I型干扰素标记及使用方法与流程

i型干扰素标记及使用方法
1.序列表
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技术领域
3.本公开涉及i型干扰素标记及其使用方法。


背景技术：

4.i型干扰素(ifn
‑
i)可表现出保护性或有害效应，这取决于疾病的情况。例如，重组ifn
‑
i已被用于治疗多种癌症(medrano等人，oncotarget8:71249
‑
84,2017)、慢性肝炎(woo等人，annals of translational medicine5:159,2017)和多发性硬化症(zettl等人，expert review of clinical immunology 14:137
‑
53,2018)，而许多自身免疫障碍可受益于该途径的阻断(muskardin and niewold,nature reviews rheumatology 14:214
‑
28,2018)。ifn
‑
i诱导转录物(例如ifn
‑
i标记)的评估可有利于对已确立疾病中疾病状态和/或治疗功效、或ifn
‑
i在其中起作用的早发型疾病内的预防性干预进行评估。因此，需要开发用于检测ifn
‑
i标记的敏感手段。


技术实现要素：

5.本公开提供了一种诊断和治疗患有对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
6.提供来自所述受试者的生物样本；
7.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
8.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
9.当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断所述受试者患有对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病；以及
10.向被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂的治疗有响应的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂。
11.本公开还提供了一种用ifn
‑
i抑制剂治疗疑似患有或患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括
12.通过以下方式确定所述受试者具有升高的ifn
‑
i标记
13.提供来自所述受试者的生物样本；
14.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
15.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、
parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
16.当所述组合表达值等于或高于阈值时，确定所述受试者具有所述升高的ifn
‑
i标记；以及
17.向确定具有所述升高的ifn
‑
i标记的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂以治疗所述ifn
‑
i介导的疾病。
18.本公开还提供了一种检测受试者中升高的i型干扰素(ifn
‑
i)标记的方法，所述方法包括：
19.提供来自所述受试者的生物样本；
20.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
21.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
22.当所述组合表达值等于或高于阈值时，检测所述受试者中所述升高的ifn
‑
i标记。
23.本公开还提供了一种检测受试者中基线i型干扰素(ifn
‑
i)标记的方法，所述方法包括：
24.提供来自所述受试者的生物样本；
25.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
26.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
27.当所述组合表达值小于阈值时，检测所述受试者中的所述基线ifn
‑
i标记。
28.本公开还提供了一种诊断和治疗患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
29.从疑似患有或患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者中获得生物样本；
30.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
31.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
32.当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断所述受试者患有ifn
‑
i介导的疾病；以及
33.通过向所述受试者施用治疗有效量的ifn
‑
i抑制剂来治疗所述疑似患有或患有ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者。
34.本公开还提供了一种用于预测和/或诊断受试者患有ifn
‑
i介导的疾病的体外方法，所述方法包括：
35.从所述受试者中获得生物样本；
36.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
37.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
38.当所述组合表达值等于或高于阈值时，预测和/或诊断所述受试者患有ifn
‑
i介导的疾病。
39.本公开还提供了一种诊断和治疗具有对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
40.提供来自所述受试者的生物样本；
41.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
42.确定基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
43.所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；或者
44.根据式i计算的poise评分：
45.poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式i)；或它们的任何组合；
46.当sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值、所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值或所述poise评分等于或高于35的阈值poise评分时，诊断所述受试者具有对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病；或它们的任何组合；以及
47.向被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂的治疗有响应的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂。
48.本公开还提供了一种确定患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者是否对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应并决定是否治疗所述受试者的方法，所述方法包括：
49.提供来自所述受试者的生物样本；
50.测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
51.确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
52.当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应，或者当所述组合表达值小于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应；以及
53.将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的所述受试者或避免将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应的所述受试者。
附图说明
54.图1a示出了来自健康队列和sle队列的血液中21个ifn诱导基因的平均倍数变化(δδct)和平均标准误差(sem)的比较。
55.图1b示出了鉴定用于评估i型干扰素(ifn
‑
i)标记表达的10
‑
基因集(poise)的方法。
56.图2示出了将poise评分与假阳性和真阳性ifn
‑
i标记样本相关联的模拟曲线。35的poise评分(箭头)与90％真阳性相关。
57.图3示出了受试者特异性poise评分与受试者特异性sumδct之间的相关性。
58.图4示出了在qpcr样本上计算的sle和健康受试者(hc)中的poise评分分布。35的poise评分正确区分sle受试者的2个群体；一个群体具有与大多数健康对照相比升高的ifn
‑
i，并且一个群体具有升高的ifn
‑
i标记。
59.图5示出了poise评分与血清ifn
‑
α蛋白浓度(log(pg/ml)的相关性，表明在狼疮患者或健康对照受试者的血清中，poise评分(x轴)在ifn
‑
α蛋白浓度(y轴)达到测定可检测水平之前检测到升高的ifn
‑
i标记。
60.图6示出了在jnj
‑
55920839 1期研究筛选时的poise评分分布。其中sle和健康受试者基于地点地理位置。poise评分>35被视为ifn
‑
i阳性，并且是登记参加试验的部分b所需要的。
61.图7示出了通过响应状态在基线处的poise评分评估(未响应者：n＝10；响应者：n＝5；安慰剂：n＝8)。在第100天，响应状态基于sri
‑
4。
62.图8示出了安慰剂(每组中左列)和jnj
‑
55920839(每组中右列)治疗的受试者在第100天的四个次要描述性终点的临床响应。pga，医师对疾病活动性的总体评估；sledai
‑
2k，系统性红斑狼疮疾病活动性指数2000；sri，系统性红斑狼疮响应者指数；sri
‑
4，sri的4点或更大的改善；sri
‑
50，改善sledai的50％响应率。
63.图9示出了给药期后jnj
‑
55920839响应者和未响应者的poise评分的rna
‑
seq评估。使用gsva分析进行纵向ifn
‑
i中值评分基因评估。误差条表示mad。在第100天响应状态基于sri
‑
4。
具体实施方式
64.本说明书中所引用的所有出版物，包括但不限于专利和专利申请均以引用方式并入本文，如同在本文中完整给出。
65.应当理解，本文所用的术语只是为了描述实施方案的目的，并非旨在进行限制。除非另有定义，否则本文所用的所有技术和科学术语具有本公开所属领域的普通技术人员通常所理解的相同含义。
66.虽然本文描述了示例性材料和方法，但与本文所述的那些方法和材料类似或等同的任何方法和材料都可用于测试本公开的实践中。在描述和要求保护本公开时，将使用以下术语。
67.说明书和权利要求书中所用的单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指代，除非上下文清楚表明并非如此。
68.除非上下文另有明确要求，否则在整个说明书和权利要求书中，字词“包括”、“包含”等应被理解为包含性意义，而不是排他性或穷举性意义；也就是说，“包括但不限于”的意义。
[0069]“诊断(diagnosing或diagnosis)”是指确定受试者是否患有给定疾病或病症或可能在将来发展给定疾病或病症的方法。诊断通常由医师基于待诊断疾病的一般指导原则来执行。
[0070]“治疗”或“处理”是指治疗性处理以及预防性或防御性措施两者，其中目的是预防或减缓(减轻)不期望的生理变化或障碍，诸如由于慢性炎性疾病或自身免疫疾病引起的并发症。有益或期望的临床结果包括症状的减轻、疾病程度的减弱、疾病的稳定(即，未恶化)状态、疾病进展的延迟或减慢、疾病状态的改善或缓和，以及缓解(不论是部分缓解还是完全缓解)，不论是可检测的还是不可检测的。需要治疗的个体包括已患有病症或障碍的个体以及易患病症或障碍的个体或者要预防病症或障碍的个体。
[0071]“受试者”包括任何人或非人动物。“非人动物”包括所有脊椎动物，例如哺乳动物和非哺乳动物，诸如非人灵长类、绵羊、狗、猫、马、牛、鸡、两栖动物、爬行动物等。术语“受试者”和“患者”在本文中可互换使用。
[0072]“i型干扰素”或“ifn
‑
i”是指与包括ifnar1和ifnar2的常见异二聚体干扰素受体ifnar结合的人干扰素
‑
α(ifnα)的所有天然亚型以及干扰素
‑
β(ifnβ)的一种亚型、干扰素
‑
ε(ifnε)、干扰素
‑
ω(ifnω)和干扰素
‑
κ(ifnκ)。各种ifn
‑
i蛋白(ifnar1和ifnar2)的氨基酸序列是众所周知的，可从示例uniprot或genbank检索。ifn
‑
i的示例性氨基酸序列为seq id no:15的人ifnω的氨基酸序列。
[0073]
seq id no:15
[0074]
cdlpqnhgllsrntlvllhqmrrispflclkdrrdfrfpqemvkgsqlqkahvmsvlhemlqqifslfhterssaawnmtlldqlhtglhqqlqhletcllqvvgegesagaisspaltlrryfqgirvylkekkysdcawevvrmeimkslflstnmqerlrskdrdlgss
[0075]“i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病”是指至少部分地以血液或组织中ifn
‑
i诱导的基因转录物的过表达和/或ifn
‑
i升高为标记的疾病。
[0076]“响应”、“响应性”或“可能响应”是指任何类型的改善或阳性响应，诸如一种或多种症状的减轻或改善、疾病程度的减弱、疾病状态的稳定(即，未恶化)、疾病的预防传播、疾病进展的延迟或减慢、疾病状态的改善或缓和、以及缓解(不论是部分缓解还是全部缓解)，不论是可检测的还是不可检测的。
[0077]“ifn
‑
i抑制剂”、“抑制剂”或“拮抗剂”为具有抑制ifn
‑
i生物活性、或降低血液或组织中ifn
‑
i标记、或两者的能力的分子。抑制可为10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或与对照相比统计意义上显著的抑制。在受体结合时，ifn
‑
i通过激活jak1和tyk2引发信号级联，从而导致包括stat 1
‑
6在内的若干stat家族成员磷酸化。stat1和stat2激活导致与ifn
‑
调节因子9(irf9)形成复合物，并且该复合物，也称为ifn
‑
刺激的基因因子3(isgf3)复合物，与核中ifn
‑
刺激的应答元件(isre)结合，从而导致许多干扰素
‑
刺激的基因(isg)包括irf7和cxcl10(ip
‑
10)的转录。ifn
‑
i还通过其他途径包括v
‑
crk肉瘤病毒ct10癌基因同源物(禽)样(crkl)、有丝分裂原活化蛋白激酶(mapk)、磷酸肌醇3
‑
激酶(pi3k)以及通过活化b细胞的核因子κ
‑
轻链增强子(nf
‑
κβ)调节细胞功能。ifn
‑
i抑制剂，例如jak1或tyk2抑制剂，可抑制上述信号级联中的一种或多种。ifn
‑
i抑制剂还可减少自身免疫疾病动物模型中的疾病特征，诸如表现出具有人狼疮(包括肾小球肾炎)的若干特征的时间依赖性和女性偏好性疾病的nzb/nzw f1小鼠。ifn
‑
i的抑制剂还涵盖浆细胞样树突细胞存活或功能的调节剂和能够触发ifn
‑
i产生的先天性免疫前哨的调节剂，诸如toll样受体tlr3、tlr7、tlr8、tlr9、或cgas
‑
cgamp
‑
sting途径的调节剂。
[0078]“ifn
‑
i诱导剂”、“诱导剂”或“激动剂”为具有增强血液或组织或两者中ifn
‑
i生物活性或提高ifn
‑
i标记的能力的分子。增强可为10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或与对照相比统计意义上显著的抑制。此类激动剂可为jak1或tyk2激动剂。
[0079]“i型干扰素标记”或“ifn
‑
i标记”是指由ifn
‑
i调节的基因子集的上调。各种ifn
‑
i标记是已知的，范围从少数基因到数百个基因并且包括本文所述的基因集。这些标志可用作例如药效学标志物，以评估ifn
‑
i抑制剂在治疗ifn
‑
i介导的疾病(诸如系统性红斑狼疮(sle))中的靶接合，以及用于sle患者分层的目的，或用于评估任何疾病中的疾病活动性或进展、或ifn
‑
i可在其中诸如1型糖尿病、多发性硬化症、癌症或感染性疾病中起作用的药物的治疗功效。
[0080]“基线ifn
‑
i标记”是指在整个群体中具有等于或小于1.5的平均倍数变化的干扰素诱导基因的标记。
[0081]
如本文所用，“基因表达标记”或“标记”是指一组基因，其表达指示细胞、组织、器官、生物体或肿瘤的特定状态。构成该标记的基因可例如在特定细胞谱系、分化阶段、在特定生物学应答期间、或在疾病或其特定亚型中表达。“ifn
‑
i标记”涵盖在“基因表达标记”内。
[0082]“生物样本”是指从受试者分离的类似流体、细胞、或组织的集合，以及存在于受试者体内的流体、细胞或组织。示例性样本为生物流体，诸如血液、血清和浆膜液、血浆、淋巴液、尿液、唾液、囊液、泪液、排泄物、痰、分泌组织和器官的粘膜分泌物、阴道分泌物、腹水、胸膜、心包、腹膜、腹腔和其他体腔的流体、由支气管灌洗液收集的流体、滑液、与受试者或生物来源接触的液体溶液，例如细胞和器官培养基(包括细胞或器官条件培养基)、灌洗液等，组织活检物、细针穿刺物、手术切除组织、器官培养物或细胞培养物。
[0083]“基因表达”是指将基因中编码的信息翻译成基因产物(例如rna、蛋白质)。表达的基因包括转录成随后翻译成蛋白质的rna(例如mrna)的基因以及转录成不翻译成蛋白质的非编码功能性rna(例如mirna、trna、rrna、核糖酶等)的基因。
[0084]“组合表达值”是指测试基因的组合的表达水平的值或数学表示，该测试基因组合诸如基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合。
[0085]“基因表达水平”或“表达水平”是指样本或参考标准品中由给定基因编码的一种或多种产物(例如rna、蛋白质)的水平(例如量)。表达水平可为相对的或绝对的。
[0086]
本文所用的“过表达”、“过表达的”、“上调”、“上调的”、“增加的”、“增加”、“增强”、“增强的”和“升高的”都一般性地指测试样本中一个或多个基因或基因组合(例如基因表达标记)的表达相对于参考样本增加统计意义上的显著量或高于预先鉴定的阈值。基因表达水平增加1.5倍指示“过表达”。
[0087]“阈值”是指以高精确度区分具有升高的ifn
‑
i标记的受试者与具有基线ifn
‑
i标记的受试者的基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达所获得的值。阈值可根据分析基因表达的方法以各种方式表示。阈值可例如从基本上健康的受试者群体(例如，显示基线ifn
‑
i标记的受试者)获得。阈值可作为值存储在计算机或pda装置上，以允许与使用本文所述的方法从受试者获得的值进行比较。阈
值也可例如在ifn
‑
i介导的疾病发作之前的较早时间点、或在开始用ifn
‑
i抑制剂治疗之前从同一受试者获得。本领域的技术人员可确定与本文所述的方法一起使用的适当参考样本。
[0088]“归一化”是指操纵离散的表达水平数据，其中一个或多个测试基因的表达水平相对于一个或多个对照基因(诸如一个或多个管家基因)的表达水平进行表述。例如，可从一个或多个测试基因的表达水平数值中扣除一个或多个管家基因的表达水平数值，从而允许多个样本之间的归一化标志物值或归一化标志物值与参考之间的比较。
[0089]“管家基因”是指编码组成型表达并且是基本维持和必需细胞功能所必需的转录物和/或蛋白的基因。管家基因通常不以细胞或组织依赖性方式表达，最常由给定生物体中的所有细胞表达。管家蛋白的一些示例包括b2m、tfrc、ywhaz、rplo、18s、gusb、ubc、tbp、gapdh、ppia、polr2a、actb、pgk1、hprt1、ipo8或hmbs等。
[0090]“治疗有效量”是指在所需剂量和时间段有效实现期望的治疗结果的量。治疗有效量可根据以下因素变化：诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重，以及治疗剂或治疗剂组合在个体中引发期望的应答的能力。有效治疗或治疗的组合的示例性指标包括例如患者健康状况的改善或受试者中ifn
‑
i标记的减少。
[0091]“约”是指处于如本领域的普通技术人员所确定的特定值的可接受误差范围之内，其将部分取决于该值是如何测量或确定的，即测量系统的限制。在特定测定、结果或实施方案的上下文中，除非实施例或说明书其他地方内另有明确说明，否则“约”意指在根据本领域惯例的一个标准偏差之内、或多至5％的范围(无论哪个更大)。
[0092]“多核苷酸”是指包含通过糖
‑
磷酸酯主链或其他等同共价化学共价连接的核苷酸链的合成分子。cdna为示例性合成多核苷酸。
[0093]“差异表达”是指测试样本中的一个或多个基因或基因组合的表达水平(例如基因表达标记)相对于参考样本变化统计意义上的显著量或高于预先鉴定的阈值。基因表达水平的1.5倍变化指示“差异表达”。
[0094]“阻断”(“blocks”或“blocking”)是指抑制ifn
‑
i与ifnar相互作用的分子。抑制可为60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或与对照相比统计意义上显著的抑制。
[0095]“安慰剂效应”是指疾病状态的改善，诸如一种或多种症状的减轻或改善、疾病程度的减弱、疾病的稳定(即，未恶化)、疾病的预防传播、疾病进展的延迟或减慢、疾病状态的改善或缓和、以及缓解(不论是部分缓解还是完全缓解)，不论是在登记参加临床试验且未接受研究药物的受试者中可检测的还是不可检测的。
[0096]“每两周一次”是指近似的数字，并且可包括每14天
±
两天一次，即每12天至每16天一次。
[0097]“dhx58”是指产生包含nm_024119(seq id no:1)的多核苷酸序列的转录物的人dexh
‑
盒解旋酶58基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0098]
seq id no:1
[0099]
agtttcagtttccatttctgatttctgctctctgcgctgagcacagcggcaccaggctgagctaagcagggccgccttgggcaggcctacgtggtggtgcaggcgagacccaggctgggcaaggcgcagtttcagtttccatcttgggtctctgagctgagcagagtggcaccaggctgagttaagtgggactgccctgggcagacctacctactagagc
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[0100]“eif2ak2”是指产生包含nm_001135651(seq id no:2)的多核苷酸序列的转录物的人真核翻译起始因子2α激酶2基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0101]
seq id no:2
[0102]
agcagacgagggcttgtgcgagagggggccgggcggctgcagggaaggcggagtccaaggggaaaacgaaactgagaaccagctctcccgaagccgcgggtctccggccggcggcggcggcggcggcggcggcggcgcagtttctggagcaaattcagtttgccttcctggatttgtaaattgtaatgacctcaaaactttagcagttcttccatctgactcaggtttgcttctctggcggtcttcagaatcaacatccacacttccgtgattatctgcgtgcattttggacaaag
