产生抗体组合物的方法与流程
本技术涉及医药领域。相关申请的交叉引用:本技术根据35 u.s.c. §119(e)要求于2019年9月26日提交的美国临时专利申请号62/906,709的权益;其全部披露内容通过引用并入。通过引用并入以电子方式提交的材料通过引用整体并入的是与本文同时提交的计算机可读核苷酸/氨基酸序列表,其鉴定如下:名称为“a-2451-wo-pct_seqlist_st25.txt”的26,660字节ascii(文本)文件;创建于2020年9月24日。
背景技术:
1、糖基化是最常见但重要的翻译后修饰之一,因为它在多种细胞功能(包括例如蛋白折叠、质量控制、分子运输和分选以及细胞表面受体相互作用)中起作用。糖基化影响重组蛋白药物的治疗功效,因为它影响治疗性糖蛋白的生物活性、药代动力学、免疫原性、溶解性和体内清除率。特别地,fc糖型谱是重组抗体的重要产品质量属性,因为它们直接影响抗体的临床功效和药代动力学。
2、与fc-ch2结构域中的保守二天线聚糖相关的特定聚糖结构可以强烈影响与介导抗体效应子功能(例如,抗体依赖性细胞的细胞毒性(adcc))的fcγr的相互作用(参见reusch d, tejada ml.
fc glycans of therapeutic antibodies as critical quality
attributes[作为关键质量属性的治疗性抗体的fc聚糖].glycobiology [糖生物学]2015;25:1325-34)。例如,核心岩藻糖已展示对fcγriiia结合亲和力具有非常显著的影响,导致adcc活性发生重大变化(参见okazakia等人
fucose depletion from human igg1
oligosaccharide enhances binding enthalpy and association rate between igg1
andfcgammariiia[从人igg1寡糖中耗减岩藻糖可以增强igg1与fcγriiia的结合焓和缔合速率].journal ofmolecular biology [分子生物学期刊]2004;336:1239-49;ferrarac等人
unique carbohydrate-carbohydrate interactions are required for high
affinity binding between fcgammariii andantibodies lacking core fucose[fcγriii和缺乏核心岩藻糖的抗体之间的高亲和力结合需要独特的碳水化合物-碳水化合物相互作用].proceedings of the national academy of sciences of theunited statesof america [美国国家科学院院报]2011;108:12669-74)。还表明,高甘露糖水平也在调节adcc活性中发挥作用,尽管其程度比核心岩藻糖更加温和且更难以预测(thomann m等人
fc-galactosylation modulates antibody-dependent cellular cytotoxicity of
therapeutic antibodies[fc-半乳糖基化调节治疗性抗体的抗体依赖性细胞的细胞毒性].molecular immunology [分子免疫学]2016; 73:69-75)。
3、不同因素影响聚糖结构,从而影响蛋白(糖蛋白)的最终糖基化形式(糖型)。例如,表达抗体的细胞系、细胞培养基、进料培养基组成和细胞培养期间进料的时机可以影响蛋白的糖型的产生。尽管研究小组已经提出了许多方法来影响抗体特定糖型的水平,但生物制药行业仍然需要简单有效的方法来预测特定抗体组合物将基于该抗体组合物的给定糖型谱显示的效应子功能水平。此外,本领域需要确定将实现所需水平效应子功能的特定聚糖(例如,非岩藻糖基化聚糖、高甘露糖聚糖)的水平的方法。
技术实现思路
1、本披露提供了确定抗体组合物的产品质量的方法,其中该抗体组合物的adcc活性水平是抗体组合物的产品质量所基于的标准。在各个方面,该方法根据adcc活性水平标准确定产品质量。在示例性实施例中,该方法包括 (i) 确定抗体组合物的样品的总非岩藻糖基化(taf)聚糖含量;以及 (ii) 当在 (i) 中确定的taf聚糖含量在目标范围内时,确定产品质量为可接受和/或实现adcc活性水平标准。在示例性方面,taf聚糖含量的目标范围基于 (1) 参考抗体的adcc活性水平的目标范围和 (2) 将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的taf聚糖含量相关联的第一模型。