TBC1D3及其家族在制备肿瘤诊断药物与预后判断药物中的应用的制作方法

腺癌、肺鳞状细胞癌或甲状腺癌。
11.一种抗肿瘤的药物，所述药物中含有所述tbc1d3、tbc1d3b、tbc1d3c、 tbc1d3f、tbc1d3g或tbc1d3h的rna干扰靶点序列。
12.在本发明的一个实施例中，所述药物还包括抑制cd4 t细胞或t细胞耗竭的抑制 剂。
13.在本发明的一个实施例中，所述肿瘤为肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、肝癌、肺 腺癌、肺鳞状细胞癌或甲状腺癌。
14.在本发明的一个实施例中，所述tbc1d3、tbc1d3b、tbc1d3c、tbc1d3f、 tbc1d3g或tbc1d3h的rna干扰靶点序列分别如seq id no.9
‑
seq id no.14所示。
15.本发明的上述技术方案相比现有技术具有以下优点：
16.本发明首次证实tbc1d3及其家族是一个肾透明细胞癌预后标记物，首次发现 tbc1d3可作为肾透明细胞癌诊断和预后判断的分子标记及治疗药物的靶标。tbc1d3 家族成员可以作为肾透明细胞癌的免疫治疗靶点。
附图说明
17.为了使本发明的内容更容易被清楚的理解，下面根据本发明的具体实施例并结合附 图，对本发明作进一步详细的说明，其中
18.图1
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1与图1
‑
2是本发明tbc1d3泛癌表达分析，tbc1d3家族在tcga数据库中 的表达。
19.图2是本发明中tbc1d3家族成员的基因组改变以及tbc1d3家族基因的基因
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基 因和蛋白质
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蛋白质相互作用网络。
20.图3
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1、图3
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2与图3
‑
3是本发明中tbc1d3家族成员在肾透明细胞癌中预后表达。
21.图4是本发明中tbc1d3家族成员在肾透明细胞癌中的功能。
22.图5
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1、图5
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2、图5
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3与图5
‑
4是本发明中tbc1d3家族蛋白与免疫抑制剂的相关 性。
23.图6
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1、图6
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2、图6
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3、图6
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4与图6
‑
5是本发明中tbc1d3家族成员蛋白与肾透 明细胞癌免疫浸润相关性。
24.图7
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1、图7
‑
2与图7
‑
3是本发明中肾透明细胞癌免疫浸润水平与tbc1d3家族成员 不同体细胞拷贝数改变的相关性。
具体实施方式
25.下面结合附图和具体实施例对本发明作进一步说明，以使本领域的技术人员可以更 好地理解本发明并能予以实施，但所举实施例不作为对本发明的限定。
26.实施例1 tbc1d3及其家族在肾功能透明细胞癌中的表达
27.通过gsca数据库分析，tbc1d3在肾透明细胞癌中的表达。发现tbc1d3表达在 肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌和甲状腺癌中高表达，在 头颈部鳞状细胞癌中低表达。我们同时通过ualcan数据库和下载肾透明细胞癌tcga 数据，通过r语言分析数据，发现tbc1d3家族(tbc1d3，tbc1d3b，tbc1d3c， tbc1d3d，tbc1d3e，tbc1d3f，tbc1d3g，tbc1d3h)在肾透明细胞癌中相比于癌 旁组织都高表达。
28.实施例2 tbc1d3及其家族的基因和蛋白网络的基因改变
29.我们使用cbioportal数据库来确定tcga kirc样本中tbc1d3家族改变的类型和 频率。结果显示tbc1d3家族成员很少发生突变(少于5个频率)，这是高度保守的(结 果见图2
‑
a)。然后，我们使用cbioportal的“相关分析”对tbc1d3家族的五个成员进行 分析，结果表明，tbc1d3家族成员之间的关联呈正相关，但tbc1d3c与tbc1d3g 呈负相关(结果见图2
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d)。利用genemania和string生成的基因
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基因和蛋白质
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蛋 白质相互作用网络显示，20个潜在靶基因和11个潜在靶蛋白与tbc1d3家族相互作用 (结果见图2
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b与图2
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c)。
30.实施例3 tbc1d3家族成员在肾透明细胞癌中预后表达