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ttttgtatctattgtaacaaccactttaaagacaaccgtgctgtaaggcagtagctaaaaacagaaaatagtccatcgggaagggtaagatggctttctgctgagcacagggctagaagtgacagcccagtgggccttccaactatatgccagggtgttagatgagtagagaggagaccacccaggaagtctggacaaggggtctggcatgagctctggagaagatatatttgaggaacatggggtatgctagtttgttgtcctgaattgctgtagagaagataatttaaattgcatcttagaagacgaccctgagggtgaatttcaacttagggcaattgttttagtttgtttcttattggtttaaatggatacttgaagctggataatttataaggaaaagagatttatatgacttacagttctgcaggctgtacaagaaacatggcaccagcatctgcttcttccccggctgcttccactcatggtggaaggtgaaggggagccggatgtgcagagatcatatggcaagagaggaagcaagagagcgagggagaaggtgccaggctctttttaaataaccggctcttgagggaactaatagattgagaactccttgcttctcctccccagcacaccccacccccagggacggcattaatgtattcatgaggggtcttcccccatgacccaaacacctcccatcaggccccacctccaacactgggatcaaatttcaacatgagattttgggggacaaacatgcaaactatagcagcaaccagctaccattctaaaactgccatatgattttaggatttttaaaaagggccaaatttaggttaagcaaaaaaaaaaaaaaaaaa
[0103]“herc5”是指产生包含nm_016323.3(seq id no:3)的多核苷酸序列的转录物的含有人hect和rld结构域的e3泛素蛋白连接酶5)基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0104]
seq id no:3
[0105]
tcagtagctgaggctgcggttccccgacgccacgcagctgcgcgcagctggttcccgctctgcagcgcaacgcctgaggcagtgggcgcgctcagtcccgggaccaggcgttctctcctctcgcctctgggcctgggaccccgcaaagcggcgatggagcggaggtcgcggaggaagtcgcggcgcaacgggcgctcgaccgcgggcaaggccgccgcgacccagcccgcgaagtctccgggcgcacagctctggctctttcccagcgccgcgggcctccaccgcgcgctgctccggagggtggaggtgacgcgccaactctgctgctcgccggggcgcctcgcggtcttggaacgcggcggggcgggcgtccaggttcaccagctgctcgccgggagcggcggcgcccggacgccgaaatgcattaaattaggaaaaaacatgaagatacattccgtggaccaaggagcagagcacatgctgattctctcatcagatggaaaaccatttgagtatgacaactatagcatgaaacatctaaggtttgaaagcattttacaagaaaaaaaaataattcagatcacatgtggagattaccattctcttgcactctcaaaaggtggtgagctttttgcctggggacagaacctgcatgggcagcttggagttggaaggaaatttccctcaaccaccacaccacagattgtggagcacctcgcaggagtacccttggctcagatttctgccggagaagcccacagcatggccttatccatgtctggcaacatttattcatggggaaaaaatgaatgtggacaactaggcctgggccacactgagagtaaagatgatccatcccttattgaaggactagacaatcagaaagttgaatttgtcgcttgtggtggctctcacagtgccctactcacacaggatgggctgctgtttactttcggtgctggaaaacatgggcaacttggtcataattcaacacagaatgagctaagaccctgtttggtggctgagcttgttgggtatagagtgactcagatagcatgtggaaggtggcacacacttgcctatgtttctgatttgggaaaggtcttttcctttggttctggaaaagatggacaactgggaaatggtggaacacgtgaccagctgatgccgcttccagtgaaagtatcatcaagtgaagaactcaaacttgaaagccatacctcagaaaaggagttaataatgattgctggagggaatcaaagcattttgctctggataaagaaagagaattcatatgttaatctgaagaggacaattcctactctgaatgaagggactgtaaagagatggattgctgatgtggagactaaacggtggcagagcacaaaaagggaaatccaagagatattttcatctcctgcttgtctaactggaagttttttaaggaaaagaagaactacagaaatgatgcctgtttatttggacttaaataaagcaagaaacatcttcaaggagttaacccaaaaggactggattactaacatgataaccacctgcctcaaagataatctgctcaaaagacttccatttcattctccaccccaagaagctttagaaattttcttccttctcccagaatgtcctatgatgcatatttccaacaactgggagagccttgtggttccatttgcaaaggttgtttgtaaaatgagtgaccagtcttcactggttctggaagag
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[0106]“ifi44”是指产生包含nm_006417.4(seq id no:4)的多核苷酸序列的转录物的干扰素诱导蛋白44基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0107]
seq id no:4
[0108]
tctttgaagcttcaaggctgctgaataatttccttctcccattttgtgcctgcctagctatccagacagagcagctaccctcagctctagctgatactacagacagtacaacagatcaagaagtatggcagtgacaactcgtttgacatggttgcacgaaaagatcctgcaaaatcattttggagggaagcggcttagccttctctataagggtagtgtccatggattccgtaatggagttttgcttgacagatgttgtaatcaagggcctactctaacagtgatttatagtgaagatcatattattggagcatatgcagaagagagttaccaggaaggaaagtatgcttccatcatcctttttgcacttcaagatactaaaatttcagaatggaaactaggactatgtacaccagaaacactgttttgttgtgatgttacaaaatataactccccaactaatttccagatagatggaagaaatagaaaagtgattatggacttaaagacaatggaaaatcttggacttgctcaaaattgtactatctctattcaggattatgaagtttttcgatgcgaagattcactggatgaaagaaagataaaaggggtcattgagctcaggaagagcttactgtctgccttgagaacttatgaaccatatggatccctggttcaacaaatacgaattctgctgctgggtccaattggagctgggaagtccagctttttcaactcagtgaggtctgttttccaagggcatgtaacgcatcaggctttggtgggcactaatacaactgggatatctgagaagtataggacatactctattagagacgggaaagatggcaaatacctgccgtttattctgtgtgactcactggggctgagtgagaaagaaggc
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[0109]“ifi44l”是指产生包含nm_006820.3(seq id no:5)的多核苷酸序列的转录物的干扰素诱导蛋白44样基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0110]
seq id no:5
[0111]
aaagttagtggcagttggcatgctgccagctgagtttttttgctgctttgagtctcagttttctttctttcctagagtctctgaagccacagatctcttaagaactttctgtctccaaaccgtggctgctcgataaatcagacagaacagttaatcctcaatttaagcctgatctaacccctagaaacagatatagaacaatggaagtgacaacaagattgacatggaatgatgaaaatcatctgcgcaagctgcttggaaatgtttctttgagtcttctctataagtctagtgttcatggaggtagcattgaagatatggttgaaagatgcagccgtcagggatgtactataacaatggcttacattgattacaatatgattgtagcctttatgcttggaaattatattaatttacatgaaagttctacagagccaaatgattccctatggttttcacttcaaaagaaaaatgacaccactgaaatagaaactttactcttaaatacagcaccaaaaattattgatgagcaactggtgtgtcgtttatcgaaaacggatattttcattatatgtcgagataataaaatttatctagataaaatgataacaagaaacttgaaactaaggttttatggccaccgtcagtatttggaatgtgaagtttttcgagttgaaggaattaaggataacctagacgacataaagaggataattaaagccagagagcacagaaataggcttctagcagacatcagagactataggccctatgcagacttggtttcagaaattcgtattcttttggtgggtccagttgggtctggaaagtccagttttttcaattcagtcaagtctatttttcatggccatgtgactggccaagccgtagtggggtctgatatcaccagcataaccgagcggtataggatatattctgttaaagatggaaaaaatggaaaatctctgccatttatgttgtgtgacactatggggctagatggggcagaaggagcaggactgtgcatggatgacattccccacatcttaaaaggttgtatgccagacagatatcagtttaattcccgtaaaccaattacacctgagcattctacttttatcacctctccatctctgaaggacaggattcactgtgtggcttatgtcttagacatcaactctattgacaatctctactctaaaatgttggcaaaagtgaagcaagttcacaaagaagtattaaactgtggtatagcatatgtggccttgcttactaaagtggatgattgcagtgaggttcttcaagacaactttttaaacatgagtagatctatgacttctcaaagccgggtcatgaatgtccataaaatgctaggcattcctatttccaatattttgatggttggaaattatgcttcagatttggaactggaccccatgaaggatattctcatcctctctgcactgaggcagatgctgcgggctgcagatgattttttagaagatttgcctcttgaggaaactggtgcaattgagagagcgttacagccctgcatttgagataagttgccttgattctgacatttggcccagcctgtactggtgtgccgcaatgagagtcaatctctattgacagcctgcttcagattttgcttttgttcgttttgccttctgtccttggaacagtcatatctcaagttcaaaggccaaaacctgagaagcggtgggctaagataggtcctactgcaaaccacccctccatatttccgtaccatttacaattcagtttctgtgacatctttttaaaccactggagg
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[0112]“ifi6”是指产生包含nm_022873.2(seq id no:6)的多核苷酸序列的转录物的干扰素α诱导蛋白6基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0113]
seq id no:6
[0114]
ccagccttcagccggagaaccgtttactcgctgctgtgcccatctatcagcaggctccgggctgaagattgcttctcttctctcctccaaggtctagtgacggagcccgcgcgcggcgccaccatgcggcagaaggcggtatcgcttttcttgtgctacctgctgctcttcacttgcagtggggtggaggcaggtgagaatgcgggtaaggatgcaggtaagaaaaagtgctcggagagctcggacagcggctccgggttctggaaggccctgaccttcatggccgtcggaggaggactcgcagtcgccgggctgcccgcgctgggcttcaccggcgccggcatcgcggccaactcggtggctgcctcgctgatgagctggtctgcgatcctgaatgggggcggcgtgcccgccggggggctagtggccacgctgcagagcctcggggctggtggcagcagcgtcgtcataggtaatattggtgccctgatgggctacgccacccacaagtatctcgatagtgaggaggatgaggagtagccagcagctcccagaacctcttcttccttcttggcctaactcttccagttaggatctagaactttgcctttttttttttttttttttttttgagatgggttctcactatattgtccaggctagagtgcagtggctattcacagatgcgaacatagtacactgcagcctccaactcctagcctcaagtgatcctcctgtctcaacctcccaagtaggattacaagcatgcgccgacgatgcccagaatccagaactttgtctatcactctccccaacaacctagatgtgaaaacagaataaacttcacccagaaaacactt
[0115]“irf7”是指产生包含nm_004031.3(seq id no:7)的多核苷酸序列的转录物的干扰素调节因子7基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0116]
seq id no:7
[0117]
gagacgaaacttcccgtcccggcggctctggcacccagggtccggcctgcgccttcccgccaggcctggacactggttcaacacctgtgacttcatgtgtgcgcgccggccacacctgcagtcacacctgtagccccctctgccaagagatccataccgaggcagcgtcggtggctacaagccctcagtccacacctgtggacacctgtgacacctggccacacgacctgtggccgcggcctggcgtctgctgcgacaggagcccttacctcccctgttataacacctgaccgccacctaactgcccctgcagaaggagcaatggccttggctcctgagaggtaagagcccggcccaccctctccagatgccagtccccgagcgccctgcagccggccctgactctccgcggccgggcacccgcagggcagccccacgcgtgctgttc
ggagagtggctccttggagagatcagcagcggctgctatgaggggctgcagtggctggacgaggcccgcacctgtttccgcgtgccctggaagcacttcgcgcgcaaggacctgagcgaggccgacgcgcgcatcttcaaggcctgggctgtggcccgcggcaggtggccgcctagcagcaggggaggtggcccgccccccgaggctgagactgcggagcgcgccggctggaaaaccaacttccgctgcgcactgcgcagcacgcgtcgcttcgtgatgctgcgggataactcgggggacccggccgacccgcacaaggtgtacgcgctcagccgggagctgtgctggcgagaaggcccaggcacggaccagactgaggcagaggcccccgcagctgtcccaccaccacagggtgggcccccagggccattcctggcacacacacatgctggactccaagccccaggccccctccctgccccagctggtgacaagggggacctcctgctccaggcagtgcaacagagctgcctggcagaccatctgctgacagcgtcatggggggcagatccagtcccaaccaaggctcctggagagggacaagaagggcttcccctgactggggcctgtgc
[0118]
tggaggcccagggctccctgctggggagctgtacgggtgggcagtagagacgacccccagccccgggccccagcccgcggcactaacgacaggcgaggccgcggccccagagtccccgcaccaggcagagccgtacctgtcaccctccccaagcgcctgcaccgcggtgcaagagcccagcccaggggcgctggacgtgaccatcatgtacaagggccgcacggtgctgcagaaggtggtgggacacccgagctgcacgttcctatacggccccccagacccagctgtccgggccacagacccccagcaggtagcattccccagccctgccgagctcccggaccagaagcagctgcgctacacggaggaactgctgcggcacgtggcccctgggttgcacctggagcttcgggggccacagctgtgggcccggcgcatgggcaagtgcaaggtgtactgggaggtgggcggacccccaggctccgccagcccctccaccccagcctgcctgctgcctcggaactgtgacacccccatcttcgacttcagagtcttcttccaagagctggtggaattccgggcacggcagcgccgtggctccccacgctataccatctacctgggcttcgggcaggacctgtcagctgggaggcccaaggagaagagcctggtcctggtgaagctggaaccctggctgtgccgagtgcacctagagggcacgcagcgtgagggtgtgtcttccctggatagcagcagcctcagcctctgcctgtccagcgccaacagcctctatgacgacatcgagtgcttccttatggagctggagcagcccgcctagaacccagtctaatgagaactccagaaagctggagcagcccacctagagctggccgcggccgcccagtctaataaaaagaactccagaacacgta
[0119]“parp9”是指产生包含nm_001146102.1(seq id no:8)的多核苷酸序列的转录物的聚(adp
‑
核糖)聚合酶家族成员9。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0120]
seq id no:8
[0121]
agagccgcttccccctcctccctgtgctgtctgcaccgaggagagcggcctgccggaagtgggccaccatatctggaaactacagtctatgctttgaagcgcaaaagggaataaacatttaaagactcccccggggacctggaggatggacttttccatggtggccggagcagcagcttacaatgaaaaatcaggtaggattacctcgctctcactcttgtttcagaaagtctttgctcagatctttcctcagtggagaaaggggaatacagaagaatgtctcccctacaagtgctcagagactggtgctcttggagaaaactatagttggcaaattcccattaaccacaatgacttcaaaattttaaaaaataatgagcgtcagctgtgtgaagtcctccagaataagtttggctgtatctctaccctggtctctccagttcaggaaggcaacagcaaatctctgcaagtgttcagaaaaatgctgactcctaggatagagttatcagtctggaaagatgacctcaccacacatgctgttgatgctgtggtgaatgcagccaatgaagatcttctgcatgggggaggcctggccctggccctggtaaaagctggtggatttgaaatccaagaagagagcaaacagtttgttgccagatatggtaaagtgtcagctggtgagatagctgtcacgggagcagggaggcttccctgcaaacagatcatccatgctgttgggcctcggtggatggaatgggataaacagggatgtactggaaagctgcagagggccattgtaagtattctgaattatgtcatctataaaaatactcacattaagacagtagcaattccagccttgagctctgggatttttcagttccctctgaatttgtgtacaaagactattgtagagactatccgggttagtttgcaagggaagccaatgatgagtaatttgaaagaaattcacctggtgagcaatgaggaccctactgttgctgcctttaaagctgcttcagaattcatcctagggaagagtgagctgggacaaga