在示例性方面,由第一模型预测的adcc为由第二模型预测的adcc的约95%至约105%,其中第二模型将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的hm聚糖含量和抗体组合物的af聚糖含量相关联。如本文所用,术语“预测的”在一种或多种adcc活性水平的上下文中是指计算的adcc活性水平,其中该adcc活性水平是根据模型(例如,第一模型、第二模型)计算的。有利地,由第一模型预测的adcc在统计上显著类似于由第二模型预测的adcc。例如,由第一模型预测的adcc活性水平为由第二模型预测的adcc活性水平的约95%至约105%。任选地,由第一模型预测的adcc活性水平为由第二模型预测的adcc活性水平的约95%、约96%、约97%、约98%、约99%、约100%、约101%、约102%、约103%、约104%、或约105%。在各种情况下,由第一模型预测的adcc活性水平为由第二模型预测的adcc的约100%。在某些方面,由第一模型预测的adcc与由第二模型预测的adcc之间存在一一对应关系。在各种情况下,第一模型和/或第二模型在统计上是显著的。例如,第一模型的p值小于0.0001和/或第二模型的p值小于0.0001。任选地,第一模型和第二模型中的每一个都具有小于0.0001的p值。在示例性方面,由第一模型预测的adcc活性水平为约12
q* %taf,其中
q为抗体结合的抗原上的抗体结合位点的数量,并且%taf是抗体组合物的taf聚糖含量。在示例性情况下,taf聚糖含量的目标范围是
m至
n,其中
m是[adccmin/12
q],其中adccmin是参考抗体的adcc活性水平的目标范围的最小值,并且
n是[adccmax]/12
q],其中adccmax是参考抗体的adcc活性水平的目标范围的最大值。在各种情况下,
q为2。在各种情况下,由第一模型预测的adcc活性水平为约24 * %taf。在各种情况下,taf聚糖含量的目标范围是
m至
n,其中
m是[adccmin/24],并且n是[adccmax]/24]。在各种情况下,由第二模型预测的adcc活性水平为约27 * %hm + 约22 * %af,其中%af是抗体组合物的af聚糖含量,并且%hm是抗体组合物的hm聚糖含量。在各种情况下,
q为1。在各个方面,由第一模型预测的adcc活性水平为约12 * %taf。在各种情况下,taf聚糖含量的目标范围是
m至
n,其中
m是[adccmin/12],并且n是[adccmax]/12]。在各种情况下,由第二模型预测的adcc活性水平为约14.8 * %hm +约12.8 * %af。本文描述了适合的可替代第一模型和第二模型。在示例性情况下,第一模型是本文描述的将adcc与taf聚糖含量相关联的模型(例如,方程)中的任何一个,包括但不限于方程1、3、5和7以及方程a。在示例性情况下,第二模型是本文所述的将adcc和hm聚糖含量与af聚糖含量相关联的模型(例如,方程)中的任何一个,包括但不限于方程2、4、6和8以及方程b。例如,在各个方面,taf聚糖含量的目标范围是
m°至
n°,其中
m°定义为[[adccmin- y]/x],其中adccmin是adcc活性水平的目标范围的最小值,并且
n°定义为[[adccmax- y]/x],其中adccmax是adcc活性水平的目标范围的最大值。任选地,x为约20.4至约27.7并且y为约-11.4至约16.7。可替代地,x为约9.7至约15.2并且y为约-15.6至约34.2。在各个方面,taf聚糖含量的目标范围是
m’至
n’,其中
m’是[adccmin/x’],其中adccmin是adcc活性水平的目标范围的最小值,并且
n’是[adccmax]/x’],其中adccmax是adcc活性水平的目标范围的最大值。任选地,x’为约24.1至约25.4。可替代地,x’为约13.0至约13.95。在各种情况下,对于抗体组合物中存在的每1% taf,抗体组合物的adcc活性水平为约13.5%± 0.5%,任选地,其中抗体组合物的抗体结合仅包含一个抗体结合位点的抗原。在各个方面,对于抗体组合物中存在的每1% taf,抗体组合物的adcc活性水平为约24.74%± 0.625%,任选地,其中抗体组合物的抗体结合仅包含两个抗体结合位点的抗原。在示例性方面,对于抗体组合物中存在的每1% taf,抗体组合物的adcc活性水平为约12% ± 1.5% *
q,
