SARS-COV-2抗体及其选择和使用方法与流程

技术特征：
1.一种与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含氨基酸f486和/或n487的表位特异性结合。2.如权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含以下链的抗体与sars-cov-2的该刺突蛋白的结合：(i)包含seq id no：39的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：40的氨基酸序列的可变轻链(vl)；(ii)包含seq id no：31的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：32的氨基酸序列的可变轻链(vl)；(iii)包含seq id no：47的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：48的氨基酸序列的可变轻链(vl)；或(iv)包含seq id no：61的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：62的氨基酸序列的可变轻链(vl)。3.如权利要求1或2所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段和包含以下链的抗体与sars-cov-2的该刺突蛋白的相同表位结合：(i)包含seq id no：39的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：40的氨基酸序列的可变轻链(vl)；(ii)包含seq id no：31的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq idno：32的氨基酸序列的可变轻链(vl)；(iii)包含seq id no：47的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：48的氨基酸序列的可变轻链(vl)；或(iv)包含seq id no：61的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：62的氨基酸序列的可变轻链(vl)。4.如权利要求1-3中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段含有(i)包含seq id no：39的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：40的氨基酸序列的可变轻链(vl)；(ii)包含seq id no：31的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：32的氨基酸序列的可变轻链(vl)；(iii)包含seq id no：47的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：48的氨基酸序列的可变轻链(vl)；或(iv)包含seq id no∶61的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：62的氨基酸序列的可变轻链(vl)。5.如权利要求1-4中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段包含分别具有seq id no：41-46或分别具有seq id no：55-60的vh-cdr1、vh-cdr2、vh-cdr3、vl-cdr1、vl-cdr2和vl-cdr3。6.如权利要求1-5中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段包含seq id no：47的vh和/或seq idno：48的vl，或包含seq id no：61的vh和/或seq id no：62的vl；任选地其中该抗体或其抗原结合片段包含seq id no：47的vh和seq id no：48的vl，或包含seq id no：61的vh和seq id no：62的vl。7.一种与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含氨基酸g447和/或k444的表位特异性结合。8.如权利要求7所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含以下链的抗体与该sars-cov-2的刺突蛋白的结合：(i)包含seq id no：15的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no∶16的氨基酸序列的可变轻链(vl)；或(ii)包含seq id no：23的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq idno：24的氨基酸序列的可变轻链(vl)。9.如权利要求7或8所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段和包含以下链的抗体与该sars-cov-2的刺突蛋白的相同表位结合：(i)包含seq id no：15的氨
基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no∶16的氨基酸序列的可变轻链(vl)；或(ii)包含seq id no：23的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq idno：24的氨基酸序列的可变轻链(vl)。10.如权利要求7-9中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段含有(i)包含seq id no：15的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：16的氨基酸序列的可变轻链(vl)；或(ii)包含seq id no：23的氨基酸序列的可变重链(vh)和包含seq id no：24的氨基酸序列的可变轻链(vl)。11.如权利要求1-10中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段与sars-cov交叉反应。12.如权利要求1-10中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段不与sars-cov交叉反应。13.如权利要求1-12中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段抑制sars-cov-2与血管紧张素转化酶2(ace2)的结合。14.如权利要求1-13中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段中和sars-cov-2。15.如权利要求1-14中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是全人的。16.如权利要求1-14中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是人源化的。17.如权利要求1-16中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含重链恒定区。18.如权利要求17所述的抗体或其抗原结合片段，其中该重链恒定区选自由人免疫球蛋白igg1、igg2、igg3、igg4、iga1和iga2重链恒定区组成的组，任选地其中该重链恒定区是人igg1。19.如权利要求1-18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含轻链恒定区。20.如权利要求19所述的抗体或其抗原结合片段，其中该轻链恒定区选自由人免疫球蛋白iggκ和iggλ轻链恒定区组成的组，任选地其中该轻链恒定区是人iggκ轻链恒定区。21.如权利要求1-20中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含(i)人igg1重链恒定区和(ii)人iggκ轻链恒定区。22.如权利要求1-21中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段进一步包含：含有yte突变的重链恒定区，任选地其中该重链恒定区是人igg1重链恒定区；和轻链恒定区，任选地其中该轻链恒定区是人iggκ轻链恒定区。23.如权利要求1-18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段进一步包含：含有tm突变的重链恒定区，任选地其中该重链恒定区是人igg1重链恒定区；和轻链恒定区，任选地其中该轻链恒定区是人iggκ轻链恒定区。24.如权利要求1-23中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段是全长抗体。25.如权利要求1-23中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片