aaccaccccttctttcaatgcaatggtcgtgaacaacctgaccctccagattgtccagggccacattgaatggcagacggcagatgtaattgttaattctgtaaacccacatgatattacagttggacctgtggcaaagtcaattctacaacaagcaggagttgaaatgaaatcggaatttcttgccacaaaggctaaacagtttcaacggtcccagttggtactggtcacaaaaggatttaacttgttctgtaaatatatataccatgtactgtggcattcagaatttcctaaacctcagatattaaaacatgcaatgaaggagtgtttggaaaaatgcattgagcaaaatataacttccatttcctttcctgcccttgggactggaaacatggaaataaagaaggaaacagcagcagagattttgtttgatgaagttttaacatttgccaaagaccatgtaaaacaccagttaactgtaaaatttgtgatctttccaacagatttggagatatataaggctttcagttctgaaatggcaaagaggtccaagatgctgagtttgaacaattacagtgtcccccagtcaaccagagaggagaaaagagaaaatgggcttgaagctagatctcctgccatcaatctgatgggattcaacgtggaagagatgtatgaggcccacgcatggatccaaagaatcctgagtctccagaaccaccacatcattgagaataatcatattctgtaccttgggagaaaggaacatgacattttgtctcagcttcagaaaacttcaagtgtctccatcacagaaattatcagcccaggaaggacagagttagagattgaaggagcccgggctgacctcattgaggtggttatgaacattgaagatatgctttgtaaagtacaggaggaaatggcaaggaaaaaggagcgaggcctttggcgctcgttaggacagtggactattcagcaacaaaaaacccaagacgaaatgaaagaaaatatcatatttctgaaatgtcctgtgcctccaactcaagagcttctagatcaaaagaaacagtttgaaaaatgtggtttgcaggttctaaaggtggagaagatagacaatgaggtccttatggctgcctttcaaagaaagaagaaaatgatggaagaaaaactgcacaggcaacctgtgagccataggctgtttcagcaagtcccataccagttctgcaatgtggtatgcagagttggctttcaaagaatgtactcgacaccttgcgatccaaaatacggagctggcatatacttcaccaagaacctcaaaaacctggcagagaaggccaagaaaatctctgctgcagataagctgatctatgtgtttgaggctgaagtactcacaggcttcttctgccagggacatccgttaaatattgttcccccaccactgagtcctggagctatagatggtcatgacagtgtggttgacaatgtctccagccctgaaacctttgttatttttagtggcatgcaggctatacctcagtatttgtggacatgcacccaggaatatgtacagtcacaagattactcatcaggaccaatgagaccctttgcacagcatccttggaggggattcgcaagtggcagccctgttgattaatctctacatcattttaacagctggtatggccttaccttgggtgaactaaccaaataatgaccatcgatggctcaaagagtggcttgaatatatcccatgggttatctgtatggactgactgggttattgaaaggactagccacatactagcatcttagtgcctttatctgtctttatgtcttggggttggggtaggtagataccaaatgaaacactttcaggaccttccttcctcttgcagttgttctttaatctcctttactagaggagataaatattttgcatataatgaagaaatttttctagtatataacgcaggccttttattttctaaaatgatgatagtataaaaatgttaggataacagaatgattttagattttccagagaatattataaagtgctttaggtatgaaaataaatcatctttgtctgattaactggctctgaaaaaaaaaaaaaaaaaa
[0122]“plscr1”是指产生包含nm_021105.2(seq id no:9)的多核苷酸序列的转录物的磷脂爬行酶1基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0123]
seq id no:9
[0124]
caccggacaaacgtctctggagtctctccaatgagcaagaaagcaagtcgggggtaggggaggggcctcacaccagggggtgggcgcagtccctcctccagctccttcaccctccagtagtctcgtgggtccccgagcgccagcgcgggaaccgggaaaaggaaaccgtgttgtgtacgtaagattcaggaaacgaaaccaggagccgcgggtgttggcgcaaaggttactcccagacccttttccggctgacttctgagaaggttgcgcagcagctgtgcccggcagtctagaggcgcagaagaggaagccatcgcctggccccggctctctggaccttgtctcgctcgggagcggaaacagcggcagccagagaactgttttaatcatggacaaacaaaactcacagatgaatgcttctcacccggaaacaaacttgccagttgggtatcctcctcagtatccaccgacagcattccaaggacctccaggatatagtggctaccctgggccccaggtcagctacccacccccaccagccggccattcaggtcctggcccagctggctttcctgtcccaaatcagccagtgtataatca
gccagtatataatcagccagttggagctgcaggggtaccatggatgccagcgccacagcctccattaaactgtccacctggattagaatatttaagtcagatagatcagatactgattcatcagcaaattgaacttctggaagttttaacaggttttgaaactaataacaaatatgaaattaagaacagctttggacagagggtttactttgcagcggaagatactgattgctgtacccgaaattgctgtgggccatctagaccttttaccttgaggattattgataatatgggtcaagaagtcataactctggagagaccactaagatgtagcagctgttgttgtccctgctgccttcaggagatagaaatccaagctcctcctggtgtaccaataggttatgttattcagacttggcacccatgtctaccaaagtttacaattcaaaatgagaaaagagaggatgtactaaaaataagtggtccatgtgttgtgtgcagctgttgtggagatgttgattttgagattaaatctcttgatgaacagtgtgtggttggcaaaatttccaagcactggactggaattttgagagaggcatttacagacgctgataactttggaatccagttccctttagaccttgatgttaaaatgaaagctgtaatgattggtgcctgtttcctcattgacttcatgttttttgaaagcactggcagccaggaacaaaaatcaggagtgtggtagtggattagtgaaagtctcctcaggaaatctgaagtctgtatattgattgagactatctaaactcatacctgtatgaattaagctgtaaggcctgtagctctggttgtatacttttgcttttcaaattatagtttatcttctgtataactgatttataaaggtttttgtacattttttaatactcattgtcaatttgagaaaaaggacatatgagtttttgcatttattaatgaaacttcctttgaaaaactgctttgaattatgatctctgattcattgtccattttactaccaaatattaactaaggccttattaatttttatataaattatatcttgtcctattaaatctagttacaatttatttcatgcataagagctaatgttattttgcaaatgccatatattcaaaaaagctcaaagataattttctttactattatgttcaaataatattcaatatgcatattatctttaaaaagttaaatgtttttttaatcttcaagaaatcatgctacacttaacttctcctagaagctaatctataccataatattttcatattcacaagatattaaattaccaattttcaaattattgttagtaaagaacaaaatgattctctcccaaagaaagacacattttaaatactccttcactctaaaactctggtattataacttttgaaagttaatatttctacatgaaatgtttagctcttacactctatccttcctagaaaatggtaattgagattactcagatattaattaaatacaatatcatatatatattcacagagtataaacctaaataatgatctattagattcaaatatttgaaataaaaacttgatttttttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
[0125]“samd9l”是指产生包含nm_152703.4(seq id no:10)的多核苷酸序列的转录物的含有无菌α基序结构域9样基因。在该序列中，胸腺嘧啶(t)可以被尿嘧啶(u)取代。
[0126]
seq id no:10
[0127]
gcttctcaactggcactctgacacaccctcagaaagtcagagtactgggagaacagaagacttcacaatttaatgcctcagtttttaaaaaaggatccttacacttcatgtctcctagccatcagaagaggaatgagacagcaaaagttcaaatggcctgtttcaagtttctgatataaaacgatgacattttcaggaaaatcctgcatttccagagagagactggctggttaaatttctgaaagaggacaccagctaaaagaaggtattgcatctcacccgagcagactgtgtctgtggaaagtgtaagccccttgccagaagagcagcttcccagcaaaggcagagggtgaaaacagcaaaggtcttaagacactggggacctagagtcaaaagggacctcctccagggaaaacgctgtgtgagaaatggcctcattcggtgactgtgagtgacacagcagaaagttgggtcattccggctgcttttttgagaagtccctgaagagatcaataacagcaagagggaacctggcaaggaagctattcctataatccaggaaagagatgaggaaggcttggaccaggtggtagtggtgtcaggtagtcaaatgctgggtatattttgaagatacaccccataggatttgctccacattgaatgtggaatgctggaagagagataaagtgtacctgtcacatactttttgagttttatttattttcttagaagtaagtacacaaagagatgctacctaggagaagggtattcttttcactattctttcaaattttctgtatgttcaaacattttcatagtagaaagttggggggaaaatctgtttcataaacatttcctcagcagcagtccagtctattgcattttaattggttgtgatatcattgttttatgcaatacgttctcaacaagtatatcctccggcaaactgaacaaggaccaagtctgttctgcctacagctctgcttcctcatagctgctttccagaacgtgactcttgcaaattatcaagaaaggggaactaatctaagggatcca
gatcaaacagcctcatgaagacttattttatgtttctaatataaagatagaagttttcagaaaagccctgctacacagaggatcagagcaggggtgggcctgctgggctgcagctgggattctgagcatcctttcccggaggcacggaaagtgagtgagtgagcccagtgaggaagaagttgaagctttgatatgagtaaacaagtatctctacctgaaatgattaaagactggaccaaagagcatgtgaaaaaatgggtaaatgaagaccttaagattaatgagcaatacgggcaaattctgctcagtgaagaagtaacaggattagtcctgcaggaattaactgagaaggaccttgtagaaatggggctaccatggggtccagcacttttgataaaacgttcatacaacaaattgaatagtaagtcccctgaaagtgacaatcatgatccgggacaattagataattcaaaaccgtccaaaacagaacaccagaaaaatccaaaacacaccaaaaaggaagaagaaaattcaatgtcatctaatattgattatgatcccagagagatcagagatatcaaacaagaagaatcaattcttatgaaagaaaatgtgttagatgaagtagcaaatgctaaacacaagaaaaagggtaagctaaaacctgaacaattgacttgtatgccatatccttttgatcagttccatgacagccatcgctacatagaacattatactctacaacctgaaacaggagcactcaatctcattgatccaatacatgagttcaaagctctcacaaacacagaaacagccacggaagtggacattaagatgaaattcagcaatgaagtcttccgatttgcatcagcttgtatgaattcacgcaccaatggcaccatccattttggagtcaaggacaaaccccatggagaaattgttggtgtgaaaatcaccagtaaggctgccttcattgaccacttcaatgtaatgatcaaaaagtattttgaagaaagtgagatcaatgaagccaagaagtgtattcgggagccaaggtttgtggaagtccttctgcagaacaatacaccatctgacagatttgtcattgaagttgatactattccaaaacactctatatgtaatgataagtatttctacattcagatgcaaatttgtaaagataaaatatggaaacaaaaccaaaatctttcactgtttgtaagagaaggggctagctctagggatatcctggccaattccaagcaacgggatgtagatttcaaggcatttttacaaaatttaaagtcactggtagcatctagaaaagaggctgaagaagagtatggaatgaaggcaatgaagaaggagagtgaaggactaaagctggttaaacttctcataggaaaccgagactcactggataattcatactatgactggtacattcttgtaacaaataaatgccatccaaaccaaataaagcacttagattttttaaaagaaattaaatggtttgctgtgttggagtttgatcctgaatctatgatcaatggagtggtcaaagcttacaaagaaagtcgggtggcaaaccttcactttccaaatcaatatgaagacaagacaactaacatgtgggagaagatttctactcttaatctttaccaacagcccagctggattttctgcaacggcagatcagacctgaaaagcgagacatataaacctctagaaccacatttatggcagagagaaagagcttcagaagtcaggaaactaattttatttctcacagatgaaaatataatgacaagaggaaaatttttggtagtgtttctattactctcttcagtggaaagcccaggagatccactcattgaaactttctgggctttctatcaagctctcaaaggaatggaaaatatgttgtgtatctctgtaaactcacatatttatcaacgatggaaagatctactacaaacaagaatgaagatggaagatgaactaacaaaccacagtatttccactttaaatatagaactggtaaacagcactatccttaaactaaaatcggtgactcggtcatcaagaaggtttttgcccgcccgtggatcttcttcagttatcctagagaaaaagaaagaggatgtcttgactgcactggaaatcctctgtgaaaatgagtgtacagagacagacatcgagaaagacaaatctaaattcctggagtttaagaaatcaaaagaagaacacttttatcgaggtggcaaagtatcctggtggaacttctatttttcttctgaaaactattcttcagattttgttaaaagggacagttatgaaaagcttaaagatttaatacactgctgggcagagtctcctaaaccaatatttgcaaaaatcatcaatctttatcatcatccaggctgtggaggtaccacactggctatgcatgttctctgggacttaaagaaaaacttcagatgtgctgtgttaaaaaacaagacaactgattttgcagaaattgcagagcaagtgatcaatctggtcacctatagggcaaagagccatcaggattacattcctgtgcttctccttgtggatgattttgaagaacaagaaaatgtctactttctacaaaatgccatccattccgttttagcagaaaaggatttgcgatatgaaaaaacattggtaattatcttaaactgcatgagatcccggaatccagatgaaagtgcaaaattggcagacagtattgcactaaattaccaactttcttccaaggaacaaagagcttttggtgccaaactgaaggaaattgaaaagcagcacaagaactgtgaaaacttttattccttcatgatcatgaaaagcaattttgatgaaacatatatagaaaatgtagtcaggaatatcctaaaaggacaggatgttgacagcaaggaagcacaactcatttccttc
ctggctttactcagctcttatgttactgactctacaatttcagtttcacagtgtgaaatatttttgggaatcatatacactagtacaccctgggaacctgaaagcttagaagacaagatgggaacttattctacacttctaataaaaacagaagttgcagaatatgggagatacacaggtgtgcgtatcattcaccctctgattgccctgtactgtctaaaagaactggaaagaagctatcacttggataaatgtcaaattgcattgaatatattagaagagaatttattctatgattctggaataggaagagacaaatttcaacatgatgttcaaactcttctgcttacaagacagcgcaaggtgtatggagatgaaacagacactctgttttccccattaatggaagctttacagaataaagacattgaaaaggtcttgagtgcaggaagtagacgattcccacaaaatgcattcatttgtcaagccttagcaagacatttctacattaaagagaaggactttaacacagctctggactgggcacgtcaggccaaaatgaaagcacctaaaaattcctatatttcagatacactaggtcaagtctacaaaagtgaaatcaaatggtggttggatgggaacaaaaactgtaggagcattactgttaatgacctaacacatctcctagaagctgcggaaaaagcctcaagagctttcaaagaatcccaaaggcaaactgatagtaaaaactatgaaaccgagaactggtcaccacagaagtcccagagacgatatgacatgtataacacagcttgtttcttgggtgaaatagaagttggtctttacactatccagattcttcagctcactccctttttccacaaagaaaatgaattatccaaaaaacatatggtgcaatttttatcaggaaagtggaccattcctcctgatcccagaaatgaatgttatttggctcttagcaagttcacatcccacctaaaaaatttacaatcagatctgaaaaggtgctttgacttttttattgattatatggttcttctgaaaatgaggtatacccaaaaagaaattgcagaaatcatgttaagcaagaaagtcagtcgttgtttcaggaaatacacagaacttttctgtcatttggatccatgtctattacaaagtaaagagagtcaattactccaggaggagaattgcaggaaaaagctagaagctctgagagcagataggtttgctggactcttggaatatcttaatccaaactacaaagatgctaccaccatggaaagtatagtgaatgaatatgccttcctactgcagcaaaactcaaaaaagcccatgacaaatgagaaacaaaattccattttggccaacattattctgagttgtctaaagcccaactccaagttaattcaaccacttaccacgctaaaaaaacaactccgagaggtcttgcaatttgtaggactaagtcatcaatatccaggtccttatttcttggcctgcctcctgttctggccagaaaatcaagagctagatcaagattccaaactaatagaaaagtatgtttcatccttaaatagatccttcaggggacagtacaagcgcatgtgcaggtccaagcaggcaagcacacttttctatctgggcaaaaggaagggtctaaacagtattgttcacaaggccaaaatagagcagtactttgataaagcacaaaatacaaattccctctggcacagtggggatgtgtggaaaaaaaatgaagtcaaagacctcctgcgtcgtctaactggtcaggctgaaggcaagctaatctctgtagaatatggaacagaggaaaaaataaaaataccagtaatatctgtttattcaggtccactcagaagtggtaggaacatagaaagagtgtctttctacctaggattttccattgaaggccctctggcatatgatatagaagtaatttaagacaatacatcacctgtagttcaaatacgtttatttatatctttatgattttattctctctctctattctcatggcactttcataacattatggctaacctctaattacagattttgcttttgcctccctgaatgaattacaagcctttttaagatatgaaatatgcctacccgcagagcttggcacaaagtggagtcaatcttttaatgttttaaatatgcattttcagactcaaataattaagaagtttcattgatatccactggtcacatcataactgtctatagggcaataaaatctgtgttaaactcaattgcttttataagttttctaaattatttcttcactgtgacagcaaagatttaaataagatgaatgtaaaagagaaagcttattggactcaaacccacagatccacaccagagttctatttacctcatcttggtatcaataaaaacttatgtggaaggtaaatatattgttccccatccaccacataacactctccccaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactccttgtaccccttgcccttctcccagctcattgctccaggagagagaagagttcaaaaaataaagtaatcataaacttgaactctctccattctcttgttcccatttacaggtgaatctcttcctttaagccatttttgtctcctgtgaatacagccttatctccacctgtttcttagatcccatctcccctggcttattttttccattcattaccctctttgttccctttacttctcaacctgtgctatatacatgctgttctctctgttgagattgccttatttccatctaacattctctctcctgctattctgatttgtcattcacaactgatttcaagagtcaccttcaccaggaagtcttccttgaccaccatcattcctgcctgattagagggcttcctcatggtaatatgtgttctc