q是抗原上存在的抗体结合位点的数量。在示例性情况下,参考抗体是英利昔单抗。在示例性方面,参考抗体是利妥昔单抗。在示例性方面,方法是质量控制(qc)测定。在示例性方面,方法是过程中qc测定。在各个方面,样品是过程中材料的样品。在各种情况下,在收获前或收获后确定taf聚糖含量。在示例性情况下,在层析步骤之后确定taf聚糖含量。任选地,层析步骤包括捕获层析、中间层析和/或精制层析。在一些方面,在病毒灭活和中和、病毒过滤、或缓冲液交换后确定taf聚糖含量。在各种情况下,该方法是批次释放测定。在一些方面,样品是制造批次的样品。在各个方面,该方法进一步包括当在 (i) 中确定的taf聚糖含量在目标范围内时,选择该抗体组合物进行下游处理。在各个方面,当在 (i) 中确定的taf聚糖含量不在目标范围内时,对细胞培养的一种或多种条件进行改良以获得改良的细胞培养物。在一些方面,该方法进一步包括确定在改良细胞培养的一种或多种条件后获得的抗体组合物的样品的taf聚糖含量。在各个方面,当在 (i) 中确定的taf聚糖含量不在目标范围内时,该方法进一步包括(iii) 改良细胞培养的一种或多种条件以获得改良的细胞培养物以及 (iv) 确定从改良的细胞培养物中获得的抗体组合物的样品的taf聚糖含量。在示例性方面,当在 (i) 中确定的taf聚糖含量不在目标范围内时,该方法进一步包括 (iii) 和 (iv),直到在 (iv) 中确定的taf聚糖含量在目标范围内。在示例性情况下,仅当在 (i) 中确定的taf聚糖含量不在目标范围内,例如,在目标范围外时,才对抗体组合物进行直接测量抗体组合物的adcc活性的测定。直接测量adcc活性的测定包括例如基于细胞的测定,该测定在通过与结合抗原表达细胞和效应细胞两者的抗体结合的效应细胞裂解包含可检测剂的抗原表达细胞时测量可检测试剂的释放。在示例性情况下,直接测量抗体组合物的adcc活性的测定不在抗体组合物上进行。在各个方面,确定taf聚糖含量是根据adcc活性水平标准确定产品质量所需的唯一步骤。不受理论束缚,第一模型和第二模型的统计学显著关联允许taf聚糖含量指示adcc活性水平,从而不需要直接测量adcc活性水平的测定。因此,不需要并且因此在当前披露的方法的各个方面不进行对抗体组合物的adcc活性水平的直接测量。
2、本披露还提供了监测抗体组合物的产品质量的方法,其中该抗体组合物的adcc活性水平是抗体组合物的产品质量所基于的标准。在示例性实施例中,该方法包括根据本披露的方法确定抗体组合物的产品质量,第一样品在第一时间点获得,并且第二样品在不同于第一时间点的第二时间点采集。在各种情况下,第一样品和第二样品中的每一个都是过程中材料的样品。在各个方面,第一样品是过程中材料的样品,并且第二样品是制造批次的样品。任选地,第一样品是在改良细胞培养的一种或多种条件之前获得的样品,并且第二样品是在改良细胞培养的一种或多种条件之后获得的样品。在示例性情况下,确定第一样品和第二样品中的每一个的taf聚糖含量。抗体组合物的产品质量取决于taf聚糖含量是否在目标范围内。在示例性方面,taf聚糖含量的目标范围基于 (1) 参考抗体的adcc活性水平的目标范围和 (2) 将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的taf聚糖含量相关联的第一模型。在示例性方面,由第一模型预测的adcc为由第二模型预测的adcc的约95%至约105%,其中第二模型将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的hm聚糖含量和抗体组合物的af聚糖含量相关联。
3、本披露提供了产生抗体组合物的方法。在示例性实施例中,该方法包括确定抗体组合物的产品质量,其中根据本披露的方法确定该抗体组合物的产品质量。任选地,该方法包括确定抗体组合物的样品的taf聚糖含量并且该样品是过程中材料的样品。在各种情况下,如本文所定义,该方法包括当在 (i) 中确定的taf聚糖含量在目标范围内时,确定抗体组合物的产品质量为可接受和/或实现adcc活性水平标准。在示例性方面,taf聚糖含量的目标范围基于 (1) 参考抗体的adcc活性水平的目标范围和 (2) 将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的taf聚糖含量相关联的第一模型。在示例性方面,由第一模型预测的adcc为由第二模型预测的adcc的约95%至约105%,其中第二模型将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的hm聚糖含量和抗体组合物的af聚糖含量相关联。在各个方面,当在(i) 中确定的taf聚糖含量不在目标范围内时,该方法进一步包括 (iii) 改良细胞培养的一种或多种条件以获得改良的细胞培养物以及 (iv) 确定从改良的细胞培养物中获得的抗体组合物的样品的taf聚糖含量,任选地,重复步骤 (iii) 和 (iv)直到taf聚糖含量在目标范围内。