的seqman模块读取实验结果，查看目的位点基因型。
[0077]
采用chromas软件查看峰图。分型结果有如图1所示的3种结果：
[0078]
5.结果判定。
[0079]
根据分型结果，将基因型分别为cc、ct和tt个体进行标号，根据初生重的实验数据表明，cc基因型个体的初生重性状与tt基因型个体差异显著，且cc基因型优于tt基因型，ct基因型居中，具体结果如表4所示，与预测结果相一致。
[0080]
表4 gh基因位点g.1164不同基因型与鸡初生重性状间的关系
[0081][0082]
以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。