aagttttcagtgtcaaggaatgccatcccagaagctcattctcagatgcacaacagccagaacagtctcaagcagcattctagagcttggaatttaagaactacgcattgcctataaagtgaaacataggctaatatagattaaattgaatattgaataaaaaatatatttatttatccaca
[0128]
本公开提供了利用poise(干扰素标记表达谱)检测i型干扰素(ifn
‑
i)标记的新手段以及poise的方法和用途。本公开至少部分地基于对可用于利用本文开发的表达阈值在受试者中区分基线与升高的ifn
‑
i标记的由十个基因构成的基因标记的鉴定。所开发的ifn
‑
i标记可用于广谱应用中，诸如评估ifn
‑
i下游激活，通过评估基线和施用后ifn
‑
i标记来评估所施用的ifn
‑
i激动剂或拮抗剂的治疗功效，基于升高的ifn
‑
i标记鉴定具有发作前或早期发作疾病的临床无症状受试者，或诊断和治疗具有或疑似具有升高的ifn
‑
i标记的受试者的方法。
[0129]
本公开提供了一种对可靠地鉴定具有升高的ifn
‑
i标记的患者的挑战的解决方案，其可极大地增加用ifn
‑
i抑制剂疗法成功实现有意义功效的可能性，同时还使对可能不受益于此类疗法的患者的暴露最小化。本公开还提供了对在完全临床症状学发作之前将受益于ifn
‑
i抑制剂疗法的受试者进行早期检测和鉴定的挑战的解决方案。本公开还提供了在能够直接检测ifn
‑
i蛋白升高之前对ifn
‑
i标记的灵敏检测，这可有利于在ifn
‑
i介导的疾病的早期发作和发作前患者中进行治疗性和预防性干预。
[0130]
自身免疫和慢性炎性病症涉及身体的异常免疫应答，其靶向通常和/或长期存在于身体中的物质和组织，从而导致病理症状的发展。相对常见的自身免疫和慢性炎性病症的示例包括系统性红斑狼疮(sle)、类风湿性关节炎(ra)、牛皮癣性关节炎(pa)和干燥综合征(ss)。
[0131]
广泛认为许多自身免疫和慢性炎性病症表现出基本上先于临床上可观察到的症状的发作。重要的是，生物标志物谱的变化通常在该级联事件中早期发生，并且因此可使得能够在疾病发作之前检测这种进展。例如，据报道ifn
‑
i在临床前sle中升高(lu等人，j autoimmun 74:182
‑
93,2016)。
[0132]
许多自身免疫和慢性炎性病症的标记在于ifn
‑
i诱导转录物(即ifn
‑
i标记)的上调，然而患者中ifn
‑
i标记的程度和存在为异质的。例如，大约一半的成年sle患者在血液和/或组织中表现出ifn
‑
i诱导转录物的上调(baechler等人，proc natl acad sci u s a 100:2610
‑
15,2003；bennett等人，j exp med 197:711
‑
23,2003；dall’era等人，annals of the rheumatic diseases 64:1692
‑
97,2005)。
[0133]
已知许多治疗剂对于治疗患有自身免疫和慢性炎性病症的患者是有效的，并且据信这些治疗剂的至少一些治疗效应可归因于治疗剂降低ifn
‑
i产生或响应ifn
‑
i的能力。然而，这些治疗剂的治疗效应和ifn
‑
i产生调节效应主要在已经表现出自身免疫和慢性炎性病症的临床表现(包括ifn
‑
i过度产生)的患者中观察到。
[0134]
例如，在中度至重度sle患者的2期试验中，阿尼福鲁单抗(抗ifn受体链1抗体)改善了跨多个临床终点的疾病结果(furie等人，arthritis&rheumatology 69:376
‑
86,2017)，然而，该试验的事后数据分析表明，相对于低标记，在具有ifn
‑
i标记的高基线表达患者中，功效响应更大。
[0135]
因此，鉴定具有升高的ifn
‑
i标记的患者的能力可极大地增加用ifn
‑
i调节疗法成功实现有意义的功效的可能性，同时还使对可能不受益于此类疗法的患者的暴露最小化。
[0136]
本公开提供了一种诊断和治疗患有对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0137]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0138]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0139]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0140]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断所述受试者患有对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病；以及
[0141]
向被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂的治疗有响应的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂。
[0142]
本公开还提供了一种用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗疑似患有或患有ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0143]
通过以下方式确定所述受试者具有升高的ifn
‑
i标记
[0144]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0145]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0146]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0147]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，确定所述受试者具有所述升高的ifn
‑
i标记；以及
[0148]
向确定具有所述升高的ifn
‑
i标记的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂以治疗所述ifn
‑
i介导的疾病。
[0149]
本公开还提供了一种检测受试者中升高的i型干扰素(ifn
‑
i)标记的方法，所述方法包括：
[0150]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0151]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0152]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0153]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，检测所述受试者中所述升高的ifn
‑
i标记。
[0154]
本公开还提供了一种检测受试者中基线i型干扰素(ifn
‑
i)标记的方法，所述方法包括：
[0155]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0156]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0157]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0158]
当所述组合表达值小于阈值时，检测所述受试者中的所述基线ifn
‑
i标记。
[0159]
本公开还提供了一种鉴定具有升高的i型干扰素(ifn
‑
i)标记的受试者的方法，所述方法包括：
[0160]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0161]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0162]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0163]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，鉴定所述受试者具有升高的ifn
‑
i标记。
[0164]
本公开还提供了一种确定患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者是否对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应并决定是否治疗所述受试者的方法，所述方法包括：
[0165]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0166]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0167]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0168]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应，或者当所述组合表达值小于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应；以及
[0169]
将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的所述受试者或避免将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应的所述受试者。
[0170]
本公开还提供了一种用于预测和/或诊断受试者患有ifn
‑
i介导的疾病的体外方法，
[0171]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0172]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0173]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0174]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，预测和/或诊断所述受试者患有所述ifn
‑
i介导的疾病。
[0175]
本公开还提供了一种减少临床试验中安慰剂效应的方法，所述方法包括
[0176]
提供来自被视为登记参加临床试验的受试者的生物样本；
[0177]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0178]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0179]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，所述受试者登记参加所述临床试验，并且当所述组合表达值小于所述阈值时，避免所述受试者登记参加所述临床试验，从而减少安慰剂效应。
[0180]
在实施例中所述的临床研究中，未观察到安慰剂响应。不受任何特定理论的束缚，他的观察结果表明，在基线处具有高ifn
‑
i标记的sle受试者对安慰剂受试者在临床试验期间继续接受的标准护理疗法响应性较小。因此，富集在基线处具有升高ifn
‑
i标记的参与者可能是在sle试验中使安慰剂响应最小化的策略。
[0181]
在一些实施方案中，受试者患有ifn
‑
i介导的疾病。
[0182]
在一些实施方案中，受试者具有ifn
‑
i介导的疾病的家族史。
[0183]
在一些实施方案中，受试者具有ifn
‑
i介导的疾病的一种或多种临床症状，但不适于用ifn
‑
i抑制剂治疗。
[0184]
在一些实施方案中，受试者患有自身免疫疾病。
[0185]
在一些实施方案中，受试者患有癌症。
[0186]
在一些实施方案中，受试者已用癌症治疗剂治疗。
[0187]
在一些实施方案中，受试者患有感染性疾病。
[0188]
在一些实施方案中，受试者已用对抗感染性疾病的药物治疗。
[0189]
本公开还提供了一种用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗疑似患有或患有ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0190]
通过以下方式确定所述受试者具有升高的ifn
‑
i标记
[0191]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0192]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0193]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0194]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，确定所述受试者具有所述升高的ifn
‑
i标记；以及
[0195]
向确定具有所述升高的ifn
‑
i标记的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂以治疗所述ifn
‑
i介导的疾病。
[0196]
本公开还提供了一种诊断和治疗患有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0197]
提供来自疑似患有或患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的生物样本；
[0198]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0199]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0200]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断所述受试者患有所述ifn
‑
i介导的疾病；以及
[0201]
通过向所述受试者施用治疗有效量的ifn
‑
i抑制剂来治疗所述疑似患有或患有所述ifn
‑
i介导的疾病的受试者。
[0202]
本公开还提供了一种预测患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者对用ifn
‑
i抑制剂治疗的响应的方法，所述方法包括：
[0203]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0204]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0205]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0206]
当所述组合表达值等于或高于阈值时预测所述受试者为响应者，
[0207]
并且当所述组合表达值低于所述阈值时预测所述受试者为响应者。
[0208]
本公开还提供了一种治疗患有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括
[0209]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0210]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0211]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0212]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，用所述ifn
‑
i抑制剂治疗所述受试者。
[0213]
本公开还提供了一种确定患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者是否对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应并决定是否治疗所述受试者的方法，所述方法包括：
[0214]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0215]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0216]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0217]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应，或者当所述组合表达值小于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应；以及
[0218]
将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的所述受试者或避免将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应的所述受试者。
[0219]
本公开还提供了一种用ifn
‑
i抑制剂治疗受试者的方法，其中所述受试者患有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病，所述方法包括以下步骤：
[0220]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0221]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0222]
确定基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
[0223]
所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；和/或
[0224]
根据式i计算的poise评分：
[0225]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式i)；或它们的任何组合；
[0226]
当sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值、所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值或者所述poise评分等于或高于35的阈值poise评分时，用所述ifn
‑
i抑制剂治疗具有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者；或它们的任何组合。
[0227]
本公开还提供了一种预测患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者对用ifn
‑
i抑制剂治疗的响应的方法，所述方法包括：
[0228]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0229]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0230]
确定
[0231]
基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
[0232]
所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；和/或
[0233]
根据式i计算的poise评分：
[0234]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式i)；或
[0235]
它们的任何组合；
[0236]
当所述sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值、所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值或者poise评分等于或高于35的阈值poise评分、或它们的任何组合时，预测所述受试者为响应者。
[0237]
本公开还提供了一种用结合i型干扰素的拮抗性抗体治疗受试者的方法，所述拮抗性抗体包含分别为seq id no:11、12、13、14、15和16的重链可变区1(hcdr1)、hcdr2、hcdr3、轻链可变区1(lcdr1)、lcdr2和lcdr3，诸如seq id no:17的重链可变区(vh)和seq id no:18的轻链可变区(vl)，例如seq id no:19的重链(hc)和seq id no:20的轻链(lc)，其中所述受试者具有对用所述抗体治疗有响应的i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病，所述方法包括以下步骤：
[0238]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0239]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0240]
确定
[0241]
基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
[0242]
所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；和/或
[0243]
根据式i计算的poise评分：
[0244]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式i)；或它们的任何组合；
[0245]
当sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值、所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值或者所述poise评分等于或高于35的阈值poise评分时，
用所述ifn
‑
i抑制剂治疗具有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者；或它们的任何组合。
[0246]
本公开还提供了一种预测患有i型干扰素(inf
‑
i)介导的疾病的受试者对用结合i型干扰素的拮抗性抗体治疗的响应的方法，所述拮抗性抗体包含分别为seq id no:11、12、13、14、15和16的重链可变区1(hcdr1)、hcdr2、hcdr3、轻链可变区1(lcdr1)、lcdr2和lcdr3，诸如seq id no:17的重链可变区(vh)和seq id no:18的轻链可变区(vl)，例如seq id no:19的重链(hc)和seq id no:20的轻链(lc)，其中所述受试者具有对用所述抗体治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病，所述方法包括以下步骤：
[0247]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0248]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0249]
确定
[0250]
基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
[0251]
所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；和/或
[0252]
根据式i计算的poise评分：