在各种情况下,样品是包含表达抗体组合物的抗体的细胞的细胞培养物样品。在各种情况下,改良细胞培养的一种或多种条件以改良taf聚糖含量。在各个方面,抗体组合物的taf聚糖含量是通过改良af聚糖含量来实现的。在示例性方面,改良细胞培养的一种或多种条件以改良抗体组合物的af聚糖含量。在示例性方面,该一种或多种条件主要改良af聚糖含量。在各种情况下,该一种或多种条件改良af聚糖含量并且不改良hm聚糖含量。在示例性方面,该方法包括通过改良hm聚糖含量来实现抗体组合物的taf聚糖含量。任选地,改良细胞培养的一种或多种条件以改良抗体组合物的hm聚糖含量。在一些情况下,该一种或多种条件主要改良hm聚糖含量。在一些方面,该一种或多种条件改良hm聚糖含量并且不改良af聚糖含量。在各种情况下,该方法包括重复改良非岩藻糖基化(af)聚糖含量和/或重复改良高甘露糖(hm)聚糖,直到taf聚糖含量在目标范围内。
4、在示例性实施例中,产生抗体组合物的方法包括 (i) 确定抗体组合物的样品的taf聚糖含量;以及 (ii) 基于在 (i) 中确定的taf聚糖含量选择该抗体组合物进行下游处理。在各个方面,样品采集自包含表达抗体组合物的抗体的细胞的细胞培养物。在各种情况下,该方法进一步包括改良抗体组合物的taf聚糖含量并且确定改良的taf聚糖含量。任选地,改良细胞培养的一种或多种条件以改良taf聚糖含量。在示例性方面,该方法包括重复改良直到taf聚糖含量在目标范围内。在示例性情况下,目标范围基于抗体的adcc活性水平的目标范围。不受理论束缚,taf聚糖含量与抗体组合物的adcc活性水平相关联,从而可以基于抗体组合物的taf聚糖含量来预测抗体组合物的adcc活性水平。在决定是否应选择抗体组合物进行下游处理时,抗体组合物的adcc活性水平可能是一个值得考虑的标准。因此,在各个方面,该方法包括 (i) 确定抗体组合物的样品的taf聚糖含量;(ii) 基于在(i) 中确定的taf聚糖含量确定抗体组合物的adcc活性水平,并且任选地,(iii) 当在(ii) 中确定的抗体组合物的adcc水平在adcc活性水平的目标范围内时,选择该抗体组合物进行下游处理。在各个方面,对于抗体组合物的抗体,adcc活性水平的目标范围是已知的。在各个方面,抗体组合物的抗体是参考抗体的生物类似物。在各种情况下,taf聚糖含量的目标范围基于已知的adcc活性水平的目标范围,或基于已知的adcc活性水平的目标范围确定(例如,计算)。因此,在示例性方面,该方法包括 (i) 确定抗体组合物的样品的taf聚糖含量;以及 (ii) 当在 (i) 中确定的taf聚糖含量在目标范围内时,选择该抗体组合物进行下游处理。当该方法进一步包括改良抗体组合物的taf聚糖含量时,该方法在各种情况下包括改良非岩藻糖基化(af)聚糖含量以改良taf聚糖含量。任选地,改良细胞培养的一种或多种条件以改良抗体组合物的af聚糖含量,这进而改良taf聚糖含量。可替代地或此外,当该方法进一步包括改良抗体组合物的taf聚糖含量时,该方法在各种情况下包括改良高甘露糖(hm)聚糖含量以改良taf聚糖含量。任选地,改良细胞培养的一种或多种条件以改良抗体组合物的hf聚糖含量,这进而改良taf聚糖含量。在示例性方面,该一种或多种条件主要改良af聚糖含量。在示例性情况下,该一种或多种条件主要改良hm聚糖含量。在示例性方面,该一种或多种条件改良af聚糖含量并且不改良hm聚糖含量。在示例性情况下,该一种或多种条件改良hm聚糖含量并且不改良af聚糖含量。该方法任选地包括重复改良非岩藻糖基化(af)聚糖含量和/或重复改良高甘露糖(hm)聚糖,直到taf聚糖含量在目标范围内。在示例性方面,抗体组合物的抗体是igg,任选地,igg1。在各个方面,taf聚糖含量的目标范围是
m至
n,其中
m是[[adccmin- y]/x],其中adccmin是adcc活性水平的目标范围的最小值,并且n是[[adccmax- y]/x],其中adccmax是adcc活性水平的目标范围的最大值。任选地,x为约20.4至约27.7并且y为约-11.4至约16.7。可替代地,x为约9.7至约15.2并且y为约-15.6至约34.2。在各个方面,taf聚糖含量的目标范围是
m’至
n’,其中
m’是[adccmin/x’],其中adccmin是adcc活性水平的目标范围的最小值,并且