段是抗原结合片段。26.如权利要求25所述的抗原结合片段，其中该抗原结合片段包含fab、fab
′
、f(ab
′
)2、单链fv(scfv)、二硫键连接的fv、v-nar结构域、ignar、iggδch2、微型抗体、f(ab
′
)3、四链抗体、三链抗体、双链抗体、单结构域抗体、(scfv)2或scfv-fc。27.如权利要求1-26中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是分离的。28.如权利要求1-27中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是单克隆的。29.如权利要求1-28中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是重组的。30.如权利要求1-29中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段进一步包含可检测标记。31.一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含编码如权利要求1-30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的重链可变区的核酸分子和/或编码如权利要求1-30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的轻链可变区的核酸分子。32.一种分离的载体，该分离的载体包含如权利要求31所述的多核苷酸。33.一种宿主细胞，该宿主细胞包含如权利要求31中任一项所述的多核苷酸、如权利要求32所述的载体、或第一载体和第二载体，该第一载体包含编码如权利要求1-30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的重链可变区的核酸分子，该第二载体包含编码如权利要求1-30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的轻链可变区的核酸分子。34.一种产生与sars-cov-2的刺突蛋白结合的抗体或其抗原结合片段的方法，该方法包括培养如权利要求33所述的宿主细胞，使得该核酸分子表达并且产生该抗体或其抗原结合片段，任选地其中该方法进一步包括分离该抗体或抗原结合片段。35.一种抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段通过如权利要求34所述的方法产生。36.一种选择抗体或其抗原结合片段的方法，该方法包括确定该抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的刺突蛋白的包含氨基酸f486和/或n487的表位结合，以及选择该抗体或其抗原结合片段。37.如权利要求36所述的方法，其中该确定包括测量该抗体或其抗原结合片段与包含f486a和/或n487a的sars-cov-2突变体刺突蛋白结合的能力，并且其中如果该抗体或其抗原结合片段与该突变体蛋白结合，则不选择该抗体或其抗原结合片段。38.一种抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段通过如权利要求36或37所述的方法选择。39.一种选择抗体或其抗原结合片段的方法，该方法包括确定该抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的刺突蛋白的包含氨基酸g447和/或k444的表位结合，以及选择该抗体或其抗原结合片段。40.如权利要求39所述的方法，其中该确定包括测量该抗体或其抗原结合片段与包含g447r和/或k444a的sars-cov-2突变体刺突蛋白结合的能力，并且其中如果该抗体或其抗原结合片段与该突变体蛋白结合，则不选择该抗体或其抗原结合片段。
41.一种抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段通过如权利要求38或权利要求书39所述的方法选择。42.一种组合物，该组合物包含如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，任选地其中该组合物是进一步包含药学上可接受的赋形剂的药物组合物。43.一种组合物，该组合物包含(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的该刺突蛋白的受体结合结构域(rbd)的ace2界面特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的该rbd的顶端结构域特异性结合。44.一种组合物，该组合物包含(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含f486和/或n487的表位特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含g447和/或k444的表位特异性结合。45.如权利要求43或44所述的组合物，其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段与非重叠表位结合和/或其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段可以同时与sars-cov-2的刺突结构域的三聚体结合。46.如权利要求43-45中任一项所述的组合物，其中该第一抗体或其抗原结合片段是如权利要求1-3、7-28、33和36中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。47.如权利要求43-46中任一项所述的组合物，其中该第二抗体或其抗原结合片段是如权利要求5-28、33和39中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。48.如权利要求43-47中任一项所述的组合物，其中该组合物是进一步包含药学上可接受的载剂的药物组合物。49.一种选择在sars-cov-2感染的治疗或预防中使用的抗体或其抗原结合片段的组合的方法，该方法包括确定第一抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的刺突蛋白的包含氨基酸f486和/或n487的表位结合，确定第二抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的该刺突蛋白的包含氨基酸g447和/或k444的表位结合，以及选择这两种抗体或其抗原结合片段。50.如权利要求49所述的方法，其中该确定包括测量该第一抗体或其抗原结合片段与包含f486a和/或n487a的sars-cov-2突变体刺突蛋白结合的能力和/或测量该第二抗体或其抗原结合片段与包含g447r和/或k444a的sars-cov-2突变体刺突蛋白结合的能力，并且其中如果该抗体或其抗原结合片段与该突变体蛋白结合，则不选择该抗体或其抗原结合片段。51.一种组合物，该组合物包含通过如权利要求49或50所述的方法选择的抗体或其抗原结合片段的组合。52.一种用于抑制sars-cov-2与ace2结合的方法，该方法包括使该sars-cov-2与如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段或如权利要求42-48和51中任一项所述的组合物接触。53.一种用于抑制sars-cov-2与ace2结合的方法，该方法包括使该sars-cov-2与以下物质接触：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该
