用于从无细胞DNA中推断基因表达和起源组织的系统和方法与流程

技术特征：
1.一种用于通过推断而确定目的基因表达的方法，所述方法包含：(i)获得用于分析的生物样品，所述生物样品包含循环细胞游离dna；(ii)由所述细胞游离dna构建文库；(iii)使选择器与所述文库杂交；(iv)捕获所述选择器杂交的文库组分；(v)对所杂交选择的文库组分进行测序；(vi)计算所述序列的启动子片段熵；(vii)计算所述序列的核小体缺失区域深度；(viii)整合步骤(v)和(vi)的结果，以产生指示所述基因的表达水平的度量；其中，步骤(vi)至(viii)由计算机执行，所述计算机包含软件组件，所述软件组件作为可由计算机执行的指令的程序用于数据分析。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述选择器包含来自表2的多个选择器序列。3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述选择器选自abc、gcb、阳性对照、阴性对照和dlbcl路径类别。4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述选择器选自luad、lusc、阳性对照和阴性对照类别。5.根据权利要求4或5所述的方法，其中，选定的所述选择器包含表2中它们各自类别内的全部选择器。6.根据权利要求4所述的方法，其中，所述选择器是folr1_3、itga3_1、lrrc31_1、macc1_1、nkx2-1_2、scnn1a_2、sftpb_2、wfdc2_1、cldn1_1、fscn1_1、gpc1_1、krt17_1、pfn2_1、pkp1_1、s100a2_1、sfn_1、sox2_2、tp63_2。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中，从患有癌症的个体获得所述生物样品。8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述癌症是非小细胞肺癌、小细胞肺癌、腺癌、鳞状细胞癌、弥漫性大b细胞淋巴瘤、肝癌、基底细胞癌、淋巴瘤或黑色素瘤。9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中，在免疫检查点抑制剂治疗之前，获得所述循环细胞游离dna样品。10.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中，在第一次免疫检查点抑制剂治疗的4周内，获得所述循环细胞游离dna样品。11.根据权利要求7所述的方法，其中，如果预测具有持久的临床益处，则用免疫检查点抑制剂治疗所述患有癌症的个体，并且如果未预测具有持久的临床益处，则用非免疫检查点抑制剂疗法来治疗所述患有癌症的个体。12.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，其中，所述免疫检查点抑制剂是pd-1或pd-l1抑制剂。13.根据权利要求7至12中任一项所述的方法，其中，如果所述个体被诊断为患有特定癌症，则治疗所述个体的所述癌症。14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中，所述生物样品是非侵入性获得的血液样品。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中，所述测序处于2000x或更大的深度
处。16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中，在计算机上实现一个或多个步骤，所述计算机包含软件组件，所述软件组件被配置用于分析通过所述方法获得的数据。17.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中，使用下列等式计算启动子片段熵pfe(tss)：＝e
k
[∑
i：1-5p
*
(e
tss
＞(1 k)
×
e
i
)]。18.一种有形地包含于机器可读介质中的软件产品，所述软件产品包含指令，所述指令可操作用于使一个或多个数据处理装置执行前述权利要求中任一项所述的方法。

技术总结
提供了通过推断而非侵入性地确定目的基因表达的方法及其在癌症分类和治疗分级中的用途。这些方法基于整合分析方法，其中单个生物标志物来源于启动子片段熵(PFE)和核小体缺失区域(NDR)深度的分析。在一些实施例中，方法仅使用非侵入性抽血，并且有力地鉴定哪些患者将从免疫检查点抑制、癌症亚型分类为何种和/或肿瘤负荷为何种而获得持久的临床益处。在一个实施例中，方法还包括基于分析为个体选择治疗方案。疗方案。


技术研发人员：马克西米利安
受保护的技术使用者：小利兰
技术研发日：2021.05.12
技术公布日：2023/2/24