一种精准鉴定雷州山羊品种的5K液相芯片及其鉴定方法

本发明属于动物品种分子鉴定及遗传育种，特别涉及一种精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片及其鉴定方法。

背景技术：

1、雷州山羊为南方热带地区地方山羊品种，其驯养历史较长，经长期风土驯化形成。该品种体质结实，被毛多为黑色，按体型可分为高脚与矮脚两类，前者体格较大，后者骨骼较细、母性较强。雷州山羊适应高温高湿气候，耐粗饲，抗病力较强，性成熟较早，繁殖性能稳定。羊肉肌纤维较细，脂肪含量偏低，膻味较轻，板皮质地致密，是地区重要的地方家畜遗传资源之一。

2、液相芯片是近年来基于二代测序平台发展起来的一种高通量基因型分型技术。与常规的全基因组重测序不同，液相芯片通过对基因组上特定目标区域（如关键候选变异区域）进行靶向捕获后测序，其产生的数据量和后期数据分析工作量远低于全基因组重测序，从而大大降低了基因分型成本。与传统固相芯片相比，液相芯片在研发上具有更高的灵活性和更低的开发成本，能够根据育种目标按需扩增位点、提供滚动升级方案，并可显著降低规模化应用的成本。目前，液相芯片技术已被广泛应用于家养动物的种质资源鉴定、群体结构分析、亲缘关系鉴定及全基因组选择育种等领域。

3、近年来，畜禽领域的液相芯片研发进展迅速。然而，截至目前，尚未见专门针对雷州山羊基因组特征进行特异性snp位点筛选，且适用于该品种精准鉴定与遗传结构评估的液相芯片产品。传统的形态鉴定受主观影响大，难以满足当前的分子育种需求。

技术实现思路

1、为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片。

2、本发明的另一目的在于，提供上述精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片的鉴定方法。

3、本发明的目的通过下述技术方案实现：

4、一种精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片，包括用于检测5270个snp位点的探针，5270个snp位点的探针的位置信息是基于山羊基因组的参考版本进行序列比对确定的，山羊基因组的ncbi数据库登录号为gca_001704415.1，版本为ars1。

5、所述的5270个snp位点的信息如表1所示。

6、所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片包括用于鉴定snp位点的特异性捕获探针，探针长度为100bp，探针gc含量范围为20%-80%，同源区域的个数≤4。

7、所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊全基因组关联分析及候选变异位点功能注释中的应用。

8、所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊聚类分析和亲缘关系鉴定中的应用。

9、所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊遗传多样性评估中的应用。

10、所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊种群纯度鉴定与系谱纠偏中的应用。

11、所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊的辅助遗传育种中的应用。

12、所述辅助遗传育种包括辅助的重要经济性状（如生长、繁殖、抗逆性状等）候选基因选择、分子辅助育种、全基因组选择育种、遗传图谱构建及物种适应性进化分析中的一种或几种。

13、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

14、（1）本发明从大规模重测序数据中挖掘雷州山羊特异性位点和受选择位点，发现及筛选出可用于5k液相芯片设计的5270个高质量snp位点。这些位点在雷州山羊染色体上分布均匀，能够有效覆盖基因组的关键功能区域，保证了该芯片在进行雷州山羊种群结构解析、纯度鉴定及复杂性状遗传解析时的全面性与准确性。

15、（2）通过大规模验证样本和技术重复实验证实，本发明的液相芯片分型性能优异，样本的平均位点检出率高达99.69%。同时，技术重复样本之间的基因型平均一致率达到99.58%，完全满足高通量精准基因型分型的工业级标准。该芯片基于液相探针捕获测序技术，突破了传统固相芯片研发成本高、灵活性差的瓶颈。它能够对目标区间进行精准富集，大幅降低冗余数据量和检测成本。

16、（3）本发明特别适用于雷州山羊大规模群体的种质资源普查、纯系选育，并为高效挖掘与生长、繁殖及抗逆性能相关的候选变异位点提供了可靠的技术平台，对推动雷州山羊产业的高质量发展具有重要的实践意义。

1.一种精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片，其特征在于：

2.根据权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片，其特征在于：

3.根据权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片，其特征在于：

4.权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊全基因组关联分析及候选变异位点功能注释中的应用。

5.权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊聚类分析和亲缘关系鉴定中的应用。

6.权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊遗传多样性评估中的应用。

7.权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊种群纯度鉴定与系谱纠偏中的应用。

8.权利要求1所述的精准鉴定雷州山羊品种的5k液相芯片在雷州山羊的辅助遗传育种中的应用。