[0253]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式
[0254]
i)；或它们的任何组合；
[0255]
当所述sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值、所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值、或者poise评分等于或高于35的阈值poise评分时，预测所述受试者为响应者；或它们的任何组合。
[0256]
在一些实施方案中，本公开的方法包括将基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达归一化为对照基因的表达水平的步骤。
[0257]
在一些实施方案中，对照基因为管家基因。
[0258]
在一些实施方案中，管家基因为b2m、tfrc、ywhaz、rplo、18s、gusb、ubc、tbp、gapdh、ppia、polr2a、actb、pgk1、hprt1、ipo8或hmbs。
[0259]
在一些实施方案中，管家基因包括actb、b2m和gapdh。
[0260]
在一些实施方案中，组合表达值为基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)。
[0261]
在一些实施方案中，阈值为57.474的sumδct。
[0262]
在一些实施方案中，组合表达值为生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct))。
[0263]
在一些实施方案中，阈值为8.725的sumlog2(2^
‑
ddct)。
[0264]
在一些实施方案中，组合表达值为式i的poise评分：
[0265]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式i)
[0266]
在一些实施方案中，参考值为在30与40之间的poise评分。
[0267]
在一些实施方案中，参考值为35的poise评分。
[0268]
在一些实施方案中，检测升高的ifn
‑
i标记的敏感度和假阳性率分别为约90％至约15％。
[0269]
在一些实施方案中，检测升高的ifn
‑
i标记的敏感度和假阳性率分别为约82％至约10％。
[0270]
在一些实施方案中，检测升高的ifn
‑
i标记的敏感度和假阳性率分别为约98％至约30％。
[0271]
本公开还提供了一种诊断和治疗具有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0272]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0273]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0274]
确定
[0275]
基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
[0276]
所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；或者
[0277]
根据式i计算的poise评分：
[0278]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式
[0279]
i)；或它们的任何组合；
[0280]
当sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值，所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值或所述poise评分等于或高于35的阈值poise评分时，诊断所述受试者具有对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的所述ifn
‑
i介导的疾病；或它们的任何组合；以及
[0281]
向被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂的治疗有响应的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂。
[0282]
在一些实施方案中，生物样本为血液样本或组织样本。
[0283]
在一些实施方案中，基因表达使用定量聚合酶链反应(qpcr)或微阵列或两者来测定。
[0284]
在一些实施方案中，基因表达在mrna水平上测量。
[0285]
在一些实施方案中，在已向受试者施用ifn
‑
i抑制剂后一天或多天测量基因表达。
[0286]
在一些实施方案中，在已向受试者施用ifn
‑
i抑制剂后2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天测量基因表达。
[0287]
在一些实施方案中，在已向受试者首次施用ifn
‑
i抑制剂后一天或更多天测量基因表达。
[0288]
在一些实施方案中，在已向受试者首次施用ifn
‑
i抑制剂后2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、31天、32天、33天、34天、35天、36天、37
天、38天、39天、40天、41天、42天、43天、44天、45天、46天、47天、48天、49天、50天、51天、52天、53天、54天、55天、56天、57天、58天、59天、60天、61天、62天、63天、64天、65天、66天、67天、68天、69天、70天、71天、72天、73天、74天、75天、76天、77天、78天、79天、80天、81天、82天、83天、84天、85天、86天、87天、88天、89天、90天、91天、92天、93天、94天、95天、96天、97天、98天、99天、100天或更多天测量基因表达。
[0289]
在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为sle、i型糖尿病、牛皮癣、原发性干燥综合征、全身性硬化症、类风湿性关节炎、移植排斥、皮肌炎、多发性肌炎、艾卡迪
‑
古特雷斯综合征(aicardi
‑
gouti
è
res syndrome)、sting相关的婴儿期发病血管病变(savi)或慢性非典型中性粒细胞皮炎伴脂肪代谢障碍及高体温综合征(candle)。
[0290]
在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为sle。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为i型糖尿病。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为原发性干燥综合征。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为系统性硬化症。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为类风湿性关节炎。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为皮肌炎。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为多发性肌炎。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为艾卡迪
‑
古特雷斯综合征。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为sting相关的婴儿期发病血管病变(savi)。在一些实施方案中，ifn
‑
i介导的疾病为慢性非典型中性粒细胞皮炎伴脂肪代谢障碍及高体温综合征(candle)。
[0291]
在一些实施方案中，sle为狼疮性肾炎、皮肤狼疮或具有中枢神经系统(cns)表现的狼疮。
[0292]
在一些实施方案中，ifn
‑
i抑制剂为阻断ifn
‑
i与ifnar相互作用的分子，结合i型干扰素的拮抗性抗体，结合ifnar的拮抗性抗体，tyk2、jak1、tlr3、tlr7、tlr8、tlr9、sting的抑制剂，浆细胞样树突状细胞的调节剂或耗减剂；或降解核酸的药剂。
[0293]
在一些实施方案中，i型干扰素为ifn
‑
α、ifn
‑
β、ifn
‑
ε、ifn
‑
ω或ifn
‑
κ。
[0294]
在一些实施方案中，浆细胞样树突状细胞的调节剂或耗减剂为结合bdca2、cd123或ilt7/fcεriγ复合物的抗体。
[0295]
在一些实施方案中，抗bdca2抗体为biib059。
[0296]
在一些实施方案中，抗cd123抗体为sl
‑
501、sl
‑
101、imgn
‑
632、im
‑
23、csl
‑
362(塔妥珠单抗)或sm
‑
401。
[0297]
在一些实施方案中，抗ilt7抗体诸如medi7734，
[0298]
在一些实施方案中，降解核酸的药剂为重组核酸酶。
[0299]
在一些实施方案中，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体包含
[0300]
seq id no:11的重链可变区1(hcdr1)、seq id no:12的hcdr2、seq id no:13的hcdr3、seq id no:14的轻链可变区1
[0301]
(lcdr1)、包含氨基酸序列gas的lcdr2和seq id no:16的lcdr3；
[0302]
seq id no:17的重链可变区(vh)和seq id no:18的轻链可变区(vl)；或者
[0303]
seq id no:19的重链(hc)和seq id no:20的轻链(lc)，或它们的任何组合。gas是指众所周知的氨基酸甘氨酸、丙氨酸和丝氨酸。
[0304]
在一些实施方案中，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体以约10mg/kg的剂量施用。
[0305]
在一些实施方案中，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体以约10mg/kg的剂量每两周一次施
用。
[0306]
在一些实施方案中，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体为pf 06823859。
[0307]
在一些实施方案中，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体为ags
‑
009。
[0308]
在一些实施方案中，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体为罗利珠单抗(rontalizumab)。
[0309]
在一些实施方案中，结合ifnar的拮抗性抗体包含
[0310]
分别为seq id no:21、22、23、24、25和26的重链可变区1(hcdr1)、hcdr2、hcdr3、轻链可变区1(lcdr1)、lcdr2和lcdr3；
[0311]
seq id no:27的重链可变区(vh)和seq id no:28的轻链可变区(vl)；和/或
[0312]
seq id no:29的重链(hc)和seq id no:30的轻链(lc)。(阿尼福鲁单抗)。
[0313]
hcdr1(seq id no:11)
[0314]
gysftsyw
[0315]
hcdr2(seq id no:12)
[0316]
idpsdsdt
[0317]
hcdr3(seq id no:13)
[0318]
arhpglnwapdfdy
[0319]
lcdr1(seq id no:14)
[0320]
qsidnsy
[0321]
lcdr2
[0322]
gas
[0323]
lcdr3(seq id no:16)
[0324]
qqgydfplt
[0325]
seq id no:17
[0326]
evqlvqsgaevkkpgeslkisckgsgysftsywigwvrqmpgkglewmgiidpsdsdtryspsfqgqvtisadksistaylqwsslkasdtamyycarhpglnwapdfdywgqgtlvtvss
[0327]
seq id no:18
[0328]
diqmtqspsslsasvgdrvtitcrasqsidnsylnwyqqkpgkapklliygasslqsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqgydfpltfgqgtkveik
[0329]
seq id no:19
[0330]
evqlvqsgaevkkpgeslkisckgsgysftsywigwvrqmpgkglewmgiidpsdsdtryspsfqgqvtisadksistaylqwsslkasdtamyycarhpglnwapdfdywgqgtlvtvssastkgpsvfplapsskstsggtaalgclvkdyfpepvtvswnsgaltsgvhtfpavlqssglyslssvvtvpssslgtqtyicnvnhkpsntkvdkkvepkscdkthtcppcpapellggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpapiektiskakgqprepqvytlppsrdeltknqvsltclvkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflyskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk
[0331]
seq id no:20
[0332]
diqmtqspsslsasvgdrvtitcrasqsidnsylnwyqqkpgkapklliygasslqsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqgydfpltfgqgtkveikrtvaapsvfifppsdeqlksgtasvvcllnnfypreakvqwkvdnalqsgnsqesvteqdskdstyslsstltlskadyekhkvyacevthqglsspvtksfnrgec
[0333]
seq id no:21
[0334]
nywia
[0335]
seq id no:22
[0336]
iiypgdsdiryspsfqg
[0337]
seq id no:23
[0338]
hdiegfdy
[0339]
seq id no:24
[0340]
rasqsvsssffa
[0341]
seq id no:25
[0342]
gassrat
[0343]
seq id no:26
[0344]
qqydssait
[0345]
seq id no:27
[0346]
evqlvqsgaevkkpgeslkisckgsgyiftnywiawvrqmpgkglesmgiiypgdsdiryspsfqgqvtisadksittaylqwsslkasdtamyycarhdiegfdywgrgtlvtvss
[0347]
seq id no:28
[0348]
eivltqspgtlslspgeratlscrasqsvsssffawyqqkpgqaprlliygassratgipdrlsgsgsgtdftltitrlepedfavyycqqydssaitfgqgtrleik
[0349]
seq id no:29
[0350]
evqlvqsgaevkkpgeslkisckgsgyiftnywiawvrqmpgkglesmgiiypgdsdiryspsfqgqvtisadksittaylqwsslkasdtamyycarhdiegfdywgrgtlvtvssastkgpsvfplapsskstsggtaalgclvkdyfpepvtvswnsgaltsgvhtfpavlqssglyslssvvtvpssslgtqtyicnvnhkpsntkvdkrvepkscdkthtcppcpapefeggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpasiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvsltclvkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflyskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk
[0351]
seq id no:30
[0352]
eivltqspgtlslspgeratlscrasqsvsssffawyqqkpgqaprlliygassratgipdrlsgsgsgtdftltitrlepedfavyycqqydssaitfgqgtrleikrtvaapsvfifppsdeqlksgtasvvcllnnfypreakvqwkvdnalqsgnsqesvteqdskdstyslsstltlskadyekhkvyacevthqglsspvtksfnrgec
[0353]
在一些实施方案中，tyk2抑制剂为pf
‑
06263276、sgi
‑
1252、aryy
‑
111、ur
‑
67767、td
‑
1473、pf
‑
06826647、pf
‑
06700841、pf
‑
04965842、bms
‑
986165、sar
‑
20347、ost
‑
246或ost
‑
122。
[0354]
在一些实施方案中，jak1抑制剂为ati
‑
50001、las194046、td
‑
1473、鲁索替尼、bmt
‑
1438、glpg
‑
0555、pf
‑
04965842。巴瑞克替尼(baricitinib)、gsk
‑
899、马来酸非戈替尼(filgotinib)、incb
‑
47986、sgi
‑
1252、ati
‑
50002、vr
‑
588、托法替尼(tofacitinib)、r
‑
256、索西替尼(solcitinib)、伊他替尼(itacitinib)、incb
‑
054707、托法替尼、incb
‑
16562、shr
‑
0302、nip
‑
565、莫罗替尼(momelotinib)、培非替尼(peficitinib)、乌帕替尼(upadacitinib)、ct
‑
15300、bs
‑
hh
‑
002、sar
‑
20347、pf
‑
06700841、pf
‑
06263276、abbv
‑
599或incb
‑
052793。
[0355]
在一些实施方案中，tlr7抑制剂为jb
‑
6121、imo
‑
8400、imo
‑
9200、cpg
‑
52364、irs
‑
954、dv
‑
1079、dv
‑
1179、e
‑
6742或e
‑
6887。
[0356]
在一些实施方案中，tlr8抑制剂为jb
‑
6121、vtx
‑
763、imo
‑
8400、imo
‑
9200、cpg
‑
52364、imo
‑
3100、e
‑
6742或e
‑
6887。
[0357]
在一些实施方案中，tlr9抑制剂为e
‑
6446、jb
‑
6121、gnks
‑
356、imo
‑
9200、imo
‑
8400、cpg
‑
52364、imo
‑
3100、irs
‑
954、dv
‑
1079、dv
‑
1179或阿利卡弗森(alicaforsen)。
[0358]
i型ifn和ifn
‑
i标记
[0359]
在人类中，ifn
‑
i由12种ifn
‑
α蛋白亚型以及ifn
‑
β、ifn
‑
ε、ifn
‑
κ和ifn
‑
ω的单功能蛋白构成。ifn
‑
i诱导响应于无菌配体和微生物配体两者而发生，并且该细胞因子家族全部通过遍在表达的异二聚体受体(ifnar)发信号，从而产生抗病毒、抗增殖和免疫调节效应。因此，已在临床中利用重组ifn
‑
i来治疗感染性适应症和肿瘤性适应症两者，并且最近正在开发对抗该途径的方法以用于自身免疫适应症。细胞暴露于ifn
‑
i可诱导数百种ifn
‑
i诱导的转录物的表达，这些转录物最终编码负责这些多效作用的基因产物。
[0360]
考虑到ifn
‑
i诱导的转录物的广泛多样性，文献中已报道了若干转录标记，并且已被用作直接检测多种ifn
‑
i配体的替代物。由21个上调基因组成的示例性ifn
‑
i标记在yao等人，human genomics and proteomics:hgp 2009中有所描述。其他示例性ifn
‑
i标记在tcherepanova等人，annals of the rheumatic diseases 71(suppl3)(2012)和richardson等人，acr/arhp 2012annual meeting abstract 620(2012)中有所描述。
[0361]
附加的ifn
‑
i诱导转录物组的鉴定及其在敏感地定量人血液或组织样本中升高的ifn
‑
i标记方面的应用将使现有技术水平得到改善，并使选择患有由ifn
‑
i介导的疾病的患者的方法更加精确并因此使未患有ifn
‑
i介导的疾病的患者对调节该途径的药物的暴露最小化，以及有利于发作前自身免疫受试者的预防性干预。这对于自身免疫疾病诸如狼疮尤其重要，其中存在高度未满足的需求和显著的异质性，如由在该疾病中观察到的长列表的临床试验失败所反映的。
[0362]
本公开提供了一种使用人类患者样本和机器学习鉴定的新型ifn
‑
i标记，并且还描述了其在人类患者样本中量化ifn
‑
i标记的应用。所生成的ifn
‑
i标记被证实比直接检测患者血清中的ifn
‑
i蛋白更敏感，从而能够鉴定仍然无症状或部分症状的受试者。
[0363]
测量基因表达的方法
[0364]
可使用已知的方法在rna水平上测量基因表达水平。可使用众所周知的方法从生物样本诸如血液中分离总rna和/或mrna。
[0365]
分析基因表达的方法是众所周知的，并且包括基于多核苷酸杂交的方法、基于多核苷酸测序的方法和基于蛋白质组学的方法。可使用rna印迹或原位杂交、rna酶保护测定、微阵列或基于pcr的方法，诸如逆转录聚合酶链反应(rt
‑
pcr)、任选地之后进行定量pcr(qpcr)来定量样本中的mrna表达。rt
‑
pcr步骤通常使用特异性引物、随机六聚体、或低聚
‑
dt引物来引发，这取决于表达谱的环境和目标。例如，提取的rna可使用geneamp rna pcr试剂盒(perkin elmer,calif.,usa)按照制造商的说明进行逆转录。然后可将生成的cdna用作后续qpcr反应中的模板。在示例性方法中，使用来自qiagen的paxgene血液rna管和rna分离试剂盒从受试者的血液样本中分离总rna，然后使用商业试剂盒诸如来自qiagen的试剂盒逆转录成cdna。可使用可从qiagen商购获得的定制或现成rt
2 profiler pcr阵列进行基因表达谱分析，该阵列包含用于rna样本质量、数据归一化和基因组dna污染检测的元件。
[0366]
为了使误差和样本间变化的影响最小化，可使用在各种组织上以恒定水平表达的内标来执行qpcr。常用于归一化基因表达模式的rna为一个或多个管家基因(诸如actb、b2m和gapdh)的mrna。
[0367]
qpcr结果的数据分析可基于δct或δct方法，将测试样本中测试基因的原始数据归一化为测试样本中一个或多个管家基因的表达(δct)，和/或将测试样本中测试基因的归一化表达与对照样本中相同测试基因的归一化表达进行比较(δδct)。在一些情况下，基因表达水平可表示为测试样本与对照样本的倍数变化(例如，2^
‑
δδct
)，或者表示为log2倍数变化(例如，log2(2^
‑
ddct
))。在一些情况下，当分析基因组合的表达水平时，可分析各种表达值的总和(例如，sumδct；sumδδct；sum2^
‑
δδct
和/或sum log2(2^
‑
ddct
)。
[0368]
也可使用微阵列分析基因表达的水平，该微阵列使用可商购获得的平台，诸如来自affymetrix、illumina和agilent的那些。
[0369]
生成阈值
[0370]
本文所述的公开内容提供了包含基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的新10
‑
基因基因集，其能够以高准确性区分具有升高的ifn
‑
i标记的受试者与具有基线ifn
‑
i标记的受试者。使用机器学习方法和内部数据集经验性地导出基因和阈值的这种组合，以由本文所述的84个ifn
‑
i诱导基因的较大集合最佳地分类健康受试者与sle受试者。
[0371]
利用10
‑
基因标记的阈值可通过分析汇集的生物样本来开发，该生物样本获自已验证基线ifn
‑
i标记的健康受试者和已验证升高的ifn