第一抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的该刺突蛋白的受体结合结构域(rbd)的ace2界面特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的该rbd的顶端结构域特异性结合。54.一种用于抑制sars-cov-2与ace2结合的方法，该方法包括使该sars-cov-2与以下物质接触：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含f486和/或n487的表位特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含g447和/或k444的表位特异性结合。55.一种用于中和sars-cov-2的方法，该方法包括使该sars-cov-2与如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段或如权利要求42-48和51中任一项所述的组合物接触。56.一种用于中和sars-cov-2的方法，该方法包括使该sars-cov-2与以下物质接触：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的该刺突蛋白的受体结合结构域(rbd)的ace2界面特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的该rbd的顶端结构域特异性结合。57.一种用于中和sars-cov-2的方法，该方法包括使该sars-cov-2与以下物质接触：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含f486和/或n487的表位特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含g447和/或k444的表位特异性结合。58.如权利要求55-57中任一项所述的方法，其中该接触是在体外的。59.如权利要求55-57中任一项所述的方法，其中该接触是在受试者体内的。60.一种治疗或预防受试者中的sars-cov-2感染的方法，该方法包括向该受试者施用有效量的如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段或如权利要求42-48和51中任一项所述的组合物。61.一种治疗或预防受试者中的sars-cov-2感染的方法，该方法包括向该受试者施用：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的该刺突蛋白的受体结合结构域(rbd)的ace2界面特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的该rbd的顶端结构域特异性结合。62.一种治疗或预防受试者中的sars-cov-2感染的方法，该方法包括向该受试者施用：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含f486和/或n487的表位特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含g447和/或k444的表位特异性结合。63.一种降低感染了sars-cov-2的受试者中的病毒载量的方法，该方法包括向该受试者施用有效量的如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段或如权利要求42-48和51中任一项所述的组合物。
64.一种降低感染了sars-cov-2的受试者中的病毒载量的方法，该方法包括向该受试者施用：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与sars-cov-2的该刺突蛋白的受体结合结构域(rbd)的ace2界面特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的该rbd的顶端结构域特异性结合。65.一种降低感染了sars-cov-2的受试者中的病毒载量的方法，该方法包括向该受试者施用：(i)与sars-cov-2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含f486和/或n487的表位特异性结合，和(ii)与sars-cov-2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含g447和/或k444的表位特异性结合。66.如权利要求53-65中任一项所述的方法，其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段与非重叠表位结合和/或其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段可以同时与sars-cov-2的刺突结构域的三聚体结合。67.如权利要求53-66中任一项所述的方法，其中该第一抗体或其抗原结合片段是如权利要求1-3、8-30、35和38中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。68.如权利要求53-67中任一项所述的方法，其中该第二抗体或其抗原结合片段是如权利要求6-30、35和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。69.如权利要求53-68中任一项所述的方法，其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段同时施用，任选地其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段在分开的药物组合物中施用。70.如权利要求53-68中任一项所述的方法，其中该第一抗体或其抗原结合片段和该第二抗体或其抗原结合片段依序施用。71.如权利要求59-70中任一项所述的方法，其中该受试者已暴露于sars-cov-2或处于暴露于sars-cov-2的风险中。72.如权利要求59-71中任一项所述的方法，其中该受试者是人。73.一种用于检测样品中的sars-cov-2的方法，该方法包括使该样品与如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段或如权利要求42-48和51中任一项所述的组合物接触。74.一种试剂盒，该试剂盒包含如权利要求1-30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，或如权利要求42-48和51中任一项所述的组合物，以及a)检测试剂，b)sars-co-v2刺突蛋白抗原，c)反映批准使用或销售的供人类施用的公告，或d)其组合。

技术总结
本披露提供了与SARS-CoV-2的刺突蛋白特异性结合的抗体及其抗原结合片段，以及制备和选择这些抗体及其抗原结合片段的方法。这些抗体可以用于例如SARS-CoV-2感染的预防、暴露后预防或治疗。这些抗体还可以用于检测受试者中的SARS-CoV-2感染。2感染。2感染。


技术研发人员：M
受保护的技术使用者：阿斯利康（英国）有限公司
技术研发日：2021.05.17
技术公布日：2023/2/3