31.使用gsca、tisidb、linkedomics和kaplan
‑
meier绘图仪评估tbc1d3家族表达 对生存率的影响。gsca分析显示，tbc1d3在kirc多发性肿瘤中的表达与os和pfs 呈正相关。此外，高表达的tbc1d3存活时间短(结果见图3
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1)。tisidb和linkedomics 的总生存率分析表明，tbc1d3家族成员高表达的患者总生存期较短(结果见图3
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2与 图3
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3)。为了进一步探讨tbc1d3在kirc临床特征中的作用，我们使用kaplan
‑
meier 绘图仪研究了tbc1d3表达与kirc临床病理特征之间的关系。如表1所示，tbc1d3 和tbc1d3b的高表达与i期、ii期、iii期、iv期、3级和4级患者的os恶化相关。 为了探讨tbc1d3表达是否是kirc患者总生存率的独立预测因素，我们进行了单变量 和多变量cox回归分析。单因素cox回归分析显示，年龄、分级、分期、tnm分级均 为os的独立危险因素(p＝0.012、3.61e
‑
08、1.26e
‑
10、2.69e
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08、2.76e
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10和0.001)； 在多变量cox回归分析中，年龄、年级和tbc1d3表达是os的独立危险因素(分别 p＝0.0003、0.014和0.013)(结果见表2)。
32.表1
[0033][0034][0035]
注：粗体字表示p＜0.05。
[0036]
表2
[0037][0038]
注：粗体字表示p＜0.05。
[0039]
表3
[0040]
[0041][0042]
注：tam,肿瘤相关巨噬细胞；th,t辅助细胞；tfh,卵泡辅助性t细胞；treg,调节性 t细胞；*p<0.01；**p<0.001；***p<0.0001。
[0043]
实施例4 tbc1d3在肾透明细胞癌中的功能
[0044]
为了研究tbc1d3家族在kirc中的功能，我们使用cancersea进行了单细胞分析。 结果表明，tbc1d3d正调控kirc细胞的增殖，负调控炎症(图4a
‑
b)。我们构建了 tbc1d3质粒并转染caki
‑
1细胞，结果显示tbc1d3能促进肾透明细胞癌细胞的增殖(结 果见图4
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c)。tbc1d3的生物学过程通过过表达富集分析(ora)进行鉴定，结果表明 tbc1d3的表达与免疫应答密切相关(结果见图4
‑
d)。
[0045]
实施例5 tbc1d3家族表达与免疫抑制剂在肾透明细胞癌中的相关性
[0046]
选择tisidb数据库研究tbc1d3家族表达与免疫抑制效应之间的关系。因此， tbc1d3、tbc1d3b、tbc1d3c和tbc1d3g是tbc1d3家族的四个成员，分别与cd160、 ctla4、cd244、kdr、lag3、pdcd1、pdcd1lg2和tigit相关。此外，tgfbr1 和havcr2与tbc1d3、tbc1d3b和tbc1d3g相关。cd274与tbc1d3b、tbc1d3c 和tbc1d3g相关。此外，tbc1d3与lgals9相关。tbc1d3b与cd274相关。tbc1d3c 与cd96和lgals9相关。tbc1d3g与il10rb和pvrl2相关(结果见图5
‑
1，图5
‑
2， 图5
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3，图5
‑
4)。
[0047]
实施例6 tbc1d3家族表达与免疫浸润在肾透明细胞癌中的相关性
[0048]
采用timer数据库探讨tbc1d3家族表达与肾透明细胞癌浸润淋巴细胞的关系。 tbc1d3家族表达与cd4 t细胞浸润水平呈正相关。此外，巨噬细胞浸润水平仅与 tbc1d3表达显著相关，树突状细胞浸润水平与tbc1d3b表达呈负相关。中性粒细胞 浸润水平与tbc1d3和tbc1d3h表达呈正相关(结果见图6
‑
1，图6
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2，图6
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3，图6
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4， 图6
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5)。为了进一步证实tbc1d3在kirc中的表达与免疫细胞浸润水平之间的关系， 我们使用timer数据库来探讨tbc1d3表达与各种免疫浸润相关标记物之间的关系。 我们的结果显示，tbc1d3的表达与大多数中性粒细胞、th1、th2、treg和t细胞衰竭 的标志物之间存在显著相关性(结果见表3)。特别是t细胞衰竭，结果与distib分析 一致。体细胞拷贝数改变(scna)模块显示tbc1d3家族成员的臂水平缺失与肾透明 细胞癌中的免疫细胞浸润水平显著相关(结果见图7
‑
1，图7
‑
2，图7
‑
3)。
[0049]
显然，上述实施例仅仅是为清楚地说明所作的举例，并非对实施方式的限定。对于 所属领域的普通技术人员来说，在上述说明的基础上还可以做出其它不同形式变化或变 动。这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。而由此所引申出的显而易见的变化或 变动仍处于本发明创造的保护范围之中。