n’是[adccmax]/x’],其中adccmax是adcc活性水平的目标范围的最大值。任选地,x’为约24.1至约25.4。可替代地,x’为约13.0至约13.95。在各种情况下,对于抗体组合物中存在的每1% taf,抗体组合物的adcc活性水平为约13.5%± 0.5%,任选地,其中抗体组合物的抗体结合仅包含一个抗体结合位点的抗原。在各个方面,对于抗体组合物中存在的每1% taf,抗体组合物的adcc活性水平为约24.74%±0.625%,任选地,其中抗体组合物的抗体结合仅包含两个抗体结合位点的抗原。在示例性方面,对于抗体组合物中存在的每1% taf,抗体组合物的adcc活性水平为约12% ± 1.5% *
q,
q是抗原上存在的抗体结合位点的数量。在示例性情况下,
q是1并且任选地抗体是英利昔单抗或其生物类似物。任选地,
q是2并且任选地抗体是利妥昔单抗或其生物类似物。
5、在示例性实施例中,产生抗体组合物的方法包括 (i) 确定抗体组合物的%总非岩藻糖基化(taf)聚糖;(ii) 使用以下方程a基于% taf计算抗体组合物的%抗体依赖性细胞的细胞毒性(adcc):
6、y= 2.6 + 24.1 *x
7、[方程a],
8、其中y是% adcc并且x是在步骤 (i) 中确定的% taf聚糖,
9、以及 (iii) 当y在目标% adcc范围内时,选择抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。
10、本披露还提供了一种产生抗体组合物的方法,其中该方法包括 (i) 确定抗体组合物的%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖;(ii) 使用以下方程b基于%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖计算抗体组合物的%抗体依赖性细胞的细胞毒性(adcc):
11、y= (0.24 + 27 *hm+ 22.1 *af)
12、[方程b],
13、其中y是% adcc,hm是在步骤 (i) 中确定的%高甘露糖聚糖,并且af是在步骤 (i)中确定的%非岩藻糖基化聚糖,
14、以及 (iii) 当y在目标% adcc范围内时,选择抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。
15、本披露此外提供了产生具有目标% adcc的抗体组合物的方法。在示例性实施例中,该方法包括 (i) 针对目标% adcc,使用以下方程a计算目标%总非岩藻糖基化(taf)聚糖:
16、y= 2.6 + 24.1 *x
17、[方程a],
18、其中y是目标% adcc并且x是目标% taf聚糖,
19、以及 (ii) 在细胞培养物中维持有糖基化能力的细胞以产生具有目标% taf聚糖x的抗体组合物。
20、本披露进一步提供了产生具有目标% adcc的抗体组合物的方法,其中该方法包括(i) 针对目标% adcc,使用以下方程b计算目标%非岩藻糖基化聚糖和目标%高甘露糖聚糖:
21、y= (0.24 + 27 *hm+ 22.1 *af)
22、[方程b],
23、其中y是目标% adcc,hm是目标%高甘露糖聚糖并且af是目标%非岩藻糖基化聚糖
24、以及 (ii) 在细胞培养物中维持有糖基化能力的细胞以产生具有目标%高甘露糖聚糖和目标%非岩藻糖基化聚糖的抗体组合物。
25、在当前披露的方法的示例性方面,目标% adcc在目标% adcc范围内。任选地,目标% adcc范围大于或约40并且小于或约170。在各个方面,目标% adcc范围大于或约44并且小于或约165。在各种情况下,目标% adcc范围大于或约60且小于或约130。在示例性方面,目标% adcc范围是y± 20,例如,y± 17或y± 18。
26、进一步提供了产生具有任选地大于或约40且小于或约170的% adcc(y)的抗体组合物的方法,所述方法包括 (i) 确定抗体组合物的%总非岩藻糖酰化(taf)聚糖(x),以及(ii) 当x等于(y-2.6)/24.1时,选择抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。在示例性方面,x大于或约1.55%且小于或约6.95%。在各个方面,y大于或约44%且小于或约165%,并且任选地,其中x为约1.72%至约6.74%。
27、本披露提供了产生具有% adcc(y)的抗体组合物的方法,所述方法包括 (i) 确定抗体组合物的%总岩藻糖化(taf)聚糖(x),以及 (ii) 当x等于(y-2.6)/24.1(任选地,其中x大于或约x-0.4且小于或约x+0.4,并且其中% adcc大于约y-17且小于或约y+17)时,选择抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。还提供了一种产生具有% adcc的抗体组合物的方法,所述方法包括 (i) 确定抗体组合物的%非岩藻糖基化聚糖和%高甘露糖聚糖,以及(ii) 当根据以下方程b将af和hm与y相关时,选择该抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤
28、y= (0.24 + 27 *hm+ 22.1 *af)
29、[方程b],
30、其中y是% adcc,hm是在步骤 (i) 中确定的%高甘露糖聚糖,并且af是在步骤 (i)中确定的非岩藻糖基化聚糖。在示例性方面,y大于或约40且小于或约175,任选地,约41至约171,其中af为约1至约4并且其中hm为约40至约175。任选地,y为约30至约185,任选地,约32至约180,其中hm为约1至约4并且其中af为约30至约185。在示例性情况下,抗体组合物的% adcc在由y定义的范围内。任选地,抗体组合物的% adcc在y± 18的范围内。在示例性方面,af为约1至约4。任选地,%高甘露糖聚糖是在由hm定义的范围内的值,任选地,其中范围是hm± 1。在各种情况下,hm为约1至约4。任选地,%非岩藻糖基化聚糖是由af定义的范围内的值,任选地,其中该范围是af± 1。
31、在示例性实施例中,当前披露的产生抗体组合物的方法包括改良由细胞培养物的细胞产生的抗体组合物的总非岩藻糖基化(taf)聚糖含量。在各种情况下,改良细胞培养的一种或多种条件以改良taf聚糖含量。在各个方面,该方法包括确定改良的taf聚糖含量。任选地,重复改良直到确定的taf聚糖含量在taf的目标范围内。不受特定理论的束缚,taf聚糖含量可以通过改良非岩藻糖基化(af)聚糖含量或高甘露糖(hm)含量或其组合来改良,因为每一个都会影响taf聚糖含量。因此,这些方法有利地允许多种方式实现taf聚糖含量的目标范围。例如,改良细胞培养的一种或多种条件以改良af聚糖含量,以便改良taf聚糖含量。可替代地,改良细胞培养的一种或多种条件以改良hm聚糖含量,以便改良taf聚糖含量。在各种情况下,改良细胞培养的一种或多种条件以改良af聚糖含量和hm聚糖含量,以便改良taf聚糖含量。因此,本披露进一步提供了改良由细胞培养物的细胞产生的抗体组合物的总非岩藻糖基化(taf)聚糖含量的方法。在示例性实施例中,该方法包括改良af聚糖含量。在示例性实施例中,该方法包括改良hm聚糖含量。在各个方面,该方法包括 (i) 确定抗体组合物的样品的非岩藻糖基化(af)聚糖含量和高甘露糖(hm)聚糖含量;(ii) 基于抗体组合物的抗体的adcc活性水平的目标范围确定af聚糖含量的目标范围,假设hm聚糖含量是恒定的;以及 (iii) 当af聚糖含量在af聚糖含量的目标范围内时,选择该抗体组合物进行下游处理。在各种情况下,该方法包括 (i) 确定抗体组合物的样品的非岩藻糖基化(af)聚糖含量和高甘露糖(hm)聚糖含量;(ii) 基于抗体组合物的抗体的adcc活性水平的目标范围确定hm聚糖含量的目标范围,假设af聚糖含量是恒定的;以及 (iii) 当hm聚糖含量在af聚糖含量的目标范围内时,选择该抗体组合物进行下游处理。在各种情况下,该方法包括 (i)确定该抗体组合物的样品的af聚糖含量和hm聚糖含量和 (ii) 基于在 (i) 中确定的hm聚糖含量确定af聚糖含量的目标范围,以及 (iii) 改良af聚糖含量直到它在af聚糖含量的目标范围内,其中未改良hm聚糖含量。可替代地,该方法包括 (i) 确定该抗体组合物的样品的af聚糖含量和hm聚糖含量和 (ii) 基于在 (i) 中确定的af聚糖含量确定hm聚糖含量的目标范围,以及 (iii) 改良hm聚糖含量直到它在hm聚糖含量的目标范围内,其中未改良af聚糖含量。在示例性方面,将抗体组合物的adcc活性水平与抗体组合物的taf聚糖含量相关联的模型预测了与由将adcc与hm和af聚糖含量相关联的模型预测的基本上相同的adcc活性水平。
32、在当前披露的方法的各个方面,通过计算%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖的总和来确定% taf聚糖。在各种情况下,通过亲水相互作用层析确定%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖。任选地,通过实例1中描述的方法确定%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖。在各个方面,通过基于细胞的定量测定确定% adcc,该测定测量抗体组合物的抗体在表达这些抗体的抗原并通过抗体的fc结构域与效应细胞上的fc-γriiia受体衔接的细胞中以剂量依赖性方式介导细胞的细胞毒性的能力。在各种情况下,通过实例2中描述的测定确定% adcc。在示例性方面,确定步骤在收获步骤之后进行。任选地,确定步骤在层析步骤之后进行。在各个方面,层析步骤是蛋白a层析步骤。在当前披露的方法的各种情况下,一个或多个下游处理步骤包括:稀释步骤、填充步骤、过滤步骤、配制步骤、层析步骤、病毒过滤步骤、病毒灭活步骤或其组合。任选地,层析步骤是离子交换层析步骤,任选地,阳离子交换层析步骤或阴离子交换层析步骤。