‑
i标记的受试者以获得10个基因的差异表达。然后可鉴定阈值，该阈值将受试者分为具有升高的ifn
‑
i标记的那些和具有基线ifn
‑
i标记的那些。
[0372]
利用本文和实施例1中所述的方法，可生成poise(干扰素标记表达谱)评分阈值和受试者特异性poise评分，其可使用式i将具有升高的ifn
‑
i标记的受试者与具有基线ifn
‑
i标记的那些区分。poise是指对ifn
‑
i响应基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的表达水平的测量。poise可在基线处确定，即，在任何治疗之前或在施用治疗之后的任何时间处确定。
[0373]
式i：
[0374]
poise评分(受试者)：70
‑
|43.72516641664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct)(受试者)|；
[0375]
其中sumlog2(2^
‑
ddct)为来自受试者的生物样本中10个基因的组合的表达与对照样本中10个基因的表达水平相比的log2倍数变化的总和。
[0376]
poise评分等于或超过35的受试者被鉴定为具有升高的ifn
‑
i标记，其敏感度为约90％且假阳性率为约15％。poise评分等于或超过30的受试者被鉴定为具有升高的ifn
‑
i标记，其敏感度为约82％且假阳性率为约20％。poise评分等于或超过40的受试者被鉴定为具有升高的ifn
‑
i标记，其敏感度为约98％且假阳性率为约30％。
[0377]“阈值poise评分”是指在30与40之间的poise评分。在一些实施方案中，阈值poise评分为30。在一些实施方案中，阈值poise评分为35。在一些实施方案中，阈值poise评分为40。
[0378]
通过鉴定阈值poise评分，可导出对应于35的poise评分的8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)”值和57.474的阈值sumδct值。
[0379]
治疗和施用
[0380]
使用本文开发的10
‑
基因标记鉴定为具有升高的ifn
‑
i标记的任何受试者可用如本文所述的ifn
‑
i抑制剂治疗。此类受试者包括最初怀疑患有ifn
‑
i介导的疾病的那些和诊断患有ifn
‑
i介导的疾病的那些。此类疾病包括sle，包括特定器官表现，诸如狼疮性肾炎、皮肤狼疮和cns表现、i型糖尿病、牛皮癣、原发性干燥综合征、系统性硬化症、类风湿性关节炎、移植排斥、皮肌炎、多发性肌炎、艾卡迪
‑
古特雷斯综合征、sting相关的婴儿期发病血管病变(savi)或慢性非典型中性粒细胞皮炎伴脂肪代谢障碍及高体温综合征(candle)。
[0381]
例如，ifn
‑
i标记已被报道与狼疮的临床和血清学特征两者正相关(baechler等人，proc natl acad sci u s a 100:2610
‑
15,2003；bennett等人，j exp med 197:711
‑
23,2003；dall’era等人，annals of the rheumatic diseases 64:1692
‑
97,2005；karageorgas等人，j biomed biotechnol 273907,2011；niewold等人，genes immun 8:492
‑
502,2007)。
[0382]
ifn
‑
i抑制剂可作为包含治疗有效量的ifn
‑
i抑制剂和药学上可接受的载体的药物组合物施用。“载体”是指与ifn
‑
i抑制剂一起施用的稀释剂、辅助剂、赋形剂或媒介物。此类媒介物可以是液体，诸如水和油，包括来源于石油、动物、植物的油或合成的那些油，诸如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等。例如，可使用0.4％盐水和0.3％甘氨酸。这些溶液是无菌的，并且通常不含颗粒物。它们可通过熟知的常规灭菌技术(例如过滤)进行灭菌。该组合物可根据需要包含药学上可接受的辅助物质以接近生理条件，诸如ph调节剂和缓冲剂、稳定剂、增稠剂、润滑剂和着色剂等。合适的媒介物和制剂，包括其他人蛋白例如人血清白蛋白，在例如remington:the science and practice of pharmacy,第21版，troy,d.b.编辑，lipincott williams and wilkins,philadelphia,pa 2006，第5部分，pharmaceutical manufacturing，第691
‑
1092页(特别参见第958
‑
989页)中有所描述。
[0383]
ifn
‑
i抑制剂的施用模式是将抗体递送至受试者的任何合适的途径，诸如胃肠外施用，例如真皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内或皮下、肺部，经粘膜(口腔、鼻内、阴道内、直肠)，使用片剂、胶囊、溶液、粉末、凝胶、颗粒形式的制剂；以及包含在注射器、植入装置、渗透泵、盒、微型泵中；或技术人员所理解的本领域熟知的其他方式。可通过例如以下方式实现位点特异性施用：瘤内、胃肠外、支气管内、腹内、囊内、软骨内、腔内、体腔内、小脑内、脑室内、结肠内、颈管内、胃内、肝内、心脏内、骨内、骨盆内、心包内、腹膜内、胸膜内、前列腺内、肺内、直肠内、肾内、视网膜内、脊柱内、滑膜内、胸内、子宫内、血管内、膀胱内、病灶内、阴道、直肠、口腔、舌下、鼻内或经皮递送。
[0384]
ifn
‑
i抑制剂还可预防性地施用，以便降低发展ifn
‑
i介导的疾病的风险和/或延迟症状的发作。
[0385]
本发明的其他实施方案
[0386]
下文根据本文别处的公开内容陈述了本发明的某些其他实施方案。上文陈述为与本文所公开的发明相关的本发明的实施方案的特征还涉及所有这些其他带编号的实施方案中的每一者。
[0387]
实施方案1：一种诊断和治疗患有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0388]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0389]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0390]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0391]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断所述受试者患有对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病；以及
[0392]
向被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂的治疗有响应的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂。
[0393]
实施方案2.一种用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗疑似患有或患有ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括：
[0394]
通过以下方式确定所述受试者具有升高的ifn
‑
i标记：
[0395]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0396]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0397]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0398]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，确定所述受试者具有升高的ifn
‑
i标记；以及
[0399]
向确定具有所述升高的ifn
‑
i标记的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂以治疗所述ifn
‑
i介导的疾病。
[0400]
实施方案3.一种检测受试者中升高的i型干扰素(ifn
‑
i)标记的方法，所述方法包括：
[0401]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0402]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0403]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0404]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，检测所述受试者中所述升高的ifn
‑
i标记。
[0405]
实施方案4.一种诊断和治疗患有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括
[0406]
提供来自疑似患有或患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者的生物样本；
[0407]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0408]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0409]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断所述受试者患有所述ifn
‑
i介导的疾病；以及
[0410]
通过向所述受试者施用治疗有效量的ifn
‑
i抑制剂来治疗所述疑似患有或患有所述ifn
‑
i介导的疾病的受试者。
[0411]
实施方案5.一种预测患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者对用ifn
‑
i抑制剂治疗的响应的方法，所述方法包括
[0412]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0413]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0414]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0415]
当所述组合表达值等于或高于阈值时预测所述受试者为响应者，并且当所述组合表达值低于所述阈值时预测所述受试者为响应者。
[0416]
实施方案6.一种治疗患有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括
[0417]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0418]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0419]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0420]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，用所述ifn
‑
i抑制剂治疗所述受试者。
[0421]
实施方案7.一种确定患有i型干扰素(ifn
‑
i)介导的疾病的受试者是否对用ifn
‑
i抑制剂治疗有响应并决定是否治疗所述受试者的方法，所述方法包括：
[0422]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0423]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0424]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；
[0425]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应，或者当所述组合表达值小于阈值时，诊断患有所述ifn
‑
i介导的疾病的所述受试者对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应；以及
[0426]
将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的所述受试者或避免将所述ifn
‑
i抑制剂施用给被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗无响应的所述受试者。
[0427]
实施方案8.一种用于预测和/或诊断受试者患有ifn
‑
i介导的疾病的体外方法，所述方法包括
[0428]
提供来自所述受试者的生物样本；
[0429]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0430]
确定所述生物样本中所述基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的组合表达值；以及
[0431]
当所述组合表达值等于或高于阈值时，预测和/或诊断所述受试者患有所述ifn
‑
i介导的疾病。
[0432]
实施方案9.根据实施方案1
‑
8中任一项所述的方法，所述方法包括将基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达归一化为对照基因的表达水平的步骤。
[0433]
实施方案10.根据实施方案1
‑
9中任一项所述的方法，其中所述对照基因为管家基因。
[0434]
实施方案11.根据实施方案1
‑
10中任一项所述的方法，其中所述管家基因包括b2m、tfrc、ywhaz、rplo、18s、gusb、ubc、tbp、gapdh、ppia、polr2a、actb、pgk1、hprt1、ipo8或hmbs。
[0435]
实施方案12.根据实施方案1
‑
11中任一项所述的方法，其中所述管家基因包括actb、b2m和gapdh。
[0436]
实施方案13.根据实施方案1
‑
12中任一项所述的方法，其中所述组合表达值为基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)。
[0437]
实施方案14.根据实施方案1
‑
13中任一项所述的方法，其中所述阈值为57.474的sumδct。
[0438]
实施方案15.根据实施方案1
‑
12中任一项所述的方法，其中所述组合表达值为所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct))。
[0439]
实施方案16.根据实施方案15所述的方法，其中所述阈值为8.725的sumlog2(2^
‑
ddct)。
[0440]
实施方案17.根据实施方案1
‑
12中任一项所述的方法，其中所述组合表达式值为式i的poise评分：
[0441]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式i)
[0442]
实施方案18.根据实施方案17所述的方法，其中参考值为在30与40之间的poise评分。
[0443]
实施方案19.根据实施方案18所述的方法，其中所述参考值为35的poise评分。
[0444]
实施方案20.根据实施方案1
‑
19中任一项所述的方法，其中检测所述升高的ifn
‑
i标记的敏感性和假阳性率分别为约90％和约15％。
[0445]
实施方案21.一种诊断和治疗具有对用i型干扰素(ifn
‑
i)抑制剂治疗有响应的ifn
‑
i介导的疾病的受试者的方法，所述方法包括
[0446]
从所述受试者中获得生物样本；
[0447]
测定所述生物样本中基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的基因表达；
[0448]
确定
[0449]
基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化阈值循环(ct)值的总和(sumδct)；
[0450]
所述生物样本与从一个或多个健康对照获得的生物样本之间基因dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l的归一化差异表达的
log2倍数变化的总和(sumlog2(2^
‑
ddct
))；或者
[0451]
根据式i计算的poise评分：
[0452]
poise评分＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)|(式
[0453]
i)；或它们的任何组合；
[0454]
当sumδct等于或高于57.474的阈值sumδct值，所述sumlog2(2^
‑
ddct
)值等于或高于8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)值或所述poise评分等于或高于35的阈值poise评分时，诊断所述受试者具有对用所述ifn
‑
i抑制剂治疗有响应的所述ifn
‑
i介导的疾病；或它们的任何组合；以及
[0455]
向被诊断为对用所述ifn
‑
i抑制剂的治疗有响应的所述受试者施用所述ifn
‑
i抑制剂。
[0456]
实施方案22.根据实施方案21所述的方法，其中检测所述升高的ifn
‑
i标记的敏感性和假阳性率分别为约90％和约15％。
[0457]
实施方案23.根据实施方案1
‑
22中任一项所述的方法，其中所述生物样本为血液样本或组织样本。
[0458]
实施方案24.根据实施方案1
‑
23中任一项所述的方法，其中基因表达使用定量聚合酶链反应(qpcr)或微阵列或两者来测定。
[0459]
实施方案25.根据实施方案1
‑
24中任一项所述的方法，其中基因表达在mrna水平上测量。
[0460]
实施方案26.根据实施方案1至25中任一项所述的方法，其中所述ifn
‑
i介导的疾病为系统性红斑狼疮(sle)、i型糖尿病、牛皮癣、原发性干燥综合征、系统性硬化症、类风湿性关节炎、移植排斥、皮肌炎、多发性肌炎、艾卡迪
‑
古特雷斯综合征、sting相关的婴儿期发病血管病变(savi)或慢性非典型中性粒细胞皮炎伴脂肪代谢障碍及高体温综合征(candle)。
[0461]
实施方案27.根据实施方案26所述的方法，其中sle包括狼疮性肾炎、皮肤狼疮或具有中枢神经系统(cns)表现的狼疮。
[0462]
实施方案28.根据实施方案1
‑
27中任一项所述的方法，其中所述ifn
‑
i抑制剂为阻断ifn
‑
i与ifnar相互作用的分子，结合ifn
‑
i的拮抗性抗体，结合ifnar的拮抗性抗体，tyk2、jak1、tlr7、tlr8、tlr9或sting的抑制剂，浆细胞样树突状细胞的调节剂或耗减剂；或降解核酸的药剂。
[0463]
实施方案29.根据实施方案1
‑
28中任一项所述的方法，其中所述ifn
‑
i为ifn
‑
α、ifn
‑
β、ifn
‑
ε、ifn
‑
ω或ifn
‑
κ。
[0464]
实施方案30.根据实施方案28或29所述的方法，其中所述浆细胞样树突状细胞的调节剂或耗减剂为结合bdca2、cd123或ilt7/fcεriγ复合物的抗体。
[0465]
实施方案31.根据实施方案28
‑
30中任一项所述的方法，其中所述降解核酸的药剂为重组核酸酶。
[0466]
实施方案32.根据实施方案1
‑
32中任一项所述的方法，其中所述结合ifn
‑
i的拮抗性抗体包含：
[0467]
seq id no:11的重链可变区1(hcdr1)、seq id no:12的hcdr2、seq id no:13的hcdr3、seq id no:14的轻链可变区1(lcdr1)、包含氨基酸序列gas的lcdr2和seq id no:16
的lcdr3；
[0468]
seq id no:17的重链可变区(vh)和seq id no:18的轻链可变区(vl)；和/或
[0469]
seq id no:19的重链(hc)和seq id no:20的轻链(lc)。(jnj
‑
839)。
[0470]
实施方案33.根据实施方案28
‑
31中任一项所述的方法，其中所述结合ifnar的拮抗性抗体包含：
[0471]
分别为seq id no:21、22、23、24、25和26的重链可变区1(hcdr1)、hcdr2、hcdr3、轻链可变区1(lcdr1)、lcdr2和lcdr3；
[0472]
seq id no:27的重链可变区(vh)和seq id no:28的轻链可变区(vl)；和/或
[0473]
seq id no:29的重链(hc)和seq id no:30的轻链(lc)。(阿尼福鲁单抗)。
[0474]
实施方案34.根据实施方案28所述的方法，其中所述结合ifn
‑
i的拮抗性抗体为pf 06823859、ags
‑
009或罗利珠单抗。
[0475]
虽然已经概括地描述了本公开，但是本公开的实施方案还将在以下实施例中进一步公开，以下实施例不应理解为限制权利要求的范围。
[0476]
实施例1：生成干扰素标记表达谱(poise)和poise评分
[0477]
poise是基于10
‑
基因定量pcr(qpcr)的方法，其被开发用于定量受试者中的ifn
‑
i标记。poise评分是利用来自健康供体和sle患者的血液样本的表达谱信息区分具有升高的ifn
‑
i标记的受试者和具有基线ifn
‑
i标记的受试者的计算值。
[0478]
材料
[0479]
a)sle和健康供体paxgene血液rna管(均在知情同意的情况下由temple university、biological specialty corporation、bioserve biotechnologies和bioreclamation提供)
[0480]
b)paxgene血液rna试剂盒(qiagen，目录号762164)
[0481]
c)rt2第一链试剂盒(qiagen，目录号330404)
[0482]
d)定制的rt2rna pcr阵列(qiagen，目录号caph13527)
[0483]
e)rt2green qpcr主混合物(qiagen，目录号330529)
[0484]
方法和结果
[0485]
rt
2 qpcr阵列的设计和验证
[0486]
最初每个阵列选择84个干扰素诱导基因和十一个对照，并且将其印刷在96
×
4格式的rt
2 qpcr阵列上。ifn诱导基因为已知的ifn诱导转录物(yao等人human genomics and proteomics:hgp 2009；2009)或通过sle供体血液样本的内部rna
‑
seq分析鉴定的转录物。
[0487]
生成汇集的健康对照总rna样本以标准化健康样本相对于每个单独sle样本的归一化，从而能够建立相对于健康受试者的ifn
‑
i调节异常的定量阈值。健康供体paxgene血液rna管购自bio specialty corporation和bioserve。使用paxgene血液rna试剂盒(qiagen)根据制造商的说明提取rna。使用qiaxpert仪器(qiagen)测定每个样本的rna收率。获得的25份健康paxgene样本具有足够的收率以从每个样本的200ng总rna开始逆转录成cdna。使用rt2第一链试剂盒(qiagen)进行cdna合成，然后根据制造商的说明将其添加至rt2green qpcr主混合物(qiagen)中。作为阳性对照，以相同方式处理若干sle供体paxgene管(共29个供体)。将样本上样到定制的qpcr阵列上，并使用viia
tm
7实时pcr仪
(thermo fisher scientific)获得qpcr数据。在仪器运行完成后，将数据输出到excel中用于分析。为了计算样本中的每个样本之间的相对基因表达(δδct)变化，使用下式：
[0488]
1)式1＝ct靶基因
‑
内源性对照的平均ct＝值a(内源性对照包括管家基因actb、gapdh和b2m)
[0489]
2)式2＝来自未处理(或健康供体)对照组的值a的平均值＝平均值a
[0490]
3)式3＝sle供体值a
‑
对照组平均值a＝δδct
[0491]
4)式4＝2^
‑
δδct＝倍数变化
[0492]
为了确定健康队列显示出ifn诱导基因的基线表达的程度，使用包括基因ifi27、ifi6、rsad2、ifi44、ifi44l、usp18、ly6e、oas1、siglec1、isg15、ifit1、oas3、herc5、mx1、lamp3、epsti1、ifit3、oas2、rtp4、plscr1和dnaptp6的21
‑
基因ifn
‑
