一种水稻稻瘟病抗性基因Pi65的SNP分子标记及引物组和应用的制作方法

本发明涉及水稻育种领域，特别是一种水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记及引物组和应用。

背景技术：

1、水稻是重要的粮食作物，稻瘟病在水稻的整个生长过程都可能发生，严重时导致颗粒无收，威胁着粮食安全，利用水稻自身的抗病基因是防治稻瘟病是最经济有效的方式，且对环境友好。水稻抗稻瘟病基因pi65对我国不同稻区的稻瘟病菌表现广谱抗性,在水稻育种中具有较高的利用价值。

2、稻抗病育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。利用分子标记辅助选择育种简单有效，可以降低育种成本，缩短选育周期，亦可进行有目的的多基因聚合，提高育种效率，带来巨大的社会经济效益。

技术实现思路

1、为了解决上述技术问题，本发明提供了一种水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记及引物组和应用。

2、为达到上述目的，本发明是按照以下技术方案实施的：

3、本发明的第一个目的是要提供一种水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记，所述snp分子标记为pi65-1668，所述pi65-1668的多态性位点位于水稻11号染色体的pi65的第28377994位碱基，所述第28377994位碱基为c或g。

4、本发明的第二个目的是要提供一种用于检测水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如seq id no.1所示的pi65-1668fc和核苷酸序列如seq id no.2所示的pi65-1668fg；所述通用引物为核苷酸序列如seq id no.3所示的pi65-1668r。

5、进一步地，所述pi65-1668fc的5’端连接fam荧光序列，pi65-1668fc的5’端连接hex荧光序列。

6、本发明的第三个目的是要提供一种如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记在鉴定水稻pi65基因型中的应用。

7、本发明的第四个目的是要提供一种用于检测如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pi65基因型中的应用。

8、具体地，用于检测水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pi65基因型中的应用，包括如下步骤：

9、s1、从水稻叶片中提取基因组dna；

10、s2、以步骤s1中提取的基因组dna为模板，利用如权利要求2所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组对snp分子标记pi65-1668进行检测；

11、s3、若pi65-1668的多态性位点碱基为c，判定测试的水稻样品为纯合的不抗病pi65基因型；若pi65-1668的多态性位点碱基为g，判定测试的水稻样品为纯合的抗病的pi65基因型；若pi65-1668的多态性位点同时检测到碱基c、g，判断待测水稻为杂合的抗病pi65基因型。

12、本发明的第五个目的是要提供一种水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记在水稻育种中的应用，具体地，利用用于检测水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pi65基因型中的应用选择携带pi65基因的水稻品系进行后续育种。

13、与现有技术相比，通过对本发明的水稻稻瘟病抗性基因pi65进行snp分子标记，应用parms技术反应对水稻材料进行pi65基因检测，可在籼稻、粳稻等不同种质资源中快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因pi65。本发明利用parms技术对所开发的snp标记进行基因分型，parms技术流程中dna抽提、pcr体系构建和荧光信号检测等基本自动化，可实现96，384，1536孔板高通量检测，适用于大规模、高通量的pi65基因鉴定和稻瘟病抗性资源筛选。本发明在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序，减少pcr产物气溶胶的污染以及eb等有毒物的使用，同时可在分子标记辅助育种的早期进行前景选择和背景选择，提高背景回复率，减小育种群体的规模，加快育种进程，有利于pi65基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。

1.一种水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记为pi65-1668，所述pi65-1668的多态性位点位于水稻11号染色体的pi65的第28377994位碱基，所述第28377994位碱基为c或g。

2.一种用于检测如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组，其特征在于：所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如seq id no.1所示的pi65-1668fc和核苷酸序列如seq id no.2所示的pi65-1668fg；所述通用引物为核苷酸序列如seq id no.3所示的pi65-1668r。

3.根据权利要求2所述的用于检测如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组，其特征在于：所述pi65-1668fc的5’端连接fam荧光序列，pi65-1668fc的5’端连接hex荧光序列。

4.一种如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记在鉴定水稻pi65基因型中的应用。

5.一种如权利要求2或3所述的用于检测如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pi65基因型中的应用。

6.根据权利要求4所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pi65基因型中的应用，其特征在于，包括如下步骤：

7.一种如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记在水稻育种中的应用。

8.根据权利要求7所述的水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记在水稻育种中的应用，其特征在于：利用如权利要求4所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因pi65的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pi65基因型中的应用选择携带pi65基因的水稻品系进行后续育种。