33、在本披露的各个方面,抗体组合物的每种抗体是igg,任选地,抗体组合物的每种抗体是igg1。在示例性情况下,抗体组合物的每种抗体结合肿瘤相关抗原。在示例性方面,肿瘤相关抗原包含seq id no. 3的氨基酸序列。在示例性方面,抗体组合物的每种抗体是抗cd20抗体。在各种情况下,抗体组合物的每种抗体包含:(i) 轻链(lc)cdr1,该lc cdr1包含seq id no: 4的氨基酸序列、或与seq id no: 4至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或2个氨基酸取代的seq id no: 4的变体氨基酸序列,(ii) lc cdr2,该lc cdr2包含seqidno: 5的氨基酸序列、或与seq id no: 5至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或2个氨基酸取代的seq id no: 5的变体氨基酸序列,(iii) lc cdr3,该lc cdr3包含seq id no: 6的氨基酸序列、或与seq id no: 6至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或2个氨基酸取代的seq id no: 6的变体氨基酸序列,(iv) 重链(hc)cdr1,该hc cdr1包含seq id no: 7的氨基酸序列、或与seq id no: 7至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或2个氨基酸取代的seqid no: 7的变体氨基酸序列;(v)hc cdr2,该hc cdr2包含seq id no: 8的氨基酸序列、或与seq id no: 8至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或2个氨基酸取代的seq id no: 8的变体氨基酸序列;和/或 (vi) hc cdr3,该hc cdr3包含seq id no: 9的氨基酸序列、或与seq id no: 9至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或2个氨基酸取代的seq id no: 9的变体氨基酸序列。
34、在示例性方面,抗体组合物的每种抗体包含lc可变区,该lc可变区包含seq idno: 10的氨基酸序列、与seqid no: 10至少90%相同的氨基酸序列、或具有1至10个氨基酸取代的seq id no: 10的变体氨基酸序列。任选地,抗体组合物的每种抗体包含hc可变区,该hc可变区包含seq id no: 11的氨基酸序列、与seq id no: 11至少90%相同的氨基酸序列、或具有1至10个氨基酸取代的seq id no: 11的变体氨基酸序列。在示例性方面,抗体组合物的每种抗体包含轻链,该轻链包含seq id no: 12的氨基酸序列、与seq id no: 12至少90%相同的氨基酸序列、或具有1至10个氨基酸取代的seq id no: 12的变体氨基酸序列。在示例性情况下,抗体组合物的每种抗体包含重链,该重链包含seqid no: 13的氨基酸序列、与seq id no: 13至少90%相同的氨基酸序列、或具有1或10个氨基酸取代的seq id no:13的变体氨基酸序列。
35、在示例性方面,肿瘤相关抗原包含seq id no. 14的氨基酸序列。在示例性方面,抗体组合物的每种抗体是抗tnfa抗体,任选地,英利昔单抗或其生物类似物。在示例性方面,抗体组合物的每种抗体包含lc可变区,该lc可变区包含seq id no: 15的氨基酸序列、与seq id no: 15至少90%相同的氨基酸序列、或具有1至10个氨基酸取代的seq id no: 15的变体氨基酸序列。任选地,抗体组合物的每种抗体包含hc可变区,该hc可变区包含seq idno: 16的氨基酸序列、与seq id no: 16至少90%相同的氨基酸序列、或具有1至10个氨基酸取代的seq id no: 16的变体氨基酸序列。