i标记来评估来自健康供体的样本(yao等人human genomics and proteomics:hgp 2009；2009)。每个健康供体中所有21个基因的平均倍数变化相比于健康组总体平均值为1.36。相比之下，sle供体的平均值相对于健康组总体平均值为18.29(图1a)。由于健康供体之间的基线ifn
‑
i标记轻微变化，当整个群体中的平均倍数变化等于或小于1.5时，该群体被视为“基线”标记。
[0493]
由于在所检查的健康队列中总体上几乎不存在可变性，因此选择所有25个供体用于产生汇集的健康rna配制物，以用作每个定制qpcr阵列的归一化对照。为了产生该汇集的配制物，将600ng每个健康供体的总rna组合到单个管中并冷冻。还评估了20个附加的健康供体paxgene管的ifn
‑
i标记，以扩增汇集的健康rna库。附加供体与原始供体之间的21
‑
基因面板ifn诱导基因表达之间存在高度相关性(r2＝0.9797；p<0.0001)，并且因此将所有健康供体样本汇集并储存在
‑
80℃处。
[0494]
从sle供体获得29个paxgene管，以用于评估所选择的84个ifn诱导基因的表达谱。所有样本处理方法与上述方法相同，不同的是用于生成数据的仪器为7900ht实时pcr系统(applied biosystems)。在每个qpcr阵列上，第一位置被指定用于汇集的健康对照样本，而剩余的3个位置用于sle样本。分析数据，并且评估每个sle样本相对于健康对照的倍数变化，以了解具有sle的受试者中基因表达的异质性。
[0495]
对qpcr数据集使用机器学习方法，设计随机森林(rf)分类器以区分sle与健康供体基因表达。如前所述，在10
×
5倍交叉验证设置中，在qpcrδδct(倍数变化的log2)数据表上运行分类器(zhang等人，genome biol.2015,16:14)。基因通过其rf显著性(由gini指数表示)进行排序。使用matthews相关系数(mcc)(baldi等人，assessing bioinformatics 16:412
‑
24,2000)进行性能评估。建立在20个排名最高的基因(qpcr
‑
20)上的模型实现了mcc＝0.76。接下来，使用来自单独rna
‑
seq研究的独立训练数据集来验证这些结果。进行该步骤以鉴定所利用的基因表达平台不可知的最稳健的一组转录物，这将增加该测定的效用。将这些数据转化为倍数变化以匹配qpcr数据。使用该数据集，在10
×
5倍cv设置下，使用数据集上的rf分类器对包含在qpcr阵列上的84个基因进行评估，从而建立另一种模型，该模型包含显著性排序最高的40个基因(rnaseq
‑
40)。在运行性能评估之后，所实现的mcc值为0.70。在比较qpcr
‑
20与rna
‑
seq 40基因列表之后，鉴定出共同的10个ifn诱导基因：dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l。为了确认这10个基因正确分类sle与健康供体的准确性，仅使用这10个基因重复随机森林分析，并且再次，该基因列表可以类似的准确性(mcc＝0.76)区分健康供体与sle供体。因此，该10个基因
被选择用于随后的分析，以评估未来受试者中的ifn
‑
i标记状态(例如poise)。图1b示出了鉴定ifn
‑
i标记的10个基因的过程的略图。
[0496]
poise评分推导
[0497]
确定阈值poise评分和阈值log2(2^
‑
ddct
)值
[0498]
在10个所选择的基因中测定每个sle供体(n＝29)相比于健康供体库的差异表达的log2倍数变化(例如log2(2^
‑
δδct))。鉴定了所有供体中每个基因的最高倍数变化。然后计算所有29个sle供体中10个基因中的每个基因的最高log2倍数变化的总和[sum(genesfc_sle_best)]。将该评分指定为“sle_best”并且计算为43.7251664。换句话讲，该值表示具有升高的ifn
‑
i标记的sle受试者的假设“最佳病例场景”。然后将该数值用作sle受试者比较的基准ifn
‑
i标记。为此，对每个待评分的未知sle样本进行类似处理，其中计算相同10个基因的log2倍数变化(例如log2(2^
‑
ddct
))的总和[sum(genesfc_sle)]以生成次级“sle受试者特异性”评分。接下来，确定基准“sle_best”评分与“sle受试者特异性”评分之间的距离绝对值。该值为poise评分的前体值。为了使poise评分值更直观，即更高的评分＝更高的ifn
‑
i标记，从评分70(其等于下文确定的35的阈值poise评分的两倍)中减去poise评分的前体值以生成poise评分。
[0499]
poise评分＝＝70
‑
|sum(genesfc_sle_best)
‑
sum(genesfc_sle)|；
[0500]
因此，受试者特异性poise评分可计算为：
[0501]
poise评分(受试者)＝70
‑
|43.7251664
‑
sumlog2(2^
‑
ddct
)(受试者)|
[0502]
poise评分计算还允许遇到具有比确定为“sle_best”甚至更大的升高的ifn
‑
i标记的sle受试者的可能性。在这种场景下，来自单独sle受试者的倍数变化总和将大于“sle_best”，从而导致负的反向poise评分值。当从70中减去该负值时，所得的poise评分将为甚至大于70的值，并因此也高于35的阈值poise评分。
[0503]
为了鉴定将受试者分类为具有升高的ifn
‑
i标记的阈值poise评分，执行具有不同截止值的模拟，并且针对每个截止值计算假阳性分数和真阳性分数(敏感度)。从该分析中，选择35的阈值poise评分作为对受试者进行分类的适当阈值(图2)，因为在大约90％的时间内在该阈值处可准确地鉴定出真ifn
‑
i标记阳性受试者并且假阳性率约为15％。
[0504]
也可使用具有另选的敏感度和假阳性值的其他阈值poise评分：
[0505]
30的阈值poise评分：利用该阈值，假阳性率下降至10％，并且真阳性率下降至约82％，这表明在约20％的评估中，ifn
‑
i标记升高的受试者被错误分类为具有基线ifn
‑
i标记。
[0506]
40的阈值poise评分：利用该阈值，假阳性率增加至约30％，并且真阳性率增加至约98％。
[0507]
为此，35的截止值被确定为假阳性分数与真阳性分数之间的最佳折衷。
[0508]
对于所有10个基因，阈值poise评分为35或更大将需要log2倍数变化sumlog2(2^
‑
ddct
)的最小和大于或等于8.725。sumlog2(2^
‑
ddct
)低于8.725的受试者将被视为具有基线ifn
‑
i标记。
[0509]
在不归一化至健康供体对照样本的情况下计算poise评分和阈值表达值
[0510]
初始纳入健康供体评分使得能够确定区分健康受试者与sle受试者中ifn
‑
i标记水平的阈值截止值。为了消除纳入基准汇集的健康对照样本的需要，开发了在不将基因表
达归一化至健康供体库的情况下推导poise评分的方法。
[0511]
为了实现这一点，将10个所选择的基因的基因表达归一化至每个分析样本中三个管家基因的表达水平，对于每个分析样本可获得样本特异性poise评分。对于每个样本，从同一样本中10个基因中的每个基因的表达水平中减去三个管家基因(actb、gapdh和b2m)的平均表达水平，然后计算10个基因中的每个基因的归一化表达的总和(nsum)
[0512]
nsum＝sum(基因
‑
平均值(管家基因))
[0513]
nsum＝sum(ct(基因)
–
平均ct(管家基因)＝sumδct
[0514]
然后将样本特异性poise评分与所获得的样本特异性nsum值(例如，sumδct)相关联，并外推有利于将sumδct转化为poise评分的式。为了获得poise评分，应用下式：
[0515]
y＝x
‑
27.474；其中
[0516]
y为poise评分，并且x为nsum(例如sumδct)
[0517]
图3示出了受试者特异性poise评分与受试者特异性sumδct的相关性。
[0518]
57.474的阈值sumδct被确定为与35的阈值poise评分相关联，即sumδct为57.474或更大的受试者可被鉴定为具有升高的ifn
‑
i标记。
[0519]
实施例2.健康受试者中的1期、随机、双盲、安慰剂对照、单次递增剂量研究和具有轻度至中度系统性红斑狼疮的受试者中的jnj
‑
55920839多剂量研究(nct02609789)
[0520]
jnj
‑
55920839为一种靶向i型干扰素(ifn
‑
i)的单克隆抗体(mab)。jnj
‑
55920839以高亲和力广泛结合并中和12种人干扰素α(ifn
‑
α)亚型中的11种和人干扰素ω(ifn
‑
ω)，但不中和干扰素β(ifn
‑
β)或ifn
‑
α亚型d/1。
[0521]
本研究的主要目的是评估jnj
‑
55920839在健康受试者中单次递增iv或皮下施用后的安全性和耐受性(部分a)，以及评估jnj
‑
55920839在具有轻度至中度sle的受试者中多次iv给药施用后的安全性和耐受性(部分b)。
[0522]
本研究的次要目的是评估jnj
‑
55920839在健康受试者中递增iv或皮下施用后(部分a)以及在具有轻度至中度sle的受试者中多次iv给药施用后(部分b)的药代动力学(pk)和免疫原性，评估jnj
‑
55920839在健康受试者中iv或sc给药后的药效动力学(pd)效应和临床响应(部分a)，以及评估jnj
‑
55920839在具有轻度至中度sle的受试者中多次iv给药后的pd和临床响应(部分b)。
[0523]
探索性目的是评估jnj
‑
55920839在健康受试者中单次iv或sc给药后(部分a)以及jnj
‑
55920839在具有轻度至中度sle的受试者中多次iv给药后(部分b)的生物标志物，评估干扰素信号传导的调节异常水平以及该调节异常如何与其他生物标志物的变化和对研究药剂施用的临床响应量度相关，以探索不同种族/民族群体中干扰素标记的可变性及其对与暴露于研究药剂相关的临床响应的潜在影响，并通过分析生物标志物、pd标志物和临床响应来探索jnj
‑
55920839的pk/pd关系。
[0524]
根据试验nct02609789，具有sle的受试者的纳入和排除标准可见于作为美国国立卫生研究院的服务的clinicaltrials网站。在其他要求中，本研究中有资格登记参加的受试者必须具有升高的ifn
‑
i标记，如筛选期间(随机化前)由poise评分所评估的。
[0525]
所有受试者将基于其第1天体重进行给药。在部分a中，将0.3mg/kg至15.0mg/kg范围内的jnj
‑
55920839或安慰剂的单次递增iv剂量以至少30分钟的iv输注施用给健康受试者的连续队列。如果在先前的队列中遇到耐受性问题，则输注持续时间可增加至约60分钟。
一个附加队列将接受单次1mg/kg sc施用的jnj
‑
55920839或安慰剂。在部分b中，每2周以至少30分钟的iv输注施用6次剂量的至多10mg/kg jnj
‑
55920839或安慰剂。基于在部分a中观察到的安全信息，可在部分b中选择低于计划的10mg/kg剂量的剂量。
[0526]
注射用无菌0.9％盐水usp将用于稀释研究药剂，并且也将用作安慰剂。
[0527]
受试者资格
[0528]
受试者的研究资格部分地通过使用poise评分确定升高的ifn
‑
i标记来评估。
[0529]
每个受试者收集两个paxgene管，并且将一个管送至集中式服务中心进行分析。根据制造商的说明书，使用qiagen paxgene血液rna提取试剂盒进行rna提取。使用带有rna screentape的2200tapestation或使用带有rna 6000nano chip的2100生物分析仪观察的>25μg/ml、260/280比率>1.8且没有降解的rna样本，使用rt2prolifer pcr阵列(qiagen)，根据制造商的说明，使用200ng总rna作为起始材料进行表达分析。使用viia 7实时pcr系统(thermo fisher scientific)对样本进行扩增。评估dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l以及管家基因actb、gapdh和b2m基因的表达。如实施例1所述计算poise评分。
[0530]
表1和表2示出了rt
2 proflier pcr阵列的结果，其显示健康对照库和五名寻求登记参加临床试验的受试者的δct(靶标
‑
平均内源性对照)、δδct((患病样本的δct相比于健康对照δct))、2^
‑
δδct
(表达倍数变化)和log2(2^
‑
δδct
)(表达倍数变化的log2)值。10个测试基因的log2(2^
‑
δδct
)总和、计算的poise评分和反向poise评分示于表3中。
[0531]
表1.
[0532]
[0533][0534]
表2.
[0535]
[0536]
[0537][0538]
表3.
[0539][0540]
从表达谱导出的poise评分对于受试者1为57，对于受试者2为26，对于受试者3为20，对于受试者4为50，并且对于受试者5为20。poise评分为35或更高的受试者(例如，受试者1和4)被定义为具有升高的ifn
‑
i标记并且有资格参与临床试验。
[0541]
受试者参与临床试验的资格也可利用8.725的阈值sumlog2(2^
‑
ddct
)来评估。利用该阈值，受试者1和4将有资格参与临床试验。
[0542]
图4示出了从基于35的阈值poise评分被确定为具有基线或升高的ifn
‑
i标记的健康对照(hc)受试者和sle供体确定的poise评分的分布。poise评分等于35或更大的受试者有资格登记参加本研究，前提条件是满足其他合格性要求。
[0543]
实施例3.poise评分生成和收集的自动化
[0544]
创建经验证的电子表格以生成poise评分
[0545]
excel电子表格被设计成用最小的用户界面由导出的viia7 qpcr仪器原始数据文件自动生成poise评分。首先，excel电子表格的表1包含用户将原始qpcr数据复制到其中的指定空间。在表2中，在将qpcr原始数据复制到表1中之后，对于10个感兴趣的基因，自动填充用于得出log2倍数变化的所有计算。计算如下：
[0546]
1)测定以下管家基因的平均ct值：actb、b2m和gapdh。
[0547]
2)通过从10个靶基因中的每个靶基因的ct中减去管家基因的平均值来确定δct(δct)。
[0548]
3)从每个sle样本的δct中减去汇集的健康样本的δct以确定δct(δδct)。
[0549]
4)通过计算2
‑
δδct
来确定汇集的健康对照与每个sle样本之间的倍数变化。
[0550]
5)确定2
‑
δδct
倍数变化的以2为底的对数。
[0551]
电子表格的表3包含用于在阵列上运行的每个sle样本的poise评分计算式。最终用户将该数字提交到iwrs系统，该数字被转发回临床站点，并指示受试者是否满足ifn
‑
i标
记纳入标准。该电子表格被验证为用于生成poise评分的认可工具。
[0552]
实施例4.poise ifn
‑
i标记分析比elisa直接检测ifn
‑
i更灵敏
[0553]
检查健康对照和sle患者样本以确定来自从患者血液中分离的rna的poise评分与同时收集的来自同一患者的血清中ifn
‑
α蛋白的直接水平之间的关系。使用高度灵敏的单分子阵列平台(simoa)来完成蛋白质定量。poise测定使得能够在通过elisa直接检测之前使用这种高度灵敏的平台定量样本中的ifn
‑
i活性，从而使得能够在供体之间区分健康供体的ifn
‑
i活性水平。由于ifn
‑
α可通过elisa检测到，poise评分和ifn
‑
α水平正相关，从而再次证实poise作为ifn
‑
i途径激活的标志物的特异性。该数据表明，poise是一种高度灵敏的手段，即使在健康人受试者中也能定量ifn
‑
i水平，这也将使得能够稳健地测量经历ifn
‑
i抑制剂治疗的sle患者的药效学响应。图5示出了健康(黑点)或sle受试者(灰点)中poise评分与血浆ifn
‑
α浓度(log(pg/ml))的相关性。
[0554]
实施例5.健康志愿者和具有中度至中度系统性红斑狼疮的参与者中的安全性、耐受性和临床响应(nct0260978)
[0555]
该临床研究设计在实施例2和本实施例中有所描述。在该首次人体i期、2部分、随机、双盲、安慰剂对照、多中心设计研究中，向健康志愿者施用0.3mg/kg至15mg/kg的单次递增静脉内(iv)剂量或1mg/kg的单次皮下剂量(部分a)，并且向具有轻度至中度系统性红斑狼疮(sle)的参与者施用10mg/kg的多次iv剂量(部分b)。
[0556]
结果总结：jnj
‑
55920839的药代动力学特征在健康志愿者和具有sle的参与者中大体上类似。jnj
‑
55920839在健康志愿者中的生物利用率为约80％。未检测到抗药抗体。在具有sle的参与者中，相对于安慰剂，jnj
‑
55920839治疗似乎与通过系统性红斑狼疮响应者指数、系统性红斑狼疮疾病活动性指数2000和医师总体评估测量的临床响应相关。感染是在研究的两个部分中报告的最常见不良事件，与安慰剂相比暴露率在数值上增加；在具有sle的2名参与者中，报告了局部播散性皮肤带状疱疹。
[0557]
结论：jnj
‑
55920839药代动力学特征类似于其他单克隆抗体，并且在健康志愿者和具有sle的参与者中耐受良好且安全。与安慰剂相比，jnj
‑
55920839治疗的参与者中ifn
‑
i标记的临床响应和调节异常得到改善。
[0558]
研究意义
[0559]
·
发现jnj
‑
55920839在健康志愿者和在筛选时表现出升高的ifn
‑
i的具有轻度至中度sle的参与者中为安全且耐受良好的。
[0560]
·
在六次10mg/kg iv剂量的jnj
‑
55920839后，在具有轻度至中度sle的参与者中观察到sri响应、sledai
‑
2k响应和医师总体评估的改善。
[0561]
·
poise表达标记用于参与者纳入以及评估jnj
‑
55920839在该试验的部分b中的pd效应。
[0562]
·
与安慰剂群体相比，jnj
‑
55920839治疗的参与者对全血中ifn
‑
i标记表达表现出显著且预期的暂时pd效应。
[0563]
·
感染事件似乎与暴露于研究药剂有关。需要进行附加研究来优化给药方案并进一步表征对于sle参与者的安全性。
[0564]
健康志愿者(部分a)的纳入标准包括年龄为18岁至55岁(包括端值在内)、体重为50kg至90kg(包括端值在内)以及体重指数为18至30kg/m2(包括端值在内)的男性或女性。
女性志愿者需要是绝经后或外科无菌的，并且在筛选时具有阴性妊娠测试。具有轻度至中度sle的参与者(部分b)的一般纳入标准类似于健康志愿者的一般纳入标准，不同的是体重可降低至40kg且至多100kg(包括端值在内)。伴随药物受剂量或数量的限制：如果使用口服皮质类固醇，则参与者必须在第一次给药之前的6周内处于相当于≤7.5mg每日泼尼松的平均剂量的稳定剂量；如果服用抗疟疾药(例如氯喹和羟氯喹)，则参与者必须在第一次给药之前的6周内处于稳定剂量；并且参与者限于1种免疫抑制药物而不超过每种药物指定的剂量水平(甲氨蝶呤≤20mg/周，硫唑嘌呤/巯嘌呤≤2mg/kg/天，或吗替麦考酚酯/麦考酚酸等同物≤2g/天)。具有狼疮性肾炎的参与者还需要在进入时表现出狼疮的活性肾外特征。另外，参与者在登记参加时必须满足以下关键标准：用于诊断在研究药物第一次给药前3个月内有至少1项系统性红斑狼疮疾病活动性指数2000(sledai
‑
2k)定义的非血清学临床活动性的狼疮的系统性狼疮国际合作诊所对美国风湿病学会标准的修改(petri等人，arthritis rheum 64:2677
‑
86,2012)。除了满足来自系统性狼疮国际合作诊所的标准之外，参与者还必须在第一次给药前2个月内或在筛选时通过≥1:80的阳性抗核抗体滴度或阳性抗双链脱氧核糖核酸测试或阳性抗smith抗体、阳性抗核糖蛋白抗体和/或抗ro抗体，以及除了上述中的至少一种之外，如使用poise评分所评估的在筛选时阳性狼疮ifn
‑
i标记评分，在血清学上被定义为阳性。
[0565]
对于研究的两个部分，如果受试者在筛选访视前4个月内具有严重感染、具有与研究者相关的共存医学病症或既往史或具有活动性或潜在的肺结核，则将他们排除在外。
[0566]
研究的部分a评估jnj
‑
55920839或安慰剂在健康志愿者中单次施用的安全性、耐受性、pk和免疫原性。使用计算机生成的随机化计划表来将志愿者随机分配到治疗组。将0.3mg/kg至15.0mg/kg范围内的jnj
‑
55920839或安慰剂的单次递增iv剂量以iv输注施用给健康志愿者的连续队列。附加队列接受单次1mg/kg sc施用的jnj
‑
55920839。
[0567]
研究的部分b探索了具有sle的参与者的安全性、耐受性、临床响应、pk、pd(使用poise评分)和免疫原性。每2周以iv输注施用六次剂量的10mg/kg jnj
‑
55920839或安慰剂。通过种族/民族亚群(亚洲/非亚洲人)和血清学疾病活动性的升高水平(存在[抗核抗体≥1:160滴度或存在狼疮自身抗体]或不存在[抗核抗体不存在或<1:160滴度且没有狼疮自身抗体])进行随机化，并且基于计算机生成的随机化计划表来分配参与者。
[0568]
研究受试者参与约13周的部分a和22周的部分b，包括在施用研究药物前至多28天的筛选访视。健康志愿者在研究地点停留6天和5夜。所有受试者在第1天接受研究药物，并且具有轻度至中度sle的参与者在第15、29、43、57和71天接受附加剂量。
[0569]
血液取样和生物分析
[0570]
在研究药物施用前和在给药后至多63天的各个时间点收集所有部分a队列的血液样本。对于部分b，在给药前和在首次研究药物施用后至多129天的各个时间点收集血液样本。使用经验证的免疫测定法分析血清样本以确定jnj
‑
55920839的浓度，其定量下限为0.06μg/ml。此外，使用经验证的测定方法将血清样本用于评估针对jnj
‑
55920839的抗体。
[0571]
ifn
‑
i标记评分(poise评分)
[0572]
开发了基于全血定量聚合酶链反应的10个基因的ifn
‑
i基因标记，以使得能够在筛选时基于ifn
‑
i标记水平登记参与者。基于以下基因计算标记阈值的生成：dhx58、eif2ak2、herc5、ifi44、ifi44l、ifi6、irf7、parp9、plscr1和samd9l。使用机器学习方法和
内部数据集经验性地导出基因的这种组合和阈值，以相对于sle参与者对健康志愿者进行最佳分类。这种ifn
‑
i基因标记还通过在研究中对纵向收集的血液样本进行rna测序来定量，以评估jnj
‑
55920839的pd以及该标记随时间推移在安慰剂组中的稳定性。
[0573]
非房室模型pk分析
[0574]
使用phoenix
tm
(版本6.2.1；tripos lp,usa)执行非房室模型pk分析。平均终末消除半衰期(t
1/2
)计算为0.693/λz，其中λz为表观终末消除速率常数，使用对数变换浓度对时间曲线的终末对数
‑
线性相位通过线性回归估计。通过在sc和iv施用相同剂量的jnj
‑
55920839后血清浓度
‑
时间曲线下面积的比率计算sc施用后的绝对生物利用率。
[0575]
安全性和临床响应评估
[0576]
评估安全性和耐受性，对于健康志愿者直至第64天(部分a)和对于具有轻度至中度sle的参与者直至第130天(部分b)。安全性群体包括接受jnj
‑
55920839或安慰剂的任何施用的任何受试者。评估包括不良事件(ae)评估、生命体征测量、心电图测量、临床实验室测试和身体检查。根据监管活动医学词典版本18.1(部分a)和版本21.0(部分b)编码治疗时出现的不良事件(teae)。
[0577]
响应评估和患者报告的生活质量量度包括sledai
‑
2k/sledai
‑
2k响应者指数(s2k ri
‑
50)、不列颠群岛狼疮评估组(22)、皮肤红斑狼疮疾病区域和严重程度指数(clasi)、医师对疾病活动性的总体评估(pga)、简版
‑
36调查问卷(sf
‑
36)、euroqol
‑
5维
‑
5级(eq
‑
5d
‑
5l)患者饮食和关节评估。所有评估均在给药前第1天、第15天、第29天、第57天、第71天和第100天完成。
[0578]
结果
[0579]
研究群体和特征
[0580]
对于部分a，将来自比利时单个地点的48名健康志愿者随机化接受单次递增iv(n＝30)或sc(n＝6)剂量的jnj
‑
55920839或安慰剂(n＝12；表4)。男性志愿者(40[83.3％])比女性志愿者(8[16.7％])多。部分a中研究群体的平均年龄为40.4岁(标准偏差[sd]＝11.37)，并且平均体重指数和基线重量分别为25.27kg/m2(sd＝2.61)和78.77kg(sd＝9.97)。安慰剂和jnj
‑
55920839志愿者的人口统计和特征类似(表4)。
[0581]
表4.
[0582][0583][0584]
对于部分b，将来自7个国家的19个地点的具有轻度至中度sle的28名参与者随机化接受研究药物(n＝20；10mg/kg iv)或安慰剂(n＝8；表5)。女性参与者(27[96.4％])比男性参与者(1[3.6％])多。其中，15名(53.6％)参与者自我描述为亚洲人，2名(7.1％)为黑人/非裔美国人，11名(39.3％)为白人。研究群体的平均年龄为35.9岁(sd＝9.30)，平均体重指数为22.5kg/m2(sd＝3.42)，并且平均基线重量为58.4kg(sd＝8.77)。在研究药物队列与安慰剂队列之间良好地平衡基线特征(疾病，来自系统性狼疮国际合作诊所的标准和狼疮性肾炎分类)和人口统计(表5)。在安慰剂队列与研究药物队列两者之间，平衡在基线时所选择的先前药物(甲氨蝶呤、全身性皮质类固醇和氯喹/羟氯喹)和伴随药物的总体使用。
[0585]
表5.
[0586][0587][0588]
总共46名健康志愿者完成了研究的部分a，并且25名参与者完成了部分b。来自研
究药物队列的两位志愿者未完成部分a；原因包括大疱性鼓膜炎的ae和从研究中选择性退出。这两名志愿者完成了早期终止访视。总共3名参与者未完成研究的部分b；终止参与的原因包括ae(n＝1，腹股沟疼痛：淋巴细胞病)和“其他原因”(n＝2；参与者被随机化，但由于给药前排除心电图异常而未给药)。
[0589]
筛选时的poise评分
[0590]
本研究的主要目标之一是评估jnj
‑
55920839对筛选时ifn
‑
i标记评分升高的参与者中ifn
‑
i标记的影响。使用poise评估ifn
‑
i标记。来自筛选的sle参与者的poise评分揭示了健康对照样本与sle群体之间的分离以及sle群体内poise评分的双峰分布两者(图6)。筛选评分还揭示，相对于其他队列，在来自中国台湾的参与者队列中，主要poise评分高于阈值。
[0591]
虽然未达到统计意义上的显著性，但基线poise评分在jnj
‑
55920839响应者群体中比在未响应者群体中略高(图7)。一名参与者在基线处呈现ifn
‑
i阴性，但在筛选时呈阳性。该参与者在研究的剩余时间内保持低于ifn
‑
i标记截止值。
[0592]
药动学
[0593]
在0.3mg/kg至15mg/kg的剂量范围内单次iv输注jnj
‑
55920839后，最大pk浓度和血清浓度
‑
时间曲线下面积存在大致剂量依赖性和剂量成比例的增加。在健康志愿者中，在iv输注(20.7天至24.6天)和sc注射(24.6天)后的平均t
1/2
是类似的。基于与相同剂量的iv输注的比较，以sc注射施用的jnj
‑
55920839的绝对生物利用率估计为约80％。
[0594]
在具有轻度至中度sle的参与者中，第一次给药后的pk特征与健康志愿者中的那些类似，具有双相特征。对于具有sle的参与者，多次iv输注jnj
‑
55920839(10mg/kg)后，在治疗的43天内(剂量4)实现了稳态。剂量6后的平均t
1/2
为14.8天。
[0595]
免疫原性
[0596]
在健康志愿者中单次施用0.3mg/kg至15mg/kg之间的jnj
‑
55920839iv或1mg/kg sc后，或在具有轻度至中度sle的参与者中多次施用10mg/kg的jnj
‑
55920839iv后，没有受试者产生针对jnj
‑
55920839的抗体。
[0597]
具有sle的参与者的临床响应
[0598]
在第100天具有4点或更大改善(sri
‑
4)响应数据的总体系统性红斑狼疮响应者指数显示，接受jnj
‑
55920839的参与者具有比接受安慰剂的那些在数值上更大的响应率(分别为31.3％对0％；图8)。对于sledai
‑
2k和s2k ri
‑
50，jnj
‑
55920839队列显示出比安慰剂队列更大的减少。sledai
‑
2k在第100天相对于基线的平均百分比变化分别为23.74(sd＝27.06)对8.93(sd＝13.14)的降低；s2k ri
‑
50在第100天相对于基线的平均百分比变化分别为51.77(sd＝24.76)对25.84(sd＝22.16)的降低。jnj
‑
55920839队列的pga从基线到第100天的平均百分比变化大于安慰剂队列(分别降低19.60[sd＝36.25]对6.09[sd＝29.15])。
[0599]
此外，与安慰剂队列相比，jnj
‑
55920839队列表现出在数值上更少数量的肿胀关节。jnj
‑
55920839与安慰剂之间的总clasi活动性没有差异(分别为
‑
27.3％对
‑
20.4％)，但基线活动性低。对于若干临床和患者报告的结果，从基线到治疗后的治疗队列之间未观察到变化(根据不列颠群岛狼疮评估组没有新的a或2b转变，从第1天到第100天sledai发作次数，以及eq
‑
5d
‑
5l和sf
‑
36的总体评分或单个范畴)。
[0600]
药效学
[0601]
rna
‑
序列分析表明，在从第1天到第71天的整个给药期间，使用血液中的poise评分测量的ifn
‑
i标记的暂时抑制是快速的，并且在jnj
‑
55920839响应者和未响应者之间有很大的可比性(第100天的sri
‑
4)，其中标记水平接近登记纳入的截止值评分。相比之下，安慰剂组不表现出poise评分随时间推移的显著变化(图9)。在第71天最后一次给药后，jnj
‑
55920839响应者在86天内表现出持续的poise评分抑制，在第130天达到安慰剂水平，而jnj
‑
55920839未响应者标记水平在第79天迅速达到安慰剂水平(图9)。
[0602]
安全性和耐受性
[0603]
在部分a期间，48名健康志愿者中的39名(81.3％)报告经历了1种或多种teae。最常见的teae报告在感染和侵染的系统器官类别(soc)(12/48[25％])中，其中暴露于jnj
‑
55920839的志愿者经历感染的百分比高于暴露于安慰剂的志愿者(分别为27.8％对16.7％；表6)。研究药物剂量的增加与经历感染的志愿者的百分比之间存在可能的关联。所有teae都是不严重的。
[0604]
用jnj
‑
55920839治疗的健康志愿者中的一次感染导致自行决定中止；该志愿者经历了对常规疗法有响应的大疱性鼓膜炎。观察到附加的感染/侵染，主要是上呼吸道感染，并且不严重；没有注意到带状疱疹的病例。
[0605]
在研究的部分b期间，在两个队列中观察到类似的teae率，并且总共20名参与者报告经历了1种或多种teae。类似于部分a，报告的最常见teae为在soc中的感染和侵染(10名[38.5％]参与者)。然而，与安慰剂队列相比，在jnj
‑
55920839治疗队列中的比率更高(分别为50％对12.5％；表7)。在jnj
‑
55920839队列中观察到的感染包括常见的细菌和病毒感染以及局部播散性带状疱疹的2个严重不良事件。与安慰剂队列相比，在jnj
‑
55920839队列中也报道了soc中更高的肠胃障碍事件率(分别为16.7％对0％参与者)。然而，这些teae是所有症状而不是特异性诊断。
[0606]
来自jnj
‑
55920839队列的2名(7.7％)参与者报告了严重的teae，包括2例带状疱疹(7.7％)和1名参与者的早产(3.8％)。安慰剂队列中没有报告严重的teae。用jnj
‑
55920839 10mg/kg iv治疗的一名参与者由于腹股沟疼痛(淋巴结病)的非严重teae而中断参与，该疼痛被研究人员视为可能与研究药物有关并最终消退。带状疱疹的病例被视为与研究药物有关。因此，暂停研究登记，并且修改纳入/排除标准以排除在其病史的任何时间点已显示出发展播散性形式的带状疱疹的倾向的任何参与者。未对这些参与者采取任何行动，因为两者均在事件开始之前接受了所有计划剂量。早产的严重teae的参与者分娩出健康的婴儿，并且在37周(足月妊娠)的2天内分娩。没有报告与该参与者或婴儿相关的其他问题，并且这被研究人员视为与研究药物无关。
[0607]
没有报告输注反应，并且没有局部注射位点反应性归因于研究药物。对于用jnj
‑
55920839治疗的受试者，基线后化学或血液学值没有临床上有意义的增加。
[0608]
表6.
[0609][0610][0611]
表7.
[0612][0613]
讨论
[0614]
jnj
‑
55920839，一种靶向多种ifn
‑
α亚型和ifn
‑
ω的全人免疫球蛋白g1κ单克隆抗体，被开发用于探索在患有具有升高的ifn
‑
i标记的sle的参与者中特异性中和这些ifn的活性的临床益处。该i期研究是在iv和sc施用后在人体中的安全性、耐受性、pk、免疫原性、pd和临床响应的第一项研究。jnj
‑
55920839在0.3mg/kg至15mg/kg的iv剂量范围内显示出线性pk，并且在iv施用与sc施用之间具有类似的平均值t
1/2
。在健康志愿者和具有轻度至中度sle的参与者中观察到类似的pk特征，尽管在这些参与者中观察到的清除率略低。在该首次人体研究中未观察到针对jnj
‑
55920839的治疗诱导的抗药抗体。这可能不代表在预期的患者群体中重复施用。
[0615]
总体而言，与安慰剂相比，每2周10mg/kg的剂量(6次剂量)的jnj
‑
55920839与在数值上更好的临床响应相关，这通过sri
‑
4响应、sledai
‑
2k响应和pga来判断。关节计数在安慰剂队列与jnj
‑
55920839队列之间显示出显著的基线差异，这使得比较困难，但jnj
‑
55920839队列确实显示出肿胀关节数量的数值上更大的减少。少数参与者在基线处具有显著的clasi活性，这使得这项评估测量难以进行比较；然而，jnj
‑
55920839与安慰剂之间未见差异。在患者报告的结果量度(sf
‑
36和eq
‑
5d
‑
5l)中没有注意到改善。通过临床评估工具测量的临床响应是令人鼓舞的，因为该研究没有检测临床功效响应的能力。附加的剂量
‑
发现研究有足够的动力，可进一步优化jnj
‑
55920839的给药方案，以获得临床响应。
[0616]
jnj
‑
55920839在单次给药后在健康志愿者中耐受性总体良好。没有发生输注反应，并且没有局部注射位点反应性归因于研究药物。在研究的部分a中没有发生严重的ae。感染是最常见的ae，并且显示出可能的剂量响应。用jnj
‑
55920839治疗的健康志愿者中的一次感染导致自行决定中止。该志愿者经历了需要抗生素疗法的大疱性鼓膜炎，其在预期的时程中有响应。观察到附加的感染/侵染，但这些不是严重的，它们也不影响参与研究。在健康志愿者中没有注意到带状疱疹的病例。
[0617]
在部分b中，在暴露于jnj
‑
55920839治疗的整个疗程中，在具有轻度至中度sle的参与者中观察到2例局部播散性带状疱疹感染。这两种病例均在常规疗法后在无后遗症的情况下消退。已知带状疱疹的再激活随伴随疗法和sle而增加，并且已与阻断ifn
‑
i的其他药剂一起报告(furie等人，arthritis&rheumatology 69:376
‑
86,2017；khamashta等人，ann rheum dis 75:1909
‑
16,2016)。在本研究中没有带状疱疹或其他特定病毒感染的广泛传播的证据。早产的严重teae不被视为临床上显著的，因为参与者在妊娠至足月的2天内分娩。对于实验室参数、生命体征、体检或心电图发现，没有观察到相对于基线的临床显著变化。在研究的两个部分中，增加的感染率需要附加的研究来了解jnj
‑
55920839是否使感染的风险增加。没有确定显著的研究限制。
[0618]
jnj
‑
55920839在健康志愿者和具有轻度至中度sle的参与者两者中耐受良好。临床量度显示，响应者聚集在jnj
‑
55920839队列中。jnj
‑
55920839的安全性特征是可接受的，而对如ae的感染的发展没有太大的关注。在本研究中使用的包括使用poise评分的ifn
‑
i标记的筛选策略可能有助于未来的研究。
[0619]
来自用jnj
‑
55920839治疗的参与者的纵向血液样本表明相对于安慰剂的明显pd效应。这些数据还表明，在给药期间(第1天至第71天)，相对于未响应者，jnj
‑
55920839响应者未实现ifn
‑
i标记的更深水平的抑制。尽管有这一观察结果，但使用参与者登记的poise评分将预期富集对ifn
‑
i抑制的响应者，如由阿尼福鲁单抗2期研究结果所示(furie等人，
arthritis&rheumatology 69:376
‑
86,2017)。值得注意的是，在本研究中，未观察到安慰剂响应。这与来自优特克单抗(ustekinumab)2期分析的数据一致，这表明在基线处具有较高ifn
‑
i标记水平的受试者中观察到较低的安慰剂响应率(van vollenhoven等人，lancet 392:1330
‑
9,2018)。该观察结果表明，在基线处具有高ifn
‑
i标记的sle受试者对标准护理疗法响应性较小。因此，富集在基线处具有升高的ifn
‑
i标记的参与者可能是在sle试验中使安慰剂响应最小化的策略。令人惊讶的是，在第72天与第100天之间的最终给药之后，在jnj
‑
55920839响应者和未响应者之间观察到pd差异，其中jnj
‑
55920839响应者一致地表现出ifn
‑
i标记的抑制，并且未响应者到第79天达到与安慰剂类似的水平。目前尚不清楚为何未响应者未能在给药后的该时间段内表现出类似水平的ifn
‑
i标记抑制，因为在给药期间抑制水平大体上类似。在这些未响应者参与者中，来自该研究的血清样本未显示出抗药抗体。尽管由于样本量，该研究存在明显的限制，但这些数据指示在自适应试验环境中使用这种给药后评估的可能性，其中在该时间段期间未能保持标记抑制的参与者将中断该研究或切换到另一研究。
[0620]
来自本研究的另一个令人关注的观察结果是，在jnj
‑
55920839的第一次给药后立即观察到ifn
‑
i标记抑制的最大水平。考虑到来自本研究的明确的免疫原性发现，不清楚为什么在后续给药后未能保持这种初始快速抑制。有可能在第一次给药后已诱导出补偿因子以补偿ifn
‑
i信号传导的立即抑制，但尚未鉴定出此类因子。还值得关注的是，在最后一次给药后观察到的ifn
‑
i抑制，在第79天(在最终给药后约1周)达到峰值，是本研究中观察到的第二大水平的ifn
‑
i抑制，并且仅发生在jnj
‑
55920839响应者组中。在任一种情况下，ifn
‑
i标记的水平从未持久地达到在健康对照组中观察到的水平，这与来自包括具有抗ifnr活性的那些诸如阿尼福鲁单抗的其他试验(furie等人，arthritis&rheumatology 69:376
‑
86,2017)的数据一致。尽管ifn
‑
i标记没有完全抑制至健康对照中所观察到的水平，但在本研究和使用ifn
‑
i抑制剂的其他sle试验中鉴定了响应者，表明使用sri
‑
4仪器实现临床有益效果不需要ifn
‑
i标记的完全归一化。
[0621]
基于这些观察结果，有必要对jnj
‑
55920839进行附加研究，包括用于治疗sle的剂量和方案。