36、本披露进一步提供了产生在目标% adcc范围内的抗体组合物的方法,所述方法包括:(i) 测量包含抗体的不同糖型的一系列样品的% adcc,(ii) 确定该系列的每个样品的%总非岩藻糖基化(taf)聚糖,(iii) 确定下图的最佳拟合线的线性方程,该图为该系列的每个样品绘制作为如在步骤 (ii) 中确定的% taf聚糖的函数的如在步骤 (i) 中测量的% adcc,(iv) 确定抗体组合物的% taf,并且然后使用步骤 (iii) 的线性方程计算%adcc,以及 (v) 当在步骤 (iv) 中计算的% adcc在目标% adcc范围内时,选择抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。
37、提供了一种产生在taf聚糖含量目标范围内的抗体组合物的方法,其中所述方法包括:(i) 测量包含抗体的不同糖型的一系列样品的adcc活性水平,(ii) 确定该系列的每个样品的taf聚糖含量,(iii) 创建将adcc活性水平与taf聚糖含量相关联的模型,(iv) 确定抗体组合物的adcc活性水平,并且然后使用该模型计算taf聚糖含量,或者使用该模型确定该抗体组合物的taf聚糖含量并且计算adcc活性水平,以及 (v) 当在步骤 (iv) 中计算的taf聚糖含量在taf聚糖含量的目标范围内或当在步骤 (iv) 中计算的adcc活性水平在adcc活性水平的目标范围内时,选择该抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。
38、提供了一种产生在目标% taf范围内的抗体组合物的方法,其中所述方法包括:(i) 测量包含抗体的不同糖型的一系列样品的% adcc,(ii) 确定该系列的每个样品的%总非岩藻糖基化(taf)聚糖,(iii) 确定下图的最佳拟合线的线性方程,该图为该系列的每个样品绘制作为如在步骤 (ii) 中确定的% taf聚糖的函数的如在步骤 (i) 中测量的%adcc,(iv) 确定下图的最佳拟合线的线性方程,该图为该系列的每个样品绘制作为如在步骤 (ii) 中确定的% taf聚糖的函数的如在步骤 (i) 中测量的% adcc,(v) 确定抗体组合物的% adcc,并且然后使用步骤 (iii) 的线性方程计算% taf,以及 (iv) 当在步骤 (iv)中计算的% taf在目标% taf范围内时,选择该抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。还提供了一种产生在目标% taf范围内的抗体组合物的方法,其中该方法包括以下步骤:(i) 通过绘制在细胞培养条件下产生的一系列至少5种参考抗体组合物的% adcc和% taf聚糖生成最佳拟合图的线性方程,每种参考抗体组合物具有与抗体组合物相同的氨基酸序列,(ii) 基于步骤 (i) 中生成的线性方程和所需的% adcc活性选择目标% taf聚糖范围;(iii) 在细胞培养条件下培养抗体组合物;(iv) 纯化抗体组合物,(v) 取样抗体组合物以确定抗体组合物的%taf以及 (vi)确定抗体组合物的%taf是否在步骤 (ii) 的目标%taf范围内。在示例性方面,该方法进一步包括当在步骤 (v) 中计算的% taf在目标% taf范围内时,选择该抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。
39、还提供了一种确定抗体组合物的%抗体依赖性细胞的细胞毒性(adcc)的方法,所述方法包括:(i) 确定抗体组合物的%总非岩藻糖基化(taf)聚糖;以及 (ii) 使用以下方程a基于% taf计算抗体组合物的% adcc
40、y= 2.6 + 24.1 *x
41、[方程a],
42、其中y是% adcc并且x是在步骤 (i) 中确定的% taf聚糖,
43、此外,提供了确定抗体组合物的%抗体依赖性细胞的细胞毒性(adcc)的方法,所述方法包括 (i) 确定抗体组合物的%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖,以及 (ii) 使用以下方程b基于%高甘露糖聚糖和%非岩藻糖基化聚糖计算抗体组合物的% adcc:
44、y= (0.24 + 27 *hm+ 22.1 *af)
45、[方程b],
46、其中y是% adcc,hm是在步骤 (i) 中确定的%高甘露糖聚糖,并且af是在步骤 (i)中确定的%非岩藻糖基化聚糖。
47、在示例性情况下,这些方法进一步包括当y在目标% adcc范围内时,选择该抗体组合物进行一个或多个下游处理步骤。
48、
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